The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
99
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structure length |
99
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Chain Sequence |
SFEWPWQYRFPPFFTLQPNVDTRQKQLAAWCSLVLSFCRLHKQSSMTVMEAQESPLFNNVKLQRKLPVESIQIVLEELRKKGNLEWLDKSKSSFLIMWR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Integrated structural model and membrane targeting mechanism of the human ESCRT-II complex
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Vacuolar-sorting protein SNF8
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| molecule tags |
Protein transport
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| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
30
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| structure length |
99
|
| sequence length |
99
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| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-04-17 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | "Winged helix" DNA-binding domain. Chain C. Domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3CUQ C; 1XB4 A; 1U5T C; 1W7P B; 2ZME C; #chains in the Genus database with same CATH topology 4C3J J; 4DBQ A; 2FNA A; 4Y17 A; 4UHT A; 1X4P A; 1T2K A; 4YFX F; 1JUM A; 2ZB9 A; 1Q1H A; 2GA2 A; 3ZOB A; 5L3B A; 2W25 A; 4G7O F; 4HF1 A; 1G3Y A; 2JUG A; 5FD6 A; 2AQE A; 2K3P A; 2FU4 A; 3K0L A; 1LUJ B; 2QQA A; 1BN5 A; 1FOW A; 1J5Y A; 2EPF A; 1ETV A; 5L3C A; 2M5W A; 5K5R A; 3H3V K; 3V42 A; 2DPU A; 4IHX A; 4Y52 J; 4UB8 C; 1Z6R A; 4A5M A; 1XX5 A; 1K7A A; 1WH7 A; 1G3T A; 2LFB A; 1LEB A; 3RZO J; 1OR7 C; 3BP8 A; 3AFH A; 2VLA A; 1JJ8 C; 2RV8 A; 2HYF A; 1LKX A; 3K1M A; 5C4X J; 1BR4 A; 3OYB A; 1GVJ A; 2VQC A; 3DP7 A; 5EEH A; 2HVQ A; 2KQR A; 2DMQ A; 2LTP A; 2Z2S B; 1ZG3 A; 2DJN A; 1Y6I A; 2DOE A; 3CP8 A; 4DQ2 A; 1U8R A; 1Y8Q B; 5B1B H; 1F4K A; 2PN6 A; 5BPD A; 3OYG A; 3GTL J; 3VOE A; 1K78 A; 2XGX A; 3RDI A; 5AIQ A; 1KA8 A; 4UVB A; 3CCJ I; 5E8I A; 1R9T J; 4A3B J; 3LSG A; 1Y56 A; 2DMT A; 1I3A A; 2I5U A; 1TT0 A; 1DPU A; 3P7N A; 3CJQ B; 5IT9 Z; 3GTP J; 3OYD A; 2CUE A; 2GXB A; 4XID A; 3S17 J; 4IRG A; 1Z67 A; 4X0G A; 3BR1 A; 1WKM A; 2KIM A; 1WHU A; 4UVC A; 4WXD A; 3ZCO A; 3TO6 A; 1FWZ A; 2M7B A; 4LGW A; 5FKM A; 5K7Z A; 2X1C A; 2MG4 A; 2XRN A; 2LKS A; 1R7J A; 2EA4 A; 2VN2 A; 3JRG A; 4BL0 B; 4E70 A; 4KJZ A; 3OYA A; 2NS7 A; 2X6W A; 4DIQ A; 2WBM A; 3W6K B; 4XON A; 3PNT A; 3ZPL A; 3RIR A; 1CF7 A; 1IUF A; 3FK7 A; 3I54 A; 2Y9Y A; 3HGG A; 1U5T B; 2PMZ A; 1YLF A; 3L2W A; 4CYD A; 2DTZ A; 2H8W A; 1XSV A; 2V4J C; 4CSW A; 1F1Z A; 3RI4 A; 1IZ1 A; 1MDM B; 1GHC A; 3G4S I; 2V79 A; 1IN6 A; 2OQR A; 5C3E J; 1MD0 A; 3TW7 A; 5LGU A; 4PJL A; 4AID A; 2KKO A; 4BE0 A; 1FLI A; 1YIO A; 3O8G A; 3D5R C; 4RB2 C; 1Y1W J; 2DA7 A; 5L3D A; 4S05 A; 4XBF A; 3M9A A; 2NVX J; 2GIV A; 2MAB A; 1FNN A; 2ZKZ A; 1JT0 A; 3S1N J; 1AU7 A; 3DXJ F; 1X1D A; 2XAU A; 3I0T A; 2LSO A; 1D1C A; 2QEX I; 5JLX A; 4XQF A; 4I0B A; 5K5O A; 1ONV A; 5HS8 A; 3OYJ A; 2A6T A; 2IW5 A; 4CGZ A; 2LG4 A; 4LG3 A; 2OA4 A; 4A3L J; 2E36 A; 4GCV A; 5DUI A; 1MJB A; 2DW4 A; 2QBY A; 3BTL A; 4NDL A; 3RTR A; 4OIP F; 1ZTR A; 2QSF X; 4R1H A; 2ZJ2 A; 4AIK A; 3ESW B; 1BW5 A; 2EZK A; 1S7O A; 2NVT J; 4XRS G; 3ML6 A; 3HSR A; 1WJ5 A; 2PQ8 A; 1RI7 A; 2QM3 A; 3K2Z A; 3CCL I; 3QRF F; 1Z77 A; 2VT3 A; 2WAD A; 2V6C A; 2KIS A; 4JBA A; 1OLT A; 3TL4 X; 4EM2 A; 3BJ6 A; 5F1J A; 1FBQ A; 2A6E F; 2K02 A; 3GFI A; 1GLN A; 2DA3 A; 3D1N I; 3M8E A; 3S3N A; 2KHM A; 2W85 A; 2WWY A; 1R23 A; 2E1C A; 4RM2 A; 4B09 A; 1TT5 B; 4DYR A; 1PJR A; 4M71 A; 2YU9 J; 1VQ6 I; 3BPV A; 2L9S A; 4G6Q A; 3FXK A; 4II3 A; 5EGO B; 1BW6 A; 5FGM A; 4AWX B; 3DLL F; 1HC8 A; 4BAC A; 4G6D A; 2X1E A; 5HDG A; 4CZC A; 2K85 A; 1QQI A; 2IP2 A; 4A3M J; 2M1B A; 3K1N A; 1ZRF A; 3BT9 A; 2KRH A; 3IC7 A; 3WU1 B; 2R7Z J; 1HF0 A; 1ODD A; 4UV8 A; 1XGM A; 2W84 A; 3EYY A; 2MLG A; 4LG0 A; 3ABT A; 5D5U B; 5M3M J; 2GM4 A; 1ZR2 A; 1F36 A; 3CCS I; 2PLY A; 2F5V A; 2H94 A; 3GXO A; 3FHN A; 5KNL A; 5IPA A; 2E34 A; 2EIM H; 5BMZ A; 3P9C A; 2DYR H; 3AL0 B; 2C6Y A; 2P81 A; 1VQ5 I; 2J5O A; 4MIM A; 2GOX B; 3VYU B; 5GAE J; 3WHB A; 4GRI A; 5ICC A; 2HFH A; 3E1S A; 2PG4 A; 1L0O C; 3HPG A; 1LFP A; 5HOO A; 4J00 A; 4HNT A; 1FC3 A; 1XC5 A; 1V5F A; 5LRR A; 3KE2 A; 4M6X A; 4BXU A; 2DA1 A; 2ZXW H; 3SZT A; 5J8C A; 4ZZL A; 4BHC A; 4YRV A; 1GXQ A; 3JSP A; 2L9N A; 4FE7 A; 2CQX A; 3JSO A; 4IOA F; 4BQA A; 1YJW I; 3GTG J; 5LEJ A; 5H2F C; 4U88 A; 1D0Z A; 1P7I A; 4P1W A; 2ZXI A; 4HDV A; 5LEK A; 3H0D A; 3ROU A; 1XG1 A; 2PMZ N; 4YFN F; 2ESN A; 2NNY A; 2BZT A; 2MA3 A; 2FD5 A; 3JTH A; 1BL0 A; 2K4B A; 4HQM A; 3CLQ A; 3S2H J; 3HRS A; 3G2B A; 3OIP A; 2VT2 A; 2VC1 A; 4RLQ A; 2PJP A; 3DPU A; 3RYR A; 3FMR A; 2O03 A; 1M1E B; 1B72 A; 4CHU A; 2PI0 A; 4PZJ A; 4BXF A; 4YEJ A; 1U78 A; 1S5L C; 2H09 A; 2DOA A; 3SZG A; 2CQQ A; 1PUF A; 3I3L A; 4N9I A; 4CCK A; 1F9N A; 4N4O B; 3KP7 A; 3CCY A; 2EQR A; 4EV0 A; 3WTW C; 1S7A A; 3FX3 A; 4B1R A; 1ENH A; 2VKV A; 4WXC A; 5TIS C; 3H3U A; 1ZKG A; 2JMW A; 2VL8 A; 1O3S A; 2R7T A; 5F1R A; 5ICG A; 4MEX F; 2IXS A; 3FKI J; 3MQ0 A; 2ID6 A; 4PGG A; 5GPC A; 4ZC3 A; 5B66 C; 1AWC A; 1ON1 A; 2EA2 A; 2IAI A; 5JHU A; 2QSG X; 4WX9 A; 2XAG A; 1YW9 A; 4XMY A; 3H36 A; 3D5S C; 1YS6 A; 4IPA A; 4JX4 A; 4KT6 A; 2X6O A; 1TW2 A; 3F8C A; 3HRT A; 4L5J A; 1P4W A; 3HXL A; 3BZC A; 5JLW A; 3ZMS A; 1MBK A; 1LQ1 A; 1J0R A; 2ELH A; 2PBI A; 4IO9 F; 5DTD A; 5E1W A; 2IGO A; 3BRO A; 2QKM B; 4PDK A; 3EDP A; 5GAD J; 3G1O A; 5M3F J; 2BY3 A; 3NRV A; 1K78 B; 4HRI A; 1O7L A; 2WAE A; 1KZH A; 2A07 F; 4P96 A; 1XDS A; 1TZL A; 3CC2 I; 2VJJ A; 2XRO A; 5JFR A; 5F0H A; 4MNU A; 3K4C A; 5DCM A; 3KP2 A; 5J1R A; 3VWB A; 2EFW A; 1HKT A; 4RAF A; 2O9L A; 5F08 A; 2L4A A; 3KYC B; 5D4S A; 1OR7 A; 2MSY A; 3A01 A; 2HXO A; 3O8H A; 3J7Y J; 5F04 A; 3WGI A; 1UHM A; 3ZQH A; 4YEL A; 1W5C C; 1U2W A; 1CF7 B; 3RPU A; 1N25 A; 2CS3 A; 1NK3 P; 5L3F A; 3MEX A; 3H5R A; 3NQO A; 4HG2 A; 1X2N A; 5GAG J; 4BE1 A; 5LD2 C; 3L2C A; 1AHD P; 2UUZ A; 1ZAR A; 3HOV J; 1XMK A; 2X6Y A; 2VXZ A; 1QA6 A; 2UWM A; 3C1D A; 2DI3 A; 1I50 J; 4WF2 A; 3M8J A; 2Z5U A; 4BDZ A; 1QO0 D; 1HDP A; 3S2D J; 1A6I A; 1YOV B; 3HOU J; 1TTY A; 2IGK A; 1ZGW A; 4RDU A; 1P92 A; 2E1M C; 2Q2E A; 2OD5 A; 3WE3 A; 2HGC A; 3EUH A; 3DPT A; 3LSH A; 5HS9 A; 3MKW B; 4OMY A; 5FFZ A; 2DU9 A; 1FZP B; 1I39 A; 2QQ8 A; 1ZLJ A; 1OCO H; 4RMN A; 3OIO A; 2DT5 A; 2A05 A; 1EF4 A; 4FX0 A; 1SAU A; 3HPH A; 3VYR B; 4NC7 A; 3PIO F; 4UV9 A; 3BG7 A; 1BI2 A; 5EEG A; 3A0B C; 2FRH A; 3OL3 A; 2XDV A; 2ZJR F; 3FM5 A; 4D0P A; 2GBY A; 2CO5 A; 1TNS A; 3BR2 A; 2QBY B; 2M2E A; 2EIL H; 2FF4 A; 3L09 A; 3A03 A; 1MBJ A; 2HZT A; 1IAW A; 3MKY B; 1IN4 A; 2HKX A; 3CUQ C; 4DZJ A; 3ZQQ A; 3UNG C; 4Z6Y A; 1ZR4 A; 4XOR A; 4AUX A; 1WQ2 A; 1EH8 A; 2OZU A; 3GEZ A; 3IP4 B; 4HX8 A; 1Z9C A; 3K4N A; 1XN7 A; 2GXG A; 3WU2 C; 2DO7 A; 2FML A; 2HDW A; 4M72 A; 3S8P A; 2L5Q A; 4A6E A; 3SZP A; 1VQL I; 2R7S A; 1E3O C; 1U0J A; 4HOB A; 3OOU A; 2RAE A; 1YX3 A; 2OU2 A; 4RLF A; 4EJT A; 2IS4 A; 3KFW X; 3JCU C; 2QKL B; 3IL2 A; 1RET A; 2K9L A; 3EET A; 3VPR A; 2FBH A; 3LST A; 2M87 A; 1SVO A; 1BR2 A; 2IBD A; 2JA6 J; 5JVG F; 5HLI A; 2KDZ A; 3HL2 A; 2YX7 A; 3KZI C; 3L9F A; 4LG0 B; 3IKT A; 1BA5 A; 3QPT A; 1FMV A; 2XF5 A; 2GIZ A; 1HW5 A; 3U1K A; 2LF7 A; 4B3X A; 2O8K A; 1ZAO A; 1RR7 A; 3PSI A; 4EEF G; 3CLO A; 4BY7 J; 2KRF A; 3V8L A; 2B63 J; 4MHG A; 1XGN A; 2A69 F; 5TJJ A; 4OOI A; 2R7U A; 5K1Y A; 2JQ7 A; 3K70 C; 2QSH X; 3HJE A; 4GYG A; 4JX6 A; 4ESF A; 3F8B A; 4KIT B; 4A3K J; 4XNF A; 2XPW A; 4HST A; 3DKW A; 1N78 A; 1UAA A; 3BG3 A; 1NH3 A; 3K4L A; 4H4K C; 3FBI B; 1KGS A; 5AIP A; 5EG0 A; 1SFX A; 4ZDP A; 4I99 C; 2EIJ H; 2FQ4 A; 1UHS A; 2BXZ A; 2Y0M A; 4F52 A; 3OYN A; 2EK5 A; 3FWE A; 3EUA A; 2RQP A; 2ELK A; 2JSP A; 2JVG A; 2M4G A; 4F7Z A; 1HCR A; 5CQG A; 5CVV A; 4C2U A; 3DV8 A; 1U9N A; 3UR3 C; 3EUK L; 3Q0U A; 4LOC A; 2ZSI B; 4DYC A; 3JRH A; 2P6T A; 3CJT B; 3KYL A; 3WG7 H; 3DEE A; 1B72 B; 4LLL A; 3TW6 A; 2V9K A; 3KEO A; 1HSJ A; 4LD5 A; 3KEQ A; 3N05 A; 2WB1 N; 1PUF B; 1B59 A; 3DWL E; 3PJR A; 2HTS A; 5FLM J; 1Z91 A; 1X1P A; 3C2H A; 1LFU P; 2VBX A; 3D0S A; 4BJT A; 1QZE A; 1ERD A; 3C7J A; 1QVT A; 2XHK A; 4EM0 B; 3HOX J; 5CVR A; 3HOW J; 4RGR A; 3KZZ A; 5DDG A; 1CQT A; 2JWT A; 6PAX A; 2MD0 A; 5LBQ A; 1MBE A; 1EH7 A; 2HVR A; 4A5N A; 3ZMV A; 1B1B A; 2OV7 A; 2K27 A; 3COA C; 3H9G A; 1J7K A; 1S29 A; 4PFO A; 3TDZ C; 3DU5 A; 1P7J A; 3LQR A; 3FK6 A; 1NG6 A; 3HHH A; 3QPH A; 4F93 B; 4ZYA A; 1IG7 A; 1ACI A; 4D1Q A; 2V9V A; 4EM1 A; 2VBY A; 2K5C A; 5E1X A; 3GWZ A; 2V9P A; 4ASN A; 1MMS A; 1JT6 A; 4D7N A; 2ZC2 A; 2BYV E; 2QVO A; 4FAS D; 4B44 A; 1WI9 A; 3JAM Z; 4NNJ A; 1IXR C; 2XAQ A; 1MSF C; 2VIX A; 2Y2Z A; 4KIB A; 5J3L A; 3SDG A; 3VSK A; 4YFK F; 2HPM A; 1WFX A; 1WRJ A; 4ZYD A; 1WJC A; 2L2O A; 1FIA A; 5FKO A; 4XLH A; 2NVQ J; 4O3M A; 4A3G J; 3ULQ B; 1ZGJ A; 2P6S A; 1K79 A; 3MFK A; 3ABK H; 5E8G A; 4HLY A; 2M0C A; 2RKH A; 4IJA A; 5GAH J; 4ENJ A; 3RPQ A; 1BIA A; 5L3E A; 2DFH A; 2MBF A; 4WK8 F; 3HB9 A; 3KP3 A; 1H9T A; 2VB6 A; 5J4Y A; 1OIS A; 2WAF A; 3BTC A; 5DCM B; 4O6J A; 4UY8 I; 2VPR A; 3DLA A; 3CC7 I; 4U0V A; 2Y30 A; 1YE9 A; 3HYI A; 5EZG A; 5ILV A; 1WJF A; 4EMS A; 2LNB A; 1Z3Y A; 2LY1 A; 3T8T A; 3HKZ A; 1UFM A; 4E7K A; 3A01 B; 1OPC A; 1BM9 A; 2DPD A; 4HQE A; 3U21 A; 1I6X A; 1YX5 A; 2P8T A; 2LRE A; 4OAZ A; 2HVS A; 1T0F C; 5FB2 A; 3N4M A; 1VQO I; 4IHY A; 2FSW A; 2ZNY A; 4LIU A; 3DFG A; 4PJJ A; 4MTD A; 4IOC F; 1OCT C; 4L0Z B; 1MZB A; 2ECC A; 3TED A; 3ONQ A; 1C0W A; 3TGN A; 1QZZ A; 4XSX F; 1PUE E; 1FTT A; 1O57 A; 5IP7 J; 1TWF J; 3SFZ A; 3C2B A; 2Q2E B; 2NAZ A; 4E7L A; 3MMY B; 2HI3 A; 1T38 A; 1QHH D; 2FXA A; 3I58 A; 5F27 A; 3CCE I; 2JVH A; 4C3I J; 4XLF A; 2EJR A; 4HA8 A; 2H1L A; 5FLX Z; 5CVJ A; 5HDK A; 4HNU A; 1YRN A; 1P2F A; 3SEQ A; 1FOX A; 3ZGK A; 3M1E A; 2IJL A; 1SVM A; 3BTJ A; 3GF2 A; 3SEZ A; 1HW2 A; 4M6V A; 4F92 B; 2Z9O A; 3JRE A; 4EVI A; 3BG9 A; 2E2J J; 1VI0 A; 3ZQI A; 3BLY A; 3LNQ A; 2YS9 A; 3TBI A; 3RKW A; 2DA2 A; 3RCO A; 1IDZ A; 2M8G X; 3P9I A; 3J7A O; 5M5Y J; 3GTQ J; 1R4N B; 4S0H B; 3U9G A; 5FLV A; 3C2G A; 4BDY A; 2ZCW A; 3KLO A; 1ZQ3 P; 5HS7 A; 2J5P A; 3BDD A; 5F0F A; 2BBY A; 3K6G A; 3L1P A; 2P7V B; 1P4A A; 4C30 A; 1LVA A; 1SD6 A; 2VKH A; 5DYM A; 5DS9 A; 1G2H A; 4WCG A; 4A3D J; 4M9S A; 4M3G A; 5LFA A; 5BQT A; 2O5R A; 4NC6 A; 4EQQ A; 4FET A; 1RUN A; 4E7H A; 2NYX A; 2WTE A; 2X51 A; 3B73 A; 5FKL A; 4CZZ A; 1TLH B; 2QYO A; 1OCZ H; 3DBL B; 5EF6 A; 4OU0 A; 3G1M A; 5FO5 A; 2DN0 A; 4OAY A; 4AYB A; 3G3Z A; 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