The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
99
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structure length |
99
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Chain Sequence |
SFEWPWQYRFPPFFTLQPNVDTRQKQLAAWCSLVLSFCRLHKQSSMTVMEAQESPLFNNVKLQRKLPVESIQIVLEELRKKGNLEWLDKSKSSFLIMWR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Integrated structural model and membrane targeting mechanism of the human ESCRT-II complex
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Vacuolar-sorting protein SNF8
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| molecule tags |
Protein transport
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| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
30
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| structure length |
99
|
| sequence length |
99
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| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-04-17 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | "Winged helix" DNA-binding domain. Chain C. Domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1XB4 A; 1U5T C; 2ZME C; 3CUQ C; 1W7P B; #chains in the Genus database with same CATH topology 3Q9S A; 4EVI A; 1QVT A; 4C9Y A; 3FXK A; 2P5V A; 2EB7 A; 3V7R A; 1IGN A; 1ETO A; 4ASN A; 3LAJ A; 2DFF A; 4ESF A; 5JLX A; 2R7U A; 3HC7 A; 3ZXS A; 2L4A A; 1W5C C; 4D5F A; 1H8A C; 3I9V 2; 5FKM A; 4AM3 A; 2V4J C; 2BVL A; 1IZ1 A; 3V42 A; 2R4G A; 2PN6 A; 2X6O A; 3CJN A; 3LST A; 1N78 A; 3CUQ A; 3M3Y J; 2W48 A; 1GXQ A; 5HLT A; 4I6Z A; 1DPU A; 5EEA A; 1GDT A; 2DW4 A; 4D0P A; 1F1Z A; 4G7O F; 1KGS A; 1OYI A; 2XGC A; 3C7J A; 1AOY A; 3HDD A; 2UZK A; 1FP1 D; 4RAY A; 4NBQ A; 1RR8 C; 2R7D A; 3TDU C; 4CUG A; 3C18 A; 4XSX F; 2XAU A; 1X19 A; 2H6B A; 3DTK A; 3RIR A; 4A2U A; 3AL0 B; 1R5H A; 3IUO A; 4KNY A; 3SQN A; 1GV2 A; 1AKH A; 2VC1 A; 2R7T A; 1D8J A; 3CMA I; 2HEO A; 2NS7 A; 3IH3 A; 4A12 A; 4KYW A; 3DKW A; 2KJB A; 4CSW A; 2COB A; 1R36 A; 3H5N A; 4TV7 A; 4DGW B; 1X3Z B; 4HBL A; 5M5W J; 4LB5 A; 3HL2 A; 2DN0 A; 3U2R A; 2DOE A; 4E7I A; 4MQ9 F; 3O3K A; 3RJP A; 3CC7 I; 4EM1 A; 3F0C A; 4HF1 A; 2FSW A; 3OYK A; 2QVO A; 3JRH A; 3CCU I; 1FOX A; 1IAW A; 4B1R A; 3HIF A; 3OY9 A; 2MG4 A; 2PJP A; 4EJO A; 3QYF A; 1ZAR A; 5ICF A; 1LNW A; 4UB8 C; 4LIV A; 3JTH A; 4XLE A; 4IX7 A; 5H6R A; 3X2Q H; 2OTJ I; 3ONQ A; 2L5Q A; 5CVI A; 4E7L A; 3W6V A; 2DJN A; 2LP0 A; 2XKP A; 4BEH A; 3ZMV A; 2NVX J; 4EJW A; 2M45 A; 2JSC A; 2MLK A; 2Z9O A; 1MGT A; 5GTH C; 4M71 A; 1U0J A; 2R7Q A; 1I27 A; 4LB6 B; 2HYJ A; 2HPM A; 4AYB N; 1QVU A; 3GCM A; 2HOT A; 1R1T A; 1S7E A; 2Y0S N; 2XF7 A; 2L3D A; 4RAZ A; 3DLL F; 3GME A; 1FOK A; 4NUB A; 2QEX I; 5K1Y A; 2ESH A; 2VOO A; 4I0A A; 1BC8 C; 1KQ9 A; 2QCO A; 5DYM A; 1R4M B; 2YR2 A; 4L9T A; 3EQL F; 3W6J B; 3KEO A; 2JRM A; 3FXQ A; 3QWL A; 2EIN H; 3RPQ A; 3TO9 A; 2ZFU A; 1SVL A; 1J2X A; 5B1B H; 1HKS A; 1EKE A; 1L0O C; 4IRG A; 3RYP A; 2LKP A; 2HVS A; 5D6F A; 1ONV A; 2VOD A; 2L9R A; 4NHJ A; 1QQI A; 2BW3 B; 2Q2E B; 3KIO A; 1Q1V A; 1UZC A; 1FZP B; 3HSR A; 4A6D A; 2D5V A; 1XS9 A; 1ZQ3 P; 2D1V A; 3P7N A; 3S1R J; 3FDY A; 3CD6 I; 1JKR C; 4J19 A; 4ZH4 F; 4E7K A; 2ZXI A; 3BZC A; 1OCR H; 2OZ6 A; 2QZ8 A; 4ZTF A; 2PJR B; 2MA3 A; 1D0Y A; 4KN7 X; 1OIS A; 4BYY A; 5KAF C; 3MKY B; 2M4G A; 2WY8 Q; 3HG9 A; 2BY0 A; 2EA2 A; 2HS5 A; 3MMY B; 3SHF A; 4MTE A; 4IQJ A; 3H0G J; 3CF2 A; 4IHV A; 2HGC A; 3RDI A; 3EUA A; 4ZC3 A; 2BHZ A; 5E3O A; 3BTL A; 2B63 J; 1OPC A; 2R0Q C; 1AU7 A; 3QOE A; 1K4S A; 3J7A O; 2EV6 A; 4XNF A; 1E2X A; 2ZCW A; 2QLZ A; 2DTR A; 2VOP A; 5ICE A; 1ZR4 A; 1TLH B; 2KIQ A; 4F7Z A; 2H1L A; 2NVQ J; 1VQ4 I; 4DYQ A; 2LLK A; 1TBX A; 1IRZ A; 2IBD A; 4XRM A; 2BVM A; 2DYS H; 3CUO A; 3CME I; 1W5T A; 3N4M A; 1WJE A; 4FET A; 3ZQ7 A; 2F48 A; 3ZN1 A; 1T56 A; 3FK7 A; 3JW4 A; 4B09 A; 2CQK A; 2ICW G; 3W2V A; 1V5G A; 3E7L A; 5K7F A; 1WZ2 A; 3FKJ A; 1BI2 A; 5D5U B; 2R5Z B; 5DD4 A; 2RGV A; 5EG0 A; 2E7X A; 4WXC A; 2F5F A; 4K2E A; 4U88 A; 1QGP A; 1XGN A; 5FKK A; 3S1Q J; 2E5N A; 1XCV A; 1JXS A; 5IT9 K; 3HRU A; 1W7P A; 2QSG X; 3CC4 I; 2V1X A; 4JP0 A; 3TP3 A; 1P7J A; 1W7P D; 2WAE A; 2VPL A; 2AXL A; 2DT6 A; 5HNH A; 2ME6 A; 2WC2 A; 1BW6 A; 3CO6 C; 2DPU A; 2O0Y A; 1DDN A; 1JHH A; 2Z5U A; 1OQY A; 5IT9 Z; 1SEU A; 4B3A A; 5IYC J; 3BC8 A; 2BY2 A; 1W36 C; 2MLG A; 1RR7 A; 5TJJ A; 3EUH A; 1RIO H; 1HSJ A; 1RKT A; 1USS A; 2R7F A; 4P1W A; 1OYW A; 3TQN A; 4EM2 A; 1H89 C; 5FO5 A; 3TBI A; 2XRO A; 5H2F C; 5B66 C; 2VBW A; 1N77 A; 3CMY A; 1BC7 C; 4A3C J; 3OL4 A; 4FE7 A; 2ADU A; 3BY6 A; 4P96 A; 4I99 C; 1VQ7 I; 2LNB A; 2CV0 A; 4H4K C; 4RB2 C; 4YFK F; 5HNF A; 2O5R A; 1UMQ A; 4JQF A; 3CES A; 3EET A; 4M3E A; 4RMN A; 3CDH A; 3K4M A; 5CQG A; 3A01 A; 2P8T A; 3SDB A; 3CJT B; 1CF7 A; 4QSH A; 2XB0 X; 4OMY A; 2R7O A; 4WCG A; 2HVR A; 2VBX A; 4HNV A; 3C2H A; 3DKY A; 2GZW A; 3LA7 A; 2XAG A; 2VQL A; 3K7A J; 3DFG A; 2ME0 A; 5CPR B; 5DV5 A; 4D7N A; 4E7Z A; 1W0U A; 3H1C A; 2EQR A; 4F91 B; 1DP3 A; 3LOC A; 2OAZ A; 3R61 A; 4UUS B; 4U7D A; 1JE8 A; 2EIJ H; 1R7J A; 2P7C B; 2R7S A; 3LSH A; 2HTS A; 3KYC B; 3ABU A; 2KDZ A; 2QSF X; 2EFW A; 1BI3 A; 3HOV J; 3G1L A; 2O61 A; 2CS3 A; 1IXR C; 3FMR A; 4XLC A; 1T8I A; 3PQK A; 3K4B A; 2BOL A; 2MSY A; 5H20 A; 4A3L J; 2COM A; 2ELJ A; 3M4O J; 2F2E A; 4Y52 J; 4B43 A; 2GAU A; 2VJI A; 2QBY A; 1D5Y A; 2K9L A; 5DM7 F; 3CCV I; 4E7H A; 4MGR A; 2WAQ A; 4HLX A; 4XM3 A; 1S72 I; 1YRN A; 2W57 A; 3HKZ A; 4ESJ A; 4C3I J; 2PMH A; 3ABL H; 4OIR F; 4XN3 A; 4XRF A; 3J7A Y; 3I3L A; 3S2D J; 4MFE A; 4J00 A; 1BR4 A; 2KIM A; 4XON A; 3SJM A; 1R6R A; 3L9F A; 2XAS A; 3VOE A; 4BAC A; 1LQ1 A; 2WA0 A; 3IH4 A; 4A3K J; 5FGM A; 2WB1 N; 1WJB A; 2X6X A; 3ZQQ A; 4BE2 A; 4BE0 A; 1ZR2 A; 1TZL A; 4IQ4 A; 3CLO A; 4S0H B; 4KIS A; 1ITY A; 4LLG F; 3OYG A; 4X1E A; 3W6K B; 5GAH J; 3CCE I; 1FBS A; 2GLO A; 1RZ4 A; 1XDS A; 5J4Y A; 2M34 A; 3HTU A; 2JMW A; 2KLO A; 5FLM J; 5HDG A; 3H0D A; 3R0A A; 2VKH A; 4M3D A; 4DBR A; 2Z33 A; 3HZJ A; 3KP3 A; 1YW7 A; 5CLS A; 2CYY A; 3LAP A; 4QPO A; 1KQ8 A; 3IWF A; 2XVC A; 1Y6I A; 2F5C A; 1ZK8 A; 3IL2 A; 3QQA A; 1ZG5 A; 4O6J A; 3R0J A; 2CSO A; 1O7L A; 1D5V A; 1J7K A; 2ZSI B; 2DK8 A; 1U8R A; 2CJJ A; 1O3S A; 5A2Q K; 2X85 A; 3WOD F; 4C3H J; 2BE5 F; 1A5J A; 2GOX B; 2TRT A; 1JT6 A; 3ML6 A; 1FC3 A; 3NWS A; 4II3 A; 3ZRG A; 1XPX A; 4BXX J; 5LHI A; 3JR9 A; 1U9O A; 2ISY A; 3LNQ A; 4G6T B; 3CMM A; 1CQT A; 1P4X A; 3GEZ A; 4XOT A; 4B8X A; 5CKT A; 3HPG A; 4ON0 A; 3PO2 J; 5A2Q Z; 1FIA A; 2XRN A; 3OR1 C; 4CCJ A; 1HQC A; 3FXR A; 1R1U A; 3CZ6 A; 5L3G A; 3S15 J; 2V9K A; 5EDN A; 1IN8 A; 1G3T A; 2K3F A; 5FRN A; 1V5E A; 3JRD A; 1UG0 A; 1K6Y A; 2LH9 A; 3DTE A; 3U9G A; 1MNM C; 4BXU A; 3G1M A; 1YJN I; 4PJN A; 4AIK A; 1MSE C; 2R7Z J; 2JVH A; 2JVG A; 1KYW A; 2WAD A; 4FE4 A; 4RDU A; 2R5Y B; 2M8G X; 2G7U A; 4D1Q A; 2WAF A; 5CVJ A; 1YHQ I; 1YIT I; 1K61 A; 1OCO H; 3K70 D; 2P5K A; 2STT A; 3CLQ A; 4IHS A; 2WWY A; 4BE1 A; 4N4N B; 2Y9Y A; 3JRA A; 4BU2 A; 1SFO J; 2LKS A; 3MN2 A; 3DTI A; 4M9X A; 5D5X B; 1W0T A; 3TO6 A; 5LGT A; 3F8N A; 2HOA A; 4L5I A; 5F6F A; 1Y0N A; 5GTI C; 1G6N A; 2JSP A; 2M1B A; 2IPQ X; 3SZP A; 4LIT A; 1QNT A; 1DGW Y; 5H6Q A; 5AON A; 1IN5 A; 1TC3 C; 3HXL A; 1OJL A; 3ABT A; 2W25 A; 1T08 B; 4A3J J; 5ERI A; 4BUP A; 2XGX A; 2BGC A; 1H88 C; 3L1P A; 3RYR A; 2K40 A; 3G3Z A; 3ELK A; 3CTA A; 4Y4R A; 2OCC H; 5E79 C; 1IC8 A; 1NHA A; 1X1P A; 1I6X A; 2I10 A; 2GOM A; 5IY5 H; 4DIQ A; 3CCS I; 2R92 J; 3B02 A; 4CZZ A; 2RV8 A; 3BDD A; 3DKX A; 3WTT C; 4II2 A; 4R8H A; 1K79 A; 5GAD J; 2OQR A; 2E19 A; 2OA4 A; 3KZI C; 1B72 B; 1Z91 A; 2BBY A; 4YEL A; 4Y15 A; 2W84 A; 1MDM A; 3EYI A; 2K86 A; 2G0E A; 1MMS A; 2ZME B; 1UB9 A; 1U5T B; 4YG2 F; 2X0L A; 3IC7 A; 1MKM A; 1PYV A; 3F6V A; 5IP6 A; 3T8R A; 1KU3 A; 4I02 A; 2DA1 A; 4AUX A; 1FP2 A; 1TQM A; 1RES A; 1UCR A; 5LBQ A; 3H5A A; 5E8G A; 2IJL A; 3DPT A; 2PI0 A; 2JTV A; 3WU0 A; 4A3M J; 1SVO A; 1O4X A; 6PAX A; 3OIO A; 3QRF F; 3EYY A; 4BQN A; 5DM6 F; 1FT9 A; 5B3S H; 3F8M A; 2F4M B; 1WCM J; 5JHU A; 1LB2 A; 5FLX K; 2HKO A; 3IKT A; 1FMV A; 5HLG A; 4BQO A; 4P9F A; 2DU9 A; 1LPQ A; 1ENH A; 3OYM A; 1QO0 D; 3E5Q A; 3VFZ A; 4KA4 A; 1ULY A; 1U78 A; 4AYB A; 1LE8 A; 2VXZ A; 3K4C A; 2KP6 A; 4CCL A; 3NAU A; 2TCT A; 2Y0S A; 1GUU A; 3KP5 A; 4HZF A; 5L3C A; 5FLX Z; 1KZH A; 4JYK A; 1T6S A; 4FX4 A; 3SYT A; 4PSX A; 4G6D A; 4UXN A; 3S3M A; 1QZE A; 3GO5 A; 5EGO B; 2O9L A; 4PDK A; 2P5L C; 1MZB A; 1H9G A; 2HDD A; 1BA5 A; 4L5E A; 2FQ3 A; 2NVU B; 4HF2 A; 4EEF G; 4XKW A; 2FNP A; 2X1C A; 4R79 A; 4BQA A; 1UG2 A; 4L0Z B; 1YFH A; 1REP C; 4O5V A; 3CCQ I; 3JRE A; 1XSD A; 1SVM A; 3KP2 A; 3AG3 H; 2KRC A; 2FA5 A; 3P5J A; 1MBK A; 1PUE E; 2FF4 A; 1FLI A; 4XLN F; 1MH4 A; 1E0E A; 4Q4Z F; 2O8K A; 4YFX F; 2EZL A; 4XN0 A; 2CQX A; 1I3Q J; 2H8R A; 1VF9 A; 3L09 A; 4E70 A; 1ZN2 A; 2LD5 A; 2QYO A; 3D1N I; 1ORK A; 1K78 B; 2CW7 A; 2V1U A; 2LVS A; 3K70 C; 3S1N J; 4HAM A; 2QQ8 A; 1VQ5 I; 1BIA A; 3IRQ A; 1V55 H; 2ZXJ A; 1XCB A; 2XSD C; 4UVA A; 1YIO A; 4C2M J; 2ZME C; 3I64 A; 2ECC A; 1OMI A; 2P6T A; 2DPD A; 1X58 A; 4UB6 C; 1IDY A; 2RRE A; 1D0X A; 4RBO A; 3N97 A; 3ECH A; 3I55 I; 5HOO A; 3ECO A; 4HX7 A; 2QA4 I; 1STZ A; 1YYV A; 3TW7 A; 2IS4 A; 2WV1 A; 1O3Q A; 3COA C; 1B9M A; 2R7X A; 2BEO A; 3GTQ J; 4HST A; 4KUM A; 2VC0 A; 3H35 A; 2L7K A; 4NQW A; 1J5Y A; 4MLO A; 2HKX A; 1WJ5 A; 3LA2 A; 4BXF A; 2F4O B; 2DBB A; 3V8K A; 5DCM A; 3ZQL A; 5HLH A; 1A35 A; 1HDD C; 1E3O C; 4I98 B; 3U21 A; 5ICG A; 3BT9 A; 4GRI A; 2GWR A; 1AWC A; 2P6S A; 2YSR A; 3GTP J; 2VQH A; 4AVP A; 5BS6 A; 1SFU A; 1B8I B; 4JX6 A; 3GBG A; 4LK0 F; 2NNY A; 3BJA A; 1I5Z A; 1DGR M; 3LFK A; 5BNG A; 2EFO A; 1A36 A; 3PQJ A; 4JK1 X; 3TKY A; 2A69 F; 4A3F J; 3VYS B; 1ZG3 A; 3MAJ A; 2V7F A; 3PNV A; 2L2O A; 2CFO A; 4QWQ A; 4CGZ A; 4PFO A; 4WXD A; 2DFH A; 1R5G A; 2LRE A; 2VJ5 A; 3IHU A; 3LSR A; 1HCR A; 3LFU A; 2XDV A; 2YS9 A; 4U0V A; 5FFZ A; 1S8N A; 3KLN A; 2EIL H; 2E2I J; 3JSO A; 2ZFW A; 3BR5 A; 4A3E J; 3KP4 A; 5DD8 A; 1X3U A; 1IUY A; 3BPX A; 3I0T A; 2K9S A; 1MBH A; 2JA8 J; 2X4H A; 1R49 A; 4M6V A; 2ZJR F; 1SD6 A; 1JHF A; 2QUF A; 3FIW A; 3OS1 A; 1VQM I; 1LKX A; 2OPT A; 2XF6 A; 3QPH A; 3OL3 A; 3VYU B; 2R7R A; 1HKT A; 4HDU A; 2V1D A; 2M9H A; 1F43 A; 3V8J A; 1WRJ A; 1X3W B; 2X1D A; 1E3P A; 1GVJ A; 2OTL I; 2QWW A; 2VJJ A; 2EV0 A; 3VYT B; 1BI0 A; 2HDC A; 2VB6 A; 3IKV A; 3GXO A; 4HLY A; 3W2A A; 3MZH A; 1KU2 A; 5IYD J; 1B59 A; 4M6Y A; 3OYF A; 1YIJ I; 1I6H J; 3CUQ B; 3DWL E; 4ZYA A; 5TRD A; 2L9V A; 4XLF A; 5HOD A; 5KNL A; 3ABK H; 4CO8 A; 1GT0 C; 2XPU A; 4XLH A; 1TW3 A; 4PGG A; 4CH7 A; 1VTN C; 2EZH A; 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