The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
21
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sequence length |
59
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structure length |
59
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Chain Sequence |
GAMEAEKEFITMLKENQVDSTWSFSRIISELGTRDPRYWMVDDDPLWKKEMFEKYLSNR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The structure of Prp40 FF1 domain and its interaction with the crn-TPR1 motif of Clf1 gives a new insight into the binding mode of FF domains.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Structural protein
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| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
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| molecule keywords |
Pre-mRNA processing protein PRP40
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| total genus |
21
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| structure length |
59
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| sequence length |
59
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-10-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01846 | FF | FF domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | FF domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1UZC A; 2E71 A; 2CQN A; 2K85 A; 4FQG A; 2LKS A; 2DOD A; 2KFD A; 2DOF A; 2KZG A; 2KIQ A; 2L9V A; 2B7E A; 2JUC A; 2KIS A; 2DOE A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2W84 A; 2HKX A; 3SZT A; 4QWQ A; 3TP0 A; 5FRN A; 1WH7 A; 3LA3 A; 2P5K A; 1DQU A; 2B7E A; 3QPH A; 2IP2 A; 2ZNY A; 3ZXS A; 4M6V A; 2VBW A; 3BWG A; 5FLX K; 3M1E A; 4OIR F; 4C2U A; 1QVT A; 2HYF A; 2W7N A; 5D5U B; 3FWE A; 1V3F A; 1G8X A; 4I7H A; 2DA6 A; 3ZRG A; 1U5T B; 5DS9 A; 1ZRC A; 1JT0 A; 4LIT A; 4YIR X; 1JKO C; 3HRM A; 5KVR A; 4N9H A; 2A68 F; 4BJ5 C; 2HQR A; 1K78 A; 2M9H A; 2LD5 A; 1WVR A; 5M3M J; 1IN4 A; 2UUZ A; 1ZRD A; 4H4K C; 3OR2 C; 2LBF A; 4CCK A; 2NVX J; 3BZC A; 2CUZ A; 3D5R C; 3G3Z A; 3FMR A; 2DA7 A; 3BQY A; 4E7L A; 1JKP C; 3IAM 2; 4LK1 F; 2LH9 A; 3ZQL A; 1POG A; 2I10 A; 2VOO A; 4EAT A; 2M1B A; 3H9J A; 3KEO A; 3HOX J; 2CGP A; 1K6O A; 4KIS A; 3AG1 H; 2M0M A; 1XDU A; 2HXO A; 3WHC A; 2HOE A; 1WJB A; 4B48 A; 2YSR A; 1GVJ A; 2XAS A; 4XLC A; 3AG4 H; 3JRA A; 1HW2 A; 1BA5 A; 1X2N A; 2MC4 A; 3KP3 A; 3BQZ A; 4M9S A; 4NNJ A; 3WTT C; 1W5S A; 3EUA A; 2CWE A; 2JA2 A; 2JRT A; 2VXD A; 3E0J B; 1I1G A; 2ZSI B; 3FZV A; 2E7W A; 1DUX C; 4IHT A; 1CQT A; 2ISZ A; 1OCZ H; 4UUV A; 2JA8 J; 1LDK B; 3CME I; 4KMF A; 2Q0O A; 1Z6R A; 4JX4 A; 1OR7 A; 4AYB N; 1D1C A; 1ON2 A; 4NC7 A; 4YFK F; 1XSD A; 1ETX A; 3MD2 A; 1BL0 A; 1Y0U A; 3K4N A; 2VJJ A; 4KN4 X; 5HLG A; 3WTW C; 1SEU A; 1Z6T A; 5L3D A; 2V6C A; 3O2P E; 3JRC A; 2N8G A; 1E3P A; 1J09 A; 2LLK A; 1S6L A; 3RPQ A; 3J81 K; 2CV2 A; 1IN8 A; 5H2F C; 4CYC B; 3CCV I; 2WY7 Q; 5ILU A; 1SAN A; 5H6Q A; 1MH3 A; 2RDP A; 2HZD A; 4TV7 A; 4P9U A; 1MNE A; 3ZOB A; 3LSK A; 2ME0 A; 1J9I A; 5E8I A; 5FKM A; 5KAF C; 4MEX F; 2V1D A; 2P5L C; 3W6V A; 3CMM A; 4IXA A; 3SFZ A; 1TNT A; 1K4S A; 3HEF A; 3OYN A; 4HX4 A; 3BR5 A; 2V4J C; 2O0Y A; 2JZY A; 1LQ1 A; 4L5J A; 3KP2 A; 2R7D A; 3FXR A; 4P9F A; 4R1H A; 4A12 A; 4UVC A; 2E36 A; 2GXA A; 1ODD A; 2IS4 A; 3DEE A; 4PJL A; 2TCT A; 3KIO A; 1VFC A; 5J1U A; 1UB9 A; 3JRG A; 3MFK A; 2XSJ C; 2K4B A; 5FLV A; 2LR8 A; 5IPA A; 1Y8Q B; 3H36 A; 3WTU C; 1OCT C; 3L7W A; 1MBJ A; 3CMA I; 4QIW N; 1VQK I; 1TT5 B; 3LMM A; 2L7M P; 1W5C C; 3J7Z I; 2CQK A; 2FMY A; 3K0L A; 4HAM A; 2X85 A; 2DOA A; 4BXX J; 3WG7 H; 2OAZ A; 3S14 J; 1JJ8 C; 1F36 A; 3EUH C; 1Y56 A; 5BNG A; 3QPT A; 2P81 A; 3KP5 A; 4KYW A; 3KPH A; 2HTJ A; 2M0C A; 3FKI J; 3I5U A; 1PVE A; 2MH9 A; 1MD0 A; 3Q3S A; 2A6T A; 4A0X A; 2RAE A; 1MKM A; 5TIS C; 3L2V A; 2B0L A; 2R7R A; 2LNB A; 2FF4 A; 3EDP A; 1MDM A; 1LPQ A; 3LFK A; 4DBQ A; 5IP7 J; 3AL0 B; 3K7A J; 1JI8 A; 3W3C A; 2LVS A; 4XM3 A; 1R1V A; 2R0Q C; 2FE3 A; 1PUF B; 2LF7 A; 3PL8 A; 2K9M A; 1X58 A; 2L9R A; 3COA C; 1GXP A; 4U0W A; 1NHA A; 3NEU A; 2HKO A; 4D5F A; 5LRS A; 4Y15 A; 3IKV A; 1JE8 A; 2BHZ A; 2FXA A; 4XN3 A; 3ZMZ A; 3RZD J; 2K7L A; 2AQE A; 3ZMT A; 2E5N A; 4GXO A; 1OYW A; 2BBY A; 3CQZ J; 2JUG A; 3CP8 A; 3ZQQ A; 4F7Z A; 1V4R A; 1T39 A; 3GZ6 A; 4M9Z A; 1YRN A; 3P5J A; 1AKH B; 2BHY A; 1MNM C; 1GLN A; 4FX0 A; 1FJL A; 2JPB A; 3GTL J; 4Y33 A; 1VQ9 I; 3K70 D; 3ZN0 A; 1B4A A; 3H5A A; 3K70 C; 2ESN A; 3M8E A; 4YEJ A; 3R61 A; 5CVJ A; 2EZK A; 1SD7 A; 5GAD J; 1IN5 A; 2HYJ A; 3OOP A; 5ICE A; 1T95 A; 1BN5 A; 3HOW J; 1UMQ A; 2QQ9 A; 3AFH A; 2DBB A; 2OTJ I; 2PN6 A; 1DGW Y; 1YE9 A; 5DV5 A; 3ZMU A; 3GTM J; 3JTH A; 3OV8 A; 3A0H C; 2GA1 A; 5J47 A; 2KZG A; 3BTJ A; 2P8T A; 3A1Y A; 2QVO A; 3FXL A; 3AKZ A; 3V8K A; 2JTV A; 2K86 A; 1VQ4 I; 3CJQ B; 4RB2 C; 1I50 J; 4GDF A; 4HF1 A; 4OOI A; 3BG5 A; 4JX5 A; 2UWM A; 2Y48 A; 3HM5 A; 3OYC A; 2JVG A; 4IJA A; 1LNW A; 2FBH A; 1EJ9 A; 3X2Q H; 2HEO A; 1DP3 A; 4XLE A; 1YI2 I; 3S16 J; 2H1L A; 2Q8K A; 2EK5 A; 4CCJ A; 4UY8 I; 2Z5U A; 1ERD A; 3BG3 A; 1FPQ A; 2BVM A; 2XVC A; 5D8L B; 5LRR A; 4NC8 A; 1FX7 A; 3BDD A; 2CV0 A; 4G8X A; 4DQ2 A; 3G1O A; 3OYD A; 2O3F A; 1HBX G; 5B3S H; 3L9F A; 1ZK8 A; 2L7Z A; 3REO A; 3MQ0 A; 3OSF A; 2QWW A; 3BRO A; 4ZYH A; 1YJ9 I; 2VC0 A; 2R7Z J; 4CHU A; 5LGU A; 3H3V K; 4HX8 A; 1JHH A; 2J5P A; 2L54 A; 4YIF A; 4J19 A; 3LAJ A; 2IPQ X; 3TP3 A; 3WTV C; 4G12 A; 3HJE A; 3NAR A; 4A3F J; 2HQN A; 2WY8 Q; 4KT5 C; 3ZQF A; 5BQT A; 2CW0 F; 2H94 A; 3A0B C; 1SD6 A; 2XF6 A; 4XKC A; 2BY1 A; 3CJT B; 1VQ5 I; 3S1R J; 3EET A; 2ZFU A; 3HOT A; 2IRF G; 4YII A; 2PMU A; 3NRV A; 4S05 A; 3L2Q A; 2JUC A; 3G6E I; 4CUG A; 2X48 A; 3CCY A; 2HVQ A; 2V79 A; 2BEO A; 3HC7 A; 4FE7 A; 5L3C A; 2A5Y B; 1TT0 A; 2H1K A; 1I3A A; 4LMY A; 4L18 B; 3RKQ A; 4HNT A; 3VPR A; 2AXL A; 3M3Y J; 2ZJR F; 4F93 B; 4D7N A; 4XBF A; 3B02 A; 5IYB J; 4O6J A; 1S7E A; 1W5T A; 4EV0 A; 5LD2 C; 2DFE A; 5C4J J; 1NH3 A; 2WV1 A; 2RN7 A; 3ZQH A; 4DW6 A; 1YJN I; 2V1U A; 2DTR A; 1O4X A; 3CC7 I; 1R23 A; 2EFQ A; 5CJ9 A; 1FMV A; 4G7O F; 4RB1 A; 3MKZ A; 1S9H A; 5FB2 A; 3M07 A; 3GTJ J; 3BCB A; 2Z16 A; 3DPU A; 4ENM A; 3MWM A; 4L9V A; 2EFO A; 2WB1 A; 2I5U A; 1FIA A; 1XB4 A; 4KIB A; 1P2F A; 5K7Z A; 2HVS A; 1R5H A; 4UUS A; 2E2I J; 2E60 A; 2DK5 A; 2DMQ A; 4X1E A; 2NVY J; 3FM5 A; 3K1N A; 1HKT A; 2F5E A; 3V4G A; 5IYD J; 3I9V 2; 4L0Y B; 3ZGK A; 2P7C B; 4ITV A; 1BIA A; 1B9M A; 2FU4 A; 4NC6 A; 3QPS A; 3C2B A; 2V9V A; 4GFB A; 5FD5 A; 1SFK A; 2M4G A; 3OIP A; 9ANT A; 4P55 A; 2RC4 A; 4DGW B; 5F0H A; 2XC7 A; 1Z0X A; 3HTS B; 4I76 A; 4V2F A; 1AKH A; 4XOR A; 4CCL A; 1H88 C; 3A2K A; 1BR1 A; 3FXQ A; 3F72 A; 2ZNZ A; 3EUK L; 3MAJ A; 3G1L A; 2QZ8 A; 1X3U A; 4ON0 A; 1KQ9 A; 3F6O A; 3HUG A; 2IGO A; 5FFX A; 3I64 A; 2ELK A; 3H1C A; 1V5G A; 1X1C A; 4AIH A; 3CZ6 A; 3A01 B; 4G6D A; 4LGW A; 1LE8 A; 4M6Y A; 2XB5 A; 4MQV A; 4R8H A; 4DZP A; 5HVQ C; 3Q9V A; 1DP7 P; 1TWF J; 1OKR A; 1W0T A; 1GXQ A; 4BBS J; 1MMN A; 5DD4 A; 2YU3 A; 2ZO4 A; 3RDI A; 1ACI A; 1RUO A; 2EH3 A; 2W82 A; 2VOP A; 3BY6 A; 1IC8 A; 4NQW A; 4P5O A; 3CUO A; 5DD8 A; 1JXS A; 2ZME C; 1O7L A; 2DLL A; 3G4S I; 2L0K A; 3U2R A; 3K4B A; 2EBI A; 4BE1 A; 2VOD A; 1A6Q A; 2NXN B; 3V8J A; 5J6X A; 3C18 A; 2MD5 A; 5F1R A; 2Y0M A; 3V7S A; 2BV6 A; 1FYK A; 2G0E A; 2EFP A; 4NDL A; 4AVP A; 3C2G A; 3B6A A; 2W24 A; 4FE4 A; 2Z3Y A; 2K9L A; 5DM7 F; 4E7I A; 3I71 A; 3P7N A; 1ZG1 A; 3HOY J; 4ASN A; 3DTK A; 1CGP A; 4XRM A; 2I8D A; 4IHW A; 1HC8 A; 4BS9 A; 1ZEL A; 3A02 A; 3HKZ A; 1RKT A; 4OAY A; 3RIR A; 2DA3 A; 3HRT A; 2Y69 H; 4B3X A; 2ZB9 A; 2LRE A; 1VQ8 I; 1SAX A; 3SFI A; 5FGM A; 3MCZ A; 1I6H J; 3OYF A; 3HDD A; 2PJR A; 3V8L A; 1IGN A; 2JSC A; 2L9N A; 5HS9 A; 1JKQ C; 2OQR A; 1OCP A; 1XC5 A; 2CO5 A; 2VXZ A; 2BVL A; 2XRN A; 4HG2 A; 5KK1 A; 1JGS A; 1R4N B; 3GO5 A; 2G7U A; 4L0Z B; 2W1O A; 1QA6 A; 1WKM A; 2F5V A; 2Z2S B; 4BBR J; 4A3J J; 2O7O A; 2VQH A; 3FF5 A; 4XSX F; 3BJA A; 3M4O J; 1EF4 A; 2KQR A; 4L9T A; 3A4C A; 2M4K A; 3NWS A; 1SFX A; 3L09 A; 2DDA A; 2CUE A; 4CZZ A; 5J4V A; 4IRH A; 2KIM A; 3SZP A; 3PSF A; 2M2E A; 2HZT A; 2PBI A; 4W97 A; 4MEY F; 2DA4 A; 3DKY A; 1ETQ A; 2GZW A; 3F8M A; 1CF7 A; 2A05 A; 2VL8 A; 3T5X A; 1P9Q C; 1FIP A; 5CQG A; 2XRO A; 2O61 A; 2XGC A; 3UNG C; 4M3F A; 3KLN A; 3OYK A; 3IAS 2; 2XAF A; 1FNN A; 1Z3Y A; 2ZME B; 3OYH A; 3D1N I; 1ITY A; 4V19 K; 2IS1 A; 3GBG A; 2RKH A; 2YX4 A; 4YFN F; 3GME A; 3E7L A; 1STZ A; 2CJJ A; 3G1M A; 5IY5 H; 5J3L A; 4A69 C; 3F0C A; 2B63 J; 1B6A A; 2L01 A; 2DT6 A; 4D9J A; 4KFC A; 1W7P A; 2R7S A; 4MFD A; 3EYI A; 4N0B A; 3MZH A; 1HCR A; 1B1B A; 4MO7 A; 3CCJ I; 3BTL A; 2W25 A; 3SQN A; 4ETS A; 3C1D A; 1YW7 A; 5HLI A; 1FP2 A; 2GQQ A; 3DLL F; 1RKW A; 3K1P A; 2AO9 A; 1UST A; 3HSF A; 1W36 C; 1FTZ A; 1NTC A; 3JRD A; 3HPG A; 2K4J A; 4G7H F; 2CUJ A; 3ISP A; 3VDX A; 5LFA A; 1X1P A; 2EIK H; 4PCQ A; 4E70 A; 2A3S A; 2MG4 A; 4ESB A; 2O8K A; 1UJ8 A; 3GLL A; 2QGU A; 2UZK A; 3OSG A; 2Y75 A; 2VPL A; 2R3S A; 5D6E A; 1YW8 A; 2FQ4 A; 4XK4 A; 1QRY A; 4WXH A; 2RV8 A; 2BY0 A; 4A3L J; 4LOC A; 4LG0 B; 4XR6 A; 5DYM A; 1WI9 A; 2R4G A; 4RAZ A; 1WJD A; 5J8F A; 2GAU A; 2COM A; 4RGS A; 2TDX A; 2L7K A; 1GVD A; 1BI0 A; 2ZC2 A; 3E6B A; 3P9I A; 1QO0 D; 3S2H J; 3KP7 A; 3QP6 A; 1ZKG A; 4RA2 A; 4BKX A; 3L2U A; 2CQX A; 3BG9 A; 4A2U A; 5FKL A; 1T08 B; 2WAQ N; 3LWF A; 3OYE A; 1HDD C; 3GFL A; 3HOZ J; 3K4L A; 3FHZ A; 4RGX A; 4RMN A; 2WTE A; 4PFO A; 3E5Q A; 2K5C A; 2PJP A; 1QGP A; 1RNL A; 3BR0 A; 2GIV A; 3FKJ A; 1SC7 A; 3OS1 A; 1O3R A; 3CES A; 1HKS A; 3I56 I; 3PO2 J; 1GV2 A; 2WAF A; 3HL2 A; 2EIJ H; 3DEU A; 5DUK A; 2FNA A; 2ME6 A; 4A5M A; 5JHF A; 2DI3 A; 2Z99 A; 1PDN C; 4RM2 A; 1V55 H; 4F3Q A; 2VBZ A; 2QM3 A; 1OQY A; 4E7J A; 3CCU I; 4OIQ F; 1LUJ B; 1SMT A; 1N25 A; 2F6C A; 1D0X A; 2E5Z A; 1FP1 D; 2FQ3 A; 1UHW A; 1JUS A; 2R7U A; 3CCM I; 4RLF A; 3I58 A; 3TQN A; 1ZH5 A; 1I3Q J; 2HPI A; 2OUM A; 3H9Q A; 3LSM A; 3MEX A; 5FJ8 J; 2NYX A; 4E7H A; 4G9Y A; 3F23 A; 3JRE A; 2E7X A; 3FK6 A; 1OLT A; 5K1Y A; 2DO7 A; 2OBP A; 2ELJ A; 4JK1 X; 4GCV A; 4IKF A; 2ZSH B; 3RSN A; 4Q4Z F; 2LTP A; 4Y17 A; 2CFO A; 1O3T A; 5ICG A; 4AUX A; 4EJO A; 2WC2 A; 1BC8 C; 1SFE A; 1TTY A; 3GFI A; 3ZN1 A; 4W1U A; 2VIX A; 3SHF A; 2OA4 A; 3QYF A; 1QZY A; 2OZU A; 2XAU A; 2CRG A; 2ZJQ F; 3E5X A; 4ZDP A; 2QUF A; 3QOE A; 5HOD A; 1D8K A; 4L5I A; 2HGC A; 2HQ5 A; 1LFU P; 5E79 C; 2JA5 J; 3Q9S A; 2R5Y B; 2IS6 A; 1R7J A; 1O3Q A; 1S7O A; 2XUB A; 4CO8 A; 5FLX Z; 5BPI A; 1DPR A; 4XNF A; 2DA2 A; 3F9K A; 1X1D A; 3HGG A; 1A5J A; 3TDZ C; 1IZ1 A; 4ZYE A; 2V1N A; 4RGR A; 2CQ7 A; 2LY9 A; 2K9S A; 1OMI A; 1IRG A; 4EGY A; 3DTI A; 5J4Y A; 4E7K A; 2MGQ A; 1XCV A; 1Q1V A; 4IL6 C; 5CVU A; 1R71 A; 1HST A; 2KJC A; 4JBA A; 3KET A; 2RRE A; 2A6H F; 3U1D A; 5EGO B; 3SEQ A; 3DBL B; 4PSX A; 2L2O A; 4OWR B; 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