The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
60
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structure length |
60
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Chain Sequence |
MKRQKRDRLERAQSQGYKAGLNGRSQEACPYQQVDARSYWLGGWRDARDEKQSGLYKLEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution NMR Structure of Ribosome Modulation Factor VP1593 from Vibrio parahaemolyticus.
rcsb |
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| source organism |
Vibrio parahaemolyticus
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| molecule keywords |
Ribosome modulation factor
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| total genus |
13
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| structure length |
60
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| sequence length |
60
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-06-27 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04957 | RMF | Ribosome modulation factor |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | ribosome modulation factor like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2JRM A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2WAE A; 3FBN B; 4RBO A; 4E7I A; 1MBE A; 2V1U A; 2IBD A; 3ABT A; 3HIF A; 1MJA A; 2FNP A; 3K1M A; 3JRH A; 2HZT A; 1N25 A; 3F72 A; 2EFO A; 5FRO A; 1TBX A; 1LVK A; 1BW6 A; 2DN0 A; 3ZMZ A; 4ZTF A; 4KYW A; 4BXU A; 4I01 A; 3JR9 A; 3F8M A; 1VQ5 I; 1MNM C; 4RB3 C; 3QPL A; 1Y1W J; 1U8R A; 4DYR A; 1RKT A; 1ZK8 A; 2DTZ A; 1JTX A; 5HNH A; 5HS7 A; 1O7L A; 2QQB A; 1K83 J; 3M9A A; 3EET A; 2QGU A; 4AWX B; 5IT9 Z; 2ESH A; 3ZPL A; 3ECH A; 2KRF A; 2Y0S N; 2JZY A; 2Y0M A; 3F6V A; 5D5U B; 1IUY A; 2HWV A; 4D7M A; 4PGG A; 1UB9 A; 3F9K A; 2GM4 A; 2ZCW A; 2KIF A; 5F64 A; 1LJ9 A; 3PO2 J; 2FD5 A; 5TGT A; 3L7W A; 2HR3 A; 3HKZ A; 3AFH A; 2Y48 A; 4AVZ A; 4HAM A; 2IVM A; 1ZQ3 P; 3CUQ C; 1IXR C; 2EFQ A; 3ZRG A; 3FXO A; 2M7B A; 4EGY A; 2LRD A; 1SAN A; 1ZGJ A; 1AHD P; 2GA1 A; 5AON A; 4L9T A; 2QLZ A; 4A0Y A; 1REP C; 3PNY A; 2AHQ A; 1IAW A; 1P4X A; 2DOD A; 3ZN1 A; 3P9K A; 4E6K G; 4OMY A; 1IN8 A; 2XGD A; 5KNL A; 4IKF A; 1JJ8 C; 3MCZ A; 4PUS A; 3C2H A; 4M9S A; 4DQ2 A; 3L2Q A; 1TW3 A; 1UG0 A; 2WA0 A; 2NS7 A; 4A3J J; 3MWM A; 4PSX A; 1Z7U A; 3MKZ A; 2YU3 A; 5CVJ A; 2YX7 A; 2HEO A; 3I71 A; 4HSR A; 1LNW A; 1YJN I; 2VJJ A; 4RS8 A; 5HS9 A; 4H4K C; 1RNL A; 5C3E J; 3T0Y A; 3S93 A; 3F8B A; 4P9U A; 3QPT A; 4HLX A; 5E3N A; 3BP8 A; 3DPT A; 4OU0 A; 2HS5 A; 5HLH A; 2ID6 A; 5M5X J; 5EG0 B; 3VEP A; 1YX5 A; 3R61 A; 1RIO H; 4XRF A; 1SFO J; 1LQ1 A; 2ELH A; 1TNS A; 1ETY A; 3FXQ A; 4RGR A; 5K5Q A; 2EIN H; 2JN6 A; 1AU7 A; 4LB5 A; 1EH7 A; 4D9J A; 2D1H A; 3QU3 A; 3L2R A; 1Z91 A; 2DK8 A; 2VT2 A; 3JRC A; 2JVH A; 2BY1 A; 3A0H C; 3WOD F; 4D1Q A; 5IP9 J; 4G12 A; 5KAI C; 1STZ A; 2FRH A; 1EJ9 A; 4N4N B; 5GP9 A; 3JRG A; 5A2Q Z; 5EG0 A; 1I5Z A; 3S2W A; 1FSH A; 2PMZ N; 2M45 A; 4GGG A; 4BHP A; 5M3M J; 2GQQ A; 3DBL B; 1R23 A; 4XBF A; 5EEA A; 5GPA A; 2IGM A; 2WY7 Q; 2CQN A; 3HHH A; 4ZJZ A; 1XTA A; 1QGP A; 3S3O A; 3M1E A; 2L9N A; 1BR1 A; 3ZGK A; 4DBR A; 1HF0 A; 2MGQ A; 1I3A A; 2DO7 A; 5J1U A; 2WC2 A; 3CC4 I; 1D8J A; 2BXY A; 2XAH A; 4GXO A; 1I39 A; 2V9K A; 3K4K A; 2RC4 A; 3R0A A; 3H1C A; 1EA3 A; 1U5T B; 1W5S A; 2XUB A; 3CUQ B; 1Z6R A; 3T1B A; 4HDV A; 1IXS B; 1N75 A; 1VQ4 I; 1QHG A; 3LA7 A; 5CVV A; 2DA3 A; 3LQQ A; 3CCR I; 1K7A A; 5ILV A; 3IHU A; 5J4Y A; 2GXA A; 1XGN A; 4PJJ A; 2L7K A; 3FF5 A; 1R5G A; 2FOW A; 3ABM H; 3L09 A; 2VE9 A; 1XSV A; 1SMY F; 2MYS A; 3DLA A; 1FOK A; 1HW1 A; 3QAH A; 4XN0 A; 2DFH A; 1VQ7 I; 5KAF C; 4DGW B; 3CMM A; 1NK2 P; 2PEX A; 3EYY A; 4LJZ F; 4F3Q A; 2ZJR F; 3C18 A; 2E1N A; 2JUC A; 5HDG A; 5J40 A; 3JAM K; 1U5T A; 3CUQ A; 4A3D J; 2DU9 A; 4PJM A; 4XK4 A; 4H0E A; 2F5E A; 5K7F A; 3GF2 A; 1LKX A; 5HLT A; 4B1R A; 4ZTJ A; 4PSW A; 1DUX C; 1OCP A; 2ID3 A; 2IA0 A; 4LIT A; 4Y15 A; 2M2E A; 4O5V A; 1GHC A; 2L4M A; 2LY1 A; 3OOP A; 1LEB A; 1FC3 A; 2K5C A; 5D6F A; 3LAJ A; 1TWH J; 2DTR A; 3WU2 C; 4IPA A; 3RCO A; 1FX7 A; 3ZQG A; 4II3 A; 1VND A; 1N77 A; 2VBZ A; 2K4B A; 3JRF A; 1U3E M; 2BE5 F; 3E1S A; 1QO0 D; 3WU0 A; 2AXT C; 3KP3 A; 3O3K A; 3I64 A; 2A68 F; 1ONV A; 1U9N A; 5TJJ A; 4BDY A; 3OSG A; 4E7S A; 3MKY B; 3K69 A; 4AC0 A; 3QU6 A; 3I59 B; 4AIJ A; 3FWE A; 3R4K A; 4BBR J; 1QNT A; 3O6B B; 1U78 A; 2D2W A; 3K7A J; 3OR1 C; 3J7A Y; 2YSR A; 4FIS A; 1YYV A; 4RAY A; 1D0Y A; 3K4N A; 4UUS B; 2TRT A; 3DXJ F; 1K4T A; 3TW6 A; 1F36 A; 1V3F A; 1TW2 A; 3H5N A; 4U7B A; 2VOD A; 3TED A; 2OQR A; 1OCR H; 3OYG A; 4EMS A; 3BPX A; 4GRI A; 3SEQ A; 1VQP I; 2HYG D; 3QRF F; 3DTK A; 4HRI A; 5JR3 A; 4WK8 F; 1GLN A; 5E1X A; 3HOY J; 3I59 A; 5F0H A; 2P0W A; 3GFM A; 2F2E A; 1XC5 A; 5IOY A; 3J7Z I; 2XF7 A; 3TP3 A; 3CME I; 1ZRF A; 2ZB9 A; 1HC8 A; 4N9H A; 4UUS A; 5HNF A; 2CW8 A; 4ZYH A; 5BQT A; 3HTU A; 3SFI A; 1NTC A; 1B1B A; 3HSF A; 1MJ9 A; 1ZHF A; 3E5U A; 1ZGW A; 2ZXH A; 1SEU A; 3GTG J; 2GAU A; 2Q1Z B; 1BI2 A; 3E6M A; 2QCO A; 2VKE A; 3OYA A; 2QKM B; 1F4K A; 4QTR A; 3QPS A; 5DCF A; 2R7F A; 2AO9 A; 1OCT C; 4RB1 A; 2FQ3 A; 4PCQ A; 2P81 A; 4DIQ A; 4BDZ A; 1QQI A; 1YW9 A; 2KL4 A; 3DU6 A; 2K4J A; 2KLO A; 2X9D A; 2O3F A; 3NRV A; 4L18 B; 2STT A; 4XKW A; 1EH6 A; 3BWG A; 3GZN B; 3CCE I; 4BJT A; 3HOT A; 2JA5 J; 3BJA A; 4UVB A; 2OV7 A; 3RYP A; 3OL3 A; 1OMI A; 4S05 A; 2IPQ X; 1NHA A; 3M8E A; 5FD6 A; 1V5G A; 2WB1 A; 4P96 A; 3TOA A; 4ESB A; 2NRA C; 1IRF A; 1FBU A; 3SYT A; 4R79 A; 5LEJ A; 3S3N A; 3X2Q H; 3BJO A; 2HDD A; 4X6A J; 2L2O A; 2RV8 A; 2CQ7 A; 3MD2 A; 2OTJ I; 4XLH A; 4X1E A; 4CCO A; 3E97 A; 3MZY A; 3J7Y J; 4CGZ A; 4MQ9 F; 4ON0 A; 2V9V A; 2O6G E; 2M34 A; 3CCS I; 2CFO A; 4KIF A; 4MIM A; 2WV0 A; 5CQG A; 4XLC A; 5E20 A; 1J75 A; 2V4J C; 3SZT A; 2JJ7 A; 4XM3 A; 5L3E A; 1FLI A; 2JVG A; 1P4A A; 1R4M B; 3BR6 A; 1UHW A; 2CS3 A; 4NC8 A; 1T0F C; 5B1B H; 3GCM A; 3LA3 A; 1ZG3 A; 4JX6 A; 3G73 A; 3VSL A; 3RZD J; 2W7N A; 2DBB A; 2XGX A; 1R71 A; 2NVU B; 4LMY A; 1HDP A; 1D5V A; 3AG4 H; 3GFL A; 2O5R A; 4G6D A; 2QM3 A; 1EF4 A; 2RAE A; 4MLO A; 3MQ0 A; 2ZSI B; 4BQA A; 1DDN A; 1FTT A; 4KA4 A; 4CCJ A; 3OWT A; 2V26 A; 2ZME C; 5D5W B; 1WGX A; 3KEY A; 3OSF A; 2Z33 A; 2P5L C; 5EGO B; 2EIM H; 1IGN A; 1MZB A; 5DV5 A; 4G9Y A; 4PJN A; 3LNQ A; 3KYL A; 2QBY B; 4Q48 A; 2LLK A; 1WI9 A; 2QVO A; 3WGG A; 4BAC A; 3U9G A; 5KHD A; 3D1N I; 3L00 A; 5JHF A; 3OYC A; 2NNY A; 3LWF A; 1LDD A; 1MMN A; 2LNB A; 3EUH C; 3GFJ A; 2FU4 A; 3QQA A; 1ERD A; 1QHH D; 2ZFU A; 3KE2 A; 2LRE A; 5BPI A; 4OAZ A; 4BJ6 C; 1IN6 A; 5EGO A; 1Z67 A; 2E34 A; 2CV1 A; 3W2A A; 2NOG A; 2QBY A; 2EZI A; 3S1M J; 2Q2E B; 2Z2S B; 2O0Y A; 3OYI A; 3GW2 A; 1MBJ A; 2LTP A; 4A0X A; 1GT0 C; 4ZDP A; 4IOC F; 1JJ6 C; 1ZG5 A; 2RKH A; 3FK7 A; 4CH7 A; 1YRN B; 1L0O C; 2X0L A; 4NNJ A; 3CDH A; 3QP5 A; 1X2N A; 4HLY A; 4EJW A; 1MSE C; 1T6S A; 4YEJ A; 1Z3X A; 3M4O J; 2V1D A; 5DS9 A; 4GCV A; 4HNU A; 2QQA A; 2CJJ A; 2HKO A; 3CCV I; 1IRG A; 1FTZ A; 3S15 J; 2X1E A; 2Q2E A; 1I27 A; 2CUZ A; 2DLL A; 2HZD A; 2VI6 A; 1LDJ A; 4A0Z A; 2PLY A; 3HGG A; 3WTW C; 3VDX A; 2E1C A; 2E5N A; 2R93 J; 2EZL A; 5BS6 A; 4S04 A; 1YRN A; 3DKY A; 1UG2 A; 4KIB A; 4QIW N; 1VQM I; 3PFY A; 1SC7 A; 4G6T B; 3V8K A; 3WTY C; 2CGP A; 1OLT A; 1JT6 A; 1I1S A; 1JTY A; 1R4N B; 4AM3 A; 1GXQ A; 3KYC B; 3HJE A; 2ZJP F; 2BEO A; 3LSP A; 1GXP A; 1JT0 A; 2HOE A; 4B4C A; 2HOA A; 4M3G A; 2EB7 A; 5TIS C; 1D1A A; 1XPX A; 3DF8 A; 3SEZ A; 2HPI A; 3LSH A; 2KRC A; 4XR6 A; 3A1Y A; 2IXS A; 2H1L A; 4A5N A; 5LFA A; 3SHF A; 3W2V A; 3K70 D; 2LF7 A; 2LH9 A; 4FTH A; 1ZAR A; 2Z1D A; 3CP2 A; 1R7J A; 3W6V A; 4HNV A; 4CXF A; 3H0D A; 4N0B A; 5CYV A; 3TO9 A; 4YIR X; 3ZMD A; 4HG2 A; 2CV0 A; 2L7Z A; 4BHC A; 1BR4 A; 1T0F A; 2WAQ N; 1LVA A; 2OUM A; 4B09 A; 4B47 A; 1FBS A; 1KYZ A; 2B0L A; 1R00 A; 4FE7 A; 1HDD C; 2OCC H; 2AXL A; 4GO1 A; 1R58 A; 3FHZ A; 1Z1D A; 2F5V A; 1TC3 C; 5HOO A; 2VOP A; 4AYB N; 1AA7 A; 3MMY B; 1ZN2 A; 1QA6 A; 2EJR A; 3KZY A; 5E8G A; 2HPM A; 1O3S A; 3PIP F; 2LDU A; 2IGN A; 3M1C A; 2PG4 A; 1R22 A; 3ZQH A; 3ASN H; 5ILS A; 1BI3 A; 5BOX A; 1MD0 A; 2Y9Z A; 3BG6 A; 4YRV A; 4LIU A; 2P4W A; 2VT3 A; 4DYC A; 3W6J B; 1WJE A; 3BRO A; 2JSC A; 1WRJ A; 3Q0W A; 4N9I A; 5J47 A; 4FCY A; 5EYR A; 1SVL A; 1Z21 A; 4UVC A; 1B8I B; 1I1G A; 3CC7 I; 3ERE D; 2KIS A; 1BW5 A; 1WJD A; 3EDP A; 5M3F J; 3EUH A; 3OIQ A; 1IF1 A; 1QBJ A; 1E0E A; 3CCL I; 5J1R A; 3BG3 A; 1D1B A; 2X48 A; 4MO7 A; 2IRF G; 1RRJ A; 2LG4 A; 4DZP A; 2M8G X; 1X1C A; 2DMN A; 2LOO A; 2O7O A; 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3DTI A; 1XN7 A; 4ASN A; 4BHB A; 3BR1 A; 3EUK L; 3I4N J; 4BY1 J; 4DOZ A; 3OS2 A; 4B3A A; 3B73 A; 2LFB A; 1FY7 A; 1SFU A; 3FXM A; 4IJA A; 1S7O A; 1UEL B; 4MNU A; 4AYB A; 1TWA J; 2DAO A; 5FRM A; 3VB2 A; 1W5C C; 3FXR A; 4NQW B; 2DK5 A; 2HFH A; 3HYI A; 5E8I A; 1YOV B; 1HA8 A; 3QOP A; 3BC8 A; 1WKM A; 3KP6 A; 3CLO A; 1VQ8 I; 1B9N A; 2DA2 A; 1XS9 A; 4XOT A; 2KQR A; 5E3M A; 4NC7 A; 1U0J A; 1T38 A; 3GME A; 1QZE A; 1PP8 F; 4A69 C; 3RKW A; 2XAG A; 4ZDO A; 2R7X A; 5DCM B; 4HOB A; 5HOD A; 4Y4R A; 1T56 A; 2FBH A; 5J4V A; 3OYH A; 1JKR C; 3IWF A; 5LD2 C; 3KP5 A; 4RDU A; 2OTL I; 4AIK A; 3OIO A; 4E7Z A; 5DD4 A; 5FLX Z; 3ERM A; 1BIB A; 4NQW A; 1Q1V A; 3VYS B; 1LPQ A; 4NHJ A; 4FX0 A; 2ETH A; 2KRH A; 4RLQ A; 5CVR A; 3ZQL A; 4J00 A; 4XRM A; 4R8H A; 2OQG A; 4ZYA A; 2A69 F; 1VF9 A; 2ZNY A; 3HRU A; 3OIP A; 5LGT A; 4HQE A; 2YX4 A; 4C2U A; 2CU7 A; 1XDU A; 2W1O A; 4XN3 A; 1W7P D; 3G1M A; 1JXS A; 4B43 A; 5DCM A; 3VSK A; 1U8B A; 4I98 B; 3AAF A; 2DQR A; 1J2X A; 1V5F A; 1MBH A; 4CIC A; 4TV7 A; 1FSE A; 3L2C A; 3KIO A; 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