The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
|
sequence length |
49
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structure length |
49
|
Chain Sequence |
WNTKEEAKQAFKEALKEKRVPSNASWEQAMKMIINDPRYSALAKLSEKK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Nonnative interactions in the FF domain folding pathway from an atomic resolution structure of a sparsely populated intermediate: an NMR relaxation dispersion study.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Rna binding protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Pre-mRNA-processing factor 40 homolog A
|
| total genus |
15
|
| structure length |
49
|
| sequence length |
49
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-02-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01846 | FF | FF domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | FF domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2KZG A; 2LKS A; 2DOF A; 4FQG A; 2B7E A; 2E71 A; 2KIQ A; 2JUC A; 2KIS A; 2DOD A; 2KFD A; 2DOE A; 2K85 A; 2L9V A; 1UZC A; 2CQN A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4L9T A; 2GLO A; 2I5U A; 4L18 B; 4MQ9 F; 4G7Z F; 2KIQ A; 5D6F A; 1G2H A; 1A04 A; 2M3A A; 2K9L A; 2DFE A; 3NQO A; 3KE2 A; 3QPT A; 1FNN A; 2EWN A; 2KRH A; 5DD4 A; 5J3L A; 3CLQ A; 1G8X A; 1WGX A; 2DJN A; 3ABU A; 3EUK L; 4M3E A; 1BIB A; 3I64 A; 3BC8 A; 2XF6 A; 5F1J A; 3VSL A; 2B9S A; 1Z3Y A; 1D3Y A; 3HC7 A; 3CO6 C; 2E5N A; 3GO5 A; 4P1W A; 4AUX A; 4A93 J; 5IOZ A; 2X9D A; 2EFQ A; 4YFK F; 3H5R A; 1VI0 A; 2M7B A; 2A61 A; 1FLI A; 2QKM B; 2F48 A; 4ENM A; 1EKE A; 1Z7U A; 2KZG A; 2YX4 A; 2EIN H; 4ZYH A; 5DDG A; 3RDI A; 2DN0 A; 2JUC A; 1BN5 A; 3HUG A; 2NAZ A; 1ZAO A; 2OTJ I; 1J2X A; 1Z6R A; 2DK8 A; 3B6C A; 3PSI A; 4PFO A; 3LAJ A; 2UZK A; 1XPX A; 3SZG A; 1X3Z B; 2DXI A; 1KGS A; 3E97 A; 1FMW A; 3HSF A; 2HQA A; 4UXN A; 1K7A A; 1RPW A; 1YS7 A; 4B8X A; 3FDY A; 2DMT A; 4P55 A; 2K7L A; 3GX4 X; 1YQA A; 2RKH A; 3FX3 A; 5DUI A; 1X4P A; 3MKL A; 1YJW I; 2ECC A; 2NVQ J; 2FBK A; 2UV1 A; 2K4J A; 5E1W A; 4LLG F; 5K7H A; 3BPX A; 2QF7 A; 2JPC A; 3HXL A; 5HS9 A; 1UFM A; 3LSG A; 3RPU D; 1S7O A; 3HKZ A; 1BJZ A; 3FMQ A; 3K10 A; 3K2Z A; 3N05 A; 5C4X J; 4OMZ A; 2VXZ A; 5B3S H; 3FXR A; 2ZB9 A; 5LRS A; 3ECH A; 5GPA A; 4A5N A; 4P9U A; 3ZQI A; 3KCC A; 5D5X B; 1RRJ A; 1O3S A; 3VB2 A; 2R7F A; 4GYG A; 4IO9 F; 2IP2 A; 2W24 A; 4NQW A; 3R6S A; 4HW0 A; 2EIJ H; 2COM A; 1G3W A; 2E2J J; 3LOC A; 4IKF A; 2JA6 J; 4BS9 A; 1MJA A; 4PJJ A; 1JUM A; 4GDF A; 2ESN A; 2MC4 A; 1SFO J; 2FD5 A; 3QYE A; 2FNA A; 4KUM A; 4A69 C; 3H9Q A; 4M3F A; 3RSN A; 2K9Q A; 3R61 A; 3G73 A; 3DWL E; 3ML6 A; 3DBH B; 2F5E A; 4M3B A; 4C2T A; 1BC8 C; 2W4S A; 1LDK B; 2MLG A; 1UG0 A; 1SVM A; 2J5O A; 5FLX Z; 3JRH A; 2ZJR F; 2D45 A; 2XF5 A; 4Y15 A; 5CQG A; 2DTZ A; 2E60 A; 1T56 A; 4M9X A; 1MJB A; 1R9T J; 5F0H A; 2AQE A; 2F4O B; 3TOB A; 2R7Z J; 3U9G A; 1JUP A; 5D4S A; 3TP0 A; 3I56 I; 4BBR J; 3V7C A; 4MFD A; 2DMP A; 2LC2 A; 2BY3 A; 3T8R A; 2HOE A; 5M5Y J; 2DMN A; 4KIG A; 3OYF A; 1IF1 A; 3CCV I; 1R1U A; 2BZT A; 2K9M A; 2EA2 A; 3CUQ B; 4CDG A; 2XSD C; 2V1X A; 5HNF A; 4CHU A; 2GXA A; 2XPW A; 3FMS A; 4NHJ A; 3OV8 A; 2EFO A; 2F6C A; 3OIO A; 4KMU X; 5HOO A; 1GDT A; 1HST A; 3EYY A; 4ON0 A; 3GTL J; 2MGQ A; 2O9L A; 2E71 A; 4HZF A; 5TJJ A; 3KLO A; 3I4N J; 3CCU I; 3G1L A; 3HOV J; 3R0A A; 3DU5 A; 1N77 A; 2E1C A; 2EH3 A; 4CCJ A; 4TV7 A; 3CME I; 2VON A; 5CYV A; 2DI3 A; 4XSZ F; 2ADU A; 1F5T A; 4HV6 A; 3F22 A; 3CD6 I; 2M8E A; 3DEE A; 2ZSH B; 3L1P A; 1W0U A; 2VOD A; 5GAD J; 2VQC A; 4CGZ A; 1IDZ A; 3C3W A; 1JGG A; 2DO7 A; 3VYR B; 3WU1 B; 2BEO A; 1Z77 A; 4BYY A; 3DXJ F; 3HIF A; 3ZXS A; 4DW6 A; 2EZH A; 2XV4 S; 1R49 A; 3OS2 A; 2JWT A; 1YJN I; 3CTA A; 3EUH A; 4ENK A; 3F23 A; 3A0B C; 4I99 C; 4BQN A; 1IXR C; 4QSH A; 1IN8 A; 3FK6 A; 4FET A; 4N9H A; 3HEF A; 4RGU A; 2O3F A; 4PGG A; 2WAD A; 5CPR B; 4RLQ A; 1P4X A; 4E7J A; 2M5W A; 1STZ A; 2CQ7 A; 3W2W A; 4ETS A; 3ZMV A; 3C2B A; 1KQ8 A; 4IHX A; 4Y3O A; 2STT A; 2WY7 Q; 2VQL A; 2ECB A; 1MMD A; 3IRR A; 2DU9 A; 2K3P A; 4FX4 A; 3C18 A; 1TT5 B; 1D5Y A; 4CYC B; 2PMU A; 1X2N A; 3I58 A; 3IHU A; 2FRH A; 5IYC J; 3BRO A; 1UHM A; 4IHY A; 1Z05 A; 1SFX A; 5GTI C; 5JLX A; 1D8K A; 5HVQ C; 1QVU A; 5DUK A; 1I3A A; 2LBF A; 2Y0S N; 2HYG D; 3S2D J; 1D8J A; 1U6G A; 1IV6 A; 1Z3X A; 2WAF A; 1D0X A; 2QSG X; 1ZN2 A; 2EIK H; 4BHP A; 1XGO A; 3ZMS A; 3PNV A; 3WTZ A; 1NG7 A; 3OWT A; 2FML A; 2MH2 A; 2P6S A; 2GXB A; 4KN4 X; 4J19 A; 4DYC A; 4UB6 C; 3GW2 A; 3CMA I; 4IRH A; 1MBF A; 9ANT A; 3GTK J; 3JRE A; 1BL0 A; 1AKH B; 1IN4 A; 3T0Y A; 1KYW A; 3HB9 A; 3IKT A; 3ZMT A; 1YIO A; 4C2U A; 1A31 A; 3BJA A; 3L2V A; 1KYZ A; 2LK2 A; 5HLT A; 2CV1 A; 3I9V 2; 5EEA A; 3ZQC A; 5C4J J; 2ZNY A; 3QAH A; 2Z3Y A; 2YX7 A; 3RYR A; 4II2 A; 2EPF A; 2LD5 A; 4OAZ A; 2PMH A; 2L7M P; 2BHZ A; 1VQ7 I; 1FSH A; 2WA0 A; 1W7P D; 5FLV A; 1KU9 A; 2WAQ A; 1X1A A; 1OR7 C; 4MTE A; 2RQQ A; 2X1D A; 3JRA A; 1H9G A; 2BXY A; 2EV0 A; 1JT0 A; 1T0F C; 1TL8 A; 3X2Q H; 3FM3 A; 3LSP A; 4OIP F; 3BWG A; 2A07 F; 2XPV A; 5HS8 A; 1WI3 A; 2LRD A; 2XUB A; 1KQ0 A; 1G3T A; 1IG7 A; 1WJC A; 1S7E A; 2RDP A; 1TLH B; 5CQE A; 1NG6 A; 3H3U A; 4UV8 A; 1PUE E; 2OQR A; 3DTK A; 3S1Q J; 2DOE A; 1TWA J; 1R22 A; 4FHT A; 5JHU A; 2LOO A; 3KLN A; 3LSH A; 1YIT I; 4PSW A; 3KYD B; 3NAR A; 1Y1W J; 3K6G A; 3F0C A; 1QO0 D; 1OYI A; 2AS5 F; 4IHW A; 4LOC A; 4XRS A; 2Z5U A; 1H0M A; 3JSP A; 4ZTJ A; 2IVM A; 3LSI A; 1TT0 A; 2ZJ2 A; 5FKO A; 3S3N A; 4GO1 A; 3JTG A; 1UEL B; 1XN7 A; 3E6D A; 2X48 A; 5E3N A; 3PSF A; 1LE8 A; 1FX7 A; 1FYM A; 1TWC J; 4WXH A; 1ETK A; 2GQQ A; 3S1M J; 3ZQQ A; 2KDO A; 1A6I A; 2KRF A; 2YU9 J; 1VTN C; 4L9N A; 1Y1V J; 4U0Y A; 1ZGJ A; 4O5V A; 1ZGA A; 3WE2 A; 4AIJ A; 3O8H A; 3ZMD A; 4G8X A; 1BJA A; 2CQQ A; 4KT5 C; 2D5V A; 3CUQ C; 3K69 A; 4KN7 X; 3SEQ A; 3KP6 A; 3OYE A; 3EUA A; 3AFH A; 2OCC H; 4QLC U; 4HV5 A; 1WH5 A; 3DF8 A; 1QA6 A; 1ZHF A; 3WGI A; 1R1V A; 4CXF A; 2LKX A; 1X1B A; 2FQ3 A; 3DPU A; 2F5V A; 2DYS H; 1ZRF A; 2PJR B; 4HF1 A; 4FE4 A; 1SAU A; 4JX5 A; 3AL0 B; 4FTH A; 1WJ5 A; 5EG0 B; 2Y9Y A; 2R5Y B; 2IS4 A; 1F9N A; 2JMW A; 5TGT A; 1IN5 A; 3J80 K; 3K1P A; 1YW7 A; 2DA6 A; 1DP7 P; 2V6E A; 3OIQ A; 1WQ2 A; 5KAF C; 1DP3 A; 1OCO H; 4S0H B; 2VBY A; 1FWZ A; 1P6R A; 3H92 A; 2VKE A; 4I76 A; 2HKX A; 3VOD A; 3ZOB A; 2HQR A; 2E35 A; 3QPS A; 1U2W A; 4XID A; 4CO8 A; 2W00 A; 3FXL A; 2VT3 A; 1K6O A; 1UZC A; 1VQ8 I; 2OQG A; 4JBA A; 3EPZ A; 1OJL A; 2W25 A; 3OYM A; 2XGX A; 5AIQ A; 3J7Z I; 4BEH A; 4FIS A; 4CCL A; 3H9G A; 5F27 A; 1IC8 A; 4C30 A; 1YW8 A; 3LNQ A; 3HG9 A; 3HGY A; 4E7L A; 2IS1 A; 1FOX A; 3B73 A; 4LFU A; 3JW4 A; 5KCM A; 2VKD A; 5AON A; 4EM0 B; 4NBQ A; 2BY2 A; 2P81 A; 4CCM A; 5FFZ A; 1YX5 A; 2HXO A; 3QP6 A; 1W36 C; 3HBL A; 4IQ4 A; 2HPM A; 2RNJ A; 2NYX A; 3NAU A; 3OYK A; 1ZR2 A; 2DT5 A; 2Z33 A; 2FNP A; 3GVA A; 3HDD A; 4DYR A; 2JSC A; 3WGH A; 4ITV A; 5ICG A; 3BZ6 A; 1XGN A; 2JRM A; 2JN6 A; 4LIU A; 5DEQ A; 4QTR A; 1P4A A; 3H3V K; 3GFL A; 3I71 A; 2QCO A; 1BW5 A; 1SD6 A; 4XRF A; 1TBX A; 2DFH A; 2O03 A; 3R60 A; 2Q8K A; 3GCM A; 1JHF A; 1LDD A; 1JXS A; 1SAX A; 1BI3 A; 1VND A; 5E3O A; 4U0V A; 1VQO I; 4HA8 A; 2M2E A; 1RIO H; 3PNY A; 3PIO F; 3CF2 A; 3WGG A; 5ICF A; 5HOD A; 2PX9 A; 2LRE A; 2O6G E; 2Z2S B; 1BBY A; 2RVC A; 4KT6 A; 3KYL A; 4A0X A; 1HW2 A; 4XQF A; 1XG1 A; 1XCV A; 1JI8 A; 4UUV A; 1TW3 A; 1MMN A; 4FAS D; 3F6O A; 3HPG A; 4ENN A; 5K5R A; 1N25 A; 4LG0 A; 3SFZ A; 4RGR A; 2OD5 A; 4R8H A; 1TWF J; 2VT2 A; 2L3D A; 4M9Z A; 3KPH A; 1FBU A; 3H36 A; 3IKV A; 1IGN A; 1U3E M; 4ZYA A; 3FZV A; 1IDY A; 3FF5 A; 3WU0 A; 3ABL H; 3PUF A; 4HLX A; 3CJT B; 1I5Z A; 3F6V A; 3AAF A; 3VPR A; 2W85 A; 5M3F J; 1VQM I; 3J7Y J; 2LR8 A; 1FP2 A; 3EQL F; 2EIL H; 3DKY A; 2NVT J; 2YU3 A; 2TRT A; 4C2M J; 3DLA A; 4EJT A; 2L7K A; 3W6J B; 1K61 A; 3DTI A; 2ETH A; 2IXS A; 1W7P B; 5TRD A; 4KIB A; 2CH0 A; 2IS6 A; 2OC6 A; 1RNL A; 1Q1V A; 3Q0W A; 2XRO A; 2EZI A; 3F9K A; 4FX0 A; 1J9I A; 2FF4 A; 2X1E A; 1SMT A; 4XLA A; 1OR7 A; 3SQN A; 3KP7 A; 4UUS A; 1O3T A; 5F0C A; 2EBI A; 2ZSI B; 3S32 A; 2VPR A; 1YTY A; 5DCM A; 1JKQ C; 5JVT A; 4MEY F; 3CJR B; 4DOZ A; 3K4C A; 1UHW A; 2CQN A; 4A3C J; 1TC3 C; 2NRA C; 1LEB A; 2OZ6 A; 2L5Q A; 4Z2Y A; 1G6N A; 4WWC A; 2A5W A; 3HGG A; 3BG6 A; 1B72 B; 2DCE A; 4XR6 A; 3O2P E; 1QU3 A; 1I1G A; 5J1U A; 4NDL A; 3COA C; 2CQK A; 2UXN A; 5E1Z B; 1ZGW A; 2KQR A; 3TKY A; 3ISP A; 4A6E A; 1LUJ B; 4MGR A; 3PUB A; 2JPB A; 3JRB A; 4M72 A; 2Q0O A; 4ABZ A; 3RZD J; 1YRN B; 1U5T B; 2L7F P; 4KIC A; 3C7J A; 1F1Z A; 1MW7 A; 4HF2 A; 4J01 A; 2M4K A; 4IOA F; 4XIC A; 2VL8 A; 5E8I A; 2FUG 2; 1PUF B; 2H8W A; 4A3F J; 1QQI A; 3HKZ N; 2NXN B; 3HHH A; 2COB A; 5ICC A; 1X58 A; 4J00 A; 2RRE A; 2RV8 A; 2WB1 N; 1O57 A; 3F3X A; 3VFZ A; 2YR2 A; 2OU2 A; 3FM5 A; 2R7Q A; 1MBJ A; 3M8E A; 1I50 J; 1V5F A; 4F7Z A; 1R23 A; 1RES A; 3V8J A; 2V9K A; 4U0W A; 3VEP A; 5JLW A; 2ZBK A; 3KP5 A; 3GZN B; 3LMM A; 3SZT A; 1OKR A; 4YRV A; 3OL4 A; 3OS1 A; 5CVR A; 2K4B A; 1H9T A; 1U8R A; 2PMZ A; 2DA5 A; 1YIJ I; 1IZ1 A; 3Q0U A; 1DGR M; 3TMO A; 3ZN0 A; 5FGM A; 1FZP B; 5K7Z A; 3CF5 F; 1S5L C; 4NB5 A; 3RCO A; 1IN7 A; 5IYB J; 1RKT A; 1NTC A; 3Q9S A; 4L5E A; 4D5C A; 1MDM A; 2HDC A; 1Y6I A; 4GGG A; 2HYF A; 5M5X J; 3I4P A; 3RPQ A; 4S05 A; 3K70 D; 1FOY A; 3LWF A; 3L2W A; 3AG1 H; 4BY7 J; 1MMS A; 1LDJ A; 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1WI9 A; 3MKZ A; 4UY8 I; 1W4M A; 2WB1 A; 3Q3S A; 2L02 A; 1E2X A; 4A3K J; 1CF7 A; 3HSR A; 5GP9 A; 2CW8 A; 4LG3 A; 3J80 Z; 2WWY A; 2R5Z B; 1VQP I; 4B09 A; 1ZTR A; 3V7R A; 4A3I J; 1ZLJ A; 3LA7 A; 2VC1 A; 2ZXH A; 3VSK A; 4UNO A; 1ETW A; 2FU4 A; 2M45 A; 4A3J J; 4BY1 J; 1MBK A; 4A0Y A; 3FHZ A; 1JGS A; 2XKP A; 3FXK A; 1EH6 A; 1ZYR F; 3BJO A; 4IQJ A; 4A3L J; 2E2H J; 1E17 A; 1X1P A; 1ZG1 A; 4JX6 A; 3ZQ7 A; 3DEW A; 4RM3 A; 1MH3 A; 1MKM A; 1YOV B; 2LMD A; 4WX9 A; 3TOA A; 1SFK A; 3LAP A; 2JSP A; 3AG2 H; 3S3O A; 2GAU A; 4LB6 B; 3OMY A; 2DQR A; 5EJC A; 1TNT A; 2AQF A; 4MFE A; 3OSG A; 1SD4 A; 3GEZ A; 3U1K A; 4ZDP A; 4EM2 A; 1ON1 A; 1QHG A; 2W57 A; 4LLL A; 2YPR A; 4ZYE A; 4PJ0 C; 3W3C A; 3DU6 A; 1JE8 A; 3WG9 A; 1DGW Y; 2BOL A; 3C2H A; 5B5E C; 3DCF A; 3VYS B; 1EH7 A; 1JTY A; 1BI2 A; 2K86 A; 2NVX J; 3CC7 I; 3VOE A; 2KLO A; 1PYV A; 2N8G A; 2DA1 A; 5CVI A; 3SFI A; 2R93 J; 2MFZ A; 2OJE D; 2OPT A; 4E70 A; 3F72 A; 2QBY B; 6PAX A; 1WPK A; 2HQN A; 4X6A J; 4CCO A; 3HTU A; 3RPU A; 3DLL F; 2QSF X; 3BG3 A; 5DYM A; 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