The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
|
sequence length |
44
|
structure length |
44
|
Chain Sequence |
TKEEAKQAFKELLKEKRVPSNASWEQAMKMIINDPRYSALAKLS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cross-Validation of the Structure of a Transiently Formed and Low Populated FF Domain Folding Intermediate Determined by Relaxation Dispersion NMR and CS-Rosetta.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Pre-mRNA-processing factor 40 homolog A
|
| total genus |
11
|
| structure length |
44
|
| sequence length |
44
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-10-19 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | FF domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2LKS A; 2KIS A; 2B7E A; 2CQN A; 2KIQ A; 2E71 A; 1UZC A; 2DOD A; 2K85 A; 2KFD A; 2L9V A; 2KZG A; 2DOF A; 4FQG A; 2JUC A; 2DOE A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3KPH A; 2DFF A; 4B43 A; 2VE9 A; 2HU9 A; 2PLY A; 1XX5 A; 1ITY A; 1R6R A; 4PSW A; 2VON A; 4ZC3 A; 3OL4 A; 2DJI A; 2JPC A; 5J8F A; 1XMA A; 1Z7L A; 2HXO A; 2QSG X; 1R58 A; 4WCG A; 2CQX A; 2Q2E A; 3MZY A; 4XOT A; 1VQM I; 3K9T A; 2EV0 A; 3OL3 A; 2DDB A; 2HXI A; 4A6E A; 3HOS A; 4C3J J; 2L9R A; 2KDO A; 1OR7 A; 2P7C B; 3OS0 A; 5FKL A; 5BQT A; 1IZ1 A; 5JHF A; 2FML A; 2Z5U A; 1NTC A; 1NK3 P; 3ZQ7 A; 1K4S A; 4KFC A; 1SFE A; 2LF8 A; 1JI8 A; 2NVX J; 4CIC A; 1OQY A; 2QBY A; 3EUH A; 4YRV A; 4RMN A; 3JW4 A; 3K6G A; 4M9X A; 2ZJP F; 1JJ8 C; 3OYL A; 3BDD A; 2M2E A; 5ILS A; 4HZF A; 1TQI A; 4M3B A; 5D5V B; 1YX5 A; 3PUF A; 3E5X A; 4FT8 A; 2ZFU A; 5IOY A; 3QU6 A; 4M6X A; 4B44 A; 1U78 A; 3M3Y J; 1E3P A; 4E6K G; 4XOR A; 1Z7U A; 1D1A A; 4DJA A; 3H3V K; 4PDK A; 3TO6 A; 3V8L A; 5ICF A; 2A6H F; 2R4G A; 3P9K A; 1GV2 A; 4MEX F; 4MTD A; 3WTW C; 1MH4 A; 4HV5 A; 3OOU A; 3SFI A; 3HHG A; 1J75 A; 4IRG A; 5L3F A; 3RPQ A; 1X2N A; 3AKZ A; 2STW A; 2ZXJ A; 5DM6 F; 5DD8 A; 3CMA I; 1YS7 A; 1BJA A; 3CUO A; 3JSO A; 5JLW A; 4BJ6 C; 3F6V A; 3FXU A; 3M07 A; 4XLF A; 5GAD J; 1V3F A; 4PFO A; 3H35 A; 3QAH A; 2R5Y B; 1PDN C; 3CZ6 A; 1JE8 A; 4ZYH A; 3E6M A; 3HB9 A; 3TQN A; 3BR5 A; 2M87 A; 4EGY A; 4W1U A; 3O2P E; 3DU6 A; 4X6A J; 4I76 A; 5FLM J; 1O4X A; 3FBI B; 3GTQ J; 3BCA A; 3OYD A; 3TP3 A; 5F1J A; 1B72 A; 1ZG5 A; 4KMU X; 4IHV A; 5L3D A; 2NVU B; 3HC7 A; 3L2C A; 4KIB A; 1IXC A; 1FMW A; 1P9Q C; 4PCQ A; 1Y8R B; 2YPR A; 3H0D A; 3S3N A; 5JVG F; 4AYB A; 3QOE A; 5IT9 Z; 1UST A; 4A69 C; 1ONV A; 3RJP A; 1OYW A; 3J7A Y; 1TT0 A; 1ZGJ A; 2DFI A; 1W4M A; 4RS8 A; 1Z1D A; 3V7C A; 3T8T A; 3BWG A; 4CH7 A; 3S17 J; 3LQR A; 2MGQ A; 4ZH4 F; 5ICC A; 4LGW A; 1OR7 C; 1GT0 C; 2XRO A; 1F43 A; 3ABT A; 2HVQ A; 1KQ9 A; 2XIG A; 1IO2 A; 4XKW A; 3BZC A; 2VOO A; 2LLK A; 2H09 A; 3EUH C; 3OYJ A; 1UHM A; 3SXY A; 2LP0 A; 1IN7 A; 1A36 A; 2EFQ A; 2RQP A; 3R6S A; 1G8X A; 3FM5 A; 4BQO A; 1TWG J; 3L09 A; 3RTR A; 2RVC A; 3A01 A; 1LB2 A; 1BI0 A; 4RM2 A; 5ILU A; 4UY8 I; 3AL0 B; 3CUQ C; 2ZBK A; 1MKM A; 2HYF A; 1TWC J; 3IH3 A; 1Y1W J; 1W36 D; 2HR3 A; 1MJ9 A; 3HZJ A; 3LA7 A; 3NWT A; 1R4M B; 2DT7 B; 3BR3 A; 1HOM A; 3GBG A; 5IT9 K; 3D5R C; 2O8X A; 3KP6 A; 2CWE A; 4YFN F; 2EIM H; 2FUG 2; 1CF7 B; 1U0J A; 1KQ0 A; 2X1C A; 2LKP A; 2COB A; 3E5U A; 3C1D A; 2VKE A; 4KIC A; 2M0C A; 3QPS A; 4ESJ A; 1W7P A; 5TRD A; 2CGP A; 1JKP C; 1D5Y A; 3K0L A; 4EVI A; 4A93 J; 1FMV A; 1MMA A; 3KFW X; 1OIS A; 2CQ7 A; 1EH7 A; 3DBR B; 2ZXW H; 4UVB A; 5KNL A; 1P92 A; 2EPF A; 4BNC A; 5K5Q A; 1T6S A; 3ML6 A; 4AIH A; 3BLY A; 2FRH A; 1SMY F; 1DPU A; 1NG7 A; 4MIM A; 1WJF A; 1JXS A; 1BR2 A; 2HVR A; 5CYV A; 1FIP A; 1OFC X; 2R7W A; 2MSY A; 4G12 A; 2O3F A; 1KU3 A; 1X1A A; 2DA2 A; 1UG0 A; 1SFK A; 2E7W A; 3HKZ N; 3N97 A; 1TL8 A; 1CQT A; 1EJ9 A; 1ZK8 A; 3OYE A; 2KZG A; 2L5Q A; 4D9J A; 3TKY A; 3CTA A; 2EWN A; 4HV6 A; 3KP7 A; 2IAI A; 3O8H A; 3WG9 A; 5J4Y A; 2VIX A; 1S9H A; 2K9N A; 1TBX A; 5J3L A; 5LEJ A; 1X19 A; 2CU7 A; 2XF7 A; 1RUO A; 4KDP A; 3UNG C; 4AIK A; 1NK2 P; 4BJ5 C; 1GUU A; 1LQ1 A; 1O57 A; 4BE2 A; 1YJW I; 2IVM A; 3SZP A; 1VQK I; 1AA7 A; 4M71 A; 3V7R A; 1GXP A; 1MBJ A; 3KX2 A; 4C3H J; 4LB5 A; 4BBS J; 2ZSH B; 5JI6 A; 1QHG A; 2QVO A; 1VQ8 I; 4EEF G; 4ZDL A; 3TO9 A; 3CMM A; 1V5F A; 3S1R J; 2RDP A; 3KZI C; 3BR2 A; 1M1E B; 1LDD A; 2E60 A; 1N77 A; 3PO2 J; 3DPL C; 1ZRC A; 2RC4 A; 3T5X A; 5TGT A; 3HOZ J; 2ACJ A; 4YFK F; 3I54 A; 1FP1 D; 3CD6 I; 3DF8 A; 1T98 A; 1KU7 A; 3I53 A; 1QHH D; 2FMY A; 3S3O A; 3IH4 A; 2H1L A; 2XAS A; 3HOX J; 2KQR A; 1GVJ A; 3DXJ F; 3BP8 A; 2L02 A; 2F2E A; 2H6C A; 2KJB A; 2R7R A; 1F36 A; 2KRH A; 2WAF A; 3DCF A; 2XRL A; 4V2F A; 5D8L B; 4BQN A; 1T38 A; 2F5F A; 1AWC A; 3QYE A; 4LD5 A; 1B9M A; 3WTS C; 1FC3 A; 1R36 A; 4GFB A; 1U9N A; 2MH2 A; 2QQ9 A; 1XSX A; 2DA7 A; 1PUF A; 1R7J A; 3DPU A; 4KIG A; 4OOI A; 4A6D A; 1MH3 A; 3QRF F; 2G7U A; 4KA4 A; 2IGM A; 3K1P A; 2XAJ A; 3RSN A; 5E1W A; 2XAH A; 2ISZ A; 4OMY A; 4M3G A; 3MEX A; 4BU2 A; 5HLI A; 2FX0 A; 1I27 A; 4RB1 A; 5HS8 A; 3ERE D; 1WCM J; 4I7H A; 4B47 A; 4D0P A; 5FKM A; 3KEO A; 3EET A; 2IGN A; 2JUG A; 1FNN A; 2XAQ A; 1HST A; 3PIP F; 3RPU A; 3CLO A; 2LY2 A; 5EJC A; 2VQH A; 2LKX A; 2Q2E B; 3I55 I; 1TWF J; 3K69 A; 2KKO A; 3H0G J; 3V7S A; 4L0Z B; 2DMP A; 3CJR B; 4MQ9 F; 4G9Y A; 2FNA A; 4CCK A; 2CO5 A; 1WRJ A; 3O6B B; 4A3G J; 5EGO B; 4OIO F; 2QUF A; 3LSR A; 2D5V A; 1X3Z B; 2CUF A; 4BHP A; 4RGX A; 1BBY A; 1IJW C; 1DP3 A; 3F3X A; 3BG5 A; 3R0J A; 1X1P A; 2QBY B; 3SYT A; 3A2K A; 4BQQ A; 2DQL A; 2GQQ A; 4KT5 C; 4XSZ F; 1W1W E; 1R00 A; 3FXJ A; 5IT3 A; 3F8N A; 5AON A; 1JTY A; 5BOX A; 1IW7 F; 2E35 A; 3CUQ B; 1KZH A; 3L1P A; 2ZJQ F; 1ZN2 A; 1U9O A; 5E3N A; 4GGG A; 2XC7 A; 2JVG A; 4EJO A; 2QM3 A; 2R7T A; 1HKQ A; 2XKO A; 2GAU A; 1JKO C; 4OIQ F; 1STZ A; 2KRF A; 5B66 C; 2F5C A; 2FBI A; 3FM3 A; 1WJ5 A; 1NH3 A; 4XLH A; 4FCY A; 4AD9 A; 3ZP5 A; 3GO5 A; 1RNL A; 3CJN A; 3A4C A; 3BJO A; 3GVA A; 2G7H A; 5BNG A; 2HGC A; 1D0X A; 1WPK A; 2MW8 A; 2GOX B; 2M34 A; 1P4X A; 4HPQ A; 2CQK A; 3CDL A; 3JCU C; 2NS8 A; 1PP8 F; 2OA4 A; 5H20 A; 3ELK A; 3L2U A; 3FIS A; 5LD2 C; 3KEQ A; 3Q5F A; 4OMZ A; 4A2U A; 1G4D A; 4HNU A; 3KLO A; 3BG9 A; 2K27 A; 4AC0 A; 2PMZ A; 2ZNY A; 3F9K A; 1XB4 A; 3OOP A; 2OQR A; 4TV7 A; 1VQN I; 3DBH B; 3J7A O; 3NAR A; 5E18 F; 3PL8 A; 4LK1 F; 4M3D A; 1R4N B; 1SVL A; 2LSO A; 4N9I A; 4BEH A; 2IS4 A; 1T33 A; 4ZYG A; 3TL4 X; 2YS9 A; 2VBY A; 1I50 J; 2TRT A; 4HAM A; 1G2H A; 3PNY A; 5D6F A; 2E2J J; 2GXG A; 2GXB A; 3GTL J; 1JT0 A; 3OV8 A; 1YRN B; 2M3A A; 5FLX Z; 2V7F A; 1Z6T A; 4KN7 X; 5CJ9 A; 3SDG A; 2PMU A; 2R7U A; 1Q1H A; 4BS9 A; 3G71 I; 2RN7 A; 1BOB A; 1LUJ B; 3SZG A; 2HOA A; 3LL7 A; 4DGW B; 4XBF A; 1YX3 A; 2DXI A; 1BW6 A; 3QP6 A; 1A6Q A; 3F23 A; 1PUE E; 3BZ6 A; 2HQN A; 3JRI A; 2QWW A; 3K1M A; 1HKT A; 1HCR A; 4MGR A; 1TW2 A; 2FJ1 A; 3A01 B; 2HOE A; 5J1Y A; 2DW4 A; 3OYK A; 3BPV A; 1WI9 A; 4XRM A; 3CCU I; 5E17 F; 2L7M P; 3AAF A; 3D0S A; 1BJZ A; 3ZMZ A; 3S1M J; 5L3E A; 4BHC A; 2A6T A; 1VQ6 I; 3LA2 A; 4UV9 A; 2QF7 A; 2KZV A; 1AOY A; 2F4M B; 4X0G A; 3E6D A; 3FHZ A; 2DBB A; 4ZTF A; 2Y75 A; 1XGS A; 3GWZ A; 4X1E A; 5EG0 B; 5J8C A; 4S04 A; 3DLA A; 5ICE A; 1QPM A; 1MBG A; 5FLX K; 5TIS C; 3D5L A; 4ZYA A; 3RKQ A; 1P2F A; 3BC8 A; 5C4X J; 1W7P B; 3Q3S A; 4IHT A; 3DPT A; 4BL0 B; 1QVU A; 3VOE A; 5IY5 H; 4H0E A; 3CME I; 3CJT B; 1D1C A; 5EDN A; 5ED4 A; 3IWZ A; 4HX7 A; 4DZP A; 5GAG J; 3DWL E; 2BXY A; 1MMG A; 2V9V A; 1K83 J; 1H9G A; 5HNH A; 3KYC B; 1WJA A; 3LSJ A; 2NVY J; 2XSJ C; 3CES A; 2VLA A; 1TLH B; 4RB0 A; 1MMD A; 3DTI A; 3VWB A; 4OAZ A; 3U1D A; 2UV1 A; 1O3S A; 1APL C; 1FY7 A; 2KIQ A; 3NRV A; 3S16 J; 2IP2 A; 4C3I J; 4IEJ A; 2R7D A; 4RGU A; 2GM4 A; 1WJB A; 3IH2 A; 1MGT A; 1IXR C; 3I4P A; 4S05 A; 1DGW Y; 4IHY A; 3VYR B; 3ZGK A; 1FPQ A; 4XLN F; 2EV5 A; 1OYY A; 4M6Y A; 1ZAO A; 3WG7 H; 4E70 A; 1IRG A; 3OYH A; 1H0M A; 2X6Y A; 4L9T A; 2LG4 A; 2FA5 A; 2FE3 A; 5FJ8 J; 3DTE A; 2DOA A; 5CVI A; 4CO8 A; 1BR4 A; 2A68 F; 2WWY A; 3EDP A; 2GXA A; 2ICW G; 3HPH A; 2EZH A; 2A69 F; 2EB7 A; 1X4P A; 3GFL A; 5F08 A; 2CYY A; 2B63 J; 1E3H A; 2K86 A; 1OCR H; 3E1S A; 3OYA A; 4RM3 A; 5M5X J; 2K9L A; 1UB9 A; 1OJL A; 2F5E A; 2W84 A; 3DBL B; 4IX7 A; 3HPG A; 3IAS 2; 1X2M A; 3D1N I; 2LRD A; 4B4C A; 2IPQ X; 1OLT A; 5E79 C; 5LBQ A; 4AUX A; 4EM2 A; 4XID A; 3HRS A; 1YQA A; 4HLX A; 3SZT A; 3F8C A; 3D5S C; 4V19 K; 4CZZ A; 1IN5 A; 3ABU A; 4Q47 A; 1ZG3 A; 4E4H A; 1WI3 A; 4OAY A; 1VQ4 I; 4M9Z A; 2JWT A; 4XKC A; 1YE9 A; 4CCO A; 4ZDP A; 1VTN C; 1ZQ3 P; 3KP2 A; 2XHK A; 2IS1 A; 3ZOB A; 3HRU A; 2VE8 A; 4IHW A; 3C3W A; 2ID3 A; 4NDL A; 1L0O C; 3S1Q J; 1YOV B; 1ON2 A; 4Y15 A; 4HOB A; 3WE2 A; 1XGO A; 1BA5 A; 4P96 A; 3MVP A; 3I5U A; 3MKW B; 3TDZ C; 2R0Q C; 2DDA A; 2CQQ A; 3L9F A; 4HW0 A; 4JX6 A; 4B3X A; 1SD5 A; 3V8K A; 3DP7 A; 2BZT A; 3CLQ A; 2JA5 J; 4LMY A; 1MW7 A; 2MH9 A; 3FZV A; 3H9G A; 3I71 A; 4LG0 A; 2WA0 A; 2EV6 A; 2ISY A; 3PQJ A; 2RQQ A; 3EYY A; 1VQ7 I; 5JHU A; 1I6X A; 2WB1 A; 4II2 A; 3IV5 A; 1QU3 A; 5FD6 A; 3IC7 A; 3ZN1 A; 4I01 A; 4IHS A; 1Z05 A; 3WTT C; 2RRE A; 2MD5 A; 1BI3 A; 2A5W A; 3CP2 A; 2JT1 A; 1ETK A; 2MC4 A; 3V8J A; 2GBY A; 3OIP A; 3ZQH A; 4L5I A; 4ZJZ A; 3RKW A; 3I4N J; 5D4R A; 3LOC A; 4V2G A; 3FWE A; 2MD0 A; 4UVA A; 1XG1 A; 3CQZ J; 5M3M J; 1PYV A; 1JJ6 C; 2KJC A; 1HLV A; 5DCM A; 3ZR8 X; 3IL2 A; 3BJ6 A; 3SQN A; 1F1Z A; 3LFK A; 4EJV A; 1W0U A; 3OSG A; 5GTH C; 2ZFW A; 3K4B A; 1TW3 A; 3G6E I; 3JRH A; 3FX3 A; 2CW0 F; 3K4N A; 1EKE A; 2XF5 A; 3GZN B; 2FD5 A; 2ME6 A; 1LE8 B; 5FFX A; 4PJM A; 3WU2 C; 3ZMV A; 2XAG A; 2HFH A; 2W48 A; 3P9C A; 4QTR A; 1JUP A; 1IDZ A; 1WZ2 A; 2K9M A; 2JSC A; 4BYY A; 4JBA A; 1IAW A; 5GPA A; 2F4O B; 1I6H J; 1RES A; 2Y2Z A; 2EIK H; 2BY0 A; 2EZL A; 3B73 A; 3NAU A; 5B1B H; 3EQL F; 1MSF C; 3ZPL A; 2M7A A; 2D1H A; 1V54 H; 1WKM A; 2XB5 A; 5B5E C; 1RC9 A; 1ZRD A; 2DJN A; 2G9W A; 4YEL A; 5IP7 J; 3MD2 A; 4U0W A; 2KRC A; 5KAF C; 2QQA A; 2N8G A; 1RET A; 3K2A A; 3MWM A; 4XLP F; 4D1Q A; 1ETW A; 4CYC B; 4HLY A; 1GXQ A; 1KYZ A; 2XDV A; 3BJA A; 4QPO A; 3PJR A; 1MJB A; 4EM1 A; 4BY1 J; 1QVT A; 4BEH B; 4KIF A; 2DOE A; 2PMH A; 2D45 A; 2EIL H; 1ACI A; 3OS2 A; 2V79 A; 4MFE A; 5K7Z A; 4UB8 C; 4L0Y B; 1RR7 A; 3ABM H; 1O7L A; 3MN2 A; 5CQE A; 3HHH A; 4KIT B; 1OPC A; 1MJA A; 1TQM A; 3PSF A; 3ZQC A; 2JPB A; 1UHW A; 5BMZ A; 3KCC A; 4ESB A; 2LR8 A; 3U1K A; 1R5H A; 1FP2 A; 3SJM A; 1R49 A; 5K7H A; 2HYG D; 2BY1 A; 2PFB A; 5LRR A; 4LJZ F; 2CV0 A; 1XPX A; 3IRQ A; 1J7K A; 2F5D A; 4GYI A; 2A05 A; 2DOD A; 1YHQ I; 4LIV A; 4JYK A; 1JUM A; 2CUJ A; 2H8R A; 4HDU A; 2QSF X; 2EZK A; 3CF2 A; 3FKJ A; 2DMN A; 1Z6R A; 2EBI A; 4GXO A; 1ZH5 A; 1A04 A; 1BR1 A; 3JAM Z; 1SFO J; 2WY7 Q; 2E7X A; 1ZRE A; 3HSF A; 4PJJ A; 3RZO J; 3L00 A; 2PBI A; 4JOM A; 3TED A; 1FYL A; 2IXS A; 1HKS A; 2YU9 J; 3MZ8 A; 2KT0 A; 2L4A A; 4L5J A; 1I1S A; 3K4M A; 4CCN A; 2VJI A; 2XRN A; 1XGM A; 2HDW A; 1YYV A; 3W3C A; 4IF4 A; 1MD0 A; 5DD4 A; 3I3L A; 3FF5 A; 4MHG A; 3OYN A; 2PG4 A; 4BBR J; 1RPW A; 4BAC A; 1FOK A; 1BIA A; 2CSO A; 4O5V A; 2R3S A; 4RLQ A; 3MMY B; 3J7Z I; 1FBQ A; 2K5C A; 2ELH A; 4PJL A; 4GYG A; 4WX9 A; 1Y39 A; 3DEE A; 3LST A; 2V9P A; 1YO5 C; 4BAY A; 1VQO I; 1ERD A; 2LD5 A; 3FMR A; 3JAM K; 3GF2 A; 3H1C A; 1LEB A; 2IA1 A; 1WH7 A; 5C44 J; 3RZD J; 3COA C; 1S72 I; 2W7N A; 1D8J A; 1ENH A; 1MMN A; 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