The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
75
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structure length |
75
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Chain Sequence |
NALVEDFERELGRMLSPFELEDLQKTVSDDKTDPDLVRSALREAVFNGKTNWNYIQAILRNWRHEGISTLRQVEE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of DnaD-like replication protein from Streptococcus mutans UA159.
rcsb |
| molecule tags |
Replication
|
| source organism |
Streptococcus mutans ua159
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| molecule keywords |
DnaD-like replication protein
|
| total genus |
29
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| structure length |
75
|
| sequence length |
75
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-11-02 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | DnaD domain-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2ZC2 A; 2I5U A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2B63 J; 4UV8 A; 2FBI A; 2F5C A; 3SZT A; 2Q8K A; 2QVO A; 4FQG A; 4OIP F; 1UST A; 2ZKZ A; 5JI6 A; 4PJJ A; 1WJ5 A; 5ILU A; 4QPQ A; 4Y4R A; 5EZG A; 5FRM A; 2NAZ A; 4CO8 A; 5C44 J; 3ZQI A; 2ZNZ A; 2K4J A; 3T8R A; 1YFH A; 3OWT A; 1WFX A; 3KP6 A; 3BG5 A; 4S04 A; 4KYW A; 3BG6 A; 4A6E A; 3MD2 A; 4A3D J; 2D2W A; 3I55 I; 1ZG1 A; 1OCR H; 3COA C; 2VJ5 A; 1MMS A; 1QVU A; 5E3L A; 1S29 A; 2VBY A; 5K5R A; 1UG2 A; 5CQE A; 2KKO A; 4UB6 C; 4NC7 A; 3ZMD A; 1HST A; 2W84 A; 3BZK A; 3E97 A; 4C2M J; 3HG9 A; 4EGZ A; 1S6L A; 2L7M P; 4HYE A; 4Y52 J; 1R71 A; 4GXO A; 4IRH A; 4N9I A; 1QGP A; 5ICG A; 2V1U A; 2M45 A; 1BBY A; 4EQQ A; 4B3A A; 2QF7 A; 1HC8 A; 3H3U A; 1G8X A; 4JK1 X; 5F27 A; 4G9Y A; 1P7J A; 1XG1 A; 5IOZ A; 1QBJ A; 2R7U A; 1TP4 A; 2BY1 A; 3CJN A; 2BBY A; 3F0C A; 2JUG A; 2L02 A; 3FK6 A; 3O8H A; 2AQF A; 4IO9 F; 5FKK A; 1T95 A; 2H09 A; 3IH3 A; 5B3S H; 1DP7 P; 1KQ8 A; 3OMY A; 2F5F A; 1JKP C; 2K02 A; 4FCY A; 2ADU A; 4MNU A; 4XMY A; 4C3J J; 2EK5 A; 4L9N A; 3VYT B; 5L3C A; 1FYL A; 4RAY A; 2QBY B; 1E17 A; 1WGX A; 1TW3 A; 2FRH A; 3TW7 A; 5E17 F; 4C2U A; 2CFX A; 3EET A; 1LEA A; 2ZME C; 3OR1 C; 3W2V A; 5F1R A; 1TC3 C; 4BAC A; 1L0O C; 1IUF A; 1NHA A; 3IHU A; 3L09 A; 1WQ2 A; 1A31 A; 3R4K A; 1FEX A; 3C3W A; 2GZW A; 3VYS B; 3VSL A; 2ID3 A; 3QAH A; 3O3K A; 1UAA A; 2MD5 A; 1V54 H; 1J9I A; 4L5J A; 4XKC A; 5F6F A; 4AIK A; 5C4X J; 1I1S A; 1XX5 A; 3BJ6 A; 3BY6 A; 2IS6 A; 4P5O A; 3KLO A; 4WXD A; 2HOE A; 5AIQ A; 2HZT A; 2UXN A; 2VOP A; 1VQP I; 1JKR C; 5JFR A; 2VJJ A; 4Y17 A; 3W6V A; 4D7N A; 4BQO A; 4YFX F; 3ELK A; 2DN0 A; 1PYV A; 4M3B A; 1J09 A; 2L2O A; 1KYZ A; 4NC8 A; 2XHK A; 3KEQ A; 5JHU A; 3O2P E; 1YO5 C; 3W6J B; 2QZ8 A; 2D1V A; 4XBF A; 3IL2 A; 2VT3 A; 5KAI C; 4NDL A; 4U0W A; 4B4C A; 3H92 A; 1RPW A; 4UHT A; 2XB0 X; 3OYG A; 4HRI A; 2EFO A; 4BS9 A; 3RZO J; 4XQF A; 2K3P A; 2OAZ A; 3SXY A; 2DA3 A; 2WA0 A; 1V3F A; 4ESF A; 1ORK A; 3WU1 B; 3AL0 C; 1ZAR A; 4ZDL A; 3K4L A; 4A3I J; 2EZL A; 4QLC U; 4OAZ A; 1W7P D; 1FBS A; 1MZB A; 5DUI A; 3G73 A; 3CMA I; 2KDZ A; 1SD7 A; 3DEU A; 4BY7 J; 2LNB A; 1YRN A; 1JUS A; 1KQ0 A; 2VBX A; 2CGP A; 2HKO A; 3SEZ A; 3J80 K; 3QU3 A; 4QSH A; 2XIG A; 3S17 J; 4RM2 A; 3MFK A; 3I56 I; 2BVM A; 3M9A A; 2K9S A; 3ZMV A; 5J6X A; 1W5S A; 3DKW A; 3E5Q A; 4XSZ F; 3LSH A; 3ONQ A; 3F6O A; 5KCM A; 5IP7 J; 1Z6T A; 4XLA A; 3G2B A; 2E2I J; 1ZEL A; 4L18 B; 2LMD A; 4D9J A; 3H9G A; 4LMY A; 4HF2 A; 2CQ7 A; 2W48 A; 2HR3 A; 1OIS A; 3ESW B; 2DI3 A; 3JCU C; 3LSK A; 4CCN A; 1XGN A; 4DQ2 A; 1JKQ C; 3S1Q J; 1O3R A; 2R5Z A; 1XN7 A; 5AON A; 1IDY A; 3GFI A; 2UWM A; 3ZQG A; 1OCT C; 1RUN A; 1N77 A; 1U0J A; 2VQH A; 3FXR A; 2HOT A; 1DPU A; 5E1W A; 4AUX A; 5EGO B; 4A3E J; 1ZHF A; 4Y13 A; 1LKX A; 2XUB A; 4FE4 A; 3BDD A; 4FHT A; 4B47 A; 3KFW X; 4XOR A; 2DTZ A; 5ICE A; 2D5V A; 4UVA A; 1B8I B; 1BN5 A; 1B9N A; 2M5W A; 1MD0 A; 3HUG A; 5GPA A; 2FQ3 A; 3JTH A; 3JRF A; 2XAF A; 3CME I; 3S2D J; 4EGY A; 4HNU A; 2XF6 A; 2CW0 F; 2H1L A; 3FXQ A; 1P2F A; 1JHF A; 2OPT A; 2P7C B; 4BNC A; 2BV6 A; 1IN6 A; 2J5P A; 2IA2 A; 2Z16 A; 4D5F A; 3N4M A; 4I2O A; 1KU9 A; 3OSF A; 3GO5 A; 4C2T A; 1JI8 A; 1F9N A; 5GAH J; 1C0W A; 5FKO A; 2M8E A; 2CV2 A; 3K7A J; 4XN3 A; 5TGT A; 1WJE A; 4HDU A; 3FXO A; 4CIC A; 1ON1 A; 2MBF A; 2J5O A; 3L2U A; 5HDK A; 4UVC A; 4XKB A; 2CYY A; 1WI9 A; 3LSR A; 2M0M A; 4AVZ A; 4KMU X; 5L3G A; 2ICW G; 1D0Z A; 2OV7 A; 4EAT A; 1E3P A; 4HV5 A; 1B72 A; 3H5R A; 1VQ8 I; 2E2H J; 2F2E A; 2CS3 A; 3M3Y J; 2JMW A; 1V5G A; 3IKT A; 4L5E A; 2LVS A; 1ZAO A; 1W5T A; 1ZGJ A; 4HX4 A; 4CCL A; 4XRM A; 2V6C A; 2ETH A; 4F93 B; 2XGC A; 2KIM A; 5HLH A; 1HCR A; 2LLK A; 4UNO A; 1RIO H; 4UUS B; 2TDX A; 4JYK A; 3ZXS A; 2MFZ A; 4G6T B; 2YS9 A; 1IJW C; 2IPQ X; 1WJD A; 3OYF A; 2IVM A; 3P5J A; 1G3Y A; 4DOZ A; 3S2W A; 1A04 A; 1ETK A; 5HLI A; 4NQW A; 3K6G A; 2YPR A; 3RTR A; 2MG4 A; 1T38 A; 2Y0S A; 1X3W B; 4UV9 A; 3I4M J; 4ZZD A; 6PAX A; 5DCM A; 3GTG J; 1UJ8 A; 1D1B A; 3IC7 A; 3LFK A; 4HF0 A; 3ABM H; 3CUQ B; 3I5U A; 4FE7 A; 4P9F A; 3K10 A; 4IF4 A; 5E8G A; 3E0J B; 3QP6 A; 3HOT A; 2IGM A; 3GLX A; 1DGW Y; 1HXD A; 2Y0S N; 1FZP B; 5BOX A; 3CES A; 2KRH A; 4PSX A; 3DLA A; 3ECH A; 4PSW A; 5ICC A; 3R0A A; 5D5V B; 3WG7 H; 2HVR A; 4OOI A; 2RN7 A; 2E36 A; 2K9M A; 3A1Y A; 2I5U A; 2JTV A; 1HDP A; 2NVY J; 1W0U A; 1RZ4 A; 1Y8R B; 2XC7 A; 3K1M A; 1HBX G; 1H9T A; 4RB3 C; 1JKO C; 4KUM A; 1J59 A; 2EA2 A; 1SD5 A; 3BR5 A; 2P4W A; 1REP C; 4Y3O A; 3H3Z A; 3ERM A; 2NOG A; 4IQJ A; 3U1K A; 2P5K A; 2VKV A; 4HOB A; 4EM2 A; 4ESB A; 2L7F P; 5JVT A; 1IRX A; 4A93 J; 1P6R A; 3IWF A; 1QZY A; 4CYC A; 2VBZ A; 2OU2 A; 3BR6 A; 4ZC3 A; 2GBY A; 4E7L A; 1ZGW A; 1W4M A; 1IGN A; 3CDI A; 2HGC A; 2WAD A; 1W5C C; 1VQL I; 4NB5 A; 4I09 A; 2NVU B; 1K4T A; 4R1H A; 3SZP A; 3V7R A; 2AS5 F; 1SFO J; 1FMV A; 4ZYG A; 3RKW A; 1LVA A; 3I4P A; 1ETQ A; 1O57 A; 3OYB A; 1SVL A; 1ZLK A; 2G0E A; 3RZD J; 4JQF A; 2WV1 A; 4MEX F; 5M5Y J; 1W7P B; 2Y75 A; 3QQA A; 2R5Z B; 2X6O A; 2OJE D; 3PNY A; 2HDW A; 2LH9 A; 5E1X A; 3NQO A; 1K78 A; 1K79 A; 3SDG A; 3GEZ A; 2BY3 A; 3GWZ A; 2Y9Z A; 1SAX A; 5F04 A; 1PP8 F; 3EYY A; 3LMM A; 3HOY J; 1R7J A; 2GA1 A; 3MWM A; 4E7J A; 3OIQ A; 5LHI A; 5E20 A; 1QO0 D; 9ANT A; 2EFN A; 1IG7 A; 2AXT C; 2STW A; 4Z6Y A; 1CF7 B; 2KL4 A; 2CW7 A; 4GFB A; 5LLQ A; 1LEB A; 1JUM A; 2DYS H; 4KT5 C; 3CLO A; 1RR7 A; 4Q5S F; 1YJW I; 2FOK A; 2WB1 A; 1X2N A; 2I10 A; 4ZDP A; 2X6X A; 3ERE D; 3B02 A; 3V4G A; 4YIR X; 4KN7 X; 5B1A H; 3Q0V A; 4MQV A; 1TQP A; 2Q2E B; 2XB5 A; 4Q4Z F; 1R5G A; 2GA2 A; 3D5S C; 2XKO A; 3OOP A; 5LBQ A; 4I02 A; 1IN7 A; 3OYD A; 3EUH A; 5FB2 A; 2WB1 N; 4PZJ A; 1Z77 A; 3FXL A; 1AU7 A; 3AG2 H; 4RGU A; 1TT0 A; 3S15 J; 5K1Y A; 2TRT A; 1MJ9 A; 2LF8 A; 1WH7 A; 1WSU A; 1K6Y A; 3R0J A; 1T33 A; 1HKQ A; 2V1N A; 4JX5 A; 2O6G E; 2ECC A; 2O7O A; 4IHV A; 5LHG A; 1U2W A; 1T2K A; 3WE3 A; 2CV0 A; 2Z2S B; 3HSR A; 4CYD A; 3CC7 I; 2XPU A; 4I98 B; 4B8X A; 4I6Z A; 4RGX A; 5K5O A; 2HU9 A; 4A0Y A; 4XK4 A; 2IS2 A; 1ZR2 A; 3BOQ A; 5LGU A; 2E1C A; 3GZ6 A; 2W7N A; 3W2A A; 3ZQ7 A; 3TMO A; 2Z5U A; 3FM5 A; 1GUU A; 3WHC A; 1D1C A; 3IRQ A; 1W0T A; 1PP7 U; 3MMY B; 2JSC A; 2UZK A; 4PDK A; 3QYF A; 2K85 A; 1X1P A; 2M0C A; 1EF4 A; 3LSJ A; 3JRD A; 1VQM I; 3PSI A; 1XTA A; 2DMQ A; 5FKM A; 4L0Y B; 2FBH A; 3PQK A; 1MSE C; 5JLX A; 3KEO A; 1XMA A; 4DNC A; 4BQQ A; 5H20 A; 4YEJ A; 1R5I D; 2HDD A; 1YIT I; 1UZC A; 3HKZ A; 3TP3 A; 2CH0 A; 2EA4 A; 5HLT A; 2OZU A; 3OYA A; 3ABU A; 1P92 A; 4V2G A; 3NRV A; 2WC2 A; 5LD2 C; 2PJP A; 1SFK A; 2ZXW H; 2EZI A; 3M8F A; 2DBB A; 1LFB A; 2FXA A; 2LKP A; 2Y30 A; 2QBY A; 4I7H A; 2E1N A; 2QKM B; 5L3D A; 1QA6 A; 3DP7 A; 3E3V A; 5IY5 H; 5CJ9 A; 4HLX A; 2M87 A; 2E71 A; 3JW4 A; 4DYC A; 3A02 A; 5BPD A; 1SD6 A; 1MJB A; 2DA5 A; 3K2A A; 3OS1 A; 2HDC A; 3BR2 A; 2R7Q A; 3MCZ A; 3BG7 A; 1NG6 A; 4YEL A; 3ULQ B; 1O3T A; 1EH7 A; 5L3E A; 1X3U A; 2DQR A; 4J19 A; 2NVQ J; 4PFP A; 1Y1V J; 2EV0 A; 3RQ4 A; 3OR2 C; 5E18 F; 3NEU A; 3F8C A; 4B48 A; 4KFC A; 3C2H A; 3U1D A; 5DUK A; 3CCY A; 1P4X A; 2KQR A; 4DBQ A; 2RQP A; 1IO2 A; 3WGH A; 5LGT A; 1FOY A; 2BW3 B; 3I9V 2; 1TTY A; 1PUF B; 1K6O A; 2ME0 A; 3MQ0 A; 4LIU A; 3RPU A; 4E7K A; 5FLM J; 4CHU A; 5IT9 K; 3LQQ A; 4DW6 A; 2JVG A; 2FEZ A; 5FFZ A; 2W25 A; 4HG2 A; 5IYB J; 3GTK J; 5JLW A; 1KU3 A; 1FOW A; 4IL6 C; 2FQ4 A; 1XMX A; 3ABK H; 4RB1 A; 3FK7 A; 2DDA A; 3Q5F A; 2G7H A; 2P81 A; 1G3T A; 2E1M C; 1MBJ A; 2FJ1 A; 3HPH A; 4JP0 A; 2IGN A; 3F21 A; 1JGG A; 5HS8 A; 3L9F A; 4MTE A; 2CO5 A; 3IAM 2; 3LFU A; 3NWT A; 1WKM A; 4BH9 A; 2ISY A; 1JXS A; 1JUP A; 2A6H F; 2VLA A; 2M2E A; 2QUF A; 3KP4 A; 3ZGK A; 3D0S A; 1FT9 A; 2OC6 A; 3ZQC A; 3TBI A; 4A0Z A; 1U8B A; 1S72 I; 2VXZ A; 3CDL A; 2DPD A; 3L00 A; 3CCR I; 1R4M B; 2HQA A; 2W1O A; 5J47 A; 2Q1Z B; 1WJF A; 3BR3 A; 1ZTR A; 1T0F C; 3S3M A; 1R00 A; 5D5U B; 5D6F A; 2M34 A; 3GTQ J; 2R7W A; 1B1B A; 1NK3 P; 1O7F A; 1DQU A; 4HST A; 2FOW A; 1R49 A; 2QWW A; 2UV1 A; 4AYB A; 4DYQ A; 2E5N A; 2NNY A; 4E7H A; 1W1W E; 3DKY A; 1VQ4 I; 2E7W A; 4KMF A; 3PO3 J; 1TT5 B; 4RAG A; 3MKY B; 1OYY A; 3ISP A; 3H9Q A; 3VOD A; 1IRZ A; 3CJR B; 4BHB A; 2KMU A; 2H1K A; 3K1N A; 5J8C A; 2ZME B; 2ECB A; 3J80 Z; 2A6E F; 2Y48 A; 3GW2 A; 4DYR A; 4B1R A; 1DDN A; 2DK8 A; 3S2H J; 3T5X A; 1TNS A; 1U8R A; 3LQR A; 3IWZ A; 4ABZ A; 4A3L J; 5F0C A; 3JRG A; 1R1T A; 3FWE A; 1XDS A; 3JRE A; 2VOD A; 1LJ9 A; 3BR1 A; 5DDG A; 5EGO A; 2X85 A; 3AG3 H; 1F36 A; 1USS A; 4O6J A; 3J7Y J; 3JR9 A; 4WXC A; 2JA7 J; 3KP7 A; 3BTC A; 3I53 A; 3K4K A; 1YX3 A; 2H6B A; 1MSF C; 4BE2 A; 4DJA A; 1B8I A; 3DTI A; 2KJC A; 2P5V A; 5GTH C; 1IUY A; 4D7M A; 1V4R A; 3MKZ A; 1ZH5 A; 1HW2 A; 4AU7 A; 3DPT A; 3FXU A; 5IP9 J; 2PMZ A; 3EYI A; 2XF5 A; 1ZRC A; 3DKX A; 3ASO H; 3ECO A; 3SEQ A; 3ZPL A; 4ASN A; 2ZJ2 A; 5IPA A; 2A5Y B; 3B6C A; 4I99 C; 3CJT B; 3QOP A; 1JTX A; 3MZH A; 4MFE A; 2XKP A; 1B4A A; 2DA2 A; 4EJV A; 3M7G A; 4KIT B; 4RAF A; 2ELK A; 3V8L A; 2QSF X; 2IJL A; 4BY1 J; 3HXL A; 3BZC A; 5C4J J; 3K4J A; 3OY9 A; 2JA8 J; 1XGM A; 2DMU A; 2FD5 A; 3V7C A; 4C3H J; 1A6I A; 3CCS I; 2L7Z A; 3KE2 A; 3CO7 C; 2DT6 A; 5HDG A; 2VKE A; 1GVJ A; 1GVD A; 4EMS A; 1JJ8 C; 1JTY A; 3HHH A; 5KVR A; 5E3O A; 3OYN A; 2XAS A; 4HQM A; 5J1R A; 4G6D A; 3SQN A; 2QQA A; 5FLX K; 1EA3 A; 2CWE A; 2E2J J; 4IKF A; 1YG2 A; 2DJN A; 1IXR C; 3ZN1 A; 3C2G A; 2IXS A; 1R9T J; 3OYJ A; 2QA4 I; 4LGW A; 4AD9 A; 2F4I A; 1GXP A; 4IHT A; 2FNA A; 2VKD A; 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