2ZME | Genus

Total Genus 69

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	69
sequence length	217
structure length	217
Chain Sequence	AQMSKQLDMFKTNLEEFASKHKQEIRKNPEFRVQFQDMCATIGVDPLASGKGFWSEMLGVGDFYYELGVQIIEVCLALKHRNGGLITLEELHQQVLKGRGKFAQDVSQDDLIRAIKKLKALGTGFGIIPVGGTYLIQSVPAELNMDHTVVLQLAEKNGYVTVSEIKASLKWETERARQVLEHLLKEGLAWLDLQAPGEAHYWLPALFTDLYSQEITA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Integrated structural model and membrane targeting mechanism of the human ESCRT-II complex pubmed doi rcsb
molecule tags	Protein transport
source organism	Homo sapiens
molecule keywords	Vacuolar-sorting protein SNF8
total genus	69
structure length	217
sequence length	217
ec nomenclature
pdb deposition date	2008-04-17

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF04157	EAP30	EAP30/Vps36 family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.10.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Arc Repressor Mutant, subunit A	Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain	2zmeA02
1.10.10.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Arc Repressor Mutant, subunit A	Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain	2zmeA03

4OU0A 1G6NA 1BN5A 4EJOA 5DD4A 1HW2A 1LVAA 1R5HA 2VT3A 3WU1B 1YFHA 2MLGA 4YG2F 3E6CC 1IXSB 3M8FA 5HLIA 3WTWC 2UXXA 1YLFA 1WSUA 3DXJF 1QNTA 1C0WA 1BI1A 4CO8A 5E8IA 1P2FA 4O6JA 1G3SA 3CUQB 2QENA 2HTJA 4KMUX 1IXCA 1Z91A 3R0JA 1IN7A 4QLCU 5A2QZ 1IN4A 5CJ9A 2HYGD 4I7HA 3WE2A 2VONA 5FB2A 3C3WA 4YIIA 2XGXA 3TDZC 2Z5UA 1WRJA 3F23A 2QYOA 3I59B 5LHGA 3I0TA 2H6CA 1ZHFA 3BPVA 4M9SA 4XLNF 5K5OA 1KYZA 5HDKA 4IRHA 1TLHB 1CF7A 2XRNA 1E2XA 3GUDA 5LGUA 4IXAA 5HS8A 4ZZDA 3KP6A 5CVVA 2VOOA 2OU2A 5HS9A 5FO5A 4A6EA 4HBLA 4P9UA 1W7PA 1I5ZA 2KIUA 3HRTA 3CO6C 4U0WA 5LBQA 1R22A 2ZJ2A 2CG4A 2L02A 2FNAA 2P5VA 3FMSA 1XSDA 5J8FA 3K0LA 3P9IA 5DEQA 2DQLA 3PQKA 5E18F 1CGPA 2QWWA 3WGGA 4N9IA 1YO5C 5HS7A 3Q5FA 5D4SA 5J8CA 3ZPLA 1F4KA 2QBYA 3GFMA 3VODA 2MA3A 4G7HF 4JK1X 2VBXA 4KT5C 5FFXA 1TW3A 2EWNA 2V9VA 2HWVA 1O3TA 3FM3A 1U5TC 4RGXA 3L09A 1HKQA 4LMYA 3RPQA 4PCQA 4HA8A 3F6OA 2W57A 5K1YA 3EQLF 2ZKZA 3GZ6A 4HYEA 1BM9A 2EFNA 4EJUA 3ROUA 3EUHA 4ZYDA 3L7WA 3LQRA 1YYVA 4IHTA 2ELHA 2VE8A 3F8CA 2OBPA 1REPC 2K7LA 2XAFA 4CGZA 2F5FA 4G8XA 1I27A 2PBIA 3PQJA 2HQNA 4XRFA 1H0MA 2VC0A 4P5OA 5D5VB 4G9YA 1FLIA 5F6FA 3D5LA 4CZZA 1RI7A 1YS7A 4LK1F 2ISZA 2CFXA 1HSTA 2V1DA 2IP2A 3F8FA 3RI4A 1ULYA 1P4AA 1IAWA 3M7GA 3QP5A 1FPQA 3FMQA 2J5OA 3F8BA 3IRQA 4K2EA 5CVJA 1TNSA 2EFPA 2HGCA 2LNBA 4B8XA 3CUQC 1QGPA 3LA7A 1A04A 1YW8A 2CQKA 2UZKA 3RTRA 2EV0A 1KQ9A 3ECOA 1IN5A 4H0EA 2UWMA 1T0FA 3FXUA 4GO1A 2K27A 4L9TA 4WK8F 3T5XA 1K6OA 3WE3A 4O3MA 3P9KA 1FYLA 4Z2YA 2H6BA 1R58A 2Q2EA 3HSEA 4A2UA 3LSTA 2JRTA 3QPHA 1I1SA 3T8RA 3LWFA 1HXDA 2DT5A 2UXNA 2VT2A 1OMIA 4BH9A 2P8TA 2OQGA 4Y15A 3ZMSA 2VODA 2G7UA 2A07F 3B02A 2FOKA 2NAZA 2E7XA 3LA2A 4LB5A 4BXUA 5DCFA 2ZMEA 1O7LA 3ULQB 4G94A 1V3FA 4EV0A 4M72A 1RIOH 1O3SA 1QZYA 1DUXC 2PQ8A 2G7HA 1QBJA 1SFXA 1XMAA 2BYVE 5ICGA 2DW4A 3WTTC 2RNJA 5JFRA 1Z05A 4A5MA 4FT8A 1K79A 2COMA 3TOBA 5HDGA 5FLXK 1E17A 2GQQA 3KP3A 1R1UA 3I5UA 1YG2A 4ZYGA 2WTEA 3V8LA 4A0XA 3O2PE 4ZYHA 4UVBA 2PMUA 6PAXA 3QU3A 1O57A 3DQVC 5ED4A 4LJZF 3GX4X 3MZHA 2D1VA 3KEOA 1ZG3A 2PMHA 1XD7A 2DBBA 3BDDA 2FBIA 2V1UA 4KN7X 4N9HA 4R79A 1R36A 3ELKA 3FXQA 1ZGJA 4UNOA 3ZN0A 3BJ6A 5L3CA 1MJ9A 4L5JA 1XSXA 3G3ZA 5EEGA 2DQRA 1KU3A 1MKMA 4CXFA 2IA0A 4XSXF 2W85A 2NNYA 4I02A 4G7ZF 3BY6A 4UVAA 4KFCA 2LSOA 4L0ZB 3N97A 4Q47A 2YX7A 5KK1A 2FA5A 2VBWA 1T98A 2IPQX 4LB6B 1FY7A 1OYWA 5DUKA 3FM5A 4L9VA 3WGIA 5CVIA 3TQNA 1J9IA 1O3RA 4GYGA 1GHCA 4ASNA 3GFLA 4YFNF 2A69F 1FWZA 2DO7A 4OOIA 2IRFG 3KLOA 1J7KA 1S29A 1U3EM 1CF7B 2XHKA 1XGMA 1IUYA 1EV7A 1O3QA 1S8NA 3L2CA 3MQ0A 3U1DA 1QZZA 2F2EA 4WCGA 3L00A 1T2KA 5HLGA 3G73A 2EV6A 5BPIA 2KIMA 2EFQA 2ZFWA 4M6YA 1XCBA 1XGNA 3BPXA 1FNNA 1W7PB 3JTGA 3BJOA 3WTSC 2A61A 1ZYRF 3CO7C 4HV6A 1H9TA 3BJAA 4CHUA 1L0OC 1USTA 5K5RA 2PI0A 1R00A 2HFHA 1KQ8A 2L4AA 2F5CA 2H94A 1T6SA 2VC1A 2M1BA 1LNWA 3HSFA 2L4MA 2Y0MA 5LGNA 1R1TA 5LHIA 2D1HA 5HLHA 3CJNA 3F8NA 3MAJA 3TDUC 2VXZA 2EA2A 5LEKA 3GXOA 3TGNA 3R4KA 1LQ1A 3I64A 2LDUA 1KU9A 3MFKA 4PGHA 1AOYA 2NYXA 4S04A 2AXLA 3CDHA 4RB3C 2DLLA 2BV6A 1W5TA 1ON1A 1Z6RA 1S6LA 2XIGA 1PUEE 4EJVA 2FQ3A 3MEXA 3RYPA 5CVUA 4HV5A 3DKWA 4F7ZA 3H3ZA 1YTYA 1FBUA 4ZYEA 4U0YA 3DEUA 4XBFA 4XLPF 4R8HA 4KIFA 4KYWA 3HIFA 2A6HF 2W84A 4ENJA 3M9AA 3GFIA 1J2XA 3E97A 2Z9OA 3P9CA 4MTEA 2QVOA 3GW2A 3D0SA 1HKTA 1EH6A 2FEZA 3MWMA 3BP8A 5LLQA 5AIPA 3HTSB 4EM2A 4HQMA 4G6QA 1FSHA 2WV0A 1OPCA 1SMTA 4HLYA 5FFZA 3S2WA 4ZZLA 2M87A 1B4AA 2CW0F 3GFJA 3LQQA 5L3BA 4YIFA 5IT9K 5F64A 2A6EF 3QP6A 5F1RA 3E6MA 3VOEA 1UCRA 1U78A 1TNTA 4LLGF 4AIHA 2VBZA 5EEHA 4A5NA 2K02A 1MGTA 1XB4A 4P96A 2OZUA 5JR3A 2K4BA 5FLXZ 4BHCA 1B6AA 1KA8A 1IZ1A 2WC2A 1WWXA 2O6GE 4Y13A 1XSVA 4FX0A 2ZCWA 2QLZA 1LDJA 1G3YA 3Q9SA 5LHHA 2HS5A 3C1DA 3U2RA 2FE3A 2MC3A 4MQVA 4IHSA 4LFUA 3EYYA 1ONVA 4RB0A 1KU7A 1BBYA 2ZMEB 3VEPA 5L3FA 2FSWA 2HKOA 1XN7A 1FT9A 2OQRA 4JBAA 3N4MA 3GLXA 2P4WA 1MJBA 4AWXB 2HQRA 4RB2C 5E1ZB 3O3KA 1MD0A 3ZMUA 3BROA 3WTUC 3HTUA 5DYMA 4HDVA 2ZXJA 2Q8KA 1LJ9A 5D6FA 1RZ4A 2IVMA 5ILUA 2P5KA 2V79A 4LK0F 4HX8A 2DU9A 2VN2A 1FOKA 4N0BA 4IPAA 1FYKA 5CYVA 2EFWA 2L3DA 1S3JA 3KE2A 3KP2A 4EJWA 1ZH5A 2PEXA 2JZYA 2PFBA 3F22A 5DCMB 3COAC 5JHUA 2CSOA 1RUOA 1T39A 5ILVA 2Z33A 1J59A 3DV8A 3HOTA 1U2WA 5LEJA 3M1EA 3IC7A 4UV9A 2QQAA 3SZTA 3I4PA 1QO0D 1YQAA 3NEUA 3R60A 1J75A 3V8KA 4WF2A 2R7DA 1SMYF 4HF1A 5BPDA 4U7BA 2XAJA 3HYIA 2F5EA 3P7NA 2H27A 3GZ5A 4DNCA 5LGTA 1JXSA 3RPUA 4NQWA 5D5UB 2EB7A 3CUOA 2E7WA 2O0YA 4UV8A 2YSRA 1QQIA 3GEZA 2XAQA 3OV8A 1WQ2A 1LDDA 2XROA 1SD5A 2ISYA 1USSA 3K2ZA 1SFUA 1QPMA 2BGCA 1HBXG 2ZO4A 2OZ6A 3B73A 4A6DA 4B09A 1ODDA 3ML6A 1BC8C 2QM3A 3SQNA 4UUVA 2QUFA 2CWEA 1K7AA 3KZZA 1RUNA 4CICA 3LFKA 1IF1A 3J80K 1DPUA 1BOAA 4ZH4F 3T8TA 3WGHA 1U8RA 3E5QA 1J0RA 2FRHA 1P6RA 1FYMA 3ZP5A 2GWRA 2HR3A 2LKPA 1DPRA 1U6GA 3TO6A 4L9JA 1FP1D 4BHPA 4D0PA 1BJAA 4U7DA 3FF5A 4ESFA 2X4HA 5D4RA 5DCMA 5K5QA 2IA1A 5JI6A 3IHUA 3W6KB 1GXQA 5ICCA 1WKMA 4HW0A 2M8EA 5BMZA 1I1GA 3QOPA 3L9FA 3CLOA 2HOEA 2XAGA 2DK5A 5KVRA 2RQPA 5E1XA 4IF4A 3F3XA 4A12A 4KDPA 3E5UA 1YW9A 2EFOA 4HX7A 4BAYA 5HVQC 3FWEA 4RGRA 1GXPA 3KZYA 4KMFA 1FC3A 3RKWA 4EVIA 3LAPA 1R5GA 2HZTA 4A0ZA 5BS6A 5BOXA 3JW4A 3HHHA 3V8JA 4OIOF 4S05A 3HRMA 5JVTA 4OINF 1OR7A 1JE8A 2OA4A 3JAMK 1D8JA 3JSPA 4RB1A 2NS0A 1GVJA 2TDXA 2K86A 1ZLJA 5IT9Z 2J5PA 3T1BA 1YW7A 3T0YA 3WG9A 1YS6A 4GGGA 1F1ZA 1MJAA 1G4DA 3GF2A 4UVCA 1ZG5A 1JHHA 4I98B 2FXAA 2HDCA 1TQMA 5E17F 1PP7U 1IN6A 1XMKA 1Z1DA 2P5LC 1P92A 2FU4A 3JSOA 4BQAA 4ON0A 2BE5F 5DUIA 2B0LA 1ZGAA 4HF2A 1OYIA 3HRSA 2A3SA 2XKPA 4I0AA 5HDNA 3WODF 2P7VB 2F5DA 1R7JA 2GIVA 4EGZA 2GA2A 1SAXA 2EA4A 1W4MA 2V1XA 2FBKA 1OKRA 1S7AA 4EM0B 2E1CA 4P55A 2E1NA 5D8KB 5L3GA 2FMYA 2ADUA 1ZRDA 1ZRCA 3Q9VA 1EH8A 5ICFA 4GXOA 1B9MA 5H6QA 2JPBA 3RKXA 1FSEA 2YR2A 3EDPA 3MZYA 3BOQA 2IT0A 1D8KA 3E5XA 1FZPB 2DFIA 3QAHA 2XKOA 2YPRA 4MEXF 1IXRC 1RNLA 5H20A 2PJPA 1FBSA 2G9WA 3WTYC 1TTYA 3IL2A 4WXDA 1Q1HA 4MNUA 4HX4A 2FF4A 3U9GA 1LB2A 3FZVA 1F5TA 4M6XA 2A68F 4BNCA 4I0BA 2NNNA 4MGRA 3E6DA 4LG0B 2OD5A 4RAYA 1OYYA 2VOPA 1SD6A 3FX3A 4M9ZA 5FD5A 4EQQA 2DAOA 3ERED 3LAJA 4OMZA 2EK5A 3GO5A 5D5XB 4ESJA 2XASA 3ZMTA 4OIRF 1TW2A 5DDGA 1MZBA 3FMRA 3F72A 2RC4A 1DDNA 4LGWA 1W5SA 2CO5A 4I01A 3RYRA 1DP7P 4AIJA 4PDKA 3MCZA 3KCCA 5E8GA 2ZNYA 4KIGA 1NHAA 4EJTA 4Q4ZF 3KFWX 3RJPA 4FX4A 1B1BA 2DK8A 3ZMDA 2Q0OA 1S7OA 2YX4A 1W7PD 3RIRA 4LLLA 1P4WA 2XV4S 1HQCA 2ZBKA 4JQFA 4I2OA 3ZN1A 3ZMVA 3E3VA 4IRGA 4RGSA 4HF0A 2RV8A 1BIBA 3IKTA 3WTXC 2M30A 2GZWA 3WTVC 1XGOA 1WI9A 1MDMA 1U5TA 5ERIA 1BI0A 5FD6A 4PGGA 3J81K 2ESNA 2L01A 2QQ9A 5ICEA 4YFXF 2CYYA 3I71A 3I54A 2EJRA 1IN8A 1ZREA 3LA3A 1F9NA 5CVRA 1LDKB 3QPTA 5BQTA 4AD9A 2KJBA 2O3FA 4E70A 2K4JA 3J80Z 2CGPA 1JGSA 3GWZA 2RKHA 4MEYF 2R7FA 3CTAA 3V7SA 2ACJA 1EH7A 4MHGA 4YFKF 3PFIA 2D45A 4WWCA 2IW5A 4ENKA 3DFGA 4UXNA 3F21A 4WXCA 3SXYA 4L9NA 4GCVA 3SZPA 1SD4A 3TKYA 3ABTA 4AIKA 4HZFA 4GYIA 1I6XA 4LLNA 1XDSA 1BI3A 2W24A 3BZ6A 5DV5A 4LG0A 3EYIA 4PZJA 2RVCA 4WXHA 3KEQA 4MQ9F 2GA1A 5LRRA 4HLXA 3CUQA 4BHBA 4Y17A 1TBXA 3IWFA 2XAHA 1Y0UA 2QZ8A 2GXGA 2A5YB 1PDNC 4P9FA 4QWQA 3K1PA 1UHWA 3KLNA 2M45A 2MH2A 3R0AA 2M5WA 4HAMA 2O61A 3I59A 3JAMZ 4KNYA 1ZRFA 3HOSA 4KUMA 2L54A 4Q48A 4NHJA 1FP2A 1HKSA 2AS5F 5H6RA 2D2WA 2MD5A 3IWZA 1Z6TA 1VTNC 2JPCA 4G7OF 2KIFA 2ZNZA 3KP4A 1K78B 4M71A 1BI2A 2KJCA 2W25A 4A0YA 1X3UA 2IA2A 3O6BB 4L5IA 2GAUA 3VB2A 2QQBA 3F8MA 1G3WA 5A2QK 1IRFA 3DF8A 2O03A 3RDIA 2RN7A 2IJLA 5D6EA 2YU3A 3F6VA 4KIBA 1KU2A 5D5WB 5D8LB 1J5YA 3HHGA 1R23A 1V4RA 4L0YB 4XSZF 4ENNA 1SFEA 4CYDA 3JTHA 4M74A 3C18A 1FX7A 4LD5A 1T38A 1TQPA 2EV5A 1ZAOA 3R61A 2VBYA 4HQEA 2P6SA 2VE9A 3K9TA 5E20A 3OOPA 1UB9A 4TV7A 4NB5A 3K69A 2DPUA 2FMLA 1SD7A 4IJAA 3E6BA 4IVNA 4UHTA 3RKYA 4MTDA 1AWCA 4HDUA 2HYFA 3KP7A 4Q5SF 3KETA 4RS8A 3WTZA 3TO7A 4R1HA 1XCVA 4BYYA 2ESHA 2MH9A 1KYWA 2H09A 3VFZA 2O8XA 4I09A 4EGYA 4EM1A 3J7AO 5CLSA 2PG4A 3K1NA 2RDPA 2X0LA 1JHFA 1D5VA 2C6YA 3HSRA 4M73A 5AIQA 1B9NA 1LEAA 2MLKA 1ZLKA 3NQOA 4FHTA 5E1WA 1UHMA 3R6SA 3V4GA 2Z3YA 4G6DA 1KGSA 4KN4X 2LF7A 2V6CA 4ETSA 1XGSA 2GXBA 3TO9A 1ON2A 2KRFA 1STZA 4ENMA 2HTSA 2BEOA 1K78A 5LRSA 1IW7F 3FHZA 1HW5A 5TRDA 3HUGA 1LEBA 2NRAC 1HW1A 4OIPF 1B59A 3IKVA 2FBHA 4IRIA 2PN6A 5J6XA 3ECHA 1R1VA 2P6TA 1UFMA 1BC7C 5IT3A 4KA4A 3ABUA 2RGVA 2JTVA 2PLYA 4U0VA 2Z99A 2ETHA 3QRFF 1TQIA 1BIAA 3WU0A 1Z9CA 3GYHX 2JT1A 5TJJA 1G3TA 1FBQA 3IRRA 3I58A 4CDGA 3HRUA 4L18B 4WX9A 1ZG1A 2QBYB 1ZARA 4RAZA 2XVCA 1D3YA 2KKOA 4HOBA 3KP5A 4KICA 4EMSA 3ISPA 3SHFA 3M8EA 1Z7UA 3W6JB 1O7FA 3H92A 3J81Z 5FGMA 3EETA 5ILSA 2R3SA 5AONA 3BWGA 4M9XA 4OMYA 2WWYA 5L3DA 4U88A 3GVAA 2XUBA 3DPTA 3FXRA 1L3LA 1IRGA 4O5VA 1PP8F 1P4XA 2OAZA 3QU6A 3I53A 3AAFA 3DPLC 5L3EA 3ZMZA 3REOA 2DTRA 2MBFA 2HEOA 4OIQF 5DD8A 2LF8A 1HSJA 2STTA 2HKXA 1MDMB 1U5TB 2DI3A 3K1MA 3DP7A 3H3UA 3NRVA 2BBYA 1XDUA 1YIOA 3V7RA 2Y75A 3C7JA 1H9GA 2P7CB 3ZQ7A 4RGUA 3V7CA 1KQ0A 4AVPA 4ESBA 4DQ2A 5HOOA 2DPDA 3SFZA 3TOAA 2Y48A 2FNPA 1ZN2A 2JSCA 2STWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4OU0 A;  1G6N A;  1BN5 A;  4EJO A;  5DD4 A;  1HW2 A;  1LVA A;  1R5H A;  2VT3 A;  3WU1 B;  1YFH A;  2MLG A;  4YG2 F;  3E6C C;  1IXS B;  3M8F A;  5HLI A;  3WTW C;  2UXX A;  1YLF A;  1WSU A;  3DXJ F;  1QNT A;  1C0W A;  1BI1 A;  4CO8 A;  5E8I A;  1P2F A;  4O6J A;  1G3S A;  3CUQ B;  2QEN A;  2HTJ A;  4KMU X;  1IXC A;  1Z91 A;  3R0J A;  1IN7 A;  4QLC U;  5A2Q Z;  1IN4 A;  5CJ9 A;  2HYG D;  4I7H A;  3WE2 A;  2VON A;  5FB2 A;  3C3W A;  4YII A;  2XGX A;  3TDZ C;  2Z5U A;  1WRJ A;  3F23 A;  2QYO A;  3I59 B;  5LHG A;  3I0T A;  2H6C A;  1ZHF A;  3BPV A;  4M9S A;  4XLN F;  5K5O A;  1KYZ A;  5HDK A;  4IRH A;  1TLH B;  1CF7 A;  2XRN A;  1E2X A;  3GUD A;  5LGU A;  4IXA A;  5HS8 A;  4ZZD A;  3KP6 A;  5CVV A;  2VOO A;  2OU2 A;  5HS9 A;  5FO5 A;  4A6E A;  4HBL A;  4P9U A;  1W7P A;  1I5Z A;  2KIU A;  3HRT A;  3CO6 C;  4U0W A;  5LBQ A;  1R22 A;  2ZJ2 A;  2CG4 A;  2L02 A;  2FNA A;  2P5V A;  3FMS A;  1XSD A;  5J8F A;  3K0L A;  3P9I A;  5DEQ A;  2DQL A;  3PQK A;  5E18 F;  1CGP A;  2QWW A;  3WGG A;  4N9I A;  1YO5 C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2ZMEA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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pfam database annotations