The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
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sequence length |
79
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structure length |
79
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Chain Sequence |
KIKNYQTAPFDSRFPNQNQTRNCWQNYLDFHRCEKAMTAKGGDVSVCEWYRRVYKSLCPISWVSTWDDRRAEGTFPGKI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
X-ray structure of the NO-bound Cu(B) in bovine cytochrome c oxidase
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Cytochrome c oxidase subunit 1
|
| molecule tags |
Oxidoreductase
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| total genus |
26
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| structure length |
79
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| sequence length |
79
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| chains with identical sequence |
U
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-12-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| H | PF02297 | COX6B | Cytochrome oxidase c subunit VIb |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | Cytochrome c oxidase, subunit VIb |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1V54 H; 3ABM H; 2DYR H; 3ABL H; 2EIK H; 3X2Q H; 3ASO H; 1OCZ H; 3ABK H; 3AG4 H; 2OCC H; 3AG3 H; 3ASN H; 2EIM H; 2DYS H; 2ZXW H; 5B1B H; 2EIN H; 3AG1 H; 2EIL H; 2EIJ H; 3AG2 H; 3WG7 H; 1V55 H; 5IY5 H; 1OCC H; 1OCR H; 5B3S H; 2Y69 H; 1OCO H; 5B1A H; #chains in the Genus database with same CATH topology 1BR2 A; 3KLO A; 3SEZ A; 5KHD A; 3HTU A; 2E19 A; 2RAE A; 2JUC A; 3ZQH A; 4B4C A; 5EF6 A; 3N97 A; 2KRC A; 4M6Y A; 4HNT A; 1Z91 A; 3SDB A; 3BZ6 A; 2ISY A; 4I76 A; 3GTQ J; 1XC5 A; 2RRE A; 5EGO B; 1APL C; 1W1W E; 3GTP J; 2N8G A; 3NRV A; 2DFF A; 2ME0 A; 1KU2 A; 4R1H A; 3WU1 B; 5HNF A; 4IHT A; 1OCO H; 3ZQF A; 3OYK A; 2V1D A; 2HZT A; 3GEZ A; 4GO1 A; 2GOM A; 3WG9 A; 1VQM I; 2VI6 A; 1QHG A; 1RC9 A; 2DTZ A; 2HU9 A; 4OAY A; 1EH8 A; 2O7O A; 2CQN A; 4CZC A; 1O7F A; 2DYS H; 4TV7 A; 3H9G A; 5IYB J; 4D5C A; 4JOM A; 2YU9 J; 4II3 A; 3V8L A; 3MZH A; 4BXU A; 4IL6 C; 3CJQ B; 3DQV C; 3K4L A; 4O6J A; 1WKM A; 1EJ9 A; 1JUP A; 1YIJ I; 2DFH A; 2IP2 A; 1PUF A; 1J75 A; 3F8N A; 2IPQ X; 2R7D A; 2OQR A; 1HST A; 2LKX A; 3NEU A; 1D0Y A; 3RIR A; 3K1N A; 5FD6 A; 3JCU C; 1TW2 A; 3ZPL A; 1G3Y A; 4IHW A; 5AON A; 1Z6T A; 2LDU A; 1L3L A; 2DPD A; 3HHH A; 2WBM A; 4ESF A; 1JXS A; 2XGD A; 3E6B A; 1SD4 A; 2JK3 A; 4QIW N; 2A68 F; 2EH3 A; 2LBF A; 2PEX A; 5IP9 J; 5F04 A; 3GTO J; 4BBR J; 4E7S A; 2DAO A; 4ENN A; 2MC3 A; 4AU7 A; 3B6C A; 4MGR A; 2B7E A; 2DJI A; 2VQH A; 1F43 A; 2MH9 A; 3HJE A; 4MTE A; 1F4K A; 4ZTF A; 3F6O A; 5TIS C; 2M2E A; 2L4A A; 2K5C A; 4PGG A; 1QVT A; 5FJ8 J; 1A35 A; 1WH7 A; 3DV8 A; 4LG3 A; 5JHU A; 1WJD A; 4II2 A; 3A01 A; 5J47 A; 3H5A A; 2RDP A; 1ZYR F; 4Q4Z F; 4ZC3 A; 1LVK A; 2HQ5 A; 2WAQ A; 4BE2 A; 1R23 A; 2EIJ H; 4AD9 A; 3BG9 A; 1OYY A; 4LMY A; 3GO5 A; 5EYR A; 3DKW A; 5F0C A; 3KEQ A; 4PFP A; 3PJR A; 2M34 A; 3IV5 A; 2JPC A; 3L2U A; 1LVA A; 3S93 A; 1FJL A; 4EJW A; 5FLX K; 3WTV C; 1TQI A; 3I3L A; 3ABM H; 4PUS A; 2VBX A; 3DKX A; 2B63 J; 2ELH A; 5J8F A; 3ELK A; 5DEQ A; 3OR1 C; 4XOT A; 3BG5 A; 2Z1D A; 4F7Z A; 3H3U A; 1TWC J; 2VJ4 A; 1SFK A; 3BRO A; 2YSR A; 4XLE A; 3QOD A; 5E3N A; 3BTC A; 2KQR A; 4EJO A; 5K5Q A; 2VC1 A; 2HQN A; 1WJB A; 1TT5 B; 1AOY A; 1XD7 A; 3U2R A; 3RKX A; 3VYR B; 3KX2 A; 2XRO A; 3L2R A; 3J7A O; 4RAF A; 2K4J A; 4U7D A; 2V9P A; 4XBF A; 3CO7 C; 1LNW A; 1RNL A; 1ZGW A; 4XQF A; 3MFK A; 1EH7 A; 1K6Y A; 2W1O A; 3KIO A; 4GXO A; 2XRN A; 2LKS A; 3I55 I; 3KLN A; 4XRM A; 4HBL A; 4A5N A; 1ETW A; 3Q0W A; 4XRF A; 1ZAO A; 4I0B A; 2FOW A; 3CCE I; 2R5Y B; 1GT0 C; 4OAZ A; 3TO9 A; 5JR3 A; 3A2K A; 4WXH A; 1X1B A; 3BT9 A; 4NNJ A; 2C6Y A; 2Y69 H; 3S2D J; 2BVL A; 2XDV A; 3HRT A; 2ACJ A; 2W82 A; 1V54 H; 4B48 A; 4EM1 A; 2NNN A; 1PYV A; 1WVR A; 2V4J C; 2HQA A; 3DTE A; 1YRN A; 1OCP A; 5LHH A; 3G1O A; 2L7M P; 5DCM A; 3QYE A; 4KUM A; 3PIP F; 5BQT A; 1G2H A; 2TRT A; 1MMD A; 3CLQ A; 4G7O F; 3S1R J; 2E2I J; 2ME6 A; 4KIB A; 4HQM A; 2KFD A; 4CYD A; 5FLX Z; 3RJP A; 4HQE A; 3CJN A; 3BG6 A; 4I7H A; 2JSP A; 3A01 B; 1RR7 A; 1R5H A; 4JK1 X; 2M1B A; 3B73 A; 2WWY A; 3Q0V A; 3K4B A; 3KET A; 1BN5 A; 3HRU A; 2V9K A; 2FBH A; 2M8E A; 4E7H A; 4XN0 A; 3DWL E; 2UXN A; 2LRD A; 1HKT A; 2HEO A; 3VDX A; 5D4R A; 4A93 J; 1Z7L A; 2JZY A; 1FP1 D; 3L09 A; 1WJC A; 4RM2 A; 2M8G X; 2GIZ A; 1RZ4 A; 3MVP A; 2FA5 A; 4LB5 A; 4IVN A; 4EAT A; 4HF1 A; 3CD6 I; 4M72 A; 1A6Q A; 2XAH A; 4CCJ A; 2H1K A; 5M3F J; 2XAG A; 1Q1V A; 3BJA A; 1DPU A; 2FEZ A; 2H8R A; 3DBH B; 2UUZ A; 2CS3 A; 2W57 A; 3BR2 A; 3DPL C; 4UVB A; 1QPI A; 5EG0 B; 2Y0M A; 4KMF A; 3JRG A; 3OYI A; 1E2X A; 2FRH A; 2D1H A; 2JA5 J; 1XB4 A; 2VQC A; 3ZOB A; 4NHJ A; 1HOM A; 3M8J A; 3WTX C; 2V1U A; 3JAM Z; 3HOS A; 1X3U A; 1O3Q A; 4BHC A; 3F0C A; 2HZD A; 2X1E A; 1YW8 A; 3OYG A; 1I50 J; 3OS2 A; 4L0Z B; 5ILS A; 1E3O C; 1X1A A; 4PGH A; 5C4X J; 2F4M B; 3QPH A; 1I27 A; 5EEH A; 4Q5S F; 2MC4 A; 3BPV A; 2DMP A; 3HIF A; 2Z99 A; 3CCV I; 5L3D A; 4DJA A; 2L01 A; 1ZKG A; 4M9Z A; 1XSV A; 1IJW C; 1SD7 A; 4IKF A; 2W00 A; 3BY6 A; 5D5X B; 2QWW A; 4FCY A; 5CVI A; 5C4J J; 1QZE A; 2CSO A; 3LMM A; 4Y52 J; 1X58 A; 3RKW A; 4CGZ A; 2IBD A; 5EEA A; 1Y56 A; 2FML A; 1E17 A; 2QQ9 A; 3LST A; 1LJ9 A; 5DDG A; 1YRN B; 1NH3 A; 1NG7 A; 3D5R C; 2JA2 A; 2VC0 A; 3ML6 A; 3LSM A; 3RKY A; 3NWS A; 2LVS A; 1P6R A; 2KRF A; 3A03 A; 1O3T A; 1ON1 A; 4D9J A; 3GX4 X; 3QP6 A; 3GLL A; 2AHQ A; 1K4S A; 5ILV A; 1GVD A; 1TZL A; 2ICW G; 1MBE A; 2R7V A; 1B1B A; 4AID A; 2DU9 A; 2VBY A; 4PSW A; 3HKZ A; 1FX7 A; 4ENK A; 3V8J A; 1U6G A; 3CDH A; 2X1C A; 4A3C J; 2FBI A; 1ZQ3 P; 1XMA A; 1YYV A; 4BY1 J; 1L0O C; 2Q2E B; 3FZV A; 1KQ9 A; 1QZZ A; 4KN7 X; 3HEF A; 1BR4 A; 3CMA I; 1R9T J; 1W0U A; 2E60 A; 3K0L A; 1HDP A; 3D5L A; 1W4M A; 4IOA F; 2A5Y B; 3WGH A; 4BHB A; 4F55 A; 1LEB A; 6PAX A; 2BHZ A; 2RVC A; 4JX6 A; 4AVP A; 3L9F A; 1W5C C; 2I5U A; 3MAJ A; 1T2K A; 5F08 A; 5LHI A; 4I6Z A; 4HDU A; 3PQJ A; 3TW6 A; 3OR2 C; 2LF7 A; 3EPZ A; 2H27 A; 1QQI A; 5ICC A; 4HF0 A; 2CFO A; 3ZR8 X; 3CCS I; 2EBI A; 2VJJ A; 2JPB A; 3BZC A; 3EUK L; 4E6K G; 1AWC A; 3QYB A; 3I0T A; 2JT1 A; 2HYF A; 2RC4 A; 3CQZ J; 1VQL I; 2DI3 A; 3S14 J; 3JSO A; 1D1A A; 5AIP A; 3DEW A; 2GXA A; 2DA4 A; 4UB8 C; 4W1U A; 1ETV A; 5GP9 A; 1ZHF A; 4XRS G; 3H9Q A; 4RM3 A; 1B9M A; 2F5V A; 2F48 A; 4JQF A; 1SVM A; 4UUT A; 3PNT A; 2DFI A; 1W0T A; 4EGY A; 4U0Y A; 5M5Y J; 3L1P A; 4NQW A; 4CA0 A; 3IC7 A; 1HQC A; 2CQ7 A; 3BTL A; 4EJT A; 2A6H F; 1LFU P; 3L2V A; 2ADU A; 3UKG A; 4LIU A; 4MNU A; 3T8T A; 4PJL A; 3TO7 A; 4WCG A; 2IS4 A; 1V5E A; 1MND A; 4YFK F; 5ICG A; 3RZO J; 2KJC A; 4M3F A; 3VYT B; 5LGN A; 2EV6 A; 4YFX F; 4OIR F; 5LD2 C; 2K7L A; 3CMM A; 3V7R A; 2Z33 A; 1B8I B; 4J19 A; 5KCM A; 1QU3 A; 4MIM A; 1W7P A; 1Y6I A; 3ZRG A; 2VXD A; 4AVZ A; 5B1B H; 2G7H A; 3CJT B; 4KN4 X; 4V2F A; 3KZY A; 5FO5 A; 4HF2 A; 1IUF A; 2K27 A; 3KZI C; 4ETS A; 1KYW A; 2M4K A; 4UB6 C; 3SZT A; 4MEX F; 5KNL A; 2BBY A; 1XMK A; 3KP4 A; 2M30 A; 4EJU A; 2DA3 A; 3QOP A; 3TDZ C; 1F9N A; 2XVC A; 4RB0 A; 1VFC A; 4XSX F; 2NVX J; 4UNO A; 2RGV A; 2V7F A; 3GFI A; 3NWT A; 4AIH A; 5CVV A; 3JRB A; 2ZJP F; 2LMD A; 2ZXH A; 3RSN A; 5K7Z A; 5K1Y A; 3GXO A; 3QU6 A; 1AA7 A; 4BE1 A; 1MJA A; 3DFG A; 3K6G A; 5E1Z B; 4LLG F; 4X1E A; 1E3P A; 5TGT A; 5DM6 F; 1JKR C; 5CVU A; 2QBY B; 3IAS 2; 4KDP A; 1MKM A; 1T33 A; 2BW3 A; 3ABU A; 4XKB A; 5J40 A; 4C3H J; 2Y0S A; 4HYE A; 2P6S A; 4HDV A; 3TED A; 4G94 A; 2LY2 A; 4OWR B; 1AHD P; 2XB5 A; 2OBP A; 5L3G A; 1BBY A; 3WE3 A; 4FET A; 4QLC U; 2DMT A; 4G8X A; 2Z9O A; 1IN8 A; 4M6X A; 4XLF A; 4Y7N J; 3W6V A; 1WJF A; 2HXO A; 2PG4 A; 2V79 A; 2BV6 A; 3N05 A; 4Y17 A; 3H1C A; 2KZV A; 5D8K B; 3VYS B; 4E7J A; 2VN2 A; 3OL3 A; 2X6O A; 4AWX B; 1OIS A; 2EZH A; 1HKQ A; 1MJ9 A; 4ZYD A; 1GV2 A; 3H0D A; 3OIQ A; 2NRA C; 4XIC A; 2OJE D; 3GZN B; 1FTZ A; 3PO2 J; 1YOV B; 3BR6 A; 3KP6 A; 4LD5 A; 5IT3 A; 2NVT J; 3QPT A; 1K4T A; 5DYM A; 3FDY A; 4NQW B; 1MNM C; 1GVJ A; 5HDN A; 2KL4 A; 3A02 A; 2EK5 A; 4XOR A; 4WX9 A; 5D8L B; 3FK6 A; 1E3H A; 3EET A; 4A5M A; 3HYI A; 4QSH A; 1MBG A; 4BKX A; 4FAS D; 5JHF A; 1IN6 A; 3E6C C; 2BEO A; 1OKR A; 1R1U A; 5BPD A; 2IXS A; 1FMV A; 2P6T A; 3KYC B; 1D0Z A; 1U5T C; 2XRL A; 4FT8 A; 1RES A; 2CYY A; 5EEG A; 4CZZ A; 3K9T A; 1OR7 C; 2LOO A; 1W7P B; 3FXM A; 2KKO A; 5LRS A; 3HPH A; 4EGZ A; 1QNT A; 2CWE A; 4PDK A; 4AYB N; 5M3M J; 5L3C A; 4HNU A; 2G7U A; 2HGC A; 2E2J J; 3CLO A; 1MBF A; 3IRR A; 2XUB A; 2VJ5 A; 2ZJR F; 4QWQ A; 4GDF A; 1K6O A; 4EQQ A; 2FUG 2; 2XSJ C; 2M7B A; 2WA0 A; 1RI7 A; 1Y0U A; 2JWT A; 1YX5 A; 2MG4 A; 1RET A; 1KGS A; 3MKY B; 2P5L C; 1MSE C; 2JSC A; 3K4M A; 2Y31 A; 5IYC J; 2GIV A; 2OU2 A; 2IJL A; 1TNT A; 2K9Q A; 3FM3 A; 3T5X A; 4YRV A; 2RNG A; 1XTA A; 2HPM A; 1TL8 A; 5DD4 A; 4E7K A; 3HOY J; 2DXI A; 3OV8 A; 5EGO A; 3KP7 A; 2ZME C; 1X19 A; 1CQT A; 3D1N I; 4F52 A; 4C2T A; 4UHT A; 5DV5 A; 3CZ6 A; 4D7N A; 3ASO H; 3HDD A; 1WJE A; 2PMZ A; 4RA2 A; 1UCR A; 1LEA A; 1VQ6 I; 2HYG D; 3FXU A; 2GOX B; 1A36 A; 1F36 A; 2ZNZ A; 2HFH A; 3K4C A; 3F23 A; 1Y8Q B; 2LR8 A; 4HLY A; 5LBQ A; 3DEU A; 5CKT A; 5L3E A; 3IH3 A; 4A3F J; 1FNN A; 1ZLJ A; 4CDG A; 1RPW A; 3HSE A; 3ECH A; 2ZBK A; 4CYC A; 4G7H F; 2XPU A; 2LNB A; 5H6R A; 1J59 A; 1IDZ A; 3T0Y A; 1MD0 A; 3MQ0 A; 2OF7 A; 3ERM A; 2NS8 A; 2CUZ A; 1ZG5 A; 2ID3 A; 1FYM A; 3FF5 A; 2EZK A; 3FXL A; 3HZJ A; 1T6S A; 2VPR A; 3DU5 A; 4FIS A; 3QYF A; 4MTD A; 1Z05 A; 1NK3 P; 2E1M C; 4V2G A; 2HVS A; 3HRS A; 1SAU A; 1E0E A; 4BJ5 C; 1N25 A; 1VQ4 I; 3OYC A; 2CUJ A; 4IZZ A; 2HOA A; 1VQ9 I; 2FNA A; 1FLI A; 2XF7 A; 1PUE E; 2OD5 A; 3H5R A; 4I01 A; 1C0W A; 2HKX A; 4JBA A; 1T95 A; 2R4G A; 5CVJ A; 3CCQ I; 1B72 A; 2OCC H; 4OIP F; 2DBB A; 5DUK A; 3OOP A; 1ACI A; 1ITY A; 1G59 A; 1X4O A; 3LL7 A; 2XGC A; 2NXN B; 2W24 A; 4CCL A; 1WJA A; 2IGN A; 3AG1 H; 1IXC A; 1LDD A; 1MIJ A; 2Y9Y A; 2FNP A; 2CQQ A; 1PP7 U; 1R5I D; 4XK4 A; 3ZQG A; 1O3S A; 3EUH A; 1FOK A; 3G2B A; 3CUQ C; 3QAH A; 4F3Q A; 1S7E A; 4PJ0 C; 2A6E F; 4BXX J; 2F5C A; 2L54 A; 2DOF A; 1ETY A; 3TQN A; 2HYJ A; 4HX7 A; 2DA5 A; 3I4P A; 3E97 A; 3O8H A; 4NB5 A; 5JVT A; 5H2F C; 3GF2 A; 1FP2 A; 3H92 A; 1ZGA A; 4HW0 A; 1ENH A; 1I1G A; 1D1B A; 2O61 A; 3D0S A; 1FMW A; 1UB9 A; 5FRM A; 4IXA A; 2P5K A; 4DYQ A; 2ZJ2 A; 3LSK A; 3FHZ A; 1OYI A; 2GWR A; 2M4G A; 1FC3 A; 5B5E C; 2QKM B; 1M1E B; 3G71 I; 1J09 A; 1I1S A; 2YU3 A; 1FOY A; 3FWE A; 1IO2 A; 1KU3 A; 3FMQ A; 3GCM A; 1ZG3 A; 4Y15 A; 1ETK A; 3ABT A; 2YS9 A; 4CCO A; 4BGD A; 5M5X J; 2EQR A; 2EIK H; 1XSD A; 3IAM 2; 3B6A A; 3X2Q H; 3ZN1 A; 3GUD A; 1QO0 D; 2HOE A; 2QF7 A; 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