The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
21
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sequence length |
67
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structure length |
67
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Chain Sequence |
VDRKLADAHDQMLELAELLTDVLIKNVPGLSEKHAEDASIYMAKNRAVFAAAFKNNATALSELSEPA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The crystal structure of a conserved protein with unknown function from Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000
rcsb |
| molecule keywords |
uncharacterized conserved protein
|
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| source organism |
Pseudomonas syringae pv. tomato
|
| total genus |
21
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| structure length |
67
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| sequence length |
67
|
| chains with identical sequence |
B, C, D, E
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-10-02 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07130 | YebG | YebG protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | PSPTO_1197 like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3ERM A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4RB2 C; 4UY8 I; 3PO2 J; 2L4M A; 4UVC A; 2VE9 A; 1BA5 A; 1UHW A; 4B09 A; 1MKM A; 2QCO A; 5IPA A; 5DV5 A; 3IH3 A; 4L9T A; 2P7C B; 2MYS A; 2VC0 A; 4LOC A; 1FEX A; 3E5U A; 4MIM A; 2XUB A; 3SEQ A; 1OQY A; 3CMA I; 1EH7 A; 3FXU A; 3BTC A; 1MJA A; 3GTL J; 3HOT A; 3DKX A; 4CIC A; 2JA8 J; 1R5G A; 3DBR B; 3SYT A; 3BJA A; 3S2H J; 4FET A; 4B48 A; 1BW6 A; 4ZDP A; 4A3M J; 2FU4 A; 2ZNY A; 5TGT A; 4G7H F; 2PJR A; 3FX3 A; 3H92 A; 4KMU X; 3JAM Z; 2A68 F; 4PGG A; 4IRI A; 2OPT A; 2P5K A; 1BOA A; 1GDT A; 2XIG A; 1WH7 A; 3R61 A; 3IRQ A; 1YW8 A; 1JGS A; 4Y17 A; 3AG1 H; 4XLN F; 2P81 A; 2V1N A; 5EEA A; 3CCR I; 1GUU A; 3FXK A; 2DI3 A; 3OYM A; 2XGD A; 3CO6 C; 4HOB A; 2RVC A; 4R8H A; 1WQ2 A; 2XPV A; 3K4B A; 3BQY A; 4V19 K; 3ZMS A; 3ZPL A; 1U8R A; 4NC7 A; 2ISZ A; 2QBY B; 3IH4 A; 2EFP A; 4M3F A; 4IHT A; 1W36 D; 5IYD J; 3PSF A; 2KDZ A; 1IDY A; 2TCT A; 4HPQ A; 4LLG F; 3RPU A; 2HQN A; 1H89 C; 2GQQ A; 2MH9 A; 4B44 A; 3GME A; 1Z3Y A; 3S1R J; 4YII A; 1LFU P; 1REP C; 2HDD A; 1HF0 A; 1YX3 A; 2R7R A; 1SC7 A; 1UG0 A; 3FDY A; 1LDD A; 3KP2 A; 1IN6 A; 1FBU A; 2RN7 A; 3SZG A; 4S04 A; 1QPM A; 5IT9 Z; 4PCQ A; 2ZBK A; 3VB2 A; 3JCU C; 3HRT A; 4C2T A; 3H5A A; 2K27 A; 3HB9 A; 3M1E A; 5FB2 A; 2LTP A; 1RKT A; 3TP0 A; 2WV1 A; 2L7Z A; 1IN5 A; 1DPU A; 1QNT A; 1GT0 C; 4GYI A; 1ZKG A; 3I0T A; 4EJT A; 3FKJ A; 2W25 A; 2V6E A; 1P92 A; 1STZ A; 1N25 A; 3QQA A; 2RAE A; 1NK2 P; 3OYK A; 3QRF F; 2QZ8 A; 4A0Y A; 3I5U A; 1NK3 P; 3K10 A; 2ACJ A; 3D5R C; 4A69 C; 6PAX A; 3LQQ A; 2W85 A; 5C3E J; 3FF5 A; 1GVD A; 3Q5F A; 3FM5 A; 1VQN I; 1SEU A; 4V2G A; 4H0E A; 3G73 A; 2L9R A; 3OYB A; 4NDL A; 2FMY A; 3HHH A; 3KIO A; 5IY5 H; 3H35 A; 2IW5 A; 2MG4 A; 4CCM A; 4IRG A; 2OD5 A; 3TW7 A; 2JVG A; 4M6Y A; 4BHP A; 2R7X A; 3A01 A; 5ICC A; 1PP8 F; 1L3L A; 4KIG A; 1UHS A; 2LG4 A; 2STT A; 1SFU A; 2MD0 A; 3ZN0 A; 4B3X A; 2DYR H; 1SAN A; 1O57 A; 2KHM A; 3KYC B; 3M3Y J; 2RNG A; 3BRO A; 3HXL A; 3MMY B; 3P9I A; 3ZMU A; 1XGO A; 1ULY A; 3CUQ B; 2NOJ B; 4FHT A; 4ZC3 A; 4G9Y A; 2I5U A; 4PK4 A; 1FYM A; 4XRM A; 2XHK A; 1I1G A; 1IN4 A; 2BVM A; 5DCM A; 2V9K A; 2LRD A; 4IHS A; 5M5Y J; 3LST A; 4DYQ A; 1LPQ A; 4F7Z A; 2Y0S A; 3VSK A; 2M1B A; 3ABM H; 4PJ0 C; 3JRD A; 4RBO A; 3HOS A; 1H9T A; 3H3V K; 4EMS A; 3DTE A; 4EM0 B; 2EFQ A; 1H9G A; 1PDN C; 2K9M A; 1Z7U A; 3DTI A; 3E6C C; 2VBY A; 1EF4 A; 3BJ6 A; 3FXL A; 3QPH A; 5F04 A; 2KP6 A; 1JUM A; 4OMZ A; 2DQR A; 3F21 A; 1IDZ A; 2K4J A; 1ZGA A; 3V7S A; 1X1B A; 2XPU A; 3I53 A; 3E0J B; 4MQ9 F; 3E5X A; 3RYR A; 3RIR A; 1V3F A; 5F27 A; 2JA5 J; 5FRO A; 3H1C A; 4WX9 A; 2M5W A; 2XPW A; 3E5Q A; 4ESJ A; 1HBX G; 3ZR8 X; 3BJO A; 4A3G J; 3OOP A; 2BBY A; 1QHG A; 5HLH A; 2DK5 A; 5IOZ A; 1BR1 A; 5ILV A; 4PSW A; 1DGR M; 2HEO A; 1IRF A; 1D1A A; 5HLG A; 2EA4 A; 4G7O F; 5F1R A; 5FFX A; 4R79 A; 2WB1 N; 4LGW A; 2CW7 A; 2BYV E; 4L0Y B; 1D0Z A; 5HS8 A; 4BUP A; 1IXS B; 3DQV C; 3CP2 A; 3WHC A; 2KIS A; 4K2E A; 1T56 A; 1RC9 A; 5JLW A; 5CVV A; 4AU7 A; 3JRA A; 4Q47 A; 4YIF A; 2W1O A; 3PNY A; 3L09 A; 2E71 A; 3ZQF A; 4EJW A; 2Y2Z A; 1T39 A; 4BQN A; 1QU3 A; 5IP7 J; 1XC5 A; 2V1X A; 4A3C J; 3HKZ N; 2J5P A; 2MA3 A; 2DJI A; 1J0R A; 4UB8 C; 3OL3 A; 1R1V A; 3AKZ A; 1FWZ A; 1YJW I; 2VUM J; 1S7O A; 4DQ2 A; 1F5T A; 1I39 A; 1XMA A; 2F6C A; 1S6L A; 1Z77 A; 2X48 A; 4LLL A; 1O7F A; 3TO9 A; 1PUF A; 4DOZ A; 3A03 A; 1V4R A; 2MFZ A; 5J3L A; 3H9Q A; 1B4A A; 3V42 A; 2GM4 A; 3MD2 A; 3V8K A; 3K69 A; 1YIJ I; 2JA7 J; 3HL2 A; 4M9Z A; 3C2G A; 4IOA F; 3C18 A; 5EZH A; 5GTH C; 1R4M B; 4GFB A; 2EV5 A; 2E34 A; 4BS9 A; 3F23 A; 2PQ8 A; 2JTV A; 3BDD A; 4M3B A; 4HW0 A; 1KU2 A; 2F48 A; 1JI8 A; 2UXX A; 4W1U A; 1FBS A; 3EPZ A; 3HRM A; 1ETY A; 4EGZ A; 2DBB A; 4XSZ F; 2FBK A; 2OU2 A; 2R7Q A; 2Q2E A; 1K78 B; 3MCZ A; 3D1N I; 1KYZ A; 4L5I A; 1SFX A; 4KIC A; 1B9N A; 3BC8 A; 5K1Y A; 1ZK8 A; 4A3L J; 2LY2 A; 5GPC A; 4WXD A; 4BQO A; 3B6C A; 1JUP A; 3H5R A; 4OMY A; 5LD2 C; 1MDM B; 2Y30 A; 3GFL A; 3HSF A; 3QYF A; 3ZXS A; 1LE8 B; 3BPX A; 4DYC A; 1MMG A; 2OUM A; 3VSL A; 4NB5 A; 4YEJ A; 2CGP A; 2A5W A; 1Y39 A; 1OJL A; 1UB9 A; 1BI2 A; 2HXO A; 3DPT A; 3DV8 A; 4O6J A; 3REO A; 2KQR A; 1TW3 A; 4KT5 C; 1MBG A; 3GZ6 A; 3KLN A; 2YU9 J; 4UNO A; 1X58 A; 1P4X A; 2E5Z A; 4HRI A; 1FTT A; 1MJ9 A; 4ABZ A; 4L9J A; 1ETV A; 3TBI A; 1MSE C; 2VKD A; 2YU3 A; 5HNH A; 1IJW C; 1LJ9 A; 5CVJ A; 3W2W A; 1XN7 A; 3K4K A; 2IJL A; 3ZMT A; 2GIZ A; 2MLG A; 5LHI A; 4D1Q A; 3BG3 A; 3HUG A; 5E1Z B; 5HOD A; 4J19 A; 1WJ5 A; 2IPQ X; 1IN7 A; 2HR3 A; 3S3M A; 3K4N A; 4LG3 A; 1MBH A; 2WC2 A; 3V7R A; 2VIX A; 4G8X A; 4EGY A; 4A3K J; 4U88 A; 4BY7 J; 5CQG A; 2ZNZ A; 3QYE A; 1LDJ A; 2PJP A; 2AO9 A; 1P4A A; 3PFY A; 4NBQ A; 3KX2 A; 2WV0 A; 3RKQ A; 3N97 A; 4HNV A; 3B73 A; 4G6D A; 2Z1D A; 1WPK A; 1HOM A; 4C3H J; 3MFK A; 1MND A; 2NNY A; 4ZZL A; 2DA2 A; 1ETQ A; 2E60 A; 1BI1 A; 4BJT A; 3DU6 A; 2JSC A; 3DBH B; 5D5X B; 1V5F A; 4A3D J; 5ED4 A; 1FP2 A; 3BPV A; 3IHU A; 3S2D J; 5DD8 A; 1XB4 A; 5LEJ A; 2L02 A; 3MAJ A; 4OIQ F; 2QYO A; 5DD4 A; 3MEX A; 3FMR A; 2DPU A; 1X1P A; 4CO8 A; 3EYY A; 1IW7 F; 1WJB A; 4MQV A; 2K9N A; 4CA0 A; 3K0L A; 5FLX K; 2FEZ A; 3F6O A; 1ZG3 A; 4HYE A; 2UZK A; 2VQL A; 3A4C A; 3WG7 H; 4HLX A; 2KZV A; 4BE0 A; 2KFD A; 2MAB A; 2B0L A; 2L7F P; 4CYD A; 2GA1 A; 3ERE D; 1FSE A; 2JUG A; 4XL9 A; 5AON A; 5HLI A; 1Y8R B; 1K4T A; 1D0Y A; 1QHH D; 2ZCW A; 1ZRD A; 3NAU A; 2E1O A; 1UHM A; 2XGE A; 2UUZ A; 3BP8 A; 3FZV A; 1KON A; 2XAH A; 4RS8 A; 5D6F A; 9ANT A; 2NYX A; 4NHJ A; 4ASN A; 4HAM A; 3OYJ A; 4GYG A; 4QPO A; 5D6E A; 2WAF A; 4CHU A; 1DGW Y; 3EUH C; 4CZZ A; 5B1B H; 3ABK H; 4WK8 F; 1FMW A; 1OPC A; 3FXJ A; 4ITV A; 3L1P A; 3W2V A; 1IRG A; 3U2R A; 2K86 A; 3EYI A; 1R1T A; 2XAS A; 4F52 A; 2XAU A; 3ZMD A; 1WCM J; 2BW3 B; 2HU9 A; 2UWM A; 3CC4 I; 4I02 A; 3J81 Z; 3O8H A; 1RIO H; 3KP7 A; 3DPU A; 2DT6 A; 1RI7 A; 3AG4 H; 2OTL I; 2CYY A; 4ZDO A; 1Z05 A; 5J8C A; 4JOM A; 1WFX A; 1R36 A; 1S72 I; 2EZL A; 3U1K A; 2BGC A; 4CCN A; 3L2C A; 3K1M A; 3CMM A; 4ZH4 F; 1JE8 A; 2EFN A; 4WF2 A; 1Z9C A; 2FQ4 A; 4Y4R A; 2LY9 A; 4CYC B; 2X85 A; 2CUJ A; 2LY1 A; 1T33 A; 2UXN A; 2QQ9 A; 3DKY A; 2O0Y A; 1U9N A; 3BQZ A; 2EZK A; 2CV2 A; 3DEU A; 2F4O B; 2AHQ A; 1QRY A; 2RNJ A; 2KIM A; 3DEW A; 3M7G A; 4RGX A; 2EBI A; 5E3O A; 1I5Z A; 2OBP A; 2RC4 A; 1QQI A; 1Y8Q B; 1J2X A; 2JSP A; 2O61 A; 3SFZ A; 2XAG A; 2ME0 A; 2VXZ A; 1U3E M; 5M5X J; 2IGO A; 3FXO A; 4QWQ A; 1BL0 A; 1IGN A; 4XKV A; 1SD6 A; 3SZP A; 5E3M A; 3K7A J; 3BTJ A; 1POG A; 1O3Q A; 1MBK A; 1VF9 A; 4C2M J; 4XON A; 3S14 J; 4I0A A; 5E3L A; 3LNQ A; 1JT0 A; 1MMN A; 3S1N J; 2OQR A; 2X6Y A; 3G6E I; 2DJN A; 3HRU A; 3KLO A; 3BR2 A; 2JZY A; 3HTS B; 1IXR C; 5E18 F; 3JSP A; 1OCT C; 4ANJ A; 2R5Z B; 1ZTR A; 4KUM A; 2CU7 A; 1ZR2 A; 1T98 A; 3CLO A; 4BJ6 C; 1HCR A; 1F9N A; 2L9V A; 1B8I A; 1VQK I; 3N4M A; 1HQC A; 4U7D A; 4M9S A; 2QF7 A; 5FO5 A; 3AAF A; 3C3W A; 4LG0 A; 3KE2 A; 5D8K B; 4AD9 A; 5LHH A; 1CQT A; 3W6V A; 1VZ0 A; 1JUS A; 3DEE A; 2EPF A; 1QZY A; 2X6W A; 2JVH A; 1R71 A; 2KKO A; 2FF4 A; 4M3G A; 3CCV I; 4L18 B; 3R0J A; 2FXA A; 3VYU B; 2Z2S B; 4RM3 A; 4KFC A; 3T0Y A; 3ABT A; 4JBA A; 4HQM A; 4RB1 A; 3TED A; 1G2H A; 2E7W A; 2FNA A; 1D1C A; 4PJM A; 4O3M A; 2HTJ A; 2BOL A; 3QWL A; 4LLN A; 1Z3X A; 3AL0 B; 4XK4 A; 4BBR J; 4GGG A; 1S7E A; 3OS0 A; 1X1A A; 2HFH A; 5ERI A; 1QA6 A; 2R7V A; 4OWR B; 1HSJ A; 2KJB A; 3VEP A; 5GP9 A; 1R6R A; 4BXU A; 2LOO A; 2FOK A; 3D5S C; 4IZZ A; 4KIT B; 4QIW N; 1K4S A; 4XBF A; 5KAF C; 2IVM A; 2M34 A; 3WG9 A; 5J1U A; 4ZJZ A; 4LK0 F; 2R5Y B; 1XG1 A; 4A3I J; 3EUH A; 2YX4 A; 3X2Q H; 4HV5 A; 2MD5 A; 1TWA J; 1SD5 A; 1NTC A; 1FOY A; 1X1D A; 3I59 B; 4II3 A; 3G4S I; 3CO7 C; 1NG7 A; 2DMP A; 2P7V B; 3ONQ A; 4XN3 A; 3IV5 A; 3FHZ A; 2VJ4 A; 2V7F A; 5ILS A; 3LOC A; 4AC0 A; 2VXD A; 1B72 B; 2R7T A; 4CGZ A; 2HYG D; 4JX4 A; 1TZL A; 4FTH A; 1WKM A; 4JQF A; 2VOP A; 2XV4 S; 1VQ8 I; 3PSI A; 3GTP J; 2L2O A; 2IGK A; 1IXC A; 3T5X A; 4BU2 A; 4L9V A; 3S3O A; 4AIH A; 1X2M A; 4E7Z A; 4MEY F; 2DA6 A; 1SVM A; 2G7U A; 1OYI A; 2KMU A; 1IUY A; 1AKH B; 3KET A; 3O2P E; 4U0W A; 2XGX A; 2HNH A; 3PIP F; 2A69 F; 4MO7 A; 1A04 A; 2FRH A; 2M9H A; 1SFK A; 1FOW A; 1P2F A; 3BG5 A; 1K79 A; 1O3T A; 2HVS A; 5B3S H; 3CC7 I; 3W3C A; 3J7Z I; 2PLY A; 2PG4 A; 1KA8 A; 2X6X A; 3QP5 A; 1B9M A; 1YRN B; 2F4I A; 3KFW X; 2DA4 A; 2R7U A; 3PUB A; 2JN6 A; 1ETX A; 1YYV A; 3LSR A; 1QO0 D; 3JAM K; 2BY2 A; 4KYW A; 1KU9 A; 1WRJ A; 3HOW J; 3K4L A; 4KA4 A; 4UUS B; 2XSD C; 5E1X A; 3FMQ A; 3OOU A; 5JR3 A; 2XGC A; 3ZMZ A; 2BY1 A; 4U7B A; 4E7L A; 3K70 C; 1ENH A; 2R93 J; 5HLT A; 5KK1 A; 1MBE A; 1FP1 D; 3IWF A; 3ZQQ A; 3E3V A; 1MW7 A; 5FKO A; 3RPQ A; 1AA7 A; 2VPL A; 3CCJ I; 1FYK A; 4W97 A; 2V4J C; 2GIV A; 5CYV A; 2PX9 A; 4Y15 A; 3OR2 C; 3OYA A; 1A6Q A; 2I8D A; 5F08 A; 2VE8 A; 3M8J A; 1E3O C; 1VQM I; 2EIM H; 2W57 A; 1W7P A; 5C44 J; 3BLY A; 2ZC2 A; 4KN7 X; 1J09 A; 4O5V A; 4XIC A; 3OY9 A; 5HOO A; 2BZT A; 2V9P A; 1A31 A; 1FLI A; 2K9L A; 2E1N A; 1I3Q J; 3WTW C; 2X1E A; 3RCO A; 3Q0W A; 3F8M A; 4X1E A; 2NOG A; 3CES A; 4F93 B; 5HNF A; 2JPC A; 4BH9 A; 2VT3 A; 1OCR H; 5AIP A; 2IS2 A; 5CQE A; 2KL4 A; 2E7X A; 2XF6 A; 3TL4 X; 5IT9 K; 2XRO A; 3BZ6 A; 2VBW A; 4DW6 A; 4YEL A; 3WTY C; 4IRH A; 2QSG X; 3KEO A; 3GTO J; 3GWZ A; 4UVA A; 3SEZ A; 4B8X A; 4CCL A; 2FBH A; 2QKM B; 3CJR B; 3RTR A; 5FRM A; 1PVE A; 2IGM A; 3HIF A; 2M87 A; 2VT2 A; 3V8L A; 1G3W A; 2EIJ H; 4M74 A; 5L3D A; 1YQA A; 1GLN A; 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