The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
|
sequence length |
55
|
structure length |
55
|
Chain Sequence |
SIGLTVEDLLSLRQVVSGNPEALAPLLENISARYPQLREHIMANPEVFVSMLLEA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural and mutational studies on the importance of oligosaccharide binding for the activity of yeast PNGase.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Peptide-N(4)-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase
|
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| total genus |
19
|
| structure length |
55
|
| sequence length |
55
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-10-06 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | XPC-binding domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2F4O B; 1OQY A; 1QZE A; 1TP4 A; 3ESW B; 1X3Z B; 2QSH X; 1PVE A; 2F4M B; 4YIR X; 2QSG X; 1X3W B; 2QSF X; #chains in the Genus database with same CATH topology 3LWF A; 3SEQ A; 3BQZ A; 1JHF A; 1T95 A; 4A3K J; 1YLF A; 1XS9 A; 2LK2 A; 4KN7 X; 4ZC3 A; 1YRN B; 1FC3 A; 1BN5 A; 1U5T C; 2HKX A; 3OOU A; 3TBI A; 3TOA A; 2EFO A; 1FBU A; 2B63 J; 1T56 A; 2Q8K A; 1MDM A; 1PJR A; 4O6J A; 4U7D A; 2RGV A; 4M73 A; 2XC7 A; 2KL4 A; 4ZDO A; 1MBG A; 4LLG F; 3CCM I; 1PP7 U; 2KJB A; 5A2Q K; 2BXZ A; 5IYD J; 2UXX A; 5AIQ A; 1Y1V J; 2OUM A; 1S7E A; 3C1D A; 1ETO A; 4ANJ A; 4Q47 A; 4MIM A; 2EZH A; 5H6R A; 1JTY A; 2ME6 A; 1UHM A; 1RES A; 3LA2 A; 4UVA A; 1SAN A; 3Q9S A; 1BOA A; 4C9Y A; 1UMQ A; 2QQ8 A; 3TDU C; 2VPL A; 4NB5 A; 2D1H A; 3E5X A; 2E2I J; 2KIF A; 1HDD C; 4I0B A; 2NVX J; 4XRS G; 3E6D A; 3IP4 B; 4FHT A; 3CME I; 2K3F A; 1W5S A; 3ZMT A; 1QO0 D; 1IG7 A; 3F72 A; 2X1D A; 4AIH A; 3L2V A; 1WGX A; 3QU3 A; 1O3T A; 4EJW A; 3ZQG A; 1V3F A; 2QM3 A; 1I6H J; 3ESW B; 3TP3 A; 1OCO H; 1ULY A; 4AVP A; 5GAE J; 1I3A A; 2M2E A; 1RZ4 A; 3D0S A; 4OU0 A; 2PMH A; 3BG3 A; 2GXG A; 1XMX A; 1TZL A; 1Y0N A; 5DCF A; 1YX5 A; 4BDY A; 1FNN A; 4RGR A; 3FM5 A; 3NAR A; 3L2W A; 1LEB A; 3PIO F; 4BQO A; 1BA5 A; 2DAO A; 2ESN A; 3WTS C; 5KAF C; 1ZAR A; 4CZC A; 4HNT A; 3OS1 A; 4ITV A; 3X2Q H; 4BBS J; 2XHK A; 3K4C A; 4MQ9 F; 1B4A A; 2P4W A; 4G9Y A; 3WTU C; 1QA6 A; 3ASO H; 2HS5 A; 2MG4 A; 4HBL A; 1SAX A; 3OYG A; 1IC8 A; 2V9V A; 3PQJ A; 4IHV A; 3KX2 A; 1JKP C; 2GZW A; 4ASN A; 1FPQ A; 2M34 A; 4P9U A; 5DS9 A; 2H8W A; 1OMI A; 2LRD A; 2NS8 A; 1LDD A; 1FLI A; 2W7N A; 4FX0 A; 5FRM A; 3BP8 A; 3PM1 A; 3FZV A; 2XF6 A; 5HLH A; 1I1G A; 1D0Y A; 4V19 K; 2PX9 A; 2XF5 A; 2R7O A; 2ZXI A; 2M7A A; 3CF2 A; 4MO7 A; 3HPH A; 5D4S A; 2HVR A; 1QVU A; 4XOP A; 5ICC A; 3AKZ A; 1BC8 C; 4HAM A; 1UCR A; 1Y1W J; 1OQY A; 2OV7 A; 3RPU D; 1YIT I; 2VC0 A; 3QP6 A; 1J75 A; 5K5R A; 5FKM A; 3H35 A; 2HGC A; 2PI0 A; 1RC9 A; 3ZN1 A; 5DM7 F; 2WAQ N; 2Z33 A; 2XAU A; 3GFI A; 1R1V A; 3F23 A; 3V8J A; 3TW6 A; 2PLY A; 3M07 A; 3I59 A; 2F5V A; 2QSH X; 5B3S H; 3A1Y A; 1ETY A; 2DFE A; 5DV5 A; 2BYV E; 1XCV A; 1VQ8 I; 1G3Y A; 2CUE A; 2EFW A; 3V8K A; 2HDD A; 3BT9 A; 5DDG A; 4J00 A; 3ABL H; 1QBJ A; 2WTE A; 4X6A J; 1BI1 A; 2ID6 A; 4E7Z A; 1K78 B; 3FXU A; 4PGH A; 4DBQ A; 3T5X A; 4A3D J; 1IF1 A; 1ZRE A; 4Y3O A; 2W00 A; 3GXO A; 4EQQ A; 3O2P E; 4RAY A; 5F08 A; 2NNY A; 3RZO J; 2IP2 A; 4EV0 A; 3S32 A; 3LMM A; 4BE1 A; 4H4K C; 3BG5 A; 2R7S A; 4ZTJ A; 2LSO A; 2IXS A; 2LG4 A; 3QRF F; 9ANT A; 1ZYR F; 2PMU A; 3T8R A; 5ERI A; 2TCT A; 2Y9Z A; 2QBY B; 1FTT A; 2IA0 A; 3I4N J; 2W48 A; 2EFP A; 5ED4 A; 4YEL A; 2ZBK A; 1HST A; 4UV8 A; 3J7Y J; 3C2H A; 3L1P A; 1YRN A; 2KMU A; 1R22 A; 1G3W A; 3U2R A; 1YIO A; 1VQN I; 1P9Q C; 3WU0 A; 2KP6 A; 2A05 A; 2E1N A; 2Y0M A; 4QPQ A; 1XSV A; 3OYN A; 3COA C; 5GP9 A; 2AS5 F; 5F1J A; 4JOM A; 2P8T A; 4BHP A; 5EGO A; 2VOP A; 2OCE A; 4Q4Z F; 1LEA A; 2V1U A; 2NVU B; 1KQ0 A; 1XMA A; 2CUF A; 5L3E A; 1WI3 A; 2RNJ A; 2MAB A; 1R4N B; 1FP2 A; 1WRJ A; 2O3F A; 4BE2 A; 3ZMU A; 3FXJ A; 5J1Y A; 2EIM H; 1J0R A; 2X9D A; 3DKW A; 4PSX A; 3IL2 A; 4BUP A; 2HQN A; 3CMA I; 4I2O A; 3LOC A; 4CH7 A; 1QU3 A; 1MH3 A; 5E20 A; 4N9H A; 4MTE A; 3V7S A; 1XCB A; 2DDA A; 3ERE D; 5J1R A; 3SFZ A; 3F8C A; 1T2K A; 4E7H A; 2RKH A; 1YG2 A; 1MBF A; 2ZXW H; 4II2 A; 1R9T J; 1ZN2 A; 2XGC A; 2FD5 A; 3MCZ A; 4OWR B; 2P6S A; 2MD0 A; 3I71 A; 3HJE A; 1B72 B; 1TWA J; 2HYF A; 4U0Y A; 2HKO A; 5IOZ A; 1BM9 A; 2CQQ A; 3KIO A; 1BBY A; 3CMY A; 5E8G A; 3FM3 A; 4B8X A; 3ML6 A; 4JX5 A; 2ZFU A; 3GFJ A; 1V55 H; 3P9C A; 3KPH A; 4XBF A; 2VE8 A; 3RIR A; 1IUY A; 2P5L C; 2ZXJ A; 1W7P B; 4LG0 B; 3VOD A; 1LVA A; 3LQR A; 4BU2 A; 2W57 A; 3OYD A; 1TL8 A; 1RKT A; 5FGM A; 2PG4 A; 4A2U A; 5JFR A; 3K7A J; 1K4S A; 2HDC A; 5EEG A; 4IHX A; 2L01 A; 4OAY A; 3ZQL A; 2OBP A; 2KIQ A; 3F6V A; 2BE5 F; 4NQW B; 3G2B A; 4CCM A; 2ZO4 A; 1W1W E; 3FXR A; 1R7J A; 4JP0 A; 5ICF A; 3V7R A; 5DEQ A; 2OTJ I; 2I8D A; 2EIN H; 1VQ5 I; 1FOK A; 1LE8 B; 1IRF A; 4CCL A; 4F52 A; 2MYS A; 3ONQ A; 1ORK A; 4BHB A; 3ABT A; 4CYD A; 1DQU A; 3S93 A; 4AVZ A; 4MEX F; 3W6K B; 2EB7 A; 1MJA A; 3RQ4 A; 1P4A A; 2VXD A; 1SVL A; 1D1A A; 3BCB A; 1UHW A; 1TQM A; 3LAJ A; 3SZG A; 1MBJ A; 3KP6 A; 4D7M A; 1W0T A; 4XLE A; 4OIQ F; 5C44 J; 3ZXS A; 2MSY A; 5E3L A; 4YEJ A; 4L9T A; 5AIP A; 3FKI J; 3HRT A; 2CGP A; 1FOX A; 4BXX J; 5HLT A; 3LQQ A; 3ZRG A; 3DCF A; 3OMY A; 1JT0 A; 2R7Z J; 1VQM I; 2DJN A; 4LB6 B; 3WGH A; 5FRO A; 2Q2E B; 2QWW A; 3T8T A; 4C3H J; 5J8F A; 3Q0V A; 1SFK A; 1JHH A; 1HKQ A; 3P9I A; 3FMQ A; 3HOW J; 1JTX A; 1J7K A; 2KFD A; 3CD6 I; 2Z1D A; 3QOP A; 4P96 A; 5FLX Z; 2D1V A; 4IRG A; 2ZJ2 A; 4EEF G; 4PK4 A; 3OIQ A; 1JUM A; 3IRR A; 4O3M A; 3JW4 A; 1HW2 A; 2ELK A; 2FX0 A; 3BC8 A; 4CDG A; 1I5Z A; 3SJM A; 1ZEL A; 3VWB A; 3WGG A; 2HYJ A; 2P5K A; 4C3I J; 3R0J A; 2PN6 A; 2IS4 A; 4V2G A; 1WJF A; 3LFU A; 4M3B A; 2QBY A; 1W5T A; 4KMU X; 1ZQ3 P; 4A0Y A; 4HX4 A; 1VQO I; 1BIA A; 2LP0 A; 2DJI A; 3HTU A; 4ENK A; 1K79 A; 3MN2 A; 3DKY A; 2FEZ A; 3D5L A; 2VXZ A; 4FT8 A; 2OZU A; 1IJW C; 3VEP A; 3J7A Y; 3FMS A; 3FXM A; 3WTY C; 3HOZ J; 1W5C C; 1JGS A; 1L3L A; 3KEY A; 3R0A A; 4CCK A; 3B6A A; 3OYA A; 2VON A; 5LEK A; 2AQF A; 4RGU A; 1LJ9 A; 4KUM A; 1OYY A; 3GO5 A; 3BPX A; 3ELK A; 5E1Z B; 3OYC A; 3M3Y J; 1AU7 A; 5BPI A; 3KYL A; 2O6G E; 4CIC A; 2JN6 A; 3JCU C; 3L2C A; 2R7T A; 2LDU A; 5DCM B; 4XID A; 3K4L A; 3J81 K; 5BOX A; 3ZQC A; 2AXL A; 2L7Z A; 1IN4 A; 2OA4 A; 4L9J A; 1PUE E; 4WXD A; 3IKT A; 4G6Q A; 2LVS A; 4EJU A; 4XNF A; 4M74 A; 3PSI A; 4XK4 A; 4IZZ A; 1J59 A; 1Q1H A; 2WV1 A; 3VFZ A; 3I55 I; 1V54 H; 4OIR F; 3ZN0 A; 2E60 A; 3SEZ A; 3LA7 A; 4HNV A; 1ZLK A; 3WTX C; 4LMY A; 3L00 A; 4ZZD A; 3CC7 I; 1EH7 A; 1RKW A; 3DXJ F; 2CH0 A; 5IYC J; 3MWM A; 5EEH A; 5J40 A; 1B72 A; 4A5N A; 4HLY A; 3QPS A; 3ZQF A; 1B1B A; 1UZC A; 4HV5 A; 3WHB A; 5GPC A; 5LGT A; 3IRQ A; 2F4O B; 2XRL A; 4IOC F; 2DK5 A; 4YRV A; 2E34 A; 4IHT A; 1FEX A; 3BJO A; 2IRF G; 1Y39 A; 4NNJ A; 4HF1 A; 2EZK A; 1LFB A; 1TWF J; 3GTL J; 1W7P A; 4LG0 A; 3V8L A; 1JE8 A; 2GM4 A; 5HDG A; 3CUQ B; 4M3D A; 4EGZ A; 1XPX A; 4WWC A; 1A6I A; 1TT5 B; 4S04 A; 2O03 A; 1OKR A; 2F48 A; 3K10 A; 1X2M A; 2CMP A; 1ZRF A; 4B4C A; 3W6V A; 3MVP A; 1LVK A; 5HLI A; 3AAF A; 4HX8 A; 4NQW A; 4BNC A; 3HOY J; 3I4P A; 2DXI A; 3H92 A; 4C2U A; 3S1Q J; 4XKW A; 1A36 A; 2EZI A; 3OOP A; 2Y2Z A; 1X3U A; 2VJ4 A; 4I6Z A; 1XSD A; 2IVM A; 2VLA A; 1W4M A; 2Z9O A; 5B1B H; 5JLW A; 1LE8 A; 1Z77 A; 1YFH A; 1J5Y A; 1WSU A; 5FKO A; 1HXD A; 2QKL B; 3LA3 A; 3E5U A; 4MLO A; 5E1W A; 2QA4 I; 5CLS A; 1OCC H; 3H1C A; 5CVV A; 2VOO A; 4KIC A; 4FE4 A; 1A6Q A; 1B9M A; 2DDB A; 4PFP A; 3LSP A; 1OFC X; 3DFG A; 1Z21 A; 5LEJ A; 1YHQ I; 1EA3 A; 3CCQ I; 4ESJ A; 3S8P A; 5FLX K; 2VQH A; 4CA0 A; 3IH2 A; 3B6C A; 3O8H A; 1PYV A; 2GLO A; 2DA5 A; 2A5W A; 2X4H A; 3JSP A; 1MSE C; 2BVL A; 4CSW A; 3QQA A; 1NG7 A; 4BAC A; 4BEH B; 1A31 A; 2P7C B; 5E79 C; 1DPU A; 2QKM B; 4FET A; 3GLX A; 1RR8 C; 2Q2E A; 4KIT B; 4E4H A; 2ZB9 A; 5FKK A; 2V1X A; 1MMA A; 4MTD A; 3GFL A; 4JBA A; 3ROU A; 2LY1 A; 2X48 A; 1BL0 A; 4ZDL A; 3BG9 A; 2ZKZ A; 3MD2 A; 4GFB A; 1O3Q A; 3K1M A; 1JXS A; 3FMR A; 4G6D A; 1D5V A; 5LD2 C; 4BL0 B; 1F43 A; 1Q1V A; 3CCS I; 4I99 C; 5B5E C; 3RSN A; 5FKL A; 2MC3 A; 2V1D A; 1G4D A; 1KYW A; 3FK7 A; 2ZME B; 2EIL H; 1YW7 A; 2CWE A; 4XN3 A; 3U1D A; 2ZJR F; 1IV6 A; 2B9S A; 2ADU A; 3W6J B; 2CJJ A; 2DMT A; 2MH9 A; 1IO2 A; 3IWF A; 4JYK A; 3TO6 A; 5L3F A; 2JA7 J; 1P7I A; 2FJ1 A; 5F04 A; 4XLH A; 4C2M J; 3O8G A; 2OF7 A; 3RDI A; 1I6X A; 2LOO A; 4ZYD A; 2MLG A; 1S5L C; 1YOV B; 5D4R A; 1IN7 A; 3EUA A; 4HF2 A; 2CW7 A; 3S3N A; 2LKS A; 3HOX J; 4Y17 A; 1G6N A; 2XV4 S; 3EET A; 1E3O C; 2UV1 A; 3ISP A; 5FLV A; 4OMY A; 1BR1 A; 2DBB A; 3DBR B; 5DCM A; 1YO5 C; 4L18 B; 2OAZ A; 4LFU A; 3SDB A; 3GTQ J; 4MQV A; 3Q0W A; 4ZYH A; 1NTC A; 1P6R A; 5C4X J; 2FRH A; 3F21 A; 3M1C A; 1RUN A; 2CQ7 A; 4W1U A; 1D8K A; 3TL4 X; 1GDT A; 4KMF A; 4G6T B; 1GUU A; 2HI3 A; 2RV8 A; 2NXN B; 2DOE A; 3H3Z A; 3ZQQ A; 5J1U A; 5HNH A; 1YQA A; 4N4N B; 4ZYA A; 3ULQ B; 1M1E B; 2V7F A; 3CJQ B; 2TRT A; 3GVA A; 4ABZ A; 4NDL A; 4O5V A; 3V42 A; 5ICE A; 1UST A; 1K4T A; 3K70 D; 1Z6T A; 4CCN A; 3K70 C; 2R0Q C; 3HDD A; 5DUK A; 5L3D A; 5EDN A; 2A6E F; 2KLO A; 2CU7 A; 3PL8 A; 3OYM A; 2FBH A; 3PIP F; 4BY1 J; 2QGU A; 2HPI A; 1VTN C; 3G1O A; 1D8J A; 1GXQ A; 4U88 A; 5EZG A; 4HA8 A; 1JJ8 C; 4CGZ A; 2I5U A; 2DMP A; 1LUJ B; 3IC7 A; 5EEA A; 5CVR A; 1SVM A; 5L3G A; 4HDV A; 4L0Z B; 1OJL A; 1GV5 A; 3E6M A; 1IRG A; 1T98 A; 4ESF A; 2BGC A; 3CUQ A; 2HNH A; 4Y13 A; 2JPB A; 4AYB A; 3QWL A; 1U5T B; 2RDP A; 4F92 B; 2JPC A; 3F6O A; 5LFA A; 3D1N I; 3HPG A; 1DPR A; 3JTH A; 1E17 A; 3BR2 A; 4W97 A; 2NVT J; 5K7F A; 4BQA A; 1J2X A; 2G9W A; 2WB1 N; 2K9N A; 3ZOB A; 1IV8 A; 1B8I B; 2LH9 A; 2AHQ A; 2ZSI B; 1VQK I; 3BTC A; 2YX7 A; 2R7R A; 1H88 C; 1G8X A; 2CV0 A; 2D5V A; 4BXU A; 2RN7 A; 2W1O A; 4M6Y A; 3TMO A; 2Y69 H; 3K69 A; 2DI3 A; 1G3S A; 1A35 A; 2E2H J; 2IJL A; 3BJA A; 4JQF A; 3WTT C; 3HOU J; 2ISY A; 3BWG A; 1VQ4 I; 2W4S A; 3R4K A; 4XOR A; 1FMV A; 3QU6 A; 2BY0 A; 4CO8 A; 4F55 A; 3JRC A; 5H2F C; 2O7O A; 2X6W A; 2EQR A; 3SQN A; 2YUS A; 2CV1 A; 2J5P A; 3J7Z I; 3E3V A; 5B1A H; 4DZJ A; 1D5Y A; 4KFC A; 2M30 A; 3PUF A; 1PDN C; 2UXN A; 3K1N A; 1ON2 A; 2K9L A; 4IOA F; 3W3C A; 1Y6I A; 2GA1 A; 5IYB J; 2CUJ A; 1HDP A; 4RAG A; 3CCL I; 1H0M A; 2Q1Z B; 2OPT A; 4EM1 A; 2XRN A; 2J5O A; 4BEH A; 5LRS A; 3BCA A; 3CCU I; 5IT9 K; 1IN8 A; 3FF5 A; 2WC2 A; 3S3M A; 3Q9V A; 3H0D A; 1TQI A; 5E3N A; 4KIG A; 3OWT A; 1XGO A; 4QTR A; 3F8N A; 1BJZ A; 2DW4 A; 1YE9 A; 2NRA C; 3M9A A; 1E3H A; 4EM2 A; 1XTA A; 2XKP A; 2HOE A; 1WH5 A; 2HPM A; 3GWZ A; 2QEN A; 3GX4 X; 1AHD P; 4EMS A; 3PNY A; 3VYT B; 3H9G A; 1ONV A; 2YX4 A; 2DA6 A; 2X6X A; 3T0Y A; 3KP7 A; 4MHG A; 1XSX A; 2FUG 2; 4B48 A; 1T8I A; 2VC1 A; 2K4J A; 1MIJ A; 5D5W B; 3S15 J; 5JHU A; 1YW9 A; 1B9N A; 2K7L A; 3C2B A; 5HS9 A; 3M1E A; 2VN2 A; 2DT7 B; 2P7V B; 3J80 Z; 4PUS A; 2JA6 J; 1HBX G; 2DQL A; 2XAS A; 2Y75 A; 3CCR I; 1QPI A; 1RET A; 1KA8 A; 1IDY A; 1XMK A; 4I02 A; 4YFX F; 3AG4 H; 2G7H A; 1WH7 A; 1ZG1 A; 3VSK A; 3ZPL A; 1STZ A; 4D5F A; 1DDN A; 2ACJ A; 4WK8 F; 4XKC A; 3CCJ I; 3P5J A; 1AKH B; 1I3Q J; 1MJ9 A; 3E97 A; 2H8R A; 2A69 F; 2IAI A; 4DIQ A; 2XUB A; 5L3C A; 4NHJ A; 1LDJ A; 2K9M A; 4BAY A; 2ZFW A; 1Z3X A; 4C30 A; 5DD4 A; 3ZR8 X; 1D0X A; 3BZ6 A; 5IP7 J; 2YPR A; 1X2N A; 3KLO A; 4DYQ A; 1NHA A; 3M7G A; 3RYP A; 1QZZ A; 1XGN A; 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