The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
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sequence length |
55
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structure length |
55
|
Chain Sequence |
SIGLTVEDLLSLRQVVSGNPEALAPLLENISARYPQLREHIMANPEVFVSMLLEA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural and mutational studies on the importance of oligosaccharide binding for the activity of yeast PNGase.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Peptide-N(4)-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase
|
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
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| total genus |
19
|
| structure length |
55
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| sequence length |
55
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-10-06 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | XPC-binding domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1TP4 A; 1X3Z B; 1OQY A; 4YIR X; 2F4M B; 2QSF X; 3ESW B; 1X3W B; 1QZE A; 2F4O B; 2QSG X; 1PVE A; 2QSH X; #chains in the Genus database with same CATH topology 4M73 A; 1W0T A; 1BIB A; 1YG2 A; 1SD4 A; 3OYI A; 1IZ1 A; 1MBF A; 2L9R A; 5FLV A; 2HQR A; 2EV5 A; 2DTZ A; 2DA2 A; 3QU3 A; 3I9V 2; 1XGO A; 4CDG A; 5F1R A; 1H89 C; 1E17 A; 3KZY A; 1OCC H; 1P92 A; 2K02 A; 4Y17 A; 3KLN A; 3OYF A; 3VFZ A; 5E17 F; 3PNV A; 2E35 A; 2CV2 A; 3BR5 A; 3IC7 A; 2R7Z J; 4UVC A; 1V3F A; 3ULQ B; 2O3F A; 2UXX A; 1FMV A; 1YQA A; 2FSW A; 3IWZ A; 4U88 A; 4UV9 A; 2CJJ A; 5E1X A; 5D8L B; 2VC1 A; 1JXS A; 2IAI A; 5KAF C; 4M3F A; 2OCC H; 3AG4 H; 2K27 A; 4RAF A; 2E1N A; 4C2T A; 3S1M J; 3AG1 H; 4XBF A; 4FAS D; 4YG2 F; 1OYI A; 2VXD A; 1JKQ C; 1IGN A; 2EZH A; 1L3L A; 2RVC A; 1TT0 A; 3CF2 A; 2VQH A; 2ELK A; 3NWS A; 1LE8 A; 3DBH B; 3HOV J; 1D0X A; 2LLK A; 2ZME A; 4J01 A; 2NS0 A; 3ZCO A; 4Q4Z F; 2FE3 A; 1D1C A; 3GTQ J; 1JTY A; 2LTP A; 4LG3 A; 5ICF A; 3Q9V A; 4YIF A; 2CQX A; 2OJE D; 5H6R A; 2VQL A; 3KCC A; 1XPX A; 2PJR B; 2H09 A; 4KIG A; 2R7R A; 2DT6 A; 1KGS A; 4I02 A; 3WTY C; 2EIM H; 1ZH5 A; 2OZU A; 1MIJ A; 2KIS A; 4XMY A; 1Z7L A; 1Z91 A; 1WI9 A; 1KON A; 3CTA A; 1TNT A; 2W84 A; 3MCZ A; 1UG2 A; 3TP0 A; 2WWY A; 4NB5 A; 3TO7 A; 1IF1 A; 4LB5 A; 3T0Y A; 5D8K B; 1V4R A; 4ESB A; 2LFB A; 1TWC J; 4V19 K; 4DZP A; 1O3S A; 4RGR A; 1Z6T A; 1T38 A; 2DYS H; 1DQU A; 5CVU A; 3J7Z I; 1X1B A; 4KT6 A; 2M2E A; 4OOI A; 3FK6 A; 1OYY A; 4OIP F; 3WG7 H; 1KQ8 A; 3LOC A; 5FKO A; 1U8B A; 3S15 J; 1Z0X A; 1BI1 A; 1K6Y A; 3BTL A; 2JSC A; 3F8N A; 3WTS C; 2CH0 A; 1TQM A; 3DP7 A; 3F9K A; 4PCQ A; 4ZZL A; 1ZG3 A; 4IQJ A; 3OMY A; 3AL0 C; 5LD2 C; 2L7Z A; 1ZEL A; 3BP8 A; 1LQ1 A; 1ETW A; 1IUF A; 4DJA A; 2DO7 A; 2ZJ2 A; 1Y39 A; 1ITY A; 3LSH A; 3I71 A; 3ZMU A; 5JR3 A; 4LK1 F; 1S7A A; 4RGX A; 4UV8 A; 3V7R A; 3VSK A; 1D8J A; 3O6B B; 3QRF F; 2E1M C; 2NVT J; 5D5X B; 2ZSH B; 3J80 K; 3IRQ A; 2WTE A; 1R22 A; 2MW8 A; 1T56 A; 2XRO A; 4RM2 A; 1B8I A; 2M3A A; 5K7Z A; 1FWZ A; 1IXC A; 4MIM A; 2V6E A; 2DMU A; 3WGI A; 3OY9 A; 1MMN A; 4V2F A; 3EPZ A; 1W4M A; 1YE9 A; 5H20 A; 1Y8Q B; 2IBD A; 2ZKZ A; 4PK4 A; 1JJ8 C; 2FQ4 A; 2RAE A; 4A6E A; 1TL8 A; 1K6O A; 4XOR A; 4HOB A; 5B3S H; 5JI6 A; 1FOY A; 1BI3 A; 2A6T A; 1YO5 C; 4RLQ A; 2IA2 A; 3CES A; 1ZRE A; 2A5Y B; 2LR8 A; 4BJ6 C; 3GLL A; 1X1A A; 2W85 A; 1SFE A; 1Z3X A; 1Y0N A; 2LY2 A; 3FF5 A; 3VPR A; 4CA0 A; 4EV0 A; 4WK8 F; 3M8J A; 2GZW A; 3KZI C; 1J2X A; 5CKT A; 3MN2 A; 2P5V A; 1SFK A; 2DA1 A; 4UUS B; 2VBX A; 2DOE A; 4A12 A; 2BOL A; 2ISY A; 2Y75 A; 5A2Q Z; 1IAW A; 3K4C A; 1A5J A; 2P7V B; 4KA4 A; 2L4A A; 3QPS A; 3WGG A; 1EF4 A; 2EFQ A; 2ZBK A; 4HX4 A; 2XHK A; 5EG0 A; 2V1X A; 2LD5 A; 3X2Q H; 2RRE A; 1VF9 A; 2BGC A; 2PJP A; 3HKZ N; 5J1U A; 2K5C A; 3F0C A; 5L3E A; 3FIW A; 2LVS A; 3LSP A; 1Z21 A; 2LDU A; 1BR1 A; 2R7X A; 4CCL A; 3I3L A; 1BI0 A; 2L7M P; 1QZZ A; 4A3F J; 2FBK A; 4HX7 A; 3I0T A; 1ZGA A; 2P4W A; 1NG6 A; 3GFI A; 3AFH A; 3JW4 A; 1I50 J; 4D7N A; 1STZ A; 4RB0 A; 2Q2E A; 4X1E A; 4H4K C; 1K79 A; 3I54 A; 3HOZ J; 3V8K A; 3WE3 A; 1S72 I; 2R7T A; 2VQG A; 1KU9 A; 4L0Z B; 1O3Q A; 2HXI A; 1G3Y A; 2VAS A; 4A3L J; 3K10 A; 1Y8R B; 4BJ5 C; 2FML A; 4M6Y A; 2F4I A; 3V7C A; 3A1Y A; 1I6H J; 2HTS A; 1DUX C; 3CLQ A; 4PSW A; 2ZJP F; 4BAC A; 1RPW A; 1BL0 A; 2MBF A; 4QLC U; 3D0S A; 3BTC A; 1OKR A; 5GAE J; 2L7K A; 1UG0 A; 1ENH A; 1TLH B; 2K4J A; 3W2A A; 3PNT A; 3CJT B; 1VQM I; 3H36 A; 2M0M A; 4RB2 C; 1QBJ A; 5E3L A; 3MKW B; 3E6M A; 1LEA A; 2FBH A; 5IOY A; 1I1S A; 2F5V A; 4XLF A; 4M72 A; 1ONV A; 4DYC A; 1FNN A; 1U3E M; 5K5R A; 4Q5S F; 4E7S A; 1DP7 P; 4AC0 A; 2MYS A; 2YX7 A; 2WBM A; 4BHC A; 2DDB A; 1J75 A; 4XLN F; 2R93 J; 5FJ8 J; 4BL0 B; 4ZTJ A; 2ZSI B; 3I64 A; 2O6G E; 5BPI A; 1K61 A; 3OYG A; 3OL3 A; 5EEH A; 3PL8 A; 2MSY A; 1MMD A; 2YPR A; 3GF2 A; 1JUM A; 1ZR2 A; 4IRI A; 1E0E A; 2RV8 A; 2TDX A; 4IKF A; 1R58 A; 4ZYH A; 3OYN A; 3LSR A; 1Y0U A; 3IHU A; 5JFR A; 4MFD A; 2A05 A; 5J8F A; 1EH7 A; 1K4S A; 5LHG A; 1FSH A; 4I99 C; 1X3W B; 2RNG A; 2D1H A; 2XGC A; 2JA5 J; 4IHT A; 3HUG A; 3EYI A; 3S32 A; 2WV0 A; 3DPL C; 1SAU A; 3LSM A; 2FOW A; 2ACJ A; 4BXX J; 3WTU C; 3MKZ A; 1TT5 B; 1TTY A; 1LUJ B; 4WXD A; 2STT A; 1IC8 A; 4L9J A; 5FKN A; 5KK1 A; 2KJB A; 3C18 A; 3ZR8 X; 5JHF A; 3GTK J; 3WG9 A; 4M9X A; 3PIP F; 3ONQ A; 2KIU A; 2H8R A; 4LMY A; 2CRG A; 4KT5 C; 2WA0 A; 2NOJ B; 5FD6 A; 1XD7 A; 5GPA A; 1PYV A; 1D3Y A; 3CC2 I; 1W7P B; 4XOT A; 1ETK A; 3W2V A; 4I98 B; 1ETQ A; 1YI2 I; 2O03 A; 4CSW A; 4A2U A; 4MGR A; 3L2Q A; 3A0B C; 1BR4 A; 3S93 A; 2L5Q A; 4XRF A; 3L00 A; 3J7Y J; 1IRX A; 1JJ6 C; 1KQ9 A; 3BTI A; 2DAO A; 4F91 B; 4C9Y A; 5K7F A; 2HPM A; 1OCR H; 2GOX B; 1IO2 A; 2L2O A; 1B9N A; 3DPT A; 3BR1 A; 2OQR A; 3IH3 A; 2KL4 A; 3TKY A; 1KYW A; 4A3K J; 4IF4 A; 2KRC A; 2XF7 A; 3DU6 A; 1C0W A; 3R4K A; 3ZQC A; 1ZAO A; 5LLQ A; 4XIC A; 2FUG 2; 3JRE A; 2OV7 A; 1TQP A; 5K5Q A; 5KVR A; 3S14 J; 2WC2 A; 3WTT C; 3RTR A; 2O0Y A; 2Y31 A; 1RNL A; 2Z9O A; 1UFM A; 2OZ6 A; 3VYS B; 1OQY A; 4LGW A; 4B4C A; 1LEB A; 2HPI A; 3FXJ A; 2L7F P; 1WH5 A; 2LP0 A; 2C6Y A; 2R7F A; 1D0Z A; 4NUB A; 2EFO A; 4M3D A; 5M5W J; 3C3W A; 2XUB A; 4FHT A; 3DBL B; 1VQK I; 2CW0 F; 3JAM K; 3ZN1 A; 1DU0 A; 1PJR A; 2K86 A; 4XRM A; 3D1N I; 1S7O A; 3RZO J; 1DU6 A; 3FXO A; 2ECB A; 3IAS 2; 4IL6 C; 4QPO A; 3W6K B; 2N8G A; 2P5L C; 5B1A H; 1W36 C; 5E79 C; 2VJI A; 1IDZ A; 3OYE A; 2O7O A; 4EJV A; 1VQP I; 4CHU A; 4MHG A; 1I3Q J; 3SEQ A; 3TQN A; 2X6X A; 3FM5 A; 3VYU B; 3CCL I; 4CCJ A; 4LLN A; 1W5T A; 4EEF G; 1UHW A; 2EIN H; 5IT9 Z; 1HSJ A; 3GTM J; 3I5U A; 1VI0 A; 4UUS A; 2JQ7 A; 2PMH A; 2JTV A; 2EZK A; 3F6O A; 5J6X A; 4I01 A; 2W4S A; 2X9D A; 5B66 C; 3OYM A; 1LDJ A; 1GDT A; 4EJT A; 3QPT A; 4J19 A; 1ZRD A; 2YR2 A; 1X4P A; 1ODD A; 4WXC A; 4CXF A; 1FJL A; 3B73 A; 2HDD A; 4IO9 F; 4HRI A; 1T39 A; 4JX6 A; 2CW8 A; 4HZF A; 4IHX A; 3K69 A; 1J5Y A; 3QQA A; 1XG1 A; 2KJC A; 1UZC A; 2FMY A; 3MZ8 A; 2F5D A; 2DPU A; 3ABK H; 2FBI A; 3WTX C; 1TWF J; 2EJR A; 1R9T J; 4IRH A; 1A36 A; 2ZME B; 1JUP A; 4RM3 A; 1WQ2 A; 4A3C J; 2H1L A; 1YFH A; 1XGM A; 2HQ5 A; 2NVY J; 5JHU A; 3CCY A; 3OL4 A; 4DOZ A; 1P9Q C; 1SD5 A; 2XB5 A; 3BG5 A; 1B4A A; 2R7Q A; 3BPV A; 1YIO A; 1R7J A; 1Y6I A; 2BXY A; 4IHS A; 2CGP A; 3IP4 B; 3CLO A; 1V5E A; 3K6G A; 3KEO A; 3HYI A; 3M9A A; 4HSR A; 4XSZ F; 3LAP A; 4LIU A; 1ETV A; 3C2B A; 3BWG A; 4R79 A; 2BEO A; 3TO9 A; 5FLX K; 1U5T B; 3E7L A; 2E7W A; 1T95 A; 3JSO A; 3BQY A; 3IUO A; 4OMY A; 2X51 A; 1SC7 A; 4B1R A; 4E6K G; 2JA7 J; 2X6W A; 2LSO A; 4EM1 A; 2DFF A; 1QU3 A; 3S2H J; 3HRM A; 1P4A A; 2H1K A; 3OYL A; 1RI7 A; 2LG4 A; 1R4N B; 4Q48 A; 3H3Z A; 3CJN A; 5DUI A; 3K9T A; 5E18 F; 1ZGJ A; 3OS2 A; 3EYY A; 5BQT A; 1BN5 A; 2JT1 A; 1BW5 A; 2XVC A; 3AAF A; 4UXN A; 4W1U A; 4EM2 A; 1SD6 A; 3HSR A; 4L5I A; 4GGG A; 5CVI A; 5ICC A; 3KP4 A; 3R0J A; 2QKM B; 2GIZ A; 2O8K A; 3A01 B; 4IVN A; 3IL2 A; 4HLX A; 1KZH A; 4XK4 A; 4JX5 A; 2XB0 X; 1OPC A; 4XOP A; 3DQV C; 5AON A; 3M3Y J; 3RQI A; 2VPR A; 2K7L A; 4C3J J; 5EGO A; 2RKH A; 1B8I B; 2UXN A; 4OAZ A; 4A3D J; 5FKM A; 3OYC A; 3RKY A; 3G6E I; 1X3U A; 4P1W A; 5K7H A; 2L9N A; 1FOX A; 4AID A; 3PIO F; 3HSF A; 3JRC A; 1Z05 A; 2LRE A; 1R5H A; 1HKT A; 1BBY A; 1TWH J; 3L1P A; 5M3F J; 1WFX A; 3ZMT A; 3UNG C; 1X4O A; 3I4M J; 1MBJ A; 5AIQ A; 1S6L A; 2K3F A; 2ZC2 A; 2OA4 A; 4JQF A; 2FD5 A; 2HOA A; 2VJJ A; 4KMU X; 5ICE A; 1APL C; 4ESJ A; 4I6Z A; 2JUC A; 1YJ9 I; 1HLV A; 2VKD A; 2A5W A; 1KU7 A; 1CF7 A; 1K4T A; 2KIF A; 2K9Q A; 1LKX A; 2NS8 A; 5LBQ A; 1IW7 F; 4EGZ A; 1P2F A; 1O7F A; 2QCO A; 4OIR F; 3K1M A; 1PUF A; 3BJA A; 5LHI A; 1H8A C; 2ID6 A; 2DXI A; 3GUD A; 1W7P A; 2LC2 A; 1RC9 A; 1FT9 A; 1MBH A; 3JTH A; 1YJN I; 2KKO A; 1TW3 A; 3MQ0 A; 2M1B A; 1MBG A; 2OUM A; 2LK2 A; 1MGT A; 1W7P D; 5HS7 A; 2ICW G; 1ERD A; 2EWN A; 4PJJ A; 3KYL A; 1MSF C; 2AS5 F; 2JMW A; 3CMM A; 2CUZ A; 4E7K A; 2IS6 A; 3SDG A; 3PSF A; 4ENK A; 4NC8 A; 2MG4 A; 4ENM A; 1FYM A; 3GTJ J; 3CME I; 1JT6 A; 3ZN0 A; 3W3C A; 5ILU A; 3JRG A; 2OD5 A; 1FYK A; 2W00 A; 2WY7 Q; 2Q2E B; 3HGY A; 4LJZ F; 1YS6 A; 1UST A; 3Q0V A; 3ASO H; 3QOD A; 3HL2 A; 1SVL A; 1YHQ I; 2ZJR F; 2Z3Y A; 4BUP A; 4QSH A; 3H5R A; 2PEX A; 4XN3 A; 4UVB A; 3HRU A; 2AXT C; 4E7J A; 3BJ6 A; 4LIV A; 2H6B A; 3ZQQ A; 1VQN I; 1R6R A; 1F36 A; 3M8E A; 2W1O A; 5DS9 A; 3BJO A; 3HPG A; 3HHH A; 3GCM A; 5DCF A; 4CZZ A; 1DPR A; 3IRR A; 4KN7 X; 4F92 B; 1OJL A; 2XGD A; 1T0F C; 2IGK A; 3BT9 A; 1LFP A; 5DUK A; 5IP7 J; 3PFI A; 4JOM A; 3L2C A; 5F6F A; 3GFM A; 1XCB A; 4RB3 C; 3BZC A; 3W2W A; 2PMU A; 4G94 A; 3FKJ A; 2JZY A; 4TV7 A; 2R7D A; 2ZXW H; 4FX0 A; 2HQN A; 4ZTF A; 1TBX A; 2XAS A; 4IOA F; 2EIJ H; 2WB1 A; 2BBY A; 5FKK A; 2JA6 J; 1QQI A; 3TOA A; 4M9S A; 4AM3 A; 1QHG A; 2RN7 A; 3HTU A; 2LYC A; 4S05 A; 2IJL A; 3GX4 X; 2H94 A; 3CCS I; 4F3Q A; 3H0G J; 5F0F A; 3SYT A; 3QYF A; 2FRH A; 4E7L A; 3DPU A; 3OYJ A; 5IP9 J; 2CV0 A; 2QSG X; 3ZXS A; 1BC8 C; 4IOC F; 4GXO A; 3EQL F; 1RR8 C; 4YIR X; 4RAY A; 3VDX A; 5IYB J; 2W48 A; 2KFD A; 2M4G A; 2W82 A; 1UEL B; 3OYD A; 3LMM A; 1Z3Y A; 2JVG A; 5EDN A; 3TED A; 4UB6 C; 2XGX A; 2LF8 A; 2OCE A; 3HUG B; 3GZ5 A; 4YEL A; 4U0Y A; 5BPD A; 2M5W A; 4ZDL A; 3VOE A; 3W6V A; 4HNV A; 4PZJ A; 1WJA A; 2ZME C; 1FC3 A; 3C1D A; 2RGV A; 3OYK A; 3B02 A; 1A6I A; 5HDG A; 2UZK A; 5CQE A; 2CSO A; 2J5P A; 1NK3 P; 4NHJ A; 2KT0 A; 5ILV A; 1KYZ A; 1IN4 A; 5E8G A; 2HVR A; 3HXL A; 1S8N A; 1XX5 A; 2X1D A; 3FXR A; 1FTT A; 1WCM J; 3MD2 A; 5L3D A; 1X3Z B; 1XSV A; 5LHH A; 2DJN A; 3W6J B; 4WX9 A; 3M7G A; 3M8F A; 2EZL A; 2IGM A; 1B59 A; 1RUN A; 5HLH A; 3CDI A; 3TO6 A; 2V9K A; 1LFB A; 4HV5 A; 1FPQ A; 2XAG A; 1Z77 A; 2E34 A; 3IAM 2; 1Q1H A; 1U5T A; 3BR0 A; 1ON2 A; 1AHD P; 1E3H A; 4EJO A; 4O3M A; 4L9V A; 1P6R A; 5LGT A; 4ZDO A; 1MH3 A; 2DJI A; 3RI4 A; 4IQ4 A; 1WJE A; 4II2 A; 3G71 I; 3JRB A; 4HPQ A; 3TOB A; 4CZC A; 3QAH A; 3RKX A; 2QA4 I; 3A0H C; 1JE8 A; 5CPR B; 1JHH A; 2NAZ A; 3FHZ A; 1U2W A; 1RIO H; 3IKV A; 3ABU A; 3FDY A; 4RAG A; 2HOE A; 2AQF A; 3E5U A; 4UUV A; 4G8X A; 3CO6 C; 3COA C; 3PNY A; 2E36 A; 1D1B A; 3A01 A; 4Y33 A; 4BQO A; 5DDG A; 1AKH B; 3KLO A; 2OBP A; 2ISZ A; 3SHF A; 1VQ7 I; 1O3R A; 4KYW A; 3R0A A; 4M3G A; 4AWX B; 3OSF A; 3J7A O; 2GQQ A; 3Q0W A; 3E5Q A; 1WKM A; 3DTK A; 1XSX A; 1YRN B; 5L3B A; 4L9N A; 4Y7N J; 4ZYA A; 5LEK A; 2QEN A; 4XKC A; 2PMZ N; 4HA8 A; 3TW7 A; 1NG7 A; 3RYP A; 4B3X A; 4I09 A; 2CQK A; 4BHB A; 4MNU A; 3LSG A; 3TP3 A; 3O2P E; 5IT3 A; 4KIF A; 4S0H B; 2VOP A; 2KHM A; 2ZXJ A; 3TL4 X; 3U1K A; 1HC8 A; 1FY7 A; 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