The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
159
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sequence length |
451
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structure length |
451
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Chain Sequence |
ATNRDQESSGFAWWAGNARLINLSGKLLGAHVAHAGLIVFWAGAMTLFELAHFIPEKPMYEQGLILIPHIATLGWGVGPGGEVVDTFPFFVVGVVHLISSAVLGFGGVYHAIRGPETLEEYSSFFGYDWKDKNKMTTILGFHLIVLGIGALLLVAKAMFFGGLYDTWAPGGGDVRVITNPTLDPRVIFGYLLKSPFGGEGWIVSVNNLEDVVGGHIWIGLICIAGGIWHILTTPFGWARRAFIWSGEAYLSYSLGALSMMGFIATCFVWFNNTVYPSEFYGPTGPEASQAQAMTFLIRDQKLGANVGSAQGPTGLGKYLMRSPTGEIIFGGETMRFWDFRGPWLEPLRGPNGLDLNKIKNDIQPWQERRAAEYMTHAPLGSLNSVGGVATEINSVNFVSPRSWLATSHFVLAFFFLVGHLWHAGRARAAAAGFEKGIDRESEPVLSMPSLD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of oxygen-evolving photosystem II at a resolution of 1.9 A
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Photosystem Q(B) protein
|
| molecule tags |
Electron transport, photosynthesis
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| total genus |
159
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| structure length |
451
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| sequence length |
451
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| chains with identical sequence |
c
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-04-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| C | PF00421 | PSII | Photosystem II protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | photosystem ii from thermosynechococcus elongatus |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5KAI C; 3A0H C; 3JCU C; 1W5C C; 3A0B C; 1S5L C; 5GTH C; 5TIS C; 4IL6 C; 5H2F C; 5B5E C; 4UB8 C; 4UB6 C; 5GTI C; 5E79 C; 5KAF C; 2AXT C; 3KZI C; 5B66 C; 3WU2 C; 4PJ0 C; #chains in the Genus database with same CATH topology 2R4G A; 3ZGK A; 1FPQ A; 5HDN A; 4L5E A; 2OC6 A; 2OD5 A; 3WU0 A; 2EIK H; 1NTC A; 1U9O A; 1EV7 A; 3MQ0 A; 3AL0 C; 3G4S I; 1MH4 A; 1IXS B; 1VI0 A; 2FEZ A; 1R1V A; 3G2B A; 2K4B A; 2CUE A; 3LWF A; 1JJ8 C; 1O3T A; 2D1V A; 4LGW A; 3KP2 A; 4NQW A; 5LRS A; 5FLV A; 3E6D A; 4XLN F; 2L9R A; 3EYI A; 4PZJ A; 3K70 D; 1IN8 A; 1SVL A; 2EBI A; 3IC7 A; 1IN7 A; 1FOK A; 3H5N A; 4M72 A; 2ZC2 A; 3N4M A; 4D7N A; 2PQ8 A; 4XON A; 1HC8 A; 2DLL A; 1EKE A; 1WJC A; 1LDJ A; 2F6C A; 3CUQ B; 3FXL A; 3MKL A; 3BR3 A; 4XRM A; 5JLW A; 1J75 A; 2GLO A; 1XCB A; 2FBK A; 3PFI A; 5HS8 A; 4RLQ A; 3AL0 B; 3ZRG A; 3DEW A; 2BW3 B; 4KA4 A; 3ZQL A; 2UXX A; 1FY7 A; 4HBL A; 3SYT A; 2KRC A; 1UB9 A; 3JAM Z; 1JKO C; 3R61 A; 5E8G A; 3A03 A; 1KYW A; 3I4N J; 2K7L A; 3MWM A; 4RMN A; 2ZO4 A; 2HYF A; 2KDZ A; 3RYP A; 4CUG A; 5DD8 A; 2X9D A; 4ESJ A; 2CQ7 A; 2K9N A; 3O8H A; 4BNC A; 2HFH A; 4LB6 B; 3FF5 A; 3GFL A; 2ZJ2 A; 3F23 A; 5DYM A; 1ZH5 A; 3GFM A; 1UCR A; 3CC4 I; 2WTE A; 2BYV E; 4UVC A; 2R7V A; 4LD5 A; 3SDB A; 2E1N A; 3CCE I; 2DQR A; 4YIF A; 4FIS A; 2GQQ A; 3I3L A; 5EZG A; 4RAF A; 2CW7 A; 2VBY A; 3DF8 A; 4LG0 A; 3DWL E; 2W00 A; 3FBI B; 2MGQ A; 3TQN A; 2L9N A; 4A69 C; 5J4V A; 1E0E A; 5FKK A; 5E18 F; 2DTZ A; 3H9Q A; 2BZT A; 3D5S C; 3JRG A; 3GW2 A; 4L9T A; 1D1A A; 2HXO A; 2EA2 A; 3OL3 A; 2COB A; 1OIS A; 2LVS A; 2RQP A; 1UST A; 5F0C A; 1RI7 A; 2OA4 A; 3TP0 A; 2M9H A; 3HUG A; 3JTH A; 1K4S A; 1QBJ A; 5LHG A; 1IV8 A; 4DYC A; 1I3Q J; 1ON2 A; 5HLT A; 1G3T A; 3ECO A; 1LEB A; 2L4A A; 2Y0S A; 3SEZ A; 2RNJ A; 2R92 J; 2X6O A; 3ZPL A; 1WI3 A; 2OV7 A; 2GXG A; 4I01 A; 1GUU A; 1HLV A; 2A6H F; 3OS0 A; 1OJL A; 2JQ7 A; 2RVC A; 2Z1D A; 3DFG A; 3S2D J; 1TW2 A; 4F55 A; 2A5W A; 4UUV A; 2NXN B; 3S3N A; 3FX3 A; 1R22 A; 5IYB J; 3WE2 A; 1KQ8 A; 2CS3 A; 2ECC A; 2HXI A; 2NVU B; 5J3L A; 2E36 A; 2XAQ A; 3KZY A; 5JI6 A; 2WA0 A; 5TRD A; 4NHJ A; 5FKM A; 1G3W A; 3F9K A; 1RUN A; 3DQV C; 3ZMD A; 4LIV A; 1ZRE A; 4UB8 C; 1GXQ A; 1WPK A; 2X51 A; 3M1E A; 4P96 A; 4BXX J; 2A6T A; 2F4O B; 2DK5 A; 3BJO A; 3JAM K; 3JRD A; 5GAG J; 4EQQ A; 2XHK A; 1TT0 A; 4L0Y B; 1MMD A; 2VOD A; 3AG3 H; 4BUP A; 3SDG A; 1ON1 A; 4B1R A; 3RZO J; 5BPD A; 3KIO A; 1TWC J; 3FDY A; 1TNT A; 1ZKG A; 2O7O A; 4EM2 A; 2EV0 A; 3TOA A; 1P7J A; 1PUF A; 1H9G A; 5IP7 J; 3NRV A; 4IRG A; 2K40 A; 5D6E A; 3T8T A; 1JUP A; 3R6S A; 4C9Y A; 2DFF A; 2JK3 A; 5FFX A; 1T6S A; 3ZN0 A; 4BS9 A; 2DYR H; 1MKM A; 4A3F J; 4WXD A; 3FXR A; 1UEL B; 1RC9 A; 1SFK A; 3K4K A; 5FD6 A; 1DPR A; 4RA2 A; 5H20 A; 1O3Q A; 3V7C A; 1VQP I; 2WB1 A; 3OIQ A; 2DW4 A; 1ZGJ A; 3I54 A; 2DT5 A; 5LRR A; 3BP8 A; 4N0B A; 1R9T J; 2FA5 A; 2MLK A; 2V6C A; 1RPW A; 3B6A A; 3ZQG A; 1AA7 A; 5DEQ A; 5J40 A; 1XGS A; 3WG9 A; 3WTU C; 3ECH A; 1JT0 A; 4BL0 B; 3E3V A; 2PLY A; 2D45 A; 1QA6 A; 4A6E A; 1FSE A; 4KIG A; 4PGH A; 4HST A; 1L3L A; 3GCM A; 5E20 A; 2FQ3 A; 3JR9 A; 1PDN C; 3DU6 A; 1B4A A; 3BTJ A; 2YR2 A; 3LSK A; 2NVQ J; 4ZYG A; 3V7S A; 3M07 A; 4HNT A; 4EV0 A; 1WI9 A; 2A3S A; 4XBF A; 2JRT A; 3ZCO A; 2RAE A; 1VQ6 I; 1BIB A; 1ZGW A; 3GBG A; 2BVL A; 4XN3 A; 3EUA A; 4B47 A; 4GRI A; 4U0V A; 3IP4 B; 4N9H A; 1AHD P; 2QCO A; 2GM4 A; 4L18 B; 4M6X A; 2ZSH B; 4ZTJ A; 2EIJ H; 3W6J B; 4YEJ A; 1XGN A; 2LSO A; 2DMN A; 4BY7 J; 1YIT I; 2VKE A; 3PNY A; 2R7W A; 3I0T A; 5AIQ A; 2M87 A; 2HDC A; 2MD5 A; 1E17 A; 2BBY A; 2X85 A; 2JPC A; 3EUH A; 1S9H A; 2GZW A; 3ERM A; 3TO7 A; 5B1B H; 3SZT A; 2BY2 A; 5FKN A; 2NOG A; 1MND A; 1WKM A; 3I59 A; 3Q0W A; 3IKV A; 4MFD A; 1PUE E; 1Y0U A; 1S3J A; 5HLH A; 2HKO A; 3UKG A; 2K02 A; 5ILV A; 4X1E A; 1QZZ A; 2CW8 A; 2UZK A; 3WG7 H; 1J5Y A; 3PNT A; 1H0M A; 2IA2 A; 2JPB A; 1B1B A; 3T1B A; 1ZLJ A; 4XR6 A; 3QPH A; 3OWT A; 1W4M A; 1Z6R A; 1T56 A; 2IGO A; 3WTZ A; 3FXO A; 1W7P D; 4ITV A; 3DV8 A; 1R5I D; 3WTW C; 1XN7 A; 1LE8 B; 2H6C A; 4FET A; 3LMM A; 2BVM A; 3LFK A; 3LSH A; 4C2U A; 5GP9 A; 5ED4 A; 4GFB A; 3E0J B; 2E1O A; 3C1D A; 1TZL A; 3LA7 A; 3RPQ A; 3PIO F; 1HBX G; 5BQT A; 2F4M B; 5B1A H; 3QOP A; 3S14 J; 5C4X J; 2KMU A; 2AXL A; 3GFI A; 3O6B B; 1WH7 A; 2GWR A; 1H8A C; 2P0W A; 1K78 B; 2CQK A; 1IRX A; 5TIS C; 1FBS A; 3IWF A; 1LFB A; 1R7J A; 1ZR2 A; 2H6B A; 2EFW A; 4CYC A; 3TGN A; 5DCM A; 3F21 A; 3AG1 H; 1VQ8 I; 1I5Z A; 5HNF A; 4I6Z A; 1MW7 A; 3RKW A; 4KT6 A; 3K9T A; 2XV4 S; 4XID A; 3DKW A; 4XSZ F; 3HC7 A; 2K85 A; 3ABU A; 2VQH A; 1QVT A; 2IGM A; 4RB1 A; 4G7Z F; 2EFO A; 3ESW B; 3FHZ A; 3W2A A; 3IRQ A; 2JSC A; 4D9J A; 3BCB A; 1S6L A; 2Y9Y A; 4HLX A; 4LK0 F; 3V4G A; 2LRD A; 2H1L A; 1IO2 A; 4LIT A; 1YQA A; 2JA2 A; 3QAH A; 5LEK A; 3RKQ A; 1DP7 P; 1X1C A; 2CQQ A; 1YIO A; 2DPU A; 2OBP A; 3BR0 A; 4IX7 A; 3RTR A; 2ELJ A; 4NC6 A; 3H3V K; 4PJN A; 4IRH A; 2YS9 A; 1FX7 A; 2PJP A; 2Q1Z B; 1KU3 A; 1ZG3 A; 2HYG D; 2LOO A; 1LB2 A; 2DA1 A; 1JHF A; 1T0F C; 3LAJ A; 1OYY A; 5ILS A; 1J59 A; 1R4M B; 2PJR B; 1MBH A; 1ZGA A; 3K2Z A; 1G8X A; 3KLO A; 3ZMV A; 4BQN A; 3IL2 A; 1E2X A; 5HNH A; 1K61 A; 2HPI A; 2EZL A; 3H3U A; 4IJA A; 3GTO J; 2Z99 A; 5DUI A; 5IOZ A; 2HNH A; 1Q1V A; 3I4M J; 1I27 A; 2HTJ A; 2ZNY A; 1SC7 A; 4G6Q A; 4FHT A; 2X1E A; 2WAQ A; 4HRI A; 2QM3 A; 3OY9 A; 5JR3 A; 3LNQ A; 2G0E A; 5CYV A; 1P7I A; 2HOS A; 3A0H C; 3QYE A; 3SQN A; 4BJ5 C; 3GTP J; 1Z0X A; 3R60 A; 1MMG A; 3ZQI A; 1BC7 C; 4HW0 A; 1REP C; 1G59 A; 2BHZ A; 1K79 A; 3OYL A; 1R1U A; 3DLA A; 3HGY A; 4C2T A; 1YI2 I; 3S16 J; 5DD4 A; 5CVJ A; 3QP6 A; 3LSP A; 4LG3 A; 4HV5 A; 2IA1 A; 2M30 A; 2W82 A; 3I71 A; 2BY0 A; 3K0L A; 1LPQ A; 2DT6 A; 3G1M A; 2X6W A; 4XKV A; 4M9Z A; 5GAH J; 3J7A Y; 4HAM A; 1HCR A; 2R7U A; 3TL4 X; 3K4M A; 2R93 J; 1Z77 A; 2E2I J; 1Y8R B; 1YE9 A; 3KP5 A; 5K7H A; 2ID3 A; 3CCL I; 2L7Z A; 5CKT A; 4BE2 A; 1OMI A; 3CC2 I; 3CTA A; 3IAM 2; 2HVS A; 3JRI A; 3J7Z I; 3S15 J; 1OKR A; 1JI8 A; 4LIU A; 4HX4 A; 4E7H A; 4B44 A; 2L7F P; 1XX5 A; 1B59 A; 1XCV A; 2HYJ A; 1JUS A; 1N75 A; 1XMK A; 3KP7 A; 5IT9 Z; 3ZMS A; 3SJM A; 2R5Y B; 1R5G A; 2EV6 A; 2PBI A; 2ZJP F; 3RI4 A; 1YS7 A; 3M4O J; 4AID A; 2FE3 A; 3SEQ A; 2LNB A; 4XKC A; 2FRH A; 2R7S A; 5K7F A; 1LFU P; 3SFZ A; 2CV1 A; 2F5D A; 3UNG C; 4ZJZ A; 4EJU A; 3TW6 A; 4ZYE A; 3DBH B; 5DM6 F; 3GX4 X; 2HOA A; 4ZYA A; 2E2H J; 2MAB A; 3HKZ A; 5H6R A; 2FML A; 2WY8 Q; 4BJT A; 2JA6 J; 1OR7 A; 4DZJ A; 2DU9 A; 1V54 H; 3VSL A; 3CCM I; 1VF9 A; 4XLA A; 4BH9 A; 1H89 C; 2CQX A; 4UB6 C; 2CW0 F; 1VTN C; 5DS9 A; 1B6A A; 5DDG A; 2AXT C; 1JGG A; 2WV1 A; 2ZBK A; 2L9S A; 2Y31 A; 4LLL A; 1O4X A; 2LDU A; 4IEJ A; 4A3J J; 1RUO A; 3L1P A; 4FQG A; 3A4C A; 1E3O C; 4TV7 A; 2QSH X; 1HOM A; 2VON A; 3U9G A; 4ZDO A; 1FOY A; 2VQG A; 4MFE A; 3SHF A; 2OU2 A; 3OOU A; 3PO2 J; 3QPS A; 2QYO A; 4NBQ A; 3GO5 A; 1ZG5 A; 1MJA A; 2WAE A; 3S2H J; 2W85 A; 2XKP A; 1UHS A; 2FSW A; 4M6V A; 4EEF G; 1W0U A; 3F8F A; 4BYY A; 4IF4 A; 4EMS A; 4BY1 J; 4BEH A; 3ZP5 A; 3V8J A; 4BBR J; 1IUF A; 2VB6 A; 2VL8 A; 4J19 A; 2IJL A; 1Y0N A; 3GYH X; 1AKH A; 1U5T C; 3M8J A; 4G8X A; 1AOY A; 4UUS B; 3F8M A; 4BDZ A; 1X1D A; 3JSP A; 3ONQ A; 2VQC A; 1SAX A; 1EA3 A; 2Q8K A; 1XPX A; 2A6E F; 2HVR A; 3DTI A; 2W7N A; 3ELK A; 2BY1 A; 2QWW A; 1OYW A; 5F1J A; 1G6N A; 2V9P A; 1YFH A; 2A69 F; 2FBH A; 3U1D A; 1FLI A; 2QQA A; 1JGS A; 2XC7 A; 3K69 A; 5L3B A; 1LEA A; 5IT9 K; 1TTY A; 2JZY A; 5D8K B; 4AIH A; 3CCV I; 3WGH A; 4NQW B; 1WRJ A; 2ESH A; 3W6K B; 1WJD A; 4IHV A; 5DTD A; 1WJA A; 2FBI A; 4QSH A; 1HF0 A; 4EJT A; 4OAZ A; 5IT3 A; 4E70 A; 5FKO A; 2HOE A; 1ZAR A; 2V6E A; 5B3S H; 4OIO F; 2V9V A; 3QQA A; 5KCM A; 4XRS G; 4QLC U; 4IL6 C; 1X58 A; 3H5R A; 1QU3 A; 1P4W A; 3OSG A; 4ENJ A; 4W1U A; 3GTK J; 2VT3 A; 3QPL A; 4PJM A; 2DA5 A; 2JTV A; 2VQL A; 2WAF A; 3I4P A; 1P4X A; 2HU9 A; 2RKH A; 5J1R A; 4MHG A; 3L2W A; 5CJ9 A; 4FT8 A; 3HIF A; 5FLM J; 1U8B A; 1WZ2 A; 4J01 A; 3J7A O; 5FFZ A; 2HDD A; 2H1K A; 3H5A A; 2LFB A; 1S5L C; 1X2M A; 3FXK A; 3K7A J; 1RRJ A; 2DA7 A; 4ZC3 A; 2DYS H; 4XRS A; 3OS2 A; 1NH3 A; 4GGG A; 4XLC A; 2EV5 A; 4BXU A; 5GPC A; 2V7F A; 1JXS A; 4S05 A; 1D0X A; 2E1M C; 4G9Y A; 1FC3 A; 1RKT A; 4U88 A; 2CUF A; 2KIQ A; 3CES A; 5EEA A; 2DK8 A; 4BBS J; 4RLF A; 2XAS A; 3M7G A; 2IS1 A; 1W1W E; 4LG0 B; 1MJ9 A; 4PJ0 C; 1J7K A; 3ABK H; 3VEP A; 4YFN F; 1Z67 A; 2YUS A; 2KDO A; 3S2W A; 3S32 A; 4CZZ A; 4DNC A; 4OIP F; 4XQF A; 5IP6 A; 5LGU A; 3OYD A; 3JSO A; 3NWT A; 3BR2 A; 2CUJ A; 1KGS A; 2M4K A; 3GLX A; 2ZME A; 2GXB A; 4C30 A; 4UNO A; 4OIR F; 1T33 A; 3RKY A; 5BNG A; 3P9K A; 5TGT A; 3HUG B; 4BHC A; 1FOW A; 1VQ5 I; 2R7X A; 1ETX A; 2LF7 A; 1SD4 A; 2ACJ A; 3S1N J; 1P2F A; 3DTE A; 2E1M B; 4E7S A; 3PL8 A; 1X3U A; 4QIW N; 2P5K A; 2K9Q A; 2NNN A; 5J4Y A; 3CUQ C; 2DDB A; 2JUG A; 3G1L A; 3RPU D; 3TBI A; 2QZ8 A; 1UZC A; 2CG4 A; 2VLA A; 1MIJ A; 1B72 B; 1MJB A; 4U7B A; 4BAY A; 1MDM A; 2R7R A; 3CO6 C; 3L7W A; 2AHQ A; 5ICE A; 1TQP A; 1FNN A; 1VQ7 I; 2CMP A; 2PMZ N; 2QKM B; 4EGZ A; 4ABZ A; 3TMO A; 4ANJ A; 5B5E C; 4QTR A; 1TP4 A; 5FRN A; 2XAH A; 1HW2 A; 1HA8 A; 2VC0 A; 2OTJ I; 1FMV A; 5EZH A; 4Y17 A; 2C6Y A; 2FXA A; 2P6S A; 3DXJ F; 4DJA A; 2V9K A; 1ZAO A; 5E1W A; 3FMS A; 3H0G J; 3GXO A; 2ELH A; 2TCT A; 1Y1W J; 4KYW A; 1ZRD A; 1PYV A; 2L5Q A; 2XAF A; 2F5C A; 2R7D A; 3BRO A; 5EGO A; 3V42 A; 2LY1 A; 2XGC A; 4KN4 X; 1BR2 A; 2Z5U A; 3A01 A; 4A3C J; 2DOA A; 2BXY A; 3HHH A; 4PJL A; 4CIC A; 1PUF B; 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