The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
70
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structure length |
70
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Chain Sequence |
DIEKYVEELYKVVKKIYEKTGTPIKFWDLVPDVEPKIIARTFLYLLFLENMGRVEIIQEEPFGEILVVPM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
An asymmetric SMC-kleisin bridge in prokaryotic condensin.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Chromosome partition protein Smc
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| molecule tags |
Dna binding protein
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| source organism |
Pyrococcus furiosus
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| total genus |
18
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| structure length |
70
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| sequence length |
70
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| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-12-05 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | Structural maintenance of chromosome 1. Chain E |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4I99 C; 1W1W E; #chains in the Genus database with same CATH topology 2FD5 A; 1POG A; 2ADU A; 1MND A; 1VQ5 I; 4CH7 A; 2DPU A; 4IHY A; 2NNY A; 4LD5 A; 3MKL A; 1IUY A; 3QOE A; 4I0B A; 3HSE A; 3K70 C; 2MLK A; 5E3M A; 2PG4 A; 3CZ6 A; 3KZI C; 1FYK A; 3O8H A; 1FYL A; 2DW4 A; 1MMN A; 4BJ5 C; 5DV5 A; 2JVG A; 2M7A A; 3DFG A; 2P8T A; 4N4O B; 2QA4 I; 4LIT A; 1TT5 B; 1ZEL A; 3FIS A; 2QEX I; 1ZRE A; 2JSP A; 4B1R A; 3L2W A; 2HTJ A; 4KIB A; 3RI4 A; 2Q1Z B; 2XGX A; 3HKZ N; 2DOA A; 1RR7 A; 3TW6 A; 2DA1 A; 4Q47 A; 4WK8 F; 1TL8 A; 1KYW A; 3T0Y A; 1SVO A; 4AVP A; 2YU9 J; 1PDN C; 2Z16 A; 3L2R A; 2L4A A; 3LL7 A; 4CCL A; 4MTD A; 2FNA A; 4HDV A; 1BOA A; 1VND A; 2ETH A; 5C4J J; 1TW3 A; 1W5C C; 4RM2 A; 3OV8 A; 1I5Z A; 5DS9 A; 2DK5 A; 2O0Y A; 2YUS A; 4Y13 A; 1L0O C; 3KP4 A; 5D5U B; 1G8X A; 2R5Z A; 1X1D A; 5EGO B; 1WJA A; 3I64 A; 2DMN A; 3OY9 A; 3L2Q A; 2G9W A; 5FKN A; 4WCG A; 3WTY C; 4CCJ A; 3H1C A; 4A3C J; 1DGR M; 1N77 A; 5D4S A; 1E3H A; 4CUG A; 1AWC A; 4C2T A; 5HDG A; 4R79 A; 3H5A A; 3LST A; 1RI7 A; 4A0Z A; 3FMQ A; 2P6S A; 3HUG A; 2DFE A; 4OMY A; 3GUD A; 4CO8 A; 2VIX A; 3DTE A; 4UB8 C; 2HTS A; 3K0L A; 4FT8 A; 2KIQ A; 3S17 J; 3OIQ A; 4ESB A; 3CJT B; 1C0W A; 3LNQ A; 1BI3 A; 2KFD A; 2M4K A; 4ZZL A; 2ZXW H; 5DD4 A; 2DMP A; 3ECO A; 4XN0 A; 3SZG A; 4M9Z A; 2E35 A; 4HV6 A; 5IP7 J; 4B48 A; 5B3S H; 4LK0 F; 3C2B A; 3BTC A; 1VFC A; 2M8G X; 3A2K A; 2DA2 A; 5HVQ C; 2CYY A; 3N4M A; 2Z9O A; 2GM4 A; 2W24 A; 3T8R A; 3E6D A; 2CW7 A; 3S1Q J; 1EKE A; 4FIS A; 4M3B A; 1VQO I; 1B4A A; 1OCO H; 1IRX A; 2QBY B; 3NAU A; 3ZMZ A; 1W36 D; 4LIU A; 4KMU X; 5K1Y A; 1WVR A; 4RGX A; 5B66 C; 1RUN A; 2PJR B; 1LFP A; 2YX7 A; 1YW8 A; 4L9V A; 3WGG A; 4F7Z A; 3JRC A; 4YEJ A; 3FXQ A; 2D2W A; 5GP9 A; 5BQT A; 2GXB A; 1X1P A; 3BQZ A; 4OIN F; 2HR3 A; 1SAX A; 3ROU A; 2DI3 A; 3BG6 A; 2MW8 A; 1K78 B; 2LK2 A; 2IGN A; 3ECH A; 2VQH A; 1KYZ A; 4ESJ A; 4II2 A; 4YII A; 3C2H A; 4KA4 A; 1Z3X A; 4YEL A; 5FLM J; 3DKY A; 2KIS A; 2H09 A; 1TQI A; 2LG4 A; 2ZJP F; 5EEG A; 3D5L A; 1F5T A; 1ERD A; 4X1E A; 3HRS A; 2K9M A; 4C9Y A; 3DBL B; 3I59 A; 1FJL A; 1VQ4 I; 3ZXS A; 3ZQG A; 5BMZ A; 1T98 A; 1U9N A; 4RGU A; 3Q9S A; 1W36 C; 3U9G A; 2Z5U A; 2K9Q A; 3ABM H; 2L5Q A; 3BJO A; 2X9D A; 3EUH A; 5ICE A; 4WXC A; 2FJ1 A; 3JAM K; 4ZZD A; 3JRG A; 3QRF F; 1X1B A; 2CFX A; 5EEH A; 4LLG F; 5DCM B; 4F3Q A; 2W85 A; 4HX8 A; 3M9A A; 1GXQ A; 3I4P A; 4HX7 A; 1SVM A; 1O3Q A; 3E97 A; 4KT5 C; 1DQU A; 2A5W A; 3LA2 A; 2UXX A; 3MKW B; 3GX4 X; 3BWG A; 4O5V A; 2XGE A; 5FB2 A; 5E20 A; 5EG0 A; 4UUS A; 1PP7 U; 1JE8 A; 4NUB A; 4LB6 B; 2CW8 A; 3JRI A; 3KP7 A; 1FC3 A; 3KYL A; 2W1O A; 3WTU C; 4N0B A; 5E1W A; 1MW7 A; 4NBQ A; 4RLQ A; 4IJA A; 3F6V A; 2VBZ A; 2VBY A; 3S1M J; 3CCE I; 4BDY A; 3GFJ A; 2HZT A; 4BXF A; 4ZTF A; 2L3D A; 3VSL A; 2WB1 A; 3Q0W A; 1D1C A; 2KMU A; 4LFU A; 2X85 A; 3C1D A; 3IH4 A; 2RDP A; 4U88 A; 3V8L A; 3ZQH A; 5HNF A; 5D5W B; 4A93 J; 3OYM A; 3S2H J; 5L3E A; 3R6S A; 2QF7 A; 4PGH A; 1ZGA A; 2ZFU A; 1R58 A; 2Z3Y A; 1LUJ B; 3CC2 I; 4P55 A; 2FX0 A; 3HSF A; 4DIQ A; 3R0J A; 2DPD A; 4FCY A; 4HAM A; 4BQN A; 4E7J A; 3PUF A; 1G3T A; 1PYV A; 1R23 A; 4MLO A; 4ABZ A; 2MA3 A; 1YOV B; 2PMZ A; 4HRI A; 2JRT A; 2MC4 A; 4UVC A; 2L54 A; 3QOD A; 3H9G A; 3ZQI A; 1QPM A; 2GOM A; 2ELJ A; 2Y75 A; 1UHW A; 2JJ7 A; 1KQ8 A; 5GPA A; 2E1O A; 5TIS C; 4IZZ A; 3QYE A; 4I7H A; 1XGN A; 2UZK A; 4KFC A; 3RKX A; 1JT0 A; 1YRN A; 4ENN A; 4I02 A; 4M6Y A; 2BY2 A; 4XRS A; 1BN5 A; 4N9I A; 4BQA A; 4UNO A; 3I4N J; 4BHC A; 3M4O J; 1B9M A; 3KZY A; 3IRR A; 3CQZ J; 2VXZ A; 4DYQ A; 3WG7 H; 2R93 J; 3BPV A; 4XON A; 4DW6 A; 1L3L A; 4RB0 A; 4A0Y A; 4M6V A; 2XSJ C; 1XSD A; 4GXO A; 1U2W A; 1BW5 A; 1DU0 A; 2EFN A; 2RQP A; 5F04 A; 5L3D A; 2IAI A; 3RKW A; 3OYJ A; 2NS0 A; 1GV5 A; 1B9N A; 4MFD A; 3F6O A; 1U78 A; 5B1B H; 2OF7 A; 2ESH A; 2ZJ2 A; 1FOX A; 1Z05 A; 2X51 A; 3CP2 A; 2FOW A; 3CUQ B; 3GBG A; 3GEZ A; 2HVS A; 1WKM A; 2EIJ H; 2LC2 A; 4CGZ A; 4PGG A; 1OCZ H; 3B02 A; 3GWZ A; 4BL0 B; 3HGG A; 3KYC B; 4O6J A; 2LVS A; 1FEX A; 5D6F A; 1ZH5 A; 3GTL J; 1OKR A; 1R5H A; 2NOG A; 2GA2 A; 3K2Z A; 4U7D A; 5K5R A; 4F55 A; 2EFW A; 1FP2 A; 1IG7 A; 1G3Y A; 3TP0 A; 1F4K A; 3DEE A; 4L9J A; 2OBP A; 4PSX A; 3FMR A; 5IP6 A; 2ZKZ A; 1MBF A; 4A6D A; 1W7P D; 4EVI A; 2A5Y B; 1R4M B; 3DPL C; 5E79 C; 5F27 A; 3ULQ B; 1ETK A; 4H4K C; 1J9I A; 3BR3 A; 3S93 A; 3JRD A; 2ZFW A; 1VQK I; 3ZQF A; 4BDZ A; 2RNJ A; 4XLC A; 5EGO A; 1R6R A; 3GTK J; 3WGI A; 4EM1 A; 1ZG1 A; 4LMY A; 3H0D A; 1UEL B; 1TZL A; 2RRE A; 2XKP A; 4D5C A; 4CZC A; 1Y56 A; 4E7Z A; 3I9V 2; 3CO6 C; 2YS9 A; 4L0Z B; 4RS8 A; 5JHU A; 4B43 A; 1VI0 A; 2L7K A; 3T1B A; 2V9V A; 4MO7 A; 3I71 A; 4MEX F; 1KON A; 1P7J A; 2VJ4 A; 3F22 A; 2QSF X; 2VC1 A; 4ON0 A; 2P7C B; 2WAF A; 3FHN A; 4BAY A; 3QWL A; 2KPM A; 1XMA A; 5LHI A; 2E7X A; 3BG3 A; 4LLL A; 1A5J A; 2V7F A; 2DA4 A; 4IQ4 A; 1JJ6 C; 4ZYA A; 3TOB A; 2CV0 A; 4EMS A; 4XQF A; 3GTG J; 5FFZ A; 4G6D A; 3VYT B; 2FML A; 2M8E A; 4II3 A; 2H8W A; 1EV7 A; 1BL0 A; 4MIM A; 2DLL A; 5FLV A; 4NC8 A; 5AON A; 2L02 A; 4Q48 A; 2LY9 A; 3BQY A; 1BC8 C; 4HLX A; 3VOE A; 3J80 K; 5K5Q A; 2WAQ A; 1G4D A; 4M3F A; 2JA2 A; 1R1T A; 2VKV A; 3JRF A; 1YO5 C; 3RKY A; 4E6K G; 3JR9 A; 2QBY A; 2ISY A; 4NHJ A; 1GVD A; 5M5X J; 1H88 C; 4PZJ A; 2KKO A; 2XF5 A; 2OZU A; 1K61 A; 2PJR A; 3BR5 A; 1QU3 A; 4QIW N; 2ZBK A; 3OOU A; 1WJF A; 1YYV A; 2OC6 A; 1AA7 A; 3LWF A; 5HOO A; 2GIZ A; 4RBO A; 2NRA C; 4MNU A; 4Y17 A; 4Y7N J; 3P9I A; 4G7H F; 1H9G A; 1QPI A; 2MD0 A; 2K4J A; 1VQ9 I; 4IHX A; 5CJ9 A; 2HQR A; 5A2Q Z; 2HEO A; 1K78 A; 3FM3 A; 3IP4 B; 2PMZ N; 2HYF A; 2R7O A; 4MQ9 F; 3ZCO A; 1XD7 A; 1EJ9 A; 2L9R A; 3HTU A; 2XPU A; 4L5I A; 2W48 A; 2IVM A; 2O8X A; 1WJD A; 5FRN A; 2HDW A; 1MH3 A; 2QUF A; 3F72 A; 5F64 A; 1XN7 A; 5HNH A; 4AWX B; 3HDD A; 2NYX A; 2V1X A; 1IN8 A; 3NQO A; 2O8K A; 2B0L A; 3ML6 A; 5H20 A; 2OTL I; 4CCO A; 2F4M B; 3B73 A; 3K69 A; 1FT9 A; 2D5V A; 3DEW A; 2KDO A; 2V9K A; 4A3J J; 1ZRC A; 5L3F A; 2R5Y B; 4XOP A; 5DCM A; 5ERI A; 5KAI C; 4XRM A; 3L09 A; 2M5W A; 4X0G A; 2VC0 A; 2HKO A; 2B7E A; 1J5Y A; 4CCN A; 2QSH X; 2XB0 X; 1LEB A; 2ZSH B; 2FF4 A; 3J7A Y; 1P92 A; 3GZN B; 4E7I A; 5BPD A; 1XCB A; 3RZO J; 1WRJ A; 3GLX A; 4IL6 C; 2JK3 A; 4HLY A; 3I5U A; 3GTJ J; 2R0Q C; 4KT6 A; 3I58 A; 2W25 A; 4M74 A; 1JKO C; 2XUB A; 4CA0 A; 2VT2 A; 4DBR A; 1J75 A; 3ASN H; 3OIP A; 4C30 A; 1OQY A; 2MD5 A; 1D0Z A; 1TWC J; 2X6O A; 2AQF A; 3M07 A; 2N8G A; 3TW7 A; 2V26 A; 4ZYE A; 4KUM A; 2BXZ A; 4XSX F; 1TC3 C; 4UV9 A; 1JUS A; 1FBU A; 4HPQ A; 3BPX A; 2YX4 A; 3J81 K; 1P4A A; 1LB2 A; 3HOT A; 2PBI A; 3U21 A; 2ZJR F; 3GCM A; 2PFB A; 1R22 A; 1R1U A; 5J40 A; 4A3G J; 5IP9 J; 1ZR4 A; 2GXG A; 4A2U A; 3V7C A; 1QZY A; 3K7A J; 4RLF A; 1X4O A; 2GOX B; 3OWT A; 3DLA A; 1MBK A; 3BCA A; 5ICC A; 1ZAR A; 2DMQ A; 1Z3Y A; 1OYI A; 3MZY A; 3MKZ A; 1YX5 A; 5M3M J; 4N9H A; 2XB5 A; 2EIK H; 3LOC A; 4IVN A; 4PUS A; 4YIF A; 3BOQ A; 3FX3 A; 3OYA A; 2K9L A; 1W5T A; 1E3O C; 1E3P A; 3K9T A; 1EA3 A; 4GYG A; 1MH4 A; 1H8A C; 2UXN A; 4NC6 A; 1U6G A; 2ZME C; 4D5F A; 1CF7 B; 2ICW G; 1RKT A; 1A36 A; 2CH0 A; 2X6X A; 2XIG A; 3HHG A; 2Y69 H; 2GXA A; 6PAX A; 1LEA A; 1I1S A; 1M1E B; 2K3F A; 2K3P A; 4Y3O A; 2KQR A; 2R7R A; 1MBG A; 3HOY J; 2RVC A; 3K4M A; 1P7I A; 4U0Y A; 2KJB A; 5GAG J; 3JTG A; 1LE8 B; 5M3F J; 1A6I A; 2ZJQ F; 4PJL A; 2HXI A; 3VEP A; 3GW2 A; 3K2A A; 2L7M P; 3KIO A; 1FX7 A; 1ULY A; 1D0Y A; 2JT1 A; 1JTY A; 1SFE A; 3V7S A; 3JRA A; 4WXH A; 4CYD A; 2MH2 A; 4OU0 A; 3F21 A; 2IS2 A; 1TLH B; 3WTX C; 3FKJ A; 3K1P A; 3OYN A; 1GUU A; 4F93 B; 1OJL A; 1LFU P; 2VKE A; 1MDM B; 1YQA A; 2DCE A; 4UUV A; 1PVE A; 1QGP A; 3HM5 A; 2EK5 A; 1AKH B; 4XOT A; 4HF1 A; 3F8B A; 1K4T A; 3EET A; 3CUQ A; 3WU1 B; 5C3E J; 1HKT A; 1KU3 A; 2PJP A; 1BOB A; 3P7N A; 3G3Z A; 1DU6 A; 3VYS B; 1FNN A; 2UV1 A; 1IRF A; 5LBQ A; 2KLO A; 3MAJ A; 2E2H J; 4IHT A; 5FLX K; 5F0F A; 2I5U A; 4BNC A; 2R7W A; 1N78 A; 2G7H A; 5FD5 A; 4BJT A; 1HDD C; 4HV5 A; 1WJC A; 4J19 A; 1VQ8 I; 1JUP A; 3K70 D; 3G73 A; 2HVR A; 3OYI A; 4M6X A; 1RKW A; 2DOE A; 2R7Q A; 3M7G A; 3DU5 A; 1REP C; 3RSN A; 2HDC A; 1RZ4 A; 4QPQ A; 3V8K A; 2TCT A; 3KET A; 3BR1 A; 4HST A; 2QQ8 A; 2Y0M A; 3QQA A; 4HF2 A; 1VF9 A; 1XDU A; 3HEF A; 1QZE A; 2IS4 A; 4RMN A; 2EFP A; 2LMD A; 3K1M A; 2B9S A; 3PIP F; 2VB6 A; 1PUF B; 3RYP A; 2Q8K A; 2JMW A; 2HVQ A; 4U0W A; 3S14 J; 3HZJ A; 1KQ0 A; 2EZK A; 2K5C A; 3ZQQ A; 1XGS A; 1E2X A; 2MLG A; 3F8F A; 4XNF A; 4LOC A; 3KFW X; 4ENM A; 4E7K A; 2GQQ A; 3CDH A; 3LQQ A; 2DT6 A; 3CJQ B; 1YHQ I; 2G7U A; 4A3E J; 3C18 A; 2BVL A; 1QVU A; 2MBF A; 2VE8 A; 3IWF A; 5LGT A; 2JTV A; 1YG2 A; 2ID6 A; 2M3A A; 1O4X A; 2VKD A; 3ABK H; 4ITV A; 1RNL A; 4QPO A; 5BS6 A; 1T0F A; 2OA4 A; 2XPV A; 2RNG A; 1RPW A; 1Z91 A; 1WH7 A; 2CQN A; 1Y8Q B; 1FSH A; 4IXA A; 1UB9 A; 3K4K A; 3VYR B; 2WY7 Q; 4B3X A; 4DZJ A; 2K27 A; 4EM2 A; 5K7Z A; 3G71 I; 4FX4 A; 4IHW A; 1FSE A; 2QKM B; 2DA5 A; 4XN3 A; 1WHU A; 2FU4 A; 2TRT A; 3V8J A; 5K5O A; 3Q3S A; 2EIL H; 3WTW C; 2KIF A; 4OAZ A; 4HNV A; 5HLI A; 1ZKG A; 2FQ4 A; 1OIS A; 2C6Y A; 2HI3 A; 1BR1 A; 2QWW A; 4Y15 A; 2JSC A; 3B6C A; 1WWX A; 2BHY A; 4ETS A; 2KIU A; 4I0A A; 3DV8 A; 1V55 H; 2MC3 A; 3F9K A; 1MJ9 A; 1R5I D; 2D1V A; 2MGQ A; 1TWF J; 3RTR A; 4ZTJ A; 2H6B A; 1R9T J; 2KRF A; 3RPU A; 3FXM A; 2DT5 A; 2LY2 A; 4KIG A; 3A0B C; 3GZ6 A; 4D9J A; 5IT3 A; 2CUJ A; 4PCQ A; 2M9H A; 2A6E F; 2HYG D; 3SYT A; 4B47 A; 3HRU A; 5TJJ A; 4RB3 C; 2Z99 A; 3H9J A; 3FDY A; 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