The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
70
|
structure length |
70
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Chain Sequence |
DIEKYVEELYKVVKKIYEKTGTPIKFWDLVPDVEPKIIARTFLYLLFLENMGRVEIIQEEPFGEILVVPM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
An asymmetric SMC-kleisin bridge in prokaryotic condensin.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Chromosome partition protein Smc
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| molecule tags |
Dna binding protein
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| source organism |
Pyrococcus furiosus
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| total genus |
18
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| structure length |
70
|
| sequence length |
70
|
| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-12-05 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | Structural maintenance of chromosome 1. Chain E |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1W1W E; 4I99 C; #chains in the Genus database with same CATH topology 1V54 H; 2EJR A; 3ZN1 A; 4BEH B; 1FOY A; 4CA0 A; 2M87 A; 4XRS G; 4BAC A; 1U8R A; 4OIQ F; 5AIP A; 1ZRE A; 5E3N A; 3PIP F; 1XD7 A; 1ZK8 A; 4XOT A; 3U1D A; 1BR4 A; 1ZEL A; 4LIU A; 4FX0 A; 1U5T B; 2N8G A; 4OMY A; 3NAR A; 2P5L C; 2Y9Z A; 4XN0 A; 1T6S A; 2HVR A; 2R7Q A; 1I1G A; 4AWX B; 4E6K G; 3VSL A; 1SD5 A; 2QUF A; 1XMK A; 5B1B H; 3RI4 A; 4NDL A; 2CQK A; 2GXB A; 2JRM A; 2HEO A; 3PNY A; 3SQN A; 2FQ3 A; 4N9I A; 1R6R A; 3E5U A; 1MMS A; 3ABU A; 2MH9 A; 3H0D A; 3E6D A; 1YJ9 I; 2KIU A; 4PGH A; 3W2V A; 4KIS A; 4NQW A; 3W2A A; 1MSE C; 3ZQI A; 4ENN A; 2QBY B; 1VF9 A; 3OYG A; 1FT9 A; 4ENM A; 4P9U A; 3AKZ A; 1OCR H; 4I6Z A; 1YTY A; 4HX4 A; 2HKO A; 2R4G A; 1Q1V A; 3HBL A; 3VB2 A; 4EJT A; 2LNB A; 4KN4 X; 1B6A A; 1IF1 A; 5J4Y A; 2FML A; 5TGT A; 1WJC A; 1YX5 A; 3CLQ A; 2TRT A; 3WGG A; 4QPQ A; 1DPR A; 2IGO A; 3VOD A; 1RPW A; 4FX4 A; 5HDG A; 3HOZ J; 2EH3 A; 3U9G A; 5D8L B; 3MKY B; 1WH7 A; 2CQX A; 3TO9 A; 2MW8 A; 2HTS A; 3S3O A; 3VYS B; 4AIK A; 3GTQ J; 1OCO H; 3OYA A; 1ZLK A; 2LKX A; 2P5K A; 2M4K A; 2VQG A; 2AXT C; 3ZN0 A; 1WI3 A; 2JWT A; 3GX4 X; 4N4O B; 4FAS D; 4ZDP A; 2OTL I; 4OIP F; 4AUX A; 1VQ5 I; 3ABL H; 4KYW A; 1LDK B; 1Y1V J; 1HDD C; 1HCR A; 2VBX A; 2I10 A; 2VJI A; 4BQQ A; 1U5T A; 4IQJ A; 3ERM A; 3Q9V A; 4JYK A; 5LGN A; 2MFZ A; 3FXM A; 2W84 A; 4S0H B; 1FYM A; 4XSZ F; 4YIF A; 3HOU J; 5JI6 A; 3FIS A; 2EFP A; 4CH7 A; 2OCE A; 5CVV A; 4A3G J; 3QYE A; 1J2X A; 1XC5 A; 2FD5 A; 3BTI A; 1D0Z A; 3V8K A; 2ZJ2 A; 3W6K B; 5D4S A; 4QPO A; 3F6V A; 1TZL A; 4CHU A; 1GV2 A; 2QBY A; 5CVI A; 2CW0 F; 2Q0O A; 2FEZ A; 1OFC X; 2NS7 A; 1F9N A; 2M0C A; 4L5I A; 1GUU A; 2PMZ N; 2JVH A; 2V79 A; 2DTZ A; 3CDL A; 2XSJ C; 2NVX J; 1S7A A; 2DJN A; 1FMV A; 4IRG A; 3QU6 A; 1LJ9 A; 4WCG A; 2W82 A; 2F48 A; 4WXH A; 1E17 A; 4S05 A; 5D8K B; 1BR2 A; 2BE5 F; 5K5O A; 1ULY A; 3FHN A; 3IH2 A; 3BG6 A; 3NAU A; 5B5E C; 3F0C A; 4M3E A; 1QVT A; 4IEJ A; 4ZYG A; 2EZK A; 4A0Z A; 1HKQ A; 3EET A; 1SMT A; 1S72 I; 1QZE A; 3HKZ A; 2K85 A; 1Z1D A; 2STT A; 1P2F A; 2Q1Z B; 2EIM H; 3S8P A; 2EIN H; 2G7U A; 2ZSI B; 1DPU A; 3B02 A; 2EV5 A; 5KNL A; 2A5Y B; 2F5V A; 3DTE A; 3WE3 A; 1F1Z A; 3FF5 A; 1EH8 A; 2ID3 A; 1YIO A; 4G12 A; 5JHF A; 5FJ8 J; 2GXA A; 1Z77 A; 1XX5 A; 4D1Q A; 3ZOB A; 3F21 A; 4KT6 A; 2XGC A; 4IXA A; 2E19 A; 2XPU A; 2XRL A; 4MNU A; 5EYR A; 5B1A H; 2M3A A; 2HQ5 A; 3WGI A; 2OF7 A; 5BS6 A; 1SAX A; 5CLS A; 3GFJ A; 2F5E A; 2AXL A; 4CO8 A; 1N78 A; 1LVA A; 1F36 A; 2KRF A; 3CF2 A; 3K7A J; 3G4S I; 2CW7 A; 2DQL A; 2R7Z J; 2XGD A; 1Z7U A; 2BY1 A; 3E6B A; 1ZRC A; 2GLO A; 3IP4 B; 5K5R A; 1JJ6 C; 3ECO A; 3IH3 A; 1LFU P; 1Y8Q B; 2LLK A; 2WC2 A; 2H6C A; 4F55 A; 2X51 A; 3PUF A; 2L0K A; 2E1C A; 3OYD A; 5FRM A; 3VPR A; 4CUG A; 4PJL A; 1IDZ A; 2NNY A; 3OYJ A; 2RKH A; 5F64 A; 2YS9 A; 3ECH A; 4B09 A; 3M8J A; 2VJJ A; 1Z91 A; 2A3S A; 4M6Y A; 1ZN2 A; 3L2R A; 1H8A C; 4RAY A; 3C7J A; 3O8H A; 5F27 A; 4UUS B; 3IH4 A; 4DZP A; 1RUO A; 1XSV A; 2HDD A; 3J80 Z; 4GYG A; 1EF4 A; 1N75 A; 3T5X A; 5IP7 J; 1FLI A; 3SDG A; 4HQM A; 3OYB A; 2IGK A; 2X4H A; 1IDY A; 2IS4 A; 1WRJ A; 1G3S A; 1FTT A; 2FMY A; 3GLL A; 3JRB A; 5ERI A; 2HKX A; 5DDG A; 1MNM C; 4I2O A; 4KDP A; 5EZG A; 1FOK A; 1ZG1 A; 2B0L A; 2EFO A; 3CMA I; 3LAJ A; 1P7I A; 4UVB A; 1S8N A; 3S15 J; 4BQO A; 4XIC A; 3KET A; 1O3R A; 3WE2 A; 4E7L A; 2E35 A; 2I5U A; 4JX4 A; 3LSP A; 1SVO A; 4RBO A; 4B8X A; 1ZGA A; 3D0S A; 4XKB A; 2XAS A; 2H09 A; 2CMP A; 3KEY A; 3P9C A; 2R5Z A; 3KP5 A; 1LDD A; 4J00 A; 3BJ6 A; 2VKH A; 2DA5 A; 3A01 B; 1FJL A; 4Y17 A; 1Y0U A; 3ZP5 A; 5J8F A; 4DQ2 A; 1T33 A; 2HS5 A; 2JSC A; 2ZXI A; 2CYY A; 2V7F A; 1JKR C; 4KIF A; 3Q5F A; 3KP3 A; 3I54 A; 5AIQ A; 4YFK F; 3SZT A; 3V4G A; 1MKM A; 4FTH A; 3GEZ A; 2QQA A; 4L5J A; 3L2U A; 5E79 C; 2ISY A; 1HKS A; 2E5Z A; 1R5H A; 4E4H A; 2DT5 A; 2JN6 A; 2KT0 A; 3COA C; 3K0L A; 4UUS A; 3CZ6 A; 3L7W A; 2DT6 A; 2BYV E; 2FBK A; 2L01 A; 4ETS A; 2R0Q C; 4V19 K; 2E1M B; 5DCM B; 4C30 A; 5IYC J; 1TWA J; 2O7O A; 2Y30 A; 3H5R A; 4IJA A; 1KON A; 2JA5 J; 2D5V A; 1JTY A; 4CCJ A; 2L7F P; 4ENJ A; 2ZJP F; 5L3B A; 1U2W A; 1LVK A; 1UB9 A; 2LDU A; 1TT0 A; 5E3O A; 2DAO A; 2XF7 A; 2ADU A; 1B8I B; 2F5D A; 2E2J J; 4A3M J; 3HRU A; 4L9J A; 5DD8 A; 2AHQ A; 1SC7 A; 1LEB A; 1J0R A; 2X6X A; 4HST A; 3GZ6 A; 3ZQQ A; 5FKL A; 1RES A; 4P55 A; 4HNV A; 2WBM A; 4HV6 A; 5GPA A; 3WU2 C; 2CQN A; 5B66 C; 5CVU A; 2M34 A; 2QGU A; 1FSE A; 4C2U A; 1MD0 A; 5F08 A; 2QLZ A; 1SFO J; 4MO7 A; 3LA7 A; 4BHB A; 5D6F A; 3I55 I; 1S5L C; 1KQ8 A; 4DYR A; 3DKW A; 3KZZ A; 2HVS A; 1HW2 A; 3CCR I; 3HHH A; 2A07 F; 3JTH A; 3WTX C; 3FXL A; 1ORK A; 1TQP A; 3BR2 A; 3ABK H; 1JTX A; 2ICW G; 4D5F A; 1K4T A; 2E1N A; 4EJV A; 3H9Q A; 1IV8 A; 1IGN A; 2KPM A; 1HA8 A; 1MZB A; 3SEQ A; 1UEL B; 4AD9 A; 4HSR A; 2K9S A; 2DQR A; 2VBZ A; 2K4J A; 4A6D A; 3UR3 C; 5GAE J; 2W00 A; 5D6E A; 2VQC A; 3QOP A; 1VQ4 I; 3HSF A; 4MTD A; 2MAB A; 1BW5 A; 2IRF G; 1LFP A; 4HDU A; 1ZGJ A; 5GTH C; 3OYF A; 4Q48 A; 2VKV A; 3H3U A; 4OWR B; 2VQH A; 1TNS A; 4II2 A; 5CVR A; 3O2P E; 2PMZ A; 1MBG A; 2OTJ I; 2EA2 A; 1NK3 P; 5GAG J; 1MH4 A; 2BY2 A; 2QSH X; 1VZ0 A; 3GXO A; 1B8I A; 2MC4 A; 3GME A; 4IO9 F; 4ZYA A; 4PFP A; 1MDM B; 2X6Y A; 1BJA A; 4RMN A; 2ELH A; 2A6E F; 3IUO A; 4XLP F; 2R7D A; 4G9Y A; 2ESH A; 3EYY A; 5CJ9 A; 2BY3 A; 2QKL B; 2COM A; 2XC7 A; 1TTY A; 2VXD A; 3HM5 A; 5M5X J; 4KIC A; 2AQF A; 5DUI A; 3KX2 A; 4WXC A; 4UVA A; 3LAP A; 3H5A A; 2JMW A; 1TWF J; 3ZMV A; 4BY7 J; 1RKT A; 3BP8 A; 2HOS A; 2KP6 A; 4JK1 X; 1FPQ A; 1R1U A; 3BR6 A; 4EMS A; 1IRG A; 4DZJ A; 2H27 A; 1MMN A; 1MIJ A; 3VWB A; 2OPT A; 3HZJ A; 1U9O A; 1ETK A; 1GDT A; 4WX9 A; 1XMA A; 2QZ8 A; 3EUH C; 3U2R A; 4IHV A; 5IT9 K; 1ETY A; 4GXO A; 4HBL A; 4NBQ A; 3MVP A; 2HFH A; 4RGS A; 1UG0 A; 4C3I J; 2A68 F; 3CP8 A; 1B59 A; 2DMP A; 2UXN A; 4DW6 A; 2ZO4 A; 4DGW B; 2CW8 A; 4GFB A; 2A05 A; 3K1M A; 4E7I A; 1R71 A; 3ZMT A; 1SAU A; 3D5S C; 5HS9 A; 4M71 A; 4GCV A; 2DYS H; 1QBJ A; 1A31 A; 3MKZ A; 3N4M A; 2KIQ A; 3I3L A; 5JVG F; 4HOB A; 5M3F J; 4R1H A; 4CIC A; 1VQL I; 4NC8 A; 1IXC A; 4YFX F; 5J4V A; 3JRH A; 4BE2 A; 5DYM A; 1MBF A; 1V5F A; 2OBP A; 4M6X A; 2JA7 J; 5EGO B; 4LJZ F; 4L9N A; 1QO0 D; 3QYF A; 1MDM A; 1QHG A; 2OD5 A; 1KYZ A; 1X19 A; 2H6B A; 3NWS A; 2JUC A; 5KK1 A; 1IUY A; 2HYG D; 3P9I A; 2KRH A; 2EZL A; 1S6L A; 3ZRG A; 3P5J A; 1IXR C; 3E6M A; 5LLQ A; 1G8X A; 3TW6 A; 3S3N A; 3IRR A; 2WAD A; 2Y0S N; 2JUG A; 1R22 A; 2X48 A; 2E34 A; 2UV1 A; 2O8X A; 1HF0 A; 2DN0 A; 2D1V A; 2VT2 A; 1HQC A; 1OLT A; 4P5O A; 2G0E A; 2RQP A; 2R5Y B; 1L0O C; 2Y75 A; 1G3Y A; 3HPH A; 2XAH A; 3WTY C; 5HOO A; 2JRT A; 2ECC A; 4Y7N J; 4N0B A; 1MGT A; 3RSN A; 3TL4 X; 4XMY A; 3GTP J; 3I4M J; 2ZSH B; 1U78 A; 1MND A; 4BQA A; 2L9S A; 3D5R C; 3KP2 A; 3S2W A; 4A5M A; 4I0B A; 1GHC A; 3U21 A; 1Y0N A; 3BR5 A; 4CCK A; 5IT3 A; 5M5W J; 3BR1 A; 4HF2 A; 4V2G A; 1TQI A; 3BG9 A; 4YEJ A; 3K6G A; 5KHD A; 2Z2S B; 4HRI A; 2TDX A; 2FOK A; 1YO5 C; 4CYD A; 3HGG A; 4BHC A; 3OR1 C; 3O6B B; 3CO6 C; 5F0F A; 2KDZ A; 3O3K A; 4I76 A; 2VUM J; 3HRT A; 3VYU B; 4P9F A; 4BKX A; 5EGO A; 1IN7 A; 1UG2 A; 4S04 A; 1E3H A; 1SVM A; 2DO7 A; 5EDN A; 2V6E A; 2DDB A; 3LFK A; 3HTU A; 3JTG A; 3S14 J; 4GDF A; 3VSK A; 2BEO A; 3M1E A; 2X0L A; 3RYR A; 1UHW A; 5CPR B; 1BC7 C; 3LL7 A; 2LTP A; 5BPI A; 2RDP A; 4RS8 A; 3WHC A; 2V9P A; 2R7S A; 3KEQ A; 1ITY A; 5K5Q A; 2R93 J; 4AM3 A; 1FMW A; 2F4I A; 2BV6 A; 4UY8 I; 2ME0 A; 2CQQ A; 2LYC A; 5HLH A; 3CC4 I; 1EH7 A; 1WI9 A; 3HDD A; 3PNT A; 1PP7 U; 2W24 A; 3UKG A; 3VFZ A; 1WGX A; 1K6Y A; 2XPW A; 5LGU A; 2R5Y A; 2DJI A; 4F91 B; 2BY0 A; 2OU2 A; 1PP8 F; 2ZCW A; 4ESF A; 4M74 A; 3ZPL A; 2HOE A; 5HLT A; 2M8G X; 2FUG 2; 2FE3 A; 4ZH4 F; 1X1P A; 1IRZ A; 1P4X A; 1WJA A; 4E7J A; 4HDV A; 3JAM Z; 2M7B A; 3CUQ C; 3HG9 A; 4L18 B; 3ABM H; 1MW7 A; 2FNA A; 2YU9 J; 2RV8 A; 4LK0 F; 3GYH X; 1MMG A; 2M9H A; 3BCA A; 3R6S A; 1EJ9 A; 4N9H A; 5LFA A; 1UST A; 2DCE A; 3T1B A; 3I53 A; 1VQO I; 4LB5 A; 2R92 J; 1WVR A; 1J5Y A; 4E7K A; 3PSI A; 1BJZ A; 5HVQ C; 1XN7 A; 3PIO F; 3RQ4 A; 1POG A; 3MKL A; 2E7W A; 2P0W A; 2RNG A; 4D9J A; 3BJA A; 2KJB A; 3MMY B; 5KCM A; 3ZQ7 A; 4OU0 A; 2KMU A; 3TQN A; 4NC6 A; 3HXL A; 2IT0 A; 4HW0 A; 4JX5 A; 2CUF A; 2FXA A; 4II3 A; 1G6N A; 1ZTR A; 2HI3 A; 2Q2E B; 3VEP A; 3N05 A; 1ZAO A; 3E6C C; 1XDU A; 4JX6 A; 1BI1 A; 5FD6 A; 3OS1 A; 3H1C A; 3FXR A; 1SVL A; 2EQR A; 2OQG A; 1XSX A; 4UUT A; 1UAA A; 2MBF A; 3F8N A; 3WTW C; 2NOJ B; 2XSD C; 1HXD A; 2O9L A; 3FBN B; 3M9A A; 2ZXJ A; 5D5V B; 1AKH B; 3ASN H; 2FNP A; 2K5C A; 4KT5 C; 2K9N A; 1BOB A; 1OR7 C; 4U87 A; 4U7D A; 2K40 A; 3EUK L; 4L9V A; 1VFC A; 3RKQ A; 2X1D A; 3F22 A; 2A6H F; 3HUG B; 2PN6 A; 5E20 A; 2PBI A; 2YX7 A; 3S1M J; 1WCM J; 3R60 A; 4RAF A; 1JI8 A; 2KIF A; 2E2I J; 5FD5 A; 1I39 A; 3CCQ I; 2PX9 A; 3DPT A; 1FOW A; 3JW4 A; 1FBS A; 2C6Y A; 5BPD A; 2NXN B; 1ZR4 A; 4PDK A; 3DBH B; 4BGD A; 4Y13 A; 2QYO A; 2HOT A; 3IKV A; 3I4N J; 5ED4 A; 4V2F A; 3M8F A; 2ZFU A; 2VOP A; 2K3P A; 5LRR A; 2MC3 A; 1U8B A; 5E1X A; 3A03 A; 1WJE A; 1YI2 I; 3JRE A; 4WXD A; 2GM4 A; 2VPR A; 3CJT B; 3LSK A; 1K4S A; 2W85 A; 2CS3 A; 1ONV A; 1R00 A; 2CFX A; 5GAD J; 4IRH A; 1H0M A; 3DBL B; 2OJE D; 3BR3 A; 3ZQH A; 3BDD A; 3GWZ A; 1ZYR F; 2COB A; 3QPT A; 2Q2E A; 1RR8 C; 3G2B A; 3I58 A; 4BEH A; 1XGO A; 3KZI C; 3E5Q A; 3LSI A; 3CF5 F; 1S3J A; 1Z67 A; 4FE7 A; 3KFW X; 4ITV A; 2RC4 A; 3WTZ A; 3DLL F; 3GTO J; 4M6V A; 3L2W A; 2M1B A; 3A2K A; 2R7O A; 1N77 A; 2BVL A; 4XNF A; 2LFB A; 3E1S A; 4W97 A; 2XAU A; 1A36 A; 1AKH A; 3I71 A; 4XQF A; 3ML6 A; 3H3V K; 4QIW N; 1IRX A; 1WSU A; 4UNO A; 4MQ9 F; 4YFN F; 1D3Y A; 3HUG A; 3K69 A; 5FRO A; 3CCE I; 2P6S A; 4RGU A; 5AON A; 1TW3 A; 3WOD F; 2DOE A; 3CLO A; 3VYR B; 3E3V A; 1I27 A; 5K7F A; 3HL2 A; 3B6A A; 3FKJ A; 2Y0S A; 3SFI A; 2OZ6 A; 1QZZ A; 1RUN A; 4A3J J; 3Q0V A; 1XGN A; 2KDO A; 1VQ9 I; 1BOA A; 5EZH A; 1ZG5 A; 5GAH J; 4AIH A; 4YIR X; 1BIB A; 5BNG A; 2GWR A; 2MD5 A; 2EFW A; 1BA5 A; 2IGM A; 4A3C J; 1OQY A; 1FBQ A; 1X58 A; 2KHM A; 3ZQC A; 1FP1 D; 4EQQ A; 5FFX A; 4UXN A; 2GA1 A; 5CYV A; 2PEX A; 4EM1 A; 3L1P A; 1X3W B; 4X1E A; 2OAZ A; 2L7M P; 3G6E I; 5LD2 C; 2NRA C; 3ZMS A; 2P7C B; 1KQ9 A; 1ETQ A; 3K4L A; 3WTT C; 3E0J B; 2HU9 A; 4HLY A; 1SD4 A; 2OV7 A; 5FRN A; 2LD5 A; 5IOZ A; 2F6C A; 1I5Z A; 1JUM A; 2IAI A; 3HRS A; 5L3D A; 5E8I A; 4CZZ A; 5H6R A; 3CCJ I; 1X4O A; 2QQ9 A; 2XAG A; 2R7F A; 5IYD J; 4CZC A; 2EIJ H; 2O3F A; 2QM3 A; 1XCV A; 2W57 A; 1JT0 A; 1ERD A; 4PZJ A; 3L9F A; 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