The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
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sequence length |
74
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structure length |
72
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Chain Sequence |
MNSENTIVYVRVAGRNGFVDPLKFYWDLERDRSLWSSVSKLXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis of starvation-induced assembly of the autophagy initiation complex.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Protein transport
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| source organism |
Lachancea thermotolerans
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| molecule keywords |
Atg29
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| total genus |
16
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| structure length |
72
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| sequence length |
74
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| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-02-27 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | Arc Repressor Mutant, subunit A |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4P1W A; 4HPQ A; 5JHF A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4BH9 A; 2XUB A; 5J8F A; 2VKE A; 2WV1 A; 4IRH A; 2A69 F; 2FOK A; 3RDI A; 4BE1 A; 2EZL A; 3P9C A; 2L9N A; 3TDZ C; 3U21 A; 2R7X A; 3DEU A; 1G59 A; 2QYO A; 4F93 B; 3FXL A; 4KFC A; 4AM3 A; 2DA3 A; 2EFN A; 2L02 A; 3LAJ A; 3HGY A; 2EA4 A; 3ZN1 A; 3DKX A; 2XVC A; 5F0C A; 2COB A; 3E1S A; 3GLL A; 3L2W A; 1MD0 A; 1WJE A; 3ZQ7 A; 2P4W A; 4EJV A; 5M5Y J; 1RET A; 2CRG A; 2VJI A; 4G6D A; 3ABM H; 1O3S A; 5HNH A; 2LF7 A; 1T39 A; 4IF4 A; 2R7R A; 5FLV A; 3FKI J; 3I64 A; 3GTM J; 2YPR A; 5C4J J; 1J75 A; 2A61 A; 1VQ5 I; 1Q1V A; 3BOQ A; 1ZHF A; 2WB1 N; 2P6S A; 4DGW B; 1OKR A; 1R49 A; 1KZH A; 3CD6 I; 3IH2 A; 2QKL B; 2CQN A; 4DBQ A; 1DU6 A; 2R5Y A; 5F08 A; 3BTL A; 1UJ8 A; 4PSW A; 5L3D A; 3G73 A; 1I27 A; 1MBJ A; 5J4Y A; 2QUF A; 5HOO A; 2WAD A; 3J81 K; 3EQL F; 1E3H A; 2O7O A; 5GP9 A; 3K70 C; 2HYF A; 3OR1 C; 3QP5 A; 3VOE A; 2RGV A; 2X1E A; 1O7L A; 3GWZ A; 3M1E A; 3S3N A; 2P5L C; 2KIF A; 2OCE A; 4DYR A; 1KU2 A; 2DJN A; 4I98 B; 1BA5 A; 3BTJ A; 1W36 C; 2WA0 A; 3AL0 C; 4AIH A; 1LJ9 A; 2XGD A; 3CC4 I; 4XBF A; 2QQA A; 3BR6 A; 2H6C A; 4ASN A; 2R7S A; 2EJR A; 5GAH J; 3U2R A; 2R5Y B; 2KJB A; 2Y2Z A; 3WHB A; 4A5M A; 1JT0 A; 4XKB A; 4IQ4 A; 2V1N A; 5JI6 A; 2PG4 A; 1T56 A; 3QPT A; 3CC2 I; 1Y8Q B; 3IC7 A; 2R5Z A; 3K4K A; 1LDJ A; 2KDO A; 4BYY A; 3Q0V A; 2FQ3 A; 1JE8 A; 4MLO A; 1I3Q J; 4EAT A; 2QQB A; 2F5F A; 2FSW A; 4IOC F; 3PQJ A; 1SFO J; 3V4G A; 1LDK B; 1LE8 A; 4AD9 A; 1BL0 A; 3GVA A; 2L7Z A; 2GBY A; 4B3A A; 2FA5 A; 2O5R A; 3IL2 A; 4Y7N J; 3FWE A; 3AL0 B; 3PFY A; 5JHU A; 4TV7 A; 1D5V A; 1E3O C; 2DTZ A; 2IA1 A; 3WG7 H; 4XOP A; 3PNY A; 3JTG A; 2XSJ C; 4JX5 A; 1TT0 A; 4XN3 A; 3TED A; 2H94 A; 1WH5 A; 3S17 J; 5FKK A; 4LB6 B; 1OJL A; 5J40 A; 2HTS A; 3V42 A; 1SD7 A; 2M7B A; 3VYR B; 4A6D A; 3OS2 A; 4NNJ A; 3E6D A; 3TO6 A; 4A2U A; 3EUA A; 5BMZ A; 3HXL A; 2FX0 A; 3V8J A; 2TRT A; 2L5Q A; 3K70 D; 1XGO A; 1WJ5 A; 2Q2E B; 4UV9 A; 1ZAR A; 4JBA A; 3IRR A; 1JGG A; 1IG7 A; 1U9O A; 2L7M P; 2EZK A; 3I53 A; 5B66 C; 1ZG5 A; 3F8N A; 3M8J A; 1QRY A; 3GFJ A; 3BR5 A; 5D8K B; 3RYR A; 1OYW A; 2OAZ A; 1OFC X; 4IO9 F; 1IV6 A; 1W36 D; 5TGT A; 2K4B A; 6PAX A; 2LMD A; 4KIC A; 3SQN A; 1T0F C; 1BC7 C; 3OIQ A; 3DQV C; 2EZH A; 1D1B A; 4NC8 A; 4DZP A; 1TZL A; 2MH2 A; 4AC0 A; 5BPD A; 1XS9 A; 1TQM A; 2A6T A; 2XPV A; 1Z77 A; 3HSR A; 3WTW C; 1RUN A; 5L3F A; 3K0L A; 3K4C A; 1T0F A; 1JT6 A; 2JT1 A; 2ZCW A; 3VB2 A; 2LD5 A; 1H9T A; 4XLF A; 4YFK F; 3CCS I; 3S3O A; 4M3F A; 2F5C A; 1Y0U A; 2UWM A; 3CF2 A; 3L00 A; 1V4R A; 4HF0 A; 3K1M A; 1J2X A; 3LNQ A; 2JVG A; 2O9L A; 4N0B A; 4LIV A; 1NHA A; 1STZ A; 4BE2 A; 2HYJ A; 3V7C A; 1XSD A; 3O3K A; 1QHH D; 2QEX I; 1B8I A; 2DFH A; 4BDY A; 4G6T B; 4EV0 A; 3ELK A; 3HGG A; 2E7W A; 3JRA A; 1FBQ A; 1IGN A; 2LVS A; 4G9Y A; 2RQQ A; 3MCZ A; 3L9F A; 1K83 J; 2BY3 A; 3DPL C; 5FLX K; 1HW5 A; 2HXO A; 2K4J A; 1R5G A; 3MWM A; 5HLI A; 4BQQ A; 3O8G A; 1LQ1 A; 2WAQ A; 3HG9 A; 4UVA A; 2XPW A; 1YQA A; 3RSN A; 2NVT J; 5GTI C; 4KMF A; 1JHH A; 3JAM Z; 1DGW Y; 3DEE A; 3SYT A; 1TQP A; 1LDD A; 4HDV A; 3FXM A; 4LJZ F; 4Z2Y A; 3LQR A; 3MKL A; 2X6X A; 5CVU A; 3B73 A; 1H9G A; 1B8I B; 2PLY A; 4DZJ A; 3A02 A; 3BZC A; 3OYB A; 3GO5 A; 1TWG J; 2XF7 A; 3I55 I; 5ED4 A; 4PK4 A; 1ZRC A; 2MG4 A; 1X3W B; 4BXF A; 3A0H C; 1HCR A; 5F6F A; 2WWY A; 3EYY A; 3PL8 A; 3K9T A; 5GAE J; 2D5V A; 3BQY A; 1G3S A; 5D5W B; 2DMQ A; 4RGX A; 1FT9 A; 1MZB A; 1TC3 C; 4XLP F; 2GXG A; 1S6L A; 1TWH J; 4M73 A; 2GIZ A; 4D1Q A; 5E3M A; 2BE5 F; 3KP3 A; 4IX7 A; 2A3S A; 3VWB A; 3OYF A; 2UXX A; 1T6S A; 4B8X A; 4KNY A; 3QPS A; 2MC3 A; 2AQF A; 4ENM A; 1A35 A; 4L0Y B; 5J3L A; 1Z91 A; 1W5S A; 5J1U A; 3U1D A; 5FKM A; 4RGS A; 2X0L A; 2ID3 A; 2HKX A; 3WU2 C; 1X2N A; 2RNJ A; 3PNT A; 3ZR8 X; 5A2Q K; 2UUZ A; 3Q5F A; 1XPX A; 2X51 A; 4RGR A; 3R6S A; 4UVC A; 2DA7 A; 1FTZ A; 3CCM I; 1I6H J; 4HNV A; 4AIK A; 3CME I; 5H2F C; 4ZJZ A; 3WTZ A; 1F9N A; 3W6K B; 1FOY A; 3JW4 A; 2DO7 A; 3ZMV A; 5B5E C; 2ADU A; 2BYV E; 2VON A; 1JI8 A; 4Q48 A; 4KJZ A; 2EB7 A; 3KP5 A; 2R7Q A; 3BR2 A; 3GZN B; 1WHU A; 3M9A A; 3K4N A; 3ABT A; 1ZR4 A; 2DOA A; 1MDM A; 2DYR H; 4HZF A; 4HQM A; 2Z99 A; 4V19 K; 2M3A A; 2LBF A; 1QZZ A; 2XAG A; 3IRQ A; 2BZT A; 4A5N A; 3AAF A; 2R7T A; 5H6Q A; 2Z5U A; 5B3S H; 4RDU A; 3JRI A; 2DOE A; 2K9S A; 1VQN I; 2JTV A; 1GHC A; 4LGW A; 2JQ7 A; 2XGX A; 3QPL A; 1HKS A; 5IT9 Z; 2W82 A; 3A01 A; 1O4X A; 1TW2 A; 2IAI A; 1U3E M; 1LEB A; 1BW5 A; 2IBD A; 2HQR A; 3QU3 A; 2AHQ A; 3TOB A; 1PP8 F; 2DXI A; 2XAS A; 2QCO A; 1IN4 A; 1SAU A; 2MYS A; 5D5V B; 2E2I J; 3REO A; 3LA2 A; 3S1Q J; 2CUF A; 2WBM A; 2IGO A; 4NUB A; 1X3Z B; 3ASO H; 1A36 A; 2LBF B; 5FLM J; 2FD5 A; 4S05 A; 2NVY J; 3K69 A; 1KON A; 2CQK A; 2N8G A; 1B6A A; 2DI3 A; 4ZYE A; 3FKJ A; 1V3F A; 4WWC A; 1I39 A; 3ZQF A; 4BQN A; 2V79 A; 1PVE A; 3HC7 A; 1ZN2 A; 5FRN A; 4ZDO A; 4C2M J; 3GTG J; 3HRU A; 1D0Y A; 1S9H A; 3O8H A; 1Y39 A; 3L2R A; 5K7Z A; 3KZI C; 3A01 B; 2CV0 A; 2COM A; 1T95 A; 5FO5 A; 3ABL H; 4ZYG A; 1ITY A; 1OMI A; 2HQA A; 2JA7 J; 2XB0 X; 4ITV A; 2ZFW A; 2QF7 A; 3RQ4 A; 1FJL A; 3LSK A; 4XLN F; 1IXS B; 3HBL A; 3F8B A; 3H1C A; 1D1A A; 5H6R A; 3S1R J; 3KET A; 2CQQ A; 1QZY A; 2JUG A; 1WCM J; 3H9Q A; 1QQI A; 3ZOB A; 2GA2 A; 1YS7 A; 1CF7 A; 2DU9 A; 4QWQ A; 3OR2 C; 4F91 B; 1R9T J; 2OTL I; 1ETV A; 4QTR A; 4XRS G; 2KP6 A; 5FKO A; 1R5I D; 3ZMS A; 5K1Y A; 1ETK A; 4AID A; 5HDK A; 3E5X A; 2HPM A; 2EFP A; 4HX4 A; 1EH8 A; 2R0Q C; 3BJ6 A; 2J5O A; 2H1K A; 1W7P B; 2MAB A; 1I1S A; 4HV5 A; 3HPG A; 4N4O B; 1OCZ H; 3LOC A; 3PM1 A; 2ICW G; 1VQL I; 1IUF A; 4LG0 A; 2NRA C; 5D5X B; 2WAF A; 1ULY A; 4I7H A; 2DOD A; 3BLY A; 3CCQ I; 4WK8 F; 2LSO A; 2GQQ A; 2K9Q A; 2LH9 A; 2EV6 A; 3CDL A; 3KEO A; 4R1H A; 4C3H J; 4ESF A; 1CF7 B; 4B44 A; 4HNU A; 3R0A A; 3P9K A; 2XGC A; 4K2E A; 2L3D A; 2LFB A; 4XM3 A; 1GDT A; 3ML6 A; 4LIU A; 3WE3 A; 2W24 A; 3CMY A; 3I71 A; 3BR3 A; 4RB3 C; 1OCC H; 3K1N A; 4PJN A; 3H35 A; 3JR9 A; 3A2K A; 3I59 A; 1LEA A; 1U6G A; 2OZ6 A; 4XKW A; 3SFZ A; 3H5A A; 2X6Y A; 4I0B A; 2F4O B; 4XQF A; 1VQ9 I; 2FUG 2; 9ANT A; 2ZME C; 1AA7 A; 4RS8 A; 2FOW A; 3DF8 A; 4LG0 B; 2CGP A; 2NAZ A; 2LKX A; 4F3Q A; 2VQL A; 3M4O J; 5BNG A; 1XGN A; 2KZG A; 1SFE A; 1DGR M; 4B1R A; 2BXY A; 4KIF A; 2ZME A; 3C18 A; 2IJL A; 4ABZ A; 4G7Z F; 5E3N A; 1YLF A; 3HOZ J; 4I99 C; 3RKQ A; 3F72 A; 4JK1 X; 2F5E A; 2JWT A; 2LDU A; 3NAU A; 1TWA J; 4PJL A; 4RB0 A; 4BBR J; 2FRH A; 4HST A; 2O0Y A; 4A12 A; 3R4K A; 4IHW A; 3S3M A; 3I59 B; 1JTX A; 3IV5 A; 1X1C A; 3F9K A; 3J80 Z; 1T08 B; 2LLK A; 3ZQI A; 2AO9 A; 4J00 A; 1EJ9 A; 1BI3 A; 2VIX A; 4H0E A; 2XAJ A; 2O6G E; 2BOL A; 3C1D A; 2EV0 A; 5CVI A; 5F1R A; 2EIK H; 4PFP A; 3RCO A; 4HBL A; 4NDL A; 1B72 B; 3DU5 A; 1GV5 A; 3GF2 A; 1JJ6 C; 1KYZ A; 1WI3 A; 3OYA A; 2W7N A; 2W00 A; 4HPQ A; 2PJR A; 3I5U A; 1RC9 A; 1WWX A; 2B7E A; 2M0C A; 4OAZ A; 2CUE A; 3ULQ B; 1QPI A; 1Y0N A; 2QGU A; 1IUY A; 2A6H F; 4II3 A; 5E17 F; 5J1R A; 1WPK A; 3ZRG A; 2DA4 A; 2PMH A; 2L0K A; 1FPQ A; 2Y69 H; 2ZB9 A; 4IEJ A; 3S1M J; 3OYC A; 1R4M B; 4Y33 A; 5KVR A; 2XPU A; 5GPC A; 5D6F A; 1GLN A; 1R22 A; 1IN7 A; 2VJJ A; 3SEZ A; 1WJA A; 4XMY A; 5DTD A; 1L3L A; 5ICC A; 2K27 A; 2A6E F; 1MW7 A; 1A5J A; 1P7J A; 2W85 A; 2IS4 A; 3TW7 A; 5E1Z B; 4IHV A; 2R7V A; 1YYV A; 5F04 A; 2DMP A; 2PJR B; 4EM0 B; 1PUF A; 3E97 A; 4Y4R A; 2VC0 A; 2E60 A; 2M9H A; 3DXJ F; 1HQC A; 3BR1 A; 2E1N A; 2R7O A; 3GFL A; 4J01 A; 4HV6 A; 4I2O A; 4G6Q A; 3C3W A; 1SFU A; 4MTE A; 1YOV B; 3MQ0 A; 1IZ1 A; 4L9J A; 3ZPL A; 4L0Z B; 4Y13 A; 1D3Y A; 3OS0 A; 4M74 A; 3JSO A; 1REP C; 3BG6 A; 3CCY A; 1T2K A; 2V1U A; 3TW6 A; 2I8D A; 4G7O F; 5LGT A; 1J9I A; 4L9T A; 3I58 A; 4UUT A; 4LFU A; 2NS8 A; 3QP6 A; 4AIJ A; 2EFQ A; 3CCE I; 3ZMZ A; 2EV5 A; 1KA8 A; 2V9V A; 2M4K A; 1G4D A; 3JRF A; 4E4H A; 5FKL A; 5HDN A; 1LPQ A; 4HF1 A; 1AOY A; 1DUX C; 4IVN A; 2LC2 A; 1PUF B; 1ZGJ A; 3F8C A; 1WJC A; 2VE8 A; 2VLA A; 2IA0 A; 2V26 A; 2DLL A; 5IY5 H; 2FJ1 A; 1X58 A; 4KT6 A; 2GZW A; 4MEY F; 2W84 A; 2AXT C; 4A3I J; 1W1W E; 2XRO A; 3T5X A; 4MFE A; 2GIV A; 4BY1 J; 4L5I A; 4JQF A; 3L09 A; 2HEO A; 1Y8R B; 3CTA A; 1QA6 A; 2DMT A; 5J4V A; 5IOZ A; 1AWC A; 2IS1 A; 1IN8 A; 1SEU A; 2HGC A; 3HUG B; 1O7F A; 3M8F A; 3WTV C; 2FNA A; 1WZ2 A; 3QPH A; 2M1B A; 5EG0 A; 3HOS A; 1TNT A; 3ABK H; 3K2Z A; 3HEF A; 3GBG A; 1HBX G; 3G1L A; 4AVZ A; 2EA2 A; 2R4G A; 4I09 A; 4II2 A; 4FET A; 2CUZ A; 4HEA 2; 5IYC J; 5FGM A; 1UAA A; 4L9V A; 3JSP A; 5K7F A; 4GDF A; 1N25 A; 3KYD B; 5D8L B; 5LHI A; 1VTN C; 1T8I A; 2VKH A; 2OCC H; 4ETS A; 1FNN A; 2BY2 A; 2L54 A; 4CCM A; 2DN0 A; 3H36 A; 2KFD A; 3HRM A; 2XV4 S; 4RAZ A; 4BUP A; 4ZYH A; 3OYN A; 5ICF A; 5DM6 F; 3WE2 A; 1FYM A; 4N9I A; 1XN7 A; 2CV1 A; 2CSO A; 3S1N J; 1AHD P; 5EG0 B; 3K2A A; 2H6B A; 3QWL A; 1SAN A; 2QQ8 A; 3BG5 A; 4CCN A; 1BIA A; 2DA5 A; 3ZN0 A; 2W48 A; 2XGE A; 1Z6R A; 2G9W A; 2O8K A; 1RI7 A; 1ZEL A; 2CUJ A; 3G71 I; 2D45 A; 3BJA A; 4UNO A; 2HQN A; 4M6Y A; 3WTY C; 2HNH A; 1R1U A; 4A3G J; 3UR3 C; 2ISZ A; 3ZMD A; 1MBE A; 4MIM A; 4MQV A; 1W0U A; 2A07 F; 3J7A Y; 2E7X A; 2PBI A; 4JP0 A; 4WXD A; 1LFU P; 4WX9 A; 2HQ5 A; 1JXS A; 1BOA A; 4KMU X; 3I4N J; 3K4B A; 2XDV A; 4U88 A; 4A3D J; 1BJA A; 1POG A; 1PJR A; 5H20 A; 3OYI A; 4RAY A; 1MIJ A; 2HZT A; 2J5P A; 2OZU A; 3HJE A; 3W2A A; 5LLQ A; 4MFD A; 1UEL B; 4XNF A; 2QA4 I; 2L2O A; 3QYF A; 4I6Z A; 3LSJ A; 1YHQ I; 2I5U A; 2XAU A; 1LNW A; 1AKH A; 3H9J A; 1X2M A; 3TDU C; 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