The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
72
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sequence length |
186
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structure length |
186
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Chain Sequence |
SHMKREEAIQNFKALLSDMVRSSDVSWSDTRRTLRKDHRWESGSLLEREEKEKLFNEHIEALTKKKREHFRQLLDETSAITLTSTWKEVKKIIKEDPRCIKFSSSDRKKQREFEEYIRDKYITAKADFRTLLKETKFITYRSKKLIQESDQHLKDVEKILQNDKRYLVLDCVPEERRKLIVAYVDD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Specific Interaction of the Transcription Elongation Regulator TCERG1 with RNA Polymerase II Requires Simultaneous Phosphorylation at Ser2, Ser5, and Ser7 within the Carboxyl-terminal Domain Repeat.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transcription
|
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
Transcription elongation regulator 1
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| total genus |
72
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| structure length |
186
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| sequence length |
186
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-06-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01846 | FF | FF domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | FF domain | ||
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | FF domain | ||
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | FF domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2DOD A; 4FQG A; 2JUC A; 2KIQ A; 2DOE A; 1UZC A; 2E71 A; 2L9V A; 2B7E A; 2K85 A; 2KIS A; 2KZG A; 2LKS A; 2KFD A; 2CQN A; 2DOF A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1MDM B; 4CCJ A; 2EZH A; 3MZ8 A; 2QKL B; 2M2E A; 5FRO A; 2LDU A; 5KCM A; 2PMZ A; 1IW7 F; 2FBI A; 2ZSI B; 1ZGA A; 2VJJ A; 2JRT A; 1RUO A; 1BR4 A; 5FD5 A; 1NK3 P; 1CF7 A; 4CYD A; 1TQP A; 4RB0 A; 2VB6 A; 3V8J A; 4XLP F; 4HNU A; 2RNG A; 1BJZ A; 3OYN A; 1JT0 A; 3ISP A; 1MJ9 A; 3OV8 A; 4IVN A; 3FKI J; 3I4P A; 3DPU A; 5E20 A; 2K9L A; 2P8T A; 2XUB A; 3W3C A; 4X0G A; 1V4R A; 2R0Q C; 1ULY A; 1HDD C; 3HOW J; 2XF7 A; 2IS4 A; 3GTJ J; 2W82 A; 2GM4 A; 1UHW A; 1OCR H; 2Z33 A; 2GIZ A; 5BMZ A; 3H3Z A; 1J7K A; 3JAM K; 3K6G A; 3CUQ C; 1P92 A; 3A01 A; 1HKT A; 4BQQ A; 4J19 A; 5EG0 B; 3WU0 A; 1MSF C; 2HTS A; 3K70 D; 4S0H B; 1TW3 A; 1LJ9 A; 2V1X A; 2ICW G; 4OU0 A; 3TQN A; 3LA3 A; 1MJA A; 1T6S A; 4OIO F; 1HLV A; 3I4M J; 3P9I A; 2DLL A; 2PJR A; 3KFW X; 3JRE A; 3M07 A; 1JE8 A; 3KIO A; 1ZLK A; 4L9V A; 5C4J J; 2YX4 A; 4CUG A; 5B3S H; 4RBO A; 1JHH A; 2F2E A; 1VZ0 A; 3EUH A; 1UG2 A; 3P5J A; 2XC7 A; 2RVC A; 1ZG5 A; 1N75 A; 1IJW C; 1OCO H; 3MKY B; 3H1C A; 2CQN A; 4Q47 A; 3SZP A; 2ECC A; 3FHZ A; 2OUM A; 3F9K A; 5ILU A; 4RDU A; 4QLC U; 4A3B J; 2FRH A; 1EKE A; 1A5J A; 2QF7 A; 3FXO A; 3AL0 C; 2O8X A; 3SYT A; 1YO5 C; 2VBW A; 2Y69 H; 1MMG A; 1MMS A; 3LSG A; 4PJ0 C; 2JUC A; 1KON A; 2EV5 A; 5F08 A; 2B7E A; 2L9S A; 2FA5 A; 1L0O C; 4HAM A; 2DN0 A; 4IO9 F; 2W48 A; 1TWG J; 2M1B A; 1XGN A; 2X1E A; 4AM3 A; 2PG4 A; 3Q0U A; 2R7O A; 4CCO A; 2JTV A; 3K1M A; 4LD5 A; 1XSX A; 1IXR C; 3O2P E; 3GO5 A; 1X1A A; 2O03 A; 1XD7 A; 1B6A A; 3DU6 A; 2IS2 A; 5GTI C; 2JA7 J; 4HSR A; 3FF5 A; 3KEY A; 1W4M A; 4D5F A; 2ZKZ A; 2FMY A; 2K85 A; 2E34 A; 4FX4 A; 5JFR A; 3K4C A; 1S7O A; 3VSK A; 5CVU A; 2G9W A; 3CDH A; 2P0W A; 3RPQ A; 3IWF A; 4KMU X; 4RB2 C; 2X6X A; 3I59 B; 4IHX A; 2R4G A; 4RAG A; 4MLO A; 5JR3 A; 2DXI A; 5IT3 A; 5IT9 Z; 5JHU A; 1G3T A; 3I64 A; 2D1H A; 2KJC A; 5TJJ A; 3C2B A; 2MLG A; 3D5L A; 3CMY A; 1P7J A; 2GXB A; 3FXQ A; 2CS3 A; 2Q2E B; 3HGG A; 1W7P A; 3F3X A; 3KZY A; 2UZK A; 4CA0 A; 2VON A; 2EFN A; 1STZ A; 1FBS A; 2VIX A; 1SD6 A; 1T33 A; 3HPH A; 2I5U A; 1RI7 A; 1BIB A; 1L3L A; 1VQ5 I; 1VQL I; 4WF2 A; 3JRF A; 2NVY J; 2QYO A; 4NC7 A; 1A36 A; 2HFH A; 1E3O C; 2Y9Z A; 3HBL A; 3BPX A; 4CCL A; 4MGR A; 3ULQ B; 3TDU C; 4M71 A; 4BDZ A; 1J75 A; 3PJR A; 4XRF A; 3J81 K; 2GA2 A; 4I6Z A; 3RI4 A; 1K79 A; 2IJL A; 3I59 A; 5JVG F; 2XAS A; 1HQC A; 1ZKG A; 2QVO A; 5ED4 A; 2GIV A; 4HLY A; 1W0T A; 3K4K A; 4PGH A; 4ZDO A; 4HW0 A; 4RM3 A; 4E7J A; 1U9O A; 2HOE A; 1YW8 A; 4HDV A; 2Q2E A; 1D1A A; 3CCU I; 1ETX A; 3R0J A; 4XSZ F; 3J7A Y; 1H9G A; 1ODD A; 3PNV A; 3MKZ A; 3HDD A; 5LRR A; 2M45 A; 3DV8 A; 2UUZ A; 3NAR A; 2X0L A; 3ZPL A; 4LLL A; 1U9N A; 3GFM A; 2LKX A; 2QKM B; 5H20 A; 1D0Z A; 2BW3 B; 2MH2 A; 1ETV A; 2ZJP F; 2YS9 A; 5EGO B; 1AA7 A; 4NNJ A; 2K4B A; 2RAE A; 4L5I A; 2L9R A; 3PFY A; 5HOO A; 5TRD A; 3L09 A; 4G12 A; 5FLM J; 2H27 A; 2L01 A; 3V7C A; 1OLT A; 3MFK A; 3BJO A; 4BXU A; 4P5O A; 3OYB A; 2ZJR F; 1WJB A; 1T0F A; 2K02 A; 3T8T A; 4U0W A; 1NTC A; 4UVB A; 2XPV A; 3WOD F; 3LL7 A; 1XMA A; 2CW7 A; 3GCM A; 5LFA A; 2MFZ A; 2IGK A; 3ZMD A; 5K5O A; 5IYB J; 3ZCO A; 4UV9 A; 3RQI A; 5E3L A; 3REO A; 1WI3 A; 4YFX F; 2VT2 A; 1ZG1 A; 3K0L A; 4F7Z A; 1AOY A; 2EIL H; 3P7N A; 4IEJ A; 1VQN I; 3BG9 A; 5FKM A; 4HV5 A; 5EGO A; 3R0A A; 3VYT B; 1I3A A; 2HQN A; 2E35 A; 2BGC A; 2ZNY A; 1U5T A; 2OAZ A; 4G6D A; 2CGP A; 3GVA A; 5K5R A; 2W00 A; 3RKQ A; 5IY5 H; 1JTX A; 1V3F A; 1GDT A; 2ELK A; 4I09 A; 3AAF A; 2Y0M A; 5HLG A; 1ZR4 A; 3FM3 A; 1WGX A; 3PM1 A; 2ZME C; 2KLO A; 4JYK A; 4XON A; 4I02 A; 2BY2 A; 3TL4 X; 2XAJ A; 5FD6 A; 6PAX A; 1QGP A; 1WHU A; 2Y48 A; 3WGH A; 1Q1H A; 1LDK B; 1JUS A; 4YEL A; 4KFC A; 1BI0 A; 2HI3 A; 2YSR A; 2RRE A; 1YI2 I; 3G71 I; 3CCM I; 2RDP A; 3OOP A; 4BJ6 C; 3MVP A; 3O8H A; 4BNC A; 1EF4 A; 1IV8 A; 2LMD A; 3GZ5 A; 1IN7 A; 1U6G A; 2V4J C; 4CH7 A; 3T1B A; 2NVX J; 2WC2 A; 4EJW A; 5FKL A; 4HNV A; 3ASO H; 1QO0 D; 1XMX A; 2K9M A; 1ZH5 A; 3P9C A; 3H5R A; 5LGN A; 3OYD A; 5ILS A; 4UUV A; 2UWM A; 3U1K A; 5ICC A; 4HQE A; 5EF6 A; 3CQZ J; 2QBY B; 2IP2 A; 2DFI A; 3M7G A; 4DBQ A; 3JRI A; 3VOD A; 3VFZ A; 2DU9 A; 3C7J A; 2H1K A; 5DV5 A; 2JA6 J; 3DP7 A; 3IV5 A; 1UAA A; 3PNT A; 3WTS C; 4PSW A; 5TGT A; 4EJV A; 2PMZ N; 3HOU J; 3CUQ A; 2NS7 A; 3L00 A; 1BR2 A; 1MMN A; 1G8X A; 1KU9 A; 3KP2 A; 4RGR A; 2R5Z B; 3GTK J; 1X1C A; 2HTJ A; 2QZ8 A; 2EIN H; 4IX7 A; 1QVT A; 2VXZ A; 1U78 A; 2VL8 A; 3R6S A; 2UXX A; 1E3P A; 3ZQH A; 3HXL A; 1YQA A; 2YUS A; 1P7I A; 2CUZ A; 2L4M A; 3HRM A; 1WQ2 A; 4UUS B; 3W2W A; 2NXN B; 3X2Q H; 2EQR A; 3OMY A; 3T8R A; 2TCT A; 2W4S A; 3WTX C; 3PQK A; 1YS6 A; 1LEB A; 1IXC A; 4KT6 A; 4ENN A; 3JRC A; 1J09 A; 4V19 K; 4IRH A; 1K7A A; 2AXL A; 3BTC A; 1JTY A; 4C2U A; 2DMP A; 1J5Y A; 4W97 A; 2E1O A; 2OD5 A; 4OIN F; 3S17 J; 2OCE A; 1E17 A; 1WCM J; 4Y17 A; 3OOU A; 3BWG A; 1LNW A; 1IV6 A; 2IVM A; 1RRJ A; 1X2M A; 2XAU A; 2ME0 A; 4ZTF A; 2V26 A; 4RMN A; 2D1V A; 3DBR B; 2PJP A; 4HST A; 3QPS A; 1BI2 A; 2FBK A; 4UUS A; 1ZGJ A; 3K10 A; 2ZJ2 A; 4G6Q A; 1HST A; 3N05 A; 1YX5 A; 4FHT A; 1I6H J; 5DS9 A; 3S1N J; 2F4I A; 2VPL A; 1D8K A; 4XLE A; 4PJN A; 1HF0 A; 5GAG J; 1ZG3 A; 5EZH A; 2GXA A; 3CC2 I; 5FLX Z; 4BEH A; 1LVA A; 2MC4 A; 2O5R A; 1RKW A; 5HS7 A; 4ENM A; 2PLY A; 1MGT A; 1Z3Y A; 1K83 J; 1SFX A; 2LBF A; 3KP4 A; 2XPW A; 1VQ4 I; 5BPI A; 3TO7 A; 3VWB A; 3UKG A; 1MBG A; 3ABT A; 1XSD A; 3LAJ A; 4WWC A; 2Y75 A; 3F8C A; 1P4A A; 4LG3 A; 5FFZ A; 1S9H A; 4KIS A; 3BR2 A; 3AG3 H; 3ZQI A; 4EM1 A; 2R7R A; 1A31 A; 5DUI A; 2DT5 A; 4IHT A; 4LB5 A; 5F64 A; 2CUE A; 4XLN F; 1TP4 A; 2L9N A; 2XAQ A; 1IZ1 A; 5B5E C; 2H1L A; 1WJF A; 1ITY A; 2CFX A; 4BH9 A; 1C0W A; 4IHY A; 4O5V A; 2EIM H; 5DEQ A; 1IGN A; 4YFN F; 1MIJ A; 3Q0V A; 2KPM A; 4B47 A; 4H4K C; 2DJI A; 2W24 A; 2EWN A; 1Y1V J; 3ZQF A; 1IN8 A; 4GDF A; 2M7A A; 3WTZ A; 3ABU A; 1R49 A; 1I27 A; 3ABK H; 3DBH B; 4Y3O A; 4I2O A; 2Z2S B; 1E0E A; 1XCV A; 1RKT A; 2FUG 2; 4YIF A; 3E97 A; 2O6G E; 2JT1 A; 2QSF X; 3DFG A; 2BXY A; 3HZJ A; 3OYC A; 3CCR I; 3HTS B; 1SMT A; 4HQM A; 1ERD A; 3K2A A; 3B73 A; 1XGS A; 3BG6 A; 4HG2 A; 1HSJ A; 1JUP A; 3DPL C; 3S2W A; 1GLN A; 5DYM A; 2BV6 A; 4HOB A; 3S8P A; 3AG2 H; 1SAU A; 1T95 A; 4HZF A; 2EJR A; 2Z1D A; 1Z91 A; 3G73 A; 2XGE A; 3SDG A; 1B9N A; 3VDX A; 4BE0 A; 4BY1 J; 2K86 A; 1Z77 A; 2LRE A; 2JUG A; 1W36 D; 2L7F P; 4RGU A; 4DQ2 A; 2BY3 A; 2L7Z A; 5IP7 J; 5D4R A; 4L0Y B; 2EA4 A; 3H0G J; 2Q8K A; 2DDA A; 2BY1 A; 5E1X A; 2LH9 A; 3BG7 A; 1KYW A; 4GO1 A; 1IRG A; 2I10 A; 2PBI A; 4C3I J; 1R5I D; 3LSP A; 4S04 A; 1DPR A; 1UG0 A; 4KIF A; 4LB6 B; 3TP0 A; 2DDB A; 2E19 A; 3I71 A; 4R1H A; 1LB2 A; 3CP2 A; 3G2B A; 3J80 Z; 5E3M A; 1XN7 A; 3ABM H; 3JRA A; 2QQ8 A; 2ACJ A; 4RM2 A; 4ENJ A; 3ZP5 A; 3KP7 A; 2ZME B; 4X6A J; 2JA2 A; 2LSO A; 2ZO4 A; 3FXM A; 2DA7 A; 1BI1 A; 2VJ4 A; 3DKW A; 2DT7 B; 2DAO A; 1Z7U A; 3F8B A; 2E36 A; 2WAQ A; 3ESW B; 1WKM A; 2V6C A; 2MAB A; 1PYV A; 3JRD A; 1FSE A; 3ROU A; 2HKX A; 4Y52 J; 4XLF A; 1F36 A; 4JQF A; 2G0E A; 2QQ9 A; 5K7Z A; 3GZN B; 4E6K G; 4U87 A; 3BPV A; 4E7K A; 3HOZ J; 1Y0N A; 2IGO A; 4G9Y A; 4M9X A; 1R1T A; 1I39 A; 3ERE D; 3QU3 A; 1T98 A; 4BGD A; 2IA1 A; 3QYF A; 2DT6 A; 3PQJ A; 2IS6 A; 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1LEA A; 2JVG A; 3H9J A; 2NOJ B; 4U0Y A; 1VQ8 I; 2CJJ A; 4U88 A; 2VQL A; 1JHF A; 2EZL A; 1DP7 P; 2KRH A; 2WA0 A; 2HYF A; 4A3C J; 3IHU A; 2VQH A; 1B59 A; 5AIP A; 2ZXI A; 1K78 B; 1I1S A; 1IRX A; 3PL8 A; 3FMS A; 4FX0 A; 4FIS A; 4MO7 A; 3ELK A; 3FDY A; 1G4D A; 1G3S A; 3H9Q A; 5LHI A; 3GW2 A; 3MKL A; 5DCM A; 1RPW A; 1O7L A; 1D1C A; 1UHS A; 4EGZ A; 3H0D A; 5DTD A; 5FJ8 J; 5KAI C; 5K7H A; 4DZP A; 3PFI A; 2BBY A; 3S3M A; 1YTY A; 1BI3 A; 1FWZ A; 2XVC A; 4E7L A; 2V1N A; 3HYI A; 3Q3S A; 2N8G A; 4OOI A; 4HNT A; 3OS0 A; 2KZG A; 1IN4 A; 4N9I A; 4J01 A; 2K27 A; 2RQQ A; 1WJA A; 4LFU A; 3BDD A; 2HOS A; 4E7Z A; 1JKP C; 1VQ9 I; 1OJL A; 3F6O A; 4WCG A; 3OYM A; 2O61 A; 3KPH A; 4XQF A; 1FLI A; 4AIH A; 3UR3 C; 3M4O J; 1MDM A; 5EYR A; 2MA3 A; 4Y4R A; 2VAS A; 1XDS A; 1R6R A; 3ONQ A; 4I99 C; 4M9S A; 2WY7 Q; 1WJE A; 2GAU A; 4F55 A; 4Q48 A; 1VQK I; 1WJ5 A; 1FC3 A; 1O57 A; 2WWY A; 2F5E A; 5F1J A; 3ZMT A; 2L54 A; 3KZI C; 1HC8 A; 2VE8 A; 2HVS A; 1R1V A; 4ZZD A; 2OQR A; 2M30 A; 1IAW A; 4G94 A; 4L5E A; 3ZQG A; 4BQA A; 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