The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
70
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structure length |
70
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Chain Sequence |
DIEKYVEELYKVVKKIYEKTGTPIKFWDLVPDVEPKIIARTFLYLLFLENMGRVEIIQEEPFGEILVVPM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
An asymmetric SMC-kleisin bridge in prokaryotic condensin.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Dna binding protein
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| source organism |
Pyrococcus furiosus
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| molecule keywords |
Chromosome partition protein Smc
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| total genus |
18
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| structure length |
70
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| sequence length |
70
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| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-12-05 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | Structural maintenance of chromosome 1. Chain E |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4I99 C; 1W1W E; #chains in the Genus database with same CATH topology 1O3T A; 2B7E A; 3QPL A; 5J8C A; 2LC2 A; 3GW2 A; 2HDD A; 2GBY A; 4B3X A; 4OIO F; 5H6R A; 3ZOB A; 2FUG 2; 1K6Y A; 5M5X J; 3HM5 A; 1YIO A; 4E7S A; 1ZG5 A; 3WE2 A; 4V2F A; 4UV9 A; 1AHD P; 3HHG A; 3JRH A; 1P4W A; 2NNN A; 1MNM C; 1O3Q A; 4DOZ A; 3A01 A; 3HRM A; 1OPC A; 1T2K A; 3MMY B; 2E1C A; 3R0J A; 1JKO C; 2JVG A; 4MQV A; 2EFN A; 1F36 A; 5JLW A; 1D0Y A; 3WHC A; 2CMP A; 4UY8 I; 3W6J B; 2Q1Z B; 2NOJ B; 3RYR A; 1R5G A; 1VQ7 I; 1TLH B; 2E71 A; 4F7Z A; 5IPA A; 1AA7 A; 4CO8 A; 2E2H J; 2DTR A; 2V4J C; 4EJU A; 3E7L A; 3C2H A; 5FJ8 J; 3IWF A; 1S7E A; 2FQ3 A; 2VL8 A; 5ICF A; 1Y8R B; 4G6T B; 5F1J A; 4FHT A; 2WV0 A; 2VKD A; 1SFE A; 3SQN A; 2EV6 A; 5EZH A; 2ZJQ F; 2K85 A; 1T0F A; 1I39 A; 1Y1V J; 2CS3 A; 3E5U A; 4JYK A; 4A3G J; 3HJE A; 3KIO A; 4HG2 A; 4EM0 B; 4CCN A; 2GOM A; 1YJ9 I; 3J81 K; 2VE8 A; 3BY6 A; 3J80 Z; 2CH0 A; 1ZRC A; 4I0B A; 5GAH J; 3EUH A; 1GXQ A; 3Q3S A; 3HOW J; 2DA5 A; 1I1G A; 1BA5 A; 4MQ9 F; 3F8C A; 3BQZ A; 1X1C A; 4XKV A; 3VB2 A; 4BL0 B; 2V6E A; 2C6Y A; 2VQH A; 3HRT A; 1FC3 A; 3K4M A; 2Y48 A; 3BOQ A; 1FYK A; 2G7U A; 1WVR A; 3OV8 A; 2KKO A; 4V2G A; 3CC2 I; 4EQQ A; 1WRJ A; 3HKZ A; 3EDP A; 4ZYH A; 2WY8 Q; 2KLO A; 4CA0 A; 1XSV A; 1YJN I; 2QQ8 A; 3IRR A; 3GFI A; 2R7T A; 2ME6 A; 4AC0 A; 1BL0 A; 1LE8 A; 3GME A; 3PNV A; 4K2E A; 5CVI A; 4JOM A; 2M4G A; 3SDG A; 5FRN A; 2K9S A; 3CO6 C; 2EFP A; 9ANT A; 2KZV A; 4KJZ A; 1IN8 A; 4PJM A; 2FBH A; 2QBY A; 1MNE A; 2P6S A; 4EM1 A; 3CDL A; 2XRL A; 2YSR A; 5JR3 A; 3RKW A; 2YX4 A; 1WJ5 A; 3MKW B; 5CKT A; 2K02 A; 1NTC A; 4HAM A; 1Z21 A; 2CW8 A; 2Z1D A; 1JT6 A; 1XMA A; 1FMV A; 2FF4 A; 5HS9 A; 4PGG A; 4A93 J; 2CFO A; 5K5O A; 3F8F A; 3ROU A; 2JPB A; 1EV7 A; 1JHH A; 2R5Y A; 4KIC A; 4OIP F; 1H9G A; 3BR3 A; 2A5W A; 1O7L A; 2XAJ A; 1WKM A; 3GLX A; 2VN2 A; 5DS9 A; 1UG2 A; 2R7V A; 1X1D A; 1XDS A; 4BY7 J; 2XB5 A; 3JSP A; 4XN3 A; 3CF5 F; 2IA1 A; 1B9M A; 4EJO A; 5JHF A; 2HQ5 A; 3I53 A; 5CPR B; 1J2X A; 2HYJ A; 4LK0 F; 4XOP A; 5B5E C; 5D8L B; 2MC3 A; 2PMZ A; 3J7Z I; 2BHZ A; 5D6F A; 3IKT A; 3A0B C; 3S8P A; 5K1Y A; 2EIM H; 4AM3 A; 1KU2 A; 2E35 A; 3TED A; 2ZXI A; 4PSX A; 2GXB A; 1E17 A; 2V6C A; 2EV5 A; 3A02 A; 2MYS A; 2DJN A; 4BGD A; 1ETQ A; 2BYV E; 1VND A; 3DF8 A; 3RDI A; 5M5Y J; 2IP2 A; 2QQ9 A; 4GYG A; 2L54 A; 3IV5 A; 1W36 C; 2CW7 A; 1VQN I; 1USS A; 4HF2 A; 2X1C A; 3ABM H; 3ABL H; 3F9K A; 3MVP A; 4Y4R A; 3QOE A; 2CGP A; 3GTP J; 2LP0 A; 3CLO A; 3TOB A; 2IT0 A; 1XSX A; 2E7X A; 1MKM A; 4HF0 A; 3AG2 H; 3BG9 A; 3TGN A; 4M3B A; 2HGC A; 2TRT A; 4KMF A; 2MLK A; 2AXT C; 3ZQ7 A; 1A35 A; 3BR5 A; 2DMT A; 3TOA A; 3OIP A; 1HW5 A; 2I5U A; 2FQ4 A; 1LJ9 A; 1ZAO A; 3OYG A; 3ECO A; 3OYM A; 4HA8 A; 4PFO A; 3TBI A; 5ILV A; 3I59 B; 4RGU A; 2D1V A; 4BAC A; 3MAJ A; 3I58 A; 4HST A; 1O3R A; 2CV1 A; 2K9Q A; 1ZGJ A; 4QPO A; 3F8M A; 5IY5 H; 1TP4 A; 1OR7 C; 3OYL A; 1Z91 A; 4F91 B; 3DBL B; 4NUB A; 1Z3X A; 5LLQ A; 4U7D A; 3PUF A; 1MZB A; 3AL0 C; 3GTK J; 2QZ8 A; 3AL0 B; 2ME0 A; 3QRF F; 3H5N A; 1X4O A; 2XGE A; 2BXZ A; 3E6C C; 1R4N B; 1WHU A; 2PEX A; 3HPH A; 1NG7 A; 1A04 A; 2BVL A; 4EJT A; 2EBI A; 2BGC A; 3V8K A; 4B3A A; 5HDG A; 4HDV A; 4MEY F; 1Z67 A; 2L02 A; 2E1O A; 1FEX A; 1U9O A; 5DTD A; 2X6X A; 2W24 A; 2IGK A; 3E5X A; 1EKE A; 3FKJ A; 2CYY A; 4LIU A; 2BY2 A; 2BOL A; 4FX4 A; 4ITV A; 4HNU A; 1IF1 A; 1DUX C; 1U8B A; 3R0A A; 3AAF A; 3ULQ B; 3BLY A; 1G8X A; 1UZC A; 2DO7 A; 4KIT B; 2NVU B; 3RZD J; 2CUJ A; 3TO9 A; 4KUM A; 5ED4 A; 1ZYR F; 1JKP C; 1RUO A; 3MEX A; 2CV2 A; 2J5P A; 2K40 A; 1XGS A; 1B8I B; 4ZC3 A; 2PQ8 A; 1R23 A; 1L3L A; 3KZY A; 3RCO A; 1AKH B; 3L2W A; 1LVA A; 3VDX A; 3W2A A; 2OJE D; 5DCM B; 1VI0 A; 1W7P B; 2G7H A; 3CUQ B; 1X2N A; 3SJM A; 1MD0 A; 5B3S H; 3CCQ I; 3BCA A; 3HPG A; 5E79 C; 3WGH A; 4DZJ A; 1T38 A; 3ZQH A; 3O2P E; 1GDT A; 3J7Y J; 4XKW A; 2V79 A; 1DU6 A; 4AYB A; 2EFO A; 5AON A; 4KA4 A; 4HV6 A; 3ZMD A; 4UB6 C; 5FRM A; 4M3D A; 2LG4 A; 1XGN A; 5JVG F; 3ZP5 A; 4DW6 A; 3KLO A; 3PJR A; 1JTY A; 1LDK B; 3AFH A; 2DK5 A; 2HQN A; 2RAE A; 2H1K A; 5EJC A; 4IRH A; 4IZZ A; 3RI4 A; 1K7A A; 1XGM A; 4DNC A; 5E3M A; 2DPD A; 2MD0 A; 3S3O A; 5LBQ A; 1F4K A; 2H09 A; 1FOX A; 1QZZ A; 2OCC H; 5IYC J; 5FLX Z; 2HQR A; 1XG1 A; 3LA7 A; 2E34 A; 2DMQ A; 4M3F A; 1B6A A; 2UXX A; 3G71 I; 2VJ5 A; 4RGS A; 2HKX A; 2Y0S N; 4ENJ A; 1YE9 A; 1MMN A; 1P4A A; 1BBY A; 1WFX A; 3DLA A; 2K27 A; 3K1P A; 3MZ8 A; 4AVP A; 2BBY A; 3K4N A; 3O8G A; 3F3X A; 2XF5 A; 3BWG A; 2M8E A; 2PJP A; 1IV8 A; 4A0Z A; 2L9S A; 3CCY A; 2ZC2 A; 1D1C A; 1P6R A; 1TQI A; 4XN0 A; 2X48 A; 2XV4 S; 4XRS A; 2LR8 A; 2DPU A; 3Q0W A; 5KNL A; 3G4S I; 1VZ0 A; 4DBR A; 3EUA A; 2GAU A; 3EUK L; 4CGZ A; 3BZ6 A; 1B1B A; 1S7A A; 2NOG A; 1PP8 F; 1E2X A; 5DUK A; 3KP3 A; 2M9H A; 5GPA A; 2O8K A; 1AOY A; 1HDD C; 1MBE A; 2WC2 A; 4PGH A; 4R8H A; 3KEQ A; 5L3D A; 5BPD A; 3IH2 A; 3OYJ A; 2LBF B; 1MBJ A; 2BY0 A; 2JA8 J; 3PUB A; 4MEX F; 3CLQ A; 2WB1 A; 3ABU A; 5FGM A; 2Z99 A; 1E3H A; 3S3M A; 1R36 A; 4E7Z A; 4HDU A; 3UKG A; 2KIM A; 1ITY A; 1ZG3 A; 4IF4 A; 5IT9 K; 3BJO A; 2VOO A; 3CCR I; 2VI6 A; 2CV0 A; 5FKL A; 3KPH A; 2L7K A; 4PK4 A; 1J5Y A; 5JI6 A; 1QHH D; 1DGR M; 4U0W A; 4IQ4 A; 4HPQ A; 4ZDO A; 4KIG A; 1HA8 A; 2RC4 A; 2A6H F; 3FF5 A; 2KQR A; 1WCM J; 2UUZ A; 2VQL A; 4FET A; 4GCV A; 4BJ6 C; 4XQF A; 2WAQ A; 3ECH A; 5A2Q K; 1WJB A; 2HXO A; 4G94 A; 1FBS A; 2IW5 A; 1MBK A; 5LGT A; 4PJN A; 2E7W A; 1V55 H; 2MFZ A; 4JQF A; 1VQL I; 2JA5 J; 3K4K A; 3GTL J; 2O3F A; 1Z9C A; 4CCO A; 4Y7N J; 1Z1D A; 2JN6 A; 1WGX A; 3CUO A; 2XC7 A; 2E2I J; 2MAB A; 4XLA A; 3B73 A; 3GCM A; 3O3K A; 4BE2 A; 1WJE A; 4OWR B; 3OSF A; 4A69 C; 3BZK A; 4HX4 A; 2F5V A; 3HXL A; 4X0G A; 3E5Q A; 1AU7 A; 2DMU A; 4L9V A; 3WU2 C; 2CQQ A; 1QU3 A; 1MMS A; 2QYO A; 2A07 F; 2R7W A; 4ABZ A; 3GFL A; 5BQT A; 3S15 J; 4M6Y A; 2HDW A; 3I4N J; 2LRE A; 2CW0 F; 5E3N A; 2VXZ A; 2VC0 A; 1OMI A; 2VIX A; 1UCR A; 1Y6I A; 4NBQ A; 2L2O A; 1UB9 A; 1KA8 A; 2FD5 A; 1AWC A; 1QVT A; 4BU2 A; 4LGW A; 4OAZ A; 1KON A; 3J7A Y; 1LKX A; 1YYV A; 1K83 J; 1K4S A; 2LF7 A; 1MSE C; 3FHN A; 3SZT A; 2STT A; 4HNT A; 5D5W B; 4L5J A; 3JRD A; 3HKZ N; 4A5M A; 5ICE A; 1K6O A; 2R7U A; 3OYF A; 2FBI A; 2DCE A; 2ADU A; 3CME I; 2EPF A; 3PNY A; 3QYB A; 3FXU A; 3MN2 A; 5FD6 A; 1R58 A; 2DQL A; 1W0T A; 3GEZ A; 4RLQ A; 3BJA A; 3EYI A; 3GVA A; 4FAS D; 3FXM A; 1A5J A; 2QVO A; 2ZBK A; 4F93 B; 1DQU A; 2ID3 A; 4YG2 F; 2X1E A; 3CJN A; 2DA7 A; 2MG4 A; 4Q5S F; 3QU3 A; 2IA2 A; 4FCY A; 2LYC A; 2K9M A; 5EYR A; 3CJQ B; 1QVU A; 2K9L A; 4UUS B; 2QWW A; 1OCO H; 3M1C A; 4BY1 J; 2FU4 A; 4RDU A; 1QRY A; 3TL4 X; 3GXO A; 4BXU A; 3S3N A; 2ZME C; 2BE5 F; 3KYL A; 1GHC A; 1Q1H A; 4KMU X; 2XB0 X; 1Y0U A; 2YUS A; 5HOO A; 2ZME B; 3REO A; 4CCL A; 1IW7 F; 1CGP A; 3OIQ A; 2LKP A; 1IRZ A; 2E1M B; 3E3V A; 3HTS B; 2JT1 A; 4XLF A; 4Z2Y A; 1HF0 A; 2L4M A; 4I09 A; 4ZTJ A; 2GXG A; 2BY3 A; 2V26 A; 3P9I A; 4UHT A; 4BDZ A; 2E19 A; 1FY7 A; 3FXL A; 4BEH B; 4D0P A; 2LKS A; 1YIJ I; 1YG2 A; 1WZ2 A; 1R6R A; 3IUO A; 4IKF A; 1S29 A; 3OYH A; 4IXA A; 1UMQ A; 2PMZ N; 3QP5 A; 2COB A; 1Z0X A; 2DDA A; 3N97 A; 2IA0 A; 4EVI A; 2R7S A; 4DIQ A; 4ENK A; 2LFB A; 3HUG B; 2DFI A; 5TJJ A; 4R1H A; 1X3Z B; 4E4H A; 2HXI A; 3I3L A; 5ILU A; 2EIN H; 4A12 A; 1MND A; 4XNF A; 4LLL A; 3VYS B; 1OCP A; 3KZZ A; 1SC7 A; 3BT9 A; 1VQ6 I; 3MZH A; 1UHW A; 2KIS A; 4XRM A; 2F5D A; 4BDY A; 2HYF A; 3SFI A; 4BS9 A; 4IX7 A; 2Q2E A; 4ZYE A; 3GZ6 A; 1VQ4 I; 3W2V A; 4HX8 A; 5J4Y A; 1FOY A; 5EGO A; 3OYN A; 4DJA A; 1G3S A; 2HVQ A; 4HF1 A; 2BW3 A; 1BM9 A; 2LDU A; 3M07 A; 4C3I J; 4KDP A; 4LD5 A; 5JLX A; 2ZJ2 A; 3BDD A; 2D2W A; 4E7L A; 1ZQ3 P; 1D0X A; 1S6L A; 3JTH A; 3L00 A; 3QOP A; 1BW6 A; 3NEU A; 1Z77 A; 3BRO A; 2EFW A; 3COA C; 1TW2 A; 1G3Y A; 1GVD A; 2ZKZ A; 3BR6 A; 1R4M B; 3ERE D; 1JGS A; 3RJP A; 2JSP A; 3JRI A; 3FK6 A; 1LDD A; 4C2U A; 3H5A A; 3MZY A; 3F6O A; 3I55 I; 3V8L A; 1SD6 A; 3CCE I; 4KIB A; 1ULY A; 2K3F A; 4RLF A; 2D1H A; 3BPV A; 2A69 F; 2DOE A; 4N4N B; 3MKL A; 1FX7 A; 1MJB A; 4KIF A; 3Q9V A; 2P7C B; 2F5F A; 2F4I A; 1H88 C; 1JE8 A; 3HEF A; 4YFK F; 3E97 A; 3S1N J; 4RBO A; 1QZE A; 1F1Z A; 2NVY J; 4J19 A; 3A1Y A; 2CUE A; 1FYM A; 1FLI A; 2B63 J; 2MH2 A; 1RC9 A; 2XGX A; 4IRI A; 3DTI A; 1BIB A; 2EA4 A; 3N05 A; 2XGC A; 3ABK H; 3CCL I; 3IHU A; 1OR7 A; 1FBQ A; 2IJL A; 1U2W A; 4PDK A; 1FTT A; 1Q1V A; 4U87 A; 1SAU A; 2Y69 H; 1MMG A; 3WTZ A; 3JR9 A; 3BPX A; 2VOD A; 5DCF A; 2LVS A; 4YII A; 1N78 A; 2VKH A; 1ON1 A; 2XAU A; 2HQA A; 4E70 A; 5J1R A; 2H6C A; 1P92 A; 2KT0 A; 1LNW A; 1S3J A; 2QF7 A; 5FO5 A; 3UNG C; 1TWG J; 1YLF A; 2E5Z A; 4AID A; 3ONQ A; 2KP6 A; 1IJW C; 3F6V A; 2ISZ A; 2F4M B; 2RKH A; 3DKW A; 3FDY A; 2GM4 A; 4LLN A; 4YFN F; 3DCF A; 1RKT A; 1SVL A; 1VF9 A; 5C4J J; 2XDV A; 3FXQ A; 1QO0 D; 2M45 A; 3E6M A; 4RAF A; 1ERD A; 4MTE A; 1SMY F; 3K4L A; 4ESB A; 5FLM J; 1D5V A; 2JSC A; 3SZG A; 1BOA A; 2OUM A; 2L5Q A; 2XSD C; 2XRN A; 4BQN A; 5IYD J; 3FXJ A; 4MTD A; 3K70 C; 1V54 H; 3TO6 A; 3HGG A; 4AIJ A; 1ZAR A; 3P9C A; 4TV7 A; 1IO2 A; 1ZK8 A; 3RQI A; 2ID6 A; 4UVC A; 3JAM Z; 5LRS A; 2R5Z A; 5BMZ A; 1O3S A; 2HZT A; 1E0E A; 5EF6 A; 3AG4 H; 2M34 A; 3KLN A; 1B8I A; 2OQG A; 3LA3 A; 5CVU A; 1WQ2 A; 2V9V A; 3BG5 A; 1AKH A; 1UJ8 A; 2FJ1 A; 1NHA A; 3LAJ A; 1SAN A; 4A3F J; 2DBB A; 2M7A A; 3BTL A; 1W7P A; 3P5J A; 3H1C A; 3PL8 A; 2DOA A; 2B0L A; 4AYB N; 3PO2 J; 3BG3 A; 2M7B A; 3QPH A; 4CDG A; 3DBR B; 2V9K A; 1IXC A; 2WBM A; 3M8F A; 2AXL A; 2DA1 A; 3U9G A; 4Y15 A; 1JI8 A; 2BY1 A; 2FSW A; 4BXF A; 4I76 A; 4XKB A; 4EGY A; 2PX9 A; 4A6E A; 2GXA A; 2STW A; 2VON A; 3S2W A; 3HYI A; 4KN7 X; 3QP6 A; 2IS1 A; 2R7Q A; 1IDZ A; 4NC8 A; 3V8J A; 1T98 A; 1ACI A; 4I7H A; 2V1X A; 3I64 A; 2EA2 A; 1V3F A; 3OR2 C; 1U3E M; 2RVC A; 5M3M J; 2FMY A; 2X0L A; 1IN4 A; 3T8R A; 3K4B A; 3BZC A; 1JJ6 C; 5KCM A; 4OU0 A; 5EG0 B; 2I8D A; 4MFD A; 1IZ1 A; 5D8K B; 3S2D J; 5GPC A; 1G3W A; 5BOX A; 2LNB A; 3FBI B; 1U8R A; 4A3K J; 4A2U A; 3DEE A; 2OC6 A; 1D0Z A; 4G8X A; 5FKN A; 3CMA I; 1BI2 A; 2LK2 A; 2HOE A; 1J0R A; 4LIT A; 4M6X A; 3SEZ A; 3SZP A; 4U88 A; 5J8F A; 4YIR X; 1SVO A; 1W36 D; 1ETV A; 1JUS A; 4V19 K; 4CIC A; 5J1U A; 3JCU C; 3K4C A; 4LJZ F; 3WG9 A; 1GLN A; 1BI0 A; 2K86 A; 1FTZ A; 2GIZ A; 2NS8 A; 2VJI A; 4S05 A; 1SFU A; 2A6E F; 1Z3Y A; 2VQC A; 3DP7 A; 4EAT A; 1CF7 A; 2A68 F; 3M4O J; 2OA4 A; 2M1B A; 2WB1 N; 1I1S A; 1J59 A; 2CQK A; 3BTJ A; 1IDY A; 5J4V A; 2QQA A; 1XSD A; 2R7D A; 3FMS A; 2X4H A; 1ETK A; 4DQ2 A; 2EZI A; 2OTL I; 2M3A A; 4EM2 A; 2V1U A; 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