The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
155
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sequence length |
451
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structure length |
451
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Chain Sequence |
ATNRDQESSGFAWWAGNARLINLSGKLLGAHVAHAGLIVFWAGAMTLFELAHFIPEKPMYEQGLILIPHIATLGWGVGPGGEVVDTFPFFVVGVVHLISSAVLGFGGVYHAIRGPETLEEYSSFFGYDWKDKNKMTTILGFHLIVLGIGALLLVAKAMFFGGLYDTWAPGGGDVRVITNPTLDPRVIFGYLLKSPFGGEGWIVSVNNLEDVVGGHIWIGLICIAGGIWHILTTPFGWARRAFIWSGEAYLSYSLGALSMMGFIATCFVWFNNTVYPSEFYGPTGPEASQAQAMTFLIRDQKLGANVGSAQGPTGLGKYLMRSPTGEIIFGGETMRFWDFRGPWLEPLRGPNGLDLNKIKNDIQPWQERRAAEYMTHAPLGSLNSVGGVATEINSVNFVSPRSWLATSHFVLAFFFLVGHLWHAGRARAAAAGFEKGIDRESEPVLSMPSLD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Macromolecular diffractive imaging using imperfect crystals.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Photosystem II protein D1 1
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| molecule tags |
Photosynthesis
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| total genus |
155
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| structure length |
451
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| sequence length |
451
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| chains with identical sequence |
c
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-10-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| C | PF00421 | PSII | Photosystem II protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | photosystem ii from thermosynechococcus elongatus |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4IL6 C; 5KAI C; 3WU2 C; 5B5E C; 5B66 C; 1W5C C; 4UB6 C; 1S5L C; 4UB8 C; 5GTH C; 3A0B C; 3A0H C; 5H2F C; 5KAF C; 4PJ0 C; 5E79 C; 3KZI C; 5GTI C; 3JCU C; 2AXT C; 5TIS C; #chains in the Genus database with same CATH topology 2IAI A; 3QOP A; 3BPX A; 5ILU A; 4O6J A; 1FBS A; 1FWZ A; 2HYJ A; 3LSJ A; 4RGU A; 2M45 A; 3CJR B; 5HDG A; 1YTY A; 1X1C A; 2NS8 A; 3BZ6 A; 2O03 A; 4LIT A; 5E1X A; 1ZHF A; 4EQQ A; 3K69 A; 2KZG A; 3KP2 A; 1G3T A; 4C30 A; 5K5O A; 1DQU A; 1ZGW A; 3K70 D; 2XVC A; 2OQR A; 4I0A A; 5FD6 A; 4UUV A; 1FYL A; 1SD7 A; 4BBS J; 2R5Z B; 2R7Z J; 3I71 A; 3HSR A; 1U9O A; 3P7N A; 2R7X A; 4A2U A; 2OU2 A; 3B02 A; 1IXR C; 4LG3 A; 1XMA A; 2M87 A; 3C18 A; 2E1M C; 3OIQ A; 4EJW A; 4IO9 F; 2X0L A; 3C2B A; 3FDY A; 2HZT A; 3W6J B; 1ETQ A; 2VE8 A; 3BCA A; 4I7H A; 4BGD A; 4G8X A; 3VPR A; 1E3P A; 5EF6 A; 1RI7 A; 9ANT A; 3CJT B; 1FPQ A; 3PNT A; 2V1X A; 3JAM K; 2MG4 A; 1J09 A; 2UXX A; 4E70 A; 4OIP F; 1YRN B; 5GAG J; 1ITY A; 1YW8 A; 4I01 A; 3M8J A; 5CVR A; 1ZG3 A; 1YIT I; 2BY1 A; 1MGT A; 2EIJ H; 2IVM A; 5BNG A; 3EYY A; 3DBL B; 3Q5F A; 1ZYR F; 4GFB A; 2KPM A; 5HS9 A; 4ENK A; 3CMY A; 4MLO A; 5IYD J; 3I55 I; 5IT9 K; 2EZL A; 5HOO A; 3E5X A; 2HDD A; 1MDM B; 4CUG A; 1IJW C; 3K1N A; 1GV5 A; 1E0E A; 2EIM H; 2W57 A; 3BJA A; 3CJQ B; 3E1S A; 2QA4 I; 2B9S A; 2E5Z A; 5M5X J; 2QZ8 A; 2KIU A; 2RRE A; 2WV0 A; 2PMZ A; 3K4K A; 1KYZ A; 3LFK A; 4RDU A; 3OIO A; 3ELK A; 2YSR A; 2XIG A; 2XUB A; 4M6X A; 2KT0 A; 1UST A; 2L7F P; 2HPI A; 2O0Y A; 4YFX F; 1UMQ A; 4IRI A; 2O8K A; 1MKM A; 2O6G E; 3HGG A; 1IF1 A; 2WA0 A; 3DP7 A; 4Q5S F; 1P7I A; 4L5J A; 2ELH A; 3T8R A; 1EA3 A; 2OAZ A; 4J00 A; 2BV6 A; 3HRS A; 3GTJ J; 2ZXH A; 3GZN B; 1ACI A; 3GBG A; 1W7P D; 5JLX A; 2EJR A; 4ESJ A; 3CP2 A; 4MFE A; 1KQ8 A; 4ZH4 F; 5EZH A; 2H94 A; 3CJN A; 1X58 A; 3V7S A; 1A35 A; 4MEX F; 3WGH A; 3OYN A; 3CZ6 A; 2M8E A; 1S8N A; 5LHI A; 2ZSH B; 4ZDP A; 2BHZ A; 2QM3 A; 3VYS B; 1DP3 A; 2EFQ A; 4ZZL A; 2OBP A; 3DCF A; 4F3Q A; 3QPT A; 3Q3S A; 4QWQ A; 1OPC A; 2L01 A; 2ZJR F; 5D8K B; 2X1C A; 3E6M A; 5LFA A; 2O3F A; 4PFP A; 1SVL A; 1Z7L A; 5J8C A; 2LTP A; 3S16 J; 3BTJ A; 1OCC H; 2J5O A; 3HUG B; 2JN6 A; 2X1D A; 3QPL A; 1SMY F; 1T6S A; 4PGG A; 1XSX A; 3KP4 A; 1GXQ A; 3ECH A; 1R1T A; 2CMP A; 4MO7 A; 2DMQ A; 3C3W A; 3OWT A; 1RR7 A; 2VJI A; 3FWE A; 4UUS B; 1B72 B; 2AQF A; 1DGR M; 2H1L A; 2XF7 A; 3GX4 X; 3AAF A; 1R6R A; 2FE3 A; 4F7Z A; 2HOS A; 3HOW J; 1MSF C; 3HXL A; 2A3S A; 2KDO A; 4B09 A; 1QU3 A; 3L2W A; 3GLL A; 3U9G A; 3VYR B; 2JJ7 A; 3DEU A; 2ISY A; 2PFB A; 1O3R A; 1TQI A; 3PL8 A; 3WG7 H; 4Q4Z F; 3S3M A; 3HIF A; 1OMI A; 1HW1 A; 3HC7 A; 3HRU A; 3PUB A; 3Q0U A; 3HPH A; 5J1Y A; 4K2E A; 4AIH A; 3J81 K; 1CGP A; 2OC6 A; 3ZMT A; 3PO2 J; 3KEO A; 1N78 A; 3JRE A; 2HU9 A; 4EVI A; 3V42 A; 1LUJ B; 1ZAR A; 3O3K A; 4A3I J; 3VB2 A; 4HNU A; 5EEH A; 1S7O A; 2EQR A; 2K5C A; 4IHX A; 4B4C A; 3MQ0 A; 1AWC A; 4XM3 A; 4CSW A; 4LLN A; 1IG7 A; 3I59 A; 2FOW A; 2VON A; 2CW8 A; 4KUM A; 4RS8 A; 3PFI A; 4XIC A; 1UAA A; 4EJT A; 1YLF A; 2JMW A; 2Z2S B; 3WHC A; 1ZN2 A; 1BOB A; 2EZK A; 3CCV I; 3BDD A; 1AKH A; 4F93 B; 2D1V A; 3RKY A; 1X3Z B; 2HVR A; 4WXC A; 5E17 F; 3Q0W A; 3BRO A; 1I6H J; 2DOE A; 3VYT B; 3CP8 A; 2HWV A; 1UHW A; 3JRF A; 2W24 A; 1ZTR A; 4ZYG A; 2PN6 A; 3F9K A; 5J4V A; 1ON1 A; 2DYR H; 1YI2 I; 2HKX A; 1K4T A; 3HL2 A; 1MBG A; 4PJN A; 4WF2 A; 2BOL A; 4M6V A; 1WJD A; 5DYM A; 1RR8 C; 4A6E A; 4L5I A; 1R1V A; 2VBZ A; 1V4R A; 4PSX A; 3IP4 B; 3PQJ A; 4CZZ A; 2QWW A; 2X85 A; 1H88 C; 2CUE A; 4LOC A; 1YW9 A; 2JSC A; 1FC3 A; 3H3U A; 1JGG A; 5IYB J; 2GIZ A; 4M9X A; 3KYL A; 3CDH A; 3T0Y A; 1X2N A; 4XOR A; 5HLH A; 1VQ4 I; 3G3Z A; 1JUM A; 3SFZ A; 3ZN1 A; 2A69 F; 4RA2 A; 1P9Q C; 2X48 A; 5BPD A; 1LEB A; 1K6Y A; 4L5E A; 4Y33 A; 3S1M J; 3RKQ A; 3JRA A; 4E7J A; 3SEZ A; 4UY8 I; 4JX4 A; 4HF0 A; 3JRC A; 5IY5 H; 5BS6 A; 2WAQ A; 5DEQ A; 2KIS A; 3K2Z A; 2HNH A; 3BT9 A; 2WAF A; 3M8E A; 2BXY A; 4M3B A; 1HXD A; 2X1E A; 4J19 A; 1FYM A; 2OQG A; 3EUH C; 3OSG A; 3CQZ J; 2DLL A; 1IUY A; 4YEJ A; 2NVY J; 2RKH A; 3Q9S A; 3M07 A; 1T2K A; 1BW5 A; 3G4S I; 2KP6 A; 3QP6 A; 2ZNZ A; 5LBQ A; 1IAW A; 2ECC A; 5F64 A; 1Z3Y A; 4P5O A; 2Z16 A; 4WX9 A; 1V54 H; 3VOD A; 1TWC J; 5FLX K; 3CMA I; 3WTV C; 3V8J A; 3DEW A; 5E8G A; 1T95 A; 2DFE A; 5C4J J; 3ABM H; 1FYK A; 4LGW A; 3E6B A; 3DKW A; 4CCL A; 1LEA A; 4MIM A; 1PP7 U; 2VKH A; 3DU6 A; 4EGY A; 5CKT A; 3OYL A; 3SXY A; 4UXN A; 2E2I J; 2JRT A; 4ZYD A; 1MBH A; 3PFY A; 3DLA A; 4G7Z F; 3FHZ A; 1ORK A; 1SD6 A; 2BBY A; 1EH6 A; 1SFO J; 3ABU A; 5IP9 J; 1XGM A; 2YX7 A; 2Y2Z A; 5AON A; 5JLW A; 2W48 A; 4DZJ A; 3GZ6 A; 5LRS A; 1QBJ A; 4AUX A; 2Z9O A; 1OLT A; 3HTS B; 3PIO F; 2GXA A; 2A05 A; 3M1C A; 3WTS C; 2JRM A; 4HSR A; 1FOW A; 2M0M A; 5FRO A; 3BR0 A; 2O9L A; 3GFM A; 2LRE A; 2M7B A; 4HQM A; 3L9F A; 2IPQ X; 5D6E A; 4B44 A; 2JPB A; 2KIM A; 2L5Q A; 1XN7 A; 4PCQ A; 3L1P A; 3GTQ J; 1FOY A; 2IS4 A; 2M30 A; 1EKE A; 2F5F A; 2HYF A; 1FNN A; 3SJM A; 3K10 A; 4ZC3 A; 3J80 K; 3OYB A; 1Z6R A; 1HST A; 1MJ9 A; 1Y8R B; 3D5R C; 3DKY A; 2P5L C; 3QPH A; 1MDM A; 2HOT A; 4ASN A; 1FJL A; 1FX7 A; 2D1H A; 1FOX A; 1X3U A; 4XMY A; 1U2W A; 1ETO A; 4JQF A; 2VBY A; 1CQT A; 2NVX J; 4KIS A; 2XHK A; 5DDG A; 4AD9 A; 2EA2 A; 4XKV A; 4X6A J; 5EGO B; 2K9S A; 3CCR I; 2HGC A; 2VUM J; 1I1S A; 1O7F A; 2AQE A; 1G59 A; 2FQ4 A; 3EUK L; 1ZKG A; 3FXO A; 1ZRF A; 3GTL J; 5IT3 A; 2BVL A; 4U88 A; 2FJ1 A; 2BE5 F; 3VEP A; 1X1A A; 2E7W A; 2PI0 A; 5K1Y A; 2R7W A; 4ZDL A; 3IAM 2; 4KMF A; 2IS6 A; 4N4N B; 3LL7 A; 1J2X A; 5AIP A; 2ETH A; 3VDX A; 1AA7 A; 1ZLK A; 5B5E C; 2M7A A; 3P5J A; 1PP8 F; 3UNG C; 4LIV A; 3CDL A; 3GO5 A; 3EUA A; 3OIP A; 5KVR A; 5JR3 A; 4G12 A; 2FNA A; 1W4M A; 2FRH A; 4BJT A; 3EYI A; 2LF7 A; 4A6D A; 3J7A Y; 1W36 C; 3CO6 C; 1J59 A; 2COB A; 1QRY A; 4OMZ A; 4UV8 A; 5EEA A; 1BI1 A; 2BZT A; 2M5W A; 3GTG J; 4LLL A; 2KIQ A; 2KFD A; 1MSE C; 3ZMV A; 1FT9 A; 4LLG F; 4W1U A; 4UUS A; 3LSK A; 1TWF J; 4QPO A; 1B72 A; 4DZP A; 1H9G A; 3F8N A; 1FBU A; 1R4N B; 1WFX A; 2CUF A; 3F8M A; 2GBY A; 2GOX B; 4ON0 A; 2RAE A; 2QYO A; 4C3I J; 1S5L C; 1HQC A; 2R7D A; 3EPZ A; 1UJ8 A; 2K3P A; 2P4W A; 5HLI A; 3UR3 C; 1WI3 A; 4AIJ A; 3IKV A; 1LDK B; 1HKT A; 5DM7 F; 2HKO A; 1E3O C; 3K6G A; 2V6E A; 3FXU A; 3I54 A; 3ZMZ A; 1X4O A; 2FBH A; 4L9J A; 5CVI A; 4EAT A; 5GTI C; 3SQN A; 3OYA A; 4LJZ F; 3BG3 A; 4FHT A; 3B73 A; 4A3B J; 3AG3 H; 2A5W A; 3ZQG A; 1SVO A; 4BAC A; 5D5W B; 4RAF A; 3BTL A; 3ZXS A; 4HX7 A; 2DFI A; 1HW5 A; 5CQE A; 3QOD A; 2MLG A; 2EV5 A; 5CJ9 A; 1D0X A; 1P92 A; 2UUZ A; 2NNN A; 2AS5 F; 2ME6 A; 1JTX A; 1XTA A; 2Y0S A; 2A61 A; 1IDZ A; 4KDP A; 3I58 A; 3ZQH A; 2XGD A; 3V4G A; 5E18 F; 1IN6 A; 2MFZ A; 1VND A; 4CYD A; 3IH4 A; 1Y1W J; 4A3K J; 3SFI A; 4NQW B; 2CRG A; 5ILS A; 1VQP I; 1I1G A; 3R0J A; 1JKQ C; 4LG0 B; 3E97 A; 4J01 A; 4IXA A; 2HI3 A; 1SVM A; 5FGM A; 5C44 J; 2WC2 A; 1RIO H; 3ROU A; 1L3L A; 2HOA A; 4V2F A; 4HRI A; 1R9T J; 1IW7 F; 4U87 A; 1VQK I; 2HQN A; 4IHV A; 1XMK A; 2E7X A; 4Y13 A; 1WWX A; 2XAG A; 3HKZ A; 2ELJ A; 1W7P A; 2K4B A; 2VIX A; 2FNP A; 1BC7 C; 2EZH A; 1B4A A; 3WOD F; 2R7O A; 3TW6 A; 3FXJ A; 4LK0 F; 5K5Q A; 3A4C A; 1KQ9 A; 2LBF A; 1MH4 A; 2RV8 A; 2Y31 A; 4EEF G; 1SAX A; 4ZDO A; 5F6F A; 1JKP C; 1SFU A; 4P9F A; 3CCY A; 5LHG A; 1P4A A; 3VYU B; 4UVB A; 1UCR A; 2VBW A; 1ON2 A; 2X6O A; 3S3O A; 4DNC A; 4Y7N J; 3C1D A; 2DMN A; 3VOE A; 4RAG A; 1RUO A; 1OIS A; 2MD5 A; 3I59 B; 1IZ1 A; 4LMY A; 1KQ0 A; 1Z1D A; 4G7H F; 3WU1 B; 1Y0N A; 4E7I A; 1R36 A; 3G1L A; 5FO5 A; 4FX0 A; 3ZGK A; 1XCV A; 1JHH A; 3BQZ A; 3DXJ F; 5GAE J; 5DS9 A; 1QVT A; 1SD5 A; 4BE0 A; 5HOD A; 1HKS A; 1AKH B; 2QEX I; 5GP9 A; 3E6C C; 2X6Y A; 1IV6 A; 4DJA A; 1J75 A; 1PYV A; 1MBF A; 2K3F A; 4ZYH A; 3ERE D; 1JT0 A; 2FF4 A; 5FKO A; 2TRT A; 1ETK A; 4XON A; 2RNJ A; 2XKP A; 4LK1 F; 2CH0 A; 4XLP F; 3FIS A; 4NBQ A; 2LRD A; 2CW7 A; 2H8W A; 1K78 A; 3K4M A; 4RB0 A; 4PSW A; 4P1W A; 1MMN A; 4XID A; 1QPM A; 1T0F C; 2R92 J; 2W4S A; 1QNT A; 4HW0 A; 5E20 A; 4I98 B; 3A1Y A; 1FMV A; 1PUF A; 3BTI A; 4F52 A; 4UHT A; 2R7T A; 1EF4 A; 3LST A; 2AHQ A; 3KPH A; 4Y3O A; 1Y8Q B; 5IP6 A; 1YX5 A; 2OZU A; 4IHT A; 3MAJ A; 1G3S A; 4EJO A; 2QUF A; 4WK8 F; 2WY8 Q; 1S6L A; 4BQO A; 3DLL F; 1Z7U A; 1LDD A; 5E3M A; 5DUK A; 2ZME B; 3F8C A; 4G9Y A; 3LA7 A; 1OR7 C; 1Q1V A; 4HOB A; 2H6B A; 3I56 I; 3CCL I; 1P6R A; 1AHD P; 2E2H J; 1YHQ I; 4P9U A; 5TIS C; 1SAU A; 2DA4 A; 4KA4 A; 3ZMD A; 3I0T A; 3PNY A; 5J6X A; 4F92 B; 4I6Z A; 3OR1 C; 3ZOB A; 1WH7 A; 4CO8 A; 3IWZ A; 2XC7 A; 1QZZ A; 4IRH A; 3E3V A; 4TV7 A; 1JHF A; 3OYI A; 2E1O A; 4HQE A; 3RPQ A; 3TL4 X; 2E35 A; 4E4H A; 3E0J B; 2M0C A; 2DO7 A; 3IRR A; 1YX3 A; 2RNG A; 3BTC A; 3E7L A; 3E5U A; 3F3X A; 3PSI A; 4HNV A; 3ZMU A; 2XDV A; 1VQN I; 4WXD A; 4LIU A; 1A6Q A; 2L2O A; 3T1B A; 4BYY A; 3F8B A; 1TT0 A; 2VXD A; 5D5V B; 4C3J J; 4Y17 A; 4ZZD A; 3X2Q H; 3RJP A; 4BHB A; 3OYD A; 1BW6 A; 2BEO A; 1KZH A; 2XF5 A; 3AL0 C; 1ZGJ A; 4G6D A; 5F0H A; 2CW0 F; 4FTH A; 3CDI A; 3KX2 A; 3HTU A; 2ID3 A; 4F91 B; 1EV7 A; 2BYV E; 3KEQ A; 1GT0 C; 1A6I A; 1IN8 A; 2DDA A; 5KK1 A; 5LGU A; 5E79 C; 3K2A A; 1VQ9 I; 4M9S A; 1VQL I; 2PMH A; 3L2U A; 1UHM A; 1NTC A; 1OQY A; 2YU3 A; 4RM3 A; 5HDK A; 2H27 A; 2DBB A; 3PSF A; 3WU2 C; 2CV2 A; 3O6B B; 3ZQ7 A; 4XBF A; 3LSP A; 2DA5 A; 4LB6 B; 1HDD C; 5EGO A; 2W82 A; 3HOV J; 3CUQ B; 3I64 A; 1LQ1 A; 4AID A; 1M1E B; 4XLN F; 2QGU A; 2IJL A; 3TED A; 3MN2 A; 5K7Z A; 2OTJ I; 2QSH X; 2VT2 A; 3G6E I; 2RQQ A; 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