The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
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sequence length |
147
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structure length |
147
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Chain Sequence |
MKKVVAVVKLQLPAGKATPAPPVGPALGQHGANIMEFVKAFNAATANMGDAIVPVEITIYADRSFTFVTKTPPASYLIRKAAGLEKGAHKPGREKVGRITWEQVLEIAKQKMPDLNTTDLEAAARMIAGSARSMGVEVVGAPEVKDA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Structure of Free L11 and Functional Dynamics of L11 in Free, L11-rRNA(58 nt) Binary and L11-rRNA(58 nt)-thiostrepton Ternary Complexes.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Rna binding protein
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| source organism |
Thermus thermophilus
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| molecule keywords |
50S ribosomal protein L11
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| total genus |
15
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| structure length |
147
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| sequence length |
147
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-06-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00298 | Ribosomal_L11 | Ribosomal protein L11, RNA binding domain |
| A | PF03946 | Ribosomal_L11_N | Ribosomal protein L11, N-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | Ribosomal protein L11, C-terminal domain | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Ribosomal protein L11, N-terminal domain | Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4IO9 F; 1VQ8 I; 5GAH J; 2K3F A; 1VQ9 I; 5JVG F; 3CCQ I; 3CCS I; 3CC2 I; 3CC7 I; 3CJS B; 2ZJQ F; 2JQ7 A; 2QA4 I; 1VQN I; 3CCE I; 3CMA I; 1VQ4 I; 2FOW A; 1YIJ I; 2OTL I; 1VQ7 I; 1YHQ I; 2OTJ I; 3G71 I; 4IOC F; 5DM6 F; 3G4S I; 3I56 I; 1Y39 A; 3PIP F; 3PIO F; 4UY8 I; 2H8W A; 1YJW I; 1VQK I; 3CF5 F; 3CME I; 4V19 K; 1QA6 A; 1YJN I; 3CJQ B; 1YI2 I; 1HC8 A; 1FOX A; 3CCU I; 2E35 A; 4IOA F; 1VQP I; 1VQM I; 3CD6 I; 2QEX I; 3CCR I; 1VQ6 I; 3CCM I; 1MMS A; 5GAE J; 3I55 I; 1FOY A; 5GAG J; 1WIB A; 1S72 I; 1VQL I; 2E34 A; 3DLL F; 1YJ9 I; 1YIT I; 3CC4 I; 3EGV B; 3CJT B; 2ZJR F; 1FOW A; 3J7Z I; 1VQO I; 5DM7 F; 1VQ5 I; 3CCL I; 2E36 A; 5GAD J; 3CCJ I; 1ACI A; 3G6E I; 3CCV I; 2NXN B; 2ZJP F; 3CJR B; 3J7Y J; #chains in the Genus database with same CATH topology 2LKX A; 4QPQ A; 2F5V A; 1WH5 A; 5HOO A; 1BOA A; 1ZQ3 P; 3S2H J; 4B47 A; 3PQJ A; 1WI9 A; 3O2P E; 3SZT A; 2WB1 A; 2Z16 A; 2X4H A; 3GME A; 1S7E A; 3GUD A; 2DLL A; 3FX3 A; 3BG9 A; 1QNT A; 2K5C A; 1J2X A; 1K79 A; 3JRA A; 2AQE A; 2FMY A; 3RCO A; 4BQQ A; 5HOD A; 3CDI A; 2KKO A; 5B66 C; 4XON A; 2XB5 A; 4A3J J; 3ZQL A; 2CQX A; 3LSM A; 1D8J A; 4BHP A; 1AOY A; 1ZRF A; 4O6J A; 1FLI A; 4IOC F; 4JX4 A; 3R6S A; 3NAR A; 1R71 A; 3K0L A; 5TRD A; 1P2F A; 3QWL A; 2VKE A; 4ZYE A; 4CO8 A; 2L2O A; 3OOU A; 1T0F A; 3BR0 A; 4II3 A; 2CH0 A; 3O3K A; 3DLA A; 3M8E A; 1A6I A; 2ZME B; 1TC3 C; 3R4K A; 1AWC A; 1TQP A; 3CF5 F; 5FB2 A; 2K27 A; 1UJ8 A; 2OBP A; 2ZXJ A; 5JR3 A; 3CME I; 2C6Y A; 1WFX A; 1PVE A; 4FE4 A; 4UHT A; 4DNC A; 4HF1 A; 2XF7 A; 4I2O A; 4A3C J; 1BN5 A; 3KX2 A; 5E17 F; 1SC7 A; 2W24 A; 1JT6 A; 2DMP A; 3L2C A; 3T8T A; 4XK4 A; 3W2W A; 4G7O F; 4G9Y A; 4II2 A; 4Z6Y A; 1W0U A; 2JUG A; 2Y0S N; 1LEB A; 3DPT A; 3SJM A; 2LH9 A; 1R36 A; 4AID A; 5L3G A; 4KDP A; 5B1A H; 1DGR M; 3FXO A; 5B1B H; 2QUF A; 1XDU A; 2GXG A; 1HF0 A; 3HOU J; 5CVJ A; 5GP9 A; 4DQ2 A; 4ABZ A; 4J19 A; 4FIS A; 4LOC A; 5L3D A; 4C9Y A; 1IRF A; 1Y8R B; 1FOW A; 2WAQ A; 2QKM B; 4GRI A; 3KEQ A; 1LKX A; 5IT9 Z; 2HDC A; 3ZN1 A; 2CU7 A; 4DZP A; 3OYI A; 2RRE A; 3L7W A; 3H36 A; 1TW2 A; 5LGN A; 2DPU A; 3S1N J; 5EGO B; 1XSV A; 1G8X A; 5E3N A; 2V6E A; 1XC5 A; 2PMZ A; 3KZZ A; 2DA7 A; 1W7P A; 1WH7 A; 1R1T A; 3Q3S A; 2LP0 A; 3CO6 C; 1WCM J; 4CUG A; 4RMN A; 1Z7L A; 3GFM A; 5E20 A; 2RVC A; 2KRC A; 4RB1 A; 4HV5 A; 1IXC A; 3TP0 A; 4FHT A; 5HVQ C; 4G94 A; 2FSW A; 2R7T A; 1ZR4 A; 4GXO A; 4E7I A; 1BI0 A; 1V55 H; 2LF8 A; 1YS6 A; 2L3D A; 4V2G A; 4RB3 C; 1NG7 A; 1NH3 A; 3E0J B; 1EF4 A; 4CXF A; 2OTL I; 2UXN A; 4MTD A; 3ONQ A; 3LNQ A; 4HG2 A; 1JI8 A; 2XSD C; 1MSE C; 3DPU A; 1ZGA A; 2HTJ A; 5IP7 J; 5J40 A; 1I1G A; 2E1M C; 2H09 A; 4A5M A; 2MD0 A; 4R79 A; 4EMS A; 2BOL A; 4Q5S F; 2E5Z A; 3PQK A; 1UHM A; 2JUC A; 3E6C C; 4PGG A; 3IAM 2; 1JKP C; 3OIO A; 2DA6 A; 1YJW I; 4I76 A; 1JUP A; 3HJE A; 4A3K J; 1P7J A; 2ZFW A; 2RV8 A; 3H3U A; 3FK6 A; 2JRT A; 2RNG A; 1P92 A; 1YIO A; 1UCR A; 4CCO A; 3GTM J; 2ETH A; 2RAE A; 4FCY A; 1YW7 A; 1ZKG A; 1XCV A; 3FMR A; 3QYF A; 5C4X J; 5GTH C; 2FML A; 3QPS A; 3OSG A; 2G7H A; 2HQ5 A; 4M71 A; 2I10 A; 4RAZ A; 4L9V A; 3FMS A; 4HLX A; 4R1H A; 4DYQ A; 5GAG J; 1R4M B; 1XG1 A; 2BHY A; 2EFQ A; 4Q47 A; 4B48 A; 2LD5 A; 5K5Q A; 4BXX J; 5GPC A; 3KP4 A; 2H6B A; 1M1E B; 3HXL A; 1HW2 A; 1PUF A; 2VQL A; 3S3M A; 3F72 A; 4W1U A; 2E1M B; 4A3F J; 3BTI A; 1JJ8 C; 1HLV A; 4HQM A; 1U2W A; 2FU4 A; 3CF2 A; 2D1H A; 2XKP A; 1YO5 C; 1OMI A; 4I01 A; 4ON0 A; 4IHS A; 4N4O B; 3RPU D; 4QLC U; 3BZC A; 3CCV I; 2NXN B; 3KP3 A; 2V1D A; 4UV9 A; 4FX4 A; 2O8K A; 1TZL A; 4A69 C; 2CUF A; 1XCB A; 2ZSH B; 1BR1 A; 1FJL A; 3RKY A; 3WGH A; 3ZOB A; 3BY6 A; 1VTN C; 1S29 A; 4KMF A; 1FYM A; 3TW7 A; 3CCQ I; 1QHH D; 1IC8 A; 2EIM H; 1GUU A; 2ZNZ A; 2LBF A; 4OAZ A; 1ZLK A; 3W6J B; 1E17 A; 2X0L A; 4D1Q A; 3K2A A; 2DDB A; 4OAY A; 4A5N A; 1KQ0 A; 1H89 C; 3VFZ A; 2GIV A; 2MGQ A; 3IL2 A; 1ULY A; 2DMU A; 3CCE I; 1Y1V J; 1USS A; 1WGX A; 4NNJ A; 3JAM K; 2IT0 A; 3C2G A; 1LDD A; 1V4R A; 2VBW A; 3ZQH A; 4B43 A; 2HKO A; 1YHQ I; 2IAI A; 2ZXI A; 1V5F A; 5JHU A; 3DFG A; 1POG A; 2LLK A; 3E6B A; 2O5R A; 5M3F J; 3K1M A; 4M6V A; 4LG0 B; 2DT7 B; 4EJU A; 2OZ6 A; 1MD0 A; 3MVP A; 3AFH A; 3F3X A; 4FTH A; 5IPA A; 4IF4 A; 4C3J J; 3D5R C; 4PUS A; 4QWQ A; 1MH3 A; 1W1W E; 4XN3 A; 4AYB A; 3D1N I; 1MDM B; 5FD5 A; 4D7M A; 2E7W A; 4AIJ A; 2XPW A; 4A3G J; 3VYS B; 1UEL B; 4UY8 I; 2RQQ A; 2VQH A; 4GYI A; 1P4X A; 2A61 A; 4IXA A; 3CP2 A; 3A03 A; 4EEF G; 3K9T A; 1DU6 A; 2CUJ A; 2GOM A; 4XOP A; 2M34 A; 5JLX A; 3QPL A; 3Q9V A; 2M8G X; 3ZMV A; 4V19 K; 1BI2 A; 1B72 B; 4YII A; 2ZKZ A; 3CJQ B; 5LGU A; 3GEZ A; 3K4C A; 5BS6 A; 1ZAR A; 3ZRG A; 4HDV A; 2G0E A; 2KQR A; 1GXP A; 3VOD A; 5CPR B; 1ODD A; 3FWE A; 1G4D A; 4IOA F; 5EYR A; 4IHX A; 4HNU A; 3U2R A; 2DYR H; 3MKL A; 1T56 A; 3F6O A; 1VZ0 A; 4Z2Y A; 4EGZ A; 2ZFU A; 2AXL A; 2IVM A; 4HX8 A; 4J00 A; 1TWH J; 3JAM Z; 1B8I B; 2P0W A; 4MTE A; 2ZME A; 4IX7 A; 2G9W A; 4XID A; 3ASO H; 1Y8Q B; 2D1V A; 4YFN F; 4JK1 X; 2EIN H; 5FRO A; 5LGT A; 2KLO A; 2QF7 A; 3I3L A; 3T0Y A; 3G1O A; 3LL7 A; 4RGX A; 1A04 A; 3GXO A; 1VQO I; 3ERM A; 2J5P A; 2EV6 A; 3GTQ J; 4BAY A; 2ESN A; 2FBH A; 4GGG A; 2E36 A; 3CLQ A; 2EZL A; 5HLG A; 1LPQ A; 3EYY A; 2FJ1 A; 1XDS A; 2ECB A; 2DT5 A; 5LEJ A; 2O03 A; 3PUB A; 2LR8 A; 2LSO A; 3PM1 A; 2LDU A; 1EA3 A; 4PSX A; 1JGG A; 4PK4 A; 1JT0 A; 2FF4 A; 3R61 A; 3DU5 A; 3OYJ A; 1FPQ A; 5HS7 A; 4AM3 A; 3GWZ A; 2LOO A; 2OA4 A; 2F48 A; 1H0M A; 3HKZ A; 3M3Y J; 3TDZ C; 4PCQ A; 3LSP A; 1WJE A; 3BOQ A; 3CTA A; 5D5U B; 1BIB A; 3LAJ A; 2K40 A; 2P6T A; 5M5Y J; 2DFI A; 2V9P A; 3BRO A; 2ADU A; 1U0J A; 3GLL A; 5E79 C; 4XR6 A; 2CS3 A; 4IQ4 A; 3FK7 A; 1YG2 A; 1JKO C; 1I6H J; 5FKN A; 2V79 A; 5DD4 A; 4RB2 C; 1W7P D; 3OL3 A; 1AKH B; 4F93 B; 5EGO A; 2HZD A; 2Y69 H; 4AD9 A; 3N05 A; 2VQC A; 3DCF A; 3HRM A; 2WC2 A; 3GZN B; 1WZ2 A; 2R5Z B; 4XQF A; 1YFH A; 2CGP A; 3BC8 A; 2VC1 A; 4DYC A; 3I56 I; 3ZPL A; 3DWL E; 2A5Y B; 1FIP A; 2IS2 A; 4IHV A; 2VKD A; 2XAF A; 3IH2 A; 4W97 A; 2XC7 A; 3TED A; 1X19 A; 5AON A; 1WHU A; 2VBX A; 2V26 A; 2YU3 A; 4CH7 A; 1X4P A; 2L4M A; 1JXS A; 4N0B A; 2R7W A; 3LA3 A; 4HST A; 4MLO A; 1Y6I A; 1X3W B; 2LYC A; 3G2B A; 3WTW C; 1DP3 A; 1WJC A; 1BIA A; 3MD2 A; 2R7X A; 4UUS B; 1J0R A; 3JRI A; 2HFH A; 5F0F A; 2HTS A; 2GBY A; 4C3H J; 3H35 A; 3NAU A; 1RR8 C; 4ZDP A; 3HGG A; 1FYL A; 2BGC A; 1R6R A; 3FXR A; 2JN6 A; 2V1N A; 4FET A; 1OFC X; 2KJB A; 4TV7 A; 1Z21 A; 1K6O A; 1QPM A; 3HHH A; 5FLX Z; 2H1K A; 1LQ1 A; 3ZMT A; 3JRD A; 5FD6 A; 4S04 A; 3K4K A; 3HDD A; 1ERD A; 1GXQ A; 2BYV E; 4Y33 A; 4RGU A; 4GO1 A; 3LFU A; 3HB9 A; 4GDF A; 3DLL F; 1R1U A; 5F0H A; 1U8B A; 4RDU A; 3CJT B; 3RSN A; 2WV1 A; 2JA7 J; 1IO2 A; 3ZMU A; 2CG4 A; 5AIQ A; 1RR7 A; 3FM3 A; 3CDH A; 2PJP A; 4YRV A; 2E19 A; 4DJA A; 2ID3 A; 2GM4 A; 2M8E A; 1I5Z A; 1KU2 A; 4KIC A; 1FC3 A; 4KIG A; 4XOR A; 4IHT A; 4A2U A; 3ASN H; 4K2E A; 4JX5 A; 2E2H J; 2B7E A; 2JZY A; 2F4O B; 1W5T A; 2R7U A; 2MAB A; 2XF5 A; 1J5Y A; 4RM3 A; 3ABU A; 4RS8 A; 4BH9 A; 4UVA A; 2DOD A; 4A3L J; 3KPH A; 3LSK A; 2KT0 A; 3MZY A; 3EUH C; 3UR3 C; 3KEY A; 4A3M J; 3W6K B; 1WSU A; 1ZK8 A; 3VOE A; 4X6A J; 2ZC2 A; 2DPD A; 1FSE A; 1PJR A; 2PI0 A; 3FBI B; 1IV6 A; 2CSO A; 1JTX A; 2QWW A; 1W5C C; 2LY1 A; 4OIN F; 3SZP A; 3EYI A; 1UHW A; 1VQ4 I; 2JT1 A; 2HXI A; 5EEG A; 3S8P A; 1FBS A; 2EFW A; 2JSP A; 4BBS J; 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