The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
65
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sequence length |
220
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structure length |
220
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Chain Sequence |
VDFNSESTRRKKKQKEIVDLHNSLRRRVSPTASNMLKMEWYPEAASNAERWANTCSLNHSPDNLRVLEGIQCGESIYMSSNARTWTEIIHLWHDEYKNFVYGVGASPPGSVTGHYTQIVWYQTYRAGCAVSYCPSSAWSYFYVCQYCPSGNFQGKTATPYKLGPPCGDCPSACDNGLCTNPCTIYNKLTNCDSLLKQSSCQDDWIKSNCPASCFCRNKII
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structures of snake venom CRISP reveal an action mechanism involving serine protease and ion channel blocking domains
rcsb |
| molecule tags |
Toxin
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| molecule keywords |
Natrin 1
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| total genus |
65
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| structure length |
220
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| sequence length |
220
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-10-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00188 | CAP | Cysteine-rich secretory protein family |
| A | PF08562 | Crisp | Crisp |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | Crisp domain | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Pathogenesis-related Protein p14a | CAP |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1XTA A; 1RC9 A; 3NT8 A; 4NUK A; 3S6V A; 1XX5 A; 2DDB A; 2EPF A; 4AIW A; 4G2U A; 5ETE A; 2VZN A; 1CFE A; 3U3L C; 4NUI A; 3Q2U A; 4P27 A; 3Q2R A; 1QNX A; 3U3U C; 4LY5 A; 3MZ8 A; 2A05 A; 4NUO A; 1U53 A; 3S6U A; 1SMB A; 4H0A A; 3U3N C; 4D53 A; 5JYS A; 4TPV A; 2DDA A; 2GIZ A; 2CQ7 A; 4IFA A; 4NUN A; 3S6S A; 1WVR A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3FF5 A; 1VQ9 I; 1YI2 I; 2ZCW A; 2KDZ A; 2D5V A; 3WE3 A; 4XNF A; 3E7L A; 2BW3 A; 4G2U A; 2CGP A; 1RET A; 2H8W A; 3I4M J; 3PNV A; 5K7F A; 2DFF A; 3RZO J; 2GQQ A; 2RAE A; 1S5L C; 2GBY A; 2VPR A; 5E18 F; 4DNC A; 3AKZ A; 1TTY A; 1YW7 A; 2CUZ A; 3CC7 I; 4HQM A; 4ENJ A; 3BCA A; 2VQG A; 3ESW B; 1WPK A; 3C2B A; 2LBF A; 1CF7 B; 2FBK A; 5FKM A; 2H1K A; 1B72 A; 2HPI A; 2WY8 Q; 3JRD A; 1JGG A; 3G71 I; 2JA8 J; 1SD7 A; 3CQZ J; 3HXL A; 4I76 A; 1MDM B; 2E2H J; 1ETW A; 5K7Z A; 1FTT A; 3PSI A; 3RQ4 A; 3IAS 2; 3Q9V A; 2EV5 A; 3IWZ A; 4B8X A; 4Y13 A; 5LGT A; 4TV7 A; 4OWR B; 2KP6 A; 3PIO F; 4FX0 A; 1XSV A; 1O3T A; 4W1U A; 1EH7 A; 3D5S C; 1TBX A; 1USS A; 2XC7 A; 3HRS A; 1DU0 A; 2LG4 A; 2PN6 A; 2XSJ C; 3CMM A; 4JQF A; 4B48 A; 4CGZ A; 4HX4 A; 3GO5 A; 3REO A; 3GTK J; 2RNJ A; 1ITY A; 3ABU A; 2QQ9 A; 4XKV A; 2EJR A; 1J75 A; 3EET A; 2EPF A; 2M34 A; 2E35 A; 2PJR A; 2ELJ A; 2G7H A; 2MA3 A; 1VQP I; 4OU0 A; 3HOZ J; 1U3E M; 4O6J A; 4AD9 A; 4EGZ A; 3S2W A; 1A6I A; 4XL9 A; 3I55 I; 4C30 A; 2XF6 A; 2STW A; 1TC3 C; 3E6M A; 3JCU C; 4LB6 B; 2QUF A; 4CXF A; 4ZYE A; 2DOA A; 3K4N A; 1OLT A; 3S1M J; 4RAZ A; 1Z0X A; 1Y8Q B; 2OTJ I; 1A35 A; 1TNS A; 3I0T A; 3KP2 A; 5B5E C; 3OSG A; 1OCT C; 2CW8 A; 3WTT C; 4BEH A; 3H9G A; 3SQN A; 4E7L A; 1MJ9 A; 4D1Q A; 2YSR A; 3QU6 A; 3HOY J; 3RPQ A; 3OYC A; 3A02 A; 4XRS A; 1N78 A; 3OIQ A; 1YIO A; 2FF4 A; 3KP4 A; 5LHG A; 9ANT A; 1TZL A; 3L2W A; 4DYC A; 2BBY A; 3DKY A; 1VQ5 I; 4NUO A; 1XMK A; 2WAF A; 4XLE A; 2MD5 A; 3CCY A; 1R4N B; 3E6C C; 2K9Q A; 3JTG A; 2P7C B; 2DMU A; 3K0L A; 2FE3 A; 2BZT A; 3LSR A; 2WAQ A; 4AIK A; 4RM2 A; 4F52 A; 2LFB A; 5CVI A; 1Q1V A; 3DLL F; 2X6Y A; 1P7I A; 4M9X A; 5M3F J; 4CCO A; 4BBR J; 4K2E A; 4Y52 J; 5LBQ A; 2PMZ N; 4M6V A; 1IRG A; 2DDB A; 1MMD A; 4BQO A; 3VSL A; 4AUX A; 2VKV A; 2IS6 A; 2L0K A; 3FM3 A; 4N4O B; 4MEX F; 3K1P A; 3CJQ B; 5L3B A; 3HOS A; 2P5K A; 1FC3 A; 5J40 A; 4G6D A; 1AU7 A; 4EVI A; 2ID6 A; 3VOE A; 5IYC J; 2GWR A; 2LVS A; 1JT0 A; 1DU6 A; 3OS2 A; 3WTZ A; 3VPR A; 2OF7 A; 3FHZ A; 2M45 A; 2F4O B; 3IRR A; 5E20 A; 2IRF G; 2DA5 A; 5E1Z B; 4MLO A; 2FNP A; 5IOZ A; 2JA5 J; 3KP7 A; 2CUJ A; 2CW0 F; 3IKV A; 4HBL A; 2P5L C; 1TWC J; 4HAM A; 4UUS A; 3LST A; 2KIQ A; 1C0W A; 3LNQ A; 1SVM A; 4BH9 A; 3EYY A; 5B3S H; 1XGS A; 5DS9 A; 4B47 A; 3OR1 C; 2OV7 A; 3JTH A; 4CDG A; 4CCM A; 4PGG A; 1LKX A; 3DBL B; 3S32 A; 2LD5 A; 4NHJ A; 5LRR A; 3O8H A; 4YRV A; 4HZF A; 4RB0 A; 1R5H A; 5ERI A; 2JRT A; 1TT5 B; 4EJU A; 2KL4 A; 4IPA A; 2JPC A; 2XAJ A; 2M30 A; 3I4N J; 1WVR A; 2DA4 A; 1ZG5 A; 3ZR8 X; 3CMY A; 5HLT A; 2K9L A; 5DEQ A; 4B09 A; 1O7L A; 3ZMZ A; 3O8G A; 2FML A; 5ILS A; 1MNE A; 1DPR A; 3SJM A; 3Q2R A; 3I9V 2; 2MFZ A; 4V2G A; 3K70 C; 3JRE A; 1D8K A; 3HUG A; 1X1A A; 3JAM K; 4CIC A; 5C44 J; 1VQO I; 4TPV A; 2BEO A; 3HKZ N; 3M4O J; 3RYR A; 1UST A; 5FJ8 J; 3RZD J; 2HS5 A; 4F91 B; 1RUO A; 1WWX A; 3PM1 A; 2P81 A; 4X0G A; 3S6V A; 1IC8 A; 1I50 J; 3G2B A; 2PG4 A; 1OCC H; 2EIJ H; 2RVC A; 3CP2 A; 4M6Y A; 4KIT B; 4A3G J; 4JBA A; 2ZSI B; 2V9V A; 3K4C A; 4I7H A; 2K9M A; 2PX9 A; 1G3S A; 4WF2 A; 1IUF A; 4DYR A; 3LWF A; 2COM A; 3ERM A; 4RA2 A; 2LKP A; 5J47 A; 5ILU A; 3L9F A; 1WI9 A; 2Y0S A; 3WHC A; 5BNG A; 2K7L A; 2FQ4 A; 2W4S A; 4BJ6 C; 4A69 C; 3MZH A; 2JN6 A; 5HS8 A; 2W24 A; 2VJ5 A; 3R6S A; 5F0H A; 2HNH A; 1WQ2 A; 3F3X A; 2IS1 A; 4HX7 A; 1MW7 A; 3JAM Z; 2PEX A; 5DUK A; 5IP6 A; 3OYE A; 2VKH A; 3BTJ A; 3KE2 A; 2F6C A; 4PGH A; 4AYB A; 4BDZ A; 1YFH A; 3HG9 A; 3WTU C; 2EIN H; 3WU2 C; 4GCV A; 2NVX J; 1HW5 A; 1FMV A; 3BG5 A; 1OKR A; 1HSJ A; 2D45 A; 2XAQ A; 3P9K A; 5F0F A; 2VLA A; 2XGC A; 2B63 J; 2DMP A; 3VEP A; 2HYG D; 3IRQ A; 3K69 A; 4XMY A; 1VI0 A; 3OMY A; 5CYV A; 1X1D A; 3BT9 A; 5JLX A; 3PIP F; 3BJ6 A; 1JUS A; 2E5N A; 2DAO A; 3U1D A; 1JHH A; 2QYO A; 4KUM A; 4KDP A; 4XLP F; 2JJ7 A; 4S04 A; 3V4G A; 1W5T A; 4M73 A; 2VUM J; 2EFW A; 4XLN F; 2RGV A; 3OIO A; 4XBF A; 3KIO A; 4O3M A; 3V8L A; 2HVS A; 5CQE A; 4BAC A; 2UUZ A; 2RV8 A; 1T33 A; 1WJ5 A; 2E1O A; 2R7F A; 4PJJ A; 4XLH A; 2X6W A; 1STZ A; 3ECO A; 2ZME B; 3NWT A; 4CCN A; 4KIS A; 1R6R A; 3JRF A; 5JFR A; 1G2H A; 1A31 A; 2WB1 A; 3BOQ A; 1U5T A; 1P6R A; 1X1P A; 4EEF G; 4IQ4 A; 1LQ1 A; 2VKE A; 4JK1 X; 4KMU X; 3FIS A; 3F8N A; 4HNT A; 4L0Y B; 3IP4 B; 2BE5 F; 1QHG A; 3VFZ A; 2OD5 A; 4YII A; 1YRN A; 2QBY A; 1G59 A; 1H9T A; 5J8F A; 2LF8 A; 2XGX A; 1WHU A; 1TL8 A; 1ULY A; 2FEZ A; 4CH7 A; 2HQ5 A; 2OZ6 A; 3BZC A; 3BR2 A; 2RQP A; 1SMY F; 2ESN A; 2PQ8 A; 4D5F A; 1Y1W J; 4IQJ A; 2RN7 A; 3N05 A; 1VQK I; 2TCT A; 3WE2 A; 2GOX B; 3CES A; 4HYE A; 4YG2 F; 4A3E J; 4BHC A; 5FB2 A; 3J7A O; 2Y9Y A; 3V8K A; 3KFW X; 5JI6 A; 3SZP A; 2NRA C; 4A6D A; 2XAG A; 4EJO A; 2L3D A; 4IOC F; 4AVZ A; 3F8F A; 3OL4 A; 1XGN A; 1EV7 A; 1YJW I; 3HRT A; 2M8E A; 3QPT A; 1XDS A; 2CQN A; 4F92 B; 1XGO A; 2KFD A; 1T6S A; 4HV5 A; 4IHS A; 4RMN A; 2E60 A; 1EH6 A; 3BQY A; 2KIF A; 3E6B A; 4I01 A; 4U7D A; 4BEH B; 1QZZ A; 4LG0 A; 5LD2 C; 4S05 A; 5HS7 A; 3GEZ A; 3LA3 A; 1MJB A; 3ZRG A; 3GFI A; 1FP2 A; 5FLM J; 3S3O A; 2ELK A; 4B43 A; 3JRB A; 3K2Z A; 2ZNY A; 5CJ9 A; 1P9Q C; 1AOY A; 1E3P A; 5LGN A; 1R5G A; 4P96 A; 3GX4 X; 3GF2 A; 2K9S A; 4BE0 A; 1K4T A; 1XC5 A; 1IJW C; 2E1M C; 3CCV I; 1B59 A; 3R60 A; 4UNO A; 5HDG A; 3HSE A; 1JUM A; 3G73 A; 3CF5 F; 2ZO4 A; 1FOW A; 4CHU A; 3I64 A; 3M8J A; 3OY9 A; 3ABM H; 3U3U C; 3C1D A; 2LMD A; 3OS0 A; 2NYX A; 4NQW A; 3K4L A; 1R4M B; 1ZN2 A; 3ZP5 A; 3NAR A; 4FAS D; 2FX0 A; 1SD6 A; 2XAS A; 1GDT A; 4IL6 C; 4M9Z A; 3VYR B; 5AIP A; 2F5F A; 5JHU A; 2R7W A; 1AWC A; 1Z1D A; 1S9H A; 3P7N A; 4ZYG A; 3S1Q J; 2XPW A; 5DM6 F; 5JR3 A; 2V6C A; 2NVU B; 2MH2 A; 3ZMS A; 3KZY A; 1QNT A; 2AHQ A; 5TIS C; 3T1B A; 2LY2 A; 4EMS A; 4KYW A; 2HYF A; 3OIP A; 5GTI C; 3HRM A; 4ABZ A; 4A0Z A; 2RQQ A; 1JKO C; 4C2U A; 2DPU A; 1POG A; 3KYL A; 2V1U A; 3SZG A; 5TGT A; 5DDG A; 3DPT A; 4A2U A; 2QVO A; 1ZTR A; 3KP3 A; 1TWG J; 4XKB A; 1QBJ A; 2GXA A; 1IDY A; 3ASN H; 3HPH A; 2H8R A; 1N77 A; 1SAX A; 4HF0 A; 1BR4 A; 4IX7 A; 2CFO A; 3Q9S A; 1E0E A; 2X48 A; 4NUK A; 4ASN A; 4BHB A; 5BPD A; 1NH3 A; 1YQA A; 4C3J J; 5LFA A; 3A2K A; 4BY7 J; 3RKY A; 1FYM A; 2IJL A; 4XOR A; 3JRG A; 1WJB A; 3DP7 A; 3CC2 I; 2L9V A; 1ETK A; 1RR7 A; 3S3M A; 5FRM A; 2O8X A; 2LK2 A; 2ETH A; 2A05 A; 3S2H J; 4EQQ A; 1YJ9 I; 4YIR X; 3ZQI A; 3QQA A; 1BN5 A; 3EUA A; 2QSG X; 2CQ7 A; 1VTN C; 2Z99 A; 3EPZ A; 1WJC A; 3CUQ B; 3RKX A; 5J6X A; 1FOY A; 1W36 D; 2W57 A; 1YJN I; 1D1A A; 1MMA A; 4J19 A; 2D1V A; 2DO7 A; 4UVB A; 1PP8 F; 3ONQ A; 1O3Q A; 5M5X J; 1DDN A; 3M3Y J; 2BVL A; 2JMW A; 3V7C A; 2HDD A; 1WSU A; 4M3G A; 3OOP A; 2VJI A; 4ON0 A; 1OIS A; 3GXO A; 3QOP A; 3LSG A; 2B9S A; 3A03 A; 3K9T A; 4E7S A; 1HLV A; 2DA2 A; 1OCZ H; 5F6F A; 1LB2 A; 1K61 A; 1RKT A; 1LE8 B; 2JUC A; 4BYY A; 3E1S A; 1J09 A; 3R61 A; 1UFM A; 2E1C A; 5GAE J; 3HOW J; 1PJR A; 1H9G A; 1V5E A; 5CVR A; 3H5R A; 4GYG A; 1YIJ I; 3I56 I; 1WH7 A; 4BQQ A; 1VQ6 I; 2XPU A; 1F5T A; 3HBL A; 4BL0 B; 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2FU4 A; 3HIF A; 2HTS A; 3MKL A; 4IHT A; 4AU7 A; 2BOL A; 2JA6 J; 3OYK A; 4BNC A; 2F4M B; 3V7R A; 1PUF B; 5ICC A; 2N8G A; 3OYG A; 1VFC A; 2AO9 A; 1LNW A; 2OC6 A; 3D5R C; 2QBY B; 4EAT A; 4NB5 A; 1R23 A; 5EZH A; 3DKX A; 3GZN B; 2E36 A; 3ABK H; 5FKK A; 2A61 A; 3FXM A; 3K6G A; 2EZH A; 2ZBK A; 5L3E A; 2VOD A; 3VWB A; 3LQR A; 4M3B A; 2Z33 A; 3PQJ A; 2UZK A; 4X6A J; 1TWF J; 2VQL A; 3Q3S A; 1HOM A; 5CPR B; 2M4G A; 1VF9 A; 3F72 A; 4A3C J; 4II3 A; 1KQ0 A; 1QO0 D; 4GXO A; 1NK2 P; 4C3I J; 5E8I A; 4IOA F; 5BPI A; 3TKY A; 1RI7 A; 1OMI A; 3MN2 A; 3RTR A; 3W6V A; 1A5J A; 3FBI B; 2OBP A; 4C9Y A; 4BJT A; 3AFH A; 3LA2 A; 4HV6 A; 3SFI A; 4LLN A; 5GAH J; 1JHF A; 2VQH A; 2MD0 A; 2CS3 A; 4MFD A; 3ZXS A; 2KIS A; 1CFE A; 3E5U A; 1QVT A; 3HTU A; 5FGM A; 4Y7N J; 2ICW G; 1KQ9 A; 4PDK A; 1FYK A; 4JX5 A; 5J3L A; 2KJC A; 3JR9 A; 2DXI A; 2IAI A; 5EYR A; 4RGR A; 3SEQ A; 1WRJ A; 2VE8 A; 1ODD A; 2KMU A; 3WHB A; 4KN7 X; 1XN7 A; 2O8K A; 3TP0 A; 4I02 A; 2EIL H; 1MJA A; 3IL2 A; 3S6S A; 4XOT A; 5LEK A; 4LK1 F; 1WJA A; 1BOA A; 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