The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
60
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sequence length |
207
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structure length |
207
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Chain Sequence |
NYQKEIVDKHNALRRSVKPTARNMLQMKWNSHAAQNAKRWADRCTFAHSPPNTRTVGKLRCGENIFMSSQPFPWSGVVQAWYDEIKNFVYGIGAKPPGSVIGHYTQVVWYKSHLIGCASAKCSSSKYLYVCQYCPAGNIRGSIATPYKSGPPCADCPSACVNRLCTNPCNYNNDFSNCKSLAKKSKCQTEWIKKKCPASCFCHNKII
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Toxin
|
| publication title |
Structures of pseudechetoxin and pseudecin, two snake-venom cysteine-rich secretory proteins that target cyclic nucleotide-gated ion channels: implications for movement of the C-terminal cysteine-rich domain
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Pseudecin
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| total genus |
60
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| structure length |
207
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| sequence length |
207
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-03-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00188 | CAP | Cysteine-rich secretory protein family |
| A | PF08562 | Crisp | Crisp |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | Crisp domain | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Pathogenesis-related Protein p14a | CAP |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3Q2U A; 3S6U A; 4NUN A; 2DDA A; 4NUI A; 1CFE A; 4TPV A; 1RC9 A; 5JYS A; 2CQ7 A; 3NT8 A; 3U3L C; 1XX5 A; 4H0A A; 1WVR A; 2A05 A; 3U3N C; 4D53 A; 4NUO A; 4AIW A; 5ETE A; 1XTA A; 4NUK A; 2GIZ A; 1U53 A; 1SMB A; 2EPF A; 3Q2R A; 3MZ8 A; 3S6V A; 1QNX A; 3S6S A; 3U3U C; 2VZN A; 4IFA A; 4LY5 A; 4P27 A; 2DDB A; 4G2U A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4EJO A; 1LVA A; 2XRL A; 2R7O A; 3AG4 H; 3S93 A; 1EA3 A; 2QSF X; 1NK3 P; 2V1D A; 2I8D A; 2JJ7 A; 2QLZ A; 5FKK A; 6PAX A; 1Q1H A; 1WKM A; 2Q2E A; 5JHU A; 4HST A; 5HLI A; 1XPX A; 3R61 A; 5F0F A; 2DA7 A; 3E6C C; 3C2G A; 4NUK A; 3U9G A; 4G6Q A; 2LRD A; 5EDN A; 2WWY A; 3BC8 A; 3HZJ A; 1Q1V A; 1XGN A; 3CCS I; 3HOV J; 4M3F A; 1D3Y A; 1O57 A; 1IV8 A; 3EYY A; 3VYU B; 1IF1 A; 4L0Z B; 3FXL A; 5CYV A; 2ESH A; 1PYV A; 4AIH A; 3FDY A; 2MYS A; 2P6S A; 3LA7 A; 3VDX A; 1ZRC A; 1LJ9 A; 3FBN B; 4NQW A; 1H0M A; 4ANJ A; 1MSE C; 3H5N A; 1XMA A; 1GT0 C; 2ISY A; 3BR6 A; 1U8B A; 3ABU A; 1HC8 A; 2X6Y A; 1XSX A; 1W1W E; 3KEO A; 1WHU A; 2ZFW A; 4G7H F; 1MJA A; 2GA2 A; 5JR3 A; 3QYF A; 1B8I A; 1FY7 A; 1YS6 A; 1JI8 A; 3ABL H; 4A3K J; 3I0T A; 3I56 I; 2KIQ A; 3E5X A; 3QWL A; 1A6Q A; 3TED A; 3W6V A; 4M72 A; 3BY6 A; 3MQ0 A; 4FIS A; 1LVK A; 1ETW A; 1RI7 A; 2P81 A; 2G7H A; 3BDD A; 3K2Z A; 1T56 A; 2ZFU A; 5K5O A; 1JKO C; 1XN7 A; 4FCY A; 1RR7 A; 2WY7 Q; 3MEX A; 2PMZ A; 3J7A O; 2KIS A; 1RET A; 4CDG A; 2VKE A; 5IP6 A; 2BHY A; 2LG4 A; 3PNY A; 2A61 A; 3L2U A; 4A12 A; 3I55 I; 4C2M J; 3FXJ A; 1TBX A; 2ACJ A; 2AS5 F; 1MMN A; 2HS5 A; 2HDC A; 2M3A A; 2ZB9 A; 3OYG A; 3K2A A; 1O3S A; 1E17 A; 2EZL A; 3DLA A; 2ICW G; 4RGR A; 4CYD A; 4BHC A; 3HOW J; 4BAY A; 4NDL A; 2DN0 A; 4CSW A; 4LB5 A; 3OYE A; 3QPH A; 2XGC A; 4RM3 A; 2LY9 A; 2FA5 A; 1MBJ A; 3HOZ J; 1TNS A; 2CUE A; 5GP9 A; 4CYC A; 1F4K A; 3K10 A; 1X1P A; 2HOA A; 2K5C A; 3WTU C; 2V9V A; 4NUO A; 3ZQL A; 4ENK A; 2IVM A; 1WI9 A; 2Y2Z A; 2PJR A; 4OOI A; 2KKO A; 4IHV A; 2KMU A; 5EGO A; 1F1Z A; 1XC5 A; 1ETO A; 2XAF A; 3CCL I; 4GO1 A; 1VQN I; 4BJT A; 1VQO I; 2K3P A; 3MZH A; 1IG7 A; 1UHW A; 2FEZ A; 4XMY A; 3O8G A; 2L7Z A; 2AO9 A; 4HYE A; 2HQR A; 2XGE A; 1W0U A; 4ITV A; 1MSF C; 1FOK A; 5E8G A; 3IP4 B; 2VI6 A; 3FK7 A; 3K4C A; 4A6D A; 5IYD J; 3ZP5 A; 3M9A A; 1I3A A; 1ZGA A; 1YFH A; 5FKL A; 4BKX A; 2JA2 A; 1S8N A; 1OCZ H; 2CGP A; 4XLN F; 2FOK A; 1RPW A; 3PUB A; 1T08 B; 1RKW A; 2KDZ A; 2X6W A; 5CQG A; 2ZJQ F; 1IRG A; 3CCM I; 4KIG A; 2K86 A; 3IV5 A; 5DS9 A; 4UNO A; 5FKN A; 1YW7 A; 3DTK A; 1HCR A; 2PLY A; 3S1N J; 2FXA A; 2DPU A; 3TMO A; 3LAP A; 3PFY A; 3WE2 A; 2CU7 A; 2W1O A; 2AQE A; 1YRN B; 4A3F J; 1MNM C; 3Q0U A; 3A1Y A; 1WJE A; 1GXP A; 2IS6 A; 3S14 J; 3HSE A; 5LBQ A; 3ZXS A; 4NB5 A; 3ECH A; 2JRT A; 4A2U A; 2GIZ A; 3K4K A; 1RZ4 A; 3FXU A; 4ZYH A; 2W7N A; 2FE3 A; 2B0L A; 4XLP F; 2R7U A; 2CQN A; 4MIM A; 4XLH A; 5IT9 Z; 1VI0 A; 1WPK A; 2DI3 A; 3B02 A; 1G2H A; 2ZME B; 2BYV E; 1ZEL A; 4ZYG A; 3BPV A; 1FZP B; 2M0C A; 1SVL A; 4DYQ A; 4AUX A; 2H8W A; 2P4W A; 2ELH A; 1OKR A; 1BL0 A; 1MMG A; 3CO6 C; 2F5C A; 1SVO A; 4D1Q A; 5IP7 J; 2KRH A; 5J4Y A; 1R36 A; 1BR1 A; 2D2W A; 1YJ9 I; 1S29 A; 1D0X A; 2H94 A; 3L00 A; 4IPA A; 3TO6 A; 1MGT A; 5FRO A; 4DJA A; 3OYB A; 4KFC A; 5FLM J; 3FKJ A; 4II2 A; 1J7K A; 1RR8 C; 3K6G A; 1I1S A; 3H3U A; 1MMA A; 2VXZ A; 3GTQ J; 2XB0 X; 4BEH B; 5EJC A; 3DV8 A; 3S2H J; 4UUT A; 2ZNY A; 3WTV C; 2HVS A; 4M74 A; 1XGO A; 3JRI A; 1ON2 A; 2LBF B; 4PSW A; 4RS8 A; 1GHC A; 4HX8 A; 3RIR A; 4B48 A; 3JCU C; 2K4J A; 2CH0 A; 3SZG A; 5E8I A; 3G6E I; 3KZI C; 2E34 A; 4LD5 A; 4HNT A; 1CF7 A; 1ETQ A; 2IS1 A; 3FM3 A; 1KU3 A; 2KRF A; 4P55 A; 4HBL A; 2DMT A; 1AHD P; 2E7X A; 1J9I A; 4ZYD A; 3R6S A; 3U3U C; 2QGU A; 2L9S A; 4IOC F; 2H09 A; 3OIP A; 1Z77 A; 3PSF A; 1ZG3 A; 2QYO A; 2XHK A; 4I2O A; 2OJE D; 5IY5 H; 1HW1 A; 1FOY A; 2QVO A; 1VND A; 2ZXW H; 1FJL A; 4QLC U; 5DTD A; 2RV8 A; 2HQ5 A; 2X1E A; 4HV5 A; 3HYI A; 3I59 B; 5CLS A; 4BUP A; 4ESJ A; 3GTO J; 2VPR A; 1FBS A; 1I39 A; 3IH2 A; 4KDP A; 2VT2 A; 4QIW N; 4K2E A; 2EWN A; 2HPI A; 4PGG A; 2F4M B; 2KFD A; 1SD5 A; 1MZB A; 3QU6 A; 4P9U A; 3EUH A; 5M5Y J; 3C18 A; 1YIT I; 2AHQ A; 1L3L A; 4GYI A; 3ZMU A; 5J40 A; 2K9Q A; 2DA5 A; 5D5U B; 4M3D A; 2WY8 Q; 4XOP A; 2VOO A; 2Y0S A; 4CO8 A; 2WV0 A; 4BXX J; 2IS2 A; 4EVI A; 3CO7 C; 3FMS A; 4N9H A; 1V3F A; 1E0E A; 3RKY A; 3GCM A; 1S5L C; 4CCN A; 3I4P A; 4KT6 A; 4ON0 A; 2CMP A; 2P5K A; 1G3Y A; 4ZDL A; 4XBF A; 2X0L A; 4HA8 A; 4CCK A; 3ESW B; 4HSR A; 3WTT C; 4HW0 A; 4DYR A; 1X1D A; 3IAS 2; 2XGX A; 2ZJ2 A; 4BY1 J; 4AD9 A; 1HF0 A; 2D1H A; 2NS8 A; 4I7H A; 3RPU A; 1YTY A; 2PFB A; 2QSH X; 1HQC A; 1QU3 A; 1D1C A; 1EKE A; 2EH3 A; 3FBI B; 4MGR A; 2L5Q A; 4JK1 X; 3BG3 A; 3HOS A; 2I10 A; 3BZC A; 1K83 J; 3D0S A; 3KX2 A; 1UHM A; 2Z9O A; 3KZZ A; 3WGH A; 3VOE A; 3S1Q J; 3RDI A; 1TLH B; 2M7A A; 3A01 A; 3S17 J; 3SFZ A; 4CA0 A; 2LTP A; 2NS7 A; 3G2B A; 4C3H J; 3TBI A; 2EFP A; 3BQZ A; 3S1R J; 2RDP A; 3LL7 A; 4PGH A; 1BBY A; 2BW3 A; 1TC3 C; 1T0F A; 2P5L C; 2WA0 A; 1LNW A; 3I53 A; 2EFN A; 4I02 A; 1G3S A; 1D8J A; 2OTJ I; 1AKH A; 2LH9 A; 2H27 A; 5LHG A; 4N0B A; 1G3W A; 2L3D A; 2XSD C; 5FJ8 J; 4GRI A; 4UUS B; 5DCM B; 3AL0 B; 4BGD A; 1EF4 A; 1TT5 B; 2DOE A; 1K61 A; 1ZGW A; 1XDS A; 2LYC A; 2NVX J; 2F5F A; 2Q0O A; 2K9N A; 1BIB A; 5JLX A; 5C3E J; 2ME0 A; 2PI0 A; 1VQ4 I; 2A5Y B; 3CUQ C; 3WU0 A; 2JA8 J; 1IRZ A; 2NS0 A; 5LEJ A; 1FOX A; 4KUM A; 3F3X A; 4G8X A; 1XX5 A; 1MBE A; 1JUS A; 4LLG F; 1J59 A; 3MKL A; 4KJZ A; 1APL C; 4CHU A; 3I3L A; 3NAU A; 4MO7 A; 3QPS A; 3H3Z A; 1Z1D A; 4IZZ A; 2HR3 A; 3OY9 A; 1FMV A; 4AYB A; 4ETS A; 2CQX A; 2K85 A; 2IRF G; 4BY7 J; 2IP2 A; 1BR4 A; 4A3B J; 3WTW C; 1RC9 A; 4KIF A; 3SZT A; 1GUU A; 3IRQ A; 2GXB A; 1Z6R A; 4GGG A; 3ZMS A; 3MKY B; 4L9J A; 4JQF A; 2DFE A; 1XCV A; 2GOM A; 3LSG A; 3OV8 A; 1FP1 D; 3E1S A; 2ZNZ A; 2V79 A; 3IAM 2; 3JRG A; 3BZ6 A; 2QKL B; 5JVT A; 1K79 A; 4OAZ A; 1FOW A; 4E7L A; 2E2J J; 2JZY A; 2J5O A; 2EZI A; 1R1V A; 2IW5 A; 2Q1Z B; 1IN7 A; 3KYD B; 3BJA A; 3IRR A; 2LNB A; 3KEQ A; 3CCV I; 5JVG F; 4RGS A; 1MMD A; 3OYF A; 4BDZ A; 1WQ2 A; 2BY3 A; 2CWE A; 1DP7 P; 3DKX A; 1OMI A; 1TL8 A; 4Y52 J; 4JYK A; 1FSH A; 4DW6 A; 1I6H J; 1IXC A; 3CCY A; 3K4B A; 3COA C; 5CVU A; 3M4O J; 3SEZ A; 1OR7 A; 3NWT A; 4C3I J; 2HOE A; 3PJR A; 2VBZ A; 3MAJ A; 2EIJ H; 2RNJ A; 4WCG A; 2KDO A; 1BW5 A; 2XAG A; 5JFR A; 3KZY A; 2DJI A; 2YU3 A; 2R7R A; 5KCM A; 3SHF A; 5BOX A; 4PUS A; 4D9J A; 3R60 A; 3QYE A; 1P7J A; 3BG9 A; 4WXD A; 1OYI A; 3QP5 A; 3OYH A; 4O5V A; 1LEA A; 3O2P E; 2FU4 A; 1IC8 A; 2QBY B; 4BXF A; 2CUF A; 1ETV A; 1R5I D; 5DCF A; 4FHT A; 3LSI A; 4HAM A; 4OIR F; 2GQQ A; 2XRN A; 2KP6 A; 2WV1 A; 3RSN A; 1FEX A; 4EJW A; 2QF7 A; 3V8K A; 2E1C A; 3OL3 A; 2M34 A; 1SD7 A; 3EQL F; 3QPL A; 3TOB A; 4HX4 A; 2X9D A; 4MFE A; 5TJJ A; 5LD2 C; 4LJZ F; 5ILS A; 2IBD A; 4YG2 F; 3HM5 A; 1FYL A; 4DBQ A; 1LFB A; 2WBM A; 3P9K A; 4BH9 A; 2M45 A; 3KLO A; 1FLI A; 4DQ2 A; 2LOO A; 2VKH A; 2W25 A; 3RYR A; 4EAT A; 2BY0 A; 2HOS A; 1XMK A; 2IEK A; 2VZN A; 3BT9 A; 4IHS A; 2KZV A; 2PBI A; 1BOB A; 1U9N A; 1BC7 C; 3HUG A; 3S3M A; 4LG0 B; 4S04 A; 2DMN A; 3PL8 A; 4MTE A; 3EUA A; 3HXL A; 4L5E A; 2K9M A; 4PJN A; 4YEJ A; 2NNN A; 1FMW A; 4Y3O A; 2CS3 A; 3KFW X; 1QZZ A; 3MN2 A; 3ELK A; 2JRM A; 1LE8 A; 4UVC A; 5EEH A; 1B72 A; 3TW7 A; 4BU2 A; 2DT6 A; 1R4M B; 3B6A A; 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4AVP A; 3ONQ A; 4I99 C; 1AA7 A; 5J1R A; 3S3N A; 4L9V A; 1OIS A; 2HQA A; 1O4X A; 3NWS A; 4WWC A; 2EPF A; 3OYJ A; 3JW4 A; 3QP6 A; 4AU7 A; 1W7P B; 2DMP A; 3BZK A; 2QQA A; 3GBG A; 3WTX C; 1ACI A; 1JJ8 C; 1VTN C; 1BA5 A; 3LNQ A; 1D1B A; 4B3A A; 2E2H J; 1U5T A; 1N78 A; 4XID A; 2XAS A; 4NHJ A; 1FYK A; 3AAF A; 1PP8 F; 2HYG D; 3OIQ A; 3T8R A; 2E1N A; 3P9I A; 2X4H A; 2O8K A; 4M6X A; 4ZYE A; 5FD6 A; 3SYT A; 2M4K A; 2M9H A; 3QOE A; 4RAF A; 4XSX F; 4P9F A; 3REO A; 3G73 A; 1GXQ A; 1R4N B; 1YW9 A; 3E6B A; 5FD5 A; 2XAQ A; 1IN5 A; 2COM A; 3JR9 A; 3F8C A; 1IRX A; 4HNV A; 2BXZ A; 3RQI A; 3TKY A; 2LSO A; 1IN6 A; 2FJ1 A; 3ZMT A; 1B4A A; 4EM1 A; 2HZT A; 4DNC A; 4KIB A; 5HVQ C; 3HHG A; 3NT8 A; 3E7L A; 2HU9 A; 5K5Q A; 1KA8 A; 2QWW A; 1QQI A; 2FQ4 A; 3ISP A; 3MWM A; 2H1K A; 4D53 A; 5ED4 A; 4M6Y A; 2M7B A; 4L0Y B; 3M7G A; 5CVI A; 3M3Y J; 4M73 A; 1S7A A; 1G59 A; 5DD8 A; 3WG9 A; 1WGX A; 4A3D J; 1A5J A; 4A5N A; 3ZQ7 A; 1YE9 A; 3JTG A; 2HXO A; 4LY5 A; 1PP7 U; 1LFU P; 4WXH A; 2OZ6 A; 3FKI J; 1TW3 A; 3JSO A; 3E5Q A; 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