The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
51
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sequence length |
276
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structure length |
276
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Chain Sequence |
PTMYGEILSPNYPQAYPSEVEKSWDIEVPEGYGIHLYFTHLDIELSENCAYDSVQIISGDTEEGRLCGQRSSNNPHSPIVEEFQVPYNKLQVIFKSDFSNEERFTGFAAYYVATDINECTDFVDVPCSHFCNNFIGGYFCSCPPEYFLHDDMKNCGVNCSGDVFTALIGEIASPNYPKPYPENSRCEYQIRLEKGFQVVVTLRREDFDVEAADSAGNCLDSLVFVAGDRQFGPYCGHGFPGPLNIETKSNALDIIFQTDLTGQKKGWKLRYHGDPM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase
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| molecule keywords |
Complement C1s subcomponent heavy chain
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| publication title |
Structural basis of the C1q/C1s interaction and its central role in assembly of the C1 complex of complement activation.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
51
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| structure length |
276
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| sequence length |
276
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature |
ec
3.4.21.42: Complement subcomponent C1s. |
| pdb deposition date | 2013-07-10 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00431 | CUB | CUB domain |
| A | PF14670 | FXa_inhibition | Coagulation Factor Xa inhibitory site |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Ribbon | Laminin | Laminin | ||
| Mainly Beta | Sandwich | Jelly Rolls | Spermadhesin, CUB domain | ||
| Mainly Beta | Sandwich | Jelly Rolls | Spermadhesin, CUB domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3K9X A; 3TK5 B; 3CEN L; 3LTF B; 2KV4 A; 3CS7 L; 3R05 A; 3IJE B; 4XLW A; 4RRZ A; 3KQB L; 4JZD L; 2AYL A; 1KLI L; 1YO8 A; 4O02 B; 4JYU L; 1PXX A; 1NFX B; 1NT0 A; 4Y71 B; 1CEJ A; 2UWO B; 5L2Z L; 5JBC E; 4ZAE B; 1KLJ L; 1SFP A; 2WPL E; 4X8S L; 1Z6C A; 3N8V A; 3KK6 A; 4ZXY L; 5KIR A; 1EMO A; 3POF A; 2QQM A; 4LMF A; 3HS6 A; 3F1S B; 1IVO C; 2VVV L; 2W3I B; 2VWO L; 1G1T A; 2VVC K; 3C9A C; 3LTG D; 1EGF A; 2WPK E; 2VH6 B; 5CKM A; 3OLU A; 5CKQ A; 1UZJ A; 2BOH A; 3CA7 A; 3M37 L; 1V3X B; 4BDW A; 1KSN B; 4Y76 B; 1F7M A; 2J95 B; 2M74 A; 2W2M E; 1EQH A; 5IKR A; 1HAE A; 1EPI A; 5E8D A; 2DDU A; 2MGP A; 1QFK L; 4TGF A; 1NFU B; 3KQC L; 3N8W B; 1CQE A; 2P3F L; 2QQK A; 1HT8 A; 2Y7X B; 3U73 A; 3P5B L; 2XC5 L; 1IQF L; 1J9C L; 2Y38 A; 2P26 A; 2BOU A; 1G1R A; 1IOE L; 2J34 B; 2RNL A; 5JB9 E; 2BQW A; 2EI7 B; 1ZAQ A; 3NJP C; 1SZB A; 3N8Y B; 4MMZ B; 3N8Y A; 1CCF A; 4PH9 A; 4E1G A; 2MHP A; 3KQE L; 5L2Y L; 2XBV L; 2P16 L; 1FFM A; 2OYU P; 2P3U A; 1IP0 A; 4XL1 A; 1WU1 B; 3NTG A; 3LN0 A; 2FD6 A; 1IQG L; 3TZI A; 2VH0 B; 1UZP A; 1FE2 A; 2B7D L; 1EPJ A; 2W26 B; 2QQL A; 2K2T A; 4Z0K B; 3U7U G; 2BOX A; 1PGE A; 3LC5 B; 1G2M B; 4JYV L; 3OLT A; 3LC3 B; 4O1Z A; 1APQ A; 1N7D A; 4Y7B B; 1P9J A; 2VJ3 A; 2WPM E; 2ADX A; 3GCW E; 2BOK L; 2UWL B; 3GIS X; 4XBM A; 5CIS A; 4D0F A; 2D1J B; 1U67 A; 3SW2 A; 3HO3 A; 3KQD L; 3HO4 A; 5F1A A; 4YT6 L; 2TGF A; 2P95 L; 2EI6 B; 3QCW A; 1PFX L; 3IIT B; 4BTU A; 4AQT A; 5IKT A; 4Z6A L; 4YT7 L; 1G1S A; 2RA0 L; 5EGM B; 2YGO A; 4COX A; 3N8X A; 3QMO A; 3DEM A; 4A7I A; 1L3Y A; 3ASI A; 2JKH L; 1K36 A; 3TK6 B; 4YZU B; 3POY A; 4G1M B; 2VWN L; 2KB9 A; 4RRW A; 3N8Z A; 4LOS A; 3F6U L; 1HJ7 A; 1IJQ A; 1HCG B; 2Y81 B; 3BPS E; 1EMN A; 1ATB A; 2XBY L; 1MOX C; 1OB1 C; 2VWL L; 2XC4 L; 1TOZ A; 2P3F N; 1EBV A; 3H5C B; 1TPG A; 3PGH A; 1F0S B; 2W86 A; 2G00 L; 2W2N E; 5K0H B; 5COX A; 5JVY A; 2W3K B; 1PTH A; 3LAQ A; 3MDL A; 2BO2 A; 4ZXX L; 1HT5 A; 2PR3 B; 3TH3 L; 1IQN L; 1CCV A; 4X8U L; 1DIY A; 4BXS A; 1JV2 B; 3HPT A; 1LQD A; 2P3T A; 3ZYJ B; 4OTJ A; 2QQO A; 1B9W A; 1GK5 A; 1F0R B; 3KCG L; 2Y82 B; 1N1I A; 1F7E A; 1C5M F; 3NTB A; 2FLG A; 3HS7 A; 1IQE L; 1URK A; 1IQL L; 1G1Q A; 2WG4 B; 1SPP A; 3HS5 A; 2Y5F L; 1KLO A; 3LIW B; 1HX2 A; 2WPI E; 1CVU A; 1APO A; 3MQE A; 4MMX B; 4Y79 B; 3POB A; 3POG A; 4RUT A; 2Q1J B; 1DQB A; 1DDX A; 1HZ8 A; 2J38 B; 2KL7 A; 1G2L B; 2OYE P; 1IQJ L; 1YUF A; 3V65 B; 5KN5 C; 2Y7Z B; 1FAX L; 1DVA L; 2FLR L; 1U8C B; 1CVW L; 2P94 L; 3V64 C; 4CUF A; 1UZQ A; 4BTT A; 2J94 B; 1CX2 A; 4RS0 A; 2VWM K; 1Q4G A; 2NPR A; 1P0S L; 3KRK A; 4ISH L; 1MQ6 L; 1HAF A; 3SOB B; 4BTI A; 2XBW L; 1RFN B; 2XBX L; 1XKA L; 3TBD A; 3TGF A; 1NQL B; 4X8T L; 2GD4 A; 3Q7D A; 4CUE A; 5JW1 A; 5CKN A; 3KQ4 B; 1IQI L; 2EI8 B; 1Z6E L; 2Y80 B; 1XFE A; 1WHF A; 2W2P E; 2RHP A; 2MGR A; 4GZ9 A; 4Y7A B; 2FLB L; 2WPJ E; 1XDT R; 5IKV A; 2I9B A; 1IGZ A; 2I9A A; 4CSY A; 3Q3K B; 1ATE A; 3POI A; 1JBU L; 2P28 B; 4ZH8 B; 1FSB A; 3NT1 A; 4JZF L; 3POE A; 3SOV A; 1IGX A; 2Y5G L; 4M10 A; 2BMG A; 2WYJ B; 1ADX A; 1COU A; 1JL9 A; 3ELA L; 2P93 L; 3FBY A; 4ISI L; 4C16 A; 1NPE B; 5JBA E; 1K37 A; 3CFW A; 2J2U B; 1LPK A; 5JB8 E; 3FFG L; 4D90 A; 3ZYI B; 1FAK L; 4FM5 A; 2H9E L; 4LOR A; 5L30 L; 3LN1 A; 2BQ7 A; 4Y6D B; 1O5D L; 4OTY A; 1YUK B; 1M1X B; 2VVU L; 1L5G B; 2XC0 L; 1UZK A; 2WYG B; 3RR3 A; 1XKB A; 1KIG L; 3BT1 A; 1HRE A; 5F19 A; 3POJ A; 4MMY B; 2W2O E; 4LOT A; 1W7X L; 2J4I B; 3SOQ A; 4RRY A; 4JZE L; 4ZHA B; 1I0U A; 3N8W A; 2WFT A; 4X8V L; 1NZI A; 3ZYG A; 1SPP B; 5IKQ A; 3M36 L; 3FCS B; 1FJS L; 2PUQ L; 2CJI B; 1FF7 A; 2PHB B; 1HRF A; 1MQ5 L; 2W2Q E; 1PRH A; 3GCX E; 1ATD A; 1WHE A; 1ATA A; 4NG9 L; 4CUD A; 3KL6 B; 1EPG A; 5JBB E; 4BDX A; 1IQH L; 1DX5 I; 4D0E A; 4BXW A; 2YGP A; 1IOX A; 3BT2 A; 4Z0L A; 1YUG A; 3EGF A; 4NGA L; 5I46 L; 1NFY B; 1IQM L; 2Y5H L; 3HO5 A; 4M11 A; 1W8B L; 2UWP B; 4NA9 L; 1BF9 A; 1YGC L; 5JVZ A; 1TLE A; 2F9B L; 1AUT L; 2WFX B; 2BZ6 L; 1EPH A; 2BQ6 A; 1LMJ A; 1X7A L; 6COX A; 1EQG A; 2WNO A; 1IQK L; 1EZQ B; 1LPZ A; 1A3P A; 2WPH E; 2K2S B; 3QH0 A; 4RRX A; 5FDQ A; 2FZZ L; 2WG3 C; 1LPG A; 3ENS A; 1NFW B; 1EAI C; #chains in the Genus database with same CATH topology 4XAC A; 3MV0 1; 4EZH A; 3OUJ A; 2JG8 A; 3AC0 A; 3C2U A; 1OD5 A; 5FXX A; 3VL9 A; 1CAU A; 4QPI A; 1I6X A; 5C3R A; 4JCK A; 3D0J A; 3AB0 A; 2ZGN A; 2HWC 3; 1JUH A; 5GLT A; 3AP6 A; 1W3V A; 4DRR A; 1LOC A; 1HJG A; 2BWA A; 3PLQ A; 3PVE A; 5FPU A; 4L97 A; 4RHV 2; 1YO8 A; 4A7K A; 1Q8Q A; 4QPI C; 5J7M A; 3U10 A; 1AYN 2; 4IL7 A; 3PNA A; 5T54 A; 1GNY A; 3C7O A; 2WNU C; 4BM8 A; 1CEJ A; 2XBO 3; 4GJY A; 4GIQ A; 2GMP A; 3ZFE B; 1IHM A; 5JBC E; 4YWA A; 4N90 A; 4CUA A; 1WCD J; 1KLJ L; 1XYO A; 3HAG A; 3CNA A; 3WF1 A; 1SFP A; 2WPL E; 3IMN A; 4OYU A; 4WV8 A; 5FY5 A; 1MZE A; 3LE0 A; 2KA3 A; 5JZG B; 4J1W A; 4PJY A; 4XAB A; 2O0O A; 3I3D A; 4QX8 A; 5KWR A; 2R7E B; 2PAE A; 4LO8 A; 1OLM A; 1C5H A; 1OKQ A; 4Z8B A; 3KK6 A; 1GZW B; 1LU2 A; 4GH4 B; 3JBG 1; 1EMO A; 4WM7 B; 5E88 A; 1R08 1; 3T09 A; 2ZEZ A; 2C1F A; 1MS0 A; 3AKQ A; 1Q56 A; 4I02 A; 3KCX A; 1IVO C; 4OZX A; 5F5C A; 1EAH 2; 1MS8 A; 3RZM A; 3BTY A; 3WG3 A; 1G1T A; 4FP3 A; 1QIU A; 3FX3 A; 1MQT A; 2JE7 A; 5JWP A; 1OPM A; 2BQP A; 1RVF 3; 4IE5 A; 3MIH A; 3WQB A; 1RMU 1; 5FYI A; 4KL1 A; 2GC2 A; 2IVI B; 2VH6 B; 1FX5 A; 1W2N A; 1YFX A; 5GZE A; 1RUJ 1; 5LCW L; 1BBT 3; 4FPG A; 1MQT C; 3ME2 A; 3OLU A; 2W91 A; 1WCK A; 1JYC A; 1UZZ A; 1WLW A; 4MHR A; 2XON A; 1NCQ A; 5DUU A; 3GCW A; 1LOD A; 4BH9 A; 1ULD A; 3VBU A; 1M4W A; 4BDW A; 1KSN B; 1SEF A; 1UPS A; 5FMO L; 2E7T A; 4MO3 M; 3SH5 A; 1UY1 A; 1UN1 A; 1Q8V A; 4LBJ A; 4NAO A; 2M74 A; 4JZR A; 1EQH A; 1BEV 3; 1NCQ C; 4QT6 A; 1QQP 2; 3OYW A; 2DDU A; 1W6O B; 3VBU C; 4HK9 A; 4Y22 A; 4IXL A; 4TGF A; 1NFU B; 3KQC L; 5DZE A; 5EXO A; 1CQE A; 4PDW B; 3WNP A; 2VW0 A; 1EUU A; 4QB1 A; 5C4W A; 1WMD A; 1SLA A; 4XHX A; 1ND2 C; 1O3R A; 3B5L B; 3P5B L; 1SFY A; 2XC5 L; 1W06 A; 4P08 A; 2OUH A; 2WO1 A; 3P6B A; 4G4F A; 3IT8 A; 4XYX A; 3RMX A; 4AI8 A; 5FP4 A; 4E4S A; 2P3I A; 3KV5 A; 5C4W C; 2IXI A; 5L36 A; 3UET A; 1H8T B; 3WNN A; 4MV2 A; 5JB9 E; 3WP4 A; 1W9T A; 3G7D A; 4BK4 A; 2WS9 2; 3AM2 A; 4MXV A; 4AI3 A; 1EUT A; 2EI7 B; 1ZAQ A; 1GMM A; 5FWJ A; 1QJX 1; 2A3W A; 3NJP C; 5CFD A; 1UNB A; 4ZZ5 A; 5KC5 A; 1WCS A; 4MZU A; 4FXG B; 3WG4 A; 4FPO B; 4JGY A; 3VBO A; 4E9K A; 3GGL A; 1OVP A; 3BUC A; 1YXW A; 3T0D A; 4UF0 A; 1AL0 G; 4NVP A; 1G6N A; 1UX6 A; 2WZ8 A; 1TME 1; 3N8Y A; 1XNC A; 3QOP A; 5I0T A; 3IN9 A; 4IES A; 5CFD C; 1HB4 A; 2MHP A; 3KQE L; 5L2Y L; 2CDP A; 3CJX A; 3VBO C; 4Z07 A; 4B4P A; 3POW A; 3AZW A; 2XBV L; 2Q0A A; 3HNB M; 4R8H A; 2MHF A; 4LR4 A; 1FFM A; 2OYU P; 3ACI A; 3TYJ A; 2BBV A; 3T0A A; 1A6C A; 5HV4 A; 3LD8 A; 4YRD A; 4CZS A; 1W6M B; 4DEV A; 1PHM A; 2XWB B; 1QJU 3; 4FFF A; 4RS5 B; 1UMH A; 1TQ5 A; 1UOB A; 3K77 A; 5BNO B; 1N3O A; 5T5O A; 3ZXE A; 3TRS B; 2UY8 A; 4GWI A; 1AR6 1; 1UZP A; 1R1A 1; 2YMZ A; 3BU7 A; 1N3Q A; 4COZ A; 3R0R A; 4Z0K B; 1RHI 1; 4LIV A; 1Y4W A; 3QBQ A; 2WC2 A; 2A3X A; 3ABZ A; 3VDD B; 3LA7 A; 4LO4 B; 3SMH A; 2Y60 A; 2FMY A; 1OXC A; 2PLV 3; 4UFL A; 4KU7 A; 2VZP A; 1DFQ A; 4NR1 A; 3ROU A; 4JRL A; 5DAB A; 2F17 A; 1PGE A; 4C1W A; 3LC5 B; 1ODN A; 1G2M B; 1POQ A; 1C5I A; 2D6P A; 3WDV A; 2JG8 B; 2GNM A; 5FYM A; 1QF3 A; 1T6G C; 1CAU B; 2WAB A; 3PMS A; 4QPI B; 4L2N A; 4DB5 A; 1VBE 2; 2WPM E; 4M3C E; 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