1A5VA

Asv integrase core domain with hiv-1 integrase inhibitor y3 and mn cation
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
publication title Structure of the catalytic domain of avian sarcoma virus integrase with a bound HIV-1 integrase-targeted inhibitor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 51
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-02-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1a5vA00
4KO0A 1HQUA 1JLAA 4I2QA 3HO1A 4KHWA 1IG9A 4KHNA 3O4QA 3VQ7A 4DSLA 2PYLA 3SUPA 4CIFA 3PX0A 1B9DA 2B5JA 1UA0A 1S6QA 1VRTA 3EYZA 3V1QA 4XIUA 1S1UA 2IC3A 4B9NA 2FC0A 2IGIA 2HHUA 4CF1A 3K5LA 4QCLA 1WAFA 3FFIA 1FKOA 1RBRA 1BGXT 1RDDA 1C0TA 4LSLA 2LSNA 3THVA 2QKKA 2HHWA 1ASWA 1JXBA 1X1PA 3VQ5A 4AH9A 4DFMA 1QSLA 4QOZB 4C8NA 5JS1A 4O55A 2D0BA 3OYGA 3TWHA 2NUBA 3OYEA 2D0AA 3I0RA 4CEOA 2F96A 4OKJA 1VSMA 1G15A 1RT4A 3ZSRA 3ZSZA 4Z4IA 1GOCA 1RBTA 3ZSYA 4Z4EA 3QESA 3L2VA 1JLEA 3A2FA 3NCIA 4HVJA 1LWEA 4IDKA 3ZSQA 3KK1A 3DLRA 1REVA 1QS4A 1UAXA 4IFVA 2PYJA 4E1MA 4FJJA 5SWMA 4OLAA 1TGOA 4CJLA 3MAQA 4CIGA 1WSFA 4CJVA 2OZMA 3LP1A 2VG5A 4F8RA 1LAWA 3QEWA 2OYQA 1IKYA 2BANA 2I5JA 2YHAA 4M45A 4CESA 3OYJA 3DYAA 2G8WA 3H08A 4UQGA 4B9MA 3VQQA 3JYTA 2G8KA 1T7PA 3RTVA 4BE1A 4B9TA 4L8RB 4DQPA 1EX4A 3BDPA 4CEEA 1TK5A 2VWJA 4CCHA 4Z0UA 4CJSA 1RDAA 1YVUA 1DTTA 3B6OA 4FLWA 1TK8A 2DTUA 4DQRA 1EETA 3O3GA 1YTUA 3V81A 1L3UA 1HPZA 3HP6A 2HHVA 4FM2A 1Z25A 1J54A 3SUOA 3ZT4A 3DLBA 1QQCA 3HPHA 5T7BA 3RRGA 1FKPA 3AVBA 3B6PA 3V6DA 1BI4B 3TI0A 3MEDA 4B8CA 3G10A 1U48A 4FXDA 4RW9A 4DU1A 1D8YA 3AA3A 1HYVA 5JS2A 3L2WA 5J2PA 3DLGA 1CXUA 1MU2A 1TKZA 2Y1IA 3S9HA 2G8UA 4CGHA 5KRTA 3VQEA 3VQCA 3HL8A 5KTQA 1RTIA 4DU3A 5I42A 3NDKA 3RMAA 4RG8A 3NF7A 4OKKA 2HVIA 1XHXA 2HHQA 2Z1GA 1QSYA 1I3AA 4CHYA 5C42A 3KLGA 3V9XA 3AO2A 3QERA 3RRHA 1X9MA 1FK9A 3TAGA 3ZSWA 4FK0A 3AVIA 3KD5E 1ZBUA 1X9SA 5HROA 1LW2A 1S1TA 4M3WA 1VK0A 1EKEA 1JLBA 3IS9A 4DF4A 1X9WA 2OPQA 1JLQA 4LY7A 4FLVA 1RT5A 4ID1A 5J2NA 5HP1A 2FBXA 1Q9XA 1RTDA 4N41A 5C25A 2IS3A 2O4GA 4HUEA 4DLEA 4DTRA 3VQ4A 1SL2A 3MECA 4CGDA 3V9UA 3L2QA 3NHGA 1BHLA 3AVLA 3C95A 1BL3A 4W5QA 1S6PA 1YT3A 2P5OA 4KTQA 5KRSA 1UOCA 3NGZA 1JL1A 3HP9A 3LPTA 1VSKA 4F3OA 4K8XA 3HK2A 4FLYA 3NFAA 3SPZA 3HXMA 3D0PA 4KB1A 4DS5A 1ZBHA 5DK5A 2EX3A 3VA3A 1N6QA 1WSEA 2HVHA 1KTQA 4E7LA 4M3UA 4KI6A 3HPOA 1NJXA 4CJTA 4DSJA 3OYIA 4JRPA 2HHTA 2PY5A 1CXQA 4CFAA 1NK4A 4EZ9A 3DRSA 3TANA 4AHUA 4Z4FA 3NBPA 3U3GA 4Z4GA 4FM0A 3AVAA 4MFBA 3LAKA 3O4NA 4FLUA 1RBVA 1TV6A 1B9FA 2YKNA 1KVBA 4Y1DA 4M41A 4FK4A 3VQ6A 4HTUA 1TL3A 3WNFA 2ZQBA 2Y1JA 1U49A 1NKEA 4DG1A 2HNYA 4EP4A 2HHSA 4FJLA 3UIQA 1GOAA 5KGXA 3DRRA 5K14A 3OYKA 3S3OA 4CJUA 4KHQA 4AHRA 3WNEA 1O1WA 4CIEA 3CM6A 4E7JA 2KFNA 3T1AA 3MEEA 4J2BA 4CF0A 3G0ZA 1WLJA 4DFKA 3QETA 4NCBA 3DMJA 3PY8A 1TKDA 4IG3A 4OJRA 3K5NA 3ITHA 3SQ2A 4FJ7A 3AO4A 4O0JA 4CECA 4CHNA 3LPUA 1GOBA 4PQUA 1SUQA 1IKWA 3T19A 4CJ5A 3M8PA 4DFPA 3DLKA 3QEXA 4CJRA 3HSTB 4FLZA 3P83D 3HVRA 1KFSA 3DRPA 1IKXA 3OYDA 4FJMA 4FJ8A 2KQ2A 1Z26A 3LP0A 5HBMA 3IRXA 4FK2A 3AVMA 4EP5A 1HMVA 4CK1A 4ELVA 2VWKA 3L2UA 3OYNA 1KLNA 1T03A 2HNZA 2ZD1A 4FM1A 1KVCA 2AJQA 3RWUA 4AHCA 1S1VA 3RR7A 4CK2A 4K8ZA 4KREA 1ZBFA 3SI6A 3V9ZA 3KTQA 3HJFA 4DTOA 4KTWA 4KHYA 1HYSA 3K5OA 1NJZA 4IG0A 3NF9A 3OYBA 5FRNA 4PY5A 4AHTA 3M8RA 4F2SA 4FCYA 4BE0A 1L5UA 3NH2A 4E7HA 3RMBA 4ID5A 3M8SA 3VA0A 3MXJA 3LP3A 3OYMA 1RT2A 3ULDA 4OGEA 4CJFA 4CHOA 4CJKA 1NK8A 1NOYA 2G8FA 4KRFA 1BCOA 3ZSOA 2GBZA 1XC9A 1L3TA 2X78A 3S3MA 5SZTA 3E01A 1SKWA 4CJPA 4FJ5A 3KLIA 2OPSA 3OYFA 4DWIA 5HRSA 2Q3SA 4KTZA 1ZBLA 1RBUA 1C1AA 2DFFA 4LH5A 4QAGA 3TAQA 1F21A 4GW6A 3DOKA 4ZHRA 1HQEA 3JSMA 5HLFA 4DSFA 3ZSXA 2YNGA 1RT3A 1S9GA 2RF2A 3HM9A 3F73A 4FJGA 4FJIA 3SNNA 4IKFA 1BCMA 1C1BA 2E6LA 4DTJA 4DQQA 3KKSA 4OGCA 3OYLA 3QNOA 2ETJA 4CGGA 3OS2A 3AO5A 3RMCA 3IAYA 2RN2A 4NCGA 2XY6A 2GV9A 1XI1A 1SL0A 2FBYA 1RDBA 4C8KA 2YHBA 3O3HA 4CHZA 4DU4A 2YKMA 3VQ8A 2HB5A 4DTSA 3OYCA 3DOLA 3NF8A 4DSIA 4KHSA 4FJHA 5KGWA 1RT6A 4FLTA 1SKRA 3CM5A 2XHBA 3T3FA 3K59A 3U3YA 1ASUA 3QLHA 1CZBA 3CQ8A 1J5OA 1NKCA 4M3ZA 3PO5A 3DM2A 4JLHA 5HRRA 3SUNA 2Z1JA 4H4OA 4ELUA 5J1EA 3EZ5A 1BIUA 1RT7A 1BISA 4CJQA 4FJXA 1UWBA 3V1RA 1CZ9A 2YV0X 2Z1IA 4CGIA 4E0DA 3QINA 1ZYQA 4H8KA 4CEFA 4AHSA 1NK7A 3CFPA 5FDLA 4CE9A 1DTQA 4BACA 1D5AA 3ALYA 3AVFA 4DQSA 4AHVA 4CGJA 4CJWA 4CEZA 1L3VA 4G1QA 3ZT2A 4C8LA 3KLFA 4KAZA 3C6TA 4O44A 4DTXA 1LV5A 3OS1A 4DSEA 3PO4A 3V4IA 4F2RA 1WSIA 2A1RA 1RILA 1JLGA 4O5BA 3OJUA 1JXEA 4CF8A 4KV8A 3HVTA 4CF2A 3SQ4A 4I9QA 1HRHA 4E7KA 1LWFA 5HRNA 4CFCA 1IKVA 2EHGA 3LWMA 4JRQA 1WSGA 4J2DA 4M3TA 2F8TA 3OYHA 1U47A 1NK5A 4CK3A 3AA5X 1A5VA 1NK6A 4O0IA 2BE2A 1Q8IA 5C24A 1XHZA 3I8DA 2X6SA 4YFUA 4FJNA 3IG1A 1KLMA 1WNSA 1YTAA 4CJEA 3SYZA 3KKRA 1NJWA 4E7IA 3P1GA 4W5TA 1WSJA 3WNGA 4B3OA 4E19A 4B8AB 2RKIA 5HRPA 4CHQA 3LDSA 4DFJA 3ZT1A 3K57A 3VQ9A 3LZJA 1WSHA 4Q5VA 2RPIA 3AVCA 1UA1A 3NAEA 3MXIA 5CZ1A 4CJ4A 1C1CA 3LP2A 5FROA 1R0AA 1U4BA 3OS0A 4KB0A 4BE2A 2HHXA 3PUFA 1W9HA 3ZT3A 4Z4HA 3OJSA 2R7YA 2P51A 3PX6A 2OA8A 4F3TA 2BGGA 1IH7A 2OPPA 2XO7A 4CERA 4FZZA 3AVHA 3RMDA 2Z1HA 5CYQA 3KJVA 3ISNC 3SZ2A 4EZ6A 1J9AA 1L3SA 1TAUA 4DMNA 4DLGA 1KSPA 4FW1A 1D9DA 1RCHA 3TR8A 3HYFA 3SV4A 2YNIA 3NH1A 4DTNA 2VG6A 2YNFA 3L3VA 3OY9A 3AO3A 3KLEA 3L8BA 1JL2A 3LWLA 4JS5A 1KRPA 1LW0A 3BGRA 3EY1A 4I9LA 3RR8A 1I39A 1VSHA 3SPYA 5KI6A 4M42A 4B08A 2QK9A 3AVGA 4BWJA 1LAVA 4KFBA 4Y1CA 3AVNA 3WNHA 4LD0A 3NF6A 1SL1A 1QSSA 4N47A 4HCBA 4FYDA 3QIOA 2G8IA 2G8VA 3QEPA 4NYNA 3ASMA 3LZIA 3P5JA 4OLBA 2JLEA 3I0SA 4N56A 3M8QA 1VRUA 4O4GA 4FZXC 4W5NA 4DF8A 3AVKA 1RT1A 2F8SA 1FXXA 4OPKA 4B9LA 1RTJA 3TAFA 2O4IA 2A1SA 3MEGA 5CY4A 2OZSA 1HYZA 1S5JA 1HJRA 3AV9A 4BDYA 1N5YA 3VQBA 1QTMA 4FJKA 1BQMA 4W5RA 2P5GA 1TVRA 4CEAA 4OPJA 3SCXA 4FVMA 3NGYA 1K6YA 1S9EA 1TL1A 4HHTA 4ICLA 2BDPA 1JLFA 4BDPA 3CFRA 3V9WA 1RBSA 3C6UA 3ZT0A 4HCCA 4KPYA 1ZBIA 1TK0A 2XY7A 4DTMA 5J2MA 4B9VA 2XY5A 4M3RA 2KTQA 4KKOA 3QNNA 4M3YA 4CHPA 2X74A 2P1JA 3TARA 1BIZA 1W0HA 3AO1A 1TKXA 4KHUA 3SUQA 1DLOA 2OPRA 1LWCA 3DI6A 3VQAA 3NGIA 3V9SA 3CFOA 1Q9YA 3LALA 2JGUA 2IOCA 1ITGA 3QO9A 4M3XA 1VSDA 1IO2A 4CFBA 4BDZA 4DTUA 3LANA 4MQ3A 4W5OA 4PWDA 1D9FA 2ITGA 4DTPA 1KCFA 3QIPA 1TAQA 4LH4A 2W42A 1VSFA 2HNDA 3QEVA 1EP4A 1KVAA 1C0UA 4TSXA 3C94A 1Y97A 2B4JA 3TAMA 2DFHA 3S3NA 1RNHA 3L2RA 4J2EA 3K2PA 4H4MA 4FZYA 4RW6A 1WN7A 3ZCMA 4I2PA 4FJ9A 3AVJA 4CEBA 4RW8A 3SV3A 3TAPA 4E3SA 1C0MA 4CGFA 4C8MA 3DLHA 2WONA 2B6AA 2XRIA 1TKTA 4BWMA 2KW4A 4B9UA 1RDCA 2GUIA 3V1OA 1NK0A 5EU7A 3KK2A 4FLXA 3KLHA 3AA2A 4GMJB 1KFDA 2XY8A 4R5PA 1A5XA 1C6VA 4N76A 5J2QA 3L3UA 4ZTJA 1QHTA 4I7FA 4CFDA 3VN5A 3TABA 4PUOA 1S1XA 1WAJA 1U45A 4NCAA 1XWLA 4CF9A 2IDOA 1EXQA 3VQPA 2DFEA 3K5MA 4CJ3A 3K58A 3AA4A 4FW2A 1A5WA 2QXFA 1T8EA 1SKSA 1T05A 4Q0BA 1VSLA 4RW7A 1NK9A 1VSIA 2IAJA 4F4KA 1CLQA 4AILC 3U6FA 3PX4A 3CYMA 3KIOA 1QE1A 1NKBA 2FBTA 3HPGA 4HUGA 3TAEA 4CEDA 4DQIA 4ELTA 2FBVA 4LSNA 3LAMA 4HUFA 4J2AA 1JLCA 1VSEA 4RW4A 3QEIA 2HMIA 2PZSA 2VG7A 2E6MA 3SJJA 3MXMA 5CZ2A 2QKBA 4OKEA 3PV8A 4B9SA 2E4LA 4WE1A 1VSJA 4NYFA 1ASVA 1RTHA 1U04A 4Z4CA 3HT3A 2D0CA 2X6NA 3SQ0A 4KI4A 3OVNA 1J53A 1HNIA 4PA1A 1S1WA 3O3FA 5E41A 3SQ1A 5D3GA 2HW3A 5FRMA 4DSKA 4C8OA 3NH0A 1BQNA 3VQDA 2KZMA 2DY4A 3KK3A 2YNHA 2G8HA 1B92A 1SV5A 4IFYA 4YNQA 3OYAA 1NOZA 2WOMA 4ZTFA 5CYMA 3F9KA 2KZZA 4GVMA 1HNVA 4CEQA 4N5SA 2ATQA 3NE6A 4JS4A 5I3UA 2ZE2A 1BI4A 3D45A 5DMRA 3ZSVA 4E1NA 3CG7A 4DS4A 3KD1E 2KFZA 4E89A 2D5RA 4OVLA 4IBNA 1NJYA 1JKHA 3DLEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I2QA 4M7XA 4BGBA 4DSLA 4LF7K 1B9DA 4DR3K 4XIUA 2P9KB 4CZMA 4JN4A 1NGAA 4CF1A 3K5LA 3FFIA 1RBRA 1RDDA 4H0VB 4ILJA 4KBOA 2HHWA 1X1PA 3ZX0A 5BREA 1VQ4N 3EN9A 3I33A 3OYEA 4IEEA 1NBWA 1VSMA 4FWQA 3ZSZA 4Z4IA 4G9ZA 3ZSYA 5AQWA 1JLEA 3PLAA 1LWEA 4IDKA 4BR9A 3KK1A 4E1MA 4IOAL 4DR5K 1TGOA 4FO0A 3VF6A 4CIGA 4AF1A 1WSFA 3FLCO 3LP1A 4F8RA 3THWB 4DR4K 2G8WA 4FWMA 2UXCK 4K25A 4UQGA 3JYTA 4BE1A 4JV5K 1K9MO 2P9IB 3IMXA 5GADP 1HNZK 3BDPA 4CEEA 4CCHA 1DTTA 3AGRA 2DTUA 4DQRA 2J4RA 3V81A 1HPZA 2HHVA 4FM2A 1Z25A 3DLBA 3SUOA 3ZLJA 1YUWA 4YOWA 3RRGA 4BRLA 3MEDA 3UKRB 2GTDA 3G10A 3AAQA 4FXDA 4DU1A 1D8YA 4BRCA 2Y1IA 4BR0A 2BUPA 1RTIA 3MMVA 3QDKA 4YDUC 4CHYA 2QWMA 3AO2A 3QERA 3JXUA 4JHDB 3KD5E 3NVKA 3GOIA 1ZBUA 5AQTA 1X9SA 2NZTA 1VK0A 4DF4A 1JLBA 1X9WA 5C2FA 1JLQA 2Q0UA 3DJCA 1J6ZA 2WTUA 5J2NA 1T6DA 4ID1A 5HP1A 1RTDA 5C25A 4HUEA 3VQ4A 5EXWA 4CGDA 3V9UA 1SL2A 3W3DA 5KRSA 4V19S 4DR1K 3SPZA 5BPMA 3D0PA 4KB1A 3LM9A 3QFUA 4DS5A 1J5EK 5DK5A 1ZBHA 1VQ9N 2EX3A 3UKUB 1XNQK 1QZ5A 4E7LA 3WEEB 3HPOA 2Q1NA 4EZ9A 5AQNA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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