1A5VA

Asv integrase core domain with hiv-1 integrase inhibitor y3 and mn cation
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
publication title Structure of the catalytic domain of avian sarcoma virus integrase with a bound HIV-1 integrase-targeted inhibitor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 51
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-02-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1a5vA00
3K2PA 1MU2A 1RBVA 1RBUA 1TAQA 1X1PA 5J2MA 3TI0A 3OYBA 5KGWA 4F3TA 3KK3A 1VSJA 4CJFA 1FXXA 3OYJA 3ZT4A 4CGGA 1ZBLA 1WAFA 4CK2A 5E41A 3OYGA 4DTRA 1RTDA 4FM2A 4AHVA 4F2RA 1YVUA 3KLHA 2OPSA 4NCGA 4OKKA 4CJ3A 1NKCA 4FJNA 1L3UA 2GV9A 4FJMA 4O5BA 4CEDA 1NJWA 3G10A 4C8NA 1GOBA 3DI6A 1HRHA 3QERA 2IOCA 3QEPA 3KLEA 1IKWA 4FVMA 4W5QA 3CQ8A 4DTXA 1Q9YA 4Z4HA 4EZ9A 4B9NA 3HXMA 3VA3A 1N6QA 3WNHA 1JXBA 3IS9A 4E0DA 1VSKA 1HJRA 2F96A 4CHQA 4Z4GA 1I39A 1U04A 4KV8A 4CERA 3U3YA 3V9SA 4ZHRA 2D5RA 4EP4A 1SKWA 4DWIA 5KRSA 4OLAA 4DLGA 2VG5A 1Z25A 3ZSQA 3K58A 3T3FA 1X9SA 4N5SA 1X9WA 1VK0A 4HUGA 3QEXA 4JS5A 1SL1A 4FM0A 4QOZB 4QCLA 3VQ7A 4Z0UA 2GUIA 1C1CA 1G15A 5D3GA 4CFCA 4IG0A 3O3HA 3OS2A 4DLEA 4BDPA 3RWUA 5C42A 3OJUA 2VWKA 1NK7A 5SZTA 3KJVA 3ISNC 2RF2A 2OPQA 4M3YA 2HB5A 1CXQA 4FJLA 3QO9A 1QE1A 3AVMA 1S1UA 4E7KA 2DFEA 2OPPA 1XC9A 1U45A 1I3AA 3NFAA 4OKEA 2QXFA 4CGHA 1XHZA 1NOYA 1Q8IA 3NBPA 4J2AA 2B4JA 3P5JA 4CGJA 3DOLA 4KI6A 4NYFA 1RT6A 4E1MA 3NF6A 3V9UA 2FBXA 2PY5A 3IAYA 3DRRA 3KD1E 2KW4A 2KFZA 4C8MA 4DS4A 5J2PA 4CIFA 1BQMA 1UA0A 4E3SA 1SL0A 3AVCA 3NH2A 3HM9A 1HQUA 4KAZA 2HHVA 3DLRA 4FLYA 4J2DA 4CK1A 4J2BA 4RW8A 1RDDA 1S9GA 4DSLA 2E6LA 1KVBA 4LH5A 3ZSVA 5HRRA 5HRPA 4E1NA 1NK9A 4KB1A 3SPZA 4I7FA 3RMBA 1TK5A 1T03A 2KFNA 1HNVA 1FKOA 1Y97A 4I2PA 3ZSXA 4BDYA 2XY6A 4GMJB 3S3NA 2HNDA 3B6OA 3RR7A 1SKRA 3F9KA 1KLMA 1RBSA 5CZ2A 3MXMA 2Q3SA 1ASWA 1BI4A 3MECA 1JLBA 1WSIA 3WNFA 1TK8A 4I9QA 3CYMA 1JL2A 1WSEA 4M3WA 4KKOA 1QHTA 4M41A 4AH9A 2HNZA 4CJKA 1QSLA 1UWBA 4DTSA 4FM1A 3EY1A 3CFOA 5I3UA 4CHPA 5FRNA 1J9AA 2IAJA 2IGIA 1IG9A 2BANA 1BHLA 5HROA 1DTTA 1XHXA 3MAQA 4KTWA 4W5RA 3ZSOA 1D8YA 1NK0A 4DU3A 4LH4A 1RTJA 1HMVA 2X74A 4K8ZA 3AVHA 1FK9A 1KTQA 1RT2A 1R0AA 4N47A 2G8KA 3PUFA 4MQ3A 2X6SA 3MXJA 3QLHA 4DF8A 3AVKA 3L3VA 2P1JA 3L3UA 3V9WA 1L3TA 3EYZA 4ELUA 1EKEA 4JRPA 5DMRA 2OZSA 3VQEA 3C95A 3VQPA 2IS3A 3T19A 3SUOA 4B9TA 5KRTA 3DLHA 1RILA 2DY4A 4CHOA 3O3GA 1HYSA 4AHRA 1UOCA 2X6NA 1IKXA 1CXUA 3VQDA 3KIOA 3OYCA 5J2NA 4FCYA 1Z26A 4CEOA 3WNEA 4O55A 1ZYQA 3MEEA 4RW6A 4FJXA 4CESA 1LWEA 3AVJA 4N56A 1TL1A 3ZT3A 1CLQA 4KO0A 1W0HA 2D0CA 4KHYA 1EP4A 3CM5A 3VQ8A 4DSEA 1Q9XA 3QNOA 3FFIA 4E89A 4DU1A 3HL8A 4Z4EA 4BWMA 4W5OA 3O3FA 3C6UA 1B92A 4FZXC 1S1TA 4IDKA 1NK5A 3M8SA 3RMDA 4BWJA 1VSMA 4CK3A 4HHTA 2RN2A 3BGRA 3IG1A 3AA2A 4CJQA 1X9MA 4DQIA 4J2EA 4OJRA 2E4LA 3LP3A 1C0TA 5KI6A 3HT3A 4KRFA 3OYNA 4DTNA 1BCOA 1VSEA 4Q5VA 2A1RA 2G8HA 2VG6A 1EX4A 1N5YA 3C94A 1EETA 2D0AA 3LPUA 5CZ1A 1NK6A 3PO4A 4I9LA 4FLWA 2YKNA 3E01A 5I42A 1LV5A 3LP2A 2Z1IA 1SV5A 4LSLA 3TR8A 2EX3A 1RTHA 4OPKA 4CGFA 2Y1IA 1SL2A 4DQRA 2AJQA 1KFDA 4FW2A 3QESA 4OPJA 2HHWA 2I5JA 3OYHA 3KK2A 4CJTA 2YNFA 4E7LA 3U6FA 4ZTFA 4NCBA 4CIGA 4Q0BA 2HVHA 4O0IA 4CF9A 3U3GA 3NH1A 3S9HA 1RDBA 3V9XA 3OVNA 1ZBHA 4KHSA 1GOAA 3ASMA 4CEAA 1BQNA 5CY4A 3M8RA 3H08A 3DLBA 4KTZA 3VQAA 2ATQA 3TAFA 3OS0A 3ZCMA 1D5AA 3AO3A 3RMCA 1S1WA 4CECA 3L2WA 1TK0A 4DMNA 2P5GA 3NGYA 1HNIA 3M8PA 2RKIA 4FZZA 4H4OA 2DTUA 3PO5A 2HVIA 1T05A 1TKXA 4DS5A 4AHSA 4CEFA 4Z4IA 3P1GA 2HHXA 3AVLA 3HP9A 4E7JA 4HUFA 3HPHA 2GBZA 5EU7A 3AO4A 3HVTA 2JLEA 4AILC 3LP0A 3RMAA 4C8LA 2BDPA 4FK0A 4CEBA 2HNYA 3OYIA 4DF4A 1WSHA 3OYMA 1WSFA 4DTUA 3LANA 3V1RA 2X78A 3MEGA 3ALYA 3HO1A 3K5NA 1NJZA 3HP6A 3O4NA 3NE6A 1LAWA 2EHGA 2KTQA 2RPIA 4C8OA 2XY8A 5K14A 4F2SA 4FK4A 2YHBA 2R7YA 2OPRA 3K5MA 4B9LA 3P83D 3AVBA 3LZJA 1NJYA 4DFMA 5CYQA 3V4IA 4EP5A 1NKEA 4EZ6A 4FLVA 3VQCA 1LWCA 2XY5A 4PY5A 4H8KA 4Y1CA 4CJUA 2Z1HA 4ELTA 3TANA 4YFUA 4OGCA 4PA1A 1RT7A 3DRPA 5FROA 4N41A 2HHQA 5SWMA 4E7IA 1VSDA 1HQEA 3VQ6A 3VN5A 3SQ2A 3HVRA 1QSYA 3T1AA 3KTQA 3VQ4A 2HHUA 4M3XA 4W5TA 1BL3A 3KKSA 2DFHA 1D9FA 3QIOA 4YNQA 2FBYA 3DYAA 4CJLA 3K5LA 4QAGA 4RW9A 3QINA 4FJHA 1KVAA 3VQQA 1BIZA 1JXEA 3L2VA 4M3UA 3C6TA 4RG8A 2ZQBA 1TKDA 1JLAA 2W42A 3LAMA 5J2QA 2G8VA 2D0BA 3S3OA 1LAVA 5CYMA 1BIUA 3LPTA 1NKBA 1C1BA 3DRSA 3DLKA 4ID1A 1S9EA 4CJEA 3V1OA 3KLIA 2HW3A 3PX0A 4NYNA 2XHBA 4OKJA 1ITGA 1UA1A 3JYTA 4Y1DA 4Z4FA 3SUPA 3ZSWA 1NK4A 3WNGA 4FJ9A 5C25A 1SUQA 2O4IA 4BDZA 4FW1A 4HVJA 4HUEA 4RW4A 4B3OA 4FYDA 1IH7A 4BE0A 3V81A 3OJSA 1CZ9A 4ZTJA 1QSSA 4DU4A 1TKZA 1VRTA 3QEVA 3PY8A 1SKSA 3NGIA 2G8UA 3DMJA 4FZYA 4FJIA 3SZ2A 1S1VA 3EZ5A 1IKVA 4CF8A 3K57A 4FLUA 3DLGA 4DSJA 1RT3A 1BI4B 2FBTA 2YV0X 2ZD1A 1T7PA 3AA3A 1YT3A 1UAXA 3L2UA 1J53A 1RNHA 4L8RB 4HCBA 2Z1GA 3TAPA 3ZSYA 4B9VA 1A5VA 1JLCA 4OVLA 2XRIA 3OY9A 4XIUA 3D0PA 2OZMA 3CFPA 4FLZA 5C24A 1FKPA 1WSJA 4AHTA 3AO2A 1KRPA 4M3ZA 3AA5X 3OS1A 3ZT2A 4R5PA 4JS4A 5HP1A 4C8KA 5DK5A 2YKMA 4B8AB 3OYEA 4DQPA 1WAJA 2E6MA 1RT4A 3NDKA 1S6QA 4FJ8A 4IG3A 3SPYA 1J54A 3I8DA 1JKHA 2DFFA 3DLEA 1EXQA 3V1QA 4CJ5A 4DQQA 3LWLA 4F4KA 4DTOA 2OA8A 3LDSA 2G8FA 2ITGA 3AA4A 3ZSRA 4B9MA 2KZMA 3HPOA 1IKYA 1JLFA 4I2QA 5T7BA 3NH0A 2ETJA 4GW6A 3TAMA 3QEIA 3V6DA 4CHYA 1B9DA 3MEDA 4CJVA 4DFKA 2XY7A 1RBTA 4ICLA 2Y1JA 4IKFA 2G8WA 4LD0A 4F8RA 4M45A 2QK9A 3PV8A 4KHQA 3KLGA 1CZBA 2YNHA 1ZBUA 3ZT0A 5HRNA 3KD5E 4F3OA 4N76A 4KHUA 1HYZA 4FXDA 1S5JA 1QTMA 2QKKA 3DOKA 3LALA 1VRUA 3LP1A 4LY7A 3VA0A 1C0MA 4FJJA 3B6PA 2F8TA 3K5OA 1U47A 1ASVA 4CE9A 5JS1A 1WN7A 3CG7A 3CM6A 3SQ0A 3RRGA 2YNIA 4ID5A 3PX6A 4W5NA 1ZBFA 1D9DA 3VQ9A 3SCXA 4CF2A 1WSGA 4CGDA 1T8EA 1GOCA 3AVGA 1RCHA 4GVMA 3K59A 4DTMA 3SUNA 4FJGA 4M3RA 3SQ1A 2VG7A 4B8CA 3LZIA 2KQ2A 3AVIA 3VQBA 5J1EA 4CEQA 1RDAA 3OYAA 3SUQA 3OYKA 4IFYA 4DSKA 1TV6A 2FC0A 3QIPA 3JSMA 1L3VA 4HCCA 2VWJA 3D45A 3ZT1A 3KKRA 1VSIA 3TAEA 2HHTA 1W9HA 3NAEA 2HMIA 4B08A 3CFRA 3RRHA 3QEWA 3QNNA 3L2QA 4MFBA 1L5UA 1REVA 3O4QA 4AHCA 4E7HA 1LW0A 2YNGA 4IBNA 3MXIA 4CEZA 4H4MA 3THVA 3LWMA 1QQCA 1TKTA 1HYVA 4DSIA 5FDLA 3AVAA 3LAKA 3AO5A 3NF9A 5KTQA 2KZZA 3KLFA 3RR8A 1YTAA 3NCIA 3SJJA 3TAQA 4PUOA 4KB0A 1L3SA 1XI1A 1DLOA 1IO2A 4ELVA 4Z4CA 4FJKA 3NF8A 5JS2A 4RW7A 4CFAA 1VSFA 3OYDA 4BACA 4CHZA 3V9ZA 1BCMA 2G8IA 2WOMA 3AVNA 4O4GA 1YTUA 4FK2A 2FBVA 4O0JA 2BE2A 3NF7A 4WE1A 4CJ4A 4FLXA 3KK1A 3TABA 2B6AA 2BGGA 1WLJA 1U48A 4B9UA 3L8BA 3OYLA 5HRSA 4KTQA 4DG1A 1ASUA 4CFDA 4JLHA 1C1AA 1LWFA 3ITHA 4CJSA 1JLEA 1F21A 1ZBIA 3BDPA 1JLQA 4BE1A 4IFVA 2ZE2A 2XO7A 1QS4A 4LSNA 2OYQA 3F73A 1XWLA 3I0RA 4FLTA 4DFPA 4CEEA 3I0SA 4AHUA 4PWDA 2HHSA 5HLFA 2P5OA 1NOZA 2NUBA 4G1QA 3QETA 2PYLA 1KLNA 4M3TA 2LSNA 1HPZA 1TAUA 3AO1A 4JRQA 5HBMA 3HK2A 3G0ZA 1S6PA 3HPGA 4OGEA 4CCHA 4KI4A 1U4BA 1RT1A 2YHAA 1O1WA 1WNSA 4DQSA 4DSFA 3UIQA 3PX4A 1TL3A 1JLGA 5KGXA 1RDCA 2O4GA 1C6VA 2P51A 4CIEA 1C0UA 3NGZA 4KHNA 4M42A 1RBRA 1VSLA 3L2RA 3M8QA 2PZSA 4CGIA 1A5XA 1NJXA 3HYFA 4BE2A 3DM2A 3AV9A 4O44A 2WONA 4DFJA 4CJPA 1K6YA 1KCFA 3NHGA 3HJFA 1KFSA 1B9FA 2JGUA 3RTVA 4FJ5A 4KHWA 1RTIA 2Z1JA 3OYFA 3IRXA 1TVRA 2A1SA 3AVFA 4KFBA 4HTUA 2PYJA 2IDOA 4DTJA 4TSXA 5FRMA 3SV4A 2B5JA 4CF1A 1BGXT 4CHNA 3SNNA 4CFBA 3TARA 1S1XA 1U49A 3VQ5A 4FJ7A 4PQUA 4UQGA 3ZSZA 1BISA 3TAGA 3SV3A 4DTPA 2QKBA 1VSHA 2IC3A 1NK8A 1J5OA 2F8SA 1KSPA 1LW2A 4CF0A 3S3MA 1TGOA 4KPYA 3SYZA 4OLBA 1KVCA 3SQ4A 4KREA 1RT5A 3TWHA 4CJRA 3SI6A 1A5WA 4E19A 4B9SA 4NCAA 3HSTB 1DTQA 4K8XA 3ULDA 1JL1A 4CJWA 3A2FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TI0A 4FPAA 4DKWA 1VSJA 3UKUA 5AFUA 3H1QA 3M1FA 1RTDA 4AHVA 3ZX3A 1HJOA 4F2RA 4BC3A 4K0KK 4CJ3A 4FWRA 1NKCA 1NJWA 2I7PA 4DUZK 3QERA 2IOCA 4B3MK 1Q9YA 2PBDA 4EZ9A 1QHAA 1NGHA 3HXMA 4E0DA 1HJRA 4CHQA 3QMLA 2VCPA 3DXMB 4CERA 3EE8A 5KRSA 4OLAA 3T7ZA 5JLFA 1VQLN 1VK0A 2Q31A 5LMNK 4FM0A 1T6CA 4K41A 4DLEA 3OS2A 2UXDK 1NK7A 5SZTA 5CR4A 3KJVA 2O8FB 3WXKA 1K73O 2E1ZA 5AQLA 3E9LA 3NBPA 1OVQA 3EEQA 3G25A 2Q0RA 3UKRB 2KW4A 1QVGM 4DS4A 2Q2RA 4JKCA 3AVCA 3O6WA 4CZFA 2FF6A 4BRQA 1S9GA 3ZSVA 1OH6A 1FKOA 3S3NA 3K9KA 2F9TA 2HNDA 3B6OA 4BR4A 1SKRA 3IMXA 3CQYA 4H0TB 4IOCL 3MXMA 1TK8A 1JLBA 4I9QA 3CYMA 1GLFO 3M5RA 1OKJA 4JK9A 2OANA 3C7NB 4HTLA 3O8MA 5FPMA 4DTSA 3IUCA 3EY1A 5I3UA 5FRNA 4WYBA 2GX9A 4W5RA 4C1NK 1NK0A 4A5AA 3AVHA 1YJ9N 4JKDA 3PUFA 4MQ3A 3MXJA 3QLHA 1Y64A 3E1YA 3L3UA 3ZETB 3EYZA 4A57A 3SUOA 4HWIA 1RILA 3O3GA 3H45C 3VOVA 4AHRA 3OYCA 1GLAG 1CXUA 3PSFA 5J2NA 1BO5O 4DB3A 3WNEA 3DAWA 4DR5K 4FJXA 1YXQA 2V7ZA 3R9PA 3J7YP 4FWPA 3R1XA 3VQ8A 3QNOA 1OH7A 4Z4EA 2P9LB 3HL8A 4W5OA 3O3FA 4IOXA 1Z6RA 3C6UA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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