1A5VA

Asv integrase core domain with hiv-1 integrase inhibitor y3 and mn cation
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of the catalytic domain of avian sarcoma virus integrase with a bound HIV-1 integrase-targeted inhibitor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Hydrolase
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
total genus 51
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-02-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1a5vA00
3CFPA 4DSKA 1UOCA 4Z4GA 1BIUA 4E1NA 4HVJA 4C8OA 3DLRA 3TARA 1LWFA 1S9GA 3CG7A 5KI6A 4AHRA 1IKWA 5HP1A 1SL2A 1TK8A 1TK0A 1NK9A 3F9KA 3RMCA 1J9AA 1KVBA 4DTXA 1NK7A 3RMAA 1RT5A 1NKCA 5FRNA 1CXUA 2IAJA 3QLHA 4CHOA 4M3XA 4F8RA 1GOAA 4RG8A 3DMJA 4KI6A 2RKIA 4FJNA 4BDZA 3AA2A 3KTQA 1VSLA 4IBNA 3QNOA 4DTNA 4LH5A 3V9WA 1YT3A 5KGXA 2FC0A 1RT3A 4CJLA 4CHPA 3C95A 3K58A 1CZBA 1HQUA 1XHXA 4ELUA 2OZMA 2DTUA 3QESA 2VG7A 3HPGA 4ELVA 1B9DA 1WNSA 5C24A 1XC9A 1RCHA 3IG1A 2BE2A 4CJRA 2ZD1A 3DOKA 3C94A 2X6NA 2ATQA 3D45A 4FLZA 3NF6A 2OPQA 3ZT2A 1T8EA 2X6SA 3AVCA 4FCYA 2PY5A 1KLMA 1KTQA 3WNFA 1RBVA 1WSFA 4EZ6A 4YNQA 3AO3A 4CCHA 1HPZA 3K57A 1Z26A 2QKBA 3QEXA 4CIEA 4RW8A 1F21A 4W5QA 2GUIA 1MU2A 2DY4A 1QQCA 4O5BA 1HNVA 2RN2A 1QSSA 2G8FA 1KVCA 4JRQA 4K8ZA 3DM2A 1Q9XA 2OZSA 1U45A 4CEQA 4OPKA 4FJGA 2YNHA 3HM9A 2RPIA 4DSFA 1TGOA 3RMDA 3SQ1A 3QERA 4J2DA 4C8KA 3OYCA 2IS3A 3LWMA 4W5TA 1S1UA 3ZSXA 1LW2A 2E4LA 3NF8A 4J2EA 3S9HA 4E7KA 1VSKA 3OYDA 4FW2A 1IKVA 4FJHA 1IKYA 4KHWA 4CEBA 3VQ8A 3PY8A 1L3TA 3MXMA 4B9UA 3M8QA 1RDCA 1N6QA 4I9QA 3SQ0A 2QK9A 4KTWA 3S3OA 4CEEA 4FLYA 1ZBHA 1L5UA 1RTDA 3LAKA 4CIGA 3AO5A 3DLKA 3LAMA 1LWCA 4BE0A 1TL1A 3H08A 4OLAA 2EX3A 4CF9A 4FZZA 3KKRA 2YNGA 1RT2A 1RT6A 3ZSWA 3OYJA 3AO4A 1LWEA 1WLJA 4FJIA 4M3UA 1VSFA 4M3TA 1S9EA 2KZZA 4CHYA 4FJMA 1B92A 1WN7A 4QAGA 3NH1A 3LZJA 4EP5A 4CHNA 1VSHA 5CZ1A 5K14A 1RBRA 4I7FA 3OJUA 3M8RA 4CJPA 3B6PA 4XIUA 3HP9A 4OPJA 4DF8A 1UA1A 3CFOA 2YHBA 1VRTA 4CJTA 1SKRA 5I42A 1NK5A 3KK1A 4B9MA 4B9TA 4HCBA 4W5NA 1KVAA 2WOMA 3JYTA 4LSNA 4F3OA 4M3WA 4FXDA 2YV0X 4B08A 4CJSA 3MECA 3EYZA 3V9SA 3QO9A 1U47A 4OKEA 4KO0A 1QHTA 4CHQA 4MFBA 4DG1A 3VQCA 1S5JA 3HL8A 3OVNA 3S3NA 4IKFA 1SL0A 4PQUA 3MEGA 4FLWA 3E01A 4Z4CA 3K5NA 3VA0A 3DLBA 3HJFA 4E7LA 3TAEA 2O4IA 2HW3A 1TVRA 4TSXA 4BDPA 1X9MA 1RTJA 4FJ8A 1U4BA 3JSMA 2EHGA 5KTQA 3O4NA 3VQ7A 3RTVA 1X9SA 3L2VA 1JLEA 4CFDA 1SUQA 4E1MA 1JL1A 3BGRA 1LW0A 1UWBA 4CJQA 2HNDA 3F73A 3OYHA 4B9SA 4BDYA 3RR8A 3OYKA 1T05A 4Z4FA 3MXJA 1ZBUA 3SUPA 3M8SA 3KK3A 4B9NA 3VN5A 3K2PA 3I0RA 4F3TA 1S1XA 3SV3A 3IS9A 3ZT4A 3OY9A 1UA0A 2HHXA 1BCMA 4KKOA 2OPSA 3AVJA 3VQ4A 4C8MA 1D9DA 3AVNA 2YNFA 3O3FA 3CFRA 4H4OA 4QCLA 1RBTA 2G8IA 4E89A 4F2SA 4KREA 4CGIA 4AHSA 3VQ6A 1QSYA 4RW4A 3ZT3A 1NK4A 4EZ9A 2JGUA 3OYMA 5KRTA 3DLGA 4CIFA 3RRHA 1I39A 3ZSYA 3TWHA 4O0JA 3L3VA 3WNGA 5J2MA 3ZSOA 1VSEA 3B6OA 4DF4A 3SQ4A 4NCAA 3VQ5A 2R7YA 4GVMA 4FM1A 3EZ5A 2D0BA 1NOYA 4BWMA 4GMJB 2HHVA 1G15A 4CF1A 2VG5A 1RDAA 2P5GA 3FFIA 3OYBA 4FLVA 3CM6A 4FZYA 4DSEA 4W5OA 4E7IA 4FLTA 4PUOA 4KHNA 3PO4A 3QEIA 4DWIA 3AVBA 4AHUA 4CF8A 4CFBA 4FJXA 1WAJA 1VSIA 4CESA 2KZMA 1RDBA 4CF2A 1ZBFA 3P5JA 2I5JA 3OS0A 4DFKA 3SJJA 4C8NA 3SUNA 5JS1A 1FK9A 1FKPA 4FVMA 5CYQA 4CGJA 2IDOA 4PA1A 1SV5A 3AVHA 3OYLA 1SL1A 5FROA 4M41A 2IC3A 4NYFA 4CHZA 4FJKA 2D5RA 2Z1IA 4CGGA 3KIOA 4DU1A 3O3HA 3NDKA 3LZIA 4QOZB 3K5MA 3OYGA 4CK3A 1S1VA 3HVRA 4JS5A 4DTUA 2B4JA 2RF2A 1NKBA 3SQ2A 3MXIA 4N5SA 2P1JA 1S1WA 4FLXA 3S3MA 1TKZA 2NUBA 1QSLA 2G8HA 3HT3A 4FM0A 3HPOA 2XY7A 2BGGA 4FJJA 4CJ4A 4J2AA 3NH2A 2F8TA 4DS5A 4KAZA 4FJ7A 3OYFA 1WSJA 3DI6A 3QEPA 3ULDA 1XHZA 2O4GA 1ZYQA 3ZT1A 2IOCA 1JLCA 1HMVA 3DYAA 4KTZA 1C6VA 4B8AB 2YKNA 1HJRA 2QXFA 1YTAA 4DTRA 1N5YA 3LPUA 1KSPA 4CFAA 3VQEA 4KFBA 3HSTB 4OGCA 3PV8A 3LP0A 3NCIA 1ASVA 3QEVA 4N47A 4CK2A 1L3UA 3QINA 3ZSVA 2IGIA 4HUEA 3MEDA 3TAPA 2VG6A 1T7PA 4FLUA 3SZ2A 4H4MA 3TAMA 3AA4A 2OYQA 2Z1HA 5E41A 3QEWA 3SNNA 4FM2A 4OKKA 1TKTA 3SV4A 4KHSA 3MAQA 3QIOA 4ID5A 5T7BA 2VWKA 3V1RA 1U49A 4F4KA 4DS4A 4M42A 5FRMA 5J1EA 1Q8IA 4CJ3A 4R5PA 1WSIA 2YNIA 2JLEA 4BE2A 1UAXA 1EETA 4CGDA 5J2PA 2PZSA 5KGWA 1XI1A 1WSHA 4CERA 3SI6A 4DQSA 4LSLA 1LAWA 4CE9A 3LPTA 3PO5A 1VK0A 3ZT0A 1B9FA 1EKEA 1TL3A 2ZE2A 3LALA 2BANA 3L3UA 3O3GA 2XHBA 1NJWA 4UQGA 5J2NA 4ZTFA 3ALYA 1RNHA 4DTMA 3P1GA 1TAQA 1YTUA 2BDPA 4W5RA 1DTTA 1I3AA 5J2QA 4OGEA 1J5OA 1ASWA 3OS2A 1JXBA 1RTHA 2YHAA 4FZXC 1EX4A 1BQNA 4Y1CA 1VSJA 1Z25A 3LP3A 5HRPA 4B3OA 1S6PA 2KTQA 3OJSA 4CJ5A 1QTMA 3VQBA 4KHUA 4KB0A 2QKKA 3K5LA 3NFAA 4N56A 1C1AA 4ZTJA 3KLIA 4Y1DA 4B9VA 3IAYA 1BQMA 2DFEA 1TKXA 1C0MA 3TABA 3RMBA 3U6FA 1W0HA 5CYMA 4KHQA 1LAVA 2Q3SA 3DLEA 4JRPA 4FYDA 2YKMA 2HHQA 3AVLA 2HHWA 3KLFA 4KHYA 2OPRA 4Z4IA 1HNIA 2Z1JA 2HHTA 3T19A 2FBTA 2KW4A 4DU4A 3AVMA 3V81A 4C8LA 5JS2A 3NE6A 3QETA 3KLGA 3L2WA 4NCBA 1HQEA 1L3SA 2HB5A 1D5AA 4HUGA 2HNZA 1NK6A 4FK0A 4FK2A 3KJVA 4E7JA 4KPYA 4FJLA 2Z1GA 4HTUA 2ETJA 1A5XA 3KD5E 2ITGA 2X74A 2KQ2A 3VQQA 4E7HA 1NJYA 4M3ZA 1ZBIA 3D0PA 1JLGA 3CQ8A 3VA3A 1RT1A 3LANA 2XY6A 4KI4A 3QNNA 3AVFA 1C0TA 1JLBA 3KLHA 1TK5A 1D9FA 5HRSA 4E19A 1X9WA 3ZSZA 1QS4A 2P51A 4FW1A 5HRNA 1ITGA 1RBUA 4CJKA 2W42A 4BACA 3U3GA 4KRFA 2HVHA 4Q5VA 2ZQBA 2PYLA 3L8BA 4ELTA 5FDLA 1KLNA 4IDKA 1KCFA 4CEDA 4ID1A 3PX4A 3HPHA 1TAUA 1HYSA 4CJFA 3SYZA 3MEEA 1FXXA 1S6QA 3NGIA 1ASUA 1JXEA 4DQQA 2HHSA 1XWLA 1TV6A 2E6LA 1SKWA 1VSDA 3AVAA 3VQDA 2HNYA 4AHVA 3PX6A 2F8SA 2GV9A 2FBXA 3V1OA 3VQPA 4KV8A 4ZHRA 4RW6A 4G1QA 4IG3A 5SWMA 4OKJA 1T03A 5C42A 4OLBA 3V1QA 3DRRA 3C6UA 4PWDA 3AA5X 3TAFA 2XY8A 3OYIA 3KKSA 3NHGA 3V9UA 4HHTA 3V4IA 1NK0A 1WAFA 1R0AA 3AA3A 3VQAA 4OVLA 3HP6A 1D8YA 2FBYA 4BWJA 1BI4B 4CGHA 1KFDA 1VRUA 3DRSA 1S1TA 5DK5A 4M3RA 4I2PA 3HK2A 4LH4A 2OA8A 3OYEA 4CFCA 4KTQA 1DTQA 3SPYA 4CK1A 1X1PA 2Y1IA 1JKHA 1NKEA 1HYZA 1BIZA 3A2FA 3RR7A 5D3GA 1JLFA 1BHLA 3ZCMA 5KRSA 4DQPA 2XY5A 1FKOA 3SUOA 4Z4EA 4CJUA 1LV5A 2GBZA 5CY4A 3AVKA 3KLEA 2KFNA 4AH9A 4CF0A 1BI4A 4CEFA 4CJEA 1C0UA 4CECA 1WSEA 4B8CA 3C6TA 2HHUA 1EXQA 1GOCA 2Y1JA 2A1RA 4DTOA 3AVIA 3AV9A 2G8KA 5HRRA 3PX0A 1IKXA 4LD0A 3SPZA 3TAGA 4IG0A 1RDDA 5DMRA 3DOLA 3HXMA 4DQRA 2X78A 3L2RA 4DFJA 1RBSA 3WNHA 1NK8A 3WNEA 4AHTA 1A5VA 1IG9A 1L3VA 4CGFA 3NH0A 4DFMA 3NBPA 1YVUA 1CXQA 1IH7A 3TR8A 4YFUA 4KB1A 1NOZA 1QE1A 3TAQA 3V6DA 1BGXT 3K5OA 1RT7A 2A1SA 3NGYA 4N41A 3OS1A 4I9LA 3NF7A 4DTJA 3O4QA 3VQ9A 4L8RB 4LY7A 3IRXA 3ZSRA 4CEZA 1REVA 3U3YA 4DTSA 2B5JA 4DFPA 4DSIA 4O44A 2PYJA 2AJQA 1ZBLA 4MQ3A 3RWUA 1BISA 4RW9A 3DLHA 3PUFA 3I8DA 4E0DA 4O0IA 3CM5A 2G8UA 4EP4A 2LSNA 4IFVA 4CJVA 3SUQA 4JS4A 4E3SA 2D0AA 3ISNC 4Z0UA 4N76A 1JL2A 1HYVA 3L2QA 1KRPA 4DSJA 3RRGA 1C1CA 3P83D 4M45A 1GOBA 2KFZA 3V9XA 3T3FA 3M8PA 1Y97A 1O1WA 4HUFA 4H8KA 2OPPA 2F96A 4GW6A 3OYAA 2WONA 2E6MA 3DRPA 5C25A 3SCXA 4IFYA 4AHCA 1K6YA 1NJZA 3L2UA 3G10A 3NF9A 3NGZA 3HO1A 3ASMA 4DLGA 4CJWA 3HYFA 5HROA 1NJXA 2FBVA 4NCGA 3BDPA 2DFFA 4CEAA 3QIPA 2HMIA 1JLAA 3KK2A 4NYNA 1W9HA 4FJ9A 2D0CA 1CLQA 3KD1E 1DLOA 4Z4HA 3CYMA 3LP2A 3T1AA 4DTPA 4PY5A 4F2RA 4CEOA 1J54A 2G8VA 4M3YA 1WSGA 2G8WA 1C1BA 1TKDA 1U04A 1VSMA 4DMNA 1U48A 3I0SA 3UIQA 4DU3A 3LP1A 3OYNA 3TANA 4FJ5A 1EP4A 5HBMA 1J53A 4B9LA 4HCCA 3K59A 2XRIA 3AO1A 1BL3A 4AILC 1RILA 2DFHA 4J2BA 3TI0A 4I2QA 1A5WA 2P5OA 4DLEA 4ICLA 3G0ZA 1SKSA 4DQIA 4Q0BA 3NAEA 3ZSQA 3ITHA 4DSLA 4BE1A 1CZ9A 2XO7A 2B6AA 5EU7A 3LWLA 5I3UA 5HLFA 1Q9YA 4K8XA 4FK4A 4JLHA 3V9ZA 1BCOA 1JLQA 1HRHA 3EY1A 4O55A 1RT4A 5SZTA 2VWJA 3AVGA 1KFSA 4OJRA 5CZ2A 3HVTA 1IO2A 2HVIA 3LDSA 3AO2A 4RW7A 4O4GA 1RTIA 3THVA 4WE1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2E1YA 1UOCA 4Z4GA 3TARA 1LWFA 4AHRA 1NK9A 3F9KA 1NK7A 1J9AA 5GINA 4CZKA 1CXUA 3QDKA 4H5TA 4M3XA 3DMJA 1XC3A 2RKIA 2J4RA 4MO5A 3C7NA 4H0YB 3QNOA 2QWNA 3L4QA 2QWPA 4LH5A 3FR0A 3PSIA 4CHPA 5B8HA 3C95A 3BF3A 2DTUA 4K43A 5C24A 3OW2M 3KK7A 2OPQA 3ZT2A 3AVCA 4FCYA 1KLMA 1KTQA 3BZCA 1WSFA 2P9NB 3AO3A 4CCHA 3L4IA 4PKIA 1HPZA 1BWFO 1JJ2M 5A2QO 4RW8A 1MU2A 1JCEA 2DY4A 1QQCA 5C0YA 4JRQA 4K8ZA 3DM2A 2OZSA 4FJGA 2V7YA 4OPKA 3RMDA 1M1KO 4DSFA 1FW6A 4O8KA 4J2DA 4W5TA 1YI2N 2E4LA 3F9MA 4IEIA 1VSKA 1TYQB 1IKVA 4FW2A 1EWRA 3AAPA 3T69A 4AF1A 4B9UA 3MXMA 1RDCA 3HTVA 4KTWA 4BRGA 3S3OA 2O8FB 3OBYA 3LAKA 3DLKA 1LWCA 3O08A 2IIRA 3H08A 3CIPA 4WFNL 2NRHA 2EX3A 4FZZA 5JVHL 1W2BM 4LC9B 3EKUA 2KZZA 4DR6K 4QAGA 3KWGA 5EY4A 5K14A 1ILYA 3FFKB 4DF8A 4W5NA 3GL1A 3JYTA 4F3OA 4H0VB 4B08A 3MECA 1NJIO 3TTFA 1QHTA 1BUPA 1S5JA 3OVNA 2KHOA 4DQ8A 1OVQA 3OTOK 5GIPA 4FLWA 4DCHA 4BC4A 3HJFA 3DLBA 3TTCA 4BY9C 4YORA 4YDUC 3CI5A 5KPTA 4E7LA 1TVRA 4BDPA 4FOEA 4PHTX 5F1XA 1N32K 2UU9K 2DPNA 3O4NA 3VQ7A 1QHAA 4BC2A 4CD3A 1X9SA 3VEXA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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