1A5VA

Asv integrase core domain with hiv-1 integrase inhibitor y3 and mn cation
Total Genus 51

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
EMPTYTVIa1 (71-74)TIV1 (72-75)3H1 (69-71)S2 (76-82)TI1 (82-85)TI2 (83-86)S3 (88-93)3H2 (124-126)AH2 (129-138)S5 (141-143)S1 (60-67)S4 (117-119)AH1 (98-112)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
publication title Structure of the catalytic domain of avian sarcoma virus integrase with a bound HIV-1 integrase-targeted inhibitor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 51
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-02-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1a5vA00
1U4BA 4LD0A 3MECA 4IBNA 3ZT2A 3PX0A 1NK4A 1KSPA 4GVMA 2XRIA 2OA8A 1WNSA 4DLEA 3KTQA 4O0JA 2OZSA 1C0MA 2G8UA 2FBVA 2OPRA 4CESA 4RW7A 1LW0A 2YNHA 3A2FA 1S6QA 4DFMA 5KI6A 2FBTA 1RDCA 5CYQA 2FBYA 3K5NA 4HCCA 4CJLA 2YKMA 3CM5A 2IOCA 3WNGA 3SJJA 1UAXA 4FLTA 4J2EA 1HMVA 4MFBA 4CJUA 5HRSA 1RBRA 1BQNA 3OYGA 5CYMA 4E7KA 2HHVA 1T7PA 3G10A 3V9WA 1UOCA 3C95A 4OKKA 5KRSA 4BACA 1SV5A 5DK5A 4C8NA 4FLWA 4FLUA 1NJXA 1D5AA 1ZBFA 3VQ7A 1NK0A 4W5OA 4FJ5A 1RBSA 3VQCA 3NAEA 4ID5A 4BDPA 2QKKA 1S5JA 1HPZA 4CFDA 1J9AA 4BE1A 1TK5A 1RT7A 2F8TA 4CGGA 5DMRA 2P5OA 1BQMA 4KHYA 4FXDA 5KRTA 1B9FA 3AO4A 3O4QA 1L3TA 4N41A 4KTZA 3SQ2A 1UWBA 5JS1A 1FKOA 4F2RA 2DFEA 1BL3A 4FM0A 3L2RA 3ASMA 3TAQA 3NH1A 2XHBA 3CFPA 1NK6A 2DY4A 4AHSA 4DTJA 4KFBA 1RT1A 2KQ2A 3DRSA 4FK2A 4B9VA 1VSKA 1LWFA 3T1AA 3K57A 3V9ZA 2ITGA 3KLGA 1QSYA 3C6UA 4RW4A 4DU4A 1HRHA 3L3UA 1S6PA 3DMJA 3EZ5A 1SUQA 1WN7A 2PZSA 4NCGA 1RDAA 1JL2A 2OYQA 4LSNA 1X9SA 4CCHA 4DTMA 1FK9A 4CJPA 3K5MA 3DLKA 3QERA 1TK0A 3CM6A 4MQ3A 1TGOA 2VG6A 3RR8A 4Z4IA 3TAPA 1CZBA 4DTOA 1W9HA 4H8KA 3V9SA 1LWCA 3V1RA 1BISA 2KZMA 1ASUA 3KK2A 2P5GA 1KFSA 5J2QA 4YFUA 1G15A 1B92A 1ZBUA 3KIOA 3V9XA 2E4LA 4I2PA 4ELVA 4FVMA 3ZT3A 1TKTA 2EHGA 4HUEA 4K8ZA 4FJ8A 2D0CA 4KB1A 1IG9A 1IKWA 2ETJA 5FROA 4LH5A 3MXMA 2IS3A 5HRRA 4CEAA 3OY9A 3ULDA 4W5QA 3HPHA 1D9DA 5CZ1A 4RW9A 1IKYA 2VG7A 3V1QA 4BE2A 1KVBA 3DLEA 4G1QA 3THVA 3HL8A 1Q9XA 3O3FA 4OKEA 4O0IA 3IRXA 3OJUA 3PO5A 1C1AA 1ITGA 1X1PA 4Q0BA 3LP0A 4M3YA 2IC3A 3AVLA 4AHUA 3LWMA 1WSFA 3MEGA 3WNHA 3TWHA 4CIFA 1VRUA 3ZT4A 4FLXA 1QTMA 3L8BA 2VWKA 4Y1CA 1FKPA 3VQ6A 3AVIA 1N5YA 2RPIA 2FC0A 2ATQA 4CEBA 4Z4CA 1RT5A 3OYEA 3K59A 4OJRA 4OGCA 5HBMA 2XY8A 3HPGA 4CGDA 1X9WA 2IAJA 4FW1A 4OLBA 3AO2A 1GOAA 4EP4A 1YT3A 5SWMA 3JSMA 3VQPA 4CECA 4CHZA 3S3MA 2GV9A 1NOYA 4M42A 3HP9A 3LAKA 3BDPA 2I5JA 4W5RA 4OPJA 4BWMA 4CJ3A 1C1BA 1C1CA 4ICLA 4ID1A 4IFVA 1F21A 3DLBA 4DTRA 4Z4FA 1KVAA 2E6LA 2HNZA 5C25A 3C6TA 4FCYA 3V81A 1HYSA 1WSIA 3AO1A 3HSTB 3QEVA 3M8RA 2HHUA 3AVNA 1VSHA 5T7BA 3TAGA 4DSKA 3AVMA 3MEDA 1IH7A 3SNNA 3P83D 3VA3A 4EZ9A 1O1WA 4DMNA 3ZSZA 3OYDA 3AVFA 3VA0A 3AVCA 2B5JA 4CJ4A 1ZBLA 3LP1A 4GMJB 4KI6A 1Y97A 1TAUA 5K14A 2Y1IA 4H4OA 4E1NA 3HJFA 1U47A 3QO9A 2KFNA 4DF4A 2G8HA 3NHGA 1LV5A 4FJGA 3ZSRA 3OYNA 2G8KA 5J2NA 4DSLA 3U3GA 3I8DA 1GOBA 3SPZA 1BI4B 3DLGA 5HROA 4FJXA 1WSGA 4DTXA 5HP1A 1RTDA 3F73A 4CK2A 3KD1E 3HYFA 3RMCA 1RT2A 1UA1A 4QCLA 2JLEA 4B9SA 4B9MA 2NUBA 3P1GA 3QINA 2WONA 3WNEA 1S9EA 2E6MA 1BHLA 3SZ2A 1RDBA 1GOCA 4JRQA 1HNVA 4PY5A 3O3GA 3OYHA 3AA4A 1VK0A 3OYFA 2QXFA 3LPUA 2VG5A 1KFDA 4CEDA 4FLZA 3SUOA 4DQIA 2X78A 1TKDA 3NH0A 4CFCA 4ELUA 3SQ1A 1U45A 1EETA 1D8YA 3D45A 4KHQA 4FK4A 4IKFA 1BIZA 1JXBA 3JYTA 3IS9A 1LWEA 4KHNA 3NCIA 4H4MA 3LALA 1XC9A 3SUPA 1A5WA 3TAMA 5HRPA 2KTQA 1I39A 3ZSVA 4NCAA 1VSLA 3OYAA 1REVA 1RT4A 2F8SA 3OS2A 1BIUA 1S1WA 1BGXT 4R5PA 3OVNA 5J2MA 5I42A 2QKBA 3DLRA 1SKSA 2YHAA 3NF8A 2RF2A 2RKIA 2R7YA 3HK2A 4DSJA 3F9KA 5C42A 4PA1A 3LZIA 2QK9A 1L3VA 2HNDA 4FJMA 4DQPA 1CXQA 4F8RA 2HNYA 4CJKA 3S3NA 4CHYA 2B6AA 3AVGA 3QEWA 4NCBA 3OS1A 2A1SA 2Y1JA 4ELTA 1RDDA 2OPSA 3OYCA 4HTUA 4M3WA 4CGJA 4BWJA 1KVCA 4CF9A 4PUOA 3DLHA 1S9GA 1Z26A 1TAQA 1NK5A 2HHTA 2XY5A 4CJFA 3NF7A 1DTQA 1KCFA 1XI1A 3AVJA 2G8WA 4KAZA 2AJQA 4B9LA 4KTQA 2LSNA 4CFAA 1QE1A 1WLJA 3PY8A 1L5UA 4M45A 4CJSA 4M3XA 4OVLA 1VSJA 2X6SA 1RCHA 4FM1A 4E7JA 3QNOA 3TAFA 3LWLA 1VSDA 3QESA 4FJ7A 3OYIA 1UA0A 3V4IA 2Z1JA 3QIPA 1ZYQA 4CEOA 2G8FA 4CEFA 3RMAA 5FDLA 5JS2A 3OYBA 3SQ0A 1NJZA 2G8VA 4I9QA 3OJSA 4WE1A 3HO1A 3KLEA 5I3UA 2HHQA 4JLHA 1J53A 3ALYA 1LAWA 3QEIA 1Q9YA 2IDOA 4L8RB 5FRNA 1WAJA 1IKVA 1JLGA 1RBUA 2ZE2A 2W42A 4HVJA 4PQUA 3S3OA 4HUFA 2DFHA 2KZZA 1B9DA 3MXJA 1SKWA 3RR7A 3AVHA 2HW3A 5CZ2A 4Z4HA 1JL1A 3SYZA 4IG0A 5KGXA 4OPKA 3KLHA 3T19A 1J5OA 3KKRA 4FJ9A 3I0RA 3VN5A 1U04A 1T03A 3V6DA 4AHVA 3B6OA 3EY1A 3VQEA 1YTUA 3G0ZA 3DRPA 4CGHA 4K8XA 2YV0X 5C24A 3CFRA 4FZXC 3SV4A 2JGUA 1SL2A 1JXEA 3CQ8A 5D3GA 1R0AA 3LAMA 4DQSA 4AILC 2PYJA 3VQ5A 1S1UA 1C0UA 2Z1GA 4I7FA 4B8CA 3VQAA 4W5TA 3RWUA 1KLNA 1EKEA 1TV6A 3RRGA 3C94A 3DOKA 1QS4A 3CFOA 4Z4GA 4AH9A 1NKBA 4DSIA 4CK1A 4N76A 1DLOA 3PUFA 2XO7A 3AA5X 3ZCMA 1JKHA 3B6PA 1QQCA 1LAVA 1HQUA 2YHBA 3NBPA 4FLVA 1JLFA 4YNQA 1NK9A 3LPTA 1SL0A 1NKCA 3LZJA 1CXUA 3KK1A 2Z1IA 5EU7A 4E89A 2HVIA 4DLGA 2HHSA 3HT3A 1JLAA 4E7LA 5FRMA 1EP4A 3L2UA 3QIOA 3OYKA 3NDKA 3MEEA 1XHXA 4HCBA 3HVRA 1KRPA 1CLQA 4IFYA 3O3HA 5SZTA 3AV9A 3V1OA 2BDPA 4B8AB 1ZBIA 4DQQA 4CF8A 4DU3A 1EXQA 3NFAA 3KJVA 3T3FA 2YNFA 3CG7A 4B08A 1ZBHA 3VQ4A 1NK8A 1RT6A 2BE2A 4KKOA 4C8MA 3MXIA 3RMBA 3AVKA 4Z4EA 4IG3A 4DFPA 4JS4A 2X6NA 1RTIA 1QSLA 4AHRA 1X9MA 3H08A 3AA2A 1SL1A 1TL3A 1VSIA 3L2WA 1WSHA 4KHUA 3K58A 4Z0UA 4CHNA 4F4KA 1HYZA 4FJHA 1WAFA 3NF9A 1RT3A 5HRNA 1RBTA 1J54A 2P1JA 4FW2A 4CJEA 4B9UA 3ZSQA 2OPPA 3ITHA 2D0AA 4CEEA 3KLIA 4Y1DA 3AO5A 3IAYA 4CIEA 2KW4A 4FJKA 1C0TA 1VSEA 3QLHA 1C6VA 2XY6A 3HVTA 1RBVA 3P5JA 4HHTA 3ZT0A 1VRTA 4J2DA 4KREA 4FM2A 1IKXA 2OPQA 1RTHA 1BCOA 4LY7A 4DFKA 4KI4A 3DOLA 3K5OA 4J2AA 4ZHRA 3HXMA 2FBXA 4M3RA 3HP6A 3NGIA 4DTUA 4DSEA 4E1MA 4KHWA 4I9LA 4M3TA 4QOZB 5KTQA 3QEPA 1S1VA 2HHWA 1I3AA 3EYZA 4C8OA 3HM9A 3KKSA 1BI4A 3O4NA 3QNNA 4J2BA 2YKNA 4F3OA 4CF0A 3WNFA 1NJWA 1ASWA 1TL1A 2GBZA 4JRPA 3S9HA 3ZT1A 3OS0A 4TSXA 4ZTJA 1RILA 3QEXA 3TARA 4LSLA 4FK0A 3TR8A 2BGGA 2WOMA 3I0SA 4CERA 4FJLA 4LH4A 1EX4A 3L3VA 2ZD1A 4O55A 3V9UA 3IG1A 4DTPA 3VQQA 3OYJA 2VWJA 1BCMA 3FFIA 4NYNA 4FYDA 4AHTA 3OYLA 2F96A 5CY4A 1Z25A 1HQEA 1MU2A 3PO4A 4F2SA 4KHSA 4FZZA 3E01A 4DTNA 4B9TA 3AVBA 4N47A 4EP5A 4Q5VA 4DS4A 2HVHA 4JS5A 1VSMA 4KRFA 3M8QA 3RMDA 3BGRA 4IDKA 4KTWA 2KFZA 3PV8A 3SI6A 5KGWA 4DG1A 3CYMA 1IO2A 2DTUA 4OKJA 1U49A 3LDSA 1NK7A 4W5NA 3ZSXA 4KV8A 4O4GA 4B3OA 1JLEA 1NOZA 3UIQA 4O5BA 1D9FA 4CF1A 4FZYA 5J2PA 1QSSA 4E7IA 1HYVA 1S1XA 4CGFA 4CJTA 5J1EA 4CEQA 4CEZA 2ZQBA 2OZMA 1A5XA 3AO3A 3DYAA 1W0HA 4RW6A 4M3UA 2Q3SA 1A5VA 1ASVA 1WSJA 4O44A 1NKEA 3M8SA 4AHCA 3SPYA 3KLFA 1XHZA 3LANA 3NGYA 2P51A 3L2VA 3SUNA 4CHOA 4ZTFA 3VQBA 4DF8A 3SCXA 2HMIA 2DFFA 2IGIA 2X74A 3VQDA 1TKZA 4CHPA 4NYFA 4DU1A 2A1RA 4N56A 2B4JA 1Q8IA 4E19A 3U3YA 4CE9A 3TABA 1U48A 4FJJA 2D0BA 3QETA 3AVAA 3ISNC 4UQGA 1SKRA 3AA3A 1JLBA 1RNHA 3NH2A 1TK8A 1TKXA 2HHXA 4CF2A 3L2QA 2BANA 1L3UA 4OLAA 1DTTA 1VSFA 3RRHA 1YVUA 1L3SA 2O4IA 2O4GA 4CIGA 1YTAA 3NE6A 2PY5A 4CJVA 3PX6A 4BDZA 3DRRA 3VQ9A 4M3ZA 3TANA 1TVRA 4RW8A 4KPYA 4E7HA 1RTJA 3SQ4A 3PX4A 1KLMA 2YNIA 4RG8A 4QAGA 4B9NA 4BDYA 1XWLA 2YNGA 3ZSOA 3NGZA 3TI0A 4C8LA 3HPOA 3RTVA 4DQRA 4PWDA 2GUIA 1JLCA 4HUGA 1CZ9A 3M8PA 3ZSYA 4F3TA 2EX3A 1LW2A 3SUQA 1HJRA 3D0PA 4CFBA 5HLFA 4CJWA 4CJQA 3VQ8A 3KK3A 3TAEA 2XY7A 3KD5E 3DI6A 1NJYA 4CJ5A 1JLQA 1QHTA 1K6YA 1WSEA 3OYMA 3LP3A 4DS5A 2PYLA 3K5LA 4KO0A 4OGEA 4EZ6A 3K2PA 4I2QA 4M41A 4CK3A 3DM2A 4E3SA 1FXXA 4DFJA 2G8IA 2D5RA 2RN2A 4DSFA 3ZSWA 2HB5A 4DTSA 1T05A 3NF6A 4CJRA 3MAQA 4N5SA 4FJIA 3LP2A 4DWIA 4KB0A 3SV3A 2Z1HA 1N6QA 1KTQA 4FLYA 1S1TA 4XIUA 1HNIA 4CGIA 3U6FA 4E0DA 4FJNA 1T8EA 5E41A 4CHQA 4BE0A 4C8KA 4GW6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ULEA 3TSPA 4IBNA 3ZT2A 3HOSA 1NK4A 2XRIA 1EO1A 4LFAK 1G99A 3A2FA 4XH4A 4GV6A 4JAXA 1T6DA 2JWKA 5KI6A 3K5NA 2UYTA 3K0SA 4PWDA 2YKMA 4J2EA 1UAXA 3O9TA 1HMVA 4MFBA 4JI8K 3IUCA 1SS6A 1T7PA 3G10A 4AM7A 3V9WA 4BACA 4OKKA 5KRSA 4FLUA 4C8NA 1NJXA 1T44A 1D5AA 1ZBFA 3VQ7A 4FJ5A 1RBSA 4BDPA 2ASMA 4CFDA 1RT7A 2F8TA 1QHAA 2IVPA 4KH5A 2NLXA 1KAXA 3SQ2A 1UWBA 3D2FA 4WCEL 4FM0A 3L2RA 1JCEA 3NH1A 3U9ZA 4DTJA 4DV1K 1HNWK 1HUXA 2E20A 3T1AA 3FLCO 3KLGA 3C6UA 4DU4A 1HRHA 3L3UA 2PZSA 2NRWA 1RDAA 2YHWA 3VEVA 2VG6A 4IDHA 3EE9A 5AQLA 4H8KA 3V9SA 1LWCA 2KZMA 1SZ2A 1KFSA 1G15A 1DGKN 4JKFA 3ZT3A 4HUEA 1ILYA 5CR4A 2D0CA 3RSEA 4DB3A 3MWPA 5HRRA 3OY9A 4Z94A 4RW9A 1IKYA 3DLEA 2P9KB 3HL8A 4MO5A 3CETA 1GLDG 2WC9A 1C1AA 4M3YA 2GX9A 3FZKA 3FZMA 3EE8A 4A61A 4DV5K 3DXKB 1N5YA 3CHWA 2ATQA 4X65K 1VQKN 3E1YA 1MWMA 3AO2A 3AAPA 3BP8A 5SWMA 3AAQA 5KQDA 4CHZA 3S3MA 3ZETA 1U2VB 4M42A 4H0XB 2I5JA 3KZBA 4ICLA 4IFVA 1F21A 3CJ9A 5KPRA 2E6LA 2HNZA 4FCYA 1NG9A 2HHUA 3AVNA 3TAGA 1IH7A 4EZ9A 3AVFA 5I9EB 3VA0A 2PBDA 3D6RA 3R6MA 4BR7A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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