1A5VA

Asv integrase core domain with hiv-1 integrase inhibitor y3 and mn cation
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of the catalytic domain of avian sarcoma virus integrase with a bound HIV-1 integrase-targeted inhibitor.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
molecule keywords INTEGRASE
total genus 51
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-02-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1a5vA00
2DFHA 4WE1A 4E19A 3OYFA 2HHQA 4CHNA 4BE2A 2HHUA 2HW3A 4Z4IA 4CJ3A 1WLJA 3OYGA 2FBYA 4O4GA 2P1JA 4LD0A 1SUQA 3T19A 3NGIA 1TL3A 2QKBA 4EZ9A 3NH2A 3VQEA 2QK9A 4CHZA 3NF8A 3WNGA 3THVA 1L3VA 2Y1IA 5C25A 1T05A 1SKSA 3L8BA 4N5SA 3OS0A 4FZZA 2YNFA 3KLGA 3ULDA 4Z0UA 1ZYQA 4DLGA 4G1QA 3LP0A 1NOYA 3T1AA 1LV5A 4CK1A 4FW1A 4DTOA 4Q0BA 4KI6A 4M45A 4K8XA 2HHSA 2G8HA 5D3GA 1KVAA 3C6TA 4FM2A 1VSLA 3HP6A 4FZYA 3ZSZA 1SV5A 1UWBA 3RMAA 5I42A 3HT3A 4FJNA 3OYKA 4PY5A 1C0UA 3AO1A 3I0RA 2OPQA 3KIOA 4AHVA 3OYAA 1VSHA 3VQBA 3LWLA 5J2NA 4DQIA 4CHPA 2Y1JA 4FXDA 1RBSA 4C8LA 4OJRA 4NYFA 3KLIA 4HUGA 2YKNA 5HBMA 4R5PA 3VQ8A 3G10A 2KQ2A 4XIUA 1GOAA 1RTDA 2HMIA 4Y1DA 5HRNA 4DTXA 4FLWA 4OPKA 1S1UA 1IKYA 4FCYA 3NF6A 3TWHA 2OPRA 4BWMA 2OYQA 3DLBA 1RBRA 2F96A 4CEZA 1UAXA 3TI0A 1ZBHA 1U49A 1U04A 4ELTA 2JLEA 1KTQA 4FJLA 1IKWA 2F8SA 3SQ2A 3MXJA 4B9LA 2P5OA 1TK8A 4KV8A 3CG7A 4PA1A 1LAVA 2ATQA 3SQ1A 4OKJA 1VSMA 1S1TA 3IS9A 4JRQA 1NK8A 4DTMA 4F2SA 1IKXA 1JL2A 2IAJA 1NJZA 2VWKA 3SCXA 1I39A 3ZSYA 4YFUA 4W5TA 5J2QA 3QNNA 2XY7A 4DWIA 3HM9A 1Y97A 1C1CA 3VQDA 2PZSA 4CJFA 2VG7A 3VQ4A 1IG9A 1JXEA 2HNZA 4QAGA 2KZZA 3OYJA 3V9ZA 1WNSA 2NUBA 4FJ8A 1A5XA 4M3XA 4KHWA 1RDBA 1S9EA 1ZBUA 3DOKA 1UA1A 1S9GA 4LSNA 1IKVA 3OVNA 3ZT3A 4CJVA 3LWMA 4CEOA 3O3FA 1RILA 4AHRA 4CJKA 1X9MA 2Z1GA 3S3OA 1QSLA 5HLFA 1LW0A 4E7LA 4RW7A 3MAQA 4B9NA 4F2RA 4B9VA 4FYDA 1RT4A 4DTUA 3I0SA 1L5UA 4W5RA 5CY4A 4CGDA 1Q9XA 1CZBA 3IAYA 4E1MA 4HCBA 3PV8A 1FKOA 4KTQA 3TR8A 4KHUA 4J2AA 3K5LA 5JS1A 4DTPA 2E6LA 3KK1A 1NJXA 4DSJA 1RDCA 2GBZA 3LALA 1D8YA 4N76A 4KB0A 1C0MA 4DQQA 4K8ZA 4IBNA 4AH9A 3K5NA 2IGIA 2XO7A 3LZIA 1J53A 1BIUA 4B9TA 1XHZA 2HHXA 4BDZA 2HVIA 2HHTA 3AV9A 1NK6A 3SV3A 4CK3A 4FM1A 3AO3A 3NDKA 3O4NA 4BE0A 3KD1E 1LWFA 1RDDA 4MFBA 4CIEA 2W42A 2O4IA 4EZ6A 2I5JA 1FXXA 2GUIA 4Z4HA 3NHGA 3LZJA 3PO4A 4KREA 1RT1A 3DRRA 1J9AA 1Q8IA 2HNYA 3AVFA 3C6UA 3SPYA 1RCHA 2ETJA 3HPGA 5CYMA 3ZT4A 4CGIA 3RR8A 3AVLA 4CF1A 2KTQA 4FVMA 3DYAA 1S6PA 1XC9A 1WSEA 2OPSA 1IH7A 3K5OA 5KI6A 4EP4A 1SKWA 3DLHA 4B9MA 4Z4FA 2G8UA 1TV6A 5KRTA 4W5NA 1NKEA 4O0IA 4FJKA 2RN2A 3LPUA 4DMNA 4UQGA 3ZT1A 4KKOA 3OYMA 4OGEA 4B3OA 3AVKA 3L3UA 4DTRA 3SUQA 3CFOA 3SUNA 4KB1A 4CF9A 1O1WA 4CEFA 1ZBIA 1WSFA 3HP9A 3LPTA 5FDLA 1LWEA 1U45A 4Z4GA 4J2EA 1VSFA 4HUEA 1F21A 3VN5A 2B4JA 1RNHA 1T7PA 4TSXA 1RBTA 1RTIA 3AVAA 3KTQA 3AO2A 3LP3A 4CJQA 1VSIA 1S5JA 2ZE2A 3ZSVA 3P83D 4CFCA 1Q9YA 4PUOA 4ZTFA 1TKZA 5DMRA 4M42A 2B6AA 1XWLA 2Z1HA 3ZCMA 4DU3A 2G8FA 1JLCA 4O55A 3V6DA 3NE6A 3SUOA 3HXMA 3HO1A 3OYHA 2ITGA 3L3VA 3TAMA 4KI4A 4CGFA 3MECA 3HSTB 3ZT0A 4CGGA 1B9FA 3V81A 3SYZA 3O3HA 1S6QA 4JRPA 5FRMA 3RR7A 3U3GA 4GMJB 1W9HA 3NBPA 1NOZA 3LP1A 4E7HA 3V4IA 3AO4A 3HPHA 4DSKA 3HVTA 3L2WA 4FLYA 1BI4A 4M3TA 1NK7A 4DQSA 3AA3A 3K59A 4ID1A 1XHXA 5EU7A 4CJSA 2X6NA 2E6MA 4CESA 3PY8A 1KVCA 5SZTA 2YV0X 4KFBA 4CEBA 4KO0A 3ZSXA 4FLTA 4KAZA 4E89A 3ASMA 3MXMA 4E3SA 2RF2A 3MEEA 1S1XA 1KCFA 1KLMA 4I2PA 4M3YA 4W5QA 3M8QA 2X74A 2D0BA 3AVBA 1N6QA 4EP5A 4F8RA 4ICLA 5HRSA 1GOBA 3H08A 1HRHA 3AVHA 3PX6A 2X6SA 4H8KA 4CGHA 2VWJA 3WNEA 4L8RB 4CF8A 1WSIA 1S1WA 3ITHA 4FJJA 4FJGA 3V9XA 4FW2A 4FLVA 2KFZA 2BE2A 3OY9A 5C24A 4E7IA 1C1AA 2P5GA 4DU1A 3QEPA 3VQ7A 1TL1A 4FM0A 1JLQA 1JL1A 4RW8A 3M8PA 4NCAA 2OA8A 3SZ2A 4B9UA 1BQNA 5HP1A 4DFJA 1TAUA 4F3OA 3VQPA 4CJRA 3TAEA 4DQPA 3HJFA 2HVHA 1KRPA 3VQQA 3OJSA 1NK0A 4FJ9A 1GOCA 3QEIA 2A1SA 2Z1IA 1U4BA 1MU2A 2X78A 4CF2A 4BACA 3VQCA 3WNFA 4DSEA 1ZBLA 4FLXA 2IC3A 4LY7A 3NH0A 3ALYA 4ELVA 3DLRA 4H4OA 1NJWA 4F3TA 4LH5A 3VQ6A 4KHQA 1HNIA 4N47A 2FC0A 1VK0A 3V1OA 4N41A 3WNHA 3V1RA 3CQ8A 4NCGA 4HCCA 1QS4A 1HPZA 1NKBA 5J2PA 1HYSA 3LANA 2RPIA 3KJVA 1SL1A 1ASVA 4LSLA 3QETA 4IFYA 2D0CA 4CE9A 2YHBA 1D9DA 5KRSA 3K5MA 3DM2A 1BCMA 4OLBA 1EKEA 1CXUA 1Z25A 4CIGA 2QXFA 1JLBA 4FJIA 4Z4EA 1TVRA 3LAKA 4H4MA 1FKPA 1DTTA 1RTHA 1CXQA 2FBXA 3ISNC 3VQ9A 1YT3A 3AVCA 3ZSOA 5I3UA 4DLEA 1X9WA 4PQUA 4AHTA 3QESA 4KTWA 4Y1CA 4BDYA 4CK2A 1HNVA 2XRIA 4JS5A 1BGXT 4CIFA 1U47A 1HJRA 1RT6A 4QOZB 4NYNA 1JXBA 1YTAA 3SI6A 1RT5A 3SQ4A 1QTMA 3B6PA 1DLOA 3KLFA 4C8OA 1RBVA 4CJWA 1REVA 3OYCA 3VQAA 3KK3A 3L2RA 4J2BA 1QQCA 3AVMA 4BWJA 4CERA 3RMBA 2PY5A 2WONA 4CEEA 4FJ7A 3DI6A 4PWDA 1NK9A 3BDPA 1VSKA 1TAQA 2VG5A 3K2PA 4ID5A 4I9LA 1ASWA 3OYNA 2YHAA 3K58A 3PUFA 2IS3A 3PO5A 4F4KA 4C8KA 1U48A 3C94A 4BE1A 2O4GA 1HQEA 1KFDA 5KTQA 3QIPA 3T3FA 4AHUA 3PX4A 5KGWA 1JLFA 4W5OA 3U3YA 2XY5A 3ZSRA 1TK5A 1RTJA 2YNHA 1NKCA 1TKDA 4QCLA 4DFMA 3TAFA 1JLGA 3DRPA 2BGGA 3KKRA 4BDPA 3HVRA 4CEAA 5HRRA 2YNIA 2ZQBA 1W0HA 2P51A 3OYIA 1KFSA 4M3ZA 5CYQA 4GVMA 2G8WA 2ZD1A 2Q3SA 3DLKA 1L3TA 4RW9A 1L3UA 3SQ0A 3RRHA 4ZHRA 3L2VA 4B8AB 4FK4A 3KLEA 4AHSA 1HMVA 2E4LA 3VA0A 2LSNA 4CFAA 4IDKA 3LDSA 1A5WA 4DSFA 4RW4A 5SWMA 2G8IA 4HHTA 3L2QA 3SNNA 4MQ3A 3SUPA 2FBVA 4CHYA 4KTZA 4FJ5A 4M3WA 3OYLA 3AVIA 3AA4A 3NAEA 2PYLA 1L3SA 1S1VA 1KSPA 4E7JA 1A5VA 3TAQA 4CF0A 2A1RA 2OZSA 3ZSQA 4FK0A 3F9KA 2GV9A 1I3AA 4OVLA 4CJUA 4DQRA 3DOLA 3AVGA 4CFBA 3S3NA 1IO2A 2BANA 2D0AA 3ZT2A 4E1NA 3PX0A 4DTSA 3QERA 1XI1A 4Q5VA 3OS1A 3RMCA 2AJQA 2KW4A 1K6YA 4O44A 5CZ1A 1YVUA 4CJ5A 5K14A 3RRGA 2XY8A 2D5RA 3JSMA 2EHGA 3U6FA 2PYJA 4CHOA 1BCOA 1NK4A 3CFPA 1SL0A 3TAGA 4O5BA 1VRUA 4OPJA 4CGJA 3JYTA 3HK2A 2IOCA 3MEDA 3QLHA 4E7KA 5HRPA 3D0PA 4DFKA 3P1GA 5C42A 2JGUA 3DMJA 1C0TA 4C8MA 1BI4B 3NF9A 4DF8A 4I9QA 2KZMA 3I8DA 3VA3A 3E01A 4GW6A 2HB5A 4YNQA 1WAJA 4IG3A 1T8EA 5E41A 2G8KA 1TKXA 3AVJA 1VSEA 2EX3A 4HTUA 1X9SA 5J2MA 1HYVA 1QHTA 1WSJA 3MEGA 1B92A 3KD5E 1FK9A 4NCBA 1CLQA 3V9UA 5FRNA 2DY4A 4DG1A 3LAMA 1VSJA 3LP2A 4DS5A 1BL3A 3RWUA 2KFNA 1JLEA 4KPYA 4O0JA 3NCIA 3VQ5A 2XHBA 3SJJA 1QSYA 1RT7A 1EXQA 4HUFA 3OS2A 3QEWA 1KLNA 1D9FA 4OLAA 3AA2A 4CJPA 1EP4A 1SKRA 2HHWA 1TGOA 3NFAA 1X1PA 4RW6A 3V9WA 2DFEA 3QINA 4JS4A 2YNGA 3S9HA 4KHSA 1ZBFA 3A2FA 1LAWA 4J2DA 3BGRA 3DRSA 2HNDA 4DF4A 3NGYA 1UOCA 1CZ9A 1WSGA 5DK5A 4FJXA 3IG1A 1SL2A 5CZ2A 1LWCA 4IFVA 2F8TA 3ZSWA 4KRFA 3HL8A 1HQUA 2IDOA 4OKKA 4Z4CA 3TABA 2OZMA 4FJHA 1VSDA 4CFDA 2DTUA 4OKEA 2FBTA 1RDAA 2VG6A 3QIOA 3EY1A 1NJYA 1J54A 3NGZA 2YKMA 3S3MA 1ASUA 1VRTA 4CJ4A 3CM5A 1KVBA 2B5JA 3OYDA 4DS4A 1R0AA 2BDPA 1C1BA 4N56A 3HYFA 3UIQA 1Z26A 1EETA 5FROA 1TK0A 3OJUA 3TANA 4B9SA 3K57A 4DFPA 3L2UA 3KLHA 2QKKA 3AO5A 2XY6A 4LH4A 3SPZA 3NF7A 3OYBA 3M8RA 4KHYA 1JLAA 1T03A 5JS2A 1HYZA 1RT3A 3HPOA 1UA0A 1EX4A 2G8VA 4CHQA 3IRXA 3KKSA 1BIZA 1JKHA 3TARA 1NK5A 1J5OA 1WAFA 3QNOA 4M3UA 1B9DA 4HVJA 1DTQA 5HROA 3TAPA 1D5AA 1RBUA 3DLGA 1N5YA 1QSSA 3EZ5A 5J1EA 3CFRA 4C8NA 1LW2A 3V9SA 4CCHA 4FLUA 3DLEA 3G0ZA 4M41A 3NH1A 4DTJA 3CM6A 4FZXC 3QEVA 4DTNA 4CECA 4FK2A 4I7FA 3FFIA 4B8CA 3RTVA 4I2QA 1G15A 4CJEA 1TKTA 1WN7A 1RT2A 4AHCA 2RKIA 4CJLA 4FJMA 1WSHA 3D45A 2OPPA 3EYZA 4DU4A 3P5JA 2HHVA 3QEXA 4CEDA 1BHLA 4B08A 5KGXA 3C95A 4RG8A 4IKFA 4E0DA 1ITGA 3QO9A 4OGCA 3RMDA 3MXIA 1QE1A 3M8SA 4DSLA 2DFFA 3O3GA 4AILC 3B6OA 1BQMA 2Z1JA 4JLHA 3V1QA 3KK2A 3OYEA 3SV4A 4CEQA 2R7YA 4CJTA 2WOMA 1C6VA 3F73A 3O4QA 4ZTJA 5T7BA 3AVNA 4KHNA 4M3RA 4FLZA 3AA5X 1YTUA 3CYMA 4IG0A 4DSIA 1BISA 4ELUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WE1A 1EWQA 2HW3A 2W6KA 4H5RA 4Z4IA 1WLJA 4O4GA 4LD0A 1T3VA 4RTFD 2QKBA 3CCLN 4AM6A 1VHXA 4B1YB 3WNGA 2UXCK 2FSJA 4YOWA 3ZLJA 3OS0A 4BREA 5AQHA 1WBDA 3UKRA 4DLGA 4DTOA 4M45A 4K8XA 5D3GA 4FM2A 2YJEA 1UWBA 5I42A 3OYKA 1HNZK 4PY5A 3I0RA 3OYAA 1T6DA 4FVUA 4OJRA 2FSKA 2OTJN 2P9UA 2P9SB 4XIUA 2HMIA 2O8BB 4OPKA 5H1SQ 3NF6A 4FCYA 2E5LK 4FWLA 2BUPA 2F96A 1UAXA 1ZBHA 2F8SA 1TK8A 2ATQA 2VGNA 4JRQA 4F2SA 1IKXA 1JL2A 4YFUA 3QNNA 3VQDA 1Y97A 2PZSA 3C65A 3LDOA 4CJFA 1JXEA 3AGKA 3OYJA 2NRWA 3GE1A 1VQ8N 1UA1A 4JD2A 4LSNA 3LWMA 3CCMN 3N4PA 1QSLA 1LW0A 5GIOA 5AQJA 3CHWA 4F2RA 2E2QA 4B9VA 4DTUA 5BRFA 5CY4A 4BRQA 1CZBA 3IAYA 1NGCA 3PV8A 5C10A 4JI4K 3TR8A 5GAGP 4J2AA 3K5LA 2QW9A 4N76A 4KB0A 1C0MA 1IJJA 4AH9A 3K5NA 4LF5K 3LZIA 1J53A 4GV6A 3R3LA 3R9PA 4BDZA 3D7EO 2V52B 1NK6A 4CK3A 4B3TK 1RDDA 2W42A 4CZJA 2GUIA 1TYQA 4Z4HA 3PO4A 5KQDA 1DT9A 3MN5A 2G8VA 3MX5A 1FW6A 3HPGA 1E4GT 3AVLA 4IFEA 4K25A 3SMSA 2KTQA 3DYAA 1KXPA 4ILJA 1XC9A 1WSEA 3DAWA 4EP4A 4B9MA 3W3DA 2G8UA 1TV6A 2V7ZA 1HJOA 2RN2A 1KAXA 4KKOA 1E3MA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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