5JMVA

Crystal structure of mjkae1-pfupcc1 complex
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
328
structure length
323
Chain Sequence
MDPMICLGLEGTAEKTGVGIVTSDGEVLFNKTIMYKPNPREAADHHAETFPKLIKEAFEVVDKNEIDLIAFSQGPGLGPSLRVTATVARTLSLTLKKPIIGVNHCIAHIEIGKLTTEAEDPLTLYVSGGNTQVIAYVSKKYRVFGETLDIAVGNCLDQFARYVNLPHPGGPYIEELARKGKKLVDLPYTVKGMDIAFSGLLTAAMRAYDAGERLEDICYSLQEYAFSMLTEITERALAHTNKGEVMLVGGVAANNRLREMLKAMCEGQNVDFYVPPKEFCGDNGAMIAWLGLLMHKNGRWMSLDETKIIPNYRTDMVEVNWIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosyn
publication title Structural and functional characterization of KEOPS dimerization by Pcc1 and its role in t6A biosynthesis.
pubmed doi rcsb
source organism Methanocaldococcus jannaschii (strain atcc 43067 / dsm 2661 / jal-1 / jcm 10045
molecule tags Transferase
total genus 105
structure length 323
sequence length 328
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2016-04-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jmvA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jmvA01
1SAZA 4B9QA 2QWRA 1BDGA 1GLFO 2ZF5O 3GDQA 3ZETB 4NO7A 1HUXA 4E1JA 3U9DA 4BGBA 5KQDA 2P9SA 4B1VA 3ENHA 1NGJA 4FWOA 5KPZA 3DAWA 4ISGA 3HBTA 1RDWX 4JHDA 3VESA 1T6DA 4DQ8A 3ZEUB 3KZBA 1Y64A 3TU5A 3GE1A 3EL2A 3IFRA 1MDUB 4BR4A 5ADXH 4I6MA 1HLUA 3HSCA 4L3QA 4BRFA 5AQYA 4CZMA 3CI5A 3EKSA 3B8AX 3FE1A 3UKUB 4CZHA 1NGGA 3G25A 2P9LA 4A62A 5E84A 1NGCA 2F9WA 3WT0A 4BQLA 4CZIA 3JS6A 3R8EA 2NZTA 2KHOA 3A5MC 1RGIA 4IZ9A 4H5VA 3QFPA 3L4IA 2FXUA 3MMVA 2FF6A 3CJ1A 2GTDA 3QB0A 3ATVA 4ISFA 4IO8A 5FPNA 4BR0A 4CBWA 4BRLA 5FPEA 3WEEB 4BC2A 5JLFA 3A5OC 4FWLA 1WOQA 4O8KA 2QWNA 5KPTA 3D2EB 3ATUA 4FWMA 1TYQB 4JD2A 5AQHA 4YDUA 1NMDA 1GLDG 4H0OA 3MCPA 3ZX2A 4PKGA 4C23A 1IG8A 1TUUA 5F1XA 2YJFA 4F9OA 3ZETA 4DHYA 4FWPA 2VYPA 4WQ4C 3EKUA 4BRAA 4BROA 1V4TA 1QQNA 2AA4A 2YJEA 3FR0A 3VEZA 3ZEUA 4AM6A 5EY4A 4FPAA 3J8AA 4RCHA 1U6ZA 2P9IB 4A2AA 2BTFA 3LM9A 4BRMA 1C0GA 2D1KA 3C7NB 4J8FA 1KXPA 2FSJA 2E2OA 2Q2RA 3QBXA 3R9PA 2CGJA 4WQ5C 5AQZA 3CJAA 3HM8A 2I7NA 4CZEA 1QZ6A 3D2FA 4H5TA 4BQZA 4FSVA 1MWMA 3AY9A 4H03B 3WEEA 2YI1A 4XEIA 4O5FA 2E8AA 1LCUA 3VENA 4DCHA 5F2RA 3KHYA 5I9EB 3A0IX 2FSKA 1NLVA 3CERA 1K8KB 1E4FT 3LDOA 4ISEA 3H3OB 2PBDA 3VETA 2P9NB 2CH6A 4CBXA 1HKBA 3O8MA 1V4SA 2GWKA 1BU6O 3SK3A 1T6CA 4GNIA 1NWKA 1DKGD 4CD1A 3F9MA 2W40A 2F9TA 1TUYA 3QICA 5AQGA 3O08A 2J4RA 3S41A 1CZAN 3GBTA 4BRDA 3MN6A 1KAZA 3WXJA 5FPMA 3P4IA 3I33A 5ELZA 3DXMA 4IXCA 2GEMA 3O4WA 1U2VA 3C7NA 1DEJA 2A40A 5TKYA 3FLCO 4WYBA 4BC5A 2IVPA 2ASPA 2V7YA 4K41A 3HTVA 1JCEA 4LC9B 2HF4A 1HKGA 3ULEA 4MO5A 3VPZA 1YUWA 5JMVA 4QS9A 3AAQA 3A5LC 2V7ZA 2Q31A 4CZGA 3WUHA 1QQOA 5BPLA 2PAVA 3AARA 1HJOA 4QS8A 4B1UB 4EAHD 3BF1A 1NGDA 4FWSA 4PKIA 4BGAA 4JNEA 1NGHA 3IDHA 5AQQA 1GLCG 1SQKA 5AZIA 3UKRB 3FZFA 2YHYA 1LOTB 4M63C 4NB4A 5AZJB 1K8KA 1KAYA 1C0FA 1ATSA 1MA9B 2GELA 4BC4A 4BRKA 1WUAA 3FGUA 2QWQA 4M7YA 2ASMA 1X3MA 3M3ZA 5BN8A 5F0XA 4RWTA 4CZFA 2YCHA 1X9JA 3FZMA 3H1QA 3O80A 2EWSA 4BRCA 4A2BA 2FSNA 3W3DA 3VF4A 1QQMA 1NGEA 2VCPA 4BR9A 4BREA 4CZLA 4BC3A 3H1VX 5CE3A 2QWMA 3U8XA 5BR9A 5EOYA 3VEYA 3DXKB 3LDQA 3WXLA 2V52B 3MDQA 3SMPA 3H3NO 4GY2B 2D0OA 4QS7A 2P9PB 1H1VA 1E4GT 3HI0A 5KPRA 3GL1A 4IWVA 4JAXA 2IIRA 3RSEB 4BRIA 2QW9A 4MO4A 4FWKA 3LL3A 3VEOA 2P9KB 3MN9A 3CHWA 2HMPA 5BPNA 4M7XA 4RTFD 1X3NA 2YHXA 1GLJO 1NBWA 5AQTA 3HZ6A 4FWRA 3FZKA 3O1WA 4B1WB 2E2PA 1BO5O 4PKHA 3O1BA 3CQYA 3UKUA 4CD3A 2Q0RA 4H0PA 3U9ZA 5AZJA 2D0PA 3WXIA 2AP1A 5FPDA 2E2NA 4XH5A 4BG9A 4BRNA 2D4WA 1Q18A 3LDLA 4EHTA 4FPBA 3EZWA 1BOTO 3LDNA 3CQXA 1GLLO 1BA1A 3BUZB 2NLXA 3BF3A 3WQUA 3D2EA 1TYQA 1BWFO 1P8ZA 5EVZA 3VF2A 3ZX0A 4B1XB 3VEXA 3CJ9A 2P9SB 3GG4A 4PL7A 4BRHA 4JHDB 3SJHA 3CJ7A 2QXLA 3KVGA 5BREA 4CZKA 3LDPA 4A61A 1HPMA 3ZX3A 4H0XB 5EX5A 4B1ZA 4Z94A 3D7EO 2OANA 2ZGZA 3FZLA 1RFQA 2DPNA 3WXKA 1ATRA 4WQ4A 3UE5A 2E1YA 4AM7A 2P9IA 5ADXA 4EIAA 1QHAA 2P9LB 5AQVA 3H45C 5B8HA 1BA0A 2E2QA 4FO0A 2ZWHA 1HKCA 2Q1NA 1YXQA 3TPQA 4JN4A 2I7PA 3SLCA 3WQTA 1XUPO 1NGIA 4YDUC 4PL8A 2E20A 1Z05A 5BPMA 2P9UB 3MN7A 1JCFA 2YHWA 3AAPA 2BUPA 2WUSA 2ZGYA 4MLEA 4WQ5A 1MWKA 1S3XA 2GWJA 2A41A 4K43A 5BN9A 3QDKA 2QWPA 5AQRA 5E26A 1ZXOA 1BUPA 1IJJA 5AQOA 5BRHA 3IMXA 5AQIA 1J6ZA 2P9NA 3BEXA 5AQNA 1NGBA 4CI6A 3LM2A 3O5BA 3VGKA 2CGKA 1GLBG 1R59O 1OKJA 2QWOA 3CIPA 2CGLA 3A8YA 4HTLA 3M1FA 1ATNA 3L6QA 4BR2A 5AFUA 3BP8A 5AQFA 2ITMA 4BR5A 1EQYA 2QWLA 2GUPA 5AQKA 4K25A 4BRPA 3D2FB 5AQSA 1XC3A 3VERA 5LY3A 3M6GA 4FWNA 4KBOA 4B1YB 1NGFA 1ESVA 3GOIA 3OHRA 3H6EA 1NGAA 2P9UA 3L0QA 3O6WA 5AQLA 5EXWA 3VGLA 4H0YB 4DB3A 4EFHA 2QM1A 3VGMA 2H3GX 3QMLA 3MN5A 2ASOA 3DWLA 2A6AA 4MLHA 4H0VB 1Z6RA 4IJAA 4BVOA 2V51B 4XH4A 1ZC6A 3VOVA 2A42A 5KQ8A 3UKRA 4FOIA 2E1ZA 2IVNA 3QFUA 1DGKN 3ID8A 5AQJA 1KAXA 4IJNA 4BVPA 3I8BA 3CETA 3VEWA 2Q0UA 4HWIA 5BRFA 1ZBSA 1SZ2A 5AQUA 5AFUH 1GLEG 3FFKB 3C0BA 3DXMB 5AR0A 1U2VB 5LJVA 2A5XA 2VWBA 4BG8A 2A3ZA 4FL9A 4BRGA 5JLHA 4CJ7A 5AQMA 3MK6A 1GLAG 2HOEA 3CJBA 4EHUA 1G99A 3DXKA 3ULEB 1JCGA 2NRHA 4H5NA 1YVNA 2P9PA 3U4LA 5BRDA 5JICA 1QZ5A 4H5RA 5AQXA 3JXUA 3RSEA 4I6MB 3FZHA 5LJWA 2P9KA 4FWQA 2W41A 1S22A 3CJCA 4FOEA 1XQSC 2UYTA 3EN9A 5AQWA 2HF3A 2Q97A 4K42A 2FF3B 3ENOA 2CH5A 1BG3A 1D4XA 3VF6A 5AZIB 1NM1A 2Q36A 1YAGA 3VEVA 4H5WA 2FLOA 2IVOA 2E88A 4BR7A 3UB5A 1T44A 4XH1A 3R6MA 4CZJA 4Y0WA 1HX1A 3A5NC 3EO3A 4H0TB 3W0LA 5AQPA 3SMSA 3IUCA 4JD2B 3H46O 3QBWA 4BRQA 4CBUA 3DJCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QCLA 3THXB 1HQEA 1SAZA 3C6TA 5M1QA 4B9QA 3DLKA 4B9NA 2R7YA 1VSMA 2YNIA 4BGBA 4IFEA 3ENHA 4E1NA 4FM0A 1C0TA 4AHRA 4X65K 3THYA 3VESA 4FJIA 3TU5A 3GE1A 4CF1A 4IG0A 2AJQA 1MDUB 4LSNA 5ADXH 3KWGA 1WSHA 4HTUA 4BRFA 4CZMA 4KTZA 1VSEA 1VQ9N 3VA0A 3AVBA 3T1AA 2XY5A 2P9LA 3OTOK 1KVCA 4Z4IA 4KH6A 2KHOA 4H5VA 3QFPA 4KB1A 3L4IA 1VQNN 5FPNA 2FF6A 4ISFA 4JV5K 3SV4A 2HSTA 1N33K 1KVBA 1C0UA 1BI4B 3A5OC 3DLGA 4HUEA 3NGZA 2D0CA 4O8KA 4K8ZA 5KPTA 3LP0A 3D2EB 1ITGA 1TYQB 1RCHA 1BL3A 1NMDA 2JLEA 1NMNA 1D5AA 2PYLA 3ZT0A 4IG3A 4PKGA 4JKHA 4DLGA 3DI6A 4F9OA 4YOYA 3ZETA 4U7BA 3S3NA 4DHYA 1JL2A 2OA8A 4F4KA 3KLIA 4PY5A 4BRAA 3SYZA 1DT9A 2AA4A 3VEZA 4IOXA 4I7FA 4CHPA 3NF7A 1S1WA 4FK0A 1U6ZA 1DTQA 4KHWA 3P1GA 3AVJA 4BRMA 5M1FA 2QK9A 4CHNA 3C7NB 4DFJA 3WNFA 4N41A 3ZSRA 3SNNA 4Y1DA 2Q2RA 3QBXA 3B6OA 2WFBA 3IAYA 2CGJA 4IDHA 2GX9A 2I7NA 1EP4A 4Y1CA 4A5AA 4CZEA 3V4IA 1QZ6A 4H5TA 3OYGA 5SZTA 4LF6K 3MX2A 3WEEA 5LMUK 1F21A 4O5FA 4M3RA 3F9KA 3VENA 1OH8A 4KH4A 3ZT1A 3P31A 1RT5A 4U67L 1U48A 2P9NB 3P5JA 3O8MA 3VA3A 2GWKA 1BU6O 2ZM6K 4LSLA 3QEWA 1SL1A 1DKGD 4CD1A 4ILJA 3C95A 1KAZA 3WXJA 4FK2A 4YORA 3P4IA 3I33A 4E0DA 1P90A 3DXMA 3BGRA 2GEMA 3O4WA 5TKYA 3OYAA 4M3UA 3FLCO 2O8DA 4BC5A 3NH1A 4Q0BA 3I0SA 1REVA 2HHSA 3F73A 3NAEA 1IBKK 3HTVA 2HBLA 1JCEA 3AO3A 1HKGA 4N47A 4FJ5A 5JMVA 3AAQA 3DYAA 1IG9A 2WOMA 2V7ZA 3AV9A 2Q31A 1IKVA 1JL1A 4IBNA 4CZGA 1LW2A 2PAVA 3PSIA 4QS8A 1QHTA 4EAHD 3AO4A 3BF1A 2G8UA 1NGDA 1EXQA 1NGHA 5AQQA 4B3TK 2YKNA 3IKMA 3SQ0A 1WAFA 4M63C 4C8MA 4DFPA 4NB4A 5AZJB 1K8KA 4FJJA 1ATSA 5FLXO 5SWMA 5HRSA 1WUAA 3FGUA 2QWQA 4CGFA 4AHTA 3NH2A 5HLFA 2KFNA 2YCHA 3K5MA 2NNWA 2Z1IA 2FSNA 4M3XA 4M3TA 4I9QA 4CZLA 4BC3A 3H1VX 2QWMA 1B92A 5BR9A 3THXA 4FVUA 2O8BB 3LDQA 1VHXA 3HP9A 2WC9A 3MDQA 2QTDA 3H3NO 1KCFA 2D0OA 3RVCA 4DTXA 1LWFA 1C0MA 2QW9A 4MO4A 3T1HK 4FWKA 3VEOA 4LF7K 1IKYA 5BPNA 3RMAA 2PYJA 3A2FA 4YOUA 2KFZA 1UWBA 3HZ6A 1E3MA 3RMCA 3FZKA 4CEBA 5CYMA 4M3ZA 3EY1A 5KI6A 4FW1A 1ZBIA 4DTPA 4GV6A 4NCAA 1RTHA 2W6LA 2VGNA 3G0ZA 3U9ZA 3K5OA 4KI6A 1FKOA 4WFAL 1ZBUA 2P5GA 4BG9A 3OBYA 1S9GA 4B9VA 1OH6A 4FPBA 1LW0A 1BA1A 1Q8IA 4Z4HA 4JKFA 4Z4GA 3D2EA 4FW2A 2YHBA 1TYQA 1XHXA 3VEXA 3CJ9A 2YNFA 3GG4A 3SAHA 4JHDB 3SPZA 3CM6A 1FK9A 3CJ7A 3KVGA 4JI2K 4ILHA 1Y97A 3ASMA 3LDPA 5IT9O 1HPMA 1YT3A 1IV0A 4H0XB 2OYQA 4JI4K 4CVNE 2ZGZA 2DPNA 3PSFA 4X64K 3L4QA 2E1YA 3LWMA 4FJ7A 4OPJA 1IKWA 1CXUA 2NRWA 1L3SA 1NJXA 4FO0A 3AA2A 2ZWHA 2ZQBA 1VSJA 1HNVA 4CEZA 1NGIA 3VQ5A 2E20A 3L2UA 1JCFA 1WNSA 4H8KA 4C8NA 3SPYA 3CXCM 4CK2A 1VRUA 4K43A 4ZHRA 1IJJA 2P1JA 1VSKA 5AQOA 1NKCA 4JS4A 4MDBA 1R0AA 4QOZB 2P9NA 2OPRA 4DG1A 2F96A 1RBVA 4CGJA 2QWOA 3PIOL 2O8FA 4CF0A 5DK5A 4BR2A 4OGEA 5AQFA 3MXMA 2ITMA 1SKRA 4O4GA 3V9ZA 1EQYA 3ENBA 2QWLA 2GUPA 2VG7A 3ITHA 3O9RA 1DLOA 5AQKA 1RNHA 3HYFA 4BRPA 5CYQA 4DTNA 3VERA 4KBOA 4B1YB 1NGFA 4DFMA 3GOIA 4CJKA 1RDAA 5AQLA 3MWPA 4B9SA 4DB3A 4XIUA 3KWIA 4LFCK 3QMLA 3MN5A 4Z0UA 5GAEP 2Z1JA 3DWLA 2KKZA 1Z6RA 4IJAA 3BZCA 1RT4A 3C94A 4W5QA 4FOIA 2GUIA 4CEEA 1DGKN 1EWQA 3AVGA 4DSFA 3I8BA 3N4PA 5IWAK 5AQUA 1RT1A 3MAQA 1DTTA 1JXEA 3C0BA 1FW6A 5AR0A 1KSPA 3OS1A 1RT2A 1W97L 3U6FA 5JLHA 5LMNK 3MK6A 3OJSA 4WFBL 2XRIA 3THYB 1YVNA 4KTQA 2KQ2A 2UXDK 4C1NI 3CPEA 5M1NA 5LJWA 3H08A 3PX4A 3CCQN 4CJUA 1S22A 4FJXA 2HF3A 2Q97A 1RTJA 1KQSM 5AZIB 3NFAA 2IVOA 2E88A 3NH0A 4CF8A 2IS3A 2OTLN 1T44A 3VQ8A 1EKEA 4CEFA 3VQBA 4EZ9A 4FM2A 3SJJA 3LZIA 4H0TB 5AQPA 3L2RA 5BR8K 4C8OA 1RDBA 4CJ3A 3QBWA 4R79A 2QA4N 1L3UA 1YF5L 1LAVA 4R5PA 2VG5A 2JWKA 3AVKA 1RDDA 2QWRA 1BDGA 4JS5A 1GLFO 2ZF5O 4WE1A 1HNIA 3ZETB 4NO7A 4E1JA 3QEXA 5KQDA 2PFUA 3RWUA 4CFDA 4ISGA 4JHDA 1T6DA 3J81O 4RW9A 2ZJRL 2WONA 4E19A 2DY4A 4CJEA 3EL2A 3IFRA 4BR4A 1L3TA 2Q3SA 2G8VA 4IFYA 1K8AO 4YOVA 4W5OA 3QEPA 3G6EN 3EKSA 3B8AX 3FE1A 2HHXA 4YNQA 3CFPA 4A62A 5E84A 3OYJA 2F9WA 2HVIA 5MLCQ 4BQLA 3PIPL 3ZSZA 1EWRA 4FZYA 3A5MC 3OS0A 3MMVA 4CBWA 3SV3A 4BRLA 1EETA 2P51A 3WEEB 3SUOA 4V19S 5JLFA 3V6DA 3CCSN 3LAMA 4JD2A 2DFHA 4EP4A 4EP5A 2XY8A 5AQHA 4YDUA 4RW6A 4M42A 3SAFA 4CESA 3ZSQA 3E66A 3MCPA 4IEEA 1IG8A 2KZZA 5F1XA 3SBGA 3MXIA 1NU0A 2HHQA 4BDPA 1NKEA 1V4TA 1QQNA 4AM6A 3M8QA 1VQON 4FPAA 3F2KA 2P9IB 4A2AA 3OY9A 4CGGA 2BTFA 1C0GA 4F2SA 3HXMA 3G10A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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