5JMVA

Crystal structure of mjkae1-pfupcc1 complex
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
328
structure length
323
Chain Sequence
MDPMICLGLEGTAEKTGVGIVTSDGEVLFNKTIMYKPNPREAADHHAETFPKLIKEAFEVVDKNEIDLIAFSQGPGLGPSLRVTATVARTLSLTLKKPIIGVNHCIAHIEIGKLTTEAEDPLTLYVSGGNTQVIAYVSKKYRVFGETLDIAVGNCLDQFARYVNLPHPGGPYIEELARKGKKLVDLPYTVKGMDIAFSGLLTAAMRAYDAGERLEDICYSLQEYAFSMLTEITERALAHTNKGEVMLVGGVAANNRLREMLKAMCEGQNVDFYVPPKEFCGDNGAMIAWLGLLMHKNGRWMSLDETKIIPNYRTDMVEVNWIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosyn
publication title Structural and functional characterization of KEOPS dimerization by Pcc1 and its role in t6A biosynthesis.
pubmed doi rcsb
source organism Methanocaldococcus jannaschii (strain atcc 43067 / dsm 2661 / jal-1 / jcm 10045
molecule tags Transferase
total genus 105
structure length 323
sequence length 328
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2016-04-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jmvA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jmvA01
3W3DA 2QW9A 3EL2A 1Z05A 3HTVA 3ULEA 1ATNA 3D7EO 2P9PA 3O5BA 3WQTA 2IVPA 3GL1A 4ISGA 1KAZA 4BRLA 4QS9A 1MWKA 1NGBA 1ESVA 4CZKA 3RSEB 4WQ5C 1NGCA 2VCPA 2CGJA 5I9EB 4BR0A 4CZEA 2A42A 4WQ5A 5EOYA 5AQYA 4FO0A 5AFUA 4FWQA 3WXKA 3QB0A 4CZGA 4K41A 5ADXA 3O1BA 3SMSA 3ID8A 4XH5A 3MN5A 3CJ9A 2ZGYA 3P4IA 5FPDA 2V7ZA 4B1VA 4B1UB 1XQSC 2A6AA 1GLLO 3DAWA 1ZC6A 4RTFD 2FF6A 5KPRA 1C0GA 3VF6A 1TUUA 2P9UA 1NGEA 3DXKA 3MDQA 4IJNA 3M1FA 4HWIA 1TYQB 3LL3A 3GG4A 4MLEA 4A61A 2ZWHA 3EO3A 3CI5A 4BRQA 3L6QA 3O6WA 3DWLA 3FZFA 4ISEA 4MO5A 2AA4A 3LDNA 1QQOA 1NBWA 3LM9A 4CZFA 3SJHA 4B1XB 4BVPA 1BO5O 3VPZA 1NMDA 1Y64A 3TU5A 3SLCA 4IJAA 4QS8A 1GLBG 3HM8A 1BA1A 5KQDA 5KQ8A 1ATRA 3IDHA 4FOEA 5E26A 3R8EA 3MN7A 2E2QA 2FSJA 1KXPA 1HPMA 2D1KA 3WXJA 3EZWA 1TUYA 1QZ6A 1U2VB 2QWRA 2D0OA 4J8FA 4BR7A 1JCFA 3IUCA 2OANA 2A40A 3SK3A 2Q1NA 4EFHA 2BUPA 1T44A 5FPMA 2YJEA 5AQIA 3R6MA 5AQNA 2E2NA 5EX5A 3DXMB 4FWMA 3VOVA 4I6MA 5AQMA 5BN8A 3WUHA 4A2AA 3AAQA 3BEXA 1MWMA 4XEIA 2GUPA 1BA0A 4B1WB 1ZBSA 3CQYA 4MO4A 3UB5A 1GLFO 4CZJA 5BR9A 2P9NB 4XH1A 5AQGA 3WT0A 4PKHA 1IG8A 1RGIA 3A5MC 4FPAA 3B8AX 2E1ZA 4FWLA 5ELZA 1XC3A 5AQRA 1SZ2A 2J4RA 3GE1A 1X9JA 2P9SB 2I7NA 3ZX0A 1WOQA 1XUPO 2D0PA 1U6ZA 4BRNA 5BPMA 5KPTA 4JAXA 2QWPA 3QFUA 4JHDB 2YHXA 1BWFO 1T6DA 3LDQA 3VESA 3L0QA 1S22A 4PKIA 3UKUA 3O1WA 4FWKA 4AM7A 5B8HA 2Q0UA 2ITMA 2E2PA 1NGHA 3O80A 1NGDA 1YXQA 4M7XA 2E2OA 4E1JA 3VGKA 4EAHD 4FWNA 2WUSA 1V4TA 3FZKA 2QM1A 5AQFA 3AY9A 2V52B 5AQKA 4BRAA 1QZ5A 2YHWA 4H0TB 4Y0WA 2HF3A 1KAXA 4XH4A 1CZAN 4PL8A 3ZEUB 4BRPA 1IJJA 1Z6RA 2GTDA 1NLVA 5AZIB 5AZJA 4FSVA 5LJVA 3QMLA 4DCHA 4BC4A 2E20A 4BQLA 2HMPA 4H5TA 3ULEB 1OKJA 3LDOA 2P9PB 2E1YA 5E84A 3UE5A 3WEEA 1Q18A 1BG3A 3SMPA 1G99A 5F1XA 4CD1A 1HX1A 2ASOA 3DJCA 3FZHA 4H5VA 4JN4A 4H5NA 3VEXA 3ZX3A 1ATSA 2P9LA 3IFRA 3D2EA 2H3GX 5JICA 1NM1A 3JXUA 5AQPA 5AQHA 4DB3A 1LOTB 2NRHA 3WEEB 1HJOA 1MA9B 3BP8A 4RWTA 3HSCA 3U8XA 4FWPA 1QQNA 1WUAA 4BRFA 3M3ZA 2IIRA 1J6ZA 4IWVA 4BRMA 3VETA 2YJFA 2P9UB 1YUWA 3DXKB 3A5LC 3VGMA 1YVNA 2FXUA 3O4WA 3GOIA 4JNEA 3O08A 1BUPA 4BC5A 3BF3A 3EN9A 4YDUC 4FOIA 4CZLA 1GLCG 2GWKA 1MDUB 4NB4A 2P9KA 4DQ8A 1SQKA 3EKSA 2YHYA 4IXCA 3VEVA 1NGIA 3AAPA 4IO8A 3MK6A 5JLHA 1RFQA 5BPNA 1DKGD 4HTLA 4JD2A 3CJBA 2ASMA 3CJ1A 3J8AA 4FPBA 3BUZB 3WXIA 5BN9A 1NGJA 1V4SA 4F9OA 2Q36A 4PKGA 1GLJO 3L4IA 1GLEG 3VERA 1LCUA 2IVOA 3VENA 2QWQA 4I6MB 4CD3A 2Q2RA 3CJAA 1E4FT 4H03B 1HLUA 3U9ZA 1DGKN 1NGGA 4CZMA 1QHAA 3OHRA 5BRHA 3U4LA 3BF1A 3VEZA 1K8KA 2GEMA 3QICA 4QS7A 1X3NA 4IZ9A 2E88A 3O8MA 2I7PA 2ASPA 4H5RA 2KHOA 4BG9A 5EXWA 4CBXA 5FPEA 3VGLA 3H46O 3C7NA 4EIAA 3UKRA 4K25A 3D2FA 1X3MA 1YAGA 2FF3B 4H0OA 4CJ7A 4FL9A 2P9IA 5AQVA 5JMVA 3VEOA 1DEJA 4BGAA 4BRKA 1D4XA 3ATVA 1ZXOA 2CH6A 2Q0RA 4PL7A 5EVZA 4H0VB 1BU6O 2V7YA 4H0YB 3UKUB 1C0FA 4BREA 5BRDA 3R9PA 3RSEA 2QWNA 3HI0A 5F0XA 1QQMA 4K43A 3AARA 2CGKA 3MCPA 3S41A 1JCEA 3KZBA 4O5FA 4FWOA 1T6CA 3FR0A 4CI6A 3GDQA 5AQJA 1NWKA 3A0IX 4A2BA 5AQZA 4H0PA 5AQLA 1E4GT 3FE1A 5AZJB 3H45C 2W40A 3FLCO 4FWSA 3QBWA 2F9TA 3HBTA 1TYQA 1SAZA 2FLOA 5CE3A 2CH5A 3CHWA 4BGBA 1KAYA 3ATUA 3LM2A 5AQUA 2AP1A 3FZMA 3I33A 4MLHA 2F9WA 5AQOA 5AQSA 1BOTO 1BDGA 5KPZA 1H1VA 2Q31A 4BRCA 2P9LB 4RCHA 4BQZA 1P8ZA 4BR2A 2VWBA 3KVGA 3D2EB 2A3ZA 4L3QA 2VYPA 3A8YA 3WQUA 2DPNA 4A62A 4M7YA 4BROA 4BRGA 4BRHA 3MN6A 4YDUA 4CZIA 3CQXA 1R59O 2Q97A 4B1ZA 3CIPA 1U2VA 3QFPA 1GLAG 2HF4A 3FGUA 2PBDA 4GY2B 5AQTA 3CJCA 3H3OB 5BRFA 1GLDG 2PAVA 4EHTA 2GWJA 4EHUA 5AFUH 3G25A 3CETA 3DXMA 2FSNA 3GBTA 3W0LA 2YCHA 5ADXH 3ZX2A 4CZHA 4Z94A 3M6GA 3VEYA 2YI1A 4BC3A 2GELA 2P9KB 3H6EA 1NGAA 2NLXA 3IMXA 4H0XB 5AR0A 4AM6A 4DHYA 2E8AA 5TKYA 3VEWA 4BC2A 2P9NA 3VF2A 3A5OC 3ENOA 2HOEA 2A5XA 3LDPA 2EWSA 2IVNA 4WYBA 4K42A 3ZETA 4WQ4C 2ZF5O 2A41A 3VF4A 1RDWX 3QDKA 4JD2B 3H3NO 2W41A 3TPQA 5AQXA 2UYTA 4LC9B 4H5WA 3FZLA 4WQ4A 4BVOA 3MN9A 5AQWA 1HKCA 4C23A 5AQQA 5FPNA 4NO7A 2P9SA 3CERA 2NZTA 4O8KA 3CJ7A 1JCGA 2QXLA 4BR4A 1HKBA 4JHDA 2V51B 4B1YB 4KBOA 3ZETB 4BRDA 4B9QA 3I8BA 4BRIA 3H1VX 5LY3A 3A5NC 5EY4A 3F9MA 5JLFA 2QWOA 3KHYA 3HZ6A 4GNIA 2CGLA 1K8KB 4M63C 3EKUA 1S3XA 5BPLA 2FSKA 5LJWA 3LDLA 3WXLA 3MMVA 1HKGA 1NGFA 4ISFA 4CBWA 3FFKB 3JS6A 4CBUA 5BREA 3C7NB 2BTFA 2ZGZA 1HUXA 3UKRB 3D2FB 3ZEUA 2QWLA 4BR5A 3C0BA 5F2RA 3U9DA 2P9IB 2QWMA 3ENHA 4FWRA 5AZIA 4BR9A 4BG8A 2D4WA 3H1QA 3QBXA 1EQYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QW9A 3L4QA 2VG7A 1ATNA 4DU1A 2F8TA 2P9PA 2KFZA 1VSKA 3DM2A 1U45A 2A1SA 4CK2A 4KHNA 3AO2A 1UAXA 3DLBA 1ESVA 4M45A 2CGJA 5I9EB 1RT2A 4W5QA 2PZSA 3BY5A 1A5VA 1W97L 2B5JA 2E5LK 2VWKA 5ADXA 1Q86O 3O1BA 4CIGA 4M3ZA 3ID8A 2Y1JA 1X9SA 3OYMA 3P4IA 2V7ZA 4MDAA 3KWIA 4JRQA 1S72N 1XQSC 3F9KA 4KTQA 4IOXA 1ZC6A 4LSNA 5KPRA 4CFBA 4KTZA 4IO9L 4HWIA 3DLGA 3OYFA 2VWJA 3GG4A 2GV9A 4CJUA 1RT1A 3SI6A 1ZBFA 3TTDA 1UOCA 4LF5K 4B8CA 3DWLA 4ISEA 4MO5A 3RVCA 5HRRA 1BHLA 1NBWA 3LM9A 3V81A 3I56N 5HRPA 1NMDA 4CF2A 4QS8A 3MEEA 3HM8A 4FOEA 5I42A 3MN7A 2FBVA 4R79A 3O4QA 3AVFA 1KXPA 1HPMA 3WXJA 3EZWA 4LF6K 1JLEA 1QZ6A 5HP1A 1N6QA 1O1WA 2BANA 3BZCA 2Q1NA 3CCLN 1X9MA 1T44A 5KTQA 4IFYA 4LF9K 4AHCA 3LALA 1SUQA 3R6MA 4KKOA 3U3YA 4FWMA 3THXA 4YOVA 1TKZA 3NVKA 2QKBA 1HQEA 2Q3SA 2YKMA 1YT3A 3RRHA 4LH4A 1NG9A 1VQKN 4A2AA 3NBPA 4LH5A 4NXMK 4I2PA 4GVEA 3AO3A 2JGUA 1TKDA 1IKXA 3CQYA 4F3TA 3MWTA 4CZJA 1ZBIA 2P9NB 1GOBA 4LFAK 1HR0K 4O5BA 1JLCA 3WT0A 4N76A 4PKHA 1IG8A 1JL2A 4B8AB 5HROA 3ULDA 2G8IA 4FLZA 4CHOA 3ITHA 4E7JA 1NK4A 2NRTA 5TKWA 3EE8A 3HL8A 2I7NA 1WOQA 1XUPO 2RE2A 4RW9A 3CCMN 3VQCA 4KAZA 5KPTA 4YFUA 3HPOA 3AVJA 3QFUA 4JI6K 4LD0A 1Q82O 1LWFA 1IV0A 3WNFA 5D3GA 3OYNA 4FJ9A 1KQSM 3K9JA 3O1WA 2HNYA 4FWKA 2PY5A 3HYFA 2E2PA 3O80A 4A5BA 4E1JA 4X65K 4EAHD 2V52B 4KTWA 4ICLA 2XY5A 5C25A 4H0TB 2YHWA 2WC9A 4XH4A 4BRPA 1ZBLA 1NLVA 3AVCA 1QS4A 5LJVA 2RHKA 4B3TK 4U67L 4BQLA 4IG0A 4H5TA 2VG5A 3LDOA 3UE5A 4OO1J 1L3VA 4M41A 1G99A 5F1XA 2PYLA 4W5OA 3V9SA 2VQEK 1UA1A 4IEIA 1U4BA 4W5TA 4CERA 1YTAA 3I55N 1RT4A 3IFRA 2H3GX 5AQPA 1WSHA 4FYDA 2ETJA 3ZT4A 4CGJA 1QQCA 4X62K 2E6MA 3LAKA 4RWTA 4FWPA 2W6LA 4KH5A 1J6ZA 1RBUA 3VETA 3KTQA 3NMUA 3DXKB 1YUWA 2FXUA 3AO4A 4FM1A 4B9LA 3EN9A 4YDUC 4FOIA 4CZLA 2HHHK 1XMQK 1BIZA 2W6KA 1R0AA 4FJKA 2NUBA 1SKRA 3EKSA 4CGDA 1SKWA 2F4VK 1RCHA 3M8SA 1J5EK 2Y1IA 2YHYA 2YNGA 3PUFA 3VEVA 4C1NK 4BWMA 1KVCA 3MK6A 2JWKA 3JSMA 2X6NA 3O9QA 1HQUA 2ASMA 2IC3A 3F2KA 3SAFA 3BUZB 5CZ1A 4FVUA 3HJFA 4HCBA 2Q36A 1L3TA 1GLEG 1LWCA 3AA5X 3DOLA 1LCUA 4JKFA 4UY8O 3ENBA 3VENA 4HCCA 1VQNN 3THVA 2O8BA 4I6MB 4CJ5A 3NCIA 2ZJRL 1VQ4N 3V1RA 3T1HK 3ASMA 3OHRA 3PSIA 1X3NA 4LF4K 4IZ9A 2HHXA 4AH9A 2ASPA 2KHOA 2KZZA 4CBXA 4DWIA 1VQ6N 1XNQK 4C1NI 3H46O 2UUAK 5EU7A 1NJZA 4K25A 2DFFA 2O8DA 1XWLA 1EETA 2X78A 4I9QA 1BIUA 4KB0A 4BRKA 3ATVA 3HP6A 2Q0RA 1TL1A 2V7YA 3OS0A 4QOZB 4BREA 3LP1A 3OS2A 3R9PA 2QWNA 4FK0A 4FLUA 3AARA 3VQAA 3J80O 2CGKA 3MCPA 1VSIA 3S41A 3BZKA 1JCEA 4FJGA 1ZBHA 4FJHA 3K5OA 3FR0A 1NWKA 4DV2K 4M3UA 5AQZA 4OPHA 2E4LA 3MXMA 1VQLN 1CLQA 5CE3A 3QEWA 1IO2A 2ZM6K 1N5YA 1KVAA 4WCEL 4E3SA 5IT9O 1KVBA 1OH6A 3LM2A 2F9WA 3G71N 4E1NA 1H1VA 4BRCA 4BE0A 2O8FB 4DR6K 4BQZA 1NKBA 4CEFA 1T03A 4L3QA 5C12A 2VYPA 3A8YA 3WQUA 4A62A 1YF5L 2ZJPL 4BROA 1WNSA 4BRHA 2GBZA 4CJVA 3QFPA 3AVIA 3OYAA 3L3VA 4DV1K 1I3AA 1VSMA 4M42A 2BGGA 4Z4HA 5IWAK 1J5OA 1YTUA 3VQ7A 4DQRA 2VG6A 3DXMA 3NF9A 3ZSZA 4JKGA 3W0LA 1SV5A 3ZX2A 4DMNA 2P9KB 5AR0A 3PO4A 4Z4IA 4AM6A 5K14A 4DHYA 1JL1A 2E8AA 3VF2A 4I2QA 2G8UA 3PV8A 3OYBA 3ALYA 4K42A 3SBTA 3SZ2A 2ZF5O 4JD2B 3H3NO 2W41A 4FXDA 5AQXA 1S9EA 2UYTA 1KFSA 3CCJN 3E9PA 4H5WA 1RBSA 3B6PA 1U48A 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3HOTA 1MWMA 4XEIA 4B1WB 2XY8A 2RPIA 2IS3A 1GLFO 4XH1A 4DQQA 2HSTA 4BE1A 4MDBA 3O4NA 3U6FA 1BL3A 4FPAA 3G0ZA 2NRWA 1XC3A 5AQRA 4ILHA 1SZ2A 2QKKA 3NGYA 4OJRA 3VA3A 2J4RA 3KK3A 1BI4B 3QEPA 4OGCA 2YHAA 1U6ZA 5BPMA 1KD1O 3V6DA 3ZT0A 5DM6L 2QWPA 4JHDB 3LDSA 5HBMA 3VESA 3LDQA 1D5AA 3UKUA 3NH0A 3HK2A 5B8HA 3DMJA 1C0MA 5FLXO 1TK8A 2E2OA 4G9ZA 3VGKA 3CFPA 2WUSA 3FZKA 2QM1A 2I5JA 1TK5A 1N8RO 4DQPA 5CR4A 1HNWK 1Q9YA 3MXIA 3HM9A 1JXBA 3IS9A 3KJVA 2DTUA 1CZAN 3A2FA 3DI6A 3AA4A 3CPEA 5AZJA 1JLFA 4Q5VA 2BDPA 3MWPA 3J7YP 4DCHA 4LFCK 4DQSA 3E9LA 2E20A 2HMPA 4DV4K 1S1WA 2QEXN 4W5RA 1S1VA 3WEEA 3DYAA 4BDZA 4CEAA 4H5NA 1L3SA 3WXMB 4FLTA 4CEBA 3AVGA 2ZJQL 1FXXA 4CJFA 3D2EA 5JICA 3EZ5A 4UQGA 2NRHA 3H08A 2YHBA 3ZT1A 2PFUA 1RTHA 1CZ9A 4JI7K 2OZMA 2YJFA 3OJSA 4GKKK 3A5LC 1YVNA 3VTHA 3O4WA 1BUPA 1I94K 3BF3A 5BR8K 3C94A 4Z4EA 3QEVA 2KKZA 1GLCG 1T05A 1MDUB 2QA4N 4DV0K 4NB4A 1A5WA 2LSNA 4DQ8A 1SQKA 4LY7A 3SJJA 1U47A 4FJXA 4ELTA 3VTIA 3OBYA 1RFQA 5JLHA 5BPNA 1DKGD 4HTLA 3CJBA 4Z4CA 2OZSA 3J8AA 3V9XA 2UXBK 4IDHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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