5JMVA

Crystal structure of mjkae1-pfupcc1 complex
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
328
structure length
323
Chain Sequence
MDPMICLGLEGTAEKTGVGIVTSDGEVLFNKTIMYKPNPREAADHHAETFPKLIKEAFEVVDKNEIDLIAFSQGPGLGPSLRVTATVARTLSLTLKKPIIGVNHCIAHIEIGKLTTEAEDPLTLYVSGGNTQVIAYVSKKYRVFGETLDIAVGNCLDQFARYVNLPHPGGPYIEELARKGKKLVDLPYTVKGMDIAFSGLLTAAMRAYDAGERLEDICYSLQEYAFSMLTEITERALAHTNKGEVMLVGGVAANNRLREMLKAMCEGQNVDFYVPPKEFCGDNGAMIAWLGLLMHKNGRWMSLDETKIIPNYRTDMVEVNWIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosyn
publication title Structural and functional characterization of KEOPS dimerization by Pcc1 and its role in t6A biosynthesis.
pubmed doi rcsb
source organism Methanocaldococcus jannaschii (strain atcc 43067 / dsm 2661 / jal-1 / jcm 10045
total genus 105
structure length 323
sequence length 328
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2016-04-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jmvA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jmvA01
1K8KB 2FLOA 3I8BA 1MDUB 2A3ZA 4M7YA 1U2VA 3SMSA 2CGLA 4E1JA 3O5BA 2FSKA 5ADXA 1QHAA 4FWPA 1JCGA 2J4RA 1HJOA 4JN4A 3VGMA 4BC2A 1GLCG 5FPNA 2Q1NA 1X9JA 3J8AA 4MO4A 3U8XA 2NRHA 3CJ7A 4FL9A 3QFUA 1NGFA 4MLEA 2YI1A 3ATVA 3O6WA 1H1VA 4FWMA 1NGAA 5F2RA 2A5XA 4B1ZA 2QWLA 4BC3A 4FWQA 1G99A 4CZGA 2E1ZA 3H3NO 4BRPA 4BVPA 1S3XA 5BPMA 3KVGA 1TYQB 3LDOA 3OHRA 1C0FA 2P9NB 3O08A 4FWKA 1GLFO 3U9DA 3VEZA 1GLDG 5AQJA 4NB4A 4RWTA 4QS8A 2OANA 1GLBG 4BGBA 3HTVA 2ASMA 3EZWA 4KBOA 4Y0WA 4A61A 5BRHA 1QQNA 3UKRA 3O80A 3MN7A 4EHTA 3WUHA 2E2QA 4BR7A 3QBWA 5AQYA 4BC5A 5B8HA 3IDHA 4K41A 5BPLA 4CZEA 2GEMA 3DXKB 2E2PA 3AY9A 2YHWA 4BG9A 4YDUA 3TU5A 5JMVA 5BRDA 2P9IB 1BOTO 3IFRA 3VGLA 3H1QA 4B1WB 2HF3A 2ZGZA 5JLFA 1D4XA 1U6ZA 2P9KB 4CZKA 3KZBA 5KPRA 1SAZA 5AQTA 4I6MB 1T6CA 3GG4A 4H5NA 4CD3A 2QM1A 4RCHA 2DPNA 1MWMA 4BRKA 4FSVA 4BQZA 2CGJA 4CZIA 3ZX0A 2QWRA 1ZC6A 2F9WA 2HMPA 3CETA 3DXMB 1NBWA 2CH6A 4BRFA 2P9SB 4BRLA 1WOQA 3FR0A 1YAGA 4FWRA 4DHYA 3C7NA 2QW9A 3ULEA 3ATUA 3EO3A 3LDLA 1YUWA 1T6DA 1ESVA 4WQ5C 5AQRA 2V7YA 1U2VB 3L0QA 1X3MA 3WXLA 4O5FA 4QS9A 4NO7A 5LJWA 4BR4A 3WEEA 2KHOA 5TKYA 3CQYA 2FF6A 4XH1A 2CGKA 2P9PB 4CBUA 4EIAA 1ATSA 1BA0A 4FWLA 3SMPA 1RGIA 1LCUA 5KQDA 4GNIA 1BU6O 1KAZA 1GLJO 2E2NA 2IVPA 3QFPA 2E2OA 1BWFO 2IIRA 3VESA 4CI6A 4YDUC 2YJFA 3WQUA 3SLCA 1C0GA 3RSEA 3ZEUA 4H5TA 2Q2RA 1ZBSA 5AQNA 1NWKA 3DWLA 3ID8A 5AQZA 3CHWA 1KAXA 2QXLA 4EHUA 4XEIA 2F9TA 3IUCA 2FSNA 2I7PA 1JCFA 1DEJA 1QZ6A 2P9UA 2W41A 4QS7A 2NLXA 2QWOA 4M63C 4BR2A 4H5WA 4DCHA 5AQIA 1QZ5A 2HF4A 2Q0UA 1HKBA 3U9ZA 4ISEA 2I7NA 3HM8A 4L3QA 3FGUA 3UKRB 3H3OB 3BEXA 1E4FT 4PKIA 3D2EA 3WQTA 1BO5O 4BRQA 2E20A 4FWNA 4XH4A 1BUPA 5AZIA 3FLCO 4K25A 2D1KA 4BRCA 4DB3A 2E88A 3MN9A 1YVNA 5AFUH 4CJ7A 4WQ4C 3ZETB 3S41A 5BREA 4A62A 5CE3A 3GE1A 2AP1A 5BPNA 2P9LA 1RFQA 4BRNA 3SJHA 5AZJB 1YXQA 2D4WA 2VYPA 5JLHA 1OKJA 1IG8A 3LL3A 5LY3A 4AM6A 1X3NA 1BA1A 2GUPA 4PL8A 3O4WA 1JCEA 1K8KA 5BRFA 2E8AA 1SZ2A 2YHXA 5ADXH 3ENHA 1NM1A 4BGAA 5BR9A 1Q18A 3LDPA 3D2FA 3VEYA 5AQQA 1XQSC 3CJ1A 3JXUA 4H5RA 2A42A 3QMLA 3MCPA 3CJBA 3C7NB 3H6EA 3CJCA 5E26A 3ULEB 2Q36A 3HI0A 4B1YB 3BUZB 3CJAA 3EL2A 4BR5A 4HTLA 4IZ9A 2H3GX 5F0XA 3WXIA 4JNEA 4BROA 4IXCA 1Z6RA 3KHYA 4BREA 3WEEB 5EY4A 1HKCA 2YJEA 3VEXA 4ISFA 1NLVA 4H0YB 4EAHD 3M3ZA 3MMVA 1TUYA 1XUPO 3H46O 4F9OA 3FZHA 3A5OC 1DGKN 3VEOA 5FPDA 1ZXOA 3FZLA 4CBWA 3DAWA 2BTFA 2CH5A 2WUSA 4JHDB 4MLHA 1TYQA 3UB5A 4CZMA 2QWNA 4DQ8A 1Y64A 4B1VA 3VPZA 3UKUA 4A2BA 4BQLA 3BF3A 4B1UB 1XC3A 3R8EA 3R6MA 3HZ6A 4CZLA 4IO8A 5AQGA 2A41A 3VENA 3JS6A 3QICA 2D0OA 2GWJA 5I9EB 2Q97A 3AAPA 3W3DA 3LM9A 3GOIA 4BRAA 1RDWX 4FOIA 3FZFA 5JICA 3I33A 1SQKA 1E4GT 3VF4A 5EX5A 1HUXA 1T44A 2P9IA 4H0TB 3U4LA 1V4SA 4C23A 5AQXA 5AQLA 5AZIB 5FPMA 3WXJA 2P9KA 5AQWA 4PL7A 1DKGD 2UYTA 3QDKA 5AQKA 3MK6A 4K42A 2A40A 2YHYA 3EKSA 3IMXA 1NGCA 1HKGA 1MA9B 3ZX3A 2EWSA 2P9LB 1MWKA 4BRHA 3A5NC 3F9MA 5KPZA 4JAXA 1HPMA 1HLUA 1KXPA 4M7XA 2P9SA 1ATRA 4H0XB 3UE5A 4BG8A 4BR0A 2HOEA 2FXUA 3CI5A 3EKUA 1NGGA 3BF1A 3EN9A 3WT0A 3CQXA 2ZWHA 3GDQA 3D2FB 4B9QA 4IWVA 2NZTA 3TPQA 2Q0RA 3CERA 1HX1A 2GTDA 3AARA 3H45C 2QWMA 5EOYA 4H0PA 1NGHA 4PKGA 1NGDA 1GLLO 3W0LA 2P9PA 2A6AA 1WUAA 2PAVA 4JD2A 5KPTA 4XH5A 1EQYA 4H5VA 2V52B 3H1VX 4BRMA 4BVOA 5BN8A 1V4TA 1R59O 2ITMA 4J8FA 3R9PA 3ENOA 3GL1A 1NGIA 3CJ9A 3M6GA 3VGKA 4BRGA 2GWKA 3A8YA 3G25A 3A5LC 1QQMA 5AQSA 2IVOA 3A0IX 1NGEA 1TUUA 2BUPA 3B8AX 2FF3B 3FE1A 5E84A 4Z94A 4ISGA 3QB0A 2D0PA 4WQ5A 3UKUB 4K43A 3D7EO 4FPBA 3DJCA 3CIPA 4RTFD 2GELA 3VF6A 4PKHA 2V7ZA 3FFKB 4FPAA 5AQHA 3VF2A 1J6ZA 2PBDA 4FWOA 1NGBA 5AQOA 4FO0A 1QQOA 2ZGYA 3VETA 4BRIA 3O8MA 1GLEG 4BRDA 3HSCA 1CZAN 3VOVA 3ZETA 5EXWA 5AQFA 4AM7A 4A2AA 3L6QA 4BC4A 3O1WA 3LDQA 4EFHA 1NMDA 3BP8A 2P9NA 3RSEB 3ZEUB 5AZJA 5KQ8A 1BG3A 1S22A 2ASOA 4CZFA 2V51B 4O8KA 4CBXA 3MDQA 3LDNA 3VERA 1P8ZA 5AQMA 4BR9A 3P4IA 2YCHA 2Q31A 4H03B 3QBXA 3MN5A 2IVNA 4CZJA 4IJAA 3HBTA 3O1BA 3M1FA 5EVZA 4MO5A 2VCPA 4LC9B 2P9UB 3C0BA 2ZF5O 5F1XA 1Z05A 3DXKA 4GY2B 5AQPA 2FSJA 1LOTB 1BDGA 3VEWA 1KAYA 5AQVA 4FOEA 4H0VB 4HWIA 5ELZA 5AQUA 3D2EB 2QWQA 2VWBA 5FPEA 3LM2A 4IJNA 4CZHA 3FZMA 2ASPA 1NGJA 1IJJA 4WYBA 5LJVA 4I6MA 2W40A 2AA4A 2QWPA 5BN9A 4WQ4A 3SK3A 3A5MC 4JD2B 3VEVA 3L4IA 4FWSA 3FZKA 2E1YA 3MN6A 3WXKA 3DXMA 3GBTA 3ZX2A 5AFUA 1GLAG 4B1XB 5AR0A 4JHDA 3AAQA 1ATNA 4H0OA 4CD1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FW2A 1K8KB 5CR4A 2O8DB 2FLOA 3O9TA 1J53A 4DV4K 4M3UA 3AO2A 5BR8K 1TK8A 3CCSN 1JCGA 1WSJA 3TSUA 2J4RA 1IBKK 2OPSA 4FLVA 4BC2A 4DKWA 1GLCG 2E6MA 4W5RA 1TKTA 2Q1NA 4YOTA 4O5BA 2O4GA 3AA3A 2VGMA 2NRHA 4FL9A 4PQUA 3QFUA 1BISA 3KIOA 3QNNA 2KFZA 4NYNA 3ATVA 4O0IA 2A5XA 1G99A 4FJ7A 3K59A 3IKMA 3KVGA 3CXCM 1WN7A 1BL3A 4LH5A 4IG0A 2XY8A 3U9DA 3VEZA 3SQ0A 4NB4A 1NJXA 2NRVA 4QS8A 1GLBG 1DLOA 3P39A 4IDHA 3NF6A 3TARA 3C94A 2UUCK 1QE1A 1YJWN 2ZM6K 5B8HA 4M3RA 3IDHA 4JI5K 4K41A 3DMJA 4N47A 4DV2K 5JS2A 2WOMA 3ZT0A 2PYJA 4RG8A 4CIEA 4N5SA 5FDLA 2YNFA 3F5TA 3C6AA 4OPKA 4KAZA 3KWIA 4UQGA 3O9SA 2DTUA 1A5XA 1Z25A 2P9IB 3AVFA 3IFRA 3H1QA 3I55N 4DU4A 1U6ZA 5DMRA 1Q86O 3F9KA 4I6MB 4CESA 1VQ5N 1GOAA 2XHBA 3AVNA 1HYVA 4BQZA 4CZIA 4JI7K 2QWRA 3QEPA 1C1AA 3CETA 2HMPA 4BRFA 2FC0A 4FWRA 3DLKA 3ATUA 3OYBA 1IG9A 1XHZA 1T6DA 4KB1A 3MX5A 5M1KA 3WXLA 3AVJA 1K6YA 4BR4A 4V19S 3LP1A 3NH1A 2KHOA 2A1SA 3K9KA 3TSQA 4JYAK 4E89A 1ATSA 1RGIA 1LCUA 1I39A 3RMCA 4KKOA 4KHQA 1ASVA 1JLAA 1GLJO 2E2NA 2IVPA 4F3TA 3QFPA 2E2OA 3VESA 2IIRA 1NOYA 3HPGA 2RHKA 5C25A 3WQUA 4OGEA 3MWPA 1VSKA 3SLCA 3KTQA 4DMNA 1BCOA 3NVMA 3U6FA 1U45A 1ZBSA 3HPHA 3PIOL 4QAGA 4DTRA 3DWLA 5C2DA 1HQUA 1KAXA 4XEIA 2F9TA 4O55A 4C8LA 4MDAA 1JCFA 4CF8A 2F7TA 3SBTA 1QZ6A 2P9UA 4ID1A 4QS7A 4BR2A 4DCHA 1RBVA 3MXJA 4H5WA 4M63C 3THXB 3OYEA 4FLTA 3N4PA 1QZ5A 4GMJB 4OPAA 2Q0UA 2Y1JA 2KW4A 4CF9A 3Q7BA 3UKRB 1SKRA 3TAMA 5M1PA 1XC9A 4B3TK 4BRQA 3OBYA 2IC3A 4DLEA 2E20A 4FWNA 1BUPA 1U47A 1S1VA 5AZIA 3IRXA 2D1KA 1KVAA 4DSEA 4FJHA 1YVNA 4DSKA 4WQ4C 3ZETB 3CC4N 3ITHA 4CCHA 3CCJN 4M42A 3KLEA 2ZJRL 2OZMA 2DFHA 3LALA 3V9WA 4CJRA 4FJXA 3SJHA 1B9FA 3OS1A 5JLHA 3LL3A 1IG8A 3HK2A 4E7IA 3O4WA 4NCBA 1K8KA 5BRFA 4FJNA 1TKDA 1EWQA 5JS1A 2E8AA 2O8DA 1QVGM 2FBTA 3ENHA 1JLGA 4BGAA 5BR9A 3PX6A 1QVFM 4IO9L 3D2FA 5AQQA 3NH0A 3C7NB 3H6EA 3CJCA 3KLIA 5E26A 2Q36A 3ULEB 5DM7L 3OYFA 3RRGA 2QXFA 3EL2A 4KTQA 4HTLA 2H3GX 1TL3A 4C1NI 4BROA 2PFUA 1S72N 4IXCA 4FM2A 4LFBK 1C1CA 3SQ4A 4OLAA 1NJWA 2R7YA 5EY4A 1HKCA 3LWLA 4H0YB 4IBNA 1TUYA 4JK7A 3PSFA 1XUPO 1YJ9N 5FPDA 1QQCA 3SCXA 3CPWM 3RWUA 2CH5A 2WUSA 3D45A 3S3NA 1Y64A 4Y1CA 4W5OA 4FK0A 4BDPA 2HHSA 1I3AA 1SS6A 4F2RA 1XC3A 1YHQN 5KRTA 4CJ5A 1BI4B 3V1OA 4IO8A 5AQGA 4K8XA 1N33K 3LZIA 3VENA 3JS6A 3QICA 2D0OA 2X6NA 4FJKA 3U3GA 3ZYYX 3W3DA 4I7FA 4BRAA 1CZ9A 1WLJA 3VQAA 4W5QA 3CM5A 4FOIA 3FZFA 4YNQA 1SQKA 1Q81O 3VF4A 3CPEA 2P9IA 1KFDA 4C23A 1EXQA 5AQXA 2XO7A 1TAUA 3TAFA 4CE9A 4C8NA 3CCLN 3DM2A 2E5LK 3NH2A 4QOZB 4CJPA 1NGCA 3AA4A 1NK7A 2P9LB 4BRHA 4M3TA 3A5NC 3F9MA 1TK0A 5FRMA 4JAXA 5HRNA 4DFKA 4I9LA 1C1BA 3JAMO 2RN2A 1ATRA 2YNHA 3OBWA 3NGIA 2D0AA 2HOEA 2G8FA 1NGGA 3BF1A 4AHSA 3TPQA 2NZTA 3NE6A 3AARA 2GTDA 3H45C 5SZTA 3T19A 3ZT2A 3DLLL 4JEPA 2OA8A 4CHZA 1X1PA 1NGDA 4KHSA 4DSIA 4DFJA 4A59A 5T7BA 4DQRA 4DUYK 1NK5A 4H5VA 4B9TA 5GINA 1R59O 4W5NA 2E4LA 4B08A 5HRPA 1LAWA 4AILC 3CJ9A 4DV1K 3VGKA 2ATQA 4FZXC 3A5LC 2IVOA 4FJLA 3A0IX 1TKZA 4KREA 2BUPA 3OYIA 3B8AX 2JLEA 3ZCMA 5CYMA 2HNDA 2D0PA 2VG6A 3UKUB 2UUAK 4OPJA 1FK9A 2KZMA 3DJCA 1EP4A 2W42A 1KLMA 3KKSA 4DV7K 2V7ZA 4FPAA 5AQHA 4XIUA 3VF2A 2PBDA 3AA5X 4FWOA 1NGBA 5AQOA 4IFVA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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