5JMVA

Crystal structure of mjkae1-pfupcc1 complex
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
328
structure length
323
Chain Sequence
MDPMICLGLEGTAEKTGVGIVTSDGEVLFNKTIMYKPNPREAADHHAETFPKLIKEAFEVVDKNEIDLIAFSQGPGLGPSLRVTATVARTLSLTLKKPIIGVNHCIAHIEIGKLTTEAEDPLTLYVSGGNTQVIAYVSKKYRVFGETLDIAVGNCLDQFARYVNLPHPGGPYIEELARKGKKLVDLPYTVKGMDIAFSGLLTAAMRAYDAGERLEDICYSLQEYAFSMLTEITERALAHTNKGEVMLVGGVAANNRLREMLKAMCEGQNVDFYVPPKEFCGDNGAMIAWLGLLMHKNGRWMSLDETKIIPNYRTDMVEVNWIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural and functional characterization of KEOPS dimerization by Pcc1 and its role in t6A biosynthesis.
pubmed doi rcsb
source organism Methanocaldococcus jannaschii (strain atcc 43067 / dsm 2661 / jal-1 / jcm 10045
molecule tags Transferase
molecule keywords Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosyn
total genus 105
structure length 323
sequence length 328
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2016-04-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jmvA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jmvA01
1XQSC 3ZETA 2HOEA 3GL1A 2GUPA 1CZAN 1DEJA 3VGLA 1YAGA 2IVNA 1D4XA 2IVOA 1XUPO 4A2BA 4ISGA 5LJVA 3L6QA 4NO7A 3C7NA 3VENA 5BRHA 2HF3A 4DB3A 3O08A 2QWNA 1DGKN 4CI6A 1T6DA 1RGIA 4QS9A 2EWSA 4FO0A 5AZJB 2ITMA 3ATUA 4BRIA 2FSNA 3M6GA 4IJNA 4BR4A 5F2RA 3U4LA 1Z05A 5EOYA 1IG8A 2P9SB 3M1FA 2BUPA 4NB4A 3ATVA 1BUPA 1ATNA 2ZGYA 3EO3A 5AQPA 2KHOA 4BR9A 3WQTA 4DCHA 3ZETB 5AQJA 5JICA 3H3NO 1BOTO 1MWKA 5AQIA 3LDQA 2QM1A 4JD2B 4BROA 3B8AX 4BRKA 2P9SA 1QHAA 2F9WA 4AM6A 4BR7A 4BG8A 4BREA 4EHTA 3O80A 2I7NA 4A61A 2P9KB 5B8HA 2A3ZA 2AA4A 4CZFA 3QMLA 3H46O 2QWQA 3IDHA 2P9NA 2ASPA 3DWLA 1C0FA 1HUXA 2Q0RA 3CETA 1BG3A 2CH5A 1E4FT 5KPRA 3VERA 4BQLA 1V4SA 5AQVA 4BC5A 1ZBSA 3O4WA 4K43A 4BRPA 2FSKA 1NGEA 3DXMA 3L4IA 3CJ9A 4CZHA 3AAPA 2IVPA 5BREA 3CI5A 5AQKA 4I6MB 1TYQA 2A5XA 4H0XB 3SLCA 5AQNA 1GLJO 1ZC6A 3GE1A 4B1YB 2OANA 1SQKA 3J8AA 2P9NB 2VCPA 5AQXA 2VWBA 2E2NA 3VF4A 2A42A 1KAZA 4H5WA 3JXUA 3ID8A 3DXKB 3VETA 5EY4A 2PBDA 4BR2A 4B1VA 3LDPA 3CERA 3HTVA 5EVZA 3ENHA 2Q97A 2V7ZA 1QQMA 4H5NA 4RWTA 4IZ9A 5AZJA 1Z6RA 3A5NC 3VGKA 5BN8A 3BEXA 4JHDA 1IJJA 4BVPA 5AR0A 4AM7A 4WQ4A 4FWPA 2CGLA 3U8XA 2HF4A 4EFHA 1JCFA 4BRLA 2UYTA 3DAWA 2GWJA 3HM8A 3ULEA 5KPZA 4FWOA 5AQRA 2QWPA 3EKUA 3FZFA 1R59O 4IWVA 3LM9A 3VEZA 5AZIB 2CGKA 4I6MA 2E1ZA 2F9TA 1NGBA 3GBTA 4M7XA 1MA9B 3VEOA 1KXPA 4BG9A 3BF3A 5LY3A 4BC3A 2E2PA 4MLEA 4YDUC 3D2EB 2P9LB 1YUWA 4HWIA 3FZHA 4BRMA 3R6MA 2YCHA 3BUZB 2DPNA 2CH6A 2FF6A 4L3QA 1K8KB 2ZWHA 1NM1A 5FPNA 1GLCG 4H03B 4H5RA 3R8EA 3U9DA 4BRAA 2P9UA 5KQ8A 4QS8A 3MN9A 1NGDA 3H3OB 5BPMA 3QBXA 2YJEA 3I8BA 3VOVA 2BTFA 3H6EA 3GOIA 4PKHA 3P4IA 4IO8A 1U2VB 1JCGA 2D0OA 3LL3A 4HTLA 5AQLA 3SMSA 3CJBA 3MCPA 2QWOA 1HKGA 1MDUB 2J4RA 4YDUA 2AP1A 4FWKA 3CJ7A 4IJAA 4CJ7A 2NLXA 1NLVA 4H0TB 1NGAA 2E2OA 5E84A 3H1VX 2Q0UA 1GLBG 2P9UB 5BRDA 2NRHA 3UKUB 1KAYA 2IIRA 5I9EB 2V52B 2Q31A 4JHDB 3VEXA 1QQNA 1YVNA 1QZ6A 2E88A 3RSEB 3KZBA 1NWKA 1YXQA 3O5BA 4CZLA 3ZEUB 4BQZA 1G99A 1NGFA 1HLUA 3MN7A 2FXUA 4CZEA 4K25A 3A5MC 3ENOA 4PL8A 3CIPA 3MDQA 2D0PA 3UKRB 1H1VA 1HPMA 4FWQA 4J8FA 3EKSA 4BRQA 3BP8A 1HJOA 3ZX0A 3O8MA 4BC4A 2D1KA 1J6ZA 1S22A 1Y64A 4H0PA 1V4TA 4GNIA 2P9IA 3H1QA 5BRFA 2E2QA 5FPMA 4LC9B 3VEYA 4A2AA 4H5VA 4EAHD 5FPEA 4XEIA 3DJCA 2HMPA 3SMPA 5TKYA 1SAZA 3HBTA 3DXMB 4FWMA 2ASOA 2GELA 5AQZA 3AARA 3HSCA 5LJWA 4PKGA 4FOIA 3S41A 5JLFA 3EL2A 3O1WA 1HX1A 1GLEG 2Q1NA 4FWSA 4B1ZA 3MK6A 1JCEA 4WQ4C 4H0YB 5FPDA 3D7EO 2GTDA 4GY2B 2W41A 4DQ8A 4BGBA 3G25A 5BN9A 2YJFA 3DXKA 2W40A 3QBWA 4QS7A 4KBOA 3VGMA 2V7YA 3FE1A 4FPAA 3SJHA 3O1BA 5AQYA 4WQ5A 4O5FA 1ZXOA 4JAXA 3FZMA 3VEWA 5AQFA 4WQ5C 2GWKA 1P8ZA 3WT0A 4BRFA 1EQYA 1TYQB 4RTFD 3WXKA 1DKGD 3IUCA 3M3ZA 3GDQA 4FSVA 4E1JA 1RDWX 2GEMA 3LM2A 4M7YA 2H3GX 4CZMA 3ZX3A 2QW9A 5AQTA 1T6CA 3FZLA 3ZEUA 3A5LC 3AY9A 5AQMA 3CJ1A 3HI0A 1WOQA 4CZJA 4MO4A 1MWMA 3CQXA 1Q18A 3C7NB 2QXLA 3VEVA 4CBUA 3QICA 1NMDA 2A41A 2YHXA 4PKIA 1K8KA 1NGHA 2FSJA 3W0LA 4FWNA 4BR5A 5AFUH 1SZ2A 4FPBA 3FGUA 1QQOA 3WEEA 2ZGZA 2YHWA 3UE5A 1LOTB 3WXIA 1U2VA 3JS6A 1BU6O 1E4GT 1LCUA 2P9IB 3LDNA 3VESA 3CJCA 2Q36A 4BRNA 1GLFO 3EZWA 2A40A 1HKBA 3I33A 1BDGA 3QDKA 2CGJA 2A6AA 4FWLA 1OKJA 3D2FA 5EX5A 4Z94A 4ISFA 3A0IX 3A8YA 2FLOA 1TUUA 1WUAA 5KQDA 3D2FB 5ADXH 1NBWA 3UB5A 4BC2A 1BA1A 3TU5A 1KAXA 3EN9A 2QWMA 4EIAA 3TPQA 2P9PB 5AQUA 4IXCA 5KPTA 3BF1A 3WUHA 2NZTA 3FFKB 4A62A 1TUYA 2Q2RA 4PL7A 2ASMA 2YHYA 3MN6A 5E26A 4BRCA 5AFUA 4M63C 1U6ZA 2E1YA 4BR0A 5EXWA 4BGAA 4H0VB 3UKUA 4K41A 5AQQA 2P9KA 1RFQA 3W3DA 1GLLO 4CBWA 4CD1A 1ATRA 3GG4A 3F9MA 1ATSA 3FLCO 3QFPA 3KHYA 3ULEB 4CD3A 4B1WB 3MMVA 5AQWA 3WQUA 2I7PA 2E20A 3UKRA 1XC3A 4JD2A 4K42A 3U9ZA 4BRHA 2YI1A 3QFUA 4EHUA 5CE3A 3D2EA 4FL9A 5ADXA 4F9OA 5AQGA 3OHRA 2V51B 3C0BA 3O6WA 5AQOA 3SK3A 3LDLA 4RCHA 3CJAA 4CZGA 3CHWA 3R9PA 2WUSA 3IFRA 4MO5A 4JNEA 5AZIA 4CZIA 2FF3B 3H45C 5F1XA 4ISEA 1X3MA 3QB0A 4MLHA 1GLDG 1X3NA 3WXJA 1C0GA 4Y0WA 1BWFO 3MN5A 4FOEA 3VPZA 2P9LA 3CQYA 4O8KA 3HZ6A 1NGJA 5AQHA 3LDOA 4H5TA 4WYBA 1ESVA 1QZ5A 4B1XB 2QWLA 2VYPA 1X9JA 2E8AA 1NGCA 3RSEA 5JLHA 4JN4A 2P9PA 3AAQA 2D4WA 3IMXA 2QWRA 3VF6A 2PAVA 3FZKA 5F0XA 4H0OA 1T44A 4BRGA 4XH5A 4BVOA 5BPLA 4B1UB 1BA0A 4C23A 4FWRA 5JMVA 3KVGA 4BRDA 1GLAG 1BO5O 2ZF5O 3WXLA 1NGGA 3FR0A 4B9QA 3A5OC 4CBXA 5BR9A 5ELZA 4CZKA 3ZX2A 1HKCA 4XH1A 3L0QA 3VF2A 5BPNA 4XH4A 5AQSA 3WEEB 4DHYA 1NGIA 1S3XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZETA 5EU7A 1I39A 4KPYA 3T3FA 1D4XA 3OYAA 3HSTB 4DTPA 4A2BA 2W6LA 2QKBA 2BANA 2ATQA 3OYMA 3O08A 2QWNA 2Y1IA 3UIQA 3QLHA 3OYGA 1RGIA 4QS9A 2I5JA 4IFEA 2EWSA 4B3TK 3M6GA 4BR4A 3U4LA 3EYZA 1NK9A 1Z05A 2ZQBA 5EOYA 1IG8A 1MU2A 1JJ2M 4M42A 3AO4A 1NJIO 3K0SA 3ZETB 5AQJA 1QE1A 2A1RA 2YX6A 4CEBA 3CQ8A 4DQPA 3DYAA 3Q7CA 3V81A 4JD2B 3B8AX 2P9SA 1S1TA 2F9WA 3V1QA 4IOAL 1KVAA 4EHTA 1KLNA 4OPHA 3SPZA 3J7YP 3O80A 3SBTA 3VQ4A 4N5SA 4FK4A 1JKHA 4DV5K 4CHNA 4CZFA 2B5JA 3QMLA 1RT2A 4JI0K 3K9JA 1C0FA 1JLAA 4FLYA 3SUOA 3H08A 1BG3A 3LP1A 2CH5A 1ZBSA 4HVJA 4CGIA 2RPIA 4K43A 4BRPA 4RG8A 3DXMA 4J2DA 4CZHA 3AAPA 5BREA 1XC9A 2A1SA 3CCLN 3IG1A 1HMVA 4KHYA 1GLJO 1ZC6A 3AVIA 4DTUA 1SQKA 4CJ5A 3DI6A 3S3OA 5JS1A 1ZBLA 4H5WA 4X65K 4AQYK 3VETA 5EY4A 1DTTA 3OS1A 4DTNA 5I42A 4JKEA 2HBJA 3CERA 4JI1K 1IKVA 3QNNA 5BR8K 4BDZA 1P90A 2Q97A 1Q8IA 4QOZB 4B9MA 4H5NA 4IZ9A 4E1NA 5AZJA 1YIJN 1FJGK 3A5NC 4YOUA 3VGKA 1UWBA 3DLEA 4JK9A 5HOOA 5CYMA 3LALA 1SS6A 5KPZA 2GUIA 4FWOA 3EKUA 3TAEA 4LF5K 4CGHA 3CPEA 3OYKA 5GIOA 4CF8A 1NGBA 1XHXA 3HOTA 3BF3A 1HYZA 2RKIA 2HVHA 1YUWA 4CECA 4E7JA 3R6MA 2DPNA 1C0TA 4KTQA 4DV1K 1NM1A 3R8EA 3U9DA 4OO1J 4BRAA 4ICLA 1TAQA 3QBXA 1JLQA 3H6EA 3AVFA 4FXDA 2HNZA 3CC7N 4PKHA 4JI8K 2D0OA 2VG5A 4CJSA 2J4RA 4A5AA 2AP1A 4FWKA 2OCEA 4CJ7A 4DSIA 4FZZA 2JGUA 2E2OA 5C2FA 2Q0UA 3DM2A 3MECA 3NGYA 1A5WA 3ZT0A 2UXBK 1JLGA 2NRHA 4JV5K 2Q31A 4FJHA 4AF1A 3HOSA 1YVNA 1J9AA 2P5GA 3FFIA 1NWKA 3ZEUB 1W9HA 1ASVA 3K5OA 2IOCA 3NDKA 4ZTFA 2FXUA 3KKSA 3HO1A 4J2EA 2IS3A 2GX9A 4WCEL 1CLQA 3MDQA 4KH5A 3UKRB 3M5RA 4MDAA 1NK4A 3HYFA 3QINA 3O8MA 4BC4A 4DFPA 4H0PA 4NYNA 4U7BA 5BRFA 2JWKA 3ENBA 4LC9B 3O3HA 1BI4B 4H5VA 4XEIA 2HMPA 1JLBA 5E41A 1SAZA 4FWMA 3ZT4A 4Z4FA 2KFNA 1OVQA 3J7ZO 5CZ1A 5AQZA 1RT4A 1CZBA 1RCHA 4OX9K 3MEEA 5JLFA 3ZSWA 2UUAK 2YHAA 2AJQA 2VGNA 3KKRA 4WQ4C 4FW1A 5KRSA 5FPDA 3D7EO 4FJLA 2HW3A 3KWGA 4BGBA 4N47A 3HT3A 5BN9A 3DXKA 2XY7A 4QCLA 4IO9L 5KGWA 5FRNA 2V7YA 3FE1A 4G1QA 2O8DB 1BIUA 2HNDA 4CF2A 3VEWA 3WT0A 1U4BA 4F3OA 2OPQA 1DKGD 1T3VA 3OYEA 1VQ9N 4CZMA 3AO2A 4B3OA 3RMAA 1DTQA 5AQTA 4O0IA 2NRRA 3ZEUA 3SV3A 3AY9A 5AQMA 5CYQA 4H8KA 3HI0A 4WFAL 3QO9A 1IKYA 3O9UA 3C6AA 4E19A 1HPZA 4CBUA 2YHXA 1VQ5N 1RT6A 1WBDA 2HMIA 4BR5A 1VQPN 1VSJA 1CXUA 3CCUN 1QQOA 3SYZA 5HRSA 3UE5A 2IGIA 2ZE2A 1RT1A 3IRXA 4DR7K 3I33A 3QDKA 1NK0A 2CGJA 1WSGA 4CEOA 4CJRA 2G8UA 1LW0A 3A0IX 3ZSOA 4DQSA 4FM2A 2RE2A 2O8BA 3TARA 3UB5A 3BGRA 5H1SQ 4BC2A 2RF2A 3TU5A 4Y1CA 2OZSA 5AQUA 3AVLA 2QA4N 3S3NA 4I2PA 1SKRA 4FYDA 3VQPA 4H4MA 1SKSA 4M63C 4DS5A 1BQMA 3HPGA 2X74A 1TGOA 4H0VB 5M1PA 3M8RA 3EEQA 1RFQA 1TKXA 3K57A 3ALYA 1C0MA 3VQDA 4E3SA 3SQ2A 2UU9K 5C24A 4FL9A 2YNGA 4G9ZA 4FJ7A 5AQGA 2KFZA 4JKBA 2VWKA 2NRWA 4B8AB 3SK3A 3AO1A 3LDLA 4CGJA 2KQ2A 3CJAA 1YVUA 2KLAA 1Q7YO 2WC9A 4MO5A 4KHQA 5JVHL 2YNHA 3E01A 3QB0A 1X3NA 1YJWN 2NNWA 4IFVA 3D6RA 2P9LA 1KCFA 4JI3K 3CCRN 1EKEA 2XY8A 4KV8A 4IG0A 3JAMO 1T03A 3QIOA 3OYJA 4FZYA 2ZJPL 2G8KA 5DMRA 2P9PA 4CESA 3IMXA 5MLCQ 3ULDA 3FZKA 3OJSA 5F0XA 4BRGA 4BVOA 4B1UB 4FWRA 3TANA 1ZYQA 1GLAG 5HL7L 5HLFA 4DQRA 2ZF5O 1WSJA 4B9QA 3OYNA 4X62K 3IS9A 5HRRA 4CZKA 4XH4A 5AQSA 3IKMA 1ZBHA 1T05A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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