5JMVA

Crystal structure of mjkae1-pfupcc1 complex
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
328
structure length
323
Chain Sequence
MDPMICLGLEGTAEKTGVGIVTSDGEVLFNKTIMYKPNPREAADHHAETFPKLIKEAFEVVDKNEIDLIAFSQGPGLGPSLRVTATVARTLSLTLKKPIIGVNHCIAHIEIGKLTTEAEDPLTLYVSGGNTQVIAYVSKKYRVFGETLDIAVGNCLDQFARYVNLPHPGGPYIEELARKGKKLVDLPYTVKGMDIAFSGLLTAAMRAYDAGERLEDICYSLQEYAFSMLTEITERALAHTNKGEVMLVGGVAANNRLREMLKAMCEGQNVDFYVPPKEFCGDNGAMIAWLGLLMHKNGRWMSLDETKIIPNYRTDMVEVNWIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Methanocaldococcus jannaschii (strain atcc 43067 / dsm 2661 / jal-1 / jcm 10045
publication title Structural and functional characterization of KEOPS dimerization by Pcc1 and its role in t6A biosynthesis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosyn
total genus 105
structure length 323
sequence length 328
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2016-04-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jmvA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jmvA01
2WUSA 4BROA 5AFUA 4JAXA 1ESVA 3FZMA 5AQQA 4B1ZA 2QW9A 3GDQA 2YHYA 3HBTA 3QFPA 2FSJA 3A8YA 3EO3A 3EZWA 1YAGA 2IVPA 3FZFA 3O4WA 2ZGZA 1NGIA 3H1VX 4PL8A 3MN9A 4PKHA 4KBOA 1ATNA 2BUPA 3RSEA 3H3OB 3LDNA 2QWRA 3ATUA 3QFUA 4BC2A 5JICA 1NGFA 4YDUA 4QS8A 4FWSA 1BO5O 4PKGA 3ATVA 2A5XA 2P9NA 1RFQA 5AFUH 4BR7A 3R9PA 4BRHA 4BR4A 2IVOA 1WUAA 3O1BA 5FPDA 5CE3A 1LCUA 3DXMA 2HOEA 3DAWA 1X3NA 3EN9A 3AAQA 3MN5A 5BREA 1NGCA 2GUPA 4FWQA 2P9SA 3O6WA 1HKBA 5F1XA 2QWPA 2QWLA 4BR2A 1NGDA 2NRHA 1KAYA 3VGLA 4BC4A 1YUWA 3QBWA 2HMPA 2IIRA 4H0VB 5AQMA 2W41A 1MWKA 1BA1A 3DXKA 5BPLA 4DHYA 1GLLO 4IJAA 2FSNA 3LDQA 3CIPA 4BRFA 4H5RA 3MN6A 4XH1A 3VF2A 2P9KA 4A61A 3WXJA 4MO4A 4F9OA 2P9PA 2YJFA 4B1VA 3CJBA 4M63C 4FWRA 1NM1A 3W0LA 3VEWA 1OKJA 2A6AA 4M7YA 4BC5A 4C23A 2PAVA 4H0OA 3ID8A 4RCHA 2ASOA 3MK6A 1NGAA 2I7NA 2FF6A 1XUPO 5EXWA 3IDHA 3A5LC 2D0PA 3JS6A 4CD1A 3C7NB 1QQMA 1Z6RA 2FF3B 4FO0A 3UKUB 2CGKA 4H5WA 1NGJA 2P9UA 1QZ5A 4H0PA 4CJ7A 5AQVA 1HUXA 4LC9B 4FPBA 1SZ2A 4CI6A 4CBXA 3VEZA 4GY2B 2HF4A 2BTFA 3LDOA 3QDKA 3R8EA 3SK3A 4BR0A 2VCPA 5AR0A 1DKGD 4CZEA 1QZ6A 3FGUA 2NLXA 3VENA 4WQ5C 4BC3A 3EKSA 2OANA 3VEYA 4JNEA 3EKUA 4BG8A 3GE1A 4M7XA 3WXLA 4B1XB 4HWIA 1E4GT 1YVNA 3IMXA 4IXCA 4BRNA 3CJ9A 4BRLA 4H03B 3O80A 5AQSA 1U2VB 2P9LB 3ZEUB 4FPAA 5AZIB 4I6MB 3IUCA 4EAHD 4MLHA 5BPMA 1ZBSA 3G25A 3M6GA 1X9JA 3A5MC 5LJWA 3J8AA 1HKCA 4K41A 4O8KA 2V7YA 5AQUA 1K8KB 3H6EA 4BRDA 1JCGA 3H1QA 3ENOA 4FWNA 5AQHA 1MA9B 4B1YB 1DGKN 4H5NA 5AQTA 3H3NO 3KHYA 1BG3A 4QS9A 3VEOA 1X3MA 3QICA 4BRIA 1GLCG 3FLCO 1TYQB 5BRFA 2E2PA 4JN4A 3FZHA 3D2FB 1ATRA 3H46O 4B1UB 4B9QA 1BOTO 5AQFA 5AQPA 4DQ8A 4BR5A 3UKRA 1BWFO 3C7NA 3VESA 4ISEA 1LOTB 5LJVA 3UKUA 2Q36A 3GBTA 4FWOA 4H5VA 4Z94A 2E1ZA 3SJHA 2FXUA 3HSCA 3VEXA 4CBWA 4EHTA 3I33A 5AQGA 1RDWX 3WT0A 3CJCA 5BRHA 1BUPA 5EX5A 3KVGA 3ZX3A 4BGAA 3D2EB 3WXIA 1GLFO 3DWLA 4CD3A 1QHAA 1NGHA 1G99A 1GLAG 4H0XB 3ZETB 5JLFA 2CGJA 3MMVA 5AQKA 3TPQA 5FPEA 1HKGA 5BN8A 3S41A 2E2NA 4JHDB 2E1YA 2YCHA 2A42A 2Q0RA 2GELA 2IVNA 2UYTA 5AQOA 4EHUA 1BDGA 3FR0A 5BN9A 3L4IA 3CJ7A 1U6ZA 3F9MA 2A41A 4DB3A 4JD2B 4AM7A 1NGEA 1T6DA 4A62A 3AARA 2ASMA 2DPNA 1IJJA 1Q18A 1U2VA 2P9LA 3ZEUA 1KAXA 5AZIA 3P4IA 5JMVA 5I9EB 1QQNA 4I6MA 3C0BA 4E1JA 1SAZA 4IO8A 2GWJA 3CJAA 2HF3A 3LM9A 3CI5A 4FL9A 5E26A 1H1VA 1TUYA 4FWKA 3WEEB 4BRMA 4BRGA 3CHWA 4RWTA 1Y64A 1S22A 3U4LA 2CH5A 4XH4A 3RSEB 4HTLA 1NGGA 4A2BA 3W3DA 5AQNA 3UB5A 1T44A 1C0GA 3VERA 1QQOA 2CH6A 5AZJB 2ZGYA 3H45C 1HLUA 5AQYA 3GOIA 2QWNA 1TYQA 1V4SA 1GLJO 3ULEB 4BR9A 4BGBA 4WQ4C 4BRQA 3LDPA 3VETA 1IG8A 4FWMA 3A5OC 3CQXA 4BQLA 5LY3A 1Z05A 1YXQA 3CETA 3HM8A 3KZBA 1MDUB 1EQYA 1CZAN 5E84A 1GLEG 3EL2A 2F9TA 3HTVA 1R59O 1HJOA 2VYPA 2D1KA 5FPMA 2D4WA 3VPZA 3WQTA 2ASPA 3VGMA 2FLOA 2YHXA 3WQUA 3BUZB 3D2EA 4XH5A 3O8MA 4AM6A 4WQ5A 2AA4A 3ZETA 5AQRA 3ENHA 4DCHA 3QMLA 2V7ZA 3LL3A 5AQIA 2ITMA 3IFRA 4BRAA 3A5NC 4IWVA 2Q31A 2P9UB 4FSVA 4K25A 5KPZA 2H3GX 4YDUC 5F0XA 4PL7A 3ZX0A 2E2QA 3M3ZA 4JD2A 1V4TA 3U9ZA 1WOQA 3VEVA 4CZMA 5KQ8A 4XEIA 5FPNA 3LM2A 3CERA 3GG4A 3L6QA 5B8HA 5BRDA 2A3ZA 2I7PA 2P9IB 3UE5A 4RTFD 2E8AA 2A40A 3BP8A 4BG9A 1NLVA 1GLDG 5ELZA 3WEEA 2NZTA 3SLCA 1ATSA 2GWKA 3CQYA 2QM1A 2F9WA 2YJEA 3VOVA 1DEJA 3I8BA 3U9DA 1HX1A 5KPTA 4K43A 3BF3A 1BA0A 1BU6O 1S3XA 4H0TB 5EY4A 3QB0A 4CZIA 3SMSA 5AZJA 1XQSC 3WUHA 2ZWHA 2KHOA 3FZKA 3MDQA 3ULEA 2ZF5O 3AY9A 5EOYA 2QXLA 3BF1A 1GLBG 1KAZA 2J4RA 5F2RA 4IJNA 4O5FA 4EFHA 1XC3A 1KXPA 1MWMA 4ISGA 2E2OA 3JXUA 5AQZA 3MN7A 4WYBA 4IZ9A 4EIAA 4BRCA 4BQZA 5AQJA 1HPMA 4BRPA 1E4FT 2Q1NA 3VF4A 1NGBA 4BVPA 4FWLA 2QWQA 1NMDA 1NBWA 2CGLA 4NB4A 1D4XA 1K8KA 2YHWA 1C0FA 1T6CA 2VWBA 3AAPA 1RGIA 3HZ6A 4CZKA 4FWPA 3TU5A 3R6MA 2EWSA 5TKYA 4CZGA 3WXKA 2QWMA 3O1WA 5EVZA 4H5TA 3UKRB 4FOIA 3DJCA 4NO7A 4B1WB 2P9NB 4PKIA 3D7EO 1JCFA 4MO5A 1SQKA 3DXMB 5AQLA 3CJ1A 2Q0UA 3ZX2A 3MCPA 3VGKA 4CZHA 3L0QA 1ZXOA 3O08A 2E20A 3LDLA 1NWKA 4MLEA 4GNIA 3D2FA 2P9SB 5ADXA 2E88A 4K42A 5BPNA 2FSKA 2Q2RA 1J6ZA 3O5BA 1JCEA 3DXKB 2P9IA 5KPRA 4L3QA 2PBDA 4CZJA 2V52B 2V51B 5AQXA 2P9KB 4Y0WA 2QWOA 3M1FA 3SMPA 2AP1A 2P9PB 1P8ZA 4A2AA 3FZLA 4BREA 4FOEA 1ZC6A 5AQWA 5BR9A 5KQDA 4BVOA 4CZFA 1TUUA 4CBUA 3A0IX 3HI0A 3VF6A 5ADXH 4QS7A 4WQ4A 4JHDA 3GL1A 4ISFA 2GEMA 4BRKA 2D0OA 3FFKB 2YI1A 3OHRA 4CZLA 2Q97A 4H0YB 3U8XA 4J8FA 5JLHA 3B8AX 2W40A 2GTDA 3BEXA 3QBXA 3FE1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CYMA 4BROA 1S1VA 1NMNA 4CFAA 4JAXA 3LWMA 3AA2A 4B1ZA 2NRXA 4DV7K 2FC0A 2QTDA 3SUOA 1Q81O 2NUBA 1CXUA 3A8YA 3QINA 3EO3A 1YAGA 5GINA 3FZFA 2RPIA 2ZGZA 1K8AO 3L3VA 3RSEA 3CCSN 3H3OB 2XO7A 3ATUA 2W6LA 5JICA 4DR3K 1VQ9N 3KLFA 4LF7K 4BR7A 1YT3A 5CE3A 3V9UA 1LCUA 3DXMA 3TAQA 4FVUA 3V1RA 4LD0A 1VHXA 5M1QA 5J2QA 1NGCA 1WBBA 1KVAA 4FM2A 1S1UA 1JLEA 1QHTA 1NGDA 4E0DA 2X74A 3VGLA 2X78A 3TANA 4H0VB 3T19A 1MWKA 3DXKA 5BPLA 3QETA 4Z4GA 3LDQA 4H5RA 4FJJA 3MN6A 1JLFA 4A61A 5FLXO 2BGGA 4MO4A 1RBVA 4B1VA 1TAQA 3W0LA 3VEWA 1NK5A 3OYKA 3AVJA 4H0OA 1NGAA 2D0CA 2FF6A 4N41A 5EXWA 2LSNA 4JLHA 4B9TA 1QE1A 1Z6RA 2FF3B 3DI6A 4BDPA 5HOOA 2P9UA 1QZ5A 3WNFA 4LC9B 3M8PA 4CHOA 4QCLA 4CI6A 4CEEA 4CIFA 4IOAL 3VEZA 4W5TA 4BE1A 4GY2B 2HF4A 2F4VK 3QDKA 5IWAK 1QTMA 5GAHP 3SUPA 1VQ5N 4JS5A 3JSMA 1WNSA 3FFIA 2NLXA 1OVYA 4B8AB 3HSTB 3TSQA 3VMFB 4RW4A 3EY1A 4JNEA 2WFBA 4RW7A 3CC4N 1S6QA 4DSEA 3N4QA 4AF1A 4H03B 3O80A 4GW6A 3O9QA 1U2VB 1SUQA 4FPAA 3SCXA 3AA4A 5BPMA 3NGIA 3OYHA 5AJ3K 3SPYA 1X9MA 1ZBSA 3M6GA 1RDCA 1HKCA 4DSLA 1NKBA 2IDOA 3TAPA 4E3SA 2QA4N 1C0MA 4DTRA 3CPEA 3KD5E 4AHSA 3CFPA 4CW7B 1MA9B 4GVMA 3AV9A 2E4LA 3RMCA 3VEOA 4F3OA 2KLAA 1JLQA 1GLCG 5DM7L 4AHRA 2DY4A 5C2DA 4KAZA 4CF1A 3H46O 4B9QA 3S3NA 3C95A 1FK9A 4JI7K 2ZD1A 5HRPA 1G15A 3UKRA 1RBRA 3V9WA 4ISEA 1VSJA 2HVIA 1TKTA 2Q36A 3P5JA 4FM0A 3ZCMA 3LALA 2E1ZA 1A5WA 1NJYA 4EHTA 5AQGA 1RDWX 1D9FA 4BGAA 3AVAA 4I2PA 3D2EB 4CD3A 4C8KA 1G99A 1S6PA 1WAFA 3RWUA 2Z1HA 3B6OA 1VSDA 3Q7BA 3ZETB 5JLFA 2CGJA 3NDKA 3MMVA 5AQKA 5FPEA 1HKGA 1WSEA 2E2NA 2UUCK 1L3UA 2GELA 2UYTA 3I55N 4Q5VA 5BN9A 3OS2A 1NJXA 1U6ZA 3O9UA 1IO2A 2XY8A 1DLOA 1NGEA 1T6DA 4A62A 1U4BA 2ASMA 2DFFA 5KTQA 3P4IA 1U45A 4HTUA 5I9EB 1QQNA 3BZCA 2G8KA 3C0BA 3KKRA 1ZBHA 3NVKA 2GWJA 4MDBA 2ZJPL 5FRNA 4CJVA 3VQ8A 1VSLA 3SQ1A 3WNEA 3QIOA 1EWQA 4JYAK 4IOXA 3U4LA 4F2SA 3IKMA 4OPHA 3KJVA 2VWKA 4HTLA 1BL3A 1L3SA 4DG1A 3UB5A 1C0GA 4FCYA 3KK2A 4FYDA 5GAEP 1IBMK 4IEEA 1TKDA 3M8RA 5C10A 3DLBA 2OPSA 3CG7A 2HBJA 4CJPA 4DU4A 3AVCA 1KSPA 4NCBA 3KWIA 3CQXA 1WSFA 2O8CB 3CF5L 4ELUA 1EX4A 1MDUB 1CZAN 3TTFA 4E1MA 4KHQA 1WSIA 2D1KA 5J2PA 4JI3K 2PYLA 1HNXK 3MAQA 1W9HA 3CCVN 2O4IA 4DR5K 4XH5A 4WQ5A 2AA4A 4CEZA 2W42A 4DV1K 1LW0A 1TK0A 3DLHA 1IKVA 4CJTA 3L2RA 2YHBA 3PUFA 3QMLA 3LL3A 4C8MA 4OPAA 2QI2A 4FSVA 4O0JA 4JI5K 2G8IA 3OYDA 1IG9A 3M3ZA 4WE1A 1K6YA 1V4TA 1WOQA 2X6SA 1NK4A 2HHUA 4XEIA 2QXFA 4Z4EA 4DSJA 5BRDA 2E5LK 4LFBK 1L3VA 3ZSZA 3CMAN 2P9IB 1XMOK 2D0AA 3EE9A 3P83D 2A40A 4BG9A 5ELZA 1SL2A 1UWBA 4KREA 2F7TA 2YNFA 1HRHA 1QSSA 2RHKA 3ALYA 2HSTA 1BU6O 1IKYA 2KHOA 2ZF5O 3AY9A 2XY6A 4FK0A 5JS1A 2QXLA 1KAZA 2OPPA 1YHQN 3SPZA 1VQON 5I3UA 1S1WA 2E2OA 4OGCA 1N6QA 4BRCA 1CXQA 3H08A 3ID6A 4BRPA 4CJ4A 3VF4A 4JI4K 1RT7A 4OVLA 3PSIA 4Y1CA 2QWQA 1NMDA 2ETJA 4JI2K 4DTSA 3HOSA 3CC7N 2JLEA 2VWBA 4V19S 1Q8IA 2O8DA 3J81O 4DR6K 4CZGA 3CM6A 2QWMA 4H5TA 3VA0A 3DJCA 3T1YK 3HVTA 1JCFA 4MO5A 3DXMB 5AQLA 3L2WA 1WAJA 4CJKA 1W2BM 3LDLA 1NWKA 4MLEA 3L3UA 3Q7CA 3KKSA 1RDUA 5FROA 2E88A 3SI6A 4CEAA 4DF8A 4IG3A 4K42A 3RR7A 2FSKA 2Q2RA 3F2KA 4DV3K 3VQBA 4X62K 3DXKB 4DR7K 3MX2A 1EETA 3OY9A 1P8ZA 4HHTA 3NMUA 3FZLA 1DT9A 3EYZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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