5JMVA

Crystal structure of mjkae1-pfupcc1 complex
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
328
structure length
323
Chain Sequence
MDPMICLGLEGTAEKTGVGIVTSDGEVLFNKTIMYKPNPREAADHHAETFPKLIKEAFEVVDKNEIDLIAFSQGPGLGPSLRVTATVARTLSLTLKKPIIGVNHCIAHIEIGKLTTEAEDPLTLYVSGGNTQVIAYVSKKYRVFGETLDIAVGNCLDQFARYVNLPHPGGPYIEELARKGKKLVDLPYTVKGMDIAFSGLLTAAMRAYDAGERLEDICYSLQEYAFSMLTEITERALAHTNKGEVMLVGGVAANNRLREMLKAMCEGQNVDFYVPPKEFCGDNGAMIAWLGLLMHKNGRWMSLDETKIIPNYRTDMVEVNWIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural and functional characterization of KEOPS dimerization by Pcc1 and its role in t6A biosynthesis.
pubmed doi rcsb
source organism Methanocaldococcus jannaschii (strain atcc 43067 / dsm 2661 / jal-1 / jcm 10045
molecule tags Transferase
molecule keywords Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosyn
total genus 105
structure length 323
sequence length 328
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2016-04-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jmvA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jmvA01
5FPEA 4Y0WA 2P9LB 4BREA 1BDGA 4FOIA 4BGBA 4BR2A 3HM8A 4GNIA 5AQSA 3UE5A 4PKGA 5AQMA 4FWSA 3VEWA 3WXJA 2ITMA 2FSJA 4FWKA 5CE3A 4NO7A 3FZMA 3L6QA 3MMVA 3HSCA 1GLLO 2IVNA 1TUYA 3VEYA 2YHWA 2QWMA 1NGGA 2P9LA 3J8AA 3VERA 3L4IA 5BPNA 1KAYA 4FPAA 3AARA 1HKCA 3GL1A 3WQUA 4BC3A 1C0GA 3MN5A 4FWRA 2FXUA 1NBWA 4FSVA 1GLFO 3RSEB 5LY3A 2HOEA 2E8AA 3U8XA 2E2PA 3WXLA 4H0XB 2A42A 1NWKA 1TYQB 5LJVA 1BO5O 4WQ5A 1C0FA 1NGBA 1X3MA 5F0XA 5AZIB 2D1KA 4CZMA 1K8KA 2A3ZA 3ENOA 4H0VB 4M7XA 3ZETA 3UKUB 3LDQA 1JCGA 3BP8A 1E4FT 3W0LA 1WUAA 4XH5A 3DXKB 1BA0A 5BRFA 5AZJA 1R59O 4FWLA 4B1UB 1QQNA 2QWNA 1U2VB 3FZLA 2D0PA 1SAZA 4BR7A 3QMLA 3CIPA 3VEOA 3LDNA 5BR9A 3FZFA 3DJCA 4H0PA 5JMVA 5LJWA 5AZJB 3U4LA 3VF4A 1WOQA 4FO0A 1TUUA 3VENA 4M7YA 4B1WB 3O1WA 2UYTA 3FZKA 4MO4A 1V4SA 5JLHA 5E84A 3IMXA 2YHXA 3O80A 5ADXH 3MN9A 2BTFA 5F1XA 2QWPA 4FPBA 3DXKA 4A2BA 4C23A 2FLOA 4B1XB 5KPZA 4CBUA 3WT0A 1QQMA 4BRMA 2F9TA 3CJBA 3WEEB 1OKJA 2Q0UA 1T6CA 4A2AA 2J4RA 3VGLA 2E2NA 3GDQA 3MCPA 3SLCA 4EFHA 5KPTA 2AA4A 3GOIA 3G25A 4IZ9A 3BUZB 3AAPA 3QFPA 3QDKA 4GY2B 1GLDG 3ZX2A 2P9KA 2QW9A 2Q0RA 1LCUA 2YI1A 2IIRA 2ZGYA 2HMPA 2PBDA 4IXCA 1RFQA 4BG8A 1QZ6A 2BUPA 5I9EB 5EOYA 3EN9A 4J8FA 4IO8A 3IUCA 3EKUA 4A61A 3WXIA 4DCHA 2A40A 4CZHA 2VWBA 4M63C 3M1FA 1JCFA 4ISFA 1D4XA 3F9MA 3CJ1A 3EZWA 4JD2A 1U2VA 3HBTA 1QQOA 2Q1NA 1HJOA 3ENHA 5TKYA 4BR5A 1HUXA 2NLXA 1GLJO 1KAXA 4JHDB 2NZTA 3AY9A 3IDHA 2WUSA 3JXUA 4CZFA 2QWLA 3A5MC 3S41A 3DWLA 4O5FA 2I7PA 1YUWA 5AQOA 1J6ZA 4BC4A 1GLAG 3LDPA 2CH6A 5JLFA 2QWOA 1NM1A 2V7YA 4CZGA 5AQYA 1U6ZA 2DPNA 1GLCG 1BG3A 4ISGA 4NB4A 4F9OA 4QS9A 3D2FB 4RWTA 3VGKA 1X9JA 1HKGA 2FSKA 2EWSA 3TU5A 5AQTA 4H0OA 2E1YA 4WQ4A 3QBWA 1ZC6A 5AQHA 1P8ZA 4BR9A 1XC3A 3R8EA 2P9IB 3R9PA 4FL9A 4H5VA 2P9UB 3DXMB 4I6MB 4BROA 4XEIA 5ELZA 2IVPA 3D2FA 2P9SB 5BREA 1DKGD 4CD1A 1MWKA 4BRGA 5AQXA 5AQJA 3FGUA 3VPZA 4BC2A 3UB5A 4BVOA 4PL8A 1NGJA 1YAGA 3GE1A 4MLHA 3H6EA 2P9SA 2ASMA 3VF6A 3FFKB 2ASPA 4CI6A 4O8KA 3BEXA 4BC5A 1NLVA 4K43A 3R6MA 3B8AX 3O5BA 2QM1A 4MLEA 3SJHA 3LDLA 2PAVA 4XH1A 2CGKA 3DAWA 4QS8A 5KPRA 3H3NO 2P9NA 2QWQA 3H3OB 3KHYA 1ATSA 3O1BA 2E2OA 5AFUH 5FPDA 3UKUA 2A41A 5BN9A 1MA9B 2ZF5O 4HTLA 3MN7A 5EXWA 3VETA 1GLEG 5AQUA 4CZEA 3QFUA 1ESVA 2GUPA 3O4WA 1HPMA 3WQTA 2ASOA 4BRCA 3RSEA 4EHUA 5BRDA 3QBXA 2E88A 4BRFA 1NGHA 3CJCA 2FF3B 2NRHA 1IJJA 4LC9B 3ZEUB 2CH5A 2Q31A 5BPMA 3FE1A 3LM2A 4CBXA 3I33A 4BRAA 3HTVA 4JD2B 3MDQA 2A5XA 3ATVA 1MDUB 5JICA 2GWJA 5AQKA 1SZ2A 3P4IA 3U9DA 2D0OA 4H0TB 3ZETB 3CETA 4BQLA 3BF1A 1S22A 2P9PA 5AQNA 1YVNA 3H1QA 4RCHA 3FLCO 1E4GT 2OANA 5AQGA 4BRQA 1Q18A 3A5LC 3H1VX 3VF2A 4IWVA 3HI0A 3U9ZA 4BRDA 1NGCA 3KVGA 1S3XA 2I7NA 4BR4A 2VYPA 2V7ZA 4BRNA 4DQ8A 3D2EA 4JAXA 3QB0A 4WYBA 3VESA 2FF6A 4CZIA 2Q36A 1DGKN 5AQZA 4AM7A 4RTFD 1ATNA 1Z05A 1IG8A 1BUPA 2P9IA 1KAZA 4B1YB 2E2QA 5BPLA 4B1VA 5AZIA 3SK3A 5BN8A 1GLBG 3A5NC 3A0IX 3D2EB 3C0BA 3VEXA 1DEJA 3H46O 4B1ZA 3AAQA 1BU6O 3EKSA 1Y64A 1CZAN 5ADXA 5KQDA 1YXQA 2V51B 1T44A 4CBWA 3GBTA 4CZJA 3W3DA 5E26A 4FWQA 1JCEA 2KHOA 2P9PB 3CERA 2D4WA 4YDUA 4K25A 3VOVA 5AR0A 4BG9A 1XQSC 3CQYA 3M6GA 3FZHA 4BVPA 4FWPA 3I8BA 4WQ4C 4BGAA 1HLUA 2AP1A 2P9UA 3DXMA 1QHAA 2Q97A 4I6MA 1T6DA 3WXKA 4JHDA 1V4TA 4CD3A 3TPQA 1TYQA 5AQQA 5FPNA 5AFUA 5BRHA 1ATRA 2ZWHA 4H5WA 4BRHA 3O6WA 4EAHD 3UKRB 3MK6A 4K41A 4BRKA 4EIAA 3VEZA 4H5TA 4DB3A 1BA1A 1NMDA 3JS6A 2IVOA 4FWMA 4JNEA 1XUPO 3LL3A 2QXLA 2E1ZA 3CJAA 3HZ6A 3OHRA 4JN4A 2ZGZA 3LM9A 1HKBA 4H03B 5AQVA 3WUHA 2FSNA 4H0YB 4FOEA 3O8MA 3CQXA 4ISEA 3CI5A 4MO5A 3ULEA 3H45C 3A5OC 3SMPA 1RDWX 5FPMA 3CJ7A 2W40A 2F9WA 3GG4A 4CZKA 1BWFO 3SMSA 4L3QA 2GELA 2P9NB 2Q2RA 1G99A 1NGIA 2YHYA 2HF4A 4IJAA 3D7EO 4EHTA 1ZXOA 4PL7A 3ULEB 2CGLA 5KQ8A 3VGMA 3C7NA 3LDOA 2YJEA 4IJNA 2E20A 5EVZA 3WEEA 3KZBA 1EQYA 5AQLA 3VEVA 2YCHA 4YDUC 3O08A 1BOTO 1NGEA 5AQWA 1HX1A 2CGJA 4BRLA 4DHYA 3EO3A 1X3NA 4H5RA 4KBOA 5F2RA 1NGDA 3L0QA 3M3ZA 2W41A 3ID8A 5AQIA 3ZEUA 3EL2A 4FWOA 3ZX3A 4PKIA 2GEMA 4BRIA 2QWRA 4PKHA 2P9KB 5AQFA 1NGAA 1QZ5A 4XH4A 4BRPA 1H1VA 4H5NA 4A62A 3UKRA 4FWNA 2GWKA 2HF3A 2GTDA 1K8KB 3FR0A 1ZBSA 3A8YA 3QICA 4AM6A 1KXPA 1MWMA 2A6AA 2YJFA 1SQKA 4CJ7A 4HWIA 3MN6A 5AQPA 4CZLA 3ATUA 4BQZA 1NGFA 4K42A 4QS7A 3CJ9A 2VCPA 4E1JA 5EX5A 5AQRA 4Z94A 3C7NB 5EY4A 3CHWA 3IFRA 3ZX0A 4WQ5C 1RGIA 2H3GX 1Z6RA 4B9QA 1LOTB 4BR0A 5B8HA 2V52B 3BF3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5FPEA 4BREA 4LFAK 1BDGA 5CZ1A 4CHPA 1CXUA 5AQSA 3J80O 1BISA 5AQMA 3V1RA 4KB0A 3LP1A 1BL3A 3OYIA 4K0KK 5CE3A 3FZMA 1CZ9A 3NVKA 3MMVA 4OPKA 4IEIA 4RW9A 4CEZA 3KK7A 2GV9A 1RT2A 5BPNA 4BC3A 1HKCA 4DUYK 1C0GA 1L5UA 5FRNA 2WC9A 1OVQA 2UUCK 4CJ5A 5LY3A 4CEDA 2G8FA 3LZJA 2RPIA 4FZZA 1NWKA 1YJWN 4WCEL 3IRXA 4E7LA 4KHNA 1J54A 5LL6Z 4KHQA 5F0XA 4GKJK 1JXBA 3O9SA 2D1KA 3ZLJA 4H0VB 2HBKA 3T19A 3ZETA 2D0AA 1JCGA 3HP6A 2DTUA 3BZKA 1NJXA 1E4FT 4DSJA 3VQ8A 4XH5A 3K59A 3CMAN 3CPWM 4DR1K 3HYFA 2KTQA 3AVHA 3ISNC 4DWIA 1XNQK 2QXFA 1U2VB 4NYNA 1SAZA 1HNZK 3PSFA 5D3GA 4H0PA 3QEPA 4FK0A 4CEAA 3VQ7A 5AZJB 4QCLA 1TUUA 1FJGK 1K8AO 3NHGA 2YHXA 5DM6L 1QE1A 2QWPA 4FPBA 1TKTA 4Q5VA 4B1XB 5KPZA 1VRTA 3WT0A 4BRMA 1NJIO 2Q0UA 1T6CA 3O3HA 4E1NA 3WNGA 3LP0A 4M45A 4DQQA 3SQ0A 2AA4A 2BE2A 1ZBHA 2HNZA 1YHQN 3BUZB 1X9WA 2F7TA 3QDKA 4GY2B 1QTMA 5C0YA 1X9SA 2HMPA 4IXCA 1TV6A 2G8VA 1S1XA 4BG8A 2BUPA 5I9EB 3K5OA 3EN9A 3L8BA 4IO8A 4A61A 3EKUA 1SL1A 2HHXA 5HLFA 3IG1A 3SPZA 1XC9A 2YNFA 4CZHA 4Z4CA 4W5NA 4KH4A 2W6KA 2PY5A 2GUIA 5I3UA 3LWLA 4DV2K 1JCFA 1K6YA 4DMNA 3V9XA 3CJ1A 3ZSQA 4KH5A 3EZ5A 3FFIA 3CCMN 1RBRA 4X64K 1VQ6N 1QQOA 2Q1NA 3ENHA 4Y1DA 5IT9O 4BR5A 4F3TA 4FZXC 2NZTA 3AY9A 4M42A 2WUSA 3JXUA 2QWLA 3DWLA 4O5FA 2I7PA 2YKMA 5AQOA 2UXBK 3THXB 2G8HA 5LMNK 3DM2A 2QWOA 2V7YA 3S3NA 4CZGA 2HHVA 1U6ZA 2DPNA 4FJ7A 4OLBA 4E7JA 3NGIA 2HHQA 1BG3A 3AA3A 4F9OA 4NB4A 5JVGL 1SS6A 2E6MA 5HRSA 3R1XA 4OPAA 4RWTA 1RDUA 3G0ZA 1T8EA 4CGDA 3TAMA 4JI2K 1RT4A 1ZC6A 3L2VA 5AQHA 1P8ZA 3TI0A 3R9PA 4BDYA 2P9UB 4I6MB 4MQ3A 5ELZA 2IVPA 4CIFA 2P9SB 4ICLA 4BRGA 4O5BA 1T3VA 5AQXA 3LZIA 3UB5A 4BVOA 4DU1A 4BE2A 5H1SQ 4KAZA 1C0UA 1NGJA 1OH5A 1YJNN 3AVBA 1QSYA 2ASPA 4CI6A 1VRUA 3SUPA 4G1QA 4K43A 1I39A 2DFEA 3ITHA 4CF9A 3B8AX 3SJHA 3TWHA 3LDLA 4RG8A 1A5VA 1VSMA 4XH1A 1FXXA 2CGKA 1BQMA 4IG3A 4QS8A 3H3NO 2P9NA 2QWQA 5GAEP 5KPRA 3O4QA 3TR8A 1JLCA 3ID6A 2ZF5O 3MXMA 1NOZA 2FBTA 3MN7A 5AQUA 4DFMA 4BE1A 3KK3A 1Q9XA 3O4WA 4CJVA 3OYNA 3WQTA 4KHUA 4FJGA 4CGFA 4DTJA 2ZE2A 4EHUA 4KTQA 3D6RA 2E88A 5KI6A 4R5PA 4A5AA 2O8DB 4CHZA 2F96A 3O9QA 1RT7A 4HTUA 4BRAA 3KTQA 2HNYA 4Z4FA 2A5XA 1KQSM 3O9RA 5FLXO 2GWJA 3SV3A 3T69A 3CM6A 1JLBA 1UWBA 3RMAA 2IOCA 3P4IA 2D0OA 3V9UA 4FLVA 1S22A 4OKJA 2P9PA 5AQNA 3VQEA 4KKOA 4RW7A 3FLCO 4G9ZA 1S6QA 2OANA 5AQGA 4JKAA 1QQCA 3ZSVA 3A5LC 3VF2A 4JI4K 5KGWA 3QO9A 2HMIA 3F73A 3U9ZA 1FKOA 2O8BB 1ILYA 5C2DA 3QB0A 4LF7K 3RMDA 3HOTA 4OKEA 2Q36A 3OYBA 3I8DA 1ATNA 4LFCK 3D0PA 4JI5K 2O8CA 4JI7K 4IEEA 5T7BA 3HSTB 1R0AA 2BH1A 3HPGA 2HHHK 4B9SA 4NLBA 1QSLA 3OJUA 5M1PA 1JXEA 4NCAA 1Y64A 4B3TK 4JKCA 4O0JA 1IBMK 3P5JA 3UIQA 3PV8A 1YXQA 1T44A 3O3FA 4FWQA 2VQEK 2KZZA 5C2FA 3LP2A 4FLWA 3NAEA 3MEDA 4BG9A 5SZTA 3OYCA 3R3LA 4FJHA 3M6GA 1KC8O 3FZHA 3AO4A 1HLUA 2AP1A 2P9UA 4I6MA 2Q97A 2PYJA 5GAGP 1TYQA 5AQQA 5BRHA 4CCHA 4JKBA 1LW2A 2ZWHA 3LP3A 3O6WA 2OCEA 4LSNA 1BCOA 3JSMA 2OZSA 1LWCA 3OA9A 3MK6A 3ZSOA 5FROA 4OO1J 1REVA 4CHYA 3MCAB 1RDDA 1NK7A 1BA1A 1NMDA 4FWMA 3L3UA 2QXLA 2E1ZA 1SV5A 3OYGA 2OA8A 1W97L 2KFZA 4H0YB 5J1EA 2OPQA 4B3SK 3ZSZA 3SMPA 1RDWX 5DK5A 1VQMN 1A5WA 4CZKA 5C25A 1KVAA 3E01A 5CR4A 2YHBA 2Q2RA 3KLFA 2HF4A 4PL7A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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