The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
23
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sequence length |
115
|
structure length |
115
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKF
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
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| publication title |
A snapshot of the 30S ribosomal subunit capturing mRNA via the Shine-Dalgarno interaction
pubmed doi rcsb |
| total genus |
23
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| structure length |
115
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| sequence length |
115
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-12-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4NXM K; 3J7A P; 1N34 K; 5A2Q O; 1HNW K; 4DV0 K; 4DV7 K; 4AQY K; 1IBL K; 4LFC K; 2HHH K; 5LL6 Z; 1IBK K; 2UUB K; 4JI6 K; 4KHP K; 1HNX K; 4JI1 K; 4DR4 K; 2UXB K; 5LMN K; 1HR0 K; 4CW7 B; 1HNZ K; 4DR1 K; 4LFA K; 4DV1 K; 4DUZ K; 4YHH K; 4DV4 K; 1XMO K; 4JYA K; 4DV6 K; 4JI2 K; 4DV2 K; 4LF5 K; 1IBM K; 4LF4 K; 2UUA K; 5IT9 O; 4JI8 K; 5AJ3 K; 2UXC K; 5IWA K; 5LMU K; 3T1Y K; 5BR8 K; 1XMQ K; 4DR2 K; 4B3S K; 2UU9 K; 2ZM6 K; 1N32 K; 4DR7 K; 1N36 K; 3J81 O; 2VQF K; 2F4V K; 4LF7 K; 4JI0 K; 1XNQ K; 4DUY K; 4DR6 K; 4X66 K; 4LFB K; 4DV5 K; 4YY3 K; 1FJG K; 4LF6 K; 3JAM O; 4CVN E; 4V19 S; 4OX9 K; 4K0K K; 4JI5 K; 4X64 K; 4NXN K; 1XNR K; 4GKJ K; 3OTO K; 4DR3 K; 4X65 K; 1I94 K; 5FLX O; 3J80 O; 3J7Y P; 1N33 K; 4JI7 K; 4LF9 K; 4B3R K; 4B3M K; 4DV3 K; 2VQE K; 4JI3 K; 4X62 K; 4GKK K; 4B3T K; 1J5E K; 4JV5 K; 3T1H K; 4JI4 K; 4LF8 K; 2UUC K; 2UXD K; 4DR5 K; 2E5L K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3A0I X; 3NF7 A; 3WQU A; 1WBD A; 2FBT A; 3SAG A; 4FJL A; 4GNI A; 3CQY A; 3UIQ A; 3K5L A; 1OVQ A; 1VSM A; 4CZE A; 4LFC K; 3BZK A; 1D9D A; 3CQX A; 1GOA A; 4DTS A; 1VRU A; 5BRD A; 4BGA A; 2BAN A; 3Q7B A; 3ZYY X; 5C2F A; 2P5O A; 1OH5 A; 3VQC A; 5E26 A; 5F1X A; 4LFA K; 3ZT2 A; 1KAZ A; 1JLG A; 3SV4 A; 3EKU A; 1XMO K; 4CIG A; 4ELT A; 4QOZ B; 4F4K A; 2D0A A; 3EO3 A; 1BQM A; 4PUO A; 3KK7 A; 4FW2 A; 1JLC A; 2QA4 N; 2W42 A; 1QQC A; 3L4Q A; 5GAD P; 1EO1 A; 2XHB A; 2VWB A; 2P9U A; 3KVG A; 1TKD A; 1NMD A; 3U8X A; 4DFJ A; 3D45 A; 3WNG A; 3MAQ A; 4B3S K; 3CCR N; 3QBW A; 4H5V A; 3VEY A; 3IUC A; 4ICL A; 5FPD A; 3DOK A; 1J5O A; 2I5J A; 3QEI A; 5DMR A; 3WQT A; 1LAV A; 3SPZ A; 3AA4 A; 1MWK A; 2GUP A; 1ITG A; 3CCU N; 4C8M A; 2VGN A; 4KRE A; 1GLF O; 4OKJ A; 4X64 K; 3TTC A; 2ITM A; 1XC9 A; 5BRE A; 4DTR A; 4FM2 A; 3QEP A; 3E01 A; 3NF8 A; 4H4O A; 1WUA A; 1RDA A; 3VQ4 A; 1JXB A; 1SV5 A; 4H0X B; 2HVI A; 1JCE A; 4B3M K; 4W5N A; 3NVM A; 3G0Z A; 3L2R A; 2NRT A; 1BI4 B; 5K14 A; 4YOY A; 4JNE A; 3NH2 A; 1TL3 A; 3I56 N; 3M8S A; 2QKK A; 5HLF A; 4DSI A; 3CD6 N; 4KH5 A; 4GVM A; 3CJC A; 1U45 A; 4NCA A; 4ID1 A; 3H3O B; 4DV0 K; 3QNN A; 3CCV N; 1TKZ A; 3W3D A; 3DWL A; 3IG1 A; 2HHH K; 5HRS A; 5T7B A; 4CEE A; 4JS4 A; 1IBK K; 1NGJ A; 3MCA B; 5ELZ A; 4E19 A; 3BF1 A; 3THY B; 5ADX A; 3THX B; 4JI6 K; 3NGZ A; 3OA9 A; 1N8R O; 3OYD A; 4DFP A; 3AA5 X; 1TGO A; 4DG1 A; 1DTQ A; 2KZM A; 2IC3 A; 4N41 A; 3LM2 A; 1XC3 A; 4FO0 A; 4JAX A; 1EKE A; 4H0V B; 1S6P A; 3RRG A; 3E9L A; 4DQ8 A; 5DM6 L; 3MXI A; 3HP9 A; 5JVG L; 1SAZ A; 2WUS A; 2BUP A; 2O8B B; 2HF4 A; 4KH6 A; 4K8X A; 1OH6 A; 2X74 A; 3IKM A; 1EXQ A; 4H8K A; 3D2F A; 1KRP A; 3AAQ A; 2BH1 A; 3VQE A; 5C42 A; 1XUP O; 1GLA G; 4QS8 A; 3SMS A; 5TKY A; 3VTI A; 5AQH A; 4KHS A; 5C25 A; 4IG3 A; 5J1E A; 4DMN A; 5JS2 A; 3ULE B; 2VQF K; 1S6Q A; 1S72 N; 1NOY A; 2DFF A; 2G8K A; 4CZG A; 1CZA N; 4DV5 K; 4FWR A; 4OPA A; 3C65 A; 2F7T A; 2Z1H A; 4BRP A; 2W6K A; 3R1X A; 1NKE A; 3IAY A; 1VQP N; 5EXW A; 1YJW N; 4H4M A; 4LH4 A; 3KKS A; 3O3G A; 2ASO A; 4EHU A; 4EHT A; 4A62 A; 1ILY A; 2QXF A; 3WXL A; 3DMJ A; 2YHA A; 5FLX O; 4DU4 A; 3V6D A; 5AQI A; 3J80 O; 4FWN A; 3KJV A; 4KTZ A; 4O5B A; 5JLH A; 1REV A; 3DLE A; 2FF6 A; 1J5E K; 1S22 A; 5GAH P; 3UKU B; 4JV5 K; 1P8Z A; 4DSJ A; 1BIZ A; 2UUC K; 3CIP A; 1JLB A; 4KAZ A; 2YI1 A; 4KI4 A; 4DSL A; 5CE3 A; 4KFB A; 3ITH A; 1KSP A; 3TAB A; 3LAL A; 4B9U A; 4MDA A; 3TAE A; 3QIP A; 3SI6 A; 4DWI A; 1ZYQ A; 1S1V A; 1VRT A; 1KFD A; 4BE2 A; 4CJ3 A; 3I8B A; 1ZXO A; 1JLF A; 3OYE A; 3TAG A; 3PO5 A; 3KWI A; 4F2S A; 4DR1 K; 1Q86 O; 3OYF A; 3HO1 A; 3AVN A; 5AQL A; 2HBJ A; 5EY4 A; 5AZJ B; 5AQJ A; 3DXM B; 3O08 A; 3TAF A; 3THW A; 2V52 B; 2XY6 A; 2QK9 A; 1T6C A; 3AVJ A; 3GL1 A; 1VQ7 N; 4L8R B; 3O8M A; 4DTU A; 3R9P A; 3BF3 A; 4CHZ A; 1RT5 A; 1FKO A; 4CJ7 A; 1EQY A; 5M1K A; 1Z05 A; 4FJX A; 3V9U A; 3CPE A; 1F21 A; 4Z0U A; 3NH1 A; 5C12 A; 3VEV A; 3KK1 A; 1HX1 A; 1KLM A; 1RDD A; 4E0D A; 2P9N A; 2LSN A; 4B3O A; 1C0G A; 3VQ6 A; 1TYQ B; 3I8D A; 1VQK N; 1VQ5 N; 2WON A; 2P9L B; 3ZSV A; 1ZBL A; 2O8C A; 2VG5 A; 4IJN A; 4RTF D; 4PL7 A; 5AQX A; 5FRM A; 4CZK A; 2HNY A; 3N4Q A; 3P38 A; 4FLV A; 4K42 A; 4JI5 K; 1RT1 A; 1P90 A; 3PUF A; 4YOU A; 4Y0W A; 3ZT0 A; 3CC2 N; 4EZ6 A; 1T6D A; 1WSG A; 2PYL A; 3WNF A; 2ASM A; 3NVK A; 1GOC A; 5H1S Q; 1IKY A; 3DLB A; 3PY8 A; 4FJ7 A; 2Y1I A; 4PHT X; 3T1H K; 1WN7 A; 1R59 O; 1WSI A; 1KTQ A; 3QML A; 4ZTJ A; 3O1W A; 4Z4G A; 3J7A P; 3J8A A; 4HUG A; 1RTD A; 2OZS A; 2VYP A; 2IVP A; 2P9P A; 1QSS A; 3AVH A; 4FWS A; 3OYI A; 2NRV A; 3E66 A; 5KGW A; 5LL6 Z; 4YOV A; 4XH1 A; 1X3N A; 1WB9 A; 4HVJ A; 3VF6 A; 3TSU A; 2GBZ A; 3PIP L; 1ZBI A; 1X1P A; 4DR4 K; 4CHQ A; 2FLO A; 3MEE A; 3FZM A; 2AJQ A; 3WXM B; 4C1N K; 3K5N A; 4M7X A; 3ZT3 A; 5MLC Q; 4DV4 K; 4IWV A; 3VQA A; 1A5V A; 4AM7 A; 3M1F A; 2YNG A; 1WSH A; 3F2K A; 3ENH A; 4E7K A; 3EE9 A; 5I3U A; 3VQ7 A; 2JGU A; 2EWS A; 4JKD A; 4CJE A; 4DTP A; 2KZZ A; 3T1Y K; 3ZX3 A; 4KH4 A; 2P9K B; 5JLF A; 1KD1 O; 1XWL A; 3CXC M; 1B92 A; 1RBS A; 3TTD A; 2Q0U A; 2O8F B; 1RT2 A; 4BRH A; 4ILH A; 3U3Y A; 1CLQ A; 1TVR A; 3N4P A; 4PY5 A; 2O4I A; 1VQ8 N; 3LDO A; 3OS1 A; 4LH5 A; 1LV5 A; 4LF6 K; 4CZL A; 4IDH A; 3VQ9 A; 3AGR A; 4GV6 A; 2Q36 A; 1KAY A; 4K0K K; 1VSI A; 3K0S A; 2Y1J A; 1X9S A; 2FBX A; 4CZJ A; 3PV8 A; 4DQI A; 3ZET A; 3VPZ A; 4WCE L; 1QVG M; 3RR8 A; 4CCH A; 3LWL A; 5GIO A; 4TSX A; 2PYJ A; 4LF9 K; 3C94 A; 3VER A; 1GLL O; 1E4F T; 4JHD A; 1VSH A; 4B3T K; 3F73 A; 3ZLJ A; 3MWT A; 3EL2 A; 1W2B M; 3K9K A; 2F9T A; 2XO7 A; 3ASM A; 1SKS A; 3OYJ A; 3V9Z A; 1G15 A; 3L3V A; 3HPG A; 1N34 K; 1YT3 A; 1HNW K; 2E1Y A; 2VWJ A; 2X78 A; 2RF2 A; 3HM9 A; 3SUQ A; 4DSE A; 5I42 A; 2NRX A; 1QVF M; 4IEE A; 1RBT A; 3V9S A; 4EFH A; 3HOT A; 4BVP A; 4YNQ A; 4B8C A; 3SZ2 A; 3OYK A; 4MLE A; 4CJK A; 4B1X B; 1J54 A; 4CI6 A; 4CHY A; 5C15 A; 5CZ1 A; 3G71 N; 2P9I A; 1NK9 A; 2BGG A; 2OA8 A; 3QEV A; 3TAN A; 2YHW A; 4M3R A; 4YDU A; 2HND A; 3O9R A; 4DS5 A; 1JKH A; 4DTJ A; 4RW7 A; 1IBM K; 1IO2 A; 2RN2 A; 4DB3 A; 4FJ9 A; 2GEL A; 3C6H A; 4BRG A; 4BRE A; 5BRF A; 4A2A A; 3MN5 A; 3OS2 A; 5AFU H; 1ATN A; 2PZS A; 3QO9 A; 1XHZ A; 2HHU A; 1KAX A; 3HBT A; 3I33 A; 3IRX A; 4ELU A; 3L0Q A; 1HRH A; 4KHW A; 2G8U A; 4DU3 A; 5HRP A; 3WT0 A; 2IDO A; 4DFM A; 1QZ5 A; 4PWD A; 3TAR A; 3EYZ A; 2D0O A; 4BRL A; 4UY8 O; 4V19 S; 3K5M A; 3OVN A; 5AFU A; 3O4N A; 1CZ9 A; 3NHG A; 4FZY A; 1GLD G; 1W0H A; 4A57 A; 4M3X A; 4CJQ A; 4B3R K; 2HST A; 1QS4 A; 5EOY A; 4CJW A; 2VQE K; 2E6M A; 4CBW A; 3RSE B; 3CCL N; 1XHX A; 1IKV A; 3UB5 A; 4JI4 K; 3S3O A; 4FLW A; 3C7N A; 1ESV A; 3OJS A; 1GLB G; 4NXM K; 4CF9 A; 4BRM A; 1Q9X A; 1S9E A; 2D0P A; 4FOE A; 1HJR A; 2QWR A; 3M3Z A; 3A5N C; 4M45 A; 4AQY K; 4DTN A; 3CJ1 A; 4CF1 A; 1D4X A; 2D0B A; 3M5R A; 3KWG A; 3CER A; 1NKB A; 1LOT B; 4E7L A; 2B4J A; 1YJN N; 3GOI A; 3K59 A; 3WEE A; 4KHP K; 3H46 O; 4XH4 A; 1D5A A; 4JKG A; 1SZ2 A; 4O0I A; 1VQL N; 4DUZ K; 3CM5 A; 1T3V A; 3OHR A; 1LCU A; 2P51 A; 2D0C A; 4FLZ A; 4CIF A; 4NCG A; 1KVC A; 2QTD A; 3LP2 A; 1BIU A; 3FZF A; 1L3S A; 4RW4 A; 1ZC6 A; 4IOX A; 2H3G X; 3ID8 A; 1BU6 O; 2E6L A; 3CHW A; 4CFD A; 3TAP A; 2P9S A; 2UU9 K; 3LZI A; 4PKH A; 2HMP A; 3RMD A; 3OW2 M; 4CEZ A; 3G25 A; 4EIA A; 2VGM A; 1TV6 A; 3GG4 A; 4BGB A; 4FCY A; 3RRH A; 3NAE A; 4FLY A; 3K5O A; 1XNQ K; 4LFB K; 3EEQ A; 4B1U B; 4R79 A; 3FZH A; 1TKX A; 3C95 A; 4JD2 A; 1VSJ A; 4BG8 A; 4B1W B; 3HOS A; 3ATU A; 4BDZ A; 1Q81 O; 1IKW A; 2ATQ A; 1IV0 A; 1S5J A; 5FRN A; 4H5T A; 4BC4 A; 3S9H A; 1RBU A; 3CFP A; 3ZSY A; 1TK8 A; 3KLG A; 3ZX2 A; 3LDP A; 1BHL A; 3VQ8 A; 4BRD A; 2CGJ A; 4AIL C; 1U2V A; 4CGG A; 3LPU A; 1OH8 A; 5E84 A; 1V4S A; 3SPY A; 4YFU A; 4C8N A; 3TSQ A; 4CJU A; 1VSE A; 3LZJ A; 3RMC A; 3U4L A; 1NJI O; 4PQU A; 1C0M A; 4PA1 A; 2IVN A; 4CD3 A; 3VQ5 A; 3ID6 A; 5HRO A; 3V9W A; 4IFV A; 2DFE A; 2QWQ A; 2A41 A; 1VK0 A; 1BOT O; 3TTF A; 1DT9 A; 2EX3 A; 1UA0 A; 3RVC A; 1TAQ A; 2YX6 A; 1DLO A; 3IS9 A; 2NNW A; 2UUB K; 2IVO A; 3EY1 A; 3OY9 A; 1K8K A; 2CH5 A; 1JL1 A; 1CXU A; 4CZF A; 4OVL A; 5KPZ A; 2WTU A; 3HT3 A; 3NGI A; 2KKZ A; 1HPZ A; 3DXK A; 1T8E A; 3M8P A; 2QWN A; 4CK3 A; 2ZD1 A; 4CHN A; 4M63 C; 3VEN A; 3T69 A; 2ASP A; 2Q2R A; 4YOX A; 3OBW A; 4FJK A; 3MDQ A; 4E3S A; 2UXC K; 3DYA A; 3SK3 A; 4H5R A; 3U3G A; 1WSJ A; 4N56 A; 4F3O A; 4CHP A; 5BR8 K; 3SCX A; 2KW4 A; 3U9Z A; 2E1Z A; 4A5A A; 3GBT A; 4KB1 A; 4Z4H A; 1NK4 A; 4Z4I A; 4DQS A; 1N5Y A; 3VGK A; 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3WNE A; 4N76 A; 2Q1N A; 5M1P A; 2FXU A; 3TWH A; 1N32 K; 4BRO A; 4CEO A; 4J2E A; 4HWI A; 2JLE A; 2KLA A; 3MED A; 2NRR A; 1Z6R A; 2GWK A; 1YTA A; 4DR6 K; 4Z94 A; 4DSF A; 1U4B A; 2Q3S A; 3O6W A; 2ETJ A; 4QS9 A; 2I7N A; 4W5Q A; 1HKB A; 4LC9 B; 3THY A; 4CF0 A; 4NXN K; 3KK3 A; 3THX A; 1GLJ O; 3OTO K; 1T05 A; 1RT7 A; 4B9N A; 3MMV A; 3OYL A; 3A5O C; 3O9S A; 3V1O A; 1TUY A; 1RBV A; 4A5B A; 3I55 N; 4LD0 A; 1DGK N; 1YXQ A; 1QSY A; 3L4I A; 5CZ2 A; 4YOW A; 1KVA A; 1BG3 A; 3P1G A; 3AVF A; 5I9E B; 4FWQ A; 3T3F A; 5BPL A; 1NK5 A; 3IDH A; 1SL0 A; 2ZE2 A; 4RCH A; 4AHC A; 4FJ8 A; 3R8E A; 4RG8 A; 3DRR A; 2O8B A; 4B9T A; 4HUF A; 2BE2 A; 3P83 D; 2OPS A; 2NRW A; 4WE1 A; 4HTU A; 3AA3 A; 2O4G A; 3MEG A; 4O0J A; 2OYQ A; 2FSJ A; 4IZ9 A; 4WFN L; 3CPW M; 3CCE N; 2XY8 A; 2QW9 A; 3UKR B; 4ID5 A; 3NF6 A; 3WNH A; 2ZWH A; 4ISE A; 4DFK A; 1HNI A; 1JJ2 M; 1KQS M; 3ZX0 A; 3LDL A; 5SWM A; 1K6Y A; 3Q7C A; 4OO1 J; 2OZM A; 2V51 B; 2QWP A; 3VEW A; 4JI1 K; 1Q82 O; 2ZJP L; 3PO4 A; 5LMN K; 3CCQ N; 3CJA A; 4WQ5 A; 4K8Z A; 1UAX A; 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