1B92A

Mobility of an hiv-1 integrase active site loop is correlated with catalytic activity
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
155
structure length
144
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGAVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The mobility of an HIV-1 integrase active site loop is correlated with catalytic activity.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
molecule keywords PROTEIN (INTEGRASE)
total genus 53
structure length 144
sequence length 155
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1999-02-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1b92A00
3NH0A 3F73A 4JS5A 4GW6A 4FZXC 3DMJA 1BCMA 4GVMA 4KRFA 2OZMA 1A5VA 3L3VA 4CEOA 2IAJA 4F2RA 1RT5A 1QSLA 3LWMA 1BI4A 4E7JA 4E7LA 4FM1A 4DTXA 1HJRA 3L2UA 3NF6A 3T19A 3AVJA 3S9HA 1CXUA 3AVCA 4CFDA 4R5PA 3NAEA 4E89A 4CHNA 4FCYA 3SQ4A 1CLQA 2ZD1A 3AVFA 3M8PA 2YV0X 3VN5A 4TSXA 1S1TA 3KK2A 4FLTA 3OYLA 5E41A 3HP9A 3LDSA 3KD5E 3PX0A 1NJXA 1HQEA 1SL1A 4CJ4A 1C0TA 3JSMA 2HHQA 5KTQA 4CGGA 4CCHA 2KFNA 1KSPA 2G8UA 2DFFA 1BGXT 3TABA 4DFMA 4MFBA 4CEEA 1RBSA 3ZCMA 1XC9A 1NKBA 2QKBA 1WLJA 3AA2A 4CECA 3PX4A 4KB0A 1BQNA 1BISA 3LANA 3OYMA 3U6FA 4NCAA 2OPPA 3SYZA 1A5XA 1KVAA 2FBTA 1NK7A 4FZYA 1TL3A 3OJSA 4FW2A 4DS5A 3SCXA 3OJUA 4CGJA 1NK0A 3WNEA 1T8EA 1L3VA 1QTMA 3NH2A 3OVNA 3ZSWA 4OKKA 2NUBA 4CJ3A 3AVKA 4DQRA 1X9WA 4I9LA 4B9NA 1U4BA 5J2MA 3PO4A 1RDCA 2QKKA 4E7KA 1D9FA 3KLGA 1EP4A 4CHPA 4FLWA 3T3FA 3SQ2A 4FK0A 3LAKA 2F8TA 2HHUA 3QEWA 4CEFA 1XHZA 1DTTA 3M8RA 5C24A 1C1AA 2ATQA 1LAWA 5EU7A 1VSHA 3SUPA 2RF2A 4CIGA 1RDBA 2HHTA 4FM2A 3VQAA 3TAGA 4ICLA 4YFUA 3F9KA 3RRHA 1JXEA 5KGWA 4EZ9A 1KTQA 2B4JA 4O0IA 3V9WA 1U47A 3BDPA 1RTJA 4Z4FA 1HYZA 1JLCA 4DTNA 1GOCA 3TAQA 2RN2A 2KTQA 4CGDA 4DF8A 4FLXA 4DSKA 1BIUA 1J54A 4ELVA 4EP4A 3S3MA 4N5SA 4K8XA 1ZBUA 4CEBA 4W5OA 1TVRA 4BDPA 3ZSYA 1ASWA 4LSNA 4DU3A 3CM5A 4FLVA 1TL1A 4CIFA 4B9UA 1N5YA 1WN7A 4KKOA 4HUFA 3IAYA 4M41A 2YHBA 4CF0A 2YNIA 1BL3A 4XIUA 4BWMA 5KI6A 3PO5A 4HUGA 1RBUA 4CFBA 3TAPA 3O4NA 2ETJA 2WONA 2QXFA 3ZT3A 3LALA 3DLHA 4ID1A 5J2PA 1TKXA 2G8VA 3QIOA 4FLYA 3UIQA 5FRNA 5JS1A 3HL8A 4AHTA 1XI1A 3ASMA 3DRPA 3OYJA 4HTUA 5DMRA 4PWDA 4IFVA 4N41A 4BACA 1VK0A 3PV8A 1TKTA 3AV9A 3AVBA 1KVCA 1S1XA 2P1JA 1HMVA 3EZ5A 3K57A 3QIPA 3TARA 4M3WA 5KRTA 1RDDA 2XY8A 4ELUA 2HNZA 5KGXA 3QNOA 4CJEA 4RW7A 3OYNA 5HLFA 1IKWA 3LPTA 1X9SA 4FYDA 2X74A 2GBZA 4CERA 3KJVA 4OPKA 4W5NA 1IKYA 4AHCA 3WNHA 4PY5A 1RT6A 2HNDA 2O4IA 1HRHA 4DWIA 2YKNA 3LWLA 3L8BA 2FC0A 1LW0A 5T7BA 1KLNA 3TAMA 4I9QA 1SL2A 4KV8A 3MXMA 4IG0A 3C6TA 1C6VA 3DRSA 1SKWA 3HK2A 3K58A 4CF1A 2QK9A 3AA5X 1JLEA 3L3UA 1JKHA 1LWCA 3K5LA 4HCBA 1HYSA 4FLZA 2YNFA 4DS4A 1L3UA 1O1WA 3HSTB 3HPOA 3LZJA 4CHZA 1NJYA 5K14A 4FZZA 3HP6A 3NGIA 4B8AB 1QS4A 3SV3A 4OLAA 1GOAA 3AVHA 3NE6A 4DSJA 1KLMA 3U3GA 4KTZA 4KHSA 4KTWA 2ZE2A 4WE1A 3ZT0A 3CFOA 5CYMA 2O4GA 4H4OA 2BDPA 4Y1DA 1JLFA 1YTUA 1WAFA 4YNQA 1EETA 1W9HA 1X1PA 4KHNA 3DYAA 4FJJA 3DLEA 2OPQA 4DU1A 1LWEA 3I8DA 1JL1A 4N47A 1B9DA 3AVIA 2XO7A 2GUIA 3H08A 4DQSA 3AO1A 3V4IA 1SKRA 1VSLA 3BGRA 4KFBA 3SZ2A 4J2AA 4Z4CA 2R7YA 3OYHA 3RRGA 2JGUA 5C42A 1NKEA 4F2SA 3RMCA 3E01A 3L2WA 2OYQA 3AO3A 3RMBA 3SUOA 3MEEA 1QHTA 5CZ1A 4I7FA 3MEGA 1RILA 4W5RA 2HHWA 1VSMA 1CZBA 5CZ2A 2Y1IA 1D5AA 1S5JA 3DRRA 4C8NA 4O4GA 3AVMA 4LSLA 5C25A 4W5QA 1FXXA 4DTPA 1GOBA 4O55A 1LAVA 3KK3A 3RWUA 3U3YA 4DSLA 1HNVA 3PUFA 4CHYA 4CF2A 3KKRA 1IH7A 4E1MA 3RTVA 4IFYA 4HHTA 4DTJA 4L8RB 3IRXA 4RW8A 1J9AA 3B6OA 1CZ9A 3ISNC 4FK4A 3O3HA 1WSEA 4I2QA 3HVRA 1U04A 2DFEA 1JL2A 2OA8A 3TWHA 1L3TA 4KAZA 1JLQA 3HO1A 4QCLA 3CYMA 1W0HA 3JYTA 1DTQA 4GMJB 2VWJA 2Y1JA 2X78A 5HP1A 2P5OA 2JLEA 4BE1A 4OGCA 3VQ6A 1VSDA 4DFJA 3P83D 1D8YA 2B5JA 4FVMA 3OS0A 1NK6A 4LH5A 4M45A 3LP2A 4DQQA 3OS1A 4BDYA 2KFZA 3KLHA 2KQ2A 1KVBA 4DFPA 2AJQA 1VRUA 3HVTA 2BANA 2HNYA 3EYZA 1EX4A 4M3XA 4M3YA 4M3TA 2OPRA 3CG7A 1G15A 3FFIA 2G8IA 1Y97A 4Z4HA 4F3OA 1JLBA 3PX6A 1NK9A 1ASVA 1QQCA 4CK1A 3KLEA 4FJ8A 3QO9A 4IDKA 4NCBA 3CQ8A 1KCFA 5SZTA 2IDOA 1VRTA 2KW4A 1RBVA 3AVLA 1LWFA 1YT3A 1VSFA 4DTRA 3QEXA 1ZBFA 3QEVA 3T1AA 4KB1A 2IOCA 2VG7A 3OYEA 4FK2A 4AHUA 3MECA 1RCHA 3OS2A 4PUOA 3KKSA 1B9FA 3G10A 2HHVA 4FJ9A 1Q8IA 3IS9A 3A2FA 4CJUA 3QEIA 2EX3A 3RMDA 4FJXA 3CM6A 1RBRA 5DK5A 1C1CA 5CYQA 4M3RA 2XHBA 3TANA 2YKMA 3LAMA 4CEAA 4DF4A 1S9GA 3THVA 4UQGA 2Q3SA 2DTUA 2G8KA 3MXIA 1FKPA 5D3GA 4DSIA 3QESA 1UWBA 1C0UA 1XWLA 3V1OA 4CFAA 1L3SA 1NOYA 1FKOA 4CIEA 1L5UA 4Z4IA 3AO4A 4CJ5A 1K6YA 3VA3A 3K2PA 2HVIA 1NJZA 4LD0A 4E7IA 4OKEA 2PYLA 4BWJA 4BE2A 3ZSRA 4FLUA 1Q9YA 4FM0A 3V1RA 3KLFA 1BCOA 3I0RA 3AA3A 3NFAA 5HROA 4DU4A 4IG3A 1TV6A 3QLHA 3NBPA 2E6LA 3OY9A 1A5WA 4B9LA 3V9SA 3SI6A 4FJIA 1R0AA 2RKIA 1RTDA 1HYVA 3ZSZA 4O5BA 4HCCA 1REVA 1RT4A 4Z4GA 4I2PA 2IS3A 3OYIA 2RPIA 3CFPA 3NH1A 3LZIA 3SV4A 3DLKA 3SPZA 1TAQA 4M3UA 1B92A 4JRPA 4J2DA 4MQ3A 4CJTA 1RDAA 3P5JA 4LH4A 3QETA 4HVJA 4CJVA 4FJKA 1Q9XA 1ZYQA 1S9EA 2HHXA 1NOZA 1WNSA 3AA4A 1S1UA 4O0JA 2IGIA 3ZT1A 1WSFA 4CJKA 3MAQA 1X9MA 2DY4A 4JRQA 2X6SA 4H8KA 3L2VA 3ZT4A 3AO2A 1QSSA 3VQEA 5I42A 4IKFA 1RNHA 4FJNA 2ZQBA 2XRIA 2A1SA 4DTOA 4Z4EA 1SUQA 4BDZA 3VQBA 1TK0A 4LY7A 1TK8A 1ASUA 3VA0A 2D5RA 2W42A 1ITGA 1CXQA 1ZBIA 1WAJA 1VSKA 2B6AA 3S3NA 3WNFA 3D45A 3VQ9A 3PY8A 4AHSA 1TKZA 3RR8A 4RW4A 3EY1A 3AVNA 3SNNA 4FJMA 2FBXA 2YNGA 2BGGA 2G8HA 5SWMA 3OYKA 4PA1A 2G8FA 4CJWA 4DFKA 3DM2A 5J2QA 3SUNA 4KREA 3G0ZA 4NCGA 3NGZA 4F4KA 1YTAA 3K5OA 3QINA 4CESA 2PYJA 3QNNA 4FXDA 3SQ0A 4KHUA 1LV5A 2YNHA 4FJGA 3VQPA 4B3OA 3TI0A 4E19A 3DOLA 3NHGA 3CFRA 4AHVA 1XHXA 3NGYA 3AVGA 4CK2A 1J53A 3HPHA 1JLGA 1SKSA 4E0DA 1TGOA 5HRSA 1RT2A 1EXQA 2Z1IA 4IBNA 3IG1A 1NKCA 3ZSOA 2E4LA 3L2QA 4DTMA 4B9VA 1DLOA 5HRRA 3DOKA 3SPYA 3HXMA 2PZSA 2HMIA 2Z1HA 4OJRA 1UA0A 4B8CA 2LSNA 3NCIA 1S6QA 3NF9A 1T03A 4B9SA 2D0CA 3K5MA 3P1GA 1EKEA 1I3AA 4B9MA 4CJFA 2A1RA 3M8SA 4J2BA 4FW1A 4CFCA 1BQMA 1RT3A 4CHOA 5HBMA 3OYAA 4FJ5A 2F8SA 3LPUA 1Z25A 3HT3A 1RT1A 2E6MA 1MU2A 1WSGA 1JLAA 4OGEA 1KRPA 5CY4A 3AVAA 1RBTA 1HNIA 4CE9A 4CEZA 3V6DA 1U45A 1TK5A 2HW3A 1KFDA 4F3TA 3WNGA 2P5GA 2FBYA 4C8MA 3DLBA 4C8LA 3M8QA 4CJQA 4KI6A 1WSHA 1RT7A 1IO2A 3MEDA 3OYBA 4CF8A 2VG6A 3V9XA 3V81A 3LP3A 4KI4A 4F8RA 4DLEA 1NJWA 1HPZA 3DI6A 1C1BA 4HUEA 3HJFA 1T7PA 1FK9A 1I39A 3O3GA 2HVHA 1HQUA 3QERA 2PY5A 1RTIA 1VSIA 4AHRA 4W5TA 1TKDA 3V1QA 4KHQA 2WOMA 4ELTA 4QAGA 1U49A 3ZSVA 5J1EA 4KTQA 3RR7A 4CJPA 3C94A 4DG1A 4JLHA 1C0MA 4NYFA 4ZHRA 3I0SA 4DSEA 1NK5A 4CJRA 1LW2A 2KZMA 2OZSA 3TR8A 5KRSA 2HB5A 4DQIA 2D0AA 4N56A 1RTHA 4B08A 4DQPA 3O3FA 5JS2A 2EHGA 3HPGA 1UOCA 3SUQA 2XY6A 2X6NA 4J2EA 3ZSQA 1QSYA 2OPSA 4ZTFA 3MXJA 3VQ8A 3NDKA 4FJ7A 1D9DA 3ZSXA 2GV9A 3ALYA 3C95A 1BI4B 4CF9A 3DLRA 3AO5A 4AH9A 4CK3A 3LP1A 1SL0A 4OVLA 3KLIA 2HHSA 1JXBA 1YVUA 2DFHA 4EP5A 4DSFA 2D0BA 1KFSA 3DLGA 1BHLA 4ZTJA 1QE1A 4DTSA 4FJHA 2VWKA 4Y1CA 3ZT2A 4K8ZA 4KPYA 3OYCA 2VG5A 3NF8A 3V9UA 1IKVA 4DTUA 1NK4A 4Z0UA 1BIZA 3VQQA 2I5JA 3C6UA 3NF7A 3VQ4A 2Z1GA 5FROA 4CJLA 4CHQA 1ZBHA 5I3UA 4H4MA 4KO0A 4BE0A 4KHYA 3ULDA 4QOZB 3V9ZA 3SQ1A 3OYGA 2F96A 2IC3A 4OKJA 5FRMA 3K5NA 1SV5A 1S1VA 5FDLA 3VQ5A 4E7HA 4Q5VA 4RW9A 1TAUA 1S6PA 3OYFA 1VSJA 3HYFA 1U48A 4E1NA 3KK1A 4EZ6A 3VQ7A 5HRNA 4CGIA 3S3OA 4N76A 3OYDA 4OLBA 4O44A 3TAFA 1T05A 3LP0A 4Q0BA 4CJSA 5J2NA 4C8OA 4DLGA 1WSJA 2P51A 4M42A 3QEPA 2G8WA 4JS4A 3K59A 4E3SA 1UAXA 1WSIA 1S1WA 1IG9A 3SJJA 1Z26A 4NYNA 4KHWA 4M3ZA 4CGFA 4FJLA 4AILC 1ZBLA 1VSEA 2BE2A 3ITHA 3L2RA 4RW6A 3TAEA 2XY5A 3KD1E 1NK8A 3O4QA 3D0PA 4PQUA 3HM9A 1F21A 2ITGA 4C8KA 4B9TA 3VQCA 4ID5A 4G1QA 2Z1JA 4CGHA 4DMNA 3B6PA 3VQDA 5HRPA 2FBVA 2XY7A 3RMAA 2YHAA 3KTQA 1IKXA 2KZZA 4RG8A 1UA1A 4CEQA 1N6QA 1J5OA 4OPJA 3KIOA 4CEDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DXKA 2OZMA 4K41A 3L3VA 4F2RA 4DUYK 1RT5A 1BWFO 4E7JA 4E7LA 1JJ2M 4FM1A 3L2UA 2P9LA 3AVJA 3CJ1A 3S9HA 3HZ6A 3CCVN 3J81O 4FOIA 4AQYK 3CIPA 3VN5A 4TSXA 3O5BA 3PX0A 1NJXA 3G25A 5AQRA 4CJ4A 4EIAA 1ZBSA 2DFFA 1KXPA 4DFMA 4MFBA 2FLOA 5AZJA 1XC9A 1I94K 3PX4A 3LDQA 3E9OA 3LANA 3U6FA 4FW2A 5GAGP 4CGJA 1NK0A 2V51B 3OTOK 1WBBA 2D1KA 1X9WA 4YOTA 4IO9L 1TUUA 1GLJO 5C12A 1OH6A 1IV0A 3KLGA 3T3FA 4CHPA 4M7YA 2NRVA 4IFEA 3LAKA 2F8TA 1NGEA 2VGNA 1YUWA 4BR2A 4CEFA 1DTTA 2ZM6K 3QBWA 1TYQA 5BR9A 1RDBA 4FM2A 3C0BA 1BOTO 3CCSN 3V9WA 5BN8A 4A61A 1XNQK 2HBMA 3O9SA 4FLXA 4K8XA 1J54A 2P9LB 5BPNA 4W5OA 3CM5A 5F2RA 2Q0RA 4KKOA 4QS8A 4JI8K 3PO5A 4BWMA 3WXLA 3O4NA 3CC4N 1NMNA 5J2PA 3O1WA 2G8VA 5FRNA 3THXA 3QDKA 3DRPA 3OYJA 2A42A 4IFVA 3HM8A 3ID6A 3LDPA 2P1JA 3QIPA 4M3WA 4ELUA 3U8XA 5HLFA 1X9SA 3LPTA 2X74A 3QMLA 4OPKA 5JLFA 2HNDA 1HRHA 3KK7A 3DWLA 3LWLA 3L8BA 2FC0A 3VETA 4WCEL 2GEMA 3TAMA 3MXMA 3DRSA 3HK2A 2QK9A 5AJ3K 1JLEA 3L3UA 3QICA 2GUPA 4NO7A 2YNFA 5AFUH 4C1NI 4X62K 4CHZA 3HP6A 4B8AB 1QS4A 1GOAA 3NE6A 4DSJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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