4AM7A

Adp-bound c-terminal domain of actin-related protein arp8 from s. cerevisiae
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
623
structure length
623
Chain Sequence
b'EIDLNDPTATIVIHPGSNSIKIGFPKDDHPVVVPNCVAVPKKWLDLENSEHVENVCLQREQSEEFNNIKSEMEKNFRERMRYYKRKVPGNAHEQVVSFNENSKPEIISEKNDPSPIEWIFDDSKLYYGSDALRCVDEKFVIRKPFRGGSFNVKSPYYKSLAELISDVTKLLEHALNSETLNVKPTKFNQYKVVLVIPDIFKKSHVETFIRVLLTELQFQAVAIIQESLATCYGAGISTSTCVVNIGAAETRIACVDEGTVLEHSAITLDYGGDDITRLFALFLLQSDFPLQDWKIDSKHGWLLAERLKKNFTTFQDADVAVQLYNFMNRSPNQPTEKYEFKLFDEVMLAPLALFFPQIFKLIRTSSHKNSSLEFQLPESRDLFTNELNDWNSLSQFESKEGNLYCDLNDDLKILNRILDAHNIIDQLQDKPENYGNTLKENFAPLEKAIVQSIANASITADVTRMNSFYSNILIVGGSSKIPALDFILTDRINIWRPSLLSSASFPQFYKKLTKEIKDLEGHYVNAPDKTEDENKQILQAQIKEKIVEELEEQHQNIEHQNGNEHIFPVSIIPPPRDMNPALIIWKGASVLAQIKLVEELFITNSDWDVHGSRILQYKCIFTY'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords ACTIN-LIKE PROTEIN ARP8
publication title Interactions between the Nucleosome Histone Core and Arp8 in the Ino80 Chromatin Remodeling Complex.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule tags Nuclear protein
total genus 185
structure length 623
sequence length 623
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4am7A01
3.30.420.580 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4am7A03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4am7A02
3FFKB 4CJ7A 3HSCA 3D2FA 1XQSC 3I8BA 4B1ZA 2QWPA 3HI0A 3CJ1A 4WQ5C 5AQPA 1U2VB 4IJAA 2A41A 2IVOA 3GBTA 4BRAA 1HKCA 2E1YA 3R9PA 4PKGA 3UKRA 1T44A 2IVPA 5TKYA 2YHYA 5BR9A 2P9LA 4C23A 2I7PA 2QWQA 3LM9A 3H3NO 3CQXA 4MO4A 3DXKA 4MLEA 3U8XA 2FSKA 4H0VB 4CZFA 4BR0A 2EWSA 1IG8A 1HPMA 2NZTA 1V4SA 3SK3A 4CZEA 1GLBG 3D2EB 1J6ZA 4PKHA 5AQWA 5JLHA 2GWKA 4K43A 1BA0A 2BTFA 2AA4A 4WYBA 5AQZA 3L4IA 3WXJA 3ZX0A 5AQVA 1T6DA 4M7YA 3M6GA 5AQNA 2I7NA 4PKIA 4E1JA 3R6MA 1U2VA 2E2OA 4XH1A 3GL1A 1RFQA 4BQLA 5FPNA 3J8AA 4YDUC 2CH5A 4BRNA 4H5VA 4MO5A 5KQ8A 5JLFA 5I9EB 2IVNA 4FOIA 2GWJA 2VWBA 3WQUA 4CI6A 2IIRA 3WXLA 1NGBA 3FZHA 3LDNA 3VEVA 5FPEA 4DB3A 3QBWA 3BF1A 4F9OA 3D2EA 3TU5A 5AZIB 2A6AA 3F9MA 4FOEA 3CIPA 4BR9A 3A5MC 3O1WA 4IWVA 5AQLA 1Y64A 4FWLA 2E2PA 4CZKA 5KPTA 1NWKA 1BDGA 1KAYA 5KQDA 3DWLA 2HOEA 2E88A 1GLFO 1P8ZA 1V4TA 3U9ZA 5BRDA 4GY2B 2D1KA 1NMDA 2OANA 4A2AA 4H5TA 5ELZA 2Q2RA 2FF3B 2W40A 4ISFA 2ZF5O 4EHTA 1XUPO 3MN6A 3CJ7A 3DXMA 2VYPA 1WOQA 2CGLA 3LDLA 3ULEA 1X3NA 4HTLA 4I6MB 2Q0RA 3QB0A 2HF4A 3HTVA 2D0OA 4IO8A 4K25A 3VEZA 3AARA 3U9DA 5AQJA 4A2BA 1ZXOA 5LY3A 2Q31A 4M63C 3VEYA 5BN9A 5AZIA 1QQMA 3H1QA 3MN5A 1BUPA 2YHXA 4FWMA 3WT0A 1GLJO 1HJOA 1NGFA 3O1BA 4BC4A 4JD2B 5AQXA 3WEEB 4BR7A 5B8HA 2GEMA 4AM6A 1KAXA 3M3ZA 5BPMA 4WQ4C 2V51B 1T6CA 2QWOA 1Z05A 5AQTA 4BRFA 3M1FA 1BOTO 3QICA 2P9PB 3DAWA 3VESA 1MA9B 2A40A 3G25A 3IFRA 3QBXA 4B1WB 3A8YA 1ATRA 3H46O 3MDQA 1Z6RA 4BRKA 1DGKN 3EKUA 3FGUA 4I6MA 3SMPA 5BRHA 1NM1A 3A5LC 4CZLA 4FSVA 3MN7A 2F9TA 2FSJA 1NGCA 3UE5A 4ISEA 3FR0A 4JN4A 5FPDA 3C7NB 4FWPA 2BUPA 2P9UB 4EAHD 3ZX3A 3QFUA 2GELA 3CJ9A 4CD1A 5BN8A 4H0XB 1OKJA 4BRGA 2YHWA 3QFPA 3BP8A 4B1VA 5JICA 1NLVA 3BEXA 4AM7A 4H0YB 1HKGA 4JD2A 3L6QA 3WEEA 4RCHA 3H6EA 4HWIA 1QQOA 3LM2A 3VGLA 2F9WA 4BREA 2A3ZA 1NBWA 4BC2A 4CZIA 5KPZA 3KVGA 4A62A 2YJEA 2P9IB 2P9PA 1TYQB 3U4LA 4FO0A 1SZ2A 2Q0UA 3BUZB 4EHUA 4CZMA 2YCHA 5AQIA 4GNIA 1C0FA 5ADXH 3IDHA 4K41A 1X3MA 3ID8A 3KHYA 4BRMA 3JXUA 3R8EA 3AY9A 2ZGYA 1QQNA 3AAQA 3VEOA 3ZEUB 3FZFA 3SLCA 3C7NA 2P9KB 2P9UA 4WQ5A 1MWKA 1KXPA 3H1VX 3P4IA 5FPMA 3VEXA 5AZJB 1GLLO 4FWRA 4JHDB 2QWRA 4CD3A 3QDKA 5AQOA 4QS8A 3MCPA 3CJCA 2D4WA 3LDOA 3CJBA 1DKGD 1E4GT 1HUXA 3GOIA 4H0TB 4B1XB 4FWQA 1GLEG 4FL9A 4FPBA 1DEJA 3A5OC 3O6WA 5F1XA 2P9IA 4ISGA 3LL3A 3H3OB 1TYQA 5AQRA 3DJCA 4IJNA 5AFUH 2ITMA 2DPNA 1YAGA 2FSNA 5EOYA 2E2NA 3AAPA 2ZWHA 5BREA 1E4FT 1LCUA 3O8MA 4XEIA 3SMSA 5EY4A 1K8KB 3O08A 4O5FA 4BQZA 4H5RA 4H5NA 3ZEUA 1NGIA 3CHWA 3FZLA 3ZETB 2CH6A 5LJVA 4QS9A 1S22A 2P9KA 1YVNA 3TPQA 4JHDA 2ASMA 4BROA 4YDUA 4Z94A 4RTFD 5EVZA 2A5XA 1NGHA 1NGJA 5BPNA 4CBUA 3WXKA 1G99A 1YXQA 3FZKA 1NGAA 1ESVA 1HLUA 5BRFA 2HF3A 3GG4A 3I33A 2H3GX 4M7XA 3VETA 4BRCA 4BR5A 5AQHA 2QWNA 3EN9A 1RDWX 3DXKB 3WQTA 2Q97A 3UB5A 4BRIA 2E1ZA 4BRPA 5LJWA 3UKUB 1MWMA 2J4RA 4CBWA 3SJHA 3FE1A 2NLXA 1XC3A 3MK6A 4IZ9A 1K8KA 4XH4A 5AQMA 3IMXA 1BWFO 3B8AX 4BVOA 3ZETA 3WXIA 3ZX2A 4BGAA 4DCHA 1H1VA 3LDPA 3VENA 4BGBA 1HKBA 3VEWA 3CQYA 3A0IX 1NGDA 1NGEA 3LDQA 3OHRA 2QWMA 2KHOA 4BRDA 1HX1A 4BRLA 3S41A 4BR4A 1TUUA 4H03B 2P9NB 2YJFA 2FF6A 3ENOA 1X9JA 1QZ5A 5BPLA 2P9SB 1EQYA 3VGMA 2UYTA 4CZGA 4CZJA 4FWOA 4QS7A 1ZBSA 4KBOA 3VPZA 1JCEA 1S3XA 2PBDA 2NRHA 3O80A 3CERA 2E20A 3UKUA 4H5WA 3GE1A 3IUCA 1MDUB 2GTDA 1R59O 4O8KA 4K42A 1CZAN 5AQUA 1RGIA 2ZGZA 4FWKA 5AQYA 4NO7A 3WUHA 1BA1A 2QW9A 4B9QA 1U6ZA 4DQ8A 5KPRA 1GLAG 4NB4A 4WQ4A 3HZ6A 5F0XA 2WUSA 1NGGA 3VF6A 1LOTB 4EFHA 3ATVA 4H0PA 1SAZA 5E26A 1WUAA 3HM8A 5ADXA 5CE3A 3RSEB 2P9NA 4Y0WA 1ZC6A 1BU6O 2P9SA 3DXMB 3L0QA 4A61A 1QZ6A 3BF3A 4CZHA 3VOVA 5EXWA 5AQQA 2QWLA 3ULEB 4BC5A 5AR0A 3JS6A 4BRHA 1SQKA 2E2QA 3VF2A 3FZMA 2ASOA 3ATUA 1ATSA 1IJJA 1GLCG 3O5BA 1QHAA 3CETA 4BRQA 3D7EO 4MLHA 3A5NC 3HBTA 4IXCA 4FPAA 3EZWA 3W3DA 4EIAA 2W41A 4FWNA 4PL8A 1BO5O 5F2RA 4J8FA 2ASPA 2V52B 2FXUA 2GUPA 4LC9B 4B1UB 5AQKA 3GDQA 2AP1A 3MMVA 4FWSA 2A42A 5EX5A 3CJAA 1ATNA 2VCPA 3VF4A 3D2FB 5AFUA 1C0GA 5AZJA 4PL7A 4XH5A 3KZBA 5AQSA 4B1YB 4BG8A 1YUWA 2V7ZA 3RSEA 3MN9A 1TUYA 3O4WA 4BVPA 3ENHA 3CI5A 2CGKA 1D4XA 1JCGA 4BG9A 4RWTA 1GLDG 3UKRB 2Q1NA 3C0BA 4JNEA 1BG3A 2FLOA 2QM1A 2YI1A 4JAXA 3VGKA 4CBXA 1JCFA 3W0LA 2P9LB 2V7YA 4BR2A 4L3QA 2HMPA 4H0OA 3H45C 5AQGA 5JMVA 5E84A 1Q18A 2Q36A 3EO3A 3QMLA 4DHYA 2D0PA 2E8AA 2QXLA 4BC3A 2PAVA 3VERA 3EKSA 5AQFA 1KAZA 3EL2A 2CGJA 3FLCO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5C0YA 4FZXC 2W6LA 5C12A 4B1ZA 2LSNA 4DU4A 2QWPA 3HI0A 3LAKA 3HOTA 3ULDA 1QSYA 4CESA 1EO1A 1T44A 2IVPA 5BR9A 4LFBK 2F8SA 1RDDA 4E0DA 3TAQA 4HUFA 4BR0A 3CMAN 1I3AA 1ZBLA 4FLVA 3SK3A 1G15A 3D2EB 2JLEA 1DTTA 4PKHA 4CHYA 4DSKA 1BA0A 2HHIA 2AA4A 4PY5A 5AQZA 3MAQA 4KHNA 4FK0A 4DU3A 5C2FA 1IO2A 4M3TA 3AA4A 3E9LA 3CYGA 3TANA 4FJXA 4JS5A 2PYJA 4KI6A 1U2VA 4MDAA 4H8KA 3EZ5A 2KTQA 4BQLA 1ZBIA 3AVHA 4J2AA 4V19S 2XRIA 1A5VA 3OYHA 1XWLA 2CH5A 4B9MA 2OPSA 4H5VA 2EX3A 2IVNA 3V1OA 4FJ5A 4CJ5A 1JL2A 3NMUA 3WQUA 1DTQA 3U6FA 3WXLA 1NGBA 5KRTA 3VQEA 3BZKA 4U67L 4DQSA 3LDNA 2HNZA 3KJVA 3ZSRA 1NK8A 2C1GA 4Q0BA 5GAEP 1RDCA 4OGEA 3NGZA 3BGRA 3F9MA 1B9DA 3A5MC 3O1WA 4BDYA 4YOYA 2VG6A 5M1NA 1NWKA 3TSPA 1BDGA 5KQDA 4DTNA 4DF4A 2HOEA 4ELVA 2E88A 1GLFO 5HRNA 1V4TA 3U9ZA 4I2PA 1NMDA 2FF3B 3PY8A 2ZF5O 4EHTA 1XUPO 3F5TA 3HVTA 3PIOL 3MN6A 3CJ7A 2HB5A 3O9TA 4LY7A 2CGLA 3LDLA 4FLZA 4NLBA 1N32K 2Q0RA 3NDKA 3QB0A 2HF4A 1RTIA 3HTVA 2KFNA 3I55N 3QO9A 1RT2A 4BE1A 1VQ5N 5AQJA 3HYFA 3HK2A 2Q31A 4M63C 5BN9A 4DLGA 1N33K 1OVYA 3WT0A 1HJOA 1WAFA 1RT3A 4NYFA 3DLKA 4GVEA 1P90A 1HQEA 1NGFA 4ZTFA 3CYMA 3O1BA 5GINA 4JD2B 2YNIA 4JKEA 3WEEB 1QVFM 2VQEK 2GEMA 4AM6A 1KAXA 2UXBK 3WNGA 4WQ4C 2V51B 1BOTO 1YVUA 1HQUA 3QICA 2P9PB 1RT1A 3VESA 3G25A 4B9NA 4NYNA 3IFRA 4B1WB 3MDQA 4LD0A 3FGUA 3VQBA 1TGOA 4C8KA 3A5LC 4CZLA 4FSVA 3MN7A 4B3RK 3UE5A 3FR0A 4JN4A 3C7NB 3ZX3A 2KZMA 4DFJA 3AVFA 4E7JA 1B92A 3CM6A 4CEBA 2RHKA 3QFPA 4FJJA 1WSIA 3L3UA 1HMVA 3OYKA 4FM1A 3VGLA 4BREA 4BC2A 4CZIA 3THXA 4FJKA 5FDLA 4FYDA 4DUZK 3V9UA 4WCEL 4DTJA 5AQIA 2KKZA 1C0FA 1S1TA 3T1AA 1IKVA 1JLAA 5ADXH 5HRSA 1HYVA 4K41A 1VQNN 3S3NA 4KI4A 4FVUA 3KHYA 4GKKK 3PO5A 2GUIA 3BY5A 3R8EA 2F7TA 3PLAA 3O9SA 1QQNA 4AHCA 4C1NK 2HHXA 1KXPA 4E7IA 4A5AA 1OVQA 4JHDB 4M42A 3MECA 3L8BA 4DTUA 3CJCA 4FM2A 3AO1A 1DKGD 4Q5VA 3PX4A 3DRSA 3I56N 1E4GT 3GOIA 4H0TB 5LMUK 3R3LA 1GLEG 4FL9A 4L8RB 1DEJA 4AHUA 5F1XA 3AVLA 2P9IA 1WSJA 5AQRA 4BY9C 1YT3A 4BE7B 3KLGA 4DQPA 3DRPA 3LPTA 5BREA 1LCUA 3SMSA 5J2PA 5E41A 1K8KB 1L3SA 2O8EB 3TAFA 4O5FA 1RT5A 4DTSA 3VQCA 4FJGA 1YVNA 3TPQA 3LAMA 1LV5A 2WBNA 3OYFA 4RTFD 1NGJA 5BPNA 2O8FA 3N4PA 3AO5A 5GAHP 3VN5A 1NGAA 1ESVA 1WB9A 1TKZA 3A2FA 2RKIA 1SUQA 4BRCA 4CFBA 4Z4HA 3O3FA 4FJ9A 3C6HA 3WQTA 2B4JA 4X65K 4CEOA 3KTQA 3PX0A 1S9EA 3SJHA 1SL0A 4IZ9A 4C8MA 1VQ7N 3NGYA 4BVOA 3THYA 2BE2A 3KWGA 4BGAA 3VQ6A 3LDPA 3OYBA 3TARA 3LP0A 4BGBA 3NVMA 4YOTA 1HKBA 4CF1A 3LDQA 3OHRA 3DLGA 4DSEA 4BRLA 4FZZA 2P9NB 3J7ZO 2FF6A 4PQUA 1X9JA 4DV4K 4F8RA 3AVIA 4IDKA 3SUNA 3VGMA 4Y1DA 4AHTA 3IKMA 1ZBSA 4DTMA 3VPZA 2DFEA 2GBZA 4CK3A 1VQ9N 3BDPA 3UKUA 1HYSA 1XNQK 3AO3A 1SKWA 4FW1A 4K42A 3V1RA 3ZSOA 4FJNA 4DSFA 3PO4A 4GVMA 1D5AA 4BE2A 3RMAA 3WUHA 1EETA 2ETJA 2QW9A 1KLMA 5KPRA 5F0XA 4X64K 4WQ4A 3QNNA 2AJQA 1NGGA 2G8WA 3Q7BA 2BH1A 3VF6A 4EFHA 4DQIA 3ATVA 1TAUA 3OYJA 3RSEB 4CEZA 4DV0K 4Y0WA 1ZC6A 1BU6O 1VSLA 3SNNA 4NXMK 3LANA 3NF6A 1VRUA 3BF3A 3CFOA 2QWLA 3ULEB 2PY5A 3S9HA 1SQKA 1WN7A 4C8LA 4CK1A 1FKPA 1TKXA 4N41A 2RF2A 3ATUA 3E9PA 1ATSA 3C6TA 4CHQA 3SPYA 1JLFA 3HBTA 4MLHA 5HL7L 3SAHA 3RWUA 4C8NA 3W3DA 4IO9L 4PL8A 4RW8A 2V52B 2Q3SA 2VGMA 3KKRA 4OPHA 3PX6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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