4AM7A

Adp-bound c-terminal domain of actin-related protein arp8 from s. cerevisiae
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
623
structure length
623
Chain Sequence
EIDLNDPTATIVIHPGSNSIKIGFPKDDHPVVVPNCVAVPKKWLDLENSEHVENVCLQREQSEEFNNIKSEMEKNFRERMRYYKRKVPGNAHEQVVSFNENSKPEIISEKNDPSPIEWIFDDSKLYYGSDALRCVDEKFVIRKPFRGGSFNVKSPYYKSLAELISDVTKLLEHALNSETLNVKPTKFNQYKVVLVIPDIFKKSHVETFIRVLLTELQFQAVAIIQESLATCYGAGISTSTCVVNIGAAETRIACVDEGTVLEHSAITLDYGGDDITRLFALFLLQSDFPLQDWKIDSKHGWLLAERLKKNFTTFQDADVAVQLYNFMNRSPNQPTEKYEFKLFDEVMLAPLALFFPQIFKLIRTSSHKNSSLEFQLPESRDLFTNELNDWNSLSQFESKEGNLYCDLNDDLKILNRILDAHNIIDQLQDKPENYGNTLKENFAPLEKAIVQSIANASITADVTRMNSFYSNILIVGGSSKIPALDFILTDRINIWRPSLLSSASFPQFYKKLTKEIKDLEGHYVNAPDKTEDENKQILQAQIKEKIVEELEEQHQNIEHQNGNEHIFPVSIIPPPRDMNPALIIWKGASVLAQIKLVEELFITNSDWDVHGSRILQYKCIFTY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords ACTIN-LIKE PROTEIN ARP8
publication title Interactions between the Nucleosome Histone Core and Arp8 in the Ino80 Chromatin Remodeling Complex.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule tags Nuclear protein
total genus 185
structure length 623
sequence length 623
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4am7A01
3.30.420.580 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4am7A03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4am7A02
3AAPA 4HWIA 4M63C 1IG8A 4H0XB 3SJHA 2CGKA 5BPMA 5LJWA 1OKJA 4CZGA 3R6MA 1GLDG 3QFUA 4B1VA 5AQYA 2ZGYA 4XH1A 2V7ZA 4BVOA 3FR0A 3QB0A 3DXKB 2CH6A 4FL9A 3ULEB 3H45C 4ISEA 2Q1NA 1BOTO 2E2NA 3FZKA 3B8AX 2V51B 4CZHA 3VENA 1HX1A 4EHTA 1K8KB 5ADXA 1GLLO 4QS7A 5BN9A 1U6ZA 3FZHA 4BROA 4BR7A 3OHRA 4BC2A 5CE3A 3WQTA 3VEVA 1YXQA 2V52B 5FPDA 1ZBSA 1NM1A 2NRHA 3AAQA 5AQNA 4IXCA 3D2EA 3EZWA 4L3QA 4BQLA 3WEEA 5BRFA 1NWKA 2ZWHA 4XEIA 2QWQA 3DXKA 4IWVA 5AQLA 2A41A 4RWTA 3H46O 1C0FA 2NLXA 3I8BA 4EFHA 5AQMA 1GLJO 1NGCA 4JNEA 4CBWA 1Z05A 3BEXA 2P9SB 4BRDA 4WQ4A 3HBTA 3HM8A 5AQQA 2IVNA 4GNIA 1YUWA 5AQOA 4K43A 1XQSC 2FF3B 2YJEA 2YI1A 3HI0A 3A5LC 2I7NA 4BGBA 3U9ZA 5ADXH 1RFQA 5BRDA 1Y64A 3HTVA 3HZ6A 4MLHA 3U8XA 4H0PA 3G25A 4H0TB 5B8HA 4CZMA 2GWKA 3GBTA 4BR9A 1HJOA 3RSEB 3KVGA 5AQVA 3MN6A 3WQUA 3H3NO 4A2AA 5AZIA 3MN9A 3C0BA 3LDQA 5AQFA 3WXLA 1XC3A 4JN4A 3VF2A 4BRGA 4CBUA 4BR4A 1SQKA 4CZIA 2P9NB 3VEYA 1TUYA 1BUPA 4CZEA 3VOVA 1WOQA 4M7XA 1HUXA 2H3GX 1HLUA 3L6QA 2AA4A 2ZF5O 2CH5A 3VESA 5KPTA 1GLBG 2P9KB 4FWNA 4PKGA 4AM7A 1NGIA 4A62A 3F9MA 3FZMA 2YHYA 3DJCA 1EQYA 5I9EB 3WUHA 2P9LA 3VERA 3JXUA 1P8ZA 4FWQA 5AQRA 3M6GA 4GY2B 4LC9B 4B1ZA 4XH4A 2GWJA 3CJ1A 3H6EA 1MWKA 1HKBA 2BUPA 2Q0UA 3FZLA 2YHXA 2YCHA 1BWFO 2P9NA 4I6MB 2FSJA 5E84A 1KAYA 4FSVA 1TYQA 4BQZA 5JMVA 3O5BA 1NGFA 4H0VB 2QWLA 1NGEA 2V7YA 2P9KA 4BRFA 3LDPA 5KQDA 3ENHA 5AQUA 1QQOA 2P9IA 3MN5A 3WXJA 3O08A 2D0PA 4YDUC 3A0IX 1DGKN 2QW9A 5EVZA 2IIRA 4IJAA 3A5OC 3SMPA 2P9PA 4JAXA 5AQGA 1RDWX 3W3DA 3MCPA 4FPAA 3VF4A 2E88A 5F2RA 2QWRA 3MN7A 4PL8A 1TUUA 2D1KA 1BG3A 3KHYA 2GTDA 1JCFA 4I6MA 4CBXA 4BR0A 3CJBA 4MLEA 1NGBA 3DWLA 3O6WA 3LDNA 5AZJB 4AM6A 2ASMA 4RTFD 2VCPA 5AR0A 4QS8A 4BRHA 2KHOA 3TPQA 5F1XA 3CJ7A 3U9DA 4FOIA 4PKHA 3ZX0A 1ZC6A 3D7EO 4J8FA 3QFPA 1KXPA 1MDUB 2Q31A 3GG4A 1S22A 4BRCA 3GDQA 3ULEA 1YVNA 4H03B 2Q36A 3GL1A 3ZEUB 4Z94A 2QWOA 3ZETB 2FLOA 3U4LA 2F9TA 3QBWA 4BC3A 2FSNA 1K8KA 3EN9A 4IO8A 2ASOA 1DEJA 4EHUA 2A42A 2P9UB 3DXMB 4K42A 5F0XA 3WT0A 4BG8A 3MK6A 2A6AA 5BN8A 2D0OA 1NBWA 1GLAG 4CZKA 5KQ8A 5JLHA 3FLCO 2W40A 4DB3A 3CJAA 1MWMA 1YAGA 1BA1A 3VETA 4IZ9A 4BREA 2D4WA 4MO5A 2NZTA 3ZEUA 1JCGA 3CETA 4JHDB 3ZETA 4CD3A 4PKIA 3SK3A 4O5FA 4FO0A 3ID8A 3D2FB 4M7YA 3H1QA 4QS9A 5AQZA 4CI6A 4XH5A 3BF1A 5JLFA 2P9SA 3M3ZA 3VEWA 2PAVA 2E2QA 4BC5A 3VPZA 1X9JA 3A5MC 3J8AA 1J6ZA 4FWKA 3O8MA 3VGLA 3ZX2A 4BG9A 3C7NB 3L4IA 2CGJA 2HF4A 3R8EA 1U2VB 3BUZB 4IJNA 2UYTA 4B9QA 2FF6A 4KBOA 1QQMA 1V4SA 1HKCA 4B1XB 5LJVA 3LM2A 1LOTB 1BDGA 3FZFA 2YJFA 3AARA 4NO7A 4K25A 4ISGA 1NMDA 3A5NC 5AQWA 4CJ7A 2Q97A 3RSEA 3LL3A 2QXLA 4CD1A 3CIPA 1IJJA 1S3XA 2HOEA 1QQNA 5BPNA 3CI5A 2OANA 1KAZA 4H5WA 3QMLA 5BREA 3VEXA 2IVPA 3O80A 4FPBA 3VGMA 3ZX3A 3DAWA 3P4IA 1Z6RA 5AQJA 3FFKB 3H3OB 3ENOA 1BA0A 4BGAA 3AY9A 1ZXOA 1X3NA 4YDUA 4FOEA 4E1JA 5AFUA 4BVPA 1NGHA 3VGKA 4B1YB 4WYBA 1V4TA 3EKUA 3IMXA 3QICA 2QWPA 3TU5A 2FXUA 1H1VA 3ATVA 3IFRA 5KPZA 5LY3A 4BRPA 2I7PA 3BP8A 4O8KA 2Q0RA 5FPNA 1NLVA 3GE1A 1SAZA 3FE1A 3LDLA 4FWLA 3UKRB 1ATSA 5AQIA 4BC4A 4RCHA 3I33A 3D2EB 4DHYA 4FWOA 3VEOA 3WEEB 3SLCA 3WXIA 3BF3A 5BPLA 3JS6A 2F9WA 2GELA 4FWPA 2EWSA 3UB5A 3W0LA 4CZLA 1T6CA 2QWNA 4DCHA 3QDKA 5ELZA 2E1ZA 2PBDA 4BR5A 3LM9A 2E1YA 5TKYA 3MDQA 5AQHA 4BRQA 1DKGD 4BRNA 5AQKA 5EY4A 2QWMA 4WQ5A 5FPMA 5AFUH 3CERA 3UKRA 4WQ5C 2Q2RA 3CQXA 1Q18A 3QBXA 5KPRA 4ISFA 3R9PA 3EKSA 5AZJA 4K41A 1NGAA 2HF3A 5AQXA 1NGDA 3CJ9A 3WXKA 4CZJA 4A2BA 2CGLA 3O4WA 2FSKA 1BU6O 3O1WA 1E4GT 3HSCA 4NB4A 4FWMA 4BRLA 4BRAA 2YHWA 3M1FA 3ATUA 3FGUA 4JD2B 3KZBA 1G99A 1GLFO 1HKGA 3SMSA 4MO4A 3A8YA 2DPNA 5AZIB 1T44A 1KAXA 2QM1A 2ITMA 4F9OA 1MA9B 1QZ6A 4CZFA 4WQ4C 3S41A 3GOIA 1BO5O 3VF6A 4BRKA 2E20A 2VYPA 4BR2A 4H5VA 1C0GA 1QHAA 1SZ2A 2P9UA 2ZGZA 3DXMA 2A40A 5EOYA 2ASPA 1R59O 3IDHA 5E26A 3MMVA 3UKUB 2E2PA 2IVOA 3CHWA 5AQSA 2GEMA 3UE5A 4FWRA 5FPEA 3CQYA 4JD2A 1GLEG 4A61A 1JCEA 2P9LB 3LDOA 1ESVA 1T6DA 1GLCG 1LCUA 4JHDA 5EX5A 3H1VX 2WUSA 3L0QA 4B1UB 4DQ8A 3D2FA 3CJCA 3EL2A 4H5TA 4BRIA 1QZ5A 4BRMA 3O1BA 1E4FT 1X3MA 2A3ZA 1TYQB 1ATRA 4HTLA 2E8AA 5BRHA 4H0OA 4B1WB 1ATNA 2AP1A 2VWBA 5AQPA 3EO3A 3C7NA 3UKUA 2J4RA 1XUPO 4C23A 1RGIA 1U2VA 1CZAN 2BTFA 2P9IB 1NGGA 4EIAA 1HPMA 5JICA 4Y0WA 4PL7A 3IUCA 4H0YB 4EAHD 2E2OA 3VEZA 5AQTA 1WUAA 2P9PB 1D4XA 5EXWA 4FWSA 2HMPA 2A5XA 4H5NA 1NGJA 2GUPA 4H5RA 2W41A 5BR9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2BH1A 1A5VA 1RDAA 5GINA 5HLFA 5JS1A 3G10A 3JSMA 5KGXA 4BE2A 4OPKA 5EU7A 4O0IA 4J2AA 1DTQA 3HPGA 1WB9A 4JRQA 3DMJA 3K2PA 2ZJRL 3R6MA 1GLDG 3THYA 4M3UA 2BANA 3VMFB 4B1VA 1NJZA 2V7ZA 1W7AA 4Z4IA 4BDPA 4FJIA 2HVHA 1YVUA 2I5JA 3DXKB 2PFUA 4HUEA 1P90A 5C15A 4JKGA 3ULEB 3H45C 2VWKA 1Q82O 2E2NA 3L4QA 3NF7A 4CZHA 4B3SK 4DSLA 1HX1A 5GADP 3NGYA 4QS7A 5BN9A 4JS4A 3OHRA 4W5OA 4AHCA 4ELTA 2FBVA 1YXQA 1B9FA 3F73A 3O9RA 5AQNA 4E72A 1XMOK 4AHRA 4JKEA 1HR0K 2VQEK 4IWVA 1XC9A 2A41A 2NRXA 4RWTA 1S5JA 3TAEA 3LAMA 3QNNA 2A1RA 3CMEN 2O8FB 4FXDA 3OYCA 4HCBA 4JNEA 3TABA 4BE1A 3E9LA 4E1MA 4WQ4A 1RTDA 4FJJA 1NKBA 3QLHA 2IVNA 4Z4GA 4JS5A 1XMQK 3IAYA 5AQOA 2ZD1A 3AA5X 3OYKA 5J2QA 4JLHA 4UY8O 1TKXA 4OVLA 1Y64A 5I42A 3HZ6A 3E66A 2P5GA 3SZ2A 1HQEA 1RT3A 4DKWA 2D0CA 3T69A 4CGIA 2BDPA 5IT9O 2ZQBA 3MN6A 2YNFA 4IKFA 4A2AA 4B3RK 4CFCA 5HL7L 3NH1A 1GOAA 4LD0A 2O8CB 3IKMA 4BRGA 3KK2A 4DR7K 3F5TA 4AHVA 1XWLA 4DTRA 4RG8A 1BUPA 4CZEA 1R0AA 4JI0K 1SKSA 1HUXA 3CXCM 3L6QA 3VTHA 2AA4A 2YNIA 5KPTA 1Q9XA 1GLBG 4FWNA 3SUQA 4A62A 3K58A 1G15A 3S3OA 3WUHA 4FLWA 1W2BM 1IG9A 1UAXA 3M6GA 3THWB 5HRRA 3H6EA 2BUPA 3RMAA 3BZKA 4J2DA 1EX4A 2P9NA 5E84A 5C25A 3CC4N 5FLXO 1TYQA 4CF9A 3IS9A 3LWMA 1JLBA 1NGFA 1JL2A 4I7FA 2QWLA 1TL1A 2V7YA 2P9KA 4FM1A 3DLKA 3LDPA 5AQUA 4CF8A 2G8KA 3H08A 3C6AA 2W00A 3WXJA 1RT1A 3A0IX 5EVZA 4WFBL 4DQSA 4JI3K 1BHLA 4GKJK 2P9PA 1RDWX 1C1BA 3MCPA 1TK5A 3NF8A 4JI6K 1TUUA 4I6MA 1QS4A 3TWHA 3NF9A 1JCFA 4CJRA 3ZCMA 4KHQA 4YNQA 4BRHA 4CJEA 3OBWA 4DV4K 2X6NA 2KHOA 3TPQA 3SUPA 4BE0A 3CJ7A 3U9DA 4FZZA 4JI2K 3ZX0A 4XJXA 3QFPA 4BRCA 1Q86O 5BR8K 3CCJN 3ULEA 4DR5K 1YHQN 3OJUA 2QWOA 3AO2A 4KRFA 4GV3A 4CIGA 1J5OA 2OTLN 1KCFA 2G8VA 1RILA 2RF2A 3VQ5A 1VQ6N 2P9UB 3DXMB 5F0XA 1NK8A 3WT0A 4BG8A 3MK6A 1N33K 4X64K 3LPUA 1GLAG 3V1QA 3I56N 1KD1O 2QKKA 1TAUA 3FLCO 2W40A 3HVTA 4JKCA 4DB3A 1OH6A 3CJAA 4DSJA 3K9JA 4DR6K 5C2DA 2D4WA 1NK0A 1L3SA 2O8FA 1QVFM 4DV0K 3ZETA 3C6UA 4O5FA 3AVCA 3SAFA 4FO0A 3ID8A 4J2EA 3H1QA 4FLVA 3U3GA 1C1CA 4K0KK 3CD6N 3E01A 1BIZA 1ZBFA 4YY3K 2PAVA 4BC5A 4FWKA 3O8MA 3ZX2A 4BG9A 3WNFA 3R8EA 1VSJA 3KLHA 4KBOA 1QQMA 4CJTA 4GVEA 1BDGA 2C1IA 4JI7K 5KRSA 5AQWA 4AHUA 4E7KA 3RMBA 3MX5A 4FJ9A 3LL3A 1RT2A 5CYQA 3G4SN 3CIPA 1K8AO 4CK3A 3M5RA 1RDCA 2G8IA 2O8CA 2B6AA 3NF6A 4CEBA 4WE1A 4JI5K 4PHTX 2IVPA 1VQPN 4FZXC 5AQJA 2E5LK 1VAZA 3VQPA 3G6EN 4KHPK 3PLAA 4FJMA 4BGAA 4PY5A 2JWKA 2X74A 5AFUA 2QTDA 3NH2A 3MAQA 3VGKA 3L2QA 3D0PA 5KTQA 3EKUA 3IMXA 1LWFA 3QICA 3RRGA 3THWA 3DLGA 4B9LA 3NAEA 1SAZA 3LDLA 3AVHA 2NUBA 4M41A 3RRHA 5AQIA 1JKHA 1KFDA 4RCHA 2Z1HA 3I33A 4DHYA 2KTQA 2YHBA 4FWOA 3WEEB 3SLCA 1NK9A 4B9TA 4FVUA 3HOTA 3JS6A 2ATQA 2VGNA 2F9WA 1NJXA 4JI8K 2NNWA 3O9UA 2QWNA 1RBRA 5FRMA 3KKSA 2E1ZA 2OA8A 4IFVA 4B8AB 1IBLK 2O8BB 1S1VA 5EY4A 3OS0A 2QWMA 1WSFA 1SL2A 1L3VA 3VQ6A 4CF2A 3R9PA 2HBKA 3EKSA 2HBMA 1NGAA 3B6PA 2CGLA 4W5NA 1HNIA 4NB4A 4FWMA 1J54A 4DR3K 4FK2A 4OO1J 2YHWA 4JD2B 5HRPA 1ZYQA 1G99A 4CF1A 3SMSA 3A8YA 4DMNA 4ELUA 4IOXA 4EZ6A 4KH5A 3T1YK 1BQMA 2ITMA 1MA9B 4CZFA 4WQ4C 3OYEA 4BR2A 2RKIA 1T8EA 1C0GA 3T1AA 2P9UA 3OYFA 1VSLA 3DXMA 4FJGA 2HBLA 1L3UA 2WOMA 5E26A 3UKUB 2IVOA 3UE5A 3CQYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1HKG A;  1NG9 A;  2O8B A;  4MO4 A;  2DPN A;  3L3V A;  1T44 A;  4DUZ K;  2OTJ N;  2QM1 A;  2YX6 A;  4G9Z A;  4DV7 K;  3SPZ A;  3GOI A;  1BO5 O;  5JEN A;  1YJN N;  2E20 A;  4ZHR A;  4N5S A;  1SZ2 A;  1C0M A;  2ZGZ A;  4OPA A;  2A40 A;  3V1O A;  3PY8 A;  3PX6 A;  2PY5 A;  2E2P A;  2FBY A;  3AA4 A;  3CHW A;  5FPE A;  3S3N A;  1M1K O;  3LP1 A;  4JD2 A;  1RT7 A;  1KVB A;  4A61 A;  1KQS M;  2HVI A;  4JYA K;  2QK9 A;  1A5W A;  3I0R A;  2G8F A;  1GLC G;  5EX5 A;  4YOT A;  4YOW A;  3L0Q A;  4G1Q A;  1J5E K;  4DQ8 A;  3KK1 A;  4H5T A;  3VQB A;  1U49 A;  3DLH A;  3PO4 A;  2A3Z A;  3AO4 A;  2OZS A;  3MXJ A;  4LFA K;  1TYQ B;  2ZJP L;  5JVG L;  4HTL A;  2E8A A;  4K8Z A;  3KIO A;  1WSJ A;  5AQP A;  5LMU K;  1JLQ A;  3LZJ A;  3UKU A;  2W6L A;  5HP1 A;  1Z26 A;  1NGG A;  1RTJ A;  5JIC A;  4IFY A;  4H0Y B;  3CCV N;  4EAH D;  1KTQ A;  1RBV A;  1WUA A;  2P9P B;  1D4X A;  5EXW A;  4DQI A;  1YT3 A;  4FWS A;  3AA3 A;  1NGJ A;  5BR9 A;  5H1S Q;  3S41 A;  3PIO L;  2C1G A;  5M1O A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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