4AM7A

Adp-bound c-terminal domain of actin-related protein arp8 from s. cerevisiae
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
623
structure length
623
Chain Sequence
EIDLNDPTATIVIHPGSNSIKIGFPKDDHPVVVPNCVAVPKKWLDLENSEHVENVCLQREQSEEFNNIKSEMEKNFRERMRYYKRKVPGNAHEQVVSFNENSKPEIISEKNDPSPIEWIFDDSKLYYGSDALRCVDEKFVIRKPFRGGSFNVKSPYYKSLAELISDVTKLLEHALNSETLNVKPTKFNQYKVVLVIPDIFKKSHVETFIRVLLTELQFQAVAIIQESLATCYGAGISTSTCVVNIGAAETRIACVDEGTVLEHSAITLDYGGDDITRLFALFLLQSDFPLQDWKIDSKHGWLLAERLKKNFTTFQDADVAVQLYNFMNRSPNQPTEKYEFKLFDEVMLAPLALFFPQIFKLIRTSSHKNSSLEFQLPESRDLFTNELNDWNSLSQFESKEGNLYCDLNDDLKILNRILDAHNIIDQLQDKPENYGNTLKENFAPLEKAIVQSIANASITADVTRMNSFYSNILIVGGSSKIPALDFILTDRINIWRPSLLSSASFPQFYKKLTKEIKDLEGHYVNAPDKTEDENKQILQAQIKEKIVEELEEQHQNIEHQNGNEHIFPVSIIPPPRDMNPALIIWKGASVLAQIKLVEELFITNSDWDVHGSRILQYKCIFTY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Interactions between the Nucleosome Histone Core and Arp8 in the Ino80 Chromatin Remodeling Complex.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule tags Nuclear protein
molecule keywords ACTIN-LIKE PROTEIN ARP8
total genus 185
structure length 623
sequence length 623
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4am7A01
3.30.420.580 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4am7A03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4am7A02
3FZMA 1BOTO 3CJBA 1BWFO 2YHWA 3O5BA 4FPAA 3HM8A 5AQNA 4H5VA 5AQOA 4O5FA 3A5LC 1QHAA 3O1WA 3GOIA 5KPZA 2EWSA 1U6ZA 1NGGA 3VPZA 5FPNA 2P9PB 4YDUA 3MCPA 4CZIA 4GNIA 4CZEA 1D4XA 5AQQA 2ASMA 4H0YB 5F0XA 4BR5A 2FXUA 5AZJB 3FE1A 5F1XA 2CGKA 3ZETB 4B1WB 4FWPA 3I33A 4BC4A 1SQKA 5AZIB 5AQVA 4FWMA 4JD2B 3TU5A 4NO7A 3DAWA 3WQUA 4AM6A 3UKRB 2CGJA 5BPNA 1NGHA 5JICA 1GLDG 4FSVA 3F9MA 2ASOA 1HKCA 1GLCG 2HF3A 4BRLA 3C7NA 4BRHA 2A40A 4BRCA 2I7NA 2FSKA 3ULEB 3QICA 3O1BA 3SK3A 4GY2B 2ITMA 3SMPA 3ZETA 1RDWX 3L4IA 4A62A 1S22A 4PKIA 4A2BA 1YXQA 2A42A 2Q1NA 5BPMA 3J8AA 3LDQA 4ISFA 5FPDA 2BTFA 1NM1A 4A61A 3DXMB 2FF3B 2GWJA 2HMPA 3LL3A 2P9IA 3I8BA 3VGMA 3SJHA 4B1VA 3BF1A 5KQ8A 3VENA 2E2QA 5AQXA 4H5WA 5AQJA 3HI0A 4BRDA 4BGAA 4H0OA 3VETA 2CH6A 1OKJA 1QQMA 4BG9A 3DJCA 3HSCA 1DKGD 1HX1A 4I6MB 4FWNA 3ZEUA 4BC5A 1NBWA 4CZHA 4BR0A 4NB4A 2P9LB 2W40A 1SAZA 5LJWA 5AQLA 1R59O 1YVNA 2PBDA 4WQ4A 4FWOA 1H1VA 2I7PA 3L6QA 4BVOA 4BROA 3ID8A 4B1XB 4Z94A 4BR9A 3CI5A 2W41A 4RTFD 3O80A 3JXUA 3A8YA 3VESA 4ISGA 1CZAN 1KXPA 2ZWHA 1ATRA 3VEOA 1WOQA 3EO3A 1NGBA 3WT0A 3BP8A 3MDQA 1YAGA 3DXKA 4M63C 1NGDA 3WQTA 4B1ZA 3O08A 3EZWA 1BA0A 1QZ6A 3CHWA 1XQSC 3IMXA 5BR9A 2YHXA 3FZHA 2UYTA 3AAPA 5BREA 2ASPA 3WEEB 4JAXA 3UB5A 5FPMA 2ZF5O 4H0PA 1T6CA 3CJ1A 4HWIA 4K25A 1NGEA 5ADXH 1MDUB 1NGIA 3G25A 2FSNA 4BRQA 3U9ZA 2PAVA 3FZLA 2V52B 3VEYA 4BRNA 2VYPA 4Y0WA 3ATVA 5AQMA 4C23A 3ATUA 4MO5A 5E26A 1HUXA 3H46O 4CBWA 3MMVA 4IWVA 1J6ZA 2V7YA 4CI6A 1DGKN 4K43A 5AQGA 4CJ7A 2YJEA 4RCHA 1G99A 2P9KA 2P9SA 2FSJA 2P9NA 1NGCA 3FFKB 3IUCA 3LDLA 1S3XA 3KZBA 4FL9A 3D2EA 4FWKA 3LM2A 3VF4A 3LDPA 4H5TA 3ULEA 2KHOA 2QWQA 3WXIA 2Q97A 3AARA 3QFPA 1C0FA 1GLJO 3M1FA 3ZX0A 5KPTA 4M7XA 3H3NO 4H0TB 3ZEUB 2QWLA 4BGBA 1V4SA 1DEJA 4KBOA 2A41A 1Z6RA 2GUPA 2AP1A 4DQ8A 1JCGA 2P9NB 3KHYA 4FOIA 4BRPA 1GLLO 5AQKA 3UKRA 4PKGA 2HOEA 3QDKA 3O6WA 4FWLA 2QWPA 5EVZA 1X9JA 1NLVA 2FF6A 4BQLA 5ADXA 3S41A 4QS9A 3CJ9A 4BC3A 2IVNA 4H5NA 2QW9A 1TUYA 5AFUH 1V4TA 3HBTA 1KAXA 1ATSA 5AQIA 3QBXA 2V7ZA 2QWRA 2GELA 5AFUA 3TPQA 3ZX3A 1BG3A 3U9DA 5ELZA 1T44A 3RSEB 3D2FB 4B1YB 2P9LA 5KQDA 2Q36A 3VGKA 4BQZA 3LM9A 4M7YA 2GEMA 5AQRA 3O8MA 3VEZA 3ENOA 2D4WA 3H1VX 3WEEA 1EQYA 3VF2A 3ZX2A 3R6MA 3CQYA 4J8FA 5KPRA 4AM7A 3BEXA 4HTLA 2A5XA 5BN9A 2Q2RA 1RGIA 4BR7A 3DXKB 1MWKA 2A3ZA 4LC9B 1GLFO 5AQSA 4BRMA 4EAHD 3GE1A 1RFQA 5AQHA 3DWLA 2QWNA 1X3MA 3R9PA 2YHYA 4FOEA 1NWKA 3CETA 4H5RA 4FWSA 4BR2A 4O8KA 2QM1A 5BPLA 1E4FT 4K42A 3QBWA 5AQPA 5BRFA 3P4IA 4BR4A 2IVOA 1YUWA 4DB3A 1TYQA 3M6GA 1HLUA 1BUPA 3B8AX 4CBUA 1X3NA 1ZXOA 2CH5A 4XEIA 4BRKA 2J4RA 3U4LA 3ENHA 3HTVA 1GLAG 3A5MC 1HPMA 4XH4A 1GLBG 3A5OC 5F2RA 3VOVA 3WUHA 4CZMA 1LOTB 3D2EB 4CZJA 3U8XA 4FO0A 2Q0RA 2V51B 4EHUA 1ATNA 1BU6O 2VWBA 3A0IX 3QFUA 3WXJA 2F9WA 4JN4A 4CZKA 3KVGA 4CD3A 4BG8A 1JCEA 4B1UB 1HJOA 4BC2A 4EFHA 3VEXA 3EL2A 3FZKA 4BRFA 1ESVA 3CIPA 3CJAA 1TYQB 1K8KB 5AQYA 3IDHA 1Q18A 5EOYA 2E1YA 2E1ZA 1BA1A 3A5NC 2E2NA 3BUZB 4JNEA 4MLHA 5AQFA 2P9UB 3UE5A 2P9KB 2P9SB 5JLHA 1IJJA 3VF6A 4B9QA 3GG4A 3EKSA 1U2VA 1GLEG 1ZC6A 1NGAA 3O4WA 5EXWA 4JHDB 2VCPA 3AY9A 2QWOA 2ZGZA 3SLCA 1TUUA 3W0LA 3MN7A 1KAZA 5AQTA 2OANA 1WUAA 5I9EB 1C0GA 4CZGA 3GL1A 2GWKA 2YI1A 3CJ7A 3HZ6A 1K8KA 4EIAA 4FPBA 3D7EO 1BO5O 1NGFA 4PL8A 5E84A 4DCHA 3WXKA 3JS6A 3RSEA 4IZ9A 4JD2A 4BREA 4FWRA 5LY3A 3LDOA 3MN5A 4IXCA 3IFRA 1HKGA 3CERA 2HF4A 2P9IB 4XH5A 5AR0A 1U2VB 4DHYA 5FPEA 3EN9A 4QS8A 4E1JA 1NGJA 4JHDA 1IG8A 3SMSA 1JCFA 5B8HA 5BRHA 1P8ZA 2P9PA 4L3QA 1MA9B 5AQWA 4CD1A 3H1QA 5EY4A 5EX5A 5AQUA 2AA4A 3QB0A 4BVPA 1XUPO 1QZ5A 4CZLA 4WQ4C 3EKUA 2F9TA 3VEWA 2D0PA 4MO4A 5AZIA 3FGUA 3D2FA 4RWTA 4IJAA 2D1KA 3FZFA 5JLFA 2YJFA 2IVPA 1MWMA 3VERA 4BRIA 1QQOA 3FLCO 2GTDA 3MN6A 1LCUA 4YDUC 2NZTA 2NRHA 3C7NB 5LJVA 2QXLA 1KAYA 4EHTA 4H03B 2DPNA 4A2AA 1Y64A 3QMLA 2Q31A 3CQXA 4CBXA 1E4GT 4WQ5A 4IJNA 1SZ2A 2QWMA 5AQZA 2ZGYA 5BRDA 1Z05A 2E88A 3UKUA 2E20A 3H3OB 3H6EA 3DXMA 2YCHA 2D0OA 4CZFA 4IO8A 5JMVA 1BDGA 3W3DA 2E2OA 3AAQA 2CGLA 1ZBSA 4BRGA 3H45C 1T6DA 2Q0UA 4FWQA 3R8EA 3GBTA 2E8AA 3FR0A 2H3GX 4BRAA 1HKBA 4PL7A 2FLOA 2BUPA 3M3ZA 3GDQA 3MN9A 4I6MA 3L0QA 4PKHA 4XH1A 5CE3A 1QQNA 2NLXA 1NMDA 5TKYA 3WXLA 2IIRA 3UKUB 4F9OA 2E2PA 3C0BA 4K41A 4WQ5C 3VGLA 2A6AA 3CJCA 3OHRA 4MLEA 2WUSA 5AZJA 4QS7A 4H0VB 4ISEA 3BF3A 3MK6A 5BN8A 3VEVA 3LDNA 4WYBA 1XC3A 2P9UA 4H0XB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3FZMA 3KK7A 2ZJPL 1BOTO 4OVLA 4DF8A 1RT1A 5AQNA 4H5VA 4CF8A 4O5FA 3CCLN 1VSKA 3O1WA 3GOIA 4JKDA 2EWSA 1IG9A 1NGGA 3MX5A 4BEBA 3U6FA 3HYFA 4CZIA 4JI3K 4CZEA 5C25A 5AQQA 4BR5A 4JEPA 5AZJB 3DLHA 2OTJN 4FWPA 1X9SA 1HMVA 4FWMA 3C6TA 1HNIA 1BQMA 5JICA 1KCFA 3KD1E 1GLDG 3F9MA 4AF1A 1HKCA 2G8WA 4DTMA 5IT9O 2A40A 4Z0UA 4IOAL 1JL1A 1VHXA 1DTQA 3SK3A 4IKFA 2ITMA 3THXB 4DSFA 3SMPA 3CCRN 3ZETA 4B9VA 2NRXA 4PKIA 1SV5A 1S72N 5BPMA 3J8AA 3LDQA 3TSQA 5FPDA 2BTFA 1T8EA 4IG0A 1WSHA 1FKPA 2Q3SA 2P9IA 3VGMA 4B3MK 3THWB 4M3YA 3TAEA 3AV9A 4LF4K 4KAZA 5KQ8A 3PIPL 3DLGA 2P5OA 4H5WA 4BGAA 3ZSWA 4H0OA 2UUCK 2CH6A 1B9DA 3HSCA 1DKGD 1TKDA 4I6MB 3DLRA 4GKJK 2O8FA 4CZHA 4FJMA 4W5QA 4I9LA 4CIEA 4DS4A 3DRSA 3MEEA 5AQLA 5HLFA 2A1SA 1JKHA 2R7YA 2I7PA 2HSTA 1QVGM 4CFAA 2W41A 2ZJQL 3O80A 4UQGA 3VESA 4BDZA 4GV3A 3HPGA 1JLGA 3P83D 3P39A 1XNQK 1BI4A 3MDQA 4CF2A 3DXKA 3L2RA 4CFDA 3AGKA 4ILHA 1W0HA 1KLNA 3IAYA 1NGDA 3WQTA 3NF6A 3O08A 3KKSA 2RKIA 1TK8A 3ZSQA 1XQSC 3AVGA 3A2FA 3FZHA 3V9XA 3QEPA 2GBZA 3VQ6A 3WEEB 4JAXA 3CJ1A 2HBJA 4DS5A 1NGEA 3RRHA 1MDUB 3SBTA 1NGIA 4BRQA 3U9ZA 4CHNA 5C0YA 3HPHA 3VEYA 1LV5A 3P5JA 3ATVA 3NF8A 5AQMA 4DF4A 1ITGA 3LDSA 3T1HK 1LWFA 4K8ZA 3ISNC 3SAFA 1JXEA 3DLLL 3H46O 5C12A 4IWVA 2F4VK 4CI6A 1DGKN 4DSIA 5CYMA 4BWMA 2YJEA 3E9OA 2P9SA 4U7BA 4LFAK 2KFZA 2P9NA 4FJ5A 1NGCA 1S5JA 3CC4N 1JJ2M 5CHIA 1ASUA 4KHWA 4FL9A 4CERA 2Z1JA 4X65K 4H5TA 3WNGA 3OYFA 1YI2N 3VMFB 1SL0A 2D0AA 4O8UA 1KVCA 4GMJB 4GKKK 1ZYQA 3ZX0A 3L2VA 2UU9K 3SCXA 2A41A 4CEQA 2AP1A 4DQ8A 1JCGA 3NE6A 2QXFA 4FOIA 2NRVA 5AQKA 2HOEA 4H4MA 1B92A 5EVZA 1X9JA 2FF6A 4BQLA 1YVUA 4JK9A 1WBDA 3CJ9A 2D5RA 4WFNL 4F3TA 4C8LA 3HBTA 3ZSOA 3V4IA 3LWLA 4UY8O 3VQ5A 2KQ2A 2QWRA 3DM2A 2X6SA 3HM9A 4JK7A 5J2QA 4DUYK 4CEFA 3VGKA 4B3SK 3F2KA 2KKZA 2KW4A 3NAEA 4DV1K 2ZE2A 3OYHA 4R79A 4X66K 4KRFA 1IBLK 2UXBK 3WEEA 5CR4A 2DFEA 4G1QA 2HNZA 3VF2A 4CECA 3THWA 1BISA 4E72A 3OY9A 2E6LA 3NCIA 5GIPA 4CVNE 2HBLA 2XY8A 3R9PA 4FJHA 1NWKA 3C65A 2O8FB 4BR2A 1KLMA 4IOXA 4C1NI 3QBWA 5AQPA 5BRFA 2OPRA 4ELVA 1BUPA 1TL1A 2QI2A 3CMAN 2QTDA 4CBUA 1ZXOA 2CH5A 4F4KA 1IKXA 4I2PA 3RMCA 3ZSRA 3A5OC 4CFCA 1NG9A 4LY7A 1LOTB 3SBGA 1NKCA 3MX2A 4O0JA 3A0IX 2VWBA 3QFUA 2RHKA 3AVIA 4BG8A 4IEIA 4JV5K 2ATQA 4EFHA 4EZ9A 2GX9A 3VEXA 3FZKA 3HSTB 4BRFA 1YTUA 1ESVA 3E9PA 3AVMA 5AQYA 3OJSA 1QS4A 3IDHA 1OH7A 4OLAA 1IKYA 2E1ZA 3A5NC 3OW2M 3BUZB 5AQFA 1K73O 2P9KB 4HCCA 1C0TA 1EO1A 2Z1GA 3GG4A 1KC8O 4F8RA 1ZC6A 4KHQA 1JXBA 1NGAA 1Z25A 3AA4A 2UXCK 4ELTA 1RDUA 3KWGA 4KH6A 4E0DA 3VQ8A 4Z4EA 4CF0A 3SAHA 1K8KA 5HROA 1BO5O 1NGFA 4WFAL 4WF9L 3K5LA 1ZBHA 3I0RA 1EETA 1L3SA 3LDOA 3MN5A 1C1BA 4MFBA 4DV0K 4IXCA 2JLEA 2P9IB 3CERA 1YTAA 1NK4A 5JS2A 2VGMA 4JHDA 2B5JA 1IG8A 3KLGA 3V1QA 1VQPN 3MXIA 3VN5A 5B8HA 4KB1A 1TKXA 1P8ZA 1RTDA 2XO7A 5AQWA 5EX5A 1G15A 1JLBA 2VG7A 4CZLA 4WQ4C 3EKUA 3VEWA 2P51A 3D2FA 4RWTA 5JLFA 3TR8A 3K5MA 4LSLA 1QQOA 1RTJA 3IRXA 2NZTA 2NRHA 3KKRA 5KRTA 2ZJRL 1NNEA 1FW6A 3CCSN 3CD6N 2G8KA 3UIQA 4CJ5A 3HL8A 4OLBA 2EHGA 2FBVA 4A2AA 3QMLA 3KLFA 4DV3K 3TTCA 3SJJA 3OS0A 1M1KO 3CC2N 3CYGA 2XY7A 3ENBA 3H3OB 3VA3A 3ID6A 4YHHK 3S3OA 4KV8A 4CZFA 4I2QA 3V81A 2RPIA 3E66A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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