4AM7A

Adp-bound c-terminal domain of actin-related protein arp8 from s. cerevisiae
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
623
structure length
623
Chain Sequence
EIDLNDPTATIVIHPGSNSIKIGFPKDDHPVVVPNCVAVPKKWLDLENSEHVENVCLQREQSEEFNNIKSEMEKNFRERMRYYKRKVPGNAHEQVVSFNENSKPEIISEKNDPSPIEWIFDDSKLYYGSDALRCVDEKFVIRKPFRGGSFNVKSPYYKSLAELISDVTKLLEHALNSETLNVKPTKFNQYKVVLVIPDIFKKSHVETFIRVLLTELQFQAVAIIQESLATCYGAGISTSTCVVNIGAAETRIACVDEGTVLEHSAITLDYGGDDITRLFALFLLQSDFPLQDWKIDSKHGWLLAERLKKNFTTFQDADVAVQLYNFMNRSPNQPTEKYEFKLFDEVMLAPLALFFPQIFKLIRTSSHKNSSLEFQLPESRDLFTNELNDWNSLSQFESKEGNLYCDLNDDLKILNRILDAHNIIDQLQDKPENYGNTLKENFAPLEKAIVQSIANASITADVTRMNSFYSNILIVGGSSKIPALDFILTDRINIWRPSLLSSASFPQFYKKLTKEIKDLEGHYVNAPDKTEDENKQILQAQIKEKIVEELEEQHQNIEHQNGNEHIFPVSIIPPPRDMNPALIIWKGASVLAQIKLVEELFITNSDWDVHGSRILQYKCIFTY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords ACTIN-LIKE PROTEIN ARP8
publication title Interactions between the Nucleosome Histone Core and Arp8 in the Ino80 Chromatin Remodeling Complex.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule tags Nuclear protein
total genus 185
structure length 623
sequence length 623
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4am7A01
3.30.420.580 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4am7A03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4am7A02
1QZ5A 4EFHA 2I7NA 4JD2B 3DXMA 4XH4A 4FWQA 4BQLA 1BWFO 3EKSA 5AQFA 2P9UB 4BR5A 2HOEA 4BGAA 3CJBA 4AM6A 3FZKA 2E88A 2GEMA 4BC2A 4Y0WA 4FPAA 4CD1A 3MN7A 5KQDA 1P8ZA 1TUYA 4A2AA 2E2QA 4CZLA 5CE3A 3MN9A 2P9IB 2E2OA 3VETA 3WUHA 3SJHA 5BN9A 2QWRA 4BC3A 4CZJA 1HLUA 3MCPA 2QWMA 4MO4A 3UKRA 4EHUA 1ZXOA 4B1WB 4B1YB 4CZGA 3ULEA 4IZ9A 5EXWA 3FZLA 4NO7A 5AQHA 4C23A 1JCFA 2UYTA 4WYBA 3FZHA 1RGIA 3ZEUB 5ELZA 2Q1NA 2P9LB 1C0GA 1YVNA 3HTVA 1TYQB 3QFUA 3CJ7A 3H3NO 5AQMA 5AZIB 1ZC6A 3RSEB 3ZX2A 4A2BA 5JLFA 5EY4A 4CBWA 4DB3A 2E2NA 1MDUB 3CETA 1V4TA 4PKHA 1BA0A 4M7YA 3O4WA 4DHYA 3VF6A 4K43A 4K41A 4BRFA 1T6DA 2YHWA 4BG9A 2V7YA 2GWKA 3WXLA 2NZTA 3LDQA 2QW9A 2QWLA 4WQ5A 2ZGYA 1ESVA 1GLEG 4LC9B 3C7NB 1K8KA 5BRFA 5TKYA 1HX1A 2EWSA 4QS9A 3S41A 2GUPA 2P9NA 3H1QA 2FF3B 1GLFO 3HSCA 4PKIA 2E8AA 3U9ZA 1SZ2A 3KVGA 1KAXA 5AQUA 2GELA 3GL1A 4IWVA 5LJVA 2A6AA 3CERA 4YDUC 2V7ZA 5AQXA 4BRCA 1IJJA 3DXMB 2CH6A 1X9JA 3IUCA 4H0PA 4EIAA 1KAZA 5KPTA 3EKUA 2D0OA 3D7EO 2ASOA 1ATRA 4RWTA 4PL7A 2WUSA 2E20A 3AAQA 4CZIA 4H0YB 5E26A 2HMPA 2IVOA 4WQ5C 1WUAA 3O1BA 3H3OB 1G99A 4BRHA 3HM8A 4FOEA 2D1KA 1HPMA 1RFQA 2D0PA 3VF2A 3M1FA 1E4FT 3ID8A 3R6MA 3LL3A 4CZHA 3O6WA 3CQXA 3LM2A 4H5NA 4E1JA 1SQKA 1NGCA 2YJFA 3ATUA 1C0FA 4IXCA 3UKRB 3FR0A 3H1VX 2IVNA 3VENA 3ULEB 3VGMA 1YAGA 2ASPA 2IVPA 5AQVA 4BVOA 4QS8A 3SMSA 2VWBA 3QMLA 3VGKA 4BQZA 3A8YA 3H6EA 4BRGA 4WQ4C 1X3MA 2NLXA 3CI5A 4GNIA 3DJCA 1NGBA 4MLHA 3GG4A 3L4IA 2YI1A 5JLHA 2QWPA 5AQZA 3O5BA 5ADXH 3WEEA 1GLBG 4BR7A 2ASMA 1SAZA 2E2PA 2GWJA 4CBUA 1U2VB 3ENOA 5AQSA 4Z94A 5F0XA 2YCHA 4H0OA 1E4GT 5E84A 4FWSA 1NWKA 2ZF5O 1IG8A 2BTFA 5AQRA 1K8KB 1NLVA 4BRNA 3GE1A 4F9OA 2QM1A 2VCPA 2P9NB 4BRIA 4B9QA 1YUWA 2YJEA 5LJWA 2A40A 2FXUA 5AQOA 1GLLO 3GOIA 1NGAA 4JAXA 1MWMA 3AARA 4JHDB 2F9WA 1Q18A 3WQUA 3ZX0A 3VF4A 1MA9B 3D2FA 4M63C 4JN4A 3MDQA 3D2EA 3G25A 1GLJO 2Q0UA 5BREA 4BRDA 4GY2B 4YDUA 3CJCA 3M6GA 2CGLA 4FSVA 3VEWA 3IDHA 2A42A 3ATVA 1LOTB 3VOVA 3FFKB 2W41A 2QWQA 4IO8A 5BR9A 3W0LA 3LDPA 4XEIA 3KHYA 2Q0RA 3HI0A 3QB0A 1NGGA 4IJNA 5ADXA 1R59O 4H0TB 4J8FA 2Q2RA 3CIPA 5BPMA 4EAHD 2QWOA 1D4XA 3H46O 4I6MA 2ITMA 4MLEA 5BPNA 3BEXA 4A61A 1BG3A 3UB5A 2W40A 3MK6A 4ISEA 2P9SA 2V51B 1MWKA 2AA4A 4BRMA 1KAYA 3DAWA 3EO3A 4BR0A 1QQOA 2I7PA 5AZJB 5FPDA 2HF3A 1T6CA 3EL2A 3BF3A 1DEJA 4RTFD 4AM7A 2Q97A 2CGJA 3U4LA 3SK3A 3MMVA 2OANA 1HKBA 4JNEA 2P9KA 4QS7A 3CJAA 3WQTA 1QHAA 5KQ8A 4WQ4A 4CI6A 5AQTA 4BRPA 5F2RA 2Q31A 3IFRA 2A3ZA 4FPBA 4A62A 3F9MA 5FPEA 1H1VA 4DCHA 3MN6A 1S3XA 1BUPA 1Z05A 3GBTA 4BR9A 4H5WA 2E1ZA 4BC4A 5F1XA 3A5OC 5BRHA 3LDLA 3A5LC 3KZBA 4H5RA 3I33A 1NGJA 4FWPA 4DQ8A 3M3ZA 3OHRA 4FL9A 4CZKA 3CHWA 4FOIA 1NGHA 4NB4A 1TYQA 5B8HA 3TPQA 4PKGA 3VEXA 3AY9A 3FZFA 4FWKA 3IMXA 3EZWA 4FWLA 5AQYA 3D2FB 3O1WA 3D2EB 1DKGD 5KPZA 3WXKA 2A41A 1NM1A 4H03B 5AQNA 5FPNA 4BRKA 1HUXA 3FE1A 1EQYA 2P9PA 3C0BA 3R8EA 1HJOA 4XH1A 5EOYA 3FGUA 4EHTA 3UKUA 4CD3A 1GLCG 1XQSC 3VPZA 5AFUH 1BDGA 2Q36A 2J4RA 1JCEA 5FPMA 4O8KA 2DPNA 1QQNA 5JMVA 1BA1A 4MO5A 5AQIA 4M7XA 3SLCA 3QBWA 4H0VB 3UE5A 3VEZA 2V52B 2P9SB 4B1XB 3U9DA 5LY3A 3B8AX 1RDWX 3P4IA 3ENHA 3ZETA 3DXKA 4BR4A 1GLDG 1XUPO 3CQYA 3HZ6A 3LDNA 1XC3A 3BF1A 3DWLA 4K42A 5AQQA 1NGDA 4IJAA 2PAVA 3LM9A 3O80A 3VEVA 4CZFA 1HKGA 2KHOA 5BN8A 1OKJA 2P9KB 1NGIA 3A5MC 3VGLA 5BRDA 4CZEA 3MN5A 4BG8A 3GDQA 1GLAG 5AQPA 5AR0A 4O5FA 4L3QA 4BRLA 2QWNA 2BUPA 4B1ZA 1NGEA 3CJ1A 4BC5A 3O08A 5EVZA 5AQWA 5AFUA 3FZMA 3A0IX 1WOQA 3VEOA 1HKCA 3J8AA 1QQMA 4FWOA 2F9TA 4BVPA 2CH5A 1J6ZA 2FLOA 4JD2A 1DGKN 3JXUA 4HWIA 3SMPA 2NRHA 2H3GX 2FSKA 2P9UA 1BOTO 1NGFA 3TU5A 2ZWHA 4PL8A 4BROA 3R9PA 3WXJA 1BU6O 1U2VA 4CZMA 4KBOA 3QDKA 3BUZB 3QICA 1V4SA 2AP1A 2P9PB 3H45C 4HTLA 5AQGA 2FSNA 2P9IA 1CZAN 3UKUB 5AQLA 2FSJA 5BPLA 2E1YA 3WEEB 3L0QA 3QBXA 3CJ9A 4CBXA 1U6ZA 1ATSA 3FLCO 1BO5O 4RCHA 4JHDA 1YXQA 1ATNA 1T44A 3A5NC 2ZGZA 4BGBA 3HBTA 1QZ6A 4BREA 2VYPA 4ISFA 3ZX3A 4K25A 4B1UB 1ZBSA 3ZEUA 3AAPA 2P9LA 1KXPA 3ZETB 4BR2A 3DXKB 1Z6RA 3LDOA 5AZIA 2PBDA 3RSEA 5EX5A 4B1VA 2YHXA 5JICA 4BRAA 3VERA 1TUUA 3O8MA 4H0XB 2QXLA 3VESA 5AQJA 4BRQA 1S22A 4FWMA 3QFPA 1JCGA 1NBWA 3EN9A 2CGKA 3C7NA 4XH5A 4FO0A 3JS6A 4H5TA 2FF6A 2YHYA 1NMDA 1Y64A 2GTDA 3W3DA 2D4WA 5I9EB 4ISGA 3U8XA 4H5VA 4FWNA 3L6QA 4CJ7A 1X3NA 2IIRA 3I8BA 4FWRA 5AZJA 5KPRA 2A5XA 3WT0A 3WXIA 2HF4A 3VEYA 1LCUA 4I6MB 5AQKA 3BP8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3T19A 4EFHA 3SAHA 1JXBA 2KW4A 2OZSA 3PX0A 1HYSA 2Z1IA 5AQFA 1RT4A 4DLGA 3K5MA 5J2QA 1C0TA 1DLOA 3LWMA 4CF2A 2GEMA 2W42A 3L8BA 3V9WA 4Y0WA 2E2QA 5CE3A 3M8QA 3NHGA 1U45A 2G8FA 5HROA 1TAUA 4HUGA 2EHGA 3DLBA 4V19S 3NH1A 3AO4A 2KLAA 3SV4A 4FLYA 1HLUA 4AILC 3UKRA 3KWGA 4DV4K 4GVMA 3HXMA 1ZXOA 4B1WB 4B1YB 4GV3A 4CZGA 4O8UA 3AVFA 5FDLA 2HNYA 3O9TA 1QSYA 5KI6A 3FZHA 5GAHP 3KLEA 2XY7A 4X65K 3L2VA 2Q1NA 1C0GA 1YVNA 1DTTA 1RTJA 2X6NA 3D6RA 3O9SA 3HTVA 1TYQB 3QFUA 4DR7K 4QAGA 3ZT3A 3ZX2A 4LH5A 4CBWA 2E2NA 3SAGA 1FXXA 1BA0A 1S1WA 4OJRA 3QLHA 2RPIA 4K43A 1QE1A 1T6DA 1RT2A 4BG9A 1VAZA 2FBVA 2W6KA 4WQ5A 5KTQA 4B3MK 1HNXK 4J2BA 3NVKA 3TAGA 5GADP 1NK8A 5M1NA 3K9KA 4DV5K 4JI1K 3WNFA 4DV7K 1A5WA 4IDHA 3H1QA 3E66A 1CXQA 4IBNA 4E3SA 2HHSA 3VA3A 2E8AA 4RW4A 3U9ZA 1SZ2A 2GELA 3GL1A 5LJVA 2A6AA 1O1WA 3CERA 4BRCA 2V7ZA 3NF8A 5AQXA 4CHQA 4FM2A 1ZYQA 4FJ7A 4M3ZA 4CE9A 4K8XA 4IDKA 3C6TA 3K0SA 1KAZA 3AVNA 4KHUA 3EKUA 1N36K 4RWTA 4DTOA 4DFPA 4B3TK 2PZSA 4LFAK 3J7AP 3O9RA 5JS2A 3CCUN 1RDUA 3ALYA 3RTVA 2D0PA 4DQIA 3M1FA 3R6MA 4CZHA 3O9UA 1KFDA 1HMVA 4H5NA 4KH5A 3VQDA 5I3UA 3L2WA 2YJFA 3UKRB 1Q81O 2PY5A 4MQ3A 1VQ4N 3KKRA 4B3OA 1YAGA 2ASPA 2IVPA 5AQVA 2Z1HA 4JKFA 4CJQA 1NU0A 1Y97A 3I55N 2UUAK 3KIOA 1NOYA 3ZSYA 4BWJA 5DK5A 1X3MA 3CI5A 3DRRA 2O8BB 1NGBA 4MLHA 2YI1A 4DU4A 4IKFA 2HHQA 4JI6K 3AVLA 4BR7A 4CJSA 4FJGA 2ASMA 1SAZA 1IO2A 4CFAA 3I8DA 5C42A 5KRTA 2Q3SA 5AQSA 2YCHA 3MX2A 3R1XA 3U6FA 2X6SA 1XWLA 1OH6A 1VQON 1L3TA 2ZF5O 1FKOA 4JRQA 2HNZA 4BRNA 2QM1A 4L8RB 4BRIA 2NRVA 4B9QA 4IOCL 3PSFA 2FXUA 1GLLO 3CFPA 1NGAA 3AARA 1K73O 1Q18A 4RW7A 3ZX0A 2B5JA 4CJFA 4YNQA 3OYEA 3NH2A 3AO3A 1LV5A 1RT7A 3MDQA 5JVGL 4BACA 1VQ7N 3CM6A 1A5XA 1KVCA 4BRDA 1EO1A 4A57A 4WFBL 3P1GA 4CGJA 3M6GA 2A42A 3PLAA 3SQ4A 3MECA 5KRSA 4CF9A 1TK8A 2KZZA 3QB0A 1L3VA 4H0TB 3AA3A 1U47A 3CM5A 1SL0A 5BPMA 4DR2K 4E0DA 1D4XA 1HJRA 2NUBA 3NGZA 1BG3A 3E9LA 3KTQA 1LW0A 2QXFA 1MWKA 2AA4A 4FLTA 3EO3A 4BR0A 5FPDA 1T05A 2HBLA 1KFSA 4AM7A 3I0SA 4LF6K 4ID5A 4CEAA 3MMVA 3PV8A 3SNNA 2P9KA 4Z4FA 3A2FA 2XY6A 5C2DA 5KQ8A 2NRXA 3ZSXA 4FPBA 4A62A 4DCHA 4BR9A 2NRRA 3CQ8A 2HBJA 2E1ZA 3VMFB 5F1XA 1YJWN 3L2QA 3I33A 4X66K 2ZJQL 4FLVA 3AA4A 3M3ZA 3OHRA 3OYJA 4NCBA 3TPQA 3VEXA 4E72A 5AQYA 5T7BA 1Q9YA 2A1SA 1Q7YO 3O1WA 1DKGD 3WXKA 4BE2A 4LFBK 3FE1A 1EQYA 3C0BA 2OPPA 4BE0A 1D8YA 4DFMA 3UKUA 4CD3A 1BQNA 1GLCG 5AFUH 4JK8A 3LAMA 1K8AO 1TL3A 3VQ6A 1SKWA 4O8KA 1VQ6N 1QQNA 5JMVA 4MO5A 5AQIA 4CJTA 2E6LA 3QBWA 2HHIA 4CIGA 3LP1A 3AVKA 1NK5A 1SUQA 3S3NA 4CEDA 4KHQA 3OW2M 3SJJA 4Z0UA 5LY3A 1TK0A 3J7YP 2IC3A 1XUPO 1ILYA 1ZBUA 3LDNA 4K42A 2UXBK 4FK2A 1NGDA 4GW6A 4IJAA 4CESA 1RDDA 3LM9A 4CZFA 4FJIA 4DF8A 3EYZA 1VQPN 3M8RA 2P9KB 2XY5A 4ILHA 3OBYA 5AQPA 1GLAG 2D0AA 4IFEA 4O5FA 3NCIA 2QEXN 4PQUA 3F9KA 1W9HA 4M3YA 2BUPA 3LDSA 3MXJA 3DYAA 3MWTA 3VEOA 1WOQA 1NK9A 2RE2A 3J8AA 2DTUA 1QQMA 3WNHA 5M1KA 4QOZB 4JEPA 3MX5A 1X9MA 2HHHK 4LSLA 1JLQA 2FSKA 2P9UA 1BOTO 1NGFA 3HP6A 3CMAN 3TAPA 5HRNA 1NG9A 3OS0A 3CG7A 1YTUA 3R9PA 1U2VA 5JVHL 3T1AA 1JKHA 3ZSOA 3DLLL 3BUZB 3CXCM 2E5LK 1QTMA 1J5EK 2FSNA 3KWIA 3UKUB 4DLEA 4DKWA 2QKBA 3WEEB 3AVCA 3L0QA 1ATSA 3OBWA 3DRSA 1HNWK 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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