4AM7A

Adp-bound c-terminal domain of actin-related protein arp8 from s. cerevisiae
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
623
structure length
623
Chain Sequence
EIDLNDPTATIVIHPGSNSIKIGFPKDDHPVVVPNCVAVPKKWLDLENSEHVENVCLQREQSEEFNNIKSEMEKNFRERMRYYKRKVPGNAHEQVVSFNENSKPEIISEKNDPSPIEWIFDDSKLYYGSDALRCVDEKFVIRKPFRGGSFNVKSPYYKSLAELISDVTKLLEHALNSETLNVKPTKFNQYKVVLVIPDIFKKSHVETFIRVLLTELQFQAVAIIQESLATCYGAGISTSTCVVNIGAAETRIACVDEGTVLEHSAITLDYGGDDITRLFALFLLQSDFPLQDWKIDSKHGWLLAERLKKNFTTFQDADVAVQLYNFMNRSPNQPTEKYEFKLFDEVMLAPLALFFPQIFKLIRTSSHKNSSLEFQLPESRDLFTNELNDWNSLSQFESKEGNLYCDLNDDLKILNRILDAHNIIDQLQDKPENYGNTLKENFAPLEKAIVQSIANASITADVTRMNSFYSNILIVGGSSKIPALDFILTDRINIWRPSLLSSASFPQFYKKLTKEIKDLEGHYVNAPDKTEDENKQILQAQIKEKIVEELEEQHQNIEHQNGNEHIFPVSIIPPPRDMNPALIIWKGASVLAQIKLVEELFITNSDWDVHGSRILQYKCIFTY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Nuclear protein
source organism Saccharomyces cerevisiae
publication title Interactions between the Nucleosome Histone Core and Arp8 in the Ino80 Chromatin Remodeling Complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN-LIKE PROTEIN ARP8
total genus 185
structure length 623
sequence length 623
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4am7A01
3.30.420.580 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4am7A03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4am7A02
4MLEA 4WQ4C 3UE5A 5BPMA 4H0PA 4BRMA 4A62A 3BP8A 4CZFA 3WQTA 4QS8A 4RTFD 3A5NC 3ZX3A 2P9IA 4WQ5A 2F9TA 1BU6O 5JICA 4DHYA 3H3OB 2GEMA 1X3MA 1TYQB 4H5TA 5FPDA 4CZGA 4AM6A 4BQZA 1OKJA 3VGKA 5AQLA 4FL9A 4LC9B 3A5LC 1KAYA 3HM8A 4K25A 1NGGA 1TUUA 4H0OA 3D7EO 1GLEG 3CQXA 4EHUA 1C0FA 1GLFO 4O5FA 4FWMA 2A5XA 5KPTA 4HWIA 4PKHA 3BEXA 4H5VA 3MN6A 2Q36A 3GBTA 2YHWA 4PL7A 3EKUA 3M6GA 3VGMA 5BRDA 2P9LB 2FF3B 5LJWA 2QWNA 3DAWA 3LM2A 3H46O 1ZC6A 3AAQA 2P9PB 5AQOA 5KPZA 4FWNA 4JN4A 2P9KA 3LDLA 1QQOA 4BROA 1BO5O 4H0VB 5B8HA 3AAPA 4IO8A 3CERA 2HF4A 1JCFA 3R9PA 1U2VA 4BC5A 4BVPA 2QWLA 1DGKN 2V52B 3IMXA 2Q1NA 3CI5A 2GTDA 4DCHA 3D2FA 3WXJA 2W40A 2FF6A 1ATNA 3U9DA 2P9SA 4H0XB 2YJEA 1NLVA 4BGAA 2V51B 2Q0RA 2CH5A 3HZ6A 5AQIA 4JHDA 1KAXA 2GUPA 4GNIA 3MCPA 1QZ6A 4FO0A 1DKGD 2A3ZA 2AP1A 4BRGA 2NZTA 3O1WA 5AQPA 1K8KA 4WQ4A 2D1KA 4BG9A 3R6MA 4FOIA 2QWRA 1YXQA 1HJOA 1MWMA 3MMVA 3O5BA 1XUPO 3H1QA 2E1ZA 3ATVA 1BG3A 2H3GX 4EHTA 3LL3A 5AFUH 3ULEA 2Q97A 2YHYA 3JS6A 3U9ZA 5AQUA 4H0TB 1MDUB 2QWOA 1BA0A 3DXKA 4FPAA 2IVOA 2V7ZA 2QXLA 5AQFA 3RSEA 1T6DA 3UKUA 1BWFO 4M7XA 3P4IA 4FWLA 4H5NA 1HX1A 1XC3A 3A5MC 3GG4A 3L6QA 3SJHA 2I7NA 4BRCA 5AQMA 4MO5A 4HTLA 3LDOA 4FWKA 5AQNA 5AZIB 4BG8A 2NRHA 5BREA 2P9NA 3FZKA 1U6ZA 3FR0A 3SMSA 1NGJA 4ISFA 5I9EB 1BUPA 1GLBG 4FWOA 3WEEB 3QMLA 4PKIA 5ADXA 5AQQA 1RFQA 3SLCA 1NGHA 2P9LA 3ZEUB 1JCGA 1JCEA 1TUYA 3I8BA 3DXMB 5F2RA 4B1YB 2P9PA 2QW9A 3H6EA 3ZETB 3JXUA 4Y0WA 2PAVA 3F9MA 3VENA 1EQYA 2CH6A 1YVNA 3C7NA 3VOVA 3L0QA 2FSJA 3VEVA 1GLJO 3A8YA 1GLAG 1NGFA 2E88A 3MK6A 5AR0A 3SK3A 4EIAA 5AQHA 5F0XA 4BGBA 3UKRB 4PL8A 3EO3A 1SZ2A 1KXPA 3WQUA 4B1ZA 4BQLA 3FGUA 4CI6A 2FXUA 3AY9A 5AQJA 1MA9B 3ENOA 2KHOA 4JD2A 4XH4A 2FSKA 2GELA 4BC3A 1SQKA 1X9JA 4M7YA 5AZJA 2ASMA 2VWBA 3W3DA 3DWLA 3J8AA 4ISGA 1S22A 3L4IA 2QM1A 4CZIA 4AM7A 2P9UB 4CZMA 4C23A 4DB3A 3TPQA 3VF2A 2YI1A 3QBWA 3QBXA 4JNEA 1XQSC 3A0IX 1NMDA 3QDKA 3VPZA 4FWRA 3QB0A 4CBWA 3IDHA 5KPRA 4K42A 1QQMA 5EY4A 3VEZA 1HPMA 4QS7A 1P8ZA 3FZLA 3OHRA 3VF4A 1NM1A 2ZGZA 4EFHA 3H1VX 2UYTA 5LJVA 5F1XA 4WYBA 3QFPA 5CE3A 5E84A 3ENHA 3D2EA 3DJCA 2QWMA 4B1XB 2A41A 2W41A 2ZF5O 3CJCA 1HKBA 3GL1A 2P9IB 4CZLA 4FPBA 2GWJA 1QZ5A 1NGEA 1QQNA 2YCHA 4ISEA 1E4FT 3TU5A 4BRAA 3IUCA 1MWKA 5JMVA 1BDGA 2E2QA 3CHWA 3FZHA 3FLCO 5BN8A 4K41A 5ELZA 5BN9A 3UB5A 3VEWA 4H5RA 1Z6RA 3CJ9A 4BC2A 4B1UB 5FPEA 4O8KA 1ZBSA 2E20A 2ZWHA 4BRLA 4BRDA 4CD1A 1YUWA 1ATSA 4MO4A 1C0GA 3MN9A 4NO7A 4BVOA 3U4LA 2A40A 1HLUA 4RCHA 5ADXH 1WUAA 2Q2RA 3GDQA 3EZWA 4CZJA 1T6CA 1HUXA 1HKGA 4M63C 2QWQA 1NWKA 4IJAA 2ASPA 1TYQA 3BF3A 4E1JA 4CBUA 3VERA 5AQKA 2E1YA 2GWKA 2WUSA 5FPMA 3BUZB 2P9KB 1IG8A 3O6WA 2IVPA 1GLLO 4B1WB 1ESVA 1U2VB 1ATRA 2FLOA 5AQVA 4J8FA 2VYPA 2E2OA 1DEJA 3D2FB 1KAZA 3O8MA 3QICA 4FSVA 4BR0A 4CZHA 4RWTA 2NLXA 4IJNA 2YJFA 3GOIA 4XH5A 5KQ8A 3CETA 2P9SB 1RGIA 3M3ZA 2PBDA 3VGLA 4JHDB 4MLHA 5EVZA 3KZBA 3A5OC 3QFUA 3MN7A 2J4RA 3BF1A 4BRNA 4Z94A 4BR9A 2Q31A 4IXCA 1K8KB 5AFUA 1BOTO 5BRFA 2E2NA 2CGJA 3HSCA 4BRIA 3O1BA 1NGIA 2HF3A 1HKCA 4H03B 1S3XA 5FPNA 1G99A 1LCUA 3W0LA 5AQRA 5E26A 3CJ1A 3ULEB 3VESA 2DPNA 1E4GT 3ZX0A 4KBOA 5AQSA 3ID8A 3VETA 1CZAN 2HOEA 3DXKB 3I33A 1IJJA 3RSEB 3IFRA 3EN9A 3UKUB 4DQ8A 3WXIA 4QS9A 3FZMA 3CQYA 3O80A 4YDUC 4BRFA 1YAGA 1V4TA 2F9WA 2IVNA 4BR4A 4K43A 5TKYA 3C0BA 2I7PA 4NB4A 4B9QA 4H0YB 3CJAA 1SAZA 4GY2B 4A2BA 2P9NB 4BC4A 3LDQA 2YHXA 1T44A 1ZXOA 4FWQA 3HTVA 3MN5A 4I6MB 3VEXA 1J6ZA 2EWSA 2A42A 3LDPA 5EOYA 2ITMA 4CBXA 4CJ7A 4EAHD 4BR2A 3SMPA 1Y64A 5LY3A 3EKSA 3LDNA 5AQGA 2OANA 3C7NB 1NGDA 5AZIA 1NBWA 2CGKA 4CZKA 3KHYA 1LOTB 1QHAA 3WEEA 3WXKA 5EXWA 5BPNA 2AA4A 3LM9A 4WQ5C 3H45C 3WXLA 3WUHA 5AQXA 3ZEUA 4L3QA 3DXMA 2IIRA 3HBTA 3G25A 4BRQA 4JD2B 3M1FA 3ZETA 4B1VA 5KQDA 3B8AX 5AZJB 3ZX2A 1NGCA 4A2AA 3CJ7A 3H3NO 1GLDG 3FZFA 3FE1A 2ASOA 2D0PA 3UKRA 3GE1A 3VEYA 4PKGA 5AQYA 3S41A 1H1VA 3VEOA 5AQWA 5BRHA 3ATUA 2CGLA 3O4WA 4XEIA 1D4XA 2E2PA 2E8AA 5AQZA 2ZGYA 5BR9A 4BRPA 5JLFA 4IWVA 3R8EA 4YDUA 4BRHA 4FWPA 3U8XA 4CD3A 4BRKA 2P9UA 2FSNA 2BUPA 2BTFA 4CZEA 2D4WA 4F9OA 4BR5A 4FWSA 5BPLA 5JLHA 3HI0A 4IZ9A 1GLCG 3D2EB 4JAXA 3CIPA 1NGBA 2D0OA 1WOQA 3WT0A 2V7YA 3KVGA 5EX5A 1BA1A 1X3NA 1NGAA 2VCPA 1Z05A 5AQTA 1Q18A 4XH1A 1V4SA 2A6AA 2Q0UA 3MDQA 4H5WA 2HMPA 3VF6A 1RDWX 2QWPA 4BREA 3EL2A 4I6MA 3FFKB 4FOEA 4A61A 3CJBA 4BR7A 3AARA 3O08A 1R59O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JI5K 4MLEA 3CFOA 2ZJPL 3VQQA 4CZFA 3WQTA 1LWEA 4QS8A 3SBGA 1BU6O 4DHYA 1WSIA 3KK1A 5IT9O 2VG5A 2GEMA 1X3MA 5KRSA 1D8YA 1TYQB 4PWDA 2LSNA 3SQ4A 2KTQA 3CCEN 4CZGA 2G8KA 3PSIA 3PIOL 5AQLA 3HM8A 4IEEA 3C6HA 2HHIA 5GINA 3J80O 3D7EO 1OH5A 4KTQA 1BIZA 2RF2A 3CQXA 1GLFO 4BACA 3V9WA 4O5FA 5J2MA 3AVJA 4Q0BA 4B3OA 4KI4A 4PKHA 3BEXA 1VSFA 2Q36A 1X9SA 3GBTA 3OYAA 1UA1A 5SZTA 4PL7A 3QEVA 2HBLA 5BRDA 2P9LB 2FF3B 3DAWA 3LM2A 1KCFA 1W97L 1S72N 3PX0A 3L8BA 4AHRA 3OYIA 3CCQN 3TAMA 4B9UA 3LDLA 4ILGB 1RCHA 3P39A 1ILYA 3WNEA 2IAJA 1U2VA 3R9PA 1M1KO 2QWLA 1HYSA 3HRGA 2XHBA 1DGKN 1YTAA 2V52B 3IMXA 1S5JA 3DOLA 4DQRA 3CI5A 1IKYA 3QEIA 3DRSA 2X78A 3EYZA 2W40A 3ZSWA 1GOAA 4WFBL 4H0XB 2CH5A 2R7YA 1A5XA 5DM6L 1KAXA 1HNVA 3MCPA 4DV6K 2W00A 1QZ6A 3RTVA 3MECA 1L3UA 4WQ4A 4ICLA 4CW7B 1K6YA 3SPYA 4O44A 1MWMA 3E9PA 1A5VA 3OJUA 1KQSM 3AA3A 4FJLA 1HJRA 1BG3A 4EHTA 5AFUH 3ULEA 2YHYA 3NGZA 5KGXA 4H0TB 1BA0A 4B3TK 3TAEA 5C24A 4H5NA 3NDKA 1XC3A 1RDBA 2YV0X 3K5LA 2I7NA 1QSLA 2G8UA 3KKSA 1XHXA 4OPKA 1EP4A 3FZKA 2F4VK 1NGJA 4ISFA 1BUPA 1GLBG 4FWOA 5ADXA 3ZEUB 1TUYA 4DSEA 3I8BA 2W6KA 5DMRA 3JXUA 4FJGA 2PAVA 4CHOA 1JLAA 2CH6A 1YVNA 1C6VA 3BGRA 3C7NA 3VOVA 3L0QA 3PV8A 1GLJO 4EIAA 3N4QA 3NBPA 3WNFA 1W2BM 1QTMA 1QVGM 3SQ1A 3OW2M 2VG6A 3ZSOA 4JRQA 3V4IA 3SJJA 3FGUA 3TAFA 1WAJA 3ENOA 4XH4A 4DR6K 4LF7K 2FSKA 2GELA 4BC3A 5AZJA 1NJYA 2VWBA 1UAXA 4ISGA 4BY9C 2QA4N 2O8DB 2QM1A 3KLHA 3E1YA 4JI1K 4CZMA 2P9UB 3NF9A 4NCBA 3O9QA 1JJ2M 1XNRK 4M3ZA 4YOUA 1YJ9N 1IBLK 4C8OA 3RMCA 4KHYA 1WB9A 3LDSA 2KLAA 3QBXA 3E66A 4ILJA 4JKEA 4FWRA 4CBWA 1SKSA 3IDHA 3H08A 3VEZA 3NVMA 2E6LA 1NM1A 3U3GA 1FKPA 1VQPN 4GV9A 4CF8A 5F1XA 3CYMA 4DSKA 4CJTA 1ITGA 4JI2K 4KV8A 4B3RK 3GL1A 4BWMA 1BHLA 1RTIA 4FPBA 4CZLA 2DFHA 3TU5A 4CJKA 3DYAA 4IOCL 4CJSA 4FVUA 3VQ7A 4K41A 5ELZA 5BN9A 3OYCA 1VQ9N 3HOSA 3AVBA 4I9QA 1ZBSA 2F7TA 3C95A 3S3NA 1IO2A 1YUWA 3MN9A 2A40A 1GOBA 5M1KA 1WUAA 3GDQA 2G8HA 4CZJA 2HW3A 4E1NA 2RN2A 4DLGA 3HVTA 3A2FA 4M63C 4IJAA 4DV7K 1DTQA 3VTIA 3PO4A 3RVCA 2GUIA 3VN5A 1JXEA 4CBUA 3VERA 2E1YA 3PUFA 3U6FA 1HQEA 4KHNA 3BUZB 2P9KB 5C10A 4FLUA 4DQSA 4WFNL 2IOCA 3D2FB 3O8MA 4JI4K 4BR0A 4CZHA 4RWTA 3JSMA 2PYJA 3P1GA 1VSDA 1RGIA 4DSFA 5EVZA 5DM7L 2IS3A 2J4RA 1L3SA 4NXNK 3MXJA 1LW0A 1CXQA 4IXCA 3LALA 4F3OA 5BRFA 1CXUA 1CZBA 1VSIA 3O1BA 3VA3A 1NGIA 3ID6A 2HF3A 3QNNA 3HVRA 3KK2A 3SZ2A 1NK7A 5JS1A 3ULDA 4CF0A 1G99A 4DV5K 3W0LA 5AQRA 4BDZA 3CJ1A 1ZBUA 2DPNA 3ZX0A 4DU4A 5AQSA 4CEAA 2HOEA 3DXKB 2GV9A 3I33A 1IJJA 2FBVA 3OYFA 3EN9A 3AVGA 1XNQK 5J2QA 3CQYA 2YKMA 4YDUC 1VSLA 4KH6A 2F9WA 3K9KA 4KFBA 5H1SQ 3BDPA 2IVNA 1NMNA 5GAHP 4M41A 4JI0K 1Q86O 3G71N 3VQAA 2I7PA 2HVIA 2YX6A 4A2BA 3HSTB 1WSHA 2YHXA 2OTJN 1T44A 4WF9L 4I7FA 2ITGA 4YOVA 1Y97A 1J6ZA 3LDPA 2A42A 2ITMA 5MLCQ 4CBXA 3V9UA 4YNQA 2JWKA 4BR2A 3SMPA 1WN7A 4BECA 3O4NA 3V9XA 4A5AA 2ZJRL 1HNWK 4E7JA 1S9GA 1I3AA 1NBWA 4CZKA 4JS4A 4DTMA 3WEEA 2AA4A 1OH6A 3H45C 3CCJN 4RW9A 3NF6A 4AHSA 1VQ4N 3KK7A 4BWJA 4BRQA 4JD2B 3SUPA 3ZETA 5KQDA 1RTDA 3O3HA 3B8AX 3ZCMA 1NGCA 4DLEA 4EZ6A 3CJ7A 3SAHA 1SS6A 1QSSA 3CCSN 4CHYA 4LFBK 2VG7A 3TSUA 3THXA 4KKOA 3S41A 3QETA 4JLHA 3VEOA 5HLFA 5AQWA 4CFDA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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