3D6RA

Structure of an avian influenza a virus ns1 protein effector domain
Total Genus 33
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
33
sequence length
114
structure length
114
Chain Sequence
YITDMSIEEISREWYMLMPRQKITGGLMVKMDQAIMDKRITLKANFSVLFDQLETLVSLRAFTDDGAIVAEISPIPSMPGHSTEDVKNAIGILIGGLEWNDNSIRASENIQRFA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein
molecule keywords Non-structural protein 1
publication title Structure of an avian influenza A virus NS1 protein effector domain.
pubmed doi rcsb
source organism Influenza a virus
total genus 33
structure length 114
sequence length 114
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-05-20
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.330 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3d6rA00
3P39A 3KWIA 3KWGA 3EE8A 3O9QA 3EE9A 3O9TA 3P31A 3O9UA 3L4QA 2GX9A 4OPHA 2KKZA 4OPAA 3F5TA 3P38A 3O9RA 3M5RA 3D6RA 3O9SA 2RHKA 3RVCA 3OA9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4A5BA 2D1KA 3LL3A 4ZHRA 3VEZA 4FWMA 1WSIA 1NLVA 3VQ4A 3MXJA 3LWLA 3CCEN 4DUZK 3EY1A 4X64K 5HP1A 3FE1A 4CF8A 5D3GA 4IKFA 2E2OA 2P9LA 3RMCA 5C15A 2RHKA 3KLHA 4BR0A 2ZF5O 1VQ6N 4CHOA 3SAGA 3OHRA 1TYQA 1VSFA 1Q9YA 3OTOK 5JLHA 4LD0A 3QEXA 4PY5A 2CH6A 3VA0A 2UYTA 5HROA 3J7AP 4DTJA 3NMUA 3HXMA 2Q3SA 4DG1A 3NVKA 4B1VA 4V19S 3VGKA 1CXUA 4DQQA 2O4GA 2YNFA 1O1WA 2HBLA 3SJHA 3J7ZO 1TUYA 3THVA 2X6NA 3AVGA 2RE2A 1RT6A 5I42A 4QS8A 3BUZB 3AVLA 4JEPA 3TWHA 1SS6A 4QCLA 3ZEUB 1GLCG 4DCHA 3ULEB 4YOTA 3TAQA 3VQ5A 5AZJB 2UXBK 2NRTA 1LV5A 4DV1K 4RG8A 1E4FT 3SQ1A 1CZBA 4FLXA 1RDCA 3F5TA 1VK0A 4U67L 4O0JA 1V4TA 3RSEA 3O4NA 1KAZA 1LAWA 1WSFA 4CK1A 5AQIA 4C8LA 1S3XA 1SKSA 3FZLA 4MLHA 5BN8A 1IBKK 1QS4A 1S9EA 4JKCA 1QVGM 3KLEA 3K9JA 4IDKA 1ASVA 1TVRA 1J9AA 4LH5A 3BF1A 1LAVA 3SNNA 5AFUH 4RW8A 5CE3A 1HR0K 4MO5A 5HRRA 1JXBA 3NGYA 1U47A 4N47A 2GEMA 4CZKA 2G8FA 1L3SA 1N5YA 3WXJA 4LF6K 1LOTB 2ZE2A 5FRMA 4M42A 4YORA 4YNQA 3A5NC 3AO5A 1IG9A 4QS9A 1NM1A 1VQLN 3ZX3A 2ZD1A 1YI2N 3EO3A 4OGEA 1S1XA 3KK2A 1O13A 5EY4A 3DI6A 3JAMO 4FM1A 3VTHA 2YX6A 1D4XA 3UKRA 4DR1K 5FLXO 1J53A 2X74A 1VSLA 2IS3A 4I2QA 3ZT3A 4YY3K 4AHVA 3EE8A 5JVHL 4BG8A 1RTHA 3F9MA 4Q5VA 4DSLA 1QQNA 5GADP 2UUCK 3CMEN 1A5VA 4H0PA 2QKBA 3LDOA 3VMFB 4DUYK 2VYPA 2B6AA 4KAZA 2W6LA 3OYCA 1UA1A 4E0DA 3VEXA 4H0YB 5BRHA 3CXCM 1NJWA 3P83D 2QWMA 3N4PA 1VSDA 3MEDA 3VQEA 1QZ5A 2FC0A 3OW2M 4K41A 1L3VA 3A5LC 2P1JA 4FLTA 5CYMA 3LZIA 1T6DA 1NJXA 2E4LA 4BC4A 2A40A 3ZX0A 3AO1A 3KKRA 4CESA 5EVZA 4A62A 1ASUA 2ZGZA 5DM7L 4IOXA 3SQ2A 2YHBA 4M7YA 3M6GA 4E3SA 4FJJA 3HI0A 4ILHA 1EQYA 1OH6A 1TGOA 3KJVA 2A42A 4FOEA 3OY9A 3DLKA 3MCAB 3UKUA 4BG9A 3L2QA 2F8TA 2IVNA 1RILA 1NK5A 4JI6K 4BRNA 4G1QA 2Z1GA 4CJ3A 3PIPL 2X6SA 2G8KA 1SKRA 1C1BA 1JLCA 3SAFA 4AH9A 4DQRA 4DTSA 4M7XA 3HSTB 5FRNA 4YOVA 3CYMA 3GOIA 3ZSWA 5LY3A 4DR6K 3I8BA 1UA0A 4IO8A 5HRSA 3T1HK 1MWMA 2F7TA 3AVIA 4DV3K 4BDYA 4FJIA 4AM6A 3MAQA 3LALA 3IG1A 1KD1O 3T3FA 5AQLA 4W5NA 3VQAA 3GE1A 3NH0A 4KPYA 3LDPA 1NJZA 2P9PA 3ZSOA 2QW9A 4JKAA 4K8ZA 5AQWA 3TSQA 1FKPA 2HB5A 1IKXA 4BRMA 1IKYA 1T3VA 3VQDA 1IKVA 3OYKA 1ZBUA 3QDKA 5KGWA 4BY9C 3L8BA 2HBJA 1XNQK 4BRHA 2NLXA 2HHTA 5CY4A 4CJPA 2GWJA 4O5BA 3CM5A 3SUQA 2QI2A 1SKWA 2OCEA 5C25A 2V51B 2KHOA 2IVOA 3VESA 1TKXA 4WQ4A 1DGKN 4H5WA 3CJBA 3E9OA 4BRFA 4NLBA 5HL7L 1ZYQA 2V7ZA 1U6ZA 3LM9A 3G71N 3AO3A 1NK8A 3RR8A 2W42A 1C0GA 3NF9A 5SZTA 3R9PA 1NK0A 2E8AA 1R59O 3S9HA 3V81A 2IOCA 3ZT2A 4FJ8A 4X66K 3ZX2A 3I8DA 1SQKA 1ZC6A 4BRKA 1Z25A 3D2EB 1KXPA 1YUWA 4Y1CA 4NXNK 1YF5L 4LF5K 4FJLA 4NCGA 4BRLA 2O8EB 2QWNA 3VETA 3QMLA 5AQSA 3TPQA 3O80A 3UKUB 3HOSA 2I7NA 4M3YA 2V7YA 3WQUA 1X9JA 4J2DA 2HNZA 3WUHA 1HMVA 2RPIA 4CGIA 4CIEA 4AHTA 1RDDA 3I0RA 1NKBA 3V4IA 4JKDA 1IBMK 2NRRA 4CHNA 4X65K 2WTUA 4OPHA 4KTWA 3K59A 4DTMA 5AQOA 1X9SA 4OKEA 3BDPA 2FSJA 4B9UA 2DPNA 3SAHA 4N5SA 3THWA 1HNXK 2QWLA 1Q82O 4JHDB 2EHGA 2X78A 5M1PA 1VSHA 3KIOA 1NOYA 1JLEA 3CF5L 4JI8K 2YJFA 4DTNA 2OZMA 3GG4A 2Y1JA 3SV4A 3WT0A 3QIPA 3O9RA 2HVIA 4E1NA 1SL2A 4BRIA 4DTOA 5AQJA 1N6QA 4H4OA 1QE1A 3CJ9A 1W0HA 4FM2A 3U6FA 5BN9A 5DM6L 3J81O 3B8AX 3KK1A 4QOZB 2P51A 4AHRA 4CHYA 2HMPA 2CGJA 3HZ6A 4M41A 5MLCQ 1YHQN 3QNOA 4EFHA 2P9SA 1HQEA 4OPKA 3P38A 4X62K 3WXIA 2P9KA 3HM9A 3O1WA 3FZKA 1XC9A 4JI0K 1E4GT 3VGMA 4JI1K 2NRZA 1WB9A 4DHYA 1HNIA 2A3ZA 3L3VA 3CCSN 1GOAA 1BQNA 4HWIA 3VA3A 5AQMA 1JL2A 4RW4A 4WYBA 4CEFA 5LMUK 3C7NB 4MLEA 2HW3A 4H0OA 4F8RA 4DQPA 1BWFO 2YI1A 2PBDA 1MU2A 1WOQA 5GAGP 1BISA 1WLJA 4I7FA 3D45A 1Q8IA 4DQ8A 1EKEA 4DB3A 4JKFA 1C0TA 5BPNA 4FLYA 4CGGA 3EEQA 3VQPA 3AAQA 1L3TA 3KD1E 5F2RA 1TK0A 1BA1A 4LSLA 4C8MA 1TK5A 3HPGA 2GUPA 4PKIA 5C2DA 4FZXC 1KLNA 3WEEB 2QXFA 4YOUA 5I9EB 3C6AA 2D0AA 3K5OA 1Q86O 3E66A 1I39A 3KLIA 4H8KA 1XHZA 3TABA 2O8FA 5IT9O 5AQNA 1EWRA 3T69A 4KH5A 4BR9A 1NK7A 1K9MO 3A0IX 4BR7A 3NVMA 2E2NA 3VF2A 3LDSA 3PX6A 4O8KA 1YITN 2BUPA 2ETJA 4C8OA 4KHUA 3L4IA 1LWCA 3FFKB 3NBPA 1NGFA 4KTQA 1BL3A 4A2AA 2RF2A 3DLHA 1RTIA 3BZKA 3TSPA 3THXB 4FWNA 1TK8A 4IFYA 1J5EK 1BOTO 1QHAA 4CJEA 4JS4A 3V1OA 5CYQA 4F2RA 3I33A 4OO1J 2D0OA 4A57A 2Q1NA 1SL1A 4CBWA 5TKWA 4CJRA 4WQ5A 1G15A 4HHTA 3DRRA 2ZWHA 4J2BA 2OPRA 3HTVA 5AQFA 4CI6A 3EZWA 3H46O 4FJ5A 3FGUA 3V6DA 5KPRA 4JKGB 3QESA 5AQKA 1NJIO 2UXCK 4CZHA 3W3DA 2JGUA 5ELZA 3ZEUA 3AVNA 3K2PA 3VQ9A 3VQCA 2YJEA 3ULEA 5AZJA 5HRNA 3CJ1A 4WCEL 4FCYA 3MDQA 2OTJN 3K5MA 3GDQA 3Q7BA 4JNEA 3N4QA 3ZYYX 4BE2A 4CJUA 4C1NK 3S3NA 4I2PA 2PYJA 2RKIA 1HYVA 4A59A 3QO9A 5HOOA 4TSXA 2P9UB 2E1YA 1KC8O 4FJGA 2XY7A 3TAEA 1VSJA 4FPAA 4IO9L 2A6AA 5DK5A 5CZ2A 3H3OB 4ILGB 4FWQA 4FK0A 2YHXA 2ZJPL 1HX1A 3FFIA 3EN9A 1S6PA 3O4QA 1NG9A 5IWAK 1VSKA 2OANA 4KV8A 1NK9A 1YVNA 3CCUN 4ILJA 3C95A 4U7BA 1HLUA 1BU6O 3QINA 5AQPA 4FWLA 2E2QA 1GLLO 3G0ZA 2XHBA 4JS5A 4DLGA 3ZSYA 3CFRA 1D9DA 3DXKB 1C1CA 4IWVA 1NGJA 4B08A 4I9LA 1N32K 3J7YP 2QA4N 1WSJA 1FW6A 4F2SA 2AA4A 1MDUB 3MXIA 1EETA 4AQYK 1HKCA 4I6MB 3MN6A 4Y0WA 1GOBA 4M3RA 3ULDA 2KTQA 1KAYA 4FWOA 4LY7A 3CFOA 4NCBA 1YIJN 2PZSA 1RT1A 4IFVA 4BRPA 4GV6A 1NU0A 3C0BA 4B1WB 2OYQA 4K0KK 2P9NB 4DFJA 1HNVA 3SUOA 3OA9A 1TV6A 3CC7N 4IXCA 3L2VA 3TANA 3RMAA 4OLAA 5TKYA 3OYHA 1T6CA 3SV3A 4IBNA 4LH4A 1SAZA 4BDPA 2HSTA 4JK9A 4PQUA 3P31A 2ASOA 3V9SA 3NH1A 3C6HA 1ZBLA 3L4QA 3OJSA 3OS1A 1G99A 4LF4K 1OH7A 3D2FB 3EZ5A 1UWBA 1YJNN 4KBOA 4FLUA 5BPLA 4CE9A 3DYAA 3WXMB 5J2PA 3OYLA 4KHNA 3JYTA 3VERA 2Q0RA 3SK3A 3DOLA 3ZSXA 3NDKA 4KHWA 3ID8A 1HPZA 4FYDA 3ID6A 1GLJO 2HF3A 5GIOA 2HOEA 3K5NA 3CQYA 4HTLA 4J8FA 3LPTA 2XY8A 3VEOA 3NF8A 3DM2A 3OYGA 1HKBA 3QETA 4CJQA 3EL2A 4HUFA 1F21A 4HUEA 4DTUA 4DTXA 1GOCA 1REVA 2ITGA 4L3QA 4DR5K 4JI4K 3WNFA 3RRGA 1YTUA 4WFBL 4JK8A 4FW1A 2G8WA 3EKUA 3QIOA 4CGFA 5JS1A 1V4SA 3MN9A 4WFAL 4IEEA 5FPMA 1NMDA 5HRPA 3M5RA 4CECA 1Q9XA 3U4LA 1VQ7N 3HL8A 5C12A 2VGMA 2E5LK 3HBTA 4FJXA 5FPEA 1RBTA 4GMJB 4DKWA 4GKJK 4FWPA 4NLCA 5ADXA 1LW2A 3RTVA 2LSNA 3RRHA 3G10A 4KHSA 1X9MA 2HBKA 3OS0A 1KAXA 2UU9K 4XH4A 4JRPA 3OYFA 4DU4A 3VN5A 3RMDA 2EWSA 4MO4A 5M1NA 1QSSA 3O4WA 3OYBA 3W0LA 4L8RB 3MN5A 3EE9A 3MN7A 5FROA 5KPTA 1N36K 4H5TA 4PWDA 5CZ1A 4IG0A 2WOMA 5JS2A 3CQ8A 1A5WA 2GELA 2BGGA 3AO4A 4IOAL 2QEXN 3CCLN 4PHTX 3RMBA 3D2EA 3CCQN 4BC3A 2Q0UA 1JLFA 2O8EA 4FW2A 1BA0A 5J2NA 4FJKA 4RCHA 1J6ZA 1XQSC 1C0UA 1S72N 3SI6A 3U9ZA 4R79A 4CGDA 5C2FA 1Y64A 2GX9A 2HHVA 2OPSA 2E88A 4JAXA 1P90A 4W5RA 4H5VA 4FJMA 3U8XA 1SL0A 5M1OA 4B1UB 3AA3A 4RW7A 3PX0A 1QHTA 3QEIA 3O6WA 4KB0A 4JHDA 3ZSQA 3CG7A 4N76A 5KTQA 2XY5A 1VQ4N 5K14A 3QEVA 1JXEA 3WNEA 2XO7A 3L2RA 3MMVA 1ITGA 3AGKA 4YDUA 1X9WA 4B3TK 2NUBA 3PSFA 4O5FA 3PLAA 4QS7A 4FL9A 2P5OA 1QQMA 1IG8A 3M8PA 3EYZA 3ENHA 4KKOA 4B9MA 3BY5A 3P39A 1TL3A 4CHQA 1HKGA 4BE1A 3CM6A 4BWMA 3TTDA 4KRFA 3C65A 2HHWA 1S1VA 4BRGA 3L2WA 2BDPA 3C94A 1WSGA 4BQZA 4HCCA 1JKHA 3SMSA 4GVMA 2HBMA 2E6MA 3HP9A 1S6QA 3PUFA 1FJGK 4CJKA 5KRTA 4GVEA 1HYZA 1QQCA 4EZ6A 2HF4A 1HNZK 1ESVA 2YNHA 3LM2A 4RW9A 1YVUA 3NF7A 4DS4A 3T19A 3PX4A 1DKGD 4HVJA 4HUGA 4J2AA 4CEDA 3CCRN 2Q97A 3NGZA 3O8MA 4FLZA 4DR4K 3DXMB 3C7NA 4ZTFA 4YOYA 3LAMA 5E84A 5EOYA 5KI6A 4CF1A 2YV0X 3I0SA 2KZZA 3NAEA 1KTQA 4O8UA 2HMIA 4LC9B 4F3TA 4CGHA 5C10A 5AZIB 2BTFA 4J2EA 4EHTA 1N33K 3THYA 1NOZA 3OYNA 4DU3A 2R7YA 1MWKA 3WXKA 4Z4HA 2UUAK 4OGCA 4LF8K 4ISGA 5DMRA 3LDLA 4BACA 4AM7A 5FPDA 1W7AA 2PAVA 3WEEA 2V52B 4CIGA 3M8QA 1JCFA 1ZXOA 4JYAK 3CJCA 3UIQA 5AQTA 2A5XA 4DR3K 3ASMA 3LWMA 3CPWM 4FLWA 2F8SA 3D0PA 1BO5O 3TR8A 4CBUA 3BF3A 4CD3A 2HNDA 3AA5X 3VPZA 4NXMK 4BWJA 3E01A 5J1EA 2KW4A 3O3FA 1QTMA 3ZSZA 1FK9A 3RVCA 5M1FA 3O1BA 4CW7B 1ZBHA 2FF6A 3DRPA 3O9TA 4OKKA 4FVUA 3SQ0A 3C6TA 5H1SQ 3CHWA 1NMNA 2JWKA 2ITMA 1YAGA 1NGDA 4DFKA 1XUPO 3THXA 3CCMN 1SZ2A 3DWLA 4DTRA 1GLDG 3D6RA 4DV6K 1C6VA 1JCEA 4BR5A 3NF6A 4GNIA 3WXLA 2P9IB 5LMNK 1RT2A 4CFDA 2BE2A 1HUXA 1IH7A 4E1JA 4DMNA 2J4RA 3IFRA 3HPOA 1J54A 3LP2A 3S3MA 2VWBA 1WBDA 3NHGA 1W9HA 4B9VA 1NKEA 3A5OC 3IDHA 1D9FA 5F0XA 1CZ9A 1S5JA 4FWSA 1Y97A 3H3NO 1E3MA 2O8BB 5FPNA 3MX2A 2YNIA 1WSHA 3ZT4A 1C0MA 5KQDA 2FBYA 4M3ZA 4JKGA 4LF7K 1JLGA 3H1QA 2QWRA 1B9DA 3PO5A 3QNNA 3THYB 4KHYA 2Y1IA 3ZETB 3CJ7A 3ISNC 2ZJQL 3E9LA 5GINA 3VQQA 5AFUA 3SLCA 3F73A 2VG6A 3T1AA 1RT7A 4IDHA 3OYEA 4DFPA 1IBLK 4CVNE 4B3MK 1ATRA 4K8XA 2VGNA 1NGIA 1GLBG 3KVGA 4CFCA 4DV5K 3AAPA 4K25A 3NH2A 4H0TB 4DSEA 3AY9A 3OYMA 1TKTA 5E26A 4A61A 5M1KA 2P9UA 4K42A 4BRAA 4EHUA 3CMAN 3AVFA 1YTAA 4Z4FA 1CXQA 1Z26A 3WQTA 1RT5A 3OYJA 4M3TA 4CBXA 2XY6A 4CJFA 1K8KB 5AQHA 4BC5A 3SPZA 1RBVA 1T05A 4CZMA 1RTDA 1XMQK 3MCPA 4BQLA 4OLBA 3SPYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3P39 A;  3KWI A;  3KWG A;  3EE8 A;  3O9Q A;  3EE9 A;  3O9T A;  3P31 A;  3O9U A;  3L4Q A;  2GX9 A;  4OPH A;  2KKZ A;  4OPA A;  3F5T A;  3P38 A;  3O9R A;  3M5R A;  3D6R A;  3O9S A;  2RHK A;  3RVC A;  3OA9 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4A5B A;  2D1K A;  3LL3 A;  4ZHR A;  3VEZ A;  4FWM A;  1WSI A;  1NLV A;  3VQ4 A;  3MXJ A;  3LWL A;  3CCE N;  4DUZ K;  3EY1 A;  4X64 K;  5HP1 A;  3FE1 A;  4CF8 A;  5D3G A;  4IKF A;  2E2O A;  2P9L A;  3RMC A;  5C15 A;  2RHK A;  3KLH A;  4BR0 A;  2ZF5 O;  1VQ6 N;  4CHO A;  3SAG A;  3OHR A;  1TYQ A;  1VSF A;  1Q9Y A;  3OTO K;  5JLH A;  4LD0 A;  3QEX A;  4PY5 A;  2CH6 A;  3VA0 A;  2UYT A;  5HRO A;  3J7A P;  4DTJ A;  3NMU A;  3HXM A;  2Q3S A;  4DG1 A;  3NVK A;  4B1V A;  4V19 S;  3VGK A;  1CXU A;  4DQQ A;  2O4G A;  2YNF A;  1O1W A;  2HBL A;  3SJH A;  3J7Z O;  1TUY A;  3THV A;  2X6N A;  3AVG A;  2RE2 A;  1RT6 A;  5I42 A;  4QS8 A;  3BUZ B;  3AVL A;  4JEP A;  3TWH A;  1SS6 A;  4QCL A;  3ZEU B;  1GLC G;  4DCH A;  3ULE B;  4YOT A;  3TAQ A;  3VQ5 A;  5AZJ B;  2UXB K;  2NRT A;  1LV5 A;  4DV1 K;  4RG8 A;  1E4F T;  3SQ1 A;  1CZB A;  4FLX A;  1RDC A;  3F5T A;  1VK0 A;  4U67 L;  4O0J A;  1V4T A;  3RSE A;  3O4N A;  1KAZ A;  1LAW A;  1WSF A;  4CK1 A;  5AQI A;  4C8L A;  1S3X A;  1SKS A;  3FZL A;  4MLH A;  5BN8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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