4PA1A

Crystal structure of catalytic core domain of fiv integrase
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
151
structure length
151
Chain Sequence
HMGIWQMDCTHFDGKIILVGIHVESGYIWAQIISQETADCTVKAVLQLLSAHNVTELQTDNGPNFKNQKMEGVLNYMGVKHKFGIPGNPQSQALVENVNHTLKVWIQKFLPETTSLDNALSLAVHSLNFKRRGRIGGMAPYELLAQQESLR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Identification of phe187 as a crucial dimerization determinant facilitates crystallization of a monomeric retroviral integrase core domain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Viral protein
source organism Feline immunodeficiency virus
total genus 50
structure length 151
sequence length 151
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-04-07
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4pa1A00
4CF1A 1FXXA 3LWMA 3OS1A 4DTSA 4W5NA 4DSIA 3SNNA 1J53A 4CJEA 3THVA 2HVHA 3V1QA 1LAWA 5D3GA 3MEDA 2YHBA 3JYTA 2D0BA 3C94A 3LP3A 4E1MA 3KD5E 1D9FA 3LAMA 4CHNA 1VSKA 3TR8A 4DSJA 1BIUA 1T7PA 4OLBA 2YNIA 3SCXA 1SKWA 3ZT2A 3TAFA 3RMBA 2BDPA 3L2VA 3CFRA 5CZ1A 2PYJA 1RT3A 1DTTA 4CHYA 2LSNA 4KKOA 1A5WA 3OYMA 2FC0A 3SI6A 1NK4A 1GOCA 4KHWA 4CIFA 4FLWA 3QEXA 3K2PA 1XHZA 3KTQA 4CERA 4OPJA 1JLCA 1RBRA 4FJKA 4M3WA 1BISA 1JLFA 3DM2A 1U48A 2JLEA 4GVMA 3KJVA 5SWMA 1WSEA 2RF2A 4NCAA 4M41A 4B9UA 3OYLA 3DYAA 1QSYA 4DQPA 3NF9A 1VK0A 4EZ9A 1RT2A 1KVBA 4CJVA 3NGZA 3TARA 4F8RA 4UQGA 3NGIA 4CESA 5KRTA 1S1TA 4CJWA 4F3OA 2XY6A 2YKMA 2XHBA 4KRFA 5T7BA 1IKWA 4ZHRA 5HRPA 4FLVA 4DU3A 1NKBA 1HYVA 4FJNA 2VG6A 3ZSOA 1ZBUA 3VN5A 4N76A 3OJUA 1HPZA 1S9EA 1TKZA 3M8QA 4H4MA 4ICLA 4M45A 3O3FA 4DTUA 4DF4A 2G8IA 4KHNA 4NCGA 4CHOA 3HXMA 4PY5A 3IRXA 4YFUA 3D45A 4QCLA 4FLUA 2D0AA 4AHCA 4CEZA 2P5OA 4E7JA 2XY7A 4KHYA 3DOLA 5C42A 3QEPA 4J2DA 1XWLA 4DSEA 1T8EA 4FJ5A 1BI4B 4F2SA 1Q9XA 4CEFA 3ZSXA 3RR8A 3DLKA 3NCIA 1R0AA 1J54A 4AILC 4Q0BA 1B9DA 4C8LA 3VQAA 1VSEA 3KLHA 1BCMA 4FW2A 3SYZA 1CZBA 2IAJA 4OGCA 2G8UA 4Z4EA 3QEIA 1MU2A 3NFAA 3HP9A 2YNHA 4B08A 4FJJA 2Y1IA 1GOAA 2Z1GA 3ZCMA 3S3OA 4HCBA 4FLZA 4JRQA 4RW8A 3P83D 5K14A 1NK0A 4DFMA 4FK2A 1QTMA 3VQ8A 3SQ0A 2OZMA 1IKYA 4DTJA 2YNGA 3PV8A 1LWCA 1X9MA 1EX4A 2GBZA 1LWEA 1RCHA 4TSXA 1WSGA 3DLHA 3L3VA 5KRSA 4FJ8A 4M3TA 3HJFA 1RILA 4CK1A 3AVAA 5KI6A 4BE0A 5JS1A 4W5RA 3NH1A 4XIUA 4CGGA 2VG7A 4DTPA 2HVIA 1QQCA 4PUOA 4ZTFA 4CCHA 4FLXA 3TANA 4O55A 3T19A 3RRHA 1IKVA 4H8KA 3RTVA 3DLBA 3LAKA 1NKCA 1KFSA 1TAUA 4CK2A 1ZBIA 2P5GA 4HHTA 3TWHA 1WSJA 5I3UA 4BDZA 3NH0A 4Z4CA 3I8DA 1HJRA 1VSIA 1SL1A 3LANA 5CZ2A 1ZBFA 1KFDA 3KK3A 5J2NA 3QIOA 3AVKA 1LWFA 4RW7A 4CGHA 2PY5A 1C0MA 4B9SA 2EHGA 1CLQA 3KLGA 1IG9A 2B4JA 2B6AA 1LW0A 4NYFA 5J2QA 2Z1IA 4IG3A 3DMJA 1WSFA 5KTQA 1BCOA 1QSSA 3EY1A 4JS5A 1DLOA 2YNFA 5KGXA 4DSKA 3OYEA 3HP6A 4K8XA 3OYDA 3SPYA 3ITHA 4B8AB 4KFBA 2OYQA 1ASWA 2Z1HA 4OLAA 2Q3SA 1Z25A 2D0CA 4LSNA 3K58A 1TKDA 3AVMA 4DTRA 3WNGA 1WN7A 4Z4IA 4BE2A 4CJLA 1Q8IA 3V6DA 2PZSA 1RDBA 4CF2A 1LAVA 3HM9A 3SUPA 4FJXA 2OZSA 1RTIA 3NAEA 1S6PA 2YV0X 3AA2A 4DS4A 1W9HA 2FBVA 3TAQA 3DI6A 1JXEA 1SV5A 4F3TA 3RMAA 3VQ4A 4FXDA 4GMJB 4JS4A 4DSLA 4JRPA 1HRHA 3NBPA 1T03A 1RDAA 3U3GA 2W42A 3HPHA 2E6LA 5I42A 2IGIA 4CJRA 3PX0A 1XI1A 3U6FA 1TK0A 4OGEA 3SZ2A 1ZBLA 1YT3A 4DTOA 2VG5A 4I2QA 4B9TA 4RW4A 2RN2A 1C1CA 1X9WA 3FFIA 4KTWA 4LD0A 4AH9A 1KTQA 3K5NA 3V9UA 4CEEA 3NE6A 3DRSA 1J5OA 4FJIA 3VQQA 4DLEA 2QK9A 3OYFA 4Q5VA 3OYAA 3DLEA 4DTNA 1RDDA 1TK8A 2BGGA 1U49A 4KAZA 3KK2A 1W0HA 4OKJA 3ZSQA 1HNIA 2HHWA 4KV8A 5C25A 1KVCA 3LP1A 1JLEA 3K5LA 2OA8A 2I5JA 1EKEA 1FKPA 3VA0A 4CFCA 3VQ6A 4DQSA 1NK9A 1IKXA 3CYMA 3LDSA 4EZ6A 4FZXC 4JLHA 4KHUA 2X78A 3RMDA 1K6YA 3DOKA 5EU7A 3DRPA 4YNQA 4W5TA 1BHLA 3EYZA 3P5JA 1JLGA 3TABA 1D5AA 1HYSA 1NJXA 4Z4GA 4ID1A 2X74A 5HBMA 3HL8A 3HO1A 4HUEA 1ASUA 1LW2A 3DRRA 3TI0A 1RDCA 2KZZA 4FVMA 4CJFA 3KK1A 4CECA 3LZJA 1WSIA 4E3SA 1SKRA 1RTDA 3I0RA 4O0JA 1RBUA 3L3UA 1JLQA 4RG8A 3AO3A 4R5PA 4K8ZA 2IS3A 3S3NA 5KGWA 3ZSZA 2EX3A 3KKSA 3LZIA 4DQQA 4DQRA 1U04A 1SL0A 4B9LA 1WSHA 1UAXA 1WAFA 3AVJA 3AVFA 5C24A 3L2WA 1I39A 3SUQA 5FRNA 4PQUA 1UWBA 4OKEA 3NF7A 4KB1A 4J2BA 3WNEA 4CEOA 1N6QA 3AVBA 4DTMA 1TKTA 4FLTA 4IFYA 4KTZA 4DFPA 3AVGA 2DFFA 1BI4A 4ELUA 1S1UA 4M42A 4RW6A 2WONA 2X6NA 2ATQA 4CGIA 2XRIA 3MAQA 3MEGA 3HK2A 5J2MA 1TV6A 4Y1DA 1D8YA 3KIOA 1ZYQA 2X6SA 4O44A 4DFKA 1YTAA 3MEEA 3OS0A 2HHSA 1DTQA 3T1AA 1SL2A 5HROA 3V1RA 3VQBA 1ITGA 4HCCA 1C1BA 4W5QA 3HYFA 2OPSA 3QO9A 5J1EA 4DF8A 2HMIA 4RW9A 4FM2A 3KD1E 4J2EA 2E6MA 3AA5X 3ALYA 4IDKA 4FJ7A 3HVRA 1QE1A 3V9XA 2R7YA 1F21A 1QHTA 2XY8A 2G8HA 1RTHA 1VSJA 1YVUA 2WOMA 3AO2A 1KLMA 3ISNC 4BDYA 1L3VA 4AHTA 4B9MA 2KFNA 1D9DA 1NK8A 3HSTB 3OS2A 2FBTA 3LALA 3QLHA 2DY4A 1TAQA 2RKIA 3VQ5A 1SKSA 1RBVA 4BDPA 2HHUA 5HLFA 5CY4A 1T05A 1BQMA 3D0PA 4CFAA 4FW1A 1WAJA 4ELTA 4FJMA 2O4IA 2DFHA 3C6UA 1B92A 2A1RA 4I9LA 3QERA 3H08A 2IOCA 4NYNA 3VQ9A 4KHQA 2KFZA 3NGYA 2G8KA 3SV4A 2ZQBA 3ZT3A 3B6OA 3NF8A 4M3YA 1ASVA 4DWIA 3QETA 3B6PA 3MECA 4CEAA 1TKXA 1WNSA 4PA1A 3TAMA 3AO1A 3VQDA 3V9SA 4CFDA 3QEVA 1KRPA 4KI6A 3A2FA 1BQNA 4I9QA 1RBSA 2IDOA 3LWLA 1NOYA 3CM6A 3O4QA 1NK6A 1JKHA 2HNZA 1NK7A 2FBYA 4M3ZA 4C8MA 1KVAA 3G10A 4B8CA 3VQPA 4O5BA 5CYQA 3OYBA 2XY5A 4KB0A 4OKKA 1YTUA 1XHXA 4Z4FA 4E19A 3P1GA 3O3HA 1VRUA 3AVNA 4DS5A 2OPRA 4EP5A 3PUFA 3V1OA 4CJUA 4E7KA 3SUOA 3NHGA 4N56A 1A5XA 5E41A 1NJYA 2A1SA 1VSHA 4DLGA 4CJPA 1NJWA 1L3SA 2AJQA 1U45A 1XC9A 4EP4A 3HT3A 1VSMA 3TAPA 3EZ5A 2QKKA 4CJ5A 3KKRA 3ZSWA 4HUFA 1U47A 4LY7A 3NF6A 1I3AA 4CEDA 3PO5A 3K5OA 2F96A 1HMVA 3SV3A 3VQCA 3I0SA 4CJ3A 4DFJA 3MXJA 4OJRA 3RMCA 4DG1A 4F2RA 2RPIA 3ZT1A 2O4GA 2YHAA 1X9SA 2P1JA 4N5SA 4CHZA 3DLGA 1SUQA 3ULDA 1EXQA 2PYLA 2KQ2A 3JSMA 1RT6A 4C8NA 1Y97A 3M8RA 5HRSA 3V9ZA 1JXBA 4WE1A 4E7HA 4CEQA 4I2PA 3S3MA 4NCBA 4LH5A 4E89A 3QIPA 4M3XA 4FYDA 1TL3A 2GV9A 4DU4A 5J2PA 2HB5A 3SJJA 3L8BA 3SPZA 1BIZA 1S5JA 2KZMA 2D5RA 2BE2A 3L2QA 3L2UA 1NOZA 1S1VA 2JGUA 2HHXA 4IFVA 4PWDA 4FJHA 1CXUA 4LSLA 4IKFA 3V9WA 1IH7A 3ZSRA 1BGXT 1C1AA 2Z1JA 3AVHA 3WNFA 3ZSYA 1O1WA 3OJSA 1GOBA 1J9AA 4CJTA 3NH2A 4OPKA 3CFOA 4BE1A 2HW3A 3MXIA 3IAYA 4CF8A 3G0ZA 3F9KA 3LPTA 4E1NA 3OYCA 4IBNA 4FJLA 3VQ7A 1JL2A 4O0IA 3OYKA 1CXQA 2ZD1A 1L5UA 1L3UA 1RBTA 1HQEA 3OYHA 3KLFA 4FLYA 1JLAA 3AA4A 3MXMA 4GW6A 3C95A 4CHQA 2YKNA 4QOZB 4KREA 5DMRA 3UIQA 1HQUA 3IG1A 2KTQA 2NUBA 2XO7A 3VA3A 5HRRA 4FK0A 1TVRA 3WNHA 3HPOA 4CGJA 3KLEA 4E7IA 4BWMA 3QNOA 2ITGA 3QESA 3RR7A 1RTJA 4L8RB 4O4GA 1CZ9A 4AHSA 3CFPA 4ELVA 4KTQA 4BWJA 5FRMA 4CJ4A 3T3FA 2IC3A 3QNNA 1VRTA 3K59A 1FK9A 3BDPA 4KHSA 1UA0A 5DK5A 4H4OA 1HYZA 1RT4A 4E7LA 1U4BA 4OVLA 4ID5A 4FM1A 3CG7A 3O3GA 1JL1A 3KLIA 1KCFA 1REVA 4I7FA 1KLNA 4FM0A 3M8PA 4M3UA 1G15A 3VQEA 1S1XA 1S1WA 2Y1JA 1B9FA 3E01A 3ZSVA 4CEBA 4CE9A 4CJSA 2DFEA 1UOCA 1TL1A 3V81A 4CF0A 4HUGA 3AO5A 2F8SA 3TAGA 1NJZA 3OYJA 3AVLA 4B3OA 2ETJA 1EP4A 2VWKA 1HNVA 1NK5A 4FJGA 2FBXA 2E4LA 3AV9A 3AVIA 4FZYA 1TGOA 2F8TA 4CIEA 5HRNA 3CQ8A 3V4IA 2VWJA 2HNYA 4ZTJA 5HP1A 3LP2A 1L3TA 4AHUA 4J2AA 3K57A 3K5MA 3OY9A 4HTUA 3QEWA 4C8OA 5FDLA 2G8WA 3F73A 3TAEA 3PO4A 1JLBA 3ASMA 4N47A 1N5YA 4DMNA 4Y1CA 4N41A 4CJKA 3PX6A 1FKOA 1S9GA 1C6VA 3M8SA 4CIGA 4B9NA 4E0DA 4C8KA 2DTUA 4B9VA 3SUNA 3RWUA 1NKEA 2B5JA 2ZE2A 3ZT4A 4CGFA 5SZTA 2HHQA 4BACA 3RRGA 1S6QA 3LPUA 3QINA 3PX4A 3OVNA 1RT5A 4CK3A 4MFBA 4DTXA 3AVCA 1LV5A 1QS4A 5JS2A 4CF9A 1X1PA 4F4KA 1Z26A 4FZZA 4G1QA 1A5VA 2G8VA 1RT7A 4IG0A 1C0TA 1VSDA 3BGRA 4CJQA 4CGDA 2HHVA 4CFBA 4MQ3A 4QAGA 1C0UA 1EETA 2HNDA 4Z4HA 1RNHA 3S9HA 4DU1A 2P51A 3SQ4A 3AO4A 3OYIA 1TK5A 3L2RA 3HPGA 1KSPA 4KPYA 1IO2A 4HVJA 3LP0A 4CHPA 3O4NA 3AA3A 4KO0A 3ZT0A 3SQ2A 3U3YA 1ZBHA 1VSLA 5FROA 1VSFA 4W5OA 1RT1A 2OPQA 3HVTA 2GUIA 3NDKA 1UA1A 3PY8A 2HHTA 3OYNA 3SQ1A 2G8FA 4FJ9A 1BL3A 2KW4A 3DLRA 4FCYA 2OPPA 3IS9A 1Q9YA 2QXFA 1WLJA 4AHVA 3CM5A 4LH4A 4Z0UA 3C6TA 1QSLA 4DQIA 3OYGA 2QKBA 4M3RA 4KI4A 4FK4A 4DSFA 4AHRA 5CYMA 2BANA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3A5NC 4A57A 4NXNK 1NMDA 3K9KA 3SNNA 3V1QA 2QWNA 5AQRA 1E4FT 4E1MA 3A0IX 3LAMA 4CHNA 3TR8A 1YXQA 3EE8A 5AQZA 3RMBA 3CFRA 3IFRA 2PYJA 4F2SA 4CHYA 4BRCA 4KHWA 1XHZA 3MX5A 3KTQA 4BRGA 1RBRA 5AQNA 5AQMA 3SMSA 2GTDA 4I6MB 2O8CA 3H3OB 1KAYA 2RF2A 1W2BM 2BTFA 3OYLA 2KHOA 1KVBA 4CESA 1S1TA 4F3OA 2YKMA 4FLVA 2DPNA 1HYVA 2VG6A 3CC2N 1XUPO 3OBYA 1S9EA 2H3GX 4DTUA 4DF4A 4H4MA 4NCGA 5F0XA 4JN4A 4CHOA 4QCLA 1FW6A 3DLLL 2XY7A 5C42A 3QEPA 1XWLA 4DSEA 1T8EA 4FJ5A 1BI4B 3SBTA 3ENOA 3EKUA 4C8LA 3KLHA 3TTFA 1YIJN 3ZETA 2G8UA 5TKWA 3NFAA 3HP9A 2QEXN 2YNHA 4B08A 1DEJA 1GOAA 3S3OA 4HCBA 4JD2A 3J81O 4DV7K 4FLZA 4JRQA 4MO4A 1QTMA 2ZF5O 4K0KK 1IKYA 3ENBA 3PV8A 1N34K 4FJ8A 1WSGA 5ADXH 3L3VA 4MLEA 4A61A 5F2RA 3NH1A 2HVIA 1EO1A 4H8KA 4CBXA 3RTVA 3DLBA 1NKCA 1TAUA 2P5GA 2E1YA 5I3UA 2P9LB 1VSIA 5CZ2A 1ZBFA 4XH4A 4CGHA 3AVKA 1LWFA 4FSVA 3O1WA 2B6AA 1KD1O 1J6ZA 3G4SN 2FSKA 4JS5A 2YNFA 1N33K 4K8XA 3ITHA 4B8AB 1ASWA 2Z1HA 2D0CA 1T44A 1TKDA 3VGKA 4Z4IA 1QQNA 4CF2A 4FJXA 1RTIA 3CI5A 2YV0X 4DS4A 1W9HA 4H03B 1JXEA 5C2DA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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