4JKFA

Open and closed forms of t1791p+r1865a human prp8 rnase h-like domain with bound mg ion
Total Genus 68
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
68
sequence length
221
structure length
220
Chain Sequence
ELFSQIIWFVDDTNVYRVPIHKTFEGNLTTKPINGAIFIFNPRTGQLFLKIIHTSVWAGQKRLGQLAKWKTAEEVAALIRSLPVEEQPKQIIVTAKGMLDPLEVHLLDFPNIVIKGSELQLPFQACLKVEKFGDLILKATEPQMVLFNLYDDWLKTISSYTAFSRLILILRALHVNNDRAKVILKPDKTTITEPHHIWPTLTDEEWIKVEVQLKDLILAD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Rna binding protein
source organism Homo sapiens
publication title A conformational switch in PRP8 mediates metal ion coordination that promotes pre-mRNA exon ligation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
total genus 68
structure length 220
sequence length 221
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 4jkfA02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jkfA01
4JKEA 4ILJA 3E66A 4JKFA 3SBGA 4JKCA 4JK8A 4JKAA 3E9LA 3SBTA 4JKGB 4JKGA 4JK7A 4JKDA 4JK9A 3E9PA 3E9OA 4JKBA 4ILHA 4ILGB 4JKHA 3ENBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ID8A 3SYZA 3O4NA 3NF6A 3HT3A 3DLHA 4DR4K 1U04A 3IS9A 1FKPA 1IKWA 3HO1A 4DG1A 4JYAK 4HDOA 3MN6A 1S1VA 3ZSYA 1QHAA 4HWIA 1JXBA 3LP2A 4I2PA 4B8AB 5FRMA 2ZJRL 3O9UA 3QNOA 3WA0A 2P9KA 4DTXA 3CQXA 3ZT2A 4K0KK 2HHTA 4I9QA 3QEVA 1NBWA 3TAFA 1KAYA 4CBXA 2W6KA 4OLBA 1YUWA 2AA4A 4DB3A 1H1VA 2ZQBA 2Q36A 3H45C 2YHXA 1HYZA 4FLVA 4EP4A 2B4JA 1Q8IA 3VQQA 4H5WA 3KWGA 4FLUA 3J81O 4ELUA 3HPOA 1WB9A 4IG0A 3MK6A 3SJJA 1SAZA 2E2QA 4JKGB 3C6HA 3K9JA 5M1KA 1T8EA 4K8XA 2P9LB 4JNEA 4DTNA 3PX6A 1ASVA 1VQKN 3U4LA 4DV3K 1G99A 1CZAN 3NBPA 3WQTA 4BE1A 4Y1CA 3HP6A 4XH1A 2NRZA 4FJKA 2HRJA 3VOVA 4JK8A 1IO2A 1SUQA 1IKVA 2CGKA 1RGIA 3A5NC 4B1XB 4BRQA 3THXA 5FLXO 1WBDA 3ATVA 1RBUA 1X3MA 2IDOA 4RCHA 2F96A 4Q0BA 1TK8A 4GVEA 4QS8A 4JKHA 4OPJA 1JJ2M 1T05A 3RMBA 2D2QA 2HSTA 4FO0A 4YOWA 4E7HA 3OYHA 1TGOA 3HM9A 4XH5A 3O3HA 4PA1A 2Y1JA 4FPAA 1TUUA 1NNEA 1NMDA 4F4KA 4W5NA 1S6QA 1S1UA 4O5FA 3SV4A 3U3YA 4DSFA 3R3LA 3CG7A 3K9KA 3ENOA 2PYLA 3CETA 3ISNC 5DM6L 4V19S 4AHRA 3ZDTA 4EZ9A 4E7IA 2X6NA 1J19A 4YY3K 1C6VA 2E2PA 4HDQA 3E1YA 3E01A 1WUAA 3CCEN 3S3OA 2UXCK 4CEZA 3IRXA 2G8FA 3C6TA 4AILC 4EHTA 1O13A 3ASMA 4FZYA 3NGZA 3IVFA 4MQ3A 3IUCA 4TKNA 5JLFA 4JI2K 5ELZA 4B08A 3HL8A 4DTUA 5C10A 3ENBA 1BQNA 5IJMA 4GY2B 2E1YA 4CHZA 3RMCA 4B9LA 3CJ7A 1ILYA 3THXB 3ZSXA 4DR6K 1TVRA 3UKUB 3U3GA 4GKJK 2D5RA 3JAMO 5JVLA 1QSLA 3QIPA 1ZBHA 4O44A 4M7YA 4GW6A 1HJRA 2Q97A 3OYFA 5M1FA 1UWBA 2QWOA 2I7NA 4AHUA 4E7LA 3WQUA 1L3TA 1Q82O 3G6EN 1J54A 2NRWA 5HLFA 4CHOA 1ZBFA 4CJ4A 1HNXK 3PSIA 3L2UA 1ASUA 1NLVA 4E0DA 1S5JA 1U6ZA 1Z25A 1YHQN 5A2QO 4KHNA 4KBOA 2IC3A 3L2WA 5FPNA 3SMSA 3CM6A 2NRVA 1NG9A 1S6PA 3VN5A 5SWMA 3OYAA 3GG4A 1HYSA 4M3XA 1KVBA 2W42A 4KAZA 5AQZA 4DTMA 4BY9C 4CEBA 4BR2A 1ZBUA 3QBWA 4E19A 1SZ2A 4M3TA 4DTSA 2XY7A 2YCHA 3V9SA 3VQCA 3VQ9A 4WFNL 1KAZA 4YOXA 4CI6A 1S9EA 2QW9A 1XNRK 1J9AA 2E2NA 2AL6A 4W5QA 1QE1A 1T6CA 4CHQA 2HHQA 4B9UA 4DKWA 2FXUA 4JEPA 2FF6A 3OW2M 2EMTA 1QS4A 3BY5A 4DMNA 1CZBA 1GLBG 4FJNA 4IOCL 3A5OC 1WAFA 4FOEA 4DQSA 4E7JA 1M90O 4CIGA 4DV7K 3W3DA 1TYQA 1VSJA 3TARA 2D0CA 4CGHA 1N36K 3IKMA 4HUGA 3OA9A 1LAWA 3P31A 4EFHA 3WNHA 5CE3A 4CF0A 4ZTFA 3O6WA 2Q31A 2BTFA 4B3TK 4JI3K 4IG3A 1RDAA 2OCEA 4YOVA 5C0YA 3S41A 2I1JA 3ZSRA 4E3SA 3OYNA 2QWNA 4CFBA 3TR8A 1HR0K 2E6LA 4DLGA 2B6AA 5KQDA 3THYA 1VSEA 4H5TA 4JAXA 4KB0A 1ATNA 1BHLA 2EWSA 5AQGA 4E1MA 4BVOA 1XHZA 3AVNA 3B6PA 2D11A 4JI5K 5C42A 3LDNA 4BRNA 3FGUA 4FOIA 4IJNA 3ZSZA 4W5OA 3FFIA 3EKUA 4ICLA 4JK9A 2QTDA 3THWA 3QB0A 3G10A 5HROA 1YJNN 3AVLA 4FZXC 3K5NA 3MECA 1NM1A 3QINA 3ZX3A 1SKSA 4B9VA 5IT9O 5KGXA 2GUPA 2GUIA 2BUPA 3TI0A 4FK4A 4NXMK 3KVGA 2O8BA 1GC6A 3VESA 1NK4A 1QQOA 5EU7A 3RMDA 1CXQA 3KTQA 4RTFD 3LZJA 4C8KA 4F8RA 1X9MA 1JLFA 1TYQB 3QEPA 3HJFA 4O0JA 5EX5A 4FW2A 2O8CA 3SUOA 1KFSA 1NJWA 1IBKK 4FW1A 1DTQA 1NGFA 1XI1A 3VGKA 1NOZA 2UUAK 3KK2A 2QWLA 4X65K 1SS6A 3WXJA 5AQIA 3ZYYX 2VQEK 1X9SA 4LFAK 3OYCA 2X74A 4CK3A 4YOTA 4LSLA 3CCJN 1RILA 3CJBA 4XEIA 3FZKA 4CGIA 4B1YB 1BA1A 3TSUA 1U49A 5HRSA 2O4GA 1D9FA 1RDUA 1YVNA 2Q0UA 4WQ4C 4C8MA 1RT1A 2GELA 2Z1IA 3BUZB 1NK9A 3LL3A 2YJEA 1S72N 3T1AA 1OH7A 4DS5A 1TL1A 3A5MC 4DU1A 3THWB 4AM7A 4DR2K 3CMAN 2VWKA 4KV8A 2JLEA 3I0RA 4FJGA 2XY8A 1ATSA 1NGCA 5CZ1A 2X6SA 2XY5A 3M1FA 4PL8A 2O8BB 1X9WA 3WXLA 3GOIA 1C0FA 2CB8A 4BRDA 4M45A 3LDLA 1FKOA 3OYDA 2UU9K 2YKNA 3FR0A 1XQSC 3VQAA 5BPMA 1WLJA 4QOZB 2O8CB 2YHBA 1TUYA 3QIJA 4NXNK 3CCSN 1IJJA 5C2DA 4KRFA 5DMRA 4B9SA 2J0JA 1VSHA 4MLEA 4H0TB 5KQ8A 4LF7K 3DXKA 1XNQK 2FBVA 5LY3A 4BGBA 4FVUA 3SMPA 1IG8A 3VQ8A 1ST7A 3MEEA 3NH0A 1KSPA 1N5YA 5BPLA 4LH4A 4LF4K 3A2FA 4Z4HA 1HMVA 2ZGYA 3LPUA 2Q3SA 4FLYA 3AA2A 1ZYQA 2QWRA 4NLCA 1Q81O 4BRGA 3C95A 5J2PA 2NZTA 1BUPA 4C8NA 2HBKA 3LZIA 4B1ZA 1JLGA 4PY5A 4QAGA 3VEYA 5KRTA 3HYFA 1NKBA 3LWMA 4BR9A 2D0OA 4ELVA 3CJ9A 1VSIA 3PZDA 3W0LA 4JS4A 1EWRA 1R0AA 1LCUA 3HOTA 2QWMA 4ELTA 4BG8A 3A5LC 1WSGA 2A1SA 4DQPA 3WEEA 3KKRA 4H4OA 4Z94A 3T7ZA 3VGLA 1WSIA 4IXCA 4R79A 3AVAA 4DSJA 3QETA 2YNGA 2PAVA 1VSKA 4CF1A 2WBNA 1GG3A 3DI6A 3BGRA 2XO7A 5CYMA 4CF2A 2QK9A 2IVPA 1O1WA 3O4QA 3JSMA 1DIKA 2ZD1A 1VQNN 3BDPA 1RT6A 3ZSQA 1JL2A 3CPEA 5FPEA 3I8BA 1E4FT 1NI2A 5KPTA 1N32K 3OYJA 1SL0A 3AGKA 1GLEG 2W40A 1N8RO 4CEQA 5BN8A 4FCYA 2QA4N 5E41A 2QKBA 2HHWA 3O8MA 4FJ7A 2O8DA 1FJGK 3V9ZA 3L4IA 2W41A 3NMUA 2P9NB 3AVKA 5JS2A 4CZEA 3NGYA 4RW4A 4B3SK 4FJLA 3P5JA 5GADP 4J2DA 3AAPA 1BIUA 3MWPA 3CIPA 3O3FA 3OS2A 4CD3A 4JKDA 4DLEA 4I6MA 5LMUK 3AA5X 3EN9A 2BH1A 4FLXA 3M8SA 3UIQA 2YJFA 3H46O 3ZSOA 4O0IA 4C8OA 1NGJA 2F8SA 4AHCA 4WCEL 4FWPA 3MX5A 3SJHA 3F9MA 3VEVA 2ASPA 5CZ2A 1TKTA 4JI0K 4HCCA 1EQYA 1KBLA 5M1NA 5HRNA 3WEEB 4Z4EA 2KTQA 3O80A 4FM1A 3CHWA 4XH4A 1KFDA 3DXMA 4BRCA 3MDQA 3S3NA 1CXUA 4H0OA 1VQ8N 3G25A 1R59O 4WE1A 3H1QA 4RW8A 3HP9A 1TAQA 1VSFA 1NK6A 1IBMK 5AQOA 3K5MA 1VQMN 3CJAA 2WTUA 4JI8K 5CR4A 1KVCA 4Y1DA 3T1YK 1Z26A 2E8AA 3VA3A 5FDLA 2FBTA 5LJVA 1VQLN 4ID5A 4DV0K 2YNFA 4FJIA 5GAGP 3VQ4A 4YOYA 3ULEA 1SGHA 2O8DB 2O8EA 4X62K 5E26A 3PLAA 4A61A 3BINA 3EO3A 2A1RA 4FL9A 1TL3A 4LF9K 1VQ9N 5I9EB 1H4RA 1YT3A 4I6MB 1T03A 4CJLA 3VF2A 4A62A 2DY4A 1FXXA 1ZXOA 3L4QA 4DF4A 3KLIA 1XUPO 1C1AA 1S1WA 3AA3A 3AO5A 3H3OB 3VQ6A 4B9NA 3PIOL 1NGGA 2R82A 4CD1A 1OH8A 1N34K 1C0UA 1YIJN 4BROA 3RWUA 4OKKA 3JS6A 1BA0A 1B9FA 3SQ4A 1MIZB 3ID6A 4PL7A 3VENA 4OX9K 3TPQA 2OPQA 1HX1A 4N76A 1L3UA 4C8LA 4DU4A 3HBTA 4O8UA 1BWFO 5HP1A 3VQEA 3B8AX 3DXMB 3CJ1A 4CF9A 1XHXA 3OS1A 3T69A 2IAJA 2KLAA 3F73A 1VQPN 2WFBA 3WXMB 2YHAA 3D7EO 4BRKA 5C25A 4FK0A 3DOKA 4ZTJA 1ACAA 2P9KB 5C15A 4LF8K 1YVUA 4ISGA 3TSPA 4IEEA 1T3VA 3NHGA 3BF3A 1Y64A 2NNWA 5KTQA 4F7GA 4WQ4A 4AM6A 3T3FA 3SK3A 4FJXA 1N33K 4B9QA 3AO2A 4F2RA 4FJHA 2OZSA 1OKJA 4H0PA 2HHVA 4UQGA 3KLEA 2O8EB 4CZJA 1HPZA 1VQ7N 5AQJA 3C7NA 1D9DA 1A5VA 4IJAA 3CCMN 1GLCG 2NRHA 1VAZA 1ISNA 1K9MO 4KHPK 2G8IA 3AVMA 3FZMA 5HOOA 1HRHA 1VQ5N 2GTDA 2ZPYA 5BN9A 1E4GT 3QDKA 2OTJN 2NRRA 4BACA 4FWOA 4GV3A 2F9TA 1BQMA 4IFVA 1NJZA 4MO5A 4CBUA 2AEHA 4CJQA 4JI1K 4RW6A 4DR1K 1OH6A 4FYDA 1A5WA 4CFAA 4DFJA 2LBBA 3M3ZA 3TAMA 4CIFA 3OYEA 3OYMA 3MX2A 3JXUA 4RW9A 4DXAB 4BVPA 1WBBA 3HTVA 3F9KA 3DAWA 4PQUA 1GOCA 2E4LA 4G1QA 1RCHA 4E7KA 3KD5E 5AQVA 1EXQA 3GL1A 3HXMA 3K59A 1BI4A 1QQMA 3V6DA 2ZJPL 2P5OA 2FSJA 3RSEA 3SLCA 1C1BA 1UA0A 3VTIA 2A6AA 4CE9A 3BZCA 4NYNA 4F3OA 3VERA 1MWKA 5JMVA 1BL3A 2D10A 2E6MA 2ZF5O 4DR7K 2Q1NA 3KD1E 4IDHA 3LDQA 1I39A 3OVNA 4OKEA 4CJKA 1RT3A 4KHSA 3WUHA 2YV0X 2QKKA 4CK1A 3AGRA 5J2NA 5JVHL 5AJ3K 3D0PA 2V52B 3EY1A 4M3ZA 1XMOK 3SQ2A 3MXIA 4JKBA 5HRRA 5BRFA 2NRTA 2H3GX 1W0HA 3MEGA 1WAJA 1VK0A 5LL6Z 2G8UA 4NYFA 1L3VA 3EEQA 4KHWA 3VQ7A 1OH5A 3WXKA 3PO5A 3C6UA 3O9TA 4HTLA 3WNEA 1P90A 3M8QA 2OPPA 2FJ9A 3NF7A 4RG8A 1X1PA 3AVHA 4IO8A 3LPTA 2VG6A 3VA0A 4LSNA 1BG3A 4Z4CA 3NH2A 4AHVA 1RTDA 4BDPA 1BCOA 3SUNA 5BPNA 3K57A 2RF2A 3DLGA 1NJIO 1GLDG 2O8FA 2CQUA 3IDHA 5CYQA 5AQTA 5GIPA 4BC5A 1KAXA 4B3RK 1NKCA 4K41A 4GVMA 2HVHA 3J80O 1REVA 4CVNE 4DQQA 5JICA 3MMVA 4CJTA 2ZWHA 1YITN 4CBWA 4YFUA 4DV2K 3M6GA 4KI6A 2GV9A 1YF5L 2E1ZA 4FXDA 4BR7A 1XC9A 4B8CA 3QFPA 1X9JA 2P9IA 3RSEB 1RT7A 4GXBA 1MDUB 2AP1A 1NK7A 4KHYA 1KXPA 3NVKA 4DF8A 5J1EA 3TWHA 4Z4GA 1VSDA 4CHNA 3EE8A 3ZX2A 3FE1A 2DIKA 3MXJA 1QZ6A 4H5VA 4H5RA 3GBTA 4CJ7A 3SPZA 1KC7A 3AA4A 4H4MA 4K42A 4M41A 4DCHA 2P51A 3KKSA 2RE2A 2KZMA 4ILHA 4JI6K 4ZHRA 4H5NA 3J7AP 3AO1A 4MDBA 3NDKA 2OA8A 5AQRA 4BR4A 3V9WA 1QVFM 4P7IA 3DLLL 2P9PA 4Z4IA 3LALA 5AQUA 4C1NI 1ESVA 2CGLA 3V9XA 4RW7A 1NGHA 4M7XA 2ABDA 3V9UA 4DSIA 2O8FB 3OYBA 1CZ9A 1DTTA 4JI4K 5GAEP 2NRXA 1BDGA 3AVFA 3TTCA 5M1OA 3Q7CA 4KPYA 5B8HA 3CCUN 3SBGA 4MO4A 3ZETA 4DSLA 3VEZA 4JV5K 4A2BA 2IS3A 1W97L 3ENHA 5CHIA 5KPRA 1C1CA 2P9IB 4CJFA 3SQ1A 3M8RA 3NF8A 3KLHA 3AU4A 4F9OA 1C0MA 2I5JA 1QZ5A 4YL8A 5ADXA 3OHRA 1IV0A 1VBGA 3C0BA 4B3OA 1Q9XA 2UXBK 1JLQA 4CGGA 1ASWA 2HMIA 3I55N 4JKCA 2WOMA 4BC3A 1A5XA 1RBTA 4BDYA 1BO5O 3SQ0A 2E2OA 3HI0A 4CYEA 5IWAK 3KLGA 1JLCA 3FZLA 4DTPA 3NH1A 2D1KA 1MU2A 3THYB 1ZBSA 2FLOA 2VCPA 3AAQA 5I3UA 5F2RA 3ZT0A 2PY5A 3K58A 2VYPA 4J2AA 2RPIA 3O5BA 4YDUC 1QQCA 3BP8A 2DPNA 4WQ5C 4BR0A 4BRAA 1ITGA 3EL2A 3CD6N 3ZSVA 2QM1A 4ID1A 5AQWA 3VEOA 2BANA 1S1XA 3DM2A 5FPMA 4DFKA 2GWKA 3ZETB 4AHTA 4IDKA 3D2FA 4FWKA 4AHSA 3CCVN 4FWRA 4DSEA 3OBYA 5AZJA 4CJPA 4HUFA 3WNFA 1ATRA 3WT0A 1B9DA 3LWLA 4EIAA 1TAUA 4ZRKA 3KIOA 3LM2A 2HNYA 4YOUA 1U4BA 4JKEA 3CC2N 4OPAA 3AO3A 5J2QA 2HBLA 1K73O 3DMJA 1RT5A 4FVMA 5BR9A 3C6AA 4YHHK 4TSXA 1IKXA 1RDCA 1Z6RA 2HF3A 2AJQA 4CZHA 5F1XA 3CM5A 5AQHA 3AARA 3L3UA 4MLHA 4AQYK 3QIOA 2VQFK 2E20A 4PKIA 1VBHA 1WSEA 3V4IA 5HBMA 1JCEA 4DV6K 3PO4A 4M3WA 2D0AA 3VF4A 3EPYA 5JLHA 3SUQA 4X66K 2BDPA 4OGCA 3HZ6A 1NOYA 3CCQN 4ZRJA 3QEIA 3FP5A 3P39A 2F9WA 4FWNA 4ISEA 5BRDA 3G4SN 3FZHA 4KH4A 3RRGA 4LFBK 1U48A 3K0SA 1IBLK 2UUCK 4FJ8A 4DQ8A 3RR8A 3D2FB 1SL1A 1XMQK 5AQLA 3A8YA 5AZJB 1NGAA 2HW3A 4BRMA 3HSCA 2KHOA 2KZZA 1B92A 5AQYA 4FLTA 3PV8A 1ZBLA 4BRIA 4U67L 4JRQA 3OS0A 3X23A 1HNIA 3VEWA 3QBXA 1NTIA 4FSVA 4C1NK 2KKZA 4XIUA 3CQ8A 4CJ3A 1Q9YA 1HB8A 2JWKA 3CERA 2VG7A 4CFCA 3M8PA 4CHPA 3TANA 1RT4A 2X78A 3LP0A 5AQKA 3M5RA 4J2BA 4PHTX 2VG5A 1HKBA 3DXKB 1RDWX 2IIRA 4N47A 4KTQA 4CECA 3TAQA 3LDPA 1VSMA 2DFHA 4B1WB 4DU3A 1BGXT 5LMNK 4CGFA 4BG9A 3CC4N 2NUBA 4CEOA 3V1QA 3OJUA 3ZT3A 2HHSA 3ATUA 3OBWA 2KQ2A 4H0XB 3BF1A 3NCIA 2J0MA 3LDSA 3I56N 5ADXH 3VEXA 2ITMA 1Q86O 4CZMA 4IFEA 3GDQA 3KLFA 3I0SA 3LM9A 3P4IA 2HHXA 4BWJA 3PY8A 4ILGB 3DWLA 3VPZA 1WSJA 1QVGM 5HL7L 1JLAA 4BRHA 2A42A 2HE7A 3A0IX 5AQXA 3VQBA 4CESA 3SI6A 2WC9A 4CJ5A 3SBTA 1SL2A 1NK5A 3SNNA 1RTHA 4JKGA 4JN4A 5AQMA 2VGNA 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