1KVBA

E. coli ribonuclease hi d134h mutant
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCHELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Endoribonuclease
source organism Escherichia coli
publication title Proposal for new catalytic roles for two invariant residues in Escherichia coli ribonuclease HI.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE H
total genus 54
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1996-10-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1kvbA00
3AVFA 3RMAA 4LSLA 4B9SA 1JKHA 2OYQA 4KV8A 5HRPA 3ALYA 1RILA 1RDAA 3PO4A 3HM9A 3MEEA 1KSPA 5KI6A 4LH5A 2FBTA 4BDPA 1ZBIA 4E7IA 4O0JA 1QHTA 2KW4A 4O44A 3ZSXA 3P1GA 4Z4CA 3I0RA 5J2QA 3OYAA 3LPUA 3LP3A 2DFEA 1ASVA 3CFOA 3VA0A 1RNHA 4FVMA 5CYQA 2YV0X 2RN2A 2JLEA 3V6DA 2IS3A 3L3UA 4CFAA 3TI0A 4ELVA 1YT3A 1JLEA 3KLGA 4DQSA 3QESA 2YKMA 1VRUA 3NH1A 3HO1A 1ZBFA 2QXFA 4DSKA 3OS1A 4H4MA 3HP9A 3OYIA 3V9ZA 3C6TA 3ZT4A 4FJGA 4KHYA 4CHQA 3V9WA 4CF0A 3AA3A 4DU3A 1HPZA 4R5PA 2LSNA 2HHTA 3BDPA 5C24A 4CJPA 3VQBA 3OYEA 2HNDA 3PO5A 4FW1A 4LSNA 3IS9A 4AH9A 2JGUA 4CF1A 3WNFA 1GOCA 3ZSRA 4E89A 2XO7A 3TARA 1NJYA 3WNHA 2PZSA 2P1JA 1JL1A 4CIFA 4OPKA 1KVAA 3ISNC 1WLJA 1X1PA 4AHSA 4FZXC 4MQ3A 2BGGA 4DF8A 2ZD1A 2NUBA 2WOMA 4C8LA 3EYZA 2XY8A 1RDCA 1U4BA 3L2QA 1T03A 4M3TA 1RDBA 2FC0A 4CF2A 4LH4A 2HHUA 4IKFA 3KKSA 4CGIA 1BI4B 3HVRA 3SCXA 3IAYA 3RMBA 2E6MA 1QE1A 1RTDA 2EX3A 4GMJB 3CM6A 4QCLA 3SI6A 4Z4EA 1TL1A 1ZBUA 1WSEA 1SKWA 3CFRA 2A1SA 3TAMA 4CJTA 4E19A 1WSFA 2G8IA 3AO3A 4DSIA 3AVNA 4EZ9A 2P5OA 4CJKA 4B8CA 1S1WA 1SL1A 4FXDA 3SUPA 1VSJA 1WSHA 3T19A 4B9MA 3PX6A 1T7PA 1L3VA 4HCBA 4AHUA 3LDSA 1RT6A 4DTOA 3NE6A 3LWMA 4JS5A 4CIEA 3LALA 2O4GA 2P5GA 3I0SA 3OYJA 1S1XA 3MXMA 3S3OA 4AHTA 2HNYA 4KHQA 4BE0A 1LWEA 4CJRA 1HRHA 5KGXA 1Q8IA 3U3YA 4Z4GA 4C8MA 5CYMA 3OYLA 1HYVA 2HW3A 4PWDA 3IRXA 1TKXA 3SV4A 2Y1JA 3OYKA 4DTUA 1X9MA 1BIUA 4CCHA 4K8ZA 3TWHA 2KTQA 2R7YA 4DFKA 3HPOA 2BANA 2A1RA 5KTQA 1HQEA 1SKRA 4FJNA 2VWJA 1Y97A 5KGWA 1UOCA 4W5RA 4KB0A 2EHGA 4DSFA 3AVLA 3F9KA 3AVGA 4FLZA 4DTMA 1RT5A 1TAQA 2Z1HA 2ETJA 5JS2A 1IKYA 3OJSA 3OS2A 1O1WA 4DU1A 1DTTA 3CG7A 4F8RA 4KKOA 4RW9A 4CGHA 1I39A 1HNIA 4CK2A 5HLFA 3QNOA 2YNFA 4B9VA 2Z1JA 4RG8A 4ELTA 4CFCA 4AILC 3AO4A 1NKBA 1F21A 4IFVA 1Q9YA 4CEQA 3K2PA 5FROA 4QAGA 1D8YA 5J1EA 3O3HA 3V9XA 3AA2A 4KTZA 2X74A 3OYCA 4RW6A 1NJWA 1EETA 3AV9A 3U6FA 1QSYA 5C42A 3TAGA 3H08A 3LZJA 4B3OA 3AVJA 4ZTJA 4FLWA 1IO2A 1RBVA 4LD0A 4GVMA 1J5OA 1TK8A 4F2RA 2AJQA 1XHZA 1DLOA 3AO1A 4CJQA 2F8SA 5KRSA 3VQ4A 4M3RA 4UQGA 3D45A 1LWFA 2HHSA 1IKXA 3AA5X 3A2FA 2DY4A 4CHNA 4IG0A 3QLHA 3MEGA 3VQAA 4I9LA 3O3FA 1KFDA 4DTRA 1I3AA 5E41A 4CESA 3L2WA 1BISA 2X78A 4CJLA 4E1MA 3SQ1A 1NJXA 4DQIA 3LP1A 1JLQA 3OYFA 3DRPA 3KJVA 3DLRA 1S6PA 3LAKA 2G8FA 1NOYA 3AVAA 3DLKA 1U04A 1NK6A 3AVIA 3MXJA 1QQCA 1XWLA 1HNVA 2GV9A 4OKEA 3SUQA 1RDDA 1REVA 3DRSA 3DYAA 3AO5A 4BWMA 2IC3A 4Z4IA 3QEPA 5SZTA 1TL3A 3K5LA 4BDZA 1U45A 4DTPA 1NKEA 4G1QA 4NCGA 2VWKA 2QK9A 1C0MA 2OPPA 3AVBA 5CY4A 2ATQA 1T8EA 2OA8A 2RKIA 4FLXA 1C1CA 3SNNA 1X9WA 3ZSVA 1RBSA 1C1AA 3TAQA 3VQPA 1WN7A 3P83D 3NHGA 1SUQA 1VK0A 2XHBA 1JLCA 1NK5A 1LWCA 4B9TA 1S5JA 4KAZA 4CJ5A 3B6OA 5HP1A 1JLAA 4KFBA 3MAQA 4FLYA 4B08A 3K59A 3ASMA 3KLIA 1R0AA 1U49A 4FK2A 1IKVA 3DI6A 1B9DA 1JL2A 1RTHA 3CYMA 3THVA 1XHXA 4OLAA 2Q3SA 4C8NA 3LP0A 4F4KA 1JLFA 3IG1A 1TKTA 4IG3A 3LPTA 1WSIA 4M3YA 3OYHA 4C8OA 4DLEA 3HJFA 4FYDA 3LAMA 3NF9A 4FM2A 5I42A 2Z1GA 3S9HA 3VQQA 4FW2A 4RW4A 4CFBA 3LANA 4CGDA 4FM0A 1IKWA 2B5JA 2ZE2A 3AVKA 3HYFA 3P5JA 4AHRA 3L2VA 5KRTA 3EY1A 4CJ3A 3DM2A 2D0BA 4I2QA 1BHLA 3DOLA 3E01A 4EZ6A 4IFYA 3RRGA 1N6QA 4OPJA 4FJKA 1FXXA 3OYBA 2RPIA 2F96A 3QEXA 4CHPA 3WNGA 4CHOA 4BACA 2F8TA 3TAEA 3LWLA 3S3NA 1UAXA 4CJSA 1BI4A 4CK1A 1BGXT 3OYMA 5FDLA 3NH2A 1EKEA 1NK7A 2KZZA 4W5NA 1GOAA 2FBVA 4N5SA 1D9FA 4AHVA 3ITHA 4E7HA 1JXBA 4CEFA 4F3TA 5JS1A 4N56A 1S1TA 2VG5A 1RCHA 3KIOA 4CJUA 3VQ5A 2IAJA 3HT3A 4KPYA 3QEWA 4CJEA 4CHZA 4O0IA 1XC9A 5FRNA 3NF7A 4NCBA 2YKNA 3DRRA 5HBMA 4HHTA 2QKKA 4OLBA 1LAVA 4NYFA 3NCIA 4B9LA 3SV3A 1RT1A 4F3OA 1L3TA 2G8VA 3QNNA 3TR8A 2I5JA 1TGOA 2X6SA 1KCFA 2D0CA 1VRTA 2OPRA 3KTQA 4B9NA 4DFPA 5SWMA 3KLEA 1RT3A 5K14A 4ZTFA 4CGGA 4CHYA 4RW7A 4DQRA 2OPQA 3OVNA 4ID1A 2KFZA 1C1BA 4EP4A 5CZ2A 4AHCA 5J2PA 3RMCA 2OZSA 4HUGA 4DLGA 5C25A 1N5YA 4CEBA 1KFSA 4FJXA 3CQ8A 5HROA 4FJJA 1KLMA 3RR8A 2HNZA 3NF8A 1DTQA 3M8SA 4E3SA 1XI1A 4PQUA 4CJVA 1A5VA 3KK1A 4ID5A 3WNEA 1ZBLA 4Z0UA 4BE1A 1A5XA 4KB1A 4C8KA 1HYSA 4JRPA 4FJ9A 3SUNA 3AVHA 3OYNA 3TANA 1U48A 4FJHA 4ICLA 1CZ9A 4CFDA 1SL0A 1B9FA 2KQ2A 4N47A 3SYZA 4F2SA 1L3SA 3M8PA 2PY5A 4FM1A 4FJ5A 1HYZA 1UWBA 5DMRA 4KO0A 2HVIA 2G8UA 3L8BA 3SQ0A 4DS4A 4B8AB 3PY8A 4BE2A 4W5TA 4M42A 2X6NA 3K5OA 3OYDA 1VSFA 3CM5A 4CERA 4DTSA 4I9QA 3OY9A 1HJRA 3OJUA 4MFBA 1ZYQA 3C95A 3QIPA 1QTMA 1UA0A 2DFHA 3L3VA 1LV5A 3PUFA 4J2AA 4DFMA 2XY5A 4PUOA 4M3WA 3HPHA 3G10A 2O4IA 1KTQA 2HHVA 1TKZA 5J2MA 4FLUA 4HCCA 3G0ZA 3M8RA 4JLHA 2XRIA 3KD1E 4W5QA 2D0AA 2WONA 4CF9A 1NOZA 2HHXA 2HHWA 2BDPA 1X9SA 4JS4A 4B9UA 3VQDA 4M3UA 3QINA 2XY7A 3SQ2A 1NJZA 4KI6A 3SPZA 1TK5A 3KKRA 1BQNA 4Z4FA 1ZBHA 1J54A 4DMNA 4H8KA 1WSJA 1WAFA 3NGZA 3SPYA 3S3MA 1S1VA 4KHSA 1CZBA 3ZSZA 4W5OA 1WAJA 3K58A 5J2NA 1QSSA 3MEDA 4XIUA 1L3UA 3HL8A 4KI4A 3QO9A 4OGCA 3EZ5A 2IDOA 1JXEA 3O3GA 1NKCA 3ULDA 2KFNA 3TAFA 1ASWA 1KVBA 4DFJA 1GOBA 3NFAA 1CLQA 4YNQA 3PX0A 1RBUA 4OJRA 1J9AA 4OKJA 4CJFA 5I3UA 3DLHA 4E0DA 4M3ZA 3TABA 2G8HA 1BL3A 1KLNA 3KD5E 3D0PA 1NK0A 4FJIA 3OYGA 4HVJA 3T1AA 2OPSA 3KLHA 4JRQA 3RTVA 3K5MA 4DQQA 1S6QA 3HSTB 4HUFA 3SZ2A 1TK0A 4FCYA 1JLBA 2P51A 1YTAA 3DLGA 4Y1DA 1BCOA 4HUEA 4WE1A 4CJ4A 3VA3A 4BDYA 3RRHA 4PY5A 3MECA 3LP2A 4CGFA 2E6LA 1VSHA 3V81A 2DTUA 4CECA 1S9GA 3JSMA 4DTXA 3VN5A 3QERA 2Y1IA 3HVTA 1CXQA 3OS0A 3HPGA 4CF8A 3T3FA 1G15A 3UIQA 3KLFA 1C0TA 1EP4A 1SKSA 1TV6A 2Z1IA 2FBXA 3HP6A 3RMDA 3VQ9A 1NK4A 1D5AA 3SUOA 4HTUA 2FBYA 1T05A 1NK8A 3NH0A 1L5UA 4DF4A 1C0UA 1WNSA 3ZSYA 2PYJA 1C6VA 1RTJA 1RTIA 4DWIA 4E7KA 4DU4A 3NGIA 1UA1A 3SQ4A 4FJLA 4QOZB 1CXUA 3RR7A 4N76A 4M3XA 1A5WA 4DS5A 5CZ1A 1B92A 4Z4HA 1YTUA 3ZT2A 4DG1A 3DOKA 1VSDA 4FJMA 2IOCA 3M8QA 4CEOA 1QS4A 2B6AA 4IDKA 2XY6A 2HMIA 5D3GA 1BQMA 1S9EA 4DSEA 3K57A 3C6UA 2W42A 5HRSA 3ZSWA 1BCMA 4L8RB 4FK0A 4KHWA 4YFUA 4KTWA 3QEIA 4FLTA 4J2EA 4FK4A 2YNGA 3KK2A 1WSGA 5FRMA 1LW0A 4TSXA 1LAWA 1JLGA 4KRFA 2OZMA 1RBTA 1NK9A 2HHQA 4ELUA 3AVMA 4CEZA 2HB5A 2RF2A 3C94A 4O55A 2GBZA 2E4LA 2GUIA 3CFPA 2G8KA 1W9HA 2D5RA 4DQPA 1IH7A 4O4GA 3ZT1A 3K5NA 2PYLA 2ZQBA 4CJWA 2DFFA 1VSLA 4OVLA 4EP5A 4E7LA 4KHNA 3HK2A 1SV5A 4OGEA 4CGJA 4GW6A 2IGIA 4NYNA 4M41A 3ZT3A 1TKDA 4K8XA 1S1UA 2KZMA 1BIZA 1TVRA 3NDKA 3DLBA 1VSKA 4J2DA 3BGRA 3NGYA 1KRPA 4KHUA 2HVHA 2QKBA 4CEDA 3F73A 4CEEA 3RWUA 4FLVA 4N41A 1YVUA 3FFIA 4CE9A 3ZSOA 1FKPA 5HRNA 3ZSQA 1EX4A 3V9UA 1K6YA 4PA1A 5HRRA 2VG6A 4I2PA 3U3GA 1VSMA 4DTNA 4I7FA 3L2UA 3V1RA 1RT7A 3QIOA 4CIGA 2VG7A 4E7JA 3O4NA 1Q9XA 3V9SA 4J2BA 3V4IA 4FZYA 3VQ8A 1J53A 2B4JA 1VSEA 5DK5A 2ITGA 2YHBA 1KVCA 1HMVA 4ZHRA 1FKOA 1QSLA 4DSJA 1ASUA 4FZZA 1ITGA 3NBPA 3VQ6A 1Z26A 3MXIA 1MU2A 1VSIA 1IG9A 3AO2A 2YHAA 3QETA 3PX4A 3KK3A 1D9DA 1HQUA 5T7BA 3DMJA 3LZIA 3NAEA 3O4QA 3B6PA 4NCAA 3DLEA 4LY7A 1Z25A 4RW8A 4Y1CA 3L2RA 4CEAA 2G8WA 2YNIA 4E1NA 1TAUA 3V1QA 4Q0BA 1EXQA 4Q5VA 1RT4A 4O5BA 3VQ7A 4H4OA 3SJJA 4FJ8A 3JYTA 3PV8A 4KTQA 3ZT0A 5EU7A 4DTJA 1RT2A 2YNHA 3AVCA 3ZCMA 3VQCA 3NF6A 1FK9A 3HXMA 2BE2A 1RBRA 3QEVA 3TAPA 3V1OA 1SL2A 4IBNA 1U47A 4BWJA 3AA4A 3VQEA 4DSLA 1LW2A 1W0HA 4M45A 4FJ7A 3I8DA 4KREA 4OKKA 4CK3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QFUA 2D1KA 3RMAA 4BGAA 4A61A 3QDKA 2OYQA 3U9DA 1RGIA 3T1HK 3CJCA 4F9OA 3JXUA 4IJAA 1KSPA 5KI6A 2VGMA 3P1GA 4RTFD 1ASVA 1RDWX 5CYQA 3R1XA 2RN2A 4BQLA 3IDHA 3L3UA 3TI0A 4JKGB 1YT3A 4LF6K 4DQSA 3QESA 2YKMA 1VRUA 2CGKA 3G71N 2UUAK 1QHAA 4H4MA 3V9ZA 4KHYA 3C6TA 3ZT4A 3RSEA 4YY3K 4FWQA 3VQBA 3HRGA 1DEJA 1S3XA 5F2RA 3SAGA 4WFBL 2JGUA 3TARA 1GOCA 3CJ9A 2XO7A 4RCHA 2PZSA 1YVNA 4AM7A 4WFNL 3EO3A 4BRCA 2HBLA 2WOMA 3L2QA 1VQ6N 2YJFA 4B1YB 4CGIA 1BI4B 3WQTA 2E6MA 1QE1A 2EX3A 4Z4EA 2FF6A 1Q7YO 1ZC6A 2A1SA 3H3NO 4LC9B 1K9MO 2G8IA 5C2DA 1VQ7N 4EZ9A 2P5OA 3DLLL 2ZJQL 3T19A 1L3VA 4HCBA 5IT9O 1OH6A 2BTFA 2NRTA 3S3OA 2QWNA 2E8AA 1HRHA 1E3MA 4C8MA 3OYLA 1HYVA 3TWHA 4NXNK 2R7YA 1HQEA 2VWJA 4DSFA 3CJ1A 2Z1HA 3T7ZA 3OS2A 1O1WA 4CGHA 1I39A 3T1YK 4CK2A 5HLFA 4BG8A 2YNFA 1W2BM 2QWMA 4JAXA 4NLBA 4MO4A 3ZETB 1F21A 4IFVA 4OPHA 1D8YA 5J1EA 3BF3A 5F1XA 4RW6A 5C42A 4A5BA 4H0OA 1MDUB 3LDLA 3FZLA 3D7EO 1J5OA 2AJQA 3AO1A 5BR9A 4FWNA 2HHSA 3D45A 5GAGP 1IKXA 5AFUH 4QS8A 4IG0A 3QLHA 5BN9A 3O3FA 5E41A 4CESA 4DQIA 1VQNN 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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