4CJKA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 53
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjkA00
3JYTA 1TK0A 4I9QA 4FZXC 2IOCA 3KD5E 1WAJA 2HW3A 4W5NA 4CK3A 2YNHA 2YKNA 4JS5A 3ZT1A 3SV4A 3LP2A 3ITHA 1LAWA 3SI6A 1S6PA 2B6AA 3NDKA 4F3OA 2HHXA 1RT7A 4CFAA 1VRUA 4M3XA 5HRNA 4R5PA 1XC9A 1W9HA 4GMJB 3ZT3A 1GOBA 3IAYA 4BE2A 5C42A 4YFUA 3O3FA 1VSJA 1X9MA 4O5BA 3KLGA 3LALA 2PYJA 5EU7A 1TKDA 3HJFA 1DTQA 3DRPA 4DU4A 2F8TA 3O4NA 4NCGA 1A5VA 3AVAA 4KREA 3AVGA 1B9FA 2KQ2A 5KGWA 2BGGA 2G8IA 3DLEA 1NK0A 3ZSZA 3FFIA 3V9XA 4RW9A 3A2FA 4CESA 1SKSA 1A5WA 4AHSA 3TAGA 2YNFA 4Z0UA 4DFKA 3V9WA 3NF6A 1C0UA 1IO2A 3TANA 4CJ4A 1EETA 3PO5A 1T05A 2B5JA 3V9SA 1QQCA 3HVTA 3MAQA 4CHYA 2E6LA 4E3SA 4K8ZA 5HLFA 1YTAA 2KZZA 3QETA 4KI6A 4CJLA 1BISA 3LWLA 1Q8IA 3D0PA 3ULDA 1EXQA 1Y97A 3ISNC 1WLJA 4CEEA 4B9MA 1NK4A 4KFBA 3HP9A 3L8BA 3DLHA 4CJVA 4ZHRA 2GUIA 4N5SA 1QSLA 2HHVA 4KHYA 4WE1A 4IFVA 1ZYQA 4CF9A 4W5TA 5FRMA 1VSHA 5D3GA 1B9DA 4E0DA 1KTQA 3IG1A 2XY5A 5HROA 4B3OA 4N76A 1RDCA 1RCHA 4CJQA 5KGXA 1J54A 1XWLA 1JLFA 3VQEA 3NBPA 4KTZA 4FM2A 2NUBA 4CECA 3OS0A 3MEDA 3O4QA 3SQ0A 1QSYA 3AO3A 4CJRA 3K57A 2O4IA 5KTQA 4LSNA 4RW8A 3KLHA 3DOLA 3NF7A 2ETJA 3T1AA 1C1CA 4J2BA 4M3TA 4DQPA 2XO7A 1CZBA 4DMNA 1TGOA 1S1UA 1VSFA 3LANA 3AVIA 3OYFA 1JL2A 3L3VA 3SNNA 4JS4A 3VQAA 4DSKA 1RDAA 1IH7A 4B8CA 2DTUA 1LW0A 2HNDA 3ZSQA 2IDOA 3D45A 3HL8A 4B08A 3SUNA 1SKWA 2D5RA 1HRHA 4Z4CA 2Y1JA 3AA2A 3OS1A 4B9TA 2O4GA 4FM1A 4CFDA 2PYLA 3KLEA 3RTVA 2GV9A 4PWDA 2AJQA 1LWCA 4OKJA 3BGRA 4L8RB 1BGXT 4DQRA 4B9NA 2G8VA 1S1VA 4CEQA 3OYJA 1BHLA 3RMBA 1JXEA 1KFDA 3C94A 4G1QA 1B92A 3NHGA 1ZBHA 3EYZA 1N5YA 2HHWA 1XHXA 3QNNA 4CJPA 1RBSA 4J2AA 3K5NA 4Q0BA 1KVAA 5J2PA 4FJ5A 1SKRA 3TAPA 3VQPA 4CK1A 1WN7A 4CEOA 1TKTA 2HHQA 4N41A 2YKMA 3NH2A 3HP6A 3MXMA 1J9AA 3H08A 4CJEA 3OYBA 1TL3A 4CJ3A 5CZ1A 1BCOA 3LPTA 3I0RA 3DLGA 3ZSVA 1ITGA 1RNHA 1RT1A 2A1SA 3SV3A 1CZ9A 1RTIA 1XHZA 2G8HA 2EX3A 1KLNA 1JLGA 2YHBA 2P5GA 1X9SA 4CHQA 2KZMA 4E7KA 4FW1A 4B9VA 3SCXA 3ASMA 3RMCA 4AHRA 2XHBA 3SJJA 3TARA 4CHOA 4YNQA 5FRNA 1IKXA 2BANA 1NOYA 4FLTA 3L2VA 2OA8A 4E89A 3AVKA 3G0ZA 4HTUA 3QNOA 2OPRA 4O4GA 4CIEA 3OJSA 4CEDA 4F3TA 1U04A 5HRPA 4DSJA 4CFBA 4FK4A 5J1EA 1D5AA 3MECA 1TAUA 5I42A 1VK0A 4CGJA 2A1RA 4CJWA 4AHVA 3RWUA 3CG7A 1NK9A 4BDYA 1RT4A 4FVMA 1JL1A 4CE9A 2W42A 3QIOA 4FLZA 1R0AA 1NK5A 1NJYA 1SV5A 1NJXA 4HUFA 3HM9A 1CXQA 2ZD1A 2DFEA 4PUOA 4JLHA 5SZTA 1WNSA 3VQ9A 3ZSRA 1NK7A 1VSIA 3OYLA 2QKBA 4CGDA 4KTQA 3CYMA 4CF2A 1NKBA 1WSJA 4IDKA 3I8DA 2P51A 4B9LA 1XI1A 1U4BA 1WAFA 1SL2A 3ZT4A 1TKXA 1VSEA 1JXBA 1I39A 1L3SA 1F21A 3AV9A 1NK8A 1KLMA 4IG3A 4LH5A 4FJGA 4M3RA 1NJWA 1NKCA 4FJIA 4M3WA 1TAQA 4HHTA 4HUGA 4DLEA 3VQBA 3RMAA 3ZT0A 4HCCA 4FZZA 4GW6A 4KHUA 3AO5A 4KI4A 4PQUA 4Y1DA 2YHAA 3O3HA 3LP1A 3SZ2A 1J53A 4NCAA 4ELUA 2RF2A 3IRXA 4FK2A 3OYHA 3RRGA 5J2NA 1C0TA 3LP0A 1CXUA 1HMVA 2BE2A 3DM2A 3OYDA 4JRPA 4DFMA 1TK5A 1BQMA 4CF8A 3MEGA 4BE0A 4DQQA 4CJKA 5DMRA 4E7HA 3RRHA 2G8WA 3M8SA 3AA3A 4GVMA 4EP5A 4CJ5A 3OYMA 4JRQA 3SQ4A 3NH0A 4CEZA 3SUQA 1GOAA 1VSDA 2E6MA 2Z1HA 2FC0A 3L3UA 4AH9A 2VG5A 3K5OA 3T3FA 3S3NA 3CFRA 1RT6A 2Z1IA 2D0AA 2IGIA 2JGUA 3KKRA 3NGYA 3JSMA 3K5LA 4KHSA 2E4LA 4CHPA 2HHSA 2HNYA 2KTQA 1G15A 1L3TA 4FLWA 4FJKA 4EP4A 3V1RA 2RPIA 3PUFA 4DTUA 3SUPA 1RILA 1BL3A 3THVA 1YT3A 4FK0A 3WNEA 1S1XA 3NF8A 5C25A 1NK6A 2G8KA 2WONA 4O0JA 1IKWA 4OJRA 4FM0A 1LV5A 4B9SA 4CF1A 1TK8A 2HNZA 3OY9A 3TAQA 1S9GA 2OPPA 4CEAA 1EX4A 3DLKA 2FBXA 4KRFA 3PX6A 3QLHA 4DTOA 1RT3A 4LSLA 5C24A 2DY4A 4OLAA 5K14A 3L2UA 4FLUA 3NGZA 1JKHA 4E1MA 1SL0A 4C8KA 4F2RA 4KHNA 4NCBA 3DLRA 3AVNA 4BDZA 4LY7A 2ITGA 3C6TA 3DMJA 3B6PA 2DFFA 3V81A 4E19A 2KW4A 3M8QA 4I9LA 3LWMA 3V6DA 2P5OA 2Z1GA 2X6SA 4W5QA 1UA1A 1Q9XA 4FJLA 3QEWA 3HYFA 4B8AB 3PX0A 4RG8A 1GOCA 4DG1A 4FJHA 4E1NA 1HNIA 2OPSA 4TSXA 4E7JA 3PY8A 4B9UA 3QEPA 1C0MA 3MXIA 2OYQA 3AO4A 4KAZA 2HVHA 4IBNA 5HRSA 3VQDA 1X9WA 4KO0A 1IG9A 1ZBLA 3LDSA 3UIQA 1W0HA 3K2PA 4KB1A 1RDBA 5T7BA 3OVNA 1BCMA 1D9FA 2HHTA 1BIUA 4Z4GA 3PV8A 2YNGA 4Y1CA 1FKPA 1BI4A 1S1WA 1KFSA 5CYMA 1HQEA 3SQ1A 1HYSA 3KLIA 1TVRA 5CZ2A 3HT3A 2JLEA 3CFPA 1S1TA 4C8MA 3TAEA 2ZE2A 1U47A 1RTDA 4FJNA 4M3ZA 3OYAA 1VRTA 3AVCA 4OKKA 1RBVA 3QO9A 3WNFA 3QEVA 1D8YA 2QXFA 4H8KA 3KD1E 1L3UA 2F96A 3P83D 3PO4A 3DI6A 3RR8A 2F8SA 1CLQA 4AHUA 1ASVA 3ZSYA 3NE6A 4HCBA 4ELVA 1QSSA 4XIUA 1JLEA 1ZBFA 3L2QA 1BIZA 4KPYA 4DS5A 3U3GA 2PZSA 4OVLA 4DSEA 1QE1A 4DFJA 4MQ3A 4J2EA 4CJFA 5CY4A 3ZCMA 5KI6A 4KV8A 2KFZA 1UWBA 2X78A 4H4OA 4ZTJA 2YNIA 2R7YA 1I3AA 3C95A 4I2QA 4KTWA 4M41A 2IS3A 3DRSA 3HPGA 2XY6A 3MXJA 2KFNA 1U49A 3AVLA 3NFAA 4DQIA 4E7IA 1YVUA 3TWHA 3EZ5A 4KB0A 4F8RA 3AA4A 1HYZA 5DK5A 1L5UA 4LH4A 5CYQA 4FCYA 1KVCA 1TKZA 4UQGA 1HPZA 4DTNA 3TAMA 3AO2A 2VG6A 3V1QA 4QOZB 1MU2A 3O3GA 1FKOA 3S9HA 4IKFA 4DU1A 4I7FA 5HP1A 1T03A 3VQ5A 3MEEA 4M3UA 1C1AA 4DTJA 3HVRA 4CJTA 4DSFA 3HPOA 1JLAA 1RT5A 4OKEA 1RBUA 4HUEA 3WNHA 4FLXA 3P5JA 3LAMA 5JS2A 3F73A 4DTXA 3TR8A 4ELTA 4DU3A 3SQ2A 4DWIA 4Z4FA 4CHNA 3IS9A 1HQUA 1U45A 4CF0A 3AVMA 3VQ4A 1EKEA 3OYNA 4K8XA 3F9KA 3TAFA 2Q3SA 3QINA 4DF8A 3NCIA 1UA0A 3HPHA 1C6VA 3OS2A 4O44A 3QEXA 4ZTFA 1ASWA 4FJ8A 2HVIA 3BDPA 1NOZA 1S9EA 3L2RA 4FLVA 2B4JA 2EHGA 3V1OA 4CERA 4RW7A 1QS4A 4RW6A 3AA5X 1S5JA 3OYEA 1BQNA 3VQQA 4ICLA 3LP3A 3G10A 3NF9A 1X1PA 3KTQA 4OPJA 4EZ6A 2I5JA 3VN5A 1UAXA 1FXXA 4KKOA 4Z4HA 1NKEA 1J5OA 4NYNA 1RBRA 4CIGA 4DTSA 2IAJA 3SPYA 1DLOA 1HJRA 1RDDA 3AO1A 1HNVA 3KK1A 3P1GA 4Z4EA 3AVHA 3C6UA 2XY8A 3QIPA 1KVBA 1LWFA 4PA1A 5J2QA 1WSEA 1KRPA 1T7PA 2WOMA 1WSHA 2FBYA 3KJVA 3SUOA 3CM6A 3LPUA 1HYVA 1JLBA 1TL1A 5FDLA 4CIFA 4J2DA 1T8EA 1YTUA 1RT2A 2YV0X 3I0SA 3K58A 5HRRA 4AILC 2VWJA 1SUQA 5KRSA 3LZJA 4C8NA 2BDPA 1IKYA 4F2SA 3RMDA 4Z4IA 2DFHA 1VSKA 1RTHA 3DYAA 5I3UA 3E01A 2XY7A 3SPZA 4FXDA 1D9DA 1S6QA 3HSTB 4E7LA 4PY5A 2FBVA 4OPKA 3M8PA 1REVA 4DSIA 4MFBA 3OYIA 1ZBUA 3KK3A 4ID1A 4FLYA 5HBMA 4OGEA 1KSPA 4CJSA 3DOKA 2D0CA 2ZQBA 1JLCA 4DTMA 1Z26A 3K59A 2RKIA 4CJUA 5J2MA 3T19A 4CGFA 4HVJA 4CFCA 4C8OA 3CQ8A 3V4IA 3QERA 1IKVA 2LSNA 2OPQA 2VG7A 4W5RA 2X74A 3AVFA 3V9UA 3U6FA 1ASUA 1WSGA 1N6QA 3DLBA 4KHQA 4AHCA 4BACA 3DRRA 2QK9A 4IFYA 4IG0A 3S3MA 4Q5VA 4FJ9A 3VA0A 2HHUA 3OYKA 4BWJA 4NYFA 4DTPA 2XRIA 4CEFA 3S3OA 2FBTA 3ALYA 4CGHA 1LAVA 5KRTA 1A5XA 4QAGA 3VQCA 2IC3A 2GBZA 4QCLA 4M3YA 4CK2A 5E41A 4CCHA 4N47A 1UOCA 3LZIA 4FJXA 1NJZA 1RTJA 3ZSOA 2RN2A 3OYCA 4EZ9A 4FJJA 2Z1JA 4H4MA 3VQ7A 3ZSWA 4O0IA 3HXMA 3B6OA 4CHZA 3V9ZA 2Y1IA 4FJMA 4LD0A 4M42A 3AVJA 4RW4A 3L2WA 2OZSA 3AVBA 3KLFA 3HK2A 3WNGA 2HB5A 3HO1A 4W5OA 4DS4A 3OYGA 3CM5A 1FK9A 1QHTA 2VWKA 4I2PA 1K6YA 4N56A 1ZBIA 2P1JA 3KIOA 2HMIA 2D0BA 3LAKA 4DSLA 1C1BA 4OGCA 4O55A 3M8RA 4BDPA 1BI4B 1VSMA 4FW2A 4ID5A 1LWEA 2ATQA 2X6NA 1KCFA 3SYZA 1U48A 3ZT2A 4DTRA 2QKKA 2G8UA 1DTTA 3RR7A 3QEIA 4CEBA 3TI0A 2OZMA 3NAEA 4F4KA 4DF4A 1Q9YA 4FYDA 3CFOA 3K5MA 4FJ7A 4OLBA 3TABA 3ZSXA 1VSLA 4DFPA 4KHWA 1RBTA 3NGIA 1SL1A 3OJUA 1QTMA 4AHTA 3VQ6A 4M45A 4CGIA 5SWMA 4FZYA 5JS1A 2G8FA 3U3YA 1WSIA 1Z25A 1LW2A 2PY5A 1WSFA 3VQ8A 1EP4A 1TV6A 4BWMA 3NH1A 3EY1A 3PX4A 4CGGA 3KKSA 1JLQA 3KK2A 1O1WA 5FROA 4C8LA 3VA3A 4BE1A 3QESA 4DQSA 4DLGA 1L3VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2CH6A 3JYTA 4IO8A 3WXKA 4ISEA 3TTFA 2IOCA 1WAJA 4W5NA 3ITHA 1LAWA 1RT7A 4R5PA 4GMJB 2VYPA 3R8EA 4BR4A 4YFUA 3O3FA 1HJOA 3LALA 4F9OA 2NZTA 5EU7A 3HJFA 3DRPA 4DU4A 2F8TA 3HI0A 3O4NA 1A5VA 3DXKB 1SKSA 1A5WA 4AHSA 4A5AA 1SAZA 4Z0UA 2A42A 4CJ4A 3V9SA 1BO5O 4CHYA 3TPQA 2EWSA 1X9JA 3IMXA 4KI6A 1C0GA 2O8DA 1Q8IA 3ULDA 1Y97A 3EO3A 4A57A 3CC2N 4KFBA 3L8BA 1HX1A 4ZHRA 4KHYA 4IJNA 1ZYQA 4JEPA 4EAHD 1EWRA 1VSHA 5D3GA 4CZIA 2CGJA 3IG1A 5HROA 3WEEA 1XWLA 3NBPA 3MEDA 4CJRA 2O4IA 3TU5A 4LSNA 4AF1A 3K9JA 1V4TA 3DOLA 4J2BA 1VSFA 2P9PB 1IG8A 3IUCA 3AVIA 3UE5A 3OYFA 1JL2A 1IH7A 2HNDA 3SMSA 4YY3K 2IDOA 4B08A 4JKFA 4BQLA 4CZMA 5ADXH 4CBUA 2V7ZA 4BRNA 3RTVA 3LL3A 4PWDA 2AJQA 4L8RB 3BGRA 4LF4K 4B3TK 4EHTA 3VTHA 3RMBA 4MLHA 1KFDA 1XHXA 3CJAA 3K5NA 2VWBA 3FZKA 5J2PA 4CEOA 1TKTA 2YKMA 3K9KA 1KAZA 4WQ5C 4CJ7A 3UKUB 1JCGA 2P9NA 1Q86O 5CZ1A 3AAPA 3I0RA 3DXMA 1CZ9A 1XC3A 4OX9K 2EX3A 1KLNA 2O8FB 2CGLA 3MCAB 4CHQA 4FW1A 3ZX2A 3MK6A 4AHRA 3ZEUB 5FRNA 2YJEA 5GAHP 2E88A 4E89A 4HTUA 4IOCL 3CMAN 4H0VB 4CEDA 4FK4A 5I42A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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