The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
b'KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
28
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2VQF K; 4NXM K; 4X65 K; 4JI3 K; 1IBK K; 1HNZ K; 5LMN K; 1IBM K; 5FLX O; 5A2Q O; 1XNQ K; 4DR7 K; 4DV7 K; 2UXC K; 5BR8 K; 1HR0 K; 4AQY K; 4KHP K; 4JI8 K; 4DV3 K; 2UXB K; 3T1H K; 4K0K K; 4DV0 K; 2UXD K; 4X64 K; 4DR3 K; 4LF4 K; 4JI7 K; 3JAM O; 4B3T K; 4JV5 K; 5IT9 O; 4LF5 K; 2UU9 K; 4YY3 K; 4LFB K; 4LF6 K; 4JI6 K; 1HNX K; 2HHH K; 4DUY K; 2UUB K; 5IWA K; 4DR2 K; 2UUA K; 3J7A P; 3J81 O; 3T1Y K; 4LF9 K; 4B3S K; 3J80 O; 4X66 K; 4CVN E; 1I94 K; 4X62 K; 1XNR K; 4GKK K; 2UUC K; 4DV6 K; 4JI4 K; 4JI5 K; 4B3R K; 1N34 K; 4DR4 K; 2E5L K; 4JI1 K; 5AJ3 K; 4JI2 K; 1N36 K; 4DUZ K; 4JI0 K; 4LFC K; 1N33 K; 4B3M K; 1XMO K; 1XMQ K; 2F4V K; 4DR6 K; 4V19 S; 4DR1 K; 4NXN K; 1IBL K; 4LFA K; 1N32 K; 4YHH K; 4GKJ K; 4LF7 K; 4OX9 K; 4LF8 K; 4DV1 K; 1HNW K; 4DR5 K; 5LMU K; 4DV2 K; 2ZM6 K; 4DV5 K; 4DV4 K; 4CW7 B; 1J5E K; 5LL6 Z; 3J7Y P; 2VQE K; 3OTO K; 1FJG K; 4JYA K; #chains in the Genus database with same CATH topology 1HKG A; 5AQO A; 3U4L A; 3KWG A; 1KAY A; 4CJR A; 4NLC A; 3AVB A; 4JKA A; 3OYE A; 2D0C A; 3AO1 A; 4YOR A; 1CZ9 A; 4CJQ A; 5BRH A; 1QZ5 A; 1Q7Y O; 1EX4 A; 1LOT B; 3ZYY X; 2OAN A; 3I0R A; 4CGD A; 3CJC A; 3R6M A; 2UXC K; 4CK1 A; 4BRD A; 3ZX0 A; 4ELT A; 4YOV A; 4EZ9 A; 2O8F B; 3LZJ A; 1VQL N; 1HPM A; 1K73 O; 1Q8I A; 5BRE A; 2QXF A; 1TYQ B; 4DTP A; 2QW9 A; 4CEZ A; 3MED A; 1TK8 A; 4JKG B; 1K8K B; 2NNW A; 3MXM A; 3JXU A; 1OVQ A; 4CD3 A; 3H1V X; 1CZB A; 3C6U A; 3OS0 A; 3PO5 A; 4PUO A; 3ALY A; 1IJJ A; 1XNR K; 5J1E A; 5EXW A; 3OYF A; 3L3V A; 3HRG A; 4GKK K; 4CF0 A; 1XC3 A; 3O8M A; 3KLH A; 3MWT A; 3C7N A; 3SPY A; 3LAL A; 2F8T A; 2KLA A; 1FK9 A; 2ZQB A; 4JI2 K; 4B8A B; 3SMS A; 3TAP A; 1N36 K; 3E01 A; 1GLE G; 3L0Q A; 3TTD A; 2KFZ A; 3QFU A; 4CJU A; 4E1M A; 4AHC A; 4RWT A; 3LPT A; 1RBU A; 4XH1 A; 3KLF A; 3SUP A; 4HUG A; 2E2N A; 2DY4 A; 1NKE A; 1LW2 A; 4BDP A; 1LWE A; 3U8X A; 3PIO L; 1L3U A; 3K9J A; 1ASU A; 2BE2 A; 3EEQ A; 5C24 A; 3P31 A; 1NGE A; 2VWJ A; 3VQ8 A; 2HMP A; 3O6W A; 4DTR A; 3NH1 A; 3R8E A; 2O8C A; 1B9F A; 1RDU A; 1VSK A; 3WXI A; 1XHZ A; 3THY B; 4QS8 A; 4B9T A; 4RG8 A; 3TSQ A; 2DFF A; 1UA0 A; 1KAZ A; 2P9I A; 4E7K A; 3P5J A; 5FDL A; 3ULE A; 1ATS A; 5BR8 K; 1HR0 K; 3WXK A; 2HF3 A; 2GBZ A; 3QEW A; 1RDA A; 2FF3 B; 4HTL A; 2BDP A; 3VQ4 A; 3C65 A; 3KK2 A; 1ATR A; 1NJW A; 4HUE A; 1BG3 A; 4DR3 K; 3CER A; 1IH7 A; 2RN2 A; 4BRG A; 4NCB A; 2YNI A; 1VQ9 N; 5AQW A; 3VEV A; 4O4G A; 1D9D A; 4DFK A; 2JWK A; 2RE2 A; 3C6A A; 1HKC A; 1XWL A; 3HXM A; 3SAG A; 4BRH A; 3WNF A; 5LY3 A; 1JL2 A; 2ZJR L; 1YAG A; 4FOE A; 3ZX2 A; 3WEE A; 3ZET A; 1WOQ A; 3BP8 A; 3SYZ A; 4M3X A; 4K8X A; 4CZJ A; 1N34 K; 4KH6 A; 4O5F A; 3RSE A; 1CXQ A; 4PQU A; 1VSD A; 2E5L K; 4IDH A; 3A5O C; 4FWM A; 2WTU A; 2CH6 A; 4Z4C A; 1BIU A; 2E2O A; 4OPH A; 2OA8 A; 1XI1 A; 2O8D A; 4B1W B; 3VTI A; 2QM1 A; 1HYS A; 4FL9 A; 4CJ3 A; 5AQI A; 1WBD A; 1SQK A; 4FJX A; 2CH5 A; 2XY8 A; 3ZSO A; 1OH6 A; 3CJ1 A; 3CCL N; 1ATN A; 4CEC A; 2NRV A; 2D0A A; 4LSL A; 3SUQ A; 4LF7 K; 4OLA A; 2HBJ A; 3LP1 A; 2YHX A; 4CFB A; 4ILJ A; 3V9U A; 5CR4 A; 3LWM A; 5ADX H; 2ASM A; 2HHX A; 5LMU K; 4CJS A; 3ID6 A; 1YXQ A; 3OYA A; 1RDD A; 5J2M A; 4OO1 J; 2VG6 A; 4CJP A; 1WAJ A; 4H0O A; 4YOW A; 1U4B A; 4MDB A; 1DGK N; 1JLC A; 3VQC A; 4BG8 A; 3VEX A; 3VQB A; 1F21 A; 4WCE L; 2IGI A; 1XC9 A; 5LMN K; 2D0O A; 5I42 A; 1WN7 A; 5AFU A; 5KGW A; 4JD2 B; 1YJW N; 1JLB A; 1HKB A; 4CHP A; 5FRM A; 1X9M A; 2JGU A; 4DFP A; 3RMB A; 4B1U B; 2VGM A; 3EZW A; 3NBP A; 3S3N A; 3KD1 E; 3HM8 A; 4L3Q A; 2YNH A; 3QB0 A; 4W5R A; 2HHV A; 4U67 L; 2D5R A; 4B9V A; 5TKY A; 4DU4 A; 5AQS A; 1RBT A; 2XHB A; 2HHQ A; 3O9Q A; 1KRP A; 1TUY A; 4DCH A; 2HHU A; 4RW7 A; 4MO4 A; 1TKX A; 4CEQ A; 3THX A; 1W9H A; 1KCF A; 5AQN A; 5KRS A; 4U7B A; 3ZLJ A; 4H8K A; 5BPM A; 1RDC A; 1J9A A; 3CMA N; 3KTQ A; 1QHT A; 4M3Z A; 2OTL N; 3T3F A; 1G15 A; 5GAD P; 1ILY A; 1L5U A; 4M3T A; 3DAW A; 4CFC A; 4IFY A; 3KKS A; 3BDP A; 3H1Q A; 5E41 A; 4Q0B A; 3B8A X; 3OHR A; 4OJR A; 5FPM A; 4PL7 A; 3P38 A; 3SQ0 A; 4IZ9 A; 4DR6 K; 2QEX N; 3LAK A; 3MN7 A; 2FSJ A; 2O4I A; 2E8A A; 2ITM A; 4M3W A; 4FJH A; 3LPU A; 4DV1 K; 1LAV A; 4CBU A; 4UY8 O; 5KPT A; 2P51 A; 3V1R A; 1FXX A; 4DV5 K; 1RTH A; 2VYP A; 3MDQ A; 1D8Y A; 2JLE A; 3R9P A; 3WNG A; 4E3S A; 4H5R A; 3C6H A; 1O13 A; 4BRI A; 3OYL A; 4NYF A; 4CHO A; 1FJG K; 1YIT N; 1VSE A; 3F2K A; 3RMC A; 5JVG L; 4NXM K; 4QAG A; 4CED A; 4Y0W A; 2EHG A; 3V4I A; 4MLE A; 3C7N B; 4KBO A; 3M5R A; 3K5N A; 1HNZ K; 1BI4 A; 3AVJ A; 1DKG D; 1QVF M; 4JKE A; 2YHA A; 4A2A A; 3D2E A; 5FLX O; 3W3D A; 2D4W A; 4PKG A; 2YHY A; 3ZT1 A; 2ASO A; 2FSN A; 3VA3 A; 3CCU N; 3TAR A; 1P8Z A; 2P9P A; 4CF2 A; 3HP6 A; 1I39 A; 3O5B A; 4GV6 A; 2Q1N A; 3FE1 A; 4JI8 K; 1JL1 A; 4H4M A; 4FJL A; 4FWO A; 4CEF A; 4K0K K; 5AQZ A; 2QWM A; 4KB1 A; 3AVG A; 3SPZ A; 2VGN A; 2UU9 K; 1LWF A; 3SCX A; 4JI6 K; 4C8L A; 3VA0 A; 3IAY A; 4BE2 A; 3CQX A; 3VOV A; 3QNO A; 4YNQ A; 2HNZ A; 4PY5 A; 4PL8 A; 3DM2 A; 5H1S Q; 5C12 A; 2YX6 A; 2HHT A; 3KKR A; 2O8C B; 4WFN L; 3TAE A; 2OCE A; 2UUC K; 4DV6 K; 3U9Z A; 4N5S A; 2HBK A; 2GWK A; 3K5L A; 3P83 D; 4B3O A; 1C0M A; 1G99 A; 5KQD A; 4W5T A; 2B4J A; 3ULE B; 1YF5 L; 1VK0 A; 3H3O B; 5KGX A; 4CJV A; 3CQ8 A; 3MX5 A; 1YT3 A; 4BRK A; 5AQR A; 1RT4 A; 4FK2 A; 1NGA A; 3N4Q A; 2PY5 A; 3DLG A; 4DTO A; 5F0X A; 4CK2 A; 4B1X B; 2IS3 A; 3HPG A; 1SKR A; 4BC5 A; 2LSN A; 3HI0 A; 1QTM A; 3QIP A; 1NGD A; 4N41 A; 4BWM A; 1C0T A; 4FLZ A; 4FLY A; 1RGI A; 2P9K B; 3TI0 A; 3RWU A; 4H0V B; 2KFN A; 1Y97 A; 2GEM A; 4FPA A; 3I55 N; 3J7Y P; 1TAU A; 4H4O A; 2RPI A; 4CJT A; 3AO4 A; 2I7P A; 1T6D A; 3OTO K; 4DTJ A; 3AA4 A; 4IJA A; 3O4Q A; 2VQF K; 2KHO A; 3ITH A; 3WNE A; 4MDA A; 3QDK A; 3NGY A; 5HL7 L; 2O8D B; 1HYV A; 3VPZ A; 2A6A A; 3ZCM A; 3TR8 A; 1S5J A; 2FSK A; 3KLI A; 4AQY K; 2ZGY A; 2G8W A; 4W5Q A; 3M6G A; 1T44 A; 3VGL A; 4BRE A; 1D9F A; 4JI7 K; 4HWI A; 2W6K A; 3M1F A; 3OYD A; 4OGE A; 4BE1 A; 4N47 A; 2O4G A; 3PIP L; 5AQV A; 1P90 A; 3CPW M; 2P9N A; 2Q2R A; 4AM6 A; 3BF3 A; 2GEL A; 3AVA A; 4CGI A; 3CC7 N; 1IG8 A; 4FSV A; 1VSM A; 3HPH A; 1JXE A; 5SWM A; 4ISG A; 2O8E A; 3GG4 A; 1VRT A; 1KLM A; 3EKU A; 4QCL A; 4WQ4 C; 2FBX A; 4M7X A; 2A3Z A; 2OPR A; 3QIO A; 2JWL A; 5M1P A; 3U3G A; 4ELV A; 5DM7 L; 2VG7 A; 1RDB A; 4AH9 A; 3PV8 A; 4IOA L; 3VF2 A; 5M1Q A; 4FWP A; 4TSX A; 4IEI A; 4DB3 A; 3VER A; 4CF9 A; 2NRW A; 4DTX A; 1RT7 A; 1SS6 A; 3NAE A; 4FCY A; 3AV9 A; 2ITG A; 2PYJ A; 4DSK A; 4OX9 K; 3BF1 A; 4WQ4 A; 1JLG A; 1HJR A; 1RT1 A; 4LF8 K; 1K6Y A; 4BR5 A; 3HJF A; 3FZL A; 3NVM A; 3KJV A; 3PY8 A; 1Z05 A; 3TPQ A; 5CE3 A; 4FK0 A; 4WYB A; 3PSF A; 2QWL A; 3DLK A; 3CC2 N; 1U2V B; 3V9W A; 3AGR A; 1R59 O; 4JRQ A; 4BRF A; 1QS4 A; 2HBM A; 1RT5 A; 4JNE A; 4GV9 A; 4IG0 A; 3V9S A; 2E4L A; 1L3S A; 1HYZ A; 1A5V A; 4CZI A; 5GIP A; 3SJJ A; 5K14 A; 2VWB A; 4CZL A; 3CM6 A; 5KPZ A; 4DR7 K; 4Z4G A; 4H0P A; 3SZ2 A; 1HLU A; 3FZH A; 2XY7 A; 2Q97 A; 3ULD A; 1Z26 A; 5JMV A; 5CYM A; 4KHQ A; 4FJ7 A; 5AQX A; 1YI2 N; 2YKM A; 4BRQ A; 4FOI A; 3EKS A; 1JLF A; 3DRR A; 4B3T K; 4IEE A; 1JKH A; 1BA1 A; 2J4R A; 3AAQ A; 3F9K A; 1SAZ A; 4K42 A; 4CZF A; 4E1J A; 3THW B; 4J2D A; 3QLH A; 1HUX A; 1S22 A; 4YY3 K; 1JCG A; 2QWN A; 4JKB A; 1BIS A; 4B9N A; 3C6T A; 4H5W A; 4MO5 A; 3U3Y A; 3C95 A; 2CGL A; 1BL3 A; 4IOX A; 3UE5 A; 4ID5 A; 1U48 A; 4RW8 A; 3HPO A; 1NG9 A; 3QO9 A; 4ICL A; 4JKD A; 3U9D A; 4C23 A; 1K8A O; 4FWN A; 1BIZ A; 1GLD G; 3M8P A; 4J8F A; 5AQP A; 3T69 A; 1X3N A; 2WBN A; 3DOL A; 1BI4 B; 1ESV A; 4WQ5 C; 3PUF A; 3QIN A; 3D2E B; 3GDQ A; 3LDN A; 4Z4E A; 1RT3 A; 5AJ3 K; 1T7P A; 1DEJ A; 2QWR A; 4RW6 A; 4BGB A; 3VQ6 A; 2P9P B; 3AVM A; 4KH4 A; 4B3M K; 3UKR A; 1BHL A; 4N76 A; 1KFD A; 4M45 A; 3IFR A; 4WQ5 A; 4BVO A; 4O8U A; 3LDL A; 1GLF O; 4CJK A; 2E6M A; 4J2B A; 1WUA A; 3M8S A; 2XY6 A; 4CJL A; 2QA4 N; 1KSP A; 3P1G A; 1VSL A; 1HNW K; 3KIO A; 2E2Q A; 2W42 A; 2QWQ A; 3LZI A; 3O9S A; 3G0Z A; 4K43 A; 3VN5 A; 4OPJ A; 3CCE N; 1HRH A; 3W0L A; 3HBT A; 3CCQ N; 1VAZ A; 2Y1J A; 4NCG A; 4ZTJ A; 2DFH A; 5EOY A; 4DTS A; 4FW2 A; 3C0B A; 4KHN A; 1H1V A; 2G8K A; 4KHW A; 3OS2 A; 3AAR A; 3QBW A; 2P5G A; 1NWK A; 3N4P A; 3D7E O; 4Y1C A; 3LDP A; 2B5J A; 1BQN A; 1RFQ A; 1Y64 A; 4PKH A; 5HOO A; 1HNV A; 5DMR A; 3KK3 A; 1ZYQ A; 3RVC A; 1S1T A; 1XUP O; 1TKD A; 4MQ3 A; 3O1W A; 2CGK A; 5AQM A; 3H3N O; 3K5M A; 2IVO A; 4A5A A; 4NLB A; 3ZX3 A; 2OPS A; 4IWV A; 1SKW A; 3OYI A; 4H0Y B; 4K41 A; 4CIG A; 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1RDW X; 3HOS A; 3ZSV A; 3AVK A; 2ASP A; 1WSE A; 4PA1 A; 4DV0 K; 3V6D A; 2UXD K; 4E0D A; 2IC3 A; 3JAM O; 4OKJ A; 2I5J A; 1LWC A; 3O4N A; 4ELU A; 3ASM A; 4HCC A; 3NCI A; 1Z25 A; 3WXJ A; 1IKW A; 4OPK A; 4IJN A; 4C1N I; 1IV0 A; 3S9H A; 4DF8 A; 3F9M A; 1YJ9 N; 3O3H A; 1M90 O; 3MCP A; 3PX4 A; 3HSC A; 4KTZ A; 3J81 O; 4O44 A; 1TVR A; 1ZBF A; 3CM5 A; 2G8U A; 1T8E A; 3JSM A; 3K0S A; 4H03 B; 3HTV A; 1M1K O; 3V9X A; 4RW4 A; 2GWJ A; 2WFB A; 3I8B A; 1S9G A; 5MLC Q; 3TAG A; 1NJZ A; 5GAG P; 5E26 A; 3FZK A; 1VSH A; 4AHV A; 2F9W A; 1SV5 A; 2PAV A; 1U2V A; 4DR1 K; 2Z1H A; 4F8R A; 4KHS A; 4FM0 A; 2NRX A; 1NKB A; 4FM2 A; 4BRM A; 1U04 A; 5KRT A; 1BQM A; 1WBB A; 3SJH A; 1U6Z A; 3NF6 A; 2IIR A; 4YOY A; 5HP1 A; 3MK6 A; 1X9J A; 2CGJ A; 5LJV A; 4H0X B; 5LL6 Z; 4FM1 A; 1O1W A; 5ADX A; 3FFI A; 1KQS M; 3SUN A; 2KQ2 A; 4BRP A; 3F5T A; 1OH7 A; 2PZS A; 4BC2 A; 3GBT A; 2HOE A; 5ELZ A; 3RRG A; 4XH5 A; 3VQE A; 1KVB A; 2FBV A; 3OYK A; 3ZSQ A; 1TAQ A; 3NMU A; 4DHY A; 1WAF A; 1WB9 A; 5C25 A; 4JK8 A; 3ZT2 A; 1TK0 A; 4HCB A; 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