The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| total genus |
28
|
| structure length |
119
|
| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2UUC K; 3T1H K; 5LMN K; 4NXM K; 4DV2 K; 2UU9 K; 4YY3 K; 4LF5 K; 1XMO K; 5LL6 Z; 4B3M K; 5A2Q O; 3OTO K; 1I94 K; 4DR1 K; 3T1Y K; 2UXD K; 3J7Y P; 1XNQ K; 1IBM K; 5BR8 K; 1HNX K; 4LF9 K; 4KHP K; 2UXB K; 3JAM O; 2UXC K; 4DR5 K; 4X66 K; 4JI0 K; 4DV7 K; 4DV6 K; 5LMU K; 4X65 K; 4CVN E; 1J5E K; 4DR7 K; 4DV4 K; 4LFC K; 3J7A P; 1N32 K; 3J80 O; 4DV3 K; 4DR6 K; 4JI4 K; 4V19 S; 4LF8 K; 4YHH K; 1IBL K; 2ZM6 K; 2E5L K; 4LF7 K; 4JV5 K; 2VQF K; 4LF6 K; 3J81 O; 4X64 K; 2UUA K; 1XMQ K; 4B3S K; 4DUZ K; 1HNZ K; 4JI7 K; 4DUY K; 1IBK K; 1N33 K; 4JI1 K; 1HNW K; 4JI6 K; 4JI8 K; 4JI5 K; 1HR0 K; 5AJ3 K; 4LFA K; 2UUB K; 4GKK K; 4OX9 K; 1FJG K; 1N36 K; 4LF4 K; 5IT9 O; 4LFB K; 5IWA K; 4NXN K; 4JI2 K; 4K0K K; 4X62 K; 4GKJ K; 4DV5 K; 1XNR K; 4DV0 K; 2F4V K; 5FLX O; 4JI3 K; 4DR2 K; 4JYA K; 4DV1 K; 4DR3 K; 4AQY K; 2HHH K; 4DR4 K; 4B3T K; 4B3R K; 4CW7 B; 1N34 K; 2VQE K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4JKG B; 4BY9 C; 1GOC A; 3IMX A; 5HRP A; 3O4N A; 2GUI A; 3SV4 A; 2P9S B; 1VQ8 N; 1IBM K; 3HP9 A; 5KQD A; 1NOY A; 5JVH L; 2Q0R A; 4PKI A; 4FWK A; 5J2P A; 3ALY A; 3C6H A; 2QXF A; 3EE8 A; 4BQZ A; 3DXK B; 3VTI A; 3ZT1 A; 1N6Q A; 3SYZ A; 1J5E K; 5B8H A; 3U9D A; 3ZSY A; 2XY8 A; 3FGU A; 4DR6 K; 4F2R A; 1EO1 A; 4ILH A; 4Z94 A; 1YJN N; 4EZ9 A; 1KD1 O; 3SI6 A; 2G8K A; 1BGX T; 3OYF A; 2E1Y A; 4KH6 A; 4I6M A; 3IKM A; 3NFA A; 5BPL A; 2YHY A; 2JLE A; 1GOA A; 3MN5 A; 3CCR N; 3VGK A; 1CZB A; 4IFV A; 4CEQ A; 1KFD A; 5JVG L; 4DQR A; 4H8K A; 3P39 A; 1SL2 A; 2FC0 A; 1HR0 K; 1TL3 A; 2A5X A; 2VG6 A; 3BZC A; 1RDB A; 1UWB A; 4BC3 A; 2FSN A; 4ISG A; 4AHS A; 3IS9 A; 1A5V A; 4CZH A; 3NF8 A; 3VF4 A; 4JRQ A; 3PIO L; 1XHX A; 3VQD A; 3T3F A; 1NNE A; 3L2V A; 2QWP A; 4DV5 K; 1EQY A; 3A2F A; 2F4V K; 4JI3 K; 4AHC A; 3AVB A; 2YNH A; 4AQY K; 1TL1 A; 4GV9 A; 4CZK A; 1YTU A; 5J2M A; 1QQN A; 5AQS A; 3D6R A; 3VEZ A; 4BGA A; 1QZ6 A; 2UUC K; 1NGJ A; 1Q18 A; 2ZGY A; 3TPQ A; 2NRV A; 5LMN K; 5I42 A; 2D4W A; 4KB0 A; 3QNN A; 3O1B A; 4AM6 A; 2KLA A; 4ICL A; 5AQL A; 2W40 A; 4EHU A; 5JLF A; 1LAV A; 4CGJ A; 4IDK A; 1XNQ K; 3TTD A; 3ENO A; 1TKT A; 4CED A; 1FW6 A; 4HUF A; 2OAN A; 5BPN A; 1RDD A; 4JI0 K; 3TTF A; 1VQ4 N; 2PFU A; 4CHP A; 3OYC A; 4JKA A; 1VRT A; 4AHV A; 4ELT A; 4DSL A; 4I2Q A; 4DR7 K; 4JKG A; 1W9H A; 2EWS A; 1N32 K; 2HHS A; 3AGK A; 3DLB A; 3ZSQ A; 4E7L A; 1EWQ A; 4CZG A; 2IVO A; 3QIO A; 4IEI A; 3V1O A; 1KLM A; 4IKF A; 1UA1 A; 1LAW A; 3WT0 A; 1BWF O; 3ISN C; 1EKE A; 4FZX C; 4C23 A; 4CEB A; 1HYS A; 2G8H A; 5AR0 A; 3O9Q A; 4CD1 A; 1FXX A; 3C7N A; 3ULE A; 1K8A O; 1P90 A; 3E66 A; 4C8N A; 4HUG A; 1LWF A; 3I8D A; 2XY5 A; 3LDO A; 1BA0 A; 2O8B A; 2V7Z A; 4GV3 A; 3QIN A; 1RT4 A; 3F73 A; 1JLB A; 3SAH A; 2RF2 A; 2I7N A; 5I9E B; 3SPY A; 2KW4 A; 4A5B A; 4CI6 A; 4H0O A; 1NK4 A; 1J5O A; 1N36 K; 3MXM A; 3DLH A; 3HJF A; 1B9F A; 4M3X A; 1OH5 A; 1TUU A; 3HPO A; 4K0K K; 2EHG A; 5JS2 A; 4CIF A; 3OYJ A; 3F9M A; 3THY B; 3M8S A; 4ELU A; 5J1E A; 2HBL A; 1XNR K; 4FVU A; 3BDP A; 4FLW A; 1QVF M; 1VRU A; 4DR3 K; 4DR4 K; 3VEN A; 2JGU A; 1NK5 A; 3UKU A; 3FZM A; 4WFB L; 3NAE A; 2ETJ A; 3OY9 A; 2V52 B; 4CK1 A; 1MWM A; 4Z4F A; 1NLV A; 1Q86 O; 1TAQ A; 4Y0W A; 1S72 N; 2O8F B; 4OVL A; 3THX B; 4WCE L; 3TSQ A; 3ZT4 A; 3H6E A; 4DR1 K; 2WUS A; 3TAB A; 2XO7 A; 4FYD A; 3SPZ A; 2P5O A; 1GLF O; 1HNX K; 3D45 A; 4U67 L; 3MXJ A; 4KHP K; 5TKY A; 1KTQ A; 2W6L A; 4DFM A; 2YKN A; 4DF8 A; 3LAM A; 3ZSZ A; 1FKO A; 4MO5 A; 1IKX A; 1HPM A; 1B92 A; 1HX1 A; 2QI2 A; 1UA0 A; 4BRA A; 2Q1N A; 5F0X A; 4H0X B; 1C0F A; 1RDA A; 4V19 S; 1QQM A; 3T69 A; 1SL1 A; 2VWK A; 3R1X A; 1NGH A; 5FRN A; 3W3D A; 3SBG A; 2EX3 A; 4HWI A; 5AQU A; 3DWL A; 1NJW A; 4DMN A; 5KRT A; 1EXQ A; 4H0V B; 1Q9X A; 5BRH A; 4KB1 A; 3FFK B; 1M1K O; 4LF6 K; 3CPE A; 3LP0 A; 3NH1 A; 4NYN A; 3H46 O; 4E7H A; 4QOZ B; 4DCH A; 3C65 A; 1S1X A; 3SAG A; 1HYZ A; 5CYM A; 5AZJ B; 3J7Z O; 4Z4E A; 4BRC A; 1YJ9 N; 4JI5 K; 2A1S A; 1WSJ A; 1HNI A; 3KLH A; 5HP1 A; 1IKV A; 3VQC A; 2KZM A; 2KHO A; 3JSM A; 5AQG A; 3T1A A; 4LFA K; 3WXI A; 2UUB K; 1S5J A; 3L8B A; 4OX9 K; 3VQ6 A; 3L2R A; 3LAL A; 3AO2 A; 3VGM A; 1ZBS A; 3RR8 A; 5AQQ A; 4EP4 A; 1U04 A; 3ULE B; 3NMU A; 3IFR A; 3Q7C A; 1OH8 A; 2D1K A; 2Z1G A; 4W5R A; 4FLV A; 1B9D A; 4RTF D; 2ITG A; 2HVH A; 1NM1 A; 1I39 A; 3D2E A; 3KLG A; 1YAG A; 3KZB A; 4CJ4 A; 3CCU N; 4DTM A; 3QER A; 4BRH A; 4O0I A; 4DV1 K; 2HHH K; 1WAJ A; 3CCJ N; 2VGM A; 3AAQ A; 3SAF A; 1NGC A; 1YHQ N; 4KHS A; 2O4G A; 1JCF A; 1S6P A; 5AQX A; 3R8E A; 2OZM A; 4FWL A; 3ZT3 A; 3UKU B; 2YHX A; 3JYT A; 2HMP A; 4UY8 O; 4RW8 A; 4B3M K; 1V4T A; 3U3G A; 4GY2 B; 5BR8 K; 3EO3 A; 1C0U A; 2Z1H A; 3A5N C; 3P31 A; 2YJF A; 4DR5 K; 2P9N A; 3CG7 A; 1L3S A; 3G10 A; 2P9L B; 4CZE A; 3HTV A; 3VA0 A; 4M3U A; 4CGH A; 4DV4 K; 3SBT A; 2KTQ A; 4ZTJ A; 1EX4 A; 4B9L A; 4C8K A; 4K43 A; 4H5W A; 2BTF A; 5EOY A; 3DMJ A; 2V7Y A; 3TWH A; 1WUA A; 4B9V A; 4BR7 A; 2YV0 X; 3SZ2 A; 1ZC6 A; 3IDH A; 2Q97 A; 3E9L A; 5AFU A; 3DJC A; 3VQ4 A; 1SS6 A; 4A57 A; 1IKW A; 1TKZ A; 4Y1D A; 3MWP A; 4DSF A; 4ZHR A; 4JAX A; 3V1Q A; 3H08 A; 4PA1 A; 4L3Q A; 3ZX3 A; 3A8Y A; 1IBK K; 2E4L A; 1L3T A; 2HHQ A; 2P9K A; 3AA2 A; 1KVC A; 4BRQ A; 3CFO A; 3G4S N; 1X9S A; 3CJ9 A; 3U3Y A; 2QWO A; 3O9S A; 4KHW A; 4BC2 A; 1ZBI A; 4O5F A; 5T7B A; 1BDG A; 5FRM A; 1U45 A; 4WQ4 A; 4XIU A; 3RWU A; 1LW2 A; 3AAP A; 1TVR A; 3GL1 A; 5TKW A; 4CF1 A; 3G0Z A; 3AVF A; 4O5B A; 4IG0 A; 4JLH A; 2P9S A; 4O8U A; 4B3T K; 3TAQ A; 4B9N A; 5HL7 L; 1BG3 A; 3ULD A; 3LDL A; 1N34 K; 2B4J A; 4N41 A; 2UU9 K; 2DY4 A; 5M1N A; 4B3O A; 2I5J A; 1CLQ A; 2WOM A; 1CZ9 A; 1ATS A; 5AQV A; 4OKJ A; 2LSN A; 3VA3 A; 4CBW A; 3VGL A; 3TAR A; 4GW6 A; 3SK3 A; 3C0B A; 3JAM O; 4BE2 A; 1NJX A; 4XH4 A; 2UXC K; 3PX6 A; 2HB5 A; 3L4I A; 3D2F B; 2E2Q A; 3HK2 A; 4JK8 A; 3PV8 A; 3KK2 A; 1WSF A; 1RT1 A; 1C0G A; 3SJH A; 3PX4 A; 3GBT A; 1VHX A; 2HVI A; 2CGL A; 4RW7 A; 2NZT A; 3EEQ A; 5AQW A; 4JI4 K; 2ZGZ A; 4FWN A; 3ENB A; 4KPY A; 1Z6R A; 2CGJ A; 1S1V A; 2E20 A; 3I0R A; 3ZSO A; 3E9O A; 2NRR A; 3K59 A; 4K25 A; 3UKR A; 2P5G A; 3M8Q A; 4E3S A; 2PYJ A; 4FXD A; 4DQS A; 1Q7Y O; 1S6Q A; 3QBX A; 3SMP A; 4W5N A; 4X64 K; 1J53 A; 4BRO A; 2ZF5 O; 3FE1 A; 3KTQ A; 4CEA A; 3K58 A; 4FJK A; 5LY3 A; 1K73 O; 5D3G A; 4HHT A; 4RW9 A; 3H45 C; 4CJP A; 4CEZ A; 3OA9 A; 4N56 A; 4A61 A; 3CD6 N; 5C10 A; 1DEJ A; 1VSE A; 3LAN A; 5AQY A; 1D8Y A; 1SKR A; 2F96 A; 2ZD1 A; 4DS5 A; 4NXN K; 4JI2 K; 1DTQ A; 1ITG A; 2FLO A; 4AF1 A; 2D0P A; 1D4X A; 1VK0 A; 3ZX2 A; 2OPR A; 4KTW A; 3H3O B; 4CFB A; 5GIO A; 3LZJ A; 1NGE A; 2ATQ A; 2PAV A; 3HYF A; 5GAH P; 4IZ9 A; 4H5N A; 3V9Z A; 2VCP A; 4BC4 A; 1T6C A; 1RDW X; 3OHR A; 3LWM A; 3MK6 A; 1XC9 A; 3KD1 E; 3LL3 A; 4Z4H A; 4U7B A; 4CJU A; 2VQE K; 1BQN A; 3CQ8 A; 1UAX A; 4BRL A; 4LF5 K; 3QIP A; 3ZYY X; 4M3Z A; 4FLT A; 3HPG A; 3DAW A; 3V6D A; 4YNQ A; 1NGD A; 4DTJ A; 1WOQ A; 1NG9 A; 5JMV A; 3SQ4 A; 4BVO A; 4QCL A; 3R6M A; 1ZBU A; 3PSF A; 4MQ3 A; 3V1R A; 2G8U A; 1E3M A; 1W97 L; 3AVC A; 3PO5 A; 1WN7 A; 1C1B A; 4NYF A; 2DFF A; 3AY9 A; 5DK5 A; 4X66 K; 3QNO A; 4DSK A; 1E4F T; 5LMU K; 4ELV A; 4EZ6 A; 1C1A A; 3QFP A; 3S41 A; 3CFP A; 2NRW A; 1RBU A; 2A41 A; 5DM6 L; 3RMD A; 2G8V A; 3ZCM A; 1HMV A; 3SCX A; 1JL1 A; 2P9I A; 3VQ8 A; 2E1Z A; 4KTZ A; 4FLZ A; 1GLD G; 2ZM6 K; 3I33 A; 4CD3 A; 3C6A A; 4WF9 L; 3RTV A; 1VQ5 N; 5I3U A; 1QHT A; 3J81 O; 3LAK A; 1RNH A; 2HF3 A; 1S1U A; 1Z25 A; 4IOA L; 4BRN A; 3SV3 A; 2FXU A; 4PL7 A; 1U47 A; 2CGK A; 3KIO A; 2HNY A; 3RSE A; 3ZSX A; 3ZT2 A; 4OGE A; 4EAH D; 3AGR A; 3OYB A; 1BO5 O; 2PZS A; 3EKU A; 4FJL A; 1BCO A; 1SQK A; 1XWL A; 2G8W A; 4ZTF A; 1OVY A; 3HOS A; 1FJG K; 4FL9 A; 4CF9 A; 5IT9 O; 4NCA A; 5CZ2 A; 1L3U A; 1VSL A; 3WXM B; 2IS3 A; 2XY6 A; 4QS8 A; 3CQY A; 1HYV A; 3A0I X; 4CJW A; 2WC9 A; 4A59 A; 2W42 A; 3NF9 A; 3DRP A; 4FM0 A; 3OW2 M; 4B1U B; 3CC4 N; 4GVM A; 4IDH A; 4CF0 A; 3OYG A; 4WFN L; 1VQL N; 2NRX A; 3MED A; 3PLA A; 1K6Y A; 4C1N I; 1NK6 A; 1YVN A; 4OPA A; 1RBV A; 1NJY A; 3MX5 A; 5LJV A; 4OPK A; 3VER A; 4M3W A; 5M1P A; 1TKX A; 1Q9Y A; 4FJ5 A; 1I94 K; 4FCY A; 4CJV A; 1NU0 A; 3CJB A; 1JL2 A; 3ID8 A; 3OYD A; 2BGG A; 1NK7 A; 3OBW A; 1D9D A; 3MDQ A; 3TR8 A; 3M3Z A; 4DV7 K; 2QWQ A; 3AAR A; 1G99 A; 3WXK A; 4PHT X; 1J54 A; 4F2S A; 4E7J A; 3OS0 A; 3O6W A; 3PUF A; 3O9T A; 2IC3 A; 3NE6 A; 4CZM A; 3CER A; 3LP1 A; 3OYK A; 2ASP A; 4W5O A; 3AA5 X; 1KAZ A; 3PX0 A; 3D7E O; 4I6M B; 3UE5 A; 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4B8C A; 4HVJ A; 1YJW N; 1QSL A; 5C15 A; 4NLB A; 1TAU A; 4FOI A; 4YOU A; 4AH9 A; 3HST B; 4RCH A; 3TAG A; 2VQF K; 4DF4 A; 2H3G X; 4BR4 A; 4BRK A; 3C7N B; 3TSU A; 2F8T A; 3P38 A; 4DG1 A; 1IH7 A; 1WAF A; 5HBM A; 4GVE A; 4DTR A; 4PWD A; 4WE1 A; 4FJH A; 4Q5V A; 3FFI A; 3KKR A; 4CZL A; 4MLH A; 4CBX A; 1JLC A; 4JRP A; 4M42 A; 1RT3 A; 3ATU A; 2GEM A; 3E9P A; 1RTJ A; 3KK3 A; 3MAQ A; 3V9U A; 3K9K A; 1LWE A; 2UYT A; 4NO7 A; 4DLE A; 1EWR A; 4CFC A; 3G6E N; 3NDK A; 2RKI A; 4L8R B; 2O8B B; 2G8F A; 4HCC A; 4B9S A; 3WXJ A; 4FWP A; 5C12 A; 3ZET B; 3AVH A; 1F21 A; 4YOT A; 2ZJP L; 3SUN A; 4MO4 A; 2F7T A; 5EY4 A; 3BF1 A; 1FK9 A; 3AVJ A; 3OYL A; 3QEP A; 1WBB A; 4KHQ A; 3THY A; 2Y1J A; 4BDY A; 4N76 A; 3J8A A; 1RT7 A; 2WBN A; 4A2B A; 1NOZ A; 2HST A; 4PKG A; 4ILJ A; 2QM1 A; 3O9U A; 5AQN A; 4R5P A; 3QES A; 4C8O A; 1OH7 A; 3EE9 A; 4IJA A; 2E6M A; 4LF9 K; 1TUY A; 1NMN A; 3ZEU B; 1C6V A; 2KZZ A; 3DI6 A; 3O1W A; 5AZI B; 4DFP A; 1ZYQ A; 1JKH A; 1BL3 A; 1TYQ B; 2QWL A; 4JHD A; 1RDC A; 5GAD P; 3O3H A; 4FJG A; 1NMD A; 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