The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
119
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structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
28
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DR7 K; 4X65 K; 1N36 K; 4JI1 K; 4DR5 K; 4JYA K; 2ZM6 K; 4DR2 K; 2HHH K; 1IBL K; 1XMQ K; 5LMN K; 1HNZ K; 2UUB K; 4LFA K; 4JV5 K; 4JI0 K; 2UUC K; 5FLX O; 1XNQ K; 4LF8 K; 4X62 K; 4DV7 K; 5LL6 Z; 4JI4 K; 4JI5 K; 2VQE K; 4JI8 K; 4LFC K; 4V19 S; 2UXC K; 4DR3 K; 4DV5 K; 4KHP K; 4JI6 K; 4LF4 K; 4YY3 K; 4B3R K; 5IT9 O; 4LF9 K; 5AJ3 K; 4DR4 K; 4JI2 K; 4X64 K; 4DR1 K; 1HNX K; 3JAM O; 3J7A P; 4YHH K; 5A2Q O; 1IBK K; 2UUA K; 4AQY K; 4OX9 K; 4DV4 K; 4DV3 K; 4DV0 K; 3J80 O; 1FJG K; 4NXM K; 5IWA K; 1HNW K; 1HR0 K; 4LF7 K; 4NXN K; 4CVN E; 4X66 K; 1N33 K; 4CW7 B; 4DV2 K; 4GKJ K; 1N34 K; 3J7Y P; 4LF5 K; 3J81 O; 2UXB K; 4JI3 K; 3T1H K; 2UXD K; 4B3S K; 4B3T K; 2UU9 K; 1XNR K; 4B3M K; 4LFB K; 2F4V K; 5BR8 K; 4DUZ K; 1N32 K; 4DV6 K; 4DUY K; 1I94 K; 4GKK K; 2VQF K; 5LMU K; 4JI7 K; 4K0K K; 1J5E K; 3T1Y K; 4DV1 K; 1XMO K; 2E5L K; 1IBM K; 4DR6 K; 3OTO K; 4LF6 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4CZJ A; 2HHU A; 3H1V X; 3ZET A; 1RT1 A; 3C6H A; 4KH4 A; 1VQ4 N; 3D0P A; 2ZWH A; 3NVK A; 3A5L C; 1S1V A; 2BTF A; 4CK2 A; 4K43 A; 4DTX A; 4B3O A; 1U4B A; 2FSK A; 3SK3 A; 4B1V A; 4E7J A; 1UAX A; 2Q31 A; 4KTQ A; 1HJO A; 4ISG A; 4KH6 A; 2QWP A; 3IFR A; 5GAG P; 4YOV A; 2IIR A; 3AVJ A; 3OS2 A; 4M3Z A; 1SAZ A; 1Q86 O; 2P9U A; 2NRR A; 3ZT1 A; 3NGI A; 2NNW A; 3N4P A; 2E6M A; 2CH5 A; 3E9O A; 3OYK A; 3O4Q A; 5EVZ A; 1FK9 A; 1KD1 O; 1J53 A; 1J5O A; 5BRF A; 4NB4 A; 4JI8 K; 4JN4 A; 1DTT A; 4EHT A; 4ZTJ A; 3NE6 A; 1BIU A; 3ZSZ A; 1BQN A; 3QBW A; 2GV9 A; 4CF2 A; 1HYV A; 3FZK A; 3GE1 A; 3L3U A; 1I39 A; 5AQZ A; 1J54 A; 4JI2 K; 2G8W A; 1KAX A; 1DT9 A; 3HI0 A; 3I8D A; 3K5N A; 1GLE G; 4WQ5 C; 3MEG A; 4K42 A; 4YDU A; 3ATV A; 2VWK A; 1YJN N; 4DV3 K; 1C0T A; 3MXJ A; 5CE3 A; 5ADX H; 5IWA K; 1MDU B; 1C0M A; 5AZJ A; 1C1C A; 3U3Y A; 4G1Q A; 1RTH A; 3CD6 N; 1NK5 A; 1HR0 K; 1WSI A; 4KHN A; 3RR8 A; 5FPE A; 3SQ2 A; 4GKJ K; 4BG8 A; 4DFM A; 1NWK A; 4PA1 A; 1NGF A; 2PY5 A; 4DTN A; 4H5V A; 4B3M K; 5K14 A; 3O4W A; 3S41 A; 4DV6 K; 3LP1 A; 3CJA A; 1X3N A; 1VQO N; 1NOY A; 2CGL A; 1I94 K; 4JI7 K; 1K73 O; 3AO4 A; 4FVM A; 4Q0B A; 3QEW A; 3ENB A; 4FJH A; 1J5E K; 1VSI A; 4JKC A; 3C7N A; 2E5L K; 2GBZ A; 4OPK A; 3IMX A; 3OTO K; 2YHY A; 3LDQ A; 2OPP A; 3BF3 A; 3VER A; 5LJV A; 3CJC A; 1VQ7 N; 1W0H A; 2HBL A; 3OYD A; 4KV8 A; 4B9Q A; 3VES A; 4EP5 A; 4DR2 K; 3O5B A; 2FF6 A; 4LH5 A; 1VSK A; 5C42 A; 4CZM A; 3ZEU A; 5AQS A; 4H03 B; 4JEP A; 4BQL A; 3AY9 A; 1Q7Y O; 4RCH A; 3TAP A; 4MLH A; 3CPE A; 1LW0 A; 3DXM B; 5FLX O; 1SKS A; 4IO8 A; 2FBY A; 5HRO A; 1OH8 A; 4UQG A; 4X62 K; 3JXU A; 3PX6 A; 4CEE A; 3LL3 A; 3KKR A; 1EET A; 2D5R A; 3ZSV A; 3R8E A; 4KRF A; 4DQP A; 5AR0 A; 3G6E N; 2HNZ A; 3TTC A; 2YV0 X; 1JL2 A; 5AQG A; 2GX9 A; 4Z0U A; 5LY3 A; 1RDW X; 3PSF A; 3ZYY X; 2HMI A; 3V6D A; 2V52 B; 1JLG A; 5IT9 O; 3SBG A; 1NK9 A; 3P4I A; 4WQ4 C; 3K5O A; 1GLL O; 1Y97 A; 3ULD A; 2OZS A; 1C6V A; 4BDP A; 2Y1J A; 1RBV A; 2PYL A; 3C6T A; 4DFP A; 1BG3 A; 1HYZ A; 4BRQ A; 1KFS A; 4A5B A; 2Q97 A; 3BY5 A; 3V9X A; 4B9S A; 5HRR A; 3D7E O; 1EO1 A; 3O6W A; 4X66 K; 3MDQ A; 3ALY A; 1LWF A; 4IWV A; 1MWK A; 1V4T A; 2A6A A; 3RSE A; 1KCF A; 1L3V A; 2QM1 A; 3MMV A; 2Z1H A; 4AHV A; 1JCF A; 3TAB A; 4FSV A; 1LW2 A; 1TGO A; 3SUP A; 3E66 A; 1CZA N; 4FCY A; 3CCJ N; 3ULE B; 5F1X A; 1S1U A; 1HX1 A; 1VQM N; 3NHG A; 3UKR B; 3UE5 A; 2I7N A; 4B1Y B; 3VOV A; 3DMJ A; 1ZBL A; 2HBK A; 4YOU A; 2QK9 A; 2VG6 A; 5KI6 A; 3CCV N; 4CFC A; 3TAN A; 5KQ8 A; 4PHT X; 5AFU H; 3HM8 A; 2GEM A; 3HO1 A; 4RW7 A; 3MXM A; 4MDA A; 3V1O A; 4B1W B; 3AVM A; 2NLX A; 5F0X A; 4DR5 K; 4ELT A; 1XC9 A; 4CJV A; 5BPM A; 1WBD A; 4CF8 A; 4EIA A; 1KTQ A; 2KKZ A; 2OA8 A; 3VEY A; 4OGC A; 3AAR A; 2HST A; 3THV A; 3KWI A; 2QKK A; 2F9T A; 1ILY A; 4JI0 K; 1TK8 A; 1O13 A; 2DTU A; 1NGJ A; 3DXM A; 4FO0 A; 1WSJ A; 1XHZ A; 5BRE A; 4FK2 A; 4CFB A; 4CD1 A; 3H1Q A; 4E89 A; 3OYB A; 4CBU A; 3SAH A; 2D1K A; 5AQX A; 1VQ5 N; 4ICL A; 3PY8 A; 3VQ7 A; 1S6Q A; 3OY9 A; 2OPS A; 3JSM A; 3O9S A; 4NYF A; 1C0U A; 2P5G A; 4RG8 A; 4MFB A; 4Z94 A; 4JRP A; 3IRX A; 3JAM O; 1TAQ A; 3J7A P; 5GAD P; 1IBK K; 4IG0 A; 2Z1I A; 4H4M A; 3HVR A; 3AAP A; 4CZE A; 3TR8 A; 1NGB A; 1VRU A; 3HXM A; 1S1T A; 1O1W A; 4QAG A; 4CJT A; 3FR0 A; 4BRE A; 3B6P A; 1BCM A; 3CYM A; 3CCL N; 1CXU A; 3ZCM A; 2VCP A; 3CJ7 A; 4CJE A; 3ID8 A; 2W42 A; 3AGR A; 3C95 A; 4DSE A; 1VSF A; 4YFU A; 5I9E B; 4LSL A; 2E20 A; 5GAH P; 4FLZ A; 3O9U A; 3T7Z A; 4B3T K; 3PX4 A; 3DLG A; 4WQ5 A; 1BA1 A; 1RT5 A; 3I0R A; 1LCU A; 2Q0R A; 4CF9 A; 4QCL A; 2EX3 A; 2YX6 A; 3P1G A; 4CGI A; 4ELU A; 4BDY A; 2IAJ A; 3UKR A; 3WXL A; 4HTL A; 5CHI A; 2AJQ A; 1QSL A; 1SZ2 A; 3TTD A; 4CED A; 3W3D A; 3MEC A; 3A8Y A; 4A5A A; 3MAQ A; 4NCB A; 3EY1 A; 4X65 K; 2QWQ A; 3AA5 X; 4LY7 A; 1RTI A; 4A61 A; 3K59 A; 5CYM A; 1DKG D; 1EWR A; 1TKZ A; 1IBL K; 3RMB A; 2FBX A; 1M1K O; 2EWS A; 4CJ7 A; 3V9W A; 3OYL A; 4EAH D; 1LV5 A; 4QS8 A; 1GLJ O; 3SQ1 A; 3WT0 A; 4IOX A; 3LM9 A; 5KRS A; 1XNQ K; 4R5P A; 2IGI A; 1NMN A; 3P5J A; 4RW8 A; 2R7Y A; 1L3T A; 4LFC K; 4B9T A; 4MQ3 A; 5SWM A; 3L2U A; 3QIO A; 4CE9 A; 3SQ0 A; 4L3Q A; 3KWG A; 3KVG A; 3AA4 A; 4B3R K; 3LWL A; 4FLY A; 2I5J A; 3K0S A; 4M3Y A; 4B8A B; 4JHD A; 1YIJ N; 3NF8 A; 4CJF A; 4FLX A; 3JYT A; 2UUA K; 4H5W A; 1Z26 A; 1YTA A; 3CG7 A; 3H46 O; 3NCI A; 3NH2 A; 1NJX A; 4J2D A; 4CHO A; 4OO1 J; 4CJK A; 5HRP A; 3S3N A; 4NLB A; 3PO5 A; 4M3W A; 1FKO A; 4JK9 A; 5FPM A; 1D5A A; 3T1H K; 4CK3 A; 2UXD K; 5BR9 A; 2YNH A; 4PUO A; 4F8R A; 4FWP A; 4BGB A; 3CI5 A; 1VK0 A; 4CER A; 1BQM A; 4K41 A; 2Q36 A; 3GG4 A; 4AH9 A; 3I33 A; 3TTF A; 4IO9 L; 3CCQ N; 1YAG A; 2WOM A; 3AVC A; 3DXK B; 5M1O A; 5AQJ A; 4GV6 A; 2RN2 A; 2PBD A; 3O3H A; 1U45 A; 1HUX A; 1NGI A; 3WXJ A; 2E2N A; 1BDG A; 1ATN A; 3QEI A; 1LWC A; 4JI1 K; 5AQP A; 2KFN A; 4FJ5 A; 4CBX A; 4IG3 A; 4FWL A; 1EP4 A; 3EZ5 A; 1WLJ A; 4CZF A; 1U47 A; 2EHG A; 4BC3 A; 4CZL A; 3LZJ A; 2B5J A; 4KO0 A; 1KLN A; 4C8N A; 1REV A; 2HHQ A; 4DFJ A; 3D2E A; 1Q82 O; 3F2K A; 1LOT B; 4ID5 A; 3LM2 A; 3HSC A; 4WFN L; 2VWB A; 3ZT4 A; 4BR9 A; 4FZZ A; 1Z25 A; 2A1R A; 1U49 A; 1RT4 A; 5AQV A; 1N8R O; 2FBV A; 1YHQ N; 4V19 S; 2ZGZ A; 2UXC K; 2GUI A; 3WNE A; 1RGI A; 1WSG A; 2KZM A; 4EZ9 A; 4A2B A; 4YY3 K; 5EX5 A; 5DM6 L; 4DQI A; 3I8B A; 1KVA A; 2JLE A; 3SQ4 A; 1Q81 O; 4HUE A; 1HKC A; 3OYG A; 3A2F A; 2V51 B; 4N5S A; 1D9F A; 2A40 A; 1VRT A; 4BRM A; 4HUF A; 1S9E A; 4BR4 A; 1IJJ A; 4FWO A; 3EZW A; 2OTL N; 4XH1 A; 4AHT A; 3KLH A; 3EE9 A; 1RT7 A; 5AQH A; 3RMC A; 3NBP A; 1W97 L; 4FJL A; 1C1A A; 5JVH L; 3J81 O; 1TK0 A; 1CLQ A; 3M5R A; 1VQL N; 2YJF A; 5GAE P; 4B3S K; 3EKU A; 4MO5 A; 5KPR A; 4K25 A; 2E8A A; 5C2F A; 4FJN A; 2V7Y A; 1LAV A; 3QNO A; 5AQK A; 2KTQ A; 2NUB A; 1NK4 A; 1X9J A; 3ENO A; 1J9A A; 3SUO A; 2QW9 A; 4K0K K; 3VTI A; 1BO5 O; 1XQS C; 4JKE A; 3SMS A; 5KPT A; 1WAF A; 1YXQ A; 4F3T A; 4FJK A; 4DR7 K; 2DFF A; 4I2P A; 3AO3 A; 5J2M A; 3QES A; 2FBT A; 5MLC Q; 5FPN A; 5E41 A; 5CZ2 A; 1R0A A; 4OKJ A; 4AM6 A; 4IOA L; 2WFB A; 1CXQ A; 2WTU A; 2ZGY A; 4GW6 A; 1IH7 A; 4PQU A; 5AQI A; 4M3R A; 2NRX A; 4XEI A; 1EX4 A; 1T44 A; 3OYM A; 4FLV A; 1IKV A; 3CFO A; 1SL2 A; 1MU2 A; 1V4S A; 5J1E A; 4DR3 K; 3R1X A; 5HP1 A; 2D0O A; 3LPT A; 4O8U A; 4JI6 K; 1JLA A; 3VA3 A; 2O8F B; 2HND A; 3NH0 A; 4ILG B; 4DR4 K; 1A5X A; 2A1S A; 4AIL C; 1J6Z A; 3EKS A; 4CIG A; 1HKB A; 4G9Z A; 3AVI A; 4W5T A; 1SKR A; 3G25 A; 4C1N I; 3VTH A; 4F2R A; 4CEC A; 2ZD1 A; 3R3L A; 4A2A A; 3RR7 A; 3J80 O; 3L3V A; 3OS0 A; 3S3M A; 4YOR A; 3KKS A; 3AVN A; 3THY B; 1SUQ A; 1RDC A; 4RW6 A; 2Z1G A; 4BRD A; 2F96 A; 1SL0 A; 2BH1 A; 1FKP A; 1U2V B; 4IDH A; 3VQ6 A; 3RVC A; 2ZJP L; 3BZK A; 3VEV A; 3QB0 A; 1NKB A; 3WQT A; 5BRD A; 5BPN A; 3LPU A; 3U3G A; 3MWP A; 3F9K A; 3DYA A; 4C23 A; 5HL7 L; 2ASO A; 4JAX A; 2VQF K; 3KTQ A; 1KSP A; 3P38 A; 4DTP A; 3MX2 A; 3GDQ A; 3KLI A; 4I7F A; 4KKO A; 4BRI A; 2QTD A; 3HBT A; 4ILH A; 2W6L A; 4DS5 A; 1BI4 B; 1RT6 A; 4F9O A; 2XY6 A; 2A41 A; 3K2P A; 5AQW A; 4FLU A; 1Q18 A; 2P5O A; 1T8E A; 4E7L A; 1P8Z A; 5LMN K; 4DU1 A; 3VA0 A; 3VF2 A; 2B4J A; 3VQD A; 2YNG A; 5H1S Q; 3L8B A; 2PYJ A; 3OVN A; 1YTU A; 3VEN A; 3J8A A; 1I3A A; 3RRG A; 4NO7 A; 3DLB A; 2GUP A; 3OYN A; 5DMR A; 4HVJ A; 4JKF A; 2DY4 A; 4LF8 K; 2E2P A; 2DFH A; 3QIC A; 3NF9 A; 3LDN A; 4OGE A; 4EHU A; 1T3V A; 3EN9 A; 4Z4H A; 4FZX C; 1RT2 A; 4U7B A; 2G8F A; 1TK5 A; 3AVB A; 4DV5 K; 1RBS A; 3CQ8 A; 4O0J A; 3SCX A; 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3KLE A; 1VAZ A; 3OBW A; 4B1Z A; 3SAF A; 3A5O C; 3BUZ B; 2ZQB A; 1TVR A; 4KB0 A; 4YHH K; 4MDB A; 4BGA A; 4BE2 A; 3MCP A; 4AQY K; 3ENH A; 3LAL A; 4TSX A; 5C25 A; 3DOL A; 2YI1 A; 1BA0 A; 4ISE A; 4JK7 A; 1XHX A; 3UKU B; 2YNF A; 2Q1N A; 2V7Z A; 2VYP A; 3O80 A; 2VG5 A; 3AO5 A; 1K9M O; 4JK8 A; 4C8M A; 3DLK A; 4NXN K; 1P90 A; 4I2Q A; 4CEQ A; 4JD2 B; 4BR5 A; 1K8K A; 4FM1 A; 3MN7 A; 3R9P A; 4ID1 A; 5FRN A; 3CJ9 A; 3SNN A; 2QA4 N; 2B6A A; 2FSJ A; 1WNS A; 3SUN A; 4IZ9 A; 3VQA A; 3QNN A; 4CHZ A; 4DTJ A; 3K9J A; 2F4V K; 4CJU A; 4XH4 A; 4YNQ A; 3EEQ A; 3TAF A; 1B92 A; 1GLC G; 2KHO A; 4OKE A; 3U9D A; 3TU5 A; 3NGZ A; 1ESV A; 3AV9 A; 4I6M A; 1IKW A; 4CGG A; 4Z4E A; 3WEE B; 2P9L B; 4CBW A; 4FJ8 A; 1ATR A; 5AQM A; 1N6Q A; 3CF5 L; 4CK1 A; 3N4Q A; 5GIN A; 3D6R A; 2WUS A; 2XO7 A; 4I9Q A; 4CZK A; 1JCE A; 3VQP A; 4DWI A; 1DTQ A; 4DSL A; 3OW2 M; 4OLB A; 4U67 L; 4FPA A; 4BY9 C; 3ULE A; 5AQF A; 4LFA K; 1VSH A; 5KQD A; 2NRT A; 2UUC K; 2YHX A; 3QDK A; 4IFY A; 4WFA L; 1HRH A; 4ILJ A; 1VQP N; 3E1Y A; 5M1F A; 3L4Q A; 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