The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| total genus |
28
|
| structure length |
119
|
| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5IT9 O; 4DV6 K; 5IWA K; 4GKK K; 4DV4 K; 4V19 S; 4CVN E; 4DR7 K; 4B3M K; 4DV7 K; 4DR2 K; 4B3T K; 4JI1 K; 2UUA K; 2F4V K; 3JAM O; 1N33 K; 1IBM K; 4X65 K; 3OTO K; 4AQY K; 4DUY K; 3J7Y P; 5LMN K; 2UUC K; 4DV5 K; 1XMQ K; 2HHH K; 1J5E K; 4LFA K; 4LF5 K; 2UXC K; 4CW7 B; 4DR1 K; 4X62 K; 4DUZ K; 3J7A P; 4K0K K; 4NXN K; 2UXD K; 1I94 K; 4JV5 K; 4DR5 K; 4JI4 K; 3T1Y K; 2E5L K; 1IBK K; 4LF9 K; 2UXB K; 4YY3 K; 4JI8 K; 4JI3 K; 4KHP K; 1HNX K; 4DR3 K; 2VQE K; 1HNZ K; 4LF7 K; 4DV3 K; 5AJ3 K; 4JI5 K; 1FJG K; 2UUB K; 1XNR K; 2UU9 K; 4DV0 K; 5A2Q O; 4DR4 K; 2VQF K; 4B3S K; 4LF4 K; 5LMU K; 1XNQ K; 4JYA K; 4JI0 K; 1IBL K; 5FLX O; 4LF6 K; 1N36 K; 4LFC K; 4LF8 K; 4YHH K; 5LL6 Z; 4X64 K; 2ZM6 K; 5BR8 K; 1XMO K; 1HR0 K; 4DR6 K; 3J81 O; 4X66 K; 1N34 K; 4OX9 K; 4GKJ K; 4DV2 K; 1HNW K; 3J80 O; 4JI6 K; 3T1H K; 4DV1 K; 1N32 K; 4JI2 K; 4JI7 K; 4LFB K; 4B3R K; 4NXM K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3SNN A; 3AVH A; 3S3O A; 4HUF A; 5AQO A; 4BY9 C; 4IOA L; 4Z4H A; 4M63 C; 3WNH A; 4JI1 K; 1NK5 A; 4H4M A; 4H5W A; 5EOY A; 1LCU A; 1QSY A; 2W6L A; 2KQ2 A; 2ZQB A; 1C0M A; 4BWJ A; 1HMV A; 2KZM A; 1BA1 A; 3EEQ A; 1C0T A; 3O3G A; 3CCM N; 4LF5 K; 4B1U B; 1UOC A; 5EX5 A; 1YUW A; 2QWN A; 3L2Q A; 1GLD G; 1YI2 N; 3ZT0 A; 3THY B; 2G8W A; 2GWJ A; 2F9T A; 4FVM A; 2CGJ A; 2X6N A; 5JVG L; 1SL2 A; 1BU6 O; 4DF8 A; 5KPZ A; 5CHI A; 2UXB K; 5J2M A; 4YOX A; 2I7P A; 4PKH A; 1YT3 A; 4DR3 K; 2O8C B; 5AQZ A; 3O5B A; 3HSC A; 2AP1 A; 2QWO A; 1NK7 A; 4DSI A; 4W5Q A; 3WXM B; 1Z25 A; 4FK0 A; 2ASM A; 4BRN A; 4A62 A; 2P9S A; 3MWT A; 4AHC A; 4YOY A; 3WT0 A; 3A5O C; 1J53 A; 2BAN A; 1ZBL A; 1K73 O; 4BRG A; 4OGE A; 4QCL A; 5KGX A; 3CCJ N; 1S1T A; 3R3L A; 4FM2 A; 4F3O A; 4FJ7 A; 1LAW A; 4F9O A; 4FO0 A; 1NJI O; 2BGG A; 3BZK A; 4QS7 A; 1A5W A; 1WOQ A; 5KI6 A; 3PX0 A; 3AO2 A; 2G8F A; 2EX3 A; 2B5J A; 3AY9 A; 2HVI A; 4R5P A; 3SMS A; 3AO3 A; 4BWM A; 5GIP A; 4IG0 A; 1DEJ A; 5LL6 Z; 4K43 A; 3KWG A; 3HZ6 A; 5C15 A; 3TSP A; 3I8B A; 5GAD P; 3PSI A; 4RW7 A; 4DTP A; 1HNW K; 3UKU B; 2HMP A; 4KRF A; 3IS9 A; 5TKW A; 4WE1 A; 4CEQ A; 2E8A A; 5HRP A; 3LL3 A; 2JGU A; 3QNN A; 1TK5 A; 4BDP A; 1HLU A; 4LC9 B; 5AZJ B; 1JCF A; 1VK0 A; 3SQ0 A; 4EHT A; 3KK1 A; 3KLI A; 4BRE A; 3U3G A; 5AQV A; 1C0F A; 4CEZ A; 2G8V A; 4YFU A; 1JXE A; 2UUA K; 3CD6 N; 4KRE A; 1BHL A; 2P9P A; 3ZSV A; 1VSD A; 2EWS A; 3EO3 A; 3BF3 A; 3WQU A; 5B8H A; 2NRT A; 3DLL L; 2DPN A; 4BRL A; 4FW1 A; 2XY5 A; 1R0A A; 3ALY A; 1NGJ A; 1RDC A; 5HP1 A; 4Z4I A; 1GOC A; 4X62 K; 3OYL A; 4CHO A; 1YVU A; 3R8E A; 3EZ5 A; 5C2D A; 3DYA A; 3MXI A; 1Q81 O; 2O8B A; 2ZGY A; 4GV6 A; 1KTQ A; 4LF9 K; 3L2W A; 3OVN A; 4J8F A; 3AO5 A; 4JI3 K; 1HNI A; 2I7N A; 4R79 A; 1X3N A; 2FBV A; 2P9K A; 2ZD1 A; 5FPE A; 4ICL A; 3M6G A; 3M8S A; 3ZLJ A; 3CPE A; 1XHX A; 4KI4 A; 1XNR K; 2W40 A; 3CM5 A; 3HM8 A; 1KAY A; 3OJS A; 2VG6 A; 1ATR A; 1GOB A; 3OYF A; 1ILY A; 4JKE A; 2QTD A; 3SAH A; 4PL8 A; 3I8D A; 5JIC A; 3AAP A; 3SQ1 A; 5HOO A; 4CJK A; 3THX A; 2VWB A; 2D0B A; 5C25 A; 4FLV A; 1RBR A; 4I6M B; 3O9T A; 3RRH A; 4NCG A; 3SJH A; 3LDQ A; 1D5A A; 1MDU B; 2Z1G A; 3DXK B; 5I9E B; 4I9Q A; 2ITM A; 2Q2R A; 3AVJ A; 4CEB A; 3DAW A; 4I2P A; 3AA5 X; 3OS1 A; 3NGZ A; 1IJJ A; 3A5L C; 5AFU A; 4B3R K; 1ASV A; 2XY6 A; 2NRX A; 1UAX A; 1QZ6 A; 4FWQ A; 2Z1I A; 4XH1 A; 2P1J A; 4BDY A; 4BRM A; 3CG7 A; 2D0P A; 4DR7 K; 4DU3 A; 4DTS A; 3LP1 A; 3SJJ A; 4CIG A; 3LDS A; 2GUI A; 4FLW A; 3N4Q A; 3OS2 A; 1Q82 O; 1KVB A; 3NF6 A; 4CJS A; 4DV5 K; 4JHD A; 3Q7C A; 5EY4 A; 3AV9 A; 4CJ4 A; 4DSL A; 3RR8 A; 3OBW A; 3TTC A; 1HUX A; 3DOL A; 1IKX A; 4JK9 A; 4M45 A; 2O8E B; 4B8A B; 5E84 A; 3MEE A; 4AHV A; 2PY5 A; 1YTU A; 1NGA A; 3MED A; 3DMJ A; 4DU1 A; 4LH5 A; 4IKF A; 2A1S A; 3RVC A; 1QZ5 A; 3SAG A; 3THW A; 3SCX A; 1L3U A; 2YHW A; 3KVG A; 1QTM A; 4EIA A; 3VOV A; 5J2N A; 4OJR A; 2QXL A; 4KHP K; 4A61 A; 1W0H A; 4IO9 L; 3SQ4 A; 1RGI A; 5HRN A; 4CK2 A; 2FLO A; 2UU9 K; 4CFA A; 4YNQ A; 3TAG A; 4JS5 A; 2QWR A; 2IVN A; 1VQN N; 1NG9 A; 1JL2 A; 4JRP A; 4M3Y A; 1S1U A; 2JWK A; 4PUO A; 4FYD A; 1RTJ A; 1WAF A; 4K41 A; 1L3V A; 3UKR A; 4BC2 A; 1UA0 A; 2HND A; 4CES A; 4LSL A; 1ZBS A; 3MEG A; 2R7Y A; 5JLH A; 1XNQ K; 3SK3 A; 5JLF A; 4HCB A; 1WSG A; 3TTF A; 3OYN A; 4MLH A; 4WYB A; 3UIQ A; 1A5V A; 1NK0 A; 3RWU A; 2V51 B; 4H5R A; 3L2R A; 1EQY A; 3O3F A; 1RTD A; 2XHB A; 3DLH A; 2E20 A; 4JKG A; 3QEX A; 3VEO A; 4CK1 A; 4GKJ K; 2KW4 A; 4DTX A; 1TUY A; 2FSN A; 5AQH A; 3MAQ A; 1RDU A; 1NOZ A; 4WFN L; 4DSE A; 4DFJ A; 3RTV A; 1S1W A; 1KAX A; 3VEZ A; 4PY5 A; 1XC3 A; 3QO9 A; 3BF1 A; 5AR0 A; 4B1W B; 1TVR A; 1SQK A; 3QBX A; 1YIT N; 4NLB A; 1S9G A; 3PO5 A; 1FKO A; 1DTT A; 2Q0R A; 4HTU A; 5BRH A; 3PLA A; 4CEC A; 4OPK A; 1ZBH A; 3E66 A; 3WXI A; 2KTQ A; 2B6A A; 3AO1 A; 4DCH A; 3TI0 A; 1KLM A; 3QIP A; 4IBN A; 1GLE G; 4C8L A; 3PSF A; 3O4Q A; 3CJ7 A; 4JRQ A; 2KZZ A; 1KAZ A; 2BUP A; 5FPM A; 3QLH A; 3VEW A; 4LFA K; 3G10 A; 4Y0W A; 4CER A; 2YNF A; 3CMA N; 4DTU A; 1EP4 A; 3NDK A; 3D45 A; 3IUC A; 3ITH A; 4I7F A; 1U48 A; 3KLE A; 4FLU A; 3WXK A; 4CGD A; 2BDP A; 3ULE A; 4JI4 K; 4Z4C A; 1U2V B; 2DFE A; 2GUP A; 4OLB A; 2GWK A; 1IBK K; 5AFU H; 2FSK A; 2DFH A; 4HHT A; 4H0O A; 4CFB A; 4E7K A; 2QXF A; 4FLT A; 1VQ9 N; 3ZSY A; 1T44 A; 3ZET A; 2IIR A; 1SV5 A; 1TK0 A; 4OPA A; 3O4W A; 2YHX A; 5EU7 A; 1K8K A; 1VHX A; 3V9S A; 4DSK A; 1V4T A; 3THV A; 1RIL A; 1ASU A; 1RTH A; 1K6Y A; 2VWJ A; 1J5O A; 1GLJ O; 4ID5 A; 4YOV A; 3QFU A; 3CQY A; 2XO7 A; 5F1X A; 3HXM A; 3C6T A; 4CJE A; 4BR5 A; 1NGB A; 4IO8 A; 4AHR A; 5CE3 A; 4EP5 A; 4IOX A; 3C6U A; 3F9K A; 3ZEU A; 4BR2 A; 3OYI A; 1N36 K; 1OVY A; 3GG4 A; 2P9I B; 4KPY A; 4E0D A; 5M1N A; 1OKJ A; 1WBB A; 2NRH A; 3F9M A; 3LDN A; 3VQA A; 3CFO A; 1TKT A; 2WON A; 4O0J A; 4XH4 A; 3DLE A; 5AQM A; 2DTU A; 3ID8 A; 1LWF A; 3C7N B; 4GV9 A; 4CF2 A; 4JI2 K; 4KH6 A; 3C95 A; 4EFH A; 5ADX H; 2QA4 N; 2Y1I A; 3DXM B; 3NVK A; 1ATN A; 1HX1 A; 2WUS A; 4B3M K; 4OKJ A; 2P9U A; 4FM1 A; 1HQU A; 2YI1 A; 5GAG P; 3VES A; 2Z1J A; 3K9J A; 4CI6 A; 5FRN A; 1YIJ N; 3J7Y P; 3I56 N; 1LW0 A; 4CGF A; 1YTA A; 4KO0 A; 5FPD A; 4ID1 A; 1NGE A; 4CW7 B; 2OAN A; 4FLX A; 4NCA A; 2VCP A; 3HOS A; 4CEO A; 4IDK A; 1EXQ A; 3SAF A; 3J7A P; 4KKO A; 4PL7 A; 3AVC A; 3LM9 A; 3VQQ A; 4IOC L; 4CGJ A; 1X9J A; 5LY3 A; 3H08 A; 2QKB A; 2NRV A; 3FE1 A; 4E7H A; 3HPO A; 3ASM A; 2NLX A; 3ZSW A; 3VQE A; 1BI4 B; 4XH5 A; 4CJF A; 1TYQ B; 3AAQ A; 2VGN A; 4BQZ A; 1VRT A; 2NRR A; 1MWM A; 4B9V A; 4FJJ A; 3U4L A; 5AQJ A; 1T8E A; 5KQ8 A; 4CFD A; 4JI5 K; 3OYM A; 3WEE A; 1Y64 A; 3FGU A; 3NF9 A; 4Y1C A; 3E01 A; 4EP4 A; 2OTL N; 2HVH A; 1IKV A; 1RFQ A; 1XC9 A; 2OPR A; 4DR4 K; 4CBX A; 1RCH A; 1C1C A; 4B3O A; 4B1X B; 4IEI A; 3MN5 A; 4IFV A; 4AHT A; 1VSK A; 3HP6 A; 1VSF A; 1S3X A; 2CGL A; 4DQS A; 3CCQ N; 1JCG A; 3CQX A; 1VQ8 N; 4BVP A; 2IC3 A; 2IOC A; 3DLR A; 3O80 A; 1RDW X; 3K57 A; 3NAE A; 5I42 A; 4IG3 A; 3AA4 A; 5AQI A; 1VQ7 N; 3AVG A; 1KFD A; 2FXU A; 4H5N A; 1YVN A; 1FXX A; 4KHN A; 3O08 A; 4CEE A; 4FJM A; 4JI6 K; 2GV9 A; 5AQY A; 3O6W A; 1S72 N; 2G8U A; 2P5O A; 1BCO A; 1CXU A; 3L2U A; 4K42 A; 4K25 A; 3TAM A; 4M3W A; 3QER A; 4FXD A; 3GL1 A; 1WLJ A; 1S1V A; 3MK6 A; 3CFR A; 1DT9 A; 3EKU A; 2VWK A; 1RT5 A; 2HNY A; 3EE9 A; 4DUY K; 2YCH A; 3OYD A; 4RW9 A; 4CBW A; 2QKK A; 4M3X A; 2HHQ A; 4CJ7 A; 2OPP A; 1HKG A; 1S5J A; 3RMB A; 1Y97 A; 2UXC K; 1JL1 A; 1ITG A; 1WN7 A; 1I3A A; 1LWE A; 4CBU A; 2HB5 A; 1GLF O; 2QWQ A; 3ZSR A; 4JAX A; 4DR5 K; 3HO1 A; 3CJA A; 3K58 A; 2O8D B; 2IVP A; 3F2K A; 4PA1 A; 4CJP A; 2GX9 A; 3HVT A; 2D0O A; 2P9L A; 2V7Y A; 3QBW A; 3LZI A; 2A42 A; 1VQM N; 2BE2 A; 4N76 A; 3ATV A; 3VQ6 A; 3MCP A; 1YXQ A; 4I2Q A; 1BO5 O; 3C0B A; 1EET A; 1IG9 A; 4RTF D; 1YJW N; 1NGF A; 2HF3 A; 4ELU A; 3NE6 A; 2WC9 A; 2WOM A; 4FPA A; 1K9M O; 3SUN A; 1MA9 B; 2ZJQ L; 1NMD A; 4B9M A; 5AZI A; 4J2B A; 4CF8 A; 1ZBF A; 4JKC A; 3K2P A; 4BR4 A; 3WNE A; 3BGR A; 3ZT2 A; 3V6D A; 1OH7 A; 1IBL K; 4L8R B; 5EVZ A; 4GVM A; 3TWH A; 3NFA A; 4OKK A; 5BR8 K; 3MCA B; 4DSF A; 3H6E A; 3THX B; 2E88 A; 4DR6 K; 1RBT A; 3DJC A; 4BRO A; 2Y1J A; 4O4G A; 1U49 A; 4O44 A; 1B92 A; 3HOT A; 3K5O A; 4FK4 A; 2YHB A; 2D1K A; 1G15 A; 2KKZ A; 5KQD A; 5DK5 A; 4LFB K; 1NKC A; 5IT9 O; 4DV6 K; 3M5R A; 5C24 A; 3NMU A; 5CR4 A; 5KPT A; 2P5G A; 2ATQ A; 1XUP O; 1BG3 A; 3CYM A; 3VN5 A; 1SL0 A; 1N5Y A; 4NB4 A; 5BRF A; 2O8F B; 4PQU A; 4CFC A; 4KHW A; 3VF6 A; 4FJK A; 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4DV7 K; 3QML A; 3ZSQ A; 4WQ5 C; 4B9T A; 4G9Z A; 4OVL A; 2YJF A; 4FWK A; 2GBZ A; 2ZJP L; 4C8K A; 2O8C A; 3PUF A; 2RHK A; 4DG1 A; 1QSS A; 5JS2 A; 3QIN A; 3VA0 A; 2E2N A; 3I33 A; 4EAH D; 4XIU A; 5AQQ A; 3RR7 A; 4E19 A; 3KWI A; 3FZM A; 1BA0 A; 1ZBU A; 5F2R A; 3CFP A; 1QVG M; 3PX6 A; 3K5N A; 3ZSX A; 4ELT A; 2FF3 B; 2UXD K; 3D2E B; 1VSJ A; 1RDB A; 1RTI A; 3VF2 A; 3W3D A; 3ZX2 A; 1TAQ A; 4G1Q A; 4LSN A; 3KHY A; 1DTQ A; 3P4I A; 3TAB A; 3EKS A; 4CHY A; 2E5L K; 3CJC A; 3MN9 A; 2KFN A; 4IFE A; 1OH6 A; 1KD1 O; 1BQM A; 4A2A A; 4DV3 K; 4MFB A; 4KH4 A; 1RNH A; 4IJN A; 2UUB K; 3CC2 N; 5AQX A; 2FBX A; 1NK8 A; 5HRO A; 4PWD A; 3UKU A; 1QSL A; 1KVA A; 3FZK A; 2FBY A; 3H1Q A; 4B3S K; 3SUO A; 3HRG A; 1VSL A; 3I0R A; 3ZT1 A; 2G8H A; 4H5V A; 3K9K A; 4AM6 A; 3KLH A; 1QQM A; 3LAL A; 4K8Z A; 3IDH A; 4JLH A; 5AQF A; 3VQD A; 4RW6 A; 3P83 D; 3CQ8 A; 3C94 A; 3ENO A; 4GV3 A; 2QW9 A; 4BGB A; 4FCY A; 4FZX C; 3PO4 A; 3FZL A; 1X9S A; 4NYF A; 5ADX A; 1ZXO A; 3AVN A; 1Q9Y A; 3RSE B; 2E6M A; 2OPQ A; 3SPZ A; 2A41 A; 2A1R A; 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