The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
28
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4B3R K; 4B3M K; 4LF6 K; 1XMQ K; 2VQF K; 4JYA K; 4DV1 K; 4JI3 K; 4DV6 K; 1N32 K; 1XNR K; 4DV5 K; 4AQY K; 4YHH K; 1IBK K; 4JV5 K; 4GKJ K; 3J7A P; 2UUC K; 2HHH K; 5LL6 Z; 4X65 K; 4DR4 K; 3J7Y P; 4DV3 K; 5A2Q O; 3OTO K; 4JI4 K; 4LFA K; 4CVN E; 3T1H K; 4NXN K; 2UXC K; 2VQE K; 2UXD K; 4GKK K; 4DV7 K; 2UXB K; 5IWA K; 3J81 O; 4KHP K; 4X66 K; 1HNW K; 1HR0 K; 1N34 K; 5LMN K; 4DR5 K; 1J5E K; 4DV4 K; 4X64 K; 4DV2 K; 4LFC K; 4LFB K; 2E5L K; 4DR3 K; 1FJG K; 1HNZ K; 4DR1 K; 3T1Y K; 4LF5 K; 5FLX O; 2F4V K; 4YY3 K; 3J80 O; 4DUZ K; 4DV0 K; 4B3S K; 4DR7 K; 5IT9 O; 1HNX K; 2UUA K; 4JI7 K; 4DR6 K; 1I94 K; 4V19 S; 2ZM6 K; 4JI1 K; 5LMU K; 4CW7 B; 3JAM O; 1N36 K; 5AJ3 K; 4LF8 K; 5BR8 K; 4JI5 K; 4K0K K; 1XNQ K; 4JI0 K; 4X62 K; 4B3T K; 1IBM K; 1IBL K; 4LF7 K; 4LF9 K; 4DUY K; 4DR2 K; 4NXM K; 4OX9 K; 1XMO K; 4JI2 K; 4LF4 K; 4JI6 K; 2UUB K; 1N33 K; 2UU9 K; 4JI8 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3L2V A; 3TAR A; 3LDO A; 4DFK A; 1Q81 O; 5FRM A; 4KTW A; 3JYT A; 3KK3 A; 1LWE A; 4DV6 K; 4DFJ A; 1NGD A; 1BGX T; 3O9R A; 3O8M A; 4CHY A; 3QFU A; 3WT0 A; 3EE8 A; 4FLV A; 2V51 B; 1VQP N; 4DF4 A; 1Y97 A; 4CJS A; 1HQU A; 3R3L A; 5BN9 A; 4WYB A; 4FJM A; 1QS4 A; 4KKO A; 3FZL A; 3VMF B; 2ZD1 A; 4YDU C; 1MU2 A; 1X9S A; 4FJN A; 1X3N A; 4FLT A; 3WUH A; 1SV5 A; 1HPM A; 4B1Z A; 4CFA A; 3A5N C; 3HT3 A; 3E66 A; 4BDY A; 2QK9 A; 3UKU A; 2A41 A; 4BRF A; 2D0O A; 4WQ4 C; 3OBY A; 3SV3 A; 4KHP K; 3PSF A; 2OCE A; 5KRT A; 3RR7 A; 1HR0 K; 3SCX A; 4KB1 A; 3OS1 A; 3G71 N; 3F9K A; 1OKJ A; 4DQS A; 4F3T A; 1NJZ A; 3G0Z A; 3O9S A; 3CCU N; 1U2V B; 1XWL A; 3IUC A; 3DI6 A; 4C8N A; 4BR7 A; 3HST B; 4BR0 A; 1A5V A; 1BUP A; 1HNZ K; 4Z0U A; 1YF5 L; 1KLN A; 4J2E A; 5BN8 A; 2F4V K; 4IO9 L; 5GIN A; 2W42 A; 1HUX A; 2ATQ A; 3EE9 A; 4ELT A; 1GLJ O; 1UAX A; 2RPI A; 3SK3 A; 1VQ9 N; 4NO7 A; 1G99 A; 5JS1 A; 3D2F B; 4IG0 A; 4FXD A; 1VSL A; 3WQU A; 1H1V A; 3LP2 A; 4CJP A; 2YHW A; 4FVU A; 4K0K K; 4BRA A; 4CJK A; 4O8U A; 2YHA A; 3TAG A; 1BA1 A; 4JKG A; 4BDZ A; 3KD1 E; 1RT2 A; 4KHW A; 5AQN A; 1NGB A; 3H3O B; 4A2A A; 2NRH A; 2Q36 A; 3B6P A; 3DXK A; 4F2R A; 5CZ1 A; 4QAG A; 2CH5 A; 4B3R K; 2X74 A; 3JXU A; 2OYQ A; 4H5R A; 3O5B A; 5SWM A; 1VK0 A; 3DYA A; 3CYM A; 3ZT0 A; 5I42 A; 1NGE A; 1E3M A; 1U49 A; 4FJG A; 4Z4I A; 1WBB A; 1RT4 A; 4JHD A; 2VGM A; 2V7Y A; 2HF3 A; 5GAG P; 3DLH A; 3L4Q A; 1VQO N; 4CHZ A; 4BRH A; 4CEZ A; 5AQK A; 3K5O A; 3EZ5 A; 2KHO A; 1RBU A; 1CZB A; 4Y1D A; 4I9Q A; 4CER A; 3LAK A; 1IV0 A; 3OTO K; 4B8C A; 4DTS A; 4O5F A; 3SNN A; 2YNI A; 3NMU A; 1OH6 A; 2Q31 A; 4PQU A; 3ZSO A; 4CGI A; 5KPZ A; 3BDP A; 4AHV A; 1YJN N; 3AA4 A; 3OYL A; 2HF4 A; 3TTC A; 3VER A; 1IKY A; 2WOM A; 4CJV A; 4J8F A; 4DLE A; 5CYQ A; 1JLQ A; 4CEF A; 4E7I A; 4GVE A; 1BO5 O; 4KH6 A; 1Y64 A; 4IJA A; 3M3Z A; 3U6F A; 3CM5 A; 4NCA A; 3NF7 A; 2OZS A; 4E7J A; 2AJQ A; 3V9S A; 2F8T A; 3AA2 A; 1BCM A; 1HNV A; 1NGJ A; 3E9L A; 1LW2 A; 2ZE2 A; 4IXC A; 1DGK N; 4YFU A; 4KH5 A; 4YOX A; 5E41 A; 2HND A; 4H5N A; 3QEI A; 2P9S A; 1TKZ A; 2QXF A; 4E1J A; 3QO9 A; 3C0B A; 3CC7 N; 2CGK A; 4KBO A; 5AFU H; 2HHX A; 1WNS A; 3WNG A; 3WNH A; 1ATN A; 3A0I X; 4FJL A; 3AVF A; 1BG3 A; 1VRT A; 4HCC A; 3CFP A; 1JLA A; 3ZX2 A; 3ZSV A; 2QEX N; 2UUB K; 5AFU A; 1NKC A; 1Q7Y O; 4ID5 A; 3ZSR A; 4FOE A; 3IAY A; 2GUI A; 1BOT O; 4DU1 A; 4KH4 A; 4JKG B; 3P39 A; 4GMJ B; 3CC2 N; 2G8U A; 2W40 A; 3IS9 A; 1FK9 A; 4BR2 A; 1K9M O; 3M1F A; 3V9X A; 4IKF A; 2ASP A; 3QNO A; 3CQ8 A; 1NGF A; 3DXK B; 3OYM A; 3DXM A; 1IBK K; 4JV5 K; 1DTT A; 4WE1 A; 3NH2 A; 3OY9 A; 3HPH A; 4DHY A; 3IKM A; 2RE2 A; 4C8L A; 4W5O A; 1ASU A; 2I7N A; 3CJ9 A; 3QML A; 4JHD B; 3SBG A; 1TAQ A; 5BPM A; 2HBK A; 3EZW A; 4AHR A; 3KJV A; 2PYJ A; 4IG3 A; 3MEE A; 4YOW A; 1GLL O; 2GWK A; 3ATV A; 1RBV A; 4GY2 B; 3J81 O; 4BC4 A; 4GV3 A; 1VQ4 N; 3HVR A; 4E0D A; 4FLW A; 2QA4 N; 2QWQ A; 2VWK A; 4JKH A; 1GLF O; 2QWP A; 1U45 A; 1QVG M; 1NKB A; 4CGH A; 5KQD A; 4FK4 A; 4K41 A; 2AP1 A; 1FJG K; 3OYB A; 4FLU A; 2D4W A; 1K8A O; 2E2O A; 2W6K A; 4JKE A; 1B9D A; 3CME N; 1N5Y A; 3TAQ A; 4BR5 A; 2A1R A; 1HYS A; 3HI0 A; 4YY3 K; 3DLB A; 3L4I A; 4DTJ A; 3VEO A; 1JLF A; 3Q7B A; 3O80 A; 2QWL A; 3WXK A; 4CI6 A; 3TSP A; 1N36 K; 5AQM A; 1IG9 A; 2P9S B; 3F5T A; 3ZYY X; 3VQ4 A; 1HMV A; 2OZM A; 1YJ9 N; 5GAE P; 2P9U A; 3AVH A; 3AVA A; 4DR2 K; 4XH4 A; 4KHU A; 3U4L A; 2P5G A; 4FJI A; 4K8X A; 3CPE A; 5C12 A; 3H3N O; 2E20 A; 1OVY A; 3CJ1 A; 1W0H A; 4JI2 K; 3KLI A; 4NCG A; 4MLH A; 4NLC A; 1B9F A; 4AH9 A; 5GIO A; 3BZK A; 1C0G A; 5M1Q A; 3VQ7 A; 4JI3 K; 1IO2 A; 3SI6 A; 4BGB A; 3WXL A; 2YJE A; 2NUB A; 3V4I A; 3OYF A; 4RW9 A; 3PUF A; 3J7A P; 3IG1 A; 4FM0 A; 4EZ9 A; 3GOI A; 4N56 A; 1VSK A; 4A57 A; 5HRR A; 3C6U A; 4FCY A; 3EYZ A; 4IOA L; 3GE1 A; 3AVL A; 3DXM B; 2IS3 A; 4LH5 A; 4K25 A; 3O9U A; 3VGM A; 3K0S A; 5J2M A; 3TR8 A; 4DQR A; 1BU6 O; 5EXW A; 3PV8 A; 3ZSX A; 1JLC A; 3HPG A; 4KHQ A; 1L3U A; 4FZX C; 1KRP A; 1WAF A; 3O9Q A; 5AQP A; 2OAN A; 4TSX A; 2GBZ A; 2O8B A; 2HHS A; 5AQS A; 3CMA N; 3FZH A; 3MXJ A; 2E1Y A; 1JLG A; 4DV4 K; 5BPL A; 4MDB A; 4LC9 B; 4DR3 K; 1EET A; 1LV5 A; 3T1Y K; 4PL7 A; 4CZI A; 3THV A; 5C24 A; 3KK1 A; 2B6A A; 4WFB L; 3N4Q A; 1KQS M; 4M3Y A; 2IGI A; 4PUO A; 1GOA A; 5AQO A; 3K59 A; 2V7Z A; 1VSM A; 4N41 A; 2HNY A; 4M7X A; 1GOB A; 1NKE A; 4CED A; 4CW7 B; 4CZK A; 1JJ2 M; 5K14 A; 2YI1 A; 4ZHR A; 4JI0 K; 1B92 A; 2HBJ A; 1A5W A; 3ISN C; 2VWB A; 3C7N A; 4CZF A; 3ID8 A; 1MDU B; 2NRV A; 3SAG A; 4M3Z A; 4L8R B; 3FZK A; 2ZJR L; 1ZXO A; 4CZJ A; 4DQP A; 3NHG A; 4DTO A; 3ZCM A; 1NM1 A; 2F8S A; 3C6T A; 4BRL A; 4JI8 K; 1V4T A; 4IFE A; 4H5T A; 5ELZ A; 4LF6 K; 2P9U B; 2ETJ A; 3R1X A; 4N5S A; 2IVN A; 5LY3 A; 2YV0 X; 3TWH A; 4KHN A; 1W9H A; 4DLG A; 3H1Q A; 5DMR A; 4HVJ A; 1YT3 A; 1S6P A; 1RT1 A; 1U47 A; 4B1Y B; 3ZX0 A; 1NK4 A; 3VEV A; 1VSI A; 3G25 A; 1UWB A; 4WQ5 A; 4E19 A; 1XHZ A; 1S1X A; 4OJR A; 4BE2 A; 3CHW A; 4CVN E; 1ZBS A; 4BRD A; 1VAZ A; 3CI5 A; 3SQ1 A; 3HJF A; 4A5A A; 3PX4 A; 1S9G A; 3DRP A; 1P90 A; 3DWL A; 3MMV A; 4FOI A; 3THW A; 3C94 A; 4CJ4 A; 5F0X A; 4DQQ A; 3ITH A; 1ILY A; 1WB9 A; 2WTU A; 1Z25 A; 3UKR A; 3A5M C; 3A8Y A; 4IBN A; 1YTU A; 1T44 A; 1D5A A; 3VES A; 4AHT A; 4XIU A; 1NJW A; 4UY8 O; 1C0F A; 3CJ7 A; 1RTJ A; 3AA5 X; 1W7A A; 4M3W A; 3HP6 A; 4NLB A; 2KQ2 A; 3LAN A; 4I2P A; 3C65 A; 3L2Q A; 3I56 N; 2F9T A; 4FK2 A; 3H45 C; 4QS9 A; 2G8I A; 4J2B A; 2O8B B; 1YVU A; 4J2A A; 2P9N A; 1IH7 A; 3J80 O; 3TTF A; 4FWQ A; 1JCG A; 3D0P A; 4B3S K; 4FYD A; 3ZSW A; 3OYA A; 3BY5 A; 4BQZ A; 5C0Y A; 4I9L A; 4O5B A; 3DRR A; 2FF6 A; 4B08 A; 3FLC O; 1Q86 O; 5LMU K; 1BIS A; 2AA4 A; 4R79 A; 3W3D A; 3O3H A; 1SKW A; 4OVL A; 3ZLJ A; 4RCH A; 1IKW A; 4JK7 A; 2G8V A; 1DEJ A; 1YHQ N; 1HJO A; 4NXM K; 3SAF A; 4LY7 A; 1HQE A; 4DS4 A; 1EP4 A; 1NMD A; 2A5X A; 3FE1 A; 3SUQ A; 5BPN A; 1N33 K; 4B8A B; 1TKX A; 3V1R A; 1JXB A; 1VQM N; 4BQL A; 3TAF A; 3CG7 A; 1QQM A; 5BR9 A; 3DLG A; 2QWN A; 3C7N B; 2XY8 A; 4DV1 K; 4F8R A; 4C1N I; 3HZ6 A; 5E26 A; 4RTF D; 2KKZ A; 4BRI A; 3KK2 A; 3TAN A; 1XNR K; 1V4S A; 3O6W A; 4BRP A; 2Q2R A; 4CZH A; 3HM8 A; 3IDH A; 1ZBH A; 3G10 A; 4BE1 A; 1GLC G; 5LJW A; 3L8B A; 1ASV A; 2FBV A; 3T1A A; 2ZJQ L; 2IAJ A; 3V9U A; 3VGL A; 2VWJ A; 4EZ6 A; 4C8K A; 4IEE A; 3D6R A; 2YX6 A; 4E3S A; 4AF1 A; 3FZM A; 1M90 O; 2VQE K; 3VTH A; 3W0L A; 1SAZ A; 3ZX3 A; 5C2F A; 3E01 A; 4QCL A; 1Q9Y A; 4CF1 A; 3ENH A; 4A61 A; 1VSD A; 2RKI A; 4CES A; 2HHQ A; 3SQ2 A; 2GTD A; 1RDW X; 2D0A A; 3AVJ A; 3CM6 A; 5CY4 A; 5KPT A; 4DWI A; 1ZBL A; 3CET A; 3E9P A; 1J6Z A; 3OYI A; 3IMX A; 4KV8 A; 3HXM A; 3THW B; 1HYZ A; 4BY9 C; 2QWO A; 3NVM A; 4PA1 A; 3DLK A; 3UKR B; 4M63 C; 3O3F A; 2XY6 A; 3AVN A; 1NK5 A; 4W5T A; 3QBX A; 5CHI A; 4DR7 K; 4PKI A; 1C1C A; 4B9L A; 4IOX A; 5HRP A; 4U67 L; 2IOC A; 4V19 S; 3IFR A; 5HL7 L; 2ZM6 K; 2HNZ A; 2PFU A; 5AZI A; 4M45 A; 5CYM A; 2OTL N; 3T7Z A; 3KZB A; 3LDP A; 2P9N B; 4FSV A; 4ISE A; 5C25 A; 2D5R A; 3OHR A; 1QE1 A; 4DFP A; 1JLE A; 1XUP O; 2CGJ A; 4JS5 A; 1SUQ A; 3LDS A; 4BC2 A; 2W41 A; 2ASO A; 4FPB A; 5DM6 L; 3L3V A; 4IJN A; 2XY7 A; 4JI6 K; 1KC8 O; 1DTQ A; 2Q97 A; 4NB4 A; 4JD2 A; 3VQP A; 1EO1 A; 4ILJ A; 4JYA K; 3AAP A; 4DTP A; 3H08 A; 3NF6 A; 1EQY A; 2B5J A; 1NK9 A; 1BWF O; 1NK7 A; 3ZSQ A; 3F9M A; 1VHX A; 5EOY A; 5AQT A; 3OA9 A; 4DMN A; 3FR0 A; 3AO1 A; 4NYF A; 1T6D A; 1JL2 A; 3WNF A; 4CHQ A; 3I8D A; 4YOT A; 1EXQ A; 4BRK A; 1D9F A; 5A2Q O; 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1X3M A; 4IDH A; 3NF9 A; 3RRG A; 1IKX A; 2HMP A; 1QQC A; 1S5J A; 4C23 A; 4IEI A; 3NCI A; 2P5O A; 4JD2 B; 4OPH A; 2HHV A; 4JK9 A; 1RT5 A; 2HVH A; 3HTV A; 3VQ6 A; 2D0P A; 2VG7 A; 1BA0 A; 4ELV A; 4EAH D; 2A42 A; 1NBW A; 2CH6 A; 4FWM A; 3CCJ N; 4H4O A; 4F4K A; 2KTQ A; 2IVP A; 1RFQ A; 3K58 A; 4KB0 A; 4H0T B; 2A1S A; 4KPY A; 4H03 B; 3CQX A; 3AAR A; 3OVN A; 2J4R A; 3OBW A; 3P38 A; 4G1Q A; 3EO3 A; 1EWQ A; 3NH1 A; 1ZC6 A; 2HST A; 5LMN K; 4JKC A; 3LL3 A; 3P1G A; 1CXU A; 3SZ2 A; 1YUW A; 2NNW A; 4IOC L; 1JLB A; 1WSE A; 3K5L A; 3LM2 A; 3R9P A; 3M5R A; 3CJC A; 4CZG A; 4DUZ K; 2P9L A; 1C6V A; 3ATU A; 3I8B A; 4PWD A; 2RHK A; 3QER A; 3MDQ A; 4UQG A; 3LP3 A; 5BRD A; 3NH0 A; 4E1N A; 4FJX A; 3JAM O; 1JL1 A; 4DSE A; 3SMS A; 4CJW A; 1XC3 A; 1TVR A; 3SQ4 A; 1XNQ K; 4OKE A; 2P9I B; 3K5M A; 4CEO A; 4OKK A; 2O4I A; 3OS0 A; 1S1U A; 1W2B M; 3G4S N; 4QOZ B; 2LSN A; 3OYN A; 1RDC A; 1KD1 O; 4H8K A; 2G8K A; 4CFB A; 4O55 A; 3I0S A; 2RF2 A; 3IRX A; 2VYP A; 4B9U A; 4FJK A; 2HVI A; 1O1W A; 4B3M K; 4KHS A; 2E2N A; 1BI4 B; 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