The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
119
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structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| total genus |
28
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4GKK K; 1N32 K; 4LF9 K; 4B3R K; 4DV2 K; 2UXC K; 4K0K K; 4JYA K; 2UUC K; 1N36 K; 2UXD K; 4LF5 K; 4JI4 K; 1XMO K; 4LF7 K; 4DV1 K; 3T1Y K; 4DR1 K; 3J7Y P; 4DR4 K; 4LF4 K; 4B3S K; 3T1H K; 4JV5 K; 2VQF K; 4DV7 K; 4DR2 K; 2ZM6 K; 4X62 K; 4JI0 K; 4AQY K; 2E5L K; 1XNQ K; 4JI7 K; 4LFC K; 1IBM K; 1XMQ K; 4B3T K; 5IWA K; 4X65 K; 1IBK K; 3OTO K; 3J80 O; 1N34 K; 1N33 K; 4NXN K; 4DUY K; 4DR5 K; 1HR0 K; 2UXB K; 2UU9 K; 3JAM O; 4LFA K; 4JI5 K; 5BR8 K; 4LFB K; 4LF8 K; 1HNX K; 4JI1 K; 4OX9 K; 3J7A P; 4DR3 K; 4CVN E; 4GKJ K; 5AJ3 K; 1I94 K; 4YY3 K; 5IT9 O; 1HNW K; 3J81 O; 4X66 K; 4B3M K; 5FLX O; 1IBL K; 4X64 K; 2VQE K; 4DV0 K; 4JI3 K; 5LL6 Z; 2HHH K; 5A2Q O; 1XNR K; 5LMU K; 4DV6 K; 4KHP K; 4CW7 B; 4V19 S; 4DR6 K; 5LMN K; 1HNZ K; 4DV4 K; 4JI2 K; 2UUB K; 4JI6 K; 1FJG K; 4DR7 K; 4DUZ K; 2UUA K; 4DV3 K; 4NXM K; 4YHH K; 4LF6 K; 2F4V K; 4DV5 K; 4JI8 K; 1J5E K; #chains in the Genus database with same CATH topology 1WN7 A; 3WNE A; 2HBM A; 1NGD A; 4H0P A; 5BN8 A; 3D2F B; 3QML A; 5AQI A; 3AVN A; 3WNG A; 3O3G A; 3KD5 E; 4CZH A; 5JVH L; 3SCX A; 1KVC A; 3A5N C; 4MFB A; 3SAH A; 2GWJ A; 3LL3 A; 1DT9 A; 4GV6 A; 3TAE A; 5DM7 L; 3H45 C; 2YNG A; 4J8F A; 4DQ8 A; 3OYB A; 4X62 K; 1NJY A; 5BRE A; 4QAG A; 4E7L A; 3SUN A; 3DLB A; 3L8B A; 3J8A A; 1K8K A; 3KIO A; 3RRG A; 4KRE A; 1VQ9 N; 3EL2 A; 3ULE A; 3L2U A; 1VSH A; 3AVH A; 4DFJ A; 4JD2 B; 4HCC A; 4B9U A; 3VQP A; 1C1C A; 3SQ1 A; 1X9M A; 4B9L A; 3HOS A; 3TAB A; 4YDU A; 4CJ7 A; 4CHO A; 1VQ7 N; 4H0V B; 4BVO A; 4AHC A; 4JAX A; 4ISG A; 2WBN A; 2AP1 A; 3WQU A; 5AQT A; 3OYD A; 3M8R A; 1NK6 A; 1UA1 A; 3AAP A; 1LW0 A; 3NF8 A; 3O5B A; 2HNZ A; 2DFF A; 1JJ2 M; 3HXM A; 4CEQ A; 1VSF A; 3DLK A; 1VQ4 N; 3TTF A; 1VQ5 N; 2QWL A; 4OGE A; 4DV0 K; 3TAP A; 2HMI A; 3R3L A; 2OPR A; 3OJS A; 4CZE A; 4H5N A; 4CHN A; 5KI6 A; 1CXU A; 3TSP A; 5CHI A; 1BQN A; 3TU5 A; 2HF4 A; 4BRE A; 1RDC A; 4A61 A; 2QWR A; 3ZLJ A; 4CK2 A; 1NMN A; 4G9Z A; 3THX A; 4F3T A; 1BIZ A; 4Y1D A; 2UUB K; 2YV0 X; 4O0I A; 1JCF A; 3RR8 A; 2ETJ A; 1SL2 A; 4CJE A; 3OYI A; 4CJP A; 5FPN A; 2NUB A; 3HTV A; 5CR4 A; 4CHQ A; 3L3U A; 5ADX A; 1FKO A; 4IDH A; 1KVB A; 3SUQ A; 4BRA A; 3P1G A; 2ASM A; 4DSL A; 1GOC A; 5GAE P; 3RVC A; 2FLO A; 3AO2 A; 1X1P A; 3ZET B; 3QES A; 1QHT A; 2QWP A; 4JYA K; 4FXD A; 5GAD P; 4FJ5 A; 3WEE B; 4FJ9 A; 1XMO K; 3I55 N; 4LF7 K; 3T1Y K; 3IMX A; 5C2D A; 4KI6 A; 4KI4 A; 3FGU A; 1NKE A; 4LSL A; 3TSQ A; 3A2F A; 3CJA A; 3AVJ A; 2YHW A; 3ZSO A; 4JHD B; 3DXK B; 4M41 A; 1RT6 A; 4R79 A; 3CCQ N; 4AIL C; 4DSJ A; 1XC9 A; 1VQM N; 1IG9 A; 3CXC M; 4CER A; 4BDP A; 2G8U A; 3HT3 A; 4BY9 C; 1S1U A; 2GTD A; 3L2R A; 1EWQ A; 2V7Y A; 1TUY A; 3MCP A; 2BGG A; 4JHD A; 4H5V A; 4UQG A; 4E1N A; 4GV9 A; 5AQQ A; 2Q0R A; 1GLE G; 4DQS A; 1GOA A; 5EU7 A; 3ZEU A; 3PIO L; 4ELT A; 4M3R A; 1IO2 A; 4CI6 A; 2W40 A; 3FLC O; 1L3U A; 2D4W A; 4PKI A; 3OYJ A; 3AA3 A; 3BDP A; 3T1A A; 1SKR A; 1WSI A; 5C15 A; 3KLG A; 4J2B A; 4CZI A; 3FFK B; 1LWE A; 4NCB A; 4CZJ A; 5FRO A; 3SAF A; 3J7Z O; 1BDG A; 3U3G A; 5AQR A; 4HUG A; 2O8D A; 3S3M A; 3C65 A; 4N47 A; 3VER A; 3LAM A; 4DFP A; 2Z1H A; 4N76 A; 4G1Q A; 3KK2 A; 2GBZ A; 3EKU A; 1U04 A; 2GV9 A; 1XHX A; 4FO0 A; 2RE2 A; 3PX4 A; 1WUA A; 3VTH A; 4CEE A; 2BH1 A; 4OLA A; 1JL1 A; 3CFP A; 4BC2 A; 3WXI A; 3QEW A; 2ASO A; 1U48 A; 4DFK A; 3HM8 A; 1L3V A; 4BR7 A; 1VQL N; 3HSC A; 1SV5 A; 3SV4 A; 1ITG A; 1SZ2 A; 1B9F A; 3MWP A; 3M8Q A; 4C8N A; 3GDQ A; 5AFU H; 3THW A; 2GWK A; 1YT3 A; 3CQY A; 3SK3 A; 2OPQ A; 3CFR A; 4PKG A; 3NHG A; 1K73 O; 3C7N B; 4MO4 A; 4M42 A; 4YDU C; 1QVG M; 2HHW A; 3H3O B; 3KKS A; 3HRG A; 4GNI A; 4JI8 K; 2DY4 A; 3L4Q A; 3VQ8 A; 4I6M B; 2I7N A; 3AAR A; 3P83 D; 1K9M O; 3THW B; 1BIS A; 4FWN A; 4PUO A; 1QQO A; 4TSX A; 1TKD A; 4PWD A; 3K59 A; 1D4X A; 4AM7 A; 3VGK A; 1HKC A; 4E0D A; 4H4O A; 3UE5 A; 3HBT A; 3QEV A; 3QNO A; 3LAN A; 3MDQ A; 3ID6 A; 5SWM A; 1P90 A; 1Q18 A; 4FL9 A; 2ZJP L; 4KH6 A; 4N5S A; 4FLV A; 4K41 A; 3O9R A; 2E2Q A; 4CF1 A; 4ID1 A; 5TKW A; 5C10 A; 2P9N B; 2QK9 A; 1GOB A; 2I7P A; 2JLE A; 4RG8 A; 3HPO A; 2PY5 A; 2CGJ A; 1M1K O; 3ITH A; 3MMV A; 3OHR A; 4KBO A; 1XMQ K; 1RT5 A; 3WNF A; 2WC9 A; 4W5O A; 1RTI A; 2WON A; 2HW3 A; 1NGI A; 3JSM A; 4CGJ A; 4RW6 A; 3KLI A; 2UXB K; 4CHZ A; 1LCU A; 3ZSZ A; 3CJ9 A; 4FYD A; 4CF9 A; 2FC0 A; 2KZM A; 3VEO A; 1S72 N; 5E41 A; 4BRI A; 4CJT A; 4AM6 A; 1SKS A; 4IFV A; 3CJ7 A; 2YJE A; 5SZT A; 3S3N A; 4CIG A; 4PHT X; 2DPN A; 4LH4 A; 1X9J A; 1OH5 A; 4Z4H A; 4AH9 A; 4E3S A; 2VGM A; 3KWG A; 4O8K A; 4B9S A; 4C23 A; 1L3T A; 4FJK A; 3NF9 A; 4CGF A; 3K5M A; 3CJC A; 1ZXO A; 1O1W A; 1VRU A; 3MWT A; 2ZF5 O; 1WBB A; 4OKJ A; 3UKU A; 3LWM A; 3TAG A; 3QFP A; 3TAM A; 1BOT O; 4K8Z A; 1HKB A; 4CED A; 4CJQ A; 5AQV A; 5C24 A; 1WSF A; 4CJR A; 4CJ4 A; 1GLL O; 4JI2 K; 3BF3 A; 1D9D A; 1CZA N; 4HTL A; 1KFS A; 4JKG A; 3MN5 A; 3V4I A; 2HB5 A; 4CJ5 A; 3HVT A; 4JK8 A; 2F4V K; 4FOE A; 1NGB A; 1XI1 A; 4JNE A; 1Z05 A; 1JKH A; 3G25 A; 3VF2 A; 1XUP O; 3HJF A; 1LOT B; 4BRL A; 1D5A A; 4DTX A; 3KTQ A; 3B6O A; 1YAG A; 4B1U B; 4BGB A; 3GE1 A; 1H1V A; 3L2V A; 4CGD A; 1RT4 A; 1S6Q A; 3AO4 A; 3QO9 A; 3NGI A; 3KZB A; 3C0B A; 3LDN A; 3SMP A; 3ZEU B; 3D7E O; 1DKG D; 3CQX A; 2VQF K; 1NK0 A; 1DLO A; 4FM1 A; 1U4B A; 3G10 A; 1JLB A; 4I2Q A; 3VEN A; 2X6S A; 1YVN A; 1S3X A; 2HOE A; 4LD0 A; 1WSG A; 2OAN A; 5GIO A; 5MLC Q; 5C0Y A; 1HRH A; 3QB0 A; 5AQW A; 3ZSQ A; 2XY6 A; 4Y1C A; 2ASP A; 3CC4 N; 1JLA A; 4FSV A; 3JAM O; 1R0A A; 4BQZ A; 3VF4 A; 4FK0 A; 5AZI A; 1V4S A; 3C7N A; 1U45 A; 1C1B A; 4ILH A; 5F1X A; 1BQM A; 1GLA G; 4H0Y B; 3I56 N; 5AJ3 K; 3LP3 A; 4BC3 A; 2HBL A; 3KLH A; 3J81 O; 3SJJ A; 2OPP A; 3FR0 A; 4FWK A; 4ILJ A; 3AVA A; 1NGJ A; 3VMF B; 1RCH A; 3LPT A; 4KHS A; 1WB9 A; 1IBL K; 2E6M A; 3DOK A; 3VQ9 A; 2E4L A; 2V52 B; 2VQE K; 3TI0 A; 2P9K B; 1KFD A; 5C12 A; 4Z4E A; 3O9Q A; 1FKP A; 3G0Z A; 3CCR N; 5F0X A; 1X3N A; 5KTQ A; 4I6M A; 2QXF A; 4CEB A; 4CJU A; 4BRQ A; 4DLE A; 3ZSR A; 2OZM A; 3VET A; 1BI4 A; 3O9S A; 1BIU A; 4CZM A; 4JN4 A; 1LWC A; 2FBY A; 4Z4C A; 4FK2 A; 4NXM K; 4YHH K; 3OY9 A; 4LF6 K; 2DFH A; 3VQE A; 3MXM A; 2P9I A; 3MEE A; 3NH2 A; 2ZJQ L; 4UY8 O; 4DU4 A; 4BRM A; 4KB1 A; 4H8K A; 3CD6 N; 5BR9 A; 1HMV A; 3OYE A; 4DS5 A; 4DV2 K; 3K0S A; 3QIO A; 3RSE B; 3O4N A; 4O55 A; 3TSU A; 4WE1 A; 1N6Q A; 4DTS A; 4FJL A; 4B9V A; 4DR1 K; 3DWL A; 5E26 A; 3I8D A; 3OYF A; 1RBR A; 4E7H A; 1DEJ A; 3SLC A; 4FJ7 A; 2B4J A; 3IAY A; 4CJL A; 3AVL A; 3THX B; 4DG1 A; 4DTP A; 3VQA A; 5CE3 A; 4XH1 A; 3LM9 A; 3P4I A; 3CPE A; 5KRT A; 3O80 A; 2YHY A; 2F7T A; 3DMJ A; 3CCJ N; 3ALY A; 1XWL A; 1KTQ A; 2GEM A; 3CYM A; 3VEX A; 1X9S A; 2B6A A; 4BRD A; 3EKS A; 4WFB L; 4DUY K; 4N56 A; 2QKK A; 4PQU A; 3ZET A; 4JLH A; 3QEP A; 4QCL A; 3IKM A; 2CH6 A; 2DFE A; 4GV3 A; 4CIF A; 4FJN A; 4Z0U A; 4FZY A; 3RMB A; 1TKZ A; 4CF8 A; 4BAC A; 4KHU A; 4BE0 A; 4CIE A; 2IAJ A; 4W5N A; 4WQ5 A; 3C6T A; 5IT9 O; 3KK1 A; 2YNH A; 2YNI A; 4PL7 A; 1VRT A; 1A5X A; 1MDU B; 5FRN A; 4NLB A; 4OVL A; 3VQ7 A; 2VG5 A; 3ULD A; 4JI3 K; 3LDS A; 5LL6 Z; 3OBY A; 2NRZ A; 3LDO A; 3O4Q A; 4IG0 A; 2FSK A; 4CEZ A; 2E1Y A; 1TKT A; 5AQJ A; 2P9U A; 1TYQ B; 2YI1 A; 4DQP A; 4NYN A; 3Q7C A; 3NVM A; 4NB4 A; 3O8M A; 5LJV A; 4H0O A; 3NAE A; 3C94 A; 4BR2 A; 3BUZ B; 3OYG A; 4DV5 K; 3LAK A; 4QS9 A; 4GKK K; 4ILG B; 5AQL A; 3AVB A; 1XQS C; 3OYL A; 3AO1 A; 3VF6 A; 1HPZ A; 3CCL N; 2QWM A; 2UXD K; 1GLC G; 2HF3 A; 3KKR A; 1RBU A; 4I7F A; 3E1Y A; 1EX4 A; 1C0U A; 3MN6 A; 4H5R A; 3G4S N; 1T6C A; 5AQK A; 2NRT A; 3VPZ A; 2CH5 A; 3MN7 A; 1ZBI A; 4CFD A; 4JI0 K; 2E5L K; 2G8W A; 1QZ6 A; 1IKY A; 4X65 K; 3PX6 A; 3ISN C; 1C6V A; 3OTO K; 3ZX2 A; 1QZ5 A; 3O3H A; 4KPY A; 5E84 A; 4CEF A; 5AFU A; 4BGA A; 3AA2 A; 1S1W A; 3FZL A; 4JK7 A; 1SL0 A; 1J6Z A; 4O5B A; 4BG9 A; 3A5M C; 5AQZ A; 3W0L A; 3L6Q A; 4BE2 A; 2D5R A; 3OYN A; 1B92 A; 1S1T A; 3O08 A; 2QW9 A; 3WXL A; 3CC2 N; 1LWF A; 4OX9 K; 3DJC A; 4A2B A; 4Z4I A; 1WLJ A; 3VEZ A; 2EX3 A; 3NMU A; 3MCA B; 3KLE A; 4A5A A; 5K14 A; 2PAV A; 2ITG A; 1Q86 O; 3MEC A; 1KAZ A; 4JRQ A; 2HVI A; 1NK7 A; 3K58 A; 5FLX O; 3VQD A; 4H4M A; 4WQ4 A; 1BG3 A; 2O8F A; 4E89 A; 5B8H A; 4EFH A; 5J2N A; 4JKG B; 1GLB G; 3CHW A; 1IV0 A; 4FWQ A; 2CGK A; 5BPM A; 1K6Y A; 3TAR A; 4YNQ A; 5LMU K; 4BRO A; 1FK9 A; 2X78 A; 4CW7 B; 2Z1J A; 1W97 L; 1YIJ N; 4EHT A; 1U6Z A; 5LJW A; 3IS9 A; 2P51 A; 1S5J A; 3A0I X; 2O8F B; 4O44 A; 2YCH A; 1KQS M; 2D0P A; 1VHX A; 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4B1Y B; 1TK8 A; 1I3A A; 3M5R A; 5CZ1 A; 4H0T B; 4FLX A; 3N4Q A; 4CGI A; 3ZX3 A; 3FZF A; 5M1K A; 4RW8 A; 3KJV A; 4DKW A; 1YJN N; 4DR7 K; 1EET A; 5CY4 A; 1NKC A; 3UB5 A; 1NGF A; 2HHV A; 1JL2 A; 3S9H A; 3M3Z A; 3V9U A; 2QKB A; 1W9H A; 2W6L A; 1RBV A; 4KTQ A; 3FFI A; 4OPA A; 3CM6 A; 3PIP L; 2D0B A; 5AQG A; 3ZSY A; 3O3F A; 3EY1 A; 4L3Q A; 4CF0 A; 1KLN A; 3MXI A; 1JLG A; 4EZ9 A; 2PZS A; 3R8E A; 3ZSW A; 3TR8 A; 3U4L A; 4DV1 K; 4CJV A; 3KD1 E; 3K5O A; 3VGL A; 3CG7 A; 1ASW A; 4LSN A; 5AQH A; 1NLV A; 3T1H K; 4B9N A; 4BVP A; 1UWB A; 2BUP A; 4AHU A; 1FXX A; 1RBS A; 2OZS A; 1DTT A; 2P9I B; 1JCE A; 3BZC A; 5HOO A; 4MQ3 A; 1SQK A; 3CPW M; 1IJJ A; 4I2P A; 4NXN K; 2P9K A; 2XY5 A; 4M3Z A; 1NG9 A; 4CEO A; 3DXK A; 4FOI A; 4KRF A; 2BTF A; 3V9Z A; 1S9G A; 3JYT A; 4LFA K; 2VG7 A; 2D0C A; 5GAG P; 4M7X A; 2HND A; 5HBM A; 4JKA A; 4BDY A; 4HWI A; 1JLF A; 2KHO A; 3F73 A; 2QTD A; 4CZL A; 3AA5 X; 4WFN L; 1S9E A; 3HST B; 2JWK A; 4YOV A; 1HJR A; 4CEA A; 4LC9 B; 1HQU A; 3B6P A; 5EVZ A; 5BPL A; 1WBD A; 4NYF A; 3CMA N; 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