3ZSRA

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
molecule keywords INTEGRASE
total genus 59
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-06-30
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zsrA00
3DRRA 2P1JA 4HUEA 4C8OA 3TAQA 5DK5A 3JSMA 1VSDA 3QNOA 3MXIA 4CJVA 3SQ2A 4Z4HA 4F2RA 4M3WA 2O4GA 1EKEA 1CLQA 1FKPA 1SKSA 4I9QA 1NK9A 4OPJA 3DLBA 3ISNC 2QKBA 1NK4A 3SPZA 4CFDA 1TKDA 4DG1A 1QQCA 4CEFA 1QSSA 4FZYA 4IFYA 4CJWA 4JRPA 3VQAA 3V1QA 3ZSWA 3RRGA 3UIQA 3IG1A 1B9FA 1VSKA 1LWEA 4OKKA 4DQPA 4KTWA 4HUGA 4LY7A 3DOKA 5EU7A 1NKEA 3VN5A 1LWFA 2Z1IA 1A5WA 3VQEA 1XWLA 4BE2A 3OYKA 1WSEA 3MEEA 4CJLA 1IKYA 3S3OA 4DTPA 4ELTA 3SYZA 3SJJA 3AVAA 1HYSA 3I0RA 1X9SA 1KSPA 3AVIA 4FJXA 4F2SA 2BE2A 4O5BA 3RWUA 4B9TA 4B08A 4GW6A 3DLEA 3V9WA 3SQ4A 1YVUA 4QAGA 3B6PA 4FW1A 3RMAA 3PV8A 1JLBA 1KVBA 1U47A 1I3AA 3QINA 4O55A 1HQEA 3NFAA 3NH1A 1HMVA 1HQUA 3VQQA 4RW6A 4BDYA 4E3SA 1K6YA 4BACA 3EZ5A 4FJJA 2AJQA 1S1TA 4UQGA 1NOZA 4M3XA 5SZTA 1A5XA 3EYZA 4E7HA 2D0BA 1EXQA 3NGYA 3OYNA 4O0IA 2VG6A 1S6QA 4ICLA 4AHRA 2HHQA 2X6SA 1LW0A 3DLKA 1BIUA 3MXJA 5JS1A 4FK2A 4KTQA 1HYZA 3RMCA 3ZSQA 4JS4A 4N56A 1W0HA 1JLQA 4DTMA 4JRQA 3NHGA 3BGRA 3CFOA 3SNNA 4J2BA 4F3OA 2OPQA 1B9DA 1CXUA 3KK3A 3LPTA 3NBPA 1BGXT 3KLEA 3TAGA 1XI1A 4EZ9A 4L8RB 4KAZA 4CCHA 2GUIA 3HL8A 2I5JA 4CEOA 5J2NA 1VRTA 5J2QA 3V9UA 1LV5A 3RR8A 1RDCA 1EX4A 1C0TA 4N5SA 3NH2A 3TANA 1KTQA 3TABA 1TKZA 3AV9A 4KV8A 4AHCA 3QERA 1VSJA 3B6OA 1SL0A 2OA8A 2FBVA 3SV3A 3MAQA 3BDPA 2PYJA 4KHSA 4AHTA 1WN7A 4LH4A 1O1WA 2BANA 3QEIA 1VSFA 3QEXA 2ETJA 4CK3A 4DTJA 1DTQA 1BCOA 4B9NA 2KQ2A 1C1BA 4Z4FA 1VSIA 4FM2A 1G15A 3RMBA 1UA0A 4CJEA 3ZSXA 1ASVA 4HCBA 3G0ZA 3K58A 3KLGA 4KHUA 3OYMA 1CXQA 3CQ8A 4ELVA 2YKMA 2HB5A 1WSGA 3MXMA 4ID5A 3SUNA 1QTMA 4CGJA 3TAFA 4FZXC 3PX6A 2VWJA 2RPIA 1SV5A 1RCHA 1XHXA 4NCGA 4CJFA 3RMDA 4J2AA 1TL3A 5J2MA 4Y1CA 4E0DA 4CJKA 1RNHA 3KD1E 1VK0A 4CF9A 1JLAA 2E6MA 3P5JA 2HMIA 4IFVA 4DFJA 4GVMA 4PA1A 3DLHA 4PY5A 2XRIA 2Z1HA 1T7PA 3O3HA 2EX3A 3V6DA 5C25A 4AHVA 2XHBA 2KFNA 4CK2A 2YHBA 2IDOA 4OVLA 4FLVA 4Z4IA 2HW3A 4E7JA 1BISA 4DF8A 2O4IA 2WOMA 3QLHA 4BDPA 2XY7A 1B92A 5FROA 3M8SA 3K5NA 4DTOA 3NF7A 4M3RA 2OZMA 4F4KA 2HVIA 3LP3A 4CF2A 1SKWA 4JS5A 3TR8A 3LDSA 1QHTA 3ULDA 1I39A 4CJTA 3OYGA 2BGGA 4KTZA 3HM9A 3L2UA 3DRPA 2DTUA 5C42A 4TSXA 4LD0A 1EETA 5HBMA 3L2RA 3RRHA 4M42A 1BQMA 4CJPA 4CIEA 4W5QA 1VSMA 3LP1A 5HRPA 2OPRA 3THVA 3DYAA 5HROA 3V1OA 3L2WA 1YT3A 2Z1GA 3SCXA 1DLOA 1JLEA 3V4IA 2Y1IA 3HPHA 3HK2A 3LP0A 3L2VA 1ASUA 1RTJA 1KVAA 5K14A 1U04A 4DTRA 4NYFA 4E1NA 2Y1JA 4FJMA 4CHQA 3L8BA 4KREA 4RG8A 1C0MA 1KCFA 4OGCA 4CJ4A 1RBRA 1S9GA 3KJVA 2EHGA 1WAFA 3TAMA 3ZT1A 4CGIA 1RILA 3OYLA 3LWMA 3NF6A 2W42A 4DFMA 2P5GA 4KHNA 3KKSA 2G8IA 2G8HA 1EP4A 4M41A 1ZBLA 1RBUA 4FXDA 4FLTA 4I2PA 5J1EA 1KRPA 3RTVA 1SUQA 3LAKA 4OGEA 3T3FA 1RDBA 4Z0UA 3LALA 3DLRA 4I9LA 3NAEA 4KPYA 4I7FA 2R7YA 4DSEA 1C6VA 3KK2A 1HNVA 3DOLA 3KLFA 1NK0A 4FJKA 4KHQA 4FJHA 1BIZA 4IDKA 4CHOA 3SV4A 3PO5A 2FC0A 3NGIA 4H8KA 3OYAA 3HJFA 2P5OA 4LH5A 4ZTJA 3SUPA 5CYQA 4DFKA 3CYMA 1NK6A 1RT4A 4E19A 4DTXA 3OS0A 3NF8A 3PX0A 1N6QA 4ZTFA 1RTHA 1FK9A 3JYTA 1TK0A 2ZD1A 1BI4B 1NJZA 4Y1DA 3O4NA 3HXMA 2KZZA 3FFIA 3AO2A 3ZSOA 3ZSZA 4DSIA 3MEDA 3AA2A 4PQUA 4KFBA 3VA0A 1XC9A 3AO5A 4RW8A 1ASWA 4CJSA 3K5MA 4N76A 1T05A 4FLZA 3I0SA 5CY4A 5FRNA 3AVJA 1BQNA 4BE1A 1RT1A 3PX4A 1BHLA 3OVNA 3U6FA 3V9SA 3SQ0A 4CF1A 1TV6A 1J53A 3ZT4A 5CYMA 4CK1A 4FCYA 1S1XA 2OPPA 1UA1A 2KZMA 3H08A 2FBYA 1JLGA 3P1GA 3AVNA 3U3YA 4OPKA 1NJXA 2PY5A 3NCIA 1WSJA 2YHAA 4C8MA 4ELUA 1RTIA 1S5JA 1QS4A 3ZSYA 1N5YA 2HHXA 1IH7A 4R5PA 4LSNA 3T19A 3KLHA 1QE1A 1D8YA 1FKOA 2VWKA 4CJUA 4FLXA 4BE0A 4FYDA 4FZZA 3VQCA 4Q0BA 2IS3A 2KW4A 1L3VA 1WSFA 4C8NA 3WNEA 3F73A 2BDPA 5KTQA 4FJ5A 4FJIA 4CEAA 4KKOA 4KB0A 3DRSA 5J2PA 3U3GA 4E7KA 1DTTA 3ZSVA 4YFUA 3TAPA 1Q9XA 1RT5A 4J2EA 1RDAA 1R0AA 3QIPA 4JLHA 2KTQA 1ZBHA 3HPOA 3OS2A 4CHNA 4PUOA 1NK5A 3DI6A 4HHTA 4FM1A 5CZ2A 2X6NA 3ZT0A 3HVRA 2OZSA 4FJLA 4NCAA 2GBZA 4FVMA 1TKTA 1ZYQA 2IC3A 4CGGA 4CEZA 2B6AA 1NKBA 4FK0A 2FBXA 3LWLA 5KRTA 3K5OA 3NF9A 3TAEA 4B8AB 4K8ZA 1XHZA 3AVMA 4B9LA 3HP6A 3L3VA 2YKNA 1Z26A 1S1VA 4W5NA 5KI6A 3C6TA 4HCCA 4IG0A 4G1QA 1YTAA 1TAQA 2LSNA 4M3YA 2RN2A 3K2PA 2OPSA 4KHYA 3ASMA 4DMNA 4Z4CA 1C1AA 3VQ7A 4AHUA 4E89A 5I3UA 1HNIA 4N47A 3NDKA 1BCMA 4RW7A 3LZJA 1KFDA 1TL1A 4CIGA 3TI0A 1ZBUA 3EY1A 2RF2A 4KI6A 3ALYA 1TVRA 4DTUA 4MQ3A 2HHSA 3TWHA 2A1SA 3HO1A 1HJRA 4DFPA 1NK7A 1WAJA 3A2FA 4DQSA 5SWMA 4NCBA 3VQPA 4CGFA 3IRXA 1S9EA 2P51A 1JLCA 4ID1A 1RT2A 5CZ1A 2YNIA 4AILC 4FJ8A 4FK4A 2F8TA 3AO3A 4DU4A 1D9FA 4DF4A 2G8KA 2QKKA 3OS1A 1TK8A 3VQDA 3E01A 4CERA 2X74A 3AVHA 1IG9A 4Z4GA 3M8QA 1IO2A 3NGZA 3VQ4A 4BDZA 1WSHA 3AA5X 5KGXA 5I42A 1GOBA 2QXFA 2IGIA 1J9AA 1LWCA 3HP9A 3V1RA 4CHYA 3O3FA 4DU3A 1S6PA 1NK8A 1Y97A 5KRSA 5JS2A 3OJUA 3C95A 3LANA 4H4OA 1BI4A 2Z1JA 3DM2A 2B5JA 1IKVA 1LAWA 4BWMA 4XIUA 3OYBA 4FJNA 4CECA 3DMJA 3AA4A 3HSTB 5DMRA 4DSKA 1FXXA 3KD5E 4GMJB 2YNFA 3HPGA 1HPZA 2HHUA 3AVCA 4FLUA 4KO0A 3VQ5A 1U48A 3OY9A 2NUBA 1Q8IA 4QOZB 1LAVA 3QETA 3S3MA 3QEPA 4HUFA 3T1AA 1X9WA 3IAYA 1UAXA 4CJ5A 4Z4EA 1KVCA 3QNNA 3G10A 4DLEA 1JXEA 4CFAA 2GV9A 2YNHA 1JL1A 2E4LA 1JXBA 1Z25A 4W5TA 3WNGA 3OYFA 1UWBA 3M8PA 2DFEA 1U4BA 5FRMA 1W9HA 4O0JA 2HVHA 4CEEA 1VSLA 3KK1A 1D5AA 5D3GA 4NYNA 4OKEA 4OLBA 3KIOA 2XY5A 4FJ7A 2G8WA 1RBVA 4IBNA 3SUOA 4CE9A 4KI4A 2XO7A 2G8UA 4DSJA 1X1PA 1BL3A 2X78A 1WLJA 2WONA 3OYIA 3C94A 3VQBA 2DFHA 1S1WA 4CFCA 1L3TA 2HNDA 4K8XA 3QESA 2RKIA 3SPYA 4M3ZA 1HYVA 4CIFA 3OYHA 4C8LA 1CZBA 4CEDA 3AVFA 3CM5A 2HHVA 1REVA 4LSLA 1LW2A 4CJQA 1JL2A 1J5OA 3OYDA 2ZQBA 2YNGA 1RBSA 4EP5A 1GOCA 2D0AA 3V9ZA 4ZHRA 3M8RA 1U45A 4DSFA 4CJRA 4DTNA 3AO1A 3DLGA 1RDDA 4CHPA 3AVGA 4HVJA 5HLFA 4B9VA 4QCLA 4EZ6A 2JGUA 3O4QA 1NKCA 2VG7A 2ITGA 2Q3SA 4OKJA 4RW9A 3O3GA 3KKRA 3ZT3A 1NJYA 4N41A 2QK9A 2HNZA 1TKXA 1A5VA 2YV0X 3OYJA 1NJWA 1RT7A 4M3TA 4WE1A 3ZT2A 4DS4A 4KHWA 1VSHA 2E6LA 3AVKA 4H4MA 3VQ8A 3ZCMA 3QEVA 1ZBFA 3HT3A 4DS5A 4DQIA 3NH0A 4F3TA 1TGOA 4M3UA 1T03A 1YTUA 1L3UA 1C1CA 1KLMA 1SL1A 2G8VA 4MFBA 3LP2A 3SUQA 4KRFA 4CFBA 1MU2A 4E7LA 3VQ9A 3L2QA 2A1RA 2PZSA 4AHSA 3WNFA 3SI6A 2B4JA 2PYLA 4B9MA 3QO9A 3OYCA 4DU1A 4DWIA 3LZIA 4OLAA 1JLFA 4IKFA 5E41A 3HYFA 1WSIA 2OYQA 3CFRA 2IAJA 2DY4A 1C0UA 5KGWA 4KB1A 3KLIA 4FLWA 1D9DA 2D0CA 4I2QA 3C6UA 3K59A 3SQ1A 3D45A 5HRRA 4DQRA 1WNSA 4J2DA 2HHWA 4CJ3A 4CGHA 3MEGA 1KLNA 2ATQA 4IG3A 5FDLA 3F9KA 3IS9A 2F8SA 4B8CA 3PY8A 2D5RA 4O4GA 4B9SA 3WNHA 4YNQA 3AO4A 2JLEA 1UOCA 3S9HA 1CZ9A 2F96A 3LPUA 4W5RA 5HP1A 3QEWA 4FW2A 3K5LA 4HTUA 3SZ2A 4DTSA 4CHZA 3P83D 1L5UA 3AA3A 3AVBA 1TAUA 1J54A 1VRUA 4EP4A 3I8DA 1RTDA 5T7BA 1T8EA 1F21A 3HVTA 4W5OA 4Q5VA 3L3UA 1RBTA 2IOCA 4DSLA 1NOYA 3QIOA 3OJSA 3K57A 4PWDA 1U49A 3KTQA 4CGDA 3D0PA 3RR7A 4FJ9A 3AVLA 4DLGA 3ZSRA 4DQQA 4B9UA 1RT6A 5HRNA 2G8FA 3PUFA 4BWJA 4E1MA 4B3OA 1ITGA 3CFPA 3VQ6A 3ITHA 4FLYA 4CESA 3NE6A 1L3SA 1SL2A 1QSLA 1QSYA 2HNYA 4C8KA 4E7IA 4RW4A 1IKWA 1X9MA 4CEQA 4CF8A 4CF0A 2KFZA 5C24A 3PO4A 1VSEA 1HRHA 3MECA 4AH9A 3S3NA 1KFSA 4M45A 3TARA 2ZE2A 3V81A 3CM6A 4FM0A 1IKXA 1GOAA 2DFFA 2XY8A 2XY6A 4F8RA 4CEBA 4OJRA 3CG7A 1RT3A 1TK5A 1Q9YA 4FJGA 1ZBIA 3LAMA 3VA3A 1S1UA 4O44A 2VG5A 3OYEA 1SKRA 1JKHA 3V9XA 2FBTA 2HHTA 5HRSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HUEA 1VSDA 3MXIA 4WQ4C 4F2RA 4Z4HA 4M3WA 3ID6A 2UUBK 1SKSA 3SPZA 2CH5A 4CEFA 3RRGA 3VQAA 4O8UA 5AZJB 1U6ZA 2UUAK 1LWEA 3DOKA 4Y0WA 3VN5A 1LWFA 2Z1IA 1A5WA 3VQEA 1XWLA 3S3OA 4JK7A 2W41A 3SJJA 1X9SA 2W6KA 4IJNA 1KSPA 4O5BA 4B9TA 3EZWA 1YVUA 3GG4A 4QAGA 2HMPA 4FOEA 4B3SK 1JLBA 2NRTA 4O55A 3VQQA 1S1TA 3PLAA 3HSCA 5SZTA 1A5XA 3BF3A 4FWRA 4JKCA 1ZBSA 3EKUA 3T69A 1J6ZA 2P9UB 3MXJA 3MK6A 5JS1A 5AZIB 4KTQA 1VQPN 4NXNK 4WQ5A 4N56A 1W0HA 4LF5K 1GLFO 3J7AP 4J2BA 4F3OA 2OPQA 1B9DA 3HOTA 4KAZA 4CCHA 3HL8A 4CEOA 5J2QA 3V9UA 1KC8O 5KPZA 1Y64A 3RR8A 1X3MA 1VSJA 2CGLA 4AHTA 4DV3K 4BR5A 2GWJA 2BANA 1TYQB 1BDGA 4CK3A 1S72N 1DTQA 4B9NA 3O80A 3MX5A 4A5AA 4YDUC 2E2NA 2HBMA 3K58A 1NGIA 4KHUA 3J80O 3OYMA 3CQ8A 3A5LC 4AM7A 2HOEA 4BC2A 3SUNA 1QTMA 4FZXC 4KH6A 5CR4A 4J2AA 4O5FA 4E0DA 4JKFA 1RNHA 5AQVA 4CF9A 1U2VA 3DLHA 2HMIA 4IFVA 3FZHA 5BRDA 1VHXA 3O3HA 3V6DA 4FWPA 4AHVA 2KFNA 1YVNA 4FLVA 3VEWA 2UXDK 2FF6A 5FROA 3M8SA 3K5NA 3QICA 4M3RA 3LDSA 3VESA 3OYGA 2DPNA 2P9PA 4KTZA 2NZTA 3CI5A 5C42A 4LD0A 4M42A 3SK3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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