1RDCA

Crystal structures of ribonuclease hi active site mutants from escherichia coli
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTNSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of ribonuclease HI active site mutants from Escherichia coli.
pubmed rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE H
molecule tags Hydrolase(endoribonuclease)
source organism Escherichia coli
total genus 42
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1993-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1rdcA00
4YNQA 3HK2A 2QXFA 4E1MA 2PZSA 4N41A 2BGGA 3LAKA 2VG6A 3H08A 4CJKA 2HB5A 4CECA 1JLQA 3AVMA 4FZYA 1S6QA 1VSMA 2G8HA 4OKJA 3ZT0A 4CEEA 1C1CA 2KW4A 3OS0A 3D0PA 3TR8A 3VQ9A 3L2WA 4C8MA 4DTOA 4HCCA 1SL0A 3SQ2A 3VQAA 4GVMA 1TL1A 3LALA 4AHRA 1RT6A 1T8EA 2ZQBA 3KKSA 1UA1A 4LSNA 4XIUA 3PO4A 1UWBA 3MXIA 4M42A 1U04A 4FJ7A 2KZZA 2DFEA 4GMJB 1R0AA 1BGXT 4BE2A 3AVHA 1A5WA 3LPUA 3TWHA 3RMCA 3KK2A 3PUFA 3OS1A 1QSSA 4DQIA 4FZXC 2YKMA 3OYAA 1KLNA 1Y97A 1NK6A 2PYLA 2HHSA 1VSEA 1BCMA 1K6YA 4ZTJA 1TKXA 2FBVA 4CJTA 5T7BA 2G8IA 4E7LA 4FJ8A 3AVBA 4RW8A 5CY4A 1WAFA 3K57A 3BGRA 4J2BA 4HTUA 1WSHA 5CZ2A 3KK1A 2DFHA 4BACA 2KFZA 3E01A 3K58A 1VSFA 2RKIA 3OYHA 4FLTA 4K8ZA 1J54A 2YNGA 5CYMA 1IH7A 4DSFA 5KI6A 3C95A 1KFDA 2D5RA 3VA0A 3AVFA 4CF9A 1C6VA 3IS9A 4KTZA 4Y1CA 4CJQA 1J9AA 1HQEA 2IAJA 2X78A 4BWJA 3U3GA 4CE9A 1RT5A 4DFJA 2OA8A 3NFAA 2XY6A 1IO2A 4O55A 1BHLA 4B9SA 4KREA 4DFMA 3MXJA 3TAGA 5JS2A 3S3MA 1BQMA 1S9EA 4CFDA 5HLFA 4IKFA 3TAEA 3VA3A 3CG7A 3P5JA 3CM6A 4CHYA 2E6LA 4FJLA 1TVRA 4CEOA 5C42A 1A5XA 3RTVA 3KLEA 2P5OA 1S1TA 2PYJA 4FW1A 1B9FA 4LH5A 4M3UA 1XHZA 1TK5A 3O4NA 3OJUA 3ZSRA 1N5YA 1RCHA 2B5JA 4JRPA 2G8WA 2O4IA 4DLGA 4CEDA 2ATQA 2D0AA 4CGDA 3VQCA 2VWJA 3KD5E 4H8KA 3AVLA 2QKBA 4W5NA 3HVTA 1REVA 2XHBA 1VRUA 3WNHA 1Q8IA 4RG8A 3L2QA 2QKKA 4R5PA 1IKXA 3VN5A 1C0TA 3L2VA 1VSKA 1WLJA 4H4OA 3QERA 2OPQA 3QO9A 1YTUA 3DLRA 1WAJA 2ITGA 5HRSA 1KCFA 4B9TA 2ZD1A 5I3UA 4J2DA 4DMNA 4RW9A 4E89A 2GUIA 1GOAA 1GOCA 4M41A 1LAWA 1RTIA 3LANA 2BANA 1N6QA 4Z4EA 4CF1A 4O4GA 4BWMA 5KRSA 1C1BA 3LWMA 3VQ7A 4BDPA 2HHTA 1YT3A 5FROA 1RTJA 4PUOA 1HPZA 1KSPA 2X74A 3PV8A 5KRTA 4N5SA 4FJKA 3LWLA 3ALYA 1RTHA 4OPJA 1NKCA 2G8FA 2VG7A 2LSNA 3TAFA 3SPYA 1QHTA 4CK2A 1T05A 1NJWA 3V4IA 2GV9A 4FK0A 2FBXA 4FVMA 5C25A 4CHPA 2VWKA 3VQDA 4DU3A 3DOLA 4AH9A 4DSEA 3KIOA 3LDSA 3DLBA 1BIZA 3L8BA 3ISNC 4HHTA 4B9NA 1LW0A 3MEGA 2P5GA 3I8DA 4DTRA 3P83D 4ID5A 2HNZA 4IBNA 4B3OA 1QSYA 3VQ6A 2YV0X 4FLYA 2XRIA 1NJXA 4HUGA 1B92A 1WSFA 4FLXA 4C8KA 5FRNA 2P1JA 4DTXA 3DMJA 3QNOA 3V81A 1U45A 3HYFA 1SKWA 4KPYA 4LY7A 3V1QA 1C0MA 2XY8A 3AA5X 1S1VA 4NYNA 5E41A 4W5RA 1U47A 1ZYQA 2AJQA 1IKVA 3HL8A 1ZBFA 1B9DA 2RN2A 4CGIA 4ZHRA 4FM1A 1D5AA 3SZ2A 4KHNA 4F3TA 3OY9A 4I7FA 4E7HA 3F9KA 4ELVA 3C6TA 4KTWA 4CEQA 1HNVA 3VQPA 2IGIA 1W0HA 5HRNA 4CJPA 4DQSA 4DF4A 1TAQA 3AVGA 3EYZA 3NGYA 3G0ZA 1HJRA 4E3SA 4B9UA 4KB1A 3OYEA 3TANA 2Z1HA 1TV6A 2HVIA 4CGGA 4CJ4A 1L3UA 3CYMA 1LWCA 3QNNA 1BQNA 1RNHA 1JXBA 4O44A 1RBRA 1KVCA 4O0IA 4DQRA 1JL2A 3B6OA 2DFFA 4ZTFA 2KFNA 4CK3A 1TGOA 4BE1A 2A1SA 1DTQA 4KHWA 5FRMA 1HYSA 4CJFA 3ASMA 4PY5A 4DF8A 4DQQA 2D0CA 3MXMA 1ZBUA 1NOZA 3G10A 4CCHA 4CGHA 4FCYA 2OZMA 5K14A 3S3OA 1J53A 1EETA 3VQBA 1RBUA 3IG1A 4M45A 3F73A 4B9LA 4FK4A 1TK0A 1VSDA 1NK7A 1EP4A 1ASWA 1XWLA 3NBPA 5DMRA 3V1RA 3NE6A 3TAQA 1NJZA 1WNSA 3HO1A 3L3VA 3QIPA 4JRQA 3WNEA 1XI1A 5HROA 4KRFA 1NK4A 3KKRA 1NK8A 3LP0A 2Y1IA 4M3RA 4CHZA 1S1XA 4CIFA 4KV8A 1SV5A 2NUBA 3LPTA 4EP5A 4W5TA 2EHGA 3QLHA 4CJSA 1RTDA 3V9SA 3OYBA 3ZSXA 1X9WA 1BIUA 4FLWA 2BE2A 1SL1A 4M3YA 2HHVA 1EX4A 2HHUA 4FZZA 3OJSA 4DTUA 1D9DA 2F8TA 3U3YA 4Z4IA 5J2NA 4KHYA 4CEBA 3ZSQA 1C1AA 1JLAA 3KLIA 3HT3A 4J2EA 3AA2A 3M8SA 4JS4A 3RRHA 4CERA 1RT2A 1CZBA 4UQGA 3OYLA 1XC9A 4B08A 2IOCA 2XY5A 1IG9A 3RWUA 5C24A 3ZSYA 2OPPA 1JLCA 5EU7A 1RILA 1KFSA 3KLFA 4FJIA 3L2RA 4KHQA 1RT3A 2OZSA 4K8XA 2JLEA 1JXEA 4MFBA 2YHAA 5CYQA 1S1WA 4FJJA 4L8RB 1ASVA 3NF7A 3SUQA 1SKRA 2FC0A 4FLVA 5D3GA 3V9ZA 4CFAA 4IG0A 4MQ3A 4FJNA 5HP1A 3OYDA 5J2QA 3DRRA 3QINA 4NCGA 3OVNA 5CZ1A 4OGEA 3AVKA 1X1PA 4ICLA 4CF0A 1U49A 1L3TA 3HPHA 2HVHA 4FJMA 3KD1E 1W9HA 1ZBIA 4O0JA 4I9LA 1BISA 4AHCA 3KJVA 1ASUA 3CM5A 3ITHA 4CHOA 2XY7A 3A2FA 3KK3A 3ULDA 1RBSA 3NH1A 3HPOA 4N76A 2VG5A 2HHXA 2HHQA 3QIOA 3HPGA 3AA4A 5J2MA 1JLBA 4ELUA 3V6DA 4RW4A 1NK5A 1Q9YA 4FJGA 3LP3A 3QEVA 2F8SA 4DS5A 1I3AA 1T7PA 3PX4A 3RMAA 4KB0A 4FLZA 1CXQA 4QCLA 2KTQA 3OYGA 1ITGA 1RBVA 2ETJA 3S9HA 3SUPA 1BI4B 4OLAA 5KGWA 4FM2A 4I9QA 4KI6A 3MECA 4Q5VA 3SJJA 3CFRA 1KVBA 3HSTB 3NGZA 3OYMA 4W5OA 3ZSZA 4HUEA 1FK9A 3CFPA 3AVIA 3QETA 2R7YA 4DS4A 3HXMA 1VK0A 2I5JA 4JLHA 1JLFA 4CGFA 3D45A 5HRPA 3OS2A 4FYDA 3WNFA 4OGCA 4AHTA 4EZ9A 1LAVA 2E4LA 3IAYA 1KVAA 1RT4A 3V9XA 4M3TA 5HRRA 4ELTA 1RT1A 4F2RA 5FDLA 1YTAA 4Z4GA 4Y1DA 4CJVA 2JGUA 4BDZA 4LH4A 3SUOA 1JKHA 1HMVA 3KLGA 3DRPA 4B8AB 1RDBA 3ZT3A 4N56A 5HBMA 4JS5A 4E7KA 2G8KA 1WSIA 4CHNA 5J2PA 3AVNA 1I39A 4AILC 4B9MA 2OYQA 3IRXA 4BE0A 3JYTA 1VSIA 1WSEA 1NK0A 1JLEA 4N47A 4Z4FA 2DTUA 4CJLA 3THVA 1VSHA 4DU1A 2IC3A 4DSJA 2Y1JA 5JS1A 1EKEA 1FKPA 1RDDA 1VSJA 3K5MA 1UOCA 4DTSA 1Z25A 1HYVA 3AA3A 1Z26A 3DYAA 4HUFA 3QEXA 3S3NA 3AO5A 3T19A 3JSMA 4NCAA 4CESA 3AVJA 5DK5A 2W42A 2HNDA 1RT7A 4I2QA 3T3FA 4E19A 3PY8A 1BL3A 4ID1A 3UIQA 3MEEA 2B6AA 3RRGA 1RDCA 3LAMA 3RMBA 4CK1A 3ZT1A 4F8RA 3OYNA 4EP4A 4KO0A 3SV4A 1QQCA 4YFUA 4FJ9A 4LD0A 3VQ8A 3AVAA 3RR7A 4BDYA 2WOMA 1DTTA 4NCBA 3HP9A 1LWEA 3NDKA 2E6MA 3V9WA 1CXUA 3NF9A 4IFVA 3MAQA 3L3UA 4FM0A 1ZBHA 3P1GA 3U6FA 4QAGA 3K2PA 3B6PA 3DLGA 3O3GA 1NKEA 4DSIA 4KHSA 3DM2A 2GBZA 3BDPA 1IKYA 4PQUA 3AO2A 4CJ5A 4CFCA 3QEPA 1D9FA 4KI4A 1HQUA 4C8NA 4M3XA 2Z1JA 4DTPA 4FJ5A 3NAEA 4O5BA 4F4KA 4Z4CA 4C8LA 1TL3A 3C6UA 4B9VA 1S9GA 4AHUA 3DRSA 1NOYA 3PO5A 4CEZA 4E7IA 3VQEA 1TKZA 5KGXA 3FFIA 3NF6A 4DSKA 1BI4A 3O3HA 4DTJA 4DWIA 2RPIA 2O4GA 1TKDA 1J5OA 3O3FA 3SQ0A 4CF2A 3SNNA 3DI6A 2PY5A 1NKBA 4KHUA 3AO1A 3K5OA 1C0UA 5KTQA 4HCBA 4RW6A 3OYJA 3ZT4A 4CGJA 4KAZA 4KKOA 4DG1A 2YNHA 4AHSA 4OLBA 4FXDA 4PWDA 4KFBA 1L5UA 1O1WA 4OPKA 3V1OA 1HNIA 4DU4A 3OYFA 1VRTA 2WONA 4AHVA 2D0BA 2IDOA 3KLHA 3O4QA 3OYKA 1EXQA 1S5JA 1KLMA 3LP1A 1SUQA 2FBYA 4FW2A 4IDKA 2F96A 3RR8A 1Q9XA 4J2AA 1GOBA 5J1EA 2FBTA 3M8PA 4FJHA 1S6PA 2B4JA 5SWMA 1XHXA 1S1UA 5SZTA 4EZ6A 2X6SA 1FXXA 3NGIA 2XO7A 2Z1GA 1FKOA 3CQ8A 3TARA 2IS3A 1VSLA 3SI6A 4M3WA 3TAMA 2DY4A 3K5LA 4TSXA 1G15A 2KQ2A 1LW2A 3TABA 4DTNA 3AO3A 3DLEA 3PX6A 3I0RA 4F2SA 3HJFA 1TKTA 4DQPA 3SUNA 4PA1A 3OYIA 3CFOA 1TK8A 3NCIA 3ZSOA 4NYFA 2HHWA 1KTQA 4DFKA 4RW7A 3NH0A 1UA0A 3LZIA 4WE1A 1YVUA 1NK9A 1MU2A 2RF2A 4IFYA 1F21A 5I42A 3TAPA 1LV5A 1UAXA 4OVLA 4DTMA 1DLOA 3ZSWA 3EY1A 1TAUA 3L2UA 4GW6A 4QOZB 3LZJA 4LSLA 3ZT2A 1SL2A 3NH2A 3DLKA 3QEIA 3AO4A 2HMIA 4E0DA 1NJYA 4KTQA 3V9UA 4Z0UA 3OYCA 2OPSA 4CIGA 3M8RA 4E7JA 1CLQA 4M3ZA 1WSGA 1RBTA 2ZE2A 3I0SA 3PX0A 3SQ1A 3EZ5A 3HVRA 3KTQA 3VQQA 2P51A 1U4BA 3AV9A 4CJWA 3MEDA 4OJRA 2QK9A 2YNIA 4OKKA 3M8QA 2YKNA 1KRPA 3AVCA 3WNGA 4E1NA 4G1QA 1D8YA 4DLEA 3DLHA 1ZBLA 2EX3A 1BCOA 4CEAA 1QSLA 3HP6A 2KZMA 1JL1A 2Z1IA 4DFPA 2BDPA 1WN7A 4FK2A 3SYZA 4CJUA 1L3SA 2OPRA 1CZ9A 3ZCMA 2A1RA 4CFBA 4IG3A 3NHGA 2Q3SA 4Q0BA 1QTMA 4F3OA 3VQ4A 3SCXA 1HRHA 4H4MA 4HVJA 4CEFA 4OKEA 3SV3A 2G8UA 4CIEA 2YNFA 3T1AA 3QEWA 3RMDA 1QE1A 1SKSA 2X6NA 3LP2A 1HYZA 3TI0A 1LWFA 1RDAA 4B8CA 4FLUA 3SPZA 1T03A 4CHQA 1X9MA 4CF8A 1QS4A 3C94A 1U48A 3DOKA 3K5NA 3K59A 4W5QA 3NF8A 4CJ3A 4CJRA 3HM9A 1X9SA 1A5VA 2HNYA 2G8VA 4CJEA 1WSJA 4Z4HA 3VQ5A 3SQ4A 1JLGA 3ZSVA 2YHBA 2HW3A 1IKWA 4I2PA 4C8OA 4DSLA 3QESA 1L3VA 4FJXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2F4VK 3HK2A 1ESVA 4RTFD 5FPDA 2BGGA 2F9WA 2P9KA 4CJKA 4H5WA 4CZLA 2BH1A 4FZYA 2BUPA 3SLCA 3L6QA 4OKJA 3ZT0A 5M1NA 1LCUA 4EIAA 4BRFA 3L4IA 4YOTA 3R8EA 2NRHA 5LMNK 4RCHA 4JKCA 4AHRA 3PO4A 4LSNA 5BRFA 1U04A 2KZZA 1YF5L 4GMJB 3THXB 3KK2A 3A5MC 2OCEA 1NK6A 5TKYA 2PYLA 1BCMA 1K6YA 3BP8A 2Q31A 4JD2B 4CJTA 2ZGZA 3O4WA 4BGAA 1IJJA 4K25A 3K57A 5CR4A 5CZ2A 4NXMK 3KK1A 2DFHA 4QS8A 4BACA 3K58A 3OYHA 1IH7A 3O8MA 2RE2A 4BQZA 4CF9A 5E84A 4KTZA 1K8KA 3O80A 2IAJA 4BR0A 2X78A 4BWJA 1KQSM 4KREA 4FL9A 2E2QA 4DFMA 4OX9K 3TAGA 5JLHA 1RDWX 2W40A 4CFDA 4XH4A 3R3LA 2QTDA 2E6LA 3VETA 4CEOA 5C42A 3RTVA 3KLEA 5DM7L 3ZSRA 1N5YA 2G8WA 3QDKA 4DLGA 4CEDA 4LF8K 4H8KA 4IZ9A 3AVLA 5M1QA 3CJ9A 2QKBA 3HVTA 1HUXA 1VRUA 2FSJA 1Q8IA 1JCFA 4RG8A 1IKXA 3L2VA 3CCEN 1S22A 3O1BA 3MWPA 2OPQA 1YTUA 4FWPA 1WAJA 1VQ4N 3CCRN 2GUIA 1GOAA 4Z4EA 3UKUB 3O5BA 4BWMA 1D4XA 1C1BA 3GE1A 3THWB 1C0FA 1KSPA 5AQTA 3VEYA 2WTUA 1Q18A 4X66K 3AY9A 4B1UB 2WFBA 2VG7A 2LSNA 1BA1A 1JCEA 3TAFA 4FVMA 4IFEA 3DAWA 2YHWA 2HBLA 4FWLA 4JK9A 2VQEK 3HZ6A 4PKIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2F4V K;  3HK2 A;  1ESV A;  4RTF D;  5FPD A;  2BGG A;  2F9W A;  2P9K A;  4CJK A;  4H5W A;  4CZL A;  2BH1 A;  4FZY A;  2BUP A;  3SLC A;  3L6Q A;  4OKJ A;  3ZT0 A;  5M1N A;  1LCU A;  4EIA A;  4BRF A;  3L4I A;  4YOT A;  3R8E A;  2NRH A;  5LMN K;  4RCH A;  4JKC A;  4AHR A;  3PO4 A;  4LSN A;  5BRF A;  1U04 A;  2KZZ A;  1YF5 L;  4GMJ B;  3THX B;  3KK2 A;  3A5M C;  2OCE A;  1NK6 A;  5TKY A;  2PYL A;  1BCM A;  1K6Y A;  3BP8 A;  2Q31 A;  4JD2 B;  4CJT A;  2ZGZ A;  3O4W A;  4BGA A;  1IJJ A;  4K25 A;  3K57 A;  5CR4 A;  5CZ2 A;  4NXM K;  3KK1 A;  2DFH A;  4QS8 A;  4BAC A;  3K58 A;  3OYH A;  1IH7 A;  3O8M A;  2RE2 A;  4BQZ A;  4CF9 A;  5E84 A;  4KTZ A;  1K8K A;  3O80 A;  2IAJ A;  4BR0 A;  2X78 A;  4BWJ A;  1KQS M;  4KRE A;  4FL9 A;  2E2Q A;  4DFM A;  4OX9 K;  3TAG A;  5JLH A;  1RDW X;  2W40 A;  4CFD A;  4XH4 A;  3R3L A;  2QTD A;  2E6L A;  3VET A;  4CEO A;  5C42 A;  3RTV A;  3KLE A;  5DM7 L;  3ZSR A;  1N5Y A;  2G8W A;  3QDK A;  4DLG A;  4CED A;  4LF8 K;  4H8K A;  4IZ9 A;  3AVL A;  5M1Q A;  3CJ9 A;  2QKB A; 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 2IS3 A;  1P90 A;  1N33 K;  4HWI A;  1G15 A;  2KQ2 A;  1VQL N;  3AO3 A;  3ZX3 A;  3EO3 A;  3E9L A;  1HJO A;  4PA1 A;  3NCI A;  3ZSO A;  3Q7C A;  2HHW A;  4DFK A;  4RW7 A;  3BF3 A;  3NH0 A;  3LZI A;  4KBO A;  3SMS A;  4JKA A;  4DV7 K;  1NK9 A;  1LV5 A;  1UAX A;  4DTM A;  3ZSW A;  4WFB L;  4H0X B;  3L2U A;  4GW6 A;  3QEI A;  4E0D A;  3CCJ N;  3OYC A;  3F9M A;  3M8R A;  1RBT A;  4DV1 K;  3I0S A;  2RHK A;  2V7Y A;  1Q82 O;  3A5N C;  3BF1 A;  3VQQ A;  3P31 A;  4CJW A;  2QK9 A;  2E2N A;  4B3M K;  4YOR A;  3N4P A;  2FLO A;  4G1Q A;  3UB5 A;  1VQ5 N;  3U4L A;  3T69 A;  2F9T A;  4DFP A;  2IVP A;  1WN7 A;  4FK2 A;  3ZCM A;  3NHG A;  2Q3S A;  4Q0B A;  1HRH A;  4F9O A;  4OKE A;  2YNF A;  3QEW A;  4A2A A;  1Z05 A;  4I6M B;  1RFQ A;  1RDA A;  3MN9 A;  4NLB A;  5M1O A;  4W5Q A;  3NF8 A;  4CJ3 A;  4BY9 C;  1A5V A;  4MO4 A;  4CJE A;  1WSJ A;  4Z4H A;  1E4G T;  1TAU A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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