1SQKA

Crystal structure of ciboulot in complex with skeletal actin
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
367
structure length
360
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The beta-Thymosin/WH2 Domain; Structural Basis for the Switch from Inhibition to Promotion of Actin Assembly
pubmed doi rcsb
source organism Drosophila melanogaster
molecule tags Structural protein/protein binding
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
total genus 115
structure length 360
sequence length 367
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-03-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 1sqkA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1sqkA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1sqkA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1sqkA04
1BO5O 2GUPA 3HM8A 1R59O 3VGLA 4RWTA 2V7YA 4EAHD 5LY3A 3SK3A 1NM1A 4CZFA 1NGFA 3RSEA 4H0TB 4XH4A 2GWKA 1Y64A 3KHYA 3H45C 2QM1A 2QXLA 4FOIA 4JAXA 3L4IA 5ADXA 4MLHA 2DPNA 3ZX0A 4MO5A 1HPMA 1YAGA 5AQWA 3UKUA 3VEZA 3BUZB 4BC4A 3U9ZA 4K42A 2AA4A 2Q31A 3D2FB 3L0QA 3DXKA 3VEXA 2HF3A 1NGEA 1NGGA 3L6QA 3DWLA 3P4IA 4Z94A 2E8AA 2P9NA 4FWPA 2Q97A 3VOVA 4JNEA 3VEOA 2ZF5O 4F9OA 4CZJA 1NGIA 3GDQA 4DB3A 4RCHA 4BG8A 2VYPA 4BG9A 5JLHA 2GWJA 3UKRB 5BN9A 3CJBA 2V51B 5AQKA 2P9UB 5AZIA 1C0FA 3MN9A 3O6WA 3H1QA 5AQQA 1NGBA 1BG3A 4DCHA 2CGLA 3CI5A 3S41A 5AFUA 4FWOA 3O1BA 3QDKA 5EOYA 5AQTA 4H5VA 3WXLA 5KPRA 3EL2A 4FSVA 1WOQA 4B1ZA 3AY9A 5F1XA 4PL7A 4C23A 1QQOA 3WEEA 5AQXA 2P9PB 3AARA 4CZGA 5BRHA 3A5OC 1KAYA 1G99A 2H3GX 2P9IA 4DQ8A 3ULEA 4WQ4C 4BRMA 1XUPO 4YDUC 4CZHA 3FR0A 5ADXH 1HUXA 3OHRA 5BN8A 3O80A 3U4LA 2GTDA 3A8YA 3UKUB 3ZX2A 4IZ9A 4FWMA 3WEEB 5AQUA 1S3XA 2D0PA 2YI1A 5AQLA 3LM2A 3R6MA 5AQRA 3EZWA 3CJAA 4BRDA 5BRDA 4IO8A 4RTFD 4H0YB 2CGJA 5BPMA 1ZXOA 2YHWA 3CJCA 2IVNA 3MDQA 3DAWA 1MWKA 3QFPA 3DXKB 4BRGA 3H3NO 5BPLA 4FWRA 3FLCO 4BVPA 2A41A 3QMLA 1GLEG 4BR9A 3VGMA 4WQ5A 5AQNA 2AP1A 3GL1A 4CI6A 2BTFA 2YHYA 3ATVA 3RSEB 4NO7A 1BUPA 1BWFO 3VEYA 3JXUA 1IG8A 5KQDA 4O5FA 5BRFA 2P9KB 4WQ5C 2V52B 3HBTA 3MK6A 3FZMA 4CZLA 3A5MC 3R9PA 4ISEA 3H1VX 2E88A 4BREA 3UE5A 3GBTA 2W41A 3IMXA 4A62A 3SLCA 3H6EA 3VESA 2Q0RA 1X9JA 4BC3A 1NGCA 4I6MB 5FPDA 3MN7A 2OANA 3FE1A 2A3ZA 1Z05A 2FF3B 2KHOA 3JS6A 1OKJA 2YJEA 3ATUA 5AQZA 3FZHA 3M1FA 3FZFA 4H0PA 5AQVA 4XH1A 3KVGA 4CBUA 4ISGA 5AQGA 2WUSA 2D4WA 2P9SA 2Q36A 2FLOA 2P9IB 2A5XA 4M7XA 1E4GT 3O8MA 2QWOA 3A0IX 3EO3A 4J8FA 4K25A 3EKSA 3BF3A 3VPZA 3CQXA 4QS9A 5ELZA 1ZBSA 4BRNA 5JICA 4M7YA 2QWRA 1RFQA 1GLLO 4EFHA 3VERA 4FWQA 5KQ8A 3BEXA 2P9PA 3WT0A 2F9TA 1T44A 2IVOA 4JD2B 4JHDB 3LDLA 3D2EA 5AZJB 2E2QA 4MLEA 3ULEB 3C7NB 1C0GA 4BRLA 4CBWA 2Q2RA 3KZBA 2CH6A 1NBWA 2A6AA 3EKUA 3J8AA 2E1YA 4M63C 1BA1A 3CHWA 1RGIA 3U8XA 2YJFA 1BU6O 3WQUA 3WXJA 5AQIA 5FPEA 1T6CA 1KAZA 3ENHA 1GLFO 1NGDA 4CBXA 3CQYA 1ATNA 4HTLA 5BPNA 3WXKA 4NB4A 4ISFA 2UYTA 4LC9B 3M6GA 2QW9A 3W3DA 1TYQA 5AQMA 2EWSA 3D7EO 2FSJA 3BP8A 4BGAA 4BR7A 3MN5A 3ZETB 1T6DA 1NWKA 2E1ZA 3LDQA 1X3NA 5BREA 4BRIA 3DJCA 2QWMA 3O08A 2YHXA 1KAXA 1K8KB 3H46O 1NGAA 3I8BA 4WYBA 2P9UA 1TYQB 1GLCG 1SAZA 2I7PA 2BUPA 4A61A 3VF6A 4H5WA 4IXCA 5I9EB 1GLDG 4IJNA 1IJJA 4B1XB 2P9KA 1NGHA 4L3QA 4BGBA 2PBDA 3MN6A 3CIPA 4JD2A 3QB0A 3D2EB 3FZLA 4PKIA 2VCPA 4CZIA 2HMPA 1JCFA 3QICA 4H5NA 3A5LC 5AFUH 4BQLA 4IWVA 2V7ZA 2E2PA 1HKGA 1KXPA 1NLVA 4JN4A 5AZJA 3EN9A 2GEMA 2NZTA 2QWPA 3UB5A 3B8AX 4H03B 3GOIA 1YXQA 2I7NA 3SJHA 5EXWA 4EIAA 3HTVA 1Q18A 1QZ6A 3A5NC 2QWNA 3GG4A 1BDGA 3HSCA 4BRPA 1J6ZA 4CZMA 2ASMA 5AQOA 2ZWHA 3LM9A 3MMVA 5LJWA 2P9LB 4FWKA 1NGJA 4GY2B 2D0OA 4CD3A 4H0OA 1SZ2A 4PL8A 2FXUA 3LDNA 4XH5A 4AM6A 5JLFA 4HWIA 2P9NB 4BR4A 2IIRA 3DXMA 3VEWA 3LDPA 3HI0A 4BRCA 3ID8A 4CJ7A 4BROA 4BQZA 3VF4A 2NRHA 3O4WA 4XEIA 3AAQA 3ZEUB 4FWNA 3SMPA 1K8KA 1XQSC 2Q1NA 4H0VB 4IJAA 4Y0WA 4B1YB 5CE3A 2QWQA 1DGKN 4BRQA 3ENOA 1MWMA 4B9QA 3WXIA 4O8KA 2FF6A 1LCUA 4E1JA 3VGKA 5AQFA 2FSNA 3O5BA 1MA9B 3FZKA 3VF2A 4H5RA 3R8EA 3ZEUA 1QHAA 3CETA 1JCEA 5AQHA 4GNIA 1DKGD 4K43A 4H5TA 4I6MA 2ITMA 5AQJA 3U9DA 1V4TA 2F9WA 2W40A 3LL3A 4BR2A 4EHTA 4BRFA 4FWLA 1HX1A 4FO0A 3I33A 2VWBA 4MO4A 5BR9A 3W0LA 1HKCA 5AQYA 1D4XA 4QS7A 4YDUA 5AQPA 1X3MA 5EX5A 4CZEA 4BVOA 1BOTO 5FPNA 2E2NA 4B1VA 2P9SB 5AQSA 3WUHA 1HJOA 2A42A 3VENA 1QQNA 1GLBG 4BR0A 1P8ZA 3MCPA 1ZC6A 4CD1A 1HKBA 4BRKA 1CZAN 2YCHA 5KPTA 2ASPA 2PAVA 2Q0UA 1SQKA 3QBWA 4FL9A 1TUYA 3H3OB 4BC2A 1XC3A 4FPBA 1S22A 2HOEA 3F9MA 1V4SA 1YUWA 2HF4A 3WQTA 1E4FT 4PKHA 4BC5A 1BA0A 3IUCA 1Z6RA 1RDWX 1TUUA 4JHDA 4B1WB 1QQMA 4B1UB 4FOEA 2ZGYA 2D1KA 4A2BA 3D2FA 2J4RA 3SMSA 4DHYA 2NLXA 2ZGZA 3QFUA 1WUAA 4FWSA 2A40A 3DXMB 3M3ZA 1U6ZA 2CGKA 2E20A 3CJ9A 3TU5A 1JCGA 4FPAA 1U2VB 4WQ4A 4H0XB 3BF1A 4AM7A 5EY4A 3CJ7A 2QWLA 3LDOA 2GELA 3C0BA 3ZX3A 3G25A 1HLUA 1QZ5A 2IVPA 3O1WA 5F2RA 2FSKA 3IDHA 1H1VA 1MDUB 3IFRA 5B8HA 5EVZA 3VETA 3GE1A 1NMDA 3CERA 2P9LA 1YVNA 1GLJO 1DEJA 5AR0A 4EHUA 4K41A 3ZETA 5E26A 5LJVA 4KBOA 1U2VA 4QS8A 1GLAG 4CZKA 5E84A 1ATRA 1ATSA 5F0XA 4A2AA 3TPQA 5AZIB 3FGUA 3C7NA 3QBXA 1EQYA 1LOTB 4BRAA 3FFKB 2E2OA 3HZ6A 2ASOA 2CH5A 5TKYA 4BR5A 5KPZA 3AAPA 5JMVA 4PKGA 3UKRA 5FPMA 4BRHA 3VEVA 3CJ1A 1ESVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DU4A 5C0YA 3HM8A 2OZSA 3TANA 1XHZA 4FK2A 1RBSA 1L3TA 3DLHA 1WAFA 2UXDK 1NM1A 4CZFA 3O9QA 5FRNA 4RW4A 4FOIA 5ADXA 3ZSQA 3VQPA 4CE9A 2YHBA 2DPNA 1WAJA 1HPMA 2ZE2A 3UKUA 4FJ8A 3L0QA 3DXKA 1NGGA 3L6QA 1J9AA 3L2QA 3P4IA 4OLBA 5KGWA 4FJXA 2YNGA 3MWPA 4DR7K 4DUZK 3VEOA 2ZF5O 4Q5VA 2QXFA 3GDQA 4DTMA 3OYDA 3ZT1A 2GV9A 3DRRA 5M1QA 2UU9K 4ELVA 5JLHA 2GWJA 3CJBA 2V51B 4BWJA 2HNZA 1RTIA 2ZD1A 3MN9A 4IDHA 3O6WA 1BIZA 3CI5A 2W42A 2VQEK 4FWOA 5AQTA 1VSFA 3SPYA 3WNHA 3AY9A 4PL7A 4MDBA 1QQOA 3CCRN 2EX3A 4CZGA 2W6LA 4IFEA 5BRHA 1M1KO 4FM2A 1OH8A 1HQEA 3K9JA 1VAZA 4FLYA 3ASMA 4WFNL 5ADXH 4R5PA 3UKUB 5HROA 4MFBA 4HCBA 2HVIA 4B3SK 3F73A 5J2MA 3WEEB 1RTDA 1Q86O 2D0PA 5HRRA 2OCEA 5AQRA 2HNYA 1KVCA 4HTUA 4RTFD 4H0YB 2CGJA 4F2SA 1ZXOA 4FVMA 4DTSA 3G71N 3OJUA 4BRGA 3DOLA 4CJPA 1RT5A 2YNHA 3HVTA 4DQSA 3KD1E 5BPLA 1RDDA 4FWRA 3V9SA 2JWKA 2QK9A 5KRTA 1NK5A 4DQIA 1R0AA 4OX9K 1JL2A 4WQ5A 4E3SA 1HYVA 1TL1A 2OPSA 3ALYA 5AQNA 4DR1K 1NJWA 3GL1A 3CPEA 4CI6A 4OKJA 3QIPA 2BTFA 2NRVA 4CGIA 3CC2N 4E7LA 4OJRA 3RSEB 1BUPA 4M41A 1IG8A 5BRFA 2P9KB 4WQ5C 2V52B 2G8KA 3TTDA 3M8QA 4ISEA 3H1VX 4QAGA 3UE5A 4MDAA 3THXA 3OYBA 2KLAA 5FPDA 4JV5K 1TGOA 1J5EK 2D0CA 5DK5A 1Z05A 5HRSA 3OYMA 2FF3B 3JS6A 3E9PA 4NCGA 1VQ6N 4X64K 3D6RA 5AQZA 4YHHK 4BDZA 4JKCA 5AQVA 4XH1A 1VRTA 2OTLN 5AQGA 2WUSA 3AA2A 4DV7K 2Q36A 3NH1A 1WSIA 2P9IB 3V81A 3CCUN 1RDBA 3O8MA 4CESA 4CHNA 5HP1A 3EO3A 2QEXN 4H4OA 1T05A 4GV3A 3KWIA 1L5UA 3EKSA 1QSLA 4B08A 5ELZA 1ZBSA 4BRNA 1YT3A 3ZYYX 3RMCA 4LY7A 3I0SA 2KFNA 4CECA 4EP5A 3CD6N 3LDLA 4FLWA 4N56A 3ULEB 2NUBA 1JJ2M 1C0GA 4BRLA 1HNVA 4DU3A 2CH6A 1NBWA 2A6AA 4M63C 1BA1A 1BHLA 3ZSVA 3WQUA 3PV8A 4B9TA 1VQLN 3OY9A 2PFUA 1HMVA 1GLFO 3CQYA 2KFZA 4NB4A 4ISFA 2XHBA 3AO3A 2DFFA 4O55A 2QW9A 3W3DA 3MEDA 1VSMA 1EX4A 3CFPA 2P51A 2EWSA 4BR7A 4BGAA 1T6DA 2JLEA 1NWKA 3IRXA 4CHOA 3TAEA 4B8CA 3H46O 1YI2N 1S1WA 1GOBA 1NKBA 1TYQB 1GLCG 4JKFA 3VF6A 4B9LA 3HOTA 2PBDA 3MN6A 4J2DA 3K9KA 2VCPA 1JCFA 3QICA 4H5NA 3CF5L 2WFBA 3HVRA 1U48A 3OA9A 4BECA 1JLEA 3P38A 3ZSYA 1HKGA 4IKFA 1RCHA 5AZJA 2G8WA 3LDSA 4CJTA 1HYSA 2GEMA 1IBKK 4DR4K 3B8AX 2UXBK 4Z4FA 3HT3A 3A5NC 1QZ6A 2HHIA 4E7HA 3GG4A 4I7FA 4C8MA 3DMJA 4DV5K 3HSCA 2YX6A 3E9LA 1TK5A 2ASMA 4DSJA 5GIOA 3MMVA 5C12A 5LJWA 3OS2A 3AA5X 1C1CA 1HR0K 4DG1A 3LDNA 5JLFA 4HWIA 2P9NB 1UAXA 2ZM6K 1BI4A 1WSEA 1C0TA 3ID8A 4CJ7A 4CHQA 4BROA 2DFHA 4EP4A 2NRHA 4XEIA 3TAMA 3HK2A 3ZEUB 4NCBA 4B1YB 4H0VB 3HXMA 4FJJA 2QWQA 4BRQA 2HNDA 3HP9A 3P39A 3ZSOA 3ULDA 4CF9A 5J2PA 3U3GA 5CR4A 4V19S 2HMIA 2HHSA 3L2WA 3DRPA 1Z26A 3VGKA 5AQFA 2HHQA 4J2AA 3FZKA 3R8EA 4H5RA 3DLKA 3CETA 3QO9A 5AQHA 1Q7YO 1JLQA 1DKGD 3ZT4A 4H5TA 4I6MA 5AQJA 3U9DA 3DOKA 3E1YA 2VWBA 4MO4A 1S1XA 1YHQN 5FDLA 3PIOL 1HKCA 5AQYA 4DV4K 4JKDA 1E3MA 2NNWA 1X3MA 5AQSA 3WUHA 2XY5A 1T7PA 1HJOA 4N41A 1W97L 2A42A 1QQNA 2FBTA 4BR0A 2IC3A 2HBJA 1QE1A 2Z1GA 1NK7A 1JLBA 4DFKA 5I42A 3V1OA 4BRKA 3OTOK 5HRNA 5KPTA 3AO1A 3PO4A 1N36K 3TSPA 3H3OB 1XC3A 1V4SA 4YOYA 3Q7BA 3RWUA 3WQTA 1N32K 4FJ9A 4JKGA 4PKHA 4BC5A 3S3MA 3CM5A 3IUCA 1Z6RA 1TUUA 1YITN 2DTUA 1WNSA 1BIUA 4O44A 2GBZA 2J4RA 3KK1A 3SMSA 1IG9A 2D5RA 2ZGZA 5CYQA 2XRIA 2A40A 4FJ7A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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