1SQKA

Crystal structure of ciboulot in complex with skeletal actin
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
367
structure length
360
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The beta-Thymosin/WH2 Domain; Structural Basis for the Switch from Inhibition to Promotion of Actin Assembly
pubmed doi rcsb
molecule tags Structural protein/protein binding
source organism Drosophila melanogaster
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
total genus 115
structure length 360
sequence length 367
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-03-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 1sqkA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1sqkA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1sqkA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1sqkA04
4PKIA 1K8KA 2A42A 2P9NB 1BOTO 3VEVA 3VETA 3R8EA 4BQZA 3F9MA 4ISEA 3M3ZA 4DHYA 1IG8A 2Q2RA 1HX1A 5AQZA 3HTVA 5LY3A 5AQQA 4IWVA 4A62A 3WQTA 4BGAA 3U9DA 3LDNA 5BRFA 3HM8A 4BRKA 1T6DA 2E2QA 1QHAA 4FPBA 3RSEB 1YUWA 3HSCA 1P8ZA 4IXCA 3HZ6A 3LDLA 4IJNA 1NLVA 2QXLA 3B8AX 2NZTA 1NBWA 1TUUA 1EQYA 3A5OC 3D2EB 5LJVA 3IMXA 1WOQA 3H3OB 3VENA 3CJ1A 3CJ7A 3VPZA 3H6EA 4Y0WA 4XH1A 3EKUA 3D2FB 3MCPA 4BRLA 3FZFA 2FSNA 1QQNA 4BROA 3VF4A 1GLDG 2FLOA 5AQXA 1QQOA 4O8KA 2V7YA 2ZGYA 5BPNA 2CGKA 3CERA 3CJBA 3O80A 4IJAA 1NGGA 2Q31A 5EY4A 2A41A 4AM6A 5FPMA 2W40A 1GLJO 4FWQA 4MLEA 2FSJA 2D0PA 3C7NB 4QS8A 1E4FT 4MO5A 2QWOA 3WXIA 4CZFA 3P4IA 4DB3A 4JN4A 2QWNA 4FWMA 1NGCA 5AQVA 2E2PA 2YI1A 3ENOA 3GOIA 3O08A 3CJCA 3WEEB 3W3DA 3DWLA 1NWKA 2ZF5O 4B1UB 1Z05A 4K41A 4BVPA 2GWKA 4BC4A 5ADXA 1BA0A 4PL8A 5AQSA 2BTFA 3O6WA 2PBDA 4BR2A 3VESA 4H0TB 3J8AA 1TYQB 1QZ6A 5EOYA 1T44A 2GUPA 4WQ4C 3JS6A 3GG4A 3O1WA 3ENHA 4CD3A 2P9LB 4B1ZA 3I8BA 3UE5A 4Z94A 4B1VA 3VEYA 1LOTB 3L4IA 2QWMA 2P9LA 3BF1A 3MN6A 1ATRA 4M63C 2YCHA 3JXUA 1NGDA 3FR0A 3GBTA 3ULEA 2GEMA 4AM7A 3EL2A 4FWLA 4RCHA 3MMVA 1HPMA 4BRMA 2P9PB 2Q36A 4GNIA 1YVNA 4H5WA 3IDHA 3CJAA 1NGIA 4JD2B 4WQ4A 4BR0A 3OHRA 4ISGA 1KAYA 4BR5A 2IVPA 2A5XA 5CE3A 1XQSC 1YXQA 2A3ZA 2E88A 5KPZA 5LJWA 4JD2A 3QB0A 3DXMB 1NGHA 3SMSA 3DXKA 1Y64A 3DAWA 4BQLA 1OKJA 2FF3B 3QBXA 3UKRA 3ZX3A 3O4WA 5AQHA 4A2AA 5FPNA 1TUYA 3S41A 3CETA 4FWRA 2P9NA 3O8MA 1BWFO 1BO5O 5EVZA 1QZ5A 5BN9A 4RTFD 4BRCA 4PKGA 3HI0A 3O1BA 4PL7A 4BRGA 1MWKA 1SAZA 2EWSA 2FXUA 4FPAA 4CJ7A 2P9UB 3VF2A 3RSEA 5AQUA 3VGKA 3W0LA 3ZEUB 3L0QA 1NGBA 4XEIA 1WUAA 4BC5A 1D4XA 3CQXA 1S22A 3CIPA 2P9UA 2P9KB 3CQYA 1HUXA 4H5VA 3U8XA 2D4WA 1GLFO 2QWLA 2HF4A 2J4RA 2H3GX 5BPMA 3D2EA 4FWPA 5AQKA 3QICA 3EO3A 3FGUA 4B9QA 4WQ5C 5B8HA 4FSVA 3KVGA 3LDOA 1X9JA 5AQPA 5AQFA 4DCHA 2GELA 1R59O 3FZMA 3D2FA 4CI6A 3FZHA 4B1XB 2VCPA 2KHOA 5JICA 4BRHA 4C23A 3H1QA 2YHYA 3VEZA 3A5NC 3KZBA 3VEWA 4BREA 3WT0A 4YDUC 1MWMA 3C0BA 2HMPA 3FZKA 3EN9A 2D1KA 1GLLO 1NGJA 1NMDA 1ZBSA 3H46O 4JHDB 2V52B 3LL3A 4WQ5A 3C7NA 2ASMA 2D0OA 3GDQA 2BUPA 4M7YA 2A40A 5ELZA 3FZLA 4F9OA 1RGIA 4A2BA 4HTLA 4JHDA 4BG8A 4BR7A 3WEEA 4B1YB 5BREA 1BU6O 1JCEA 3EZWA 4JAXA 5BN8A 1U2VB 4GY2B 2P9IB 3CI5A 5FPEA 5AQOA 1T6CA 4CZMA 5AQLA 4E1JA 3VGLA 3AARA 4JNEA 5JLFA 5F0XA 2QWQA 3WXKA 5E84A 5TKYA 3O5BA 1BUPA 4YDUA 1TYQA 2IVOA 1NGFA 1V4SA 1RDWX 1HKCA 1S3XA 2E20A 3H45C 1X3MA 2GTDA 4H03B 1GLCG 5AQMA 2FF6A 3UB5A 4BRIA 2I7NA 3QDKA 1BA1A 3M1FA 1SZ2A 1NGAA 5KPTA 4BRFA 2Q0RA 4H5RA 4CZKA 1LCUA 2YHWA 3IUCA 1CZAN 3I33A 4BGBA 1RFQA 2P9PA 4IZ9A 4CBUA 3A8YA 3BP8A 5I9EB 5AZIB 4NO7A 1YAGA 3UKUB 2WUSA 3VF6A 3VERA 1MA9B 4K43A 5AQTA 3ZX0A 3A5LC 4FL9A 2Q0UA 4FOEA 3AAQA 1Z6RA 4LC9B 1XUPO 5AZIA 3VOVA 4BRAA 2OANA 4H0VB 2E2NA 3DXMA 4I6MB 3BEXA 4BC2A 3QBWA 3ID8A 3A5MC 4XH5A 1QQMA 5KPRA 1K8KB 3AY9A 4I6MA 2ZGZA 3LDPA 1BDGA 1ATNA 2NRHA 5F2RA 5BRHA 3FE1A 3GL1A 3QFPA 3QFUA 1C0FA 1GLAG 2ZWHA 1DGKN 1HKGA 4H0XB 3LM2A 3U9ZA 3LDQA 2GWJA 5AR0A 3H1VX 3HBTA 5E26A 4EHTA 1HLUA 3BF3A 4KBOA 5AQWA 4FWKA 3ZEUA 1GLBG 4DQ8A 2YJEA 3KHYA 4BR9A 2E2OA 1HJOA 2P9SB 2E1YA 5AFUH 2P9KA 5ADXH 2Q1NA 2V7ZA 4BG9A 2VYPA 2V51B 2YHXA 4EIAA 4H0PA 4EAHD 3TU5A 2DPNA 4FWNA 2P9SA 5KQDA 3WUHA 3ZX2A 4CZGA 3WQUA 1Q18A 2IVNA 1XC3A 3FFKB 3IFRA 2Q97A 1JCGA 1MDUB 1V4TA 3R9PA 3L6QA 3GE1A 2ASPA 4FOIA 5KQ8A 4BVOA 4CBXA 1J6ZA 4EFHA 4NB4A 5AZJB 2YJFA 4BR4A 5AQJA 5AQRA 2UYTA 1C0GA 5JLHA 3MDQA 5AZJA 3FLCO 3ATVA 3H3NO 1X3NA 2QWRA 1KXPA 5EX5A 4H0OA 4BC3A 1KAXA 4QS9A 4HWIA 4J8FA 3G25A 2QWPA 5AQYA 4ISFA 3M6GA 2FSKA 2NLXA 3DJCA 2ASOA 3SK3A 1GLEG 4H0YB 4A61A 1ZC6A 2VWBA 3MN5A 1ESVA 3ATUA 3BUZB 1KAZA 2F9WA 2HF3A 3EKSA 1NM1A 3QMLA 3SJHA 4BRPA 4FWSA 1U2VA 2F9TA 2E8AA 2P9IA 3AAPA 3TPQA 3D7EO 3U4LA 3SLCA 3WXLA 5BR9A 4H5TA 3MK6A 4H5NA 2AA4A 3VGMA 4EHUA 5EXWA 5AFUA 4CZHA 2ITMA 4B1WB 1E4GT 1JCFA 4IO8A 4MO4A 4BRNA 4CZEA 2AP1A 1DKGD 4FWOA 1IJJA 2CH6A 2CGJA 4MLHA 3A0IX 5F1XA 4L3QA 1DEJA 4K25A 4PKHA 4CZJA 2HOEA 3ZETB 1SQKA 4K42A 4WYBA 5AQGA 2QM1A 1H1VA 3ZETA 3ULEB 4M7XA 1NGEA 1HKBA 3VEXA 3WXJA 3R6MA 4QS7A 3CHWA 3MN9A 4O5FA 2A6AA 2CGLA 5FPDA 1BG3A 3VEOA 3LM9A 4CZIA 4CZLA 5BRDA 3UKUA 4CD1A 4BRDA 2CH5A 2E1ZA 2W41A 3MN7A 1ATSA 1ZXOA 4BRQA 5AQNA 1G99A 5AQIA 3DXKB 4FO0A 5BPLA 2IIRA 4RWTA 5JMVA 2PAVA 4XH4A 3CJ9A 1U6ZA 3UKRB 4CBWA 2QW9A 2I7PA 3SMPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PKIA 2P9NB 1BOTO 5M1OA 3VEVA 3VETA 3NGYA 3K5MA 2VGMA 4LFCK 1IG8A 1HX1A 3BY5A 1RBTA 3HTVA 5AQQA 3ZT2A 3WQTA 3LZIA 3QLHA 1K8AO 3VN5A 2O8CA 4CFAA 2LSNA 2HHIA 4JKDA 3BZCA 4QAGA 1N5YA 3ID6A 3RSEB 1T05A 3HSCA 1JL1A 3OYEA 1P8ZA 3DLRA 1YIJN 1NLVA 2QKKA 5J1EA 2WBNA 1EQYA 5HL7L 4JRQA 4DS5A 3IMXA 2QA4N 3VENA 3V9SA 3V1QA 4EZ9A 1BGXT 3VPZA 2OPRA 1S6PA 4HVJA 3MCPA 4B8CA 4JI0K 1NJYA 4LF7K 5FRMA 4Z4CA 3J80O 2KKZA 1KFSA 4FZYA 3B6OA 1Q81O 4A5AA 3SAGA 1QQOA 2V7YA 3TAEA 4BE2A 2Q31A 5EY4A 4FJNA 4AM6A 3VQ6A 2Q3SA 1WLJA 5HBMA 2WFBA 1GLJO 4MLEA 4EZ6A 3TWHA 4I2QA 4M42A 2D0PA 3SZ2A 4CVNE 3KK2A 3OYHA 1IKXA 3P4IA 4JN4A 4E0DA 1FJGK 3TAQA 3LAMA 3VQEA 2E2PA 3ULDA 4B3MK 3I0RA 4DSFA 3CJCA 1VSEA 1Z05A 1TGOA 4K41A 5CZ2A 4PL8A 2BTFA 2YNFA 3O6WA 3NH0A 2PBDA 4H4MA 4FCYA 3QO9A 3O9UA 3RTVA 1RT6A 2QK9A 2FC0A 3OBYA 3PIPL 2GUPA 4CGJA 4LFAK 3AGRA 3TTDA 4M3XA 1N36K 3VEYA 4NLCA 3PSIA 4H8KA 1LOTB 4JLHA 2P9LA 4DSJA 3C94A 2VQFK 4M63C 2YCHA 4CF8A 3K9JA 1QVFM 1QE1A 1KSPA 3FR0A 3FFIA 4MQ3A 3T7ZA 1VQ4N 5GADP 4DV7K 1IKWA 2P9PB 2Q36A 3OW2M 5M1KA 4GNIA 3V1OA 4X62K 3IDHA 1SL1A 4OKEA 1NGIA 2O8FB 4DQRA 4CF9A 1KAYA 2IVPA 4RW9A 1K6YA 2A5XA 1B9FA 3OJUA 3KD5E 1YXQA 3QB0A 1A5VA 3SMSA 3E9PA 3L3UA 4JK8A 5M1NA 1S5JA 1IBLK 4DS4A 1SKSA 3ZX3A 5AQHA 3HK2A 1IH7A 4A2AA 2HHHK 4IKFA 1OVYA 1KVAA 2P9NA 4FWRA 4C1NI 1I3AA 4BE7B 4NCAA 3DLLL 3OBWA 3QNOA 4CW7B 4HTUA 4PL7A 3VQ4A 1ZBLA 2Z1GA 3I0SA 2JWKA 2P9UB 3N4PA 3RSEA 2XY6A 1D4XA 3CQXA 4A5BA 3OYAA 3VMFB 3K2PA 4DTPA 1HUXA 3U8XA 1GLFO 2QWLA 4J2AA 4CGIA 2VG7A 3PX0A 5KGXA 4FSVA 4LH4A 4FJHA 1JLFA 5AQFA 4DCHA 1LW2A 3DMJA 4JKBA 1YTUA 4F2RA 4Z4FA 2Z1JA 3K5NA 4B1XB 3EY1A 2VG6A 2X6SA 5DM7L 2VCPA 3H1QA 2G8KA 3A5NC 1C0MA 1BL3A 2W42A 3IS9A 1RDUA 3DLGA 3DM2A 3ZT0A 3LANA 2D1KA 1GLLO 1ZBSA 1KVCA 3ZCMA 4F4KA 2RHKA 1UAXA 4PUOA 3VQBA 3FZLA 4F9OA 1JLGA 4KH6A 4HTLA 2F8TA 3AA5X 4BG8A 3KKRA 4CGGA 1WSIA 4Z4IA 4EP5A 3CC2N 3DLHA 2G8WA 1U47A 4CEBA 4CFDA 1U45A 4FJLA 3O5BA 4DV5K 3DLBA 1V4SA 2E4LA 4CJ3A 1A5WA 1HKCA 2HVHA 1RDBA 3H45C 1JKHA 2P5GA 2YX6A 2GTDA 1L3TA 2DY4A 3NBPA 2FF6A 2EHGA 3THWB 3M1FA 1NGAA 1HQUA 3WNEA 4BRFA 2Q0RA 1Q86O 3C6HA 1LCUA 3AVAA 3IUCA 4B9TA 4DSIA 5C15A 2P9PA 3TTCA 4IZ9A 4N5SA 5AZIB 3AA3A 3V81A 2HHTA 2O8FA 3AVBA 1MA9B 5AQTA 3ZX0A 4AHVA 4CJFA 5GAHP 4FOEA 4LC9B 2BANA 3O3GA 1KLMA 2OANA 4E7LA 2OTJN 1WNSA 1S1VA 1IO2A 2O8EA 3MX2A 3CF5L 1LW0A 3ZSQA 3QBWA 3KTQA 1RTDA 2ZGZA 1G15A 3SQ2A 3QNNA 2G8HA 4K8XA 3OYDA 5F2RA 1LAVA 3QFPA 3QFUA 3PUFA 1C0FA 2D0BA 3AO1A 3NHGA 1W97L 3U9ZA 3LDQA 5CHIA 2HBJA 3HYFA 1ASWA 4KBOA 2NNWA 2G8IA 5LMUK 4FWKA 1HJRA 4CJ4A 3OYFA 1GLBG 4DQ8A 5JVGL 2O8BB 1HNXK 1EKEA 3SNNA 3PO5A 5ADXH 2Q1NA 1UWBA 4BG9A 2VYPA 4EIAA 4H0PA 2YHAA 4FWNA 5C12A 1S1WA 3QEXA 4E7KA 1D8YA 3OVNA 3AO2A 4K8ZA 5HRRA 3KKSA 1N32K 2XY8A 3TSQA 1R0AA 3L6QA 3ALYA 4OPJA 4EFHA 1O1WA 1IG9A 4FK0A 4BR4A 1KTQA 1N33K 1OH7A 5A2QO 5GAEP 5AQRA 3K0SA 1C0GA 5J2QA 5JLHA 3MDQA 3AVCA 3J7AP 3MEEA 5AZJA 4DF4A 4QOZB 3CCLN 3H3NO 4DV4K 2QWRA 4HWIA 1JLCA 4J8FA 1BIUA 3G25A 3OS2A 4OGCA 2NRZA 3WNFA 3NAEA 2QEXN 3M5RA 2HHWA 3MN5A 2G8UA 3ATUA 4CEEA 1FW6A 4DLEA 3L4QA 1RBUA 4FWSA 4B8AB 2ZJQL 1RBVA 3D7EO 3MK6A 3LAKA 2YNGA 1EO1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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