3L0QA

The crystal structure of xlylulose kinase from yersinia pseudotuberculosis
Total Genus 172
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
172
sequence length
541
structure length
541
Chain Sequence
b'ASYFIGVDVGTGSARAGVFDLQGRMVGQASREITMFKPKADFVEQSSENIWQAVCNAVRDAVNQADINPIQVKGLGFDATCSLVVLDKEGNPLTVSPSGRNEQNVIVWMDHRAITQAERINATKHPVLEFVGGVISPEMQTPKLLWLKQHMPNTWSNVGHLFDLPDFLTWRATKDETRSLCSTVCKWTYLGHEDRWDPSYFKLVGLADLLDNNAAKIGATVKPMGAPLGHGLSQRAASEMGLIPGTAVSVSIIDAHAGTIGILGASGVTGENANFDRRIALIGGTSTAHMAMSRSAHFISGIWGPYYSAILPEYWLNEGGQSATGALIDHIIQSHPCYPALLEQAKNKGETIYEALNYILRQMAGEPENIAFLTNDIHMLPYFHGNRSPRANPNLTGIITGLKLSTTPEDMALRYLATIQALALGTRHIIETMNQNGYNIDTMMASGGGTKNPIFVQEHANATGCAMLLPEESEAMLLGSAMMGTVAAGVFESLPEAMAAMSRIGKTVTPQTNKIKAYYDRKYRVFHQMYHDHMRYQALMQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords xylulose kinase
molecule tags Transferase
source organism Yersinia pseudotuberculosis
publication title The crystal structure of xylulose kinase from Yersinia pseudotuberculosis
rcsb
total genus 172
structure length 541
sequence length 541
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-12-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3l0qA01
3.30.420.460 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3l0qA02
4I6MA 3DXKB 2E88A 3FR0A 3HSCA 3VGLA 1SZ2A 2IVNA 4BQLA 1HPMA 4CZKA 3HBTA 3O6WA 3BP8A 3A5MC 3H6EA 4BC3A 2UYTA 2YI1A 4FOEA 2AP1A 3SJHA 3GE1A 3H3NO 5AQIA 4ISEA 2YHWA 1MDUB 3SLCA 3ULEB 3C7NA 3LM2A 3WXKA 3IUCA 4ISFA 3D2FA 5EY4A 4B9QA 5LJWA 2YHXA 2E2NA 2YHYA 4BR5A 4CZEA 3ZETB 3L0QA 2AA4A 3FLCO 3MN9A 3R6MA 4A2AA 2V7YA 1TUYA 1V4SA 3L4IA 3QFPA 3H46O 4IXCA 5E84A 2P9NA 3VGMA 1GLLO 4BR7A 4FWRA 3DXKA 3ID8A 2YCHA 4H5NA 5FPEA 3CHWA 1RDWX 5BN8A 4CD1A 1ZBSA 3JS6A 5AQGA 3MCPA 5B8HA 5ELZA 2P9UB 5BRDA 5AFUA 3F9MA 3ENHA 4RCHA 2I7NA 5AQYA 2VCPA 1S3XA 5AZIA 1JCGA 1BOTO 4H0VB 3VEOA 2Q1NA 2QXLA 4FWPA 5TKYA 1YXQA 4A61A 2E8AA 4K42A 5AZJB 4BC4A 5F0XA 5BRHA 4EAHD 4BRAA 4XH4A 3EO3A 5AQXA 1XUPO 3WEEA 1ESVA 3A5NC 2FSJA 2GTDA 1NGEA 1T6DA 5KPZA 3EN9A 3FZKA 3M3ZA 2FLOA 2GWJA 1TUUA 4A2BA 4B1ZA 4FWKA 1RFQA 1IG8A 3UB5A 5JLHA 4FSVA 1NGIA 5AQOA 4JD2B 5AQMA 3QBWA 4RTFD 4CJ7A 5JICA 2QWRA 3SMPA 3KVGA 1WUAA 3LDPA 2I7PA 2ZGYA 3LL3A 3UKUA 2EWSA 3CJAA 4J8FA 4NB4A 1V4TA 4ISGA 3D2EB 4BRLA 2QWMA 3I8BA 1CZAN 5ADXH 5BR9A 5AQZA 1Q18A 5LY3A 2YJEA 5AQJA 1OKJA 4BRNA 4Z94A 4IJNA 2P9SA 3EKSA 2GUPA 3DJCA 1QQNA 4BC5A 3U4LA 2FF6A 3ATUA 1Z05A 4XEIA 5AQQA 3FE1A 2E1YA 3M6GA 2P9PA 2E2QA 5AQHA 1P8ZA 3HM8A 3ULEA 3KZBA 3A0IX 3MN5A 5BPMA 5KQDA 3ZEUB 3VETA 3M1FA 1GLFO 5LJVA 3MN6A 4JN4A 4JAXA 2F9WA 3OHRA 5AQNA 3TU5A 4BR2A 2Q36A 1GLDG 3C7NB 4BR4A 3O1WA 5FPMA 4H5WA 2Q0UA 1NGCA 3UE5A 4WQ5C 3VEWA 4FO0A 3HTVA 3QB0A 4WQ5A 4Y0WA 3JXUA 4WYBA 4BQZA 2QWPA 3MK6A 3I33A 5AQWA 4MO5A 4BRDA 3P4IA 4H5TA 4B1YB 2P9LA 1NGAA 3ZX3A 4CZIA 1ATNA 2CGLA 1BA0A 2P9KB 1BU6O 3BF1A 3U8XA 4IWVA 4FWOA 1KAXA 3O4WA 4BGAA 1X3MA 4C23A 3GL1A 2Q31A 2ASOA 2P9UA 2QWQA 1SAZA 4MLHA 2ZGZA 5AZJA 2PAVA 3WQUA 1QQMA 2V51B 3RSEB 1DGKN 2VWBA 4K43A 3WEEB 4BRKA 3VGKA 2QWNA 4BREA 4O5FA 3FZFA 5AZIB 1Z6RA 5AQVA 2QM1A 1IJJA 4BC2A 4DQ8A 4H0YB 1KXPA 2D0PA 4FOIA 3VPZA 2HF3A 2P9LB 4QS9A 1GLBG 4JD2A 1X3NA 4M63C 4B1UB 3J8AA 4BRPA 4B1WB 3QFUA 5F1XA 1NGGA 1E4GT 1NBWA 3VEYA 5FPDA 4CZFA 4NO7A 3CJ9A 5E26A 3CIPA 2NRHA 3CJ1A 3VERA 4CD3A 2ZF5O 2A6AA 4PL7A 3LDNA 4WQ4A 5I9EB 1WOQA 5AQSA 4H03B 3EZWA 3AY9A 1TYQB 1SQKA 2A42A 3MN7A 4E1JA 4XH1A 2FSKA 3UKRB 5KPTA 4O8KA 4FL9A 3ENOA 3UKUB 1BUPA 4M7XA 1NGDA 3D2EA 1U2VA 2BUPA 3ZX0A 3FFKB 1T6CA 3U9ZA 4RWTA 3LM9A 2P9PB 2NLXA 1HKCA 3GBTA 4BVPA 3H1VX 4CZJA 3ZEUA 3A5OC 2ASMA 2NZTA 1U6ZA 3DAWA 4EIAA 1BO5O 4BGBA 1QZ5A 5BREA 5FPNA 2WUSA 1JCEA 5AQUA 5BPLA 2W40A 3H45C 3BUZB 3UKRA 3FZMA 3C0BA 4B1VA 1Y64A 2ASPA 2V52B 5BRFA 4MLEA 3QMLA 5F2RA 1U2VB 4KBOA 2E20A 3DWLA 1YVNA 4I6MB 2IVOA 3SMSA 1MWKA 2IIRA 5AQPA 3WQTA 2P9KA 4PKGA 4CBWA 3AAPA 4IO8A 4PL8A 4CBXA 4GNIA 1E4FT 4FWNA 4BRCA 4XH5A 2CGKA 3LDLA 2BTFA 2P9IB 1XC3A 4CZMA 2ITMA 3VOVA 1C0FA 1ZXOA 5EXWA 3ZX2A 1BG3A 1RGIA 3W0LA 3CJBA 2A41A 3RSEA 1NGJA 2A3ZA 2E2PA 2V7ZA 3VEZA 2OANA 2F9TA 1MWMA 1X9JA 1BWFO 4JHDB 4AM7A 4CBUA 3CJCA 3CETA 3ZETA 2CGJA 3VF4A 2DPNA 1HKGA 4H0OA 3BF3A 4CI6A 4H0XB 3FZHA 1YUWA 2Q2RA 4EHUA 1QHAA 3A5LC 2QWOA 3LDOA 4LC9B 1DEJA 4MO4A 4YDUC 4BRHA 4BVOA 4FWSA 4BR0A 1NWKA 4H0TB 1LOTB 5JLFA 1R59O 2Q97A 3MMVA 4BROA 3U9DA 4WQ4C 3H3OB 3WXJA 3BEXA 3O5BA 1T44A 3W3DA 1YAGA 1J6ZA 1TYQA 4HWIA 4JNEA 1NMDA 1ATRA 4H0PA 2CH5A 5AR0A 1BA1A 5CE3A 4JHDA 2YJFA 1K8KB 2FSNA 3GG4A 1S22A 3ATVA 3VF6A 3WXLA 1QZ6A 4FPAA 3QBXA 4DB3A 1BDGA 2GWKA 2QWLA 3FZLA 5ADXA 5AQRA 1HLUA 1EQYA 2D1KA 1NM1A 3IFRA 2HF4A 4H5VA 4HTLA 2CH6A 1HUXA 3CI5A 3CJ7A 3DXMB 3GDQA 3QDKA 2IVPA 4CZHA 4CZLA 3AAQA 4BRFA 3R8EA 2FXUA 2KHOA 4IZ9A 4IJAA 3VENA 2E2OA 3WXIA 4AM6A 3QICA 5JMVA 3AARA 4K41A 3TPQA 1H1VA 3O08A 3KHYA 4BRMA 1GLJO 5AQKA 1DKGD 2HOEA 1GLCG 1D4XA 5AQTA 1GLEG 4FWQA 3WT0A 4BRQA 3FGUA 3DXMA 4DHYA 5KQ8A 1NGFA 3VEXA 2A40A 3GOIA 2D4WA 3SK3A 4DCHA 4M7YA 5AFUH 4FPBA 2A5XA 2PBDA 3B8AX 5BPNA 2P9IA 4B1XB 4BRIA 2D0OA 3R9PA 1LCUA 4FWLA 4GY2B 4H5RA 1ZC6A 2HMPA 5AQFA 1XQSC 4PKHA 3H1QA 3IDHA 3VF2A 2VYPA 4QS7A 1HKBA 1GLAG 4FWMA 3CQXA 2FF3B 1KAYA 1NGHA 3HI0A 1NLVA 3D7EO 5KPRA 4PKIA 2H3GX 3IMXA 4QS8A 4F9OA 1QQOA 1MA9B 4CZGA 4EHTA 3EKUA 1HX1A 5EX5A 4BG8A 3S41A 5EVZA 3VESA 3CERA 2W41A 3HZ6A 3O1BA 3G25A 1C0GA 3CQYA 3A8YA 5EOYA 2Q0RA 4L3QA 3VEVA 4BRGA 1NGBA 3WUHA 1HJOA 4K25A 4EFHA 3EL2A 5AQLA 3MDQA 4BG9A 3O8MA 2GELA 2GEMA 4BR9A 3D2FB 1G99A 3LDQA 4YDUA 3O80A 1KAZA 2QW9A 4A62A 1ATSA 2E1ZA 2J4RA 5BN9A 1K8KA 1JCFA 2P9SB 3L6QA 2P9NB 2ZWHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YVUA 3AGRA 3DXKB 2E88A 3HSCA 2VWJA 2KQ2A 4IO9L 1HPMA 3CYMA 1XNRK 3HBTA 3O6WA 4EP4A 1X9WA 3P39A 1C0MA 2UYTA 4Z0UA 3RVCA 4N41A 1WLJA 2AP1A 1SUQA 3GE1A 3KLEA 3I56N 3O9TA 3SLCA 3ULEB 3C7NA 4QAGA 1GOCA 3D2FA 4B9QA 2YHXA 3V6DA 3NMUA 3M8RA 4ELVA 1U48A 4DS5A 1VSLA 2AA4A 1RCHA 3FLCO 4F2SA 1V4SA 3MECA 3THVA 2Z1GA 3TSPA 3SNNA 2RPIA 4BR7A 3ID8A 3CCUN 3OVNA 5C10A 2YCHA 4DR6K 3PV8A 3KD1E 4LSLA 4CGFA 1UA0A 3OS1A 4JRQA 1J9AA 4HHTA 1KVCA 3KIOA 5BN8A 5KGWA 3VTIA 1ZBSA 2WONA 2BANA 1TAQA 4GKJK 3MCPA 3QERA 3F9MA 3Q7BA 3ALYA 2E5LK 2IAJA 2EHGA 3LP0A 4NYNA 3V1QA 1JL1A 3DRPA 5IWAK 5TKYA 4AF1A 4B9NA 3BZCA 2D0BA 1B92A 5AQXA 4DFPA 1ESVA 1VQKN 1N32K 4WCEL 3CFPA 3EY1A 3HOSA 4DSKA 2RHKA 2FSJA 3L2RA 3CCMN 2DFEA 3FZKA 2FLOA 4C8NA 2Y1JA 4E1MA 2ZM6K 1R0AA 3OYCA 5HLFA 4FSVA 3QBWA 4CJ7A 3R3LA 3S3MA 1ASWA 2QWRA 3SMPA 3T1HK 2YX6A 3NH1A 3ZT0A 2ZGYA 3UKUA 4CJUA 4ISGA 4BRLA 1K73O 5H1SQ 1CZAN 4YFUA 4FK4A 1NJZA 3AVMA 4CJ3A 5K14A 1OKJA 2UU9K 4E7KA 3O4QA 3LDSA 2HNZA 4CEAA 3OYJA 3RMAA 1YF5L 3EKSA 2GUPA 3DJCA 1M1KO 4BC5A 4CEFA 1BQNA 2FF6A 1J5OA 3MX5A 4XEIA 3MWTA 3OYEA 3FE1A 2E1YA 2NRXA 1S72N 2P9PA 5AQHA 3T1YK 3HM8A 2PY5A 5HRSA 3OYKA 3TSQA 1GLFO 3MN6A 4JN4A 4JAXA 1C6VA 3TU5A 3O3GA 4BR2A 4DLGA 1XMOK 1D8YA 3PY8A 2KZMA 1C1AA 4HVJA 3HTVA 1ASVA 3QB0A 4WQ5A 1XI1A 3NF6A 4AILC 4BQZA 1MU2A 4WYBA 3PX6A 3I33A 2OTLN 1HNXK 3FFIA 5MLCQ 4CZIA 4YOUA 4JI5K 4NXNK 4CHQA 1IH7A 1BI4A 4FJ5A 3K58A 1W7AA 4EZ6A 1L3TA 4JI3K 2NRWA 1HNZK 4WF9L 1SAZA 3SAHA 3DLEA 1EP4A 5C2FA 1DGKN 3QIOA 4FLVA 4YOTA 3WEEB 1RNHA 4BREA 2A1RA 2UUBK 4O5FA 3FZFA 1C0TA 3DOKA 4KTZA 4BC2A 4CEEA 4CIFA 1KXPA 1RBTA 2XY7A 2HF3A 4PA1A 4QS9A 4M63C 4B1UB 4BRPA 4B1WB 3O3FA 1NBWA 3EEQA 3TTDA 4DWIA 1SS6A 3HOTA 5HROA 1FKPA 2NRHA 4DTOA 5KRTA 2ZF5O 4FLXA 3DLHA 3SQ4A 5AQSA 2E6MA 3AY9A 3EZWA 3QLHA 1S1WA 4W5OA 1A5WA 4C8MA 4CFCA 3K5NA 2XY8A 2HBLA 4DS4A 4FL9A 5FROA 5JVGL 3V9UA 1KVAA 3J7AP 2BGGA 3ZLJA 4AHVA 3OS2A 2ZJRL 4OKJA 3ZX0A 4CGIA 2JLEA 3FFKB 3PO4A 4JV5K 4PUOA 1VSIA 3PUFA 3K5LA 4U67L 1Y97A 4CJTA 3DLKA 1RDDA 5DM6L 4M45A 3DAWA 4EIAA 1NKBA 4PWDA 3ZT4A 1QZ5A 1IKYA 4F3OA 1RT4A 1LAWA 3CQ8A 3QEVA 2HW3A 1F21A 2HVIA 1HYVA 3BUZB 2HVHA 1ZYQA 1XC9A 5BRFA 4MLEA 3L3VA 4W5RA 4BE1A 4KBOA 2F8TA 1YVNA 4CEDA 2W6LA 2IVOA 4I6MB 3SMSA 3KWGA 3WQTA 2P9KA 4CBWA 3AAPA 4IO8A 4PL8A 4CBXA 2F4VK 4BRCA 4OPJA 1QHTA 3HP6A 3CPWM 1C0FA 3T1AA 1TKXA 2KZZA 5M1FA 2E2PA 4B9LA 4JKCA 1MWMA 3HPGA 1KFDA 4CBUA 3KTQA 3WNGA 4CJVA 1TGOA 2DPNA 1HKGA 3NH2A 1RILA 5C42A 4CFDA 3OJSA 3TARA 3LDOA 3SAGA 4FW1A 4YDUC 5CHIA 4HUGA 1FW6A 5CYQA 1Z25A 4M42A 5FLXO 2O8FB 3G4SN 4BVOA 3HPOA 1NWKA 5JLFA 4NCAA 4BROA 4DV2K 1CXQA 4WQ4C 4JI7K 2QXFA 4F8RA 3ZCMA 1RDBA 1J6ZA 1TYQA 3CC2N 1RTIA 2UUAK 4DV6K 2CH5A 5AR0A 4CJFA 4JHDA 2YJFA 2QK9A 2RKIA 5KGXA 1K8KB 2VQEK 4KHNA 3HJFA 4NYFA 4FPAA 2UXBK 1BISA 3TWHA 4IDKA 1BDGA 3FZLA 5AQRA 1HLUA 1QQCA 2YHBA 1VSKA 2VG6A 2HF4A 4EZ9A 2CH6A 3TANA 2IVPA 2OZSA 3HL8A 5KTQA 3MXMA 3CM5A 1TKDA 3R8EA 4IZ9A 3QNOA 1FXXA 3VENA 3CFOA 1K8AO 4M3ZA 2D5RA 4Y1DA 2O4IA 2XY6A 4Z4IA 3U3GA 3CCJN 1D9FA 3DLRA 3AVJA 4OX9K 4GV3A 4JI6K 3P1GA 2G8IA 3AA2A 1DKGD 3ZSWA 3BZKA 1U04A 4FJ9A 4DU1A 2ZD1A 4DU4A 4FWQA 4BRQA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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