3L0QA

The crystal structure of xlylulose kinase from yersinia pseudotuberculosis
Total Genus 172
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
172
sequence length
541
structure length
541
Chain Sequence
ASYFIGVDVGTGSARAGVFDLQGRMVGQASREITMFKPKADFVEQSSENIWQAVCNAVRDAVNQADINPIQVKGLGFDATCSLVVLDKEGNPLTVSPSGRNEQNVIVWMDHRAITQAERINATKHPVLEFVGGVISPEMQTPKLLWLKQHMPNTWSNVGHLFDLPDFLTWRATKDETRSLCSTVCKWTYLGHEDRWDPSYFKLVGLADLLDNNAAKIGATVKPMGAPLGHGLSQRAASEMGLIPGTAVSVSIIDAHAGTIGILGASGVTGENANFDRRIALIGGTSTAHMAMSRSAHFISGIWGPYYSAILPEYWLNEGGQSATGALIDHIIQSHPCYPALLEQAKNKGETIYEALNYILRQMAGEPENIAFLTNDIHMLPYFHGNRSPRANPNLTGIITGLKLSTTPEDMALRYLATIQALALGTRHIIETMNQNGYNIDTMMASGGGTKNPIFVQEHANATGCAMLLPEESEAMLLGSAMMGTVAAGVFESLPEAMAAMSRIGKTVTPQTNKIKAYYDRKYRVFHQMYHDHMRYQALMQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title The crystal structure of xylulose kinase from Yersinia pseudotuberculosis
rcsb
source organism Yersinia pseudotuberculosis
molecule tags Transferase
molecule keywords xylulose kinase
total genus 172
structure length 541
sequence length 541
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-12-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3l0qA01
3.30.420.460 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3l0qA02
4BRAA 3GDQA 1HKGA 5AQOA 4MO4A 3R8EA 3HM8A 4YDUC 2I7NA 4PKHA 3JXUA 2ASPA 2YHYA 3HZ6A 2Q1NA 1HUXA 4EFHA 2P9SA 4FL9A 3VPZA 3FZMA 4HWIA 1NGBA 2A41A 1QZ6A 5AQVA 1MDUB 4CZGA 1TYQB 1T6DA 1RFQA 1BU6O 4IJNA 4CZJA 3WQUA 3HBTA 2GWKA 4CJ7A 4BC3A 5E26A 2P9LB 1BWFO 2D4WA 1KAXA 3VF6A 4B1WB 4JNEA 1X3NA 3ZX3A 3A0IX 3CQYA 4JD2B 4BRKA 5JICA 4FWRA 3HTVA 2J4RA 3L4IA 3O1WA 3CJCA 5AFUH 1HKCA 1T6CA 3A5OC 5JLHA 2P9UB 4KBOA 3ZEUA 2QXLA 5AR0A 3ULEB 4BR5A 1BOTO 4H5NA 3QBXA 4Y0WA 2E2PA 3IFRA 1K8KB 3SMSA 1LCUA 4FWQA 4ISGA 3VEYA 4AM6A 5EVZA 1ATSA 1DGKN 2NLXA 4H5RA 3WEEA 4DHYA 3P4IA 4PKIA 4H0VB 4BC2A 4QS8A 3M3ZA 5AQUA 2P9IA 4B1ZA 4CI6A 3WUHA 4GNIA 3U8XA 2AP1A 5KPRA 4BR0A 5AZIB 2YJFA 4HTLA 1P8ZA 4MLHA 1BUPA 2QWPA 4FPAA 1NGGA 4CZLA 3WEEB 5FPEA 4PKGA 3H1QA 2FF6A 1NGJA 3MK6A 1NGEA 1RDWX 3BF1A 2E20A 4H03B 1TUUA 1GLEG 1RGIA 3A5LC 4IO8A 4I6MA 2GUPA 2A40A 2FSJA 3BEXA 3GOIA 3ULEA 1NGDA 2FLOA 2A6AA 4FOIA 3OHRA 5BR9A 4CBWA 4XH4A 3ZX0A 4H0PA 3IDHA 2CGLA 2I7PA 4BRGA 4CZMA 1KAYA 1KAZA 4MLEA 5ADXA 2QWMA 3WXKA 2IVOA 3LM9A 5EXWA 3EO3A 1BA0A 3CJ7A 4BRNA 4B1UB 2UYTA 2QWRA 3EKSA 3GBTA 1TYQA 2EWSA 5AQHA 4H5TA 2FF3B 1GLJO 1CZAN 2E2QA 5BREA 4EHUA 3CQXA 1QQMA 2P9PB 2QM1A 5AQGA 2P9KA 4NB4A 5AQMA 1DEJA 1NGCA 3H3NO 4B1YB 5KQ8A 3FZKA 3C7NA 2QW9A 4WQ5C 3VEXA 4BRPA 5AQLA 4JHDB 2Q0RA 1HJOA 1NBWA 3M1FA 4CZIA 4A62A 1GLBG 5AQSA 1IJJA 3CHWA 3DWLA 3SK3A 2ASMA 4K42A 2KHOA 1NWKA 4QS7A 1MWKA 1NGIA 1QHAA 2VWBA 2ZGZA 3VENA 3VGMA 5BN9A 5AZJB 4BRQA 1NMDA 2P9IB 3CJAA 3I33A 4LC9B 4M63C 2F9WA 4IZ9A 4FWMA 2BUPA 4C23A 3VESA 1ZC6A 1MWMA 1QQNA 3ZETA 2HF3A 2OANA 3D7EO 3U9DA 4BRFA 3AARA 4FSVA 5BRHA 5LY3A 3CETA 3O08A 3QDKA 4BG9A 5AQKA 4BRDA 2CH5A 2GTDA 3FLCO 1HKBA 2V51B 3FZHA 3QMLA 5JMVA 5AQQA 3H45C 2CH6A 5BPLA 3BP8A 4H5WA 2Q2RA 3CJBA 3AY9A 2W40A 5AQFA 5AZIA 4BRCA 2BTFA 4YDUA 3IUCA 1NGAA 1ZBSA 2P9NA 1ATNA 2FXUA 3MMVA 3DXKA 3FE1A 3HI0A 4BG8A 2FSNA 4FWLA 1TUYA 3RSEA 4RWTA 5AQYA 3U9ZA 3GL1A 4BVPA 5KQDA 4PL7A 5AZJA 1IG8A 4XEIA 1YXQA 2PAVA 4BC4A 5FPDA 3O4WA 4M7XA 4ISFA 5F1XA 4H0OA 4Z94A 4RCHA 4BVOA 3H46O 5LJWA 4K41A 4A61A 1X3MA 1JCEA 3B8AX 5AQZA 4CZHA 4B1VA 4WQ5A 4JHDA 3VEVA 2IVPA 4BRMA 4FWKA 5CE3A 4FO0A 2YHXA 4RTFD 3F9MA 5KPTA 3UKRB 3D2EB 3EZWA 2HMPA 3VGLA 2P9KB 4DB3A 2P9PA 4QS9A 3CJ9A 3MN9A 2V7ZA 1BDGA 4DQ8A 3U4LA 1NGFA 3QB0A 3RSEB 3D2FB 4PL8A 5AQPA 3LDPA 2CGJA 3MCPA 3SLCA 4BRLA 4BR2A 3QICA 3I8BA 4CBXA 4CZEA 3UKUB 2GEMA 1YAGA 2QWOA 2A3ZA 3WQTA 3KHYA 2QWNA 4IXCA 1Y64A 3LDQA 1GLCG 4L3QA 3S41A 4BGAA 3H1VX 2YHWA 4CZKA 4BR4A 4XH1A 3CI5A 2PBDA 5AQTA 4XH5A 5JLFA 1DKGD 4BRHA 2E8AA 3ID8A 3VEWA 3LDNA 3QFUA 2E2OA 2GELA 4IWVA 4JAXA 3R9PA 2D0PA 3VEZA 3BUZB 1NLVA 1BG3A 4DCHA 4CBUA 4CD3A 3GG4A 5F0XA 2ZGYA 2F9TA 1KXPA 1QQOA 1YVNA 3O6WA 4M7YA 3ZX2A 2HOEA 3J8AA 1WUAA 4J8FA 1H1VA 1E4FT 3W3DA 3GE1A 1HX1A 2YI1A 4MO5A 1GLFO 4WQ4A 4O8KA 1NGHA 2CGKA 2E88A 2YCHA 4FWOA 1Q18A 4BR7A 1MA9B 5AQRA 1C0GA 2P9NB 1U2VB 5AQNA 1GLDG 1BO5O 2ZWHA 4BR9A 1K8KA 3FR0A 3WXIA 1XC3A 4FOEA 3WXJA 3LL3A 3VF4A 2P9LA 1U2VA 2WUSA 1R59O 3AAPA 4WYBA 2QWLA 3ZETB 5ELZA 4FWPA 4H0XB 4CZFA 1XUPO 3DXMA 3D2FA 3KZBA 4B9QA 3QBWA 4B1XB 4JD2A 3A5NC 4CD1A 5BRDA 4BROA 1XQSC 2Q0UA 3UKUA 5FPNA 1HPMA 4FWNA 3UB5A 5E84A 3KVGA 4A2AA 5AFUA 5FPMA 2VYPA 4H0YB 3H3OB 2D1KA 3VF2A 3ENHA 5BPMA 1WOQA 3BF3A 5ADXH 2P9SB 4BQZA 4O5FA 3WT0A 2A5XA 4EAHD 2V52B 2V7YA 3CJ1A 3M6GA 4GY2B 5AQJA 3UE5A 3ENOA 3UKRA 2AA4A 3C7NB 2ITMA 3A8YA 4I6MB 3FZFA 4E1JA 3L0QA 3DAWA 2YJEA 1LOTB 5AQIA 1SZ2A 2QWQA 3R6MA 3HSCA 3VEOA 3JS6A 4BREA 3DJCA 3EL2A 2W41A 1SQKA 1ATRA 4WQ4C 3VETA 3FZLA 1EQYA 1Z05A 2E1YA 2Q36A 5LJVA 1D4XA 4BRIA 3SMPA 1E4GT 2VCPA 3WXLA 3TU5A 5AQXA 3H6EA 4JN4A 2E1ZA 2HF4A 3EN9A 1JCFA 1NM1A 3MN6A 4FWSA 1GLAG 3LDOA 3O80A 1S22A 1Z6RA 2ZF5O 3MDQA 3DXMB 3DXKB 4K25A 1J6ZA 3O5BA 4A2BA 3D2EA 3W0LA 3CERA 5AQWA 3LM2A 4BGBA 3C0BA 1BA1A 1T44A 3AAQA 4F9OA 2NZTA 5B8HA 1G99A 4K43A 2E2NA 4H0TB 4H5VA 3FFKB 2ASOA 1X9JA 3VGKA 2Q97A 1U6ZA 4BC5A 2D0OA 3L6QA 1YUWA 3MN5A 3O1BA 2IIRA 1C0FA 1JCGA 5EOYA 3A5MC 5I9EB 3SJHA 4FPBA 5KPZA 4EIAA 5EX5A 3ATUA 3FGUA 3QFPA 3VERA 2Q31A 2A42A 2H3GX 3VOVA 1V4SA 3LDLA 5EY4A 4ISEA 3TPQA 5BPNA 1S3XA 3G25A 3CIPA 1SAZA 5TKYA 5F2RA 3MN7A 4AM7A 4NO7A 1V4TA 2NRHA 1QZ5A 2IVNA 2DPNA 2P9UA 3ZEUB 2GWJA 5BRFA 1ZXOA 3EKUA 1GLLO 4EHTA 1OKJA 1ESVA 3ATVA 5BN8A 3IMXA 2FSKA 3O8MA 1HLUA 4BQLA 4IJAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1S9GA 5AQOA 1XMQK 1FKOA 3HM8A 4NXMK 4NCAA 3JXUA 1S9EA 1HUXA 1RT3A 4DFJA 4IFVA 4YOWA 3IS9A 3AA3A 1MDUB 1BCMA 3L8BA 1RFQA 4CZJA 3HBTA 4CJ7A 4RG8A 4BC3A 5E26A 3OYAA 3QESA 1KCFA 1DLOA 5GIPA 4BE0A 4B9MA 1X3NA 3TAMA 4OX9K 3MXIA 2RPIA 1RT2A 1XMOK 1VQ8N 3MEGA 3THWA 4O0IA 3L4IA 1L5UA 2P9UB 5AR0A 2OPQA 1Q9XA 4G9ZA 2O8EA 2E2PA 3TAPA 4CJ5A 4FWQA 4ISGA 3S3NA 5EVZA 3ZLJA 4H5RA 4E0DA 4RW7A 4EP4A 3TR8A 2NRWA 3M3ZA 2YKMA 2OZSA 5AQUA 1XC9A 4HCCA 4IG0A 2QA4N 4GNIA 2Y1JA 1K6YA 1S6PA 1WSJA 4JKHA 1VQKN 3OS1A 4MLHA 4OLBA 1HNVA 4FPAA 4CZLA 4PKGA 3H1QA 1NGJA 1T8EA 4E7HA 2DFHA 3NHGA 1GLEG 2NRZA 1RBSA 3A5LC 2A40A 2FSJA 3GOIA 1NGDA 2FLOA 3QEVA 5KTQA 3SYZA 1D5AA 4FZXC 3DLBA 1VSFA 4CFBA 1KAZA 1WLJA 4Z4EA 4C8KA 3PY8A 1T03A 3EO3A 2A1RA 3AVMA 4IBNA 1FJGK 1SL2A 3EKSA 3ASMA 3LALA 1TKZA 4H5TA 2FF3B 1CZAN 2E2QA 5BREA 1QQMA 2P9PB 5AQGA 4YOXA 1ZBHA 3EYZA 3VQDA 1L3UA 1DEJA 1NGCA 1SKWA 3C7NA 4J2BA 3M5RA 1ZBUA 2ZQBA 3T1HK 3WXMB 3ZSQA 3VQBA 3L4QA 2Q0RA 2GX9A 1HJOA 1RNHA 4BY9C 2VQFK 1KSPA 4CZIA 1TL3A 5IT9O 3CHWA 3IKMA 4CF2A 4K42A 2IOCA 1MWKA 1NGIA 2UXDK 1QSSA 4ZTFA 1QHAA 2FBVA 2ZGZA 3ZSXA 1KVCA 4DQPA 3VGMA 4BRQA 4JKFA 3I33A 4LC9B 4O4GA 4JV5K 4IO9L 4Q5VA 4FWMA 1KRPA 4GKKK 4HUEA 1ZC6A 1QQNA 3MWTA 4BRFA 4FSVA 1HYZA 5LY3A 3CETA 1FK9A 2RKIA 2HHUA 4E7KA 2E6MA 1RT1A 2CH5A 3PSIA 3U3YA 1HKBA 4CEFA 4C8OA 4DV4K 3CC4N 3C65A 3O3GA 1VQLN 4CERA 2W40A 1YIJN 4YDUA 4Z4HA 3CPWM 1D9FA 1NGAA 4AILC 1XWLA 5C15A 1WSGA 2FXUA 1LWEA 3MMVA 4Q0BA 1ASWA 1M1KO 5AQYA 1VQ6N 4UQGA 5J2NA 1REVA 3G10A 4FLXA 4KH5A 4CF9A 4ID1A 3OJSA 1I94K 4XEIA 3HYFA 3T1AA 5AJ3K 5FPDA 4CIFA 3TSUA 2XHBA 5JS1A 3AVGA 3TANA 5HRNA 4A61A 1JCEA 5M1QA 2Z1GA 1IBKK 4DSLA 2R7YA 2YNIA 2PYJA 4W5OA 3F9MA 4M3XA 2VG5A 2HW3A 3K5MA 4B9SA 3OYKA 2A1SA 1RILA 2P9PA 4H8KA 2X6NA 1WB9A 3QB0A 3RSEB 5J1EA 5LL6Z 4LSLA 4CHYA 4JLHA 3LDPA 1T05A 4FCYA 3CFRA 4BRLA 1IKVA 1VRTA 3I8BA 1TVRA 4DR6K 4CBXA 3RRHA 3KHYA 2G8IA 1WSHA 3ZSRA 4AH9A 4NLCA 4FJ5A 4BGAA 3H1VX 4CZKA 4DLGA 5JLFA 1DKGD 4BRHA 2O4IA 3ID8A 4PQUA 4W5NA 1RT5A 4AHRA 1QQCA 4JAXA 1YTAA 3AV9A 3VEZA 3O9QA 5CYMA 2Z1JA 4DCHA 1KXPA 1QQOA 2G8WA 4M3WA 2HHWA 2Z1HA 4CEDA 4LF5K 3QEIA 1CXUA 1NGHA 1HRHA 3MEEA 2UUCK 3NFAA 4A59A 1C0GA 2P9NB 2JLEA 2ZWHA 3WXIA 3V9ZA 1XC3A 4GVMA 4HTUA 3LL3A 4YORA 2P9LA 4FJXA 1WSFA 4F2SA 2QWLA 2G8FA 3AVNA 2ETJA 4H0XB 3S3MA 1SL1A 4JKGB 3V9SA 3DXMA 4B9QA 2FBTA 1E3MA 5HRPA 3UB5A 3PLAA 5E84A 1RBTA 5FPMA 2VYPA 3P39A 1IV0A 3ENBA 1WOQA 4K8XA 3CC7N 4CEOA 1QSYA 3BF3A 4DU1A 2BDPA 3NGZA 1JKHA 2G8VA 2A5XA 2V52B 3CJ1A 1HNWK 1KTQA 2O8FB 2UU9K 1N32K 3PX6A 2W42A 4DU3A 3C7NB 3QIPA 3HPHA 1HYVA 1VSEA 4C1NI 4M3UA 4E1JA 2YJEA 1JLCA 2Y1IA 5KRTA 4CJFA 3DJCA 4CJTA 1VAZA 5I42A 4CECA 4WQ4C 3QEPA 2PYLA 4DTRA 1D4XA 4FZZA 1E4GT 4F4KA 1IG9A 4DTOA 4DV3K 1S72N 4CJLA 2HF4A 4ILHA 4DV0K 4X64K 5E41A 3BY5A 3TSQA 3ZSWA 1ILYA 3O80A 3PUFA 2ZF5O 4IOXA 4JI6K 3DXKB 1J6ZA 3DMJA 3OBYA 3CERA 3VQ9A 1VQ5N 3RMCA 4K43A 3MWPA 5TKWA 4OKKA 2KLAA 3QLHA 3LANA 4LF9K 2ASOA 1HQEA 4DR4K 4BC5A 3CQ8A 1RT6A 2NUBA 4CK3A 3VQ8A 2O8DB 4JKDA 4IG3A 4KHPK 3AA2A 2WBNA 5I9EB 3J80O 3QEXA 3SPYA 3SJHA 3TSPA 4EIAA 5EX5A 1WAJA 4FVMA 3HOTA 3QFPA 3SUOA 2A42A 2H3GX 1KQSM 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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