3L0QA

The crystal structure of xlylulose kinase from yersinia pseudotuberculosis
Total Genus 172
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
172
sequence length
541
structure length
541
Chain Sequence
ASYFIGVDVGTGSARAGVFDLQGRMVGQASREITMFKPKADFVEQSSENIWQAVCNAVRDAVNQADINPIQVKGLGFDATCSLVVLDKEGNPLTVSPSGRNEQNVIVWMDHRAITQAERINATKHPVLEFVGGVISPEMQTPKLLWLKQHMPNTWSNVGHLFDLPDFLTWRATKDETRSLCSTVCKWTYLGHEDRWDPSYFKLVGLADLLDNNAAKIGATVKPMGAPLGHGLSQRAASEMGLIPGTAVSVSIIDAHAGTIGILGASGVTGENANFDRRIALIGGTSTAHMAMSRSAHFISGIWGPYYSAILPEYWLNEGGQSATGALIDHIIQSHPCYPALLEQAKNKGETIYEALNYILRQMAGEPENIAFLTNDIHMLPYFHGNRSPRANPNLTGIITGLKLSTTPEDMALRYLATIQALALGTRHIIETMNQNGYNIDTMMASGGGTKNPIFVQEHANATGCAMLLPEESEAMLLGSAMMGTVAAGVFESLPEAMAAMSRIGKTVTPQTNKIKAYYDRKYRVFHQMYHDHMRYQALMQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords xylulose kinase
publication title The crystal structure of xylulose kinase from Yersinia pseudotuberculosis
rcsb
source organism Yersinia pseudotuberculosis
molecule tags Transferase
total genus 172
structure length 541
sequence length 541
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-12-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3l0qA01
3.30.420.460 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3l0qA02
2P9SA 5ELZA 5AQIA 3LDQA 3WXKA 4BGBA 4B9QA 5E26A 4FWLA 3EZWA 2A6AA 1ATNA 2YJFA 3EKSA 3AAPA 3GDQA 1NM1A 5BREA 1NLVA 2QM1A 3DAWA 4IO8A 3U4LA 3L6QA 1RDWX 1QQNA 2D1KA 3TU5A 4JD2A 2P9UB 3HM8A 2P9SB 4QS9A 1KAYA 4B1ZA 3JXUA 1HKGA 2YJEA 3P4IA 4CZKA 4H5TA 1BU6O 2A5XA 1MA9B 3ZX2A 4H0YB 1QHAA 3KVGA 4M7YA 4CBWA 4JD2B 5AQNA 4BRDA 5BN8A 5AQOA 1NWKA 2E2QA 3UB5A 4FPAA 3IMXA 3CJAA 3L4IA 4A61A 3CETA 3VF4A 1X9JA 4FWOA 3H3OB 1Y64A 4B1XB 4RCHA 4FOEA 1Z6RA 1NGGA 5AQJA 1J6ZA 1C0GA 1WOQA 3H45C 3CI5A 2A41A 2AA4A 1RGIA 1SQKA 3U9DA 4BRPA 3LM2A 4FWSA 3A0IX 1KAXA 4BRNA 4BRAA 4RWTA 1HUXA 2A42A 2D0PA 2V7YA 1C0FA 2IIRA 5AQYA 2E2OA 4CZJA 2FXUA 3O08A 4BQZA 3H6EA 3QFUA 5F1XA 4IZ9A 3HTVA 4BR4A 4CZGA 4DCHA 4MLEA 2FF3B 5AQGA 3VERA 2PBDA 3O5BA 5BPMA 4CZFA 2CH5A 4H5WA 1X3MA 3CJ9A 1H1VA 4BC5A 5I9EB 2Q0UA 4K42A 5KPZA 3HSCA 1NGEA 3W0LA 1BG3A 2NZTA 5ADXH 3VEVA 1ZXOA 4FWNA 2E2NA 4H0OA 3LDPA 4WQ5C 2FSJA 3FFKB 4YDUA 3CERA 3FGUA 3O8MA 3CQYA 1MWMA 3D2FA 3O4WA 3QICA 5AQSA 2QWRA 3QMLA 1XUPO 4M63C 5AFUA 1Z05A 4CJ7A 3EO3A 5EXWA 3LL3A 3OHRA 3DWLA 4A2BA 4XH4A 3AAQA 4WYBA 4CZMA 2CH6A 4BRFA 2OANA 3ATVA 2CGKA 1BWFO 5KPRA 1LOTB 4BREA 4BR5A 2YCHA 3VGKA 5AQUA 1HKCA 2E20A 4IXCA 3WEEA 1BA1A 1Q18A 3M3ZA 4BC3A 2FLOA 2P9NA 3WUHA 4FWMA 3VESA 1GLBG 2Q0RA 4GNIA 2Q2RA 1LCUA 4MO5A 3SLCA 4LC9B 1HKBA 1IG8A 5AQVA 2HF3A 3GBTA 4K43A 3FLCO 3WEEB 4BRIA 1SZ2A 3DXKA 4BRQA 2P9KB 3VEYA 3VOVA 3A5NC 3GOIA 2P9NB 5LJWA 3WXJA 2EWSA 4FSVA 2GWKA 4EAHD 2BUPA 2P9PA 2WUSA 3GE1A 3HBTA 4H0TB 4JNEA 3ZX0A 4BQLA 2CGJA 1ZBSA 3LDLA 4GY2B 4CBXA 4CZEA 3DXKB 2P9LA 5AQKA 1GLAG 3SMPA 1U2VA 3S41A 5AQFA 1XQSC 2P9PB 4B1YB 1QQMA 4CZHA 4EIAA 1EQYA 3M6GA 3ZETA 4IJNA 3FZHA 1XC3A 1NBWA 5BN9A 1RFQA 4BRLA 2HMPA 2QWQA 3F9MA 2P9LB 3MDQA 1U2VB 1YAGA 2BTFA 3I33A 5FPMA 2ZGZA 5F2RA 3A5MC 3QDKA 4BC4A 1NGHA 2GEMA 3ZETB 3EKUA 3UKUA 1HX1A 4WQ4A 1ZC6A 3KHYA 3ZX3A 5BRHA 1MDUB 1T6DA 5E84A 1JCFA 1GLFO 5EX5A 3HI0A 3MCPA 5F0XA 4ISGA 2E2PA 1T44A 3UKUB 4H0PA 3UE5A 2V7ZA 4EHUA 2ASOA 1GLLO 3MK6A 3B8AX 2E1YA 4EHTA 5KPTA 5LY3A 2VYPA 3VEWA 2E88A 3ATUA 2Q97A 3EN9A 2QWMA 4XH5A 3ENOA 5AQLA 3R9PA 4H03B 4BC2A 4NB4A 4H5VA 4DHYA 3CQXA 3LM9A 3MMVA 5AQHA 4BRMA 4A62A 3BP8A 5JLFA 4CZLA 4K25A 4BRGA 4JHDA 4BROA 4XH1A 1HPMA 5B8HA 3IDHA 3O6WA 5BRFA 3VPZA 1MWKA 3DXMA 4O5FA 5FPDA 4PKGA 5EVZA 2I7NA 4B1UB 4BVOA 3RSEA 3SMSA 1DEJA 1SAZA 3U9ZA 1YUWA 1V4SA 2W40A 2YHXA 4MLHA 3WT0A 1JCGA 2D4WA 4JHDB 3VF2A 4J8FA 1IJJA 4BG8A 2QWOA 4BR9A 4F9OA 2P9IA 2I7PA 1NGIA 1BUPA 3MN5A 4IJAA 3FZKA 3FZLA 3DXMB 5LJVA 2ITMA 2ZGYA 3RSEB 3JS6A 1WUAA 3AARA 4A2AA 4FWKA 4FL9A 2P9KA 1E4GT 5AQTA 1ATSA 1K8KA 5EOYA 5BPNA 3C0BA 3CHWA 3H46O 2P9IB 2QW9A 3CJCA 1NGCA 3CJBA 5AQXA 3SJHA 1QZ6A 2J4RA 4H5RA 4KBOA 2V51B 4BRHA 3A8YA 1BO5O 2H3GX 3CJ1A 5JLHA 2DPNA 1K8KB 4ISFA 1JCEA 2ZF5O 4FOIA 1T6CA 3FE1A 3O80A 5JMVA 2ASPA 3U8XA 3HZ6A 4B1WB 2VWBA 4DB3A 3H1QA 1GLCG 2HOEA 1KXPA 3FZMA 3WQTA 2NRHA 4BG9A 4L3QA 4Z94A 2YI1A 1GLDG 3R6MA 4M7XA 3VGMA 2ASMA 3MN9A 5FPEA 2AP1A 5AR0A 1TUUA 2VCPA 4FPBA 1NGJA 4AM6A 3L0QA 4PKHA 4JAXA 3MN7A 2NLXA 4DQ8A 3ENHA 3TPQA 2QWLA 4C23A 2QWPA 3WQUA 3VF6A 1G99A 4BR7A 5BR9A 2YHYA 4PKIA 5KQDA 1GLJO 1X3NA 1TYQA 2GUPA 4HWIA 5AQMA 3BF1A 4BVPA 3VEXA 4PL7A 2IVNA 3QBXA 1NGDA 4BR2A 2UYTA 3IFRA 4FO0A 3ID8A 4ISEA 5FPNA 1BOTO 4JN4A 3D7EO 1E4FT 1DKGD 3SK3A 1KAZA 2F9TA 3AY9A 3GL1A 4H0VB 5AQQA 1R59O 2QXLA 1TYQB 1NGBA 4QS8A 1YXQA 4BRCA 3FZFA 4CD3A 3ULEA 1D4XA 2FF6A 4B1VA 2CGLA 5AQZA 3WXLA 2Q1NA 4RTFD 4WQ4C 3KZBA 1NGAA 3ZEUA 3VEZA 3VEOA 3FR0A 1CZAN 1NGFA 2D0OA 3UKRA 2IVPA 4HTLA 5CE3A 5EY4A 3A5LC 4FWPA 3CIPA 3DJCA 2QWNA 2GWJA 3O1BA 5AZIA 5AQPA 4BR0A 1YVNA 5ADXA 3ULEB 4CD1A 4QS7A 1V4TA 3GG4A 3H1VX 3ZEUB 4BRKA 3C7NA 3UKRB 1BA0A 3QBWA 4H5NA 4WQ5A 5AZIB 2A3ZA 2FSKA 2W41A 4Y0WA 2GELA 5BRDA 3MN6A 3H3NO 3G25A 5AZJA 2E1ZA 1GLEG 5AQWA 2F9WA 2E8AA 3C7NB 3QB0A 5TKYA 1S3XA 3O1WA 5AQRA 3A5OC 3D2EA 1P8ZA 2GTDA 5KQ8A 1DGKN 1NMDA 2ZWHA 3M1FA 4CBUA 4IWVA 2Q36A 4YDUC 1ATRA 4E1JA 1ESVA 5AZJB 3LDOA 4EFHA 1TUYA 2PAVA 4CI6A 3I8BA 4FWRA 4H0XB 3W3DA 4XEIA 2Q31A 1HJOA 2HF4A 4NO7A 4BGAA 3D2EB 4AM7A 1S22A 2FSNA 2IVOA 5AFUH 4FWQA 3J8AA 2V52B 4I6MA 5JICA 4K41A 3EL2A 3BF3A 3VENA 2YHWA 4CZIA 3CJ7A 1QQOA 3D2FB 1QZ5A 3R8EA 3BUZB 2KHOA 1OKJA 3VETA 1HLUA 3BEXA 4O8KA 1U6ZA 3IUCA 1BDGA 5BPLA 4I6MB 4PL8A 3LDNA 4MO4A 3WXIA 3VGLA 3QFPA 2P9UA 2A40A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BGBA 3LDQA 3WXKA 4TSXA 4LFAK 2G8VA 4FWLA 5J2NA 4X66K 3EKSA 5A2QO 3CYMA 3GDQA 3PX4A 1NM1A 5BREA 1Q82O 4A59A 1TL1A 3ITHA 5C12A 3ZSZA 3K5MA 2OPSA 4U7BA 1WSGA 2OPRA 4QS9A 1IKVA 4RW8A 4LSNA 3CC4N 4JI8K 4BDPA 3PX0A 1BU6O 2A5XA 3ZX2A 1QHAA 3KWGA 4CK2A 1C0MA 5GINA 1D9FA 3J7AP 4BRDA 3ZSOA 1UOCA 1NWKA 2E2QA 4DQSA 4FPAA 3CJAA 4RW4A 3VF4A 3QERA 3E01A 4RCHA 2OZSA 3F5TA 5KGWA 1Z6RA 1KQSM 4JI5K 1YTUA 3OYDA 3JAMO 3THXA 1NOYA 1WOQA 3H45C 1NKBA 1IG9A 1UWBA 1WNSA 3VQ9A 4DG1A 1KAXA 2RHKA 3V81A 3CCQN 3MEDA 2A42A 4KPYA 1C0FA 1WSJA 1Q86O 3K58A 4CEZA 1X9SA 1QHTA 2YNIA 2E2OA 4CZJA 3AVNA 2E4LA 4BQZA 2GV9A 2KQ2A 2YNFA 4PA1A 1REVA 1VQ5N 3SBGA 4KHQA 4DCHA 4JKCA 4JV5K 5AQGA 5FRNA 4AQYK 3O5BA 4GKJK 3MX5A 4H5WA 2PYLA 3CJ9A 1H1VA 3HPGA 5KPZA 3HSCA 4OLAA 2EHGA 4FYDA 4FWNA 3CMAN 3LDPA 3QEPA 3FFKB 5HOOA 4W5QA 4ZTJA 2O8BB 4RG8A 3QICA 1BI4A 3CQYA 5AQSA 1QVGM 1CLQA 2QWRA 1XUPO 4M63C 4CJ7A 3LL3A 2BGGA 4A2BA 3KLHA 2JGUA 3AAQA 1FKPA 4YNQA 4CZMA 3OY9A 3NF7A 1WAJA 5KPRA 4CIFA 3M8PA 4NCAA 3AVBA 1Q18A 4BC3A 3AVGA 4C1NI 2P9NA 2NNWA 1VRTA 3MEEA 1YVUA 1UAXA 2RPIA 2KZMA 3L4QA 4MO5A 5AQVA 3GBTA 3WEEB 4BRIA 3CF5L 1ASVA 1SZ2A 3DXKA 3O4NA 4Y1CA 4BRQA 3VOVA 2A1SA 4YY3K 3I8DA 3A5NC 3HOSA 4E1MA 4FSVA 1CXQA 2G8KA 3KK3A 3MECA 2P9PA 4KHSA 3CFOA 2ATQA 4BQLA 1UA1A 1L3VA 4GY2B 4KREA 4IOAL 4IFVA 1K9MO 4L8RB 3LPTA 1GLAG 1RBVA 1U2VA 4OKJA 5AQFA 1XQSC 4YOYA 3OYJA 1DT9A 4KO0A 3T1AA 1EQYA 2ZJQL 2OTJN 1QSLA 3FFIA 4IDKA 3F9MA 3B6PA 2P9LB 3MDQA 1W97L 4IDHA 1TKTA 2GEMA 4FW1A 3OYLA 1EP4A 4NYNA 4WQ4A 3KHYA 1EX4A 4FZXC 3ZX3A 3NDKA 3SYZA 1ILYA 5E84A 3HJFA 3V1RA 1M1KO 4KI4A 3QEWA 1JCFA 1U04A 3HI0A 3H08A 5HBMA 5KRSA 4ILHA 1QS4A 3UE5A 2G8IA 2V7ZA 4EHTA 2E1YA 2VYPA 2X6NA 4M3ZA 3TAMA 3ZYYX 2E88A 3M5RA 3LP1A 3V9UA 1BCOA 3CQXA 3MMVA 3SAFA 2OA8A 2UXBK 3BP8A 5JLFA 4DWIA 2PFUA 1KVAA 4JHDA 2RN2A 5FRMA 3OYAA 4DMNA 3G4SN 1YI2N 3RVCA 4K8XA 5EVZA 2I7NA 4ID5A 3SBTA 4B1UB 4BVOA 3RSEA 3CCLN 4FJIA 4IO9L 4CJKA 2W40A 5CYQA 3WT0A 1VSHA 5FLXO 4FJLA 3VF2A 4J8FA 3THVA 2I7PA 1BUPA 3HK2A 3AO5A 3MN5A 4CHNA 3CMEN 2WTUA 3OTOK 1O13A 1HQEA 2ZGYA 3WNEA 3JS6A 4E7JA 1Q7YO 4IFEA 1E4GT 3P38A 1ATSA 3SAHA 5EOYA 3OJSA 3V9WA 2QA4N 4CIGA 4DR4K 1WLJA 3CHWA 1QZ6A 3SQ2A 3SZ2A 4RW9A 4CK1A 2V51B 1NJIO 3A8YA 1BO5O 1K8KB 3TSUA 3OYIA 2YV0X 4FOIA 1RDDA 5IWAK 3TAEA 3RMAA 3EEQA 2F7TA 4DUZK 4J2AA 4IG0A 2HOEA 1KXPA 2HVHA 3NCIA 2WONA 4Z94A 1SKSA 2YI1A 2BH1A 1J9AA 3VQQA 4FM1A 1ASWA 3U6FA 1OH6A 3AVIA 4FPBA 1XMQK 3L0QA 1RDUA 3VA0A 4C8LA 3TPQA 2QWLA 3WQUA 3VF6A 1NKCA 3D6RA 1G99A 4BR7A 5BR9A 2G8UA 4PKIA 4BVPA 3L2WA 4B9SA 4CJQA 2VQEK 2UYTA 2HSTA 3TI0A 1E4FT 1D8YA 3SK3A 1KAZA 1TAQA 3AO3A 3ENBA 4KKOA 1VSIA 1TYQB 4ZTFA 2QKKA 1OVQA 4DV5K 4CD3A 1D4XA 4B1VA 2CGLA 1L3SA 4WQ4C 4AHCA 3KZBA 1NGAA 3ZEUA 3VEZA 4DR2K 1CZAN 3UKRA 2IVPA 3AA3A 4HTLA 3VN5A 1VQON 3DJCA 3WNHA 3LAMA 4AF1A 3CM6A 3OVNA 4KH5A 4CGJA 3AVAA 1YVNA 4KH4A 3ULEB 4AHRA 1V4TA 2ZM6K 3C7NA 3NMUA 1VHXA 1WN7A 4JK8A 4ICLA 2FSKA 2W41A 2GX9A 2GELA 3HL8A 4CCHA 3TAPA 3G0ZA 1L3TA 4GW6A 5AQWA 1Z25A 3U3GA 3O1WA 1C1CA 1P8ZA 4LF7K 2ZWHA 1KLNA 3CXCM 4Z4CA 4CBUA 4BE0A 4E1JA 5AZJB 4EFHA 1SL1A 3K9JA 4I2PA 1VSEA 4H0XB 3W3DA 1ZBLA 4NO7A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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