3L0QA

The crystal structure of xlylulose kinase from yersinia pseudotuberculosis
Total Genus 172
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
172
sequence length
541
structure length
541
Chain Sequence
ASYFIGVDVGTGSARAGVFDLQGRMVGQASREITMFKPKADFVEQSSENIWQAVCNAVRDAVNQADINPIQVKGLGFDATCSLVVLDKEGNPLTVSPSGRNEQNVIVWMDHRAITQAERINATKHPVLEFVGGVISPEMQTPKLLWLKQHMPNTWSNVGHLFDLPDFLTWRATKDETRSLCSTVCKWTYLGHEDRWDPSYFKLVGLADLLDNNAAKIGATVKPMGAPLGHGLSQRAASEMGLIPGTAVSVSIIDAHAGTIGILGASGVTGENANFDRRIALIGGTSTAHMAMSRSAHFISGIWGPYYSAILPEYWLNEGGQSATGALIDHIIQSHPCYPALLEQAKNKGETIYEALNYILRQMAGEPENIAFLTNDIHMLPYFHGNRSPRANPNLTGIITGLKLSTTPEDMALRYLATIQALALGTRHIIETMNQNGYNIDTMMASGGGTKNPIFVQEHANATGCAMLLPEESEAMLLGSAMMGTVAAGVFESLPEAMAAMSRIGKTVTPQTNKIKAYYDRKYRVFHQMYHDHMRYQALMQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase
molecule keywords xylulose kinase
publication title The crystal structure of xylulose kinase from Yersinia pseudotuberculosis
rcsb
source organism Yersinia pseudotuberculosis
total genus 172
structure length 541
sequence length 541
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-12-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3l0qA01
3.30.420.460 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3l0qA02
3MN7A 4PKGA 4BC4A 5BRHA 1U2VB 2ASMA 4NB4A 4Y0WA 3SMSA 3VPZA 3LL3A 2HF3A 3BF3A 2P9IA 4LC9B 3A5NC 3J8AA 4XH5A 5B8HA 5EY4A 1MA9B 1S3XA 4BRAA 2IVPA 5EX5A 5JMVA 1ZXOA 4K43A 5AQYA 3ZX2A 1J6ZA 4EAHD 1XC3A 5JICA 4H5TA 1NLVA 3AARA 3AAPA 2GELA 3A5LC 3GG4A 3WXKA 4EHTA 1JCFA 3UE5A 1C0FA 3BF1A 3F9MA 1NM1A 4BR4A 4MO5A 3WEEB 5AQJA 1H1VA 3FZHA 3CJ7A 2FF3B 3GOIA 2NZTA 3WXJA 3LDOA 5AFUA 2VWBA 3H1VX 4JN4A 4DCHA 1JCGA 3R6MA 4CZHA 4BREA 4BR0A 3KHYA 4IXCA 2IIRA 4CZIA 5BPLA 1DGKN 3ZX3A 1MDUB 2QXLA 3O5BA 2A41A 2QWMA 1NGEA 5AQRA 3C0BA 2HMPA 1G99A 1TYQA 3VERA 1CZAN 3R9PA 3UB5A 4BC2A 2V7YA 4WYBA 5AQPA 4DB3A 4XH4A 1BDGA 3JS6A 3FGUA 2H3GX 3ATUA 3WQTA 1GLBG 1KAXA 2NRHA 3VESA 3O1WA 3VEWA 3CIPA 3FLCO 3AY9A 3EZWA 2CH6A 3EKSA 4IJNA 2ASOA 2E1ZA 3VEOA 2FXUA 5TKYA 2A5XA 1EQYA 2Q0RA 2W40A 2DPNA 4CD1A 5BRFA 3ATVA 4YDUA 2ZWHA 1BG3A 5AQXA 3BP8A 3HBTA 4XH1A 4BRKA 2QWPA 4I6MB 3SJHA 2I7NA 3S41A 3O6WA 5KPZA 1GLCG 2CGJA 4H5NA 5AQKA 5AQSA 5BPMA 1TUUA 3L6QA 3O8MA 3DXKA 1P8ZA 2P9PA 4CZJA 4RWTA 2PBDA 2YJFA 1Q18A 1NGFA 3R8EA 5FPMA 5KQ8A 2A40A 4H0YB 4ISGA 3CJ9A 4CZKA 1R59O 4CZMA 4M63C 1RGIA 1T6DA 3MN5A 3U9DA 1GLFO 3OHRA 5AQQA 2CH5A 4K25A 2PAVA 5AQLA 3C7NA 4A2AA 4FWSA 1QZ6A 2VYPA 2WUSA 4M7XA 1GLEG 2A42A 3CQXA 4A2BA 2A3ZA 5EVZA 2FLOA 1Z6RA 4FPBA 3O1BA 1NGGA 3MCPA 4FL9A 5AZIB 3QICA 3D2EB 3LM2A 4FWLA 3W3DA 1BWFO 3AAQA 3RSEB 1MWMA 1TYQB 3GDQA 3H45C 5LY3A 5LJVA 1QQMA 3VF2A 4WQ5C 4BR7A 3FZLA 4ISFA 3IDHA 2FSKA 2E88A 2YI1A 4I6MA 1HX1A 4JNEA 3LDNA 2FSNA 1NGAA 4PKIA 4BVPA 3FZFA 4B1WB 2Q1NA 2F9TA 4MO4A 2I7PA 5BR9A 1NGHA 1HLUA 1KXPA 2GUPA 1IG8A 3EL2A 3H46O 1BA0A 1RDWX 3O80A 4WQ4C 3U8XA 2P9SB 3HM8A 5EOYA 4JHDA 4BGBA 2YCHA 4FWRA 1NMDA 2HF4A 3HZ6A 4WQ5A 3ENOA 3U9ZA 4BG8A 3DXKB 3ULEA 2E20A 1GLAG 3DJCA 3KZBA 4BRGA 2P9PB 4CJ7A 4L3QA 4GNIA 2ZF5O 3IMXA 4BRHA 3WXIA 4BRPA 5FPDA 3VOVA 5JLFA 3M1FA 3TPQA 3ENHA 4IWVA 4PKHA 4WQ4A 1LCUA 3ID8A 1YUWA 5AZIA 5FPEA 1YXQA 3D2EA 4YDUC 4BRMA 1HKCA 4FWOA 4DHYA 3QFUA 5E84A 5AFUH 3RSEA 3EO3A 3VGKA 3FE1A 3C7NB 1YVNA 1C0GA 1QQOA 2QW9A 1SQKA 1QQNA 4CBWA 2VCPA 3O08A 3DXMA 4CI6A 3FZKA 3B8AX 3IFRA 3WUHA 2D0PA 2E2NA 2Q36A 4BRLA 4AM7A 3UKRB 4J8FA 3CJCA 1V4SA 1ZBSA 2AA4A 3H6EA 5ADXA 1E4GT 2Q2RA 1XQSC 4PL8A 2P9SA 5EXWA 4CZLA 3GE1A 3CHWA 2CGKA 1BUPA 2YHXA 5F1XA 3QMLA 4O5FA 3MN9A 4BRIA 5CE3A 5AQIA 4CBXA 1ESVA 4HWIA 1T6CA 5AZJA 4QS8A 3BEXA 1QZ5A 1K8KB 4H0PA 3LDQA 1X3MA 5AQUA 4BGAA 4QS7A 3L0QA 4FWKA 5F2RA 5KQDA 4B1VA 4JHDB 1BO5O 3CJBA 1WOQA 4Z94A 1HUXA 4BC5A 4EFHA 2FSJA 2AP1A 1NBWA 1ATNA 1LOTB 3ULEB 5AQWA 4EHUA 2ASPA 3LDLA 2OANA 4PL7A 4FO0A 1RFQA 5BPNA 1NGDA 1D4XA 1OKJA 4AM6A 2Q0UA 2GWJA 2UYTA 5ELZA 2BUPA 5BRDA 4FWPA 4FWQA 2IVOA 3QDKA 4NO7A 5AQNA 3CJ1A 2IVNA 1GLDG 3UKRA 2F9WA 3KVGA 1WUAA 1TUYA 2J4RA 2QWLA 1T44A 5JLHA 4A62A 5LJWA 3EN9A 2Q97A 4KBOA 3LM9A 2HOEA 2QM1A 3DXMB 1JCEA 4QS9A 2CGLA 2P9NA 2QWNA 5BN9A 3GL1A 4IZ9A 1YAGA 5AQZA 1X3NA 4B1XB 3IUCA 4M7YA 2P9UA 1DEJA 5AQMA 3JXUA 2E2QA 2FF6A 3BUZB 4K42A 1K8KA 5E26A 3TU5A 4JD2A 3L4IA 3UKUA 1V4TA 1XUPO 4CZFA 4FSVA 3FZMA 3FFKB 3P4IA 2P9KA 1Z05A 1BOTO 4BQZA 5AZJB 5AQHA 3ZX0A 3CERA 4GY2B 1DKGD 3SK3A 5AQTA 3O4WA 3VEXA 3CETA 4IO8A 3QFPA 4C23A 2BTFA 4BVOA 3HSCA 3VF6A 4FWNA 2D4WA 3I33A 3I8BA 2Q31A 4BC3A 2ITMA 1U6ZA 4H0TB 1SZ2A 5BN8A 4DQ8A 5I9EB 1GLJO 3M6GA 3ZETA 1NWKA 4B9QA 3D2FA 3H1QA 4H5RA 1BA1A 4CBUA 3ZEUA 4BRFA 1NGCA 5BREA 4A61A 4BRDA 4BG9A 2QWOA 2V7ZA 3VF4A 4CD3A 4MLEA 3LDPA 2A6AA 1ZC6A 3CJAA 4RCHA 3H3OB 5AQVA 2YHYA 4FPAA 1X9JA 3U4LA 3A0IX 1ATSA 3CI5A 3WXLA 2GWKA 3GBTA 4MLHA 4H0XB 4E1JA 5AQGA 1U2VA 1NGIA 2P9NB 4FOIA 3H3NO 3QB0A 3VEZA 1HPMA 2V51B 2P9LB 3VEYA 1HKBA 4O8KA 5AR0A 1NGJA 1HKGA 2P9UB 2QWRA 2YJEA 3SMPA 5AQOA 4FWMA 1MWKA 1Y64A 5ADXH 4BQLA 3QBXA 2EWSA 3A5OC 4F9OA 3MMVA 4FOEA 3FR0A 4H0OA 2E1YA 4B1ZA 5F0XA 4JD2B 4H0VB 5AQFA 3UKUB 2YHWA 3A5MC 2GEMA 1SAZA 1KAYA 2E2PA 2E8AA 2P9IB 2GTDA 2P9KB 3VETA 3DAWA 3SLCA 4XEIA 3WEEA 3QBWA 5KPRA 4HTLA 4BRNA 3VGMA 4BR2A 4H5WA 1KAZA 3HI0A 3EKUA 1GLLO 4BR5A 2D0OA 1HJOA 1S22A 2NLXA 2E2OA 1IJJA 4K41A 3D7EO 1NGBA 4BRQA 4CZEA 3WT0A 3A8YA 3M3ZA 3VEVA 2W41A 4ISEA 2ZGYA 4RTFD 3CQYA 3ZETB 4H5VA 4EIAA 2ZGZA 3HTVA 3D2FB 3WQUA 3MK6A 4B1UB 3VGLA 4BROA 3ZEUB 3DWLA 3W0LA 1ATRA 2KHOA 4CZGA 4BR9A 2D1KA 1BU6O 2V52B 4H03B 4IJAA 3G25A 4B1YB 1E4FT 3VENA 2P9LA 1QHAA 3MDQA 2QWQA 5FPNA 4BRCA 4JAXA 3MN6A 5KPTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BC4A 1U2VB 2FBYA 4Y0WA 1NK0A 3SMSA 2IOCA 1IG9A 4KI6A 4RW6A 2Y1IA 4CJFA 2P9IA 4LC9B 3CC4N 3V1RA 1K9MO 2E6MA 2HBLA 3MEEA 4W5TA 1L3VA 5JMVA 3TSQA 5DK5A 3VTHA 2Z1JA 1ZXOA 5AQYA 4GKJK 3ZX2A 1RDAA 3NVKA 4CFBA 5JICA 4CCHA 2ATQA 1NLVA 3A5LC 3LAMA 1TAQA 1C0FA 2VGNA 3LALA 3C65A 3L2VA 3FZHA 1LWCA 1YTAA 1DT9A 2O8CA 2NZTA 3AVIA 4IEEA 4F2SA 4HUGA 2WC9A 3T1AA 3PO4A 1RT1A 5M1PA 3R6MA 4C8MA 2IGIA 5M1QA 3THYA 2OZSA 4PUOA 1HNVA 3KHYA 1W7AA 4YOUA 1RDCA 2A41A 3SUPA 4B8AB 5LMUK 3RR8A 1TYQA 1CZ9A 3LWMA 5KRTA 4WYBA 2Z1IA 4BACA 1BDGA 4DTUA 1A5XA 3MEDA 1VSEA 3WNGA 1T03A 2H3GX 3ATUA 1GLBG 1KAXA 3O1WA 4JKAA 3AY9A 5HROA 3SJJA 2E1ZA 2A5XA 3NBPA 1LV5A 3S3NA 5KTQA 4B3MK 1BG3A 5AQXA 1KCFA 3AVGA 4BRKA 3NF9A 3PV8A 3P38A 5C15A 4I6MB 3SJHA 2I7NA 3M8SA 4Z4GA 1CLQA 2EX3A 3S41A 4XIUA 3ULDA 3HVTA 5BPMA 4WF9L 1BL3A 1RBRA 1WAFA 3VQ8A 5JS2A 4RWTA 4BWMA 3SYZA 3SV4A 3DMJA 2YNHA 4H0YB 4AHVA 1WAJA 4KTZA 4DR6K 2QXFA 4CHOA 4C1NI 2NRXA 1BI4B 4M63C 1C0MA 3MN5A 1L5UA 3P5JA 3OHRA 2JLEA 4GMJB 1HNIA 3PX6A 2WUSA 4DLGA 4A2BA 2ZJPL 1TKXA 5EVZA 4CJ5A 4OO1J 2FBVA 3AO4A 4FL9A 3CFPA 3L3UA 3LM2A 3HM9A 3W3DA 3AAQA 1SUQA 1MWMA 3GDQA 4GKKK 3O9TA 1X9MA 4KB1A 5LY3A 1X1PA 5C0YA 2G8IA 4I6MA 3ZT4A 1HX1A 5GAHP 2FSNA 4BVPA 3FZFA 3KTQA 4KHYA 1DTTA 2QEXN 3NGYA 1VQ8N 1RDWX 1L3TA 3HL8A 2B5JA 3HM8A 4DU4A 1TKTA 4BGBA 1KQSM 1RDDA 4WQ5A 1ZBLA 5HBMA 4O5BA 3KZBA 3LDSA 4L3QA 4YOTA 3C94A 4ILJA 1EXQA 3M1FA 4DTOA 4YNQA 4JK8A 4IWVA 4PKHA 2KFZA 1OH8A 3NMUA 3RRHA 4IOAL 4EZ9A 1YXQA 3KLGA 1WSFA 1VQKN 5AFUH 3AO1A 3VGKA 2IS3A 3AO3A 3OVNA 1IBKK 4JI8K 3AA2A 3B6OA 4KTWA 1NK9A 4KHNA 1WSIA 5KI6A 4M3WA 1HNWK 1RBUA 2HSTA 2JWKA 3UKRB 4CF2A 5FDLA 2FBTA 2PY5A 3NF6A 4KTQA 4JK7A 1ZBFA 1XQSC 3ASMA 3EEQA 4NLCA 4DQSA 1N32K 1BUPA 2YHXA 5CE3A 3MN9A 4FM1A 2XO7A 3L2QA 5AJ3K 3TR8A 3H08A 4QS8A 3BEXA 5I42A 1K8KB 1UA0A 1X3MA 3AVAA 4KH6A 4Z0UA 4QS7A 3VQQA 4C8OA 4CJ3A 3BZKA 4FWKA 1DLOA 5F2RA 3TSPA 4B1VA 1WOQA 2QK9A 4ICLA 4Z94A 2HHQA 2WONA 5JVHL 4EFHA 3LPTA 1NBWA 1ATNA 3V9WA 1LOTB 1NOZA 2ASPA 3OYJA 1RFQA 1K8AO 2WTUA 1NK7A 2YNIA 3HK2A 1TVRA 1OKJA 4KFBA 1M1KO 3J7AP 2UYTA 2HMIA 5BRDA 1NKBA 4NO7A 4FLYA 1VQ6N 4CECA 3UKRA 3OJUA 4DSKA 2F9WA 1JKHA 1WUAA 1TUYA 5J2MA 5FLXO 1OH5A 2D0BA 3NFAA 5JLHA 5LJWA 2X6SA 3DXMB 4Z4EA 3OJSA 4FK0A 5CYMA 5AQZA 3HOTA 3DLGA 5HL7L 4NYNA 3JXUA 1K8KA 3OBWA 4JD2A 3LWLA 1V4TA 1N6QA 4LF8K 1RT5A 5MLCQ 1RTJA 3F2KA 4AHSA 4E7KA 3KK2A 3DLLL 1BCMA 4OLAA 4ID5A 3SAGA 3RMCA 4BQZA 4Z4CA 5AZJB 5AQHA 3CERA 1KTQA 4DSLA 1RILA 4IOXA 3QFPA 4B3OA 1QQCA 3E9OA 3VF6A 3I8DA 3QNOA 1I94K 1TAUA 1IKYA 2KW4A 3CPEA 4JKGA 3NVMA 3S3MA 1KD1O 1U6ZA 2ETJA 4WE1A 3WNHA 3OBYA 1Q81O 1KLMA 4DSEA 1S72N 4CHPA 3K59A 4C8NA 3AA5X 4ID1A 1NWKA 3RWUA 4B9QA 3D2FA 4RG8A 3T19A 1EX4A 4CBUA 4BRFA 4M3YA 1TK8A 1YHQN 3TAMA 4DV4K 4RCHA 3H3OB 1EWRA 4MFBA 4FPAA 3NDKA 3U4LA 4DU1A 5HRSA 1C6VA 3DM2A 4H0XB 5AQGA 1NGIA 4CEFA 2E4LA 3AVNA 4FOIA 1JLBA 3QB0A 3VEZA 4JRPA 3C6HA 2P9LB 2QA4N 2QWRA 2P9UB 4GVMA 4BE1A 4DR5K 1ZBIA 4F9OA 4FCYA 3MMVA 4FOEA 3ZSRA 1UWBA 4H0VB 4F3TA 4DFJA 3UKUB 4CGIA 1LW2A 2GEMA 1KAYA 3AA3A 4F2RA 2E8AA 5A2QO 3JYTA 4K8XA 2P9KB 3AVHA 3C95A 3HP9A 1SL2A 3ZSZA 4LF7K 1VQ5N 4XEIA 3CCLN 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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