2CGKA

Crystal structure of l-rhamnulose kinase from escherichia coli in an open uncomplexed conformation.
Total Genus 163
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
163
sequence length
478
structure length
478
Chain Sequence
TFRNCVAVDLGASSGRVMLARYERECRSLTLREIHRFNNGLHSQNGYVTWDVDSLESAIRLGLNKVCAAGIAIDSIGIDTWGVDFVLLDQQGQRVGLPVAYRDSRTNGLMAQAQQQLGKRDIYQRSGIQFLPFNTLYQLRALTEQQPELIPHIAHALLMPDYFSYRLTGKMNWEYTNATTTQLVNINSDDWDESLLAWSGANKAWFGRPTHPGNVIGHWICPQGNEIPVVAVASHDTASAVIASPLNGSRAAYLSSGTWSLMGFESQTPFTNDTALAANITNEGGAEGRYRVLKNIMGLWLLQRVLQERQINDLPALIAATQALPACRFIINPNDDRFINPDEMCSEIQAACREMAQPIPESDAELARCIFDSLALLYADVLHELAQLRGEDFSQLHIVGGGCQNTLLNQLCADACGIRVIAGPVEASTLGNIGIQLMTLDELNNVDDFRQVVSTTANLTTFTPNPDSEIAHYVALIH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords L-RHAMNULOSE KINASE
publication title Structure and Reaction Mechanism of L-Rhamnulose Kinase from Escherichia Coli.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli bl21(de3)
molecule tags Transferase
total genus 163
structure length 478
sequence length 478
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.5: Rhamnulokinase.
pdb deposition date 2006-03-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2cgkA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2cgkA02
3O1BA 3FE1A 2QXLA 4H03B 3D7EO 4I6MA 3QFUA 3ULEB 5AQNA 3TU5A 3LDQA 4H0YB 4XH5A 2A40A 3VEZA 4BRMA 2Q31A 1HUXA 3R6MA 5BN8A 5KPRA 1RFQA 4BRQA 1WOQA 1GLLO 1V4TA 4JD2A 3H6EA 3VF6A 3GDQA 4B1UB 4DB3A 5JLHA 4L3QA 4CJ7A 3J8AA 4DQ8A 2UYTA 1ATRA 2QW9A 1U6ZA 4B1XB 4BG8A 2ITMA 1IG8A 1X3MA 2E8AA 3M6GA 1JCFA 4A2AA 2QWRA 3O6WA 4BQZA 3CJ7A 4YDUC 1TYQB 4O5FA 3ULEA 4PL7A 2ASMA 2E1YA 3WXJA 4BR0A 4BR7A 4CD1A 5JLFA 4BRLA 3ZEUB 2P9SB 1K8KB 3A5MC 3CI5A 4BR4A 5BRDA 4BR2A 4BC3A 2DPNA 5EY4A 3LDOA 1ATSA 3P4IA 5CE3A 2HF4A 4BRKA 1NGAA 3ZX3A 3UKUB 3LL3A 3MN5A 3H1QA 1V4SA 2Q1NA 1SQKA 5AQYA 3O4WA 3SMSA 2A42A 3DXMB 1TYQA 3O5BA 1NGJA 5I9EB 2YJEA 3ZEUA 2PAVA 4IJAA 1K8KA 3WXKA 1GLDG 1HX1A 4PKIA 3KHYA 1HKGA 1NMDA 3VETA 5ADXA 1QHAA 4CZLA 4H0TB 4FWPA 1RGIA 4EHUA 5FPEA 4AM7A 3FGUA 2EWSA 3FZFA 2QWLA 4IXCA 4PKHA 4FWNA 2FLOA 3H3NO 2A3ZA 3L4IA 1EQYA 3HBTA 4BRAA 1QQMA 1J6ZA 3EN9A 2E2NA 5AQFA 1E4FT 2YHWA 4B1WB 2GTDA 3DXMA 3WQTA 3A5NC 3C7NA 2W41A 4B9QA 2F9TA 2E2OA 4WQ5C 3FFKB 3SK3A 4C23A 4RCHA 4EHTA 4PKGA 1XUPO 2V52B 3ATUA 5AQJA 1MWMA 3CETA 2CH5A 3CQYA 1NWKA 1T44A 4DHYA 3SJHA 2P9LB 4WQ4A 3IFRA 1NGBA 3HTVA 2QWPA 1NGGA 3EZWA 2Q97A 2Q0UA 3B8AX 3GL1A 2YI1A 1GLAG 2YHXA 3HSCA 5AQUA 3OHRA 2E2PA 4BGAA 2NLXA 1NBWA 2YCHA 3W0LA 3KVGA 3WXIA 3BEXA 4E1JA 3VPZA 4FWKA 1GLFO 4CI6A 1GLJO 1HKBA 5LJWA 1NM1A 4XH1A 3QMLA 3AAQA 4H5TA 3DXKB 1NGHA 3CJCA 4CBXA 2P9KB 1X3NA 2IVOA 1U2VB 1H1VA 3IDHA 3VGKA 4Z94A 3SLCA 5BRFA 1MDUB 2CGJA 1C0FA 4CZKA 1LCUA 1YAGA 2NZTA 4JNEA 3CHWA 4BRDA 3UKRB 4CZJA 2HMPA 4QS9A 3QBXA 1GLBG 2ASOA 3JXUA 4BRNA 1BG3A 4MO5A 3VEYA 4BC2A 4CBWA 4FOEA 3UE5A 4CZEA 3ID8A 2FF3B 2IVNA 3DXKA 4FL9A 4NO7A 3VERA 4BRHA 1P8ZA 5EOYA 4BROA 1XC3A 2P9KA 2YJFA 3IUCA 1U2VA 3VGMA 4H0PA 1NGCA 4YDUA 3VGLA 4XEIA 5BPNA 3CJ9A 5AQKA 2Q0RA 4FWLA 2P9PB 3QB0A 1T6DA 3QDKA 2ZGYA 3CJBA 4BRPA 3FZMA 3WUHA 4CZFA 1S22A 4ISEA 3O1WA 3VEOA 1DGKN 1KXPA 2E1ZA 1SZ2A 1T6CA 3D2EB 3MCPA 3UKRA 1Z6RA 4H0XB 4A61A 3CIPA 5FPNA 3KZBA 3U8XA 5BPLA 3VESA 3H46O 1D4XA 3CJAA 2P9SA 5KPTA 2QWNA 4FOIA 2GEMA 3G25A 5BPMA 2VWBA 4BGBA 3W3DA 4FWMA 1NGFA 3VEVA 5AQOA 1QZ5A 3LDNA 4WYBA 1R59O 2GWKA 4FWRA 4FPBA 1QQNA 3UKUA 1WUAA 4CBUA 3WEEB 4HTLA 3BF1A 3FZHA 5AQXA 1KAYA 3DJCA 3ZX0A 5AZIB 3AAPA 5E84A 2FSJA 4IZ9A 3D2EA 4K25A 4JHDB 3GBTA 1IJJA 1ZBSA 5AQIA 5F1XA 3AY9A 3HI0A 3MN7A 4K43A 3D2FB 3U9DA 3HM8A 3EKSA 3H3OB 2NRHA 1MWKA 2BUPA 3R8EA 2FSKA 1MA9B 5AQQA 2Q36A 5AZJB 3VEWA 5KQ8A 4M63C 4CZIA 2BTFA 2D4WA 2ASPA 5JMVA 4MLHA 5LY3A 2F9WA 1ZC6A 1QQOA 3WEEA 5EX5A 1BU6O 1XQSC 5AZIA 3A8YA 4WQ5A 3CERA 4BR9A 5AQWA 1TUYA 5KPZA 2P9NB 3L6QA 3FLCO 4WQ4C 4BRFA 4I6MB 4JHDA 2AP1A 1NLVA 4IWVA 2FF6A 3D2FA 3FR0A 2E88A 5EXWA 2I7PA 4CZMA 2OANA 2P9UB 3DWLA 3I8BA 4H5WA 3M1FA 5AZJA 4JD2B 1LOTB 3HZ6A 1ZXOA 2GELA 3VF2A 4QS7A 4QS8A 5FPDA 5F0XA 4AM6A 4FWOA 2CH6A 3CJ1A 3O80A 5AQHA 3H45C 5JICA 2Q2RA 2P9LA 4LC9B 1BO5O 2ZWHA 4H5RA 5BR9A 3FZLA 4M7YA 4FPAA 2CGKA 3UB5A 2YHYA 5AQMA 2P9NA 4ISFA 2V51B 1DKGD 4BRCA 2A5XA 5AQSA 3QFPA 3ATVA 1GLEG 3MN9A 5AQVA 3A5OC 1G99A 2AA4A 4EIAA 2W40A 3GOIA 5AQLA 2P9UA 4BREA 5AQGA 3LM9A 1E4GT 3SMPA 3U4LA 1DEJA 3A0IX 4CZHA 5AR0A 3VENA 4MLEA 5AFUA 4B1VA 1CZAN 3VEXA 1Q18A 2HF3A 1BA0A 2QWMA 2D0OA 2KHOA 4MO4A 2FSNA 2ZF5O 2PBDA 3MDQA 4BR5A 4Y0WA 3RSEB 1NGEA 4HWIA 1YUWA 3O08A 5F2RA 1HLUA 1KAXA 2IVPA 3M3ZA 4FWSA 3S41A 5KQDA 3LM2A 3AARA 3EKUA 4A2BA 5BREA 3EO3A 5TKYA 3MN6A 2QWQA 3QICA 4JN4A 4RTFD 4H0OA 3WQUA 1OKJA 4BC5A 4FSVA 5BN9A 1QZ6A 1JCEA 3C0BA 4A62A 5AFUH 4BQLA 3ENOA 4XH4A 2A6AA 1BWFO 4BVOA 4RWTA 5AQTA 1TUUA 3CQXA 3WT0A 3LDPA 4J8FA 4BVPA 4ISGA 4BG9A 2D1KA 2P9PA 4NB4A 1Z05A 3F9MA 4FWQA 4B1ZA 4GY2B 2V7ZA 3RSEA 4BRGA 1BDGA 3BF3A 2FXUA 2WUSA 4F9OA 4PL8A 3C7NB 4EAHD 5B8HA 3ZETB 3TPQA 3QBWA 4H0VB 5E26A 1RDWX 5AQPA 3ENHA 3A5LC 3JS6A 4BC4A 5AQZA 2D0PA 1HKCA 1S3XA 1HJOA 2E20A 3MMVA 3H1VX 2E2QA 4CD3A 1BOTO 1SAZA 3I33A 4FO0A 4K41A 3LDLA 2H3GX 2J4RA 3ZX2A 5BRHA 2P9IB 4K42A 1ATNA 1ESVA 2VCPA 2IIRA 4IO8A 3L0QA 4CZGA 1HPMA 5ELZA 5EVZA 3DAWA 2HOEA 2ZGZA 3GE1A 1C0GA 3IMXA 4M7XA 4DCHA 1GLCG 4KBOA 5FPMA 3R9PA 2A41A 1X9JA 1NGDA 2GWJA 4B1YB 5LJVA 3ZETA 3GG4A 2I7NA 4H5NA 5ADXH 1KAZA 5AQRA 4IJNA 1Y64A 3WXLA 1BUPA 3VOVA 1NGIA 4H5VA 3BP8A 3EL2A 4JAXA 4BRIA 2CGLA 2V7YA 4GNIA 3VF4A 3MK6A 3U9ZA 1YXQA 2GUPA 2P9IA 2QM1A 2QWOA 4O8KA 4EFHA 3FZKA 3O8MA 3BUZB 1YVNA 1BA1A 1JCGA 2VYPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O1BA 1SL2A 4GV9A 2QXLA 4Z0UA 3TU5A 3LDQA 4XH5A 3CCVN 2A40A 1RCHA 1IBKK 5BN8A 3LP3A 2VGMA 1RFQA 1WOQA 3AO3A 3H6EA 3NH2A 4CJ7A 3MWTA 3RMDA 1ATRA 3HSTB 4BE1A 4KHYA 1T8EA 3G0ZA 3HVRA 3S9HA 2OTJN 1U4BA 4DTNA 2BANA 3HO1A 1F21A 2QWRA 5TKWA 1FKOA 1JLCA 2E1YA 3WXJA 4BR0A 1RDDA 3G4SN 4CD1A 3KWGA 3OYGA 5CY4A 2P9SB 1K8KB 3A5MC 1C0UA 4BR2A 4DSFA 3ALYA 4BC3A 1VQLN 4W5NA 4KTWA 3LDOA 3ZT4A 2X6NA 2B6AA 1Q81O 3UKUB 4CF9A 4DQRA 1KTQA 3LL3A 4A59A 2UXDK 3CMEN 3H1QA 5FDLA 4X64K 1BQNA 1WAFA 1ZBIA 4CJ3A 2Z1HA 3VQ7A 3L3VA 3O4WA 2DFEA 4JKFA 3P5JA 2A42A 4IEIA 3SMSA 3G6EN 3O5BA 1TV6A 2HBLA 4CGDA 1RNHA 3ZEUA 1JL2A 3ZYYX 4FYDA 4DWIA 4PKIA 4IEEA 4PA1A 1ZBHA 1RBRA 3CCJN 1HKGA 3VETA 5ADXA 4CZLA 4EHUA 3FGUA 3D0PA 2KZZA 1HRHA 4PKHA 3R3LA 2A3ZA 3PUFA 4YNQA 3KKRA 1EQYA 4CIGA 4BRAA 1QQMA 1J6ZA 3SUNA 2E2NA 3MX2A 4Z4HA 2Y1JA 2YHWA 4B1WB 3DXMA 1TL1A 2YHAA 4HVJA 2W6LA 2F9TA 2E2OA 3THWB 4WQ5C 4KHPK 1S9EA 4BY9C 3SK3A 1IH7A 4C23A 4RCHA 3ATUA 2YX6A 1C6VA 4Y1DA 3B6PA 5GAHP 3CQYA 4OPJA 4OKKA 2OPPA 3IFRA 3RTVA 2P1JA 3B6OA 5EU7A 3NMUA 2JLEA 2Q0UA 3OVNA 3CCRN 3DLHA 5M1PA 4YFUA 4FJKA 1UOCA 3I55N 1JXBA 3VPZA 3KWIA 1JLBA 4IOCL 3EE9A 4JKEA 1OVQA 3HOSA 4JK9A 4KV8A 1N5YA 5LJWA 3K9KA 4B9TA 4H5TA 3CJCA 3TABA 3DRPA 3CCQN 3DRRA 1X3NA 2DTUA 3HK2A 1T05A 1U2VB 4CIFA 3VGKA 3IRXA 4Z94A 4FLZA 4FJNA 3LALA 4ILGB 3Q7BA 4FZXC 1TAQA 4C8MA 3LP2A 3DLRA 3CM5A 3K57A 4QS9A 2D0AA 1GLBG 4CBWA 1YF5L 3ID8A 2IVNA 2DY4A 4BRHA 1TAUA 1P8ZA 4RW6A 5EOYA 4AHRA 2P9KA 3CFOA 2O8EB 4DG1A 4U7BA 4H0PA 1NGCA 3T1YK 4CEAA 1W97L 1WSFA 4Z4IA 5AQKA 4PHTX 1JLAA 1T6DA 3THVA 3NBPA 2HVHA 3FZMA 5CR4A 4CJ4A 4PWDA 1VQON 4IO9L 1SZ2A 1T6CA 3CF5L 3D2EB 4H0XB 2D0BA 3CIPA 3U8XA 4M3YA 4AH9A 4WF9L 3K9JA 4CIEA 5C25A 4FOIA 3G25A 3O9RA 3CC2N 3OJSA 2HNYA 1NJIO 1RT1A 3TAQA 1WSJA 4CBUA 1QSLA 4HTLA 2JWLA 1TK8A 3DJCA 3LPUA 4DS5A 3PLAA 5T7BA 3CCSN 2E5LK 3T3FA 4WE1A 5C0YA 2JWKA 3AVIA 2YNHA 4K25A 4JHDB 4K43A 3U9DA 4UQGA 4J2BA 3THYA 3HM8A 3EKSA 2NRTA 2BUPA 1MA9B 1W7AA 3CQ8A 1VQKN 4DS4A 1FW6A 1OH5A 5I42A 2QEXN 4LY7A 5KQ8A 1WB9A 2BTFA 1L3TA 5JMVA 3HP6A 2F9WA 2WC9A 1QQCA 1QQOA 3NFAA 1UA0A 2KFNA 3A8YA 4WQ5A 3THXA 1NMNA 1J9AA 3TTFA 1TUYA 3L6QA 4YOWA 4WQ4C 2JGUA 4K8ZA 3T69A 1C0MA 3SAFA 4MDBA 3HJFA 4QOZB 4IWVA 2FF6A 2E88A 4G9ZA 2W42A 4DTPA 4LF6K 4CZMA 2P9UB 3G71N 4J2EA 3MEDA 3HZ6A 2GELA 1NJXA 1S5JA 3VF2A 4DSKA 2CH6A 3J7AP 4DV1K 5AQHA 3ZT3A 5JICA 4FJLA 2VWJA 3PSIA 2O8DB 4DQPA 2ZJPL 4WFBL 5CYQA 5AQMA 3VN5A 3QEPA 5DMRA 5HBMA 2X6SA 2A5XA 4CJ5A 3ATVA 2XRIA 4JI2K 3IS9A 3RMBA 2AA4A 1BGXT 4IKFA 1L3SA 1KCFA 3D6RA 4CJVA 4LFBK 3CFRA 4DQSA 4OGEA 3TI0A 1TKZA 3A0IX 1K8AO 5AR0A 1DT9A 3SCXA 1NKBA 2VG5A 2HSTA 4RW9A 2HHUA 1C1BA 3SZ2A 4K8XA 1DTTA 1Q18A 2QWMA 2KHOA 5CZ2A 3LWMA 3ZSYA 4CHNA 1YI2N 3NAEA 1CZ9A 2PBDA 2QK9A 1Y97A 3S41A 1YUWA 5KQDA 1HLUA 1J54A 2IVPA 3M3ZA 4FWSA 4FLYA 4CFAA 3LM2A 4DSIA 3EKUA 5TKYA 3QICA 4H0OA 4AF1A 2OPQA 1QZ6A 4JI0K 3K58A 1VSEA 4L8RB 4IFEA 3WT0A 3LDPA 3V9SA 3QEIA 4EZ9A 4ISGA 1WSGA 4BG9A 4NB4A 4OLBA 4JV5K 3AA3A 4CW7B 1K73O 3CD6N 3KD1E 1FKPA 2RPIA 3MXJA 4PL8A 4F9OA 1NOZA 4N47A 3ZETB 4H0VB 5E26A 4CJEA 3ENHA 3LZJA 4E0DA 3A5LC 3JS6A 3S3OA 4BC4A 3OYDA 3OYLA 5DK5A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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