2CGKA

Crystal structure of l-rhamnulose kinase from escherichia coli in an open uncomplexed conformation.
Total Genus 163
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
163
sequence length
478
structure length
478
Chain Sequence
TFRNCVAVDLGASSGRVMLARYERECRSLTLREIHRFNNGLHSQNGYVTWDVDSLESAIRLGLNKVCAAGIAIDSIGIDTWGVDFVLLDQQGQRVGLPVAYRDSRTNGLMAQAQQQLGKRDIYQRSGIQFLPFNTLYQLRALTEQQPELIPHIAHALLMPDYFSYRLTGKMNWEYTNATTTQLVNINSDDWDESLLAWSGANKAWFGRPTHPGNVIGHWICPQGNEIPVVAVASHDTASAVIASPLNGSRAAYLSSGTWSLMGFESQTPFTNDTALAANITNEGGAEGRYRVLKNIMGLWLLQRVLQERQINDLPALIAATQALPACRFIINPNDDRFINPDEMCSEIQAACREMAQPIPESDAELARCIFDSLALLYADVLHELAQLRGEDFSQLHIVGGGCQNTLLNQLCADACGIRVIAGPVEASTLGNIGIQLMTLDELNNVDDFRQVVSTTANLTTFTPNPDSEIAHYVALIH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords L-RHAMNULOSE KINASE
publication title Structure and Reaction Mechanism of L-Rhamnulose Kinase from Escherichia Coli.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli bl21(de3)
molecule tags Transferase
total genus 163
structure length 478
sequence length 478
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.5: Rhamnulokinase.
pdb deposition date 2006-03-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2cgkA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2cgkA02
2HF4A 1TYQB 2VYPA 4WQ4A 3SJHA 3ATUA 3IMXA 4BQLA 2PAVA 2P9NB 3M3ZA 1Z6RA 3D2FA 5B8HA 5AQIA 3GOIA 1HLUA 1BG3A 1QZ5A 4FWRA 3VGLA 4BRFA 1MWMA 1X3MA 3QDKA 2WUSA 3VETA 4JHDB 2QWPA 3I8BA 4BREA 5AQLA 5AQPA 3O6WA 2A6AA 4XH4A 5AQHA 1RFQA 1Z05A 1GLEG 4H0YB 4IO8A 3HM8A 5KQ8A 1ZXOA 2YJFA 5LJVA 2E1ZA 4H5NA 3VF2A 2F9WA 3WUHA 4FOIA 3GG4A 2ASOA 5BRDA 4IJNA 4DB3A 4YDUC 1YXQA 3VEYA 3SMSA 4FWPA 3ATVA 1TUUA 1JCGA 3QBWA 5E26A 5BR9A 4ISFA 1JCEA 2CGJA 4BVPA 4RTFD 3MCPA 4EFHA 3A5LC 4H0PA 1U2VA 2E2OA 4HTLA 4BRDA 1QQNA 2V52B 3KZBA 3CERA 3VF6A 2Q36A 3FR0A 3C0BA 4H5WA 4BRIA 4BR5A 1OKJA 3BEXA 3MK6A 3FZFA 5AQTA 3H3OB 3VESA 3CJCA 3HSCA 3LDNA 3CQYA 3R6MA 3ID8A 5BPMA 3F9MA 2P9IA 4FPBA 3QFUA 3AY9A 4CZEA 4CI6A 4FWSA 2FLOA 2QWQA 3JS6A 2P9SB 4QS7A 2W40A 1GLJO 1Q18A 1ATSA 3H45C 3ULEB 4BR7A 2YCHA 4MLEA 3LM2A 2KHOA 2P9UA 4DQ8A 5KPTA 2Q1NA 3DXKA 4A2BA 2GELA 3G25A 3AARA 2A5XA 4DCHA 1NGCA 1KAYA 2PBDA 2AP1A 3LM9A 1Y64A 4FWOA 3VEZA 1H1VA 2Q0UA 4O5FA 5LY3A 3AAQA 2E20A 2Q2RA 3MN5A 5AZIB 2ASMA 2A41A 3QB0A 4BROA 2GUPA 2QM1A 3O80A 1BO5O 3BP8A 3GE1A 2Q31A 3O8MA 1MWKA 2E2NA 1ATRA 1K8KA 1MDUB 3SK3A 3L0QA 1TYQA 1IJJA 1LCUA 3H46O 2QWLA 1NGGA 4XEIA 2QW9A 3CJ1A 3FFKB 4BVOA 4BG8A 1BUPA 2P9NA 3WXJA 3ZETB 5AFUH 4JD2B 1QHAA 3GL1A 4BRAA 2VWBA 5F0XA 4BR4A 2ZWHA 3DAWA 2YJEA 2FSKA 3H3NO 4NB4A 4CZHA 3CJ7A 4JHDA 1C0FA 3VEOA 3DXMA 3L4IA 3R9PA 3EL2A 1GLBG 3FE1A 3AAPA 4MLHA 4BQZA 3UKRB 3CHWA 1GLCG 5ADXA 4M7YA 3HZ6A 4BG9A 4KBOA 3UB5A 3EZWA 5AQXA 2AA4A 4B1UB 5BPNA 3MDQA 1NGHA 3TU5A 1HKBA 4ISGA 1BWFO 2FSJA 4FSVA 4A2AA 2FXUA 3VENA 1C0GA 2D4WA 3ZEUB 4BC4A 4BR0A 4BC2A 2E2PA 3P4IA 2P9LB 2D0OA 1D4XA 3BF3A 4CZKA 4BRGA 1QQMA 3DXMB 4BRPA 4M7XA 4J8FA 3OHRA 1ATNA 2IVPA 3VOVA 4L3QA 2Q97A 4FOEA 3A8YA 4M63C 4EIAA 3D2EB 1HKCA 4IJAA 5AQSA 1T6DA 4C23A 3M6GA 3BF1A 4I6MB 4EHUA 3O1BA 4AM6A 1R59O 2IVOA 2P9SA 3O1WA 5AQGA 3U9DA 1SAZA 1NLVA 4JN4A 3M1FA 1YVNA 2IVNA 1QQOA 3ULEA 3B8AX 3A5OC 3A0IX 4NO7A 1TUYA 4PL8A 4CBWA 4O8KA 3D7EO 3EKUA 3WEEB 2BUPA 5AR0A 3QICA 4RWTA 2ASPA 3EKSA 5AQKA 5AZIA 1NGEA 4CZJA 2HF3A 3SLCA 5JLFA 4H5TA 1DKGD 4BRHA 5FPMA 4CZIA 4H0OA 4B1XB 2CH6A 4FWQA 1P8ZA 3H6EA 3UKUB 4GNIA 2BTFA 2W41A 3GBTA 1IG8A 3MMVA 5F2RA 5FPDA 5LJWA 3VERA 4FWKA 3ZETA 1NGJA 2DPNA 2YHYA 1G99A 4JD2A 3VEVA 4DHYA 4FWLA 4PKIA 4H5VA 4Z94A 4YDUA 4RCHA 1BA1A 4A62A 4XH5A 5CE3A 1EQYA 4BRCA 2F9TA 4B1WB 2QWNA 3ENHA 4FPAA 3U4LA 4PKHA 3RSEB 3UKRA 4B1YB 3W3DA 1SZ2A 1GLDG 2D0PA 2ITMA 2FSNA 1MA9B 3WQUA 2V7ZA 3FZMA 3ZX2A 1NMDA 1NGDA 4WQ4C 1YAGA 2FF3B 3ZEUA 5F1XA 5AQWA 3LDPA 1XQSC 1HJOA 1BDGA 2YHWA 2P9LA 3KHYA 5TKYA 3WXLA 3C7NB 4PL7A 1S22A 5E84A 3CETA 3EO3A 3FGUA 3MN7A 3CJBA 1HPMA 3O4WA 2GEMA 4H0VB 1LOTB 3A5MC 3LDQA 3WT0A 3O08A 4CZFA 1T6CA 5BREA 1DGKN 1E4GT 5ELZA 3W0LA 4CBXA 1GLLO 3H1VX 4H5RA 1X3NA 1GLAG 2HMPA 1WUAA 3WQTA 3D2EA 4BRQA 5BRFA 4ISEA 4I6MA 4JNEA 4GY2B 3KVGA 4CJ7A 4AM7A 3IDHA 4EHTA 4IWVA 3DJCA 1XUPO 1RGIA 2GWKA 4BR2A 4CZMA 1V4SA 5AQJA 3L6QA 2P9KB 3I33A 3LL3A 1JCFA 1GLFO 4IZ9A 4H0TB 3WEEA 2P9PB 5JLHA 5I9EB 5AQNA 5JICA 1RDWX 4WQ5A 2D1KA 5AQVA 5BN8A 4BRMA 2EWSA 4CZLA 3VF4A 4WYBA 1HKGA 2E88A 1XC3A 4CZGA 4IXCA 5AQMA 2E1YA 1U6ZA 4H0XB 2VCPA 3FZHA 3VEWA 1NGFA 3UKUA 3A5NC 4HWIA 2V51B 4XH1A 1CZAN 2OANA 5BN9A 4JAXA 5ADXH 2I7NA 5FPNA 3IUCA 5AZJB 3LDLA 1NGIA 1DEJA 3UE5A 2E2QA 3CJ9A 4FO0A 5EXWA 3HBTA 1ZBSA 2IIRA 1J6ZA 1NM1A 4BC5A 4BGBA 3CQXA 4MO4A 3RSEA 5AQQA 4BGAA 3D2FB 4FWNA 3O5BA 4Y0WA 3DWLA 3J8AA 3ZX3A 2CH5A 2FF6A 3QMLA 2V7YA 3U9ZA 1V4TA 3SMPA 3VEXA 5KQDA 4FL9A 1WOQA 4E1JA 4BR9A 1KAZA 1BA0A 2QWMA 3CIPA 2YHXA 2J4RA 1NGAA 1KAXA 3CI5A 3MN9A 3IFRA 2NRHA 1HX1A 3ENOA 2HOEA 4B1VA 3MN6A 5AFUA 5KPZA 2QWRA 4F9OA 3LDOA 4K41A 2UYTA 3C7NA 3TPQA 4A61A 4BRKA 4MO5A 3FZKA 4CBUA 2A40A 1NWKA 3EN9A 1SQKA 3ZX0A 1QZ6A 3BUZB 4LC9B 3FLCO 2GWJA 2A42A 3WXKA 5EX5A 2CGLA 2QXLA 2NZTA 2I7PA 2E8AA 1NGBA 1YUWA 1U2VB 3R8EA 4PKGA 3VGMA 5AQFA 3U8XA 5EOYA 4BRLA 1BOTO 3HTVA 2ZGYA 5FPEA 4H03B 4CD1A 2YI1A 2H3GX 3VGKA 2NLXA 3FZLA 5JMVA 5EY4A 4K25A 2P9KA 3QFPA 2P9IB 4K43A 2P9PA 1NBWA 3WXIA 5AQRA 2A3ZA 5AQZA 1E4FT 1X9JA 2Q0RA 4B9QA 2ZF5O 1KXPA 2CGKA 1ZC6A 3QBXA 3VPZA 5AQYA 2P9UB 3DXKB 4B1ZA 5KPRA 2GTDA 1ESVA 4WQ5C 5BRHA 4QS9A 3H1QA 4FWMA 5AQUA 3CJAA 5BPLA 2QWOA 1HUXA 4EAHD 4BRNA 3JXUA 3HI0A 1S3XA 4K42A 1BU6O 4CD3A 1T44A 5AZJA 4QS8A 4BC3A 2ZGZA 3GDQA 1K8KB 3S41A 5AQOA 5EVZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WQ4A 3SJHA 3OYAA 2ZJPL 1SKSA 4LH4A 2WTUA 3M3ZA 2O8BA 3D2FA 4CJWA 3Q7BA 1QZ5A 4B3SK 4Y1CA 4BRFA 4FW2A 1MWMA 3RR8A 3QDKA 3TAQA 3I8BA 5LMNK 1VSFA 1WSFA 3N4QA 3QIPA 3ZSZA 3QEXA 2A6AA 4XH4A 5AQHA 1E3MA 1GLEG 4DQSA 2E1ZA 4M41A 5E41A 4N76A 3TSPA 4FVUA 3D6RA 1KVCA 3NF9A 2WOMA 3KWGA 3VQ6A 4NLCA 5C10A 4DB3A 4FJKA 4YDUC 4DLGA 1OH5A 4FWPA 3NH1A 5BR9A 3OS0A 2HNDA 1QTMA 4EFHA 1Q82O 2E2OA 3KZBA 3CERA 3THWB 3G4SN 3MXJA 1QE1A 4BRIA 1OKJA 2HMIA 1N5YA 1KLNA 5LL6Z 2OZMA 3VESA 3TARA 5BPMA 3LWLA 2P9IA 4CK2A 1OVQA 1HPZA 2FLOA 2KTQA 2P9SB 4QS7A 4EZ6A 4FJ9A 5HRRA 4M3XA 5CZ2A 3LANA 2DFHA 1KFSA 3ZCMA 1EETA 2P9UA 1ZBUA 5KPTA 1TK8A 2Q1NA 3DXKA 4A2BA 3G25A 1VQ6N 1WAFA 2ZD1A 1Y64A 2VGMA 4FWOA 3V1OA 1H1VA 3TAEA 2P51A 1LW2A 4CECA 4WFNL 1BO5O 3BP8A 4M42A 4V19S 4FCYA 3OYEA 3I55N 1MDUB 5GAEP 3V81A 4HUEA 1IJJA 3OYFA 1NGGA 3EZ5A 2QW9A 3FFKB 1VQ9N 1FKOA 3WXJA 3CC4N 4IOXA 5CYMA 3AO5A 4C8MA 4DTXA 5F0XA 3I56N 3CYMA 3KIOA 4KO0A 1XMQK 2JWKA 5H1SQ 4CF8A 3DXMA 3R9PA 4FJGA 4MLHA 4BQZA 3CHWA 5ADXA 1OH7A 4ICLA 5FLXO 2F96A 4BG9A 1ILYA 4LF5K 5AQXA 1F21A 4IEIA 5BPNA 4DV1K 3CCMN 3HJFA 5J2MA 3O3GA 1XNQK 1BWFO 4FSVA 4A2AA 3CCVN 1U47A 1C0GA 3A2FA 3K2PA 4DTPA 2YV0X 4BC2A 2E2PA 1QSLA 3K5NA 1D5AA 1XWLA 1NK5A 1D4XA 2FBXA 4OPJA 5M1KA 4BRPA 4FXDA 2F8SA 2G8IA 4J8FA 2O8DB 3OHRA 4IBNA 1GOAA 4L3QA 2Q97A 1NK9A 1YT3A 3A8YA 1XNRK 4CFBA 1HKCA 5M1OA 5AQSA 4C23A 4BDPA 3BGRA 4IDHA 2IOCA 4X62K 4W5QA 4TSXA 4OO1J 4JN4A 3P1GA 3OA9A 1QSYA 4K8XA 4F2RA 4PL8A 4CBWA 3KK2A 4KH4A 3WEEB 4YNQA 4DQPA 4N5SA 2DFEA 5AQKA 2HHHK 1ZBIA 2YNIA 3SLCA 4DTRA 3BZKA 3KD1E 3HM9A 2R7YA 5FPMA 4CZIA 4DS4A 3ZLJA 4IOAL 1VRUA 1JLBA 3PLAA 3MAQA 2WBNA 4FWQA 3H6EA 4FJLA 4B08A 4CF1A 2W41A 5LJWA 3AVBA 3ZETA 1K6YA 1NGJA 3MECA 1G99A 2YHYA 4DSJA 4JD2A 3VEVA 4DHYA 1SL1A 3DOLA 4ZHRA 2Z1IA 3ZSRA 2JGUA 5A2QO 5CE3A 2O8CB 2OZSA 4DF8A 1EX4A 1SL2A 4JKAA 1BQNA 1A5XA 3RSEB 3T69A 1RDCA 3W3DA 1K9MO 1HNWK 2KW4A 4YOXA 2VQFK 3WNGA 1HRHA 5HROA 1MA9B 3HPOA 1ZBLA 3FZMA 4YY3K 2ITGA 1A5WA 4DFMA 3PO4A 4WQ4C 1S9EA 4DKWA 1YAGA 4CFDA 4YOYA 1J53A 1S1UA 3VQ7A 3LDPA 2YHBA 1UAXA 1HJOA 3S3NA 4RG8A 3THXA 5TKYA 1S22A 3HPGA 3EO3A 3MN7A 1HPMA 2GEMA 4WE1A 3LDQA 3CFRA 1LWEA 4GVMA 1S1XA 1T6CA 4IFEA 4CBXA 4E19A 1WN7A 3HK2A 1W97L 4C8KA 3RMCA 4FJJA 3E9PA 4IG0A 4JNEA 2P5OA 1T05A 1I39A 4KHPK 4DU3A 1VK0A 4FJHA 4DU4A 2X6SA 1XUPO 4CZMA 3J81O 3I0RA 5AQJA 3L6QA 3I33A 2UUCK 1VSKA 3OYBA 4IDKA 4AHTA 2VG5A 4KPYA 4AF1A 3QEPA 3OYHA 3AO1A 4O0JA 3NGZA 1TKDA 2EWSA 1S5JA 3VF4A 5J2NA 4DSLA 1HJRA 1L3SA 4DG1A 3QERA 5AQMA 2E1YA 4H0XB 3VEWA 1JL1A 3L2WA 2AJQA 3UKUA 3AGRA 2P5GA 4KHSA 1CZAN 2LSNA 2OANA 4JAXA 5BN9A 3L2UA 2ZJQL 4ELUA 4FJIA 4QOZB 2I7NA 5AZJB 3LDLA 1NJXA 1NGIA 4FJ5A 4ELVA 4GV6A 3CJ9A 1Z26A 3RTVA 4F3TA 1YTAA 3HBTA 1TL3A 4FM2A 2G8HA 1NKBA 1K8AO 3JAMO 4AHUA 2PY5A 3LWMA 3SAHA 3OYJA 3DWLA 3NMUA 2V7YA 4CF0A 3VEXA 5KQDA 2W6KA 1WOQA 3L2VA 1KAZA 2NUBA 3DI6A 5JVHL 5FRMA 1IO2A 4JI1K 1BI4B 4CJFA 4CJQA 3PX0A 3SQ2A 3LPUA 4B8CA 2QKKA 5AFUA 5KPZA 4K41A 4BRKA 2UYTA 3C7NA 5GADP 5GINA 2EX3A 3FZKA 4CBUA 4ID5A 3VA3A 1T8EA 3EN9A 4JI5K 1FJGK 3LAMA 3ID6A 3V9WA 5HLFA 1FKPA 1ASVA 3WXKA 4GV9A 4PWDA 2NZTA 2I7PA 2OTJN 2E8AA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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