2CGKA

Crystal structure of l-rhamnulose kinase from escherichia coli in an open uncomplexed conformation.
Total Genus 163
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
163
sequence length
478
structure length
478
Chain Sequence
TFRNCVAVDLGASSGRVMLARYERECRSLTLREIHRFNNGLHSQNGYVTWDVDSLESAIRLGLNKVCAAGIAIDSIGIDTWGVDFVLLDQQGQRVGLPVAYRDSRTNGLMAQAQQQLGKRDIYQRSGIQFLPFNTLYQLRALTEQQPELIPHIAHALLMPDYFSYRLTGKMNWEYTNATTTQLVNINSDDWDESLLAWSGANKAWFGRPTHPGNVIGHWICPQGNEIPVVAVASHDTASAVIASPLNGSRAAYLSSGTWSLMGFESQTPFTNDTALAANITNEGGAEGRYRVLKNIMGLWLLQRVLQERQINDLPALIAATQALPACRFIINPNDDRFINPDEMCSEIQAACREMAQPIPESDAELARCIFDSLALLYADVLHELAQLRGEDFSQLHIVGGGCQNTLLNQLCADACGIRVIAGPVEASTLGNIGIQLMTLDELNNVDDFRQVVSTTANLTTFTPNPDSEIAHYVALIH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure and Reaction Mechanism of L-Rhamnulose Kinase from Escherichia Coli.
pubmed doi rcsb
molecule keywords L-RHAMNULOSE KINASE
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli bl21(de3)
total genus 163
structure length 478
sequence length 478
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.5: Rhamnulokinase.
pdb deposition date 2006-03-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2cgkA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2cgkA02
3UKUA 1BU6O 2J4RA 2Q1NA 2QWMA 2IVOA 3LDNA 2P9IA 4JHDA 2BUPA 1Z6RA 3UKUB 5KPRA 4FWSA 5E84A 4JHDB 4M63C 2P9IB 2CH5A 2DPNA 3ENHA 3H3NO 3H46O 4QS7A 1TUYA 2CGJA 5AR0A 2P9LA 2YJEA 4BROA 2P9LB 3SMPA 3UE5A 5AQGA 1KAZA 4BVPA 3GE1A 3CJAA 2ASPA 3CHWA 4IZ9A 3VEVA 4BRKA 4FL9A 1YUWA 1LCUA 3GG4A 4H0PA 5AZJA 3MDQA 4C23A 3WEEA 3L4IA 5AFUA 5AZJB 1SAZA 1V4SA 3WEEB 3LDQA 4WQ5C 4K25A 3HM8A 3VGKA 4MO4A 3R8EA 2F9WA 3ZX0A 4XH4A 3R9PA 1BA0A 3SMSA 3WXJA 1GLDG 3WXKA 3C7NA 3ZX2A 3MN9A 1NM1A 3C7NB 5BRDA 4RTFD 4JNEA 3WQUA 2YHYA 4H0TB 1QZ6A 1HPMA 2QWLA 5AQIA 4BR9A 4BRLA 2FLOA 3F9MA 3TU5A 1H1VA 4YDUC 1BUPA 3QDKA 4B1XB 4H03B 4A61A 3DXKA 2AA4A 3VEYA 1R59O 4DHYA 5LJWA 1OKJA 1E4FT 1U6ZA 3DXKB 2ZWHA 3VF2A 2ZGYA 3VEWA 2V7YA 1X9JA 3JS6A 3LL3A 4CD3A 4BRFA 5KPZA 2Q0UA 3R6MA 1ATRA 1XQSC 3IFRA 1RGIA 1V4TA 5AQWA 4J8FA 4XEIA 5FPNA 5AQRA 3FGUA 4BR2A 4FWKA 3VEOA 4DCHA 3KZBA 1QQOA 4FWRA 4HWIA 3I33A 1NGDA 4CZIA 1MWMA 1GLFO 4K42A 3QFPA 4CZLA 3GBTA 4H5VA 2NLXA 4DQ8A 2I7NA 4B1ZA 4DB3A 3O80A 4CZMA 2E8AA 1NGEA 3VENA 3O1WA 5KQ8A 1X3NA 3SLCA 1NGJA 2PAVA 4FWPA 1NGFA 5BN8A 3D2FA 2Q31A 3HZ6A 5AQUA 3ZX3A 1T6DA 3D2FB 2I7PA 2PBDA 2E1ZA 2E1YA 1CZAN 3CQXA 4BRDA 2VCPA 3LDPA 5AFUH 4CJ7A 4WQ5A 4F9OA 1ZBSA 2W40A 5BR9A 3IMXA 4FOEA 5EOYA 2GWKA 4WQ4C 5KQDA 2Q36A 4ISEA 4O8KA 1XC3A 2CGKA 1HKCA 2EWSA 1U2VA 4CZEA 3EL2A 1U2VB 4HTLA 4EHTA 4BGBA 4H5TA 4BREA 3FLCO 1TYQA 2F9TA 5F2RA 1TUUA 4CZGA 3VF4A 2ZF5O 1GLEG 1TYQB 4BRGA 3FZLA 2A40A 3ZETA 4H0VB 3FZKA 3WQTA 3QBXA 5I9EB 5F0XA 4O5FA 4CZFA 5LY3A 1BO5O 4BGAA 4BQZA 3WXIA 2D1KA 1HLUA 1MDUB 5AQMA 1EQYA 3WT0A 1C0FA 2FSNA 1GLLO 4B1VA 5KPTA 4CZHA 4Z94A 2CH6A 2GTDA 2QM1A 3J8AA 5AQLA 3MCPA 3FZMA 2A3ZA 2HOEA 3CJ1A 3WXLA 3CETA 4PKHA 1NGCA 4IJNA 5BPMA 4FO0A 2FF3B 3S41A 4BG8A 4FWMA 2QWOA 1WOQA 3A5LC 1T44A 3MMVA 5ADXH 3MN7A 5AQVA 2IIRA 3WUHA 3MN5A 4BQLA 1NGBA 3O08A 1NGGA 3ENOA 5AQTA 4E1JA 3VGLA 2ITMA 3W0LA 2QWNA 3A8YA 4BRMA 3O6WA 3D2EA 4M7YA 3VOVA 1X3MA 3L0QA 3B8AX 3D2EB 4FPBA 3HI0A 5EY4A 2D0OA 4L3QA 4NO7A 3A5NC 5B8HA 2AP1A 5AQOA 1WUAA 1LOTB 1NBWA 5AQZA 2P9NA 1E4GT 4KBOA 4MLEA 4I6MA 4WQ4A 2P9NB 4ISFA 4CBXA 5CE3A 4I6MB 1QZ5A 3H3OB 1GLAG 1GLJO 3TPQA 3A5OC 3O4WA 4IO8A 2OANA 4FWOA 4IXCA 3VF6A 1DGKN 3VESA 4CZJA 3MN6A 1IG8A 3O8MA 4K43A 1ATNA 4PKIA 4BR7A 4BC3A 2QWQA 5AQQA 3H6EA 1BDGA 3VEZA 3M6GA 3HBTA 1KXPA 1HUXA 3H1QA 3ATVA 3QB0A 3BF1A 1DEJA 3CIPA 4FWLA 1J6ZA 1C0GA 5FPEA 3CJ7A 3FFKB 2P9SA 3EKUA 1NWKA 1S3XA 1YAGA 4PKGA 5AQKA 5BPNA 3DJCA 2P9SB 4Y0WA 3CJ9A 1BG3A 4FWNA 4LC9B 4BRQA 2ASOA 3MK6A 1P8ZA 5BPLA 2YCHA 1MWKA 2YJFA 4CD1A 4EAHD 1BOTO 2E20A 3O5BA 1KAYA 4QS8A 5JMVA 3U4LA 2A41A 3EKSA 5AQJA 3VEXA 2E2OA 4BVOA 1HKBA 3P4IA 5EXWA 4AM7A 4GY2B 4M7XA 4BR5A 3ZEUA 3AY9A 1JCFA 1QHAA 3QFUA 4IWVA 3ZEUB 2ZGZA 1HKGA 4XH5A 4FSVA 2QXLA 4YDUA 5BN9A 3U9ZA 3U9DA 5F1XA 1NLVA 2VYPA 4NB4A 3CJBA 3ULEA 4H0YB 4CI6A 3U8XA 3ULEB 3M3ZA 3QICA 2GEMA 3ZETB 4JD2A 5AQFA 3AARA 4JD2B 5AQNA 2ASMA 2V51B 2E2NA 4BR4A 4EIAA 5BREA 2IVNA 2V7ZA 3CJCA 1S22A 2FSJA 3AAPA 3LM2A 3FZFA 2GELA 4ISGA 5AQHA 5AZIA 5LJVA 4CZKA 3LDLA 4PL8A 4BRPA 1Z05A 3LM9A 5AZIB 4BRIA 1T6CA 3M1FA 3VERA 3BEXA 4B9QA 2QW9A 2WUSA 3OHRA 2YI1A 4IJAA 2QWPA 1NGIA 2A6AA 2E2QA 3JXUA 5AQSA 5JICA 1ZC6A 3VGMA 3BUZB 4K41A 2Q2RA 1RDWX 1QQNA 2HF3A 2IVPA 4MO5A 1XUPO 4BRAA 2P9KA 2NZTA 1RFQA 1GLCG 4AM6A 1YVNA 5EX5A 2FF6A 2P9KB 4EFHA 3H45C 4A2AA 3BP8A 3BF3A 4FOIA 4BC2A 1KAXA 2D0PA 3FE1A 4RWTA 2A42A 3G25A 5AQPA 1HX1A 3CERA 1NMDA 1ATSA 3IDHA 3HSCA 3C0BA 3IUCA 2BTFA 1SQKA 3KHYA 2E2PA 4BR0A 1K8KA 1BA1A 1ZXOA 2V52B 1K8KB 4B1YB 1NGHA 2YHWA 2E88A 2YHXA 1Y64A 2P9PA 1JCGA 1MA9B 1QQMA 5JLHA 2P9PB 2HF4A 1D4XA 2GUPA 3RSEA 4H5RA 2A5XA 4BRCA 3RSEB 3EZWA 4BC4A 5JLFA 2FSKA 4H5NA 2D4WA 3H1VX 5TKYA 3SJHA 4FPAA 5BRFA 3ATUA 3UKRA 3VETA 3EN9A 3UKRB 3QBWA 4H5WA 1SZ2A 3A5MC 3FZHA 5ELZA 2CGLA 1ESVA 3GOIA 5EVZA 3CI5A 1BWFO 1NGAA 1GLBG 1IJJA 1Q18A 2VWBA 3ID8A 2Q97A 3KVGA 5FPMA 4QS9A 5ADXA 3L6QA 4H0OA 4BC5A 4BRHA 2UYTA 3GL1A 2H3GX 4CBWA 1YXQA 3VPZA 2FXUA 3AAQA 3QMLA 3W3DA 3FR0A 3LDOA 3GDQA 1JCEA 1HJOA 2NRHA 4WYBA 3DAWA 3CQYA 2QWRA 3HTVA 2W41A 3DXMA 4FWQA 5E26A 4BRNA 4GNIA 3DXMB 3A0IX 4H0XB 3DWLA 4RCHA 1G99A 4EHUA 5BRHA 4BG9A 4A2BA 4B1UB 5AQYA 2HMPA 4XH1A 1DKGD 3O1BA 4A62A 2P9UA 4JN4A 3UB5A 4B1WB 5FPDA 4MLHA 2P9UB 2Q0RA 3SK3A 4CBUA 3D7EO 3I8BA 2KHOA 4JAXA 4PL7A 2GWJA 5AQXA 3EO3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2X74A 4R79A 4JHDA 4PY5A 3RMBA 4JHDB 2DPNA 3ENHA 3P39A 3DLRA 2CGJA 1YJNN 5JS2A 2YJEA 4GW6A 4DR1K 3HSTB 1YT3A 1C1BA 3SMPA 3OJSA 4E3SA 2HHXA 1KAZA 4CJLA 2IAJA 3KLHA 4FK2A 3VEVA 3NMUA 1YUWA 3OVNA 4C1NI 2NNWA 1ZBUA 1KQSM 5D3GA 4H0PA 4IOXA 4FXDA 5AZJA 4C23A 3L4IA 3CMEN 1BCMA 3VQ8A 4LFAK 5AZJB 1SAZA 1UOCA 3ZT0A 4AF1A 4C8NA 4CIFA 4K25A 4NYNA 4E7LA 1JL2A 3CC2N 2F9WA 4LF8K 4DTRA 4CK2A 1BA0A 3PSFA 1U49A 3WXKA 3ZCMA 1NK4A 1W7AA 1CXUA 4BRLA 3TU5A 1H1VA 1BUPA 3QEVA 1U47A 4A61A 5HRPA 2LSNA 3OYCA 1R59O 3VEWA 4IEEA 1TL3A 3HO1A 1NNEA 4CEDA 4B3MK 1ZBFA 4CD3A 4BRFA 4K8ZA 5KPZA 4CIEA 3R6MA 1RNHA 1WSIA 4DR3K 3CFPA 3FGUA 1M90O 4DCHA 4FWRA 1QQOA 3F73A 1NMNA 4HWIA 4CE9A 2YNFA 4R5PA 1NGDA 3ENBA 4FJ8A 1J9AA 1K8AO 1HNZK 4LFBK 3HOTA 4KV8A 5T7BA 3GBTA 4DUZK 2FBXA 2IGIA 3NAEA 3DLKA 4KB1A 4X62K 5C10A 3VA0A 1NGJA 1HNIA 1SKWA 1VQMN 3DLHA 4IBNA 5AQUA 4O55A 1T6DA 1QVFM 1EWRA 2E1ZA 5GADP 5CY4A 3NGZA 3LDPA 1IG9A 2UU9K 3I56N 4F9OA 4E89A 5EOYA 1B9FA 1IBKK 4AHVA 4CJSA 3ZT3A 3CPEA 4CIGA 2QKKA 4O8KA 1XC3A 2CGKA 5CHIA 1JLGA 3EE9A 1YF5L 3J7ZO 3OJUA 2Y1JA 3EL2A 4E7HA 4CCHA 4HTLA 3MXMA 3AVJA 4BREA 4FJ7A 3HXMA 5F2RA 4CZGA 4CJQA 4LFCK 5M1NA 3QIOA 3SUNA 3NGYA 4OO1J 4DTSA 2QKBA 3QBXA 3DLLL 4C8LA 4CZFA 1BO5O 3VMFB 4V19S 3CCUN 3SYZA 1KRPA 1VQ6N 1MDUB 5JVGL 3WT0A 1YVUA 4JK9A 4CF9A 4Z94A 2GTDA 2UUCK 1VHXA 3O9QA 4O8UA 3FZMA 2VGMA 3CJ1A 2HHQA 2FF3B 1U48A 2QWOA 3A5LC 3M8RA 1ZBHA 3K57A 3WUHA 3ZYYX 2XO7A 1JL1A 1JKHA 5AQTA 2YV0X 3W0LA 4FCYA 4A5AA 4KB0A 3D2EA 4JI6K 1ASVA 3ULDA 3D2EB 4FPBA 1IV0A 4FM2A 1B9DA 1RBSA 3A5NC 2NRXA 3P31A 2AP1A 5AQOA 3CF5L 3AO2A 5AQZA 2P9NA 4UQGA 4Z4FA 1BCOA 2P9NB 5AJ3K 5CE3A 1QZ5A 1XWLA 4DFJA 2OANA 3D6RA 3G4SN 3O8MA 1VK0A 4PKIA 4BR7A 1J5EK 2QWQA 5AQQA 1YITN 3SBTA 4CHPA 2Z1IA 4ZTFA 2HHUA 1FK9A 3H1QA 3ISNC 3QB0A 3LPTA 3NHGA 1DEJA 1I3AA 4FWLA 5FPEA 2PYLA 2GUIA 1MU2A 2D0CA 2PFUA 4NLCA 2OPPA 3K2PA 1NJZA 4DSJA 3EKUA 1S3XA 3C6HA 3DJCA 4N47A 1WN7A 4LF7K 5BPLA 2YCHA 1MWKA 4DSKA 1IH7A 1VQNN 4CJPA 4UY8O 2DFEA 3KD5E 3OYGA 3O9TA 3HP6A 1KAYA 1YJ9N 1SL0A 5JMVA 4J2EA 1LAVA 2A41A 5AQJA 1BHLA 3VQ9A 4BE1A 4FVUA 4BVOA 4AM7A 4GY2B 4M7XA 4DSEA 1W9HA 3Q7CA 1KLNA 4IWVA 2ZGZA 4YORA 4FSVA 3K59A 3E9LA 4FJLA 2VYPA 4NB4A 3AVMA 5C2DA 2GV9A 4CJ3A 1B92A 4RW7A 4DQSA 2O4IA 3LWMA 3RR7A 3ZETB 4FM1A 3O3GA 3TABA 2ITGA 4F3TA 4CJKA 3P38A 1UAXA 2E5LK 4WFBL 1S22A 2FSJA 4GVEA 3L8BA 1NKCA 3NH0A 3ZSRA 2W6LA 4U67L 5M1KA 5AZIA 3MWTA 5LJVA 4CZKA 1Z05A 5AZIB 2HHTA 3M1FA 3LZJA 2P1JA 4B9QA 1KVCA 1W97L 2KW4A 3OHRA 3TAPA 1K9MO 4IJAA 1JXEA 1OH7A 3F5TA 1YI2N 2QI2A 2OPRA 1SL1A 4LF6K 3BUZB 2JGUA 4DFMA 3THXB 4DU3A 4KH4A 4BRAA 1L5UA 1YVNA 5EX5A 2FF6A 2VG7A 3KWGA 3BP8A 3KKSA 2OTLN 4ZTJA 4CHNA 3DOKA 4L8RB 2JLEA 5CYMA 3G71N 4DV5K 4DLEA 3G25A 1A5VA 4NXMK 4C1NK 1BL3A 3CERA 4MQ3A 3S3OA 5J2NA 4FLYA 4CFDA 2HHVA 4FK0A 3PLAA 3C0BA 2BTFA 2O8BA 4B9VA 1SQKA 2O8BB 3SV4A 4E1NA 4BE0A 1N36K 1ZXOA 2V52B 4B1YB 3AVCA 2XY7A 2KTQA 1NGHA 2YHWA 2E88A 4KFBA 1REVA 1DT9A 2HF4A 1D4XA 2GUPA 3HK2A 5TKYA 4KAZA 3NFAA 1BI4A 5BRFA 3ATUA 1CZBA 4IOCL 4KPYA 1BI4B 5FRNA 3QBWA 3FZHA 3A5MC 1NKEA 1HNXK 3K9JA 3ID6A 4DTUA 1BWFO 1NGAA 2DFFA 4CJTA 2HNZA 5M1PA 1IJJA 5A2QO 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3UKU A;  1BU6 O;  2J4R A;  2Q1N A;  2QWM A;  2IVO A;  3LDN A;  2P9I A;  4JHD A;  2BUP A;  1Z6R A;  3UKU B;  5KPR A;  4FWS A;  5E84 A;  4JHD B;  4M63 C;  2P9I B;  2CH5 A;  2DPN A;  3ENH A;  3H3N O;  3H46 O;  4QS7 A;  1TUY A;  2CGJ A;  5AR0 A;  2P9L A;  2YJE A;  4BRO A;  2P9L B;  3SMP A;  3UE5 A;  5AQG A;  1KAZ A;  4BVP A;  3GE1 A;  3CJA A;  2ASP A;  3CHW A;  4IZ9 A;  3VEV A;  4BRK A;  4FL9 A;  1YUW A;  1LCU A;  3GG4 A;  4H0P A;  5AZJ A;  3MDQ A;  4C23 A;  3WEE A;  3L4I A;  5AFU A;  5AZJ B;  1SAZ A;  1V4S A;  3WEE B;  3LDQ A;  4WQ5 C;  4K25 A;  3HM8 A;  3VGK A;  4MO4 A;  3R8E A;  2F9W A;  3ZX0 A;  4XH4 A;  3R9P A;  1BA0 A;  3SMS A;  3WXJ A;  1GLD G;  3WXK A;  3C7N A;  3ZX2 A;  3MN9 A;  1NM1 A;  3C7N B;  5BRD A;  4RTF D;  4JNE A;  3WQU A;  2YHY A;  4H0T B;  1QZ6 A;  1HPM A;  2QWL A;  5AQI A;  4BR9 A;  4BRL A;  2FLO A;  3F9M A;  3TU5 A;  1H1V A;  4YDU C;  1BUP A;  3QDK A;  4B1X B;  4H03 B;  4A61 A;  3DXK A;  2AA4 A;  3VEY A;  1R59 O;  4DHY A;  5LJW A;  1OKJ A;  1E4F T;  1U6Z A;  3DXK B;  2ZWH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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