2CGKA

Crystal structure of l-rhamnulose kinase from escherichia coli in an open uncomplexed conformation.
Total Genus 163
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
163
sequence length
478
structure length
478
Chain Sequence
TFRNCVAVDLGASSGRVMLARYERECRSLTLREIHRFNNGLHSQNGYVTWDVDSLESAIRLGLNKVCAAGIAIDSIGIDTWGVDFVLLDQQGQRVGLPVAYRDSRTNGLMAQAQQQLGKRDIYQRSGIQFLPFNTLYQLRALTEQQPELIPHIAHALLMPDYFSYRLTGKMNWEYTNATTTQLVNINSDDWDESLLAWSGANKAWFGRPTHPGNVIGHWICPQGNEIPVVAVASHDTASAVIASPLNGSRAAYLSSGTWSLMGFESQTPFTNDTALAANITNEGGAEGRYRVLKNIMGLWLLQRVLQERQINDLPALIAATQALPACRFIINPNDDRFINPDEMCSEIQAACREMAQPIPESDAELARCIFDSLALLYADVLHELAQLRGEDFSQLHIVGGGCQNTLLNQLCADACGIRVIAGPVEASTLGNIGIQLMTLDELNNVDDFRQVVSTTANLTTFTPNPDSEIAHYVALIH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure and Reaction Mechanism of L-Rhamnulose Kinase from Escherichia Coli.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli bl21(de3)
molecule tags Transferase
molecule keywords L-RHAMNULOSE KINASE
total genus 163
structure length 478
sequence length 478
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.5: Rhamnulokinase.
pdb deposition date 2006-03-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2cgkA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2cgkA02
4EIAA 2W41A 4BC2A 4PKHA 2NZTA 2P9UB 3VENA 1RFQA 3M1FA 1V4TA 2QWOA 1Z6RA 3MN7A 4CBWA 4H5TA 2FF6A 5BREA 2P9SA 2P9UA 5BN9A 2BUPA 3F9MA 1GLBG 3LDNA 4MLHA 1KXPA 4FWQA 3P4IA 3VGMA 4H0OA 2P9SB 3UE5A 1NM1A 4CD1A 3SLCA 2D4WA 5AQQA 2YI1A 5FPEA 4CBXA 3VF4A 2Q31A 1SQKA 2ASPA 3VEXA 4FWKA 2YCHA 1T6DA 2UYTA 2V51B 1XQSC 3J8AA 4Y0WA 3I33A 3FZLA 3R8EA 4FOEA 1TUYA 4IXCA 3SJHA 3CJBA 4C23A 1Y64A 1NBWA 2GWKA 4BGBA 4IZ9A 4BR2A 4DCHA 3KZBA 3WXJA 3AY9A 2FSKA 4B1ZA 1BUPA 1QZ5A 5AQFA 1MA9B 1EQYA 5KQDA 4JNEA 3VETA 3O1BA 2OANA 1ATSA 3KHYA 2VWBA 3ZX2A 4FPBA 1GLDG 1BO5O 3CIPA 3FFKB 1OKJA 4A2BA 5AZIA 4DHYA 1NGGA 3D7EO 4MLEA 2A6AA 2EWSA 4FSVA 1BOTO 1KAXA 1NGIA 2PBDA 5KPZA 2PAVA 3ZEUA 4WYBA 5KPTA 3WXLA 3UKRB 5ELZA 1SAZA 2D0OA 5AQMA 1BA1A 3LDQA 2YHWA 2P9KB 3ZEUB 4BR5A 4ISFA 3SK3A 3VEZA 3ZETA 4H5NA 4CZMA 2E2OA 1Z05A 3SMPA 4BRLA 1BWFO 4RWTA 3O08A 2CGJA 3O8MA 3QICA 4CZEA 3GL1A 3EKUA 1HKGA 3MN6A 1V4SA 3VGKA 4Z94A 3JS6A 3UKUB 1WUAA 4IJNA 5F1XA 2QWLA 3ENOA 1TYQA 3DWLA 3R9PA 2J4RA 3CJCA 4WQ5A 4CZFA 2IVOA 4JD2B 5AR0A 3BF3A 2IVPA 4K25A 3A5NC 5E84A 5AQKA 1YXQA 5AQUA 4CZGA 1QQNA 2Q97A 3L6QA 5AQSA 2ZGZA 1P8ZA 3C7NA 3L0QA 3JXUA 1U2VA 2CH6A 3M6GA 2P9PA 3FZKA 4M63C 5AQWA 2QWPA 3D2FA 1ZBSA 4BREA 5JMVA 3VPZA 3HI0A 3VEVA 2QM1A 3ZX3A 2E2NA 2E2QA 2GTDA 1NGAA 5FPDA 3A5MC 5AQJA 1ATRA 4FO0A 4FWLA 1QQMA 4QS9A 5TKYA 5EXWA 3CQXA 3IDHA 3WT0A 5AZIB 1RGIA 3AARA 2HMPA 2A3ZA 2QWRA 3QDKA 1ESVA 1D4XA 2E8AA 4B1XB 1GLJO 3AAQA 4ISEA 2WUSA 3H6EA 2AA4A 2D1KA 4LC9B 3W3DA 3VESA 5I9EB 5AFUA 2I7PA 5ADXH 3UKRA 1YVNA 3A5LC 3MN5A 1DGKN 1JCGA 4IJAA 3VOVA 4FOIA 5F2RA 3DAWA 2F9TA 2E88A 4WQ4C 3IMXA 2ZGYA 5AQTA 4JHDA 3VERA 2P9LB 3H1VX 4BVPA 3R6MA 4L3QA 3RSEB 2A5XA 4K43A 4QS7A 5KPRA 3G25A 3S41A 2HF3A 1H1VA 3TU5A 3MDQA 4BRMA 4M7YA 2FLOA 2KHOA 3U9ZA 4BQZA 3HSCA 1TYQB 4HTLA 1NGEA 3QBXA 1X3MA 2FSJA 4H0PA 3IFRA 1ZC6A 4JN4A 3QFUA 3BP8A 3H3NO 4F9OA 3A0IX 4B1YB 1NGFA 4H5WA 2Q0UA 4WQ4A 3H3OB 4FWNA 1KAZA 4PL8A 3EO3A 2ASOA 2QXLA 2FSNA 3ENHA 5ADXA 4PKGA 2Q0RA 5AFUH 2Q1NA 3O80A 4FWOA 2E1ZA 3FR0A 1CZAN 1G99A 5EOYA 5EY4A 3C7NB 2GELA 4A2AA 4GY2B 3VGLA 1Q18A 2GEMA 2ASMA 1BDGA 5BRDA 1HKBA 1RDWX 2AP1A 2Q2RA 3UKUA 4YDUC 3GBTA 3M3ZA 2F9WA 1MDUB 2IVNA 2CGKA 1NGBA 1SZ2A 4BRCA 4RCHA 4H5VA 3WQTA 1DEJA 3W0LA 1X9JA 4BRNA 1XUPO 1QZ6A 4E1JA 3D2EA 4K42A 5FPNA 4BQLA 4BRQA 2CGLA 4FWMA 1S22A 3LM2A 4I6MA 2YHXA 3CJ7A 3UB5A 2P9IA 1J6ZA 4BROA 3WXKA 3TPQA 4BG9A 1U2VB 1KAYA 4BC4A 4FWSA 2P9PB 1HUXA 2YJEA 4IO8A 3H45C 4CZLA 4EAHD 4H0VB 5AQZA 4BRAA 4CBUA 3HM8A 3KVGA 4A62A 3EN9A 3FZFA 2QW9A 3GG4A 3U4LA 3CI5A 4BRFA 1MWKA 2V7YA 2YJFA 4ISGA 1ATNA 2V7ZA 5LJWA 4BR4A 3DXKB 2P9LA 4BC5A 1NGDA 1MWMA 5LY3A 4CZHA 1JCEA 1YUWA 1NMDA 3LM9A 3U9DA 5KQ8A 1E4FT 1T6CA 2VCPA 3VEYA 2VYPA 3EKSA 1WOQA 2FXUA 5LJVA 2W40A 3VEWA 3WQUA 5AQNA 4H03B 4NB4A 5AQXA 3CHWA 4EFHA 5FPMA 1E4GT 3QB0A 4H0YB 1HLUA 3AAPA 1JCFA 3HTVA 4BRHA 3BF1A 5AZJA 1DKGD 2P9KA 3ATVA 5BPNA 3QFPA 4BRPA 1K8KB 3ULEB 4BRIA 1XC3A 1IG8A 2ITMA 4H0XB 5AQPA 5AQIA 4QS8A 5EVZA 4CI6A 4IWVA 3U8XA 3WUHA 1K8KA 3ULEA 1C0FA 3CJ9A 4EHUA 1GLEG 3LDLA 4CZJA 2QWQA 1LCUA 2V52B 3LDOA 3O5BA 3RSEA 2E20A 4M7XA 1BG3A 2FF3B 4J8FA 4FWPA 3EZWA 1HJOA 2YHYA 3WXIA 3MN9A 4NO7A 1YAGA 4B1VA 4CD3A 3A8YA 3FGUA 5CE3A 4BRKA 1HPMA 3QMLA 4CZKA 1S3XA 2D0PA 2E2PA 4H5RA 2NLXA 5EX5A 3OHRA 4BGAA 4YDUA 3D2EB 4XEIA 3MCPA 4XH1A 1LOTB 1TUUA 4B1UB 5BR9A 1R59O 2P9IB 3IUCA 1GLCG 2BTFA 2H3GX 3A5OC 5AQHA 5JICA 4O8KA 4FL9A 3SMSA 1NLVA 3CQYA 3ID8A 1NGCA 1X3NA 2GUPA 4PKIA 3WEEA 4BRDA 5B8HA 5AQOA 4BC3A 5AQYA 2IIRA 3FZHA 3WEEB 3LDPA 3O1WA 3D2FB 1GLAG 5AQLA 3O6WA 3DXKA 3MMVA 5BN8A 1HX1A 2ZWHA 1U6ZA 3MK6A 4RTFD 4BVOA 4DQ8A 1QQOA 2ZF5O 3GOIA 4I6MB 4B1WB 4DB3A 1NWKA 1QHAA 4MO5A 3CJ1A 1NGHA 4KBOA 4BRGA 4EHTA 4XH5A 1ZXOA 4JAXA 3H1QA 3C0BA 4HWIA 4FWRA 4MO4A 5E26A 3FLCO 5JLFA 1GLLO 2Q36A 3LL3A 4PL7A 1BA0A 2A41A 2I7NA 3FE1A 2NRHA 4XH4A 3VEOA 3H46O 1NGJA 1T44A 3CJAA 3BEXA 1C0GA 2E1YA 3L4IA 4FPAA 3QBWA 4K41A 5AQRA 2QWMA 2QWNA 5BRFA 3HBTA 3CERA 4O5FA 3O4WA 5BRHA 2CH5A 3HZ6A 4JHDB 5JLHA 3GE1A 2A40A 3VF6A 5AQVA 2A42A 3I8BA 4WQ5C 1GLFO 3ATUA 3GDQA 4BR9A 3CETA 4CZIA 2DPNA 2P9NA 3DXMA 4H0TB 3BUZB 5AZJB 4CJ7A 2HF4A 4BR0A 3VF2A 2P9NB 3DXMB 3B8AX 4AM7A 4JD2A 4AM6A 3ZX0A 5AQGA 5F0XA 5BPLA 1BU6O 2GWJA 4B9QA 2HOEA 1IJJA 3FZMA 3ZETB 4BR7A 5BPMA 4GNIA 3DJCA 1HKCA 4A61A 3EL2A 4BG8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5JVHL 1S1VA 2P9UB 4JKDA 3VENA 3M1FA 2QWOA 5J2NA 1Z6RA 4CBWA 1HNWK 2FF6A 5BREA 1L3SA 5FRMA 5LMUK 3F9MA 3LDNA 1FJGK 1IKXA 4U7BA 4F2RA 1KXPA 4H4MA 3P4IA 4B9MA 2D4WA 5AQQA 2YI1A 4Z4FA 3J7AP 2Q31A 4LFAK 3AO3A 2YCHA 1T6DA 2QKKA 3VA0A 4FOEA 1KVCA 1HYSA 3CJBA 4IG3A 2GWKA 4BR2A 1W2BM 4FK0A 3VA3A 2HHXA 3QLHA 2PYJA 4F4KA 1BIZA 2FSKA 2P51A 1O13A 4DV6K 4BACA 1EQYA 3I56N 1QE1A 2XY5A 1Q7YO 3O1BA 1A5VA 1ATSA 1KSPA 1S9EA 1D8YA 1KLNA 3TTCA 4DUZK 1BO5O 4IG0A 5HBMA 1TAUA 4FK2A 3OYBA 1OKJA 4A2BA 4CJUA 4RW9A 2Y1JA 3HSTB 4FJGA 1NGGA 2VG7A 1LAVA 4MLEA 2A6AA 3DOKA 4OVLA 4CF8A 1C1BA 3AVCA 2PAVA 3DMJA 4NYFA 3SBGA 4CEZA 3VTIA 1SAZA 2OPPA 4A57A 3QEVA 3NVKA 1VQ8N 1ILYA 1CXQA 1KQSM 4KHYA 1XNQK 4CZMA 3SMPA 1LAWA 5M1PA 3CCEN 3O08A 1Q81O 4BWMA 5MLCQ 3CCVN 4CZEA 4JKEA 1N8RO 3LAMA 3EKUA 4J2BA 4WCEL 4IJNA 3KLGA 2ITGA 3VQ7A 5M1KA 3KLFA 3HOTA 3R9PA 3TR8A 4NXNK 3OYEA 5KGXA 2UUAK 3PO4A 4CZFA 3BZCA 3ZSYA 3BF3A 5D3GA 4K25A 4YOXA 1T3VA 2UXBK 1BI4B 2BE2A 4CZGA 3ZCMA 3M5RA 4BWJA 5I3UA 3L0QA 1WAFA 5CYMA 2CH6A 2WTUA 3FZKA 4CE9A 1FKOA 1I3AA 1ZBSA 4BREA 4FM1A 3SQ4A 1FW6A 3CFRA 2O8BA 5M1QA 1D9DA 5FPDA 4OPHA 3CD6N 4QS9A 3AVMA 4CGGA 3H08A 4FLTA 3CQXA 5AZIB 4DV2K 3AARA 3NH2A 4ZTFA 2E5LK 2QWRA 1JLGA 1ESVA 5HLFA 1W7AA 4B3SK 2E8AA 1GLJO 3OS1A 4CCHA 4DTUA 2BDPA 4ISEA 1RT3A 4FW1A 4LC9B 5I9EB 4JI8K 3UKRA 3O4NA 1ASVA 1XI1A 4DR1K 3MN5A 1DGKN 4MQ3A 4N56A 2PYLA 4JI0K 3BDPA 4WQ4C 2NRRA 4IEIA 3VQ8A 3QEPA 4JI6K 3VERA 3B6OA 4B3MK 4BVPA 4L3QA 2X6NA 4FZXC 2ZJRL 4B9VA 3OJUA 3V9WA 4LF6K 2G8FA 2KHOA 3EYZA 2IC3A 4FLVA 3U9ZA 1WSEA 4BQZA 1NGEA 3G0ZA 1B9DA 3IFRA 3QFUA 3BP8A 4CK1A 1X1PA 4JI5K 3AO1A 1KCFA 1BCMA 4C8MA 1JLAA 3EO3A 4JKGA 3ENHA 5ADXA 4KH4A 4DV0K 1KTQA 3O80A 3AVFA 4FWOA 3SI6A 4Z4EA 1RT5A 2GELA 2B4JA 3C7NB 3MEDA 4A2AA 4GY2B 4ZHRA 3O3HA 4DUYK 2Z1IA 4IO9L 1BDGA 1S1TA 5BRDA 1C1AA 3HJFA 1BHLA 3JSMA 3DM2A 4HCBA 2NRTA 3TSPA 1OH7A 4H4OA 2HBJA 2ZD1A 2P5OA 5GIOA 2CGKA 2WC9A 4HHTA 4DR6K 4JI4K 4IFEA 3QO9A 3W0LA 1YVUA 4FVUA 4BRNA 1VK0A 1NOYA 4E1JA 2IAJA 3D2EA 4BRQA 4AHVA 2E6MA 4I6MA 4KHUA 3AA4A 2P9IA 5C25A 3M8QA 1SS6A 4BROA 3WXKA 4KHWA 4DSEA 4R79A 3P39A 4TSXA 4BG9A 4BC4A 3K5MA 3T1YK 2HHHK 2HHVA 3NH1A 3VQCA 1HUXA 5DM6L 1NNEA 1OVYA 3RR8A 1SL2A 4CBUA 3CCJN 1TK5A 3LP2A 3FZFA 3G71N 3L3VA 3VQEA 5GAGP 3SAHA 4E3SA 4ISGA 4FZYA 4AHRA 3IG1A 5M1NA 2P9LA 1VHXA 1JCEA 1NMDA 5KRTA 3THWA 4XIUA 5KQ8A 2IDOA 4BE0A 3VEYA 2IGIA 3EKSA 1WOQA 1KD1O 3OW2M 4H03B 3CHWA 4EFHA 5FPMA 4JRQA 1QQCA 3D6RA 1JCFA 3AVJA 4BRHA 4RW8A 4CF0A 2P9KA 3ATVA 4WFAL 4IFVA 1WSHA 1VQKN 5HRPA 3ULEB 1XC3A 1UAXA 4JKBA 1TKZA 5AQPA 4E1MA 4IWVA 3OJSA 3ULEA 1T03A 4IDKA 4EHUA 1BCOA 4FXDA 1RCHA 4JK8A 4ELTA 4DTOA 2FF3B 3O3GA 3C95A 1HJOA 3OYLA 4JKHA 4NO7A 4CW7B 4DQRA 4KAZA 1JLCA 4CD3A 3A8YA 4UY8O 4ELUA 4CZKA 4JV5K 3QETA 1HPZA 4H5RA 1VQLN 4CK2A 5C0YA 3L4QA 2YNFA 4CJVA 3ID6A 4GMJB 1L5UA 1EETA 1R59O 1NK8A 4CESA 4KO0A 3IUCA 3NCIA 4J2DA 4E0DA 2HNYA 3VQ6A 1YF5L 4I2PA 2GUPA 5CY4A 3LALA 4BRDA 1VSLA 4DSIA 5AQYA 2F8TA 3MX5A 4X65K 4O44A 3AVHA 3V1RA 2ZM6K 2OZSA 4LF7K 1FXXA 3T7ZA 3D2FB 1EWRA 4PQUA 3F73A 2ZWHA 3MK6A 4Z4HA 3KK1A 5GINA 3PX0A 1QQOA 4I6MB 3RMDA 4KBOA 4BRGA 4JAXA 2P5GA 4DWIA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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