2CGKA

Crystal structure of l-rhamnulose kinase from escherichia coli in an open uncomplexed conformation.
Total Genus 163
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
163
sequence length
478
structure length
478
Chain Sequence
b'TFRNCVAVDLGASSGRVMLARYERECRSLTLREIHRFNNGLHSQNGYVTWDVDSLESAIRLGLNKVCAAGIAIDSIGIDTWGVDFVLLDQQGQRVGLPVAYRDSRTNGLMAQAQQQLGKRDIYQRSGIQFLPFNTLYQLRALTEQQPELIPHIAHALLMPDYFSYRLTGKMNWEYTNATTTQLVNINSDDWDESLLAWSGANKAWFGRPTHPGNVIGHWICPQGNEIPVVAVASHDTASAVIASPLNGSRAAYLSSGTWSLMGFESQTPFTNDTALAANITNEGGAEGRYRVLKNIMGLWLLQRVLQERQINDLPALIAATQALPACRFIINPNDDRFINPDEMCSEIQAACREMAQPIPESDAELARCIFDSLALLYADVLHELAQLRGEDFSQLHIVGGGCQNTLLNQLCADACGIRVIAGPVEASTLGNIGIQLMTLDELNNVDDFRQVVSTTANLTTFTPNPDSEIAHYVALIH'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords L-RHAMNULOSE KINASE
publication title Structure and Reaction Mechanism of L-Rhamnulose Kinase from Escherichia Coli.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli bl21(de3)
molecule tags Transferase
total genus 163
structure length 478
sequence length 478
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.5: Rhamnulokinase.
pdb deposition date 2006-03-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2cgkA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2cgkA02
2YI1A 3L0QA 3O80A 5ADXH 3WEEA 5JLFA 3ZETA 5EOYA 3VETA 3A5NC 1X3NA 4WQ5C 4B1XB 4FOEA 4FWLA 5AZJA 2Q97A 3VEVA 1GLFO 1Q18A 1ZBSA 4CBXA 2P9SA 3FZKA 2P9UB 5E84A 3LDOA 3IUCA 3QMLA 2GWJA 4H03B 4CZLA 3WXKA 2CGLA 3UKUB 4A61A 1KAXA 4J8FA 5JICA 3M6GA 4K25A 3U9DA 3DXMA 3ENOA 3ZEUA 3EKSA 2YCHA 2PBDA 1T6DA 3L4IA 3EN9A 4A62A 2F9WA 4PKIA 4Y0WA 3MN7A 1Y64A 3UKRB 3ULEA 4BG8A 1QHAA 3VENA 5B8HA 4WQ4C 1GLCG 1G99A 4XH1A 2QWLA 3GBTA 1X9JA 5LJWA 3WXIA 5BN9A 1S22A 3GL1A 1GLLO 4IJAA 3VPZA 1MWMA 2FLOA 2P9LB 1S3XA 4BC4A 4IXCA 1CZAN 2CGKA 4PL8A 3HM8A 3VEYA 4CZEA 3BF1A 4BROA 2A42A 4Z94A 3LDNA 1QQNA 2P9NB 3W0LA 1NBWA 3FZFA 5AZIB 4DB3A 3H1VX 2D0PA 5AQZA 4BGAA 2HF3A 4YDUA 4BGBA 2Q36A 2F9TA 1TUUA 1E4GT 4PKHA 4GY2B 2GWKA 2YJEA 3ZX2A 1V4TA 3F9MA 2I7PA 1JCFA 4M7XA 3CIPA 1U2VB 4BREA 2KHOA 3CJBA 4QS7A 4IJNA 2BUPA 4CJ7A 2P9IB 2UYTA 2DPNA 2D1KA 1H1VA 5KPZA 3VERA 5AQVA 1ATNA 3QBWA 1IJJA 3O6WA 1GLJO 3ZETB 5KQ8A 1HUXA 3G25A 1ZC6A 3BP8A 5FPMA 4BRDA 3LM2A 3WXJA 1NGDA 4FWMA 3MN9A 2H3GX 4XH5A 1MA9B 2YJFA 5JMVA 4NO7A 1NGBA 1JCGA 3DXKA 4DHYA 4O5FA 2QW9A 3C0BA 2NLXA 1V4SA 5AQTA 2A3ZA 2GUPA 3SK3A 3EKUA 3A5OC 3QBXA 2YHWA 3ZEUB 2GTDA 3UB5A 2FXUA 1ATRA 4ISGA 4QS9A 2E88A 2E2NA 4M7YA 4MO4A 5KQDA 5AFUH 5BPLA 1NGAA 3CETA 2Q0RA 4H0OA 3A5MC 5E26A 4B9QA 1TUYA 3RSEA 3OHRA 1YAGA 3ULEB 4BR9A 2Q31A 4JN4A 3ENHA 4H0YB 1YUWA 5FPNA 4LC9B 2ASPA 3CJ1A 4EHTA 5AQQA 2P9PB 4ISEA 3O08A 4FPBA 3EL2A 2E2QA 5FPEA 5TKYA 4MLHA 1LCUA 3QICA 2ASOA 4I6MB 2E8AA 1KAYA 2YHXA 2E20A 3EO3A 3FZMA 3KZBA 4FWNA 3CJAA 4BRNA 4BG9A 2W41A 2Q2RA 1NGIA 4FSVA 3MN5A 5AQPA 3J8AA 3A5LC 2V52B 4BR4A 4BVOA 3VEOA 1SQKA 1XC3A 5BRFA 4BRQA 4H0VB 3HTVA 5JLHA 1NGCA 3AARA 3ZX3A 4C23A 1RFQA 3AAQA 2FF3B 2HMPA 4K42A 1YVNA 5BREA 2NRHA 5AQSA 4BRFA 3O1BA 4PL7A 3CI5A 4CZHA 1HLUA 2Q0UA 2V7ZA 1MDUB 2AA4A 2D4WA 3BEXA 4BVPA 3C7NA 3LM9A 2E1ZA 3HI0A 3D2FA 3HSCA 2BTFA 3CQXA 3LDPA 4PKGA 2P9KA 4BC2A 3O5BA 5EY4A 5AQRA 4KBOA 1K8KA 2Q1NA 2QM1A 1Z05A 3BUZB 3TU5A 4BQZA 4A2BA 1C0GA 2A6AA 4YDUC 2QWOA 5FPDA 2NZTA 2FSNA 2QWMA 3M1FA 3DXKB 1LOTB 4BR5A 1EQYA 3MCPA 4IZ9A 1J6ZA 2QWQA 2OANA 4JHDA 5AQWA 3FGUA 5AQUA 3DAWA 1GLDG 4H5VA 1BA0A 3VOVA 3H46O 1RDWX 3D2EA 4CZFA 3EZWA 1BA1A 1QQMA 3VGMA 3H1QA 4B1ZA 4E1JA 4WYBA 2IIRA 5AQKA 4DQ8A 4H5RA 4RTFD 4ISFA 4CZIA 5F1XA 3WEEB 4CZJA 2ZGYA 3FZHA 3LL3A 2QWRA 3VF2A 3W3DA 1BUPA 4GNIA 3TPQA 3VESA 1WOQA 1ATSA 5AZJB 1XUPO 4BRKA 3GOIA 3U4LA 1TYQA 3ID8A 3KHYA 1NMDA 3UKRA 4BR7A 4EAHD 2FSKA 2P9SB 2W40A 2V7YA 4XH4A 4JNEA 3SMPA 1DGKN 3ZX0A 2IVOA 4BRHA 3I8BA 1QQOA 4H5TA 2ZGZA 5F0XA 1HPMA 5AQIA 3DXMB 1HKBA 4IWVA 4B1WB 4FWOA 3H45C 3H3OB 3R8EA 2EWSA 2A41A 4H5WA 3CHWA 3WT0A 4CZKA 2FSJA 2ITMA 1HKGA 3QDKA 2QWPA 3L6QA 2A40A 5AQYA 1RGIA 3CERA 4CZGA 3VF4A 4BQLA 3SMSA 3C7NB 5BN8A 1BU6O 3D2FB 2VYPA 1NGJA 2P9KB 4H5NA 1ESVA 5AR0A 3IDHA 5AQOA 5F2RA 3SLCA 4A2AA 1K8KB 3O8MA 4B1YB 4MO5A 5BR9A 3IMXA 2V51B 3AAPA 1NM1A 2PAVA 4HWIA 3U8XA 3JXUA 3QFUA 3FR0A 1NGHA 1U2VA 3VF6A 1KAZA 5AQJA 3H6EA 5BRHA 1SAZA 1DEJA 4BC5A 1YXQA 4FPAA 3WXLA 4JD2A 4M63C 3VEXA 3WQTA 1X3MA 1NGEA 3A8YA 4CD3A 3VEWA 5EVZA 4JHDB 1QZ5A 3CJCA 2CGJA 4BRLA 4CZMA 5I9EB 3D2EB 5LJVA 1BOTO 1R59O 3O4WA 4WQ5A 2FF6A 3VGKA 5LY3A 2HOEA 3DWLA 3GG4A 3S41A 4BR0A 4BR2A 3IFRA 2GELA 4O8KA 3CQYA 4FL9A 2QWNA 5BPMA 3JS6A 1BO5O 1QZ6A 1TYQB 3MK6A 5KPTA 1BWFO 2ASMA 2ZWHA 3FZLA 3MDQA 2A5XA 4FWSA 2AP1A 4HTLA 1P8ZA 3VGLA 1GLAG 4FO0A 1HKCA 1Z6RA 2E2OA 4B1VA 2P9PA 3QB0A 4BRGA 1IG8A 5AFUA 1SZ2A 5BRDA 1OKJA 3WQUA 1NWKA 3GDQA 4K41A 4AM7A 4B1UB 5AQGA 2D0OA 4I6MA 4WQ4A 2IVNA 4H0TB 3WUHA 3HBTA 4CI6A 4FWQA 3LDQA 4JAXA 2P9UA 3B8AX 1MWKA 3U9ZA 4EIAA 3LDLA 3ATUA 1DKGD 1WUAA 3GE1A 5ADXA 3RSEB 4BRIA 5BPNA 5AQLA 4EHUA 1GLEG 4BRMA 5EXWA 3UKUA 4BRPA 1ZXOA 3VEZA 3ATVA 1T44A 1JCEA 4FOIA 2YHYA 5EX5A 5AQHA 2J4RA 3HZ6A 3P4IA 1XQSC 3FE1A 2HF4A 3FLCO 4QS8A 4FWPA 5AQXA 1HJOA 2E2PA 3SJHA 1KXPA 2IVPA 3I33A 1HX1A 1NLVA 1NGFA 4JD2B 4MLEA 3CJ9A 1U6ZA 3M3ZA 3MN6A 5ELZA 4H0PA 4RCHA 5KPRA 2E1YA 4RWTA 1T6CA 4FWKA 4NB4A 5AQNA 3DJCA 2P9LA 1GLBG 3UE5A 4CBUA 2CH5A 1NGGA 5AQMA 4BRCA 4FWRA 4CBWA 4EFHA 3MMVA 1D4XA 3D7EO 4H0XB 2P9NA 3R9PA 2WUSA 3A0IX 2QXLA 3BF3A 3FFKB 5AZIA 4CD1A 4XEIA 1E4FT 2GEMA 3O1WA 5AQFA 2VCPA 1C0FA 4AM6A 3CJ7A 4F9OA 2VWBA 1BG3A 2ZF5O 4IO8A 5CE3A 1BDGA 3KVGA 3H3NO 4BC3A 4DCHA 4L3QA 3R6MA 3QFPA 4K43A 3AY9A 2P9IA 2CH6A 4BRAA 2I7NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YI1A 1VSFA 3KWGA 4FLZA 4DTPA 2PY5A 2EX3A 3C94A 4WQ5C 4B1XB 1JJ2M 1TVRA 3VN5A 3JSMA 3LZIA 2UU9K 2UUBK 2GV9A 3CCQN 3VEVA 1ZBSA 1RDCA 1VSLA 4CBXA 1VQ9N 2UUCK 4AHSA 1NMNA 1VSJA 1NJYA 4OPJA 3SCXA 2ZQBA 2KZZA 4I2QA 4A61A 2KLAA 1KAXA 3DOKA 4E3SA 3DXMA 5CYMA 2ZJRL 1SL0A 1QTMA 1F21A 2YCHA 3K0SA 4DV1K 4FLWA 4PKIA 3BGRA 4HUGA 3HP6A 3QO9A 1Y64A 1SKWA 1EWRA 4K8ZA 3ULEA 1J54A 3SBGA 3OYKA 1G99A 2KTQA 3AO1A 3QNOA 1JLQA 4FK4A 1XMOK 1VSIA 5LJWA 3ULDA 4LF7K 5BN9A 3NVMA 5M1QA 2NRXA 2KFNA 1WSIA 1CZAN 3LAKA 3OYDA 4EZ6A 4BROA 2A42A 3ITHA 3LDNA 5KGWA 4ELVA 1EWQA 1VAZA 2Y1IA 5AZIB 4CJVA 4DB3A 4CEBA 4YDUA 1C1AA 4NCBA 3NGZA 3AVJA 4LD0A 1XI1A 4DSJA 1TK8A 4KKOA 1W2BM 1V4TA 3K58A 1TK0A 4J2EA 4Z4HA 3CIPA 1U2VB 3ZT0A 5DK5A 1RBRA 2FBTA 2UYTA 5KPZA 2D1KA 2KW4A 3VERA 1LWCA 5AQVA 2R7YA 3VQ4A 4ILGB 3OJUA 3ISNC 3JAMO 3ZETB 2HHXA 5KQ8A 1HUXA 4BRDA 1ZC6A 3O3FA 1JLBA 2VG6A 4RG8A 3L2WA 3EYZA 1NGDA 4JKGB 4IOXA 5C15A 4DV6K 1MA9B 4DR3K 1Q9YA 2NRTA 3DRSA 1EXQA 4KO0A 4CHQA 3AVCA 4O5FA 3CCSN 5JS1A 2HB5A 3SQ0A 2A3ZA 3OYIA 2GUPA 5HOOA 1X9MA 3UB5A 1ATRA 5KQDA 3KK2A 5AFUH 4DU3A 2Z1HA 3CETA 4LF9K 3K9KA 3TAFA 4B9QA 3R1XA 1YAGA 3E01A 4Q5VA 3MEEA 3NE6A 1ZBIA 2GX9A 4CFDA 4H0YB 5FPNA 3CM6A 1OVQA 4JS5A 5KI6A 1LCUA 2ASOA 2E8AA 1KAYA 3EO3A 2E20A 4X66K 2RHKA 3LP1A 5CYQA 4CJKA 2WC9A 3MN5A 2V52B 1BQMA 1SQKA 4DS5A 4O4GA 2KZMA 5BRFA 3TTDA 4BE0A 1REVA 3PO5A 5JLHA 1NGCA 1TAQA 1KQSM 3CPEA 5JVHL 1VQ6N 4PL7A 1WB9A 1HLUA 1WSJA 1MDUB 1R0AA 2OYQA 4FZZA 3C7NA 3D2FA 3LDPA 3CQXA 4BC2A 5EY4A 3WNFA 5AQRA 3TABA 1K8KA 3MXMA 4JI6K 3O3HA 1W97L 4A2BA 1EKEA 4CHNA 4DQPA 2FSNA 1VHXA 4TSXA 3MCPA 4IZ9A 1TL3A 2QWQA 4LH5A 4JHDA 4KV8A 5AQWA 3FGUA 5EU7A 3ZT3A 1I3AA 4H5VA 2G8IA 2E6MA 3OW2M 3NAEA 3D2EA 4M41A 3EZWA 1BA1A 1QQMA 3VGMA 4AHRA 4B1ZA 4E1JA 5J2PA 2Z1IA 4DQ8A 1NKBA 3CC2N 5F1XA 3MEGA 3SAHA 1J5EK 1HNXK 3LL3A 3W3DA 1BUPA 3TPQA 3VESA 3M8QA 2G8HA 2FBXA 4OKEA 1XUPO 3QERA 1D9FA 3GOIA 3U4LA 1SV5A 4DV5K 5MLCQ 1SKRA 2KFZA 3ASMA 4FJMA 4EAHD 2IS3A 3VA3A 2IVOA 3G10A 5M1PA 3S3MA 3I8BA 3PO4A 1K8AO 3V9WA 5F0XA 3DXMB 4B8AB 1BIZA 2UXBK 2A41A 4CZKA 2ITMA 1HKGA 5AQYA 5T7BA 1TKZA 2NUBA 2VYPA 2HW3A 3IDHA 4JK8A 4B1YB 5BR9A 2RE2A 4MO5A 4X62K 1KD1O 1OH7A 2V51B 3KD1E 1NM1A 2IGIA 3G4SN 1OVYA 5A2QO 4GV3A 4GKJK 4RW8A 5AQJA 3H6EA 3LPTA 2QK9A 4M63C 3G71N 4B08A 4OKJA 3J81O 5FDLA 4FLTA 4B8CA 5FROA 3R3LA 3CJCA 2VQEK 4HUEA 2BH1A 1CZ9A 3RMBA 5LJVA 4CJLA 2OA8A 4WQ5A 1VQ4N 1NG9A 1JLAA 2FF6A 3B6PA 1TV6A 3ZSOA 2NRRA 3J7YP 3PY8A 2A1SA 4FL9A 2VG5A 1HR0K 2YNGA 1Z26A 4I7FA 1BWFO 1C0MA 2ETJA 4FWSA 4DF4A 3NH1A 3MEDA 4E0DA 4FM2A 2D0BA 3OVNA 1Z6RA 4DFKA 4KHPK 4KRFA 1KFDA 5BRDA 4RW7A 4DTOA 1OKJA 2FBVA 4B1UB 1QQCA 3SUPA 3VQ5A 3OBWA 4GV6A 1K6YA 1JXBA 1HQEA 2HHVA 5ADXA 1Q8IA 1WUAA 2IAJA 4IFVA 3HL8A 5BPNA 3SPZA 4W5RA 3THXB 4M3WA 1GLEG 3OTOK 3V1RA 4AHTA 4DV3K 3ZT2A 4DQRA 3SUOA 5JS2A 4FOIA 2RPIA 1SKSA 4FJIA 3THWB 4IG0A 1XQSC 3L2RA 1JL1A 1HJOA 2E2PA 3DLRA 3SJHA 4JRPA 1HX1A 1KVCA 3CCRN 3LDSA 3I56N 3RTVA 4M3RA 3ZSXA 4RCHA 2QXFA 4KFBA 4CJRA 5FLXO 5KPRA 2E1YA 3TI0A 1T6CA 3AA4A 4NB4A 5AQNA 3SYZA 3U3YA 1NGGA 5AQMA 5HROA 1EO1A 4CBWA 4EFHA 1KLNA 5HRRA 1D4XA 3A0IX 4B9TA 4LF6K 4FK2A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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