4AHRA

Parallel screening of a low molecular weight compound library: do differences in methodology affect hit identification
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
155
structure length
153
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
publication title Parallel Screening of Low Molecular Weight Fragment Libraries: Do Differences in Methodology Affect Hit Identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 59
structure length 153
sequence length 155
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ahrA00
1YTUA 4CJLA 3QNNA 1KVAA 4RW4A 4CHOA 4PA1A 1RDBA 2PYJA 1RT6A 5JS1A 1TAQA 4KTQA 3K5LA 4DG1A 4W5NA 1WAFA 1DLOA 4CEZA 4CJ3A 3HPOA 2PY5A 3HJFA 4L8RB 4FLVA 1X9MA 3CFOA 3NF9A 3EZ5A 3B6PA 2A1RA 1SKRA 4CJPA 4B9LA 1DTTA 4DTSA 1BQNA 2HHXA 4KI4A 1RNHA 4Z4GA 4CF1A 4FJMA 1JXBA 1RT4A 5KRTA 4FLXA 3OJSA 4DLGA 2OA8A 5CYMA 4BDYA 3AVLA 1S1XA 5JS2A 4DF4A 3DRPA 4CEOA 1U4BA 4FJ7A 4FZYA 3AV9A 1C0TA 2Q3SA 4EP5A 2B6AA 4FJIA 2JLEA 3WNFA 4CFDA 5HRPA 4N56A 3OS2A 3KK2A 3D0PA 3DLBA 5FRNA 3SNNA 4CJKA 4W5RA 3NAEA 1TL1A 1CZ9A 1W9HA 3AVHA 3CYMA 3PX0A 1RT5A 1NK6A 3PO5A 3MXMA 1TK5A 3PX4A 1ITGA 1X9WA 3SPYA 5HRRA 4PWDA 2FBYA 1Z26A 2YNHA 3FFIA 1LV5A 4DF8A 1YTAA 4FZXC 5T7BA 2FBXA 4ZHRA 3NGIA 4HUFA 3AVNA 3SJJA 2HVHA 4DFMA 3C95A 4ELTA 4CJTA 3O4NA 4FW1A 2Y1IA 2E6LA 5J2MA 2BDPA 3L3VA 4PY5A 4ZTJA 1D9FA 1HPZA 4DU1A 4N76A 2HHUA 3OVNA 5EU7A 2D0BA 4CJ4A 1NK4A 5HBMA 1N6QA 3VQ6A 3RR7A 4OKKA 1NOYA 4BDPA 5C24A 4LH4A 4O0JA 4CCHA 1S5JA 3ZSOA 3RMBA 4DWIA 4DTOA 2P51A 4I7FA 4RW8A 2YNFA 3MXIA 1S6QA 4CECA 4M3ZA 1HQUA 1D8YA 1RDCA 2DFEA 1VSHA 1TAUA 4DSFA 2P5GA 4CEBA 3TAGA 3NF7A 3OYAA 4CESA 3MECA 4I2QA 4JLHA 3SCXA 1RBRA 3QNOA 1BI4B 3SUPA 4QCLA 5HRSA 3QETA 4KHUA 2DTUA 4OGCA 2XO7A 3P83D 1C1CA 2W42A 1XWLA 1WLJA 1RT2A 4CF0A 2Z1IA 4O4GA 4KRFA 1WSHA 3HPHA 4UQGA 3JYTA 1SL2A 4ID5A 2Z1JA 3L2RA 3DLHA 3K5OA 1J54A 1C0UA 2G8UA 1WSJA 5SWMA 1L5UA 1HNIA 3SPZA 3TAFA 3NF6A 5C42A 2HHQA 1U04A 3OYCA 1BHLA 3SV3A 1NK8A 1RDDA 3AVJA 3SQ0A 2Z1GA 3NH1A 3QEIA 1NJWA 1S9GA 3MAQA 4FCYA 2G8HA 2G8VA 1TGOA 1JLCA 2OZMA 4LH5A 2HNDA 4CERA 3KLGA 4M3YA 1FKPA 4AHUA 3LP1A 4CJEA 1JL1A 1NK9A 4IFYA 4NYNA 2X74A 1LAWA 4DQQA 1KLNA 3SZ2A 4PUOA 4FJHA 4F2SA 4C8MA 1ZBIA 4DS4A 2GUIA 2O4IA 3OYIA 4FJKA 1LWCA 2HHSA 3CFPA 3S9HA 2F96A 4E89A 2OPPA 3KJVA 4FJNA 1XI1A 1HYZA 4J2DA 4C8OA 1I3AA 4HVJA 3V9ZA 3DLRA 1KSPA 4IG3A 1HJRA 2R7YA 3VQPA 1IKVA 3SV4A 2VG6A 3SUNA 3AVMA 1JL2A 3KK3A 3H08A 4H4MA 3O3HA 4BE1A 1N5YA 1L3TA 3T1AA 5FRMA 3ZCMA 2E6MA 1IO2A 1QS4A 4DTXA 1TVRA 4CIEA 1IKYA 2LSNA 4CJSA 3HO1A 2WONA 3D45A 4R5PA 3T19A 4KTZA 4B9UA 4ELUA 5SZTA 4E7LA 3BGRA 4G1QA 3OYJA 1NKEA 4FVMA 3L2UA 1L3UA 1T05A 3CG7A 2HHWA 2QK9A 1K6YA 4CFAA 3PUFA 4MQ3A 2G8FA 1J9AA 3VQ4A 5J1EA 4JS4A 1Q9XA 3VQ5A 3LZJA 4ELVA 3QESA 4CK3A 3TAQA 4EZ9A 2XHBA 3SQ1A 3IAYA 1VSKA 5KGXA 3HYFA 4CJRA 1XC9A 1C0MA 2NUBA 1RILA 4E7KA 1RBUA 4DFJA 1NOZA 1QTMA 3QEXA 3HT3A 3AVBA 4KB1A 3MEGA 4PQUA 1LWEA 4K8XA 3VQCA 4CJ5A 3C94A 1B92A 1LWFA 1O1WA 4W5QA 4LSLA 2OYQA 4FYDA 2A1SA 4BWMA 4CEAA 3IRXA 4IKFA 2OZSA 4B9MA 3WNEA 3WNHA 2XY6A 4FK0A 2XY7A 1CXUA 2EX3A 3LP2A 4HUEA 1WNSA 2D5RA 4DFPA 2HVIA 3VN5A 4FXDA 4DQPA 3L8BA 3NH0A 4CEDA 4DQRA 2P5OA 3M8QA 2ETJA 2IDOA 4LD0A 3RMDA 3BDPA 2HHTA 3QIOA 2FBTA 4W5OA 1WAJA 1FXXA 2GBZA 2JGUA 3LPUA 3VQQA 4E19A 1RTDA 1TV6A 2Z1HA 2QKBA 3ZSRA 4CHPA 2XY5A 1RT7A 2Y1JA 2B4JA 3DI6A 2B5JA 1JLEA 1Y97A 3EY1A 1U47A 1JLBA 4DSLA 1XHZA 1WSIA 4N47A 1A5VA 5J2PA 3HVTA 2G8IA 1SKWA 3PO4A 2ZQBA 2HB5A 4O44A 5KRSA 3HK2A 1NK7A 4FJJA 1ZBFA 1Z25A 1QSSA 1JLQA 3KLHA 2HMIA 1ZYQA 4F2RA 2BGGA 2DFHA 3EYZA 2DY4A 1BCOA 4O55A 3SYZA 1KVBA 4CEQA 3RRGA 4Z4CA 1R0AA 4FM1A 2G8WA 4MFBA 1VSEA 4CHNA 4CHZA 3NCIA 3QEPA 4OVLA 1SKSA 5FROA 2PYLA 1GOCA 4B9SA 3AA5X 1SL0A 4KPYA 4AHRA 2YHBA 2YNIA 3HSTB 3VQEA 5HRNA 3HP9A 1HYSA 1RTJA 3VA3A 3SI6A 5I42A 3G0ZA 2P1JA 4CE9A 2ITGA 4E7HA 4HHTA 1EXQA 3L3UA 3OYLA 3U3YA 4IDKA 4ID1A 2VG5A 2F8SA 4FLTA 4F3OA 4KREA 3S3OA 3KK1A 1KRPA 2HNZA 2ZE2A 3KKRA 2VG7A 3HPGA 4FJGA 3E01A 3K5MA 4GVMA 4LY7A 1A5XA 1KTQA 4ZTFA 3PV8A 4Z4HA 4KV8A 3M8SA 4HTUA 1QE1A 4H4OA 4IBNA 4Q0BA 5E41A 4O5BA 4FLWA 1IKWA 4CGJA 1FK9A 1VSJA 1NJYA 3THVA 1TKZA 2RKIA 2XY8A 1BCMA 3NBPA 3ZT1A 1CZBA 1NK5A 4CGDA 1Q8IA 1REVA 1U49A 1JLAA 2YKNA 4AHTA 1X9SA 2AJQA 4CGIA 3L2WA 1RT1A 1VSMA 3VQ8A 3LDSA 1WSEA 4CGGA 4CK2A 1RTIA 3NGYA 4YFUA 4DFKA 4FJXA 3M8PA 3ZSZA 4B3OA 3TAMA 5DMRA 3AVAA 4KKOA 4DS5A 4B8CA 1C1BA 1MU2A 2BANA 3OYMA 4FLYA 1RBSA 1DTQA 4FM0A 1ZBUA 1TK0A 2HHVA 1LAVA 4DQSA 2IOCA 3P1GA 3CFRA 4FZZA 4CJFA 3TWHA 2KFZA 1WSGA 3CQ8A 1VRTA 1NK0A 1KFSA 3LANA 2KW4A 2YNGA 2VWJA 3TANA 2XRIA 4DSEA 1L3SA 3OYHA 1FKOA 5J2NA 5CZ2A 3QEVA 3OYEA 4I2PA 5DK5A 1KCFA 4CGFA 4O0IA 2IGIA 4FJLA 1T8EA 3DLGA 4C8LA 4F3TA 3RR8A 2IC3A 4B9VA 1F21A 3ZSWA 4OKJA 3ZSXA 1XHXA 3AO1A 3NDKA 4AH9A 4BE2A 3OS1A 3K5NA 1NJXA 2G8KA 2HW3A 3LAKA 3P5JA 4WE1A 2BE2A 3QLHA 3DOKA 3K57A 4M3UA 1HMVA 3A2FA 1JXEA 3DM2A 1SV5A 3ZSQA 3V9XA 1UA0A 4I9QA 3CM6A 4CFCA 1Q9YA 1RTHA 1WSFA 4RG8A 3OYFA 3QERA 1S1VA 2WOMA 3ZT3A 4DSKA 2F8TA 1VSDA 3ZT0A 3PX6A 4ICLA 4DTMA 1S1UA 5D3GA 4JS5A 1YVUA 2QXFA 3NF8A 5CZ1A 4E7IA 4Z4EA 4OLAA 3LALA 3LP3A 1ASWA 4OKEA 4FM2A 4CEFA 1J53A 2OPQA 2ATQA 4JRPA 4NCAA 4C8NA 3DMJA 3IS9A 3HM9A 1EKEA 1HRHA 4E3SA 3LZIA 4OLBA 2OPRA 2X78A 3OYDA 2O4GA 4CK1A 3I0RA 4BDZA 1VSLA 3K59A 3LWMA 2KZZA 2KZMA 2E4LA 4DMNA 3V9WA 3NHGA 2RF2A 1D9DA 3L2QA 3RRHA 5I3UA 1KVCA 2RPIA 1U48A 1J5OA 4QOZB 3NE6A 1ZBHA 1LW2A 1RBTA 3C6TA 1TL3A 5KI6A 1BIUA 3V1RA 3OY9A 4BACA 2RN2A 4KI6A 2IAJA 3DLEA 3OYGA 1D5AA 1EETA 1S1TA 1TK8A 3KLEA 1NKCA 4Q5VA 4F4KA 4M42A 3KKSA 3VQ7A 4N5SA 2YV0X 3K58A 3SQ4A 4DU3A 3V1QA 1S9EA 2X6NA 1HYVA 3MEEA 4CJUA 4EP4A 3NGZA 2PZSA 2D0CA 3AVIA 3VQDA 3T3FA 4CHQA 4DTNA 3AVFA 3AO2A 4Z4FA 3AVGA 4FLUA 1NJZA 4DQIA 3OS0A 1TKTA 3V1OA 2QKKA 4KHSA 4DSIA 1VSFA 2GV9A 4RW6A 4NCBA 3IG1A 4B08A 4JRQA 3TAPA 1TKXA 4KHWA 1QSLA 3DYAA 1I39A 4NYFA 4W5TA 3AA2A 3ZSVA 3K2PA 4NCGA 4CF8A 3OYNA 3UIQA 4H8KA 3TR8A 4CFBA 4DSJA 1GOBA 2HNYA 1UOCA 4EZ6A 3TARA 1ASVA 4GMJB 2FBVA 3KLIA 4CF9A 3C6UA 1S6PA 1BISA 3HL8A 1KLMA 1BIZA 1IKXA 4DLEA 4OPJA 1C1AA 2X6SA 3AO3A 4J2AA 3VQAA 3OYBA 4AHVA 3LWLA 5K14A 4TSXA 4E1MA 4DTJA 4K8ZA 3OYKA 4DTPA 1HQEA 4DTUA 1QQCA 5HROA 1T03A 3QIPA 1UA1A 4M3XA 1UAXA 3U3GA 3RMCA 3QO9A 3JSMA 4CGHA 1CLQA 3ALYA 4KHYA 3LPTA 1JLGA 3KTQA 4AHCA 3HP6A 4FJ5A 4E1NA 1W0HA 3LAMA 4QAGA 1HNVA 1VK0A 3V9SA 2D0AA 3KIOA 2EHGA 2FC0A 3MEDA 4B9NA 4E7JA 4F8RA 4CJWA 4CJVA 4B9TA 3TI0A 3ULDA 4DU4A 4RW9A 1JLFA 3MXJA 4OPKA 4I9LA 3O4QA 1G15A 3ITHA 5C25A 3HXMA 1VSIA 3LP0A 5HP1A 3SUOA 4BWJA 1EX4A 4KAZA 4KHQA 3I8DA 1RCHA 3I0SA 1ASUA 1VRUA 1RBVA 3AO5A 3DRRA 3AA4A 5CY4A 3V4IA 4HCCA 4CIFA 1YT3A 4FK2A 1X1PA 5J2QA 2KFNA 1A5WA 5FDLA 4CHYA 3ZT2A 5KGWA 4CIGA 3KLFA 4BE0A 1ZBLA 4Y1DA 3VQBA 5KTQA 2KTQA 1IH7A 1L3VA 1BQMA 3O3FA 3RWUA 3CM5A 4LSNA 4M41A 3VQ9A 3KD5E 3ISNC 4M3WA 3QINA 4KHNA 2YKMA 3TAEA 5HLFA 4C8KA 2YHAA 1S1WA 3KD1E 1IG9A 1TKDA 3WNGA 1CXQA 1BL3A 1GOAA 3AVKA 3G10A 3L2VA 3TABA 4YNQA 2KQ2A 3B6OA 3NH2A 1KFDA 3SUQA 2ZD1A 5CYQA 3DRSA 3M8RA 4CEEA 4M45A 4GW6A 3V6DA 4FJ9A 3V9UA 4CF2A 4OGEA 4Z4IA 4J2BA 3DOLA 1WN7A 3O3GA 4XIUA 2IS3A 4KTWA 3ASMA 3F9KA 3NFAA 3U6FA 4KB0A 3AVCA 1B9FA 3DLKA 4HCBA 4OJRA 3V81A 3AO4A 2I5JA 4CJQA 4M3TA 4IG0A 4FLZA 4FW2A 4FK4A 4B8AB 4E0DA 3RMAA 3SQ2A 1BGXT 4KFBA 1BI4A 4KO0A 1C6VA 1JKHA 1QHTA 3AA3A 3OJUA 1EP4A 1NKBA 3F73A 4N41A 1B9DA 3VA0A 1RDAA 4AILC 1LW0A 1RT3A 1UWBA 2OPSA 3QEWA 4AHSA 2VWKA 4RW7A 3S3MA 4J2EA 4DTRA 1SUQA 3HVRA 4HUGA 4FJ8A 3S3NA 1U45A 4IFVA 1SL1A 3PY8A 3ZSYA 1T7PA 3ZT4A 3RTVA 4Y1CA 1QSYA 2DFFA 4Z0UA 4M3RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4RW4A 5ADXA 4PA1A 4GVEA 5E26A 4W5NA 3CJAA 1NNEA 3U4LA 3HPOA 1OVQA 2PY5A 3HJFA 4L8RB 4FVUA 3CFOA 3NF9A 4X64K 3EZ5A 4DB3A 4KHPK 4KH6A 2ZJRL 1BQNA 5AZIA 4DTSA 1XUPO 4KI4A 4Z4GA 4CF1A 4FLXA 4DLGA 1S1XA 4FZYA 3AV9A 3THXB 2P9PB 2JLEA 3DWLA 5HRPA 2GTDA 5LY3A 5FRNA 1OH5A 4LFCK 3AVHA 1TK5A 1X9WA 2O8BB 3SPYA 1Z26A 4FSVA 3WXKA 2QW9A 5T7BA 2FBXA 3SJJA 1IBLK 3UKRA 3QICA 4JKGB 1D9FA 1HPZA 4DU1A 4N76A 2HHUA 4FOIA 1RFQA 2D0BA 3KZBA 3ZLJA 1HUXA 1NK4A 3VQ6A 4OKKA 4LH4A 4B1VA 4RW8A 4I7FA 2YNFA 1HQUA 1RDCA 2DFEA 4I6MA 2Q0UA 3TAGA 4CESA 1YF5L 3TSQA 1RBRA 1BI4B 5HRSA 4PL8A 3NMUA 3I33A 1XWLA 1WLJA 1RT2A 1RDWX 5FPEA 3VF6A 4KRFA 1ZC6A 3HPHA 3DLLL 4ID5A 1IBKK 5AQYA 2OTLN 4B1WB 1J54A 4WYBA 3FZHA 2G8UA 1L5UA 3TAFA 3NF6A 4B9QA 4CZFA 3NVMA 4NLBA 1BHLA 3SQ0A 3NH1A 3R9PA 1NJWA 4B9UA 3MAQA 3D7EO 4JI8K 1TGOA 1BA1A 2OZMA 3HOTA 3CCQN 2YHXA 4AHUA 2E2OA 1JCEA 4CJEA 1JL1A 4AM7A 3O4WA 2A41A 2X74A 4PUOA 3SZ2A 4FJHA 2GUIA 3M3ZA 4FJKA 1LWCA 3SAFA 4BC3A 3S9HA 2F96A 4E89A 1Z6RA 2CGJA 1HYZA 1XI1A 4C8OA 1NLVA 4JN4A 4A57A 4WQ4A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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