4AHRA

Parallel screening of a low molecular weight compound library: do differences in methodology affect hit identification
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
155
structure length
153
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel Screening of Low Molecular Weight Fragment Libraries: Do Differences in Methodology Affect Hit Identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 59
structure length 153
sequence length 155
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ahrA00
2FBYA 3AVCA 4C8OA 1HRHA 1VSKA 2A1SA 3LAMA 5T7BA 3SQ1A 4F2SA 1B92A 4FM1A 4N56A 5HLFA 3VQ9A 3V81A 1LAVA 4EP4A 1RT5A 4DS4A 3QEIA 2XO7A 3MEGA 3QIOA 3LWLA 1TK8A 2VG7A 4G1QA 3VQ7A 3LWMA 4CF8A 2HVHA 3KK2A 4CF1A 4BWMA 3I8DA 4FLYA 3QEPA 1I3AA 3HL8A 3C6UA 1XI1A 4KHNA 1BI4B 1NK6A 2GBZA 1VRUA 3V1QA 3TARA 2F8TA 1D5AA 2YHBA 3ZT1A 3P1GA 1T7PA 4M3TA 3T19A 4HUGA 1ZBLA 5C24A 2Z1JA 1C1CA 1NK8A 1QS4A 1Q9YA 4KTQA 5J2QA 2X74A 3V9UA 2WOMA 4FW1A 1A5XA 1YTAA 1LWFA 4Y1DA 4DG1A 3O4NA 2ZQBA 4BE2A 3HK2A 2XY7A 4HHTA 1NK7A 1FXXA 3C95A 4J2BA 3AVNA 1NOYA 3LP2A 4IG0A 1N5YA 4DTSA 4N76A 4AHVA 4DFKA 4FJ7A 3G0ZA 5CY4A 4DTJA 2GV9A 4FJ8A 4LSNA 1DTQA 3QO9A 5KRTA 1VRTA 1TKXA 3OS2A 3OY9A 5CYQA 3TANA 1KSPA 4CHNA 1XWLA 1XC9A 1LV5A 3H08A 2YNFA 3HJFA 4FLWA 3DRPA 3RMDA 1U48A 4B8CA 1J9AA 4CEOA 4E7KA 1T8EA 1RT7A 3KTQA 4E1NA 1TKZA 1EP4A 3NF7A 4H8KA 1ZYQA 3K5MA 4CFDA 4W5RA 4FLVA 2Z1HA 3AA3A 4AH9A 3NCIA 3VQAA 2R7YA 4M45A 2YKNA 4N41A 1ZBHA 4CJLA 3HXMA 3QETA 1U49A 1YTUA 1U04A 1UOCA 3ITHA 4CJ5A 4E7IA 4CJSA 3RR7A 3LP1A 1TKDA 2X6NA 1QQCA 2KW4A 4W5QA 3TAQA 4PY5A 2NUBA 3DLRA 1L5UA 4W5OA 3AVJA 1UWBA 1BIZA 1KFDA 3CFRA 4C8LA 4HVJA 3NBPA 4IFVA 1D9FA 4CEZA 4TSXA 1C0TA 4J2AA 3L2VA 1RBUA 2KFZA 1VSEA 1BQMA 3DRSA 4OKEA 4DTPA 1S6QA 3L8BA 1SKRA 2P5OA 1F21A 4MFBA 4Z4EA 4DTXA 3B6OA 4H4OA 1TL1A 4BE0A 3AVFA 3ZT0A 4OKKA 1IKYA 3V1OA 4C8MA 3VQQA 3ZCMA 3SPZA 1NK5A 2OZSA 4EP5A 4ELVA 4PWDA 3LANA 4CJTA 4DTOA 4F8RA 3MXMA 1RILA 3PX4A 3S3MA 1W0HA 1TGOA 3KD5E 4DSLA 2QKKA 2ZE2A 4W5TA 3AVKA 3M8SA 1RBVA 1ITGA 1RTJA 3S3NA 4OLAA 2OPQA 1YT3A 3DLEA 3VA0A 4HCCA 3HP6A 4B8AB 4CJKA 4NCBA 3NDKA 4CFAA 4DQSA 3TWHA 4DS5A 2HHXA 1B9FA 3EZ5A 1JL2A 3TABA 1NKEA 1VSJA 4E7JA 3KLIA 4LD0A 3ULDA 3LPUA 5E41A 1BL3A 4FJJA 5J2NA 3TR8A 4F4KA 3AO3A 3CM5A 4LSLA 5FROA 1HQEA 1TAQA 4I2PA 3VQPA 3SYZA 4IFYA 3CQ8A 2FBVA 2P1JA 3C94A 4CK2A 4HUEA 4HUFA 4OPJA 2G8UA 2BDPA 4DU4A 3V9XA 2O4IA 3HM9A 1SUQA 1C1AA 4CESA 4FJ5A 1S1WA 3SPYA 3ISNC 1MU2A 2X78A 3DRRA 1S1UA 3S3OA 4BWJA 4FVMA 2YNGA 4KHYA 4FYDA 1S6PA 4L8RB 2P51A 4OJRA 3OYIA 4Q0BA 3LALA 2G8WA 1J5OA 1BQNA 3WNHA 1FK9A 3A2FA 5J2PA 1WSGA 1VSIA 3QNNA 4CIEA 4FZZA 1A5VA 3G10A 4O44A 3WNFA 2IDOA 3MAQA 1QSSA 1JLAA 3JSMA 2XY8A 2DY4A 3EY1A 1RBRA 4CHQA 3ZSWA 4BDYA 4ICLA 4BDZA 5C42A 4CF9A 1RDAA 4NCAA 1C0UA 3BGRA 3SQ0A 5SWMA 1HYVA 2QK9A 1TVRA 4KTWA 4KPYA 4CJVA 4KHUA 4O5BA 1WNSA 3RMAA 1EETA 4ZTFA 2OPSA 1VSMA 4CCHA 4DTNA 5HBMA 2FBXA 1R0AA 3NFAA 4B9VA 1UAXA 2VG5A 4ID1A 4Z4FA 1IKXA 3D0PA 4FJLA 1J53A 4RW8A 2HHUA 5HRSA 1FKPA 1SKSA 1U47A 1JLFA 5JS2A 4O0JA 4QCLA 4CJPA 2ATQA 1S5JA 3CFPA 4E7HA 4PQUA 4CJFA 4JS4A 3LP3A 3SQ4A 4Z4GA 3ZT2A 3NF9A 4ELTA 4FZXC 3VQ6A 4AHCA 2XY5A 2ZD1A 4FZYA 5J1EA 2XY6A 2X6SA 3WNGA 3SQ2A 4E0DA 3RMBA 4AHTA 1KVBA 1JXEA 1KFSA 3V1RA 3NHGA 1VK0A 4DWIA 4O55A 3ZSOA 4Q5VA 3SUOA 2YKMA 1WSEA 4H4MA 5K14A 4KHSA 1RBSA 1C6VA 3MEDA 5C25A 1C0MA 2BE2A 3JYTA 4B9MA 5HP1A 3PUFA 3K59A 4B9SA 4C8KA 4DLEA 3QNOA 3TAFA 2IOCA 3RRHA 3SCXA 4M3UA 1JLEA 3NF8A 5KRSA 1JLQA 1JXBA 3LP0A 1U4BA 1RTHA 4ZHRA 2HHSA 2G8FA 4FJMA 4CHZA 1HNVA 2RN2A 4DTRA 3CFOA 4CF0A 3KK1A 3MECA 2G8VA 1UA0A 4R5PA 1RT1A 1WN7A 1KTQA 4CFBA 1NK4A 2OA8A 3PY8A 4KHQA 2RF2A 4DLGA 5FRNA 1JLCA 1HYSA 2B5JA 5CYMA 4B9NA 3HVRA 4FLZA 3PO5A 4IKFA 3DOKA 1JKHA 4AHSA 4OGEA 1CZ9A 2HNDA 2VWJA 3AVAA 3IS9A 4NYFA 1BI4A 1EXQA 4DFJA 2HVIA 4IG3A 4DQQA 4CEAA 4KI4A 2E4LA 3HO1A 1BCOA 1G15A 2YNHA 5SZTA 3SUNA 1NJZA 1GOCA 1KVAA 2FC0A 3K2PA 1NJXA 1LAWA 4OGCA 4FK2A 5FRMA 3SNNA 4JS5A 3LZIA 1ZBIA 2XRIA 3AA4A 4BE1A 1SKWA 4FJXA 2PZSA 4DF8A 2B4JA 2E6LA 3B6PA 2XHBA 4E89A 3ZSVA 1KCFA 3P5JA 3QIPA 3SZ2A 4DSFA 1JLGA 3HYFA 5CZ2A 3CG7A 4CFCA 4CGHA 3OYBA 5I3UA 1D8YA 3RWUA 1Y97A 2WONA 3OYDA 3QLHA 2EX3A 4GMJB 2P5GA 1ZBFA 4F2RA 3OJSA 3L3UA 4EZ9A 4DQPA 4CERA 1RT3A 4OKJA 3IG1A 3OYKA 4E7LA 1L3VA 1L3TA 3DYAA 4Z4HA 4FK4A 2DFEA 2E6MA 2FBTA 4KO0A 3TAMA 3AVIA 1RDCA 2JLEA 4KKOA 2KZMA 1ASWA 3DLBA 2D0BA 3U6FA 2HHQA 1RTDA 1QE1A 1TL3A 2HHTA 2KFNA 3ZT4A 1QHTA 1T03A 3SV4A 3V9SA 3IAYA 3L2QA 2I5JA 3VQ8A 3VQEA 1DLOA 4CEDA 4FM0A 3KKSA 5I42A 1L3SA 3DM2A 4QAGA 2Q3SA 2HB5A 3M8QA 1CXUA 2GUIA 1TV6A 4KTZA 4O0IA 3O3FA 1TK5A 1S1XA 1S9EA 4O4GA 4GVMA 3SUPA 3V6DA 2LSNA 3L2UA 3M8PA 4KHWA 1REVA 4Z0UA 4OVLA 3ZSQA 4B3OA 1KRPA 4DTMA 2HHWA 1B9DA 3NAEA 3SI6A 5DK5A 1NK9A 4CK1A 3ZSRA 2RPIA 2VWKA 4PA1A 4CEEA 4FJIA 1VSFA 4E3SA 1D9DA 4B9LA 3O4QA 1A5WA 1L3UA 1EX4A 1GOAA 1RBTA 3AVLA 3PX0A 4CJUA 4OPKA 1RT4A 4CHYA 1LWCA 3DOLA 4WE1A 2Y1JA 4RW9A 1IO2A 3O3GA 4PUOA 3QEWA 3C6TA 4BACA 3PO4A 4CGJA 3KLGA 3NGIA 3P83D 3F9KA 4IBNA 3EYZA 3KLHA 3OYNA 3DMJA 3M8RA 3V4IA 3KLEA 2AJQA 1O1WA 1RNHA 3VQDA 3AVHA 4CIGA 3OYJA 2G8HA 4FM2A 4I9QA 5DMRA 2A1RA 1IKVA 1HMVA 3KJVA 4F3OA 4J2DA 3MXIA 4CJ3A 3MEEA 1IKWA 2ITGA 4M41A 1HYZA 1VSDA 3AA5X 3CYMA 1HPZA 4HTUA 4YNQA 4FJGA 1SL0A 4CGFA 3L3VA 1NKCA 1NK0A 3WNEA 3AVGA 4DMNA 4FCYA 3THVA 3E01A 3AV9A 1X9MA 4M3XA 1S1VA 1SL2A 3TAEA 1NJWA 5HROA 3LPTA 5KTQA 1RDBA 3OS0A 1FKOA 3KLFA 4M42A 4F3TA 5HRRA 3K5NA 4LH5A 3T1AA 1NKBA 3D45A 1Z25A 4Y1CA 3U3YA 4CHPA 1X9SA 3VA3A 2O4GA 3KIOA 4DF4A 1IH7A 1ASVA 1XHXA 4BDPA 3LAKA 4CEFA 3HT3A 4W5NA 4KB1A 3VQBA 4CHOA 3DLGA 4FLTA 4FLUA 4K8XA 1QSLA 4CJ4A 3QERA 2HHVA 5D3GA 1LW2A 3DI6A 3UIQA 1T05A 4CIFA 3DLKA 3NF6A 1WAJA 4AILC 4JRQA 1GOBA 3PV8A 4AHUA 5J2MA 2D0CA 5FDLA 3I0SA 4DQIA 3AO4A 1KLNA 3ZSYA 4XIUA 4CJEA 1SV5A 1RDDA 3V9WA 1C1BA 1J54A 4IDKA 3RTVA 1W9HA 1I39A 3TI0A 3K58A 3NE6A 1ZBUA 3TAGA 4Z4CA 4FJHA 2HW3A 1RT2A 3OJUA 3VQ5A 2DFHA 4LH4A 1NOZA 4CECA 3SV3A 4M3ZA 1EKEA 1HJRA 3CM6A 3S9HA 4E1MA 4ID5A 1VSHA 3F73A 1BGXT 1N6QA 4OLBA 3OYFA 2G8IA 3KK3A 2OPRA 1IG9A 2VG6A 3KKRA 3TAPA 1Q9XA 2D0AA 3VQ4A 5CZ1A 5KGXA 4DFMA 3KD1E 2BGGA 1X9WA 3LDSA 4ZTJA 3QEXA 1QTMA 2DTUA 5JS1A 3ZSXA 1U45A 1WLJA 2DFFA 4DSJA 4NYNA 4E19A 2QKBA 4NCGA 4CGIA 2B6AA 1CLQA 3RR8A 1NJYA 3HP9A 4CEQA 2EHGA 3OYGA 3VQCA 4FW2A 4CE9A 3BDPA 4RG8A 2G8KA 3O3HA 2PYLA 4RW4A 3OYHA 3OS1A 4KREA 3HSTB 1BISA 1TK0A 1KVCA 1RCHA 4UQGA 4HCBA 1HQUA 3AO5A 3OYCA 1Q8IA 5HRPA 4KI6A 3PX6A 4FLXA 3L2WA 1TKTA 2PYJA 4N47A 2W42A 1X1PA 3HPHA 4CJQA 3QINA 4DSEA 1DTTA 1WSHA 2IGIA 3K5LA 4KB0A 5KI6A 4B9UA 1RTIA 4CGDA 3V9ZA 4I2QA 1RT6A 1JLBA 3IRXA 3K57A 3OYMA 4KFBA 3RMCA 1WSIA 4GW6A 3I0RA 4LY7A 3ZT3A 3NH0A 3L2RA 4ELUA 1ASUA 1Z26A 4RW7A 2HNYA 4DFPA 1S1TA 4CF2A 3VN5A 3OYEA 3AA2A 3NGZA 4I7FA 1WSJA 4CEBA 4CK3A 3HPOA 2PY5A 2YV0X 4M3WA 4C8NA 4DTUA 1S9GA 3SJJA 2KZZA 1VSLA 1BIUA 4I9LA 4YFUA 2F96A 3ASMA 4RW6A 4KAZA 2BANA 4CJWA 2Z1IA 3MXJA 4DSKA 4FK0A 4JRPA 1CXQA 4KRFA 3OVNA 4MQ3A 5EU7A 2Z1GA 3NH2A 2IC3A 1JL1A 2QXFA 3AO2A 4CGGA 2OYQA 3OYAA 4M3RA 1UA1A 3ALYA 3AVMA 4M3YA 3DLHA 2YNIA 2IS3A 4DSIA 4DU3A 3AVBA 1QSYA 4DQRA 3RRGA 3AO1A 3NGYA 4FJNA 4QOZB 2D5RA 1YVUA 3NH1A 2OPPA 1WAFA 1TAUA 2RKIA 4EZ6A 1K6YA 3FFIA 5HRNA 3OYLA 1LW0A 3ZSZA 4N5SA 2HMIA 2KQ2A 3QEVA 2Y1IA 4FJ9A 4Z4IA 4K8ZA 2ETJA 4CJRA 2HNZA 1LWEA 5KGWA 1XHZA 2IAJA 3HVTA 3QESA 3SUQA 1BHLA 1BCMA 4B9TA 3T3FA 2YHAA 4FXDA 1WSFA 2KTQA 1KLMA 3HPGA 4J2EA 4KV8A 1CZBA 4DU1A 2OZMA 4JLHA 1SL1A 4FJKA 4B08A 2F8SA 3K5OA 3U3GA 4AHRA 3LZJA 2JGUA 1HNIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2FBYA 3AVCA 4NXMK 5T7BA 1W97L 3I55N 3VQ9A 1RT5A 3OHRA 3LWLA 3A8YA 4CF8A 2HVHA 2WBNA 4BWMA 3I8DA 4FLYA 1WUAA 3EZWA 3T19A 4HUGA 3D7EO 1HNZK 2QXLA 1C1CA 1NK8A 1QS4A 4KTQA 3BZCA 5J2QA 2X74A 3ZETA 2Q2RA 4HHTA 4B3SK 1FXXA 4H0VB 3ZX3A 1WB9A 1Q86O 3FR0A 3LP2A 4IG0A 4GVEA 4DV4K 4N76A 4JK9A 4CZGA 4AHVA 1J6ZA 5CY4A 3CI5A 3OS2A 4OO1J 4X64K 1LV5A 3ATVA 2YNFA 3DRPA 1HKBA 4E7KA 1J9AA 1RT7A 5TKWA 1EP4A 3K5MA 5GAHP 1KAYA 2Z1HA 4AH9A 3NCIA 4CJLA 1Z05A 3J81O 1UOCA 4LF7K 5GAEP 1ESVA 4AM7A 2X6NA 1QQCA 2KW4A 4W5QA 4BC3A 1L5UA 3AVJA 1WBDA 4C8LA 4HVJA 4TSXA 1C0TA 1RBUA 2KFZA 3S41A 1VSEA 1BQMA 4Z4EA 1S6QA 4DV2K 4FPAA 5AQMA 3ZCMA 3V1OA 1NK5A 3SBGA 1BWFO 3S3MA 2GEMA 2AA4A 3TTDA 4BROA 5AZJB 3KD5E 3U8XA 4FWQA 4W5TA 3SMPA 4IO9L 5BRFA 1RBVA 1ITGA 2OPQA 4JI5K 3NDKA 4DQSA 3TWHA 1B9FA 5ADXH 5DM6L 3TABA 1N33K 1HKGA 4LD0A 3ULDA 1C0GA 1XMOK 4FJJA 1YITN 3U4LA 4F4KA 3AO3A 3CM5A 4GY2B 3VEOA 1HQEA 1VQLN 4I2PA 3SYZA 4IFYA 2FBVA 4DU4A 3V9XA 3O80A 3SPYA 3ISNC 3T1HK 4CZHA 2I7PA 4YDUA 4FVMA 2YNGA 3MN6A 3WNHA 4YOXA 4CVNE 1WSGA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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