5C2DA

K428a mutant gp2c of large terminase subunit from bacteriophage sf6 with calcium
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
241
structure length
227
Chain Sequence
MAIIKREWLEAATDAHKKLGWKAKGAVVSAHDPSDTGPDAKGYASRHGSVVKRIAEGLLMDINEGADWATSLAIEDGADHYLWDGDGVGAGLRRQTTEAFSGKKITATMFKGSESPFDEDAPYQRTIGDVFRNKRAQFYYALADRLYLTYRAVVHGEYADPDDMLSFDKEAIGEKMLEKLFAELTQIQRKFNNNGKLELMTAVEMKQKLGIPSPNLADALMMCMHCP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Metal binding protein
source organism Enterobacteria phage sf6
publication title Two distinct modes of metal ion binding in the nuclease active site of a viral DNA-packaging terminase: insight into the two-metal-ion catalytic mechanism.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Gene 2 protein
total genus 84
structure length 227
sequence length 241
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF17288 Terminase_3C Terminase RNAseH like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.240 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5c2dA00
5M1OA 3CPEA 4IDHA 4IEIA 5M1PA 3C6AA 5M1FA 5M1NA 4IEEA 5C12A 5C2FA 3C6HA 5C10A 5M1QA 5C2DA 4IFEA 5M1KA 5C15A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BRLA 1BUPA 2BDPA 3SUPA 1V4SA 1NK0A 3J81O 4J2BA 4EHUA 1BI4B 1GLDG 5KI6A 3OYJA 1BI4A 4CVNE 1QQMA 3NAEA 4DR3K 3SBTA 4FJGA 3OS2A 5LJVA 2YX6A 1QQOA 1TK0A 1VSIA 4FCYA 1Z6RA 4B9VA 3SJHA 4CIEA 2OYQA 3HP6A 1M90O 3QEPA 3VENA 3AO2A 1GLFO 3SAHA 2NRRA 3VOVA 3E01A 1VSKA 4N76A 1VQON 3S3OA 1X3NA 2NLXA 3FE1A 3O9SA 4H03B 4YHHK 3NBPA 1NK6A 5D3GA 4BWJA 4CK1A 3TPQA 4AHCA 3VEOA 3OYMA 3CCJN 3UIQA 1JLCA 2BE2A 2A40A 4J2AA 4IDHA 4PL8A 3J8AA 1XI1A 5AQMA 4KPYA 1BO5O 3K9KA 1SKSA 4C8NA 4DFKA 2Q2RA 1TUUA 4B9NA 2FLOA 3BF3A 2QKKA 3CCMN 5BR9A 3T1AA 4A5AA 1S9GA 3I55N 1SQKA 1HKCA 3IS9A 3AGRA 5KQDA 3EYZA 3F2KA 4CHPA 1DEJA 3J7YP 2OPPA 2YJFA 1RT6A 2YNGA 2OPQA 4W5OA 4L8RB 3AA2A 4NO7A 1VSDA 3DLRA 4CGHA 2QI2A 4GV9A 4HTUA 4CIFA 4PKHA 3QEIA 4CJKA 3LM2A 2QTDA 2YV0X 4DR5K 2AJQA 4AHUA 4HUEA 1YXQA 1W9HA 1C0TA 5CR4A 1RBRA 3VQDA 3J7ZO 3N4QA 3CMEN 3P5JA 3HSCA 2ZD1A 5CY4A 3HPGA 5AQUA 1XWLA 2B6AA 5AQNA 3VA3A 5AQXA 1GLEG 3FGUA 3ITHA 2ZF5O 4ISEA 4F3OA 2XY7A 1QSSA 4Z4IA 3ZX2A 5HRPA 4FJNA 3IMXA 4KTQA 3QFUA 4B9SA 2E8AA 3ALYA 4LH4A 4JD2A 1T44A 4DTOA 1U49A 1HRHA 1Q82O 1XNQK 1W2BM 1RTDA 2GX9A 3CCQN 2RE2A 3O4QA 3ENOA 4KBOA 3KKSA 2YJEA 4XIUA 4FK2A 4DQPA 5CZ2A 4I9LA 1VSLA 3AVJA 4M3UA 4GMJB 1RT4A 3LZJA 1P90A 4FZYA 3C95A 3O9TA 1N8RO 1HMVA 3OYEA 4DTSA 2P5OA 3V1RA 3CQYA 3TAEA 4JEPA 2VQFK 1YHQN 2Z1IA 3V81A 3QEWA 4I7FA 1QZ5A 4JRPA 1SL2A 4ISFA 5J2MA 3AO5A 5EU7A 5C42A 4C1NI 5IWAK 1BG3A 1WSEA 3R8EA 3QIOA 2Q0RA 4BRFA 5LJWA 4CF8A 4BDPA 3SNNA 2UUCK 4MDAA 3EL2A 1OVYA 3A2FA 1VQPN 2VGNA 3I0RA 3B6OA 3OHRA 2GELA 4YY3K 4MDBA 4DKWA 2WTUA 3OTOK 3ULDA 1SAZA 1D5AA 4CF1A 1NJXA 1KAXA 3F73A 3LWMA 3QDKA 3KK7A 1TV6A 3O1BA 4DTPA 1N5YA 3D6RA 3OYLA 4J2EA 4RW6A 2V52B 3UKRB 4GV3A 3C6HA 3AVHA 4GNIA 1NJIO 2QKBA 1KSPA 5GAGP 3UKRA 5FPEA 4CBWA 5KPTA 4DV2K 1DTQA 1MWKA 1NOZA 1TKTA 2YHXA 1IV0A 2I7PA 3O3HA 2HBLA 3VQ4A 1Q7YO 1Z26A 4H5VA 2OCEA 2QWOA 2HB5A 4FJ7A 2QXFA 1U4BA 4GVEA 4WCEL 3FFIA 3CF5L 2ZJQL 1LCUA 4I2QA 2VWJA 4E7JA 1MWMA 1GOBA 2D0CA 1L3TA 2ITMA 3DMJA 3O3FA 1UOCA 2DFEA 2P9UB 3C0BA 4CGIA 4OKKA 4DR2K 1ATSA 1KRPA 2P9UA 1OVQA 1NKCA 3TAMA 3OYIA 3K58A 3BZKA 3ZYYX 2Q97A 1BOTO 5EVZA 3N4PA 3VEYA 4MO5A 1RDAA 3CC7N 4CGJA 1WN7A 4BRIA 3KZBA 1EKEA 3A5NC 2DTUA 1RBVA 3SAFA 3TTCA 3SAGA 2AA4A 3VQEA 5IT9O 2Z1JA 2NRWA 1IBLK 4IOAL 4IFEA 3EE8A 2EX3A 2OTLN 2Q31A 4ELTA 3VEVA 5AQZA 1IH7A 4CJEA 1VQKN 1QE1A 1OH5A 2YHWA 5AQHA 3SV4A 5ADXH 5I42A 2NRVA 4NXMK 4IJNA 3DJCA 4JS5A 4FK4A 3HP9A 2BGGA 4JKDA 1T7PA 3HTVA 4RG8A 5F1XA 1X9WA 3EZWA 4A57A 1VSFA 3MN5A 3AA4A 1FKPA 5F0XA 2G8WA 3AVLA 4U67L 4NB4A 4KFBA 3FFKB 4YOWA 3H3OB 3ATVA 4JAXA 3SQ2A 4BRGA 2FBXA 3IG1A 3OYGA 4H8KA 2HHXA 1T03A 4RW4A 3IRXA 3CC2N 4E0DA 4I6MB 4A2AA 4JN4A 5AFUH 2FXUA 3DXMA 3H3NO 3NHGA 4YOTA 4CJWA 1BA1A 4M3TA 2W41A 3MCPA 2EWSA 1GOAA 1LWCA 2NRXA 4DTMA 3SQ1A 1BISA 2CGKA 2FC0A 3TSUA 3LALA 3ZSQA 1XMQK 4B9UA 2X6NA 3W0LA 1NLVA 3CCVN 2G8UA 4KTWA 4CJ7A 2VCPA 1N6QA 4FW2A 3TWHA 4CGDA 1IBMK 4B1UB 1S1XA 5KPRA 4CJVA 4H0YB 1CZAN 3PY8A 5C15A 4HVJA 3FZLA 1JXEA 4KTZA 4F9OA 2ZGZA 3AVGA 3D2EB 3U8XA 2B4JA 2PAVA 4BR9A 4J8FA 3DAWA 5HRSA 4CHQA 3D2EA 5JVHL 2X78A 2Q36A 4MQ3A 3HI0A 1TUYA 1HYZA 2F9TA 4B3MK 4LF4K 1HQEA 3LDLA 1NU0A 2XO7A 1KVAA 3KHYA 5HBMA 1ZYQA 3VEZA 4RWTA 3U6FA 2P9LA 4BC5A 2RF2A 1WSJA 3WNEA 1VHXA 3U9ZA 4IDKA 2HVIA 1XQSC 1JL2A 2UUBK 1ATRA 4LF9K 1Z25A 3RRGA 1S3XA 2ZGYA 4FWRA 4JLHA 3LP0A 4JHDB 3VEWA 4CZMA 5GINA 4DLEA 3O8MA 4E3SA 2G8VA 4CCHA 4JHDA 3CCUN 4YOXA 2VGMA 4O0JA 4O0IA 4DHYA 1REVA 5GADP 4CFCA 4BQLA 3VF6A 4M42A 1WSGA 2H3GX 4EIAA 3QICA 5FPNA 4CEEA 3LDSA 1B92A 3U9DA 1LWEA 3L2RA 4PKGA 1YI2N 1YVNA 2V7YA 4C8MA 1RT3A 3C94A 1ZBHA 2HF4A 3OYBA 3ZSWA 4JI1K 4CJLA 1A5VA 4AILC 3L2UA 4KH6A 1VSEA 5AFUA 5HROA 4Z4GA 3KD1E 3OS0A 4KHYA 4CI6A 4OLAA 5EOYA 1HNIA 3PLAA 3V1QA 4FWMA 1QVFM 2CGLA 4O8UA 1OH8A 1VSHA 4F2SA 5GAHP 4DTXA 3OY9A 4L3QA 2QWMA 3FR0A 4AM6A 3K5MA 5AQWA 2GUIA 3SUOA 2QK9A 1S72N 4DWIA 4IWVA 4DMNA 1FK9A 1HUXA 3AVBA 3CFPA 5LY3A 3C6TA 4IOXA 4DQ8A 4IXCA 4H5NA 3CJ1A 3MEGA 3PX6A 4FJJA 4WQ5A 4M45A 4BC4A 4B3OA 1T3VA 4ILHA 3NE6A 1XNRK 2A1SA 4DV1K 3CQXA 1ITGA 3ZSVA 4NYFA 2E2NA 2O8FB 1JCFA 5GAEP 3ATUA 5K14A 2XHBA 3KK2A 2O8FA 4ZTJA 4Q0BA 4FYDA 5B8HA 2HHHK 1DKGD 1HKBA 3HYFA 3AARA 4ILJA 3T69A 4BR7A 1S1VA 4A59A 4DTJA 4DV7K 3KTQA 3HOSA 1S1TA 4FWPA 4JI7K 4Z4FA 3UKUA 2A5XA 4OGEA 5M1NA 4F2RA 4DV4K 3TU5A 3QERA 3T19A 4JK7A 4NYNA 3FZKA 3LM9A 2X6SA 3RRHA 4DTUA 3MMVA 4CJ4A 4CEZA 1RNHA 3B6PA 3OYCA 2G8HA 2PY5A 3OYFA 1YTUA 2W42A 4CZFA 3G10A 1NKEA 4BVOA 1NM1A 5MLCQ 1IKYA 3HPHA 2P9PA 4FOEA 4DV5K 3H08A 4N47A 3THYB 3AO3A 1W7AA 5FRMA 3AAPA 1YT3A 4GW6A 3THYA 3O9RA 3ZT0A 4EP5A 2WONA 3P38A 1SS6A 4DU3A 1ASUA 2W6LA 4K41A 2F9WA 1JJ2M 4G9ZA 3WEEB 1H1VA 1W97L 4BR5A 3C6UA 4HWIA 3H6EA 2KZMA 4CERA 2ETJA 4Z4EA 3WEEA 1E4GT 2A6AA 4E19A 1VSJA 1N32K 3G0ZA 1RTHA 2OPRA 4DG1A 1X9JA 4KO0A 1K6YA 5KGWA 3RR8A 4YOUA 4X64K 4FPBA 3DRRA 3RMDA 1NGAA 5AZIA 4BR4A 3J7AP 1DTTA 1FW6A 4BGBA 3LPTA 3A5MC 3OA9A 3GL1A 3PIOL 1HJOA 3V1OA 1U2VB 3DRPA 3MN7A 3JAMO 3KWGA 3T7ZA 1RCHA 3TI0A 4BRPA 1U2VA 2FSJA 5SWMA 3A5OC 4KKOA 1JCGA 4DQRA 1N33K 3VGKA 4Z94A 3P39A 4BRQA 3THXA 2QXLA 4QS9A 4ICLA 1BA0A 4BG8A 4LD0A 3MXMA 4BROA 5LMNK 4CFBA 3CERA 3EO3A 3L4IA 1Q18A 2KLAA 5HRNA 1VQNN 2HHWA 4M3ZA 2NRHA 3B8AX 3O1WA 3VQQA 2IGIA 3D0PA 3BZCA 4NCAA 2O4GA 1LOTB 3GG4A 2O8DB 1NBWA 2IDOA 4C1NK 4CEFA 4CJ3A 2O8DA 1RDDA 1WSFA 5C0YA 3A8YA 4DQQA 3M8PA 5BRHA 3CD6N 3VESA 4B9QA 3DLBA 3WXMB 1RILA 4B1ZA 4PY5A 3ZSZA 3FZHA 3TAQA 4M3XA 5M1PA 3VTHA 3KD5E 1NK9A 4B1XB 3L6QA 3NH2A 2P9SB 4AHSA 3KK1A 3LP3A 1RTIA 2P9SA 5DM6L 4CF9A 4K43A 1IG8A 3CM6A 1VSMA 4CFDA 3P4IA 4H0OA 4LC9B 3LAMA 2XY6A 5AQYA 4FJLA 4X66K 5JLFA 3EY1A 4JI5K 1QSLA 4FLUA 1T6CA 1IO2A 4JD2B 3SMPA 3CC4N 1EX4A 4JYAK 3OBWA 3CCSN 2D4WA 4FLXA 1OH7A 3GE1A 3HOTA 3NGZA 3SQ4A 3DLGA 1KXPA 2KW4A 1C1AA 1S1WA 2VG5A 3VGLA 3TR8A 4FJIA 1QQCA 3L3UA 4AH9A 4IKFA 1KAZA 4DR4K 1A5WA 4CJFA 1U47A 4H0PA 4IO8A 4JV5K 4QAGA 3VERA 2OTJN 2FBVA 3LDOA 4FM2A 5FPDA 2FF3B 4BR2A 3QBXA 3MAQA 2KKZA 1RT2A 1JLGA 1ZXOA 4FWQA 4YNQA 4BRKA 3M6GA 5AQRA 3BP8A 2A3ZA 2QW9A 4CHOA 2OA8A 4KREA 3MEEA 3AY9A 3LAKA 4ID1A 2VWBA 1OH6A 1YTAA 1EWRA 2ASMA 3NMUA 2HNDA 4BRHA 3AA3A 4LF6K 4IOCL 3M5RA 3NVMA 3G4SN 3VMFB 4KI6A 3V9SA 1FXXA 4GY2B 4M3WA 1L5UA 4A62A 4K42A 3VN5A 1NK8A 4Y1CA 1I94K 4JI3K 1KVBA 5HRRA 1UAXA 3ZSYA 2IIRA 1C6VA 2D0OA 3WQTA 4CHZA 4B3TK 4FLZA 4H0XB 5FRNA 5JS1A 3WNHA 3PX4A 2YCHA 4YDUA 3HO1A 1HPZA 3RMCA 4CJTA 5JVGL 2V51B 3HZ6A 4RW7A 1NK5A 3S3MA 2IOCA 3LDNA 5CYMA 3QETA 4FJ5A 4FWLA 4XEIA 3SYZA 5KQ8A 4X62K 3K5LA 1ATNA 4JI0K 4DTRA 5FDLA 1TGOA 4WF9L 4LH5A 3AVMA 4JKCA 4RW8A 3O6WA 1SKRA 4DLGA 1KLMA 3PIPL 3M8QA 4R5PA 2OZMA 3THWA 3NFAA 5BREA 3T1HK 3CJCA 3OJSA 4H5RA 2ASOA 1WAFA 3V9XA 4JKHA 1BCOA 4BE2A 4DV6K 3ASMA 1JKHA 1ZC6A 4E7KA 3SPYA 3K2PA 5M1KA 4AHVA 1YVUA 3H45C 1T6DA 4CZGA 3TAFA 1ASVA 4H4OA 1JXBA 5GIOA 4DSIA 4BDYA 5BPNA 3NVKA 4CJPA 3WXLA 4ZTFA 3OJUA 2OPSA 1HYSA 3EN9A 3WNGA 4UY8O 1SZ2A 3DLEA 4WFAL 3R6MA 4WYBA 1NMDA 5DM7L 3HRGA 1XC9A 4A61A 3KK3A 2E1ZA 2RPIA 5AZJA 4DU4A 4FJMA 2GWKA 5EY4A 3MK6A 3CJ7A 1QSYA 3OYNA 3ZT4A 4FWKA 4FM0A 3DXMB 3AVCA 4DF8A 4EZ9A 4AHRA 4EP4A 3TABA 4GKJK 2JWLA 4M7XA 1U45A 2BH1A 3BEXA 1HNWK 1SL0A 2HHTA 5KPZA 3BF1A 5JICA 5C12A 4G1QA 3CXCM 1F21A 2XY8A 3KLIA 1ZBIA 4E7HA 2UU9K 3E9PA 3RR7A 1NGIA 4JS4A 4PWDA 5J2NA 3ID8A 1VK0A 5H1SQ 1KFSA 3GOIA 4AF1A 4Y0WA 3IAYA 2FSKA 4Z4HA 1N36K 1VRTA 1BL3A 4W5NA 4W5QA 3SUQA 1G15A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5M1O A;  3CPE A;  4IDH A;  4IEI A;  5M1P A;  3C6A A;  5M1F A;  5M1N A;  4IEE A;  5C12 A;  5C2F A;  3C6H A;  5C10 A;  5M1Q A;  5C2D A;  4IFE A;  5M1K A;  5C15 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4BRL A;  1BUP A;  2BDP A;  3SUP A;  1V4S A;  1NK0 A;  3J81 O;  4J2B A;  4EHU A;  1BI4 B;  1GLD G;  5KI6 A;  3OYJ A;  1BI4 A;  4CVN E;  1QQM A;  3NAE A;  4DR3 K;  3SBT A;  4FJG A;  3OS2 A;  5LJV A;  2YX6 A;  1QQO A;  1TK0 A;  1VSI A;  4FCY A;  1Z6R A;  4B9V A;  3SJH A;  4CIE A;  2OYQ A;  3HP6 A;  1M90 O;  3QEP A;  3VEN A;  3AO2 A;  1GLF O;  3SAH A;  2NRR A;  3VOV A;  3E01 A;  1VSK A;  4N76 A;  1VQO N;  3S3O A;  1X3N A;  2NLX A;  3FE1 A;  3O9S A;  4H03 B;  4YHH K;  3NBP A;  1NK6 A;  5D3G A;  4BWJ A;  4CK1 A;  3TPQ A;  4AHC A;  3VEO A;  3OYM A;  3CCJ N;  3UIQ A;  1JLC A;  2BE2 A;  2A40 A;  4J2A A;  4IDH A;  4PL8 A;  3J8A A;  1XI1 A;  5AQM A;  4KPY A;  1BO5 O;  3K9K A;  1SKS A;  4C8N A;  4DFK A;  2Q2R A;  1TUU A;  4B9N A;  2FLO A;  3BF3 A;  2QKK A;  3CCM N;  5BR9 A;  3T1A A;  4A5A A;  1S9G A;  3I55 N;  1SQK A;  1HKC A;  3IS9 A;  3AGR A;  5KQD A;  3EYZ A;  3F2K A;  4CHP A;  1DEJ A;  3J7Y P;  2OPP A;  2YJF A;  1RT6 A;  2YNG A;  2OPQ A;  4W5O A;  4L8R B;  3AA2 A;  4NO7 A;  1VSD A;  3DLR A;  4CGH A; 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 3R8E A;  3QIO A;  2Q0R A;  4BRF A;  5LJW A;  4CF8 A;  4BDP A;  3SNN A;  2UUC K;  4MDA A;  3EL2 A;  1OVY A;  3A2F A;  1VQP N;  2VGN A;  3I0R A;  3B6O A;  3OHR A;  2GEL A;  4YY3 K;  4MDB A;  4DKW A;  2WTU A;  3OTO K;  3ULD A;  1SAZ A;  1D5A A;  4CF1 A;  1NJX A;  1KAX A;  3F73 A;  3LWM A;  3QDK A;  3KK7 A;  1TV6 A;  3O1B A;  4DTP A;  1N5Y A;  3D6R A;  3OYL A;  4J2E A;  4RW6 A;  2V52 B;  3UKR B;  4GV3 A;  3C6H A;  3AVH A;  4GNI A;  1NJI O;  2QKB A;  1KSP A;  5GAG P;  3UKR A;  5FPE A;  4CBW A;  5KPT A;  4DV2 K;  1DTQ A;  1MWK A;  1NOZ A;  1TKT A;  2YHX A;  1IV0 A;  2I7P A;  3O3H A;  2HBL A;  3VQ4 A;  1Q7Y O;  1Z26 A;  4H5V A;  2OCE A;  2QWO A;  2HB5 A;  4FJ7 A;  2QXF A;  1U4B A;  4GVE A;  4WCE L;  3FFI A;  3CF5 L;  2ZJQ L;  1LCU A;  4I2Q A;  2VWJ A;  4E7J A;  1MWM A;  1GOB A;  2D0C A;  1L3T A;  2ITM A;  3DMJ A;  3O3F A;  1UOC A;  2DFE A;  2P9U B;  3C0B A;  4CGI A;  4OKK A;  4DR2 K;  1ATS A;  1KRP A;  2P9U A;  1OVQ A;  1NKC A;  3TAM A;  3OYI A;  3K58 A;  3BZK A;  3ZYY X;  2Q97 A;  1BOT O;  5EVZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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