3AVGA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avgA00
1RT7A 3ZSXA 3JSMA 2WOMA 2KQ2A 3DMJA 3AVHA 1WSEA 4KTWA 1YVUA 4KHQA 3HYFA 3HM9A 3VQ6A 4RG8A 3VA0A 3ITHA 4Y1DA 4CJWA 1RDAA 4DTSA 1BIZA 3DYAA 2F8SA 3ZSYA 4RW6A 4C8MA 4OPJA 3LPUA 3WNEA 3NH1A 2EX3A 3AVCA 1NK8A 1HQUA 5J1EA 4CK2A 3ZT2A 1L3VA 4KI4A 3F73A 2BE2A 3U6FA 1TKDA 3NF7A 3L2WA 1T7PA 4FK0A 3SCXA 2QKBA 4CERA 4PUOA 1IKYA 4DF8A 1VRUA 3OYCA 3NDKA 3AO1A 4OKJA 3KKSA 4M3YA 4QOZB 1EETA 1TL1A 2GBZA 4TSXA 4O44A 4FM2A 1NK9A 3RR8A 4FJIA 4DFMA 3QNNA 3PY8A 3HSTB 1U45A 3M8SA 4KHUA 3VQBA 4BE1A 3QERA 1NJZA 3NE6A 3LDSA 4M42A 1NKBA 3AVBA 3KIOA 3OJUA 3SQ1A 2DTUA 2FC0A 5KRTA 3TAFA 4ID5A 4CFBA 1DLOA 3WNFA 5T7BA 3SUQA 4E7IA 2ZQBA 4CHQA 3P1GA 5FROA 3V9ZA 4KAZA 1LWFA 2YNIA 5HRRA 2DFFA 4AHVA 3NCIA 4OKKA 1WSFA 4F2RA 4CHYA 1XC9A 4FJHA 1CLQA 3T19A 2Y1JA 4YFUA 4E0DA 3AVMA 5HRSA 3SJJA 1SKSA 1JKHA 3WNHA 3KKRA 3QETA 4Y1CA 1S5JA 4C8LA 4KV8A 4RW7A 1BCOA 3ZT0A 3L2VA 3AVKA 1HMVA 4HHTA 2G8HA 3G10A 4HCCA 1YT3A 3A2FA 3SPYA 4OGCA 4FJ7A 1QS4A 3DRRA 1B92A 1EP4A 1UOCA 3PO4A 3OJSA 1ZBHA 1WAFA 3DLKA 4DQPA 3OYBA 1RBRA 1UWBA 4CJEA 3V1QA 4E7HA 3MXIA 1BIUA 4CJRA 4DTPA 1IKWA 1ZYQA 4B9LA 3VQQA 1KSPA 1KFSA 2IDOA 4N5SA 2D5RA 3SV3A 4B9MA 4M3XA 1D9FA 3ZSOA 1RILA 1BQNA 1D8YA 4CIEA 1X1PA 3JYTA 2OPRA 3ASMA 4FXDA 4ZHRA 4AHUA 4DSJA 1UA0A 1K6YA 1VSEA 1BCMA 4BDYA 1X9SA 1KFDA 3ISNC 4B9TA 4DLGA 1F21A 3E01A 4LSLA 4HTUA 4RW9A 1RT5A 3SQ4A 4CHZA 2FBXA 3HVTA 1HYZA 1RDCA 3OVNA 2HB5A 2XY8A 1ASUA 4KHYA 4KRFA 4E7JA 1NK7A 1S1VA 3HO1A 2ZE2A 2X78A 4CJKA 1RBUA 1O1WA 2OPPA 3B6OA 3ZSWA 3C6UA 2PZSA 1UAXA 2FBTA 4CIFA 3RMAA 3TAQA 3DLEA 4W5QA 4HUEA 3KTQA 4FYDA 4J2BA 4CF8A 2HW3A 3HXMA 1QSYA 5KI6A 4AHSA 1A5VA 1BQMA 1HRHA 3O3GA 3OYDA 4FLXA 1ASVA 4KB0A 3QLHA 3MECA 4DF4A 2G8KA 2YNGA 4PWDA 1RT3A 1WAJA 1TKZA 3MXJA 2OPSA 4DLEA 1C1BA 1TK5A 4Z4GA 3VQ9A 5J2QA 4KREA 1Z26A 4AHCA 2RPIA 2YKMA 4FJJA 4DMNA 4IFYA 1JLAA 4IFVA 4FK4A 2Z1HA 2VWKA 5J2MA 3CFOA 4K8XA 5CZ2A 4DTJA 3DLGA 2JLEA 4KTQA 2BGGA 3UIQA 1J54A 3V4IA 3RWUA 1SL0A 1U04A 4CFDA 1L3TA 3P83D 3DLRA 4O55A 2KFZA 3L8BA 1WSIA 4HCBA 3VQ7A 2DY4A 5KTQA 1FKOA 1WSGA 3LWMA 3T3FA 1LAVA 2HHUA 4FM0A 5KGXA 4FZYA 5J2NA 5FRNA 4CEQA 4CK3A 1NK0A 3IRXA 2O4GA 5CYQA 3RRHA 1GOCA 2HMIA 1QQCA 5SZTA 4C8OA 4CK1A 1RDDA 2IGIA 1KVCA 4AH9A 1NOZA 5JS1A 5DK5A 3V9SA 4NCAA 4CFAA 4FLZA 4CEOA 2XY7A 3TAMA 4DQRA 3TABA 5CZ1A 1IO2A 1RBSA 2HHQA 4AHRA 3AO2A 2ZD1A 3NGYA 1RTIA 4H8KA 3OYFA 4E7LA 4KHWA 1HYSA 4B9NA 4OJRA 1QSSA 2HHTA 4CECA 1VSLA 1UA1A 1JLGA 4EZ9A 1LAWA 3TANA 3ZSRA 2VG5A 3HJFA 1CZ9A 1U49A 4EZ6A 4J2DA 4QCLA 3AVNA 2YKNA 4E1MA 4CJPA 1I39A 3AV9A 4KFBA 3NHGA 3SI6A 2WONA 1BI4B 1T8EA 1G15A 1S9GA 2YNFA 4B9VA 3V6DA 1VSMA 4JS4A 3KK1A 1NK4A 3CM5A 3VQ5A 4M3WA 3HPHA 4CJVA 5HRNA 1VRTA 4QAGA 4DQIA 3KLHA 2Z1IA 2R7YA 1RT6A 5C24A 1KRPA 3ZT1A 4F3OA 3U3GA 3CFRA 3QEIA 1XHXA 4CJTA 3TAEA 3K59A 2YHAA 1RT2A 2LSNA 4CGDA 3SPZA 1HYVA 2OPQA 4PA1A 4B08A 2DFEA 4CCHA 1Y97A 4G1QA 1C1AA 1C0UA 5JS2A 2D0CA 4EP5A 1DTQA 2OYQA 1S1XA 3IAYA 1U47A 4ELVA 1IKVA 3LPTA 2YHBA 2XHBA 5I42A 4E3SA 1VSDA 4MFBA 3DM2A 3WNGA 1KLNA 1VK0A 4CEZA 5EU7A 4WE1A 4BE2A 3MXMA 1JLBA 4FK2A 3AA4A 4KKOA 3ZT4A 4CF2A 4O4GA 5KGWA 4DSLA 3SZ2A 2X6NA 3ZT3A 2XY5A 2F8TA 5HP1A 5D3GA 3RTVA 3CFPA 4CJLA 2P5OA 3K57A 5DMRA 4LH4A 1TGOA 1LW0A 4Z0UA 2JGUA 4RW4A 2HVHA 4CEBA 1KVBA 2A1SA 4NYFA 3OYKA 3AVFA 4M45A 4OPKA 3QNOA 3LALA 3NF6A 2P1JA 4FVMA 4FJ5A 4FJ8A 4CGHA 2AJQA 1TAQA 2OA8A 2O4IA 1HNIA 4IG0A 4CGGA 3NH0A 3KD5E 3V9XA 1C1CA 2KW4A 4CJ3A 3K5LA 4F8RA 3HP9A 4BDPA 3DI6A 3LAKA 4M3TA 4E89A 4XIUA 2IS3A 1NOYA 4DSKA 4B9UA 3DOLA 3RMDA 4IDKA 1D5AA 4BACA 5J2PA 4FJ9A 3S3MA 3QIOA 3RMBA 4CF9A 1TL3A 3PUFA 3V1RA 4PY5A 1FXXA 5CY4A 4CJ5A 1JLEA 3KK3A 3K58A 4GVMA 1SV5A 1TV6A 3KLIA 4BWJA 4L8RB 4NCBA 4KHNA 3BGRA 2E4LA 4DTOA 1TKTA 2RN2A 4CHPA 3KD1E 3KLGA 3K2PA 4C8KA 4CEAA 1LWEA 4DSFA 3U3YA 1R0AA 1RT4A 3RR7A 1VSFA 2P51A 3EYZA 3K5NA 3PX0A 3LP1A 4CGIA 3KJVA 4W5NA 3LANA 1JLFA 2XO7A 1TK0A 2KZZA 4F4KA 4CESA 1EKEA 4LY7A 2ITGA 5K14A 3L2QA 4J2AA 2YV0X 2BDPA 3LP2A 3V1OA 3M8QA 3SV4A 1RBTA 2ATQA 2HNDA 3CG7A 4DTRA 5HLFA 1QTMA 4FJLA 4DS5A 1XWLA 1ZBLA 4IKFA 3SQ0A 3L3UA 4YNQA 2A1RA 2EHGA 3HK2A 4O0JA 2B6AA 1S6QA 1W9HA 2FBYA 4HUGA 1W0HA 3MEGA 1NK6A 1BHLA 2PY5A 3NAEA 3O3HA 4I9LA 1CZBA 4LH5A 3PX4A 3QEPA 3I0RA 4O0IA 1NJYA 4GW6A 3SYZA 5HBMA 2Y1IA 1KVAA 1C0TA 2QXFA 3OYMA 1CXQA 1VSIA 4DTNA 4M3UA 3NGIA 4DTMA 1S1UA 1RBVA 3DLBA 4B9SA 1QSLA 2HVIA 4LSNA 3P5JA 1REVA 3O4NA 4FZZA 4I2QA 4E19A 4N76A 3TI0A 1ASWA 3C95A 4FJMA 2HHXA 4FW2A 3HPGA 4AILC 1LV5A 1Z25A 4W5RA 4N56A 1JXBA 4ZTFA 4FZXC 4DU1A 4OVLA 4FJXA 1EXQA 3OYJA 4CJQA 5C42A 1HJRA 1NK5A 3VQCA 5KRSA 3DRPA 2HHWA 1HNVA 3V9WA 2D0AA 3CQ8A 3SQ2A 1JLCA 4Z4EA 1TAUA 1VSKA 4HVJA 2GUIA 3I8DA 3HL8A 3S3OA 4M3ZA 4Q0BA 2G8WA 4N47A 3B6PA 1RTHA 1Q8IA 3D45A 3ZSQA 5C25A 3HT3A 3L2RA 3RMCA 2G8FA 1LWCA 4H4MA 3VQ8A 3AVLA 4CGFA 4FLUA 1D9DA 2G8VA 1SL2A 1HQEA 4OLBA 1T03A 3OS0A 1XI1A 3C6TA 3T1AA 3K5MA 4GMJB 4RW8A 3PX6A 2IAJA 4HUFA 4CEFA 4FW1A 3LZJA 1WN7A 2QK9A 4B3OA 1KTQA 1S1TA 2ETJA 3LWLA 4OGEA 4DS4A 3QESA 2OZSA 1SUQA 2Q3SA 4BWMA 3VA3A 2YNHA 3SUOA 4JRQA 2PYJA 3AVIA 1ZBUA 1S1WA 2X74A 4N41A 3BDPA 4O5BA 3TARA 1C6VA 5SWMA 3ULDA 3LAMA 3VQPA 1EX4A 1FK9A 1ITGA 1B9FA 1WSJA 2I5JA 2G8UA 1SKWA 2B5JA 4CJSA 1SKRA 1N6QA 1TVRA 4DU3A 3M8PA 1RTJA 1U4BA 3AO3A 1JLQA 3FFIA 3HP6A 1JXEA 4I2PA 1ZBFA 4CIGA 1GOBA 2RKIA 3M8RA 4KHSA 3NH2A 1L5UA 4FJNA 1WLJA 1JL1A 5HRPA 3HVRA 1KLMA 2XRIA 1GOAA 2PYLA 2IOCA 3PO5A 4DSIA 1I3AA 3TAGA 3S9HA 3TAPA 4M3RA 1ZBIA 3AA5X 4UQGA 2FBVA 4CHNA 5I3UA 4F3TA 3RRGA 4CJ4A 1BL3A 3SUNA 4DFJA 3VQEA 1L3UA 1RT1A 4I7FA 1TKXA 4PQUA 4B8CA 3OY9A 4FJKA 2KZMA 4BDZA 3O4QA 1NKCA 4ELTA 4MQ3A 3AVJA 4KI6A 4Z4FA 2Z1JA 3L3VA 2E6MA 4CJFA 1BISA 1A5XA 4FCYA 1RCHA 4DFPA 3THVA 3H08A 3OYNA 4ZTJA 1TK8A 1VSHA 1J53A 3NF9A 3IS9A 1IH7A 3IG1A 4CEDA 3D0PA 2QKKA 3NBPA 4LD0A 3EZ5A 3VQ4A 3AVGA 3G0ZA 1X9MA 1L3SA 3AA3A 4ICLA 2W42A 1NJWA 5E41A 4F2SA 3L2UA 4Z4IA 2OZMA 1YTUA 3CYMA 2Z1GA 4K8ZA 2HHSA 5CYMA 3OYEA 3TR8A 3PV8A 2KFNA 4CEEA 3OYHA 2HNYA 3QIPA 4KPYA 3CM6A 3ZSZA 4Q5VA 1T05A 3DRSA 1RDBA 3ALYA 2VG7A 1XHZA 1HPZA 1CXUA 3OS1A 3VQDA 4CF1A 3OYGA 1S6PA 3O3FA 2D0BA 1KCFA 4FLYA 3NGZA 1BI4A 4H4OA 1VSJA 1NJXA 3AO5A 5FDLA 1RTDA 3MEEA 4NYNA 4KB1A 3AA2A 1JL2A 2VG6A 4DU4A 4J2EA 4Z4CA 1WNSA 1IKXA 4B8AB 3EY1A 1LW2A 2IC3A 1X9WA 4JRPA 3LP3A 4Z4HA 1QE1A 3C94A 4JLHA 4CHOA 4ELUA 1S9EA 3QEXA 3TWHA 4FJGA 2HNZA 2VWJA 3DOKA 4AHTA 1C0MA 4KO0A 4KTZA 4FLVA 4IG3A 2RF2A 4NCGA 1B9DA 3QINA 4EP4A 3KLFA 1DTTA 3QEWA 3VQAA 1QHTA 2F96A 4CF0A 3QO9A 5FRMA 2B4JA 2KTQA 4FM1A 3MAQA 4E7KA 3OYAA 4DG1A 3F9KA 3LP0A 1Q9XA 1J5OA 2BANA 4DWIA 4W5OA 1NKEA 1IG9A 3HPOA 3V81A 1J9AA 3AVAA 2GV9A 4M41A 1RNHA 4DQSA 2E6LA 3QEVA 4CGJA 3K5OA 2DFHA 3MEDA 4DTXA 3SUPA 2NUBA 4DFKA 1N5YA 2HHVA 1FKPA 1U48A 4R5PA 3AO4A 2P5GA 5HROA 3SNNA 3DLHA 4W5TA 4OLAA 4OKEA 4E1NA 3V9UA 4FLTA 3I0SA 3OS2A 1YTAA 4BE0A 3VN5A 3S3NA 1Q9YA 2G8IA 3NFAA 3ZSVA 4CJUA 4FLWA 1MU2A 3OYLA 3OYIA 4DTUA 3KLEA 4I9QA 3LZIA 1SL1A 4C8NA 1A5WA 1WSHA 2X6SA 4IBNA 4CFCA 3ZCMA 4DSEA 4ID1A 2XY6A 4JS5A 3NF8A 4CE9A 4DQQA 3KK2A 1BGXT
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2P9LB 1RT7A 2Q1NA 3EL2A 3WEEB 4DUZK 3OA9A 3JXUA 4FSVA 3C6AA 3AGRA 2GEMA 1RDAA 4BR0A 3VF6A 1Q18A 4RW6A 3WNEA 2E2PA 2VQEK 4CK2A 2BE2A 4JI4K 4GV9A 4FK0A 3SCXA 2HBJA 4H5NA 4BREA 4PUOA 3SBTA 3FZLA 3OYCA 4WF9L 2GBZA 4TSXA 3QDKA 1NK9A 3RR8A 1U45A 1D4XA 1NJZA 3NE6A 1NKBA 3OJUA 2DTUA 4ID5A 1DLOA 1I94K 3EZWA 3V9ZA 4AHVA 2FLOA 4OKKA 1WSFA 1XC9A 2Y1JA 4YFUA 3CC7N 1VHXA 3AVMA 5HRSA 1JKHA 4FPAA 4CJ7A 5AQSA 3QETA 2O8CB 3RSEB 4C8LA 3ZT0A 1ATRA 4HCCA 1YT3A 3A2FA 4BRKA 4OGCA 3EKSA 3AY9A 3DLLL 2YHWA 1ZBHA 3J7YP 1YVNA 3DLKA 5BRFA 1IV0A 4JEPA 3GBTA 4CJEA 3V1QA 1BIUA 3HBTA 1KSPA 4M3XA 2D5RA 3ZSOA 1RILA 1BQNA 5AQXA 4KH4A 2OTLN 2OPRA 2ASOA 4YOXA 1K6YA 1VSEA 4BDYA 1KFDA 1Q86O 1VQ7N 4CHZA 2W41A 2YCHA 3HVTA 1RDCA 4KRFA 2HB5A 3D7EO 5HL7L 2X78A 1O1WA 2OPPA 2IVPA 2PZSA 4CIFA 3RMAA 4CZKA 4W5QA 4HUEA 3F5TA 2PAVA 5KI6A 1HKBA 1A5VA 1HRHA 4AHSA 4BROA 1ASVA 5KQ8A 1Q82O 5AQQA 4B1ZA 1WAJA 3MXJA 1TKZA 4LF8K 2OPSA 3VQ9A 1Q81O 5J2QA 3G6EN 3FZHA 4KREA 4AHCA 2RPIA 1HUXA 1RDUA 4BG8A 1JLAA 3AARA 4IFVA 2Z1HA 4K8XA 5CZ2A 2JLEA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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