3AVGA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Integrase
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule tags Recombination/inhibitor
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avgA00
4CHYA 1RILA 3HPGA 3EZ5A 1Q9XA 2OPQA 3KKRA 4CF8A 3QETA 2KZMA 1ZBIA 3KLIA 2VG7A 1U45A 1BI4A 2YV0X 4DTSA 4EP5A 2BDPA 4PY5A 4J2DA 4BDYA 2D0BA 1ZBUA 2B4JA 3AV9A 3SUQA 3TWHA 3SCXA 4B9UA 1MU2A 4N76A 1KCFA 1SUQA 3LALA 5HP1A 4CE9A 4I7FA 3K59A 3MAQA 1XHXA 4IFYA 3NDKA 5C25A 1JXBA 4CEOA 3ZT1A 3TAGA 1ZBLA 2QKBA 1T8EA 3QERA 3AVFA 4CGJA 4FJMA 1C0TA 4K8XA 5CZ1A 3LP3A 4C8KA 4E0DA 1L3SA 1L3TA 1LAVA 2X6SA 2Q3SA 2PYJA 1S1VA 3D45A 3HVRA 2ETJA 3NH1A 3KK3A 4DSKA 2KFNA 4KREA 4OPJA 4M42A 4M3TA 1J53A 4FK0A 4HUGA 4CGIA 4DU1A 4Z4EA 2P51A 1S6QA 1I3AA 3C94A 1Y97A 4W5QA 4BWMA 1J9AA 5CYMA 4CFCA 1VSEA 4B8AB 4DU4A 3AVKA 5DK5A 3LANA 2XRIA 1A5XA 1CXUA 3O3GA 2LSNA 3HVTA 4O44A 4I2PA 4CK1A 3MEGA 2XY6A 1KSPA 3K5OA 3MXMA 4JLHA 4KI4A 2OYQA 1TK0A 1D9DA 2G8HA 4E7LA 3CG7A 4DQQA 2B5JA 1KTQA 3NGZA 4DTMA 4I9LA 1NK6A 3L3UA 3SPZA 2XHBA 3V1RA 2X74A 4KPYA 3KD5E 4QCLA 4LY7A 1RT5A 3TR8A 3NGIA 4FZXC 4M41A 3AO2A 1VSJA 1BIZA 4FLYA 3RMCA 3RWUA 3WNGA 3RTVA 3L2UA 4KHSA 4CEFA 4EZ6A 4N47A 3D0PA 3ULDA 1TGOA 3L2QA 2ZD1A 2ZQBA 2OZMA 1QQCA 3AVBA 4CEDA 1Q8IA 3IRXA 4CHOA 3IAYA 3K5MA 1QSSA 2RN2A 2F8SA 3L2VA 4FLUA 5D3GA 3B6OA 1RDBA 4B08A 3M8RA 3L2WA 2HHWA 4DTUA 1YT3A 1RBVA 5KGXA 4G1QA 3KD1E 4KB1A 3V9UA 4E1NA 1WSHA 3OS0A 3NCIA 4DS5A 2G8VA 2YNFA 3S3NA 3DOKA 4DG1A 3OYLA 3EYZA 3LDSA 4E3SA 1K6YA 5HRNA 4FJ8A 1JLCA 3NBPA 4ZHRA 4FJIA 1B9FA 2IC3A 1T7PA 1EETA 4L8RB 2FBVA 4FZZA 1TK8A 1T05A 1GOAA 1RTJA 2YKMA 4CK3A 3OYEA 1HNVA 4CFBA 1IKVA 1FK9A 1L5UA 4OLAA 5FRNA 4IDKA 1XC9A 5E41A 1LV5A 1JL2A 5I42A 4HCBA 1WSEA 3E01A 1CLQA 1N6QA 3OYAA 1RCHA 4NCGA 3TAPA 4KHQA 3ZT2A 4KAZA 4B9MA 4GW6A 3NH2A 4FXDA 4CJFA 3QLHA 3LP2A 4BDZA 1SKRA 4MFBA 4CEQA 4DQSA 4JS4A 4PQUA 4CJSA 4DLGA 4M3XA 3KK1A 3CFPA 2HHUA 1NJYA 3LAKA 5K14A 1TKZA 3VQ8A 2QXFA 1IKWA 3QIPA 4CJWA 4H4MA 3SQ1A 4DU3A 3V6DA 3KIOA 3SYZA 3V9XA 3RR7A 1WAJA 1NJWA 4CIEA 3K57A 4CJLA 5C42A 4CJRA 2FBXA 2IGIA 3SPYA 3SI6A 4KTZA 4CJTA 4FLXA 3ZSWA 1BIUA 4O55A 3L3VA 3SUNA 3ALYA 2DFEA 4KB0A 4FJHA 4KHWA 3C6UA 3OJUA 3HT3A 3L2RA 4HUFA 5KGWA 3PV8A 1SKSA 3V9ZA 3I8DA 2Y1IA 3ISNC 4KFBA 4CK2A 1FKPA 2DFHA 1DLOA 2ZE2A 1WSJA 5C24A 2XY8A 3AA4A 2EX3A 4DTOA 1RT4A 1HQUA 1RT3A 4KV8A 3BGRA 2BANA 4FJ9A 4FLVA 3VQ6A 2JLEA 3S9HA 4DTXA 4AHRA 4LH4A 4AHUA 3NAEA 1HMVA 4OKJA 4CJ3A 4Q5VA 1BCMA 4OKEA 4OVLA 4W5RA 3NE6A 3NH0A 1NOYA 2F96A 4K8ZA 3RMAA 3NGYA 3VQDA 4JRQA 3RRHA 3WNFA 4DFJA 3SUPA 2F8TA 3VQAA 4Z4GA 4ID5A 1C1AA 4IFVA 3AVNA 3ZSYA 3S3OA 4HCCA 4CGGA 4F8RA 3V1QA 1B9DA 2DTUA 3QEPA 3PX0A 2HNYA 2IAJA 1C6VA 3SQ0A 1ASWA 1HYVA 3JSMA 1RTHA 1JLBA 1TKXA 2E4LA 3DRSA 3O3HA 3LAMA 1VK0A 4IBNA 4F3TA 3PY8A 1DTQA 3AVGA 3DLEA 4FW1A 3HSTB 4LD0A 2D5RA 3ZT0A 1IH7A 3DRRA 1BHLA 3QIOA 3HJFA 4H4OA 3AVJA 3LPTA 4M3UA 2R7YA 3NF8A 4F2RA 2W42A 4FJNA 4Z4IA 4M3RA 4CJ5A 4CF0A 4F4KA 3A2FA 2DY4A 4PWDA 4DTRA 4Q0BA 3ZT4A 4AILC 1KRPA 2GUIA 2IS3A 4HHTA 4IG3A 1VSKA 5T7BA 2Z1JA 4FW2A 4LH5A 2KW4A 1G15A 2X78A 2Z1GA 3HPHA 1RTIA 2KTQA 3LZIA 1CZBA 4PA1A 3KLGA 1JLFA 1W0HA 2A1SA 3AVHA 4CJPA 4JRPA 1TKDA 1D8YA 1EXQA 2HMIA 2OPRA 4DQPA 1RT2A 3ZSQA 1TK5A 5FDLA 5DMRA 4FYDA 3KKSA 2KQ2A 1GOCA 3LP0A 1WLJA 1T03A 1NKEA 4GVMA 3TI0A 3TARA 1LW2A 3T19A 3HL8A 5KRSA 4BACA 1BQNA 3QEIA 1VSFA 3RMDA 4CJKA 4KHUA 4UQGA 4H8KA 3OYBA 4KO0A 3PX6A 4ICLA 1U47A 3SV3A 4DSIA 3CFRA 4OLBA 3CM6A 1WSIA 4RW9A 1WSFA 4DTNA 5I3UA 4KI6A 3AO1A 2GBZA 4I2QA 3DRPA 1DTTA 2A1RA 4J2EA 1UA1A 4FK2A 3KK2A 3PO4A 3ZSRA 2RPIA 2VG5A 2HNDA 1VSMA 4C8OA 3VA0A 1HYZA 3CFOA 3VQ5A 3VQBA 4CJVA 3RMBA 1FXXA 1ASUA 4CEBA 3I0SA 1WSGA 4AHCA 4HUEA 4I9QA 2VWKA 4KKOA 1KVBA 5KTQA 4YNQA 3KLHA 3M8SA 3T1AA 1HQEA 2VWJA 4CEZA 3OS1A 3RRGA 3V4IA 1VSIA 3ASMA 1GOBA 2OPPA 2VG6A 3MEEA 1HNIA 5J2MA 1A5WA 3OYGA 2E6LA 1KLNA 2YKNA 4Z4FA 3ZSVA 2KFZA 1S6PA 4W5NA 3IS9A 1LWCA 2WOMA 1QHTA 1NOZA 3TANA 5J2NA 4KTWA 2YNIA 1NK0A 2P5OA 3VA3A 3S3MA 3C95A 3QEVA 4CHZA 1SV5A 1U04A 3AO4A 5JS2A 2RKIA 3QEXA 2HW3A 4HVJA 2WONA 3B6PA 3K5LA 4DQRA 1WAFA 1VSLA 3AA3A 3QINA 2ATQA 4DQIA 3LP1A 1TV6A 4FLZA 4DF4A 4OGCA 3KLEA 3AVCA 3OYFA 5HRSA 4RW4A 5J2PA 3LWLA 4MQ3A 4EP4A 3TABA 1NK5A 3ZT3A 4EZ9A 3HPOA 1XHZA 3CYMA 4F2SA 4O5BA 4DSJA 1RDCA 4C8LA 1W9HA 4XIUA 5EU7A 1RDDA 3L8BA 3TAEA 1TVRA 4CESA 4FLWA 3LWMA 3AVMA 2E6MA 3HP6A 3OJSA 1RT1A 4NCAA 4DF8A 3VQ7A 4RG8A 4Z4CA 3SQ4A 1U49A 1RNHA 4BE0A 3NF7A 3P5JA 1S1WA 1FKOA 4FM2A 4RW7A 4ELVA 5JS1A 3P1GA 3PX4A 4NYNA 1BI4B 2G8UA 1X1PA 1KLMA 1IG9A 1B92A 4FJJA 3PUFA 5J1EA 1KFDA 2RF2A 4B8CA 3OYDA 1SL2A 3HK2A 2P1JA 3DLRA 4CJ4A 3DMJA 4DMNA 3KJVA 1LW0A 4DWIA 1S1TA 4AHVA 3HXMA 4WE1A 3FFIA 4BDPA 1NK4A 4KHNA 3VQPA 4ELTA 4E19A 3QEWA 3U6FA 3SJJA 4FK4A 3QNOA 4OJRA 3V9WA 5SWMA 3MECA 3AVLA 3OS2A 4W5TA 3OYNA 1JLEA 2OPSA 3DLHA 4CFAA 4B9LA 4FJKA 4Z0UA 4DFMA 4N41A 1ZBHA 2YNGA 3K58A 2G8FA 3NF6A 1ITGA 1VSHA 3VQCA 1YTUA 4N56A 2DFFA 1JLGA 1TL3A 3IG1A 4CJUA 3LZJA 1J5OA 4IG0A 4CFDA 2D0AA 1KVAA 4CJEA 4ID1A 5HRPA 2FBTA 4OPKA 3NHGA 4CHNA 1EP4A 4DFPA 3PO5A 1ASVA 1TAQA 4M3ZA 2HHQA 1O1WA 2HHVA 2HHTA 4GMJB 3NF9A 1EKEA 3ZSOA 3K5NA 1TKTA 1S1UA 3HP9A 3MEDA 1XWLA 3V9SA 4DFKA 1LWFA 1HPZA 3M8QA 1S5JA 4DS4A 3KTQA 5FRMA 4ZTFA 1Z25A 3M8PA 3MXIA 4FJGA 4TSXA 2I5JA 5KI6A 1YVUA 3SNNA 4FJXA 3JYTA 3OVNA 4E1MA 2O4IA 2G8WA 1QS4A 1RBUA 2HVHA 2YHBA 4CCHA 1JLAA 1ZYQA 4NCBA 1SKWA 4J2BA 1REVA 5CYQA 1L3UA 1KFSA 2G8IA 1QSLA 2QKKA 4DLEA 3ZCMA 2EHGA 3ZSZA 2HNZA 2XO7A 1Q9YA 4CIGA 4QOZB 2HHXA 4BE2A 2X6NA 4CF2A 3H08A 3OYIA 3SUOA 3UIQA 3OY9A 3OYCA 3HM9A 4KRFA 1D9FA 4YFUA 2P5GA 4CHQA 2Z1HA 4CHPA 4B9SA 4DTPA 1LWEA 1C1BA 3QO9A 4B9NA 4FCYA 1NK8A 5KRTA 2IOCA 3TAQA 4AHSA 3U3YA 3DM2A 4O0JA 4BE1A 2OZSA 4B9TA 4CGHA 3TAFA 3VN5A 3DLGA 3AO5A 3SZ2A 3K2PA 3O4NA 3V1OA 3RR8A 1CXQA 1SL1A 4E7JA 1RBSA 2JGUA 2Y1JA 4O4GA 4N5SA 3G10A 1BISA 1C0MA 1LAWA 4LSNA 5CZ2A 1JXEA 1RBTA 3CQ8A 4DSEA 1VSDA 1U48A 1N5YA 2O4GA 3DYAA 1CZ9A 4CGFA 3AO3A 4M45A 1IKXA 4DSFA 1NJZA 4B9VA 3AVAA 4CJQA 3C6TA 2AJQA 5J2QA 3HYFA 1BCOA 4BWJA 4LSLA 1TL1A 4NYFA 3I0RA 4C8MA 4CF9A 4E89A 1RDAA 1L3VA 1RT6A 2HVIA 4PUOA 4QAGA 1J54A 4M3WA 2BGGA 1YTAA 4OKKA 4CEEA 4Y1CA 2FBYA 1X9WA 3BDPA 3AA2A 1VRTA 2XY7A 2IDOA 4DTJA 3ITHA 1D5AA 1NJXA 1WNSA 3OYMA 4CGDA 1NKBA 3OYJA 1UA0A 2Z1IA 4KHYA 1RBRA 3DLBA 1U4BA 4RW8A 3DLKA 2OA8A 4FM1A 5HRRA 1S9EA 3F9KA 4RW6A 2FC0A 4CEAA 3OYKA 1WN7A 4ZTJA 4FJ7A 1BGXT 4OGEA 3KLFA 4E7KA 1NK9A 2D0CA 4O0IA 3TAMA 3QESA 4CECA 3HO1A 2ITGA 5HROA 1S1XA 4FM0A 3SQ2A 2QK9A 2HHSA 4CIFA 3EY1A 1C0UA 2XY5A 3WNEA 4R5PA 5SZTA 4F3OA 4IKFA 3THVA 2BE2A 1F21A 1JKHA 1UWBA 2B6AA 3P83D 5CY4A 1EX4A 2HB5A 3VQEA 3DOLA 5HLFA 4M3YA 3DI6A 4CERA 1NK7A 3SV4A 1NKCA 4DSLA 3OYHA 3VQ9A 4J2AA 3V81A 4CF1A 3QNNA 1XI1A 2KZZA 4Z4HA 1S9GA 3WNHA 1JL1A 2NUBA 1R0AA 3AA5X 5HBMA 4AH9A 4B3OA 2PYLA 1HYSA 4HTUA 4JS5A 4C8NA 1SL0A 2GV9A 1IO2A 1X9MA 3O3FA 4FLTA 1ZBFA 1Z26A 3LPUA 5FROA 3VQQA 2G8KA 2PZSA 4FJ5A 1HJRA 1C1CA 1UAXA 4FJLA 4KTQA 1VRUA 1I39A 1RT7A 4FVMA 3ZSXA 3F73A 3T3FA 3G0ZA 4AHTA 1BL3A 1JLQA 4E7HA 2PY5A 1KVCA 2YNHA 1X9SA 1QTMA 1UOCA 1QSYA 3VQ4A 3O4QA 2YHAA 3MXJA 3CM5A 3U3GA 1TAUA 3AVIA 3NFAA 1BQMA 1A5VA 4E7IA 4FZYA 4ELUA 1IKYA 1RTDA 1QE1A 1HRHA 4W5OA 4Y1DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CCSN 3HPGA 1Q9XA 2P9PB 2OPQA 3CXCM 4BRNA 1BUPA 3F9MA 3KLIA 1U45A 2YV0X 1VQNN 1ZBIA 4H5NA 3R3LA 4GNIA 4QS8A 2D0BA 1ZBUA 5AQVA 5HP1A 4IFYA 3NDKA 2A5XA 4IZ9A 4CEOA 3BZCA 1SZ2A 4CGJA 2D0OA 3LP3A 1L3TA 3E66A 2Q3SA 2E2QA 2HF3A 4FK0A 2RE2A 2P51A 3C94A 4BRLA 1Y97A 4JI0K 4B8AB 5MLCQ 3FZHA 2XRIA 4Y0WA 3O3GA 3HVTA 5AQHA 4O44A 2XY6A 4A61A 3K5OA 4JLHA 3CJAA 2GEMA 2P9SB 3A0IX 2G8HA 2F9WA 2UXCK 1WUAA 3SPZA 3C65A 3L6QA 2XHBA 2X74A 3WQTA 3NGIA 4FZXC 5BPMA 3AO2A 4OPAA 2P9UB 3RMCA 4FL9A 4CEFA 4IWVA 2ZD1A 2ZQBA 1QQCA 3IAYA 2RN2A 3L2VA 5D3GA 3IFRA 1QZ6A 4KB1A 3HBTA 3T69A 2HBKA 5KGXA 3KD1E 5AZJA 4E1NA 1WSHA 1JJ2M 3CCEN 3AARA 1MWKA 4DG1A 4E3SA 1K6YA 5HRNA 4B1YB 4PL8A 4ZHRA 2FBVA 1TK8A 5FPMA 3DXKA 1T05A 4CK3A 1VQKN 4BVOA 1IKVA 1L5UA 3MX5A 5AFUH 5FRNA 4IOCL 1LV5A 2OTLN 1WSEA 2A3ZA 4CVNE 1CLQA 1TYQA 2IIRA 4MO5A 4CJFA 3LP2A 5GAEP 1SKRA 4BRKA 5M1OA 4CJSA 3SMPA 3KK1A 3CFPA 1NJYA 3LAKA 1HKCA 3H1VX 1NJWA 1VQPN 4CJRA 5FLXO 3SPYA 3ZSWA 3C6UA 5M1PA 3PV8A 2Y1IA 4CK2A 1VQ6N 2ZE2A 4DTOA 1GLJO 1RT4A 1RT3A 3BGRA 4FJ9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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