4BREA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form ii (closed) in complex with transition state mimic adenosine 5'phosphovanadate
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
358
structure length
358
Chain Sequence
NPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
source organism Legionella pneumophila
molecule tags Hydrolase
total genus 118
structure length 358
sequence length 358
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4breA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4breA02
4L3QA 2P9PA 4BVOA 3A5LC 1BO5O 1BA1A 2E20A 2QWMA 4ISFA 2GEMA 5AQXA 1R59O 2QWLA 1S22A 3QBWA 4IXCA 1KAYA 3CQYA 4FWLA 5LJVA 3B8AX 1QZ6A 4H5RA 4B1VA 5JICA 3M6GA 4Z94A 3D2FB 4PL7A 5ADXH 2NRHA 2P9PB 3JXUA 2P9UA 4CZGA 3QB0A 3A5NC 4B1YB 4CZKA 4EIAA 4BR4A 4A61A 4BRQA 4FL9A 5BRFA 4BC3A 1KAZA 2P9UB 3JS6A 3C0BA 2QW9A 3BF1A 1DKGD 1DEJA 1ZC6A 4JHDA 1BUPA 4EFHA 3GG4A 3ATVA 3BF3A 1T6DA 1Z6RA 4XH1A 4BR9A 2ASOA 3QBXA 1NGBA 4C23A 4PKIA 5AQJA 1TUYA 1TYQA 2FF6A 3AAQA 4H0VB 3O5BA 4HTLA 4IJNA 4AM6A 4JHDB 3O6WA 3KVGA 2ASMA 4Y0WA 5F2RA 5AQGA 3AAPA 1MWKA 5KPZA 1P8ZA 4H0TB 4IZ9A 3OHRA 4WYBA 1NGCA 3BP8A 4FWRA 4F9OA 5AZJA 2W41A 5AFUA 2Q97A 3MN5A 3QDKA 3VGLA 1YVNA 4CBWA 5EXWA 3WEEA 3GDQA 3ZX3A 1BA0A 5AQRA 3L6QA 3H1QA 3CIPA 1XUPO 5AZJB 2FSNA 1NLVA 3CI5A 3VEZA 4BC4A 3WEEB 2A40A 1E4GT 3D2EA 1T6CA 3GBTA 2H3GX 4BR5A 3TU5A 3DWLA 4CBXA 2Q0RA 4NB4A 2IVPA 4CZLA 4MLHA 3BEXA 3O8MA 5CE3A 1X9JA 3VENA 3O1WA 3D2EB 3FLCO 2GELA 3LL3A 2GWKA 2Q0UA 4JN4A 3UKRA 3SLCA 1LOTB 4H5VA 2FSJA 3MDQA 1JCGA 3U4LA 2E8AA 4MLEA 1G99A 4B1ZA 3VOVA 3RSEA 3VEXA 3UE5A 4QS9A 5AQVA 3UKRB 3LDNA 3GOIA 3FZHA 1WUAA 2QM1A 3VPZA 4CBUA 3FGUA 1HKCA 4YDUA 3MCPA 3RSEB 5B8HA 1RGIA 2EWSA 2E88A 4CZHA 3ZEUA 2V7YA 3FZLA 1HX1A 4EAHD 3FZMA 2P9IA 4JAXA 3LDOA 1GLDG 3WUHA 4FWNA 4BR0A 2VWBA 3LDLA 4XH4A 4AM7A 1GLFO 2CH5A 5JMVA 4FWOA 3AY9A 5BN9A 4GNIA 2YJEA 3O80A 2J4RA 4FOIA 5AQSA 2PBDA 1SAZA 3ZEUB 3MN9A 2P9IB 1KAXA 3FFKB 4XEIA 5AQYA 2Q31A 5AZIA 5AFUH 1OKJA 1NGFA 5AQNA 1X3NA 2ZWHA 2E1YA 4H5TA 3ZETA 4CZFA 3EO3A 3WQUA 5EY4A 3I8BA 1RDWX 3ENOA 4BRAA 1GLCG 3U8XA 2D0OA 4IWVA 4PL8A 4B1XB 5BREA 3DAWA 5AQQA 1WOQA 3L0QA 4KBOA 4BC2A 4MO5A 3ENHA 5FPDA 2ASPA 5AZIB 3KZBA 3HZ6A 4CZEA 5AQKA 3ZETB 2P9LA 3W0LA 1Q18A 4CZMA 2YI1A 3WXLA 4PKHA 4FWPA 1YAGA 4ISGA 1EQYA 3CETA 3A5MC 4BGBA 1K8KA 1XQSC 2E2NA 2IIRA 1LCUA 2P9LB 2I7PA 3UKUA 4BRGA 5BPMA 5F1XA 1MDUB 2ZGZA 1QQNA 4B1UB 3CQXA 2BTFA 2HOEA 2NZTA 1GLJO 1NM1A 3C7NA 3CERA 3D7EO 1IG8A 3CJ9A 3O4WA 1K8KB 1TYQB 1IJJA 1X3MA 4FWQA 4HWIA 2I7NA 1GLLO 3UKUB 4CI6A 4LC9B 1S3XA 3ULEA 2HF3A 1YXQA 1BWFO 3C7NB 4M7XA 5JLFA 3H46O 5BRHA 4CZIA 3CHWA 2OANA 3M3ZA 3GE1A 2D1KA 2FSKA 4K25A 4RTFD 1NGJA 3ULEB 4DHYA 1U2VA 2P9NA 4K41A 1ATNA 2CH6A 2F9WA 1BU6O 1NGEA 3DJCA 3HTVA 4YDUC 3DXKA 4BG8A 4BRPA 2D0PA 5JLHA 2ZGYA 2YCHA 2AP1A 4BGAA 1U2VB 3ID8A 2P9NB 5KQDA 3O1BA 3WT0A 1ZBSA 1GLBG 4BREA 4K43A 1GLAG 3J8AA 4DB3A 2IVOA 4H0YB 1NGHA 3MN7A 1D4XA 4IJAA 3I33A 4WQ5A 3VF4A 2VCPA 1RFQA 3VESA 3VEOA 3AARA 3H3NO 1QHAA 5EVZA 3HSCA 2YJFA 2P9SA 1NWKA 4DCHA 2E2OA 2FF3B 3EKSA 3A0IX 3IUCA 2QWNA 3QFUA 5FPNA 1H1VA 3VEVA 4H5NA 2QWPA 3SJHA 2V52B 3U9ZA 4FPAA 2P9SB 4BRKA 1JCEA 5AQZA 3VETA 2NLXA 4JD2A 3IMXA 1JCFA 2D4WA 3EN9A 4CD3A 2CGLA 2A6AA 1NBWA 4BRNA 2QWRA 5TKYA 3WQTA 4BRCA 3EZWA 2F9TA 2ZF5O 4H03B 1HUXA 4M63C 5AQIA 4JD2B 4A62A 4BG9A 2BUPA 4A2BA 3U9DA 5AQTA 5AQHA 5BPLA 4EHUA 2QWQA 4PKGA 5EX5A 3VF2A 4FOEA 3WXJA 4I6MA 4CJ7A 1YUWA 1DGKN 3BUZB 3H45C 4WQ4A 5AQLA 1V4SA 2ITMA 4H0XB 3IDHA 3ZX2A 2HMPA 1Y64A 2E1ZA 3HM8A 4BROA 3HBTA 4QS8A 4I6MB 5E26A 3VERA 4ISEA 3VEYA 2GUPA 1NGDA 3LM9A 3G25A 1C0GA 4BVPA 4FPBA 1HPMA 3IFRA 4BRFA 1E4FT 5LJWA 4BRLA 1GLEG 4E1JA 2FXUA 1KXPA 1J6ZA 2YHXA 3F9MA 4B1WB 1ATSA 2GTDA 4FWMA 4BRHA 5FPMA 3QFPA 3EKUA 5KQ8A 3FE1A 4BR2A 2YHWA 3A5OC 5AQMA 1NMDA 2A5XA 4XH5A 3SMSA 4BC5A 4DQ8A 2E2QA 3CJ7A 3L4IA 4WQ5C 5E84A 5ELZA 4H0PA 4CD1A 5FPEA 4BRDA 1HJOA 3S41A 2E2PA 2Q36A 3CJCA 3MMVA 2FLOA 3DXMA 3H1VX 2V7ZA 5BPNA 2DPNA 3KHYA 3P4IA 3EL2A 2P9KA 3A8YA 2A42A 3FR0A 4B9QA 2CGJA 5AQFA 1NGGA 1U6ZA 2QXLA 5AR0A 3TPQA 1MWMA 4CZJA 2A41A 2UYTA 2CGKA 5I9EB 1V4TA 3DXMB 5ADXA 3R6MA 2WUSA 1ATRA 2P9KB 4BQLA 3VGMA 3R9PA 2YHYA 5AQOA 2V51B 3CJBA 3H3OB 3MN6A 1QQMA 4FO0A 4MO4A 4O5FA 1NGIA 3SK3A 2VYPA 1ZXOA 1NGAA 3DXKB 3SMPA 5AQPA 1MA9B 2AA4A 5F0XA 4BR7A 3LDPA 4H5WA 4BRIA 3GL1A 5LY3A 4QS7A 5KPRA 3UB5A 3HI0A 4GY2B 3ZX0A 3FZKA 3LM2A 3R8EA 3QMLA 4J8FA 4WQ4C 4EHTA 3ATUA 2QWOA 5EOYA 2GWJA 5AQWA 3FZFA 3M1FA 1TUUA 3LDQA 4M7YA 5AQUA 1CZAN 1HLUA 1SQKA 4H0OA 3MK6A 4JNEA 5BRDA 5BN8A 2A3ZA 4FSVA 3QICA 5KPTA 3CJ1A 4K42A 4RCHA 2PAVA 1C0FA 3H6EA 4NO7A 1QQOA 3CJAA 3WXKA 1BDGA 3VGKA 3O08A 1T44A 4O8KA 2KHOA 3W3DA 4A2AA 1SZ2A 4RWTA 2HF4A 1Z05A 2Q1NA 3VEWA 4FWSA 2Q2RA 4IO8A 1BG3A 1ESVA 1BOTO 2IVNA 1HKGA 1QZ5A 4BRMA 1XC3A 4BQZA 5BR9A 3WXIA 1HKBA 3VF6A 3D2FA 2W40A 4FWKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BVOA 4DUYK 3MEGA 2QWMA 2XY8A 1S22A 3TSPA 4KHUA 4IXCA 4CERA 4U7BA 5C15A 5LJVA 3B8AX 1QZ6A 1D9DA 3D2FB 4PL7A 4DF8A 1BQNA 3QLHA 3C6HA 3JXUA 3T3FA 3BGRA 3SNNA 1U47A 4ILGB 4YOYA 1QE1A 3CFOA 1Q7YO 5KTQA 3S3MA 3HJFA 3QEIA 4KV8A 3MXJA 4Z4CA 5BRFA 5C12A 1BI4A 3SCXA 2HBLA 4JK7A 1ITGA 3C0BA 4FK2A 4FJHA 3AVIA 2VQEK 3GG4A 3CCMN 3T1HK 4BR9A 1NGBA 1R0AA 1XWLA 2FF6A 1TYQA 4TSXA 4BWJA 1UA1A 3O5BA 3O9UA 3MXIA 4JHDB 2VGNA 4CJ4A 1RT1A 3ZSWA 5M1KA 1S72N 4DQIA 5AQGA 1NK5A 2PYJA 1MWKA 3O9QA 3RR7A 1P8ZA 4PWDA 4JEPA 1TAQA 4IEIA 4GVEA 3AVJA 4F9OA 3MECA 2Q97A 3MN5A 2EHGA 4FJIA 2X78A 3WEEA 3GDQA 4KHYA 1U49A 3THWA 3OYFA 3C94A 3QERA 5AZJB 2XY6A 1TL3A 1NLVA 3R1XA 1T3VA 1CZBA 1KTQA 4BC4A 4CHOA 4GMJB 1M1KO 2IC3A 2F4VK 5AJ3K 2H3GX 3TTCA 3ALYA 5HBMA 4I2PA 4CZLA 3OYMA 1RBTA 3O9SA 3BEXA 1OH8A 2HVHA 3O1WA 2R7YA 3QESA 3D2EB 3LL3A 4FYDA 1Z25A 2GBZA 4LH5A 4O4GA 4GV6A 4JN4A 3SLCA 1JCGA 1NOZA 2ZD1A 3CF5L 3RSEA 1RTDA 1HYZA 3VEXA 3AGKA 3UE5A 3K5MA 4QS9A 4BDPA 3CM5A 4DQQA 3HK2A 3P39A 1UA0A 1FKOA 3FGUA 1KD1O 1NJIO 1RGIA 4DSIA 2EWSA 2VG5A 1W0HA 2G8HA 1HX1A 4EAHD 1IKVA 3FZMA 3L2QA 1TK0A 3WUHA 4FWNA 4XH4A 4FWOA 2YJEA 5AQSA 2PBDA 4DV0K 1SAZA 1X9WA 4E7JA 4Q5VA 3ZEUB 3SZ2A 4OX9K 3KWIA 3MN9A 4DU4A 2P9IB 1YHQN 3PX0A 3EE9A 1OKJA 3VQ4A 3SUNA 4EZ6A 1X3NA 2E1YA 4H5TA 4CJWA 4YOUA 1Z26A 3EO3A 1KVCA 1RDWX 4QOZB 4BRAA 1GOAA 3NH1A 1TKZA 5AQQA 3L0QA 4CFCA 3SQ2A 3WXMB 4BC2A 5FPDA 3ENHA 1X9MA 4IEEA 4X66K 5GADP 3ZETB 1X1PA 4Q0BA 3WXLA 4O55A 3V6DA 4Z4GA 1EXQA 1N36K 1IV0A 4PHTX 3SBTA 3B6OA 5HRPA 4BRGA 4DTXA 4JI0K 1MDUB 3KLHA 3DYAA 1QQNA 3CQXA 2BTFA 2NZTA 3MEEA 1JL2A 3D7EO 4M41A 4FWQA 1TYQB 1IJJA 4EP4A 1RBVA 2I7NA 3DLGA 4OKKA 4MFBA 3CCLN 1C1CA 2HF3A 4PUOA 3C7NB 4DMNA 4HUGA 4DWIA 3OYBA 4FZYA 3H46O 5BRHA 3RMBA 2VWJA 3CHWA 3Q7CA 2OANA 3DLRA 4FLUA 3GE1A 1E3MA 3CMAN 2IOCA 2F9WA 1ASVA 3DJCA 2DFHA 3IAYA 2HBJA 4YORA 3PY8A 2ZGYA 2JLEA 2YCHA 4BGAA 1U2VB 3ID8A 2P9NB 2O8FB 3O1BA 4OGEA 1Q8IA 5A2QO 3J8AA 3LP1A 3THYA 4M3WA 4H0YB 1NGHA 4IG0A 3N4PA 1D4XA 3I33A 3AO5A 2JWLA 4CJTA 3ZSVA 4DTPA 4FLYA 2VCPA 1RFQA 5EVZA 4G1QA 2YJFA 4DCHA 4B08A 4CF8A 2ATQA 3VQ5A 1T03A 2YNFA 3VEVA 5C25A 3CC7N 4FJ7A 3KK1A 4DS4A 2VQFK 2P9SB 1M90O 4KHPK 3VETA 3G6EN 3CPEA 3DLEA 3PX4A 4HHTA 3KLGA 3G0ZA 4BRNA 3CPWM 2Y1JA 3EZWA 4UQGA 4CIEA 4JD2B 4CGHA 2E4LA 4A2BA 3QNOA 3L4QA 5BPLA 1TK8A 3K58A 4EHUA 1K73O 4CJSA 5IT9O 3WXJA 4I6MA 1RBRA 5HRRA 2FC0A 3BUZB 3EYZA 3ZX2A 1SV5A 2E1ZA 4BACA 3LZJA 4B3MK 1NJZA 4OGCA 4CJUA 4KH4A 4DR4K 4ISEA 2GUPA 3PUFA 1BGXT 4DF4A 1NGDA 4MDAA 3EZ5A 4HTUA 4KFBA 3NHGA 4PQUA 2O4GA 3KK3A 1LWEA 3DLHA 4LFCK 4DQRA 4N5SA 3PO5A 1KXPA 1QSLA 4B1WB 1TAUA 2AJQA 1HNIA 3VTIA 3J7AP 5HL7L 3V9ZA 4A5AA 2XRIA 4JKGA 3FE1A 4AHVA 2HHWA 2YHWA 3AO3A 3ZT0A 3WNHA 2A5XA 2O4IA 4BC5A 3CJ7A 3MWPA 5ELZA 1U45A 1B92A 4BRDA 3S41A 3CJCA 4HVJA 4M3RA 4CHQA 4YFUA 3LWMA 2UUBK 1VRTA 3PSFA 2EX3A 4E7HA 1BHLA 4B9QA 5AR0A 3F73A 4CZJA 1MWMA 4W5QA 2CGKA 3Q7BA 2KQ2A 5ADXA 4NXNK 5LMUK 3VQ7A 3U3YA 2WUSA 2X6SA 4CFBA 4DKWA 5BR8K 3RMCA 1REVA 4FO0A 3NVMA 1C0MA 1VQ5N 4KB1A 3SK3A 2VYPA 4CEZA 4B3OA 2AA4A 3AA3A 4CF1A 5F0XA 4LSLA 1HNXK 3CCJN 4QS7A 5KPRA 1YIJN 5C0YA 3UB5A 4F3TA 2YHAA 4J8FA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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