4BREA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form ii (closed) in complex with transition state mimic adenosine 5'phosphovanadate
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
358
structure length
358
Chain Sequence
NPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
source organism Legionella pneumophila
molecule tags Hydrolase
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
total genus 118
structure length 358
sequence length 358
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4breA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4breA02
3O08A 3VGMA 3SK3A 5AQVA 4M63C 2FLOA 3MN7A 2YHYA 2E8AA 1MDUB 2P9NA 2QWQA 3BP8A 4CZHA 5AQSA 1DKGD 4PKIA 1P8ZA 2Q0RA 2EWSA 3CJAA 4CZMA 3LM9A 4FWMA 5BPMA 2HF3A 5B8HA 5AZJA 2GWJA 3U8XA 5BPLA 1NM1A 4BRDA 3EKUA 4CZLA 1SAZA 3G25A 1RFQA 5AZJB 4BR2A 4CD3A 1KAZA 2YHXA 3MK6A 1QQNA 4AM7A 3FLCO 4MO4A 4H0PA 5AQYA 4H5VA 3A5NC 5FPNA 3ID8A 3IFRA 1Z6RA 3A5LC 3OHRA 3CJCA 2Q2RA 3J8AA 2IVOA 1YUWA 5AQJA 2FSKA 3LM2A 4WQ4C 1JCGA 3R9PA 2CGKA 4H0YB 3WXJA 2NRHA 3CETA 4BVOA 5AQMA 1TYQB 3GE1A 5LJVA 2VYPA 3WEEA 1R59O 3U9ZA 3AAPA 2D0PA 2NZTA 3UKRB 1ZBSA 4HWIA 2CGJA 3IMXA 1NGJA 1NGIA 1WUAA 3ZETB 5BREA 3WQTA 4FO0A 4JHDB 1IJJA 2P9UB 5AR0A 1NGHA 4ISEA 3MCPA 5AZIB 2PBDA 2E88A 1NGEA 3VOVA 4XEIA 5AQZA 1QHAA 1S22A 2UYTA 3VEXA 4H0VB 4MO5A 1GLEG 2P9LA 5F1XA 4BRIA 4LC9B 2NLXA 5KQDA 4BQZA 4CZKA 2CH6A 3WXLA 3H46O 4JAXA 3D2FA 2P9LB 3WXIA 5AQGA 1RGIA 1QZ6A 3IDHA 2A40A 1C0FA 1X9JA 4BC5A 3GBTA 4BRNA 4AM6A 1V4TA 3BEXA 5E84A 3AY9A 3CIPA 3EZWA 3D2EA 1GLBG 1X3NA 3DAWA 1QQOA 1NGCA 3VF6A 1Y64A 3ZX0A 3GL1A 3ZEUA 4RWTA 4EHTA 3KHYA 4BRHA 4CZGA 3UKUB 1XC3A 4JD2B 5KPZA 2YJEA 5LY3A 5AQNA 4JD2A 2ZGZA 3M3ZA 4MLHA 3UKUA 4IJNA 4H0OA 4B1VA 1MWMA 3HTVA 1E4FT 4K25A 3WEEB 5EVZA 2Q97A 5BN8A 3VETA 1NGAA 2A42A 1LCUA 3VENA 3WQUA 1XUPO 3DXMA 2E2PA 5JLHA 2IVNA 4FWLA 3CQYA 5ELZA 2ZGYA 2ASOA 5AQUA 2I7NA 3O1BA 4O5FA 4M7XA 4BR7A 1BWFO 5ADXH 4BRAA 3D2FB 4WQ5A 2P9PA 2W41A 4J8FA 5FPDA 2GWKA 2VWBA 3MN9A 4E1JA 1ATRA 4IXCA 1HPMA 1SZ2A 3LL3A 4BG8A 3M6GA 2P9SA 1ZXOA 3QB0A 3VEOA 4BC4A 3O8MA 2V51B 3VGKA 3QICA 5AFUA 1T44A 2P9IA 3I33A 5AQPA 4B1XB 4QS8A 3FZMA 4KBOA 1BDGA 4FWPA 5AQXA 4BRKA 4H5RA 4JHDA 2WUSA 5TKYA 1G99A 2E2QA 1HLUA 2Q36A 3ZX2A 4H0TB 3ZETA 1TUYA 2E20A 4WQ5C 5EXWA 3D2EB 1ATSA 5AQKA 2GTDA 4BRFA 4EAHD 1GLCG 3L6QA 1Q18A 4BGAA 4CI6A 3MMVA 2AP1A 4H0XB 1J6ZA 1HX1A 2ASMA 2F9TA 3RSEA 4QS7A 4BR4A 2QWPA 3EN9A 1U6ZA 3WUHA 2I7PA 1T6CA 3EKSA 2FF3B 2P9SB 2ZF5O 3W3DA 1GLAG 3EL2A 5F2RA 3QFUA 1CZAN 5ADXA 3H6EA 4B1YB 3LDQA 3BF3A 5EOYA 3L0QA 1TYQA 3WT0A 1NGFA 4HTLA 1BA1A 3FFKB 3FR0A 4CZEA 3VEWA 1JCEA 4H5NA 4A62A 3U9DA 5EX5A 3VESA 4FOIA 3R8EA 3HZ6A 3C7NB 3QBXA 2P9KA 2F9WA 3ENHA 3H1VX 1U2VA 1HJOA 3QMLA 3FZFA 2GUPA 4BRLA 4NO7A 2FF6A 4ISFA 2P9NB 4PKHA 1KAYA 4K42A 1SQKA 3A0IX 3A8YA 3DWLA 3WXKA 4FWSA 3CJ9A 4EIAA 5I9EB 1S3XA 1MWKA 4GNIA 2GELA 2P9KB 2QW9A 2FSNA 3VEVA 2E1ZA 5AQWA 3ATUA 5BRDA 1YXQA 1D4XA 1YAGA 1V4SA 3HM8A 5AQLA 4PL8A 1ATNA 3CHWA 3HI0A 4A61A 3QDKA 4M7YA 5AQQA 2DPNA 4B1WB 3A5MC 2Q1NA 2E2OA 1BG3A 2AA4A 5JICA 5AQRA 3O4WA 3DJCA 2V7ZA 3FZHA 3B8AX 5BPNA 3ZEUB 1DGKN 2IIRA 5FPMA 3C7NA 3VPZA 4BROA 4F9OA 2D0OA 4L3QA 4JN4A 3U4LA 4FWQA 3VEZA 4Y0WA 1X3MA 3CI5A 3F9MA 2CGLA 3MN6A 3CJ7A 3JXUA 2P9UA 1ZC6A 4NB4A 4IWVA 5AQIA 1K8KA 3VF4A 3FZLA 3CERA 1NBWA 2QWRA 3GDQA 2HOEA 1IG8A 4EHUA 3FE1A 3L4IA 4BRQA 2H3GX 3RSEB 4K41A 3H45C 3AAQA 4O8KA 3ZX3A 3ATVA 4BGBA 1DEJA 2YCHA 4BG9A 3O6WA 1JCFA 4IZ9A 3W0LA 1QQMA 3CQXA 2V7YA 2D1KA 3VF2A 3SMPA 2GEMA 2FXUA 4B9QA 4H5WA 4CZJA 3H1QA 2D4WA 3CJ1A 4I6MA 3VERA 1YVNA 2YI1A 4CD1A 2J4RA 2P9IB 2HF4A 4CBXA 3H3OB 3D7EO 3LDLA 3TPQA 4IJAA 3P4IA 1BUPA 2OANA 2PAVA 4A2AA 4DHYA 1XQSC 3DXMB 1WOQA 3GG4A 4PKGA 3SMSA 3HBTA 4PL7A 1MA9B 4BC2A 1HUXA 1K8KB 4FL9A 4QS9A 3MN5A 1KAXA 3UE5A 5AFUH 3SLCA 2A6AA 4Z94A 1OKJA 4CZFA 4C23A 3GOIA 3LDOA 4FPAA 1HKBA 3O80A 4B1UB 2KHOA 4FWKA 4H03B 1BU6O 2V52B 1U2VB 5AQFA 4K43A 1LOTB 3BF1A 1H1VA 2A5XA 2ITMA 4XH5A 5LJWA 5JLFA 3EO3A 4BC3A 5E26A 3VGLA 4XH1A 3BUZB 2YJFA 4FWOA 4BRCA 4DB3A 3TU5A 4H5TA 4FOEA 5JMVA 4BREA 1Z05A 1KXPA 1NGDA 4ISGA 4CZIA 3S41A 3DXKB 4FWRA 2QWNA 3SJHA 4WQ4A 3ULEA 2FSJA 1NGBA 2ZWHA 3FGUA 2Q0UA 4BR5A 4CBUA 1GLDG 1TUUA 1HKGA 4FPBA 4BRGA 2A3ZA 3O5BA 5BN9A 4A2BA 5F0XA 2IVPA 5BR9A 5BRFA 3UB5A 3VEYA 1NLVA 1NGGA 2E2NA 5KPRA 3A5OC 3C0BA 3I8BA 5CE3A 3LDNA 5KQ8A 2QWLA 3FZKA 4B1ZA 4BVPA 4YDUA 4EFHA 3IUCA 2W40A 1HKCA 2QWMA 3R6MA 4XH4A 2YHWA 1E4GT 2ASPA 3M1FA 1T6DA 3MDQA 5AQHA 1BO5O 1BOTO 2BUPA 5EY4A 5AZIA 1NWKA 3QBWA 4BR0A 2VCPA 4RCHA 4BRPA 3H3NO 3JS6A 4I6MB 4IO8A 5BRHA 1EQYA 1BA0A 4BRMA 3AARA 1C0GA 4DCHA 4FWNA 2Q31A 1GLJO 3KZBA 2HMPA 1QZ5A 3ULEB 4BQLA 4JNEA 2QWOA 2QM1A 3DXKA 4RTFD 2A41A 5AQOA 1GLFO 2P9PB 1GLLO 1ESVA 3ENOA 3CJBA 3UKRA 2QXLA 2BTFA 4CBWA 1RDWX 3QFPA 3KVGA 4DQ8A 4GY2B 5KPTA 3LDPA 4WYBA 4YDUC 4CJ7A 3HSCA 5FPEA 1NMDA 5AQTA 4FSVA 4MLEA 4BR9A 2CH5A 3O1WA 2E1YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XO7A 3VGMA 3SK3A 3HJFA 1RT6A 1HYZA 4M3ZA 3BP8A 5AQSA 1LAWA 3HXMA 1VSLA 4FWMA 3OYAA 1S1XA 5BPMA 2XY8A 2GWJA 3G10A 5BPLA 1NM1A 1ASVA 1SAZA 3S3NA 1KAZA 2YHXA 3CFOA 3ZT3A 4AM7A 3FLCO 4H0PA 1JLFA 3ID8A 5I3UA 1BL3A 4CJ4A 3A5LC 3ITHA 2Q2RA 3E66A 4DFKA 4U7BA 3AVFA 4PWDA 2FSKA 4WQ4C 1JCGA 2CGKA 1KFDA 1KC8O 1J5EK 3NF8A 2D5RA 2QI2A 1B9DA 4DTSA 2VG7A 1Z26A 3CETA 3UIQA 1K73O 2OPRA 3U3GA 5LL6Z 2VYPA 3RMAA 1BCOA 4FK4A 4JI8K 4JEPA 3U9ZA 2HHQA 2NZTA 2Z1JA 1TKXA 2CGJA 1YVUA 4FM0A 2UXDK 1WUAA 4OLBA 4O0IA 2GX9A 1W9HA 4FO0A 4LH4A 4JKEA 1IJJA 1BI4A 4JK8A 3MCPA 5AZIB 4W5NA 1TL3A 2PBDA 1DTQA 2E88A 4B08A 4JI7K 1WSEA 4FK0A 5FLXO 5AQZA 2F4VK 4H0VB 4MO5A 4NLBA 1UWBA 2P9LA 1K6YA 2NNWA 4BRIA 4LC9B 2NLXA 4DQRA 1TVRA 5TKWA 3D2FA 3WXIA 3IDHA 2A40A 3P38A 1C0FA 1X9JA 2A1SA 4JI2K 4BC5A 4DU3A 2ZJPL 4CGIA 3VQEA 4OKEA 4QOZB 2X74A 3CIPA 4B9NA 5C2FA 3ULDA 5FROA 3DAWA 1NGCA 4FW1A 3VF6A 3CMEN 3KD5E 4MFBA 4RWTA 4JKBA 4EHTA 4JI1K 4BRHA 4CZGA 3CPEA 3EEQA 5GINA 2BE2A 2ITGA 1D5AA 5SWMA 5C25A 1MWMA 3CM6A 1E4FT 3HTVA 1FKOA 3TSPA 5EVZA 4ID1A 3WEEB 4E7KA 2X78A 4FJ5A 3KLFA 3DXMA 1OVYA 4BY9C 4FWLA 4N56A 4FJJA 5ELZA 4DSJA 2ASOA 1HJRA 1HNWK 4JRQA 4M7XA 4DS4A 2HBLA 2B4JA 1YT3A 3P1GA 2QTDA 1BWFO 3OS2A 1JL2A 1XHXA 3D2FB 4WQ5A 2P9PA 2W41A 3B6OA 3T7ZA 5FPDA 2GWKA 2VWBA 3K5OA 4E1JA 1HPMA 5C15A 4BE1A 2DTUA 3J7ZO 1BIUA 4BG8A 3M6GA 2OZSA 2QKKA 1T05A 1HNZK 3VEOA 4BC4A 4FLYA 3SYZA 4KB0A 1T44A 3B6PA 2P9IA 2QXFA 1BHLA 1RT3A 3FZMA 4DSLA 4KTWA 1NJWA 3O9RA 3CMAN 3PY8A 4B8AB 3OYMA 1W97L 1EWRA 2E20A 1SKRA 5EXWA 4DQPA 5IT9O 4YFUA 1LAVA 2YKNA 3RMCA 4ZTJA 3K5MA 4JI4K 3KKSA 3L6QA 2PY5A 4E89A 1HX1A 4KH6A 3RSEA 3THVA 2I7PA 3OYLA 3HSTB 3MEDA 4GMJB 3W3DA 3J81O 3U3YA 3QFUA 1CZAN 5ADXA 4B1YB 5EOYA 1QSSA 3ZT1A 3SJJA 1NGFA 3FFKB 4CZEA 3SBGA 1EO1A 4A62A 3U9DA 4CFDA 4B3SK 4JV5K 4DLGA 3H1VX 4PHTX 1KD1O 4JKFA 4BRLA 4WFAL 4I9QA 1RT2A 1VQ5N 5CYMA 4ISFA 1YJNN 2P9NB 3PV8A 4J2AA 4DTOA 4YOVA 4HCCA 4FWSA 3WXMB 5GAEP 5I9EB 4FLTA 1IBMK 2E1ZA 3M8PA 1VSJA 4CGDA 3VTHA 3VQ9A 3LP1A 1YXQA 5BRDA 4X64K 1N8RO 4KHUA 1YAGA 3HL8A 3MAQA 1ATNA 1BGXT 3CHWA 4XIUA 4M7YA 5AQQA 3EZ5A 4B1WB 4JI5K 2E2OA 1WBDA 1L3SA 4R5PA 2VWKA 3CCUN 4CJWA 2Z1HA 1N6QA 3L2UA 5CHIA 3VQQA 1YHQN 3VPZA 4CERA 4AQYK 3F2KA 3DLKA 4A5AA 3VEZA 1N36K 2BGGA 2KZZA 4E19A 3C95A 5FRNA 3VF4A 1NBWA 4B8CA 3AAQA 3SCXA 3NVMA 4FK2A 3VQ5A 5HRPA 3ATVA 2O8DA 3QIPA 3ZSQA 5J2PA 1JCFA 3W0LA 3CQXA 2V7YA 3VF2A 4OX9K 3SMPA 2FXUA 3OYJA 1VSDA 1TAUA 3CJ1A 5C12A 4DV1K 4CHQA 3VQBA 1YVNA 4LF9K 4C8OA 2O8CA 2J4RA 2HF4A 3AO2A 3P4IA 1BUPA 2UU9K 2OANA 2PAVA 1WOQA 4CGFA 3SMSA 3CXCM 1HUXA 1Z25A 1O13A 5HL7L 4IEEA 3THWA 3SLCA 1L3VA 4LF4K 4OJRA 3QETA 3F73A 4FPAA 3O80A 4HHTA 4H03B 1C1AA 1JLQA 5JS2A 5GADP 3V9SA 3WNFA 1Q9XA 4CK3A 5LJWA 4JI0K 1JJ2M 1A5XA 3VGLA 4XH1A 1NU0A 2YNIA 2YJFA 3AA4A 4JK9A 3PSFA 4H5TA 5A2QO 5JMVA 3IS9A 1NGDA 4ISGA 4C8KA 2VGNA 4FWRA 3JSMA 3D6RA 1QVGM 4E0DA 1Q81O 1HR0K 4AHVA 3DMJA 1M1KO 1BIZA 1LWFA 4RW8A 1KLMA 4FPBA 5KI6A 1NJIO 3O5BA 5BN9A 3OY9A 1VQ6N 2FBTA 2KZMA 3CD6N 4F2RA 5CE3A 4O0JA 3C65A 4BVPA 1Q86O 1T7PA 2VQFK 2OCEA 3N4QA 1DTTA 2YHWA 4XH4A 4CEDA 4E1MA 3ZT0A 4Z4CA 3CFPA 1XHZA 4DV6K 3TAEA 1T6DA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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