4BREA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form ii (closed) in complex with transition state mimic adenosine 5'phosphovanadate
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
358
structure length
358
Chain Sequence
NPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Legionella pneumophila
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
total genus 118
structure length 358
sequence length 358
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4breA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4breA02
4JNEA 5AQRA 5FPDA 4A2AA 5EX5A 3VF4A 4BRMA 3WT0A 3M1FA 1BWFO 3C0BA 3QMLA 4B1XB 5JLHA 1GLFO 4BG8A 3ATVA 3EZWA 1K8KB 2E2OA 2QXLA 1ATRA 3MN7A 3UE5A 3WXKA 3U9ZA 1NGCA 3IDHA 3CJ9A 1SAZA 3ENOA 3RSEA 2W40A 4H0OA 4WQ4A 3DXMB 3UB5A 5LY3A 4YDUA 4GNIA 3GG4A 3SK3A 3C7NA 1X3NA 4FPBA 5JICA 5AQNA 1YAGA 5AQPA 1QQNA 3QB0A 4H0XB 5BN9A 3KHYA 3VENA 4K42A 1U6ZA 2QM1A 4LC9B 1LCUA 2Q1NA 1T6DA 3O4WA 3D2FA 3ENHA 4XH1A 2E1ZA 3EKUA 1G99A 2P9KA 3QBXA 2WUSA 2ZF5O 4EHUA 1HKBA 5AZJA 1KAYA 3QBWA 2J4RA 3O6WA 4BG9A 1GLDG 3QDKA 1ESVA 1KAZA 4EFHA 5AFUH 4RTFD 3R6MA 4BRIA 3L0QA 3G25A 3CERA 5EY4A 2FF3B 4K25A 1QZ5A 4PKGA 5CE3A 4BR0A 1Z05A 1BA1A 4WQ5C 2BUPA 2D4WA 2GEMA 2Q0RA 3VGMA 5BRFA 4Y0WA 2ZGYA 4EIAA 2OANA 2CH6A 4BRCA 4C23A 1BDGA 4JHDA 5F1XA 4BGBA 3CJAA 1P8ZA 3CJ1A 1YXQA 1GLLO 3LL3A 4A2BA 4B1VA 3CJBA 5E26A 4BC3A 2EWSA 3EKSA 2V7YA 1HX1A 4IWVA 3CQYA 4K41A 4M7YA 5FPMA 3ZEUA 4BC2A 2ASPA 2AP1A 2D0PA 4BRNA 5AFUA 2NRHA 2V52B 4H5RA 4I6MB 1H1VA 4PKIA 3VPZA 3JXUA 1EQYA 1S3XA 2BTFA 1T44A 3MN5A 3AAQA 3VOVA 4J8FA 3J8AA 5BREA 2QWPA 3H3OB 2PAVA 1TUYA 1GLBG 4KBOA 3CJCA 4DQ8A 3D7EO 1ZC6A 4BC5A 1BO5O 4MLEA 2P9LA 4BREA 5AQKA 3O80A 5AQLA 2PBDA 1BUPA 1HJOA 2CGLA 2NZTA 1GLCG 3CI5A 3RSEB 5JLFA 2E20A 3VEYA 1HLUA 3GDQA 5BR9A 3A8YA 3KZBA 1DKGD 3HM8A 5AQVA 4FWPA 5BPLA 3C7NB 4FWSA 2KHOA 3DXKA 2DPNA 5FPNA 4M7XA 4JN4A 2ZGZA 1CZAN 1U2VA 3IMXA 1IG8A 2P9SA 3WEEA 3D2FB 4BVOA 2P9KB 4GY2B 3H6EA 3FE1A 1NGJA 4H0PA 1GLEG 1GLJO 1NGHA 3MCPA 3MN9A 5AZJB 4YDUC 4BR4A 1QQOA 3BUZB 4BC4A 1E4GT 3IFRA 3MN6A 1NGBA 3EL2A 3O5BA 3ULEA 3AAPA 5AQOA 3FGUA 4B1ZA 3A5LC 4CI6A 4FSVA 5AQHA 2FSJA 4IO8A 4BRHA 2Q36A 1C0GA 4IJAA 4IXCA 1X3MA 5KPTA 3H1QA 4CD1A 3AY9A 2QWQA 5AQJA 2Q31A 4RCHA 3LDQA 3FZLA 5BPMA 4CZJA 4FL9A 2HMPA 4PL8A 4O5FA 1GLAG 2F9WA 3BP8A 4JHDB 5LJVA 4BGAA 2W41A 1ZBSA 3IUCA 3O8MA 1HKGA 4PKHA 3CJ7A 1XQSC 3VGLA 2V51B 4FOIA 5AQTA 5BPNA 3UKUA 2A5XA 4BR9A 3WXIA 2D1KA 3VEVA 3R8EA 3ZEUB 4FPAA 4QS7A 4MLHA 2A6AA 4BRFA 4B1WB 3WUHA 1E4FT 3ID8A 2I7PA 3DWLA 1NLVA 3VEZA 3FZMA 4ISFA 1KAXA 4CZIA 5AQZA 2D0OA 3W0LA 2E1YA 3UKRA 1QQMA 4CZFA 3GE1A 3VF2A 2IVPA 1TYQA 2CGJA 5AQMA 2IIRA 4AM7A 1WUAA 2P9LB 1KXPA 1YVNA 3DAWA 2FSKA 4FO0A 4H0YB 3I33A 4ISGA 1SQKA 4E1JA 4FWRA 1DGKN 3CQXA 4BQLA 4CZHA 5AQQA 3U8XA 1Y64A 2P9PA 3DXKB 3BF3A 2A41A 2QWRA 3JS6A 1BOTO 4CJ7A 3U9DA 2GWJA 4H0TB 2AA4A 3WQUA 1U2VB 4ISEA 3FFKB 2P9SB 3LDLA 3WEEB 2YHWA 4QS8A 4PL7A 2ZWHA 2Q97A 2P9NA 4HWIA 3LDNA 3VEOA 1YUWA 4AM6A 4DB3A 3M3ZA 3QFPA 4EHTA 2YI1A 3VGKA 3EN9A 3CETA 3R9PA 2IVNA 1MA9B 4BRDA 4BVPA 4JD2A 4MO5A 3ULEB 5KPZA 1J6ZA 4O8KA 1NGFA 4B1YB 3VERA 3O1BA 4H5VA 4BRAA 3SMSA 4BR5A 2HOEA 4H5NA 2ITMA 4F9OA 1RDWX 5FPEA 3SLCA 5AZIA 2FLOA 2NLXA 1HUXA 2FF6A 4BRKA 5KPRA 3TU5A 3MDQA 4BRQA 1HKCA 5BRHA 3HI0A 4WQ4C 2GUPA 1Z6RA 1JCFA 5AQUA 4BR2A 1R59O 4NB4A 3ZETA 4BRPA 1IJJA 1NGGA 3MMVA 3VESA 3UKUB 1DEJA 5JMVA 3VETA 1LOTB 2F9TA 3HZ6A 2E2QA 4FWQA 3I8BA 4FWMA 2E2PA 3LDOA 4IZ9A 3GL1A 3M6GA 3VEXA 2CH5A 1NBWA 2YJFA 3F9MA 2HF4A 5KQ8A 2IVOA 2QWNA 2I7NA 2ASMA 3UKRB 1T6CA 1JCGA 2P9IA 1C0FA 3ZX2A 1NMDA 3CHWA 3VF6A 3MK6A 1TYQB 5ELZA 3LM2A 5AQIA 3H3NO 3A5OC 4CZMA 3A0IX 3QFUA 4CZLA 4RWTA 3U4LA 1XC3A 1MDUB 2A42A 2A3ZA 3H46O 1NGEA 1QZ6A 3HTVA 5I9EB 1SZ2A 4H0VB 1TUUA 4Z94A 2P9UA 1QHAA 2YHXA 2VCPA 2P9PB 3H45C 3BF1A 2CGKA 3ZX3A 3L6QA 2H3GX 3O1WA 2HF3A 3H1VX 1D4XA 4CZGA 4FWKA 4NO7A 3D2EB 3EO3A 4A61A 2P9NB 3SJHA 2YHYA 2FXUA 3ATUA 3A5MC 5AR0A 2UYTA 1X9JA 4IJNA 4JAXA 4BROA 3L4IA 5BRDA 1BU6O 1K8KA 1NM1A 3FZFA 3FZKA 5TKYA 1ZXOA 1HPMA 1NWKA 4BRLA 1V4SA 3LDPA 4JD2B 1RGIA 5KQDA 4MO4A 3BEXA 2Q0UA 4DCHA 2YCHA 5AQXA 3DXMA 4DHYA 2GTDA 3AARA 4CZEA 3LM9A 1V4TA 5LJWA 2Q2RA 3FLCO 4BR7A 5BN8A 1XUPO 3SMPA 2QW9A 3TPQA 2E8AA 3OHRA 1WOQA 5AZIB 4BQZA 4CZKA 5AQYA 2YJEA 4FOEA 4XH5A 4WQ5A 1OKJA 2VWBA 3D2EA 2V7ZA 2QWOA 4QS9A 3S41A 5AQSA 1MWMA 2ASOA 1Q18A 1S22A 3ZETB 5ADXH 4CBUA 5E84A 4HTLA 3P4IA 4CBWA 5EXWA 2FSNA 5EVZA 1ATSA 4CBXA 4EAHD 3A5NC 4H5WA 4A62A 1NGIA 1BA0A 3WXJA 4FWLA 3FZHA 3B8AX 1ATNA 4H5TA 3O08A 3FR0A 1NGAA 2E88A 4M63C 1BG3A 3KVGA 3W3DA 3HSCA 3DJCA 2GWKA 2QWLA 2P9IB 2A40A 3QICA 2VYPA 3CIPA 4XH4A 3WXLA 4FWNA 3GBTA 5AQGA 1NGDA 2E2NA 2GELA 4H03B 3VEWA 4BRGA 4K43A 4XEIA 5F2RA 1RFQA 4B9QA 2QWMA 3ZX0A 5ADXA 2P9UB 5AQFA 3GOIA 4I6MA 4FWOA 4CD3A 5B8HA 5EOYA 4L3QA 5F0XA 3HBTA 5AQWA 1JCEA 3WQTA 4B1UB 1MWKA 4WYBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JNEA 5AQRA 4F8RA 4DTOA 3VQCA 2YNFA 3CM6A 4DV1K 1RDCA 3QESA 3VF4A 5GAEP 3WT0A 3K5NA 3S3MA 3LANA 1SKWA 2YKNA 3ATVA 1HNVA 3DM2A 2QXLA 3MN7A 3IDHA 3KJVA 2R7YA 4DF4A 5M1PA 2RN2A 2OZMA 3AGRA 3DXMB 3SAFA 5T7BA 4GNIA 1VSDA 5JICA 1NKBA 1X9MA 4DTPA 2YNIA 4CESA 4CEOA 4K42A 3UIQA 1LCUA 1T6DA 4IBNA 3ENHA 4FJ5A 4DSKA 2WUSA 2QXFA 2ZF5O 3J7YP 2YV0X 2OTLN 4FW2A 5AZJA 4FJNA 3SCXA 1ILYA 1GLDG 2VGMA 4RTFD 3L0QA 5EY4A 4K25A 1D8YA 4CHNA 4BR0A 1Z05A 1BA1A 4WQ5C 3ENBA 3VGMA 4BDYA 1T8EA 2HVHA 2ZGYA 4M3UA 4JKFA 4JK7A 4F3TA 4CJKA 1KSPA 1KLNA 1BISA 1VSJA 3E01A 4FW1A 4C23A 1TK5A 2G8UA 1BDGA 1VQON 3QETA 3QNNA 2G8HA 4FLXA 3CJBA 4CEDA 1JL2A 1VQNN 4BC3A 4GV3A 3K59A 3LDSA 1EP4A 4HHTA 2QKKA 3C65A 4M7YA 1HX1A 4BC2A 4BWMA 3ZYYX 5K14A 2NRHA 4YHHK 4I6MB 5H1SQ 4E3SA 1EETA 4WE1A 1EQYA 2IC3A 2BTFA 4CJUA 1T44A 4B08A 5HRSA 5SZTA 4BDZA 3H3OB 1TKXA 3IS9A 1TL1A 1GLBG 5GADP 3KWGA 1ZC6A 3AVKA 2HHXA 3WNGA 3AVGA 5AQLA 1JXEA 1GLCG 3BY5A 3VN5A 3AVBA 1BI4A 4FWSA 2DPNA 5FPNA 4JN4A 4M3XA 3IMXA 2P9SA 4IFEA 4JK9A 3D2FB 3D45A 1RT2A 1Q86O 4O8UA 2WFBA 2XY6A 2B4JA 1NGHA 1JLGA 4YDUC 1J53A 1JL1A 4DR7K 1E4GT 3MN6A 3SQ2A 1CLQA 3O5BA 3ULEA 4PUOA 4B9VA 5CY4A 5AQOA 4C8MA 3FGUA 4YOVA 2A1SA 1VSHA 3TARA 4KHPK 4FSVA 4IO8A 4AHRA 4BRHA 4AHSA 1HYSA 5KPTA 4U67L 4M3RA 3OS2A 1N6QA 1JLQA 2G8KA 1FXXA 1YI2N 2XY8A 3LDQA 4RCHA 5BPMA 1IO2A 1WSJA 3KLHA 2F9WA 4JHDB 5FRMA 4BGAA 3OYNA 4DV7K 2AJQA 3F9KA 2E6MA 4FLUA 1XQSC 3OS0A 3VGLA 1HNXK 2Y1IA 4FJJA 2A5XA 1JKHA 1HQUA 3R8EA 3ZEUB 4WFAL 4DTSA 4AILC 1ASUA 3WUHA 2Q3SA 3ID8A 1VQ8N 4C1NI 3SQ0A 3T69A 3VEZA 4JRPA 3NHGA 1NK0A 4CHQA 2KFZA 5HLFA 3VQAA 2NRRA 5AQZA 4B3MK 1TAUA 2D0OA 3NE6A 2XY5A 4CZFA 4DR5K 3VF2A 1LW0A 3L8BA 1HJRA 3G10A 1HNWK 4ELTA 4GV6A 1KXPA 1YVNA 2GUIA 1L3VA 1SQKA 4CHZA 3BZKA 1B92A 4E1JA 1N36K 3CQXA 3T1AA 2G8FA 3I55N 3JS6A 4JI2K 4CJ7A 4ILHA 3U9DA 2GWJA 4H0TB 3SAGA 1CZ9A 5EU7A 5KGXA 4HWIA 2F8SA 1VHXA 1YUWA 3VEOA 3QFPA 4IG0A 4EHTA 3CCLN 1RCHA 3VGKA 3EN9A 1ZBFA 4HTUA 5M1QA 1IBKK 1Z26A 1Q82O 4E1MA 4DTNA 3I0RA 3OJSA 1NGFA 4B1YB 5JVHL 3K5LA 3SUOA 4JS5A 3V81A 4OLBA 5CR4A 1Q9YA 1CXUA 3DLLL 2NRVA 4CF8A 3QERA 4FJXA 5D3GA 4IFVA 3SLCA 2WONA 4GVEA 4F4KA 3P39A 4CJ3A 3TSPA 1HUXA 1S6PA 2OPQA 2UXBK 1HKCA 4JV5K 1LAVA 1Z6RA 1DTQA 3CFPA 2IOCA 4FXDA 3LWLA 1RBRA 3NDKA 1MU2A 4KH4A 3VETA 5I42A 1LOTB 1WNSA 3DYAA 2RF2A 1NJYA 1S1VA 4A57A 4YFUA 3CCVN 5J2NA 3I8BA 3LP2A 3GL1A 1K9MO 1VRTA 1RBTA 3DLGA 3G6EN 3LALA 3F9MA 2HF4A 3L3UA 3OYIA 5FDLA 3UKRB 4I7FA 3OBYA 4CGGA 3MK6A 4ILJA 3TAQA 3V1QA 3ZSRA 3SV4A 3SYZA 2HSTA 3PX6A 5IWAK 2OZSA 3QEIA 1XC3A 2XY7A 2A42A 2A3ZA 3H46O 1NGEA 5JVGL 4B3OA 5I9EB 3K9KA 4H0VB 4CJFA 4DUZK 2VQFK 4FJLA 1RT6A 3ZSYA 1RDAA 4N56A 3ZX3A 3L2WA 5FROA 4OVLA 4UY8O 1D4XA 4CZGA 1HNIA 2E4LA 3EO3A 4W5TA 1KVBA 3ATUA 3KKSA 1X9JA 4IJNA 1BU6O 4Z0UA 1LWEA 3NVMA 2PYJA 2JLEA 1VAZA 4FCYA 4BRLA 3HM9A 5M1FA 1VQ9N 5AJ3K 3CQ8A 3CCSN 4FJMA 4HCBA 3FLCO 5BN8A 2F4VK 2NNWA 4MFBA 3SMPA 2ZM6K 1X9SA 4E7IA 1VQ6N 2QW9A 1XWLA 3CCMN 5M1OA 2EX3A 2O8EB 2HMIA 4F3OA 1FK9A 1VK0A 4O0JA 3L2VA 4CZKA 4XH5A 4OX9K 4WQ5A 3SUPA 4KO0A 1J5EK 2KFNA 3D2EA 3DOLA 2KQ2A 2V7ZA 3AA4A 2DTUA 1MWMA 2Z1HA 1Q18A 1S22A 3DMJA 4CBUA 1BL3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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