2YHXA

Sequencing a protein by x-ray crystallography. ii. refinement of yeast hexokinase b co-ordinates and sequence at 2.1 angstroms resolution
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
457
structure length
457
Chain Sequence
b'AAAXDXSLVEVHXXVFIVPPXILQAVVSILTTRXDDXDSSAASIPMVPGWVLKQVSGAQAGSFLAIVMGGGDLEVILISLAGRQESSIXASRSLAAAMSTTAIPSDLWGNXAXSNAAFSSXEFSSXAGSVPLGFTFXEAGAKEXVIKGQITXQAXAFSLAXLXKLISAMXNAXFPAGDXXXSVADIXDSHGILXXVNYTDAXIKMGIIFGSGVNAAYWCDSTXIGDAADGGXXGGAGXMXICCDQSSFRKAFPSLPQIXYLXTLNXXSPXAXKTFXKNSXAKNXGQSLRDVLMXFKXXGQXHXXXAXSFXAANVENTSYPAKIQKLPHFDLRXXXDLFXGDQGIAXKTXMKXVVRRXLFLIAAYAFRLVVCXIXAICQKKGYSSGHIAAXGSXRSYSGFSXNSATXNXNIYGWPQSAXXSKPIXITPAIDGXGAASXVIXSIASAXXSXAXXSAXXA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords HEXOKINASE B
publication title Sequencing a protein by x-ray crystallography. II. Refinement of yeast hexokinase B co-ordinates and sequence at 2.1 A resolution.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule tags Transferase(phosphoryl,alcohol acceptor)
total genus 123
structure length 457
sequence length 457
ec nomenclature ec 2.7.1.1: Hexokinase.
pdb deposition date 1978-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03727 Hexokinase_2 Hexokinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2yhxA02
3.40.367.20 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Hexokinase; domain 1 Hexokinase; domain 1 2yhxA03
2P9LB 3ENHA 1CZAN 3UKRB 1KXPA 3WXJA 1Z6RA 5AZJA 5AQKA 3QICA 3P4IA 2A5XA 4JHDB 4QS9A 2P9NB 3EL2A 1NGIA 3A5NC 2NRHA 3CIPA 4BRGA 2YJEA 2P9UB 1H1VA 3CHWA 4BREA 2F9WA 3HSCA 1ZXOA 3FZKA 3VETA 1ZBSA 5BRHA 4H0XB 4A61A 4I6MB 4IO8A 4BRQA 4IXCA 2BTFA 1KAZA 2QWMA 4BRIA 1U6ZA 1HUXA 1J6ZA 2A40A 3HZ6A 3JXUA 4WQ5A 3IUCA 1RDWX 2FSJA 4PL7A 2GTDA 3I33A 4IWVA 5F2RA 2D0OA 4CZEA 3DXMA 1QHAA 3TPQA 2D0PA 5AQRA 4K25A 5JMVA 1E4GT 1WOQA 1BO5O 1GLLO 3CI5A 3CJ7A 4CZIA 3G25A 3VGKA 4CZGA 2YJFA 5AFUH 2WUSA 2Q0RA 1BA1A 2E2OA 5EX5A 3BP8A 1JCEA 4FWPA 4XH5A 4H0YB 3MN7A 4BRLA 4BRKA 5BPMA 2CGLA 1NGGA 4DHYA 4H5WA 5E26A 4KBOA 1MA9B 1R59O 1K8KB 1IJJA 1RFQA 2Q36A 3BEXA 2A6AA 3QFPA 5ELZA 3QBXA 4FL9A 2A42A 4BRDA 3MMVA 1NGDA 5BR9A 4H0PA 1EQYA 5EY4A 3U8XA 2E8AA 2P9PA 2J4RA 3ENOA 1NGCA 4PKGA 4E1JA 2E88A 2UYTA 3SMPA 5B8HA 4BG9A 2E2QA 3ZX2A 4BGBA 4NO7A 2E2PA 4YDUC 4B1VA 1GLAG 3W0LA 3I8BA 3DXKB 4BVPA 4CBUA 4H0TB 3QFUA 1IG8A 5AQXA 1LOTB 4FWLA 4BVOA 3ATUA 4MLHA 4HTLA 3F9MA 2GUPA 4AM6A 4CZFA 2ZGZA 4MO5A 1NGEA 1HJOA 4JNEA 4JN4A 2ASMA 3IMXA 4CBWA 1DEJA 2IVPA 2DPNA 1SZ2A 5AQSA 1QQOA 3D2FA 4EIAA 4RWTA 2V51B 2IIRA 3GOIA 3ZETA 1S22A 1MWMA 3IDHA 3VEXA 1T44A 4H0VB 4H03B 4BR5A 3FZLA 3CQXA 2P9LA 2FXUA 4CJ7A 2ITMA 3UKRA 4O5FA 4CI6A 1C0GA 2EWSA 2V52B 2FF3B 3A8YA 1ATNA 3EZWA 3VEYA 4CD1A 3D2EA 4JHDA 3FR0A 2P9NA 4XH4A 5ADXH 1G99A 2V7ZA 3EO3A 2E1ZA 3CQYA 4CBXA 1KAYA 2P9UA 1HPMA 3B8AX 3R6MA 4I6MA 3TU5A 2NLXA 5AQZA 2GWKA 3H1QA 4NB4A 4FWSA 2W41A 4H5TA 3C0BA 1BA0A 1NM1A 2HF3A 2I7NA 3ID8A 3VF4A 2VYPA 3D2EB 4A2AA 4M7YA 3O1WA 1DGKN 1TUUA 4FWOA 4FWMA 3FLCO 4H5VA 1Z05A 5AFUA 1GLBG 1NGAA 4JD2B 2ASOA 5AQHA 3GBTA 3HBTA 1QZ5A 3RSEB 4H5NA 3SK3A 4B1XB 4BRPA 5FPMA 5AQGA 4DQ8A 1S3XA 2PAVA 4K43A 1DKGD 4WYBA 2ZF5O 4MO4A 4QS7A 5BREA 2GEMA 4BRHA 1RGIA 1JCGA 2YCHA 1BWFO 4WQ4A 1K8KA 3WEEB 3ATVA 3FZFA 2E1YA 4L3QA 3LM2A 4K42A 3UE5A 3C7NA 4BR9A 1BUPA 1ZC6A 3KZBA 4J8FA 4ISFA 3FZMA 4PL8A 4B1ZA 4BC3A 1P8ZA 1OKJA 4FWRA 4BGAA 2P9SB 4LC9B 2IVOA 5AQUA 3M1FA 3DXKA 4EHTA 1BU6O 3U9ZA 5JLFA 1NMDA 3VGMA 3WXKA 1GLDG 4M7XA 1Y64A 4DCHA 3C7NB 4IJAA 4BROA 4BR7A 3MCPA 1YUWA 3LDOA 3JS6A 2OANA 2VCPA 1NGHA 4ISGA 5TKYA 3GDQA 4BRNA 2QXLA 5AQTA 3VF2A 4CD3A 4BQLA 4PKIA 2CGKA 5AQVA 5EVZA 2GWJA 3H6EA 2Q0UA 1NGJA 3J8AA 4FPAA 3CJCA 3CJBA 1ATSA 1HKCA 1NBWA 3VESA 2GELA 5I9EB 3VEVA 4IJNA 4Y0WA 1XQSC 1HKBA 5ADXA 5CE3A 3GE1A 1JCFA 2AP1A 3M3ZA 1ATRA 3O4WA 4B1YB 4FWQA 1QZ6A 1TYQB 1E4FT 5BPNA 2V7YA 2ZWHA 4IZ9A 4M63C 3D7EO 3A5OC 3LDNA 3AARA 2E20A 1T6CA 4BR2A 2FSKA 2A41A 1SQKA 2Q2RA 3L6QA 3LDLA 3WQTA 1KAXA 2HMPA 3R9PA 3KVGA 4BQZA 4Z94A 4XH1A 3CERA 1GLEG 1SAZA 3A5MC 4BR4A 4YDUA 3GG4A 3H46O 4F9OA 4EAHD 4JD2A 4WQ5C 1XC3A 3CJAA 2H3GX 3M6GA 3O80A 4A2BA 3UKUB 5LJVA 2CH5A 3RSEA 5JICA 2P9KB 2ZGYA 4FWNA 1GLFO 2QM1A 2YHYA 1BOTO 1Q18A 5KPRA 1D4XA 1ESVA 3OHRA 3H3NO 3FGUA 3ULEA 1YXQA 4BRMA 5KQ8A 5BRDA 5F1XA 3WEEA 4K41A 4CZKA 4B1WB 1BDGA 1V4SA 3O6WA 2ASPA 1U2VB 3L4IA 2QWRA 3MN5A 4QS8A 4H0OA 4HWIA 1C0FA 2A3ZA 2QWQA 3MDQA 1NLVA 2VWBA 4CZHA 3UB5A 4FOIA 1HKGA 1WUAA 3H3OB 5AQOA 4FSVA 3ULEB 2P9IB 5AQFA 3VENA 1GLJO 2P9SA 3ZEUB 2YHWA 4B1UB 4B9QA 3U9DA 2CH6A 4BRFA 4C23A 4EHUA 4BC2A 2F9TA 1TUYA 5F0XA 3EKSA 4PKHA 5AZIB 5BPLA 2Q1NA 3LL3A 1HX1A 1X3MA 3QMLA 3O08A 3WQUA 3SJHA 5KPZA 2BUPA 4CZMA 5LJWA 4BRAA 3HTVA 3R8EA 4A62A 4FOEA 1XUPO 3WXIA 1MDUB 5AZJB 3LDPA 2YI1A 2CGJA 3QBWA 3SMSA 3VEZA 4AM7A 4O8KA 3FFKB 3WT0A 3DAWA 3O1BA 2D4WA 4JAXA 4ISEA 2QW9A 3DJCA 5EXWA 3S41A 5KQDA 5AQIA 3AAPA 5KPTA 5BN8A 3AAQA 4MLEA 3EKUA 3KHYA 5AQPA 5EOYA 2NZTA 3U4LA 4CZJA 3H45C 2AA4A 1LCUA 3VPZA 3W3DA 3GL1A 3AY9A 1TYQA 3DXMB 3A0IX 5FPNA 1NWKA 2FF6A 3QB0A 3H1VX 5AQYA 2FLOA 4BG8A 4FO0A 3LDQA 4GNIA 1YAGA 2HF4A 3DWLA 3VOVA 4DB3A 1GLCG 4EFHA 1YVNA 5AQLA 5AQQA 3BF1A 4H5RA 2FSNA 1MWKA 3ZX0A 3WUHA 3O8MA 4BC4A 4RTFD 3BUZB 2Q97A 2YHXA 1V4TA 3VERA 3A5LC 1NGFA 2QWPA 4BR0A 1QQMA 2P9PB 3FE1A 3UKUA 5JLHA 2P9KA 2PBDA 3VF6A 3CJ9A 5AR0A 1X9JA 2I7PA 1X3NA 4RCHA 1HLUA 1T6DA 3SLCA 4XEIA 5AQJA 4GY2B 3WXLA 3LM9A 3IFRA 4BRCA 3QDKA 2HOEA 5LY3A 1NGBA 1U2VA 1QQNA 3EN9A 5BRFA 3MK6A 3HI0A 3FZHA 3L0QA 3VEWA 2IVNA 3CETA 4FWKA 5FPEA 3MN6A 2QWLA 4WQ4C 5E84A 3ZX3A 3MN9A 1BG3A 3D2FB 4CZLA 3VGLA 2P9IA 3HM8A 2E2NA 5AQMA 3BF3A 5AQWA 3ZEUA 5BN9A 2W40A 3ZETB 2QWNA 2QWOA 5FPDA 3O5BA 4FPBA 4BC5A 3VEOA 3CJ1A 5AZIA 2Q31A 2D1KA 2KHOA 5AQNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KB1A 3WXJA 1RDUA 4BE0A 4CHQA 1I94K 3K5OA 4JHDB 2P9NB 2FBVA 4M3TA 2P9UB 4Z4CA 1K73O 3CHWA 3E9OA 3K2PA 1RTJA 4YOYA 5BRHA 3TAEA 4IO8A 1X9MA 3DMJA 1XNQK 4JKEA 1HUXA 1T03A 4M42A 3HZ6A 3CMEN 1S6PA 4WQ5A 2OPPA 3EE9A 4IG0A 3I33A 2Z1JA 4K25A 4WCEL 4J2AA 3CJ7A 4GKKK 3G25A 1RDBA 4K8XA 1SUQA 3T19A 1JCEA 3BY5A 4FWPA 4XH5A 4BRLA 4KFBA 1T7PA 4BRKA 4FLYA 4H5WA 3V1QA 1WSHA 3QBXA 4FL9A 3MMVA 1NGDA 4X66K 3DRPA 1WBDA 1D5AA 3U8XA 2E8AA 4F3TA 3VQ7A 3ENOA 1NGCA 4FJMA 5B8HA 3EYZA 2HVIA 3ZX2A 4BGBA 4NO7A 5HBMA 2F8TA 5FLXO 2IOCA 3OW2M 3I8BA 1P90A 4BDYA 3O4NA 4M3ZA 4B9UA 4CZFA 3F9MA 4OGEA 3K9JA 1UAXA 1HJOA 3OA9A 2GX9A 4JN4A 2ASMA 2IVPA 3AO1A 4KB0A 1OVQA 3WNFA 4NYFA 4JI7K 3PX0A 2V51B 3GOIA 4DSFA 3ZETA 1S22A 1WSIA 4DU3A 3CF5L 1MWMA 3OS2A 1KLNA 4ICLA 5LL6Z 4B9TA 4CEFA 3QEPA 3NVMA 4FJIA 4CK3A 3J80O 1B9FA 3C94A 3CQXA 4CJ7A 1HYVA 3UKRA 4O5FA 3VEYA 4CD1A 3HT3A 3D2EA 4XH4A 5ADXH 2ZJPL 2O4IA 1G99A 3ZT0A 2E1ZA 5C2FA 3D45A 4RW6A 3CPEA 4EZ9A 4J2BA 3R6MA 3HPGA 2PYLA 4I6MA 3V9XA 5AQZA 3OYDA 4NB4A 4FWSA 4H5TA 1OH8A 3HYFA 2I7NA 1SL0A 3ID8A 4JLHA 4JK8A 3D2EB 5FRNA 3OYCA 1DGKN 4EZ6A 4PWDA 1YITN 1RBSA 4KHSA 1KLMA 2ASOA 3RSEB 4W5RA 5FPMA 2ZF5O 3WNEA 5BR8K 2GEMA 1RGIA 2HHUA 1BGXT 1WNSA 3WEEB 3U3GA 2YHAA 3LPUA 4AH9A 3I56N 4DV6K 3UE5A 4BR9A 5JVGL 5KGWA 3WXMB 4QOZB 4LF9K 1S1WA 4AHVA 3L8BA 2X6NA 4CEZA 2OZSA 4OKEA 1LWCA 2IVOA 3THVA 1HQEA 5JLFA 3RVCA 4AF1A 4O44A 4AHCA 4FK2A 3DOLA 4DS4A 3TR8A 4BR7A 1YUWA 1XC9A 3M8SA 5HRRA 4Z4HA 3CFOA 3CC7N 4FJKA 3GDQA 4BRNA 1WBBA 3M8QA 2NRXA 4BQLA 2CGKA 4GKJK 3OS1A 3V81A 2G8FA 3CD6N 1NGJA 4AHTA 3NH0A 3CJCA 3THXA 3SUQA 3IS9A 4FLUA 5I9EB 4K8ZA 3VEVA 5CYQA 4KI4A 3LP2A 4IJNA 2GBZA 3GE1A 4CJRA 4E1MA 4JS5A 3U6FA 2BE2A 3LDSA 3QETA 5M1FA 1RT7A 1NK0A 2V7YA 2ZWHA 4M63C 3LDNA 3OTOK 3AARA 1EP4A 2JWKA 3BGRA 1SQKA 2Q2RA 4E3SA 2O8BA 1KFSA 3P1GA 4JV5K 2X6SA 1KAXA 4TSXA 1BCOA 2HMPA 1A5WA 3MX2A 3VA0A 3KVGA 2KTQA 4CHNA 3MXMA 3ZSRA 4N56A 3VA3A 2HHXA 3NF7A 3CERA 2PY5A 3ZSQA 4BR4A 4DTRA 4M3YA 2FBTA 3H46O 4G9ZA 4HTUA 4FM2A 1E3MA 4CGJA 5LJVA 2H3GX 2NNWA 5JS1A 5D3GA 1QSYA 4YOUA 4FWNA 4CEBA 1FK9A 3RRGA 1QSSA 3I0RA 4ELUA 4JKGB 2QM1A 1SL2A 2YHYA 4KV8A 1BOTO 1Q18A 5KPRA 4DSIA 3H3NO 4CW7B 3L2RA 3MEEA 3LZIA 1SKRA 1VQPN 4H4MA 1NOYA 1WLJA 1KD1O 4KHNA 3AVHA 1RTHA 5DK5A 3LPTA 1BDGA 3E9LA 3O6WA 3VQPA 4DQIA 3L4IA 1U04A 2QWRA 3TTFA 4H0OA 2QWQA 3RMCA 4G1QA 1IG9A 1QQCA 4OPKA 1S1VA 1WUAA 1S9EA 3KLFA 4FSVA 3SCXA 5FDLA 3VQ4A 1GOCA 4CEEA 4CIGA 4U7BA 4BC2A 4KRFA 5AZIB 4PKHA 2Q1NA 4DWIA 3O08A 4BRAA 4IOXA 3UIQA 2O4GA 3O9TA 4CHPA 3WXIA 4E7LA 5M1NA 1SKSA 3VEZA 4DQRA 3HM9A 1JLGA 3SAFA 4OJRA 3VQCA 4CJSA 4CJKA 2BGGA 3DJCA 4HCCA 3VQ6A 3BZKA 3QEXA 3AAPA 1MU2A 5BN8A 1NNEA 3AAQA 4JKCA 4IEIA 5EOYA 2NZTA 2HNYA 4YNQA 4GV6A 5IWAK 3VPZA 4JS4A 5FPNA 4R5PA 3QB0A 4BG8A 1JLCA 4FO0A 2B4JA 3T1AA 4KHWA 2XHBA 3CCLN 4GNIA 3NGYA 3VQAA 1YAGA 2HF4A 3DWLA 4CJ5A 2F96A 4DB3A 4EFHA 1YVNA 5DMRA 4H5RA 3OYKA 4CF0A 4F3OA 3ZX0A 1OH7A 1VHXA 4JI8K 4DSLA 4RTFD 4FJ7A 2Q97A 5KTQA 2YHXA 1V4TA 3A5LC 1TL3A 1QQMA 3Q7CA 2OA8A 4CFCA 4CF8A 2P9KA 3VF6A 2B6AA 1L5UA 2ZE2A 3P5JA 4RCHA 2Z1HA 3E1YA 4FLTA 3VQ9A 3RTVA 4GY2B 3O3FA 4BRCA 4JI1K 2HOEA 5LY3A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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