2YHXA

Sequencing a protein by x-ray crystallography. ii. refinement of yeast hexokinase b co-ordinates and sequence at 2.1 angstroms resolution
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
457
structure length
457
Chain Sequence
AAAXDXSLVEVHXXVFIVPPXILQAVVSILTTRXDDXDSSAASIPMVPGWVLKQVSGAQAGSFLAIVMGGGDLEVILISLAGRQESSIXASRSLAAAMSTTAIPSDLWGNXAXSNAAFSSXEFSSXAGSVPLGFTFXEAGAKEXVIKGQITXQAXAFSLAXLXKLISAMXNAXFPAGDXXXSVADIXDSHGILXXVNYTDAXIKMGIIFGSGVNAAYWCDSTXIGDAADGGXXGGAGXMXICCDQSSFRKAFPSLPQIXYLXTLNXXSPXAXKTFXKNSXAKNXGQSLRDVLMXFKXXGQXHXXXAXSFXAANVENTSYPAKIQKLPHFDLRXXXDLFXGDQGIAXKTXMKXVVRRXLFLIAAYAFRLVVCXIXAICQKKGYSSGHIAAXGSXRSYSGFSXNSATXNXNIYGWPQSAXXSKPIXITPAIDGXGAASXVIXSIASAXXSXAXXSAXXA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords HEXOKINASE B
publication title Sequencing a protein by x-ray crystallography. II. Refinement of yeast hexokinase B co-ordinates and sequence at 2.1 A resolution.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule tags Transferase(phosphoryl,alcohol acceptor)
total genus 123
structure length 457
sequence length 457
ec nomenclature ec 2.7.1.1: Hexokinase.
pdb deposition date 1978-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03727 Hexokinase_2 Hexokinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2yhxA02
3.40.367.20 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Hexokinase; domain 1 Hexokinase; domain 1 2yhxA03
1CZAN 1T44A 2IVPA 4BR9A 4BRKA 1ATRA 2Q36A 2CGKA 1C0GA 3MN6A 4CI6A 4CZEA 5KPTA 4FWLA 3EL2A 2ASOA 3DXMA 2QWRA 3QBWA 5F1XA 2A5XA 2FSJA 2CGJA 3IDHA 4FSVA 3DXMB 1JCGA 2QWOA 2Q1NA 4PKGA 1WOQA 4ISEA 5BPLA 1RGIA 1NGIA 3HSCA 1E4FT 1U2VA 4H5RA 5JLHA 3H46O 5FPDA 1U2VB 4K42A 2E1ZA 5KQDA 3FLCO 1IJJA 4DHYA 4JNEA 3GBTA 3VEVA 4DQ8A 4QS9A 4BQZA 3O5BA 4A62A 5AQVA 4BGBA 4BRCA 2E1YA 4BRIA 2D0OA 1Y64A 4PKIA 4LC9B 1WUAA 4FPBA 2OANA 4WQ4C 3MN5A 1S3XA 4CZKA 5JLFA 4H03B 4BR2A 3EZWA 4JAXA 1BO5O 1G99A 5AQLA 3L4IA 1P8ZA 4NB4A 2HOEA 4H0OA 3DWLA 3QB0A 4FOIA 4PL8A 4CBWA 1NGBA 4Y0WA 2QM1A 4BRGA 4EAHD 3C7NA 1NGEA 3QICA 5E26A 3KHYA 1KAYA 4B1YB 3D2FB 3GL1A 5LJVA 3CERA 4BRFA 1HLUA 4FWSA 5AQOA 4RCHA 2Q31A 3WXIA 4NO7A 2E88A 3CQYA 4BR7A 5LJWA 1MA9B 3CIPA 4HWIA 3VOVA 1ESVA 4B1UB 4GNIA 4ISGA 4BRMA 2NZTA 2CGLA 5BR9A 2GWJA 4BRHA 5EVZA 4BREA 1HKGA 3BF1A 3FZMA 3AAPA 3QDKA 1TUYA 2F9WA 3U9DA 2V51B 3CJ1A 3UB5A 1GLAG 1QQOA 3H1VX 1S22A 3IMXA 3OHRA 5AQJA 1NGFA 2ZF5O 4C23A 3O80A 3UKUB 1T6CA 3A5MC 2D0PA 4FWRA 4BC4A 2GUPA 3UKRA 4AM6A 1SQKA 3VERA 1DEJA 5EX5A 4CZGA 3UKRB 4H5TA 3WQUA 5JMVA 3WUHA 2P9IA 3LL3A 4AM7A 2P9KA 2P9NA 4H0YB 2P9IB 1ATSA 5E84A 4A61A 4FWKA 1QQMA 2P9KB 3CJ7A 3EKUA 5LY3A 2P9NB 5FPNA 3DAWA 3VENA 3VEZA 3MN9A 4BGAA 3H6EA 4O5FA 4CZMA 5AQIA 2Q0RA 3VPZA 3VGMA 3QMLA 1NM1A 3WXKA 3ENHA 1MWMA 4K25A 2A6AA 3ZX3A 1YAGA 3DJCA 1QQNA 3M6GA 5AQZA 3DXKA 5AQYA 3VEOA 3VF4A 3AY9A 3DXKB 4BC3A 4BG8A 2YHWA 3BUZB 2BTFA 3ZETA 4IJNA 2FSKA 1C0FA 3LDNA 1V4SA 2CH6A 3ZETB 1ZXOA 2VYPA 3AARA 3HTVA 3R9PA 3SLCA 4FWPA 1YXQA 3IUCA 3M1FA 3MMVA 5I9EB 3FGUA 3C0BA 3WXLA 2E2OA 1J6ZA 5AQHA 3FZLA 3H1QA 2AA4A 3VF2A 3W3DA 2W40A 1ZC6A 2ZGYA 2PBDA 1BU6O 5KQ8A 2KHOA 1XUPO 3CJ9A 4MO5A 2P9LA 3O08A 2Q97A 3VESA 4BROA 2P9LB 4DB3A 1HJOA 4FOEA 1XC3A 2NLXA 3R6MA 1LCUA 3CHWA 1KAZA 3W0LA 4BRPA 1KAXA 1X3MA 3ATUA 4BR4A 1QHAA 3SJHA 5ADXA 2Q2RA 1YVNA 2QWMA 2P9UA 2FF6A 3ULEA 1HPMA 3I33A 3WT0A 1IG8A 3D2FA 3H45C 5B8HA 3VEXA 3QFUA 2P9UB 3ULEB 4H5NA 4H5WA 3IFRA 1X3NA 3QFPA 3FR0A 4BQLA 5KPZA 1MDUB 1YUWA 2Q0UA 4CZFA 4M7YA 1GLFO 4CD1A 5BREA 5JICA 2GTDA 3M3ZA 2YI1A 1E4GT 3A5OC 3O4WA 1NLVA 4PL7A 4MO4A 1NGHA 4FL9A 3CJBA 5AQPA 4HTLA 3SMPA 4EFHA 4BRNA 1SAZA 4BC5A 1JCEA 5AQXA 3VEYA 4CBUA 2QWPA 3D2EA 1BOTO 3ZX0A 1NMDA 3FZKA 2WUSA 4ISFA 3HBTA 3D2EB 3L6QA 1GLDG 3A5LC 1Q18A 3UKUA 1KXPA 4RTFD 4FWNA 4JD2A 2A42A 5BN8A 3LDPA 4RWTA 4QS8A 1NGGA 1BA1A 4JD2B 4DCHA 3GE1A 4K43A 4IJAA 1TUUA 1ATNA 3B8AX 2ASPA 3FZHA 3FE1A 5KPRA 3CJAA 5AQTA 3A0IX 1U6ZA 3VGKA 3EO3A 1GLLO 4J8FA 3WXJA 1SZ2A 3LDLA 2GELA 3HI0A 3H3NO 1V4TA 4IO8A 4O8KA 1GLBG 1BA0A 5ELZA 2FF3B 4FO0A 2HF3A 5AZJA 5ADXH 1K8KA 2P9PA 3BF3A 5AZJB 1JCFA 3FZFA 3KVGA 3JXUA 1K8KB 2I7NA 2P9PB 1NGAA 1GLCG 4CZHA 5AZIA 1ZBSA 4WYBA 4B1XB 3RSEA 4CZIA 3LDQA 5AZIB 1DKGD 2H3GX 2ZGZA 5TKYA 4IZ9A 3ENOA 2A41A 4FWQA 3RSEB 1LOTB 2AP1A 2YJFA 2J4RA 2D4WA 1NGJA 3U4LA 2D1KA 1OKJA 4BRQA 4K41A 5AQKA 2W41A 3HM8A 4E1JA 3GG4A 2E2PA 3U9ZA 2QWQA 2EWSA 1HKCA 3LM9A 4CJ7A 2E2NA 4WQ4A 3VF6A 1X9JA 5BPMA 5BN9A 3EKSA 4H0TB 4BC2A 1XQSC 4H0XB 2E2QA 3CETA 2V7ZA 3CQXA 4A2BA 2ASMA 2YJEA 1H1VA 4L3QA 3J8AA 4CBXA 2CH5A 3GOIA 3MN7A 4FPAA 2YCHA 3WQTA 3U8XA 4QS7A 5AFUA 4MLEA 2DPNA 3ID8A 1HX1A 4F9OA 1NGDA 2PAVA 1Z05A 4H0PA 4CZJA 2GEMA 4FWOA 4B9QA 1QZ6A 3BEXA 5F2RA 4Z94A 2A3ZA 3MK6A 2QWLA 4BRLA 1T6DA 3ATVA 3KZBA 1NGCA 1D4XA 3O1WA 4CD3A 5AQRA 3ZEUA 3LM2A 1RFQA 5FPEA 1BWFO 2V7YA 3A5NC 3ZEUB 5CE3A 4H5VA 4JHDA 4WQ5A 4JHDB 4BVOA 1NWKA 4CZLA 3LDOA 2VWBA 2ZWHA 2UYTA 1RDWX 4EIAA 4YDUA 2I7PA 3C7NB 2E8AA 2FXUA 3AAQA 4FWMA 4BR5A 5AQFA 2F9TA 4H0VB 3I8BA 5AQGA 1BG3A 1TYQA 5AQMA 2QWNA 2QXLA 4I6MA 1Z6RA 5BRHA 1GLEG 5BRFA 1TYQB 4GY2B 4I6MB 5EOYA 2HMPA 3CI5A 5F0XA 2BUPA 3VGLA 3O8MA 4BG9A 4EHUA 5FPMA 4EHTA 3FFKB 5AFUH 2IVOA 2VCPA 1MWKA 3UE5A 2ITMA 5AQSA 4XH5A 3O1BA 5AQWA 3ZX2A 4B1WB 2FLOA 3O6WA 4JN4A 3MCPA 4XEIA 2V52B 4BRAA 3S41A 1NBWA 4BR0A 2YHXA 3WEEA 4WQ5C 4XH4A 2FSNA 2E20A 3D7EO 1HUXA 3A8YA 3MDQA 1EQYA 3G25A 3P4IA 3SMSA 1R59O 3WEEB 4BVPA 5AQNA 4XH1A 4M7XA 3VEWA 3L0QA 4KBOA 4BRDA 3EN9A 4B1ZA 4MLHA 4YDUC 3CJCA 3TPQA 5EY4A 3F9MA 2HF4A 5EXWA 3BP8A 3SK3A 1DGKN 3JS6A 1BUPA 3HZ6A 3GDQA 5BPNA 2IIRA 3VETA 4B1VA 4A2AA 5AR0A 1GLJO 2GWKA 5BRDA 1HKBA 2IVNA 5AQUA 1BDGA 4IXCA 2P9SA 4PKHA 2A40A 2YHYA 2P9SB 3QBXA 3TU5A 2NRHA 3R8EA 1QZ5A 4M63C 2QW9A 5AQQA 4IWVA 3H3OB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1W7AA 5FRMA 4O5BA 3HPHA 3J7AP 1ATRA 2Q36A 1C0GA 1QS4A 4XIUA 1TK8A 3RVCA 4RW8A 1NK9A 2A5XA 1ZBHA 3IDHA 4FZZA 3H46O 3AA3A 4CJUA 3TABA 3AVLA 3EE8A 3VMFB 4PY5A 4FYDA 5KQDA 1QSLA 1IJJA 4FJNA 4Z4FA 4QOZB 4DU1A 3GBTA 4FVUA 3RRHA 3KLGA 3BDPA 4A62A 3TAQA 3J81O 3ZSYA 1Y64A 3SQ2A 4PKIA 3HP6A 4B8CA 2BANA 1IBLK 3SQ1A 3U6FA 3CCQN 4AHCA 4CJPA 4IEEA 1C1CA 2HVIA 3L4IA 2QEXN 4K0KK 1QQCA 4FOIA 3HOSA 4CBWA 4Y0WA 4CEAA 3V9WA 1JL1A 4M3WA 3U3GA 1B9DA 4FLXA 4OO1J 3SYZA 1DLOA 1BCMA 1JLEA 1BQMA 3VQQA 3WXIA 3QLHA 1BQNA 3CQYA 3T1AA 3OTOK 4BR7A 1I3AA 1ZBUA 1A5VA 4CJ4A 4FLWA 3LDSA 4HWIA 3VOVA 3VQ9A 1WSGA 2NZTA 5SWMA 4JKAA 1K8AO 4DG1A 3QEIA 5CY4A 3AAPA 2NRVA 2F9WA 1VSHA 4WCEL 1JLBA 1HNXK 3OY9A 4DF8A 4DSJA 3OHRA 5T7BA 2ZF5O 2XY5A 4C23A 4KI6A 2D0PA 1X1PA 3Q7CA 4QAGA 5FLXO 3K5MA 3RWUA 4AM6A 4B3MK 3MEGA 4B08A 3KKRA 1HNIA 4H0YB 4N5SA 3VA0A 3KK7A 1QQMA 3EKUA 3TTDA 3SQ0A 5LY3A 4RW9A 4DSEA 1QVFM 1T05A 3H6EA 4O5FA 4CZMA 5AQIA 3VPZA 3ENHA 4K25A 2A6AA 3P38A 1C0UA 4OPAA 3U3YA 2DY4A 3M6GA 1KFSA 1C1BA 4Z4GA 1VQPN 4A5AA 3DXKB 4DS4A 2HBJA 4YOYA 3LDNA 4FM2A 3DRRA 3O9UA 4KH4A 3J80O 3F9KA 1ZXOA 3ZETB 3TAMA 4JI4K 3HTVA 1LV5A 2Y1IA 1U4BA 2GBZA 3QESA 2B4JA 4AHRA 4LF7K 3M1FA 1G15A 1YJ9N 1RTDA 3CFOA 3ZSRA 3C0BA 5HLFA 3WXLA 3AVGA 1Q81O 3FZLA 1VSLA 2KFZA 2RPIA 1RILA 2NUBA 3HXMA 1XUPO 1FJGK 4LFAK 2P1JA 4DTSA 3F2KA 4JI6K 4JKEA 4AHTA 4IG3A 4CGGA 3L3UA 3K5LA 4KKOA 4JV5K 4DLGA 3NF7A 4JI7K 4RW7A 4GV6A 1YVUA 1X3MA 4BR4A 1QHAA 4HHTA 1YVNA 2QWMA 4Y1CA 4EP5A 1R0AA 4B8AB 3ULEA 3C94A 1HPMA 5JS2A 3D2FA 5M1NA 3QFUA 3L2UA 4EZ9A 4CF2A 3E01A 4BQLA 3K59A 2PFUA 1FW6A 4FJXA 2X6NA 1GLFO 4KAZA 5JICA 2GTDA 3A5OC 3K9JA 3AV9A 1NK0A 4PL7A 4MO4A 4CIFA 1BHLA 3A2FA 1JKHA 4BC5A 1JCEA 3VEYA 3AGKA 3E9OA 3ZX0A 3FZKA 3QINA 1YTUA 3A5LC 1Q18A 3C6TA 2UXDK 3UKUA 3QEXA 3CXCM 4JKGB 5HRNA 4ICLA 4DV0K 4ELTA 1NGGA 3N4PA 1ZBFA 4DCHA 1WBBA 3NDKA 4ILHA 3LWMA 3TAGA 1HYSA 2ASPA 4F3OA 2EX3A 3VGKA 1NMNA 1GLLO 2Z1GA 4J8FA 3THVA 3P5JA 1IBMK 1P90A 3H3NO 2OPPA 5HOOA 1KVCA 4FO0A 2HF3A 2YX6A 1C0MA 1B92A 3SI6A 3KVGA 2UUAK 4CHPA 1UA1A 1K9MO 1ZBSA 4B1XB 4BE1A 2QKBA 5AZIB 2ZGZA 4W5QA 3ENOA 4IEIA 3RSEB 1W0HA 3WNHA 2D4WA 4BWJA 4KREA 1OKJA 2XY8A 3TWHA 3P83D 1SL2A 4K41A 2XY6A 2W41A 1UOCA 1VSMA 3HM8A 2O8BB 3U9ZA 1HKCA 1BI4B 4CJVA 4WQ4A 2VG5A 3VF6A 1X9JA 1LAWA 4WE1A 1LWCA 1W9HA 4KPYA 4DR4K 2E2QA 4F2RA 2ASMA 1VRUA 3NH1A 4LY7A 1TVRA 3RR7A 3BGRA 3HJFA 2E6LA 4DQQA 4DTRA 4CBXA 5FRNA 3CCEN 1HMVA 4FLYA 2HBLA 2PAVA 4GV3A 1OH7A 4H0PA 2KZZA 4JI5K 1HNVA 4JI1K 3MWTA 4CGFA 5A2QO 1YJWN 4BRLA 2WONA 3KZBA 3QIOA 1Q82O 4KRFA 3ID6A 3V9SA 4ZTJA 3LAKA 3CQ8A 4OKKA 5JVGL 5J2NA 1J54A 4K8ZA 1NWKA 2FBTA 4GW6A 4DTOA 1RDWX 4CECA 4EIAA 5HRSA 3DM2A 4AHVA 3MEEA 4ILJA 4AF1A 3AA2A 1JLCA 2E8AA 3VQAA 3HK2A 3AAQA 5AQFA 4N76A 3G4SN 4ELVA 5KGXA 3E66A 1BG3A 5AQMA 3TTCA 2IS3A 1JJ2M 3SUOA 2GX9A 1T03A 2ZQBA 5EOYA 2HSTA 3CI5A 3CPEA 5F0XA 3VGLA 4DSIA 3O8MA 4OVLA 4EHUA 3NF8A 4YNQA 3O4QA 1NK4A 1VRTA 4B9TA 3C6AA 5AQSA 3ZX2A 3M8SA 2V52B 2UXBK 3THXA 1BGXT 3K58A 2YHXA 3L4QA 3SUNA 3WEEB 4BVPA 1W2BM 4KHUA 1S1XA 3VEWA 1U48A 4FJ5A 3SQ4A 3EN9A 1KRPA 5GAEP 4M41A 5EXWA 3SK3A 3AO3A 1BUPA 2ITGA 3HZ6A 3VQCA 3L2WA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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