2YHXA

Sequencing a protein by x-ray crystallography. ii. refinement of yeast hexokinase b co-ordinates and sequence at 2.1 angstroms resolution
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
457
structure length
457
Chain Sequence
AAAXDXSLVEVHXXVFIVPPXILQAVVSILTTRXDDXDSSAASIPMVPGWVLKQVSGAQAGSFLAIVMGGGDLEVILISLAGRQESSIXASRSLAAAMSTTAIPSDLWGNXAXSNAAFSSXEFSSXAGSVPLGFTFXEAGAKEXVIKGQITXQAXAFSLAXLXKLISAMXNAXFPAGDXXXSVADIXDSHGILXXVNYTDAXIKMGIIFGSGVNAAYWCDSTXIGDAADGGXXGGAGXMXICCDQSSFRKAFPSLPQIXYLXTLNXXSPXAXKTFXKNSXAKNXGQSLRDVLMXFKXXGQXHXXXAXSFXAANVENTSYPAKIQKLPHFDLRXXXDLFXGDQGIAXKTXMKXVVRRXLFLIAAYAFRLVVCXIXAICQKKGYSSGHIAAXGSXRSYSGFSXNSATXNXNIYGWPQSAXXSKPIXITPAIDGXGAASXVIXSIASAXXSXAXXSAXXA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Sequencing a protein by x-ray crystallography. II. Refinement of yeast hexokinase B co-ordinates and sequence at 2.1 A resolution.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule tags Transferase(phosphoryl,alcohol acceptor)
molecule keywords HEXOKINASE B
total genus 123
structure length 457
sequence length 457
ec nomenclature ec 2.7.1.1: Hexokinase.
pdb deposition date 1978-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03727 Hexokinase_2 Hexokinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2yhxA02
3.40.367.20 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Hexokinase; domain 1 Hexokinase; domain 1 2yhxA03
3VEOA 3P4IA 3D2EA 1BA1A 4WQ5C 2UYTA 4ISFA 3MN9A 2FXUA 2P9UB 4FPBA 3QB0A 2P9LA 3D2FA 5KQ8A 4FOEA 4XEIA 1TYQA 3FGUA 4FWMA 5BR9A 5AZIA 5BN8A 2BTFA 1DEJA 1KAXA 2V52B 4PKIA 3MMVA 3ATUA 2YHXA 1NMDA 3R8EA 1IJJA 1C0FA 2GELA 1QZ6A 3SK3A 3O5BA 3A5OC 3F9MA 1RFQA 2ASMA 4EHUA 1S22A 4AM7A 4O5FA 3GE1A 2HMPA 4GY2B 3S41A 1Q18A 4B1VA 4E1JA 5AZJA 1HX1A 2E1ZA 5CE3A 1HPMA 2I7PA 3CJ7A 5AQGA 3H6EA 3LDQA 2A41A 3LDNA 2Q0RA 2W41A 3WQTA 4Z94A 2QWOA 1TUUA 3L4IA 4EAHD 2GUPA 2AA4A 4IZ9A 3D2FB 4BRPA 5BREA 1ZC6A 4NB4A 5BPLA 1QQMA 3VPZA 3MCPA 1P8ZA 4FWKA 4JHDA 3BF1A 4RCHA 3ZX3A 5KPZA 2QWPA 4BROA 3ENHA 3O6WA 2YHWA 2A40A 2J4RA 1NLVA 1EQYA 3DXMA 3ZX2A 1HKCA 2D0OA 4ISEA 2P9SB 4BVOA 3U4LA 3BUZB 3WT0A 3CJ1A 3SMPA 4IO8A 2F9TA 2VYPA 1MWMA 4H5TA 4XH5A 3WUHA 2ZGZA 3GOIA 2P9IB 4FO0A 1HKBA 4EIAA 1WUAA 5BRHA 4DQ8A 3GDQA 2DPNA 4Y0WA 4B1WB 4MLHA 1K8KA 3D7EO 3M6GA 5AQKA 4BC4A 2E20A 4JD2A 4JAXA 3CJ9A 2E2QA 3AAQA 3UB5A 4H5WA 2P9NB 2PBDA 3A5LC 3RSEA 1NGGA 2QM1A 4XH4A 2KHOA 5LJWA 1V4TA 1BOTO 3WEEB 3IUCA 4H0OA 3VF6A 1J6ZA 1JCFA 4BRCA 1C0GA 4BRFA 1Y64A 3VOVA 5ADXH 1HJOA 5AQLA 1HLUA 1YXQA 4BQLA 2BUPA 1MWKA 4A61A 4CZJA 3SMSA 3HBTA 1TYQB 3KHYA 5BPNA 3A5NC 3FR0A 4YDUC 2YJFA 1YAGA 5KPTA 4H03B 1LOTB 1U2VA 2HF3A 5KQDA 1D4XA 1YVNA 4DHYA 3CJAA 2WUSA 5JLHA 2Q31A 4FL9A 3C7NA 4M63C 4DB3A 4PL8A 2E88A 3EO3A 1SAZA 2EWSA 5AQPA 4H0YB 1G99A 1JCGA 1NGBA 2E8AA 4IJNA 4M7XA 1E4GT 3G25A 1NGHA 2YCHA 4CZMA 1U2VB 3O4WA 3J8AA 4CZHA 4DCHA 4I6MB 4WQ4C 3WXLA 5FPMA 3ZEUA 1GLJO 4KBOA 5AR0A 3GG4A 4BC3A 3VGLA 4AM6A 4M7YA 3MK6A 5JLFA 1ZXOA 4BRIA 3FZFA 2QWRA 4WYBA 2FF3B 4GNIA 3CJBA 4FWLA 4MO5A 3H3OB 4JHDB 4BC5A 5BN9A 5AFUA 4ISGA 3WEEA 4QS7A 3VEVA 1KAYA 3WQUA 4BRGA 4YDUA 4CZIA 3UKRA 4FWQA 2HF4A 4H0TB 4FPAA 2QWNA 1NGJA 4LC9B 1XUPO 4WQ4A 3MN6A 3R9PA 3OHRA 3ZETA 3HSCA 4JD2B 4NO7A 4BG9A 2YHYA 4BGAA 5I9EB 2QXLA 3ATVA 3VEYA 2CGKA 3C0BA 1SQKA 1NWKA 3ZX0A 3O1WA 4RWTA 1DKGD 3W0LA 4B1XB 1GLFO 1NGEA 3H3NO 2V7ZA 1QQNA 2FF6A 2FSNA 1BWFO 4BR2A 2IVPA 3IFRA 3M3ZA 4IJAA 2VCPA 5TKYA 1Z6RA 2H3GX 3WXIA 3VF4A 3U9ZA 4BVPA 3H46O 3DWLA 4CJ7A 3QFPA 5EVZA 2I7NA 2Q2RA 5EX5A 4BR4A 3QBWA 3MDQA 3SLCA 1XC3A 4PKGA 2V51B 5AQFA 5AQUA 1LCUA 1YUWA 5AQMA 4A2AA 1BG3A 4BREA 1NGAA 3ULEB 3H45C 2P9UA 4IXCA 2GWKA 5BRDA 5E26A 3CI5A 2QWMA 5AQZA 4FWSA 4BRDA 4K25A 4BRHA 3GBTA 2FSKA 5AQIA 3L6QA 4L3QA 2P9PA 3ULEA 4WQ5A 4MO4A 3QDKA 4BR9A 3EN9A 3O80A 1ESVA 5LY3A 4CZEA 2QW9A 1BU6O 3VEZA 1H1VA 5AQTA 5BPMA 3FZKA 3O8MA 4C23A 1KXPA 5AQOA 4BQZA 3VERA 3H1QA 5AQHA 1GLEG 2D0PA 3MN7A 1RDWX 3HTVA 5F2RA 1IG8A 1BA0A 1SZ2A 3AARA 3CQXA 3R6MA 3WXKA 3DXKB 1E4FT 5EOYA 4BR5A 2Q1NA 2P9NA 2NZTA 3EKUA 3DAWA 3DJCA 3QFUA 4CZFA 4BRQA 1GLAG 4QS9A 3FZHA 4HWIA 5AQYA 4H0XB 5AZIB 1KAZA 3L0QA 5F1XA 3ID8A 1K8KB 3CJCA 2VWBA 4BR7A 4FWPA 5AQXA 2NRHA 5AQQA 3DXKA 1MDUB 4FWRA 2ASPA 3HZ6A 5E84A 1X9JA 2IVNA 2E1YA 1T44A 3IDHA 5BRFA 3BF3A 3H1VX 3QICA 5AZJB 4CZGA 1WOQA 3A0IX 4H5RA 2A5XA 3I33A 2CH6A 5F0XA 1GLLO 4JNEA 5AQJA 4CBUA 3U8XA 2Q97A 2E2NA 4BGBA 3M1FA 1BDGA 3AY9A 2QWQA 2ITMA 1QZ5A 1TUYA 1T6CA 4CBWA 5FPNA 3DXMB 3TU5A 2Q0UA 5KPRA 3W3DA 5LJVA 2P9LB 1BUPA 2AP1A 3JXUA 3CQYA 3VEXA 3QMLA 1S3XA 4RTFD 4CBXA 3FFKB 5AFUH 3HM8A 4H5VA 2F9WA 2FLOA 3EL2A 4BRNA 1T6DA 1XQSC 5AQRA 5AQNA 3TPQA 3ZETB 5FPEA 4FWNA 1Z05A 4CZLA 3A8YA 5ADXA 3UKRB 3VF2A 2CGLA 4H0PA 3WXJA 2HOEA 2FSJA 4O8KA 4BC2A 3CETA 2P9KB 4A62A 4A2BA 4XH1A 2IIRA 3LDPA 3EKSA 4JN4A 2PAVA 1X3NA 3A5MC 3VESA 3B8AX 3SJHA 1JCEA 2D4WA 3BEXA 3LM2A 3LL3A 2YJEA 3UKUB 1NGIA 1BO5O 2GEMA 3CERA 1QQOA 5AQVA 2Q36A 4BRLA 3FZMA 1GLDG 5AQSA 2YI1A 1QHAA 2A3ZA 4FSVA 3AAPA 1HKGA 3I8BA 1X3MA 3D2EB 4B9QA 1NGCA 3C7NB 3U9DA 3QBXA 1NGFA 3FE1A 4CZKA 3IMXA 1MA9B 1GLBG 3UKUA 5FPDA 2D1KA 3VENA 1V4SA 2ZF5O 2A6AA 4CD3A 2NLXA 4IWVA 3KVGA 3KZBA 3FLCO 5JMVA 3UE5A 2E2PA 4I6MA 5EXWA 2GWJA 4BRMA 1GLCG 4FOIA 3JS6A 4QS8A 5EY4A 3CHWA 2W40A 4BR0A 1ATNA 3O08A 1U6ZA 3RSEB 1ATSA 4BRKA 4MLEA 3FZLA 3MN5A 5B8HA 4H0VB 4F9OA 3LDLA 3O1BA 4H5NA 1ZBSA 2ZWHA 4K43A 4K41A 1DGKN 4CI6A 4EHTA 1NBWA 4B1UB 1R59O 2ASOA 3EZWA 4HTLA 4B1ZA 4BG8A 5AQWA 4B1YB 2ZGYA 4BRAA 4K42A 1HUXA 2P9KA 3LM9A 4PL7A 3BP8A 5ELZA 5JICA 2A42A 4PKHA 2OANA 3CIPA 3VGKA 2IVOA 2CH5A 2QWLA 3VGMA 1OKJA 1RGIA 2P9SA 4J8FA 2GTDA 2V7YA 3ZEUB 1CZAN 2CGJA 2E2OA 4CD1A 3HI0A 3LDOA 1ATRA 1NM1A 4FWOA 4EFHA 3VEWA 3ENOA 2P9PB 3VETA 3GL1A 1NGDA 2P9IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VEOA 4LFCK 2IOCA 3IS9A 1D5AA 1Q82O 2UYTA 4ISFA 2P9UB 2P9LA 4DQQA 3O3HA 1VQKN 4GV9A 1U04A 3DLHA 4JKCA 5BR9A 5AZIA 1W2BM 2XY7A 1DEJA 3HXMA 1NJIO 3RRHA 1U49A 3MMVA 3H08A 3TR8A 2YHXA 4RW7A 5J2PA 1NMDA 3T1AA 1VQ7N 1NOZA 1HRHA 4YOXA 3OJUA 3A5OC 4EHUA 1RFQA 4CK1A 3CM5A 1JLCA 4E1JA 2HMPA 4KAZA 1HX1A 4CJVA 3BZKA 1NOYA 3CJ7A 2FBXA 1RDDA 2A41A 1S9EA 4HUGA 4OKJA 3NGZA 4JK8A 3L4IA 2QEXN 3OYAA 4JI1K 3VQBA 4OPJA 3WXMB 5BPLA 3MCPA 2G8FA 3RWUA 4FWKA 4JHDA 1XMQK 3ZSXA 1S1XA 3WNHA 3ZX3A 2QWPA 1HYZA 4BROA 5I3UA 3O6WA 2YHWA 5C2FA 3O9QA 3K5LA 4CEDA 2UU9K 3DXMA 4Y1CA 3T1YK 3ZX2A 2D0OA 1QSSA 3NF9A 4E7KA 2DFFA 3DLBA 3VQDA 4O4GA 3WT0A 4RW9A 1RT3A 2F9TA 2DFEA 1YTAA 1YJ9N 4H5TA 3GOIA 1RTJA 2P9IB 3R1XA 3NH0A 1HKBA 3MEDA 3NCIA 4CJ4A 5LMNK 4FJKA 2DPNA 4X66K 4MLHA 3V9WA 5LMUK 2FC0A 2GV9A 5DK5A 3QEXA 2A1SA 4OGEA 4AILC 1NJXA 4DR4K 3ID6A 3D0PA 2B5JA 2P9NB 3IKMA 2W6LA 1NGGA 3NGYA 5KGWA 2KHOA 3ZSOA 4DFKA 3ASMA 5M1PA 2UXDK 1XWLA 3VF6A 4CGJA 1J6ZA 5GINA 4FVUA 1Y64A 2Z1JA 5ADXH 4CIFA 3NVMA 1YXQA 2Q3SA 3O9SA 1MWKA 3ZSYA 3CM6A 3V9XA 5FLXO 4FYDA 2P1JA 4N5SA 1QSYA 4W5TA 2E6MA 1LOTB 1HPZA 2NRZA 4X62K 4CHQA 1WBDA 3I8DA 2Q31A 3TAEA 3NHGA 2HHSA 3O9UA 3EO3A 5AQPA 3VQAA 4CEOA 3I0SA 1S1UA 3ZT0A 1M90O 2YCHA 4ICLA 1NU0A 1U2VB 3J8AA 3KKRA 4CZHA 3N4PA 5HOOA 1CXUA 3M8PA 2LSNA 4NYFA 1WBBA 3O9TA 4AHRA 3O9RA 3GG4A 3KIOA 3I56N 3RR8A 4BRIA 4HUEA 2QWRA 3G71N 3CJBA 4MO5A 1T05A 3H3OB 4JHDB 3RMDA 1ASVA 1D9DA 3VEVA 1GOCA 4H0TB 3TARA 4K8ZA 4KHNA 4LC9B 3C6TA 4FJ5A 3MN6A 3OHRA 2KQ2A 1CLQA 4FLUA 3HSCA 4JEPA 2QXLA 3ATVA 1VRUA 4NCGA 1SQKA 1NWKA 1DKGD 1GLFO 1J5OA 3H3NO 3SI6A 3NH1A 2OPRA 4DTMA 2IVPA 2VCPA 5TKYA 2H3GX 4CHNA 4KPYA 1VAZA 3H46O 3L2RA 3CXCM 1Q86O 4KRFA 5EVZA 1HYSA 4YOWA 5EX5A 3QBWA 3AVJA 3MDQA 4C8KA 3AVHA 3NF8A 1LW2A 1KFDA 3OJSA 2F4VK 1YUWA 1NGAA 3PO4A 4BE0A 5BRDA 4NLCA 4DMNA 3CI5A 2HBJA 2UUCK 3RMCA 4MDAA 5DM7L 2RF2A 4BRHA 2VGMA 3ULEA 4MO4A 3ZSWA 2QK9A 4FXDA 5M1NA 3O80A 3QIOA 5M1KA 1ESVA 3M8SA 4CZEA 5GIPA 4CJFA 2WONA 4DV0K 2O8FB 1NJWA 5TKWA 3HJFA 2O8DA 5AQTA 4IBNA 4C23A 4JI0K 3OYCA 2O4GA 3TAMA 4CJSA 2BGGA 4OKKA 4N56A 5HRRA 3HPGA 3HTVA 1W7AA 3PV8A 4WFBL 3CQXA 1VSHA 3R6MA 5C25A 1IBMK 3THWA 1IBKK 5EOYA 4BR5A 4B9VA 1E3MA 2NZTA 4K0KK 1X9WA 1OVQA 4QS9A 3FZHA 1VQON 1LW0A 4DV3K 4HHTA 1KAZA 3DLKA 4R79A 4FZYA 1J5EK 3K0SA 2PFUA 1HQUA 1L3SA 1MDUB 3HZ6A 3HP6A 3BF3A 4OVLA 4KHUA 3HPHA 3A0IX 4H5RA 2HHUA 5F0XA 3K2PA 3HOSA 4BE1A 3U8XA 2Q97A 4BGBA 1BDGA 4FLZA 3AO3A 1TUYA 3OYDA 3TU5A 1NNEA 2Q0UA 4JI3K 1S6PA 5LJVA 4ELVA 3JXUA 1JLAA 3QMLA 1S3XA 4CBXA 4YORA 4H5VA 3SBTA 2F9WA 4LF7K 2ZJPL 3SPYA 1GOBA 1VK0A 4BRNA 3JYTA 1T6DA 2R7YA 4DWIA 4DKWA 5AQNA 3EE8A 1WAFA 1NK5A 3OBYA 3PUFA 4FWNA 1KTQA 1Z05A 4I2QA 3NFAA 3OYJA 5KGXA 1RT6A 2Y1IA 4PWDA 1OH8A 4CK3A 3F2KA 4O8KA 1VQMN 2P9KB 1RT7A 3ZSRA 1O13A 2ZD1A 3KJVA 3EKSA 4JN4A 4FM1A 3VESA 4OJRA 2D4WA 4E1NA 4W5RA 2FBTA 1NGIA 2HHTA 1I3AA 3P1GA 2A1RA 4BRLA 2ZQBA 1GLDG 1CXQA 5AQSA 3PIPL 1Y97A 3AAPA 4B9QA 3FE1A 2D0BA 3UKUA 2ZF5O 2A6AA 2QI2A 2UUBK 4IDKA 2NLXA 4CF2A 3KVGA 2OA8A 4O5BA 2QTDA 3FLCO 3PY8A 3UE5A 4LH5A 1VSLA 2E2PA 1SKWA 3NF7A 1GLCG 3JS6A 4HTUA 1VQ9N 3SUNA 3CHWA 2IS3A 4BR0A 4AHVA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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