The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
119
|
structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| publication title |
Expanded use of sense codons is regulated by modified cytidines in tRNA.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
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| total genus |
28
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-08-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2UUB K; 4B3S K; 4DV0 K; 4GKJ K; 1HR0 K; 1FJG K; 4JI3 K; 4DR6 K; 1HNX K; 4DV7 K; 1N34 K; 4DR2 K; 4DV2 K; 4B3T K; 4DR4 K; 4V19 S; 4CW7 B; 4X64 K; 4JI6 K; 4NXN K; 4LFC K; 1XNQ K; 1IBL K; 3OTO K; 5AJ3 K; 1IBM K; 1XNR K; 3T1Y K; 5IT9 O; 4LF6 K; 4DUZ K; 4X66 K; 4LF4 K; 4DV1 K; 4X65 K; 3J81 O; 4DV3 K; 4DR7 K; 4LF7 K; 2UXD K; 4DUY K; 1XMQ K; 4GKK K; 2E5L K; 4JI1 K; 4JI7 K; 1J5E K; 4NXM K; 4YHH K; 4X62 K; 4YY3 K; 2HHH K; 5LMU K; 1IBK K; 3T1H K; 2ZM6 K; 4AQY K; 1HNW K; 4OX9 K; 4JYA K; 2UUC K; 4LF8 K; 4B3M K; 2UUA K; 5A2Q O; 5IWA K; 4DV5 K; 4JI0 K; 4LFA K; 4B3R K; 4K0K K; 1N33 K; 4JI4 K; 4DV4 K; 2UXC K; 3J7A P; 3J80 O; 5LL6 Z; 5LMN K; 4DR3 K; 2F4V K; 4DV6 K; 3J7Y P; 4JI8 K; 1XMO K; 5BR8 K; 4KHP K; 4JI5 K; 4LFB K; 1N32 K; 2UU9 K; 2VQE K; 1I94 K; 5FLX O; 4JI2 K; 2VQF K; 3JAM O; 4DR1 K; 4LF5 K; 1HNZ K; 4JV5 K; 2UXB K; 4LF9 K; 4CVN E; 1N36 K; 4DR5 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 2O8F A; 4U7B A; 4DV0 K; 3DXM A; 5J2Q A; 1G99 A; 3BDP A; 4BC5 A; 3DJC A; 3ID8 A; 4CJR A; 4CF2 A; 3OYG A; 3M6G A; 3NH0 A; 3ZT2 A; 4LH4 A; 3PX4 A; 3KWG A; 1Z6R A; 4CIG A; 3LL3 A; 1NK7 A; 4B3T K; 2Z1H A; 4Q0B A; 4HWI A; 4YOY A; 4ILH A; 3MN6 A; 4BE2 A; 2GEL A; 1C0T A; 2HF3 A; 2I7P A; 3VEV A; 5BRH A; 3T1A A; 4BRG A; 3TTD A; 4O5B A; 1NGI A; 4FK0 A; 1VQM N; 4CD3 A; 1WUA A; 2IDO A; 2WOM A; 3VOV A; 3CJB A; 3BP8 A; 4CJK A; 4CCH A; 5AQH A; 5GIP A; 4W5Q A; 3A5L C; 4YOV A; 2D5R A; 2NZT A; 3FGU A; 5C2F A; 3ULD A; 1LCU A; 1OH6 A; 1U6Z A; 3L3U A; 3KVG A; 2RPI A; 5ELZ A; 2ASO A; 1BG3 A; 4CD1 A; 4BDZ A; 2H3G X; 4A57 A; 1XI1 A; 1Q81 O; 1J5E K; 1NWK A; 2HST A; 2QWP A; 2YI1 A; 4AIL C; 1HQE A; 3U8X A; 1TYQ A; 4R5P A; 2VYP A; 4BC3 A; 2YKM A; 4BQL A; 1YXQ A; 4DTU A; 3KWI A; 1Y64 A; 3ZT3 A; 3NVK A; 2P9N B; 2ZGZ A; 1GLD G; 3SNN A; 2G8V A; 3R6M A; 3ATU A; 5AZI B; 2WUS A; 3TAF A; 5A2Q O; 2UUA K; 1FKO A; 4JNE A; 4F2S A; 4DTS A; 2G8H A; 3KD1 E; 4QS7 A; 1Q7Y O; 4FJ7 A; 4IOA L; 4E89 A; 1VQ5 N; 1V4S A; 1QSS A; 4NLC A; 3KIO A; 1HJR A; 4EP4 A; 1VQL N; 5LMN K; 5CZ1 A; 4K8Z A; 2O8E B; 5KRT A; 5AQG A; 3J7Y P; 1RNH A; 3HBT A; 4OGE A; 4E1J A; 4CEZ A; 1QQM A; 1C0F A; 3CMA N; 1NGH A; 3RMB A; 4JI5 K; 4M63 C; 4IEI A; 1BA0 A; 2VQF K; 4Z4E A; 4MLH A; 3O8M A; 3VEN A; 1TUY A; 1C1C A; 2NLX A; 2OZS A; 4H5R A; 4HHT A; 3M5R A; 3AVF A; 4IZ9 A; 4JI3 K; 2HW3 A; 5M1F A; 4DV7 K; 3ZSV A; 4FLV A; 3THW B; 3A0I X; 4GVE A; 4O5F A; 3CPW M; 2XO7 A; 4O55 A; 1LOT B; 4FWL A; 3SBT A; 2E2Q A; 1GOB A; 1U2V B; 3CFP A; 1ITG A; 3O5B A; 4CW7 B; 4DTJ A; 3LDS A; 4BR0 A; 2FXU A; 3PSI A; 3U6F A; 3VQE A; 3C7N A; 4CJU A; 3LPU A; 1XNR K; 3HZ6 A; 1RBR A; 4ID5 A; 1QSY A; 2GUP A; 4DUZ K; 1RT7 A; 2F8T A; 4FOI A; 3DLK A; 3P31 A; 1CLQ A; 2ZJQ L; 1BA1 A; 3TTC A; 4CEQ A; 1W7A A; 3I33 A; 3WNF A; 3VER A; 1YTA A; 3LWL A; 3CQ8 A; 4FL9 A; 3HO1 A; 4IG0 A; 2E2N A; 4CJF A; 3L2Q A; 3THX B; 3U4L A; 4DF8 A; 4ZTF A; 2E2P A; 4I6M B; 4FJH A; 1W97 L; 3K9J A; 4DWI A; 1MWK A; 4DFP A; 1XHZ A; 1GLC G; 1IBK K; 3HVR A; 3OS0 A; 3D2E B; 1HNW K; 4QCL A; 4CEC A; 1SAZ A; 4KRF A; 3WQU A; 2V7Y A; 3DLH A; 1W9H A; 4ISG A; 1DGK N; 1RBT A; 3UIQ A; 4OPK A; 4CEA A; 2R7Y A; 4AHC A; 1DTT A; 4N47 A; 3SI6 A; 4PKI A; 4DV4 K; 5C2D A; 4QS8 A; 4CZJ A; 3JS6 A; 4M3T A; 4CE9 A; 4DCH A; 4JKD A; 3BZC A; 4FVM A; 3TAR A; 2CGK A; 4Z4I A; 3DWL A; 1EX4 A; 1X9J A; 1Z25 A; 1L5U A; 3R3L A; 1U48 A; 4OO1 J; 3LZJ A; 3QIO A; 2YNF A; 1XMO K; 4IKF A; 4G9Z A; 1RT5 A; 3ZX0 A; 3OYA A; 2FBT A; 3EL2 A; 5FLX O; 1U47 A; 1YJ9 N; 1D8Y A; 1YIT N; 1K8K A; 2XRI A; 1WBD A; 4E1M A; 1C0U A; 4KTZ A; 1VSM A; 2W41 A; 3VQC A; 1HR0 K; 3RWU A; 3P1G A; 1NLV A; 4L3Q A; 2E20 A; 1I39 A; 3OYK A; 4LH5 A; 2QA4 N; 2NRW A; 5B8H A; 1HNI A; 2NRZ A; 4MLE A; 4YFU A; 2PY5 A; 3V9S A; 1CZB A; 3AGR A; 3EE8 A; 3FR0 A; 5FDL A; 1ZXO A; 3W3D A; 5HRP A; 4ELU A; 3KD5 E; 2FC0 A; 3CJA A; 1XMQ K; 3AY9 A; 4GKK K; 1UA0 A; 3NVM A; 5K14 A; 1ZBS A; 4EHU A; 4KH5 A; 3R8E A; 3CCJ N; 2AA4 A; 4DTR A; 3K59 A; 2RF2 A; 4RWT A; 1JL2 A; 2YHB A; 4M3R A; 2VWJ A; 4I9Q A; 1WSH A; 4DFK A; 2HND A; 1WAF A; 4JYA K; 2UUC K; 2XY7 A; 1BIS A; 3R1X A; 4AHR A; 4BVO A; 3PUF A; 1OVY A; 3KKR A; 2JLE A; 1Y97 A; 1ZBU A; 2O8B A; 3HI0 A; 4N5S A; 3AA3 A; 5BN8 A; 3RMD A; 2D0B A; 1C6V A; 3CCS N; 4O8K A; 4J2D A; 2YJE A; 1WAJ A; 3SQ4 A; 5JVG L; 2BGG A; 1RT2 A; 3BUZ B; 3SMP A; 5DM7 L; 5FPD A; 2DPN A; 3CCE N; 3VEY A; 1ESV A; 2JGU A; 5BPM A; 4B1U B; 3AA5 X; 2F9T A; 4LF5 K; 2UXB K; 4LF9 K; 3QET A; 1J5O A; 3K5M A; 3V81 A; 2ATQ A; 1E4G T; 2HHT A; 4B9L A; 1KRP A; 3JXU A; 1NK4 A; 3TAG A; 1S3X A; 1YJN N; 5GAD P; 4KI4 A; 4JKA A; 1SKS A; 2ZGY A; 3G71 N; 2QXL A; 3O9U A; 3VQB A; 1YJW N; 1HYV A; 4CFB A; 2IOC A; 2E6L A; 1EET A; 4JHD B; 1KLM A; 4RW7 A; 1C1B A; 4KHW A; 5SWM A; 4EIA A; 2HNZ A; 2NUB A; 3H6E A; 1Q9X A; 1FW6 A; 3OYE A; 2FF3 B; 2Z1I A; 2ASM A; 2ZF5 O; 4H4M A; 1VAZ A; 2GTD A; 2RKI A; 3C65 A; 4BRH A; 3CCR N; 1ASV A; 3VA3 A; 3NAE A; 1P90 A; 4AHT A; 2P9K B; 1RBV A; 3F9K A; 3SZ2 A; 3IMX A; 1JXE A; 3LWM A; 4KHY A; 5KRS A; 2HVH A; 4BR2 A; 2X74 A; 4E7L A; 4CZI A; 3GL1 A; 3L8B A; 1Q82 O; 2O4G A; 4OX9 K; 4BWJ A; 4PHT X; 3J7Z O; 1X1P A; 1BQM A; 4PA1 A; 3EY1 A; 5J2P A; 4L8R B; 3WEE B; 3ZSR A; 4KHS A; 5IWA K; 3AO2 A; 3MCA B; 1SL0 A; 1Q8I A; 3GG4 A; 1KFS A; 2UXC K; 2PZS A; 3J7A P; 3AVK A; 1G15 A; 4RCH A; 1JLE A; 5EU7 A; 4EAH D; 3E66 A; 3MN5 A; 1SL2 A; 2E2O A; 3J8A A; 4GV9 A; 4OLB A; 1ASU A; 4FLU A; 3SQ2 A; 2Q36 A; 3SMS A; 2P9P B; 4BRD A; 1U49 A; 1J53 A; 4B8A B; 4B9Q A; 5HOO A; 1I94 K; 1HYS A; 1HNZ K; 3ENB A; 1NKC A; 1S1T A; 4IFY A; 4DQS A; 1TL1 A; 1M90 O; 1NM1 A; 4YOR A; 2WFB A; 3UKU A; 3N4P A; 2IVN A; 3JYT A; 3DLG A; 2CH6 A; 2OAN A; 4M7Y A; 4CGI A; 3T3F A; 3AA4 A; 4CEE A; 3NGI A; 1RCH A; 3H45 C; 3HPG A; 4C8N A; 1BHL A; 4DV2 K; 2NRH A; 2UYT A; 3TI0 A; 1SV5 A; 5M1Q A; 5DMR A; 3RRG A; 4ELT A; 1NGC A; 4IO8 A; 4GV6 A; 4DHY A; 3D2F B; 1EXQ A; 1OVQ A; 4K42 A; 3VET A; 4DSI A; 2HF4 A; 1JCG A; 3SQ1 A; 3J81 O; 4F3O A; 1T6C A; 4WYB A; 3WNG A; 3THY B; 2P9L B; 3VGL A; 2G8F A; 4Y1C A; 4DS5 A; 4W5N A; 5AQT A; 1NGF A; 4DUY K; 4OKJ A; 1XC9 A; 4DU1 A; 2NRT A; 3AO1 A; 1KCF A; 4CED A; 3NF8 A; 5KGX A; 2QWM A; 2RE2 A; 3PV8 A; 5CYM A; 3CCM N; 4IG3 A; 3SUN A; 3QEW A; 2O8F B; 2FSK A; 3GDQ A; 3QB0 A; 4I2P A; 4IBN A; 4FJJ A; 2IC3 A; 4RW9 A; 3H3N O; 2ZM6 K; 4OKK A; 4FJ5 A; 1NK0 A; 2G8U A; 2W40 A; 2BUP A; 2NRV A; 4H0Y B; 3VF2 A; 3SLC A; 3VQ9 A; 3DLL L; 3HOS A; 1D5A A; 1OKJ A; 4WFA L; 4WQ4 A; 3C6T A; 3I56 N; 2ETJ A; 2VWK A; 3WXJ A; 4W5R A; 5AQN A; 3C94 A; 2KFN A; 4XIU A; 4J2E A; 1EO1 A; 3DYA A; 2ITM A; 5KQD A; 1RT1 A; 2EX3 A; 1ZC6 A; 1IG8 A; 3B8A X; 3ZSY A; 1VRT A; 2Q0U A; 1CXU A; 1LW0 A; 4HUF A; 2PAV A; 3L2R A; 2E1Y A; 4JAX A; 5GAH P; 1TYQ B; 2UUB K; 3RMA A; 1QSL A; 1JLA A; 3L6Q A; 3WNE A; 2QWL A; 1BI4 B; 1JCE A; 1RIL A; 1GLA G; 1LWF A; 4H0X B; 1SUQ A; 4HUG A; 3QEP A; 2FF6 A; 4CJL A; 1HKB A; 4JK7 A; 1IJJ A; 1VQ9 N; 3D6R A; 4JRQ A; 1VK0 A; 1N8R O; 3SBG A; 4X66 K; 3TWH A; 3KZB A; 3S9H A; 4GVM A; 3ISN C; 4X65 K; 4CHY A; 2W42 A; 4FYD A; 3VQ6 A; 4DV3 K; 1FXX A; 1RT6 A; 3CHW A; 2OPR A; 3K5N A; 5CHI A; 2BAN A; 1RDU A; 2A5X A; 4IFV A; 2OZM A; 3CM5 A; 1WSG A; 5BRE A; 1EWR A; 3CPE A; 4MFB A; 4FWS A; 4DF4 A; 2IGI A; 3VQP A; 3ZET B; 3ZSZ A; 1DT9 A; 3TSP A; 5JLF A; 2ZJP L; 3OYD A; 2OPQ A; 5ADX H; 1IO2 A; 3T1H K; 4EZ9 A; 3MXJ A; 1SKR A; 4M42 A; 5I3U A; 4B3M K; 4FPB A; 1TGO A; 3PO5 A; 4ELV A; 1KLN A; 4A2B A; 1BIU A; 4BR4 A; 1VSD A; 1MDU B; 3C7N B; 4A61 A; 3NMU A; 4LFA K; 3I0S A; 4OPJ A; 3IKM A; 4CJS A; 3GBT A; 3G0Z A; 3FZH A; 3TAP A; 4BRL A; 3TU5 A; 4JKF A; 2PFU A; 5M1P A; 1LAV A; 2YNH A; 1WSF A; 5DM6 L; 5BR8 K; 1HYZ A; 4B9U A; 2ZD1 A; 3KLG A; 2B4J A; 3WXI A; 3HST B; 2VQE K; 3KLH A; 2OTJ N; 1O13 A; 2FBV A; 3TPQ A; 4A5B A; 2X78 A; 3E9P A; 3SK3 A; 4FVU A; 1NK6 A; 4JKB A; 3DRR A; 4B3S K; 5BPL A; 3QML A; 4CJE A; 5LJV A; 3DLE A; 4FSV A; 4DKW A; 4FWR A; 3VEO A; 1HNX K; 4DTN A; 3S3O A; 2FSJ A; 3B6O A; 5JVH L; 4O4G A; 1V4T A; 1TUU A; 4C8O A; 4CHQ A; 5KGW A; 3MX2 A; 5CR4 A; 3CC4 N; 2FSN A; 5AQW A; 4V19 S; 1QVF M; 3AVN A; 5AJ3 K; 4AM6 A; 4Z4G A; 3DMJ A; 1WBB A; 1YHQ N; 3LZI A; 3VMF B; 1BQN A; 4YNQ A; 2XY5 A; 2HVI A; 3HL8 A; 1NGJ A; 5T7B A; 5E84 A; 1HRH A; 3KLF A; 2QTD A; 3TR8 A; 1T44 A; 2BTF A; 4RW8 A; 3WXK A; 4DSJ A; 1KTQ A; 2O4I A; 5J2M A; 2KKZ A; 3VQD A; 3GE1 A; 4DTM A; 1ATS A; 4OVL A; 4FM0 A; 1NU0 A; 1K8K B; 2QW9 A; 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4BRO A; 3NH2 A; 2YCH A; 3H46 O; 4AHV A; 3S3M A; 3MAQ A; 2YJF A; 3A8Y A; 4E7K A; 3VQ5 A; 2IVO A; 3IG1 A; 4WQ4 C; 5AQF A; 3EKU A; 4CGF A; 2O8D A; 2B5J A; 5AQY A; 3HT3 A; 2QKB A; 2P9U A; 1EWQ A; 1HKC A; 4BC4 A; 1FKP A; 5AQR A; 1Q86 O; 4F2R A; 1QE1 A; 1A5W A; 3OJU A; 1HLU A; 4KAZ A; 3BF3 A; 4PKG A; 3NF7 A; 3VQ4 A; 4WF9 L; 2XY6 A; 4I9L A; 4BWM A; 1P8Z A; 4NYF A; 3CFO A; 2OCE A; 4PKH A; 3LP2 A; 4CJW A; 2FBY A; 5FRO A; 3SUO A; 1KAY A; 1H1V A; 3MDQ A; 3CCQ N; 4ISE A; 3CXC M; 1HQU A; 4QOZ B; 1ILY A; 3NHG A; 2ZE2 A; 2Q97 A; 5KI6 A; 3SCX A; 2A42 A; 1Q9Y A; 1N36 K; 4XH5 A; 1KFD A; 3AGK A; 3G6E N; 3VGK A; 2QM1 A; 4Z4H A; 3QLH A; 1UOC A; 1ZBL A; 4DR6 K; 3O1B A; 1OH8 A; 1WSJ A; 3O3G A; 4CF0 A; 4FCY A; 3SQ0 A; 4DR2 K; 3O3F A; 3DOK A; 4IWV A; 4WQ5 A; 3C6A A; 4FO0 A; 1NJX A; 2VGN A; 4H5V A; 4KHU A; 1W0H A; 5AQZ A; 4FLZ A; 4CEB A; 3OVN A; 1LV5 A; 2A6A A; 3O4N A; 1NJI O; 4J2B A; 3VPZ A; 5AQO A; 3LP3 A; 3OYF A; 3OYJ A; 2IS3 A; 3AAR A; 4G1Q A; 4KHQ A; 3LAK A; 2B6A A; 1QZ5 A; 4MO4 A; 1SS6 A; 2V52 B; 2D0O A; 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