3AVFA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
b'SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Integrase
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule tags Recombination/inhibitor
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avfA00
3AVCA 5EU7A 1NK8A 2X6NA 4CEBA 1JL2A 1O1WA 5DK5A 3KKSA 1A5WA 4CEQA 3AO2A 5HRNA 4BWMA 3OYGA 1RT3A 3HL8A 1RBSA 2ZQBA 5C24A 4KV8A 1J54A 4LD0A 3VQ8A 1C0TA 2OPRA 3OS2A 4DSFA 4CJSA 2OPQA 3L3UA 2P5OA 2D0CA 1EXQA 3PUFA 3VN5A 3O3HA 3LP1A 5KRSA 4OKJA 3S3MA 4FCYA 3AA5X 1KFDA 1TV6A 2G8VA 3U3YA 1JLQA 3L2RA 3O3FA 2IAJA 3SUQA 2YHBA 4FLUA 4W5QA 2KFNA 4M3UA 4FJMA 2DY4A 3EY1A 4CIFA 3HT3A 1JXEA 1BCOA 3C6UA 4HHTA 2NUBA 1JXBA 4BDPA 4KB0A 4KHUA 1NKEA 3AVHA 4ICLA 2OZMA 4OLBA 2F8TA 2AJQA 1BL3A 4CCHA 3RTVA 3EZ5A 4FLVA 1S1UA 3SV3A 1WSGA 3ZCMA 4AHVA 3NH2A 5FRMA 4FXDA 3AVFA 4K8XA 3SJJA 3PX4A 2G8IA 4M45A 4BWJA 1NJYA 4CHOA 3RMBA 4RW6A 4AILC 5HRPA 1QSYA 4PY5A 3ZSQA 3LWLA 1TGOA 4CGDA 1TKTA 4CEAA 5KGWA 1TK8A 5J2PA 2KQ2A 4CHZA 3OYHA 1NK7A 1D9DA 4R5PA 3NE6A 1KRPA 1LV5A 4PUOA 3AVIA 4CJWA 4Z0UA 5HRRA 4Z4HA 3F73A 2FBYA 5FDLA 1R0AA 2X6SA 5C25A 1KTQA 1VRTA 2B6AA 2GV9A 4CEOA 3ZSZA 3HPGA 4FLXA 4CFBA 1JKHA 1TVRA 3ZT0A 2XY8A 3LPTA 3LZIA 1HPZA 3AO4A 1FKPA 1VSEA 1C1AA 1WAFA 2YKNA 1RTJA 1RDAA 4F4KA 4FZYA 4KTQA 4M3WA 3QLHA 1C0MA 1UA1A 1QQCA 3DLGA 3NCIA 4O4GA 5C42A 5CZ1A 3AVGA 2XRIA 1IO2A 1LWEA 3QERA 4CK2A 4E19A 4KHSA 4FZZA 3ZT3A 5JS2A 4CEDA 4AHTA 1IKVA 4QAGA 1JLEA 3K5OA 5KTQA 4ELVA 3NF7A 3TWHA 4LY7A 2E6LA 4CHQA 5E41A 5I42A 4FJHA 3FFIA 4IKFA 1RTDA 4GMJB 1VSIA 3AO3A 3P5JA 1RBUA 1CZBA 3QETA 5HRSA 4M3RA 3B6PA 3OYKA 4RW9A 3CQ8A 4KFBA 2ETJA 3DYAA 3K57A 1S6PA 1Z26A 1BQNA 1S9EA 4O44A 3VQEA 4CK3A 1CXUA 4AHSA 3CM6A 3QINA 4B9UA 2HHSA 3NGIA 2KFZA 3V81A 2R7YA 4ZTJA 1ZBHA 4FM0A 1TAQA 4M41A 1JLBA 1A5XA 1LAVA 4DMNA 5CZ2A 1J9AA 4DU4A 2A1RA 2HHWA 2Z1JA 2ATQA 1I3AA 4H8KA 1TK0A 4J2AA 3C95A 4HUGA 1BIUA 2D0BA 3AVKA 3CFRA 4DLEA 2KZZA 4C8KA 1ASWA 3JYTA 1ITGA 1CLQA 3KLEA 4FJNA 1ASVA 3AA4A 3VQBA 5SWMA 4DTRA 2VG7A 1IKXA 3HP9A 5DMRA 5D3GA 4IG0A 4CFCA 3HO1A 4E7LA 3PO4A 4CJ4A 1RT7A 3WNHA 4Z4GA 1QE1A 2HNYA 4DG1A 3ULDA 3OYFA 1NK5A 4I2QA 4B9MA 1GOCA 3ZSRA 4B9LA 2PZSA 3BDPA 1DTTA 3AO5A 3CYMA 2XY7A 1U48A 2HVHA 2FBTA 3DM2A 1WSHA 3MXMA 3L2VA 2HHXA 1Q8IA 4IG3A 4CJQA 3SPYA 1DTQA 1EETA 3IG1A 3VQQA 5KRTA 3MEDA 1RNHA 1XC9A 3PY8A 3A2FA 3K5NA 3VQ6A 1SKRA 1SUQA 4XIUA 4DQQA 4CJKA 3OY9A 3QIOA 3TARA 4CHYA 3T19A 1NJZA 2KW4A 2WONA 1YVUA 2VG6A 3LP3A 1VSMA 5HLFA 1NOYA 3KTQA 4FJIA 1RTIA 1C6VA 4DSLA 1QSLA 3KLFA 4Z4EA 4EZ6A 4FJ9A 2E6MA 2HVIA 4LSLA 3VA3A 1L3TA 4CE9A 3PO5A 3SQ0A 4M42A 3F9KA 4B3OA 2Q3SA 3I0SA 4CJFA 4FM2A 3SV4A 3RMCA 4RW7A 1KCFA 1J5OA 1XI1A 4PA1A 3LDSA 1BGXT 4GVMA 4CESA 3ZT1A 4DTJA 4KI6A 1FXXA 1QHTA 3ITHA 4CF9A 4J2EA 4OVLA 4GW6A 2HHVA 4E7HA 2E4LA 4CF0A 5J2MA 3V6DA 4M3TA 1BHLA 4OLAA 4CFDA 3OYBA 3VQCA 3OYJA 1WNSA 3AV9A 4CEFA 3VQ5A 2YNFA 3HPOA 4CJ5A 1NOZA 3SUOA 1T8EA 4FLTA 1N6QA 1TKDA 3M8PA 2G8WA 4KKOA 2B5JA 1NJWA 4NCBA 4DF4A 4HVJA 1U45A 2O4IA 3AVMA 3DRPA 3NF9A 3KLHA 3I8DA 1HNIA 4DS5A 4KRFA 1D5AA 4DTMA 1WSFA 3QNOA 4WE1A 4FK0A 4BDYA 2D5RA 2G8UA 3S3OA 2GBZA 1TKXA 3CG7A 3OS0A 1JLFA 4E1MA 1UWBA 3KK1A 3PX0A 4FJ7A 1ZBIA 4W5OA 3QO9A 1VSKA 3ZSYA 4CGFA 4IDKA 1VRUA 4DFKA 3L8BA 4M3XA 4AHRA 3QEPA 3RRGA 4CJEA 2F8SA 4W5NA 3SQ2A 3DLKA 1C0UA 4ZTFA 1ZBUA 5T7BA 3NGZA 4DQRA 3L3VA 2VG5A 3DOKA 4ID5A 4AHCA 1RT1A 2XO7A 3VQPA 1WSEA 2HNZA 2IOCA 4E7IA 4BE2A 2Z1GA 3RMDA 2XHBA 3D45A 3AA2A 1QS4A 2HNDA 3O4QA 2P1JA 4CF1A 5HROA 2BANA 2WOMA 1FKOA 1KLMA 3NF8A 2FC0A 3HXMA 1NK6A 2YNIA 3HVTA 1A5VA 1S9GA 4CHPA 3MEEA 1VSLA 1Q9XA 3AVLA 3EYZA 2QKKA 4CEZA 1HMVA 4JS4A 4FZXC 1IKWA 4B9VA 3DRSA 4EP5A 1UAXA 3LPUA 2BGGA 4Z4FA 1S5JA 4QOZB 4DF8A 4ELUA 4E7JA 1ZBLA 1UA0A 2VWJA 4F2SA 4FJXA 4CGJA 2IDOA 2B4JA 1IH7A 3QNNA 4O55A 5K14A 1VSFA 4Z4IA 4G1QA 2QK9A 3OYLA 4F2RA 1GOBA 3L2UA 1BCMA 4HCCA 2ITGA 2Y1JA 3OS1A 3SPZA 3LAKA 3U3GA 4DQSA 3QEWA 4AHUA 2OPPA 3OYIA 4NYFA 2W42A 4F8RA 4RW8A 1C1CA 1KVBA 1NK0A 4O0IA 3OYDA 3D0PA 3G10A 3IRXA 3OJUA 5KI6A 4E3SA 1VK0A 3HPHA 2YHAA 1SL0A 4ID1A 3QEIA 4QCLA 4DTOA 1TAUA 1U47A 4F3TA 1RCHA 3G0ZA 2X74A 1Y97A 4Y1CA 4YFUA 3NGYA 3NFAA 1SKSA 3KD1E 1HJRA 3AVJA 4C8MA 1VSJA 2EHGA 4DQIA 3K2PA 3OYAA 2HMIA 4KPYA 2YNHA 3LANA 3M8QA 4IBNA 3HP6A 3HM9A 1RBVA 3DLRA 3V1QA 3OYMA 4DFMA 1D9FA 4CF8A 1S6QA 1LWFA 2ZD1A 3OVNA 1C1BA 3SQ1A 5J1EA 2RF2A 4OKKA 4YNQA 4BE0A 3THVA 1KSPA 4BACA 1BQMA 5CYQA 1T03A 5SZTA 3TAMA 4I7FA 1HYZA 4CERA 2I5JA 2DFFA 2BE2A 4KAZA 1REVA 4KTZA 4NCAA 1RDCA 4CEEA 3QEVA 4JRPA 3TI0A 3KKRA 3RR7A 3LAMA 4JS5A 1RBRA 1LAWA 1U49A 2QXFA 3DLEA 3AVNA 3E01A 4DSKA 2G8KA 3PX6A 1TK5A 1WLJA 1WAJA 2FBXA 3I0RA 5I3UA 3BGRA 3ASMA 4OPJA 2GUIA 4JRQA 4O5BA 4FLZA 4M3YA 3S9HA 3UIQA 4FW1A 4B8AB 1KFSA 3O3GA 4CJ3A 4L8RB 2Z1IA 4DTPA 4CECA 4B9TA 3QESA 1J53A 2LSNA 1EP4A 3P1GA 4DLGA 3KLIA 3ZSWA 2Y1IA 3RR8A 1SKWA 2P51A 1YTUA 2OPSA 4O0JA 1BISA 1S1TA 1RTHA 3K5LA 4B9NA 3KK3A 4LSNA 2OA8A 2DTUA 1KVAA 4DU1A 4CGIA 2FBVA 2G8HA 4CFAA 4HUEA 1F21A 3MEGA 3SI6A 4UQGA 3S3NA 3NDKA 3LP2A 3ZT4A 1SL1A 3V9WA 4AH9A 4DQPA 4I2PA 4MFBA 4DU3A 4PQUA 4N47A 4I9QA 5CYMA 3LZJA 3CFPA 2X78A 3VA0A 1D8YA 2XY6A 3IS9A 3P83D 3KIOA 1EKEA 4B08A 4DSJA 2HB5A 4DSIA 4N76A 4EP4A 4FLYA 3VQ7A 1VSHA 4CJUA 4Z4CA 5CY4A 4FJGA 1JL1A 3DLBA 5JS1A 3NAEA 3IAYA 1HYVA 4DS4A 3SCXA 1LWCA 4KO0A 1ZYQA 4OGEA 1JLAA 1RT5A 1Q9YA 4E0DA 1HRHA 2KTQA 3LWMA 5J2QA 2JGUA 1U04A 3ISNC 3VQAA 1IG9A 4DTUA 1NJXA 1S1WA 3ZSXA 3HJFA 2DFHA 4NYNA 2O4GA 4W5TA 1T05A 4FM1A 4ELTA 3TANA 4ZHRA 3H08A 4RW4A 3O4NA 2RN2A 3V9XA 4FW2A 1NK4A 1X9SA 3V9SA 3OJSA 1G15A 4DFJA 3HK2A 3SYZA 4CJTA 4CK1A 1LW0A 3LALA 4TSXA 4HTUA 1XHZA 1HQEA 1I39A 1RT6A 3KLGA 1IKYA 4CHNA 3OYEA 4KB1A 3NF6A 4IFYA 4N5SA 3L2WA 1BI4B 4DTXA 1S1XA 4OKEA 4KHQA 4K8ZA 1X9MA 4MQ3A 1W0HA 4PWDA 1EX4A 1SV5A 4RG8A 1ZBFA 3DOLA 4W5RA 3RRHA 3K59A 1CZ9A 1T7PA 4J2DA 1K6YA 2JLEA 2YV0X 4CJRA 3MXIA 3KD5E 3DRRA 3ZSVA 3AVBA 1BIZA 4KHYA 4KHWA 3HSTB 2EX3A 4FJ8A 1FK9A 5KGXA 1N5YA 2QKBA 2A1SA 1RT2A 4CJVA 4DFPA 3WNFA 2P5GA 3U6FA 4H4OA 2BDPA 4EZ9A 4Q5VA 2KZMA 1S1VA 2HHTA 1GOAA 4OJRA 1Z25A 1B9FA 1RBTA 3DMJA 3V1OA 3PV8A 1NKBA 1QTMA 5J2NA 1TKZA 3AO1A 3V9UA 4Y1DA 3MECA 4F3OA 3HVRA 4N56A 4BDZA 4DSEA 3QIPA 4LH5A 3TAFA 2G8FA 2DFEA 1L3SA 3RWUA 3K5MA 3TABA 3ALYA 2IGIA 1ASUA 4CF2A 4CIGA 3NH1A 3NBPA 4DTNA 1CXQA 3MXJA 4IFVA 2YNGA 4M3ZA 1KLNA 2XY5A 3SUNA 4CGGA 1XHXA 3LP0A 3ZSOA 3DLHA 4I9LA 4E89A 1L3VA 1QSSA 3M8SA 2D0AA 3K58A 4BE1A 3V9ZA 3M8RA 1WSIA 1RILA 4H4MA 4OPKA 1YT3A 1RDBA 4B8CA 4HUFA 3RMAA 1RT4A 5HP1A 4DWIA 3V1RA 4Q0BA 2HW3A 1HQUA 1KVCA 4KHNA 1MU2A 1X1PA 2OZSA 2HHQA 1W9HA 3HYFA 3OYCA 1B9DA 3WNEA 1TL3A 1WSJA 3CM5A 1RDDA 1BI4A 1JLCA 1L3UA 2PYLA 1NKCA 4DTSA 1HNVA 3NHGA 4C8OA 4FJJA 1JLGA 3VQDA 4KREA 4FJ5A 2RPIA 2OYQA 4HCBA 1WN7A 2IS3A 3L2QA 1HYSA 3ZT2A 4NCGA 3JSMA 4CJLA 3VQ9A 4FJKA 1NK9A 3TR8A 4N41A 3SZ2A 3DI6A 3KJVA 3TAPA 3VQ4A 4E7KA 4B9SA 3V4IA 3SNNA 4FK2A 2PYJA 1B92A 3TAEA 5FRNA 4FVMA 4KTWA 1DLOA 4OGCA 4FJLA 1YTAA 4C8NA 1L5UA 1X9WA 4J2BA 4FLWA 3SQ4A 2ZE2A 3QEXA 4CJPA 2F96A 3TAQA 4JLHA 1SL2A 4KI4A 4CGHA 4FYDA 4E1NA 3WNGA 4FK4A 4C8LA 3TAGA 3B6OA 2RKIA 3T1AA 1U4BA 2Z1HA 1LW2A 2IC3A 5HBMA 2YKMA 1TL1A 5FROA 4CIEA 3OYNA 3C6TA 1UOCA 2HHUA 3SUPA 3AA3A 3C94A 1VSDA 4LH4A 3MAQA 2VWKA 3NH0A 3KK2A 1XWLA 2PY5A 3AVAA 3T3FA 3CFOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AVCA 4B9QA 3GL1A 5TKYA 1T6DA 3OYGA 3CXCM 3VQ8A 3OS2A 4BR0A 4CJSA 2E1YA 2D0CA 2VGNA 3DAWA 3BP8A 1ESVA 4HTLA 1TV6A 3L2RA 4PKGA 2F7TA 4FPBA 3HT3A 3A5MC 1BCOA 2NUBA 3EKUA 3T7ZA 4ICLA 2OZMA 4M63C 2FF3B 3RTVA 4B1YB 3NH2A 4FXDA 3AVFA 2G8IA 4M45A 5HL7L 4FWQA 4RW6A 1QSYA 1U2VA 3FFKB 5KGWA 4CHZA 1D9DA 3NE6A 5HRRA 2FBYA 5C25A 1VRTA 4YOUA 4JYAK 2GV9A 3ZT0A 3HOSA 2XY8A 3LPTA 1HPZA 2HBLA 1WAFA 1C1AA 2YKNA 1GLEG 4FZYA 1VQ5N 3FR0A 3UE5A 1UA1A 2Q0UA 1IO2A 4WQ4A 4E19A 3ZT3A 2QXLA 1IKVA 1NGEA 1JLEA 5KTQA 4ELVA 5BR8K 4CHQA 2VQEK 5E41A 3I55N 5I42A 3C6HA 1VSIA 2CGLA 5BR9A 1CZBA 5GAGP 5HRSA 3B6PA 1V4SA 1TUYA 4RW9A 2HF3A 3CJ7A 1W97L 3K57A 3EE8A 1J5EK 1Z26A 4O44A 1CXUA 3CM6A 3NGIA 3CCRN 4ZTJA 4FM0A 3ZX2A 1LAVA 4DMNA 5CZ2A 4DU4A 2A1RA 5GINA 2HHWA 2Z1JA 2ATQA 3THWA 4JK7A 1TK0A 1M90O 2D0BA 3AVKA 4DLEA 3VMFB 2O8BB 1DT9A 3JYTA 1CLQA 3KLEA 1ASVA 3AA4A 3VQBA 4DTRA 1T3VA 2UYTA 1IKXA 5DMRA 1KD1O 3HO1A 4E7LA 3O4WA 3R3LA 1QE1A 4FWRA 3ULDA 1GOCA 4B9LA 3CYMA 1Y64A 3H3NO 5KQ8A 1U48A 4JI0K 3ZYYX 2FBTA 3L2VA 1Q8IA 2YJEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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