3AVFA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
b'SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule tags Recombination/inhibitor
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avfA00
4PA1A 2HVIA 2O4GA 3HXMA 4CJ5A 3NH2A 4LH4A 4HCBA 4Z4HA 1YT3A 3SQ0A 3DYAA 1JLGA 3VQ6A 3M8RA 1BGXT 2ATQA 1FXXA 2IDOA 1NK7A 1RTDA 3DLBA 3I8DA 4OPKA 1NOZA 4HUEA 4DTOA 4OKJA 3DOLA 4CJKA 3TI0A 2OA8A 1VSIA 4LSLA 4C8KA 3S3MA 2HHTA 1I3AA 2YKMA 5KRTA 4NCAA 1IH7A 3PX0A 3QIPA 4F8RA 4O4GA 2IGIA 3C6TA 4CGHA 3QEXA 3SUPA 2Q3SA 3KD5E 4K8XA 4C8LA 4DSIA 1BI4B 5T7BA 1IG9A 2P5OA 3HO1A 1HYVA 3G0ZA 4E19A 2Z1JA 4R5PA 4CJQA 3JYTA 3P1GA 3CQ8A 4M3YA 3M8PA 3K57A 1JL2A 4CJWA 2WONA 3TWHA 4CF8A 3QESA 5J2QA 4M3TA 4RW6A 4CHNA 4FLWA 3EZ5A 4LY7A 1C1BA 3AO2A 4G1QA 1L3UA 4Y1DA 3OS1A 3K2PA 4ZTJA 4EP5A 4L8RB 1WSJA 1NK5A 3HJFA 4OVLA 2VG5A 3QLHA 3V1QA 4FCYA 1KRPA 1JLAA 3M8SA 1QSYA 3OYDA 3QO9A 3QERA 4KHYA 4AHSA 2Y1IA 1ZBFA 4E7JA 4FYDA 2HHUA 3L2QA 2FBVA 3SCXA 2BANA 5J1EA 1FKPA 3T1AA 3VQBA 1X9WA 4ID1A 3U3GA 3SV4A 1NJYA 2P51A 3AVNA 3MEEA 3ZSZA 4KHNA 4DTSA 1KVCA 2GUIA 4CEAA 4HVJA 3O3GA 4DTNA 1SUQA 1W9HA 3K58A 2JGUA 3DRPA 4B9VA 3NGYA 1I39A 3V9SA 4KB1A 4CJSA 2JLEA 4DFKA 1WSIA 1ZBUA 4E7KA 5EU7A 2HHWA 2PYJA 4DSJA 1KFDA 1TL1A 2BDPA 1C0UA 4MQ3A 3OYJA 1T8EA 3NDKA 5CZ2A 4DQPA 2EX3A 3JSMA 1GOBA 4DSLA 1IKXA 1VK0A 4C8OA 3VQPA 3L2VA 1BHLA 5KGXA 5KRSA 3MECA 4CHOA 3L2WA 4KREA 4OKKA 3K5MA 2A1SA 4W5NA 4H4OA 2G8WA 4M3RA 1RBSA 3LPTA 5CY4A 1QS4A 3ZT3A 4CK2A 4KHUA 5FRMA 2QKBA 4DF4A 1JLQA 1VSMA 4CHZA 1RILA 1S1WA 2VG7A 4FVMA 4C8NA 1BQMA 1LWCA 4KAZA 1XWLA 3AO4A 3NGIA 4FJMA 1HJRA 3PV8A 3OY9A 4FW2A 3IS9A 1QSSA 4OGCA 1TVRA 4B9NA 3DLGA 1J53A 3V9UA 4E7IA 4FLUA 4FLXA 3HK2A 4UQGA 1GOCA 2HHVA 2D0CA 3CG7A 4LD0A 4W5OA 3OYCA 1S1VA 2DFEA 2EHGA 4GMJB 4Q5VA 2VWJA 4O5BA 2P1JA 3QINA 4WE1A 4KPYA 4E3SA 4KHWA 1A5XA 3DRRA 3TAMA 3PY8A 1LW2A 4W5TA 4DS5A 3HPHA 3VQ5A 2Z1IA 3ZSWA 3UIQA 4Z0UA 3O4NA 3AVCA 2LSNA 2ZE2A 2QK9A 4ELTA 3DLKA 4I7FA 5C25A 4CGJA 1SL0A 3QEIA 4C8MA 4CK1A 4M42A 4CFDA 2OPQA 4FK4A 4O0JA 1CLQA 3P83D 3V81A 4DWIA 1S5JA 4GVMA 3EYZA 4M3XA 3TAPA 4O55A 4FJ9A 1VSDA 3AA2A 2D0BA 3DRSA 1C1AA 3DLHA 2YNFA 3THVA 1NK0A 1C1CA 3PO4A 3LP0A 4Z4EA 1TAUA 3KLEA 2XY8A 1TK0A 3K5NA 4H8KA 4JRPA 4HUFA 4FM2A 4CEFA 5HRRA 1S1XA 5HROA 3ZSQA 4AHVA 4HTUA 3QNOA 3AVAA 2HMIA 4FK2A 3CYMA 3LPUA 3QIOA 4IG0A 1TKXA 2FC0A 2FBXA 3VQAA 4KKOA 4CGFA 2R7YA 4FLZA 3TAQA 4KI4A 3KLHA 2HHXA 1SKWA 4DSFA 3KK1A 1K6YA 1DTTA 3TAGA 4O44A 4KHSA 4MFBA 3AVFA 3LANA 3LAKA 5CZ1A 4CJFA 2W42A 1UA1A 1ZBHA 2OYQA 3SV3A 1RTIA 4LH5A 4F4KA 3KKRA 3MEDA 4DG1A 4PQUA 4B9TA 2DY4A 1NKBA 3B6PA 4DS4A 3DLRA 3SUQA 1RDAA 2XY5A 3V1RA 2B4JA 3RTVA 1N6QA 3CFRA 1LAWA 3DLEA 1BI4A 2HHSA 3FFIA 4DTJA 3L3UA 4FXDA 1VSEA 4KTZA 1L3TA 1RBRA 3DOKA 4CF1A 4W5RA 4KRFA 2Y1JA 2HVHA 1CZ9A 1XC9A 3V9ZA 1UWBA 1RT5A 3F9KA 3T3FA 1JKHA 3IAYA 4DQIA 3CFPA 1KVBA 4HHTA 2IOCA 4O0IA 3KTQA 4QOZB 1JLCA 4CEBA 3O3FA 2B6AA 3NAEA 4FZYA 1TK8A 3RWUA 3D45A 1FK9A 4FLVA 1YVUA 5SZTA 1REVA 3TR8A 3AVKA 3E01A 1VRTA 4FZZA 1JLEA 3S9HA 2G8UA 1TV6A 3HVTA 3LALA 1D9DA 1CXQA 1Y97A 1QTMA 1Q9YA 4B3OA 3DM2A 1TAQA 2DFFA 4QCLA 3U6FA 3V6DA 3PO5A 1Q9XA 4JS5A 4NCGA 3NH0A 1XHXA 3OYGA 4FK0A 5I3UA 4FM1A 3TANA 3VA3A 4JLHA 4E1NA 1ZBLA 1XHZA 3NF7A 3KK3A 3VQEA 3TAEA 1RT3A 2Z1HA 3ZT4A 4KB0A 1CXUA 1C0MA 4IG3A 4AHRA 4CJTA 3QEWA 3SJJA 3BGRA 4FM0A 1LAVA 1VRUA 4RW9A 4CHQA 1C0TA 1JLFA 4DFJA 5CYMA 4BWJA 1KVAA 2RN2A 3ZSOA 1BIUA 5C42A 4ZTFA 3ZT0A 4I9LA 4FJ8A 3C6UA 2B5JA 3HP6A 3NCIA 1QQCA 4M45A 4CJ3A 2E6MA 1EXQA 3KLGA 3OYMA 2VWKA 4ID5A 1YTAA 3S3OA 4OKEA 3S3NA 1NJXA 5J2NA 1S6PA 3NBPA 4F2RA 4I2PA 4CEOA 4KI6A 2HB5A 1HPZA 1RT6A 2E6LA 2X74A 4OLAA 3HT3A 4NYFA 3VQ7A 4E1MA 4CGIA 4CESA 4DFPA 3SQ4A 4DQRA 1NJWA 1DLOA 1J54A 4BE2A 2AJQA 4FJJA 1UAXA 1RT4A 3LWLA 4Z4CA 4DU1A 1R0AA 4YNQA 3QNNA 1HNIA 3OYNA 4FJXA 2KFNA 4FLTA 4BE0A 1VSLA 1TL3A 3OYKA 2DFHA 1UOCA 3TABA 5FRNA 4RW4A 3AVJA 4AHTA 3OYLA 3NE6A 1NK6A 4JS4A 4DU4A 3PUFA 4DQQA 2XY7A 2G8HA 1KTQA 4CJRA 4PUOA 1SL1A 1QHTA 3QETA 4BDPA 4CK3A 3OYFA 1WAFA 3OVNA 5HLFA 1NJZA 1WSGA 2YNIA 1KLNA 1ASVA 4IKFA 4IFVA 3SNNA 1S9GA 1XI1A 1JLBA 3HPGA 3PX6A 5FDLA 3VA0A 3ZCMA 4AILC 4CJVA 3T19A 3HL8A 2KQ2A 4M41A 1SKSA 1QE1A 1TKDA 4IDKA 4B08A 3MAQA 4CFBA 1T05A 3AVBA 4DTPA 1ZBIA 2BGGA 1HMVA 3LZIA 3TAFA 1A5WA 3U3YA 1ITGA 4B9LA 3RRGA 4N56A 1JXEA 1KFSA 5JS1A 4M3ZA 1SKRA 3KJVA 4FJLA 3CM5A 3HM9A 2OPPA 2QXFA 2YNHA 2PY5A 3LP1A 1HQUA 4OJRA 3HYFA 3VN5A 3KLFA 3OS0A 2IAJA 2XO7A 1KCFA 2HHQA 2RF2A 5HRNA 4HCCA 4CGDA 3KIOA 2WOMA 4H4MA 4N5SA 1IKYA 3AO1A 4Z4IA 4BE1A 4RW7A 4E7LA 4JRQA 1O1WA 3OS2A 1RTHA 3WNEA 4CCHA 3ZT2A 3MXJA 1VSJA 1G15A 3SPYA 3IRXA 1MU2A 3V1OA 1C6VA 3TARA 1L5UA 3AA4A 3F73A 4FJ5A 3KLIA 3VQ4A 1EP4A 4FLYA 4CGGA 4DTXA 4CHYA 1IKWA 3QEVA 3AVGA 3L3VA 4KTWA 1U47A 1T7PA 3VQQA 4OLBA 2ITGA 2OZMA 2F8SA 3A2FA 2KW4A 4KTQA 1KSPA 1RCHA 4FJHA 4AH9A 4DFMA 3RMAA 3BDPA 1BCMA 4CEEA 3ULDA 3RMBA 4PY5A 1RNHA 3K5LA 1X1PA 4EZ9A 1D8YA 1HNVA 4DLGA 3AVIA 3ISNC 2GBZA 1J9AA 4CF9A 1D9FA 4NYNA 2KTQA 4IFYA 2XHBA 4B9MA 3HPOA 4CEQA 2XY6A 2IS3A 4CF0A 3ZSRA 4IBNA 4CJ4A 3K5OA 1VSKA 3NGZA 3P5JA 1WLJA 2OZSA 2IC3A 3KK2A 3K59A 5FROA 3D0PA 5HP1A 1DTQA 4KFBA 4TSXA 3V9XA 2OPRA 3WNGA 3NF8A 4CFCA 3ZSVA 3L2UA 4CIGA 5KTQA 4HUGA 5D3GA 1HYSA 4PWDA 3AA3A 4CIEA 3LAMA 3LP3A 2HNDA 2X6SA 4DU3A 3PX4A 3RRHA 4FJKA 1BISA 3HSTB 1QSLA 3AVMA 3OYIA 4RW8A 3SQ1A 2YHAA 1RT2A 3H08A 3DI6A 4N47A 2F96A 4CEZA 4BACA 4J2BA 4E89A 4J2DA 1S9EA 4FJGA 4OGEA 4CJLA 2PZSA 2GV9A 4KV8A 5E41A 1LV5A 4ELUA 2PYLA 4LSNA 4DSKA 4DQSA 1KLMA 3RMDA 3OJSA 4DLEA 1BCOA 1BIZA 3SUOA 4F3OA 4Q0BA 1Z25A 1TGOA 2ETJA 3ASMA 3RMCA 2D5RA 1X9SA 2RKIA 2ZQBA 3SQ2A 3O4QA 3VQCA 1IKVA 3NF9A 1BL3A 4I2QA 5JS2A 1ASWA 4CERA 1W0HA 3V4IA 4FZXC 1TKZA 4NCBA 2O4IA 4BWMA 3WNFA 3HP9A 1RT1A 2KFZA 3LWMA 1VSFA 4FJIA 4YFUA 4KHQA 4CFAA 1B9DA 4CJPA 2FBYA 1N5YA 2NUBA 3AO3A 3SUNA 1TKTA 1FKOA 3HVRA 2F8TA 1YTUA 5CYQA 4GW6A 4CJEA 2HNYA 3L8BA 2A1RA 3C95A 3CFOA 1U45A 4B9SA 3OYHA 1Z26A 1U49A 5KGWA 4F3TA 5DK5A 2BE2A 1UA0A 1S1UA 2Z1GA 3V9WA 5J2PA 2XRIA 4EP4A 1WSFA 3ALYA 1ASUA 3ZSXA 3ZSYA 3LZJA 2DTUA 2G8KA 2E4LA 4CF2A 1HRHA 3M8QA 2VG6A 4K8ZA 4Z4FA 3RR7A 3WNHA 2P5GA 1U04A 2G8VA 3AO5A 3NFAA 3NH1A 2KZZA 4CECA 3AVLA 1RBTA 3CM6A 1SV5A 3L2RA 1CZBA 2G8FA 1NK4A 4N76A 1NKEA 2D0AA 1LW0A 5HRSA 4EZ6A 4RG8A 4DTRA 1NKCA 4QAGA 4DF8A 1WN7A 1WAJA 3C94A 4B8AB 1RT7A 3LP2A 4BDZA 1TK5A 3KKSA 3QEPA 3SI6A 4CEDA 1X9MA 5J2MA 5DMRA 1BQNA 2KZMA 4W5QA 3OYBA 2YKNA 4FJ7A 3VQ9A 4ZHRA 4OPJA 4CJUA 2YV0X 1JL1A 2X78A 4AHUA 1Q8IA 4Z4GA 2I5JA 4CHPA 2FBTA 2G8IA 1RDCA 4ELVA 4B9UA 3MXIA 4CIFA 3MXMA 1SL2A 3MEGA 1L3SA 1LWEA 2YNGA 3VQ8A 4DTUA 4M3UA 1F21A 3AV9A 5I42A 1L3VA 1HYZA 3ZT1A 1RTJA 3NF6A 1U48A 1WNSA 1RDBA 1EETA 4J2EA 3ITHA 4M3WA 1VSHA 3NHGA 4FJNA 3SPZA 2HW3A 3AA5X 5K14A 3B6OA 4KO0A 3SZ2A 1RBVA 4DSEA 1A5VA 3IG1A 1ZYQA 3OYEA 3I0SA 1D5AA 1EX4A 3LDSA 4E0DA 4CE9A 3AVHA 1EKEA 5HBMA 3EY1A 1GOAA 1B92A 1WSEA 4B8CA 3OYAA 2RPIA 3RR8A 4E7HA 4F2SA 1S1TA 4J2AA 3SYZA 1WSHA 5SWMA 4ICLA 1NK9A 3I0RA 3VQDA 1LWFA 4AHCA 4BDYA 1U4BA 2QKKA 1S6QA 5C24A 3KD1E 1J5OA 4XIUA 2YHBA 3OJUA 4DMNA 4N41A 4Y1CA 1NK8A 2HNZA 2X6NA 4DTMA 1RBUA 3O3HA 3G10A 2OPSA 4I9QA 1IO2A 2ZD1A 1T03A 5HRPA 1NOYA 3DMJA 1RDDA 5KI6A 1B9FA 1HQEA 1JXBA 4FW1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QWNA 1NWKA 2O4GA 2HVIA 3HXMA 2O8EB 4JKAA 3NH2A 3DYAA 3GOIA 3KVGA 4CJ7A 3OHRA 2ATQA 2IDOA 1RTDA 3DLBA 1YIJN 2YJEA 3TI0A 1WBDA 4JI3K 3BY5A 4C8KA 2YKMA 3J7AP 4WFNL 4F8RA 3KD5E 3O1BA 4MLEA 3SUPA 4K8XA 1BI4B 3T1YK 5T7BA 3CCEN 1IG9A 5AQLA 3WXKA 3JYTA 3P1GA 4OPAA 3CQ8A 4M3YA 4DR3K 4CJWA 2WONA 3WEEB 4BG8A 3QESA 3R1XA 1YUWA 1GLAG 4M3TA 4FLWA 3VEYA 1L3UA 3K2PA 3HJFA 4OVLA 1JLAA 3UB5A 1QSYA 3D2FA 1X3MA 4E7JA 4FYDA 3SCXA 3ULEB 1X9WA 1BG3A 4ID1A 1M1KO 1NJYA 3DXMB 2YJFA 3AVNA 3MEEA 3ZSZA 1Q7YO 5GIPA 1GLFO 3NVKA 3FZKA 2JGUA 3D2EB 2JLEA 4E7KA 2UUBK 2KKZA 3QFPA 4MQ3A 4EHTA 1T8EA 3I55N 3D6RA 1K8KA 3NDKA 1MA9B 1GOBA 2YHYA 4FWKA 1VK0A 5AZIA 4YOYA 2VWBA 4C8OA 3TU5A 5KRSA 3K5MA 4H4OA 1RBSA 4DV6K 1QQMA 4DF4A 1JLQA 2RHKA 4FWNA 4FW2A 3ZEUB 3M3ZA 2QI2A 3G4SN 5AFUA 2DFEA 5EOYA 2HBLA 1C0FA 1OVQA 4KPYA 3DWLA 1EWRA 5JMVA 3ZX0A 4MO4A 3DRRA 3TAMA 1JCEA 3ZSWA 3Q7BA 5KPZA 2ASPA 4Z0UA 4BROA 3O4NA 2YHXA 3AVCA 4PKIA 3WT0A 4CGJA 3H6EA 4C8MA 5JLFA 4M42A 2OPQA 4FK4A 5BPMA 3V81A 4DWIA 1M90O 4M7XA 4M3XA 3IKMA 2D1KA 1EQYA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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