3AVFA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avfA00
4EP4A 3ZCMA 3ZSVA 5HRNA 1YTUA 1RTHA 3S3MA 5SWMA 1S9GA 3VQ6A 3SZ2A 4DTNA 4CHOA 5T7BA 3TAFA 4G1QA 3OYDA 4B9SA 1HNVA 1QE1A 4DFPA 1JXBA 3IS9A 1ZBIA 3SNNA 1TL3A 1VSJA 1RDDA 1RT1A 1B92A 2XO7A 3MAQA 2OPRA 2DFEA 2X6NA 5KGWA 2XY7A 2Z1JA 3TAEA 1U04A 5J2NA 1NK7A 4DSIA 3V81A 1SL0A 4DFKA 2ZQBA 4E7LA 4CF2A 3OYMA 4I2PA 2P5GA 4FJ5A 4CJEA 4C8KA 1GOAA 1DTTA 3C6TA 3LP0A 1T8EA 1LWEA 3V1QA 4PUOA 3OYIA 1VSDA 3SQ4A 4KV8A 4AH9A 2HW3A 4OLAA 1D5AA 4Y1CA 3MXJA 5E41A 1YTAA 4AHRA 1J9AA 4KHUA 2G8FA 1ASWA 4GW6A 4OKKA 1EX4A 4N41A 4CGDA 4Z4HA 4KFBA 4GMJB 1LV5A 4W5QA 3L2WA 3K58A 4B08A 4DTXA 1NK6A 4KHNA 4W5NA 4MQ3A 2NUBA 2Z1HA 3OYNA 4JRPA 3QIPA 1B9FA 2FBVA 4RW4A 4CJVA 4CJFA 2ETJA 3HXMA 2GV9A 1ZYQA 3L2QA 4FJHA 2F8SA 1RCHA 4E1NA 3KK1A 4FM1A 1TVRA 3WNEA 3IAYA 3K5LA 2OA8A 5D3GA 3VA3A 4M3UA 4FJXA 1KVAA 3C94A 3LAKA 4I9LA 4DQRA 4DSEA 3NF8A 3VN5A 4CF9A 1ZBFA 1N6QA 5J2PA 2RKIA 1NJZA 1QS4A 3AVHA 1LWCA 3MEDA 3V9UA 4M3WA 4BDZA 3DLRA 3ZT1A 1RILA 1WAFA 2OYQA 4FK0A 1JKHA 4CEBA 1C6VA 3NGYA 4M42A 3TR8A 4CHYA 4KI4A 3VQ7A 3JYTA 1VSMA 4IG3A 4OKEA 1YT3A 2Q3SA 5KI6A 4CJQA 3CFPA 3TAPA 2HMIA 4W5TA 3NH0A 4QOZB 3PO5A 1BGXT 2FBYA 4CJWA 3HVRA 3OJSA 2O4GA 5J2QA 4ELTA 3QNOA 3D45A 4F4KA 3RMAA 1C1CA 3F73A 3HM9A 3BDPA 3LZJA 1JLCA 4CFDA 4FVMA 3ALYA 1RTJA 1WSIA 4ZTFA 4KHYA 2VWJA 5CYQA 3V6DA 3KKRA 5SZTA 3U6FA 4CJ4A 4F8RA 3S9HA 4FJNA 4DTJA 1RT5A 3KD1E 1KFSA 3DMJA 1XC9A 1RT7A 4H8KA 1SKRA 4I9QA 3KK3A 2QKBA 4CHZA 3LWLA 4CJ3A 3OS2A 3V9ZA 2ZD1A 3OYEA 1WSJA 4B9NA 4FZXC 3SUOA 3S3OA 3ZSQA 4J2BA 3SJJA 4DU1A 1C1BA 4CJPA 1U4BA 1BCMA 3L8BA 4CIGA 1KLNA 3VQEA 5C24A 3ULDA 3SUPA 2JGUA 2E6MA 4KO0A 3TARA 4M41A 1TKDA 4FYDA 3AVLA 3DLBA 1VSHA 3OYGA 4DTRA 1IKVA 3DI6A 4HUFA 1X9SA 3I8DA 4MFBA 1IKYA 4M45A 4DU3A 1NKBA 4B9LA 3NH1A 4DTSA 3LPUA 4KHQA 3V1OA 4FJGA 2YNFA 2KFNA 3BGRA 3G0ZA 1JL2A 5C42A 3M8QA 3QEVA 1NJYA 3WNHA 3ZSWA 4B8CA 1A5VA 4IBNA 4CHPA 3K59A 4DQQA 4AILC 3QEWA 4N76A 4Z4GA 4PWDA 1WNSA 4C8NA 1KFDA 3S3NA 3HP6A 4BWMA 3ZSRA 1WSEA 4UQGA 4FLTA 3SV3A 3OYBA 1XI1A 2P5OA 4E3SA 1FKPA 3I0SA 4O44A 2VG6A 2EX3A 3T19A 1BQMA 1RT6A 4AHSA 2DFFA 3QERA 4Z4EA 5CY4A 1A5WA 1UOCA 1L3UA 1RT3A 3WNFA 1SUQA 1VSIA 3LPTA 4RW6A 4TSXA 3FFIA 1U47A 2HHQA 3VQ4A 4DG1A 2IOCA 4DLGA 4CEOA 4JS5A 4DF4A 4BACA 3LAMA 1FKOA 3QIOA 4FM0A 1B9DA 4M3YA 1KCFA 3VQ8A 1TAUA 4FJKA 1J53A 3TANA 4WE1A 4CK2A 1CLQA 1QQCA 2XY8A 1W9HA 3AA4A 4FM2A 4CCHA 4KB1A 1L3SA 1HYVA 3HT3A 4YNQA 1XHXA 3EY1A 3KJVA 2BGGA 1CZBA 1WLJA 4HVJA 3VQBA 3PX0A 2KZMA 2IS3A 3IRXA 3DRRA 4JRQA 4BE2A 4DLEA 1CXQA 4B9TA 4KTQA 2HNDA 5FROA 4ZHRA 3TAQA 1VSFA 3NF6A 2R7YA 1BI4B 1VRUA 3NFAA 4CIFA 2DY4A 4BWJA 3U3GA 4FJMA 1MU2A 4DTPA 4PA1A 4E1MA 4CK3A 1QSSA 4O4GA 3AO1A 1WSFA 4FLYA 2QXFA 3QEPA 1HQEA 4O0IA 1HNIA 1WSHA 1QSYA 3NBPA 1JLGA 4CEAA 5J2MA 4CEEA 4CFAA 2B6AA 1U45A 3L2RA 4ZTJA 4AHUA 4J2DA 4ID1A 1LW0A 1BIUA 3DRSA 1BCOA 2YHBA 3CYMA 2KW4A 4OVLA 4R5PA 3MXIA 3HSTB 4CFCA 3SYZA 3KLGA 3OVNA 2IC3A 3ZT4A 4B9UA 3SPZA 3M8RA 2E4LA 2WONA 3HPOA 4IFVA 4DU4A 3VQAA 2YNGA 4NYFA 1L3VA 3LDSA 3RMBA 3DOKA 1JLQA 4B9VA 1NK9A 4CEDA 2RF2A 1R0AA 4J2AA 3HP9A 1ASVA 1UWBA 3AO2A 1EXQA 3P5JA 4DSJA 4J2EA 3O3FA 3OS0A 3HPHA 3NGZA 3NHGA 3SUQA 4O5BA 1RBVA 1YVUA 3I0RA 3LP2A 4B3OA 2D0AA 3SV4A 3TI0A 4FJLA 2HHWA 1NKCA 4E19A 3KLHA 3THVA 3RWUA 4FJ9A 1EETA 3E01A 3H08A 3ZSYA 3ZSZA 2I5JA 3CM6A 4C8MA 3CFRA 2YV0X 1T7PA 2BANA 1N5YA 3KLFA 3LANA 1G15A 3MEEA 4DQSA 3C6UA 4N47A 3O3HA 4LH4A 3ZT2A 1RTIA 1HYSA 2RPIA 4CGJA 1F21A 2YKMA 1C0MA 3K5OA 2HB5A 3OYKA 2E6LA 2D0BA 3MECA 2YNIA 3EYZA 4DF8A 2IAJA 4B8AB 4DTMA 3SPYA 1C1AA 5CYMA 1RBUA 2YNHA 1Z25A 1IKWA 1ITGA 2OPQA 3L3VA 4OGEA 4RW9A 1NK0A 4CGGA 3C95A 2O4IA 1VK0A 4Q0BA 2D5RA 4NYNA 1SKWA 1SKSA 4CEZA 1VSLA 2P51A 2OPSA 3AVNA 1RNHA 3KLEA 4CJSA 1UAXA 3DLEA 3QEXA 3AO4A 1I3AA 3NGIA 1TK5A 4BDPA 3AVFA 2OZSA 2OZMA 4F2SA 1RDAA 2LSNA 2KTQA 4E7JA 4DQIA 1SL1A 1NJXA 2G8KA 1TV6A 1GOBA 1XWLA 2WOMA 3K5NA 2PYJA 3UIQA 4F3TA 1XHZA 1TAQA 4KRFA 4CECA 1RT4A 1HJRA 1W0HA 3NF9A 3VA0A 4Z4IA 3KTQA 4CJRA 4N5SA 1O1WA 4Z0UA 3PX6A 4CIEA 1VSEA 1Z26A 3HL8A 5I3UA 4I7FA 4E7IA 3SUNA 3DLKA 2XY5A 1BI4A 3MEGA 4AHVA 4KTWA 4CGHA 4YFUA 1KTQA 3L2UA 1KVBA 1KVCA 3B6PA 5HRPA 1NJWA 4O0JA 4FJIA 2X78A 2D0CA 2G8HA 3DLHA 4I2QA 3V9XA 2HHUA 4KTZA 4PQUA 1ZBLA 2Y1IA 1L3TA 4EZ9A 2XY6A 4AHTA 4ELVA 3L2VA 2EHGA 5FDLA 4ELUA 2ITGA 3VQPA 1UA0A 1J54A 4EP5A 3G10A 3HPGA 1LWFA 5EU7A 3ZT0A 3LZIA 3OYHA 3VQCA 4FK4A 1TGOA 4KHWA 1QHTA 1FXXA 4N56A 4H4MA 4FJJA 1JLEA 4FLUA 1U48A 5HRSA 4FCYA 1D9DA 4Y1DA 1NK5A 2HVHA 1K6YA 3U3YA 4F2RA 3DYAA 4M3ZA 4OJRA 1VSKA 3ZSOA 4CK1A 1S1UA 4O55A 3F9KA 1CXUA 4L8RB 1BL3A 1RBSA 1J5OA 3RR8A 2IGIA 3LP3A 4AHCA 4DQPA 4K8XA 2B4JA 3OYCA 4FJ8A 4CEQA 2HHSA 1D8YA 3PUFA 4CF1A 3RMCA 3V4IA 2Z1IA 3ZT3A 3TAMA 3V9SA 2X74A 4FZZA 4K8ZA 4BE0A 2RN2A 4E7HA 4OLBA 3NF7A 3QINA 3KK2A 1IKXA 1HQUA 4CJLA 1T03A 2HHVA 4LH5A 4CF8A 4LY7A 2KQ2A 3SI6A 5CZ1A 3NAEA 3VQ9A 3MXMA 1GOCA 4LD0A 3TABA 1S1WA 3P1GA 4QAGA 1LAVA 5I42A 1RBRA 4CF0A 4DFMA 3NCIA 3RRGA 4BDYA 1JXEA 3DLGA 2KZZA 2VG5A 1S1XA 4C8LA 4HCCA 1HRHA 3ITHA 1A5XA 2YHAA 3DRPA 1IO2A 1X1PA 3K2PA 3PV8A 4PY5A 4NCBA 4DSFA 1WAJA 1BHLA 3OYAA 1BQNA 4CJUA 2ZE2A 4FW1A 4Z4CA 4DSKA 2IDOA 4XIUA 3SCXA 4CE9A 4FJ7A 3T3FA 1NOYA 2G8IA 4CJKA 2HHTA 5K14A 4IG0A 2XRIA 3KKSA 4F3OA 1S6PA 2X6SA 3O4NA 2Y1JA 1HYZA 1LW2A 2PY5A 3LALA 2F96A 3AO5A 4OPJA 3SQ2A 4E0DA 3CG7A 3PX4A 2G8WA 4FLXA 3AVIA 3CFOA 3ISNC 3K5MA 3DOLA 1REVA 4KKOA 2AJQA 1KRPA 3VQQA 4ICLA 3P83D 1BIZA 4W5OA 3QESA 4B9MA 4DS5A 3PO4A 4IDKA 3K57A 3SQ0A 4E89A 1IH7A 3AVBA 3OJUA 1VRTA 2G8UA 3T1AA 2GBZA 2VWKA 3NH2A 3ZSXA 3QNNA 4CJ5A 2QK9A 4QCLA 3EZ5A 1QSLA 3HK2A 1L5UA 4OPKA 3AVKA 4HCBA 1EKEA 5KGXA 3PY8A 4KHSA 5DK5A 2DFHA 3D0PA 5JS2A 4DSLA 3CQ8A 2HNYA 2FC0A 1TL1A 3LP1A 4RW8A 3VQ5A 4CJTA 4GVMA 3OYJA 4CGIA 3TWHA 3OYLA 1TKZA 1TKTA 4CEFA 1S1VA 1ZBUA 4FW2A 5HLFA 1SL2A 4M3RA 4FZYA 1NK8A 5C25A 2W42A 2FBTA 2XHBA 4DFJA 1HMVA 2FBXA 4HUEA 5CZ2A 4HTUA 4JS4A 2DTUA 1DTQA 1RDBA 4CGFA 1WSGA 3KLIA 2A1RA 2BDPA 4FK2A 3AA5X 4KB0A 4E7KA 3AVJA 3HO1A 4CHQA 1BISA 5KRSA 1T05A 2F8TA 2Z1GA 3M8PA 2KFZA 3OYFA 5FRNA 2PYLA 3TAGA 4EZ6A 4M3XA 4RW7A 1ASUA 3M8SA 4FLZA 2ATQA 1IG9A 4HHTA 1S9EA 4FLWA 4LSNA 4KAZA 4JLHA 4Z4FA 4W5RA 1JLFA 3QO9A 1D9FA 3O3GA 3IG1A 1HPZA 3V1RA 1NKEA 1X9WA 3HYFA 1LAWA 4LSLA 3NE6A 3AO3A 5HP1A 3KD5E 1Q9XA 2GUIA 4DWIA 3ASMA 4ID5A 5HBMA 1DLOA 2HVIA 3QETA 4FXDA 1X9MA 1S5JA 5DMRA 3RTVA 3DM2A 4DMNA 1TK8A 1SV5A 4IFYA 1ZBHA 4DS4A 3KIOA 3SQ1A 1C0TA 4KPYA 1TKXA 1JLBA 3AVGA 4IKFA 3VQDA 3CM5A 4NCGA 5HROA 1CZ9A 1I39A 3QLHA 3OS1A 2JLEA 3V9WA 1Q8IA 3AA2A 3AVAA 1Q9YA 1RT2A 1WN7A 4CESA 2OPPA 5FRMA 4M3TA 2A1SA 3B6OA 5J1EA 3RR7A 1KSPA 3L3UA 4CERA 2QKKA 1U49A 3NDKA 2HHXA 4OGCA 5KRTA 3AVCA 1C0UA 1S6QA 3O4QA 3AVMA 4CFBA 2G8VA 1KLMA 1TK0A 3A2FA 1EP4A 1JL1A 3HVTA 4DTOA 4BE1A 4C8OA 4H4OA 4RG8A 4CHNA 4HUGA 1NK4A 2YKNA 5JS1A 3RRHA 1NOZA 3HJFA 2B5JA 1RBTA 1S1TA 2HNZA 2VG7A 3AV9A 1Y97A 4OKJA 1UA1A 4KREA 5KTQA 3JSMA 4FLVA 1QTMA 1FK9A 4Q5VA 2BE2A 2PZSA 3LWMA 3QEIA 1JLAA 3OY9A 1RDCA 3RMDA 3AA3A 4NCAA 3WNGA 4KI6A 2P1JA 4DTUA 1RTDA 5HRRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZCMA 1YTUA 3S3MA 3WQUA 1S9GA 4MO4A 5BRDA 2A3ZA 3F9MA 3VQ6A 3SZ2A 4DTNA 1K8KB 1C0GA 3IS9A 5BPNA 1TL3A 4ZTJA 1RDDA 2DFEA 2X6NA 1SL0A 4E7LA 4CF2A 2P5GA 4I2PA 3VGMA 3WUHA 3I55N 1GOAA 3LP0A 5AFUA 5AZJB 1VQNN 4WFBL 2ZGZA 4AH9A 3KVGA 4KHUA 1ASWA 4OKKA 4I6MB 4JI6K 3CPEA 3L4IA 4B08A 1NK6A 4W5NA 4JRPA 3VF6A 3QIPA 4H0PA 1ZYQA 4CJVA 2GV9A 3SBGA 4EFHA 2F8SA 5AR0A 1NGDA 4BRFA 3O9RA 3KK1A 2IVPA 4JAXA 3K5LA 2OA8A 4M3UA 1KVAA 4DQRA 3VN5A 1N6QA 3AVHA 4BDZA 1WAFA 2OYQA 4FK0A 4M42A 3VF4A 3JYTA 2O8DB 3O8MA 3EL2A 3VPZA 4QOZB 3THWB 2FBYA 4CJWA 3OJSA 4ELTA 4F4KA 1S22A 2YHYA 3F73A 1JLCA 4J8FA 4ZTFA 2HBLA 1WSIA 5JVGL 4KHYA 2UXDK 2VWJA 4F8RA 2HSTA 4FWMA 4DTJA 1KFSA 3DMJA 4FWOA 3BZKA 3OS2A 4B9NA 2P9KA 4O8UA 3ZSQA 4R79A 4J2BA 3CETA 1VHXA 3CF5L 5AQWA 4CJPA 4KH4A 4KO0A 4M41A 4FYDA 3DLBA 3OYGA 1IKVA 5AQOA 2NRRA 3I8DA 1IKYA 4B9LA 3ENHA 3G25A 1K8KA 2YNFA 4MLHA 2KFNA 3QEVA 2HF3A 4DR5K 3ZSWA 4N76A 3B8AX 3QBXA 4CBWA 4C8NA 3FE1A 3HP6A 3S3NA 3ZSRA 3VEXA 1WSEA 5AQVA 3THYB 4FLTA 2P5OA 5AQUA 3MN5A 4GVEA 3I0SA 5AZJA 1IBLK 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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