3AVFA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule tags Recombination/inhibitor
molecule keywords Integrase
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avfA00
4L8RB 1GOAA 1C1AA 3M8RA 3SQ2A 3ASMA 1LW2A 1RTDA 1ZBUA 2HB5A 4IFVA 1ZBHA 1BIZA 1KLNA 4CEZA 2OPPA 5HRSA 3QESA 4DSKA 2KW4A 1S1TA 4DTRA 4EZ9A 2P5OA 4CJEA 3KD5E 2HVHA 2G8VA 3KLIA 4CHOA 3NGYA 1HMVA 1BGXT 2D0BA 4M41A 3HXMA 1TV6A 4DTSA 1S5JA 1SKSA 4HCBA 3HK2A 4DSIA 4M3UA 3NHGA 2G8WA 3OYKA 1QSLA 3DLHA 4KREA 2HHWA 5HRPA 4JS5A 4BACA 3SNNA 2X74A 1RBRA 4B08A 1S1VA 1KCFA 3LWLA 3LP0A 4BDYA 4DFMA 4FK0A 4DTOA 4KHQA 1HPZA 4CEFA 3SPZA 4DLEA 3PV8A 2FBYA 1N5YA 3VQ5A 4E7HA 2BDPA 1FKOA 1RT6A 3ZSVA 2E6MA 5CYQA 1RTIA 5HBMA 1RDBA 3G10A 3V9UA 3RMCA 3OYBA 3LP1A 2YNGA 1RNHA 1EX4A 3G0ZA 1REVA 2Z1IA 4CF1A 1D9FA 2D0CA 4O44A 4PA1A 3V81A 3WNHA 4CJRA 3T19A 2GBZA 4RW6A 2IS3A 3SUOA 5HLFA 4FM1A 3PO4A 3HO1A 4Z4FA 5C24A 3V9SA 3BDPA 1NJWA 3OYHA 4I2PA 4NCAA 4G1QA 1D8YA 3SQ1A 4DQSA 2KZZA 4CGJA 3HSTB 3KTQA 2OPSA 3RWUA 4M3RA 4WE1A 3VQ6A 4HUEA 1BCMA 1SKWA 4M3WA 1I3AA 1UWBA 5DMRA 4J2DA 3O3HA 5I3UA 4OKEA 4M3XA 1S1WA 1X9SA 1NKCA 3AVNA 3L3VA 3QIOA 3F73A 3M8PA 4CIEA 1IO2A 1RDDA 1VSEA 3QETA 1TGOA 3KKSA 4CJ4A 3L2QA 1JKHA 1JXEA 4HUFA 4DTXA 2NUBA 4CFCA 4IDKA 1SL1A 1T7PA 1SV5A 3I0RA 3CM6A 1NK6A 1TVRA 1TL3A 1WSIA 3V1QA 3OS0A 3NF7A 2R7YA 1DLOA 2ZD1A 3O3GA 1HYZA 5KGWA 4F2SA 4HVJA 4RW4A 1NJXA 4DTMA 3ULDA 1Q9YA 2YV0X 3ZT0A 3MEGA 1UOCA 3AA3A 1EETA 3WNEA 4CF0A 4EP4A 2XO7A 1NJZA 4FJ9A 4E7IA 1LV5A 3HJFA 3B6OA 5J2QA 1R0AA 4FLUA 1WAJA 3ZSRA 3L2RA 1LWFA 2DFFA 3BGRA 3TR8A 2HVIA 1Q8IA 4CEQA 1IKWA 4CFDA 4GMJB 4LY7A 3VQCA 3LDSA 4KTWA 5KGXA 3S9HA 3HT3A 3K5LA 4FCYA 3H08A 3VQDA 1T05A 3VQ8A 3K57A 3AA5X 4LH4A 4W5NA 4CJUA 2RPIA 1KVAA 2JLEA 3O4NA 3RTVA 3RR7A 2IDOA 2A1RA 1Y97A 3VQ9A 4J2BA 4ICLA 1L5UA 2EX3A 4E19A 5HROA 4B9LA 4CJ3A 3NFAA 1NK0A 4M45A 3DRPA 4C8NA 3ZSQA 3LWMA 3SI6A 3DOLA 2KFNA 4AILC 1TKTA 3SPYA 2GUIA 5EU7A 4B9SA 3K5OA 4CJSA 4B8AB 4AHUA 5HRRA 2YKMA 3C94A 4Z4HA 3NGZA 2P1JA 4FM2A 2F8TA 4LSLA 4CEBA 1WSHA 4CGGA 4RW8A 4DFJA 3T3FA 3EYZA 1HNIA 4CEEA 3QNOA 4CK1A 1C0UA 4CECA 1XI1A 3LP3A 2B6AA 4FJ5A 4J2AA 2QK9A 2DY4A 1BIUA 1DTTA 1TKZA 4CFAA 1BQNA 1Z26A 2FBTA 2Z1GA 2ZE2A 4CEAA 2GV9A 1KTQA 3S3NA 4DSLA 3QLHA 3AO2A 1QS4A 3ZSXA 4M3TA 4KHWA 3SUNA 3VQ4A 3KK3A 4C8OA 3NF9A 1QQCA 4CJTA 4K8XA 3MEEA 4I9LA 1JLFA 4DWIA 3OJSA 3NCIA 1J5OA 3CYMA 4FYDA 4GVMA 4CEDA 1VSJA 4E7KA 5I42A 2X6SA 3MEDA 3RMBA 1VSFA 4LH5A 4DTNA 1TK8A 4J2EA 2F8SA 3MAQA 4N76A 1F21A 4M42A 3U6FA 3NH2A 4KTQA 3RR8A 1XWLA 1SL2A 3VQEA 1HNVA 2YKNA 1CZBA 4M3YA 3OY9A 3KJVA 4DS5A 1WSJA 1NK7A 3OYMA 3TWHA 2PY5A 1FXXA 1KSPA 1G15A 1HRHA 4H4OA 4C8MA 4BE2A 1ZBLA 1NK4A 4W5OA 4Z4GA 3VQBA 4AHRA 1CLQA 4KB0A 3QO9A 1U49A 1ASWA 3TARA 2D5RA 4E1MA 2XY5A 4RG8A 4FZXC 3I0SA 3PX6A 5D3GA 1SKRA 3V9ZA 1GOBA 1S6PA 5CZ2A 3SZ2A 1JLEA 3HM9A 1YT3A 3ITHA 1JLGA 3TAFA 4LD0A 4E7LA 1X9WA 4PY5A 2AJQA 4FK2A 4FJNA 1ASUA 3V4IA 4F8RA 3AVAA 4I2QA 2EHGA 5K14A 1D5AA 2HNZA 2VWKA 4KFBA 2O4IA 1C0MA 1J53A 1WSEA 3K2PA 1RTHA 3L2VA 3NDKA 3OJUA 4N56A 1RBVA 1FK9A 1HYSA 1LWEA 4CK2A 1VSHA 3MXIA 1U45A 1U47A 2Z1JA 5CYMA 3VQQA 2XHBA 1RBSA 1NKBA 2OZSA 1RT1A 3C6TA 4CERA 2XY6A 1N6QA 3AV9A 3TABA 3NH0A 3QEVA 1TL1A 3M8SA 4FJ8A 2FBXA 3C6UA 4TSXA 3QEPA 1VSLA 4BDPA 5FDLA 2VG6A 2OPQA 4FLXA 4CF9A 3NBPA 3AVKA 1NK8A 3VA3A 4KI6A 3ZSYA 3SCXA 3TI0A 1B9DA 3S3MA 2ITGA 1RT3A 3D0PA 1VRTA 3NH1A 3K5NA 5KRTA 3SJJA 1J54A 1WLJA 1NK9A 1C0TA 3IG1A 3ZSZA 3NE6A 1NOZA 4PWDA 4H8KA 3CFRA 1RBTA 3DM2A 4N5SA 5J2NA 3V6DA 4KAZA 1CZ9A 4BE1A 2BANA 3DLRA 1X1PA 1VSMA 3KLFA 3THVA 1RCHA 4DTJA 4B9VA 4CJQA 5E41A 4IKFA 2HHXA 2YNFA 3HPGA 1U4BA 3IRXA 4DU3A 4YFUA 4FK4A 3AVGA 1BCOA 4EP5A 1RBUA 3ZT2A 3VQAA 1B92A 3DLGA 5SZTA 3O3FA 3I8DA 3RMAA 4FJMA 4DQIA 4FZZA 4XIUA 3OYAA 4CHPA 1ASVA 4FW1A 3QNNA 1MU2A 3AA2A 3UIQA 4KO0A 4CEOA 4FW2A 2ZQBA 4ID1A 4IG0A 3KK2A 4FJIA 4HTUA 2F96A 3K58A 1JLQA 3NAEA 2O4GA 3IAYA 2KFZA 3PO5A 4DQPA 3EY1A 4DQRA 4I9QA 3V1RA 2DFHA 5CZ1A 3DOKA 4DS4A 1RILA 4DTPA 1S9GA 1VSKA 4ELVA 4CGDA 4DU4A 3TAQA 4KI4A 3OYFA 2PYLA 4HUGA 1JLBA 4UQGA 4CJVA 4DSFA 4OGCA 2G8UA 2P5GA 4FJ7A 5C25A 3M8QA 3C95A 4FJKA 3ZSOA 3LAMA 3HL8A 3DLKA 1KRPA 3HVRA 4KRFA 4BE0A 4O0JA 4ZHRA 4E89A 5J1EA 3OYCA 3NF8A 2HHTA 2DTUA 2JGUA 1X9MA 2OZMA 1B9FA 4DG1A 4JLHA 3B6PA 4OKJA 1UA1A 4OPKA 4GW6A 1TK5A 1QSYA 2QKBA 4CJ5A 3OYNA 1S9EA 3QINA 3CM5A 2W42A 4RW9A 1WNSA 4DF8A 1CXQA 4W5RA 3OS2A 1IG9A 3L2WA 4AHVA 2HHVA 2WONA 1A5VA 4W5QA 2G8KA 1TAQA 3ZSWA 4CJLA 1D9DA 3DLBA 1BQMA 3QERA 3P1GA 1S1XA 1LAVA 3AA4A 3PX0A 4FLYA 4KPYA 2G8FA 3DRSA 3CFPA 1VRUA 4JS4A 1RDAA 4CK3A 4Z4EA 4O0IA 1C1BA 2YHBA 3TAMA 3LAKA 4Q0BA 1HQEA 2Q3SA 1S1UA 3A2FA 1T03A 4E3SA 3K5MA 3AVFA 4OGEA 1LW0A 3OYGA 3LP2A 1TK0A 3IS9A 1Z25A 3E01A 4AHSA 1BHLA 4B9NA 4ELTA 1JLAA 3O4QA 3ZT1A 3KLEA 1IKYA 4QCLA 5SWMA 2OA8A 3TAPA 3LALA 4FVMA 1S6QA 2FC0A 4QAGA 4CHQA 5HP1A 4ZTJA 2FBVA 5C42A 3KIOA 1IH7A 1QTMA 2IC3A 4CE9A 3LPUA 4KV8A 3P5JA 4CHZA 2VWJA 1IKXA 1RDCA 1Q9XA 3AO3A 4B9MA 4FJGA 5KI6A 4DQQA 4CJWA 1U04A 3CG7A 3V9WA 3WNFA 4NCBA 2HNDA 2OPRA 4N41A 4RW7A 3AVLA 1SL0A 4F2RA 4CF2A 3AVMA 3OYEA 2RF2A 2HHUA 4CJKA 3HVTA 4R5PA 3SQ4A 1XC9A 2YNHA 3OS1A 2ATQA 4CIFA 4DLGA 1RT5A 4KHUA 2KQ2A 4M3ZA 1KVCA 4N47A 5T7BA 2D0AA 1O1WA 4FJHA 4I7FA 2P51A 3KD1E 2XY7A 4FJJA 1LWCA 3HPOA 5DK5A 1GOCA 4KKOA 4Z4IA 4H4MA 4MQ3A 4KHNA 3L8BA 1WSGA 4FLTA 2YNIA 3SUPA 1VSIA 3TAGA 3AVJA 3RMDA 1XHZA 1DTQA 3D45A 5FROA 4AH9A 4CCHA 1SUQA 1XHXA 3QEXA 3AO1A 3QIPA 2RKIA 3SV3A 3AO4A 4KHYA 2BGGA 4F3TA 3SQ0A 1L3TA 1ZBFA 3AO5A 3DRRA 3V1OA 4YNQA 1YVUA 2I5JA 4BWMA 3LPTA 4EZ6A 3HP9A 3QEIA 1W9HA 3ISNC 1LAWA 5HRNA 5CY4A 4BDZA 5J2PA 3TAEA 1BI4A 4PQUA 1WN7A 3OYLA 1KVBA 1NJYA 1K6YA 1BI4B 3FFIA 1RT2A 5FRNA 1T8EA 2QXFA 1NKEA 2WOMA 4NCGA 3OVNA 3ZT3A 3KLGA 1QSSA 4C8LA 1C6VA 4Y1DA 1TKXA 2YHAA 4C8KA 4K8ZA 3VA0A 3U3YA 1NK5A 4B9TA 3AVIA 1L3UA 4Y1CA 5JS2A 2RN2A 2IOCA 3LANA 4W5TA 1QHTA 4CGFA 2HMIA 2X6NA 3SUQA 4FLWA 3LZJA 4CHYA 2B5JA 1CXUA 1RT4A 4JRPA 3MXMA 4B3OA 3KLHA 4KHSA 3K59A 3ZT4A 2HNYA 2PYJA 4FZYA 1TAUA 1IKVA 4CF8A 2DFEA 1ITGA 3QEWA 2LSNA 3RRGA 1I39A 3DI6A 4O5BA 3F9KA 4CFBA 4FXDA 4CGIA 4O4GA 2IAJA 3KK1A 3SV4A 1KFDA 4IFYA 3VN5A 3DYAA 1WSFA 1VK0A 3S3OA 3WNGA 2PZSA 4KB1A 4FJLA 1EXQA 3NF6A 3ALYA 4E1NA 2OYQA 3KKRA 4MFBA 4CIGA 2E6LA 4FLZA 2VG5A 3AVBA 5KRSA 3L3UA 1ZYQA 3V9XA 1YTAA 4DMNA 3OYDA 1EP4A 4Z0UA 4JRQA 3LZIA 4DSEA 4CJPA 1KFSA 1A5XA 1L3VA 3P83D 4AHTA 1HYVA 1WAFA 3VQ7A 1RTJA 4NYNA 2G8HA 4O55A 2Z1HA 4B8CA 4OLAA 2HW3A 4OVLA 1UAXA 4DF4A 1VSDA 4DFKA 3EZ5A 1YTUA 3VQPA 4AHCA 4PUOA 3TANA 4IG3A 4DFPA 2HHQA 4LSNA 4ELUA 1A5WA 1UA0A 4OPJA 3U3GA 3JYTA 2BE2A 2XRIA 1W0HA 4DSJA 1QE1A 1HJRA 4FJXA 2QKKA 3HP6A 3HPHA 1JLCA 3SYZA 2Y1JA 4HCCA 1ZBIA 1BL3A 3OYIA 4DU1A 1TKDA 2X78A 4B9UA 4ID5A 3ZCMA 2Y1IA 3CFOA 5FRMA 1JL1A 1EKEA 5KTQA 3AVCA 2G8IA 1BISA 4IBNA 1HQUA 4QOZB 4CESA 4NYFA 3RRHA 4OKKA 2KTQA 5JS1A 1JXBA 4Z4CA 3PY8A 1C1CA 3HYFA 4CHNA 2KZMA 4BWJA 3T1AA 3JSMA 3DMJA 4E7JA 4F4KA 2HHSA 1KLMA 4Q5VA 5J2MA 3MXJA 3PUFA 3CQ8A 3OYJA 1J9AA 3NGIA 2A1SA 4ZTFA 3PX4A 2E4LA 2ETJA 1NOYA 4OJRA 2IGIA 3DLEA 4CGHA 4FLVA 3AVHA 4OLBA 4HHTA 1JL2A 4F3OA 1RT7A 1L3SA 2XY8A 4CJFA 4DTUA 2VG7A 1FKPA 2B4JA 4KTZA 3L2UA 4FM0A 1U48A 4E0DA 3MECA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2E2QA 1VQ5N 1RDUA 3AAQA 1LW2A 1ZBUA 3SK3A 1ZBHA 1KLNA 1IG8A 5HRSA 4DSKA 1S1TA 4DTRA 3O4WA 2P5OA 4BRDA 4CHOA 3OHRA 4LFCK 1S5JA 2NRWA 1NGHA 3OYKA 2NNWA 5HRPA 4FPBA 4JS5A 4BACA 3SNNA 4KH4A 4BDYA 3WXLA 3THWB 4DTOA 4KHQA 1N5YA 2UUCK 3SAGA 1RTIA 1RDBA 4DCHA 3SMPA 2QTDA 3P31A 3N4QA 3LP1A 1QVGM 1EX4A 2Z1IA 3A5OC 1YF5L 3WNHA 3SUOA 5C0YA 3KWGA 1VQNN 4Z4FA 3V9SA 1NJWA 3F5TA 4NCAA 3TTFA 3SQ1A 2KZZA 1K9MO 5JICA 4M3RA 3VQ6A 1BCMA 1I3AA 1UWBA 4J2DA 1ILYA 3ZYYX 3L3VA 4BG8A 1ATRA 4BR2A 1IO2A 4M63C 3QETA 2ZGZA 3KKSA 4CJ4A 4HUFA 4X66K 2NUBA 1BDGA 1T7PA 2YJFA 1SV5A 3CM6A 1TVRA 4YDUC 1K8KB 4BRAA 5BR9A 2ASMA 4DQ8A 1HYZA 5KGWA 3CCSN 5KQ8A 3AA3A 1EETA 4E7IA 5J2QA 1WAJA 3L2RA 1OKJA 2FXUA 4WFBL 4CI6A 5AQFA 3HT3A 4M7YA 4FCYA 3VQDA 3CC7N 3AY9A 4LH4A 2RPIA 4FSVA 2ZJRL 2IDOA 4CJ3A 3WQUA 1NK0A 2FSJA 3ZX0A 3WXKA 3SI6A 3DOLA 4AILC 1TKTA 3MX5A 1QVFM 4B9SA 4X65K 1HX1A 2FF6A 4B8AB 5BRDA 4AHUA 2QI2A 3C94A 2E1YA 3P39A 2P1JA 4LSLA 1X3MA 1ZXOA 4CGGA 3ENHA 4GVEA 3I56N 4CK1A 1C0UA 4LF6K 2QWOA 4J2AA 4BGAA 5AZJB 1BQNA 4H0XB 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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