The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
70
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sequence length |
246
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structure length |
216
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Chain Sequence |
LITDQSREEFDILRYSTLNTNAYDYFGKTLYVYLDPAGTGVAAVGAYRHQFLIYGLEHFFLSESSEVAIAECAAHMIISVLSLHPYLDELRIAVEGNTNQAAAVRIACLIRQSVQSSTLIRVLFYHTPDQNHIEQPFYLMGRDKALAVEQFISRFNSGYIKASQELVSYTIKLSHDPIEYLLEQIQNLHRSDDLIIAVIMATYLCDDIHAIRFRVS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure and inhibition of herpesvirus DNA packaging terminase nuclease domain.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
TERMINASE SUBUNIT UL89 PROTEIN
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| molecule tags |
Dna binding protein
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| source organism |
Human herpesvirus 5
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| total genus |
70
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| structure length |
216
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| sequence length |
246
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-05-22 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3N4Q A; 3N4P A; 4IOX A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1DEJ A; 5JS2 A; 4IZ9 A; 1UAX A; 1UA1 A; 3L2U A; 4KRF A; 4FWL A; 4B9T A; 3HOT A; 2O8F B; 2O8D B; 3THY B; 1N32 K; 2YKN A; 2HHW A; 2XY7 A; 2YNH A; 4B8C A; 1C0F A; 4PKG A; 3FZF A; 4IFV A; 4CJ4 A; 2Z1G A; 3K2P A; 4OPJ A; 4IEI A; 1S1U A; 1Z05 A; 5T7B A; 2JWK A; 1F21 A; 4FJJ A; 2O8C A; 5AQQ A; 3TTC A; 3UKU A; 3TSP A; 4DS4 A; 3A0I X; 3CPW M; 2AP1 A; 3FFI A; 1FJG K; 1YUW A; 3GL1 A; 1BG3 A; 2Q97 A; 4J8F A; 3ZLJ A; 3MCP A; 3EYZ A; 2E2O A; 2IVO A; 4CJF A; 1XHZ A; 4JEP A; 1X3M A; 3BEX A; 4FLT A; 3MXM A; 4FL9 A; 4IG0 A; 3WNG A; 1RIL A; 2O8E B; 5M1P A; 4CES A; 1VSM A; 2YHB A; 3LDP A; 4WQ4 A; 4BRN A; 1KCF A; 1J9A A; 3LPU A; 1I94 K; 1RDD A; 2HF4 A; 3MEG A; 2QW9 A; 4M3R A; 3QIC A; 3VF2 A; 4CBU A; 3FLC O; 3OYD A; 5JVG L; 5I3U A; 2HMP A; 4MLH A; 2G8I A; 2E88 A; 3TAN A; 4CHO A; 2VG6 A; 3J7A P; 4DR7 K; 3GE1 A; 4DQI A; 4DFM A; 2V52 B; 2KLA A; 1S1V A; 4DLE A; 3SJH A; 3ZSV A; 3AA2 A; 2ZJR L; 3HPH A; 2P9I A; 3S3O A; 4BC5 A; 3KK7 A; 3L4Q A; 3LP3 A; 4J2B A; 3VQ7 A; 4CZJ A; 2CGJ A; 3M5R A; 3DLH A; 3M8R A; 1N34 K; 3B8A X; 3O1W A; 4KB0 A; 4X62 K; 3VMF B; 1NMD A; 1QQN A; 4CFD A; 4QOZ B; 4KTZ A; 3MX5 A; 4M3Y A; 1TV6 A; 4A2B A; 3CG7 A; 2QWM A; 4H5N A; 3F2K A; 1L3V A; 3D2E B; 1SAZ A; 3CFR A; 4OPK A; 3G71 N; 4JYA K; 3AO4 A; 3LZI A; 1I3A A; 3HZ6 A; 4B9U A; 1KAY A; 4L8R B; 4DR6 K; 4RW8 A; 5K14 A; 3S41 A; 5SZT A; 4FJK A; 1LAV A; 4IEE A; 1VQO N; 1U6Z A; 2KKZ A; 3T1A A; 5HRR A; 2XHB A; 5JS1 A; 1NBW A; 5AQT A; 3SJJ A; 4E7J A; 3I0S A; 3OJS A; 5JIC A; 3PY8 A; 2IAJ A; 3EKS A; 3ZT0 A; 1WAJ A; 4KHP K; 1B9F A; 4H0Y B; 1OKJ A; 4FJL A; 5EVZ A; 1OH7 A; 4E0D A; 4FJG A; 4FOE A; 3EL2 A; 1VK0 A; 1MA9 B; 1C0M A; 1Z26 A; 4O5B A; 5AQH A; 1NGB A; 1MU2 A; 3CJ7 A; 1RTH A; 2CH5 A; 3TAM A; 1BO5 O; 4E1N A; 2YI1 A; 4DTU A; 3O4N A; 1T3V A; 2XY6 A; 1HKG A; 1QQM A; 1TL1 A; 3HVT A; 3PX6 A; 1MWM A; 2GUP A; 2E2Q A; 2IIR A; 2BE2 A; 4KO0 A; 3EO3 A; 4JHD A; 3JS6 A; 3VTI A; 4JD2 B; 2QXF A; 4DUY K; 2GX9 A; 4KKO A; 1WOQ A; 5KPR A; 4DTN A; 1GLA G; 4ELV A; 1C1B A; 3I8B A; 4QS9 A; 1J6Z A; 3A2F A; 1Q18 A; 3DXM A; 3SPZ A; 2WOM A; 1U47 A; 1IV0 A; 4YNQ A; 1IKY A; 3HL8 A; 2QI2 A; 4N5S A; 1ZBU A; 1D8Y A; 4FWK A; 1RCH A; 1J53 A; 1TL3 A; 2P9U A; 1S1T A; 3G0Z A; 2B6A A; 4DSE A; 1KLM A; 2YV0 X; 2ETJ A; 4N47 A; 4BG9 A; 1IJJ A; 4FM2 A; 3MWT A; 1RT2 A; 1K8A O; 1VQN N; 2E2P A; 3C6T A; 3T19 A; 4C8M A; 4FWS A; 4W5T A; 4BRI A; 3T1Y K; 2HHS A; 3Q7C A; 3ZEU B; 1XNR K; 1O13 A; 4KI4 A; 2H3G X; 4A5A A; 3DWL A; 4BQL A; 3VEW A; 4YOU A; 2NRZ A; 1VQK N; 3CCU N; 4GV6 A; 4Q0B A; 2E4L A; 2FSN A; 3NH2 A; 4WYB A; 4HWI A; 1KSP A; 4CHY A; 1EKE A; 1G99 A; 1S72 N; 3CJA A; 4K42 A; 1YF5 L; 3QER A; 3CER A; 1SKS A; 3HM8 A; 3RMA A; 2P9P B; 4OLB A; 1U04 A; 4M41 A; 3UB5 A; 3O4Q A; 1BCM A; 4NB4 A; 5HLF A; 3SAH A; 3PUF A; 3C0B A; 3QO9 A; 5ELZ A; 3VF6 A; 3WXM B; 4B3S K; 3CM6 A; 3E9O A; 2KFN A; 3H3N O; 4JKE A; 4HHT A; 1VSD A; 1OH5 A; 2G8K A; 3CF5 L; 2IDO A; 4CZM A; 4KHQ A; 1ASU A; 4DB3 A; 5E84 A; 4A62 A; 4H0O A; 1FXX A; 3C7N B; 4JI6 K; 1U4B A; 4FWP A; 3ZX2 A; 4OO1 J; 2GV9 A; 2NRT A; 1VSL A; 2WBN A; 4JAX A; 4K25 A; 3WEE A; 3V9X A; 5F0X A; 5CYQ A; 3CJ1 A; 2ZGY A; 1YVN A; 3DRR A; 5LY3 A; 3RRG A; 3MK6 A; 4PWD A; 3C6A A; 4CVN E; 4KH5 A; 3AAR A; 4FJH A; 3OYB A; 2GTD A; 1SKR A; 5BPM A; 4OX9 K; 1RDA A; 2I7N A; 4JKD A; 4ICL A; 4B9S A; 1WUA A; 2D0O A; 3O6W A; 4BRC A; 3C6H A; 3DLR A; 5C12 A; 4DSF A; 3DAW A; 4CEO A; 3THY A; 3THW A; 3J7Y P; 1NNE A; 4CGD A; 1Q81 O; 2J4R A; 4FWO A; 5FRO A; 5H1S Q; 4RW9 A; 4Z4C A; 1IO2 A; 3JSM A; 1X1P A; 3MXJ A; 1HJR A; 3AVC A; 3CCR N; 3J80 O; 4FWN A; 4FM0 A; 3SNN A; 5KTQ A; 4I6M A; 3K9J A; 1EP4 A; 4O55 A; 4FWM A; 2EX3 A; 3ATU A; 4DSJ A; 3U3Y A; 2OZS A; 1RBT A; 3QB0 A; 3K5M A; 4LF9 K; 3ZX0 A; 4M7X A; 4IOX A; 2QEX N; 3HK2 A; 2GEL A; 1N36 K; 5AFU A; 4HCB A; 1WAF A; 4AQY K; 3CFP A; 3LM2 A; 1VQ5 N; 2PYL A; 4KFB A; 4RW6 A; 1NJW A; 1BA1 A; 3C65 A; 2YX6 A; 5DM6 L; 3JYT A; 4CHP A; 1O1W A; 4FZX C; 4PUO A; 3H1Q A; 4RWT A; 1S5J A; 2F9W A; 3QIO A; 4CJQ A; 1EXQ A; 4B3T K; 1SS6 A; 1BCO A; 3O9R A; 1EET A; 1RTI A; 1M1K O; 2X6S A; 4JKF A; 1QVG M; 1XI1 A; 4EAH D; 2HBJ A; 4KBO A; 2PZS A; 3RMC A; 2EHG A; 4H03 B; 2B4J A; 5LMN K; 4B9N A; 5CY4 A; 2IC3 A; 2NNW A; 2E6M A; 4K41 A; 4BRP A; 2OPS A; 3ENH A; 4JI3 K; 2IS3 A; 4QCL A; 4CJE A; 3HM9 A; 3SUP A; 2VGN A; 3E9P A; 2PFU A; 4DQP A; 1QE1 A; 3V1O A; 4CIF A; 4CFC A; 4GV3 A; 1CZB A; 1TKD A; 3SCX A; 4BDY A; 3L0Q A; 3MDQ A; 3QEP A; 3RR7 A; 2W41 A; 5BRF A; 2OTL N; 3E01 A; 4LFB K; 4C8L A; 4M63 C; 2QWP A; 4A57 A; 1YI2 N; 4GVE A; 5AFU H; 4PA1 A; 4CI6 A; 4RTF D; 4FM1 A; 3SQ4 A; 4V19 S; 5BR8 K; 4DF8 A; 3AVL A; 4QS7 A; 3UIQ A; 4H4O A; 3VQ4 A; 3WNH A; 4H4M A; 1TKT A; 5J1E A; 3NMU A; 1RT5 A; 3OW2 M; 5M1O A; 4H5V A; 3TAR A; 1B9D A; 2G8V A; 2PYJ A; 3SQ1 A; 4OPA A; 5AQY A; 5M1Q A; 4DR4 K; 4F2R A; 4EP4 A; 4YHH K; 1WB9 A; 2D0C A; 5J2M A; 4KHY A; 1VSK A; 2VCP A; 5AZJ A; 1RTD A; 3VEN A; 2HHU A; 2F8T A; 3OYE A; 1OH8 A; 3ZET A; 4GW6 A; 4JI8 K; 5AQJ A; 2FBX A; 3KLF A; 4H5W A; 4DTX A; 3IDH A; 2LSN A; 3HPG A; 2OCE A; 2ZQB A; 3B6P A; 4XIU A; 4B3O A; 5DMR A; 3G6E N; 4KPY A; 1S9G A; 1XWL A; 1VQ7 N; 2KHO A; 3A8Y A; 3HST B; 4DF4 A; 2HHX A; 3CHW A; 2UYT A; 3VEZ A; 2BUP A; 4HTL A; 1W0H A; 4W5N A; 3U3G A; 4DTP A; 5F1X A; 1V4S A; 1NG9 A; 2ITG A; 3KLG A; 1OVQ A; 4CEF A; 4M3Z A; 5KI6 A; 4IJA A; 4DR5 K; 2F4V K; 4ID1 A; 5EOY A; 1KXP A; 4PQU A; 1MWK A; 4RW4 A; 3PSF A; 3AVI A; 3O08 A; 1QS4 A; 4DV4 K; 1IKW A; 1H1V A; 4FLU A; 1ZBH A; 4FJM A; 2DPN A; 4K0K K; 3D2F A; 1YJW N; 4CBW A; 1EWQ A; 3TPQ A; 2ASP A; 3R9P A; 3MXI A; 3VES A; 1HQE A; 2Z1I A; 1YAG A; 2A1S A; 3MN7 A; 5JLF A; 2P5G A; 3RSE A; 4E7L A; 4F3T A; 5AQW A; 3BY5 A; 3ZT3 A; 3DLL L; 5BPL A; 1WSE A; 2XY8 A; 3CYM A; 4BAC A; 3M1F A; 3SBG A; 3NGZ A; 3BDP A; 2QWL A; 5HRO A; 3PX4 A; 4C1N I; 2VYP A; 4KHU A; 1S1W A; 3FZM A; 3D0P A; 2RKI A; 1WSI A; 1NLV A; 1X9M A; 3NGY A; 4BGA A; 3MN9 A; 4DCH A; 5AQL A; 4JK7 A; 1LCU A; 3WQU A; 3L2V A; 3CFO A; 4LFA K; 4E7H A; 3HRG A; 5AR0 A; 3U6F A; 1U45 A; 3V6D A; 3O8M A; 3B6O A; 1E3M A; 1JLC A; 4FJI A; 4CZE A; 3KLH A; 2YCH A; 3OY9 A; 3ZSO A; 4O8K A; 3NDK A; 1WSJ A; 4CEC A; 4JKG A; 3PSI A; 1KFS A; 3CJC A; 3K0S A; 5D3G A; 4EHT A; 3VQA A; 1D5A A; 3D6R A; 3HOS A; 3SZ2 A; 1FK9 A; 1ASV A; 5CR4 A; 2P9N A; 4WFN L; 3K57 A; 3QET A; 2A6A A; 3HO1 A; 3WXI A; 1TYQ A; 4XEI A; 3NGI A; 3ZX3 A; 4I2P A; 1E4F T; 5JVH L; 4Z4E A; 4DFK A; 3P31 A; 3G25 A; 3IUC A; 2Q0R A; 4DTO A; 1BIS A; 4JKB A; 2IOC A; 5KGX A; 4JI4 K; 5GAH P; 3WXJ A; 4K8X A; 4LF8 K; 1KFD A; 3RRH A; 3LZJ A; 3OA9 A; 4LH4 A; 2F96 A; 4WCE L; 3OJU A; 4KHW A; 3FE1 A; 2KW4 A; 3C7N A; 2HHV A; 5B8H A; 3M8S A; 3CD6 N; 1ZYQ A; 4FJ7 A; 3AVA A; 2F9T A; 4B1X B; 4M3U A; 4ISG A; 4DV6 K; 2G8F A; 2GWJ A; 1BWF O; 4FLV A; 3HI0 A; 4BR2 A; 3WNE A; 5AQO A; 4H0P A; 3LP1 A; 3LM9 A; 3OYG A; 2QKB A; 3EKU A; 3QEI A; 3CC2 N; 1VSE A; 1QVF M; 1XNQ K; 3LDO A; 3SUO A; 1DLO A; 4YOW A; 1MDU B; 2V51 B; 3QES A; 3A5M C; 2X6N A; 3TSQ A; 4R5P A; 3RR8 A; 5AQU A; 3OS1 A; 3UKR A; 4CZG A; 4FWQ A; 1T44 A; 3FR0 A; 1GOC A; 2FXU A; 1ESV A; 3WUH A; 4ID5 A; 3V81 A; 1NKE A; 1JCG A; 1WBD A; 1BI4 A; 2V7Z A; 4E3S A; 2BTF A; 3M8Q A; 4BDZ A; 5EXW A; 5HRS A; 3E9L A; 3ATV A; 4CJV A; 3H6E A; 2BDP A; 3SAG A; 4W5Q A; 1IG8 A; 4CBX A; 4HTU A; 3AVH A; 4NYF A; 2NZT A; 5LMU K; 3ULE B; 3WNF A; 5J2N A; 2Y1J A; 2EWS A; 2P9S B; 3DXK B; 4DSK A; 3V1Q A; 1VSF A; 4CGF A; 3WXL A; 4CEB A; 2OA8 A; 4GKJ K; 2UXD K; 2E6L A; 4BE1 A; 4EZ6 A; 5C0Y A; 5KQ8 A; 1JXB A; 3O5B A; 3I56 N; 5E26 A; 3IKM A; 2XY5 A; 4WFA L; 3PX0 A; 1TKZ A; 2WON A; 1K73 O; 1HYV A; 3HXM A; 1EX4 A; 1GLE G; 2PY5 A; 3QFU A; 3P38 A; 3VQ8 A; 3PIO L; 1XUP O; 3K5L A; 1NMN A; 3THX A; 2O8B B; 5A2Q O; 4CEE A; 3O9S A; 1W9H A; 4B08 A; 4OJR A; 5AQI A; 1BGX T; 2BH1 A; 1VHX A; 3AVN A; 3KVG A; 5GAE P; 2DFE A; 1VRT A; 4CJR A; 3FFK B; 4FLW A; 5SWM A; 1IH7 A; 4B1W B; 4PHT X; 4M42 A; 5ADX A; 3C6U A; 1RT4 A; 4OKE A; 3VQD A; 4WF9 L; 4F2S A; 1RT3 A; 1HUX A; 2YNG A; 1FW6 A; 4IOC L; 1WBB A; 1J5E K; 3O9T A; 1HLU A; 1T6C A; 3CI5 A; 4N56 A; 3NAE A; 4ZTJ A; 4AHC A; 1Q82 O; 4DG1 A; 2DFF A; 1K8K B; 2IVN A; 2ZE2 A; 3AGR A; 2A42 A; 3SV3 A; 1XMQ K; 1C0G A; 4IO9 L; 1FKP A; 4ZHR A; 2Q31 A; 1C1A A; 4KHS A; 3VEV A; 3J81 O; 4XH1 A; 4CJP A; 3U8X A; 4LH5 A; 3BZC A; 2IVP A; 2P1J A; 1W7A A; 4FZZ A; 4B9M A; 4X64 K; 1VQ9 N; 3U4L A; 4NCG A; 3ZT4 A; 4CF9 A; 4H8K A; 1ZBL A; 4O0I A; 4Y0W A; 4DR3 K; 1YTU A; 1CXU A; 4U67 L; 5ADX H; 3K5N A; 2HOE A; 3CCV N; 3PV8 A; 2HVH A; 1YJN N; 2YKM A; 2ZM6 K; 2UU9 K; 4IDH A; 3VGM A; 1L3S A; 1WSH A; 1T05 A; 2HHT A; 1HKB A; 3KLI A; 2QKK A; 4DQR A; 3I8D A; 2Y1I A; 4YY3 K; 3QEV A; 3QBX A; 2O4I A; 1HNW K; 1TK0 A; 5BPN A; 1RT6 A; 3O9U A; 2D1K A; 4CJU A; 3AA4 A; 4NCB A; 1ATS A; 3NCI A; 2YNI A; 4E7K A; 3VTH A; 5C24 A; 3SV4 A; 2RF2 A; 1HQU A; 4CZL A; 1Q86 O; 2A1R A; 5AZI A; 3S3N A; 1VAZ A; 2E8A A; 5KRS A; 5KGW A; 4ILH A; 4BVP A; 3QIN A; 3V9Z A; 5I42 A; 4B9V A; 3J8A A; 2AJQ A; 1D9D A; 5M1N A; 1TAU A; 4FJ9 A; 5EY4 A; 3AAQ A; 4H0V B; 4JRQ A; 2I7P A; 2YHA A; 4YOR A; 2NRX A; 3EE8 A; 5AQP A; 3BZK A; 1NGD A; 1TUU A; 4BRM A; 4CJS A; 3TAG A; 1QHT A; 1JLQ A; 4U7B A; 1NK5 A; 3W0L A; 3SLC A; 3P1G A; 1JLB A; 2O8C B; 1RNH A; 1LWF A; 3THV A; 3UKU B; 4CF8 A; 2A5X A; 1DT9 A; 2P9K A; 3AA5 X; 4C23 A; 2HW3 A; 4DV7 K; 2NRV A; 4YOX A; 3IMX A; 1BU6 O; 4CJW A; 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