3N4QA

Human cytomegalovirus terminase nuclease domain, mn soaked
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
246
structure length
216
Chain Sequence
LITDQSREEFDILRYSTLNTNAYDYFGKTLYVYLDPAGTGVAAVGAYRHQFLIYGLEHFFLSESSEVAIAECAAHMIISVLSLHPYLDELRIAVEGNTNQAAAVRIACLIRQSVQSSTLIRVLFYHTPDQNHIEQPFYLMGRDKALAVEQFISRFNSGYIKASQELVSYTIKLSHDPIEYLLEQIQNLHRSDDLIIAVIMATYLCDDIHAIRFRVS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords TERMINASE SUBUNIT UL89 PROTEIN
publication title Structure and inhibition of herpesvirus DNA packaging terminase nuclease domain.
pubmed doi rcsb
source organism Human herpesvirus 5
molecule tags Dna binding protein
total genus 70
structure length 216
sequence length 246
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-05-22
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.320 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3n4qA00
4IOXA 3N4PA 3N4QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4RWTA 4OLBA 3J80O 3G25A 4BC5A 3AVIA 4CGIA 2IC3A 1IG9A 4IEIA 3U9DA 1RDBA 3KJVA 3OYAA 3E9LA 4O0IA 2UUCK 1YTUA 4JKDA 4M3TA 4C8KA 5AJ3K 2HSTA 3MDQA 1HYVA 3VQ5A 2QTDA 1SQKA 1BI4A 1HQEA 3TR8A 4W5TA 1NK5A 2HBKA 1QS4A 4LC9B 3H6EA 2Q3SA 4O5BA 2F9WA 4B1UB 3T3FA 4FJGA 3U8XA 3UKRB 3C6TA 3C6UA 4QCLA 2Z1IA 4FJ8A 2D0AA 4FJ7A 1VQON 4JS5A 1GLLO 1TVRA 3JXUA 4MDBA 3AY9A 4CFAA 2HHUA 2ASOA 5HL7L 3CHWA 5BR9A 2A6AA 3PX6A 4ZTJA 4W5NA 4H8KA 1Z6RA 4AM6A 5BPLA 2Y1JA 2BTFA 4DCHA 4IFYA 1VQNN 1TAQA 4CJWA 4BACA 4K42A 2F8TA 5I9EB 1VSDA 2BGGA 4IOAL 4CF1A 1YJWN 1RT7A 3VEVA 2BDPA 1NM1A 4BG9A 4F9OA 2O8CB 3I56N 1RNHA 3I33A 2O8DB 4CEQA 3WQTA 5CZ2A 3PSFA 4Z4HA 3THWA 3CG7A 4UQGA 1EKEA 3F5TA 1QHAA 2RN2A 4BWJA 1BGXT 3FGUA 4AILC 3LDQA 5GADP 4BRGA 4BRKA 1JLEA 1K8KB 1S1WA 4H4OA 3LP3A 3OYDA 3VA0A 4WQ4A 4C8OA 3O80A 3VQ9A 4B9VA 4DTPA 3VQ6A 2O8EB 2ITGA 2Q1NA 3PLAA 5AQVA 1L3TA 3BDPA 4RW9A 3KLHA 1XMOK 4IZ9A 3TPQA 4E89A 4FZXC 3QEWA 3N4QA 4DR4K 2O4IA 3FFKB 4CIGA 1HMVA 3O4QA 1Q82O 4HCBA 4C1NK 3ZEUB 4IXCA 4CZMA 3K9KA 3O9UA 4BRAA 3VQBA 3VQEA 1BCMA 2WBNA 3O1BA 5KPZA 2YJFA 1BIUA 2UYTA 5K14A 3BZCA 4KH5A 2NUBA 4FOIA 4LSLA 2ZJQL 1NBWA 4YY3K 4LF7K 1WUAA 1U04A 4B9UA 2FC0A 1OH7A 2WTUA 3THYB 1WSIA 3C6AA 3SQ0A 3KK2A 3LDOA 4PL7A 3LZIA 3H3OB 3G10A 1WLJA 4B1YB 3OVNA 2ZJRL 2OCEA 4K25A 4CJUA 1FKPA 3FZMA 3CETA 2Q2RA 4CHQA 3CCLN 2E2QA 1EQYA 1M1KO 1BDGA 4JI4K 4IFEA 2FSKA 4YNQA 4KB0A 4E1NA 3AA5X 5C10A 4RW4A 4LFCK 4JHDB 1J5OA 1B9DA 4B1XB 2HHTA 3NF9A 3MN9A 3VF4A 1VK0A 3AVAA 4CHOA 4DUYK 4ILHA 3K9JA 4PL8A 3TWHA 4DB3A 1EETA 1BIZA 1HRHA 1S3XA 4JKHA 3CCUN 1VQ6N 4CD1A 4FLTA 5M1PA 3KLGA 4DTMA 4BR7A 4FLZA 3VMFB 4ICLA 1BA1A 1KTQA 5CYQA 3AVBA 4IJAA 2UU9K 3DRPA 3SLCA 5JS1A 1WSJA 4IWVA 4O44A 3M8SA 3L2UA 1C0UA 3SAHA 4GVMA 4FPBA 4M3UA 2IGIA 3U4LA 2OANA 2FF3B 3MK6A 3CPWM 2BH1A 1HLUA 4DSKA 3OYFA 2I7NA 1O13A 3AO3A 3SQ1A 3J7YP 3H3NO 3SMSA 1NGCA 2P9PA 5I3UA 3ZX3A 2ASMA 3KK1A 3MEGA 1TKZA 1N33K 5M1KA 2IOCA 4CI6A 3VQ8A 5AQLA 4FOEA 3HP6A 3SV4A 5IWAK 2OTJN 3C7NA 4I2PA 4JK7A 1UOCA 1D5AA 3ZYYX 4CZFA 1Q9XA 1GOBA 1VQKN 1NGFA 3OS0A 4JI2K 4KKOA 4LY7A 5J2PA 3QIPA 4FW2A 3U9ZA 4JI1K 3CFPA 1VHXA 2WONA 5KRTA 3O6WA 1W97L 3CI5A 1VSIA 2GEMA 3DXMA 5KPRA 1CZBA 3O9RA 1TUUA 4YDUA 3VF2A 1KAZA 1Z25A 3TTCA 5BREA 4WF9L 5EX5A 4FSVA 3ZT0A 1IO2A 2O4GA 1C0MA 4B3RK 1VQMN 3HK2A 4OKKA 3V6DA 4CZKA 3CCSN 5HRPA 5BN8A 3PV8A 2ZD1A 1NK8A 4B3OA 4B9QA 1OH5A 2P9UB 3H46O 3VN5A 2HHHK 4EZ9A 2NZTA 3K5LA 3HP9A 4EHTA 2PBDA 1FK9A 1LCUA 3FZHA 1N34K 3DWLA 5AQGA 3DI6A 3WEEA 2QEXN 3DMJA 4J2AA 5AZJB 3VERA 3CERA 4DV2K 2KW4A 5AQQA 4PHTX 1OH6A 1WB9A 2RE2A 3PUFA 3ZSOA 1SV5A 5AQRA 1NKCA 1VRUA 2P9IB 2DTUA 3UKUB 4Y1CA 5GINA 1EWQA 1W0HA 3CD6N 3BZKA 4DKWA 4X64K 4H5WA 4BGAA 1SS6A 3L3VA 3C94A 1YTAA 4CIEA 4DV3K 5AQJA 3OJUA 1CZ9A 3MWTA 1R0AA 3PX4A 1K73O 4F2RA 3F2KA 4RTFD 5KRSA 3LPTA 1GOAA 3ATUA 5FLXO 1P90A 3MWPA 1WOQA 3HM8A 1Z26A 4DFMA 4YOTA 4BREA 2E2OA 2QWMA 1HNWK 4WQ4C 3RWUA 4BWMA 3KHYA 4ISGA 3V1OA 1JCFA 2HNYA 4I9QA 3QNNA 5AQUA 4MO5A 1S1XA 3ZT2A 5FPMA 5JS2A 4ELVA 2GTDA 4KHNA 4MFBA 5CR4A 5KI6A 1RDDA 2IVPA 2Y1IA 4IOXA 4C8MA 1ILYA 3OBYA 4CJRA 3VTIA 3TSPA 1VQLN 5LJWA 4FXDA 3ZT1A 2HVIA 1ASVA 4FJNA 5JICA 4CECA 4IKFA 3VEXA 5AR0A 5DK5A 1M90O 2F9TA 4F3TA 2D0OA 4A57A 1C0GA 4WYBA 5FDLA 4B8CA 4BRQA 1GLBG 3SZ2A 4BC4A 3M3ZA 2VWBA 5LMUK 3DOLA 3SUNA 3M6GA 1HJOA 4QS7A 4CERA 2V7YA 1I94K 4PUOA 4OPAA 4EHUA 3ZSQA 3V9UA 3OA9A 4CK3A 2V52B 3NGYA 1QQOA 4CZLA 2O8CA 2IIRA 3QETA 3RR8A 1YT3A 4C8NA 1KFSA 4Z0UA 2O8DA 3VF6A 3KLEA 3L8BA 3EO3A 3F9KA 3UB5A 1VSFA 2PYJA 4NXNK 1ZC6A 1IJJA 1FW6A 4DR5K 3SNNA 4U7BA 4Z4EA 1MWKA 1ZBSA 2G8IA 3O4NA 5M1QA 3I8DA 3K58A 4DTRA 3TARA 3TANA 4FZZA 4A2AA 4DR1K 2G8FA 1SL1A 2O8EA 1KVBA 3QICA 4FWRA 1JCGA 3AA2A 3QBXA 4N76A 4CHZA 1CXUA 4NYFA 4FLVA 4BRCA 4JRQA 2IVOA 4XH4A 4IFVA 4BE0A 4CK2A 2FF6A 1RT2A 2NLXA 3ZEUA 5CE3A 4JD2A 1ZBLA 5C24A 2OPQA 3OYMA 3PSIA 4FJKA 4PKIA 2X74A 4B08A 3MAQA 3OYGA 5JVGL 3QEVA 1SKWA 3QFPA 1S9EA 1TK8A 1Q9YA 4KFBA 4MO4A 4J2DA 4O0JA 4BR5A 4XEIA 5C2DA 3VOVA 4JKFA 4CBUA 4HTUA 2RHKA 4LD0A 2E5LK 3LALA 3TU5A 2O8BB 1NJXA 4GY2B 3L2RA 1XNQK 3MN7A 1UAXA 3O4WA 3HRGA 1I3AA 1XWLA 1T3VA 3IFRA 1KQSM 3CM6A 5HROA 3QINA 5EOYA 1NG9A 5D3GA 4DQPA 4OGCA 3TAMA 4JHDA 4X62K 1N32K 3D2EB 3FZFA 3RTVA 2QXFA 4YDUC 1WSHA 3ZETB 1HPMA 4M3YA 3MECA 4CJ3A 1L5UA 1U4BA 3MEEA 1VAZA 4IDHA 3ZCMA 3GOIA 5FPEA 3G6EN 1ATSA 1MU2A 4EP5A 4BR4A 2QM1A 4KB1A 2GUIA 2WUSA 2QWLA 2VWKA 3OYKA 1DEJA 4NB4A 5AQPA 1BL3A 3H1QA 3O9TA 3IRXA 3VA3A 2YI1A 3OYJA 3DLHA 2HF4A 5AQZA 1OH8A 3VTHA 3FE1A 1QQNA 4W5QA 3AO4A 2F8SA 4M63C 1W7AA 1LAWA 3AAQA 5AQIA 5CZ1A 3A5OC 4DWIA 3AA4A 4H5NA 1NK9A 1NJYA 1XNRK 2VG6A 4DTJA 3V81A 4ZTFA 4KPYA 4CZJA 3CCQN 4CK1A 3D2FA 3VGLA 2R7YA 1QHTA 3CJBA 1RT6A 4WE1A 3VEYA 1NWKA 2FBTA 3ALYA 1NK4A 1NLVA 4BE1A 4BG8A 1N6QA 4CZEA 3O3GA 1JLAA 4JKGB 1U47A 3HPHA 4DFJA 3M1FA 2PAVA 2P9SB 2ZWHA 4KI6A 4BR9A 4BY9C 3VGKA 1HNZK 1XQSC 2KKZA 1WAJA 3MEDA 5C42A 3RMDA 3PO4A 4HUGA 4I9LA 2OYQA 4I7FA 4Z4FA 1A5XA 3IG1A 3LP0A 3HT3A 4YOUA 4KHUA 5AZIA 1TYQA 3QERA 3CIPA 2E1YA 3O08A 3AGRA 3AV9A 1W2BM 1JXEA 4KHYA 4CEZA 4KAZA 5HRRA 3ZSXA 2P9UA 3MCPA 4PKGA 1WBDA 3JYTA 2G8VA 4FWOA 1NOZA 1RBSA 3RRGA 3UIQA 5J2MA 4BC2A 3EN9A 5KQ8A 3UE5A 4FLXA 1BWFO 2GWJA 3SQ4A 4KTZA 1ITGA 3OYCA 5E41A 5AZJA 1C0TA 3NH2A 4XH5A 1B92A 3O3HA 2CGJA 1RDAA 3WXMB 2JWLA 1S72N 4BRFA 1RBUA 4DG1A 2QKBA 2VCPA 2I5JA 2XY5A 3CPEA 2P9IA 2FBXA 3B6OA 4GMJB 2XY8A 3ASMA 1GLEG 3U3GA 2D0BA 2KZMA 3GE1A 3HOSA 2D5RA 1J53A 1QQMA 3ZSYA 3TAQA 2ASPA 4CHNA 2P51A 2WOMA 5CYMA 2XY7A 1VSLA 3CQYA 2E20A 2QW9A 4BDPA 4JAXA 2Q36A 3PIOL 4BRMA 4JKAA 4M7YA 4CJPA 3A5MC 3WNEA 4EIAA 4FPAA 4BROA 1KC8O 4LF8K 1RILA 5KTQA 1KSPA 4LFBK 3JAMO 2G8WA 3HI0A 3WT0A 1ASWA 4AHRA 3RSEB 3CCRN 2P1JA 4FWLA 3OS2A 3WNGA 2YHWA 1GLAG 3NF7A 2P9LA 5LJVA 4DR6K 1VSEA 3VQCA 2F4VK 3EZ5A 3MN6A 1VQ7N 3LP2A 4CGGA 1BO5O 2YNGA 1HNVA 4A62A 4KREA 3VEWA 1FJGK 2PFUA 4I6MA 1NK0A 3CC2N 4CJ5A 5FPNA 4CZGA 3SCXA 3E9OA 4X65K 3HZ6A 3CF5L 1VQ4N 3FLCO 3WUHA 4V19S 2YCHA 3P1GA 3AA3A 2Q0UA 1WSGA 4CFDA 3CCMN 3S3MA 1S1VA 3MN5A 3AVNA 3RVCA 3THXB 1QSYA 1WN7A 3OYNA 4KI4A 3QB0A 3LDSA 1YF5L 1IH7A 1HPZA 2D1KA 2E2NA 4RW7A 4CE9A 3LM2A 3GL1A 4JEPA 4HTLA 3SYZA 1IBLK 2E1ZA 3KLIA 1QE1A 2E8AA 3T1YK 3CC7N 2HBLA 4HUFA 1BQMA 5IT9O 4A59A 2O8FB 3DXKB 1E3MA 2HHXA 1YXQA 2YHAA 3NVMA 4R5PA 4YOWA 4DV5K 3HPOA 4C8LA 3DLKA 2PY5A 4BRHA 3NF6A 3WXKA 4F2SA 3C95A 1TV6A 1G99A 1EP4A 2DPNA 2CH6A 1NJWA 2IAJA 4H0TB 2HF3A 3PY8A 1O1WA 1WAFA 1UA1A 1NMDA 3QLHA 3QEIA 1VSMA 1NGIA 2OTLN 2FLOA 1ESVA 4PKHA 4LSNA 3R6MA 1FKOA 4CFCA 4K8XA 1NGEA 3A5NC 3ULEB 1LW2A 2QXLA 4BC3A 3KWGA 3OJSA 4B3TK 1KXPA 4Y1DA 2NRVA 1JLQA 3BP8A 3IUCA 1HR0K 2B5JA 2QWNA 3C65A 4CVNE 2Q97A 1MA9B 4KHQA 3NH0A 2O8BA 1TKDA 4BQZA 1XMQK 4OPJA 4BRDA 2YJEA 4WQ5C 3EL2A 4FWPA 3FZKA 2VG7A 2FBVA 4FLUA 5FROA 3U6FA 4CJEA 3U3YA 2G8KA 4K0KK 4Z4CA 2QK9A 1NJZA 1JLFA 4CW7B 2D0CA 4KV8A 1YHQN 1LOTB 1C1BA 5ADXA 3D2EA 3FZLA 5J2NA 4IOCL 4ILJA 4BDZA 4E7KA 4GV3A 3ULDA 3ZSZA 4F3OA 3V1QA 1DGKN 3E66A 1SL0A 4L8RB 4FK2A 3DYAA 4H0VB 4CF0A 1VRTA 4H0YB 3CYMA 3ZX2A 3HSTB 5HLFA 4EAHD 3V9WA 1VSKA 4OX9K 1Z05A 4CZHA 1BI4B 3AVKA 3HM9A 4FWMA 1SKSA 1JXBA 3HPGA 1QVGM 2YHXA 3KVGA 2HHVA 4CEAA 3KKRA 4DMNA 5AQWA 3K57A 1X9MA 1E4GT 3HSCA 1JL1A 3N4PA 3MXIA 3FR0A 3VQPA 4JI7K 3SAGA 4GV6A 2G8HA 2GV9A 3THVA 3O9QA 4H0XB 1QVFM 2VG5A 1IG8A 1QTMA 4ISEA 2NRXA 4ID5A 2VYPA 3IDHA 4Z4IA 3MXJA 4JK9A 3VEZA 4DQSA 4JKGA 2P9SA 2YNFA 3PO5A 3DLEA 1NGDA 1TGOA 4JKCA 4FJMA 4IG3A 1KFDA 4WCEL 4KRFA 2X6SA 1SL2A 3Q7BA 4IJNA 1N5YA 1UA0A 4OPKA 4YOVA 4B9NA 1EXQA 1RDUA 3THWB 5ADXH 1KCFA 2NRZA 4IDKA 4DV4K 1Q8IA 3ENHA 4CJSA 4XH1A 3E9PA 2ETJA 4GV9A 4DV0K 5AQMA 1HKGA 5EU7A 4FM1A 4PY5A 3CJ9A 3UKRA 3B8AX 2UUAK 4KHPK 1T6DA 1RT1A 5EXWA 3NH1A 1YUWA 4EFHA 3CJCA 5GAHP 1S22A 3SUPA 3L2VA 4J2BA 5BN9A 1SAZA 3DLRA 3CMAN 4FJXA 4BRNA 3TAEA 4JI3K 3T1AA 3T19A 3BY5A 3LWLA 4DQQA 1BQNA 5SWMA 3VPZA 2HB5A 4QS9A 2VQEK 4CJ4A 4FM2A 1JLCA 3CJ1A 4DU1A 3K5NA 3DM2A 4J2EA 4CF9A 1BHLA 2B4JA 4G1QA 4E1JA 3KK3A 1OKJA 5AQNA 2E2PA 1YAGA 2GX9A 1K9MO 2KLAA 4LH4A 4BVOA 3O8MA 4FO0A 3TAPA 2DY4A 1K8KA 1FXXA 4DF8A 2HBMA 1JKHA 3GDQA 2HNZA 2NRRA 1A5VA 4DUZK 4DSEA 3AARA 4DTXA 4DS4A 1J54A 2WC9A 3CJAA 5TKYA 1GOCA 1RDCA 4OVLA 4FL9A 5JLHA 2EX3A 4GKJK 3RMCA 3EE9A 2W42A 4OKJA 4RG8A 1GLDG 4A5AA 1JLBA 5AFUA 4YOXA 4B3SK 4EZ6A 1Y64A 5BRHA 4B3MK 2YKMA 4CBWA 3CQXA 1TKTA 3BF1A 3V9XA 1NKBA 4L3QA 5HOOA 5TKWA 3R9PA 3J7AP 2IS3A 3ENOA 1ZXOA 1REVA 2BE2A 4ZHRA 5KQDA 1BA0A 4CGFA 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1RTJA 2P9NB 2RF2A 4KTWA 1N36K 1EWRA 4QOZB 5EVZA 1BISA 4H5TA 4NYNA 4AHUA 1KAYA 3GG4A 4KBOA 4DR2K 4B9LA 1NMNA 4FJ5A 1QZ5A 4HWIA 3SJHA 3NBPA 4NLBA 4CJKA 4DTOA 3H45C 5A2QO 4CEOA 3J8AA 4IG0A 2QWQA 3SQ2A 3CFRA 3DOKA 1BG3A 4LFAK 2EHGA 4CCHA 4RW6A 2W6KA 1E4FT 3VQDA 1HX1A 1NKEA 4BR2A 5FPDA 3GBTA 1RTHA 4IBNA 3D45A 3LAMA 3J81O 3DLGA 3UKUA 5AQOA 4DFKA 4DQRA 2A1RA 1TL3A 3LDNA 4PWDA 3K0SA 3KD1E 3LZJA 1IBMK 4BDYA 2PYLA 1RBVA 5FRMA 5KGXA 1U2VB 5GAEP 4B8AB 1N8RO 3K59A 2RPIA 3TABA 1C0FA 3VETA 3RRHA 3HO1A 1ZYQA 1LWCA 4H0PA 1I39A 1C1AA 3L3UA 4DSFA 3EEQA 3HYFA 3EYZA 3LDLA 2ZF5O 2HHWA 1RTDA 3PX0A 4FWSA 5DM7L 2Z1GA 1XUPO 4KHWA 2YHYA 2P9KB 1DLOA 3QDKA 4NXMK 1TKXA 3ZSRA 5JMVA 2NNWA 3QO9A 3L2QA 3MCAB 5C15A 4X66K 1X1PA 5AQHA 1VQ9N 4OPHA 3NGZA 1YJNN 2V51B 1MDUB 4AHTA 4WFBL 2W6LA 3NF8A 4N47A 4LF6K 1JLGA 3HXMA 4M3WA 2NRTA 4CJFA 4FW1A 4Y0WA 4WFAL 3E01A 1TUYA 2YX6A 3CJ7A 2W41A 4O55A 2X78A 3W3DA 1WNSA 2W40A 5LMNK 4JD2B 3LL3A 1J5EK 3P5JA 1YVNA 3OYHA 2FSNA 5CY4A 3EE8A 4C1NI 1Q7YO 3CMEN 3KK7A 3NHGA 1NK7A 3B6PA 3AO1A 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 4IOX A;  3N4P A;  3N4Q A; 
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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