1K8KA

Crystal structure of arp2/3 complex
Total Genus 130
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
130
sequence length
416
structure length
401
Chain Sequence
GRLPACVVDCGTGYTKLGYAGNTEPQFIIPSCIAIKEVMKGVDDLDFFIGDEAIEKPTYATKWPIRHGIVEDWDLMERFMEQVIFKYLRAEPEDHYFLLTEPPLNTPENREYTAEIMFESFNVPGLYIAVQAVLALAASWTSRQVGERTLTGTVIDSGDGVTHVIPVAEGYVIGSCIKHIPIAGRDITYFIQQLLRDREVGIPPEQSLETAKAVKERYSYVCPDLVKEFNKYDTDGSKWIKQYTGINAISKKEFSIDVGYERFLGPEIFFHPEFANPDFTQPISEVVDEVIQNCPIDVRRPLYKNIVLSGGSTMFRDFGRRLQRDLKRTVDARLKLSEELSKPKPIDVQVITHHMQRYAVWFGGSMLASTPEFYQVCHTKKDYEEIGPSICRHNPVFGVMS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords ACTIN-LIKE PROTEIN 3
publication title Crystal Structure of Arp2/3 Complex
pubmed doi rcsb
molecule tags Structural protein
total genus 130
structure length 401
sequence length 416
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-10-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 1k8kA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1k8kA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1k8kA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1k8kA04
1H1VA 3QFPA 2P9PB 3FE1A 3HI0A 5LY3A 1QZ6A 2FLOA 1KXPA 1BA0A 3VGLA 5AQRA 1HPMA 2FSKA 4FWOA 2GWKA 4BC5A 3GG4A 4ISGA 1K8KA 4BGBA 5E84A 2P9KB 3L6QA 3CERA 3G25A 1GLDG 2EWSA 3I33A 4CBUA 2A3ZA 2CH6A 1ESVA 5FPMA 4FPBA 2YJFA 4BRFA 1KAZA 1HKCA 4YDUA 5CE3A 3DWLA 3A5MC 4FWKA 2FF3B 3A5NC 5KPTA 4FWQA 4IWVA 3ID8A 2IIRA 3FLCO 3KZBA 5AQPA 1X3NA 2IVOA 4BQLA 1ZC6A 5FPNA 3R8EA 1NGDA 2YHWA 2D0OA 4PKHA 3GE1A 2PBDA 1Z05A 1CZAN 3C7NB 5TKYA 2E2NA 4PL8A 1HLUA 4RCHA 3VENA 2Q2RA 5FPDA 1SZ2A 1OKJA 2P9UA 2HMPA 1U2VB 3CJ9A 3GOIA 5ADXA 5I9EB 1ZXOA 3S41A 3EL2A 4H0TB 3BF1A 3WXJA 3BUZB 4XH5A 4B1XB 2NZTA 3CHWA 5KPZA 3UKUB 4BR4A 1D4XA 4XH4A 1NGGA 2F9WA 2H3GX 4FO0A 3HBTA 2ASMA 3H1QA 1KAYA 4IO8A 1RDWX 4BRMA 2QWPA 2CGJA 4BRNA 4BGAA 2A40A 3R6MA 1X3MA 3AAQA 3JS6A 1QZ5A 3O6WA 4JD2B 4JN4A 2HOEA 4BRAA 1S22A 3KVGA 2GELA 3VEWA 4AM6A 4QS7A 5AQNA 5EVZA 1P8ZA 4BRQA 4C23A 2AP1A 4BQZA 4RTFD 3L0QA 5BRDA 2E8AA 4J8FA 4M63C 4B1UB 1QHAA 3U9ZA 1XC3A 1WUAA 3CQXA 1Y64A 3CETA 2V52B 2W41A 1TYQA 3VF4A 3IMXA 3WEEA 2P9SA 5AQXA 4GNIA 1NWKA 1GLAG 5AQVA 4K43A 1R59O 3EKUA 1NBWA 2E2PA 5AQQA 1HX1A 2FF6A 1HJOA 1K8KB 4FWNA 4BR0A 3VERA 5F1XA 2UYTA 2HF3A 5EXWA 2QWNA 2NLXA 3DJCA 3H1VX 5AQHA 3H6EA 3D2EB 3ZETA 5JMVA 5E26A 3ZX3A 5F0XA 3VEYA 2I7NA 2P9LB 3H3OB 4BRDA 1HUXA 3ZEUB 3H3NO 1Z6RA 3VEZA 2A42A 2V51B 3B8AX 3UKRB 2ZWHA 4XH1A 3O4WA 4BG9A 2Q36A 4FWMA 4XEIA 3A8YA 3EO3A 5LJVA 4FOEA 3ATVA 3WQUA 4O5FA 4I6MA 4B9QA 1TUYA 4LC9B 5KPRA 3ZX0A 4JHDA 4Z94A 1NGIA 4H5WA 4BRGA 4RWTA 2I7PA 3HZ6A 2QWMA 3LDOA 4BRPA 2E2OA 1BU6O 4M7XA 3RSEB 5AQKA 2A5XA 3CIPA 3O5BA 1C0GA 3LDNA 3VGKA 3C0BA 3CQYA 3QBXA 3A5LC 2P9IB 4BVPA 5AZIB 3TU5A 4HWIA 5JICA 2P9NB 3BEXA 5AQGA 1DGKN 3F9MA 2GEMA 4B1YB 4EHTA 3CI5A 3FZKA 4FWRA 2FXUA 3GL1A 3U9DA 3EKSA 3CJCA 4CZHA 3DXMA 4EAHD 4IJAA 2YHXA 5JLHA 2YI1A 2BTFA 2FSJA 3O1WA 1XUPO 4GY2B 4H0XB 4NO7A 5AFUH 4HTLA 3VGMA 1MWKA 3FZMA 1QQOA 4CZMA 1E4GT 4DCHA 3VEXA 2QXLA 3EN9A 5KQ8A 1TYQB 3QFUA 3AAPA 3LDPA 4E1JA 5BPMA 3WEEB 4K41A 1NMDA 2P9SB 3SK3A 5AQWA 4L3QA 3MMVA 1C0FA 1MWMA 4CZFA 3QICA 4WQ5C 2QM1A 5AQUA 3L4IA 5EX5A 3KHYA 5JLFA 3VOVA 4O8KA 2F9TA 4K42A 3DXKB 1NGFA 4BC2A 4H03B 4CZLA 5AZJB 2GUPA 3AY9A 3CJAA 3O80A 4CZIA 4BROA 3MK6A 1ZBSA 3ATUA 4B1ZA 4A2AA 2YJEA 1SQKA 2W40A 4H0VB 5BREA 1BO5O 4ISEA 4DB3A 3TPQA 2P9KA 1NGCA 4CZKA 1NGEA 1BG3A 4DHYA 5AQYA 2QW9A 3IUCA 4BR2A 4H5TA 4KBOA 2HF4A 4AM7A 2VYPA 1NGJA 3U4LA 1HKGA 4BR5A 2E1ZA 2ASPA 4EHUA 3CJ7A 1GLJO 4BRLA 1V4TA 1T44A 3IFRA 1NGBA 4A62A 4CI6A 1QQNA 5BPLA 1GLFO 1GLBG 2E2QA 3LM2A 4WQ4C 2FSNA 2ASOA 3C7NA 3MN9A 3W3DA 3BP8A 2VWBA 1S3XA 1NM1A 3D7EO 2ZGYA 3ZX2A 1BWFO 1U2VA 1YXQA 4MO4A 4EFHA 2ZGZA 1LCUA 5AR0A 1GLLO 3HTVA 4A2BA 3FFKB 1U6ZA 3EZWA 3WUHA 1BOTO 3UKUA 2YHYA 5EY4A 3R9PA 4PL7A 3U8XA 3ULEA 3GDQA 2ITMA 3SMPA 3CJ1A 3VPZA 4F9OA 2D0PA 1MDUB 4H0YB 5BRHA 4QS9A 2Q31A 2IVNA 3A5OC 2PAVA 2P9UB 3SJHA 4CD1A 1ATSA 4M7YA 1XQSC 3H45C 5F2RA 3GBTA 3MN5A 1NLVA 4H5VA 1SAZA 4JNEA 2CH5A 1GLEG 3O08A 4H5RA 1NGHA 5ADXH 1X9JA 4CBXA 4YDUC 3ENHA 4PKGA 4JAXA 2CGKA 5FPEA 2CGLA 2E20A 5AQOA 5AQMA 3OHRA 1IJJA 4FWLA 1RGIA 1MA9B 3H46O 4BC3A 2J4RA 3D2EA 2BUPA 1J6ZA 5AQLA 2GTDA 2VCPA 1BDGA 1NGAA 2P9LA 4FSVA 1V4SA 4K25A 3ZEUA 5ELZA 4CZEA 3QDKA 4EIAA 3UE5A 3UKRA 1JCFA 1ATNA 4BG8A 5AQFA 3D2FA 5BN9A 3FR0A 3MCPA 4B1WB 3SLCA 4CD3A 3VEOA 3J8AA 5BPNA 1QQMA 3LM9A 2A41A 4MLEA 2YCHA 3VEVA 3O8MA 1EQYA 3QMLA 4NB4A 2P9PA 2AA4A 5AQTA 3ZETB 1YUWA 2QWLA 3MN7A 3MN6A 4H0PA 4CZGA 2ZF5O 4BRHA 2NRHA 1ATRA 3LDLA 4CBWA 2V7ZA 3RSEA 3FGUA 2KHOA 3AARA 2WUSA 3CJBA 4WQ5A 4ISFA 1HKBA 2Q1NA 3JXUA 2P9IA 5LJWA 3WXLA 5AZIA 4BVOA 3VESA 2P9NA 2QWOA 3UB5A 4Y0WA 3ULEB 5AFUA 3LDQA 2GWJA 1JCEA 4I6MB 4BRKA 4CJ7A 4FWSA 4BREA 5BRFA 4JHDB 4FWPA 4QS8A 4BRIA 5KQDA 2A6AA 4BR7A 4A61A 1YAGA 5AQJA 5AQIA 2E88A 1WOQA 2QWRA 5BR9A 3M3ZA 3WQTA 1T6CA 4WYBA 4IJNA 3FZFA 4PKIA 3M6GA 3A0IX 2D1KA 4BR9A 3WT0A 4DQ8A 3IDHA 3VF6A 3SMSA 4FOIA 1BA1A 2Q0UA 1DEJA 1TUUA 3VF2A 2Q97A 3ENOA 2DPNA 3HSCA 3M1FA 3HM8A 5AQZA 4H0OA 3DXMB 1E4FT 4H5NA 4B1VA 1Q18A 2IVPA 1YVNA 4BRCA 2V7YA 1GLCG 4CZJA 4FL9A 2QWQA 3O1BA 4IXCA 3DXKA 1BUPA 3FZLA 3FZHA 1IG8A 2OANA 3DAWA 5AQSA 5AZJA 1KAXA 4WQ4A 1DKGD 3QBWA 3W0LA 4IZ9A 3VETA 3P4IA 4BC4A 3I8BA 4MO5A 1LOTB 3BF3A 4JD2A 5B8HA 3LL3A 3QB0A 4FPAA 2D4WA 5EOYA 1RFQA 2Q0RA 4MLHA 3D2FB 1JCGA 1T6DA 5BN8A 2E1YA 3WXKA 1G99A 3WXIA 3MDQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OVLA 3CFPA 2P9PB 3ITHA 2NRXA 2BGGA 4DKWA 5M1KA 1VQ6N 3CM6A 4DR3K 4FWOA 3S9HA 4JKCA 3VQ9A 5HRNA 4KTZA 2P9KB 3L6QA 3J80O 5FPMA 1WNSA 3C6HA 2YJFA 3DLKA 4OPKA 4KO0A 1IH7A 1VQ4N 1RBSA 3CCVN 2FF3B 1CXUA 2IIRA 5AQPA 1X3NA 2IVOA 4H4OA 2X74A 5FPNA 3CM5A 4KKOA 3VA3A 1NGDA 1T8EA 4PKHA 4KH5A 2UXCK 4M3YA 3LDSA 1CZAN 4JKDA 3C7NB 4BY9C 2E2NA 1Q9XA 3E9LA 4RCHA 1KLMA 3O3FA 5FPDA 3LWLA 1TK8A 5ADXA 4RW4A 1VRTA 3EL2A 3WXJA 3CHWA 4CIFA 3OYAA 4MDAA 1KVAA 2H3GX 4FO0A 4OKKA 4JKBA 2IAJA 1KAYA 3HVTA 3N4QA 1KQSM 4ID5A 2CGJA 4BRNA 4BGAA 4CIGA 3CYMA 3KLFA 4B9UA 3TWHA 1IKXA 2YNFA 3AVGA 3JS6A 4BRAA 4FJIA 2B5JA 3VEWA 3NGZA 4F2RA 1JLFA 5AQNA 5HRPA 3PIPL 4BQZA 2DFEA 3VQDA 3NMUA 1QSYA 5BR8K 2KW4A 4M3XA 2QTDA 1Y64A 3CETA 1RT7A 3VF4A 3AVLA 4DV0K 3WEEA 3O9UA 1RNHA 4JKFA 2QEXN 3ZSZA 1XHXA 4GNIA 4B08A 1NWKA 1R59O 3EKUA 3THWA 3E9PA 3NGYA 3AVNA 4CFAA 4GVMA 4F3TA 2HF3A 3KIOA 1N32K 5EXWA 1SKWA 3HVRA 3H1VX 1HRHA 2FBVA 3H6EA 4ILGB 5E26A 2Y1JA 5F0XA 4JI8K 4IKFA 2HNYA 3NHGA 1Z6RA 4FM2A 1NJXA 3B8AX 4DF8A 1RBUA 2X6NA 4JKEA 4FLWA 1KFSA 1RT2A 3A8YA 3PIOL 1XHZA 4DS5A 1FK9A 5LJVA 4CEDA 3O3HA 3WXMB 4O5FA 1EXQA 1TUYA 4LC9B 4Z94A 4FJ7A 2D0BA 4FJLA 1LAVA 5AQKA 1NOZA 4UY8O 3HK2A 3QNOA 2HHHK 3TU5A 2F4VK 2HBLA 4K8XA 1T03A 4CJ4A 3ISNC 4LH5A 3BEXA 5AQGA 3JSMA 2B4JA 5KGXA 3ZT3A 3TSQA 4EHTA 3CI5A 2WFBA 1GOCA 2EX3A 4YNQA 1VQKN 2OTLN 3U9DA 3L2VA 2PFUA 4OKJA 5M1OA 3SPYA 2FSJA 3O1WA 4NO7A 5LMUK 4HTLA 3VGMA 1VQ8N 4CZMA 4FLTA 2D0AA 3HYFA 4E89A 3QFUA 3AAPA 2UUBK 3LDPA 3MX2A 1C0TA 3CG7A 5AQWA 3SK3A 1RT6A 4L3QA 1MWMA 3AA5X 1SKSA 1J54A 4FJ9A 2Z1HA 4GV6A 4ICLA 3L4IA 5JLFA 1JXEA 5H1SQ 3CQ8A 3THVA 1Z25A 4EP4A 1YJWN 4K42A 1L3SA 1BQNA 4CGIA 3PX0A 4CJSA 3IS9A 3SAHA 3CJAA 3EYZA 5CHIA 4MDBA 4BROA 3NCIA 1ZBSA 3ATUA 1J53A 4B1ZA 3L2RA 5BREA 4CE9A 4CZKA 4C1NI 1NGEA 3VN5A 4E7IA 4DSJA 2QW9A 3VQPA 2HHVA 4H5TA 4BE0A 2HF4A 4ILJA 4NYFA 4FK4A 3THXB 4KREA 2RHKA 1NJZA 3CJ7A 3BDPA 4IFEA 2VGMA 3SBGA 1GLJO 5I3UA 5M1QA 3IFRA 5KI6A 4JK8A 1XC9A 3CMEN 4CEFA 1YT3A 2UXDK 2FSNA 1RBTA 3MXMA 1IBLK 3MN9A 1BGXT 3W3DA 1IKWA 4F2SA 4E7JA 3OW2M 3NGIA 3LZJA 4PQUA 1LCUA 4FLYA 2FC0A 4CCHA 4YOWA 4Q5VA 1CLQA 4LSLA 3LP0A 5EU7A 1BOTO 2YHYA 1BIZA 3C65A 3NF8A 1HYSA 4E7KA 5JENA 3KTQA 4KFBA 4F9OA 1WSEA 4KV8A 4H0YB 5BRHA 4JI3K 2UU9K 2GUIA 2IVNA 3OVNA 1WSFA 4Z4IA 2HHXA 1RILA 2ZD1A 2PAVA 4B9LA 4DTNA 4CD1A 1NK4A 1ATSA 3V9UA 4JI7K 4ZTJA 4DQRA 3BGRA 4HUGA 4ILHA 4DR6K 4DF4A 4H5VA 1SAZA 2CH5A 1GLEG 2P1JA 3O08A 4H5RA 1NGHA 5ADXH 1YJNN 1YTAA 4B9MA 2CGKA 2O8CB 2KKZA 3KK7A 2FBYA 2CGLA 5AQOA 3T1YK 4CHNA 1IJJA 4FWLA 3K0SA 3AA2A 1TKTA 4B3SK 2DFHA 3H46O 4L8RB 2XY5A 1WAFA 3C94A 3WNFA 4FM0A 1Q82O 3OYDA 2GTDA 4DQIA 4FSVA 3AGRA 1V4SA 4A5AA 3RMDA 1N34K 3UKRA 1JCFA 5AQFA 3RMAA 4B1WB 4DLEA 3F73A 3OYMA 3LM9A 2A41A 1JLGA 3P38A 1EQYA 4NB4A 4CJPA 1W7AA 3DLBA 4DLGA 3MXIA 3MN6A 5J2QA 4CBWA 1NK0A 4DTPA 2BDPA 3SUQA 3PO4A 1XWLA 3AARA 4KHUA 2KFZA 2VG6A 4ISFA 1IV0A 2P9IA 4LF5K 3IG1A 3WXLA 1U47A 5I42A 2P9NA 4A5BA 4Y0WA 1SUQA 2C1GA 3ULEB 3QIPA 4DFKA 2GWJA 4CHYA 4I6MB 2NRRA 4FWSA 4NCAA 1NOYA 3QEWA 2O8DB 1YAGA 2KLAA 2RPIA 5AQJA 5AQIA 2P5OA 3O9TA 4YORA 1NKBA 1TKXA 1QTMA 1NJWA 3RRGA 3WQTA 1XI1A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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