1K8KA

Crystal structure of arp2/3 complex
Total Genus 130
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
130
sequence length
416
structure length
401
Chain Sequence
GRLPACVVDCGTGYTKLGYAGNTEPQFIIPSCIAIKEVMKGVDDLDFFIGDEAIEKPTYATKWPIRHGIVEDWDLMERFMEQVIFKYLRAEPEDHYFLLTEPPLNTPENREYTAEIMFESFNVPGLYIAVQAVLALAASWTSRQVGERTLTGTVIDSGDGVTHVIPVAEGYVIGSCIKHIPIAGRDITYFIQQLLRDREVGIPPEQSLETAKAVKERYSYVCPDLVKEFNKYDTDGSKWIKQYTGINAISKKEFSIDVGYERFLGPEIFFHPEFANPDFTQPISEVVDEVIQNCPIDVRRPLYKNIVLSGGSTMFRDFGRRLQRDLKRTVDARLKLSEELSKPKPIDVQVITHHMQRYAVWFGGSMLASTPEFYQVCHTKKDYEEIGPSICRHNPVFGVMS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Structural protein
publication title Crystal Structure of Arp2/3 Complex
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN-LIKE PROTEIN 3
total genus 130
structure length 401
sequence length 416
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-10-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 1k8kA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1k8kA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1k8kA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1k8kA04
4XH5A 1NMDA 1WOQA 4KBOA 1SZ2A 5AQLA 3WT0A 3EKUA 5AR0A 3BP8A 3MK6A 1C0GA 1ESVA 1NBWA 3TPQA 3UKUB 3EKSA 4HTLA 4J8FA 4BR7A 1U2VA 2PAVA 2QWOA 3VEYA 4BRLA 5KQ8A 4BR2A 2QW9A 3WQUA 4A2BA 1K8KA 3CERA 2A3ZA 4XH4A 4FWKA 2VCPA 3WEEB 3L0QA 3O80A 3U9DA 4FWMA 4CZHA 5ADXA 1GLFO 1R59O 4MLHA 5E26A 2P9SA 4BC3A 4NB4A 3DXMA 1GLCG 3H1QA 3BF1A 1Z05A 2W41A 5LY3A 1RDWX 2CH6A 1Z6RA 4JD2B 4IXCA 5AZIB 2P9PA 3RSEB 1BWFO 2A6AA 5AQVA 1V4TA 3CJ9A 3VF6A 5AFUA 3EZWA 1QQMA 2FF6A 3VEXA 2P9LA 1T6DA 3EL2A 2YJEA 3LDQA 3HM8A 4JN4A 4BVOA 3CI5A 5KPZA 1ATNA 5ADXH 2D0PA 1QQOA 3C7NB 1XUPO 4FWOA 1E4FT 2QWLA 2CGLA 4H03B 4PKIA 2BUPA 2GWJA 4H0YB 3A5OC 1ATSA 4K25A 3MN9A 3WQTA 4BR4A 3I8BA 4FWSA 3A5LC 3EO3A 3IFRA 3HTVA 3M6GA 1LOTB 4RTFD 3AY9A 4BC4A 1GLDG 4H0XB 3ULEB 1X9JA 2IVOA 1HKCA 2P9IB 4BRQA 1GLLO 1C0FA 2E1YA 3FR0A 2YHWA 3I33A 1BUPA 3ZX0A 4M63C 2FF3B 1U2VB 5AQMA 3A0IX 2GELA 2P9KA 3CJ1A 1K8KB 2BTFA 4AM7A 1QZ6A 5AQZA 3QB0A 1NGFA 2IIRA 1NLVA 2Q2RA 1KAYA 3HZ6A 3QFUA 2P9SB 4IJAA 1RGIA 1RFQA 3A5MC 4B1WB 3DXMB 1ATRA 4CZGA 3LDLA 2NRHA 3VENA 4BGBA 1YUWA 3KVGA 4PL8A 3D2FA 2P9PB 3MDQA 3LM9A 4IWVA 3HSCA 1T6CA 4H5NA 4WQ5A 5AQYA 4DB3A 3CHWA 4CD1A 4IJNA 2QWQA 3TU5A 3R6MA 1QQNA 2P9LB 3FE1A 4BRDA 4CZKA 4FOIA 3WXKA 3HI0A 2QWRA 3ZX3A 4BROA 4EIAA 5AQQA 5BRHA 1HLUA 5BPLA 4DQ8A 4CZEA 3QBWA 2WUSA 3ENOA 3CJAA 3DAWA 5AQFA 3ZEUA 2I7NA 2HOEA 5AQIA 1GLJO 3VEWA 2E88A 1QHAA 4K41A 4B1YB 2NZTA 5AQTA 4BGAA 5BN9A 3O8MA 5BPMA 3LM2A 5FPMA 5AQNA 1Q18A 2V52B 2NLXA 5BREA 3S41A 2QWNA 3AAPA 4A61A 1BA1A 3KZBA 1NGGA 4FWQA 4CZFA 5KQDA 3ZETA 1P8ZA 1DGKN 2GEMA 5BN8A 3VEZA 3SMPA 4A62A 5KPTA 2VYPA 5BR9A 2A41A 3DWLA 3D2EA 2FSKA 2AA4A 3GL1A 4GNIA 4CZLA 2P9KB 3L4IA 5AQGA 1T44A 1KXPA 2CGKA 5AQHA 5JLHA 3WXIA 3H3OB 1IJJA 2P9UA 5LJWA 3DJCA 3FZHA 3CQYA 3R9PA 3H1VX 1H1VA 4MO5A 4QS9A 3O5BA 4PL7A 2IVNA 3D7EO 3AAQA 2ZGYA 4BRHA 3VPZA 4FWLA 1U6ZA 3H3NO 3D2FB 2ASMA 2HF3A 5AQWA 5JLFA 3ZX2A 5FPDA 4CZMA 1D4XA 3QICA 3FZFA 1TYQA 4CBXA 1X3MA 5I9EB 4GY2B 5BRDA 4FPBA 4O5FA 4CJ7A 3MCPA 4BREA 1BU6O 3LDPA 3VF2A 3U8XA 3OHRA 3L6QA 3ZEUB 4FWPA 5AZJA 3H45C 4WQ5C 5ELZA 5TKYA 5AQRA 4BG9A 3IMXA 4BVPA 3LDOA 3IDHA 5AQPA 4BRKA 2Q1NA 4BQLA 2A42A 4B1ZA 3WXLA 3MN7A 3MN6A 4H5TA 2ZGZA 4H0OA 4BRGA 4HWIA 4B1XB 3AARA 2DPNA 4O8KA 3ZETB 3C0BA 3UKRA 1OKJA 4H0PA 2Q31A 3ID8A 1SQKA 3EN9A 5EVZA 3D2EB 4DHYA 5LJVA 1HUXA 1MA9B 5AQSA 2FSNA 1BA0A 4FWNA 4Y0WA 3LL3A 2P9UB 3LDNA 4CI6A 4IZ9A 3BEXA 1GLBG 3GDQA 2YI1A 3QMLA 4FPAA 2E20A 4XEIA 3GG4A 1XC3A 1GLAG 5EY4A 4I6MA 4PKHA 3SMSA 3VESA 3VGLA 1NGBA 3SLCA 4CBUA 4EHTA 4QS7A 2HMPA 4BRNA 5B8HA 4JAXA 3B8AX 1X3NA 1E4GT 3GE1A 4JHDA 3WXJA 1NGJA 1TYQB 3MN5A 2Q0UA 4YDUA 1HKBA 4PKGA 3A8YA 1CZAN 3UE5A 3FZMA 1MDUB 2ZWHA 1KAZA 5E84A 4H0TB 5AQOA 2I7PA 4BC2A 4H5VA 3IUCA 1DEJA 1YAGA 2YCHA 1NWKA 2VWBA 4XH1A 4BC5A 4H5RA 2H3GX 1ZC6A 5AQJA 4M7XA 5AZJB 1IG8A 1BO5O 5BRFA 2F9WA 5CE3A 4WYBA 3FZKA 4BR5A 2F9TA 4K43A 2AP1A 4FOEA 4CD3A 3G25A 3FFKB 3VGKA 1NGDA 4B1UB 4RCHA 1BDGA 5F1XA 1G99A 1QZ5A 3DXKA 2W40A 2A5XA 3VETA 3UKRB 1NM1A 4H0VB 4RWTA 4BQZA 2UYTA 1ZXOA 4BRFA 4H5WA 4WQ4A 5JMVA 4A2AA 1LCUA 4EAHD 1YVNA 3BF3A 3SK3A 2YHXA 3U9ZA 1NGIA 2QXLA 1Y64A 3J8AA 2P9NA 4BRCA 4EFHA 1JCEA 3ATUA 3JS6A 4CZJA 3WUHA 4FWRA 2FLOA 3FLCO 4I6MB 4MO4A 3O4WA 3UB5A 1HJOA 5EOYA 1HKGA 3ATVA 1MWKA 2E2OA 2GTDA 2QWPA 3MMVA 3O1WA 3O6WA 4ISEA 1S22A 3H6EA 4JHDB 4FSVA 3W3DA 2V7YA 3CJBA 2CH5A 4C23A 3VGMA 1KAXA 4BRIA 2ASOA 4IO8A 3A5NC 5JICA 2OANA 2E8AA 1GLEG 1DKGD 3U4LA 1BOTO 4BRPA 5AQKA 1WUAA 4CZIA 2V51B 2E2NA 3VF4A 1V4SA 4F9OA 2Q36A 5F0XA 2PBDA 3VEVA 4CBWA 2IVPA 4BR9A 4DCHA 3UKUA 4BRAA 1TUUA 3GBTA 5AFUH 3QBXA 1ZBSA 4YDUC 5FPNA 4B1VA 2E2QA 1BG3A 2GUPA 5EXWA 2ITMA 1NGHA 3CQXA 3F9MA 3WEEA 3R8EA 2EWSA 4ISGA 1JCGA 3DXKB 3GOIA 1HPMA 4L3QA 1EQYA 1NGCA 4BR0A 1S3XA 2KHOA 1HX1A 3O08A 4JD2A 3VOVA 5AZIA 2ZF5O 3RSEA 1MWMA 4Z94A 2HF4A 5AQXA 2ASPA 2YJFA 3CJ7A 4B9QA 2QWMA 1SAZA 2CGJA 3KHYA 3CETA 4QS8A 4FL9A 3M3ZA 4FO0A 3W0LA 4AM6A 2FSJA 1J6ZA 2P9NB 4LC9B 3VEOA 1XQSC 2J4RA 5KPRA 3QDKA 2A40A 5FPEA 3CIPA 2YHYA 2D1KA 3P4IA 3O1BA 2D0OA 4JNEA 4MLEA 3BUZB 2D4WA 3C7NA 3SJHA 1YXQA 1NGEA 2QM1A 4NO7A 4BRMA 4WQ4C 5F2RA 3VERA 3M1FA 1TUYA 1NGAA 4E1JA 2Q0RA 3ENHA 4ISFA 4BG8A 3FZLA 2GWKA 4M7YA 3CJCA 2E2PA 2Q97A 3JXUA 4K42A 5BPNA 3QFPA 1JCFA 3HBTA 2E1ZA 2V7ZA 4EHUA 3H46O 5AQUA 3ULEA 5EX5A 3FGUA 2FXUA 2P9IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BWMA 1NMDA 4FM2A 4KBOA 3WNGA 4FLXA 5AQLA 4KRFA 4DSLA 4LH4A 4OKJA 3MK6A 3DLEA 4CEOA 1ESVA 2FBXA 1NBWA 4BR7A 3NBPA 3NH2A 1XNRK 4GVEA 1WSGA 4BRLA 4CEAA 5KQ8A 4X62K 4XH4A 1RT1A 4KH5A 3WEEB 1KLNA 1HYSA 3OTOK 2HHHK 1R59O 5FDLA 3DXMA 1OVQA 1GLCG 3HP6A 1QVGM 2P5OA 3BF1A 1XC9A 4IKFA 5A2QO 4IXCA 2ATQA 4B8CA 3NAEA 4NYNA 3EZWA 3QIPA 4DV1K 3VEXA 3DOLA 2P9LA 3KD1E 3ITHA 2KFNA 2HBJA 5KI6A 1CZBA 4Z4GA 3HK2A 4EP5A 4UQGA 3CC2N 1ASUA 4GW6A 1TK8A 5CZ1A 4JRQA 4H03B 3CCEN 3P38A 4CHQA 4JI8K 3E1YA 5D3GA 3CCUN 4GMJB 3HTVA 3RVCA 2GUIA 4DR4K 5DK5A 4FJXA 5KTQA 3ZCMA 4JEPA 4CJEA 1HKCA 3C95A 4B8AB 3AGKA 1MU2A 4DTRA 1CXQA 1T7PA 2HBMA 4B08A 3B6PA 4DR6K 4KI4A 3HOTA 2BE2A 4B3OA 1GOBA 5KRTA 4B9NA 2VWKA 2O8FA 2BTFA 1HYVA 4AM7A 3KLEA 1QZ6A 4FJJA 4NXMK 2IIRA 1NLVA 1IKVA 4B1WB 3DXMB 3RMDA 3EE9A 1JL1A 1G15A 3LDLA 5C42A 4DTPA 4KB0A 1N36K 2EHGA 3V1QA 2OA8A 3CFOA 4PL8A 3D2FA 3OYGA 4FYDA 3KK7A 3LM9A 4IWVA 4CD1A 1C6VA 4HUEA 3V9SA 2P9LB 3OBYA 1Z25A 4FOIA 3HI0A 2ITGA 2QWRA 4E7IA 5GINA 3TABA 4DF8A 3VQ6A 4PA1A 1HNWK 3MX5A 4IFVA 3G10A 1J53A 4DSEA 2I7NA 1GLJO 3VEWA 4OPKA 1N34K 3RR7A 4K41A 5MLCQ 4ELVA 1NK4A 5AQTA 4BGAA 1Q82O 3O8MA 2WBNA 3HSTB 4OPHA 3LM2A 3LWMA 1Q18A 3KLHA 3S41A 4DG1A 5FLXO 4OGEA 4DU4A 4FWQA 3TTDA 4CJUA 2G8WA 1M1KO 2VYPA 3GL1A 4CJ3A 4DFPA 4GNIA 4CZLA 4GV9A 4OLAA 5AQGA 1BL3A 1KXPA 5JLHA 2W00A 2NUBA 2O8FB 3JSMA 2P9UA 4QAGA 5CYMA 3FZHA 3CQYA 3H1VX 1H1VA 4DR2K 4PL7A 1VSMA 2KKZA 3AAQA 2IC3A 1K8AO 3VPZA 3TAGA 4ICLA 4DR7K 1YI2N 3D2FB 4K0KK 4CF1A 1RDDA 3DYAA 3KK2A 1JLAA 3FZFA 3PSFA 3ID6A 4C1NK 3DLBA 4GY2B 1OH5A 4BDPA 4JI1K 3D45A 2VQEK 3U8XA 5SZTA 3BY5A 3L6QA 2HHTA 4A57A 4FJNA 4CJVA 4KHSA 4YOWA 3QINA 2F4VK 3LDOA 1X9MA 2G8FA 2VWJA 4PUOA 4W5TA 3AVLA 5HOOA 5AQPA 1N32K 4H4OA 4DS4A 3CCSN 3MN6A 1U47A 1ZBIA 4HWIA 2VGNA 4O44A 1L3UA 1RDBA 3ID8A 4CESA 3ZSVA 3MXJA 4YNQA 5CY4A 1VQON 5LJVA 1NJIO 1T05A 1HUXA 3PUFA 3LPTA 4Y0WA 2P9UB 3OJSA 3CCQN 1GLBG 3GDQA 2YI1A 4W5RA 1YTUA 1GLAG 2G8IA 3CPWM 3SMSA 2OTLN 2IAJA 4CBUA 1Z26A 3LAKA 4DS5A 5B8HA 4JAXA 3B8AX 4DQIA 1E4GT 2VG7A 4ID5A 4CJWA 4YDUA 4Z4CA 1VQ6N 4PKGA 4DTOA 1RT5A 4BE1A 1NMNA 1KAZA 4LY7A 4LF7K 1SKRA 5AQOA 4H5VA 1UWBA 3VA0A 4XH1A 4H5RA 1BQNA 4IOAL 4FXDA 4JKAA 4IOCL 1JXEA 2Y1JA 2NRZA 5GIOA 2NRRA 4ILGB 2WONA 5CE3A 2OTJN 3HPGA 4CE9A 4CGDA 2AP1A 4LD0A 3G25A 3FFKB 2HHSA 3G6EN 2G8KA 4RCHA 3VQDA 4HTUA 1HMVA 4W5OA 4FJ5A 4BQZA 1SKWA 3I0SA 4JKDA 2UYTA 3DRRA 4H5WA 1WN7A 1ZBUA 4N41A 3PSIA 1EWQA 4EAHD 4CK1A 1NK0A 4YFUA 1QVFM 3EY1A 2QXLA 4FK4A 3SPZA 3BZCA 3SUNA 4EFHA 3LDSA 4TSXA 3T69A 1DLOA 1U4BA 3T3FA 4MO4A 2NRXA 3O4WA 3HT3A 3UB5A 4YORA 1VQLN 1A5XA 3OA9A 3V9UA 2QI2A 2GTDA 3O1WA 3O6WA 4ISEA 1TGOA 5JVGL 1K6YA 2CH5A 4DSKA 4BRIA 3HPHA 2O8EA 3V9WA 2E8AA 1DKGD 2QTDA 3O9QA 1WUAA 3THXA 3SZ2A 1L3SA 4UY8O 4F9OA 2Q36A 3AA2A 4JYAK 2QKKA 2KZZA 3LALA 1VK0A 2VG5A 2HVIA 3OYNA 3SJJA 1NKEA 4Z4HA 3NE6A 1NGHA 3T7ZA 3ZSZA 3V4IA 4ELTA 3R8EA 4ISGA 1XHZA 2NNWA 4RW4A 5C2DA 2YV0X 1KQSM 4Z4IA 4BR0A 1VRTA 3C65A 1IKWA 4CJTA 4JD2A 1ITGA 2ZF5O 3RSEA 2XHBA 1MWMA 4Z94A 2HBLA 5AQXA 2HF4A 1C0TA 3THWA 2A1SA 2YNIA 2CGJA 4FL9A 4FO0A 4I2PA 1XQSC 2J4RA 1IBLK 1VQ7N 2YHYA 3RTVA 3P4IA 4JNEA 2YX6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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