The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
22
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| publication title |
Selection of tRNA by the Ribosome Requires a Transition from an Open to a Closed Form
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
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| total genus |
22
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-10-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4GKK K; 4DUY K; 1I94 K; 4DV2 K; 4YHH K; 3T1H K; 4X65 K; 4AQY K; 1N33 K; 4DV6 K; 5A2Q O; 2F4V K; 4YY3 K; 4JI1 K; 4JI5 K; 4CVN E; 1IBM K; 4DR4 K; 4JI2 K; 4B3S K; 5LL6 Z; 4GKJ K; 4JI7 K; 3J7Y P; 4DR1 K; 4NXN K; 4K0K K; 4B3M K; 1XMO K; 3OTO K; 4X64 K; 5FLX O; 4CW7 B; 4V19 S; 5LMU K; 4X66 K; 4JI3 K; 2VQE K; 2UUC K; 3JAM O; 1XNR K; 4DV4 K; 4DR5 K; 2ZM6 K; 4JV5 K; 4LFB K; 4JI8 K; 2UUB K; 4DV3 K; 4KHP K; 2UXB K; 4DV0 K; 4DV1 K; 4JI6 K; 1IBL K; 4DR2 K; 4B3R K; 4DR7 K; 4NXM K; 3J7A P; 4DUZ K; 4LF7 K; 1N36 K; 4LFC K; 1IBK K; 2E5L K; 2UUA K; 4B3T K; 1N32 K; 4LF4 K; 4X62 K; 1HNW K; 4DR6 K; 1HNX K; 4JI4 K; 4OX9 K; 1XMQ K; 1HNZ K; 4LFA K; 5AJ3 K; 5IWA K; 2VQF K; 5IT9 O; 4DV5 K; 4LF5 K; 2UU9 K; 3J81 O; 4DV7 K; 3T1Y K; 1N34 K; 5BR8 K; 4JI0 K; 4LF6 K; 1HR0 K; 4LF9 K; 2UXD K; 4DR3 K; 1J5E K; 5LMN K; 2UXC K; 4LF8 K; 2HHH K; 4JYA K; 1XNQ K; 1FJG K; 3J80 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 4DSF A; 2F7T A; 3IDH A; 3HXM A; 1WBB A; 3E9L A; 2W6K A; 2V52 B; 1MWK A; 3LAM A; 2Z1G A; 4GV6 A; 1RFQ A; 4LH5 A; 4JI5 K; 3MN7 A; 1HYS A; 4B3S K; 4YOY A; 1HQE A; 3AVC A; 4QS7 A; 4KKO A; 1Z26 A; 3CHW A; 3SCX A; 4CD3 A; 5CE3 A; 4CGG A; 3VA3 A; 1A5W A; 4HUG A; 4DFK A; 1ZC6 A; 1XMO K; 1JLE A; 5KI6 A; 3AA3 A; 1RCH A; 3UKU A; 4BRK A; 3HM9 A; 4FZZ A; 2FSJ A; 4X66 K; 1Z05 A; 2ZWH A; 4PKI A; 3AA2 A; 3MXI A; 4GY2 B; 1KLM A; 3PO5 A; 4BC2 A; 3AAP A; 1DT9 A; 3K9K A; 4B3O A; 1VRT A; 3QLH A; 3HRG A; 3CMA N; 1S9E A; 1FKP A; 5FRN A; 4WFA L; 3VQD A; 3C95 A; 3KLF A; 3DLB A; 2UXB K; 3KJV A; 3ZX3 A; 3CPE A; 1Y64 A; 4I6M A; 3S41 A; 1KRP A; 1Q82 O; 4DR7 K; 4GV9 A; 1NOZ A; 4H5R A; 3FZH A; 1NJY A; 3RWU A; 4BR5 A; 3LDP A; 4C8L A; 1SL0 A; 2E2O A; 2DPN A; 1GLA G; 4BE1 A; 2VGM A; 3HPG A; 4B9T A; 3M8P A; 1SL1 A; 1OH6 A; 2P9S B; 1GLC G; 4X62 K; 1LAW A; 1U2V B; 4DQI A; 3O1B A; 3SMP A; 3SBG A; 1XMQ K; 3ZX2 A; 1WSF A; 3LZI A; 5AJ3 K; 3F9K A; 1JXB A; 2IS3 A; 3KK7 A; 2ASO A; 3THX A; 5AQG A; 1HRH A; 4A2B A; 1L3T A; 4EZ9 A; 4HCB A; 4CEE A; 3O80 A; 2GUI A; 4DR3 K; 3MMV A; 3AO4 A; 1JKH A; 3U8X A; 3VGL A; 5M1K A; 2G8V A; 2HHH K; 4JYA K; 3VMF B; 4K8Z A; 4M42 A; 5GAG P; 2CGJ A; 1WOQ A; 2P9K A; 2HBL A; 2PY5 A; 1HLU A; 4AQY K; 1OH7 A; 4FJK A; 4I2P A; 4WFN L; 5EY4 A; 2BAN A; 2GBZ A; 1BWF O; 5AQY A; 4FYD A; 1XHX A; 2IVN A; 4DQS A; 1NK0 A; 3HK2 A; 3CF5 L; 3AVA A; 1S3X A; 3OY9 A; 4H0Y B; 4WQ5 C; 4M3U A; 3DRP A; 3E1Y A; 2NUB A; 1E3M A; 4A57 A; 4IJA A; 4CBX A; 3OYC A; 3QET A; 1TK8 A; 1WSG A; 4K42 A; 3QIC A; 4FJM A; 4XH4 A; 2O8B B; 3CJ9 A; 5E26 A; 4CFB A; 4PWD A; 1U6Z A; 4DS5 A; 2E88 A; 5JLF A; 2I5J A; 3RRG A; 4DWI A; 1K6Y A; 3PLA A; 3VGM A; 4CK3 A; 2F96 A; 4PQU A; 4E1N A; 3MN9 A; 4DV1 K; 5AQK A; 4DU1 A; 3AVJ A; 2HF4 A; 3T3F A; 3EKS A; 5BPL A; 3OYD A; 2QM1 A; 2XRI A; 1Y97 A; 2Y1J A; 4B3R K; 3ZCM A; 2Z1J A; 3D7E O; 2HB5 A; 4FWL A; 1DGK N; 3LL3 A; 4LD0 A; 3ENO A; 2HHX A; 1KXP A; 3A5L C; 2CH5 A; 2D1K A; 3MK6 A; 4JHD A; 5KRS A; 1SKR A; 2EWS A; 2DY4 A; 1HNX K; 4BR2 A; 1IV0 A; 3TSU A; 4BDP A; 3THW A; 5BRE A; 3CCV N; 4F3O A; 3BY5 A; 4CGH A; 1KAY A; 4O8U A; 3EN9 A; 1GLJ O; 4R79 A; 1REV A; 1QQN A; 4BE0 A; 4QOZ B; 3IG1 A; 5C24 A; 5CR4 A; 3DOK A; 4LF6 K; 4CJS A; 4B9V A; 1VSE A; 4DLG A; 3A0I X; 2E20 A; 4Q5V A; 2Z1I A; 1Q7Y O; 3C6T A; 3SQ0 A; 3RRH A; 3M1F A; 3OYM A; 5AQP A; 2NRW A; 3PY8 A; 4JKD A; 1MU2 A; 3OYK A; 1KAZ A; 4X65 K; 5AQH A; 4N41 A; 4XIU A; 2QWQ A; 4BRA A; 3OBY A; 1T6C A; 1QVF M; 4DLE A; 3ZSO A; 4FJG A; 4NCG A; 1A5V A; 3EZW A; 2HHT A; 3QEV A; 3VQB A; 3NH0 A; 3VQC A; 1KVB A; 1HKB A; 2NRT A; 2GWK A; 5AQZ A; 5C2D A; 3VOV A; 2KQ2 A; 4O0I A; 3AGR A; 4M3T A; 4DTO A; 3WEE A; 4FLX A; 4DB3 A; 2Q1N A; 1LAV A; 1OH5 A; 4B3M K; 3WQU A; 3CCS N; 4BC3 A; 4MO4 A; 2FBT A; 2OAN A; 1U04 A; 4DSJ A; 1ZBS A; 3NMU A; 2FF6 A; 3ZSY A; 3QFU A; 4B9L A; 1JLB A; 3KHY A; 3SAF A; 3E66 A; 3HOT A; 1EX4 A; 1WAJ A; 3Q7C A; 4CEO A; 4CJK A; 3VA0 A; 3HTV A; 3AVK A; 1NMD A; 3GBT A; 4R5P A; 3K57 A; 3AY9 A; 4M3R A; 4DTJ A; 2PYL A; 1A5X A; 3O9R A; 2QKK A; 2HHS A; 4CJL A; 1NGD A; 3SZ2 A; 3T69 A; 4KHU A; 2E2Q A; 2NLX A; 4CZE A; 2X6N A; 2HW3 A; 5AQS A; 4CJR A; 3RMD A; 4JD2 B; 3WNH A; 4DUZ K; 3RMC A; 3TAE A; 1VQ5 N; 4F3T A; 3SUP A; 2ASP A; 1B92 A; 4CFC A; 3B6O A; 3OS0 A; 1ATS A; 1SS6 A; 4M63 C; 2YNG A; 2O8C A; 4CEC A; 2YI1 A; 4WQ5 A; 3HYF A; 2QKB A; 3AVL A; 1HNW K; 3NDK A; 3NFA A; 3VEW A; 1RTJ A; 3KKR A; 3MXM A; 4GVE A; 3TTC A; 4CBU A; 2ZQB A; 5D3G A; 1VQ9 N; 3DLR A; 2VQF K; 4DTR A; 2OPR A; 4BE2 A; 1IG9 A; 2AP1 A; 2ZE2 A; 3UKR B; 4PA1 A; 1N34 K; 1YJ9 N; 2ITG A; 4KRF A; 4QS8 A; 4OPA A; 4YFU A; 1DLO A; 1RT5 A; 5KQ8 A; 3G10 A; 3SUQ A; 1W7A A; 1SKS A; 4ELT A; 4DTP A; 1U4B A; 3EO3 A; 3J80 O; 5EVZ A; 3OJS A; 1ASV A; 1BCM A; 4CBW A; 3V9W A; 4FLV A; 4TSX A; 1JLG A; 3VEO A; 3OW2 M; 3DJC A; 3LM2 A; 5AQN A; 2IOC A; 3GDQ A; 4AM7 A; 1YTU A; 3OYG A; 1ZYQ A; 4ISG A; 4WQ4 A; 1KVA A; 4PKH A; 4CJ4 A; 4KHN A; 4BVO A; 4FJN A; 1CXQ A; 3P4I A; 1MDU B; 3UKU B; 3VEV A; 1BQM A; 1W2B M; 4ZHR A; 1WSH A; 4V19 S; 4E7K A; 2VWK A; 3MED A; 1R59 O; 1RDB A; 4JV5 K; 1ATR A; 5KPZ A; 4E7J A; 3MCA B; 4BG8 A; 3VER A; 4NYF A; 4Z4E A; 5C15 A; 1TKZ A; 1JL2 A; 4BY9 C; 4YOT A; 4I6M B; 4CJQ A; 3TAR A; 1K73 O; 1HYV A; 4BVP A; 4DTU A; 4B1V A; 4DR2 K; 3IRX A; 1RGI A; 1VQ6 N; 4O5F A; 4H0P A; 3CJC A; 2KFZ A; 3ZT2 A; 3CG7 A; 3A5O C; 3OA9 A; 3G25 A; 1X1P A; 3OYF A; 3ZEU A; 5GAE P; 3HO1 A; 1S9G A; 2Q0R A; 2VWB A; 4EP5 A; 1YUW A; 1RDD A; 4DG1 A; 1V4S A; 3KWG A; 5GIN A; 1TK5 A; 2FBX A; 5AQO A; 4DU4 A; 4BGA A; 4CF9 A; 3OYB A; 4XH5 A; 4DV7 K; 3THX B; 1S1X A; 3S3M A; 4I9Q A; 4BGB A; 5I3U A; 3CCR N; 3SAH A; 3WXL A; 5FPE A; 2YX6 A; 4IG3 A; 4A59 A; 1BQN A; 5BN9 A; 4DUY K; 1GOC A; 3TTF A; 2P9K B; 4RW9 A; 4CER A; 3CC2 N; 2P1J A; 3CJ7 A; 3VEX A; 3ATU A; 3R9P A; 3IUC A; 4A2A A; 1NWK A; 3CCE N; 1VQP N; 1DKG D; 1T8E A; 3ZSV A; 5JLH A; 5FPN A; 2KZM A; 3ZSZ A; 1P90 A; 4IDH A; 5JIC A; 4BRP A; 3K59 A; 1D5A A; 1CXU A; 4PUO A; 4E0D A; 1OVY A; 2O8F A; 3OHR A; 4UQG A; 1Z6R A; 4X64 K; 4CJ3 A; 4H4O A; 3L2R A; 2XY6 A; 3ATV A; 4CK2 A; 3G4S N; 3P39 A; 3SUN A; 3VQQ A; 4W5O A; 2Q31 A; 2VCP A; 2HBJ A; 3EEQ A; 4CGF A; 4DSI A; 2O8D A; 1N6Q A; 4JI8 K; 4CZF A; 2G8K A; 4KV8 A; 4H4M A; 2ITM A; 1BI4 A; 4KHP K; 4MDA A; 1RNH A; 4CZH A; 4PY5 A; 4H03 B; 3CCL N; 3LDL A; 4BR9 A; 5T7B A; 4IOC L; 1O13 A; 3AA4 A; 1J5O A; 1J6Z A; 2YNH A; 4M3Y A; 4IKF A; 4NXM K; 3HI0 A; 1S6P A; 5M1O A; 4NB4 A; 3EE8 A; 4PKG A; 3ZYY X; 1RT4 A; 4FJ7 A; 4JKF A; 2A42 A; 3PSF A; 4E7L A; 1YT3 A; 1S5J A; 4JHD B; 1H1V A; 3WNE A; 4BR7 A; 3NE6 A; 4YOR A; 1NGB A; 3F73 A; 5J2Q A; 4DTM A; 3C6A A; 4CCH A; 2AJQ A; 2IC3 A; 3THW B; 5DM6 L; 1EKE A; 3WXM B; 4FWM A; 3THY A; 5FRM A; 2WFB A; 5F0X A; 3DRR A; 3O3H A; 1RBS A; 1TYQ A; 1S1V A; 3L4I A; 4RG8 A; 2WUS A; 3LPU A; 2Q36 A; 4KB1 A; 4FJ9 A; 2CGK A; 4DSK A; 4BG9 A; 5FRO A; 5M1Q A; 2A6A A; 3LPT A; 4O55 A; 4BR4 A; 4CGI A; 1I94 K; 4O8K A; 4PL7 A; 2KLA A; 4CE9 A; 2P5G A; 4CK1 A; 4FM0 A; 5A2Q O; 1BL3 A; 4Z4I A; 3MEG A; 4M3X A; 4BRD A; 3ZT3 A; 4EFH A; 5HRS A; 2HST A; 1J54 A; 4JI1 K; 5E84 A; 4KO0 A; 2ZGZ A; 4GKJ K; 1HNV A; 3WEE B; 2YNF A; 2VG5 A; 3ULE B; 1RTI A; 4OLB A; 1J9A A; 3FE1 A; 3D2F A; 3P5J A; 4E19 A; 5FLX O; 3N4P A; 1C0T A; 1D9F A; 4CEF A; 4IJN A; 3NF9 A; 3HJF A; 4IG0 A; 1C0F A; 2UUC K; 4IFE A; 2JLE A; 2ZM6 K; 3R3L A; 4ILJ A; 2FC0 A; 4ILH A; 3L3V A; 5C25 A; 2D0B A; 1IH7 A; 4EP4 A; 1RTH A; 3QDK A; 4HTL A; 3VTI A; 2UUB K; 2D0O A; 5AR0 A; 3F2K A; 2Q97 A; 2Q3S A; 1R0A A; 1ZBL A; 3I56 N; 3J8A A; 4JKC A; 3GE1 A; 3SQ2 A; 4YOV A; 3CIP A; 1ESV A; 1KC8 O; 4BRN A; 4GV3 A; 3QBW A; 2O8C B; 4Y1D A; 1W9H A; 3VES A; 3CD6 N; 3O8M A; 2OA8 A; 4W5T A; 4KBO A; 1NJW A; 2HHQ A; 4JKE A; 3DAW A; 5I9E B; 3VN5 A; 2O4I A; 4KTQ A; 4KHS A; 2JGU A; 1G99 A; 1KFS A; 4KI4 A; 1BCO A; 1T7P A; 4XEI A; 2I7P A; 3P1G A; 2PZS A; 1TKX A; 3RSE A; 4Z4F A; 1QE1 A; 3K5O A; 1GLD G; 3C6H A; 4DTS A; 4Z4H A; 4RWT A; 2P51 A; 3ASM A; 1UOC A; 4M41 A; 4A61 A; 3CPW M; 3O5B A; 4F8R A; 4ELU A; 3AV9 A; 4DCH A; 3O9U A; 3O6W A; 4JKG A; 3R8E A; 5BRH A; 4HHT A; 3NF7 A; 3NH2 A; 3HP6 A; 4A5A A; 2E2N A; 4H8K A; 4CIG A; 4G1Q A; 4CIE A; 1EXQ A; 3TTD A; 4BRL A; 1WUA A; 4FLZ A; 3KD5 E; 1XI1 A; 4BC4 A; 1SUQ A; 5C2F A; 3SLC A; 5BPN A; 3O4W A; 2KHO A; 3KWI A; 2B4J A; 1QSL A; 4U7B A; 3HZ6 A; 2BTF A; 4B9S A; 3MEC A; 3MAQ A; 3EYZ A; 3AVI A; 3U4L A; 3K5L A; 3MWT A; 2BGG A; 1LWE A; 1IKX A; 2XY7 A; 3SQ4 A; 2OTJ N; 1VK0 A; 2IGI A; 3QEW A; 3VQP A; 3KK2 A; 3HVR A; 1ZBU A; 4Z4C A; 2QEX N; 3QIP A; 3DI6 A; 4JI6 K; 3OVN A; 4JKH A; 3HT3 A; 5KGW A; 1X9M A; 4JLH A; 1Q9Y A; 1TV6 A; 1WNS A; 1VAZ A; 1T05 A; 4LF7 K; 4ICL A; 4NCB A; 3V4I A; 3HL8 A; 5HLF A; 5TKY A; 2YJF A; 3TAM A; 3ZEU B; 3V1Q A; 3AVB A; 2YKM A; 4FVM A; 3CCM N; 1QQO A; 3G6E N; 3JS6 A; 3QER A; 1BU6 O; 4DFJ A; 1JCG A; 5AQU A; 1IG8 A; 1VQ4 N; 4OLA A; 4FJ5 A; 1JXE A; 1RBU A; 4BRH A; 5KPR A; 1V4T A; 4LF5 K; 2RE2 A; 3KLI A; 4M7X A; 2E2P A; 3T1Y K; 3L2W A; 2A1R A; 2F8S A; 1S72 N; 1VSH A; 5JVH L; 3ZSX A; 2QWN A; 4B1X B; 1TKD A; 2YHY A; 3IMX A; 3PX4 A; 4GVM A; 3VQ6 A; 1YTA A; 4MQ3 A; 5CY4 A; 4FWS A; 4LH4 A; 4Z0U A; 4A5B A; 4AM6 A; 3OYA A; 4MLE A; 4GMJ B; 4FVU A; 1EET A; 1P8Z A; 4BRG A; 4BC5 A; 1RT1 A; 1LOT B; 1VQ8 N; 2EX3 A; 2KW4 A; 3QIN A; 3I55 N; 3MX5 A; 2QWR A; 3CQX A; 3PO4 A; 1RTD A; 4E3S A; 3A8Y A; 2IDO A; 1IJJ A; 1IO2 A; 1SKW A; 4J2A A; 1QQC A; 2O8F B; 1X9S A; 3OJU A; 5E41 A; 4J2D A; 4FM1 A; 3LP3 A; 3CCQ N; 4CEQ A; 1YI2 N; 4YOU A; 3QML A; 3HVT A; 5HOO A; 1KVC A; 2IVO A; 4CJF A; 3U3Y A; 1W97 L; 1XNR K; 2P9U A; 2O8D B; 4LFB K; 2J4R A; 3GG4 A; 4IZ9 A; 4F9O A; 2PAV A; 3VQ7 A; 3OS2 A; 3PX6 A; 4OKE A; 5C0Y A; 1T3V A; 5BRF A; 4OKJ A; 1BI4 B; 3C94 A; 1UA0 A; 4DF4 A; 3ULE A; 2JWK A; 1T44 A; 3VEZ A; 1QZ5 A; 3L2V A; 2IAJ A; 2P9I B; 5F2R A; 1NKB A; 1HKG A; 4B9N A; 2QWO A; 5K14 A; 4H0T B; 5LY3 A; 1JLF A; 1E4G T; 4FK4 A; 4B9M A; 5KTQ A; 4G9Z A; 1XHZ A; 5ADX H; 3JYT A; 4WF9 L; 5J1E A; 2IIR A; 4FJH A; 1DEJ A; 2ZGY A; 1N32 K; 1NLV A; 3NH1 A; 5GIP A; 4IOA L; 4CZJ A; 1K8K B; 2NRZ A; 4OX9 K; 1VQO N; 1BIS A; 4LC9 B; 1WSI A; 1HNZ K; 4M7Y A; 2P9P A; 1UAX A; 1ZXO A; 4RW4 A; 3NHG A; 3THY B; 4YOW A; 1ZBH A; 1KD1 O; 3MDQ A; 3HP9 A; 3H3N O; 4JS4 A; 1TYQ B; 4KH5 A; 1I39 A; 3H45 C; 2UXD K; 1NNE A; 1IKY A; 1EWR A; 3P38 A; 4FSV A; 3AVG A; 3V81 A; 3WXJ A; 2W42 A; 4I2Q A; 4AH9 A; 1RBR A; 3LAL A; 4YHH K; 1Z25 A; 3O08 A; 4DV6 K; 5C10 A; 3VET A; 3VTH A; 3LP0 A; 4AF1 A; 4CJT A; 1MWM A; 4JK8 A; 4YDU C; 4CVN E; 1HPM A; 3BZK A; 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