1WSHA

Crystal structure of e.coli rnase hi active site mutant (e48a/k87a)
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
LKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMALMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKARGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
molecule keywords Ribonuclease HI
total genus 43
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2004-11-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1wshA00
4J2DA 3NGYA 4PQUA 1UA1A 3TAGA 4O5BA 4Y1DA 4QOZB 1TL3A 1LW0A 1K6YA 3OVNA 4OKKA 3KK1A 3OYGA 4B9SA 4F3TA 4KREA 4FJ9A 1ASUA 4B9LA 2HHWA 1MU2A 3V9WA 3VQPA 4OJRA 2YHBA 5SZTA 4FLVA 2BANA 4K8XA 1ZBHA 1Y97A 4M3RA 3IRXA 1TK0A 4PUOA 3KJVA 2G8FA 1KCFA 2DFFA 3CFOA 3CFPA 2KZZA 4Y1CA 4AHRA 2B5JA 1D9FA 1L3TA 2DTUA 4UQGA 3RRGA 5DK5A 1RBTA 1VSLA 3NH0A 3OYJA 1KSPA 4ELUA 4I9LA 4CIFA 1Z25A 4C8MA 3C94A 4CGJA 3NGZA 3HXMA 1T8EA 4FXDA 2VWJA 1HQEA 2P51A 3CM5A 5FROA 4CGHA 2HVIA 1BI4A 2FBTA 4ZTJA 4I7FA 2PYLA 4CEOA 3AO1A 4DTUA 4KHWA 1DTQA 3RMBA 4EZ9A 4IDKA 1JL1A 1RT5A 4DU4A 2IDOA 4FJLA 1NJZA 2R7YA 1FKOA 3V6DA 2VG6A 1DLOA 3WNFA 3ZSOA 1WSEA 1RT1A 4N5SA 4M3ZA 1GOCA 3L3VA 3KK3A 1XWLA 3VQQA 4AHTA 4W5TA 4C8OA 5J2QA 1IKWA 1ZBUA 1VSDA 5SWMA 4CFDA 1BIUA 3LALA 3VN5A 2EHGA 4KPYA 4Z4HA 2DFEA 3K57A 4F2SA 3L2VA 3QEPA 4JS4A 1U49A 2HHUA 1CZBA 5C25A 3DOLA 4DF8A 3TARA 3I0RA 3V9XA 4M41A 4R5PA 3KLEA 3EYZA 3LZIA 1JXBA 2IC3A 2F8SA 1A5WA 4B9TA 4YFUA 3ISNC 1QSYA 4Z0UA 2QXFA 3QLHA 4MFBA 1RCHA 3TAQA 4BWJA 4B9VA 2OPQA 1ZBFA 4DFJA 4DS4A 3VQCA 1NK6A 2D0CA 4AHCA 1QSSA 4NYFA 4FJXA 3F73A 4O4GA 4EP5A 3IG1A 4YNQA 4E7HA 4BWMA 3AVAA 3JYTA 3DOKA 1VSHA 5KGWA 1GOAA 3PX4A 1S6PA 3UIQA 2WOMA 4CEAA 3OYCA 4HCCA 1FXXA 4CJUA 4KTWA 3AA3A 2Z1GA 1L3VA 2O4IA 4RW4A 4FVMA 3PX0A 2VG5A 4N41A 2OPPA 1J54A 2D0BA 2LSNA 4DTNA 1TVRA 1X9SA 3O3HA 5KTQA 3DRSA 3OYAA 3ZCMA 4E7KA 4RG8A 3RWUA 3AVKA 3SPYA 2EX3A 3M8PA 3ITHA 5FRNA 2G8VA 3L2RA 3SNNA 5HBMA 4AHVA 4KI4A 2A1RA 4K8ZA 3T1AA 4E7JA 1JLQA 4Z4EA 4GVMA 4FZXC 2X6SA 1UA0A 1CLQA 4CE9A 3LP2A 4CIGA 2XY6A 4Q0BA 3F9KA 3LP3A 3CYMA 1C0TA 1RTJA 3LWLA 2ETJA 1JLGA 3T19A 3ZT4A 1KVBA 3SZ2A 3RR8A 2RN2A 5I3UA 4J2AA 1JLEA 3ZSWA 4RW7A 4B9UA 4CEQA 4M3YA 3TWHA 4JRPA 3FFIA 4CGGA 3SQ4A 4FW1A 4FJHA 4PY5A 4C8LA 4HTUA 1WAFA 2ZQBA 3KLFA 3IS9A 2XY8A 4CEEA 4OLAA 2AJQA 4OKEA 3OYEA 4DSJA 4F3OA 2HVHA 4ID5A 3RRHA 2BDPA 1BHLA 3ZSZA 1TAUA 3AVNA 3AO3A 4FJKA 1TKTA 4CHPA 4CF1A 4QCLA 3E01A 1LV5A 2PY5A 1WSGA 1HRHA 1NK4A 4FJ7A 3M8SA 3OS1A 4CGFA 3DLRA 3OYNA 1NKEA 4CEBA 1IKXA 3L8BA 3U6FA 1NK9A 3QINA 4M42A 4DSLA 3VA3A 2IS3A 1NK5A 2DFHA 4DTSA 4CESA 4DFKA 3ZSQA 2Y1JA 4Z4IA 3OJSA 4FZZA 4W5NA 2RPIA 2HHQA 1SUQA 1TL1A 2I5JA 3L3UA 4IKFA 3AA4A 1KLNA 3AVMA 4M3UA 1NJXA 1W9HA 2HMIA 4KB1A 3QO9A 3HM9A 4PA1A 4BDZA 3D45A 1DTTA 4FK0A 1BCOA 1Z26A 1VRUA 4CEDA 1XHZA 3ZSYA 1LAWA 4KI6A 1RILA 3AO4A 1F21A 3DLKA 5CYQA 5KI6A 3NH2A 1Q9YA 3HL8A 2X6NA 4FM2A 4CEFA 2FC0A 3MXIA 4B9NA 3SI6A 3KLGA 4KHQA 2XRIA 1QSLA 4DS5A 1NOZA 5HRRA 4IG3A 1ZYQA 4KHSA 1NJWA 2HNZA 1JXEA 4KHUA 4Z4GA 3BGRA 1HYVA 4I2PA 2YNHA 1WSJA 2YNFA 4FW2A 3AO2A 5CZ2A 1I3AA 1TGOA 3AVLA 1BISA 3H08A 4AHUA 2F8TA 4F8RA 3NAEA 2ZD1A 1WAJA 3L2QA 3LZJA 1RT3A 2QK9A 1NKBA 3AO5A 2GV9A 2YV0X 1HYZA 4AHSA 3K5NA 4CHZA 3SJJA 3KK2A 1W0HA 1RBSA 1LWFA 2P5GA 4FCYA 4F2RA 1HYSA 1RDCA 1TK5A 3G0ZA 4C8NA 3QETA 2HW3A 4Z4FA 3VQEA 3P1GA 5HP1A 5KGXA 4RW8A 4KTQA 3TR8A 4EP4A 2OZSA 3RMCA 4FK4A 2HHXA 1NK7A 1RT6A 1NKCA 4BE0A 3HP9A 3VQ6A 3G10A 3LP1A 1RDDA 2JGUA 4DSIA 4NCAA 3HK2A 4O0JA 1S9EA 5C24A 3HPGA 4M45A 2GUIA 1B9FA 4IBNA 4CF2A 4FLTA 1IG9A 1D8YA 3QEIA 3B6PA 3OYDA 3KIOA 2Q3SA 2VG7A 3KLHA 1XI1A 4G1QA 4DTRA 1NOYA 1S1TA 1BCMA 3LDSA 1WN7A 3PX6A 5J1EA 2F96A 4BDPA 1VSIA 4LH5A 1D9DA 1ITGA 4FJMA 3VQ8A 4N76A 1RBRA 3NCIA 4W5OA 2OA8A 1C0MA 3EZ5A 4DTJA 1HNIA 1YTAA 4MQ3A 1ASVA 2OPRA 1ZBLA 2D5RA 4JLHA 4CJLA 1SL2A 4PWDA 4HHTA 4M3WA 1GOBA 3DMJA 3SCXA 3MAQA 1Q8IA 1JLFA 4IG0A 5DMRA 3OYKA 4J2BA 4OKJA 2G8IA 2ATQA 3NF8A 3HYFA 4RW6A 1KRPA 5HLFA 1EX4A 3VQ4A 3O4NA 3QIOA 3PV8A 1VSKA 4KFBA 3K5LA 1NK0A 3VQ5A 3L2UA 4NCGA 1SKRA 1J5OA 3BDPA 3I8DA 4FJNA 2PZSA 4FZYA 1SL1A 2HNDA 2VWKA 4DQPA 4H4OA 3PO5A 4B8AB 3OYFA 4DU1A 3HP6A 3RMAA 3ZT1A 3TAEA 1A5VA 1S1VA 1NK8A 3MXJA 2XO7A 3O3FA 3QNOA 4QAGA 1B9DA 4CJVA 5KRSA 1TKDA 2HHVA 1WNSA 2GBZA 4B8CA 3MEGA 3P5JA 4OLBA 3LP0A 4CJWA 4OVLA 1VK0A 1IKVA 1FKPA 3NGIA 4DQSA 3V81A 1SL0A 4CCHA 4DG1A 1TAQA 1QTMA 1UOCA 4FLXA 4DSFA 4W5QA 1JLAA 4CERA 4E3SA 3RTVA 3I0SA 3KD5E 1SKWA 2FBVA 3AA5X 2KFNA 4CFCA 1TK8A 4HUFA 1S1WA 4FLWA 2G8WA 4DSEA 2P5OA 4I9QA 4ICLA 4CJPA 3S9HA 4LH4A 4FYDA 4CFBA 1UAXA 1L3SA 3U3YA 1XC9A 1L5UA 3DLHA 1BQNA 1QE1A 4KKOA 3ZSVA 1CXQA 4CK1A 1EP4A 5HRSA 4BACA 4WE1A 4FM1A 4DQQA 2A1SA 1BGXT 2JLEA 2RKIA 4CFAA 4TSXA 4BE1A 2O4GA 2YNGA 1EETA 2D0AA 3TAFA 1ZBIA 4CJKA 2Z1HA 3DRRA 3SYZA 3S3NA 4FM0A 3WNEA 3DI6A 3KTQA 1QS4A 4HVJA 5JS2A 4CK2A 2G8UA 4J2EA 3HVTA 1RBUA 2ZE2A 3LANA 1VSMA 4RW9A 4CJEA 1U47A 2NUBA 3V1OA 3JSMA 1RTIA 3CQ8A 1KFSA 4B08A 3NH1A 3IAYA 2FBYA 3MXMA 1X9MA 3CM6A 4DQRA 1TV6A 5EU7A 1RBVA 3VA0A 3AVFA 3DLBA 4FJGA 1SKSA 2DY4A 2WONA 1U04A 4CJFA 1HPZA 1J9AA 4DTPA 5CYMA 3ZT3A 4FLZA 1XHXA 3S3MA 1D5AA 5FDLA 5D3GA 3VQ7A 3EY1A 2Z1JA 1R0AA 2E6LA 1L3UA 3M8RA 3OYLA 2IAJA 1IKYA 4FLYA 1TKZA 3LWMA 1WSHA 4CGDA 2Z1IA 3LAKA 2QKBA 3VQBA 4OPJA 1NJYA 4B9MA 2KZMA 3V9UA 1C1BA 3HVRA 4KHYA 1RNHA 4JRQA 4E7IA 3CG7A 3QNNA 4CJTA 5I42A 4M3TA 4DTMA 3QEXA 1U45A 3NHGA 3M8QA 4DTOA 1N5YA 2HHTA 1C1AA 1LWCA 3NF7A 1N6QA 1S5JA 4CECA 4W5RA 1RTDA 1KFDA 1S1UA 4E1MA 3K5MA 1RTHA 2ITGA 4I2QA 1U4BA 4ELTA 4M3XA 2IOCA 4CEZA 2OPSA 3AVIA 4LD0A 3OYMA 3AVCA 3K5OA 2XY5A 2KTQA 2G8HA 5HRPA 3K58A 3QIPA 2KW4A 5T7BA 2E6MA 3AVHA 1T03A 2G8KA 4JS5A 1S9GA 4E0DA 1EKEA 3AV9A 3KLIA 2IGIA 3HO1A 1A5XA 4F4KA 1RDBA 2YKNA 3LPUA 4CF8A 4DFMA 1CXUA 3TABA 4E1NA 1IH7A 3AVBA 4E89A 1VSFA 4KAZA 3C95A 3LAMA 3QERA 1HMVA 3C6UA 4CHNA 1LAVA 3WNGA 4CK3A 2YNIA 4OGCA 3OS0A 3NF6A 2Y1IA 4DMNA 2HHSA 1JLCA 5KRTA 4NYNA 4N56A 5E41A 2XY7A 1Q9XA 1KTQA 3TI0A 5CZ1A 1T05A 2E4LA 3SQ2A 2OZMA 3ZT0A 1BL3A 4CJ5A 4LSLA 3HSTB 4GMJB 5CY4A 1S6QA 4FJ5A 3B6OA 1I39A 4DU3A 1EXQA 4DLGA 2QKKA 1REVA 1C6VA 3O4QA 3DLEA 4DTXA 4H8KA 3SQ1A 2BE2A 3VQ9A 4KRFA 3KKSA 2HB5A 4CJ4A 1QHTA 4EZ6A 2YHAA 3LPTA 3DLGA 1YTUA 3DRPA 3K2PA 2W42A 4CJRA 3V4IA 1JKHA 1X1PA 2B4JA 3CFRA 3NBPA 3S3OA 4NCBA 4CHQA 4CGIA 4BDYA 3SUOA 1HJRA 4FJ8A 4FJIA 1C1CA 1S1XA 2FBXA 2X74A 3NE6A 3C6TA 2P1JA 4Z4CA 4O0IA 4XIUA 1VRTA 2B6AA 4OGEA 4DFPA 4DQIA 4KO0A 1BQMA 4Q5VA 3V9SA 3P83D 1RT2A 3ZSXA 3T3FA 3RR7A 4CF0A 5C42A 4DWIA 3KD1E 5J2MA 1TKXA 1HNVA 4ID1A 3HT3A 3NF9A 3ALYA 4DSKA 1YT3A 1LWEA 1BI4B 3A2FA 5J2NA 1U48A 3O3GA 4FK2A 2KQ2A 3NFAA 4CJSA 4KV8A 3OY9A 3AVJA 3K59A 1VSEA 3ULDA 2PYJA 4DF4A 4HUGA 2YKMA 4CJ3A 2BGGA 3MECA 5HROA 3V1QA 3L2WA 4C8KA 5JS1A 4L8RB 3SUPA 1ASWA 1BIZA 1G15A 3ZSRA 1WSFA 1JLBA 1RDAA 4AH9A 3THVA 1KVAA 2HNYA 2KFZA 3WNHA 3OYHA 5K14A 3PY8A 3ZT2A 1LW2A 3DM2A 3MEEA 4H4MA 3V9ZA 3SUQA 1RT7A 3QEVA 3SQ0A 1T7PA 4KB0A 3QESA 3ASMA 1WLJA 4BE2A 3AVGA 3SPZA 2XHBA 4CIEA 4LY7A 3TAPA 3HJFA 4FJJA 1HQUA 1CZ9A 4GW6A 3VQAA 4CHYA 1B92A 4O55A 3HPOA 1JL2A 2RF2A 1KVCA 3NDKA 1KLMA 3PO4A 1O1WA 4E19A 4FLUA 3VQDA 5J2PA 4ELVA 3KKRA 5HRNA 4HUEA 4HCBA 4KHNA 4B3OA 4CF9A 3HPHA 3PUFA 4O44A 3OYIA 3TANA 4KTZA 3OJUA 4DLEA 1C0UA 3OS2A 3MEDA 4CJQA 4N47A 3D0PA 4IFVA 1IO2A 1FK9A 3SUNA 4AILC 4E7LA 4CHOA 1YVUA 1UWBA 2OYQA 3DYAA 3QEWA 3OYBA 2X78A 4LSNA 3V1RA 4ZHRA 3SV4A 5FRMA 1SV5A 3TAMA 4ZTFA 1J53A 1VSJA 4IFYA 3U3GA 1X9WA 3SV3A 1WSIA 3RMDA 1QQCA 4OPKA 3AA2A 1RT4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4J2DA 3NGYA 3VETA 2YCHA 4FWMA 2QI2A 4O5BA 5CR4A 2WC9A 4QOZB 1K6YA 1HNZK 4DR2K 4FJ9A 2NRHA 3THXA 4CZMA 5AQKA 5AQZA 4WF9L 3IRXA 1KCFA 1OH8A 4Y1CA 4AHRA 2DTUA 5DK5A 1RBTA 3NH0A 1KSPA 2F4VK 4CIFA 3THYA 3F2KA 4KBOA 4C8MA 3CD6N 1T8EA 3CERA 4BR9A 2QWLA 3THWB 2AA4A 4FWQA 4CEOA 5JMVA 3W3DA 5JLFA 3NMUA 1WUAA 3V6DA 1Q82O 2VG6A 1WSEA 2ASPA 1X9JA 3LL3A 4XH1A 5ELZA 1MWKA 5J2QA 5AQQA 1ZBUA 1VSDA 2EHGA 2DFEA 3K57A 1G99A 5M1OA 2HHUA 4EHTA 5AQWA 3TARA 3ZX3A 4BRHA 4JI0K 1Q18A 4B9TA 1QSYA 1C0FA 3TAQA 4MFBA 4NXMK 3WUHA 4AHCA 4WQ4A 4NYFA 4FJXA 3F73A 4IO8A 4E1JA 4YNQA 4MLHA 1DGKN 1VSHA 2HF3A 1S6PA 1V4SA 5ADXA 4NLCA 2Z1GA 2FSNA 4M42A 2D0BA 1X9SA 1TVRA 5EX5A 3OYAA 3DRSA 2HBJA 3ZCMA 3SPYA 3M8PA 2CGLA 5HBMA 2A42A 1S22A 4KI4A 2A5XA 1I94K 4FZXC 1UA0A 2OTLN 3LP2A 4CIGA 5A2QO 3CCQN 3J8AA 2ETJA 3T19A 3SZ2A 5I3UA 1JLEA 4RW7A 4H0TB 4YHHK 3SQ4A 4FW1A 4HTUA 4PKIA 1HKCA 3O5BA 5LY3A 5M1QA 3OYEA 4ID5A 4BGAA 2PFUA 3AO3A 4O8KA 4QCLA 2PY5A 4K42A 1IV0A 3DAWA 3OYNA 3L8BA 3U6FA 4DSLA 3C0BA 4WYBA 3U8XA 2GTDA 3HOTA 3THWA 2RPIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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