1WSHA

Crystal structure of e.coli rnase hi active site mutant (e48a/k87a)
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
LKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMALMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKARGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Ribonuclease HI
source organism Escherichia coli
total genus 43
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2004-11-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1wshA00
3DYAA 1BQNA 1YT3A 3IS9A 4H4OA 3CFPA 3QIOA 1VSFA 3ZSYA 4O4GA 3KJVA 4J2BA 3QO9A 3TWHA 4KHYA 2E6LA 1RBUA 1RILA 2Z1GA 4WE1A 5T7BA 4C8OA 3MEEA 1KLNA 4O0IA 4R5PA 1RTJA 4N47A 4KREA 1EX4A 2D5RA 3FFIA 4OPJA 3AVJA 3OYKA 1UWBA 3CFOA 3TI0A 2GUIA 3HSTB 4O55A 4FJLA 4OLAA 1KRPA 3F9KA 4OKEA 3TAMA 4E1NA 3ITHA 5JS1A 3LPUA 4I2QA 1T03A 5HBMA 4DSLA 1I3AA 4J2EA 1TAUA 4CF9A 5HRPA 1TL3A 2G8KA 2Z1JA 1KVCA 4FJ7A 2DFHA 1LW2A 4QOZB 5SWMA 4FLXA 1KVBA 4CJ4A 2F8TA 4AHTA 1RBTA 4ZHRA 3RWUA 4RW4A 2XY6A 2HNZA 4CEFA 3NH0A 2YKNA 1Z26A 1J9AA 2GBZA 2O4IA 3HPGA 4DQSA 1NJZA 2DFEA 4AHCA 4CHYA 3HT3A 3ZSRA 3AVIA 3M8PA 1C6VA 3G0ZA 3VQCA 3DI6A 1T8EA 4BE2A 3OY9A 3NCIA 4RG8A 1NK6A 2F8SA 1KSPA 4MQ3A 3C6TA 2OYQA 2FBYA 1HJRA 2EHGA 4C8KA 4KB0A 1D8YA 4FJ9A 2IGIA 3DRRA 3DRPA 3HPHA 5CY4A 2Y1IA 4M42A 1ZYQA 1LAWA 2VG5A 3AA2A 2G8IA 1D5AA 1TAQA 3K2PA 3L2UA 3THVA 1BGXT 2JGUA 4N56A 3AVNA 1NK4A 4FJKA 3RRGA 4OGEA 4CFCA 4F8RA 4FJ8A 4IG3A 3MEGA 1JL2A 2WOMA 3H08A 2FC0A 3P5JA 2E6MA 1HQUA 1S1WA 3L3UA 1HNIA 3ZSQA 2OA8A 1DLOA 4IG0A 3M8RA 3V9XA 4B9MA 3RR8A 1XHZA 4O44A 1JLCA 1JLQA 1HPZA 4N76A 1RBVA 4EZ9A 4M41A 3KK1A 3RR7A 1RT3A 4Z4IA 4PQUA 3VQ6A 1BHLA 5HRNA 2B5JA 4HTUA 1NOZA 3VQEA 2XY5A 3U3YA 3MXMA 1L3VA 4JRQA 3EY1A 2GV9A 3KLEA 1VSKA 3OYGA 3DLHA 3TR8A 3MAQA 1KLMA 2BANA 4Z4GA 5DMRA 1LWCA 1SV5A 5C24A 4W5RA 3AVMA 4KFBA 3KLHA 2KZMA 4FXDA 4FLYA 1XI1A 3VQ9A 3CM6A 3DLKA 1KCFA 3SV3A 4DU1A 2HNDA 3DM2A 3LPTA 3LP2A 4CFDA 4CF1A 4BACA 4DSEA 2X6NA 4AILC 2X6SA 1LV5A 1Q9XA 4DFKA 4F3OA 4BDYA 4O0JA 1J53A 3ZCMA 1TKTA 3I0SA 4Y1CA 4CJ3A 3VQ7A 2G8WA 5CYQA 1L3TA 1UOCA 3NBPA 4EP4A 3WNGA 4CK3A 4DWIA 3AO4A 3VQ4A 3KD5E 1W0HA 4QAGA 4OVLA 4K8ZA 3V1QA 1KFDA 4GW6A 2YHBA 2XHBA 2P1JA 2YV0X 4DQIA 2G8VA 3PO4A 3AVCA 3KLIA 4CEEA 4CJWA 1EKEA 5HP1A 2HNYA 5C42A 4JLHA 1UAXA 3V9UA 4OPKA 1C0TA 3LP3A 1JLBA 3SZ2A 3TAPA 3SUNA 4CF8A 3SQ1A 2HHWA 4DTSA 1WN7A 2YNFA 3AA3A 3QERA 2AJQA 3OYIA 3TARA 1S9GA 5KRSA 2ZE2A 4M3ZA 4B3OA 1BQMA 3QEWA 3S3NA 3MXJA 2I5JA 5SZTA 2KTQA 4KB1A 1L5UA 2HB5A 4KHWA 3LANA 4KKOA 1X9SA 2VWKA 3AA4A 5J2PA 1LAVA 3HJFA 4E7IA 2KFNA 1YTUA 1LWEA 2X78A 3MECA 1HYSA 2IAJA 4E7KA 4AH9A 4FM0A 3VQ5A 3O3HA 4FLTA 2D0CA 3V1RA 1NK0A 4CGGA 1S1UA 4AHRA 4CJTA 1NOYA 3VA0A 4BDPA 4CCHA 4RW9A 3OJSA 4CGIA 3V4IA 4KHQA 3VQAA 1VSMA 4FJGA 4KI6A 1C1BA 1VSEA 2YNHA 3QLHA 4LSLA 1IH7A 2FBVA 3EYZA 3UIQA 4FLWA 4FJMA 2OPRA 4CK2A 3KKRA 4FCYA 3OYFA 2G8UA 4H4MA 3OYDA 4CJUA 4EZ6A 2HHSA 4CFBA 4BDZA 1XWLA 5J2MA 1WSGA 3VQQA 4CJVA 3ZSXA 3I8DA 3S3MA 1D9FA 4J2AA 4B9UA 4OLBA 4KTZA 3NGYA 4FVMA 4RW7A 1QQCA 4DF4A 3V81A 2HHXA 4DTXA 1TKXA 2IDOA 3K57A 3F73A 4CHZA 4DQRA 3QEIA 3SPZA 3P83D 4DSKA 3KTQA 3WNFA 4KI4A 5EU7A 1TKDA 1L3SA 1SL2A 1IKYA 3DLEA 3HXMA 4DTMA 2A1SA 2HHQA 3ZSWA 1JLGA 4FW2A 4OKKA 4CIGA 3K5LA 3TAGA 2JLEA 4KHUA 4FJ5A 3CM5A 4OJRA 1MU2A 1XHXA 3QESA 2HHUA 3SJJA 4FJHA 2OPPA 3V1OA 2Y1JA 1VRUA 2D0BA 2XRIA 1Q9YA 4FJNA 2DY4A 2HW3A 3PX4A 1NK7A 1EP4A 3S3OA 2W42A 3OJUA 1LW0A 3CFRA 2YNIA 1RTHA 4KTWA 2BE2A 3OYBA 3RMAA 1TVRA 3TAFA 4FJJA 2PYJA 1K6YA 5JS2A 4CIFA 3HM9A 3HYFA 4B08A 1R0AA 4G1QA 4O5BA 5K14A 3JSMA 5J1EA 3V6DA 4C8LA 1EXQA 1NJYA 5HLFA 1D9DA 5CZ2A 2Q3SA 3L2WA 3LWMA 1QTMA 1U45A 1QHTA 4I9LA 3RTVA 4ZTJA 4YFUA 1UA1A 1CZ9A 4H8KA 1RCHA 1REVA 5KGWA 4M45A 4BE0A 5KTQA 4UQGA 3KLGA 3SI6A 4FK2A 5DK5A 3VQ8A 3ULDA 5FROA 3SUQA 4FJIA 3AO5A 1HYZA 2XO7A 3NF8A 5CYMA 1CZBA 2EX3A 3QETA 1W9HA 3QIPA 3SQ4A 3B6OA 4Q5VA 1J54A 4DFPA 3DMJA 3DLRA 4PA1A 1QSLA 3JYTA 1NKEA 2ETJA 4HCCA 5CZ1A 4KV8A 4B9SA 3V9ZA 3RRHA 1I39A 4CGJA 4M3XA 1WAFA 1WNSA 4FYDA 1U49A 1HMVA 3ZT0A 3L8BA 1L3UA 3DLBA 5J2QA 4FZYA 2O4GA 1HRHA 4I2PA 2B4JA 2FBXA 2P51A 3O4QA 3ZT4A 4DTJA 4ZTFA 1TK5A 4DSFA 3WNHA 4PY5A 1WSHA 1ASVA 4CJKA 1KFSA 1RDCA 1S6PA 1S5JA 1WSJA 2P5OA 1J5OA 3ZT3A 3ASMA 4LH5A 3OYAA 4FZXC 2IOCA 2IS3A 3NF7A 4IBNA 4CGFA 1TGOA 4LSNA 1GOAA 4KRFA 4F2RA 1LWFA 3T1AA 3NGZA 3M8QA 4NCAA 4FM2A 1S1VA 4ELTA 1ZBIA 4Z4HA 3K5NA 3SQ2A 3D0PA 4CJPA 4N41A 3QNOA 3ZSOA 4LY7A 4M3WA 4E19A 1HQEA 3AO3A 1GOBA 3RMCA 1VSDA 3L3VA 1RTIA 4DU3A 5FRNA 1RDDA 3ZSVA 2OZSA 1QS4A 4K8XA 1BCOA 3HVRA 3KD1E 4FZZA 3AVHA 1JLFA 3C94A 3VA3A 4B9TA 4CEBA 1TV6A 4CHNA 2KFZA 4EP5A 1BIUA 3QNNA 1IKVA 4CGHA 4CJQA 1NJWA 1C0MA 1JL1A 1IO2A 3L2QA 2NUBA 3SPYA 4F2SA 4JS5A 4DTPA 4NCBA 5HROA 1CXQA 4B9LA 3O4NA 1BI4B 4BWMA 3SYZA 4DU4A 2BGGA 3V9SA 4B9NA 4Y1DA 1BIZA 1BL3A 3IRXA 2ZD1A 2OPQA 4M3TA 1U04A 3U6FA 1RBRA 3ZT1A 2OZMA 3AVAA 4CFAA 4DSJA 1B9DA 1WSIA 3ALYA 4W5QA 3TAEA 2ZQBA 4KPYA 4NCGA 4CJLA 1KVAA 1JXEA 2VG6A 1B9FA 1S1TA 1FKOA 4CHQA 4CJ5A 3QEPA 3SQ0A 4Z0UA 1Z25A 3O3FA 4NYFA 3IAYA 4E7JA 4M3YA 1B92A 1RTDA 4QCLA 4KHNA 3NGIA 1Y97A 5E41A 4DTRA 1GOCA 3TANA 1F21A 4AHVA 4AHUA 3P1GA 3C6UA 4CHPA 5J2NA 3SUPA 1U4BA 1TK0A 4HVJA 1RT2A 4YNQA 2HVHA 4L8RB 3ISNC 4HUGA 1BISA 4Q0BA 3OYEA 4DMNA 2RF2A 3DOKA 3SCXA 1NK5A 3PX6A 3AO2A 3M8SA 1VSHA 4FLVA 3CQ8A 4DFMA 2RN2A 1TL1A 3PUFA 3AA5X 4FW1A 1IKXA 4B8CA 3LALA 2A1RA 1X9WA 2KZZA 4W5NA 1VSJA 1ZBLA 1HYVA 4CEOA 4ELUA 1NKCA 3VQPA 4F4KA 1TKZA 3CYMA 3T3FA 4CJFA 4IDKA 3OYLA 1WSEA 4M3UA 1VSIA 1RBSA 4CEZA 4E7LA 1KTQA 3OYHA 1U48A 4IFVA 3OYCA 1U47A 3NE6A 1FKPA 3AVKA 4GVMA 3PX0A 3RMBA 4B8AB 3LDSA 3C95A 5FRMA 1CLQA 1ZBHA 4E7HA 3AO1A 4CIEA 5D3GA 1NK9A 4FK0A 4LD0A 4DG1A 3LAMA 3HP9A 1DTTA 1G15A 4ID5A 2FBTA 3NF6A 3T19A 3TABA 2PYLA 2PY5A 4I9QA 3SUOA 1RT1A 3TAQA 4KHSA 2WONA 3K59A 1SKSA 4Z4FA 3AVGA 4DTOA 1FXXA 3ZT2A 3HK2A 4CEAA 1RT6A 2OPSA 3B6PA 4E3SA 4CJEA 1QSSA 2XY7A 2RPIA 1JKHA 1A5WA 4HUFA 4JS4A 1ITGA 4RW6A 2HHVA 3NAEA 4DS5A 1NKBA 3LAKA 3G10A 4FLUA 2VG7A 1TK8A 4B9VA 2QKKA 3LP0A 3DLGA 1O1WA 1RDBA 3RMDA 4CJSA 4CK1A 1SKRA 2Z1IA 4CF2A 1IG9A 2DFFA 1SKWA 1S6QA 4HCBA 2R7YA 4IKFA 4DLEA 3HVTA 4BE1A 1VK0A 2ATQA 4E1MA 1QE1A 3SV4A 1JLEA 5FDLA 4N5SA 1YVUA 4BWJA 1SL1A 1JLAA 3AVLA 4DTNA 2IC3A 1IKWA 1A5VA 4C8MA 4Z4CA 3OS1A 5KRTA 3KLFA 1YTAA 4DFJA 4CERA 4XIUA 2VWJA 1VRTA 3QINA 3SNNA 4J2DA 3L2VA 1VSLA 4FM1A 1A5XA 3WNEA 4OGCA 4I7FA 2LSNA 1Q8IA 4CHOA 2YNGA 4PUOA 4ELVA 4DTUA 2D0AA 1BCMA 3QEVA 2QK9A 1X1PA 3KK3A 2G8FA 2HHTA 4NYNA 1ASWA 1CXUA 3AVBA 2YHAA 1ZBFA 4W5TA 3EZ5A 3PY8A 4CEDA 4ICLA 5HRRA 3LP1A 4CECA 3O3GA 3KKSA 4CEQA 4F3TA 1UA0A 2PZSA 2F96A 2QKBA 5HRSA 3PO5A 3LZJA 3BGRA 4JRPA 3V9WA 4E89A 3E01A 4TSXA 4DQQA 1T7PA 2HMIA 4KTQA 1JXBA 3NH2A 3OYNA 3VQDA 3K58A 4DS4A 4CGDA 3OS2A 3DOLA 4IFYA 4MFBA 4CESA 3HO1A 4DQPA 1BI4A 4W5OA 3I0RA 3LWLA 4E0DA 3NF9A 4FK4A 4DLGA 2QXFA 4HUEA 2HVIA 4Z4EA 1HNVA 3HP6A 3K5MA 2E4LA 3AVFA 3LZIA 1RNHA 3NFAA 1EETA 2Z1HA 3NHGA 4ID1A 3ZSZA 3OYJA 4CF0A 1C1CA 3CG7A 4DF8A 2BDPA 2KW4A 1DTQA 5I42A 1ASUA 1RT7A 1N6QA 3KK2A 1QSYA 3QEXA 3AV9A 1FK9A 3NDKA 2P5GA 2B6AA 2XY8A 2ITGA 4C8NA 1RT5A 1C0UA 4FLZA 1S1XA 1SL0A 4FJXA 3L2RA 4AHSA 1S9EA 3U3GA 4HHTA 4PWDA 3MXIA 1XC9A 5KI6A 3OS0A 1C1AA 3OVNA 2G8HA 3HL8A 3DRSA 4KO0A 1WLJA 3NH1A 3BDPA 4KAZA 3S9HA 5C25A 1X9MA 3HPOA 1T05A 1ZBUA 1RT4A 1SUQA 1RDAA 3D45A 2RKIA 3PV8A 3K5OA 5I3UA 1NJXA 1N5YA 4CE9A 3VN5A 2X74A 1WAJA 4RW8A 3OYMA 5KGXA 3MEDA 3KIOA 4LH4A 3VQBA 4DSIA 3A2FA 2YKMA 4GMJB 4OKJA 1NK8A 1WSFA 2KQ2A 3IG1A 2DTUA 4CJRA 4M3RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3IS9A 1YT3A 1VSFA 4JK7A 4KHYA 4WE1A 4IWVA 1WB9A 3MEEA 4A2AA 4N47A 3FFIA 4OPJA 1NMDA 3F9KA 4OKEA 4JKAA 2Q1NA 3L4QA 3A8YA 5BR8K 1LW2A 4FWKA 1SS6A 1N34K 4FLXA 2F8TA 1VQ6N 3RWUA 4RW4A 3IDHA 3AVIA 3NCIA 2CGLA 3HM8A 4WFNL 1KSPA 4BR7A 4FJ9A 1J5EK 5C2DA 3GE1A 4JN4A 4DV7K 3THVA 3H1QA 1BGXT 1H1VA 5MLCQ 1NK4A 4JI1K 4IG3A 5M1NA 2FC0A 2OA8A 3ZSQA 1DLOA 4B9MA 3RR8A 2A40A 1XHZA 4JK9A 4DV2K 4DV4K 4N76A 1RBVA 4Z4IA 1RT3A 1BHLA 4HTUA 1NOZA 5LY3A 2XY5A 5C15A 2YHXA 3MAQA 3KLHA 1SV5A 4NO7A 3VQ9A 3DLKA 2HNDA 3LPTA 1LV5A 4BDYA 4O0JA 1J53A 4WCEL 4Y1CA 3VQ7A 3IFRA 4JI5K 5BREA 5AQLA 4K8ZA 2HF4A 3HZ6A 1KFDA 3WEEA 2P1JA 3AVCA 4QS8A 3KLIA 4CEEA 5C42A 4JLHA 4CI6A 4OPKA 3WEEB 1JLBA 4DUZK 3PLAA 4M7XA 4KBOA 4BREA 2FF3B 2HHWA 3QERA 5KRSA 3E9PA 4B3OA 2HBKA 3MXJA 4KB1A 1L5UA 4KHWA 2E20A 3VEZA 3MWTA 4JI4K 5HOOA 3H6EA 3GOIA 5B8HA 2A42A 4E7IA 3J7AP 2KFNA 2IAJA 3HTVA 3VQ5A 1NK0A 3MK6A 4AHRA 4CGIA 2UUBK 3V4IA 3U4LA 1VSMA 1C1BA 1VSEA 2YNHA 3QLHA 4PKHA 3UIQA 2NRRA 5AQNA 3EKSA 4FCYA 3OYFA 4H4MA 4IO8A 4CJUA 1IBMK 5JLFA 1Q81O 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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