3TWHA

Selenium derivatized rna/dna hybrid in complex with rnase h catalytic domain d132n mutant
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
134
structure length
134
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/rna/dna
source organism Bacillus halodurans
publication title Novel complex MAD phasing and RNase H structural insights using selenium oligonucleotides.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease H
total genus 41
structure length 134
sequence length 134
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2011-09-21
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3twhA00
2OYQA 1WNSA 1RT1A 1IO2A 4FJ7A 4CJEA 1WSFA 4JLHA 4PQUA 1QHTA 3DLBA 2Y1IA 4PA1A 4FXDA 4JRPA 3VQAA 4KI6A 3KK2A 1VSMA 1FKOA 4OKJA 3NDKA 4TSXA 3HYFA 1WLJA 5KGXA 3M8RA 5J1EA 2E6LA 2HW3A 3ZT4A 1BCMA 1VSEA 3MEDA 4I9QA 3T19A 3EZ5A 3ITHA 1ZBFA 5CZ2A 4J2BA 4DSIA 2IC3A 1VSDA 3SV3A 4LH4A 3HVTA 3I8DA 3V4IA 4F2SA 3K59A 1VSLA 2QXFA 4O4GA 4E3SA 2HHWA 1ZYQA 1NKBA 4KHYA 5KRSA 4CEQA 2DY4A 3TABA 1SL2A 1VSHA 2HNYA 2XRIA 3DRRA 3AVMA 1IG9A 2XO7A 1LW0A 1ASUA 4FJNA 2XHBA 1B9FA 1NJWA 1TKTA 1A5VA 2P1JA 3ZSYA 4FJXA 4M3ZA 2GV9A 4O5BA 3K5OA 1NJZA 5FRNA 2X6NA 3RWUA 1QSLA 4CEBA 3AO1A 3BDPA 1X9SA 2OPRA 4PUOA 1RTIA 4CF2A 3KKRA 4Q0BA 3KLGA 3K5LA 4ZTFA 3NH2A 3SQ4A 4ELTA 1HYZA 4FJKA 3VQ6A 3VQPA 1TK8A 1HJRA 3V9WA 4E19A 2ZD1A 2KFZA 2VWJA 2E4LA 3CG7A 4KTZA 2P5OA 4KKOA 2HHTA 1BL3A 2E6MA 4DQSA 4BDPA 1IKVA 4GMJB 4FLWA 2RN2A 4B9TA 1CXUA 1GOBA 4M45A 4FYDA 4CGHA 2VG7A 2YKMA 3DLKA 3MECA 3NF6A 1BIZA 2X74A 4G1QA 4ID1A 4YFUA 3ZT1A 3V9SA 1XHZA 3VQBA 1HYVA 2VG6A 3PO5A 1JLBA 3HK2A 1XHXA 4IDKA 1JLAA 4ZTJA 1HNVA 3LANA 4MFBA 1C6VA 1BI4A 5KRTA 3A2FA 3SYZA 3DLHA 3OYNA 2HMIA 2YHBA 3CQ8A 3NGIA 4OPKA 3CYMA 4GW6A 3QEPA 4FJMA 3OJUA 4CHYA 4DTOA 2FBTA 1JLFA 3G10A 3SUNA 1K6YA 1ZBLA 3HO1A 3V1QA 3CFPA 1QSSA 1T03A 1SKWA 4KI4A 4M3UA 2DTUA 1NK7A 1IH7A 3LAMA 1NOZA 3HXMA 4PY5A 3SV4A 1BIUA 1QS4A 2XY7A 5FROA 1RTHA 3VQ4A 4PWDA 2R7YA 5DMRA 1VRUA 4FM0A 1C1AA 1QQCA 2JGUA 3DM2A 1L3UA 1NKEA 4CIGA 5HRSA 2YHAA 3AVNA 4F3TA 4OGCA 3AVJA 4CEEA 4CJFA 1KVAA 1KVCA 5SZTA 1LWFA 3OYAA 3KD5E 3M8PA 3SUPA 3KIOA 4DTNA 1C1CA 1LWCA 3AVGA 3D45A 4MQ3A 5K14A 4JRQA 4DLGA 3ZSXA 4IBNA 4B08A 3OYLA 1RILA 1HRHA 2IS3A 3S9HA 4CJ5A 4CF0A 3OYMA 4DS5A 1NKCA 4CJPA 4FLUA 4IKFA 3SCXA 4K8ZA 1RBTA 3NF9A 1Q9XA 3WNGA 4HUFA 4DFPA 4DMNA 2OA8A 4AHUA 4I7FA 4M3RA 3WNFA 3OJSA 3SQ2A 3HPOA 1S1XA 4I9LA 3ISNC 1ITGA 3ZCMA 4EZ9A 1J54A 1KFDA 1J9AA 5JS2A 3I0SA 4CEOA 4M3YA 4LH5A 4C8KA 3AO2A 3KLEA 1LWEA 2OZMA 1RDBA 1DTTA 4IG3A 4CGJA 1WAFA 4FK2A 1HPZA 1NK6A 3TAPA 3ZT0A 3S3NA 1BHLA 5C24A 4CJSA 2A1RA 1D9DA 2RKIA 4RG8A 1B92A 4FVMA 4CFDA 4E7LA 3NAEA 1S1WA 4KAZA 5CYMA 4CF8A 1Z26A 3UIQA 3NCIA 2ITGA 2W42A 3V9UA 4W5OA 1T7PA 2DFHA 3ASMA 1JL2A 4ID5A 5CZ1A 3RR8A 1C1BA 3KLIA 3LDSA 1KCFA 3TWHA 2BDPA 4HCCA 4AHRA 2Y1JA 1U47A 1C0MA 3V1OA 4BWJA 5J2QA 5D3GA 2D0CA 3KD1E 3T1AA 1UOCA 3DRSA 3P83D 4CHQA 3K5NA 1RBSA 4DSKA 4LY7A 1RCHA 2HNZA 1N5YA 4FJ8A 1A5XA 1U45A 1EETA 3QEIA 3DOLA 4M41A 1X9WA 2KFNA 2G8WA 3AA2A 4ELUA 2HHUA 3DLEA 3L3VA 4F2RA 5C42A 4UQGA 3LP2A 5T7BA 4DG1A 4AH9A 2PZSA 4CESA 4N41A 4CFBA 3B6PA 1EXQA 2FBYA 4Z4EA 1W0HA 3QEWA 4CHNA 1BQNA 3DOKA 4GVMA 1FKPA 3HSTB 3NGZA 3PY8A 4FZZA 3O4QA 1JLCA 1RDCA 2I5JA 4CJWA 3O3GA 1TAUA 4LSNA 4Z4CA 3NH1A 1Q9YA 1D9FA 1RBUA 2AJQA 1KSPA 4O44A 1U49A 3KKSA 3K5MA 3TI0A 1UA1A 3AV9A 2O4GA 4DWIA 3NHGA 1RTDA 4BDYA 4KV8A 4HVJA 4BWMA 1XWLA 3CM6A 1L5UA 1QSYA 3IAYA 5CYQA 3VN5A 3SI6A 4Z4HA 2KZMA 3THVA 4FLYA 4LSLA 1LAWA 4FLVA 4DFJA 4KREA 2NUBA 1YT3A 3E01A 3F9KA 5SWMA 1DLOA 2P51A 1HYSA 4Z4GA 4E1NA 1ASWA 4RW4A 4CFAA 5HRRA 2IGIA 4ICLA 1TAQA 2EHGA 3AVAA 4E1MA 3HP9A 3KLHA 4CEDA 2ATQA 4F3OA 2QKBA 1RT7A 4M3WA 1S9EA 3LWLA 3IRXA 4DF4A 1RDAA 4KHUA 1XC9A 4CIFA 4IFYA 4DU1A 3L2RA 4KTQA 3AVBA 3SZ2A 3ZSRA 4EP4A 4OPJA 4DQPA 2HHXA 3PX6A 3TAQA 3BGRA 2F8SA 2HHSA 1HQUA 3TAMA 4C8NA 2PYJA 4FJIA 1TL1A 3L2QA 2RF2A 3TAEA 1C0TA 2HVHA 3RRGA 3IG1A 3MXMA 3PX0A 4I2PA 3AO4A 3P5JA 4KHWA 1D5AA 4W5TA 3QESA 4B9LA 4QAGA 4E7JA 1S1VA 4B9VA 3K2PA 3SJJA 2WONA 3NF7A 1NK5A 1WSHA 4QOZB 1LV5A 3CFOA 4CERA 2D0AA 5KTQA 3F73A 1RT2A 4B9MA 4C8LA 4FZXC 2LSNA 3LALA 4IG0A 1JXEA 3LAKA 4FM2A 3HVRA 4FJLA 4CJLA 3SNNA 3PO4A 2YV0X 1TK5A 2G8VA 3MEGA 2B6AA 1VSIA 2IAJA 1VSKA 4HTUA 2FC0A 4CEAA 4FLTA 3RMCA 3ZSZA 1T8EA 1WAJA 1YVUA 1G15A 1EP4A 3HL8A 3PUFA 3LPUA 3MXJA 3L2WA 1NK4A 5I3UA 1TV6A 3QIPA 4RW7A 5HBMA 3LZIA 2OPSA 3DLGA 1UAXA 1BGXT 2YKNA 2PY5A 1FXXA 2ETJA 4DS4A 4DTRA 1NJYA 1MU2A 1SL1A 1IKYA 2A1SA 3DMJA 3OYDA 3PX4A 2QKKA 4QCLA 4DQQA 5HROA 4O0JA 1S6QA 4ELVA 3OYGA 4R5PA 1O1WA 1GOAA 3MXIA 3SUQA 3VQDA 3ZSVA 4DTMA 4KB1A 3VQ7A 4HUEA 2RPIA 2HNDA 2X6SA 4WE1A 3ULDA 1SL0A 5J2PA 4M3XA 3TANA 1RT5A 4J2EA 3QEXA 2ZQBA 1ZBUA 1QTMA 4HCBA 4B8AB 1F21A 1X1PA 3LPTA 4CGGA 5HRNA 2HHVA 1S9GA 3OYKA 3L8BA 4CCHA 1RT3A 1B9DA 1KTQA 1SKSA 4OVLA 3ALYA 3D0PA 2QK9A 1WN7A 3K57A 3AVFA 4NYNA 4FW1A 3ZSWA 4CE9A 3V9XA 3PV8A 1TK0A 2OZSA 4ZHRA 1ZBIA 3KK1A 4C8OA 3MEEA 3ZT3A 4BDZA 4RW6A 3V1RA 4DSFA 4KPYA 1TKXA 3QO9A 1J53A 1A5WA 4J2AA 2KTQA 1RBRA 1TKZA 3WNHA 3SUOA 3U3YA 4Z4IA 1VK0A 1L3VA 4FLZA 1BCOA 4CHZA 4CGDA 4OGEA 4CJ3A 1RDDA 1S6PA 4DSEA 3RRHA 1W9HA 5JS1A 4CF1A 4H8KA 1JXBA 3WNEA 4LD0A 1JLQA 4CEFA 3AO3A 2WOMA 4NCAA 3AVKA 4FLXA 4OLBA 1D8YA 3C94A 4O55A 3NGYA 1U4BA 3TAFA 2GBZA 4AHSA 4CHPA 3NBPA 3RR7A 4FCYA 1L3TA 2Z1GA 3M8QA 3VQQA 5KGWA 4N56A 3JYTA 1HNIA 3V6DA 2XY5A 1N6QA 3VQEA 3KTQA 4K8XA 3OVNA 3NFAA 4FK0A 4CECA 4CK2A 4OLAA 4EP5A 1KVBA 1WSJA 4W5RA 1S1UA 5DK5A 3EY1A 1SKRA 2B4JA 4IFVA 2FBVA 3FFIA 4EZ6A 4W5NA 4B9NA 5FDLA 3S3OA 3TAGA 1KLMA 1KLNA 4AILC 1X9MA 3NH0A 2BE2A 3TARA 1S5JA 5J2NA 3LZJA 3G0ZA 3SQ1A 4J2DA 3QETA 4AHVA 4CFCA 3HM9A 3HJFA 3OYHA 1CZBA 3DI6A 3HPGA 4KRFA 4Y1DA 1IKWA 4YNQA 4DTXA 1REVA 3QNNA 1NK9A 1JLGA 4CK3A 4DQRA 4KFBA 3MAQA 3KK3A 2O4IA 3AO5A 4E7IA 1CXQA 3ZT2A 3JSMA 3VQ8A 2OPQA 5FRMA 4W5QA 2VWKA 4FW2A 3KJVA 3OYJA 2DFEA 4O0IA 4Z0UA 1RTJA 2G8KA 1TVRA 3S3MA 1KRPA 1I39A 4M42A 3LP0A 4FJJA 3SPZA 1U04A 2Z1IA 5KI6A 3QINA 3LWMA 3VQCA 2YNGA 4NCGA 3CM5A 4CHOA 2HVIA 4XIUA 1GOCA 1TGOA 4DFKA 4AHCA 3QERA 5J2MA 5C25A 4JS5A 2KZZA 3V81A 1CZ9A 4BACA 4KO0A 1RBVA 4KHSA 2HHQA 4I2QA 4E7KA 4DTUA 1HQEA 4CGIA 1R0AA 2YNIA 4E0DA 2PYLA 3RMDA 5HRPA 1HMVA 2IOCA 1BQMA 1FK9A 3LP3A 4B8CA 4DFMA 2G8FA 3VA0A 3OS2A 4BE2A 3QEVA 3AVLA 4DU4A 5I42A 2D0BA 4FJ9A 3AA4A 1L3SA 4DQIA 4BE1A 4CJRA 2F8TA 1RNHA 4DF8A 1YTUA 3VQ9A 2XY8A 4OKKA 3OYBA 4Q5VA 4Z4FA 4CJVA 3M8SA 1RT4A 3O3FA 3HT3A 2HB5A 1Q8IA 2G8UA 1BI4B 5CY4A 3U6FA 4NYFA 2F96A 4OJRA 2JLEA 4CF9A 4JS4A 4F8RA 4HHTA 3C95A 1NJXA 2X78A 4RW8A 4RW9A 1NOYA 3DRPA 3OYIA 2IDOA 3SQ0A 4B9SA 1Z25A 1JL1A 4DTPA 3VQ5A 4HUGA 1CLQA 1EX4A 3AVCA 4FJGA 3K58A 3OYFA 3EYZA 1I3AA 1SV5A 1WSIA 3DLRA 1KFSA 3SPYA 4DSLA 1C0UA 3RTVA 4B3OA 4CGFA 2DFFA 3RMBA 1SUQA 4H4OA 3OS1A 4KHNA 1JKHA 1NK8A 1UA0A 4CJQA 4KB0A 3AA3A 4NCBA 4KTWA 4CJKA 3HP6A 3C6UA 3HPHA 4DU3A 1LW2A 2D5RA 1ASVA 2VG5A 1UWBA 4OKEA 4E7HA 3ZSQA 2G8IA 4AHTA 1Y97A 1WSEA 4DTJA 4B9UA 3B6OA 2G8HA 3ZSOA 1VSFA 3AVIA 2ZE2A 3L3UA 3DYAA 4E89A 2B5JA 3QLHA 3QNOA 4H4MA 2Z1HA 3C6TA 4DSJA 4FK4A 4Y1CA 1VSJA 1TL3A 3OYCA 3NE6A 1BISA 3AVHA 3P1GA 4CJTA 1VRTA 2OPPA 4CJ4A 3OS0A 5HP1A 3V9ZA 3OY9A 3T3FA 4FJ5A 4F4KA 2EX3A 3KLFA 4KHQA 2BANA 2YNHA 2Z1JA 3I0RA 2XY6A 3O4NA 1DTQA 1NK0A 3AA5X 4L8RB 1J5OA 4CEZA 1RT6A 4CJUA 4DLEA 1T05A 1YTAA 5HLFA 1QE1A 3VA3A 2BGGA 4C8MA 3QIOA 1S1TA 1WSGA 2YNFA 4N47A 3U3GA 3NF8A 3TR8A 4N5SA 3OYEA 4M3TA 2FBXA 2GUIA 3O3HA 4FM1A 3IS9A 1ZBHA 4CK1A 3L2VA 1LAVA 5E41A 3RMAA 4N76A 4BE0A 1U48A 5EU7A 1TKDA 1JLEA 2KW4A 1IKXA 4FZYA 1EKEA 3CFRA 4DTSA 4FJHA 2KQ2A 3L2UA 1XI1A 2Q3SA 3LP1A 3H08A 2P5GA 4CIEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TSQA 4H0OA 2DPNA 1SZ2A 1WSFA 4H0PA 1QHTA 3VQAA 2O8CA 5LMNK 1VQ9N 4KI6A 2A42A 2NRRA 3FR0A 1WLJA 4IWVA 3CPEA 3MEDA 4J2BA 4G9ZA 2V51B 4H0VB 4LH4A 3I8DA 4F2SA 4E3SA 3KWIA 2XRIA 3CCUN 3IFRA 3WXIA 3LL3A 3MMVA 1GLJO 2XO7A 4FJNA 2XHBA 2Q97A 1GLEG 3F5TA 4M3ZA 1H1VA 2GV9A 3K5OA 3FZKA 5FRNA 2P9UB 1QSLA 4FWNA 4BG8A 3W3DA 4CF2A 2CGLA 4FJKA 4IO9L 1HJRA 2KFZA 1XNQK 3EO3A 2P5OA 1YVNA 4JI7K 3G6EN 4FLWA 2RN2A 4FWRA 4B9TA 3NF6A 5AQKA 1BIZA 2X74A 3I56N 3T1HK 3PO5A 1XHXA 3SJHA 3KVGA 1BI4A 3DLHA 4IFEA 4YY3K 2YHBA 1NU0A 4FJMA 4GW6A 3OJUA 2FBTA 2VYPA 3K9KA 3CFPA 4RWTA 4JD2A 4PKIA 2HOEA 4DV2K 1BIUA 2XY7A 3W0LA 4WF9L 5DMRA 1VRUA 2QWOA 1C1AA 2JGUA 1K73O 3HRGA 5HRSA 2QA4N 4CBXA 1KAZA 5AQLA 2IVPA 3S41A 5M1QA 3CQYA 3SUPA 3AVGA 4IBNA 1HRHA 1NKCA 3O5BA 1HKGA 5BN9A 4DMNA 1KD1O 3U9DA 5AQNA 5AZIA 4DHYA 4I9LA 5TKYA 1NGIA 4CEOA 4BRQA 4LFBK 4OPAA 3U9ZA 3AO2A 3KLEA 4CGJA 1WBBA 4QS9A 1HPZA 2NRHA 3VF4A 3WXMB 3CCVN 5C24A 1D9DA 4CFDA 5C0YA 4E7LA 5MLCQ 3CCRN 3NAEA 4A61A 1V4TA 4CF8A 4LF6K 4W5OA 5CZ1A 3ASMA 1C0GA 1C1BA 3CHWA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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