3TWHA

Selenium derivatized rna/dna hybrid in complex with rnase h catalytic domain d132n mutant
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
134
structure length
134
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Novel complex MAD phasing and RNase H structural insights using selenium oligonucleotides.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease H
molecule tags Hydrolase/rna/dna
source organism Bacillus halodurans
total genus 41
structure length 134
sequence length 134
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2011-09-21
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3twhA00
2B6AA 3QINA 2A1RA 1JL1A 3S3NA 4CF0A 3WNFA 4BWJA 1Y97A 5K14A 3MXJA 4I2PA 3ZT2A 4CJ5A 3CQ8A 3NGYA 2Y1IA 5I42A 2Z1IA 3DLHA 2LSNA 3ZT1A 1RDBA 4OGCA 3QEWA 1NOYA 1RT5A 4BE1A 2VG7A 1ZBUA 3PV8A 1IG9A 3M8SA 1S1XA 3HPGA 2P5GA 4CIEA 2VWKA 5J2PA 5KTQA 1NJWA 3U3YA 1S1VA 4CF1A 4OJRA 1S9EA 2YNIA 5FDLA 3OYKA 1TKXA 4BDYA 3AO4A 2RN2A 4CFBA 4I7FA 1XHXA 1RBSA 5J2QA 3ZSYA 4E7LA 2P5OA 1C0MA 1REVA 4CERA 4IG0A 3RTVA 3HYFA 2DFFA 5C25A 1TK0A 1D9FA 2IOCA 1F21A 1CXQA 3QEVA 2HHWA 3DRSA 4F4KA 1JLEA 3SI6A 4CJVA 1C0UA 3JSMA 4RW9A 1RT6A 4DSKA 3AVFA 4DFKA 1SV5A 4LSLA 4OKKA 4DTOA 1L3VA 3P5JA 3ZSXA 3F73A 2VG6A 4BE0A 1IKXA 4FM1A 3AVLA 3I0SA 3IS9A 4ZHRA 3OJUA 3AO2A 2G8VA 3AO5A 5DMRA 2HNDA 4YFUA 4Q0BA 1SL2A 2WONA 4AHCA 1X9SA 2G8WA 1WSJA 1TVRA 5JS2A 3DLEA 1RDAA 2D0BA 1FKOA 4LD0A 1JXBA 3KLFA 3RMDA 4CHZA 1SL0A 4QCLA 4RW6A 4Z4EA 5FRMA 1A5VA 3MAQA 4HUFA 4M3WA 4OLAA 4KV8A 2XY6A 4LH4A 3CFPA 3DLBA 4C8LA 4KHSA 5EU7A 4CGDA 3NF8A 3KK3A 5T7BA 2QK9A 3B6OA 1TAUA 3S9HA 2ZD1A 4B9VA 1LWEA 4KO0A 4CHYA 4JLHA 2HW3A 1U48A 1UA0A 2ATQA 4IKFA 3LDSA 1N6QA 1NKEA 3QERA 1JLAA 1RNHA 2HHSA 2D5RA 4KPYA 1ZBHA 4CEEA 1KLNA 3AO3A 4O44A 4CK2A 1EX4A 1QS4A 1LW2A 1HQUA 1BI4B 2FC0A 2IGIA 3OYEA 3C6TA 4CJEA 4CFAA 5HRPA 4M41A 4N56A 1ZBFA 3V81A 1S1TA 2DFHA 3TARA 4F3TA 4W5OA 2HHQA 3L2RA 2R7YA 1U4BA 1LWFA 1BCMA 4J2EA 2XY7A 3P83D 1RBVA 1B9FA 4OGEA 3AA4A 2XY8A 2XRIA 3RMBA 3AVKA 3DI6A 3S3MA 3ULDA 4F8RA 2RPIA 2JGUA 4PWDA 3L2VA 1TKZA 2D0CA 4FLVA 4DFJA 4FJGA 1CXUA 1JLBA 4OKJA 1KLMA 1NJZA 3VQ8A 4CF8A 1NK5A 3K5OA 5FROA 1J53A 4BWMA 3LZIA 2IAJA 1X1PA 4O4GA 1UWBA 2F96A 3QEIA 1HQEA 3WNHA 3THVA 4CJQA 3C6UA 1XWLA 4PQUA 2EHGA 3KLGA 1JL2A 4CGGA 4FJJA 3O4QA 3V1RA 4K8ZA 4G1QA 1HJRA 2YHBA 3VQAA 5J2MA 4J2BA 4Z4IA 3OYMA 3HJFA 3VQCA 4M45A 3DOKA 4O0IA 3T3FA 1QSSA 3LANA 3DMJA 3QETA 3RRHA 1N5YA 3AVIA 3HM9A 1WAJA 1HYVA 4JS4A 2HMIA 4NCGA 3OS2A 4M3ZA 4PA1A 4DQQA 1C1BA 3NE6A 4FM0A 3TABA 4CJTA 4ICLA 3TAQA 4AH9A 3AVBA 3PUFA 4CGFA 5HP1A 5FRNA 1UAXA 3TAGA 4W5QA 3OYCA 1QSLA 4HTUA 3ZSRA 4HUEA 3OYJA 4F2SA 1QE1A 4B9TA 4KI4A 3VN5A 1ASVA 4FW2A 1QQCA 2W42A 4CJKA 4FJ9A 4Y1DA 2VG5A 1BIZA 1FXXA 3V1OA 1ITGA 3V4IA 1HPZA 3ISNC 3LP1A 3OVNA 4CF2A 4NCBA 1SL1A 3V9WA 2FBYA 4ELVA 1KFSA 3AVMA 3RMAA 1C1CA 5KGWA 1TK8A 1ZBIA 4J2DA 4KTZA 4BDZA 4WE1A 4FM2A 3SNNA 3NHGA 1TKDA 3MEGA 3HPHA 3NH1A 3K5LA 3EYZA 4KFBA 2G8FA 3LALA 1J54A 3LPUA 4HVJA 4E1NA 3HPOA 3D45A 4AHTA 4FLWA 5I3UA 4FJLA 4KTQA 3IAYA 1BQMA 4CF9A 1RBUA 1LV5A 1YTUA 4FK4A 3O3HA 4CGHA 4EZ6A 1K6YA 4K8XA 4DU3A 4CJSA 3D0PA 4E89A 3QEXA 4FJ7A 4B9LA 3ZSZA 3M8PA 2YNHA 4M3YA 4IBNA 4O5BA 1VK0A 3I0RA 2E6LA 4DF8A 3ZSVA 2HHTA 4CHQA 3CFOA 3NF6A 4JRQA 3PX0A 1CLQA 2YKMA 1IO2A 3OYAA 3VQ5A 4N76A 3VQ9A 4MFBA 4KAZA 2FBTA 1WSGA 1I3AA 4B8AB 3HP6A 4KHYA 4OVLA 3VQQA 1X9MA 4FK0A 4ID5A 2BDPA 3KK2A 3KD5E 1EP4A 4J2AA 3LP3A 1BISA 2RKIA 2ZE2A 3DLKA 2DFEA 4DTSA 1TL1A 2BGGA 1RBTA 4DTRA 4ZTFA 1RT2A 4I9LA 3NDKA 1HRHA 3DM2A 3ZT3A 3AA2A 4GW6A 1L5UA 1VSMA 3TWHA 3QNOA 3C95A 3U6FA 1RT1A 1W0HA 1D8YA 2HB5A 1GOCA 4FCYA 2HNYA 3HVTA 1T8EA 4NYNA 1VSIA 3AVGA 3HXMA 4DLGA 4GMJB 1S9GA 3OJSA 4E7HA 2D0AA 3AO1A 3OYGA 3L8BA 4E3SA 1D5AA 4DTNA 3SQ1A 1T03A 3HK2A 4DQSA 1HYSA 2RF2A 3DOLA 2F8SA 1J5OA 1DTQA 1Q8IA 3VQBA 3HT3A 3SUOA 3DRRA 4IG3A 3AA3A 2E6MA 3QESA 3LWLA 5J2NA 1T05A 4IDKA 4DQRA 4AHSA 1KVBA 4AILC 4CGJA 3PX4A 2Q3SA 3LAKA 4DQPA 3AVCA 3KK1A 3BGRA 1S6PA 3QIOA 4CHPA 4FK2A 2KFNA 4W5NA 3WNEA 4KKOA 3G10A 3K57A 3OYDA 3K2PA 4CE9A 3IG1A 4DU4A 4C8NA 1XI1A 1EXQA 2G8UA 2KFZA 3DYAA 1NKBA 2B4JA 2DTUA 1TL3A 1ZBLA 4E19A 2GV9A 3L2QA 3SPZA 4M3TA 4FW1A 3ZT0A 4DSFA 4CK1A 4NYFA 4N47A 4B9NA 4KREA 3NAEA 2FBXA 1U45A 3OY9A 3AVHA 3M8QA 2X74A 4Q5VA 4CIFA 4FXDA 1S1UA 2HHVA 4GVMA 3IRXA 2ZQBA 3SUNA 4DSLA 2JLEA 2HHUA 4FLUA 2AJQA 1U04A 4B8CA 1JLCA 1SKRA 3V9SA 1KVAA 1VSJA 3ZCMA 3FFIA 2PY5A 2OPPA 3H08A 4CJFA 3OS0A 1ZYQA 4CEOA 1C0TA 4O55A 4R5PA 4E0DA 5SZTA 3MEEA 3V6DA 1Q9YA 3OYFA 4Z4FA 3L3UA 4LH5A 4HCCA 4B3OA 2G8HA 3ASMA 4Z0UA 4FZZA 4E1MA 1O1WA 1WLJA 3SQ4A 3KIOA 1U49A 1BL3A 1HYZA 4HHTA 2OA8A 1LAVA 1Z25A 1J9AA 2G8IA 3V9UA 3B6PA 2Z1GA 4B9MA 2KZMA 1VRTA 3TAMA 1TV6A 3TAPA 4CEBA 1YVUA 4YNQA 4O0JA 2X6NA 1X9WA 5CZ2A 4DFPA 1VSLA 3MEDA 3G0ZA 4DWIA 4RW7A 4KRFA 1HMVA 4DSIA 4KTWA 3AVAA 4Z4HA 1KSPA 4EP4A 3KD1E 3E01A 3T19A 3U3GA 3TAEA 5HRNA 1NKCA 2QKKA 5HRRA 4ZTJA 4PUOA 2NUBA 2B5JA 2HVHA 4CEFA 3ZSOA 3RRGA 4NCAA 1RT4A 3O3GA 1BIUA 4RW4A 3LPTA 1DTTA 1VRUA 4FLYA 4OLBA 3CM6A 4DU1A 1KVCA 2I5JA 1UOCA 3NH0A 4DTJA 1JLQA 3SPYA 3QLHA 3VQ6A 4DF4A 1JLGA 1EETA 4L8RB 3T1AA 3VA0A 2F8TA 1IKVA 4KHUA 2VWJA 4CJPA 4CIGA 1I39A 1FKPA 4QAGA 3KLEA 4FJKA 2KZZA 3AV9A 2Z1HA 1RBRA 2OPQA 3A2FA 4CHNA 3L3VA 3CM5A 1HNIA 2X6SA 1RDCA 4CEZA 3VQEA 4XIUA 3LP0A 1NJYA 2IC3A 4DTUA 3PY8A 3C94A 3SCXA 3QNNA 3DLRA 1BGXT 2EX3A 1RILA 1EKEA 2ITGA 4H8KA 3LWMA 4OKEA 3L2UA 4TSXA 4DG1A 4E7KA 4RG8A 4CJRA 3QO9A 4B08A 4UQGA 1BCOA 2P1JA 4HUGA 2FBVA 3MXMA 3HSTB 1T7PA 1YTAA 3SQ0A 4W5TA 4FYDA 4FJNA 3SV3A 1NOZA 2HNZA 1NK6A 4CJ3A 5HBMA 2E4LA 3ITHA 2OPSA 4LSNA 3NF7A 3HP9A 5CYMA 4CEAA 1XHZA 4Z4GA 1QSYA 2GBZA 1BHLA 3TR8A 3AVNA 2YV0X 1RCHA 2YHAA 3K58A 1SUQA 2OYQA 4E7JA 2YNGA 4CFCA 4LY7A 4CFDA 1NK0A 3M8RA 4IFYA 4BE2A 3OYHA 4H4OA 4FLXA 4DQIA 4CJ4A 2KW4A 1WSFA 4I2QA 4KHNA 1RT3A 1ASUA 3KLIA 4DTMA 3ZT4A 1A5XA 3V1QA 3OS1A 4CJWA 4DS4A 3O4NA 4FJXA 2KTQA 3MXIA 1WSHA 3AVJA 2PZSA 1YT3A 1LWCA 3LZJA 1RTDA 3SUQA 3K5MA 3RMCA 4BDPA 3AA5X 5HRSA 1C1AA 4DLEA 1L3UA 3CG7A 1ASWA 1QHTA 3LAMA 2HHXA 3JYTA 4IFVA 4CJLA 1GOBA 1LAWA 4F3OA 1C6VA 1WAFA 3KJVA 3PO5A 4E7IA 2X78A 4Z4CA 3RR7A 1RTJA 5KGXA 4Y1CA 3P1GA 3NGZA 4OPJA 4CESA 4DTPA 1R0AA 3PX6A 5CYQA 5D3GA 3SQ2A 1TGOA 3MECA 4ELTA 3WNGA 4FJ8A 3NGIA 3QIPA 4CHOA 1WSEA 3NBPA 4MQ3A 4CEQA 2HVIA 1WSIA 5SWMA 4DSEA 1W9HA 4DTXA 1GOAA 1JXEA 1SKSA 4C8OA 2XHBA 4M3RA 3RR8A 5CZ1A 3O3FA 3ALYA 3S3OA 2GUIA 3HL8A 5KRTA 3OYBA 2Z1JA 1NK8A 4F2RA 1NJXA 1L3TA 3BDPA 1KRPA 1D9DA 4FJ5A 1L3SA 1RT7A 4DFMA 4C8KA 3F9KA 1VSEA 4N5SA 4HCBA 3CFRA 3OYNA 2PYLA 4CCHA 4FZYA 3RWUA 1JLFA 2YKNA 5C42A 1VSFA 3K5NA 2PYJA 4FJHA 1IH7A 3OYIA 4N41A 1S1WA 3NF9A 2QKBA 1RTHA 4JRPA 3K59A 1B9DA 4KB1A 4PY5A 1CZBA 4FLZA 4C8MA 1HNVA 3UIQA 1DLOA 2XY5A 3TANA 1KTQA 5J1EA 3LP2A 4AHUA 4W5RA 2BANA 4EP5A 2Y1JA 1B92A 2BE2A 2OPRA 3CYMA 4KHWA 1VSKA 3OYLA 2ETJA 4CK3A 3VQPA 4AHVA 4CEDA 3VQ4A 3PO4A 4EZ9A 1TAQA 3TAFA 3SYZA 3HVRA 1KFDA 3ZSQA 1Q9XA 2O4IA 3SUPA 3EZ5A 1IKWA 1VSDA 3V9XA 3VA3A 5C24A 4M42A 2IS3A 3DRPA 5DK5A 1CZ9A 4DMNA 1TK5A 1KCFA 2O4GA 1NK9A 4FZXC 2OZSA 4CECA 4M3XA 1Z26A 2YNFA 4ID1A 3SV4A 1U47A 4B9UA 5KI6A 4QOZB 3KKSA 5E41A 3ZSWA 1WN7A 4I9QA 3KTQA 1RTIA 4KB0A 1S6QA 2WOMA 1S5JA 1WNSA 2QXFA 4BACA 4CJUA 4FVMA 2OZMA 2KQ2A 1IKYA 1FK9A 3SJJA 3SZ2A 2P51A 1JKHA 3NFAA 3QEPA 3DLGA 4OPKA 2IDOA 5KRSA 4FJIA 1MU2A 4KHQA 3KLHA 3NH2A 3NCIA 1RDDA 1VSHA 4AHRA 1NK7A 5JS1A 3HO1A 1A5WA 3I8DA 3EY1A 4RW8A 2G8KA 4FLTA 1UA1A 1NK4A 1BI4A 1G15A 4DS5A 4B9SA 1BQNA 5HROA 4H4MA 3VQDA 4CGIA 4DSJA 3KKRA 5CY4A 3VQ7A 1QTMA 4FJMA 3L2WA 2XO7A 4JS5A 5HLFA 3V9ZA 1SKWA 1TKTA 2DY4A 3TI0A 2A1SA 4KI6A 4M3UA 4ELUA 1LW0A 1XC9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2B6AA 2P9SB 1R59O 3WNFA 4BWJA 3DLHA 3ZT1A 3CCMN 5J2PA 1RDWX 4B3MK 2I7NA 5KTQA 1NJWA 1EO1A 2YHYA 2YNIA 1TKXA 4XH1A 3VEZA 2UXBK 4DV5K 5KPRA 4BROA 2FF6A 3CJAA 4WQ4A 3P5JA 5BRHA 4BE0A 3ZX2A 3IS9A 3OJUA 5DMRA 4FPBA 2WONA 1X9SA 3H45C 1YJWN 2YJEA 3TU5A 5CE3A 3CHWA 4X64K 4KHSA 1KAYA 2DPNA 4H0XB 3CFPA 2KLAA 4H0PA 1VQ6N 2O8DA 3B6OA 4WFAL 1U48A 4IKFA 1WUAA 4EIAA 3QERA 2D5RA 4B3SK 1ZBHA 4CK2A 1EX4A 1IBKK 3SMPA 5GAGP 3CJ1A 4CJEA 4JHDB 4I6MB 1ZBFA 4W5OA 1NGBA 3G4SN 3L2RA 4BRCA 4R79A 1XC3A 3RMBA 3DI6A 1NGIA 3L2VA 2ZM6K 4IFEA 5KPTA 5AQXA 4DFJA 1JLBA 2V7ZA 4OKJA 4WQ4C 3VQ8A 1NJZA 3K5OA 1J53A 4BWMA 5AZIB 2NRXA 1UWBA 1GLDG 2F96A 3WNHA 3O1WA 4CJQA 2EHGA 3OBWA 3KLGA 2W6LA 4FJJA 3O4QA 3V1RA 4K8ZA 1U6ZA 2YHBA 3HJFA 3LL3A 4M45A 3CJCA 3T3FA 2RE2A 3DMJA 3QETA 1N5YA 3CF5L 3HM9A 4JV5K 4DHYA 2AP1A 4BRMA 4FM0A 4CJTA 4BG8A 5FRNA 4G9ZA 2QA4N 1UAXA 2UYTA 1VQMN 3CJ7A 4HTUA 4F2SA 4B9TA 3O9UA 4KI4A 3VN5A 4U67L 4JD2A 4PHTX 1U2VB 1ZXOA 4GY2B 3V1OA 2WBNA 4C23A 4CF2A 4C1NK 4ELVA 1KFSA 3AVMA 2W40A 1ZBIA 1TK8A 2VQFK 2IVNA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2B6A A;  2P9S B;  1R59 O;  3WNF A;  4BWJ A;  3DLH A;  3ZT1 A;  3CCM N;  5J2P A;  1RDW X;  4B3M K;  2I7N A;  5KTQ A;  1NJW A;  1EO1 A;  2YHY A;  2YNI A;  1TKX A;  4XH1 A;  3VEZ A;  2UXB K;  4DV5 K;  5KPR A;  4BRO A;  2FF6 A;  3CJA A;  4WQ4 A;  3P5J A;  5BRH A;  4BE0 A;  3ZX2 A;  3IS9 A;  3OJU A;  5DMR A;  4FPB A;  2WON A;  1X9S A;  3H45 C;  1YJW N;  2YJE A;  3TU5 A;  5CE3 A;  3CHW A;  4X64 K;  4KHS A;  1KAY A;  2DPN A;  4H0X B;  3CFP A;  2KLA A;  4H0P A;  1VQ6 N;  2O8D A;  3B6O A;  4WFA L;  1U48 A;  4IKF A;  1WUA A;  4EIA A;  3QER A;  2D5R A;  4B3S K;  1ZBH A;  4CK2 A;  1EX4 A;  1IBK K;  3SMP A;  5GAG P;  3CJ1 A;  4CJE A;  4JHD B;  4I6M B;  1ZBF A;  4W5O A;  1NGB A;  3G4S N;  3L2R A;  4BRC A;  4R79 A;  1XC3 A;  3RMB A;  3DI6 A;  1NGI A;  3L2V A;  2ZM6 K;  4IFE A;  5KPT A;  5AQX A;  4DFJ A;  1JLB A;  2V7Z A;  4OKJ A;  4WQ4 C;  3VQ8 A;  1NJZ A;  3K5O A;  1J53 A;  4BWM A;  5AZI B;  2NRX A;  1UWB A;  1GLD G;  2F96 A;  3WNH A;  3O1W A;  4CJQ A;  2EHG A;  3OBW A;  3KLG A;  2W6L A;  4FJJ A;  3O4Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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