3TWHA

Selenium derivatized rna/dna hybrid in complex with rnase h catalytic domain d132n mutant
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
134
structure length
134
Chain Sequence
b'EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYG'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Novel complex MAD phasing and RNase H structural insights using selenium oligonucleotides.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease H
source organism Bacillus halodurans
molecule tags Hydrolase/rna/dna
total genus 41
structure length 134
sequence length 134
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2011-09-21
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3twhA00
4DTSA 3V9UA 1WN7A 1C1BA 1NOZA 5EU7A 1YVUA 4DSLA 4E3SA 1HYSA 3PY8A 2B5JA 3V81A 3WNEA 4KV8A 4CJVA 1JLCA 3V4IA 4CJUA 5JS1A 4PWDA 2ETJA 3V6DA 4HCCA 4I7FA 2E6LA 3RMDA 5SZTA 5KTQA 3DLHA 4KHUA 4DF4A 3OYIA 2E6MA 3M8SA 1MU2A 1D5AA 1SKWA 4GMJB 4K8ZA 2QK9A 1LAWA 4CJSA 4E19A 1CZ9A 3AVKA 4ZTJA 3CFPA 1FXXA 3AO3A 1DTTA 4ZHRA 3KKRA 3ALYA 4PA1A 3M8RA 3L2QA 1TVRA 5C25A 3ZSQA 3QEPA 4LSNA 1N5YA 4FJKA 4Q0BA 3SQ0A 4W5RA 3MXMA 5HP1A 3BGRA 3P83D 4M3XA 2YNHA 3ZSZA 2VG7A 4DTUA 1GOAA 4DSJA 4F4KA 3ZT1A 4E7IA 3NF6A 1W9HA 1QSLA 2RN2A 2X6NA 1TKXA 3DLBA 1RBUA 1WAFA 1I3AA 3HVRA 3C94A 4DFPA 4KKOA 2ZQBA 1C0UA 3HSTB 3HP6A 3K59A 2VWJA 3G0ZA 3TAGA 3TAQA 4M3YA 3KK1A 4F2RA 3AVNA 4FYDA 1ASVA 1EKEA 4IDKA 2YHAA 3MAQA 5SWMA 5FRNA 3U3GA 4FXDA 2KFZA 2OPSA 2HHUA 1L3UA 4ID1A 2OZMA 3DRSA 4KHNA 2XO7A 2FBXA 3VQ5A 1LW2A 1KVCA 5HRRA 4CCHA 4AHRA 4AHSA 1REVA 3M8PA 3TR8A 2PYJA 4I2PA 2F8SA 4LSLA 2HW3A 4M45A 2KFNA 1B9DA 3NGZA 1A5VA 1TL1A 2KZZA 1IKVA 1NK7A 5DK5A 3CFRA 4J2DA 1NK4A 4CJ3A 3V9XA 4FCYA 3QEIA 1TK0A 4C8MA 3SQ2A 1L3SA 1C0TA 4CHZA 4FLTA 4NCBA 4O4GA 4KI4A 4IG0A 3ZSOA 3O4NA 3RTVA 4K8XA 4RW6A 4FK4A 3NH2A 3LWMA 4DTNA 1HYVA 4M3RA 5J2PA 3MXIA 3SZ2A 4B9NA 1DLOA 2G8HA 1C1CA 4CEAA 4FW2A 1KLNA 1HQEA 1JLQA 1ZBUA 3VQQA 1VSEA 2BANA 2I5JA 1VSDA 3KD1E 1W0HA 4FLYA 5KGXA 3AA4A 4M3TA 3S9HA 2XY6A 1S5JA 4CF0A 4CJLA 4CGHA 5KRTA 1TKTA 5J2NA 2HVIA 2OPRA 3PUFA 2RKIA 4O0JA 1Q9XA 4KHQA 4CHQA 4O0IA 4G1QA 4DU1A 1DTQA 2KQ2A 1YTUA 5J2QA 4O44A 1I39A 3JYTA 4CJQA 1JLBA 1IO2A 3AV9A 3AVAA 3DLKA 4N56A 3RR8A 4KTQA 3QEXA 2XY7A 4I9QA 4LY7A 3V1OA 4FJ7A 2HNYA 2HNDA 2HHQA 3ZSWA 4CEDA 3OS0A 3LZJA 1C1AA 3K5OA 4CK3A 4FJ8A 2QKKA 1BQMA 3AA2A 2OZSA 4Z4FA 4KHSA 1TAUA 5KRSA 3DM2A 1NKEA 3TABA 1QSYA 4BWJA 4ID5A 2YNGA 1T7PA 4I2QA 3RRGA 3KLGA 1FK9A 5CYQA 4FJIA 2YNFA 3I8DA 4M3WA 1TK8A 3VA0A 3TWHA 4IKFA 4N5SA 4DFMA 2OPPA 4FJLA 1S1VA 1KFSA 3F9KA 3DLGA 4LH5A 3E01A 4OKEA 5DMRA 4DTMA 1LV5A 1J9AA 4CIGA 1JLEA 2B6AA 4CJ4A 3O3GA 4KREA 4DSKA 1RBSA 3KLIA 3OYKA 1X9MA 4DSFA 3SYZA 3NAEA 3SI6A 4FZXC 3KD5E 3CG7A 3HVTA 3SNNA 2RF2A 5J1EA 3OYEA 3OJUA 4M3ZA 3HM9A 2R7YA 4Q5VA 3KJVA 4CHYA 1HNIA 3PX6A 4FK0A 4E89A 1KVAA 2GV9A 2IGIA 3NBPA 3WNHA 3RR7A 1BIZA 3F73A 4RG8A 2QXFA 5CZ2A 3SV4A 5CYMA 4CHOA 3SCXA 3CQ8A 4B9MA 3IAYA 2P1JA 1BI4B 3WNFA 3L3VA 4GW6A 4KO0A 1SV5A 4OLAA 1CZBA 1JL1A 4CF9A 3DOLA 4CFDA 4HUFA 3A2FA 3OYBA 1RNHA 2VG6A 4IFVA 1VSMA 3ZT2A 2YNIA 4AHVA 4CEFA 1K6YA 3TARA 4FJMA 1VSFA 3RMAA 4EZ6A 1JXEA 1TL3A 4CF2A 4YNQA 4DTJA 5FROA 2KZMA 4BDZA 3HP9A 3SPZA 4CEBA 3RMCA 4F2SA 1FKPA 4CJ5A 1KLMA 1C6VA 1LWCA 1S6QA 3DRRA 3L3UA 4NYNA 3SUPA 1SL1A 3AVCA 3VQ6A 3KLHA 2XY5A 3PX0A 1RTJA 4DTRA 4B9VA 2FBYA 4JS5A 3QESA 2F8TA 3QO9A 3VQDA 5J2MA 1BHLA 1TV6A 4ELVA 4KHWA 1RBVA 1ZBIA 2YHBA 3V9ZA 1TAQA 2Z1IA 2P51A 1RTDA 1GOBA 1Z26A 3S3MA 3K57A 4FM0A 2PY5A 4WE1A 3NF9A 2XRIA 3VQ8A 1WSJA 1VSKA 1U4BA 1QQCA 3KKSA 4HUGA 4ELTA 3WNGA 4OVLA 2P5GA 3CFOA 4OKJA 4ELUA 1RDBA 3NGIA 1RDAA 3DLRA 3DRPA 3HPGA 4CEEA 2GBZA 1J53A 2HHTA 2NUBA 4I9LA 1RILA 4F3TA 4HHTA 5HBMA 3LP0A 2Y1JA 4CF1A 2G8VA 3LANA 1SKRA 1D9DA 4KI6A 2Z1HA 1BCMA 4BE1A 1RTHA 3C6UA 5HRPA 1WNSA 4GVMA 2A1SA 3KIOA 2G8IA 1L5UA 1EX4A 1CXQA 3SQ1A 1UAXA 2IS3A 3S3OA 1Z25A 3VN5A 3VQEA 4CJEA 2BGGA 3U3YA 1JLGA 1HRHA 2ATQA 3IG1A 1X1PA 3NDKA 3ITHA 4B9LA 3CYMA 4RW4A 1D8YA 4N47A 1NK9A 3SUQA 3AO1A 1NJYA 1U45A 3QETA 3QERA 2VG5A 4DSIA 4FLZA 3V1QA 1RCHA 1VRUA 1HPZA 2IOCA 2IAJA 3NE6A 1NK8A 5I42A 5KGWA 1WSFA 1T05A 3QINA 2BE2A 2VWKA 4CGFA 1JL2A 2IDOA 1EETA 4YFUA 1RDCA 4FLXA 4DTPA 3SUNA 4W5QA 4JRPA 1BISA 1LWEA 4FLUA 3THVA 3S3NA 3RWUA 4O55A 3TAMA 2XY8A 4CE9A 2B4JA 3IS9A 3QIOA 3B6PA 1NK0A 4Y1DA 4FLWA 4DFKA 3NCIA 4KB1A 4IFYA 1RT3A 1C0MA 3KK2A 4CESA 3ZT3A 3OYHA 1D9FA 3JSMA 2JGUA 3VQ4A 4KHYA 1WSIA 3PX4A 3SPYA 3ASMA 3OYNA 4JRQA 3EY1A 1J5OA 1NK5A 4Z4GA 2KTQA 3NF8A 5KI6A 1QS4A 1Q8IA 2A1RA 4Z4IA 2QKBA 3O3FA 4KRFA 1S6PA 2PZSA 3G10A 3VQ9A 4CGIA 4OPKA 3ZSVA 4DQRA 1J54A 3H08A 3AVBA 4Y1CA 1ZBLA 4C8KA 3K5LA 1RT1A 4DQIA 1QE1A 4FJXA 1S9EA 4R5PA 4FJNA 1NJXA 1VSIA 4DS4A 4DLGA 1NJWA 2X6SA 1NK6A 1S9GA 3FFIA 3ZT4A 3BDPA 1IKXA 3LPTA 4CJWA 4BE2A 4E1NA 3ZSRA 3I0SA 1BQNA 3L2WA 1S1XA 4Z0UA 1ZBHA 1HJRA 3DOKA 3NF7A 4HTUA 4CEOA 4UQGA 3KK3A 3EYZA 3K58A 4DQQA 1QHTA 2D5RA 3LP1A 2O4GA 4H4OA 4ZTFA 1XI1A 3MEEA 1RT2A 1Y97A 3AVMA 3MECA 5T7BA 3SUOA 2EX3A 2FBTA 1UA0A 1LW0A 4KPYA 1BL3A 3OJSA 2G8WA 1T8EA 2KW4A 1U04A 4C8LA 1WSEA 4IG3A 2DFHA 4NCAA 3OYFA 1TKDA 2HHXA 2G8UA 2X78A 3OY9A 2WONA 4TSXA 1JLAA 4J2AA 3AO5A 2FBVA 4CF8A 2YKMA 2DFEA 3O4QA 1VSLA 4FM2A 1RT4A 3L2UA 4HUEA 4Z4EA 3VQAA 4C8NA 4B8CA 1UA1A 3DMJA 1ITGA 3DYAA 1XWLA 3OYGA 3AO4A 4N41A 1G15A 3OYAA 1L3TA 1ZYQA 2JLEA 3RRHA 4DQPA 3ZT0A 3TAFA 4LH4A 3DLEA 3OYCA 4PY5A 4FJ9A 4QCLA 4CHNA 1XC9A 2XHBA 3LAKA 3TI0A 4FZYA 3LALA 4EP5A 3LDSA 3EZ5A 3TAEA 2AJQA 1HMVA 4L8RB 4Z4CA 3CM5A 1HYZA 4JLHA 1RDDA 2DTUA 2E4LA 4BACA 3QIPA 4LD0A 4F3OA 1KCFA 3OVNA 4J2EA 4DU3A 1KFDA 4DQSA 3KTQA 3MEGA 4RW9A 3AO2A 3TANA 3LPUA 5CY4A 4EP4A 4DLEA 3NGYA 1XHZA 4DTOA 3QNNA 3OYMA 5HROA 3ZCMA 2HMIA 3QLHA 3SQ4A 3LP3A 3NH0A 4CJKA 1WAJA 1A5WA 2D0BA 3VQBA 3P5JA 4AH9A 4E7KA 4FJJA 4N76A 5D3GA 4KTZA 4E0DA 1TKZA 4CK1A 3OS2A 2OA8A 4DS5A 3HT3A 3PO5A 1SUQA 1VK0A 2X74A 4IBNA 3HPOA 1KRPA 4KFBA 1YT3A 4CGDA 3HO1A 3AVGA 1JXBA 3OYJA 4MQ3A 1U49A 1RT5A 3VQCA 3K5NA 4Z4HA 4FJ5A 3T19A 3MEDA 4AHCA 3TAPA 2OYQA 3HPHA 2GUIA 3B6OA 4BE0A 1QTMA 3M8QA 3LZIA 1JKHA 1CLQA 3QEWA 2YKNA 1ASUA 3CM6A 1X9SA 3PO4A 4CHPA 2P5OA 4OGEA 2HHWA 4CEQA 4OJRA 1X9WA 1KTQA 4FM1A 1UWBA 1JLFA 1VRTA 3RMBA 5C42A 1O1WA 1WSGA 4AHTA 2YV0X 1N6QA 4AILC 3AVHA 2G8KA 4E7LA 5FRMA 3AVJA 3HYFA 5CZ1A 1VSHA 4DTXA 2DFFA 1SL2A 3V9WA 4DFJA 1QSSA 1ASWA 2ZE2A 1S1WA 3HXMA 3L2RA 3LWLA 4KTWA 4NYFA 4NCGA 2RPIA 3PV8A 1TK5A 4FZZA 1ZBFA 5FDLA 2Z1GA 3AVFA 4E7JA 4KB0A 4W5NA 4F8RA 1IKYA 1UOCA 4CECA 4CK2A 2HNZA 2F96A 4CFBA 2W42A 3SV3A 3VA3A 1IG9A 4XIUA 4OGCA 3DI6A 3T1AA 4JS4A 4B9TA 3I0RA 5HRSA 4B3OA 1F21A 1RT7A 4DSEA 2HVHA 4RW7A 3U6FA 4M42A 1R0AA 4OLBA 1KSPA 4CEZA 3K2PA 1RT6A 2D0CA 5I3UA 1HQUA 3SJJA 4CGGA 4H8KA 3T3FA 1NKCA 3KLEA 5HLFA 1WLJA 2WOMA 1A5XA 2Z1JA 1LAVA 5K14A 1RTIA 3ZSYA 4FJGA 1WSHA 3NHGA 4B9SA 1B9FA 1CXUA 1NOYA 4CJTA 3VQPA 3ULDA 4C8OA 2O4IA 1RBRA 4QAGA 2HHVA 3QNOA 3NFAA 2FC0A 4AHUA 4H4MA 3IRXA 3D45A 3OYDA 2OPQA 1GOCA 1HNVA 2Q3SA 4EZ9A 5JS2A 3ISNC 3V9SA 3L8BA 4M41A 3LP2A 3AA3A 1S1UA 4DMNA 1XHXA 1T03A 4BDPA 3ZSXA 3VQ7A 4CFAA 4FJHA 4J2BA 3V1RA 4W5TA 1EP4A 3P1GA 4PUOA 4CGJA 1U47A 2PYLA 4B08A 4O5BA 4CFCA 4OPJA 4CIEA 3AVIA 3AVLA 3LAMA 1S1TA 4FW1A 4MFBA 1LWFA 4DWIA 3AA5X 2HB5A 4FVMA 2ITGA 4OKKA 4PQUA 1EXQA 3NH1A 3QEVA 2DY4A 1U48A 1IKWA 1BCOA 1L3VA 4W5OA 1TGOA 1VSJA 4HCBA 5C24A 4E7HA 5E41A 4M3UA 4HVJA 3L2VA 3D0PA 4BDYA 1SL0A 1BIUA 4B8AB 1BI4A 4ICLA 4DF8A 3HJFA 2LSNA 3O3HA 1FKOA 1SKSA 2HHSA 4CIFA 4CJRA 2D0AA 3C6TA 1IH7A 4DU4A 3HK2A 3UIQA 2Y1IA 4E1MA 4CJFA 2G8FA 4CJPA 2EHGA 4B9UA 2ZD1A 1NJZA 1KVBA 4RW8A 4FK2A 1YTAA 4CERA 2IC3A 1BGXT 3OYLA 4KAZA 3KLFA 5HRNA 4FLVA 1Q9YA 3OS1A 3HL8A 4BWMA 3K5MA 1NKBA 3C95A 2BDPA 4QOZB 3MXJA 1B92A 4DG1A 1RBTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VQ6N 1SQKA 3MK6A 3CI5A 3BZCA 4DV1K 1WB9A 4CJUA 3EE8A 4CD1A 5SZTA 1X3NA 3T1HK 4DF4A 3OYIA 1WOQA 4WQ5C 2HBLA 4CJSA 1DTTA 3KKRA 3ALYA 3L2QA 3QEPA 3SQ0A 4W5RA 3MXMA 5HP1A 4JD2B 3BGRA 3DXMA 5M1KA 4BROA 4FL9A 3I33A 1GOAA 4B1XB 4DTUA 4GVEA 3VEWA 4E7IA 3CCVN 3ID8A 1ILYA 5CR4A 5C2FA 1QSLA 4BR5A 4G9ZA 3AGRA 2UXCK 1I3AA 5F0XA 3HSTB 1C0UA 1ZXOA 1E4GT 1VQON 4F2RA 4IDKA 3MAQA 1GLCG 4JKEA 4JHDA 1Y64A 4ID1A 1GLEG 1GLDG 1LW2A 1KVCA 1Q82O 4CCHA 3M8PA 4L3QA 4BG9A 2PYJA 4V19S 2F8SA 4M45A 3NGZA 3CC2N 1IJJA 1NGJA 2EWSA 2KZZA 1NK7A 5DK5A 2VQFK 3O80A 4J2DA 4BGBA 4CJ3A 3QEIA 1L3SA 5AFUA 2Q97A 4BRPA 4KI4A 4DR6K 3RTVA 5C2DA 4M3RA 3LDPA 2ITMA 3WQTA 1NNEA 4EIAA 4NO7A 1YHQN 4FPBA 4JHDB 3VQQA 2YX6A 3KD1E 5KGXA 2ZJPL 3AA4A 2XY6A 3ULEA 5J2NA 4CGHA 1TKTA 1ZBSA 2HVIA 3PUFA 5C0YA 4PL8A 4O0JA 4H5VA 1N33K 4G1QA 2KQ2A 5J2QA 3M5RA 4N56A 3R6MA 4LY7A 3ZSWA 3OS0A 3LZJA 2P9LA 1C1AA 3K5OA 4BRGA 3A5MC 3AA2A 2NNWA 3SAHA 3TSQA 3CMAN 4KHSA 3KK7A 4WQ4C 5KRSA 1QZ6A 4YOVA 1NKEA 4BWJA 2CGKA 4FJIA 1HKCA 1TK8A 4FJLA 2GX9A 5DMRA 3DLGA 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