The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
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sequence length |
116
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structure length |
116
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| total genus |
25
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| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4YY3 K; 4B3T K; 4CVN E; 2HHH K; 5IT9 O; 4LFA K; 4DR7 K; 4GKK K; 2UU9 K; 1HNX K; 2UXB K; 4CW7 B; 1FJG K; 5IWA K; 4LF7 K; 4K0K K; 4KHP K; 4DUZ K; 1HR0 K; 4LFB K; 1XMO K; 4JI3 K; 2ZM6 K; 1HNW K; 2UUC K; 4DV5 K; 1XNR K; 4JI2 K; 4DR6 K; 4JI6 K; 3J81 O; 2F4V K; 4DV2 K; 4B3R K; 2UXC K; 5LMU K; 4NXN K; 2VQF K; 3OTO K; 3T1H K; 4LF9 K; 4DV3 K; 4JYA K; 1N36 K; 1N33 K; 1J5E K; 4JI7 K; 5AJ3 K; 2VQE K; 4NXM K; 4OX9 K; 2UUB K; 4DR2 K; 4B3M K; 4B3S K; 2UXD K; 1IBL K; 5FLX O; 4V19 S; 4DV7 K; 1XNQ K; 4AQY K; 1N32 K; 5A2Q O; 4DR5 K; 4DR3 K; 1HNZ K; 3J7A P; 2UUA K; 4DR1 K; 3T1Y K; 4JI4 K; 4LF4 K; 3J80 O; 4LF5 K; 1I94 K; 5BR8 K; 4GKJ K; 1XMQ K; 5LMN K; 4X62 K; 3J7Y P; 4DV1 K; 4LF6 K; 4DV0 K; 4JI5 K; 4DUY K; 4JI0 K; 4DV4 K; 4X66 K; 4DR4 K; 5LL6 Z; 3JAM O; 1N34 K; 4JV5 K; 4DV6 K; 4YHH K; 4LF8 K; 4LFC K; 2E5L K; 4X65 K; 4X64 K; 4JI1 K; 1IBM K; 1IBK K; 4JI8 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 1OH5 A; 1O13 A; 3WT0 A; 4CVN E; 1RBV A; 3TR8 A; 1U48 A; 4KHN A; 4NYF A; 1QHT A; 2QI2 A; 1X3N A; 2QWN A; 3DJC A; 4C8L A; 4CJP A; 1TUY A; 5KTQ A; 3SYZ A; 4YOY A; 1U45 A; 1ASU A; 1SKS A; 2E20 A; 3VQP A; 4MO4 A; 2YX6 A; 3D7E O; 3TPQ A; 3K5N A; 3A5N C; 3DLK A; 3OYH A; 2YV0 X; 4ELU A; 3L2V A; 4A2B A; 2R7Y A; 3LPU A; 4CED A; 2IVP A; 1CZ9 A; 1U04 A; 2FBV A; 3RTV A; 4CEZ A; 1NK7 A; 1N8R O; 3ZT1 A; 4DHY A; 5FDL A; 1U47 A; 4MO5 A; 3BF3 A; 4BR7 A; 2QKK A; 5ADX H; 4DQI A; 4CJT A; 3V1R A; 1JLG A; 4MLH A; 2UXC K; 2P9L A; 1QSL A; 1J54 A; 3K9K A; 3LL3 A; 4HUE A; 2YJE A; 3V9W A; 1KSP A; 4M3X A; 3E1Y A; 4AHS A; 1OH7 A; 3CIP A; 4OPA A; 4Z94 A; 2JWK A; 1HJR A; 5SWM A; 2RPI A; 3HST B; 2QA4 N; 5ELZ A; 2VG7 A; 1JKH A; 4M42 A; 4YOW A; 4BRI A; 4BRG A; 5CY4 A; 1NMN A; 4IZ9 A; 3RMD A; 1HNZ K; 1WSG A; 5AQZ A; 4CEE A; 5JLF A; 1VQ4 N; 3H3O B; 3PX6 A; 3VEY A; 1X9J A; 1QVF M; 1HQU A; 2P9P B; 2PAV A; 4FLY A; 3CCQ N; 3LP2 A; 3ZLJ A; 1BUP A; 3OJU A; 3J7Y P; 3D2F A; 1QQO A; 1Q7Y O; 3FZM A; 4DSE A; 1RBU A; 2GBZ A; 2E2O A; 1IKX A; 2B4J A; 1EWQ A; 3P5J A; 2HF3 A; 3O9S A; 4BRO A; 3FZK A; 1N34 K; 4BC5 A; 3R1X A; 2A41 A; 3NE6 A; 2GWJ A; 3UKU A; 1QQC A; 2OPR A; 4BRQ A; 3MCP A; 4FLV A; 3I8D A; 3BF1 A; 3F9M A; 1TL1 A; 1TYQ B; 4RW6 A; 4WF9 L; 3BZK A; 3ZX0 A; 4F2S A; 1RNH A; 1VSM A; 4DB3 A; 3C95 A; 3E66 A; 2F7T A; 3EKU A; 4MLE A; 2VWJ A; 1NK4 A; 1JL2 A; 1LV5 A; 1CZB A; 1IG8 A; 2OZM A; 3OYC A; 2A6A A; 4KO0 A; 3ZET B; 1TVR A; 4YDU C; 1YHQ N; 3LDP A; 3LAM A; 4LFB K; 4PY5 A; 3EE9 A; 4KHW A; 4KBO A; 1S5J A; 4Z4F A; 4CJE A; 3QLH A; 3HRG A; 1X3M A; 5SZT A; 3M8S A; 2UUC K; 2O8B A; 3ID6 A; 5AQS A; 3NDK A; 3FLC O; 4JI2 K; 4YOX A; 3O9Q A; 4DR6 K; 1Q18 A; 4WE1 A; 3J81 O; 3VQE A; 3WNE A; 4KKO A; 3VEN A; 3VQQ A; 3DOK A; 2FXU A; 4NXN K; 3L2U A; 3KTQ A; 4BVP A; 4W5R A; 3RMB A; 3PSI A; 1R0A A; 2OYQ A; 1WAJ A; 4G9Z A; 4O0J A; 1XC3 A; 4DF8 A; 5HLF A; 4FCY A; 2KTQ A; 1C0F A; 5BRD A; 2Q1N A; 5AJ3 K; 5AR0 A; 2GUI A; 2VQE K; 3MCA B; 4A62 A; 4CF8 A; 5MLC Q; 4DR2 K; 3MXJ A; 1M1K O; 3QEX A; 4BRL A; 2PBD A; 3AY9 A; 5JLH A; 1RT4 A; 4CHZ A; 2WBN A; 4CJF A; 4FOI A; 4K42 A; 3D2E B; 4FWO A; 3CPW M; 1XUP O; 4O0I A; 2WUS A; 5FRN A; 4KV8 A; 3A0I X; 2OA8 A; 5M1O A; 3C6T A; 3P31 A; 4E89 A; 1NGD A; 4G1Q A; 5CZ1 A; 1JLC A; 1RT5 A; 4CGF A; 4DSI A; 5I9E B; 1K8K A; 4B1X B; 2F8S A; 4M3U A; 2ZGZ A; 2HB5 A; 1VQ8 N; 2A1R A; 3VMF B; 4DFJ A; 1EP4 A; 3L3U A; 1KQS M; 2P9P A; 3GE1 A; 1W0H A; 4EZ9 A; 3B8A X; 4IOA L; 4FW1 A; 4LFC K; 1P8Z A; 1XWL A; 3O08 A; 2F9W A; 4BVO A; 4DTJ A; 1UA1 A; 3VEO A; 5AQR A; 2Q0R A; 4CFC A; 3K9J A; 1T6C A; 3EKS A; 4AHT A; 3O3F A; 3NH1 A; 4J2D A; 4GY2 B; 4CES A; 3OW2 M; 3ID8 A; 1OVQ A; 2QWM A; 3B6O A; 3RRH A; 2IOC A; 3CCE N; 2P9U B; 4H0T B; 4BE2 A; 3QDK A; 4QAG A; 2OCE A; 4CZK A; 2IAJ A; 1X1P A; 5KRT A; 4FL9 A; 1KVB A; 3J8A A; 4H5R A; 3QNN A; 4B9V A; 1XC9 A; 3VQD A; 2XHB A; 1TYQ A; 3O4Q A; 4Z4I A; 3O3H A; 1W7A A; 4NO7 A; 4N41 A; 4BRE A; 1HQE A; 3U3G A; 4A61 A; 4CIF A; 4CGD A; 4XH4 A; 4FLX A; 3IKM A; 4WQ5 C; 3SNN A; 4ELV A; 3KWI A; 4ICL A; 1JCG A; 3NGI A; 4DV2 K; 3AVN A; 4DKW A; 3ZET A; 1NBW A; 3E9L A; 5GAH P; 4DQQ A; 3VQ7 A; 3G6E N; 1VAZ A; 3TU5 A; 5AQF A; 5FRM A; 4JKC A; 3WXJ A; 3DAW A; 1FK9 A; 4M3Z A; 4DSK A; 3ZYY X; 4OO1 J; 4B9T A; 4F2R A; 3EN9 A; 3HSC A; 2YNI A; 1BWF O; 3QER A; 4PA1 A; 4QS8 A; 3HTV A; 1S6Q A; 4CJL A; 5GAD P; 2P9S B; 5AQX A; 1D9F A; 1Q9X A; 2HMI A; 3SPY A; 1S6P A; 3AVI A; 3VQ5 A; 4DU1 A; 1HKG A; 4CFB A; 4H5V A; 2ZJP L; 4Z4C A; 3ULD A; 3SBT A; 4JI4 K; 3IG1 A; 1BI4 B; 4IFV A; 4LC9 B; 1SAZ A; 2JGU A; 4BQL A; 4KTW A; 2B6A A; 4BDZ A; 2F96 A; 3LDO A; 4BE1 A; 1F21 A; 2OPP A; 4FWQ A; 3UKR A; 1RT1 A; 3CME N; 3D2E A; 1Q9Y A; 2VWK A; 2O8F B; 2YHB A; 1H1V A; 2I7P A; 1FKO A; 2OZS A; 3MAQ A; 1RDA A; 4AIL C; 4WQ4 C; 4OJR A; 2ASO A; 2E1Y A; 1TAQ A; 2XY6 A; 2Q0U A; 3S3O A; 3H6E A; 4GKK K; 4RTF D; 2FSJ A; 4U7B A; 4PWD A; 2ETJ A; 3ATU A; 3S41 A; 4IKF A; 3V1O A; 5B8H A; 3A2F A; 2A5X A; 1YJN N; 3BY5 A; 3AO5 A; 1BQM A; 3PO5 A; 4C1N K; 1KVA A; 1C0T A; 2QKB A; 2QWP A; 2DY4 A; 4YOT A; 2ZM6 K; 1EXQ A; 1KRP A; 5AQO A; 3O80 A; 4CJ7 A; 4FK2 A; 2P9U A; 4BR4 A; 5DMR A; 5AQH A; 3EZW A; 2F4V K; 3MDQ A; 4GV3 A; 3CI5 A; 4B9L A; 3LZJ A; 1Y97 A; 1W2B M; 2E88 A; 1N36 K; 4DQR A; 3ENH A; 4UY8 O; 1O1W A; 4O8U A; 5J2M A; 3O1W A; 1QQN A; 1S1W A; 2KKZ A; 3CHW A; 4B3M K; 4GNI A; 2HF4 A; 1NMD A; 3NFA A; 5KQD A; 3DXK A; 1X9M A; 1RT2 A; 1DTQ A; 3V4I A; 2HMP A; 3U3Y A; 1NKC A; 3HPH A; 3KK3 A; 2KW4 A; 5AQT A; 1M90 O; 2HHT A; 2OPQ A; 3IRX A; 4RW9 A; 1QVG M; 4BR0 A; 4M3T A; 3K58 A; 1NGF A; 4NCG A; 4GKJ K; 4BRH A; 4GW6 A; 2A3Z A; 4GVE A; 4LH4 A; 4Z0U A; 3LP3 A; 1KLN A; 5M1F A; 1E3M A; 3ISN C; 1ILY A; 3SJJ A; 4LF6 K; 4FW2 A; 5J2Q A; 4YDU A; 2P9K B; 3CQY A; 4H0X B; 5T7B A; 1KAX A; 3MWP A; 5KPT A; 3DLG A; 3A8Y A; 2Q97 A; 3O4W A; 4Z4E A; 4QCL A; 5AQY A; 5H1S Q; 1NOY A; 3TWH A; 1J53 A; 4O4G A; 1BA1 A; 1BI4 A; 4OPJ A; 4BRA A; 5K14 A; 1EO1 A; 3NVK A; 3DWL A; 1KFS A; 4XIU A; 4X64 K; 5CYM A; 4ISE A; 3MEE A; 3CQX A; 5KI6 A; 4JI1 K; 1BIS A; 3DRR A; 4BAC A; 2CGL A; 3OHR A; 1ZBU A; 3OYG A; 3WQT A; 4DFP A; 1IV0 A; 4RW8 A; 1RT7 A; 4QS9 A; 1WSE A; 3CC7 N; 3KK2 A; 2O8F A; 1HNX K; 2FLO A; 3FFK B; 4CW7 B; 4Y0W A; 3JSM A; 3MXM A; 2QXF A; 2W42 A; 1IKY A; 2P1J A; 5F1X A; 3AO2 A; 2HVI A; 1XHX A; 2IGI A; 4FVM A; 4BRP A; 4DQP A; 2ZE2 A; 4O8K A; 3DRS A; 4E7L A; 1XMO K; 4IBN A; 1U6Z A; 1TUU A; 4YNQ A; 4NB4 A; 3PY8 A; 3IAY A; 4KRF A; 1S3X A; 3SAF A; 4JKH A; 1X9S A; 4FWR A; 2ZF5 O; 2VWB A; 4B8A B; 4FJH A; 1NLV A; 3KLE A; 1LW0 A; 4C8K A; 4CZL A; 4DV3 K; 4JYA K; 4EP4 A; 1RCH A; 4TSX A; 4CF2 A; 1J5E K; 4I7F A; 3DYA A; 4B1Z A; 4DTM A; 3M6G A; 1C0M A; 5ADX A; 4I9L A; 3A5M C; 1IG9 A; 4I9Q A; 4H4M A; 2XY5 A; 1Q81 O; 4DMN A; 2ASM A; 4DR3 K; 5FRO A; 4KHS A; 1NM1 A; 5LJW A; 3K5M A; 4RW7 A; 1JJ2 M; 1I39 A; 4CD1 A; 4CJ4 A; 3OS0 A; 4F8R A; 1WSH A; 1TV6 A; 2ZD1 A; 3SUQ A; 4LF5 K; 1FKP A; 3I56 N; 1TK0 A; 1HYS A; 4OLA A; 3H1Q A; 5FPE A; 5HRS A; 3G25 A; 1ATN A; 2OTJ N; 3THX B; 4FLU A; 3OYB A; 3ZT0 A; 1QHA A; 3QEW A; 3QEP A; 4L8R B; 4IFY A; 2AJQ A; 3K5O A; 4DV6 K; 4CZG A; 1BIU A; 4H03 B; 4X65 K; 1WNS A; 5AQP A; 5GAE P; 1S9E A; 5BPL A; 4JKD A; 1CLQ A; 2P9K A; 4B3T K; 3OVN A; 1NK8 A; 2PFU A; 3W0L A; 3TAE A; 2BDP A; 1FXX A; 3WNG A; 2ITG A; 3O1B A; 4K25 A; 5BRF A; 1I3A A; 3NGZ A; 3F2K A; 2RE2 A; 2HVH A; 1JCE A; 1GLE G; 1RDC A; 4BDP A; 3FR0 A; 4W5T A; 2BTF A; 4DFM A; 2EHG A; 4BRM A; 3RR7 A; 2P9N A; 1WLJ A; 4FJJ A; 2BH1 A; 3HM8 A; 4N47 A; 1S1X A; 4M7X A; 3RRG A; 2O8B B; 2XO7 A; 1K73 O; 1BQN A; 4NLB A; 1NGI A; 2HNY A; 4ELT A; 3CCV N; 2KHO A; 3WXM B; 3SMS A; 3PIO L; 3KD5 E; 4HCC A; 1WBD A; 1LWE A; 1IKW A; 1GLL O; 4FM2 A; 3WNF A; 1D5A A; 2V52 B; 4HUF A; 2CGK A; 4FJM A; 4JRQ A; 3BUZ B; 3AGR A; 4WQ4 A; 4YFU A; 1IKV A; 3DI6 A; 2XRI A; 3KKR A; 3V6D A; 4FOE A; 3CFO A; 1VRU A; 1BU6 O; 4IXC A; 3VET A; 3SZ2 A; 1JLB A; 1VQL N; 4KFB A; 3MX5 A; 3FGU A; 4FWL A; 3I0S A; 4I6M A; 2YHA A; 2YHW A; 1LWF A; 2GWK A; 5LMN K; 3TAB A; 3SUP A; 3UE5 A; 4CFD A; 1NGC A; 3OYA A; 3HJF A; 4FZY A; 2D0O A; 3ZSV A; 2JLE A; 2GX9 A; 3E9P A; 4CJV A; 2ZJQ L; 1ZBS A; 3QO9 A; 3ZCM A; 1K8K B; 1YVU A; 3AVL A; 3IUC A; 3L2Q A; 3V9U A; 5I42 A; 4U67 L; 4FK0 A; 4CEA A; 1V4S A; 3ITH A; 3SAG A; 5HOO A; 1SKW A; 3IS9 A; 4BRN A; 2WON A; 1NJW A; 1YTA A; 3LDL A; 2QK9 A; 3SUO A; 3S3N A; 4B1U B; 5IT9 O; 3AVM A; 3THX A; 3P38 A; 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3KLG A; 3Q7C A; 3ZSQ A; 4B1V A; 4E19 A; 4HTU A; 4BWM A; 4XEI A; 1VSL A; 3BZC A; 4C23 A; 4KI6 A; 1LAV A; 2ATQ A; 2BAN A; 1WBB A; 3AVG A; 4B9N A; 1BL3 A; 3O4N A; 5CR4 A; 5KPR A; 4H0V B; 3F5T A; 1C6V A; 1MA9 B; 4E3S A; 2BE2 A; 1P90 A; 2VG5 A; 3MED A; 1RDU A; 1CZA N; 3KK1 A; 4BRC A; 2P51 A; 4JS4 A; 4M63 C; 5FPM A; 1HNV A; 4BGA A; 3V81 A; 3WNH A; 4HTL A; 1NJY A; 1SS6 A; 3R8E A; 3QES A; 3NF8 A; 2UUB K; 2Q31 A; 4ID1 A; 4B3S K; 3MN9 A; 4KHY A; 5BPN A; 1HLU A; 2WTU A; 3T3F A; 3I33 A; 5M1Q A; 3AVF A; 4CJK A; 2ZJR L; 3DXK B; 2IC3 A; 3C65 A; 1NKB A; 4CIG A; 3ZX3 A; 2YNF A; 3CG7 A; 1BDG A; 4FJ7 A; 1S1U A; 4IEE A; 3KK7 A; 4FJ8 A; 1ZXO A; 2E4L A; 3QIO A; 4DQ8 A; 2Y1J A; 2O8C A; 3TTD A; 4CHN A; 4DQS A; 3EE8 A; 3WXK A; 4B9U A; 4JKE A; 4DLG A; 1S22 A; 5HL7 L; 3THY B; 1Y64 A; 2FF3 B; 3OS1 A; 1HYZ A; 2A1S A; 2DFF A; 1NJI O; 3ZEU B; 4OKE A; 3VGM A; 1GLC G; 1MWM A; 1BIZ A; 5CZ2 A; 1ATS A; 5JS1 A; 1L3V A; 3N4Q A; 5J2P A; 2G8U A; 3O5B A; 4FWS A; 4B9S A; 4JKF A; 1BCM A; 1GLJ O; 3H08 A; 3OYM A; 4OLB A; 4JHD A; 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