4CF0A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase
total genus 53
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cf0A00
3VQDA 3SI6A 3I0SA 3QLHA 3JSMA 4CJKA 2PY5A 2XY5A 1C1CA 2F8SA 3ASMA 1LWEA 3DOKA 4QAGA 1RCHA 3ZT2A 2IOCA 2KQ2A 4CJTA 4FJ5A 4CGJA 1WAJA 3IS9A 2HW3A 1D5AA 3LP0A 4CJRA 2VG6A 4B8CA 5EU7A 5CY4A 3HYFA 1VSFA 3AVAA 1JXEA 3VQ7A 5C25A 1BQNA 2OPRA 3B6PA 3OYBA 4DTMA 1TK0A 1N5YA 1QSLA 3TWHA 5JS2A 1Q9YA 2HVHA 2FBYA 3B6OA 4GW6A 5HBMA 4CE9A 1VSHA 1HMVA 4MQ3A 3MAQA 4HUFA 1WSHA 3VQ5A 4E7IA 1HNIA 4LH4A 5D3GA 1U48A 4EP4A 4KI6A 3OYMA 5SZTA 3PUFA 4IFYA 3TAGA 1F21A 1RT7A 1WSEA 2VG5A 1QSYA 4M45A 3PO4A 1JL1A 5HP1A 3QEPA 4B9LA 4EZ9A 4FJMA 1TKZA 1C1BA 3OYGA 4FW2A 4CHPA 4KTQA 4HCCA 4KREA 3V9SA 4QCLA 2XY8A 4KV8A 4HUEA 3QNOA 4EP5A 5FRNA 3LALA 1EX4A 4CJ5A 4CHOA 4DU3A 3V81A 4N5SA 5J2PA 4F2RA 1WSGA 1VSKA 1LWCA 1W9HA 2O4GA 3O4QA 2QK9A 3BDPA 3TANA 2BE2A 3LAMA 4YNQA 4C8LA 4CCHA 2XY7A 1KRPA 3OYLA 1HNVA 2P5OA 4I2PA 3VQ9A 4FJLA 2IGIA 2RKIA 4PA1A 1U04A 3L3VA 5C42A 3ZCMA 4DFKA 4FK2A 3ZSOA 4CGGA 4FLZA 4MFBA 3D0PA 2EX3A 2F96A 4CERA 4JRPA 2WONA 3S3MA 5FDLA 4C8KA 3QINA 4FJXA 1KVBA 1SKSA 2G8HA 2RF2A 3OYCA 1KSPA 2X6NA 3VQEA 1S1XA 3AO1A 3AVKA 4Y1CA 3QIOA 4CHZA 3DLGA 3SYZA 1YVUA 3QNNA 2DY4A 4O0IA 1RT6A 1WSFA 3NHGA 3VN5A 3MEGA 1VK0A 1Y97A 3U3YA 1NKBA 4KB1A 3HO1A 1ZBLA 3VQBA 2Y1JA 3CQ8A 4Z4GA 1U45A 3L2VA 1ASVA 4CIGA 4CEZA 4DLGA 3VQ4A 4DSKA 4FJ7A 5SWMA 3OYFA 2OPQA 3HJFA 3AA3A 1IKVA 4C8OA 3DOLA 4XIUA 4RW4A 4DTXA 1ZBHA 1NOZA 1RTJA 3V9ZA 1WSIA 1L3VA 1SKWA 1D9FA 4L8RB 2JLEA 4CJVA 3SV4A 2OA8A 4KI4A 4NCAA 2D0CA 2HNYA 1UOCA 1JLBA 5J2QA 4YFUA 3HT3A 2ZE2A 3NH0A 3S3NA 1S6QA 3WNEA 4I9LA 3QEIA 2XY6A 4H8KA 3V9WA 4BDYA 4J2AA 1J54A 1XWLA 2G8IA 3KJVA 3L2RA 4CEBA 1UA1A 4CESA 1LW2A 4CHNA 4R5PA 3MXIA 3AVFA 4DQQA 3NAEA 1NJYA 4B9MA 4CFBA 5HRSA 1TVRA 1BQMA 1EXQA 3HVTA 4ID5A 3ZSVA 3C94A 1SL0A 1ITGA 3F9KA 3TAMA 4DQRA 1XI1A 4CJUA 4CIEA 3I0RA 1U47A 4GMJB 4OLBA 4M3RA 1WN7A 4DLEA 4RG8A 5CYMA 3K59A 4E7HA 4CEQA 3NGIA 2HHVA 1TL1A 4CJFA 4BDPA 4CFCA 4CJSA 2IS3A 2RN2A 1IO2A 4FLVA 4FJ9A 2X78A 3SV3A 3KTQA 3AVIA 3FFIA 1NK8A 4ELUA 4CJEA 3L2UA 2R7YA 4LSLA 4LH5A 3DYAA 4KPYA 2EHGA 4M42A 5DK5A 3ZT3A 4DTJA 1S6PA 1TKTA 1VSDA 1VRTA 4PUOA 1A5WA 1JLEA 2OYQA 1B9DA 3OYKA 3D45A 4CHQA 3L8BA 1BGXT 4CK1A 1QE1A 1RBSA 2X74A 4FZZA 4FJ8A 4M3XA 5KI6A 4DFJA 3VQ6A 3BGRA 3I8DA 3PX0A 4CJ3A 4HVJA 2HHUA 2HHSA 2HHTA 4W5OA 1UAXA 4QOZB 2LSNA 3VQQA 1NK7A 1SL1A 1I3AA 3DRRA 4C8MA 2OZSA 1REVA 3SCXA 4E7JA 2E4LA 1NKCA 3DLEA 4DWIA 4F2SA 4CJWA 1S9GA 2BDPA 3HM9A 4FK4A 4LSNA 4M41A 3HXMA 2FC0A 1X1PA 4CHYA 1VSIA 3HPGA 1DLOA 1WNSA 4BWJA 3NGYA 5CZ1A 5J1EA 1W0HA 4FVMA 5FRMA 3RR8A 4K8XA 4W5NA 3G0ZA 3TI0A 3OYHA 2HB5A 4E1MA 4BE2A 1RT1A 3OVNA 1TKDA 1SKRA 1RDCA 2DFEA 1VSJA 4CJPA 3SUPA 4CEAA 3L2QA 1RTHA 1YTAA 4DTSA 4Z4IA 4CK2A 1TGOA 3K5OA 1KTQA 1TL3A 2BANA 2VWJA 3T3FA 3QEVA 1NK9A 1NK5A 4CEOA 1L3SA 2QXFA 1WLJA 3M8PA 3ZT0A 1JL2A 1LV5A 3THVA 1HQEA 3ULDA 4CGDA 1J53A 3O3GA 1BHLA 3HP6A 2GV9A 3VQPA 3C6UA 1EP4A 1ZBIA 4RW6A 3DLHA 4FW1A 4M3WA 4FZXC 2DFHA 4DF4A 3RMBA 3NBPA 5KRSA 4DS4A 4FJKA 1IKXA 4B8AB 2XHBA 4BE1A 1X9SA 4OKJA 4FLWA 4CF9A 2IC3A 1G15A 4Z4CA 4FM1A 2KTQA 1L3UA 1X9MA 4AHTA 1HYSA 5JS1A 1C1AA 4M3TA 3CYMA 1JKHA 4K8ZA 1CZ9A 2FBVA 2Z1GA 1S1TA 4FLYA 3SQ2A 4E0DA 4O0JA 1J9AA 4AHVA 3LPTA 2ZQBA 4HHTA 4IKFA 4F3OA 1BCMA 2GUIA 3K5NA 4IG3A 4AHUA 4ZHRA 4CEFA 2DTUA 2X6SA 3V1OA 1D8YA 4HUGA 1CZBA 3QETA 4N41A 4FJHA 1CLQA 5C24A 3K5MA 1YT3A 2P5GA 3CFPA 4CEEA 1TK8A 3KLHA 1YTUA 1NOYA 2B6AA 3HPHA 3VQCA 3KLFA 4OPKA 2E6MA 4I9QA 3SQ4A 3MXJA 3SPZA 4Q0BA 4J2DA 4ID1A 1UA0A 1B92A 3M8QA 4W5QA 1NK0A 4FJNA 4CJ4A 1NJXA 3M8RA 3V4IA 2QKBA 1C0UA 1BCOA 2YV0X 3O3FA 3AVGA 4E1NA 3DI6A 3SUOA 2RPIA 1TK5A 4NCBA 1FKPA 4O4GA 4CJQA 1QSSA 1LAWA 3V1RA 2G8KA 1Q8IA 2HHQA 4DG1A 3PO5A 3DLRA 4Q5VA 4ELVA 4I2QA 1VRUA 2YNIA 3KIOA 1BL3A 1TAQA 3WNGA 4O5BA 4F4KA 5KGXA 4KHNA 4DQIA 1RT3A 1JLGA 3AA5X 3ISNC 3AVLA 4NCGA 1TV6A 4OGCA 4B08A 4HCBA 1SL2A 1RDBA 1O1WA 2HNDA 1QS4A 3KKSA 3LAKA 4FCYA 2PZSA 4B9VA 4J2EA 4DS5A 2YNFA 1KFSA 1LAVA 1S1VA 4OVLA 4KHQA 1GOAA 5J2MA 5DMRA 3OYNA 3QIPA 1Z26A 3KLGA 1XHXA 3OYEA 3V9UA 1RBUA 4CGFA 5HLFA 3EZ5A 4E7LA 4IG0A 3TAQA 4DSLA 5HRPA 4KHYA 2XO7A 5HRRA 4TSXA 1T05A 2O4IA 3AVHA 2GBZA 4AHCA 4FJIA 1BISA 3AA4A 3K2PA 4G1QA 3OJSA 3QEWA 1S9EA 3ZSZA 1SUQA 5I42A 3MXMA 1RILA 1CXUA 3DM2A 3T19A 3LP2A 2Z1IA 4NYFA 4DTPA 4OLAA 2G8VA 4I7FA 5CYQA 2Y1IA 3TAPA 3HL8A 4FLTA 1KVAA 3AVBA 1I39A 2D0BA 3QESA 3NFAA 3DRSA 4FZYA 4B3OA 1RTDA 2HNZA 3V9XA 4B9NA 4ZTJA 3V1QA 1J5OA 2QKKA 2YKNA 4DFPA 1LWFA 3RTVA 1XHZA 1HQUA 3SNNA 1Q9XA 2HMIA 4B9SA 1BI4A 4RW7A 4B9TA 3UIQA 3KD5E 3F73A 1K6YA 1T03A 1DTQA 3RRHA 4KTZA 4ICLA 5E41A 2IDOA 3QEXA 3AVMA 5KTQA 1KFDA 4KO0A 4FM2A 3CM6A 1C0TA 2FBTA 3ZT4A 4KHWA 1T8EA 3NE6A 1QHTA 4AILC 3QO9A 4PY5A 2XRIA 2FBXA 3ITHA 3PX6A 1SV5A 2B4JA 3NH2A 3OJUA 4CEDA 4BWMA 1C6VA 4OKKA 3S3OA 1S5JA 1CXQA 4DSFA 1XC9A 3KK3A 3C95A 4W5RA 1HPZA 1VSMA 1KVCA 2ZD1A 4NYNA 5J2NA 4Y1DA 1RT2A 2KW4A 4Z4EA 4DF8A 1B9FA 3OYAA 3PX4A 2G8WA 4EZ6A 4FLUA 3EYZA 2OPSA 3KD1E 2VG7A 4LY7A 1JLCA 3L3UA 4W5TA 4H4OA 3HK2A 2KFZA 1RBRA 3OS0A 4FXDA 5FROA 3P5JA 4AH9A 3OS1A 1FXXA 4CF0A 3SUQA 3TARA 1JLFA 1BI4B 1IKYA 3H08A 1L5UA 4KAZA 4M3YA 4LD0A 1S1UA 4Z4FA 1LW0A 2VWKA 1ZYQA 3SZ2A 1D9DA 2G8FA 3G10A 2G8UA 4FK0A 3ZSRA 3OYIA 3DMJA 1JLQA 4BACA 4PWDA 1WSJA 1BIUA 4DTOA 4FYDA 4OJRA 3NF9A 4H4MA 3PY8A 4E89A 1U4BA 1HYZA 3IG1A 1NJZA 2OPPA 3SPYA 4GVMA 4CK3A 3U3GA 4DQPA 2WOMA 4N76A 1BIZA 2W42A 1MU2A 4DSEA 2HHWA 1ASWA 3CG7A 3LANA 3CFRA 1T7PA 4M3ZA 4KTWA 3O3HA 3LWMA 4DFMA 4WE1A 4CJLA 3EY1A 1IH7A 2I5JA 4OPJA 1N6QA 3E01A 3AVJA 4CF2A 3SJJA 1RT4A 2PYJA 4KHUA 4F3TA 4KRFA 3IAYA 1IKWA 2YNGA 1KLNA 5CZ2A 2ITGA 3NF7A 3OYDA 1RDDA 3M8SA 4DTUA 3HSTB 2D5RA 4C8NA 3LP3A 1A5VA 3AO3A 4CGIA 2Z1JA 4FLXA 3LWLA 1EETA 1JXBA 4CIFA 3L2WA 1L3TA 3TAEA 4DMNA 3P83D 4CFDA 4HTUA 3RRGA 4M3UA 4O55A 1IG9A 2KZMA 2A1SA 4E7KA 1R0AA 4FJGA 1VSEA 3KKRA 3LZJA 3OYJA 3P1GA 3NF6A 4CECA 3VA3A 1ASUA 4AHSA 3ZSWA 1RBVA 5K14A 2B5JA 3ZSXA 3NCIA 4J2BA 3LDSA 4DSJA 4DSIA 2DFFA 3VA0A 3SUNA 4IFVA 3TAFA 4Z0UA 3SQ0A 2A1RA 1TAUA 1Z25A 3TR8A 4E3SA 4JS4A 3AVNA 2NUBA 3K5LA 5I3UA 4FJJA 2HVIA 3K58A 1EKEA 2YHBA 1QTMA 3DRPA 3U6FA 1VSLA 4FM0A 4IBNA 3DLKA 1X9WA 2HHXA 1RDAA 3OS2A 3RMCA 4F8RA 1FK9A 3V6DA 3MECA 2Q3SA 2AJQA 4JRQA 3SQ1A 1TKXA 5HROA 1HJRA 1ZBFA 2IAJA 2ATQA 2YNHA 3VQ8A 4BDZA 3MEDA 1HYVA 3KLIA 2P1JA 2E6LA 4DTNA 2OZMA 3HP9A 4BE0A 5T7BA 3NGZA 3ZT1A 1HRHA 1NK6A 4O44A 3LP1A 4DU4A 1FKOA 5HRNA 3AO2A 4N56A 2P51A 3NDKA 1GOCA 4CGHA 1UWBA 3CFOA 1KLMA 4OKEA 3ZSYA 2F8TA 1DTTA 3RWUA 4CFAA 3NF8A 4IDKA 4DQSA 4ZTFA 4Z4HA 3HVRA 2YHAA 3T1AA 3NH1A 4JS5A 3TABA 3WNHA 1NKEA 4OGEA 5KGWA 4DTRA 1NK4A 4UQGA 2KZZA 3OY9A 4CF8A 1JLAA 1QQCA 1A5XA 1C0MA 2BGGA 3LZIA 4DU1A 4KB0A 3JYTA 3VQAA 3MEEA 3DLBA 3WNFA 2JGUA 3AV9A 3HPOA 4JLHA 3RMAA 3O4NA 2PYLA 1S1WA 2YKMA 4N47A 3KLEA 4RW9A 3AO4A 3CM5A 3K57A 1KCFA 4AHRA 1GOBA 3KK1A 4KKOA 1U49A 3S9HA 3RR7A 5KRTA 4PQUA 4CF1A 3AO5A 1ZBUA 3IRXA 3ALYA 2D0AA 3ZSQA 3AVCA 3QERA 1WAFA 1RTIA 2ETJA 1NJWA 4ELTA 4KFBA 2Z1HA 4RW8A 2KFNA 1RNHA 4KHSA 3C6TA 3KK2A 3RMDA 3LPUA 3A2FA 1RT5A 3PV8A 4E19A 4B9UA 3AA2A 1RBTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3I0SA 4CJKA 1BU6O 5BR9A 5AQYA 2KQ2A 3QBXA 4CGJA 4K0KK 1D5AA 4CJRA 1Q7YO 2VG6A 4YOUA 1JXEA 3T7ZA 2JWKA 1BQNA 4EAHD 3Q7BA 4PKHA 3WXKA 2NLXA 3CCMN 5D3GA 1WSHA 4H5WA 5SZTA 2VG5A 3PO4A 1C1BA 2F9WA 4HCCA 3QNOA 4EP5A 3O9QA 4O5FA 4BR0A 4C23A 4DU3A 4QS7A 1VSKA 1T44A 3O4QA 5JICA 4DV0K 4IDHA 3LAMA 3L4QA 3G4SN 1KRPA 2HBJA 3CERA 4I2PA 3QICA 4PA1A 5M1NA 5C42A 1NG9A 3ZCMA 5AR0A 1K8KA 4FK2A 3E66A 3ZSOA 4FLZA 4C8KA 3J7ZO 3AGKA 1SKSA 2RF2A 5JVHL 3VQEA 2FXUA 5ADXH 1X3NA 3SYZA 3P38A 1YVUA 4KH4A 3HM8A 5LL6Z 3QNNA 3NHGA 4KB1A 3VQBA 2P9PB 1HNWK 3L2VA 1ASVA 2A41A 4WFAL 3OYFA 3BF3A 4C8OA 4FWMA 3O4WA 3DOLA 4EHUA 4CJ7A 4Z94A 1RTJA 1ZBHA 2QWPA 1KAYA 3SV4A 5EXWA 2D0CA 2QWOA 3EO3A 4FWNA 4JI0K 1JLBA 4BQLA 3FE1A 4JAXA 3N4QA 2NRXA 1RGIA 3VERA 2G8IA 4BRDA 1UA1A 1LW2A 4CHNA 3MXIA 3VETA 4DQQA 4B9MA 1VQON 3ZSVA 3OTOK 3C94A 2E2NA 3F9KA 2CGLA 5F1XA 1XI1A 4LFBK 1QZ5A 3I0RA 4GMJB 1WN7A 3AARA 5CYMA 5ELZA 5MLCQ 1JJ2M 2D0PA 4BDPA 4CJFA 3WEEB 3F5TA 4FJ9A 2GELA 4BR7A 3TTFA 3DYAA 1HX1A 2EHGA 3HZ6A 1BA1A 4FWRA 1Q82O 5I9EB 5KPRA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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